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Caracterização das espécies de leishmania em sangue periférico de cães por PCR-RFLP NA área endêmica de Bauru/SP /Sanches, Letícia da Cruz. January 2014 (has links)
Resumo:A leishmaniose representa um dos principais problemas de saúde pública do mundo. O protozoário do gênero Leishmania tem distribuição mundial e a epidemiologia da doença depende das características dos parasitas. As leishmanioses se dividem em leishmaniose visceral e tegumentar. O cão desempenha um papel fundamental na transmissão de L. infantum aos humanos e na epidemiologia da doença. Devido à adaptação da Leishmania a novos vetores ou hospedeiros é importante conhecer o agente etiológico circulante nos cães. As técnicas moleculares têm sido utilizadas para o diagnóstico das leishmanioses. A PCR-RFLP detecta e distingue as diferentes espécies do parasita. O objetivo do presente trabalho foi identificar as espécies de Leishmania encontradas em 103 amostras de sangue periférico de cães naturalmente infectados por esse protozoário, do município de Bauru - SP. Para o diagnóstico da leishmaniose foi realizado o exame parasitológico, ELISA e PCR. A determinação das espécies de Leishmania foi realizada pelo método de PCR-RFLP. Para a identificação das espécies, o DNA amplificado da região intergênica ITS1 foi digerido com a enzima de restrição HaeIII. As amostras positivas para Leishmania ssp, mostraram um perfil de restrição idêntico a L. amazonensis em 77/103 amostras, em 17/103 foram semelhantes a L. infantum, e em 09/103 apresentaram perfil misto. Em conclusão, identificamos L. amazonensis infectando maior número de cães do que a L. infantum em cães no município de Bauru, SP / Abstract:Leishmaniasis is a major public health problem in the world. The protozoa of the genus Leishmania has worldwide distribution and epidemiology of the disease depends on the characteristics of the parasites. Leishmaniasis are divided into visceral leishmaniasis and cutaneous. The dog plays a key role in the transmission of L. infantum to humans and in the epidemiology of the disease. Due to the adaptation of Leishmania to new hosts or vectors is important to know the current etiologic agent in dogs. Molecular techniques have been used for the diagnosis of leishmaniosis. The PCR-RFLP detects and distinguishes the different species of the parasite. The objective of this study was to identify the Leishmania species found in 103 samples of peripheral blood of dogs naturally infected with this protozoan, the city of Bauru - SP. For the diagnosis of leishmaniosis was determined by parasitological examination, indirect ELISA and PCR was performed. The determination of Leishmania species the DNA amplified intergenic region ITS1 was digested with the restriction enzyme HaeIII. Positive samples for Leishmania ssp. showed an identical restriction profile of L. amazonensis in 77/103 samples, 17/103 were similar to L. infantum, and 09/103 were mixed profile. In conclusion, we identified L. amazonensis greater number of dogs than L.infantum in Bauru city, SP / Orientador:Valéria Marçal Félix de Lima / Banca:Alex Akira Nakamura / Banca:José Eduardo Tolezano / Mestre
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Expressão de mRNA e identificação de proteínas das vias da arginina no endométrio, conceptos e placentomas em ovelhas /Nonato, Amanda. January 2017 (has links)
Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Lindsay Unno Gimenes / Coorientador: Fuller Warren Bazer / Banca: Maria Emília Franco Oliveira / Banca: Marcelo Emílio Beletti / Banca: Benner Geraldo Alves / Banca: Amélia Katiane de Almeida / Resumo: A arginina é um aminoácido nutricionalmente essencial, importante na gestação de mamíferos, pois aumenta a sobrevivência, crescimento e desenvolvimento de embriões, fetos e neonatos. A arginina pode ser utilizada na síntese de poliaminas por uma via metabólica clássica, porém estudos recentes revelaram uma importante via alternativa. Todavia, ambas foram pouco investigadas. Nesse contexto, estudos são necessários a fim de identificar a ocorrência das vias metabólicas da arginina nos tecidos reprodutivos durante a gestação de ovelhas. Assim o presente estudo teve como objetivos: a) avaliar a expressão de genes das vias metabólicas da arginina em conceptos durante o período de peri-implantação em ovelhas; b) identificar a localização das proteínas das vias metabólicas da arginina em conceptos e no endométrio durante o período de peri-implantação em ovelhas; e c) identificar a localização das proteínas das vias metabólicas da arginina em placentomas em ovelhas. Para tanto, ovelhas da raça Rambouillet (n=72) foram sincronizadas e após detecção do estro por machos vasectomizados, foram cobertas por machos da raça Suffolk com fertilidade comprovada. No experimento 1, as ovelhas (n=20) foram histerectomizadas aos 13, 14, 15 ou 16 dias de gestação, e os fragmentos de conceptos coletados foram congelados em nitrogênio líquido a fim de se estudar a expressão gênica. No experimento 2, ovelhas (n=28) também foram histerectomizadas aos 13, 14, 15 ou 16 dias de gestação e, secções de conce... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arginine is a nutritionally essential amino acid, important for pregnancy in mammalian, to increase the survival, growth and development of embryos, fetuses and neonates. Arginine can be used in the synthesis of polyamines by a classical metabolic pathway, though recent studies revealed an important alternative pathway, however, both have been poorly investigated. In this context, studies are necessary in order to identify an occurrence of arginine metabolic pathways in the reproductive tissues during a pregnancy in ewes. The present study had as objectives: a) evaluate the gene expression in the metabolic pathways of arginine, in concepts during the pre-implantation period of pregnancy in ewes; b) to identify the localization of proteins, from the metabolic pathways of arginine, in concepts and uterine endometrium during the pre-implantation period of pregnancy in ewes; and c) to identify the localization of proteins, from the metabolic pathway of arginine, in placentomes during the pre-implantation period of pregnancy in ewes. Rambouillet ewes (n=72) were synchronized and after estrus detection by vasectomized males, ewes were mated by Suffolk males with proven fertility. In experiment 1, ewes (n=20) were hysterectomized at days 13, 14, 15 or 16 of pregnancy, and the sections of concepts collected were frozen in liquid nitrogen in order to study gene expression. In the experiment 2, ewes (n=28) were also hysterectomized at days 13, 14, 15 or 16 of pregnancy, sections of conceptuses and uterine endometrium were fixed in order to identify the protein localization by immunohistochemical analysis. In experiment 3, ewes (n=24) were hysterectomized on days 40, 60, 80, 100, 120 or 140 days of pregnancy, placentomes were collected and fixed for immunohistochemical analysis. Data analysis of ge... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Avaliação dos fatores de virulência e a capacidade de formação de biofilme in vitro em isolados alimentares e clínicos de Enterococcus sp. e utilização de PCR-RFLP para a identificação de Enterococcus casseliflavus e Enterococcus gallinarum / Investigation of virulence factors and the ability of biofilm formation in vitro of clinical and food isolates of Enterococcus sp. and use of PCRRFLP to identify Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavusMedeiros, Aline Weber January 2011 (has links)
O papel dualístico exercido por Enterococcus na natureza estimula a pesquisa dos fatores que determinam sua virulência. O objetivo desse estudo foi investigar a distribuição de genes envolvidos com fatores de virulência entre isolados de Enterococcus e sua correlação com a capacidade de formação de biofilme e confirmar a identificação de E. casseliflavus e E. gallinarum por PCRRFLP. Foram analisados 66 isolados clínicos e 70 alimentares quanto a presença dos genes gelE, esp, agg, ace e cylA por PCR e atividade de gelatinase e citolisina. Isolados clínicos apresentaram maior incidência de fatores de virulência quando comparados com alimentares, exceto para os genes gelE e ace. Em ambas amostragens houve a ocorrência de isolados positivos para os genes gelE e cylA, porém sem atividade enzimática, indicando a presença de genes silenciosos. A maioria dos isolados apresentou capacidade de formação de biofilme, entretanto não houve uma correlação entre os genes analisados e o fenótipo de formação de biofilme, porém é possível que o gene ace e gelE atuem como potencializadores na formação de biofilmes em Enterococcus. Para testar a técnica de PCR-RFLP, 32 e 20 isolados de E. gallinarum e E. casseliflavus, respectivamente, identifcados bioquimicamente foram avaliados. O fragmento de 661 bp correspondente a uma região conservada do 16S rDNA foi clivado com HinfI e 47% E. gallinarum e 25% E. casseliflavus apresentaram fragmentos de 589bp e 72bp, padrão esperado para o PCR-RFLP. Assim sendo, a PCR-RFLP mostrou ser uma ferramenta molecular útil na confirmação das espécies E. casseliflavus e E. gallinarum. / The dualistic role played by enterococci in the nature, encourages the study of virulence factors. The aim of this study was to investigate the distribution of genes involved in virulence among Enterococcus isolates and to correlate with biofilm formation ability and to confirm the identification of Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus isolated from clinical and food samples by PCR-RFLP. Sixty six clinical and 70 food isolates were analyzed for the presence of gelE, esp, agg, ace and cylA genes by PCR and the gelatinase and cytolysin activities. Clinical isolates showed a higher incidence of virulence factors when compared to food isolates, except for gelE and ace genes. In both samples was observed the occurrence of isolates positive for gelE and cylA genes, but with no enzymatic activities, indicating the presence of silent genes. Most isolates showed ability to form biofilm, although there was no correlation between the presence of the genes and the phenotype of biofilm formation, but it is possible that ace and gelE genes perform as enhancers in biofilm formation in Enterococcus. To test the PCR-RFLP tecnhique, 32 and 20 strains identified by conventional biochemical exams as E. casseliflavus E. gallinarum, respectively, were were submitted to PCR amplification and digested with HinfI.. The DNA fragment of 661 bp corresponding to a conserved region of 16S rDNA was cleaved with HinfI and 47% and 25% of E. gallinarum and E. casseliflavus showed DNA fragments of 589 bp and 72 bp, expected for PCR-RFLP. Thus, PCR-RFLP proved to be a useful molecular tool for confirmation the E. casseliflavus and E. gallinarum species.
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Análise de repetições CAG nos genes SCA1, SCA2, SCA3 e SCA6 em pacientes com suspeita clínica de ataxia espinocerebelarEmmel, Vanessa Erichsen January 2007 (has links)
As ataxias espinocerebelares (SCAs) são doenças neurodegenerativas com herança autossômica dominante que apresentam grande heterogeneidade clínica e genética. O diagnóstico é realizado pela detecção da mutação no gene causador, que, na sua maioria, é uma expansão de repetições trinucleotídicas CAG. O objetivo deste estudo foi analisar os polimorfismos de repetições trinucleotídicas nos genes associados as SCAs tipo 1, tipo 2, tipo 3 e tipo 6 através de PCR-multiplex e eletroforese capilar, visando a melhoria do diagnóstico molecular e a determinação da distribuição das regiões polimórficas nos alelos normais. As análises foram realizadas em 124 pacientes não-aparentados que apresentavam sintomas de ataxia. Nessa amostra, foram identificados 10 pacientes com SCA2, 39 pacientes com SCA3 e 2 pacientes com SCA6. Não encontramos amostras com uma expansão CAG no gene SCA1. Os polimorfismos de cada loci foram estudados nos cromossomos normais desses pacientes (n=209-248). A freqüência dos alelos normais grandes no locus SCA1 (>32 repetições CAG) foi estabelecida em 0,05 e no locus SCA2 (>22 repetições CAG) foi 0,11, enquanto que no locus SCA3 (alelos >28 repetições) a freqüência foi 0,11. A freqüência de alelos normais grandes para o locus SCA6 (>13 repetições) foi 0,04. Concluindo, este estudo proporcionou a primeira análise detalhada da distribuição de repetições CAG nos loci SCA1, SCA2, SCA3 e SCA6 por amplificação multiplex e eletroforese capilar em pacientes brasileiros. A freqüência dos alelos normais grandes nos genes SCA3 e SCA6 nessa amostra reflete a prevalência destas duas doenças na nossa população, concordando com a hipótese que alelos patogênicos podem ser originados pela expansão de alelos normais grandes. / Spinocerebellar ataxias (SCAs) are neurodegenerative disorders inherited as an autosomal dominant trait that present large genetic and clinical heterogeneity. An accurate diagnosis relies on mutation detection in a specific causative gene, which is typically an abnormal number of CAG trinucleotide repeats. The aim of this study was to analyze polymorphic regions of trinucleotide repeats in SCA1, SCA2, SCA3, and SCA6 associated genes through multiplex PCR and capillary electrophoresis, aiming the improvement of molecular diagnosis and distribution of CAG repeats number in normal alleles. Analyses were carried out in 124 unrelated Brazilian patients who presented symptoms of progressive ataxia. To date, we identified 10 patients with SCA2, 39 patients with SCA3, and 2 patients with SCA6. No alleles were identified with a CAG expansion tract in the SCA1 gene. Normal CAG repeats length range was established using data from normal chromosomes (n=209-248). Frequency of large normal alleles in SCA1 locus (>32 CAG repeats) was determined to be 0.05. Frequency of large normal alleles at the SCA2 locus (>22 CAG repeats) was shown to be 0.11 while at the SCA3 locus (>28 CAG repeats) frequency of large normal alleles was 0.11. At the SCA6 locus, frequency of large normal alleles (>13 CAG repeats) was found to be 0.04. Moreover, this study provides the first detailed analysis, to our knowledge, of the distribution of CAG repeats at the SCA1, SCA2, SCA3, and SCA6 loci by multiplex-PCR and automated capillary electrophoresis in Brazilian patients. Frequency of large normal alleles in SCA3 and SCA6 genes established in this sample reflects the prevalence of these two diseases in our population, supporting the hypothesis that disease alleles emerge from expansion of large normal alleles.
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Detecção molecular de Staphylococcus aureus e de suas toxinas no leite de tanque de rebanhos bovinos, em condições de refrigeração e sob temperatura ambiente /Faccioli, Patrícia Yoshida. January 2010 (has links)
Resumo: O leite é de extrema importância na alimentação humana. A exigência quanto à sua qualidade tem aumentado, inclusive com relação à transmissão de patógenos. Staphylococcus aureus é um dos principais agentes da mastite bovina e tem grande importância em saúde pública por produzir enterotoxinas. Os objetivos do trabalho foram avaliar o perfil dos produtores da região considerando-se a atual legislação e a qualidade do leite produzido com ênfase na presença de Staphylococcus enterotoxigênicos, utilizando a PCR na detecção de S. aureus e dos genes codificadores das enterotoxinas sea, seb, sec e sed diretamente do leite de tanque em comparação ao exame microbiológico tradicional, e realizando a detecção das respectivas enterotoxinas pelo método de aglutinação passiva reversa em látex (RPLA) diretamente do leite, comparando com os resultados genotípicos. Utilizaram-se 104 amostras de leite de tanque, estudadas a fresco e após incubação por 5 horas, uma alíquota a 7°C e outra a 25°C concomitantemente. A PCR foi altamente sensível, detectando S. aureus em 99% das amostras, mas com moderada concordância com o microbiológico nas amostras positivas. As amostras de Staphylococcus enterotoxigênicos apresentaram predomínio do gene sec (58,65%), seguido pelo gene sea (43,27%), seb (23,27%) e sed (1,28). Quanto às enterotoxinas, houve a sua detecção em 9% das amostras em quantidades que variaram de 1 a 5 ng/μL. Verifica-se a importância do estudo do potencial do leite como fonte de S. aureus enterotoxigênico e de suas enterotoxinas, fornecendo risco para a saúde pública caso o leite não seja refrigerado adequadamente / Abstract: Milk has extreme importance to human feed. The demand for quality milk has increased, including pathogens transmission. Staphylococcus aureus is one of the main agents of mastitis and has importance in public health for producing enterotoxins. The study aims were to evaluate the region producer's profile, considering the present legislation and the quality of milk produced with emphasis in enterotoxigenic Staphylococcus presence, using PCR in detection of S. aureus and enterotoxins encoding genes sea, seb, sec and sed directly from bulk tank milk in comparison with traditional microbiological test, and carring out the detection of respective enterotoxins by reverse passive latex agglutination method (RPLA) directly from milk comparing with genotypic results. A total of 104 samples of bulk tank milk were used, studied fresh and after 5-hour storage, one bracket at 7°C the another at 25°C concurrently. PCR was highly sensitive, detecting S. aureus in 99% of samples, but with moderate concordance with microbiological test in positive samples. The samples of enterotoxigenic Staphylococcus presented predomination of sec (58.65%), followed by sea (43.27%), seb (23.27%) and sed (1.28%) genes. As the enterotoxins, its detection occurred in 9% of samples in quantities that ranged from 1 to 5 ng/μL. The importance of the study of milk potential as enterotoxigenic S. aureus and enterotoxins source is verified, providing risk to public health if milk is not refrigerated properly / Orientador: Hélio Langoni / Coorientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Márcio Garcia Ribeiro / Banca: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Luiz Simões do Carmo / Banca: Elizabeth Oliveira da Costa Freitas Guimarães / Doutor
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Distribuição de Candidatus Liberibacter americanus e Candidatus Liberibacter asiaticus em plantas cítricas /Sousa, Michele do Carmo de. January 2009 (has links)
Resumo: A severidade dos sintomas provocados pelo Huanglongbing (HLB) ou Greening, a rápida progressão na incidência de plantas afetadas nos pomares e o fato de esta doença afetar indistintamente todas as variedades comerciais de citros, contribuíram para este estudo que visou conhecer o padrão de colonização da bactéria Candidatus Liberibacter americanus (Lam) e Candidatus Liberibacter asiaticus (Las) em plantas cítricas. O PCR convencional é o teste atualmente utilizado na diagnose. Apesar de ser uma técnica reconhecidamente sensível, para o caso do HLB tem sido apenas confirmatório, ou seja, somente permite detecção da presença da bactéria em amostras de folhas sintomáticas. Surgiram aprimoramentos da técnica de PCR, como é o caso do Nested PCR e o PCR quantitativo (qPCR), demonstrado neste trabalho ser o método empregado mais sensível que o PCR convencional. Assim, através deste estudo pode-se concluir que Las e Lam se concentraram prioritariamente nas partes com sintomas de HLB das plantas de campo, naturalmente inoculadas e infectadas por liberibacter, se diferenciando na média do número estimado de cópias de liberibacter por grama de folha de plantas afetadas, sendo Las com 5,63 contra 5,01 em plantas afetadas por Lam (título bacteriano). A proporção de amostras positivas para Lam foram de 21 (19%) contra 12 (11,2%) amostras positivas para Las. A maior parte das amostras foi negativa para ambas as liberibacters (96 - Las e 90 - Lam). O pequeno acréscimo nos resultados positivos obtido pelo método de qPCR, aliado ao seu alto custo, não justifica a substituição do PCR convencional por este método na diagnose laboratorial do HLB, ficando restrito somente a pesquisa / Abstract: The degree of severity of the symptoms developed by Huanglongbing (HLB) or Greening, the fast incidence of diseased plants at different orchards and the fact that this phytopathogen affects various commercial citrus varieties have contributed to the proposition of the present work, that aimed to know the colonization pattern developed by the bacteria Candidatus Liberibacter americanus (LAM) and Candidatus Liberibacter asiaticus (LAS) on citrus plants. The conventional PCR is the current used assay to detect HLB. Besides being a sensitive and specific technique it is currently seen and a molecular technique that confirms the already symptomatic leaves of diseased plants. Improvements of the PCR technique named the Nested PCR and the quantitative PCR is described in this work as the most sensitive to detect the phytopathogen prior to the development of the symptoms disease. So, based on the results obtained in this work it was possible to conclude that LAS and LAM concentrate showed a tendency to appear mostly on parts of the plants exhibiting symptoms and that are already infected by these bacteria, showing difference when mean number of copies of liberibacter per g of leaf of infected plants, with LAS value of 5.63 as compared to 5.01 for LAM on plants with LAM detectable symptoms (high bacterial titer). The ratio of LAM positive samples was 21 (19%) against 12 (11.2%) positive for LAS. The majority of the samples were detected as negative for both bacteria (96% for LAS and 90% for LAM). The small increase on the positive results obtained when qPCR was used and considering its present high analysis cost, this type of PCR is not seen as adequate to diagnose LAM or LAS / Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Coorientador: Silvio Aparecido Lopes / Banca: Nelson Arno Wulff / Banca: Janete Apparecida Desiderio Sena / Mestre
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Diagnóstico etiológico das meningites e encefalites linfocitárias pela amplificação do DNA patogênico em pacientes com infecção pelo HVChesky, Marisa January 2004 (has links)
Resumo não disponível
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Diferenciação das espécies Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii utilizando a metodologia de PCR multiplex e determinação do perfil epidemiológico de pacientes com meningite criptocócicaLeal, Ana Lusia January 2006 (has links)
Cryptococcus neoformans é uma levedura oportunista que pode se alojar no sistema nervoso central causando meningite, meningoencefalite e encefalite principalmente em indivíduos com algum comprometimento do sistema imune. É responsável por 4,5% das infecções oportunistas que acometem pacientes portadores do Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV-positivos). Cryptococcus gattii é um patógeno primário responsável por uma alta incidência de criptococomas no pulmão e no cérebro e que apresenta uma alta morbidez neurológica e uma resposta retardada à terapia antifúngica. O diagnóstico da criptococose é, atualmente, baseado na detecção da levedura em amostras clínicas, no cultivo com posterior identificação bioquímica e na pesquisa de antígenos circulantes. A diferenciação entre as espécies C. neoformans e C. gattii, na maioria dos laboratórios, é realizada utilizando o meio de cultura ágar canavanina-glicina-azul de bromotimol (CGB) e demora em torno de sete dias. Neste trabalho foi padronizada uma metodologia de PCR multiplex que pode vir a substituir as provas bioquímicas utilizadas atualmente para a identificação das espécies de Cryptococcus, reduzindo em 6 dias o tempo necessário para a identificação das espécies. A metodologia também se mostrou mais específica na identificação das espécies, concordando com os resultados das sorotipagens em todos os 132 isolados de Cryptococcus testados, enquanto o resultado obtido com o cultivo em ágar CGB foi discordante em 6 dos 132 isolados, sendo 5 falso-positivos e 1 falso negativo. Foi também realizado o primeiro estudo epidemiológico do perfil de pacientes com meningite criptocócica no estado do Rio Grande de Sul notificados no Laboratório Central de Saúde Pública IPB-LACEN/RS no período de 2000 a 2005. A maioria dos pacientes é do sexo masculino (77,12%), branco (83,5%), na faixa etária entre 30 a 39 anos (46,24%) e infectados pelo HIV (95%).
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Análise do perfil de resistência e genotipagem da escherichia coli na infecção do trato urinário não complicadaAgra, Homero Neto de Cunha e January 2007 (has links)
Introdução - A Infecção do Trato Urinário (ITU) é uma das doenças mais comuns, especialmente em mulheres jovens e sexualmente ativas, causada, na maioria das vezes, pela Escherichia coli. Este estudo objetiva analisar os fatores de risco associados com este tipo de infecção, além de estudar o perfil de resistência à genotipagem da E. coli. Pacientes e métodos - Foram avaliados 62 pacientes femininas, residentes em Santa Cruz do Sul, com idade variando entre 18 a 84 anos, com o diagnóstico ambulatorial de ITU não complicada. O diagnóstico foi estabelecido na presença de sintomas urinários e urocultura com a contagem superior a 105 UFC/mL. Os pacientes responderam a um questionário para obtenção de dados clínicos. A sensibilidade dos isolados de E. coli frente aos antimicrobianos foi determinada usando o método de difusão em disco em meio Mueller Hinton. A genotipagem foi realizada através da técnica de reação em cadeia da polimerase baseada na região consenso repetitivo intergênica. Resultados: O perfil de resistência bacteriana aos antibióticos testados foi de 22,6% para a sulfametoxazol-trimetoprim, 19,3% para a cefalexina, 8,1% para a norfloxacina, 4,8% para a gentamicina e 3,2% para a nitrofurantoína. A genotipagem revelou que 43,5% dos isolados clínicos de E. coli apresentavam relação clonal. A comparação dos dados clínicos dos pacientes que eram portadores de cepas formadoras de clones com os que não eram, revelou que não houve diferença entre os dois grupos em relação ao perfil de resistência, idade da primeira infecção urinária, atividade sexual, história de doença renal no passado, número de episódios de ITU, hospitalização, uso prévio de antibióticos nos últimos 2 meses e presença de animal de estimação em casa. A análise dos grupos classificados pelo resultado da genotipagem quanto ao perfil de resistência revelou que não há diferença estatisticamente significante nos níveis de resistência à cefalexina, à gentamicina, à nitrofurantoína, à norfloxacina e à sulfametoxazol-trimetoprim nos diferentes clones observados. Conclusão: O perfil de resistência da E. coli aos antibióticos testados mostrou altos níveis de resistência à SMT e à cefalexina. A genotipagem da E. coli identificou, em 43,5% dos isolados, a presença de uma relação clonal embora não tenha sido observado uma associação da relação clonal com perfil de resistência e variáveis clínicas.
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Estudo da diversidade genotípica de Bipolaris sorokiniana, isolados de sementes de trigo utilizando URP-PCR / Study of genetic diversity of Bipolaris sorokiniana isolated from wheat seed using URP-PCRMann, Michele Bertoni January 2010 (has links)
Mancha marrom ou Helmintosporiose é uma das principais doenças do trigo, causada pelo fitopatógeno Bipolaris sorokiniana, sendo responsável por grandes perdas econômicas no cultivo do trigo no mundo inteiro. Este fungo apresenta uma grande diversidade morfológica, fisiológica e genética. Com objetivo de caracterizar a diversidade molecular de amostras monospóricas de B. sorokiniana isolados de sementes do Brasil e outros países, foram utilizados 60 isolados monospóricos tendo o DNA genômico desses isolados sido submetidos à amplificação por PCR. Foram utilizados 12 oligonucleotídeos iniciadores universais construídos a partir de sequências repetidas do genoma do arroz (URP). Os perfis gerados foram analisados pelo método de médias aritméticas não ponderadas (UPGMA). O método PCR – URP permitiu obter informações importantes sobre o perfil genético das culturas monospóricas mostrando distinções entre os três conídios isolados oriundos da mesma cepa polispórica. Os oligonucleotídeos URP-30F, URP-6R, URP-17R e URP-38Famplificaram com um elevado índice de isolados. Em contra partida, os oligonucleotideos URP-13R, URP- 25F e URP-32F apresentaram um perfil de amplificação menor entre os isolados do fitopatógeno. O número total de fragmentos gerados com cada um dos oligonucleotídeos variou entre 41 e 77 fragmentos. Os oligonucleotídeos URP-17R, URP-30F, URP-32F e URP-6R apresentaram maior índice de fragmentos polimórficos. Os isolados apresentaram uma grande diversidade intra-especifíca entre os oligonucleotideos iniciadores URP e entre os conídios monospóricos. A análise forneceu informações relevantes sobre a variabilidade genética e a relação entre os isolados de B. sorokiniana. / Leaf spot disease or helmintosporiosis is one of the most important diseases of wheat cultures caused by the phytopathogem Bipolaris sorokiniana. It is responsible for great economic loss of wheat cultivation worldwide. This fungus presents a great morphologic, physiologic and genetic diversity. The aim of this study was to characterize the molecular diversity of B. sorokiniana monosporic isolates isolated from seeds from Brazil and other countries. For this purpose 60 monosporic isolates were used. The genomic DNA of this isolates were submitted to PCR amplification using 12 universal primers built from repeated sequences of rice genome (URP). The analysis of the amplification profile were calculated by Unweighted Pair Group Arithmetic Mean (UPMGA) Method. The PCR-URP method provided important information about the genetic profile to the monosporic culture, showing distinctions between the three spore isolates of the same polysporic strain. The primers URP-30F, URP-6R, URP-17R and URP-38F were able to amplify a higher percentage of the isolates been the more efficient in the study of this phytopathogen. However, the primers URP-13R and URP-32F have shown a lower amplification profile between the B. sorokiniana isolates. The number of fragments that resulted from the amplification of each primer had varied between 41 and 77 fragments. The primers URP-17R, URP-30F, URP-32F and URP-6R generated a higher number of polymorphic fragments with the isolates. The analysis provided relevant information about the variability and genetic relationship between B. sorokiniana isolates.
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