Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Resumo: Os protozoários do gênero Leishmania causam leishmaniose, uma doença tropical negligenciada, que se apresenta de diferentes formas clínicas e que acomete milhões de pessoas no Brasil e no mundo. Até o momento não existe nenhuma vacina ou tratamento eficientes para leishmaniose e por isso, estudos que contribuam para o entendimento da biologia e fisiologia do parasito podem fornecer uma possibilidade de encontrar novos alvos terapêuticos. Este é o caso dos telômeros, cuja função principal é manter a estabilidade do genoma que se perturbada pode afetar diretamente a proliferação ou multiplicação dos parasitos. Os telômeros são estruturas nucleoprotéicas localizadas nas extremidades dos cromossomos, mantidos pela enzima telomerase. Eles são regulados por diversos processos entre os quais se encontram alguns longos RNAs não codificadores (lncRNA). Entre os lncRNAs com função telomérica está o TER (RNA Telomerase) o qual é um dos principais componentes do complexo telomerase, pois contém uma pequena sequência molde a qual é copiada pela telomerase durante a replicação dos telômeros, o TER foi recentemente identificado em Leishmania spp., porém se desconhece a sua função e biogênese. Outro RNA não codificante com função telomérica é o TERRA (Repetições Teloméricas contendo RNA), os quais são essenciais para a manutenção dos telômeros. Até o momento, identificamos a presença do TERRA expressos a partir das extremidades cromossômicas nas diferentes fases de desenvolvimento (amastigot... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Protozoan from Leishmania genus are the etiologic agents of leishmaniasis, a tropical disease that presents different clinical manifestations and affect million people in Brazil and in the world. There are no eficiente vacines nor treatment protocols against leishmaniasis, therefore, it is crucial to improve the knowledge about Leishmania molecular biology and physiology for the development of new therapies. Actually, telomeres have been considered potential molecular targets as they are responsible to maintain genome stability. Leishmania telomeres similarly to other eukaryotes, are nucleoprotein structures found at the end of the chromosomes maintained by telomerase. They can be regulated by different mechanisms such as the action of long non-coding telomeric RNAs (lncRNAs). Among the telomeric lncRNAs are the telomerase RNAcomponent (TER) which is crucial for telomerase activity because it contains the template sequence that is copied by telomerase during telomere elongation. TER was recently identified in Leishmania although there is no information about its function and biogenesis.TERRA, the Telomere Repeat containing RNA is other telomeric RNA that it is involved with telomere length regulation telomere damage response and alterations in the composition of telomeric chromatin and is essential for telomere maintenance. In this work, we identified TERRA transcripts in the three Leishmania developmental stages (amastigote, promastigote e metacyclic). We interrogate three i... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Thesis (Ph.D. in Biochemistry) -- University of Colorado Denver, 2007. / Typescript. Includes bibliographical references (leaves 191-200). Free to UCD affiliates. Online version available via ProQuest Digital Dissertations;

- / -

- / -

- / -

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-12-16Bitstream added on 2014-06-13T20:24:24Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_am_dr_rcla.pdf: 1319026 bytes, checksum: b6ad03694a53b696678fbabde842876e (MD5) / O presente trabalho teve por objetivo otimizar a autólise de levedura fresca de cervejaria (Saccharomyces cerevisiae), visando a extração máxima de ácido ribonucléico da biomassa na produção do extrato de levedura. As variáveis estudadas foram pH, temperatura, % de NaCl, % de NH3, tempo de processo e, métodos de recuperação de RNA do autolisado. Os experimentos foram realizados por meio de quatro ensaios delineados segundo Box & Benken (1989) e avaliado pela Metodologia da Superfície de Resposta, utilizando-se o Software Statística 5.1 e a análise estatística ANOVA. A otimização foi concluída por meio do quinto ensaio com a produção do extrato nas condições otimizadas (55,2ºC, 9,8% de NaCl em pH=5,1 por 24 horas e, 12,2% de NH3 a 60ºC sob agitação a 200 rpm/15minutos. Três métodos foram avaliados para recuperação do RNA e das frações de extrato e parede celular: 1) autólise/plasmólise; 2) choque térmico por 1 minuto a 68ºC seguido da autólise/plasmólise 3) hidrólise química alcalina. Pelo processo de autólise em combinação com 9,8% de NaCl, a taxa de extração de RNA em 24 horas foi de 89,7%, com um rendimento de 51,3% em massa de extrato com 57,9% de proteína e, 48,7% de parede celular desidratada com 21,7 % de proteína. A utilização de 12,2% de NH3 em base seca de levedura permitiu o aumento na taxa de extração de RNA de 89,7 para 93,6%, mas um forte escurecimento foi verificado no extrato obtido. Na recuperação do RNA após precipitação protéica em pH 4,3 com posterior uso de 2 volumes de etanol em pH=2, recuperou-se 15,47%, 13,80% e 7,42% de RNA respectivamente com purezas de 49,85%, 51,70% e 38,70%. As taxas de extração de RNA da biomassa foram de 87,45% para o método 1; 91,40% para o método 2 e 78,80% para o terceiro método, indicando uma boa alternativa para redução do teor de RNA da biomassa e produção do extrato rico... / The present work had for objective to optimize the autolysis of fresh brewery’s yeast (Saccharomyces cerevisiae), aiming the maximum extraction of ribonucleic acid of biomass in the yeast extract production. The studied variables were pH, temperature, % of NaCl, % NH3, processing time and RNA recovering methods from autolysed. The experiments were accomplished by mean of four delineated assays according to Box & Benken (1989) and evaluated by Surface Methodology of Answer, utilizing the software Statistica 5.1. and the analysis statistics “ANOVA”. The optimization was concluded by mean of the fifth assay with an extract production in the optimized conditions (55.2ºC, 9.8% of NaCl in pH 5.1 for 24 hours and, 12.2% of NH3 at 60ºC under agitation at 200 rpm/15 minutes. Tree methods were evaluated for RNA recovering and of the extract fractions and cell wall: 1) autolysis/plasmolysis; 2) thermic shock during 1 minute at 68ºC followed of autolysis/plasmolysis; 3) alkaline chemical hydrolysis. The process of autolysis in combination with 9.8% of NaCl, the RNA extraction yield in 24 hours was of 89.7%, with a yield of 51.3% in extract mass with 57.9% of protein and, 48.7% of dehydrated cell wall with 21.7% of protein. The utilization of 12.2% of NH3 in dried base of yeast allowed the increase in the RNA yield extraction from 89.7 to 93.6%, but a strong darkness was observed in the obtained extract. The RNA recovering after 4.3 pH proteic precipitation with posterior use of 2 ethanol volumes in pH 2.0, it was recovered 15.47%, 13.8% and 7.42% of RNA respectively with purities of 49.85%, 51.70% and 38.70%. The RNA extraction yields of biomass were of 87.45% for the method 1; 91.40% for the method 2 and 78.80% for the third method, indicating a good alternative for RNA content reduction of biomass and rich extract production in nucleotides. The extract fractions were evaluated... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Pedro de Oliva Neto / Banca: Iolanda Cristina Silveira Duarte / Banca: Maria das Graças de Almeida Felipe / Banca: Eleonora Cano Carmona / Banca: Crispin Humberto Garcia Cruz / Resumo: O presente trabalho teve por objetivo otimizar a autólise de levedura fresca de cervejaria (Saccharomyces cerevisiae), visando a extração máxima de ácido ribonucléico da biomassa na produção do extrato de levedura. As variáveis estudadas foram pH, temperatura, % de NaCl, % de NH3, tempo de processo e, métodos de recuperação de RNA do autolisado. Os experimentos foram realizados por meio de quatro ensaios delineados segundo Box & Benken (1989) e avaliado pela Metodologia da Superfície de Resposta, utilizando-se o Software Statística 5.1 e a análise estatística ANOVA. A otimização foi concluída por meio do quinto ensaio com a produção do extrato nas condições otimizadas (55,2ºC, 9,8% de NaCl em pH=5,1 por 24 horas e, 12,2% de NH3 a 60ºC sob agitação a 200 rpm/15minutos. Três métodos foram avaliados para recuperação do RNA e das frações de extrato e parede celular: 1) autólise/plasmólise; 2) choque térmico por 1 minuto a 68ºC seguido da autólise/plasmólise 3) hidrólise química alcalina. Pelo processo de autólise em combinação com 9,8% de NaCl, a taxa de extração de RNA em 24 horas foi de 89,7%, com um rendimento de 51,3% em massa de extrato com 57,9% de proteína e, 48,7% de parede celular desidratada com 21,7 % de proteína. A utilização de 12,2% de NH3 em base seca de levedura permitiu o aumento na taxa de extração de RNA de 89,7 para 93,6%, mas um forte escurecimento foi verificado no extrato obtido. Na recuperação do RNA após precipitação protéica em pH 4,3 com posterior uso de 2 volumes de etanol em pH=2, recuperou-se 15,47%, 13,80% e 7,42% de RNA respectivamente com purezas de 49,85%, 51,70% e 38,70%. As taxas de extração de RNA da biomassa foram de 87,45% para o método 1; 91,40% para o método 2 e 78,80% para o terceiro método, indicando uma boa alternativa para redução do teor de RNA da biomassa e produção do extrato rico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present work had for objective to optimize the autolysis of fresh brewery's yeast (Saccharomyces cerevisiae), aiming the maximum extraction of ribonucleic acid of biomass in the yeast extract production. The studied variables were pH, temperature, % of NaCl, % NH3, processing time and RNA recovering methods from autolysed. The experiments were accomplished by mean of four delineated assays according to Box & Benken (1989) and evaluated by Surface Methodology of Answer, utilizing the software Statistica 5.1. and the analysis statistics "ANOVA". The optimization was concluded by mean of the fifth assay with an extract production in the optimized conditions (55.2ºC, 9.8% of NaCl in pH 5.1 for 24 hours and, 12.2% of NH3 at 60ºC under agitation at 200 rpm/15 minutes. Tree methods were evaluated for RNA recovering and of the extract fractions and cell wall: 1) autolysis/plasmolysis; 2) thermic shock during 1 minute at 68ºC followed of autolysis/plasmolysis; 3) alkaline chemical hydrolysis. The process of autolysis in combination with 9.8% of NaCl, the RNA extraction yield in 24 hours was of 89.7%, with a yield of 51.3% in extract mass with 57.9% of protein and, 48.7% of dehydrated cell wall with 21.7% of protein. The utilization of 12.2% of NH3 in dried base of yeast allowed the increase in the RNA yield extraction from 89.7 to 93.6%, but a strong darkness was observed in the obtained extract. The RNA recovering after 4.3 pH proteic precipitation with posterior use of 2 ethanol volumes in pH 2.0, it was recovered 15.47%, 13.8% and 7.42% of RNA respectively with purities of 49.85%, 51.70% and 38.70%. The RNA extraction yields of biomass were of 87.45% for the method 1; 91.40% for the method 2 and 78.80% for the third method, indicating a good alternative for RNA content reduction of biomass and rich extract production in nucleotides. The extract fractions were evaluated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-01-20T15:41:36Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Amanda Gabrielle da Silva - 2015.pdf: 1218291 bytes, checksum: 56dd4b22c77bb02a83c9d20a4cc4e0ce (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-21T07:54:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Amanda Gabrielle da Silva - 2015.pdf: 1218291 bytes, checksum: 56dd4b22c77bb02a83c9d20a4cc4e0ce (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T07:54:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Amanda Gabrielle da Silva - 2015.pdf: 1218291 bytes, checksum: 56dd4b22c77bb02a83c9d20a4cc4e0ce (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-09-09 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Considering potential molecular methods for diagnostic and/or therapeutic purpose of infectious human diseases, such as dengue, highlights the systematic evolution of ligands by exponential enrichment, known as SELEX. In this method, ligands to a target are exponentially enriched generating aptamers of DNA or RNA with high specificity, being considered as artificial antibodies. In this work, we aimed to realize the isolation of aptamers binding to 3'-UTR (untranslated region) of the RNA from dengue virus (DENV), because present important conformational structures that act as functional elements into RNA necessary in the infectious process. Total RNA of C6/36 infected cells was extracted, submitted to reverse transcription reaction to obtain viral cDNA (serotypes 2 and 3) and amplified by symmetric and/or asymmetric PCR technique to produce the 3’-UTR from DENV as target, generating RNA-like by containing deoxyuridine triphosphate (dUTP) and biotin in the 5’ region of the target. The random library of RNA ligands was obtained by sonication of a pool from human genomic DNA used in three successive PCR, and in the last reaction was introduced the promoter of T7 RNA polymerase, presenting fragments ranging from 80 to 600-bp. Eight rounds of selection were performed between the target and the library by using paramagnetic particles coated with streptavidin. For each round, after the incubation, the non-ligands were removed by using magnetic platform, and the ligands were eluted with NaOH. The eluted ligands were precipitated, submitted to RT-PCR and transcription in vitro, completing one round of selection. For analysis of variability of ligands, the product obtained from the eighth round was cloned and fourteen clones were randomly selected for amplification. The results demonstrated that the aptamers presented sizes with estimated molecular weights varying from 80 to 100-bp. These data indicated the viability of aptamers isolation against conformational elements present in the 3'-UTR of RNA from dengue virus, which may contribute to future research focusing on prevention and/or control of the disease. / Dentre os potenciais métodos moleculares para o diagnóstico e/ou terapêutica de doenças que acometem a saúde humana, tais como a dengue, destaca-se a seleção de ligantes pela utilização da química combinatória, conhecida como SELEX. Nesse método, os ligantes a um alvo são enriquecidos exponencialmente tendo como produto final a obtenção de aptâmeros de DNA ou RNA com elevada especificidade, sendo considerados como anticorpos artificiais. No presente trabalho foi realizado o isolamento de aptâmeros de RNA ligantes à extremidade 3’-UTR (untranslated region) do RNA do vírus da dengue (DENV), por apresentar elementos de RNA conformacionais e funcionais importantes no processo infeccioso. A partir do RNA extraído de células C6/36 infectadas foi feita a transcrição reversa (RT) para produção de cDNA viral (sorotipos 2 e 3) e amplificação por PCR simétrica e/ou assimétrica para a produção do alvo 3’-UTR do DENV, na forma de RNA-like por conter desoxiuridina trifosfatada (dUTP) e biotina na extremidade 5’. A biblioteca randômica de ligantes de RNA foi obtida por sonicação de um pool de DNA genômico humano utilizado como alvo em três PCRs sucessivas sendo que na última reação foi introduzido o promotor da T7 RNA polimerase e cujos fragmentos variaram de 80 a 600-pb. Foram realizados oito rounds de seleção entre alvo e biblioteca utilizando partículas paramagnéticas revestidas com estreptavidina. A cada round, após o período de incubação, os oligonucleotideos não ligantes foram removidos com o auxílio de plataforma magnética, e os ligantes foram eluídos com NaOH. Os ligantes eluídos foram precipitados e submetidos à RT-PCR e transcrição in vitro, finalizando um round de seleção. Para verificar a variabilidade de ligantes, o produto do oitavo round foi clonado e 14 clones foram selecionados aleatoriamente para amplificação. Os resultados demonstraram que os aptâmeros isolados possuem tamanhos distintos, com pesos moleculares estimados variando de 80 a 100-pb. Os dados aqui obtidos indicaram a viabilidade do processo de isolamento de aptâmeros para elementos conformacionais presentes na extremidade 3’-UTR do RNA do vírus da dengue os quais poderão contribuir para pesquisas futuras com foco na prevenção e/ou controle da doença.

Orientadores: Lucimara Gaziola de la Torre, Patrícia Cruz Bergami-Santos / O texto da introdução e conclusão estão na lingua portuguesa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química / Made available in DSpace on 2018-08-22T15:41:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vitor_MicaelaTamara_M.pdf: 6469643 bytes, checksum: c14b8646a57fec71cc1e0eac8a82cddb (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Esta pesquisa teve como objetivo o desenvolvimento tecnológico de uma vacina lipossomal contendo RNA tumoral destinado à imunoterapia do câncer. Nesta estratégia, RNA total codificando o antígeno tumoral Her-2/neu extraído de linhagem de células de adenocarcinoma de mama humano SK-BR-3 foram incorporados em lipossomas catiônicos introduzidos in vitro em células dendríticas (DCs). A vacina de DCs tem a função de auxiliar o sistema imunológico a identificar antígenos tumorais para que as células cancerígenas sejam eliminadas. Porém uma das etapas críticas é a introdução (transfecção) de RNA nas DCs. Lipossomas catiônicos é uma alternativa promissora, pois além de ativarem as DCs, é capaz mediar a transfecção de ácidos nucléicos para células. A experiência prévia do grupo de pesquisa na área de lipossomas catiônicos mostrou a possibilidade da obtenção de lipossomas em larga escala para o desenvolvimento de vacina de DNA contra a tuberculose. Neste contexto, este trabalho avaliou os lipossomas catiônicos com a composição lipídica de fosfatidilcolina natural de ovo (EPC), 1,2-dioleoil-sn-glicero-3-fosfatidiletanolamina (DOTAP) e 1,2-dioleoil-3-trimetilamônio-propano (DOPE), na respectiva proporção molar de 50/25/25%. Metodologicamente, o trabalho foi dividido em quatro partes: na primeira parte foi apresentada uma visão geral do trabalho desenvolvido, demonstrando o potencial dos lipossomas catiônicos complexados com RNA na imunoterapia do câncer. Na segunda parte do trabalho investigaram-se os efeitos dos lipossomas produzidos através do processo laboratorial na diferenciação/maturação das DCs in vitro e as DCs estimuladas por estes lipossomas, na indução da proliferação de linfócitos T, resultando em lipossomas catiônicos incorporados pelas DCs, com a capacidade de ativar as DCs in vitro e de induzir proliferação de linfócitos T. A terceira parte do trabalho teve como finalidade a otimização da produção dos lipossomas catiônicos obtidos através do método de injeção de etanol utilizando a ferramentas estatísticas, obtendo lipossomas com menor polidispersidade e tamanho, que demonstraram in vitro serem incorporadas e ativarem as DCs e induzirem a proliferação de linfócitos T. A última etapa refere-se ao estudo da incorporação do RNA nos lipossomas catiônicos produzidos através do processo escalonado otimizado e comparado com o laboratorial no intuito de serem internalizados pelas DCs, transfectar o RNA e induzir a proliferação de linfócitos T através das DCs. Os resultados demonstraram que os complexos foram internalizados pelas DCs e que estas são capazes de induzir a proliferação de linfócitos T, porém há necessidade de se obter a condição ótima de transfecção. Dessa forma, conclui-se que os lipossomas catiônicos em questão têm potencial para serem usados como ferramenta em futuras estratégias na imunoterapia do câncer / Abstract: This research aimed at the technological development of a liposomal vaccine containing tumor RNA for cancer immunotherapy. In this strategy, total RNA encoding the Her-2/neu tumor antigen extracted from cell line of human breast adenocarcinoma SK-BR-3 were incorporated into cationic liposomes, which were introduced in vitro into dendritic cells (DCs). DCs vaccine has the function of helping the immune system to identify tumor antigens in order to eliminate cancerous cells. However, one of the critical steps is the introduction (transfection) of RNA in DCs. Cationic liposomes are a promising alternative, because besides activating DCs, they are able to mediate transfection of nucleic acids into cells. Previous work of our research group in the cationic liposomes field developed a liposomal nanostructure obtained by a scale up process containing DNA vaccine against tuberculosis. In this context, this work evaluated the cationic liposomes composed by egg phosphatidylcholine (EPC), 1,2-dioleoyl-3-trimethylammonium propane (DOTAP) and 1,2-dioleoylphosphatidylethanolamine (DOPE), at 50/25/25% molar proportion respectively. Methodologically, the present work was carried out in four mean steps: in the first step, it was carried out an overview of all work, showing the relevancy of cationic liposomes complexed with RNA for cancer immunotherapy. The second part of this work investigated the effects of liposomes produced via laboratory process upon DCs differentiation/maturation in vitro and induction of T lymphocytes proliferation by DCs stimulated with these liposomes, resulting in cationic liposomes incorporated by DCs, capable to activate DCs in vitro and to induce proliferation of T lymphocytes. The third part of the work aimed at optimizing the production of cationic liposomes obtained via the ethanol injection method using statistical tools, obtaining liposomes with smaller size and polydispersity, which demonstrated to be incorporated and activate DCs in vitro and to induce T lymphocytes proliferation. The last step refers to the study of RNA incorporation in the cationic liposomes produced via optimized scalable process compared to the laboratory process in order to be internalized by DCs, transfected RNA and to induce T lymphocytes proliferation by DCs. The results showed that the complexes were internalized by DCs and they are able to induce T lymphocytes proliferation, however we still have to obtain the optimal transfection condition. In sum, we conclude that the cited cationic liposomes can be used as a potential tool in further strategies in cancer immunotherapy / Mestrado / Desenvolvimento de Processos Biotecnologicos / Mestra em Engenharia Química

No description available.