Os norovírus (NV) são uma importante causa de hospitalização infantil. Crianças internadas por gastroenterite por NV (GENV) são consideradas portadoras de diarreia grave. O objetivo desse estudo, realizado na cidade do Rio de Janeiro, Brasil, é descrever as características clínicas e a frequência da diarreia por NV em crianças hospitalizadas, comparando as taxas de detecção de NV em crianças vacinadas e não vacinadas contra rotavírus (Rotarix). Foram coletadas 659 amostras de fezes de igual número de crianças e encaminhadas para análise pela reação em cadeia pela polimerase, precedida de transcrição reversa no período de janeiro de 2004 a dezembro de 2009. O percentual de amostras positivas para os NV foi de 27,3% nesse período. Das 180 amostras positivas para NV, 55% tiveram origem na comunidade (aqCo) e 45% foram de aquisição nosocomial (aqNo). O percentual de GENV nos dois anos anteriores (2004 e 2005) à introdução da vacina Rotarix foi de 28,3%, sendo 11,3% o percentual de amostras aqCo. Nos dois anos posteriores (2008 e 2009), a GENV significou 24,4%, e as amostras aqCo foram 14,9% (p<0,05). Em 647 crianças, 494 não receberam a vacina Rotarix, enquanto 151 crianças receberam, pelo menos, uma dose. O percentual de GENV foi de 23,8% e 39,7%, respectivamente (p<0,05). Apesar do comportamento sazonal dos casos de GENV aqCo, esse fato não teve significância estatística. Das 180 crianças, 61,6% tinham peso &#8804; p10 do NCHS, 82,2% tinham idade &#8804; 5anos. As crianças com idade &#8804; 2 anos foram mais acometidas nos casos de aqCo do que àquelas de aqNo (p<0,05). Foram observados em 82 crianças: vômitos (73,2%), febre (54,9%), tosse (20,7%), coriza (2,2%), sangue nas fezes (8,5%), erupção cutânea (4,9%) e broncoespasmo (7,3%). Houve significância estatística com relação à frequência maior de febre, coriza, tosse e broncoespasmo nas crianças com GENV de aqCo do que naquelas de aqNo (p<0,05). De 69 crianças, 73,9% apresentaram desidratação e, dessas, 76,5% necessitaram de hidratação venosa. Esses dados tiveram significância estatística, representada por maiores percentuais nas crianças com GENV de aqCo do que naquelas de aqNo (p<0,05). Esse estudo demonstra que os NV foram um importante agente etiológico nos casos de gastroenterites em crianças hospitalizadas e responsável por altas taxas de infecções nosocomiais. Estatisticamente, não foi comprovada uma tendência de aumento dos casos de GENV no período do estudo, como também do aumento da frequência de GENV nos anos posteriores em relação aos anos anteriores à introdução da vacina Rotarix no Brasil em 2006. No entanto, houve significância estatística quando foi avaliado o percentual de GENV em crianças hospitalizadas vacinadas e não vacinadas contra RV. Um aumento dos casos de GENV em crianças poderá vir a acontecer nos próximos anos, quando é esperado que um número maior de crianças será vacinado contra RV. Tosse, coriza e broncoespasmo são sintomas que devem ser mais detalhadamente investigados. Estratégias de prevenção contra a disseminação dos NV são condutas importantes em unidades de internação. Uma vacina eficaz contra norovírus pode ser um benefício significativo para reduzir o percentual de crianças hospitalizadas por diarreia. / Noroviruses (NV) are a major cause of infant hospitalization. Children hospitalized for gastroenteritis NV (NVGE) are considered to have severe diarrhea. The purpose of this study, conducted in the city of Rio de Janeiro, Brazil, is to describe the clinical characteristics and frequency of norovirus diarrhea in hospitalized children, comparing the rates of detection of NV in vaccinated and unvaccinated children against rotavirus (RV). We collected 659 fecal samples from equal numbers of children and sent for analysis by polymerase chain reaction, reverse transcription from January 2004 to December 2009. The percentage of samples positive for NV was 27.3% in this period. Of the 180 samples positive for NV, 55% meant source community (Coaq) and 45% of nosocomial acquisition (Noaq). The percentage of NVGE the previous two years (2004 and 2005) the introduction of the vaccine against RV was 28.3% and 11.3% represented the percentage of samples Coaq. In the two subsequent years (2008 and 2009), NVGE meant to 24.4%, and the samples were Coaq 14.9% (p <0.05). In 647 children, 494 received no vaccine against RV while 151 children received at least one dose. The percentage of NVGE was 23.8% and 39.7%, respectively (p <0.05). Despite the seasonal behavior of NVGE aqCo cases, this did not reach statistical significance. Of the 180 children, 61.6% had weight &#8804; p10 NCHS, 82.2% were aged &#8804; 5 years old. Children aged &#8804; 2 years were most affected in cases of Coaq than those of Noaq (p <0.05). Were observed in 82 children: vomiting (73.2%), fever (54.9%), cough (20.7%), coryza (2.2%), blood in stools (8.5%), rash (4.9%) and bronchospasm (7.3%). There was statistical significance with respect to the higher frequency of fever, coryza, coughing and wheezing in children with NVGE of Coaq than those of Noaq (p <0.05). Of 69 children, 73.9% had dehydration and of these, 76.5% required intravenous hydration. These data were statistically significant, represented by the highest percentage of children with NVGE of Coaq than those of Noaq (p <0.05). This study demonstrates that the NV were an important etiologic agent in cases of gastroenteritis in hospitalized children and responsible for high rates of nosocomial infections. Statistically, , it was not shown a tendency to increase in cases of NVGE during the study period, as well as the increased frequency NVGE in later years relative to years prior to the introduction of RV vaccine in Brazil. However, statistical significance was assessed as the percentage of NVGE in hospitalized children vaccinated and unvaccinated against RV. An increase in cases of children in NVGE could happen in the next few years, when it is expected that a greater number of children will be vaccinated against RV. Cough, coryza and wheezing are symptoms that should be further investigated. Strategies for preventing the spread of NV are important conduits in inpatient units. An effective vaccine against norovirus can be a significant benefit to reduce the percentage of children hospitalized for diarrhea.

A diarréia por rotavírus tem sido umas das principais causas de mortalidade infantil. Pesquisas, que relatam a presença de IgA no leite e colostro humanos reativos com o rotavírus. Nosso objetivo foi avaliar a presença de anticorpos IgA anti-G3P[2] em amostras de leite e colostro e anti-G9P[8] em amostras de leite pela técnica de ELISA, verificar sua capacidade neutralizante e analisar a reatividade pelo Immunoblotting. Todas as amostras apresentaram anticorpos detectados pelo ELISA e neutralização do vírus G3P[2] e G9P[8]. Não foi observada correlação entre os títulos de ELISA e os neutralizantes para G3P[2], mas para o sorotipo G9P[8] foi possível estabelecer uma correlação significante. As amostras reconheceram frações do antígeno viral no ensaio de Immunoblotting, mas não foi possível estabelecer uma correlação entre altos títulos e alguma fração antigênica específica. Este trabalho fornece subsídios para avaliações das estratégias de vacinação. / The rotavirus diarrhea is one of the main causes of infant mortality. Studies have shown the presence of IgA in milk and colostrum reactive with human rotavirus. Our aim was to evaluate the presence of IgA anti-G3P[2] in milk and colostrum samples and anti-G9P[8] in milk ones, evaluate the IgA reactivity by ELISA and evaluate the IgA reactivity by immunoblotting. In addition, this work aimed to verify the neutralizing all titles of the samples. All of them had antibodies reactive with G3P[2] and G9P[8] and showed varied neutralization titles. There was a significant correlation between anti-G9P[8] IgA titers and the neutralizing ones, but the same was not observed for serotype G3P[2]. All samples recognized some viral antigenic fraction in immunoblotting test, but it was not possible establish a correlation between high antibodies levels and some specific antigenic fraction. This approach may be important for studies concerning vaccination strategies.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-11-24T12:08:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-12-01T14:57:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T14:57:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_RotavirusGrupoAssociado.pdf: 2321435 bytes, checksum: 5d7f4e71d83f157a0d44069765101d96 (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / A gastrenterite aguda (GA) é uma das principais causas de morbidade e mortalidade, sendo o rotavírus um dos agentes causadores de GA, o qual é responsáveis por cerca de 38,3% dos casos de hospitalizações, resultando em 197.000 óbitos de crianças menores de cinco anos anualmente, principalmente nos países em desenvolvimento. O rotavírus pertence à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possuem genoma dividido em 11 segmentos de RNA de fita dupla (dsRNA) e é classificado em oito grupos/espécies sorológicos distintos (A ao H). O mais comumente encontrado pertence ao grupo/espécie A (RVA), contudo o rotavírus do grupo/espécie C (RVC) vem assumindo importância nas gastrenterites e, geralmente, se relaciona a quadros de diarreia infantil de curso autolimitado, com possível transmissão de suínos. Este estudo visou detectar o RVC em crianças menores de três anos de idade hospitalizadas com gastrenterite aguda em Belém, Pará. Para tanto, de maio de 2008 a abril de 2011, uma vigilância intensiva para gastrenterite aguda (GA) foi realizada em um hospital pediátrico de Belém. Foram coletadas amostras de fezes de crianças com GA, das quais 279 amostras apresentavam resultados negativos para RVA e/ou norovírus (NoV). Nestas, o ácido nucléico foi extraído a partir da suspensão fecal pelo método de sílica sendo reversamente transcrito e amplificado por reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando os pares de iniciadores G8S/G8A para VP7; C1/C4 para VP6; T434/T435 para VP4; e NSP4(+)/(-) para NSP4. O Controle positivo (protótipo Cowden) e o negativo (água) foram utilizados em todos os testes. Foi realizado o sequenciamento automático e a análise filogenética subsequente. Os dados foram analisados através de testes estatísticos de qui-quadrado partição, exato de Fisher e regressão logística simples com valores de p ≤ 0,05. A positividade para o RVC foi de 2,1% (6/279) pelo EGPAe RT-PCR. Posteriormente, foram submetidas ao sequenciamento automático e classificadas nos genótipos I2, G4, P[2] e E2 para os genes VP6, VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. A frequência de RVC foi maior na faixa etária de 24 a 36 meses (5,7%) com p estatisticamente significativo (p = 0,0493). O gênero mais acometido pelo RVC foi o masculino com frequência de 83,3%. Os sinais e/ou sintomas clínicos mais frequentes em crianças com RVC foi febre (80%), vômito (83,3%) e desidratação (100%). Portanto, neste estudo foi possível a caracterização e análise filogenética de VP6, VP7, VP4 e NSP4 desse vírus em crianças hospitalizadas com gastrenterite, fornecendo dados importantes quanto à circulação desses agentes em crianças hospitalizadas com gastrenterite na região metropolitana de Belém, Pará. / Acute gastroenteritis (AG) is a major cause of morbidity and mortality of children worldwide, being rotavirus one of the causative agents of AG, responsible for about 38.3% of the cases of hospitalization, resulting in 197,000 deaths of children under five years annually, mostly in developing countries. Rotavirus belongs to the family Reoviridae, genera Rotavirus, have genome composed by 11 segments of double-stranded RNA (dsRNA) and are classified into eight groups/different species (A to H).The most commonly found belongs to the group/species A (RVA), however rotavirus group/species C (RVC) has assumed importance in gastroenteritis and usually relate to self-limiting course of childhood diarrhea, with possible transmission from pigs. This study aims to detect the RVC in children less than three years of age hospitalized with acute gastroenteritis in Belém city, Pará state, Amazon region, Brazil. From May 2008 to April 2011, an intensive surveillance for AG was performed in a pediatric hospital of Belém in children with AG, of which 279 samples had negative results for RVA and norovirus. Accordingly, the nucleic acid was extracted from the fecal suspension with silica by the method of reverse transcribed and amplified by polymerase chain reaction (PCR) using primer pairs specific for the VP7 gene G8S/G8A; C1/C4 for VP6; T434/T435 for VP4; and NSP4 (+)/(-) specific for NSP4 gene. The positive control (prototype Cowden) and negative control (water RNAse free) were used in all tests. Automatic sequencing and subsequent phylogenetic analysis were performed. Data were analyzed using statistical chi-square partition, Fisher's exact test and simple logistic regression with p values ≤ 0.05. The positive rate for RVC was 2.1% (6/279) by PAGE and RT-PCR and posteriorly, submitted to automated sequencing and classified in genotypes I2, G4, P[2] and E2 for VP6, VP7, VP4 and NSP4 genes, respectively. The frequency of RVC was higher in the age group between 24 to 36 months (5.7%) (p= 0.0493). Gender more affected by RVC was the male with a frequency of 83.3%. Signs and/or symptoms most frequent in children with RVC were fever (80%), vomiting (83.3%) and dehydration (100%). In summary, in this study it was possible the characterization and phylogenetic analysis of VP6, VP7, VP4 and NSP4 genes, providing important data regarding the presence of these agents in hospitalized children with gastroenteritis in the metropolitan region of Belém, Pará.

A diarréia por rotavírus tem sido umas das principais causas de mortalidade infantil. Pesquisas, que relatam a presença de IgA no leite e colostro humanos reativos com o rotavírus. Nosso objetivo foi avaliar a presença de anticorpos IgA anti-G3P[2] em amostras de leite e colostro e anti-G9P[8] em amostras de leite pela técnica de ELISA, verificar sua capacidade neutralizante e analisar a reatividade pelo Immunoblotting. Todas as amostras apresentaram anticorpos detectados pelo ELISA e neutralização do vírus G3P[2] e G9P[8]. Não foi observada correlação entre os títulos de ELISA e os neutralizantes para G3P[2], mas para o sorotipo G9P[8] foi possível estabelecer uma correlação significante. As amostras reconheceram frações do antígeno viral no ensaio de Immunoblotting, mas não foi possível estabelecer uma correlação entre altos títulos e alguma fração antigênica específica. Este trabalho fornece subsídios para avaliações das estratégias de vacinação. / The rotavirus diarrhea is one of the main causes of infant mortality. Studies have shown the presence of IgA in milk and colostrum reactive with human rotavirus. Our aim was to evaluate the presence of IgA anti-G3P[2] in milk and colostrum samples and anti-G9P[8] in milk ones, evaluate the IgA reactivity by ELISA and evaluate the IgA reactivity by immunoblotting. In addition, this work aimed to verify the neutralizing all titles of the samples. All of them had antibodies reactive with G3P[2] and G9P[8] and showed varied neutralization titles. There was a significant correlation between anti-G9P[8] IgA titers and the neutralizing ones, but the same was not observed for serotype G3P[2]. All samples recognized some viral antigenic fraction in immunoblotting test, but it was not possible establish a correlation between high antibodies levels and some specific antigenic fraction. This approach may be important for studies concerning vaccination strategies.

Segundo a OMS as gastroenterites agudas são a segunda maior causa de morte de crianças no mundo. Este cenário é mais grave em países em desenvolvimento. Presume-se que a grande maioria das hospitalizações e mortes por gastroenterites agudas são causadas pela rotavirose. No ano de 2009 a OMS recomendou a vacinação internacional de crianças de 0-5 anos devido ao sucesso das campanhas de vacinação em países que adotaram esta política pública. Atualmente há uma variedade de vacinas para o rotavírus, tornando a avaliação do custobenefício destas vacinas desejável. O objetivo deste trabalho é adaptar um modelo da dinâmica da transmissão que possa contribuir com estas avaliações de custo-benefício. Para tanto foi adotada a abordagem ampla com ênfase na análise quantitativa da dinâmica da doença. O método consistiu em adaptar um modelo compartimental de referência da literatura internacional sobre modelagem de doenças com protocolo de vacinação. Este modelo de referência foi estudado e simulado para diferentes valores para posteriormente se imputar os parâmetros do modelo com os valores estimados para a rotavirose no Estado de São Paulo. Os resultados foram comparados com os valores obtidos dos dados do Datasus. Como resultado foram estimados alguns parâmetros da infecção e de seu comportamento dinâmico com informações da literatura. Conclui-se que são necessários mais estudos que possam caracterizar melhor a infecção no Estado de São Paulo, para que com isto se possa estimar melhor a infecção / According to WHO, acute gastroenteritis is the second leading cause of death for children in the world. This scenario is more serious in developing countries. It is assumed that the vast majority of hospitalizations and deaths from acute gastroenteritis are caused by rotavirus. In 2009, WHO recommended the international vaccination of children aged 0-5 due to the success of vaccination campaigns in countries that adopted this public policy. Currently, there are a variety of rotavirus vaccines, making the cost-benefit assessment of these vaccines desirable. The purpose of this paper is to contribute to these cost-benefit assessments. For that, a broad approach was adopted with emphasis on the quantitative analysis of the dynamics of the disease. The method consisted of adopting a compartmental model of the international literature on disease modelling. This reference model was studied, simulated for different values to later assign the parameters of the model to the estimated values for rotavirus in the State of São Paulo. The results were compared with the data obtained from Datasus. As a result of this work, some parameters of the infection have been estimated and it was studied the dynamic behaviour of the disease using the information available in the literature. It is concluded that further studies are needed to better characterize the infection in the State of São Paulo so that it is possible to better estimate the infection

A criação industrial de avestruzes no Brasil tem crescido nos últimos anos, mas avestruzes podem ser reservatórios de agentes com potencial zoonótico, como é o caso do vírus da influenza, rotavírus, vírus da encefalomielite eqüina do leste (EEEV) e do oeste (WEEV), salmonela, leptospira e micoplasma. O objetivo deste trabalho foi detectar rotavírus nas fezes de filhotes, anticorpos contra rotavírus, EEEV e WEEV, influenza A , leptospira, salmonela e micoplasma a partir do soro de reprodutores e efetuar o isolamento de Salmonella sp. a partir de de suabe cloacal. Para a detecção de rotavírus nas fezes utilizaram-se as técnicas de PAGE, isolamento viral e genotipagem pela RT-PCR. As técnicas de contraimunoeletroosmoforese, soroneutralização em cultura de células, inibição da hemaglutinação e aglutinação em placa foram utilizadas nos levantamentos sorológicos e a cultura bacteriológica foi utilizada para detecção de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Rotavírus do grupo A com genotipos G[6], G[10], P[1] e P[7] foram detectados nas fezes de avestruzes e anticorpos anti-rotavírus em 10 amostras (10/182) de soros colhidos de avestruzes reprodutores. Foram detectados anticorpos para vários sorovares de Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) e Mycoplasma synoviae (47/182). Não foram detectados anticorpos anti-EEEV e WEEV e anti-vírus da Influenza A H3, bem como amostras de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Estes resultados permitem sugerir o papel do avestruz na cadeia epidemiológica das rotaviroses e da leptospirose e dão bases para o aprimoramento sanitário do plantel brasileiro desta ave. / The industrial ostrich breeding in Brazil has grown in the last few years, but ostrich may be reservoirs of potentially zoonotic agents such as influenzavirus, rotavirus, eastern equine encephalitis virus (EEEV), western equine encephalitis virus (WEEV), Salmonella, Leptospira and Mycoplasma. The aim of the present study was to detect rotavirus in fecal samples of young ostriches, antibodies against rotavirus, EEEV and WEEV, influenza A , Leptospira, Sallmonela and Mycoplasma in sera from breeders and carry out Salmonella isolation in cloacal swabs. For the rotavirus detection, PAGE, viral isolation and genotyping by RT-PCR were used. Counterimmunoelectroosmophoresis, virus neutralisation assay in cell culture, hemagglutination inhibition and plate agglutination were used in the serological surveys and bacteriological culture was used to detetc Salmonella spp. in the cloacal swabs. Group A rotavirus with genotypes G[6], G[10], P[1] and P[7] was detected in the fecal samples and anti-rotavirus antibodies were detected in ten samples (10/182) from breeder ostriches. Antibodies to different serovars of Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) and Mycoplasma synoviae (47/182) were detected. Antibodies against EEEV, WEEV and influenzavirus A H3 were not detected, as well as Salmonella spp. in swab samples. These results allow one to suggest a role to ostriches in the epidemiological chain of rotavirus diseases and leptospirosis and give basis to the improvement of the sanitary condition of the Brazilian flocks.

Os rotavírus do grupo A (RVA) são importantes causadores de diarreias virais em crianças e animais jovens de diferentes espécies, com impactos na saúde pública e animal. Visando contribuir para o entendimento e prevenção das rotaviroses assim como suas possíveis relações zoonóticas, caracterizou-se os 11 segmentos de dsRNA de rotavírus codificadores das proteínas estruturais e não estruturais presentes em amostras fecais positivas de suínos coletadas nos anos de 2012-2013, em 2 estados brasileiros. Mediante o emprego de RT-PCR, sequenciamento nucleotídico e análises filogenéticas, todos os segmentos genéticos oriundos de 12 amostras de RVA detectados em suínos foram analisados e comparados com os de outras amostras descritas previamente. As sequências obtidas para os genes codificadores das proteínas NSP2, NSP3 e VP6 contemplaram a open reading frame (ORF) completa do gene, enquanto que a ORF parcial foi determinada para os genes codificadores das proteínas VP1, VP2, VP3, VP4, VP7, NSP1, NSP4, NSP5 e NSP6. Os genotipos de rotavírus suíno provenientes das regiões amostradas concordam com os mais frequentemente descritos nesta espécie animal, apresentando, assim, uma matriz genética suína com a maioria dos segmentos pertencentes à constelação genotípica 1, com exceção dos genes codificadores das proteínas VP6 e NSP1, os quais foram os genotipos I5 e A8, respectivamente. Apesar de predominar o genotipo 1 (Wa-like) nas sequências deste estudo, a análise genômica sugere a existência de uma variação intragenotípica no genoma do rotavírus do grupo A atualmente circulante nas populações suína amostradas dos estados de São Paulo e Mato Grosso. Adicionalmente, buscou-se identificar os aminoácidos relacionados com a adaptação dos rotavírus no hospedeiro e assinaturas genéticas que distinguissem RVA suíno e humano. Para isso, as sequências obtidas neste estudo foram comparadas com outras cepas de RVA detectadas nestas duas espécies e pertencentes ao genotipo 1 (Wa-like) disponíveis no Genbank. Como resultados foram encontrados mais de 75 sítios de mudanças deaminoácidos que diferenciam RVA suíno e humano além de sítios de substituiçãopresentes em algumas proteínas virais que frequentemente covariaram entre elas. Estes resultados proporcionam um maior entendimento da diversidade viral circulante em unidades de produção suína e uma melhor compreensão dos animaiscomo reservatórios genéticos de cepas de rotavírus emergentes em humanos. / Group A rotaviruses (RVA) are leading causes of viral diarrhea in children and in the young of many animals species with impacts on public and animal health. To contribute to the understanding and prevention of rotaviruses as well as its possible zoonotic relationships, it was characterized the 11 segments of dsRNA rotavirus encoding the structural and nonstructural proteins present in positive fecal samples from pigs collected in the years 2012-2013 in 2 Brazilian states. Using RT-PCR, nucleotide sequencing, and phylogenetic analyses, all gene segments from 12 RVA samples detected in pigs were analyzed and compared with the other samples as described previously. The sequences obtained for the NSP2, NSP3, and VP6 coding genes covered the complete open reading frame (ORF), while the partial ORF was determined for the VP1, VP2, VP3, VP4, VP7, NSP1, NSP4, NSP5 and NSP6 coding genes. The genotypes of porcine rotavirus from the sampled regions agree with the most frequently reported in this species, presenting thus a porcine-RVA-like backbone with most segments being designated as constellation genotype 1, with the exception of the VP6 and NSP1 coding genes, which were genotypes I5 and A8, respectively. Although genotype 1 (Wa-like) sequences were predominant in this study, the genomic analysis suggests the existence of a intragenotypic variation in group A rotavirus genome currently circulating in swine populations sampled in the states of São Paulo and Mato Grosso. In addition, we sought to identify the amino acids related to the adaptation of rotavirus in the host and genetic signatures that distinguish RVA pig and human. For this, the sequences obtained in this study were compared with other strains of RVA detected in these two species, belonging to genotype 1 (Wa-like) available in Genbank. The following results were found more than 75 sites of amino acid changes that differentiate RVA pig and human as well as substitution sites present in some viral proteins that often covaried between them. These results provide a greater understanding of the current viral diversity in swine production units and a better understanding of animals as genetic reservoirs emerging rotavirus strains in humans.

A diarréia neonatal é o principal problema sanitário que acomete os bezerros nas primeiras semanas de vida, causando grandes prejuízos devido à morbidade, mortalidade, custos com tratamento e atraso no desenvolvimento. Os rotavírus são os mais importantes agentes virais causadores de gastroenterites em crianças e diarreia em diferentes espécies animais. Além do seu impacto econômico na produção animal, os bovinos podem atuar como reservatórios da diversidade genética e antigênica para humanos. Assim, o diagnóstico deste agente é fundamental para o desenvolvimento de medidas profiláticas mais especificas visando o seu controle. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um método de PCR em Tempo Real para a detecção de rotavírus bovinos em sistema Taqman&reg; tendo como alvo, a proteína não-estrutural 5 (NSP5). Para isso, 113 amostras de fezes bovinas foram coletadas de reabanhos do estado de São Paulo, e previamente testadas por PCR convencional. Para a padronização da PCR em Tempo Real, a estirpe padrão foi clonada, gerando um plasmídeo com 3x1010 cópias/reação. Como controle exógeno foi utilizado &#946;-actina. O limite de detecção foi determinado por diluições seriadas na base 10, detectando até 6x101 cópias/&micro;l. A curva padrão da PCR em Temo Real para a detecção do segmento codificador da proteína NSP5 teve como resultados, uma eficiência de 100,47%; com slope igual a -3,18 e R2 de 1,0. De um total de 113 amostras testadas pela PCR convencional 63 delas (55,7%) foram consideradas positivas para rotavírus. Dessas mesmas amostras testadas, 5 não amplificaram para &#946;-actina e não foram incluídas nas análises posteriores. Para a PCR em Tempo Real o limite de detecção foi considerado o valor de 6x101 cópias/reação, sendo definido o ponto de corte o ciclo (Ct) de número 36 para o teste com a amostra viral a partir do DNA ligado em vetor plasmidial. Considerando-se o ponto de corte de 60 (6x101) cópias/reação, das 108 amostras testadas, 63 (58,3%) foram consideradas positivas ao teste. O valor de concordância obtido através do teste Kappa, a um intervalo de confiança de 95%, a partir dos resultados gerados entre os testes de PCR convencional e PCR em foi de 0.279 (baixa concordância). Os resultados obtidos nesse estudo demonstrou que o teste foi eficiente podendo ser utilizado para um diagnóstico rápido e eficiente do rotavirus do grupo A, aumentando assim o repertório dos testes já estabelecidos / Neonatal diarrhea is the main health problem affecting the calves in the first weeks of life, causing major losses due to morbidity, mortality, treatment costs and delayed development. Rotaviruses are the most important causative agents of viral gastroenteritis in children and in different animal species. In addition to its economic impact on livestock, cattle can act as reservoirs for genetic and antigenic diversity for human samples. Therefore, the diagnosis of this agent is critical to the development of more specific preventive measures for their control. The objective of this work is to develop a method of PCR for rotavirus detection in cattle using TaqMan&reg; system targeting the 5 nonstructural protein (NSP5). For this, 113 samples of cattle feces were collected from farms of São Paulo, and previously tested by convencional PCR. To PCR standardization, the standard sample was cloned, generating plasmid 3x1010 copies/reaction. The &#946;-actin was usede as exogenous control. The limit of detection was determined by serial dilutions, to detect 6 x101 copies/&micro;l. The standard curve of PCR to encoding segment detection NSP5 protein had as a result, an efficiency of 108.5%; with slope equal to -3.18 and R2 equal 1.. From a total of 113 samples tested by conventional PCR 63 (55.7%) were positive for rotavirus. From these samples 5 not amplifyed for &#946;-actin gene and were not included in subsequent analyzes. For detection limit of Real-Time PCR was considered the amount of 6x101 copies / reaction, the cut-off being defined cycle (Ct) number 36 to the test with a viral sample from the DNA ligated into plasmid vector. Considering the cut-off 60 (6x101) copies/reaction of the 108 samples tested, 63 (58.3%) were positive to the test. The correlation value obtained by the Kappa test, at a 95% confidence interval, based on results generated between the conventional and PCR testing PCR was 0.279 (low agreement). The results of this study demonstrated that the probe can be efficiently used for a fast and efficient diagnosis of rotavirus of group A, thereby enhancing the repertoire of the established tests

Os rotavírus estão entre os principais causadores de diarreia em humanos e animais, inclusive em mamíferos e aves. Os sintomas da doença geralmente incluem diarreia e depressão, aumento da mortalidade, e \"runting and stunting syndrome\", caracterizado principalmente por perda de peso, também tem sido atribuído a infecções por rotavírus em aves. O capsídeo externo da partícula viral é formado pelas proteínas estruturais VP4 e VP7 que possuem antígenos de neutralização baseados nos quais os rotavírus são classificados em genotipos P e G, respectivamente. O capsídeo intermediário é formado pela VP6 que define os grupos de rotavírus de A-G de acordo com a reatividade de anticorpos ou sequenciamento nucleotídico desta proteína. A proteína não estrutural NSP5 está envolvida no processo de replicação viral, sendo essencial para a formação dos viroplasmas. Este estudo teve o objetivo de pesquisar a frequência de ocorrência de rotavírus dos grupos A e D, em amostras fecais de aves de diferentes criações comerciais brasileiras, seguida da caracterização dos genotipos P e G, dos rotavírus do grupo A, através de sequenciamento nucleotídico. Para isso, 111 pools de amostras fecais foram processados através das técnicas de ELISA, PAGE e RT-PCR (NSP5), resultando em 43 (38,73%) amostras positivas pelas três técnicas. Definiram-se os genotipos G5, G8 e G11 através de RT-PCR (VP7) e o genotipo G19 após reação de RT-PCR seguida de sequenciamento nucleotídico. Definiu-se ainda o genotipo P[31] a partir do sequenciamento de amostras positivas por RT-PCR (VP4). Das 111 amostras processadas por RT-PCR visando o gene codificador da VP6, obtiveram-se 4 sequências que confirmaram tratar-se de rotavírus do grupo D. Os genotipos G5, G8 e G11 estão relacionados a surtos em bovinos e suínos, enquanto que os genotipos G19 e P[31] estão descritos em aves. Conclui-se que os rotavírus encontram-se amplamente disseminados nas criações comerciais brasileiras devido à elevada frequência da ocorrência e que existe a possibilidade de transmissão interespécie. / Rotavirus are a major cause of diarrhea in humans and animals, including several mammalian and avian species. The symptoms of the disease generally include diarrhea and depression, increased mortality and the chronic runting and stunting syndrome mainly characterized by weight loss have also been linked to rotavirus infections of birds. The outer layer of the virus particle is formed by VP4 and VP7 proteins, which possess neutralization antigens. Based on VP7 and VP4 the rotavirus are classified into genotypes G and P respectively. The intermediate layer consists of VP6 which defines the rotavirus groups. Based on the antibody reactivity and sequence identity of VP6, seven rotavirus groups (A to E) have been defined. The NSP5 are involved in viral replication and they are essential for the formation of viroplasm. Here we report the occurrence of group A and D rotavirus in feces of broilers, layers and broiler breeders from Brazilian poultry farms. A total of 111 pools of intestinal contents were processed in this study, using a ELISA, PAGE and RT-PCR (NSP5) techniques. Out of 111 pools of fecal samples tested, 43 showed positive results (38.73%) for rotavirus. Were typed the G5, G8 e G11 genotypes using the RT-PCR (VP7) and the G19 genotype using a RT-PCR followed by nucleotide sequencing reaction of the amplicons. Was defined the P[31] genotype using the RT-PCR (VP4) technique followed by nucleotide sequencing reaction. Out of 111 pools of fecal samples tested by RT-PCR (VP6), 4 showed positive results for rotavirus of group D. The G5, G8 and G11 are typical bovine and porcine rotavirus genotypes, whereas the G19 and P[31] genotypes are found in birds. As a conclusion, rotavirus is widely spread in commercial Brazilian poultry farms due to the high frequency of occurrence and there is the possibility of interspecies transmission.

De um total de 187 amostras fecais coletadas no ambulatório do Hospital Universitário/USP, entre 1994 a 1996, 54 (28,9%) foram positivas para rotavírus. Entre as amostras caracterizadas por EGPA foram identificados nove perfis eletroforéticos longos, dois curtos e um tipo não usual. O subgrupo II e o sorotipo G2 foram os mais freqüentemente identificados. Foram caracterizadas três amostras com misturas de sorotipos. As amostras positivas e mais 163 amostras, coletadas em um laboratório particular, em 2000, foram genotipadas. Os genótipos G2P[4] e G1P[8] foram os mais freqüentes nos anos de 1994-1996 e G1P[8] e G9P[8], os mais freqüentes em 2000. Os genótipos G3 e G4 foram detectado em menor freqüência. No HU, 20 (38,5%) amostras foram caracterizadas como misturas de genótipos G e 16 (29,6%), como misturas de genótipos P; não foram identificadas misturas em 2000. Dezoito amostras foram caracterizadas como P[10] por RT-PCR mas a análise da seqüência de nucleotídeos mostrou uma homologia de 90,7 a 98,0% com a amostra padrão P[8]. / From 187 fecal samples collected from outpatients at Hospital Universitário (HU)/ USP, between 1994 to 1996, 54 (28,9%) were positive for rotavirus. Positive samples were submitted to electropherotyping, subgrouping, and G serotype. Electropherotypes were characterized as nine different long genome profiles, one short and one unusual profile. Subgroup II and G2 serotype were the most frequently found and three samples showed mixed serotypes. Rotavirus samples and an additional 163 positive fecal samples, collected in a private laboratory in 2000, were G and P genotyped. Genotypes G2P[4] and G1P[8] were the most frequently found in 1994-1996 and, in 2000, G1P[8] and G9P[8] were the most frequent. Genotype G3 and G4 were detected as minor strains in both years. For HU, G genotype mixtures were found in 20 (38.5%) samples and P mixtures were found in 16 (29.6%). No mixtures were identified in 2000. Nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of 18 P[10] samples by RT-PCR showed 90.7 to 98.0% homology with the P[8] prototype.