Tesi realitzada al Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG) / The diversity of life forms around us is astounding: a walk in the woods, or even down the street, shows us organisms of different morphologies: two legs, four legs, wings; different capacity of interaction with our environment: plants photosynthesizing while bacteria break down our garbage. How can life take on so many forms? While there is some increase of genes when comparing the most simple eukaryotes to the most complex ones it is clear that organism complexity is not the result of the number of genes. Therefore is has been postulated that the complexity of an organism arises from the complexity of its gene regulation, rather than the number of genes. This regulation must come then from the non-gene part of the genome. We now know that genes constitute but a small portion of genomes, (about 5% of the human genome). The advent of whole-genome sequencing has enabled us to get a more complete picture of what is in a genome, and with that has come the surprise that a significant part of all genomes characterized is constituted of transposable elements (TEs). Transposable elements are mobile genetic sequences, meaning that they have the capacity to change their position within the genome of a single cell. The goal of my dissertation has been to investigate the role of TEs in plants and their impact on gene and genome evolution. For this I have taken two approaches. The first is a study in the newly sequenced genome of Cucumis melo, an important crop plant in Spain. In the context of this project I have characterized the transposon landscape in the genome, and identified TE related polymorphisms between seven different varieties. This project has of interest the fact that this is an important plant for agriculture and domestication is a particularly relevant evolutionary context in which to study the impact of transposons, as the lines analyzed come from different geographic and selection backgrounds. In the context of this project I have developed a pipeline for genome annotation, and a software for detection of polymorphisms using next-generation paired-end sequencing data. This yielded insight into the dynamics of transposon evolution in this genome, and the selective forces that have shaped the transposon landscape. To our knowledge this is the first analysis that uses polymorphic TEs to investigate differential chromosomal distribution of recent and old transposons, and thus revealing at an intra-species scale the timeline of selection. The results obtained are promising for studying the contribution of mobile elements to the evolution of two genetically similar yet phenotypically different cultivated varieties. In order to study the impact of transposition on gene regulation, I investigated MITE families which have amplified a transciption factor binding site (TF BS) in the model plant Arabidopsis thaliana. This project focuses on the potential impact on gene regulation networks of the redistribution of this TFBS, a phenomenon that has been described for various master TF in animals but not yet to my knowledge in plants. This study combines in silico analysis with molecular data such as microarrays and ChIP, and is a striking example of one of the many manners in which TEs can impact gene regulation. The work in this dissertation highlights the contradictory nature of transposable elements: on one hand, they are invasive, and on the other, are the source of essential innovations. Here we provide insight as to the functions they play in plant genome evolution.

El microorganisme bacterià més virulent del món és Mycobacterium tuberculosis ja que és el que mata més persones per si sol que cap altra infecció. Encara que la malaltia es tracta amb quimioteràpia i existeix una vacuna preventiva existeix un reservori de 1.800.000.000 persones infectades en el món en aquest moment; això representa gairebé un terç de la població mundial. L'home és un hostatger resistent a la infecció per M. tuberculosis i per això caldria trobar un model animal que es comporti de forma semblant. En aquest sentit, les soques resistents a la infecció tuberculosa podrien reproduir aquesta situació i ens permetrien estudiar el comportament del bacil en unes condicions semblants a les humanes.Un macròfag inactivat no pot destruir M. tuberculosis i permet el seu creixement i supervivència dins del fagosoma afavorit per mecanismes de depressió immunològica. En canvi, en ser activat el macròfag, es converteix paulatinament en una màquina efectiva de destrucció que comporta l'acidificació del fagosoma, condicions reductores, hidrolases i efectes potencials de ROIs i RNIs. Aquests mecanismes potencialment destructors no semblen ser definitivament efectius davant la infecció i així parlem ocasionalment de bacils latents. Aquests bacils han de romandre durant un temps perllongat en aquestes condicions passant desapercebuts als mecanismes immunològics i suposant un dels principals problemes de la tuberculosi, la latència.Segons les hipòtesis actuals de la dinàmica de poblacions als granulomes que fonamenten el tractament de la tuberculosi, existirien poblacions semi-latents a les ferides granulomatoses que romandrien extracel·lularment i a un pH àcid (pH<5,5). Aquesta població seria una de les causants del fracàs del tractament junt amb la població latent. És per això que l'estudi de la susceptibilitat a l'àcid en un model in vitro ens pot permetre conèixer una mica més el comportament del bacil davant aquest mecanisme d'estrès. Existeixen ja altres estudis semblants amb M. smegmatis i fins i tot amb M. tuberculosis, però tots han basat la seva metodologia en shocks àcids, és a dir, adaptació ràpida a aquesta condició o com a molt han mantingut el bacil durant vàries hores. Realment, no sembla que sigui aquesta l'estratègia real que adopta el macròfag davant la infecció tuberculosa, ja que tot el procés descrit anteriorment per la caracterització del fagosoma i la posterior maduració a fagolisosoma porta un temps relativament curt, però M. tuberculosis roman més temps i cal un estudi tenint en compte aquesta variació de temps. A més, la destrucció del bacil per mecanismes clàssics del fagolisosoma no és immediata i pot no portar a una degradació total. De la mateixa forma, l'estudi en el model murí per aerosol de l'adaptació metabòlica de M. tuberculosis ens ha de servir per a corroborar els resultats obtinguts in vitro.Aquest treball intenta donar més llum sobre el bacil latent a nivell genètic i immunològic basant-se en estudis de metabolisme i resposta a l'estrès en un model in vitro i en el model murí per aerosol. L'objectiu essencial serà doncs el de cercar marcadors moleculars que permetin determinar la presència de bacils latents en teixit. Concretament, aquest estudi ha permès conèixer com varia l'expressió de més de 60 gens de M. tuberculosis a la presència d'àcid en un model in vitro que podria reproduir les condicions presents al interior del macròfag. Posteriorment, s'ha estudiat l'expressió dels gens més rellevants en ratolins infectats per aerosol aconseguint informació sobre el comportament d'aquest bacil dins del seu hostatger durant tot el procés d'infecció mitjançant la caracterització immunològica d'un model crònic per l'estudi de 24 citocines. Prèviament, s'ha caracteritzar àmpliament la patogènia d'aquest model crònic comparant la susceptibilitat a la infecció de dues soques de ratolí. / The most striking virulent organism in the world is Mycobacterium tuberculosis because it kills 2 million people every year all alone. An effective treatment and vaccine are available, but 1.800.000.000 people are still infected in the world, just a third of the world population.Tuberculosis only develops in 10% of immunocompetent people, so a resistant phenotype is shown. So, we have to look for a resistant model to resemble these conditions. On the one hand, mice resistant strains to tuberculosis are a good model for this study.An inactivated macrophage is not able to kill M. tuberculosis and allows the exponential growing and surivival inside phagosome in absence of an effective immune response. On the other hand, correctly activated macrophage acts as an effective destroy machine by acidificaction of phagosome, reduction condition, hydrolases and hazard effects of ROIs and RNIs. These mechanisms of destructions do not seem to be totally effective and that's the reason why we have to talk about latent infection. These bacilli must remain in those conditions allowing immune response not to recognise them and rising as one of the most striking problems in tuberculosis, latency.According to actual hypothesis about dynamic population in granulomes that are the basis for the treatment of tuberculosis, some semi-latent population would be present in granulomatous injuries extracellularly at pH lower than 5,5. This population would be one of the main reason for the treatment fail in conjunction with latent bacilli. That's the reason why the study of acidification susceptibility in an in vitro model may allow us to deeply know the bacilli behaviour in front of stress mechanisms. M. smegmatis has been studied in order to determine its answer to those conditions, but not M. tuberculosis. All strategies performed are based on a acid shock, this is a fast adaptation, but this situation does not resemble real conditions. I mean that adaptation to acidic conditions is related to a process of several hours (about 6). Moreover, phagosome maduration and phagolysosome formation is a slow process that requires long time. So, this time modulation must be taken into account. In the same way, the killing of M. tuberculosis may not be a fast process, this is, bacilli are able to overcome acidification for some days and so on. Eventually, the performing of this idea in the murine model is related to a metabolic adaptation of M. tuberculosis and must be useful for the confirmation of in vitro results.This study is trying to add some more ideas about the latent bacilli at genetic and immunologic level based on metabolism studies and answer to stress in an in vitro and in vivo model. The essential objective is to look for moleculars markers that may allow to define the presence of latent bacilli in tissues. In detail, this study has monitored the evolution of more than 60 genes of M. tuberculosis related to the acidic response that may resemble conditions in phagosomes from macrophages. Later, this expression has been followed up in a murine mode according to the conditions studied before. On the other hand, the immune response has been studied according to the expression of 24 cytokines related to tuberculosis. Previously, we have compared the behaviour of M. tuberculosis in two different strains of mice providing evidence of a resistant model for C57BL/6 mice.

Objetivos: Los objetivos planteados en el presente estudio fueron: i) Análisis de la colonización ambiental por P. aeruginosa en la UCI del Hospital de Sabadell; ii) Análisis del origen de la colonización y la infección causada por P. aeruginosa en los enfermos sometidos a VM valorando por un lado el origen endógeno o exógeno de dicha colonización e infección, por otro lado la secuencia de la colonización; iii) Determinar la existencia de cultivos policlonales de P. aeruginosa analizando su implicación en los estudios epidemiológicos de la colonización y/o infección así como en la heterogeneidad de los fenotipos de sensibilidad a los antimicrobianos en los cultivos de P. aeruginosa. Material: 160 aislamientos ambientales de P. aeruginosa (analizando, siempre que era posible, 4 colonias por cultivo) procedentes de los 41 cultivos obtenidos de 5 cortes ambientales realizados; 348 aislamientos ambientales de P. aeruginosa procedentes de los 93 cultivos obtenidos de los grifos de los boxes donde permanecían ingresados los pacientes; 1.104 aislamientos P. aeruginosa obtenidos de las distintas localizaciones anatómicas estudiadas en los 39 pacientes colonizados. Marcadores: (I) Electroforesis en campo pulsante (PFGE); (II) estudio de sensibilidad a los antimicrobianos. Resultados y Discusión: Se evidenció una importante heterogeneidad genética en las cepas P. aeruginosa aisladas en la UCI al tipificarlas mediante PFGE. La existencia de variaciones subclonales en algunos de los pulsotipos (PTs) obtenidos se asoció a la persistencia de los PTs y a la frecuencia de su aislamiento. P. aeruginosa mostró especial predilección por los grifos de los boxes y las superficies adyacentes a los mismos, siendo un reservorio estable. Por el contrario, su aislamiento en las manos del personal sanitario fue infrecuente. La colonización de los pacientes fue, mayoritariamente, de origen exógeno o ambiental. En la mitad de los episodios de neumonía asociada a la VM, las cepas responsables eran propias de los pacientes por lo que no se verían influidas por las medidas encaminadas a eliminar el reservorio ambiental. Los grifos de los boxes se identificaron como el reservorio principal de P. aeruginosa durante el período de VM. Sin embargo, tan sólo 1 de las 8 cepas asociadas a neumonía procedía del grifo. El lugar inicial de colonización sólo pudo identificarse en una tercera parte de los pacientes con colonización del tracto respiratorio inferior adquirida durante el período de VM, en estos casos, tanto el estómago como el tracto respiratorio superior tuvieron una importancia equivalente. Por otra parte, en los episodios de NAV en los que pudo determinarse el lugar inicial de colonización, el estómago no fue el origen. El 13 % de los cultivos fueron policlonales. En el 23 % de dichos cultivos no pudieron identificarse los distintos PTs presentes en función de la morfología de las colonias. Los cultivos policlonales fueron un hecho frecuente en los cultivos de los grifos y, en consecuencia, en los procedentes del tracto gastrointestinal de los enfermos, especialmente el estómago. En cambio, es importante resaltar que los cultivos provenientes del tracto respiratorio y de las muestras diagnósticas de NAV, con independencia de la morfología de las colonias, han mostrado un único PT. En el 10,6 % de los 341 cultivos con una morfología colonial se detectó más de un antibiotipo. El estudio de sensibilidad a partir de varias colonias permitiría detectar poblaciones mixtas, siendo necesario un estudio posterior para identificar los distintos fenotipos de sensibilidad coexistentes. Se detectó una cierta falta de estabilidad en el antibiotipo ya que el 11,4% de los cultivos con 1 PT mostraba más de un antibiotipo. Por otra parte, también se evidenció la falta de poder discriminativo del antibiotipo ya que en el 69% de los cultivos con más de 1 PT sólo se observó un antibiotipo. Para determinar el origen de las cepas de P. aeruginosa y las vías de colonización de los enfermos sometidos a VM, es necesario realizar el seguimiento de las distintas localizaciones anatómicas y del ambiente junto con la aplicación de un método de tipificación como el PFGE. Asimismo, es necesario analizar varias colonias por cultivo. / Objectives: i) Analysis of the environmental colonisation of the ICU by P. aeruginosa; ii) Analysis of the origin of the colonisation and the infection caused by P. aeruginosa in the mechanically ventilated patients analysing on the one hand the endogenous or exogenous origin of this colonisation and infection, and on the other hand the sequence of the colonisation; iii) To determine the existence of polyclonal cultures of P. aeruginosa analysing their implication in the epidemic studies of the colonisation and/or infection as well as in the heterogeneity of the antimicrobial susceptibility patterns of P. aeruginosa. Material: 160 environmental isolates of P.aeruginosa (analysing, whenever it was possible, 4 colonies for each culture) coming from the 41 cultures obtained in the 5 environmental surveys. 348 environmental isolates of P. aeruginosa obtained from the 93 cultures of the taps of the rooms and 1.104 isolates of P. aeruginosa belonged to the different anatomical locations studied in the 39 colonised patients. Markers: (I) PFGE and (II) Study of the antimicrobial susceptibility. Results and Discussion: An important genetic heterogeneity was evidenced in the P. aeruginosa strains isolated in an ICU when were typing by PFGE. The existence of subclonal variations in some of the obtained pulsotypes (PTs) was associated to the persistence of the PTs and their frequency of isolation. P. aeruginosa showed special predilection for the moist sites of the ICU (the taps of the rooms and the adjacent surfaces to the same ones) that have been a stable reservoir of this micro-organism. On the contrary, its isolation from the hands of the health care personnel was uncommon. The colonisation of the patients was, for the most part, of exogenous or environmental origin. In half of the VAP episodes, the responsible strains were of the own patients for what they would not be influenced by the measures guided to eliminate the environmental reservoir. The taps of the rooms were identified as the main reservoir of P. aeruginosa during the ventilation period. However, only 1 of the 8 strains associated to pneumonia came from the tap. The initial site of colonisation could only be identified in a third part of the patients with colonisation of the lower respiratory tract acquired during the period of MV, in these cases, as much the stomach as the upper airway had an equivalent importance. On the other hand, in those episodes of VAP where the initial site of colonisation could be determined, the stomach was not the origin. The 13% of the total cultures were polyclonal. The 23 % of these cultures could not be differentiated according to the morphology of the colonies. The polyclonal cultures were a frequent event in the cultures obtained from the taps and, in consequence, in the belonged to the gastrointestinal tract, especially to the stomach. In the other hand, it is noteworthy that the cultures belonged to the respiratory tract and the diagnostic respiratory secretions of VAP, independently of the morphology of the colonies, had only one pulsotype. In the 10,6 % of the 341 cultures, with colonies of the same morphotype, was detected more than one antibiotype. The study of the antimicrobial susceptibility of several colonies would allow detecting mixed populations, being necessary a later analysis to identify the different coexistent susceptibility phenotypes. A certain lack of stability was detected due to that a 11.4 % of the cultures with one pulsotype showed more than one antibiotype. Moreover, it was also evidenced a lack of discriminatory power due to that a 69% of the cultures with more than one pulsotype showed only one antibiotype. To determine the origin of the P. aeruginosa strains and the source and transmission routes of colonisation of the ventilated patients, it is necessary the surveillance study of different body sites over the time and the environment together with the applying of a typing method like the PFGE. In the same way, it is necessary to analyse different colonies in each culture.

La present tesis doctoral té per objectiu revisar de manera exhaustiva el coneixement existent en relació als estudis de monitoratge bio-conductual del VIH i les infeccions de transmissió sexual (ITS) en poblacions vulnerables, així com en la identificació dels principals determinants d’aquestes infeccions i de les conductes de risc associades en el col·lectiu d’homes que tenen sexe amb homes (HSH) i d’usuaris de droga per via parenteral (UDVP). Es presenten 5 publicacions que s’han elaborat a partir de l’explotació estadística de les dades recollides en els estudis de monitoratge bioconductual que el CEEISCAT realitza en aquestes poblacions des de 1993. En primer lloc, l’anàlisi de tendències dels indicadors recollits en els estudis realitzats en HSH durant 1995-2006 mostren un increment significatiu en la prevalença del VIH i de les conductes de risc associades en aquest col·lectiu. Entre aquestes conductes de risc cal destacar el consum d’alcohol i drogues abans i durant les relacions sexuals, doncs tal i com s’observa en la segona publicació es mostra clarament associat a una major prevalença de relacions sexuals desprotegides. El tercer estudi posa de manifest la elevada prevalença d’infecció per el VIH i el VHC que presenta el col·lectiu d’UDVP a Catalunya, a diferencia de les dades de prevalença d’ITS que es mantenen similars a les de la població general (quart article). Malgrat la baixa prevalença d’ITS observada, l’ elevada proporció d’UDVP que realitzen conductes sexuals de risc amb les seves parelles posa de manifest la possibilitat de transmissió del VIH/ITS per via sexual en aquest col·lectiu. Finalment, el darrer article caracteritza als injectors que, a pesar de la amplia oferta de material estèril per a la injecció de drogues, segueixen mantenint pràctiques de risc relacionades amb la injecció, destacant aquells que s’injecten amb una major freqüència i els injectors de cocaïna. Les dades generades en aquests estudis de monitoratge bio-conductual del VIH/ITS s’han anat incorporant a diferents intervencions preventives dissenyades a Catalunya per disminuir la transmissió del VIH i les ITS en poblacions vulnerables. / This thesis aims to review the existing knowledge regarding the bio-behavioral surveillance surveys on HIV and sexually transmitted infections (STI) in vulnerable populations, as well as identifying the main determinants of these infections and associated risk behaviors in men who have sex with men (MSM) and injecting drug users (IDU). The thesis brings together five articles based on data collected from biobehavioral surveillance studies conducted by the CEEISCAT in Catalonia in these populations since 1993. First, an increasing trend in the prevalence of HIV and associated risk behaviors was found in MSM in Catalonia during 1995-2006. The use of alcohol and drugs before and/or during sex is a risk behavior to take into consideration among MSM, and as observed in the second publication, there was clearly an association between alcohol and drug use and unprotected sex. The third study confirms the high prevalence of HIV and HCV among IDU in Catalonia; unlike STI prevalence data that remain similar to the general population (fourth article). Despite the low prevalence of STI observed among this population, the low condom use reported means that a sexual risk of HIV/STI transmission exists in this group. Finally, the fifth article characterizes the injectors that, despite the widespread use of harm reduction programs in Catalonia, still keeping risk practices related to injection, in particular those who inject drugs frequently as well as cocaine injectors. Data from biobehavioral surveys in Catalonia have been incorporated in different preventive interventions designed to reduce HIV and STI transmission in vulnerable populations.

No description available.

Antecedentes El 15,9% de la población de Catalunya era inmigrante en el 2011. A pesar del reconocimiento legal del derecho a la atención sanitaria y del desarrollo de políticas específicas, las investigaciones sobre acceso a los servicios de salud (SS) de la población inmigrante (PI) en España apuntan hacia posibles barreras de acceso. Sin embargo, la evidencia existente es escasa, a menudo contradictoria y pocos factores quedan esclarecidos. Objetivo general Analizar, desde la perspectiva de la PI, los elementos que influyen en su acceso a los SS de Catalunya. Metodología Estudio cualitativo, fenomenológico descriptivo, basado en el marco conceptual de Aday y Andersen. El área de estudio comprende Barcelona, Lleida, Girona y Baix Empordà, y la población de estudio la PI residente en estos lugares. La muestra fue teórica, basada en diferentes perspectivas y relaciones con los SS (usuarios, mediadores de salud y representantes de asociaciones de inmigrantes); y diferentes procedencias (Pakistán, Rumanía, Senegal, Marruecos y Colombia). El tamaño final fue de 37 personas, determinado por saturación del discurso. Se realizaron entrevistas individuales semiestructuradas (2008-2009), grabadas y transcritas literalmente. Se realizó un análisis narrativo de contenido, los datos se segmentaron por informante, colectivo, y temas, y las categorías de análisis se generaron de manera mixta. Hubo triangulación de informantes y de analistas, y el proceso se documentó sistemática y detalladamente. Resultados La mayoría considera fácil el acceso, independientemente de la situación administrativa y laboral, y destacan la gratuidad de la atención. No obstante, la entrada al sistema es fácil solo si se dispone de tarjeta sanitaria (TS), cuya obtención se dificulta por la exigencia de empadronamiento y afiliación a la Seguridad Social, y el miedo a ser identificados por las autoridades. Además, emergen barreras que dependen de los SS y de la PI. En relación a SS: insuficiente provisión de información; horarios de atención primaria incompatibles; tiempos de espera excesivos; deficiente calidad técnica percibida; barrera lingüística; trato incorrecto y actitud negativa del profesional. En relación a la PI: desconocimiento de los SS y los idiomas locales; dificultad para ausentarse del trabajo y cumplir las bajas laborales; y rol social de la mujer. Aparece la percepción de discriminación en los SS. En consecuencia acuden a farmacias, urgencias hospitalarias, asociaciones y oenegés o centros privados; utilizan TS de otra persona; se automedican; y pagan por la atención pública y privada; retrasando la atención y empeorando la enfermedad. Conclusiones El acceso de los inmigrantes a los SS en Catalunya es fácil, pero se ve dificultado por elementos relativos a los SS y potenciados por características de la PI. La TS se configura como elemento clave, pero su obtención se basa en requisitos controvertidos y con frecuencia inalcanzables. El desconocimiento relacionado con la falta de provisión de información limita el acceso, y aunque es compensado parcialmente por el círculo social, éste no puede ni debe sustituir al sistema como fuente de información. La dificultad para ausentarse del trabajo se debe a la precariedad laboral y las prácticas abusivas e ilícitas de los empleadores, por lo que es necesario trasladar este conocimiento a las autoridades competentes y adecuar los horarios de los SS. La barrera lingüística, la falta de competencia cultural y la mala calidad técnica percibida deben ser tenidas en cuenta en la formación de profesionales y los recursos de mediación. Estos resultados denotan el incumplimiento de las leyes y la falta de implementación de las políticas, por lo que éstas deben ser revisadas, reforzadas, y mantenidas. El uso de las urgencias hospitalarias es consecuencia de muchas de estas barreras, por lo que su reducción conllevaría una mayor adecuación de la utilización de urgencias. / Background 15.9% of the Catalan population was immigrant in 2011. Despite the legal recognition of the right to health care and the development of specific policies, research on access to health services (HS) of the immigrant population (IP) in Spain point to possible barriers to access. However, the evidence is scarce, often contradictory and few factors have been clarified. Main objective To analyze, from the IP perspective, the elements that influence their access to HS in Catalonia. Methodology Qualitative and phenomenological study, based on the conceptual framework of Aday and Andersen. The study area included Barcelona, Lleida, Girona and Baix Empordà, and the study population was defined as the IP living in these places. The theoretical sample was based on different perspectives and relationships with the HS (users, healthcare cultural mediators and immigrant associations’ representatives), and different countries of origin (Pakistan, Romania, Senegal, Morocco and Colombia). The final size was 37 people, determined by saturation of the information. Semi-structured interviews were conducted (2008-2009), recorded and transcribed verbatim. A narrative content analysis was performed; data were segmented by informant, country of origin and themes; and categories of analysis were generated both based in the topics of the guide and the ones that emerged from the data. To enhance the quality of the analysis, triangulation of informants and analysts was carried out, and the process was systematically documented in detail. Results Most informants find it easy to access the HS regardless of their administrative and labour situation, and stress the access free of charge. However, entrance to the healthcare system is easy only if you have a health insurance card (HC), whose acquisition is hampered by the requirement of registration and Social Security affiliation, and the fear of being identified by authorities. In addition, barriers appear related to the HS and to characteristics of IP. Regarding the HS the following barriers appear: insufficient provision of information; primary care opening time; excessive waiting times; poor technical perceived quality of care; language barriers; unfair treatment and negative attitude of the professional. And in relation to the IP: ignorance of the HS and local languages, difficulty to leave work and comply with sick leave, and social role of women. There was also a perception of discrimination related to the HS. Due to these barriers, immigrants go to pharmacies, emergency departments, charitable associations or private institutions; use the HC of someone else; self-medicate; and pay for public and private care, thus delaying care and worsening the disease. Conclusions Access of immigrants to the HS in Catalonia is easy, but hampered by elements of the HS further intensified by features of the IP. The HC is configured as a key element, but its acquisition is based on requirements controversial and often unreachable. Lack of knowledge related to the lack of provision of information limits access, and although the social network partially assumes this provision, it cannot and should not replace the system as a source of information. The difficulty for missing work is due to job insecurity and abusive and illegal practices of employers; therefore it is necessary to transfer this knowledge to the competent authorities and adjust the opening times of HS. The language barrier, lack of cultural competence and perceived poor technical quality must be taken into account in the training of professionals and mediation resources. These results indicate non-compliance with laws and lack of policy implementation, so these must be reviewed, reinforced and maintained. As a result of many of these barriers immigrants use hospital emergency departments; their reduction would thus lead to greater adequacy of the utilization of the emergency departments.

Los anticuerpos naturales, que han demostrado ser capaces de controlar la diseminación de virus y bacterias, así como mejorar la capacidad de respuesta del huésped contra microorganismos, también reaccionan de forma cruzada con antígenos de otras especies (xenoanticuerpos). Estos anticuerpos pueden tener potenciales efectos deletéreos para el huésped como los dirigidos contra galactosa α-1-3 galactosa (α-Gal) que favorecen la sepsis por enterobacterias. Por otro lado, la xenoinmunización con células endoteliales, ha demostrado potenciales aplicaciones biomédicas como la capacidad de desarrollar un efecto anti-angiogénico y anti-tumoral. En este estudio se investigó: a) el efecto de los anticuerpos anti-α-Gal en la sepsis que se produce en ratones knockout para α-Gal (α-Gal KO) tras ligadura y punción de ciego (CLP); b) el impacto de la xenoinmunización en la sepsis que se produce en la rata tras realizar una CLP; c) las características de xenoanticuerpos presentes en la rata tras una xenoinmunización, especialmente la reacción cruzada de los mismos con otras especies y microorganismos; d) el impacto de la xenoinmunización en la angiogénesis y tumorogénesis de ratones RIP-Tag2. Los ratones α-Gal KO de nuestra colonia alcanzan espontáneamente elevados niveles de anticuerpos anti-αGal que pueden ser inhibidos de manera específica con la molécula GAS914. En el modelo de sepsis por CLP en estos ratones, la inhibición de los anticuerpos anti-αGal con GAS914 antes de la CLP conduce a una mayor supervivencia tras la sepsis. Sin embargo, la inhibición de los anticuerpos anti-αGal con GAS914 a partir de las 12 h tras la CLP, no mejora la supervivencia de la sepsis. La xenoinmunización de ratas con 3 inyecciones de sangre de hámster (SH) o cerdo (SC) a días alternos (d.a.) en la misma semana produce xenoanticuerpos naturales de predominio de IgM. Por el contrario, la inmunización de ratas con 3 inyecciones de sangre xenogénica a intervalos de 15 días (s.a.) genera xenoanticuerpos anti-hámster o anti-cerdo de predominio IgG. La CLP en rata Lewis con aguja de 19G produce una sepsis poco grave, y caracterizada por un patrón de disminución de citocinas. La inmunización previa a la CLP con SH o SC a d.a. conduce a una disminución de la supervivencia de los animales, mientras que a s.a. no muestra diferencias respecto al control. La inmunización con S.H d.a puede inducir una disminución de citocinas proinflamatorias y antiinflamatorias, que se asocia con una supervivencia de las ratas, o un aumento de las mismas, particularmente de leptina, que implica la mortalidad del animal. Los xenoanticuerpos producidos en la rata por la inmunización con SH o SC reaccionan de forma cruzada con Enterococcus faecalis pero no con Escherichia coli, aislados en la sangre de ratas tras la CLP. Además, los xenoanticuerpos anti-hámster y anti-cerdo reaccionan de forma cruzada con células de hámster o de cerdo, cuando no se han utilizado en la inmunización, así como células humanas y de conejo. Anticuerpos contra melibiosa y ramnosa parecen los responsables de la reacción cruzada de los xenoanticuerpos en rata con E. faecalis. La xenoinmunización con sangre o células endoteliales humanas, pero no con SC, produce xenoanticuerpos IgM e IgG que reaccionan de forma cruzada con células endoteliales y tumorales de ratones RIP-Tag2, inhibiendo in vivo la angiogénesis tumoral en estos animales. Sin embargo, la xenoinmunización con SC en ratones también induce xenoanticuerpos IgG que reaccionan de forma cruzada con células humanas. Se concluye que algunos xenoanticuerpos naturales contra carbohidratos pueden favorecer la sepsis causada por enterobacterias, por lo que su depleción podría ser una estrategia preventiva de la misma, mientras que los anticuerpos anti-carbohidrato producidos por xenoinmunización con hematíes tienen un efecto anti-angiogénico y podrían investigarse como inmunoterapia del cáncer. / Natural antibodies may react with antigens of other species (xenoantibodies) and have potential deleterious effects for the host, like antibodies against galactose α-1-3galactose (αGal) that boosts enterobacterial sepsis. On the other hand, xenoimmunization with endothelial cells may generate an anti-angiogenic and anti-tumor effect in the host. Here, we report that mice αGal KO produce spontaneously high levels of anti-αGal antibodies that can be specifically inhibited with GAS914. In a cecal ligation puncture (CLP) sepsis model in this mice, inhibition of anti-αGal antibodies with GAS914 before CLP increased survival after sepsis. However its inhibition 12h after CLP, did not improve animal survival. Xenoimmunization of rats with 3 injections of hamster (HB) or pig blood (PB) every other day (q.o.d.) or every other week (q.o.w.) produce natural xenoantibodies, (meanly IgM) or induced xenoantibodies (mainly IgG), respectively. CLP in Lewis rats with 19G needle produce a less severe sepsis, characterized by a pattern of reduction of pro-inflammatory and anti-inflammatory cytokines and minimal mortality. Xenoimmunization previous to CLP with HB or PB q.o.d. decreases animal survival, whereas q.o.w. does not show differences respect to control. Xenoimmunization with HB q.o.d. may decrease pro-inflammatory and anti-inflammatory cytokines, which is associated with rat survival, or can increase the same, particularly leptin, which is associated with animal mortality. Xenoantibodies present in rat by HB or PB immunization cross-reacted with Enterococcus faecalis, isolated in the rat blood after the CLP. Also, these xenoantibodies were cross-reacted with hamster or pig cells, when they were not used in the immunization, as well as human and rabbit cells. Anti-melibiose and anti-rhamnose antibodies appeared to be responsible of xenoantibodies cross-reactivity in rat with E. faecalis. Xenoimmunization of mice RIP-Tag2 with human blood or endothelial cells, but not with PB, produce cross-reactive xenoantibodies against tumor and endothelial cells, which inhibited in vivo tumor angiogenesis in these animals. Xenoimmunization with PB in mice RIP-Tag2 induced cross-reactive xenoantibodies with human endothelial cells. In conclusion, some natural anti-carbohydrates xenoantibodies can boost sepsis caused by enterobacteria, whereas induced xenoantibodies after red blood cell exposure may have antiangiogenic effects, which may lead to potential applications of these antibodies as immunotherapy.

La Alta Presión Hidrostática (APH) es una tecnología no térmica capaz de extender la vida útil de los alimentos al mismo tiempo que mantiene sus características nutricionales y organolépticas. El queso fresco es una variedad no madurada, de coagulación enzimática o ácida, y que generalmente es consumido poco después de su elaboración. El queso fresco tradicional es obtenido por coagulación enzimática y es un medio ideal para el crecimiento bacteriano, ya que en su fabricación no se utilizan fermentos lácticos, posee una elevada actividad de agua y un alto contenido en proteína y grasa. El principal objetivo de esta tesis fue evaluar el efecto de la APH para extender la vida útil de un queso fresco tradicional obteniendo un producto de alta calidad. Para este propósito, se realizó un estudio preliminar con quesos comerciales de pequeño formato (80 g) a nivel de planta piloto con el fin de determinar la capacidad de la APH para inhibir el crecimiento de microorganismos causantes de deterioro. Los quesos fueron tratados a 300 y 400 MPa (5 min a 6°C) y se evaluaron diferentes parámetros microbiológicos, de de composición y físico-químicos durante su almacenamiento en frío. Los resultados mostraron que la APH no modificó la composición del queso fresco y produjo sólo pequeños cambios en el color (más amarillo) y la textura (más firme), cuando se comparó con un queso no tratado. Además, la aplicación de 300 y 400 MPa aumentó la vida útil de los quesos a 14 y 21 días, respectivamente. La siguiente fase fue determinar la vida útil de un queso comercial (250 g) tratado a 500 MPa (5 min a 18°C) bajo condiciones industriales siguiendo también su evolución microbiológica, de composición, físico-química y sensorial durante 21 días de almacenamiento en frío. En este caso, los quesos presurizados alcanzaron una vida útil de entre 19 y 21 días al compararlos con los quesos no tratados que fue de entre 7 y 8 días. Sin embargo, el tratamiento de 500 MPa afectó significativamente a las características de color, textura, microestructura y sensoriales del queso, pero no así su preferencia por parte de un panel de catadores. Es importante destacar que la APH fue capaz de mantener las características de aroma del queso a lo largo de su vida útil, retrasando la formación de compuestos volátiles responsables de sabores extraños. Adicionalmente, se realizó un ensayo de inoculación con Listeria spp. con el fin de evaluar la efectividad de la APH (300-600 MPa durante 5 min a 6°C) para asegurar la inocuidad alimentaria. Se seleccionaron tres cepas bacterianas (L. monocytogenes Scott A y CECT 4031, y su marcador, L. innocua CECT 910) para estudiar la inactivación y la generación de daño sub-letal después del tratamiento y su evolución durante 15 días de almacenamiento a 4°C. Con el tratamiento de 300 MPa no se consiguió inactivar ninguna de las cepas inoculadas. Sin embargo, tanto los tratamientos de 500 MPa y 600 MPa se lograron importantes reducciones de Listeria spp. Por otra parte, la presurización del queso fresco entre 300-600 MPa no produjo significativamente daño sub-letal, apreciándose diferencias en el comportamiento entre las cepas estudiadas. Así, se observó que L. monocytogenes CECT 4031 fue la más sensible a la APH y Scott A la más resistente. En los quesos tratados el crecimiento de esta bacteria durante el almacenamiento en frío no fue inhibido. Los recuentos en los quesos tratados a 300 MPa no fueron distintos a los del queso control para todas las cepas y nivel de inoculo utilizados. / High pressure processing (HPP) is a non-thermal technology able to extend the shelf-life of a number of food products while maintaining their sensory and nutritional quality. Fresh cheese is unripened rennet or acid-coagulated type and is usually consumed after manufacturing. Traditional fresh cheese is obtained by rennet coagulation and it may serve as an ideal medium for bacterial proliferation, since no starter culture is added, and considering its high water activity and its high protein and fat contents. The main objective of this thesis was to evaluate the effect of HPP technology for extending the shelf-life of a starter-free fresh cheese, and in order to obtain a high quality product. For this purpose, a preliminary study at pilot plant scale using small commercial cheeses (80 g) was carried out with the aim to determine the HPP capacity to inhibiting the outgrowing of spoilage microorganisms. In this sense, cheeses were treated at 300 and 400 MPa (5 min at 6ºC) and their microbiological, compositional and physico-chemical evolution during cold storage was evaluated. Results indicated that HPP did not affect cheese composition and provoked only little changes in colour (more yellow) and textural (firmer) properties of fresh cheese when compared with untreated cheese. Besides, 300 and 400 MPa were able to extend fresh cheese shelf-life to 14 and 21 days, respectively. The next step was to determine the shelf-life of commercial fresh cheeses (250 g) treated at 500 MPa (5 min at 18ºC) at industrial scale, by following their microbiological, compositional, physico-chemical and sensorial evolution during cold storage of 21 days. This time, pressurised cheeses achieved a shelf-life of about 19-21 days compared to 7-8 days of the untreated cheese. However, 500 MPa significantly affected colour, microstructural, textural and sensory characteristics, but the preference for the treated cheese was not affected. It is also worth noting that HPP was able to maintain the aroma characteristics of cheese throughout its shelf-life, leading to a delay in the formation of volatile compounds responsible for off-flavours. Additionally, an inoculation study with Listeria spp. was carried out in order to evaluate the effectiveness of the HPP (300-600 MPa for 5 min at 6°C) to assure food safety. Three bacterial strains (L. monocytogenes Scott A and CECT 4031, and its surrogate L. innocua CECT 910) were selected to study the initial inactivation achieved, the sublethal damage generated and microbial growth during 15 days of storage at 4°C. Treatment at 300 MPa did not inactivate any of the strains inoculated. Conversely, 500 and 600 MPa were effective to achieve significant reductions of pathogen counts in fresh cheese. On the other hand, treatment of fresh cheese within the range of 300-600 MPa did not produce significant sublethal injury. Regarding behaviour differences among Listeria strains, it was observed that L. monocytogenes CECT 4031 was the most sensitive and L. monocytogenes Scott A the most resistant to HPP. Finally, growth during cold storage was not prevented since viable cells remain after the treatment. Counts of cheeses treated at 300 MPa were not different from untreated cheese counts, for all strains and inocula level used. On the other hand, differences in rate of growth among strains were observed. Scott A strain showed the lowest rate for all conditions studied. These results confirm that the fresh cheese, due to their characteristics of pH and aw, is able to support growth of Listeria spp.

Les lesions de medul·la espinal són imprevisibles i devastadores per a aquells que les pateixen. Les conseqüències d’aquestes lesions comporten l’aparició de símptomes positius i negatius, especialment per sota del nivell de la lesió. Els dèficits són sensorials, motors i autonòmics, i inclouen fenòmens com la hiperreflèxia i la espasticitat. Curiosament, la manca de sensibilitat no és incompatible amb l’aparició de dolor neuropàtic, que es presenta sovint després de les lesions medul·lars. Aquesta modalitat de dolor està causada per la lesió o la disfunció d’elements del sistema nerviós, i les opcions per tractar-lo són limitades i només efectives en alguns casos. En aquesta tesi hem caracteritzat l’aparició de signes de dolor així con els dèficits motors i funcionals després d’una contusió espinal en rata. Els nostres resultats indiquen la persistència dels símptomes de dolor i els dèficits funcionals, i també destaquen la important plasticitat present als segments medul·lars que no han estat afectats directament per la lesió. Els segments lumbars, per exemple, poden influir en l’aparició i el manteniment de la hiperalgèsia i la hiperexcitabilitat central. A l’última part d’aquesta tesi hem administrat dos tractaments farmacològics amb la intenció de modular alguns d’aquests elements plàstics per tal de poder reduir els signes de dolor neuropàtic. / Las lesiones de medula espinal son imprevisibles y devastadoras para aquellos que las sufren. Entre sus consecuencias se encuentran síntomas positivos y negativos, especialmente por debajo del nivel de la lesión. Los déficits son sensoriales, motores y autonómicos y incluyen fenómenos como la hiperreflexia y la espasticidad. Curiosamente, la pérdida de sensibilidad no es incompatible con la aparición de dolor neuropático. Esta modalidad de dolor está causada por la lesión o disfunción de elementos del sistema nervioso, y tiene limitadas opciones de ser tratado, ya que los tratamientos sólo son efectivos en algunos casos. En esta tesis hemos caracterizado la aparición de signos de dolor y los déficits funcionales después de una contusión medular en la región torácica en ratas. Nuestros resultados indican la persistencia de los síntomas de dolor y los déficits funcionales, y destacan la importancia de la plasticidad de los segmentos medulares que no han sido directamente lesionados. Los segmentos lumbares, por ejemplo, pueden influir notablemente en la aparición y el mantenimiento de la hiperalgesia y la hiperexcitabilidad central. En la última parte de esta tesis hemos usado dos fármacos con la intención de modular alguno de estos elementos plásticos para poder así reducir los signos de dolor neuropático. / Spinal cord injury (SCI) is a devastating and unexpected event that greatly influences the life of those who suffer it. SCI consequences include the appearance of positive and negative signs, especially below the lesion site. These include the loss of autonomic, sensory and motor function, amongst other symptoms such as hyperreflexia and spasticity. Curiously, despite the loss of sensitivity below the injury site, SCI are normally accompanied by the appearance of neuropathic pain. This modality of pain is caused by the lesion or the dysfunction of elements of the nervous systems, and the treatment options are scarce and only effective in some cases. In this thesis we have characterized the appearance of neuropathic pain signs, as well as motor and functional deficits, in a model of spinal cord contusion in rats. Our main results indicate the persistence of pain signs and functional deficits, as well as highlight the important plasticity of those segments not directly affected by the injury itself. These segments, such as the lumbar segments, can really influence the development of hyperalgesia and central hyperexcitability. In the last part of this thesis we have tested two different pharmacological treatments in order to modulate some of these plastic elements to ameliorate the neuropathic pain signs.

In the last years our research has been focused on analyzing the signaling pathways induced by TGF-β in liver tumor cells, to understand the molecular mechanisms that confer resistance to its suppressor effects. TGF-β induces apoptosis in fetal and neonatal murine hepatocytes, as well as in liver tumor cells, and chronic exposure of these cells to TGF-β iinduces a process of Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT). In the present work we wanted to identify TGF-β-regulated genes that being involved in EMT and cell invasion could also participate in the control of growth, apoptosis and/or differentiation. Firstly we analyzed the role of genes regulated by TGF-β and implicated in EMT that might participate in apoptosis control in hepatocytes, focusing on Snail and SPARC. Inhibition of Snail, through targeting knock-down with specific siRNA, impairs TGF-β-induced EMT in murine hepatocytes and significantly enhances their apoptotic response, which indicates that Snail plays a relevant role in conferring resistance to TGF-β-induced cell death. TGF-β also induces anti-apoptotic signals, mediated by the activation of the epidermal growth factor receptor (EGFR). Snail downregulation impairs the TGF-β-induced EGFR ligands expression and inhibits the phosphorylation of Akt, Erks and c-Src family, which is coincident with activation of mitochondrial-dependent apoptotic events and an earlier Smad3 phosphorylation in TGF-β-treated cells. We also demonstrate a role for Snail in sensitizing murine hepatocytes to cell death by anoikis, which is a relevant phenomenon in metastatic processes. Snail1 downregulation in human hepatocellular carcinoma (HCC) cells, which are partially or fully resistant to TGF-β suppressor effects, restores the apoptotic response to TGF-β. TGF-β induces SPARC expression in FaO rat liver tumor cells but not in neonatal murine untransformed hepatocytes. SPARC inhibition, through targeting knock-down with specific siRNA, reveals a role for SPARC in mediating TGF-β-induced EMT in liver tumor cells. Furthermore, SPARC knock-down significantly enhances the TGF-β-induced apoptotic response. Interestingly, SPARC effects might be mediated by Snail, since SPARC silencing impairs Snai1 up-regulation by TGF-β in FaO cells. We next wanted to study the tumorigenesis of FaO cells after in vitro chronic treatment with TGF-β for 4 weeks (TβT-FaO). For this, we injected these cells through both subcutaneous and intrasplenic procedures. Liver tumor formation derived from intrasplenic injection of FaO cells induced a multifocal highly proliferative hepatocarcinoma in all mice, whereas parallel inoculation of TβT-FaO cells promoted low proliferative unifocal and heterogeneous hepatic lesions which showed higher staining for phospho-Smad2. Detailed analysis of tumors revealed lesions with bile duct characteristics and lesions with a dedifferentiated (hepatoblast) phenotype. Primary culture of tumor cells from both FaO- and TβT-FaO-induced intrasplenic lesions indicated that only cells obtained from FaO-induced tumors undergo apoptosis in response to TGF-β, whereas TβT-FaO-derived tumors contain cells that are fully resistant. Analysis of the phenotype of tumors and their derived cells showed that intrasplenic injection of TβT-FaO cells may produce cholangiocarcinoma-like and hepatoblastoma-like tumors. In summary, chronic in vitro TGF- β treatment of FaO cells changed their tumorigenic potential. Tumor growth was slower but cells are resistant to apoptosis. Futhermore, phenotype of lesions reflected a stem-like phenotype which provokes the appearance of less differentiated tumors (hepatoblastomas) or transdifferentiation to a different liver tumor lineage (cholangiocarcinomas). / En el trabajo actual hemos querido identificar genes regulados por TGF-β que estando implicados en EMT e invasión celular puedan también participar en el control del crecimiento, apoptosis y/o diferenciación, centrándonos en Snail y SPARC. La inhibición de la expresión de Snail impide la EMT inducida por TGF-β en hepatocitos murinos y aumenta su respuesta apoptótica, indicando un papel importante de Snail confiriendo resistencia a la muerte inducida por TGF-β. El TGF-β también induce señales anti-apoptóticas, mediadas por la activación del EGFR. La cancelación de Snail impide la inducción mediada por TGF-β de los ligandos del EGFR e inhibe la fosforilación de Akt, ERKs y familia c-Src, hecho coincidente con la activación de eventos apoptóticos dependientes de la mitocondria y con una fosforilación temprana de Smad3 en las células tratadas con TGF-β. También demostramos el papel de Snail en la sensibilización de los hepatocitos a la muerte celular por anoikis. La disminución de los niveles de Snail1 en células de carcinoma hepatocelular humano (HCC), restaura la respuesta apoptótica al TGF-β. El TGF-β induce la expresión de SPARC en las células tumorales FaO de hepatoma de rata pero no en los hepatocitos neonatales murinos no transformados. La inhibición de la expresión de SPARC revela un papel de SPARC en la inducción de EMT y en la respuesta apoptótica mediada por TGF-β en células tumorales hepáticas. A continuación quisimos estudiar el potencial tumorogénico de las células FaO después de un tratamiento in vitro crónico con TGF-β durante 4 semanas (TβT-FaO). Inyectamos estas células en ratones inmunodeprimidos para provocar la formación de tumores tanto subcutáneos como ortotópicos (inyección intraesplénica). La inoculación intraesplénica de células FaO indujo un carcinoma hepatocelular multifocal altamente proliferativo en todos los ratones, mientras que la inoculación paralela de células TβT-FaO promovió la formación de lesiones unifocales, heterogéneas y con baja proliferación que mostraron un fuerte marcaje para Smad2 fosforilado. Un análisis detallado de los tumores mostró lesiones con características de ducto biliar y lesiones con un fenotipo desdiferenciado (hepatoblastos). El cultivo primario de las células provenientes de estos tumores indicó que sólo las células obtenidas de los tumores FaO sufren apoptosis en respuesta al TGF-β, mientras que los tumores derivados de los TβT-faO contienen células que son completamente resistentes. En resumen, el tratamiento crónico in vitro con TGF-β de las células FaO cambió su potencial tumorogénico. El crecimiento tumoral fue más lento pero las células son resistentes a la apoptosis. Además, el fenotipo de las lesiones refleja un fenotipo tipo célula progenitora que provoca la aparición de tumores menos diferenciados o la transdiferenciación a una línea tumoral hepática distinta.