Os vetores retrovirais representam uma das melhores opções para transferência e terapia gênica, pois fornecem expressão do transgene em longo prazo. Entretanto, a inserção do provírus pode causar mutagênese insercional, induzindo proto-oncogenes. Eventos deste tipo têm sido descritos em protocolos clínicos para o tratamento de SCID-X1, doença granulomatosa crônica e talessemia beta, quando vetores retrovirais (oncorretrovirus) foram utilizados. Atualmente, existem poucos métodos simples e rápidos para revelar e quantificar a expansão clonal. Assim, descrevemos a construção uma biblioteca de vetores contendo uma marcação aleatória, denominada código de barras. O sequenciamento do código de barras permitirá revelar, caracterizar e até quantificar a expansão clonal de uma população de células transduzidas. Esta metodologia ajudará a testar novos arranjos de promotores e genes terapêuticos, para o desenvolvimento de vetores mais seguros contribuindo para a redução da probabilidade de um evento de proliferação clonal desencadeado pela mutagênese insercional. / Retroviral vectors represent one of the best options for gene transfer and therapy, where long-term transgene expression is required. However, insertion of the provirus can cause insertional mutagenesis, which may have adverse consequences, such as induction of proto-oncogenes. Such events have been described in clinical trials for the treatment of SCID-X1, chronic granulomatous disease and beta thalessemia with some retroviral vectors. Currently, there are few simple and quick methods that can reveal and quantify clonal expansion. Thus, we describe the construction of a vector library containing random markers, called \"barcodes\". The sequencing of the barcode could reveal, characterize and quantify the clonal expansion of a transduced cells population. This methodology will be valuable to test new arrangements of promoters and therapeutic genes, allowing the development of safer vectors, helping to reduce the probability of clonal proliferation events triggered by insertional mutagenesis.

Submitted by Nadir Basilio (nadirsb@uninove.br) on 2016-06-01T14:43:08Z No. of bitstreams: 1 Valdemar Modolo Junior.pdf: 2802590 bytes, checksum: f3956818acd10efc3244abc007294827 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-01T14:43:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Valdemar Modolo Junior.pdf: 2802590 bytes, checksum: f3956818acd10efc3244abc007294827 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Among the optimization methods, the Genetic Algorithm (GA) has been producing good results in problems with high order of complexity, such as, for example, the production scheduling problem in job shop environment. The production sequencing problems must be translated into a mathematical representation, so that the AG can act. In this process we came up a problematic, the choice between different ways to represent the solution as some representations have limitations, how to present not feasible and / or redundant solutions. Therefore the aim of this study is to conduct a comparative study between different representations of the solution in the AG in production sequencing problems in job shop environments. Two representations of the solution were analyzed, the priority lists based and based on order of operations and compared with a binary representation, in the context of sequencing problem set defined by Lawrence (1984). The results were evaluated according to the total processing time (makespan), the computational cost and the proportion of generated feasible solutions. It was noticed that the representation of the solution based on order of operations, which produced 100% of feasible solutions, was the one that showed the best results although no convergence to the best known solution to every problem. / Dentre os métodos de otimização, o Algoritmo Genético (AG) vem produzindo bons resultados em problemas com ordem de complexidade elevada, como é o caso, por exemplo, do problema de sequenciamento da produção em ambiente job shop. Os problemas de sequenciamento da produção devem ser traduzidos para uma representação matemática, para que o AG possa atuar. Neste processo surgi uma problemática, a escolha entre as diferentes formas de se representar a solução visto que algumas representações apresentam limitações, como apresentar soluções não factíveis e/ou redundantes. Portanto o objetivo deste trabalho é realizar um estudo comparativo entre diferentes representações da solução no AG em problemas de sequenciamento da produção em ambientes job shop. Duas representações da solução foram analisadas, a baseada em listas de prioridades e a baseada em ordem de operações e comparada com uma representação binária, no contexto do conjunto de problemas de sequenciamento definidos por Lawrence (1984). Os resultados foram avaliados em função do tempo total de processamento (makespan), do custo computacional e da proporção de soluções factíveis geradas. Percebeu-se que, a representação da solução baseada em ordem de operações, a qual produziu 100% de soluções factíveis, foi a que mostrou os melhores resultados apesar de não apresentar convergência para a melhor solução conhecida em todos os problemas.

Submitted by Nadir Basilio (nadirsb@uninove.br) on 2018-01-24T20:53:58Z No. of bitstreams: 1 Andre Luis Marques Ferreira dos Santos.pdf: 3359520 bytes, checksum: 44628dce3b0bf9344584d99777736b0f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T20:53:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andre Luis Marques Ferreira dos Santos.pdf: 3359520 bytes, checksum: 44628dce3b0bf9344584d99777736b0f (MD5) Previous issue date: 2017-08-30 / The internet has contributed to the appearance of new kinds of businesses, which require a peculiar scientific approach in order to enlarge the operational results of the said enterprises. This context gave rise to a new set of organizations, businesses focused on intellectual production, the so-called creative industries. One of the ways to assess these intellectual capital companies is the optimization of human resources time, also known as Human Resources Specialists (HRS). The optimization of HRS’ consists in identifying which resources must be allocated to each project and the order in which the given tasks must be undertaken. In literature, this subject is known as “integrated problem of resources allocation and task scheduling”, commonly studied in manufacture businesses as “job shop problem”, but there is very little reference of the subject in the context of creative industries. Based on this assumption, the goal of this piece of work is to apply heuristic techniques to solve the HRS allocation and task scheduling problems within creative industries in an integrated way. Therefore, the model developed herein becomes relevant to researches involving the use of intellectual capital. The mentioned model consists in representing, through computer simulations, the operation of a competitive intelligence department and, making use of heuristics, determine the best scenarios for system optimization. In other words, to identify which of those scenarios makes viable to perform all projects in the shortest time possible. This model was based in real data, collected in two years of thorough observation of a company, the study object of this work. The outcome was satisfactory and the proposed model has achieved its objective. / A Internet contribuiu para o surgimento de um novo tipo de organização, as indústrias criativas, empresas com negócios focados no capital intelectual, os quais podem ser avaliados por meio da otimização do tempo dos recursos humanos, também intitulado como, recursos humanos especialistas (RHE). A otimização dos RHE consiste em identificar quais os recursos devem ser alocados para cada projeto e em qual ordem as tarefas devem ser realizadas, tema conhecido na literatura como “problema integrado de alocação de recursos e sequenciamento de tarefas”, comumente estudado nas empresas de manufatura como job shop problem, mas com pouca referência no contexto das indústrias criativas. Partindo desse pressuposto o objetivo deste trabalho foi desenvolver um modelo de simulação e otimização computacional, para resolver de forma integrada o problema de alocação de RHE e sequenciamento de tarefas dentro de uma indústria criativa. Assim, este trabalho torna-se relevante para as pesquisas que envolvam o uso de capital intelectual. O modelo desenvolvido neste trabalho consiste em representar por meio de simulação computacional o funcionamento de um departamento de inteligência competitiva e determinar os melhores cenários para otimizar o sistema, ou seja, identificar quais cenários viabilizam realizar todos os projetos em um menor tempo possível. A parametrização do modelo foi realizada com base em informações reais, coletadas em dois anos de observações na empresa objeto de estudo desta pesquisa. Os resultados mostram que a utilização de métodos computacionais de otimização pode contribuir na tomada de decisão para minimizar o tempo de realização dos projetos e para identificar os pontos de ociosidade do sistema em ambientes dinâmicos.

A mastite bovina é considerada a doença de maior impacto nos rebanhos leiteiros, exercendo efeito econômico negativo sobre a produtividade e perdas significativas à indústria de laticínios. Tendo em vista os impactos na sanidade animal e os prejuízos econômicos acarretados, o objetivo deste estudo foi caracterizar de forma mais abrangente a comunidade microbiana presente em rebanhos leiteiros com mastite subclínica utilizado o sequenciamento parcial do gene 16S ribossomal RNA (rRNA). Especificamente, foram caracterizadas as comunidades bacterianas presentes em amostras de leite vindas de três fazendas comerciais, sendo que cada fazenda contribuiu com amostras com alta contagem de células somáticas (CCS > 200.000 cel./mL) e com baixa contagem (CCS < 200.000 cel./mL) perfazendo um total de 57 animais. O DNA total foi extraído e amplificado com os oligonucleotídeos iniciadores da região V3 e V4 do gene 16S rRNA. O sequenciamento foi realizado utilizando a tecnologia de sequenciamento de nova geração através do equipamento MiSeq (Illumina - San Diego, EUA). Para efeito de comparação, alíquotas de todas as amostras foram destinadas ao cultivo microbiológico para identificação de bactérias causadoras da mastite. Os fragmentos amplicons de todas as amostras foram submetidos a uma série de análises computacionais utilizando o programa QIIME. Após a avaliação adicional das sequências em nível de espécie, verificou-se que em geral as bactérias diagnosticadas por cultura geralmente não corresponderam com as sequências mais abundantes detectadas pelo sequenciamento. A análise da composição da microbiota de amostras de leite provenientes de animais saudáveis revelou a presença de uma grande diversidade de espécies bacterianas, mesmo que nenhuma bactéria tenha sido detectada por técnica de cultura. A espécie bacteriana mais abundante em todas as amostras foi Staphylococcus chromogenes. Staphylococcus aureus também foi detectada na grande maioria das amostras As diferenças na composição microbiana foram observadas entre as amostras quando a comparação foi feita de forma individual. Estas diferenças foram notórias em composição taxonômica e foram refletidas por intermédio das estimativas de alfa e beta diversidade. Quando a comparação foi realizada por separação de grupos com alta e baixa CCS, essa diferença não foi tão evidente. Com este estudo será possível compreender a diversidade dos microrganismos presentes na glândula mamária de animais saudáveis e com mastite subclínica. Essas informações podem ser úteis podendo contribuir no planejamento de medidas terapêuticas e preventivas mais eficazes da doença. / Bovine mastitis is considered the most impact disease in dairy herds, exerting negative economic effect on productivity and significant losses to the dairy industry. In view of the impact on animal health and carted economic losses, the objective of this study was to characterize more comprehensively the microbial community present in dairy herds with subclinical mastitis using the partial sequencing of 16S ribosomal RNA gene (rRNA). Specifically, the bacterial communities present in samples of milk coming from three commercial farms were identified, and each farm contributed samples with high somatic cell count (SCC> 200,000 cel./mL) and low count (SCC <200,000 cel./ml) for a total of 57 animals. Total DNA was extracted and amplified with primers of the V3 and V4 region of the 16S rRNA gene. Sequencing was performed using the new generation of sequencing technology through MiSeq equipment (Illumina - San Diego, USA). For comparison, aliquots of all samples were intended for microbiological culture for identification of bacteria which cause mastitis. The amplicon fragments of all samples were subjected to a series of computer analyzes using the QIIME program. After further evaluation of the sequences at the species level, it was found that in general the bacteria do not generally diagnosed by culture corresponded to the most abundant sequences identified by sequencing. The analysis of milk samples from microbial composition from healthy animals revealed the presence of a diversity of bacterial species, even though no bacteria have been detected by culture technique. The most abundant bacterial species in all samples was Staphylococcus chromogenes. Staphylococcus aureus was also detected in most samples differences in microbial composition were found between the samples when a comparison was made individually. These differences were noticeable in taxonomic composition and were reflected by means of the estimates of alpha and beta diversity. When comparison was performed by separation of high and low groups with CCS, this difference was not so evident. This study will be possible to understand the diversity of microorganisms present in the mammary gland of healthy animals and with subclinical mastitis. This information can be useful and can contribute in the planning of more effective therapeutic and preventive measures of the disease.

No Brasil, houve significativa redução da mortalidade infantil, porém não do componente perinatal que corresponde a 13% do total. O diagnóstico das infecções congênitas com base apenas em dados clínicos, ultrassonográficos e sorológicos maternos é muito difícil, havendo necessidade de um número grande de sorologias, algumas delas não disponíveis na rotina laboratorial, e o simples encontro de sorologia positiva (IgM e IgG positivas) na gestante não constitui prova inequívoca da transmissão vertical. A extração de DNA/ RNA a partir de líquido amniótico possui baixo rendimento, dificultando a realização de inúmeros testes moleculares. Sendo assim, na tentativa de preencher esta lacuna diagnóstica, a presente pesquisa teve como objetivo a padronização e validação de uma multiplex-nested-PCR capaz de detectar, de forma simultânea, sete patógenos que causam infecções congênitas e possuem DNA no genoma: CMV, HSV, VZV, EBV, adenovírus, parvovírus B19 e Toxoplasma gondii, com determinação da frequência relativa de cada microrganismo em um grupo de gestantes com (estudo) e sem suspeita de infecção (controle). No grupo de estudo, 147 gestantes foram recrutadas, com 57 casos positivos (38,8%): 32 com T. gondii (21,8% do total e 56,1% dos positivos);12 com CMV (8,1% e 21%); 5 casos com parvovírus (3,4% e 8,8%); 4 com adenovírus (2,7% e 7%) e 4 casos com dupla detecção (2 casos com T. gondii e CMV; 1 caso com T. gondii e VZV e 1 caso com CMV e parvovírus B19). O grupo controle contou com 193 casos e 197 amostras: líquido amniótico para cariotipagem em gestantes com idade avançada (n=44); amostras de sangue (n =150), e fragmentos de placentas (n=3) de gestantes com pré-natal normal, no momento do parto. Neste grupo, duas amostras de líquido amniótico foram positivas (1,04% do total de casos e 4,5% dos líquidos): um caso de adenovírus em feto com cariótipo normal, e um caso de T. gondii em feto com translucência nucal aumentada e trissomia do 21 (síndrome de Down). Neste grupo controle 14/193 cariótipos fetais se encontravam alterados (7,2%). A falta de estudos similares dificultou a comparação dos resultados, porém a multiplex-nested-PCR detectou número quase seis vezes superior ao detectado pelos exames disponíveis nos centros participantes. Todos os resultados positivos foram confirmados pelo sequenciamento dos produtos de amplificação. A similaridade entre as sequências amplificadas e os protótipos do GenBank variou entre 95-98%. No presente estudo, a padronização e validação de uma multiplex-nested-PCR foi realizada com sucesso, utilizando protocolos simples, reprodutíveis, agrupamento dos sete controles positivos em um único plasmídeo bacteriano e substituição da detecção do material amplificado pela eletroforese capilar, mais rápida, com menor custo, e com maior grau de resolução que os géis de agarose. Para a implantação da técnica na rotina laboratorial, pretende-se a substituição do sequenciamento como método confirmatório, pela realização de amplificações em tempo real com Sybr Green, apenas do patógeno que for detectado pela multiplex-nested-PCR. / In Brazil, there was a significant reduction in infant mortality, but not in the perinatal component, which corresponds to 13% of the total. Diagnosis of congenital infections based on maternal clinical, ultrasound and serological data is very difficult, requiring a large number of serologies, some of which are not available in the clinical laboratory routine, and the simple finding of a positive IgM and IgG in the pregnant woman does not constitute unequivocal evidence of vertical transmission. The extraction of DNA/ RNA from amniotic fluid samples has a low yield, making it difficult to perform many molecular tests on this biological material. Therefore, in an attempt to fill this diagnostic gap, the present research aimed at standardizing and validating a multiplex-nested-PCR capable of simultaneously detecting seven pathogens that cause congenital infections and have DNA in their genomes: CMV, HSV, VZV, EBV, adenovirus, parvovirus B19 and Toxoplasma gondii. The study has also aimed at determining the relative frequency of each microorganism in a group of pregnant women with (study group) or without suspicion of infection (control group). In the study group, 147 pregnant women were included and 57 (38.8%) positive cases detected. Thirty-two cases had T. gondii (21.8% of the total and 56.1% of the positive ones), 12 had CMV (8.1% and 21%); 5 cases had parvovirus (3.4% and 8.8%); 4 cases had adenovírus (2.7% and 7%). Four cases showed double detection (2 cases had T. gondii and CMV, 1 case had T. gondii and VZV, and 1 case had CMV and parvovirus). The control group had 193 cases and 197 samples: amniotic fluid for karyotyping in pregnant women with advanced age (n = 44); blood samples (n = 150), and fragments of placentas (n = 3) of pregnant women with normal prenatal care, at delivery. In this group, two amniotic fluid samples were positive (1.04% of total cases and 4.5% of fluids): one case of adenovirus with normal fetal karyotype, and one case of T. gondii with increased nuchal translucency and trisomy 21 (Down syndrome). In this control group, 13/ 193 fetal karyotypes were altered (6.7%). The lack of similar studies made it difficult to compare the results, but the multiplex-nested-PCR detected a number almost six times higher than that detected by the tests available at the participating centers. All the positive amplification products were sequencing and confirmed the results. The similarity between the amplified sequences and the GenBank prototypes varied between 95-98%. In the present study, the standardization and validation of a multiplex-nested-PCR was success, using simple and reproducible protocols, and the clustering of the seven positive controls on a single bacterial plasmid aside from the replacement of the amplification products detection by agarose gels for the capillary electrophoresis, which is faster, less expensive and has a higher degree of resolution. For the technique set up in the laboratory routine, the substitution of the sequencing as the confirmatory method for real-time amplifications with Sybr Green is required, amplifying only the pathogen that has been previously detected by the multiplex-nested-PCR.

[pt] O problema de sequenciamento de tarefas e troca de ferramentas (job sequencing and tool switching problem - SSP) tem sido extensivamente estudado na área de pesquisa operacional, devido à sua relevância prática e interesse metodológico. Dada uma máquina que pode carregar uma quantidade limitada de ferramentas simultaneamente e um número de tarefas que requerem um subconjunto das ferramentas disponíveis, o SSP procura uma sequência de tarefas que minimize o número total de trocas de ferramentas na máquina. Para resolver este problema, é proposta uma busca genética híbrida simples e efetiva baseada em uma representação de solução genérica, um operador de decodificação sob medida, buscas locais eficientes e técnicas de gerenciamento de diversidade. Para orientar a busca, um objetivo secundário desenvolvido para tratar empates é introduzido. Essas técnicas permitem explorar soluções estruturalmente distintas e escapar de ótimos locais. Conforme apresentado nos experimentos computacionais em instâncias clássicas, o algoritmo proposto supera significativamente todas as abordagens anteriores, mesmo sendo de fácil entendimento e implementação. Por fim, resultados obtidos em um novo conjunto de instâncias maiores são reportados para estimular futuras pesquisas e análises comparativas. / [en] The job sequencing and tool switching problem (SSP) has been extensively studied in the field of operations research, due to its practical relevance and methodological interest. Given a machine that can load a limited amount of tools simultaneously and a number of jobs that require a subset of the available tools, the SSP seeks a job sequence that minimizes the number of tool switches in the machine. To solve this problem, we propose a simple and efficient hybrid genetic search based on a generic solution representation, a tailored decoding operator, efficient local searches and diversity management techniques. To guide the search, we introduce a secondary objective designed to break ties. These techniques allow to explore structurally different solutions and escape local optima. As shown in our computational experiments on classical benchmark instances, our algorithm significantly outperforms all previous approaches while remaining simple to apprehend and easy to implement. We finally report results on a new set of larger instances to stimulate future research and comparative analyses.

[pt] Este trabalho trata do problema real de avaliar a capacidade de processamento de pátios ferroviários planos de classificação. Nesses pátios, os vagões são recebidos em trens e movimentam respeitando a disposição dos trilhos e a formação sequencial do trem de saída. Movimentações ineficientes implicam em uma capacidade de processamento inferior à potencial do pátio dado seu layout. O objetivo desta pesquisa é descrever o problema e incitar um método capaz de calcular a capacidade de processamento de pátios ferroviários planos de classificação no horizonte estratégico, indicando se existe ou não a necessidade de um projeto de expansão para garantir atendimento à demanda prevista. O problema foi modelado através de programação linear inteira mista (MILP) baseado na teoria de sequenciamento de produção. O modelo foi aplicado em instâncias de teste, reproduzindo movimentações reais de vagões, e provou avaliar diferentes layouts adequadamente, porém com elevado tempo de execução. A inicialização de algumas variáveis binárias do modelo permitiu um incremento de tamanho nas instâncias, porém ainda inviável para aplicação na prática. / [en] This work deals with the real problem of evaluating the processing capacity of flat rail classification yards. In these yards, the railway cars are received on trains and move respecting the car sequence of the outgoing train. Inefficient movements imply a lower processing capacity than the yard s potential given its layout. The objective of this research is to describe the problem and to incite a method capable of calculating the processing capacity of flat rail classification yards in the strategic horizon, indicating whether or not there is a need for an expansion project to ensure meeting the expected demand. The problem was modeled using mixed integer linear programming (MILP) based on production scheduling theory. The model was applied to test instances, reproducing real railway car movements, and proved to evaluate different layouts properly, but with a high execution time. The initialization of some binary variables of the model allowed an increase in the size of the instances, however it is still unfeasible for practical application.

[pt] Tradicionalmente, em indústrias de produção de peças discretas, no nível tático do planejamento da produção, é calculado o plano mestre de produção (Master Production Scheduling – MPS), que estabelece a quantidade de cada bem a ser produzida por período. Com o MPS em mãos, a necessidade de matéria-prima é levantada e o requerimento de material é realizado levandose em consideração o lead time de chegada das peças, que está relacionado com o modal de transporte previamente definido pela empresa. Mais próximo da operação, o sequenciamento dos jobs é feito com o objetivo de atender ao planejamento do MPS. Normalmente, esses quatro problemas - definição do modal de transporte, elaboração do plano mestre de produção, definição do momento de compra de materiais e sequenciamento da produção - são tratados em momentos diferentes e, muitas vezes, de forma determinística. Neste trabalho é avaliado o impacto financeiro e operacional de realizar o planejamento de forma determinística e segregada. Em particular, avaliase: (i) o impacto da estocasticidade e co-otimização do planejamento da produção e das decisões de compra e (ii) a viabilidade do sequenciamento. Para (i) é proposto um modelo de otimização estocástica de dois estágios que co-otimiza as decisões de volume de produção, momentos de compra e modal de transporte. Para (ii) restrições de sequenciamento de jobs são adicionadas através de uma heurística e de um modelo de programação matemática. Avaliações empíricas são feitas por meio de dois experimentos numéricos com dados realistas de uma empresa do setor automobilístico. Para (i) observamos uma redução de custo de 7 por cento na operação para o ano de 2018 (ano do planejamento) e cerca de 3,5 por cento para 5000 cenários simulados (out-ofsample), comparando o modelo de dois estágios proposto com o procedimento normalmente adotado na indústria. Para (ii) também observamos uma redução de 8 por cento no custo de operação de 2018, e de 9,6 por cento para 50 cenários simulados (outof- sample), em relação ao modelo proposto em (i) e 13 por cento no custo de operação de 2018 e 15,6 por cento para 50 cenários simulados (out-of-sample), em comparação com o modelo típico da indústria. / [en] Traditionally, in discrete manufacturing industries, at the tactical level of production planning, the master production scheduling (MPS) is calculated, which establishes the quantity of each good to be produced per period. With the MPS in hand, the need for raw material is raised and the material requirement is carried out taking into account the lead time arrival of the parts, which is related to the transport mode previously defined by the company. Closer to the operation, the jobs scheduling is done with the purpose of meeting MPS planning. Typically, these four problems - definition of the transportation mode, preparation of master production scheduling, definition of the time to purchase materials and job scheduling - are dealt with at different times and often in a deterministic way. In this work we evaluate the financial and operational impact of carrying out the planning in a deterministic and segregated way. In particular, we assess: (i) the impact of stochasticity and co-optimization of production planning and purchasing decisions and (ii) the feasibility of job scheduling. For (i) a two-stage stochastic optimization model is proposed that co-optimizes production volume decisions, purchase moments and transportation mode. For (ii) sequencing constraints of jobs are added through a heuristic and a mathematical programming model. Empirical assessments are made through two numerical experiments with realistic data from a discrete manufacturing company. For (i) we observed 7 percent cost reduction in the operation for the year 2018 (planning year) and approximately 3.5 percent for 5000 simulated scenarios (out-of-sample), comparing the proposed two-stage model with the procedure typically adopted in the industry. For (ii) we also observed a reduction of 8 percent in the 2018 operation cost, and 9.6 percent for 50 simulated scenarios (out-of-sample), in relation to the model proposed in (i) and 13 percent in the 2018 operation cost and 15.6 percent for 50 simulated scenarios (out-of-sample), compared to the typical industry model.

INTRODUÇÃO: Crianças com baixa estatura constituem um grupo heterogêneo. Em uma parcela dos casos, o mecanismo envolvido nesse processo decorre de alterações genéticas. OBJETIVO: Realizar uma investigação clínica e genético-molecular de um grupo de pacientes com baixa estatura de causa desconhecida. MÉTODOS: Selecionamos crianças com baixa estatura persistente (escore-Z de altura <= -2 para idade e sexo) de causa desconhecida para avaliação genômica. O estudo foi dividido em 2 etapas: 1ª etapa - avaliação de 229 pacientes com baixa estatura sindrômica [baixa estatura associada a outros achados dismórficos (atraso de desenvolvimento neuropsicomotor e/ou déficit intelectual, presença de dismorfismos faciais e/ou outras malformações)] por cariótipo molecular (aCGH/SNPa); 2ª etapa: avaliação de 99 crianças com baixa estatura persistente, nascidas pequenas para idade gestacional (PIG - escore-Z de peso e/ou comprimento ao nascer <= -2 para idade gestacional) e classificação de acordo com a presença ou ausência de dismorfismos associados. Essas crianças foram divididas em dois grupos: baixa estatura sindrômica (n=44) e baixa estatura isolada (n=55). Pacientes com baixa estatura sindrômica foram avaliados por sequenciamento exômico (WES). Pacientes com baixa estatura isolada foram avaliados através de painel gênico (n = 39) ou WES (n = 16). RESULTADOS: 1ª etapa: 32 (14%) pacientes com baixa estatura sindrômica apresentaram variações no número de cópias (CNVs) patogênicas ou possivelmente patogênicas. Sete delas são recorrentes em outros estudos e são responsáveis por cerca de 40% de todas as CNVs patogênicas/possivelmente patogênicas encontradas em pacientes com baixa estatura de causa desconhecida. 2ª fase: Dentre os 99 pacientes avaliados com baixa estatura nascidos PIG, foram encontradas 23 variantes patogênicas/possivelmente patogênicas em genes já associados à distúrbios de crescimento. Quinze (34%) nos pacientes com baixa estatura sindrômica, em genes relacionados a processos celulares fundamentais, vias de reparo de DNA e vias intracelulares; e oito (15%) em pacientes com baixa estatura isolada, em genes associados à cartilagem de crescimento e a via RAS/MAPK. CONCLUSÃO: A heterogeneidade dos pacientes com baixa estatura dificulta o diagnóstico clínico. As novas abordagens genômicas permitem estabelecer o diagnóstico etiológico de crianças com baixa estatura de causa desconhecida / BACKGROUND: Patients born small for gestational age (SGA) are a heterogenous group, and in several cases, it is due to genetic processes. AIM: To perform a clinical and genetic-molecular investigation of short stature patients of unknown cause. METHODS: We selected short stature children (height <= -2 SDS for age and sex) of unknown cause for genomic evaluation. The study had two stages: 1st stage - 229 syndromic short stature patients (patients with short stature and dysmorphic features, developmental delay, and/or intellectual disability) were evaluated by molecular karyotype (aCGH/SNPa); 2nd stage: We selected 99 short stature children born SGA (birth weight and/or length <=-2 SDS for gestational age). They were classified according to the presence or absence of dysmorphic features into two groups: syndromic short stature (n=44) and isolated short stature (n=55). Patients with syndromic short stature were evaluated by whole exome sequencing (WES), and patients with isolated short stature were evaluated through a target panel sequencing (n=39) or WES (n=16). RESULTS: 1st stage: 32 (14%) syndromic short stature patients had pathogenic or probably pathogenic copy number variations (CNVs). We observed seven recurrent CNVs that are responsible for about 40% of all pathogenic/probably pathogenic genomic imbalances found in short stature patients of unknown cause. 2nd stage: Of the 99 patients evaluated, 23 pathogenic/likely pathogenic variants were found in genes already associated with growth disorders. Fifteen (34%) syndromic short stature patients had pathogenic variants in genes related to fundamental cellular processes, DNA repair and intracellular pathways; and eight (15%) isolated short stature patients had pathogenic variants in genes associated with growth plate development and the RAS/MAPK pathway. CONCLUSION: The heterogeneity of short stature makes the clinical diagnosis difficult. The new genomic approaches are effective to diagnose a larger number of undiagnosed patients

As soluções convencionais de tratamento biológico de corantes azo são baseadas em processos anaeróbio-aeróbios ocorrendo em unidades distintas. Este estudo avaliou o uso da aeração intermitente para a descoloração do Direct Black 22 (DB22) e biodegradação simultânea de subprodutos tóxicos no mesmo compartimento reacional. Os microrganismos utilizados foram obtidos de florestas tropicais e previamente adaptados a concentrações crescentes de DB22 (10-32,5 mg.L-1) em meio de cultivo. Os efeitos da concentração inicial de glicose (1 &#8211; 2 &#8211; 3 g.L-1) e aeração intermitente (0 &#8211; 4 &#8211; 8 h.d-1) sobre a descoloração, constante de descoloração e remoção de demanda química de oxigênio (DQO) foram investigados por planejamento fatorial e análise de superfície de resposta. Os testes foram conduzidos com água residuária (AR) que simulava a composição dos efluentes de lavanderias têxteis do agreste pernambucano. Os resultados demonstraram que a descoloração no longo prazo não foi inibida para ciclos de aeração de até 4 h.d-1, embora menores velocidades de remoção de cor tenham sido obtidas nestas condições. Os efeitos negativos da aeração foram significativamente reduzidos pelo aumento da concentração de glicose na AR. Ademais, a remoção de DQO foi potencializada com o aumento da frequência de aeração. Após descoloração do DB22 nos ensaios não aerados, verificou-se a formação de picos de absorbância relacionados à presença de aminas aromáticas ou outros intermediários da descoloração redutiva; o que não ocorreu nos experimentos aerados. Estes fatores resultaram em menor toxicidade à Daphnia magna em experimento modelo com nível intermediário de aeração. O sequenciamento do gene 16S rRNA na plataforma Illumina HiSeq revelou a presença de gêneros de bactérias conhecidos por produzirem enzimas envolvidas na biodegradação do azo. Observou-se, ainda, uma correlação positiva entre diversidade microbiana e eficiência de descoloração. Os resultados sugerem que a estratégia de aeração intermitente, corretamente implementada, pode melhorar a performance do tratamento biológico de efluentes têxteis que contém azo-corantes. / Conventional technologies for biological treatment of azo dyes are based on anaerobic-aerobic processes taking place into distinct units. This study evaluated the use of intermittent aeration strategy for decolorization of the Direct Black 22 (DB22) and simultaneous biodegradation of metabolites. Microorganisms were obtained from tropical forests and previously acclimated to increasing concentrations of DB22 (10-32.5 mg.L-1) in growth medium. Effects of initial glucose concentration (1 &#8211; 2 &#8211; 3 g.L-1) and intermittent aeration (0 &#8211; 4 &#8211; 8 cycles.d-1) on response variables decolorization, decolorization rate, and removal of chemical oxygen demand (COD) were investigated using factorial design and response surface analysis. Tests were conducted using a wastewater that simulated the composition of textile laundry effluents from a region with harsh climate in the state of Pernambuco, known as agreste pernambucano. Results showed long-term decolorization was not impaired for up to 4 cycles.d-1 of aeration, although a decrease in color removal velocities was observed in these experiments. Negative impacts of aeration were significantly reduced by increasing initial glucose concentration. Moreover, COD removal was enhanced with increased aerations levels. After DB22 degradation in non-aerated batches, the formation of absorbance peaks associated with aromatic amines and other byproducts of reductive decolorization was observed; which did not occur in the aerated experiments. These resulted in lower toxicity to Daphnia magna in model experiment using intermediate level of aeration. 16S rRNA gene sequencing on the Illumina HiSeq platform revealed the presence of several bacteria known to produce enzymes involved in azo compounds degradation. Furthermore, a positive correlation between microbial diversity and decolorization efficiency was observed. Results suggest intermittent aeration strategy can enhance biological treatment of textile effluents containing azo dyes when correctly implemented.