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Tempo de sobrevivência em um modelo estocástico para evolução de espécies / Survival time in a stochastic model for species evolutionAguiar Júnior, Dióscoros Brito 27 February 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this work ,we will consider two stochastic models for evolution os species. First, births
and deaths of species occur with constant probabilities. Each new species is associated
with a fitness sampled from the uniform distribution on [0,1]. Every time there is a death
event then the type is killed is the one with smallest fitness. We show that there is a sharp
phasetransitionwhentheprobabilityislargerthanthedeathprobability.Thesetofspecies
with fitness higher than a certain critical value approach an uniform distribution. On the
other hand all the species with fitness less than the crital disappear after a finite (random)
time. The second model, we consider a stochastic model for species evolution. A new
species is born at rateλ and a species dies at rate µ. A random number, sampled from
a given distribution F, is associated with each new species and assumed as its fitness, at
the time of birth. Likewise the first model, every time there is a death event, the species
that is killed is the one with the smallest fitness. We consider the (random) survival time
if a species with a given fitness f. We show that the survival time distribution depends
crucially on whetherf<fc ,f=fc orf>fc where fc is a critical fitness that is computed
explicit. / Neste trabalho, vamos considerar dois modelos estocásticos para evolução de espécies.
No primeiro,nascimentos e mortes ocorrem com probabilidades constantes.Cada espécie
nova é associada a uma aptidão que provém de uma distribuição uniforme em [0,1].Toda
vez que ocorre um evento de morte, a espécie que morre é a que tem a menor aptidão.
Mostraremos que existe uma rápida transição de fase quando a probabilidade de nascimento
é maior do que a probabilidade de morte. O conjunto de espécies com aptidão
maior que uma aptidão crítica se aproxima de uma distribuição uniforme. Por outro lado,
todas as espécies com aaptidão menor que a crítica desaparecem após um tempo aleatório
finito. No segundo modelo, uma nova espécie nasce com taxaλ e morre com taxaµ.Um
número aleatório,oriundo de uma distribuição dada F,é associada com cada nova espécie
e é assumida como sua aptidão,no seu instante de nascimento.Da mesma maneira do primeiro
modelo,toda vez que ocorre um evento de morte, a espécie que morre é a que tem
a menor aptidão. Iremos considerar o tempo de sobrevivência (aleatório) de uma espécie
com uma aptidão dada f. Iremos mostrar que a distribuição do tempo de sobrevivência
depende crucialmente de quando f<fc , f=fc ou f>fc, onde fc é uma aptidão crítica
calculada explicitamente.
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Caracterização preliminar dos hábitos extremófilos, vitelinas e proteases de Panagrolaimus sp. CEW2, um nematoide de vida livre isolado da Região Amazônica. / Preliminary characterization of extremophile behavior, vitellins and proteases from Panagrolaimus sp., a nematode isolated from the Amazon Region.Camila Cristina Coelho 06 August 2015 (has links)
Neste trabalho caracterizamos o nematoide Panagrolaimus sp. linhagem CEW2, originalmente isolado em Monte Negro (RO), Brasil e mantido em nosso laboratório em culturas monoxênicas contendo Escherichia coli. CEW2 se mostrou um nematoide extremófilo capaz de sobreviver ao dessecamento em 10% de umidade relativa por pelo menos 48h. Essa resistência é mais evidente em larvas de primeiro estádio (L1) do que em adultos ou larvas dauer. Quando pré-incubados por 48h em 98% de umidade relativa a sua resistência ao dessecamento aumenta e pode chegar a uma sobrevivência de 86,25% dos indivíduos no caso de L1. Os animais dessecados se tornam também resistentes ao congelamento. Os indivíduos pré-incubados em 98% de umidade relativa tornam-se resistentes ao congelamento. O retorno à atividade após secagem ou congelamento ocorre de maneira diferente dependendo da concentração de NaCl no meio, sugerindo que eles sejam, além de anidrobiontes e criobiontes, sejam também osmobiontes. Um outro aspecto da fisiologia de CEW2 que também começamos a caracterizar é a composição de polipeptídeos das vitelinas de seus ovos. SDS-PAGE das proteínas presente em ovos de CEW2 apresentam 6 bandas principais coradas por Coomassie Blue (com Mr que variam de 85 a 125 kDa), 3 a mais do que aquelas detectadas nos outros dois nematoides cujas vitelinas foram caracterizadas, Caenorhabditis elegans e Oscheius tipulae. Quando comparamos as vitelinas destas três espécies notamos que CEW2 não possui a vitelina de 180 kDa (YP170A e B de C. elegans e VT1 de O. tipulae). Essa análise comparativa das vitelinas de nematoides nos permitiu propor um esquema para a origem das três bandas extras detectadas em CEW2. Não foi possível purificar as vitelinas de CEW2 usando o mesmo protocolo que desenvolvemos para as vitelinas de O. tipulae e C. elegans. Isso se deve a uma atividade proteolítica presente nos homogeneizados de vermes que co-purifica com as vitelinas e leva a sua degradação durante a armazenagem. As atividades proteolíticas presentes nesses homogeneizados foram caracterizados por zimografia e foi possível purificar uma das bandas que cremos ser uma protease digestiva de CEW2 e a responsável pela degradação das vitelinas purificadas. / In this work we characterize some survival and reproductive strategies of the nematode Panagrolaimus sp., strain CEW2. CEW2 was originally isolated in Monte Negro (RO), Brazil. CEW2 is currently maintained in monoxenic cultures with E. coli in our laboratory and has proved to be an extremophile that survives desiccation at 10% relative humidity for at least 48 hours. First instar larvae (L1) are more resistant to desiccation than adults or dauer larvae. When pre-incubated for 48 h at 98% relative humidity their resistance to desiccation increases and can reach a survival rate of 86,25 % with L1individuals. The dried animals also become resistant to freezing. Worms that were pre-incubated at 98% relative humidity become resistant to freezing in water at -20 °C. The return to activity upon drying or freezing occurs differently depending on the NaCl concentration in the medium, suggesting that CEW2 is an osmobiont in addition to its anidrobiotic and criobiotic behavior. We also began to characterize another aspect of CEW2 physiology; the polypeptide composition of the vitellins in their eggs. SDS-PAGE of the proteins present in CEW2 eggs show 6 major Coomassie Blue stained bands (Mr ranging from 85-125 kDa), three more than those detected in the vitellins of Caenorhabditis elegans and Oscheius tipulae. When we compare the vitellins of these three species we notice that CEW2 lacks the yolk proteins of 180 kDa (YP170A and B present in C. elegans and VT1 in O. tipulae). The comparative analysis of nematode vitellins allowed us to propose a model for the origin of the three extra bands detected in CEW2. We propose that in CEW2 the polypeptides that are ortologous to the 180 kDa polypeptides of C. elegans and O. tipulae, suffer a proteolytic cleavage similar to that occurring with the precursor of YP115 and 88 in C. elegans. It was not possible to purify the vitellins of CEW2 using the same protocol developed for the vitellins of O. tipulae and C. elegans. This is due to a proteolytic activity present in homogenized worms which co-purifies with the vitellins and leads to their degradation during the procedure. Proteolytic activities present in these homogenates were characterized by zymography and it was possible to purify one of the bands that we believe to be a digestive protease from CEW2 responsible for the degradation of purified vitellins.
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O modelo Weibull Modificado Exponenciado de Longa Duração aplicado à sobrevida do câncer de mama / Exponentiated Modified Weibull model for Long-Term survivors applied on breast cancer survivalHayala Cristina Cavenague de Souza 04 May 2015 (has links)
O câncer de mama é a neoplasia mundialmente mais incidente em mulheres, representando a causa mais frequente de morte feminina por câncer, excetuando-se os tumores de pele não melanoma. O conhecimento da dinâmica de óbitos ao logo do tempo em pacientes com tal neoplasia é de grande importância para auxílio na definição de tratamentos e de políticas de prevenção. Modelos de risco que contemplem parâmetros com referência a situações de longa duração e diferentes funções de risco podem ser úteis nesse contexto. O objetivo desta dissertação é investigar as propriedades de um particular modelo, o modelo Weibull Modificado Exponenciado de Longa Duração (WMELD), para aplicação na avaliação de risco e sobrevida de mulheres diagnosticadas com câncer de mama atendidas no Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto, São Paulo. As propriedades avaliadas neste estudo consideraram métodos de estimação pontual de Máxima Verossimilhança e estimação intervalar via teoria assintótica, reamostragem bootstrap e verossimilhança perlada. Critérios de seleção de modelos foram considerados: Teste de Razão de Verossimilhanças (TRV), critério de Akaike (AIC) e critério de Informação de Bayes (BIC), bem como métodos gráficos para avaliar a qualidade do ajuste do modelo: gráfico TTT na presença de censuras com intervalo de confiança bootstrap paramétrico. Foram realizados estudos de simulação de Monte Carlo em diferentes cenários do modelo WMELD, considerando Vício, Erro Quadrático Médio (EQM) e Custo dos estimadores pontuais, Probabilidade de Cobertura e Amplitude Média dos intervalos de confiança. Em relação ao estudo das propriedades do modelo, as estimativas pontuais de máxima verossimilhança apresentaram vício e EQM baixos e mais próximos de zero quanto maior o tamanho amostral e menor a proporção de pacientes imunes. Os intervalos construídos com base em reamostragem bootstrap mostraram-se mais adequados em relação à probabilidade de cobertura e amplitude média, com vantagem para o bootstrap paramétrico. AIC e TRV alcançaram poder discriminativo superior ao BIC, porém os três métodos apresentam-se defasados para pequenos tamanhos amostrais e valores dos parâmetros próximos do valor de nulidade. Os métodos de inferência com melhor desempenho nesse estudo foram considerados para avaliar os fatores associados ao risco e sobrevida de pacientes com câncer de mama atendidas no HCFMRP. Com o ajuste do modelo WMELD, mostraram-se associados à sobrevida os fatores: Estadiamento, Faixa Etária e Quantidade de tratamentos. A sobrevida em oito anos ou mais foi maior quanto menor o estadiamento e os óbitos ocorreram de forma mais acelerada ao longo do tempo em estadiamentos avançados. Pacientes com menos de 35 anos de idade nos estadiamentos II e III e com mais de 75 anos no estadiamento III têm menor sobrevida do que as pacientes com 35 a 75 anos. Pacientes que realizaram menos tratamentos nos estadiamentos III ou IV vão a óbito mais rapidamente do que pacientes que zeram mais tratamentos, porém a sobrevida após oito ou mais anos é igual nos dois grupos. Adicionalmente, e fundamental no contexto da clínica médica, o modelo WMELD apresenta interpretações relevantes em relação a seus parâmetros na dinâmica do processo de ocorrência de óbitos ao longo do tempo. Verificamos que os parâmetros , e p levam informações sobre o tempo de vida, já os parâmetros, e descrevem o comportamento do risco de óbito. / Breast cancer is the world\'s most common cancer in women, representing the most frequent cause of female death from cancer, except for non-melanoma skin tumors. Knowledge of the death dynamics over time in patients with such cancer is very important to support definition of treatments and prevention policies. Hazard models that include parameters with reference to long-term situations and dierent hazard functions can be useful in this context. This paper aims to investigate the properties of a particular model, Exponentiated Modified Weibull Model for long-term survivors (EMWLT), for use in risk of death and survival assessment of women diagnosed with breast cancer and treated at Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto (HCFMRP), São Paulo. The properties evaluated in this study considered point estimation methods of Maximum Likelihood and interval estimation through asymptotic theory, bootstrap resampling and profile likelihood. Model selection criteria were considered: Likelihood Ratio Test (LRT), Akaike Criterion (AIC) and Bayesian Information Criterion (BIC), as well graphical methods to assess the quality of the model fit: TTT plot in the presence of censorship with an parametric bootstrap confidence interval. Monte Carlo simulation studies were performed in diferent model\'s scenarios considering Bias, Mean Square Error (MSE) and Cost of point estimators, Coverage Probability and Average Size of confidence intervals. Regarding the study of model properties, the point estimates of maximum likelihood showed lower and closer to zero bias and MSE the larger the sample size and the lower the proportion of immune patients. The intervals constructed based on bootstrap resampling seemed more appropriated in relation to the coverage probability and average size, advantageously the parametric bootstrap. AIC and LRT reached a higher discriminative power than BIC; however, all of these three methods seemed lagged for small sample sizes and close to null values of parameters. The inference methods with better performance in this study were considered to evaluate the factors associated with risk of death and survival in patients with breast cancer treated at HCFMRP. By adjusting the EMWLT model, the following were associated to survival: Staging, Age Group and Number of treatments. The survival of eight years or more was higher as the lower the staging was; and the deaths occurred more rapidly over time in advanced staging. Patients under 35 years old in stages II and III and older than 75 years in staging III had lower survival than patients aged 35 to 75 years. Patients who underwent fewer treatments in staging III or IV die earlier than patients who underwent more treatments, but survival after eight years or more is equal in both groups. In addition, the EMWLT model showed to be fundamental in clinical medicine presenting relevant interpretations regarding its parameters in the dynamics of the process of occurrence of deaths over time. We verified that the parameters , and p have information about the lifetime, on the other hand the parameters, and describe the risk of death behavior.
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Segurança em redes de sensores sem fio desassistidas com aplicações em redes heterogêneas. / Security in unattended wireless sensor networks with applications in heterogeneous networks.Mateus Augusto Silva Santos 25 September 2014 (has links)
Em redes de sensores sem fio (RSSFs), o nó sorvedouro geralmente é a única entidade confiável. Uma RSSF desassistida é aquela na qual o nó sorvedouro está indisponível por um período de tempo, sendo necessário armazenar os dados coletados ao invés de transmiti-los para a entidade segura. Portanto, até o nó sorvedouro estar novamente disponível para a recepção dos dados, um adversário pode comprometer nós sensores distribuídos em uma região geográfica com o objetivo de encontrar e apagar determinadas unidades de dado. Com o objetivo de evitar este tipo de ataque, fornecendo sobrevivência de dados, estratégias geralmente utilizam confidencialidade e redundância de dados de forma que a agregação de dados por nós sensores seja inviável. Além disso, o decorrer do tempo permite que um adversário tenha maior poder de ataque através do comprometimento de diferentes conjuntos de nós sensores. Apresenta-se um protocolo de segurança para RSSFs desassistidas que, através da renovação do estado da rede, reduz a vantagem de um adversário em montar ataques a partir de dados obtidos com o decorrer do tempo. O mecanismo proposto fornece segurança para múltiplas unidades de dados e permite o uso de agregação de dados por nós sensores. Como forma de avaliação da proposta, foram realizados experimentos em nós sensores reais, além da elaboração de um modelo analítico e de simulações. Resultados indicam como usar o protocolo proposto em diferentes cenários para maximizar a sobrevivência de dados. Adicionalmente, apresenta-se a aplicabilidade do método proposto em cenários de redes heterogêneas, caso das redes de segurança pública, utilizando-se do paradigma de redes definidas por software (SDN) para implantação da rede. / In Wireless Sensor Networks, the base station is usually the only unconditionally trusted entity. If it is not connected for a period of time, the network is left unattended and sensor nodes cannot offload data in real time. Thus, until the base station becomes available, adversaries can compromise some sensor nodes and selectively destroy data. In order to prevent such attacks, providing the so-called data survival, strategies generally employ the use of cryptography in a scenario where decryption keys are exclusively in possession of the base station, which restricts the use of in-network aggregation. In addition, as time increases, mobile adversaries become stronger due to the ability of compromising different sets of nodes. We present a secure protocol that refreshes the state of the network and prevents adversaries from taking advantage of data obtained in prior rounds. The scheme provides security to multiple units of data and allows data aggregation to be performed by nodes. In order to evaluate the performance of the proposed scheme, we carried out measurements on real devices. We analyzed the security of the scheme analytically and through simulations. Results indicate increased time epochs before an adversary succeeds the attack, leading to more probability of data survival. We also apply our protocol to scenarios of heterogeneous networks, namely a public safety network scenario, which is deployed under the paradigm of software-defined networking (SDN).
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As distribuições Kumaraswamy-log-logística e Kumaraswamy-logística / Distributions Kumaraswamy-log-logistic and Kumaraswamy-logisticTiago Viana Flor de Santana 18 October 2010 (has links)
Neste trabalho apresenta-se duas novas distribuições de probabilidade obtidas de dois métodos de generalização da distribuição log-logística com dois parâmetros (LL(?,?)). O primeiro método descrito em Marshall e Olkin (1997) transforma a nova distribuição, agora com três parâmetros e denominada distribuição log-logística modificada (LLM (v,?,?)), mais flexível porém, não muda a forma geral da função de taxa de falha e o novo parâmetro v, não influência no cálculo da assimetria e curtose. O segundo método utiliza a classe de distribuições Kumaraswamy proposta por Cordeiro e Castro (2010), para construir a nova distribuição de probabilidade, denominada distribuição Kumaraswamy log-logística (Kw-LL(a,b,?,?)), a qual considera dois novos parâmetros a e b obtendo ganho nas formas da função de taxa de falha, que agora além de modelar dados onde a função de taxa de falha tem forma decrescente e unimodal, modela forma crescente e forma de U. Também foi proposto as distribuições logística modificada (LM (v,µ,?)) e Kumaraswamy logística (Kw-L (a,b, µ,?)$) para a variável Y=log(T), em que T ~ LLM (v,?,?) no caso da distribuição logística modificada e T ~ Kw-LL(a,b,?,?) no caso da distribuição Kw-L. Com reparametrização ? = exp(µ) e ? = 1/?. Da mesma forma que a distribuição LLM, não há ganho quanto a forma da função de taxa de falha da distribuição logística modificada e o parâmetro v não contribuiu para o cálculo da assimetria e curtose desta distribuição. O modelo de regressão locação e escala foi proposto para ambas as distribuições. Por fim, utilizou-se dois conjuntos de dados, para exemplificar o ganho das novas distribuições Kw-LL e Kw-L em relação as distribuições log-logística e logística. O primeiro conjunto refere-se a dados de tempo até a soro-reversão de 143 crianças expostas ao HIV por via vertical, nascidas no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto no período de 1995 a 2001, onde as mães não foram tratadas. O segundo conjunto de dados refere-se ao tempo até a falha de um tipo de isolante elétrico fluido submetivo a sete níveis de voltagem constante. / In this work, are presented two new probability distributions, obtained from two generalization methods of the log-logistic distribution, with two parameters (LL (?, ?)). The first method described in Marshall e Olkin (1997) turns the new distribution, now with three parameters, called modified log-logistic distribution (LLM(v, ?, ?)). This distribution is more flexible, but, does not change the general shape of the failure rate function, as well as the new parameter v, does not influence the calculus of skewness and kurtosis. The second method, uses the class of distributions Kumaraswamy proposed by Cordeiro and Castro (2010). To build the new probability distribution, called Kumaraswamy log-logistic distribution (Kw-LL(a,b,?,?)), which considers two new parameters a and b gaining in the forms of failure rate function, that now, even modeling data where the failure rate function has decreasing and unimodal shape, models the increasing form and the U-shaped. Also, were proposed the distributions modified logistic (LM (v,µ,?)) and Kumaraswamy logistics (Kw-L (a,b,µ,?)) for the variable Y=log(T), where T ~ LLM(v,?,?) in the case of the modified logistic distribution and T ~ Kw-LL (a,b,?,?) in the case of Kw-L distribution, with reparametrization ? =exp(µ) and ? = 1/?. As in the distribution LLM, there is no gain for the shape of the failure rate function of modified logistic distribution and the parameter v does not contribute to the calculation of skewness and kurtosis of the distribution. The location and scale regression models were proposed for both distributions. As illustration, were used two datasets to exemplify the gain of the new distributions Kw-LL and Kw-L compared with the log-logistic and logistic distributions. The first dataset refers to the data of time until soro-reversion of 143 children exposed to HIV through vertical, born in the Hospital of the Medical School of Ribeirão Preto during the period 1995 to 2001, where mothers were not treated. The second dataset refers to the time until the failure of a type of electrical insulating fluid subjected to seven constant voltage levels
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Preocupações e incertezas de sobreviventes ao câncer na infância e na adolescência relativas à fertilidade / Concerns and uncertainties of survivors of cancer in childhood and adolescence related to fertility. 2Fabrine Aguilar Jardim 12 August 2016 (has links)
Após a conclusão do tratamento, os sobreviventes ao câncer estão suscetíveis a diversos sintomas, referidos muitas vezes como efeitos a longo prazo e/ou tardios. Dentre os efeitos tardios, encontra-se a infertilidade, que, nos sobreviventes mais jovens, poderá afetar a sua qualidade de vida. Esta pesquisa objetivou conhecer as preocupações e incertezas de adolescentes e adultos jovens sobreviventes ao câncer infantojuvenil no que diz respeito à fertilidade. Trata-se de um estudo de natureza descritiva e exploratória, com análise qualitativa de dados. Participaram 24 adolescentes e adultos jovens, com idade entre 18 e 24 anos, sobreviventes ao câncer na infância e adolescência, em acompanhamento em ambulatório de um hospital-escola do interior paulista. Utilizamos a entrevista como técnica de coleta de dados, e a sua análise ocorreu de acordo com os pressupostos da análise de conteúdo do tipo temática indutiva. Os dados empíricos embasaram a construção de duas unidades de sentido: \"Sobrevivendo ao câncer\", relacionada aos aspectos biológicos, sociais, subjetivos e afetivos, representativos para os participantes que sobreviveram ao câncer infantojuvenil e vivenciaram o processo de transferência para o Ambulatório de Curados, bem como a convivência com possíveis efeitos tardios do tratamento. Já a segunda, \"Falando da condição reprodutiva\", ilustra os aspectos dos dados empíricos relacionados com a condição reprodutiva dos participantes. Observamos que os sobreviventes convivem com a incerteza de poderem ou não ter filhos. Para os sobreviventes, os riscos de infertilidade são muitas vezes deixados à deriva em comparação ao urgente desejo de sobreviver ao câncer, enfatizando a autopercepção de que o mais importante é estar vivo. A partir dos resultados desta pesquisa, esperamos fornecer subsídios para a produção de cuidados em saúde que atendam às reais necessidades desta clientela que tem demandas de acompanhamento de longo prazo / After the end of treatment, the survivors of cancer are susceptible to a variety of symptoms, often referred to as long-term and / or late effects. Among the late effects is infertility, which, in younger survivors, may affect your quality of life. This research aimed to know the concerns and uncertainties of adolescents and young adults survivors of cancer in childhood and adolescence related to fertility. This is a descriptive and exploratory study, with qualitative data analysis. The participants were 24 adolescents and young adults, aged between 18 and 24, survivors of cancer in childhood and adolescence, followed up at a University Hospital ambulatory in the state of São Paulo. Interviews were used as data collection technique and its analysis was conducted in the perspective of the inductive thematic Content Analysis. As a complement, after the interview, the participants\' health records were used as a source of information on peculiarities of the therapeutic protocol. The empirical data supported the construction of two meaning units: \"Surviving cancer\" related to biological, social, subjective and emotional aspects, representatives for those participants who survived cancer during childhood and adolescence and experienced the process of moving to the Healed Clinic, and also related to the experience with possible late treatment effects. The second meaning unit, \"Speaking of the reproductive condition,\" illustrates empirical data aspects related to the participants\' reproductive condition. It was observed that the survivors live with the uncertainty of whether or not to be able to have children. For them, the infertility risks are often placed in the background due to the urgent desire to survive cancer, emphasizing the self-perception that the most important is to be alive. From the results of this research it is expected to provide subsidies for production of health care that could meet the real needs of this clientele that has long-term health follow-up demands
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Eficiência do uso de medidor de atividade eletrônico na detecção de cio de vacas leiteiras de alta produção / Efficiency of use of an electronic activity meter tag in the detection of estrous of high producing dairy cowsJose Fernando Guarín Montoya 16 January 2008 (has links)
Grandes avanços tem sido feitos para melhorar a produção de leite, mas estes avanços têm resultado numa queda geral da eficiência reprodutiva. Para se combater esta queda, tem sido seguidos principalmente três caminhos: um relacionado com a vaca, outro com as gametas e outro com o ambiente. Os problemas associados à vaca compreendem os problemas relacionados com a detecção de cio e os problemas hormonais que resultam em baixas taxas de concepção e aumento das mortes embrionárias precoces. Alternativas para melhorar a detecção de cio tem sido procuradas, dentre estas, os medidores de atividade são uma alternativa promissória, porém ainda em desenvolvimento. Com o fim de avaliar a eficiência do uso de medidor de atividade na detecção de cio de vacas leiteiras de alta produção, foram desenvolvidos três experimentos. O primeiro avaliou a eficiência do uso de medidor de atividade na detecção de cio após o período de espera voluntario (PEV), o segundo avaliou a eficiência do uso de medidor de atividade na detecção do cio de retorno após o uso de um protocolo de inseminação artificial a tempo fixo (IATF), o terceiro avaliou a relação custo-benefício da aquisição do aparelho. Na detecção do primeiro cio efetivo após o PEV o medidor de atividade apresentou maior taxa de detecção de cio, comparado com a observação visual de cio. O aparelho mostrou especial avantaja sobre a observação visual de cio na detecção de vacas multíparas de alta produção. No experimento de detecção de cio de retorno após o uso de IATF, o medidor de atividade detectou maior número de animais em menor tempo, porém, as mudanças no padrão de comportamento animal causadas pelos hormônios próprios da sincronização de cio, diminuíram a confiabilidade do sistema automatizado de detecção, ainda assim o numero de animais detectados em cio verdadeiro do sistema automatizado foi superior. Na análise de custo-benefício, a taxa interna de retorno obtida, demonstrou que o medidor de atividade é um investimento rentável o que possibilita sua aquisição. Enquanto aos falsos positivos gerados pelo sistema, sugere-se integrar as indicações feitas pelo sistema automatizado com a experiência dos funcionários das fazendas. / Huge progress has been made to improve the milk yield, but these advances have resulted in a general decrease of reproductive efficiency. Three main ways have been taken to combat this decrease: one related to the cow, another with the gametes and the lasts related with the environment. The problems associated with cow comprehend the estrous detection problems and the hormonal disorders that results in low conception rates and increases the early embryonic deaths. Alternatives to improve the heat detection has been developed. Among them, the activity meters are a promissory alternative, but still in development. Three experiments were developed in order to assess the efficiency of use of an activity meter in the estrous detection of high producing dairy cows. The first assessed the efficiency of the use of activity meter detecting estrous after the voluntary waiting period (VWP), the second assessed the efficiency of use of activity meter in the detection of the return estrous after use of a fixed-time artificial insemination (TAI) protocol, the third assessed the cost-benefit of acquisition of the system. In the first estrous after the VWP, the activity meter presented higher estrous detection rate, compared with the visual observation. The system has special vantage in the detection of multiparous high producing cows, if compared with visual observation. In the experiment of detecting return estrous after use of TAI, the activity meter detected greater number of animals in less time, however, changes in the pattern of animal behavior caused by hormones during the synchronization, decreased the accuracy of the automated system. On the other hand, the number of animals detected in real estrous of the automated system was superior than in visual observation. In the cost-benefit analysis, the internal rate of return obtained, showed that the activity meter is a profitable investment. Referent to the false positives generated by the system, it is suggested to integrate the indications made by the automated system with the experience of the functionaries of the dairy farms.
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Expressão histoimunológica de proteínas de reparo celular e comportamento de juvenis de Trachinotus carolinus (Linnaeus, 1766) (Perciformes, Carangidae) durante aumento gradual de temperatura / Histoimmunology of cellular repair proteins and behavior of juvenile Trachinotus carolinus (Linnaeus, 1766) (Perciformes, Carangidae) during gradual increase of temperatureCaroline Margonato Cardoso 07 May 2013 (has links)
A temperatura é um fator abiótico que exerce profundos efeitos no funcionamento dos ecossistemas marinhos, influenciando na biologia das espécies. Os peixes são um bom modelo para se estudar este fator, pois são pecilotérmicos e possuem importância comercial e ecológica. O objetivo deste trabalho foi analisar o comportamento, a tolerância térmica e os mecânicos moleculares de juvenis de peixe pampo Trachinotus carolinus em relação à elevação da temperatura. Para isso, foram submetidos ao aumento controlado da temperatura da água (2°C/h) a partir da temperatura de coleta (22°C) até 26°C, 30°C, 32°C, 34°C e 36°C e nestas foram mantidos por 120 minutos, ou foram aquecidos até a morte no estudo de tolerância térmica. O comportamento foi analisado usando-se vídeos e as expressões de Hsp70 e p53 nas brânquias e no coração dos pampos foram obtidas por meio da técnica de imuno-histoquímica Os resultados mostraram que os pampos comportam-se de forma agitada com o aquecimento até a temperatura de 36°C, e a partir dela apresentam uma desorganização dos sistemas e órgãos. A expressão de Hsp70 e p53 está relacionada ao aumento de temperatura até 34°C e decai nas temperaturas de 36°C e TCS. Assim, conclui-se que o aumento de temperatura afeta o comportamento e a expressão de Hsp70 e p53. / Temperature is an abiotic factor that influences the biology of marine species. Fishes are a good model to study temperature because they are poikilothermic and have ecological and commercial importance. The aim of this study was to analyze the behavior and study the expression of Hsp70 and p53 using the immunohistochemistry assay. The Expression of these two protein was observed in relation to temperature rise in heart and gills tissues of juvenile pompano fish Trachinotus carolinus. The Fishes were exposed to controlled increase of the water temperature (2°C/h), from 22°C (control) to 26°C, 30°C, 32°C, 34°C and 36°C and they were maintained in these temperature for 120 minutes . After that fishes were maintained in these temperature for 120 minutes. In addition, experiments were performed to determinate the critical temperature survival (TCS). The results revealed that the expression of Hsp70 and p53 were proportional to the temperature rise until 34°C and that it declines at temperatures of 36°C and TCS. The fishes behavior was frantic with heating until a temperature of 36°C and subsequently they have showed a disorganization of systems and organs. We concluded that the temperature increase affects the behavior and expression of p53 and Hsp70 in pompanos fishes.
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Avaliação genética da longevidade em vacas da raça Holandesa usando um modelo de riscos proporcionais Weibull / Genetic evaluation of longevity in holstein cows using a weibull proportional hazard modelKern, Elisandra Lurdes January 2017 (has links)
A longevidade é uma característica relacionada à lucratividade da atividade leiteira. Contudo, sua seleção em rebanhos de vacas Holandesas no Brasil ainda é pouco considerada. Objetivou-se determinar os fatores não genéticos que influenciam a longevidade funcional em vacas Holandesas no Brasil, bem como estimar os parâmetros genéticos e conhecer a contribuição das características de tipo e da contagem de células somáticas (CCS) sobre o risco relativo de descarte das vacas. Utilizou-se um modelo de riscos proporcionais Weibull estratificado. Os efeitos fixos foram independentes do tempo, como a idade ao primeiro parto, e dependentes do tempo, como o efeito da região por ano de parto, classes de produção de leite por ano de parto dentro de rebanho, classes de percentagem de proteína e gordura dentro de rebanho, classes de produção de leite por número de lactações dentro de rebanho e variação nas classes de tamanho de rebanho. Os efeitos aleatórios foram: rebanho-ano, touro e de touro-avô materno. O risco de descarte aumentou com a idade ao primeiro parto, com o tamanho do rebanho, com o número de lactações e com o estágio de lactação. A produção de leite apresentou maior efeito sobre o risco de descarte. Vacas de baixa produção de leite, gordura e proteína apresentaram maior probabilidade de descarte em comparação à classe mediana. Vacas pertencentes às regiões do Paraná e São Paulo permaneceram mais tempo no rebanho do que as vacas de outras regiões. Os valores de h² variam de 7,8% a 6,1% para a h² equivalente e a efetiva, respectivamente. Observou-se tendência genética positiva para a longevidade. As características de tipo, escore final, angularidade, nivelamento da linha superior, textura do úbere e ligamento suspensório foram as características que se apresentaram mais relacionadas com a longevidade funcional. Foram observadas diferenças no risco de descarte dependendo do número de vacas classificadas para tipo dentro de rebanho. Até a 4ª lactação, o risco de descarte foi menor para vacas com baixa CCS em comparação a vacas da classe mediana. Já para vacas na 5ª lactação, a alta CCS conduziu ao menor risco de descarte. A rotina de avaliação genética é necessária para melhorar a duração da vida produtiva de vacas da raça Holandesa no Brasil. Características preditivas, tais como escore final, angularidade, nivelamento da linha superior, textura do úbere, ligamento suspensório e a CCS podem ser utilizadas para aumentar a confiabilidade dos valores genéticos dos touros para longevidade funcional. / Longevity is a trait related to the profitability of dairy activity. However, its selection in Brazilian Holstein herds is still little considered. The aim of this study was to determine the non-genetic factors that influence functional longevity in Holstein cows in Brazil, as well as to estimate the genetic parameters and the contribution of somatic cell score (SCS) and type traits on the relative culling risk of cows. A piecewise Weibullproportional hazard model was used. The fixed effects were time-independent, as age at first calving, and time-dependent, as the interaction effects of region by year of calving, milk production class by year of calving within herd, within herd milk production class by lactation number, within herd fat and protein content, and variation in herd size class. The random effects were herd-year effect, additive genetic contribution from the sire and maternal grandsire of the cow. The relative risk increased with age at first calving, lactation number by stage of lactation, and herd size but lower risks were observed when herd size was increasing or decreasing, compared to stable herds. Milk production had a greater effect on the risk of culling. The relative risk increased as milk production, protein and fat decreased, but to a lesser extent for protein and fat compared to milk yield. Cows from Paraná and São Paulo regions remained longer in the herd than cows from the other regions. The h² values varied from 7.8% to 6.1% for equivalent and effective h², respectively. A positive genetic trend of functional longevity was observed. The type traits, final score, angularity, top line, udder texture and suspensory ligament showed the strongest relationship with productive life. Differences in risk of culling were observed depending on the fraction of type-scored animals within a herd. The absence of type trait phenotypes was associated with a strong increase of culling risk for the cows. The impact of SCS on longevity was high in cows from 1st to 4th lactation with high SCS. Interestingly, for 5th lactation, cows with lower SCS have higher culling risk compared to cows with higher SCS. A routine of genetic evaluation is necessary to improve length of productive life of Brazilian Holsteins under local conditions. The use of early predictors correlated with longevity, as final score, angularity, top line, udder texture, suspensory ligament and SCS, may be recommended to increase the reliability of sires’ estimated breeding values for functional longevity.
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Testes de superioridade para modelos de chances proporcionais com e sem fração de cura / Superiority test for proportional odds model with and without cure fractionTeixeira, Juliana Cecilia da Silva 24 October 2017 (has links)
Estudos que comprovem a superioridade de um fármaco em relação a outros já existentes no mercado são de grande interesse na prática clínica. Através deles a Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) concede registro a novos produtos, que podem curar mais rápido ou aumentar a probabilidade de cura dos pacientes, em comparação ao tratamento padrão. É de suma importância que os testes de hipóteses controlem a probabilidade do erro tipo I, ou seja, controlem a probabilidade de que um tratamento não superior seja aprovado para uso; e também atinja o poder de teste regulamentado com o menor número de indivíduos possível. Os testes de hipóteses existentes para esta finalidade ou desconsideram o tempo até que o evento de interesse ocorra (reação alérgica, efeito positivo, etc) ou são baseados no modelo de riscos proporcionais. No entanto, na prática, a hipótese de riscos proporcionais pode nem sempre ser satisfeita, como é o caso de ensaios cujos riscos dos diferentes grupos em estudo se igualam com o passar do tempo. Nesta situação, o modelo de chances proporcionais é mais adequado para o ajuste dos dados. Neste trabalho desenvolvemos e investigamos dois testes de hipóteses para ensaios clínicos de superioridade, baseados na comparação de curvas de sobrevivência sob a suposição de que os dados seguem o modelo de chances de sobrevivências proporcionais, um sem a incorporação da fração de cura e outro com esta incorporação. Vários estudos de simulação são conduzidos para analisar a capacidade de controle da probabilidade do erro tipo I e do valor do poder dos testes quando os dados satisfazem ou não a suposição do teste para diversos tamanhos amostrais e dois métodos de estimação das quantidades de interesse. Concluímos que a probabilidade do erro tipo I é subestimada quando os dados não satisfazem a suposição do teste e é controlada quando satisfazem, como esperado. De forma geral, concluímos que é imprescindível satisfazer as suposições dos testes de superioridade. / Studies that prove the superiority of a drug in relation to others already existing in the market are of great interest in clinical practice. Based on them the Brazilian National Agency of Sanitary Surveillance (ANVISA) grants superiority drugs registers which can cure faster or increase the probability of cure of patients, compared to standard treatment. It is of the utmost importance that hypothesis tests control the probability of type I error, that is, they control the probability that a non-superior treatment is approved for use; and also achieve the test power regulated with as few individuals as possible. Tests of hypotheses existing for this purpose or disregard the time until the event of interest occurrence (allergic reaction, positive effect, etc.) or are based on the proportional hazards model. However, in practice, the hypothesis of proportional hazards may not always be satisfied, as is the case of trials whose risks of the different study groups become equal over time. In this situation, the proportional odds survival model is more adequate for the adjustment of the data. In this work we developed and investigated two hypothesis tests for clinical trials of superiority, based on the comparison of survival curves under the assumption that the data follow the proportional survival odds model, one without the incorporation of cure fraction and another considering cure fraction. Several simulation studies are conducted to analyze the ability to control the probability of type I error and the value of the power of the tests when the data satisfy or not the assumption of the test for different sample sizes and two estimation methods of the quantities of interest. We conclude that the probability of type I error is underestimated when the data do not satisfy the assumption of the test and it is controlled when they satisfy, as expected. In general, we conclude that it is indispensable to satisfy the assumptions of superiority tests.
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