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Análise de dados com riscos semicompetitivos / Analysis of Semicompeting Risks Data

Patino, Elizabeth Gonzalez 16 August 2012 (has links)
Em análise de sobrevivência, usualmente o interesse esté em estudar o tempo até a ocorrência de um evento. Quando as observações estão sujeitas a mais de um tipo de evento (por exemplo, diferentes causas de óbito) e a ocorrência de um evento impede a ocorrência dos demais, tem-se uma estrutura de riscos competitivos. Em algumas situações, no entanto, o interesse está em estudar dois eventos, sendo que um deles (evento terminal) impede a ocorrência do outro (evento intermediário), mas não vice-versa. Essa estrutura é conhecida como riscos semicompetitivos e foi definida por Fine et al.(2001). Neste trabalho são consideradas duas abordagens para análise de dados com essa estrutura. Uma delas é baseada na construção da função de sobrevivência bivariada por meio de cópulas da família Arquimediana e estimadores para funções de sobrevivência são obtidos. A segunda abordagem é baseada em um processo de três estados, conhecido como processo doença-morte, que pode ser especificado pelas funções de intensidade de transição ou funções de risco. Neste caso, considera-se a inclusão de covariáveis e a possível dependência entre os dois tempos observados é incorporada por meio de uma fragilidade compartilhada. Estas metodologias são aplicadas a dois conjuntos de dados reais: um de 137 pacientes com leucemia, observados no máximo sete anos após transplante de medula óssea, e outro de 1253 pacientes com doença renal crônica submetidos a diálise, que foram observados entre os anos 2009-2011. / In survival analysis, usually the interest is to study the time until the occurrence of an event. When observations are subject to more than one type of event (e.g, different causes of death) and the occurrence of an event prevents the occurrence of the other, there is a competing risks structure. In some situations, nevertheless, the main interest is to study two events, one of which (terminal event) prevents the occurrence of the other (nonterminal event) but not vice versa. This structure is known as semicompeting risks, defined initially by Fine et al. (2001). In this work, we consider two approaches for analyzing data with this structure. One approach is based on the bivariate survival function through Archimedean copulas and estimators for the survival functions are obtained. The second approach is based on a process with three states, known as Illness-Death process, which can be specified by the transition intensity functions or risk functions. In this case, the inclusion of covariates and a possible dependence between the two times is taken into account by a shared frailty. These methodologies are applied to two data sets: the first one is a study with 137 patients with leukemia that received an allogeneic marrow transplant, with maximum follow up of 7 years; the second is a data set of 1253 patientswith chronic kidney disease on dialysis treatment, followed from 2009 until 2011.
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Modelo de regressão gama-G em análise de sobrevivência / Gama-G regression model in survival analysis

Hashimoto, Elizabeth Mie 15 March 2013 (has links)
Dados de tempo de falha são caracterizados pela presença de censuras, que são observações que não foram acompanhadas até a ocorrência de um evento de interesse. Para estudar o comportamento de dados com essa natureza, distribuições de probabilidade são utilizadas. Além disso, é comum se ter uma ou mais variáveis explicativas associadas aos tempos de falha. Dessa forma, o objetivo geral do presente trabalho é propor duas novas distribuições utilizando a função geradora de distribuições gama, no contexto de modelos de regressão em análise de sobrevivência. Essa função possui um parâmetro de forma que permite criar famílias paramétricas de distribuições que sejam flexíveis para capturar uma ampla variedade de comportamentos simétricos e assimétricos. Assim, a distribuição Weibull e a distribuição log-logística foram modificadas, dando origem a duas novas distribuições de probabilidade, denominadas de gama-Weibull e gama-log-logística, respectivamente. Consequentemente, os modelos de regressão locação-escala, de longa-duração e com efeito aleatório foram estudados, considerando as novas distribuições de probabilidade. Para cada um dos modelos propostos, foi utilizado o método da máxima verossimilhança para estimar os parâmetros e algumas medidas de diagnóstico de influência global e local foram calculadas para encontrar possíveis pontos influentes. No entanto, os resíduos foram propostos apenas para os modelos locação-escala para dados com censura à direita e para dados com censura intervalar, bem um estudo de simulação para verificar a distribuição empírica dos resíduos. Outra questão explorada é a introdução dos modelos: gama-Weibull inflacionado de zeros e gama-log-logística inflacionado de zeros, para analisar dados de produção de óleo de copaíba. Por fim, diferentes conjunto de dados foram utilizados para ilustrar a aplicação de cada um dos modelos propostos. / Failure time data are characterized by the presence of censoring, which are observations that were not followed up until the occurrence of an event of interest. To study the behavior of the data of that nature, probability distributions are used. Furthermore, it is common to have one or more explanatory variables associated to failure times. Thus, the goal of this work is given to the generating of gamma distributions function in the context of regression models in survival analysis. This function has a shape parameter that allows create parametric families of distributions that are flexible to capture a wide variety of symmetrical and asymmetrical behaviors. Therefore, through the generating of gamma distributions function, the Weibull distribution and log-logistic distribution were modified to give two new probability distributions: gamma-Weibull and gammalog-logistic. Additionally, location-scale regression models, long-term models and models with random effects were also studied, considering the new distributions. For each of the proposed models, we used the maximum likelihood method to estimate the parameters and some diagnostic measures of global and local influence were calculated for possible influential points. However, residuals have been proposed for data with right censoring and interval-censored data and a simulation study to verify the empirical distribution of the residuals. Another issue explored is the introduction of models: gamma-Weibull inflated zeros and gamma-log-logistic inflated zeros, to analyze production data copaiba oil. Finally, different data set are used to illustrate the application of each of the models.
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Identificação e caracterização das interações do gene ID1 em células mesangiais humanas. / Identification and characterization of ID1 gene interactions in human mesangial cells.

Sato, Alex Yuri Simões 14 February 2011 (has links)
As células mesangiais (CM) apresentam papel essencial na fisiologia glomerular normal, e alterações em seu fenótipo levam ao desenvolvimento de glomerulopatias. A fase tardia da glomerulopatia diabética é caracterizada por fibrose e morte por apoptose das CM. Portanto, a identificação de novos elementos envolvidos nas modificações patológicas das CM facilitaria a compreensão da fisiopatologia das doenças glomerulares. A família de genes ID está implicada em processos celulares distintos, como proliferação, diferenciação e apoptose. O presente estudo tem por finalidade investigar as interações do gene ID1, com o DNA e/ou proteínas, em CM humanas. Aqui demonstramos que Id1 interage com o fator de transcrição USF2, inibindo sua atividade transcricional. Adicionalmente, demonstramos que BMP-7 e Id1 antagonizam a morte celular induzida por TGF<font face=\"Symbol\">b-1 por inibir a atividade de USF2. Nossos dados apontam para uma nova via molecular portencialmente relevante para o melhor entendimento da patogênese das doenças renais crônicas. / Mesangial cells (MC) play an essential role in normal function of the glomerulus. Phenotypic changes in MC lead to the development of glomerophaties. The late phase of diabetic glomerulopathy is characterized by fibrosis and death of MC. Thus, the identification of novel elements involved in these alterations would facilitate the comprehension of the pathophysiology of glomerular diseases. The ID (Inhibitors of DNA binding) family of genes has been implicated in diverse cellular processes, such as proliferation, differentiation, and apoptosis control. This study aims to investigate the interactions of ID1, with DNA or proteins, in human mesangial cells. We demonstrated that Id1 binds specifically to the transcription factor USF2. In addition, we show that BMP-7 and Id1 antagonize TGF<font face=\"Symbol\">b-1 induced death by inhibiting USF2 activity in human MC. In conclusion, our results point to a novel molecular path involved in the pathogenesis of glomerular diseases.
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A distribuição beta semi-normal generalizada geométrica / The beta generalized half-normal geométric distribution

Ramires, Thiago Gentil 21 June 2013 (has links)
Com o avanço tecnológico aprimorado, diferentes comportamentos do tempo de vida vem sendo estudados, e com isso é necessário a criação de novos modelos, muitas vezes mais complexos, para melhor ajuste e inferência sobre a população em estudo. A distribuição beta semi-normal generalizada é útil para modelagem de tempos de vida, e com isso propomos neste trabalho uma distribuição mais ampla chamada distribuição beta semi-normal generalizada geométrica, cuja função de risco pode assumir as formas crescente, decrescente, forma de banheira ou modal. A função densidade da nova distribuição é escrita como uma combinação linear da função densidade da distribuição beta semi-normal generalizada, sendo assim, algumas importantes propriedades da nova distribuição foram obtidas, como: momentos, assimetria, curtose, função geradora de momentos, desvios médios, função quantíl e curvas de Lorenz e de Bonferroni. Para a estimação dos parâmetros, é utilizado o método de máxima verossimilhança. Também foi proposto no trabalho, o novo modelo de regressão baseado na distribuição beta semi-normal generalizada geométrica, os quais podem ser muito úteis em análise de dados reais por serem mais flexíveis. / Due to the technological improved advances, different behaviors of the lifetime has been studied and for this reason, it is necessary to create new statistical models, many times more complex, for the better fit and inferences about the population under study. The beta generalized half-normal distribution is useful for modeling lifetime data, and in this sense, we propose, in this work, a wider distribution called the geometric beta generalized half-normal distribution in which the hazard function takes the forms increasing, decreasing, bathtub and unimodal. The density function of the new distribution can be written as a linear combination of the beta generalized half-normal densities, and thereby, some properties of the new distribution can be obtained such as the moments, skewness, kurtosis, moment generating function, mean deviations, quantile function and Lorenz and Bonferroni curves. For the estimation of the parameters, we use the maximum likelihood method considering the presence of censored data. We also propose a new regression model based on the geometric beta generalized half-normal distribution, which can be very useful in the analysis of real data due to their flexibility.
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Avaliação da expressão dos genes envolvidos na via de sinalização induzida pela proteína dermicidina no câncer de mama. / Evaluation of the expression of genes involved in signaling pathway induced by the protein dermicidin in breast cancer.

Moreira, Dayson Friaça 15 February 2012 (has links)
A expressão do gene Dermicidina (DCD) no câncer de mama promove aumento na proliferação e sobrevivência celular, porém os mecanismos envolvidos são desconhecidos. Através de um ensaio de microarranjos de DNA demonstramos que o DCD desempenha atividade de fator de crescimento pela modulação da via de sinalização EGF/ErbB. Estes dados foram confirmados através de silenciamento gênico, superexpressão e tratamento com a proteína recombinante. O silenciamento diminuiu a expressão de EGFR e seus ligantes, e reduziu a ativação da via de sinalização EGF/ErbB. O tratamento da linhagem celular MDA-MB-361 com DCD recombinante resultou em uma curva de proliferação em forma de sino com concomitante aumentou a expressão de EGFR e seus ligantes. A superexpressão de DCD na linhagem MCF-7 também resultou no aumento da expressão dos receptores EGFR e HER-2 e de seus ligantes, além da ativação de suas vias de sinalização. Este trabalho sugere que o DCD é capaz de modular a expressão e ativação da família EGF/ErbB resultando no aumento do crescimento e sobrevivência celular. / The expression of the gene Dermicidin (DCD) in breast cancer promotes increased in cell growth and survival, however the mechanisms involved are unknown. Using a DNA microarray assay we demonstrated that the DCD activity plays by modulating growth factor signaling phathway of EGF/ErbB. These data were confirmed by gene silencing, overexpression and treatment with the recombinant protein. The silencing decreased the expression of EGFR and its ligands, and reduced the activation of the EGF/ErbB signaling pathways. The treatment of MDA-MB-361 cell line with recombinant DCD resulted in a proliferation curve bell-shaped with a concomitant increased in the expression of the EGFR and its ligands. The overexpression of the DCD in the MCF-7 cell line also resulted in increased expression of the receptors HER-2 and EGFR and its ligands, and activation of theirs signaling pathways. This work suggests that DCD is able to modulate the expression and activation of the EGF/ErbB family resulting in increased of cellular growth and survival.
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Impacto da mamoplastia redutora contralateral, em pacientes com câncer de mama, na detecção de carcinoma oculto sincrônico e diminuição no risco de carcinoma metacrônico / Impact of the contralateral and reduction mammoplasty in patients with breast cancer, detection of occult and synchronistical carcinoma and reduction of the risk of the metachronic carcinoma

Ricci, Marcos Desiderio 15 March 2005 (has links)
INTRODUÇÃO: O principal fator de risco para câncer de mama é o antecedente pessoal de câncer na mama contralateral. A mamoplastia redutora de finalidade estética, tem sido implicada com redução no risco para câncer de mama. A mamoplastia redutora contralateral de simetrização, em pacientes operadas por câncer, contribui no diagnóstico de lesões precursoras e carcinoma oculto. OBJETIVOS: Determinar a ocorrência de lesões precursoras e carcinoma oculto de mama, em pacientes submetidas a mamoplastia redutora de simetrização. Comparar estas pacientes, com um grupo controle de pacientes não submetidas a tal cirurgia, analisando o tempo de início da terapia adjuvante quimioterapia ou radioterapia -, tempo livre de doença e sobrevida total, taxa de ocorrência e fatores relacionados com o câncer metacrônico. MÉTODOS: Estudaram-se 249 mulheres com diagnóstico de carcinoma invasivo de mama não metastático, divididas em dois grupos. O grupo estudo, constituído por 114 mulheres submetidas a mamoplastia redutora contralateral, e o grupo controle, constituído por 135 pacientes não submetidas a esta cirurgia. Foram excluídas do estudo todas as pacientes que apresentaram lesões suspeitas na mama oposta, bem como aquelas com antecedente de mamoplastia redutora. RESULTADOS: As pacientes submetidas a mamoplastia redutora de simetrização tiveram diagnóstico de carcinoma invasivo oculto sincrônico em 1,8% dos casos, carcinoma ductal in situ em 2,6%, e lesões proliferativas atípicas em 14,9%. O tempo de início da terapia adjuvante não foi influenciado pela mamoplastia de simetrização (p=0,826). Nas pacientes submetidas a mamoplastia, o câncer contralateral metacrônico ocorreu em 1,8% dos casos, enquanto que no grupo controle em 6,7%, demonstrando indícios de associação entre mamoplastia redutora contralateral e redução na ocorrência de câncer metacrônico (p=0,094). O tempo livre de doença e sobrevida total não foi influenciado pela mamoplastia. Os fatores relacionados com maior ocorrência foram os antecedentes familiares e o diagnóstico do tumor contralateral em estádio inicial. A quimioterapia adjuvante esteve relacionada com diminuição da ocorrência. CONCLUSÕES: A mamoplastia redutora contralateral de simetrização oferece uma oportunidade de diagnóstico de lesões de risco, tumores in situ e invasivos, além de demonstrar indícios de redução da ocorrência de câncer metacrônico durante seguimento oncológico. / INTRODUCTION: The principal risk factor for breast cancer is a personal antecedent of contralateral breast cancer. A reduction mammoplasty has an esthetical purpose and implies in the reduction of the risk of breast cancer. The contralateral and reduction mammoplasty with simetrization in patients with cancer and submitted to surgeries, contributes for the diagnosis of precursor lesions and occult carcinoma. OBJECTIVES: Determine the occurrence of precursor lesions and breast occult carcinoma in patients submitted to reduction mammoplasty with simetrization. Compare these patients with a control group of patients that were not submitted to that type of surgery, analyzing the time of initiating of the adjuvant therapy (chemotherapy and radiotherapy), disease-free time and total survival, occurrence tax and factors related with metachronic cancer. METHODS: 249 women with diagnosis of non-metastatic invasive breast carcinoma were studied and divided in two groups. The studied group was constituted of 114 women, who were submitted to reduction and contralateral mammoplasty, and the control group constituted of 135 patients, who were not submitted to this type of surgery. All the patients suspected to have lesions on the contralateral breast were excluded from this study, as well as, those with antecedents of reduction mammoplasty. RESULTS: The patients submitted to reduction mammoplasty with simetrization had a diagnosis of an occult, synchronic and invasive carcinoma in 1.8% of the cases, ductal carcinoma in situ in 2.6%, and proliferative and atypical lesions were found in 14.9%. The time of initiating the adjuvant therapy had no influence with the mammoplasty of simetrization (p=0.826). Patients submitted to mammoplasty, metachronic contralateral cancer occurred in 1.8% of the cases, whereas the control group demonstrated in 6.7% evidencing association between contralateral and reduction mammoplasty of occurrence of metachronic cancer (p=0.094). The disease-free time of the disease and total survival was not influenced by the mammoplasty. The factors related with a greater occurrence were the familiar antecedents and the diagnosis of the contralateral tumor in initial stage. The adjuvant chemotherapy adjuvant was related with the reduction of the occurrence. CONCLUSIONS: The contralateral and reduction mammoplasty with simetrization gives an opportunity for diagnosis of risk lesions, in situ and invasive tumors, besides demonstrating evidences of reduction of metachronic cancer during the oncological follow-up.
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Reintrodução de mutuns-do sudeste Cra blumenbachii (Cracidade) na mata atlântica da Reserva Ecológica de Guapiaçu (Cachoeiras de Macacu, RJ, Brasil)

Bernardo, Christine Steiner São [UNESP] 21 May 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-21Bitstream added on 2014-06-13T20:26:46Z : No. of bitstreams: 1 bernardo_css_dr_rcla.pdf: 3228470 bytes, checksum: 414867adb71129f9f2d1098a358ca26e (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A reintrodução de indivíduos em locais adequados e uma ferramenta importante para o restabelecimento de populações ameaçadas, em áreas onde previamente ocorriam. Contudo, populações recém-reintroduzidas frequentemente sofrem alta mortalidade. Assim, uma espécie reintroduzida deve ser monitorada, a obtenção de dados relevantes que evidenciem sucesso ou falha do projeto, para melhorar as estratégias futuras de reintrodução. O mutum-do-sudeste Crax blumenbachii (Galliformes, Cracidae) é endêmico da parte sudeste da Mata Atlântica brasileira. Atualmente é considerado em perigo de extinção, devido principalmente à caça e à destruição do habitat. Programas de reintrodução da espécie foram realizados na década de 1990, mas atualmente poucos dados publicados existem sobre o sucesso ou falha destes projetos. Os objetivos foram 1) identificar causas de mortalidade de mutuns-do-sudeste reintroduzidos, durante a fase de adaptação no viveiro e após a liberação; (2) detectar o período de maior vulnerabilidade dos animais após a liberação; (3) analisar possíveis diferenças na probabilidade de sobrevivência entre sexos, grupos de liberação e comportamento manso/arisco; (4) estimar o tamanho de área de vida de mutuns-do-sudeste reintroduzidos, levando em consideração alguns fatores como o sexo, idade, dominância/ submissão, comportamento manso/arisco e tempo de monitoramento; (5) analisar padrões na fidelidade à area de vida; (6) verificar se houve interação social entre mutuns-do­sudeste e (7) identificar padrões no uso de habitats. Entre agosto de 2006 e outubro de 2008, 53 mutuns-do-sudeste nascidos em cativeiro (CRAX, Contagem, MG, Brasil), portando rádio-transmissor VHF do tipo mochila, foram transferidos para a Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA, Cachoeiras de Macacu, RJ, Brasil) . Durante o período de adaptação, cinco aves morreram no viveiro... (Resumo completo clicar acesso eletrônico abaixo / Reintroduction of individuals into suitable habitat is an important technique for the restoration of endangered species populations in areas where they once existed. However, newly re-established populations often experience significantly higher mortality probability following reintroduction. Careful considerations must therefore be given to the release and monitoring of individuals to obtain relevant data on the success and failure of reintroduction projects to improve future reintroduction strategies. The Red-billed Curassow Crax blumenbachii (Galliformes, Cracidae) is an endemic bird species restricted to the southeast Atlantic rainforest. The species is currently endangered due to severe hunting and habitat loss. Reintroduction programs are currently underway to help restore wild populations, but to date, few data exist regarding the success of failure of these reintroductions. The aims of this research are: 1) to identify principal causes of mortality of reintroduced birds during the adaptation period in the release pen, and post-release; (2) to identify periods of vulnerability for birds post-release; (3) to analyze variations in survival probabilities between gender, different reintroduced groups, and between individuals exhibiting dominant or submissive behavioral traits; (4) to assess factors influencing variation in , home range size estimation; (5) to identify patterns of home range fidelity; (6) to quantify social interaction between individuals; (7) to identify patterns of habitat usage. Between August 2006 and October 2008, 53 birds were transport from the CRAX breeding center at Contagem to the Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA), and were fitted with backpack transmitters. During the adaptation period in the release pen, five birds died due to dominance behavior of some individuals. There was annual survival probability post-release of 76%... (Complete abstract click electronic access below)
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Caracterização populacional e molecular, e seleção de trichoderma spp. para biocontrole de fusarium sp. em crisãntemo / Populational and molecular characterization, and selection of trichoderma spp. for biocontrol of fusarium sp. in chrysanthemum

Menezes, Josiane Pacheco 28 February 2007 (has links)
Trichoderma spp. is one of the most researched fungi as biocontrole agent of diseases, being antagonistic to several phytopathogens in different crops. The soilborne pathogen Fusarium oxysporum causes wilt in several crops, including chrysanthemum, is of difficult control, due mainly to its survival capacity in the soil for long periods, even without the presence of the host. Studies about the population dynamics of Trichoderma spp. and Fusarium spp. and of the associated native microbiota they necessary, especially, to observe the impact of the biocontrols addition in the soil. Ornamental plants, such chrysanthemum, are cultivated in Rio Grande do Sul, but they are susceptible to several diseases, among them, the wilt of Fusarium oxysporum, mainly in protected environment. Aiming at the biocontrol of the wilt caused by F. oxysporum in chrysanthemum, as well as the understanding of the population dynamics of the microbiota in this patossystem, this work had for objectives: to study the dynamics of the fungic population present in soil used in the chrysanthemum cultivation in greenhouse in presence and ausence of wilt symptoms; to select and identify isolates of Fusarium pathogenic to chrysanthemum; to isolate and select antagonists, of the gender Trichoderma, effective in the biocontrol of Fusarium oxysporum in vitro; to verify, in vivo, the effectiveness of the antagonists tested in vitro in control of F. oxysporum; to evaluate the survival of Trichoderma sp. in substract with the incorporation of biological products of the fungus; to analyze the population dynamics of Fusarium sp. and Trichoderma sp. in sterilized soil and with addition of bioprotector; to identify the isolates of Trichoderma sp. used in the biocontrol of the pathogen; to evaluate the effect of administrations of Trichoderma sp. in non-target organisms. The soil sampling cultivated with chrysanthemum in greenhouse showed variation in the fungic populations of Trichoderma sp. and Fusarium sp. as a function of the occurrence of wilt symptoms in plants. Of the isolates of Fusarium sp. inoculated, 25,3% were pathogenic to chrysanthemum, which were found at points with visible symptoms of the disease on the plants. The biological products of Trichoderma sp. used varied in their effectiveness in the control of the wilt of chrysanthemum, being able to reach 100% of biocontrol as in the case of isolate UFSMT15.1. The desinfestation of the soil with methyl bromide reduced the population of Trichoderma, Fusarium and other fungi. The incorporation of the biological products in the soil promoted population growth of Trichoderma sp. and inhibited the growth of Fusarium sp. The molecular characterization of the isolates of Trichoderma indicated that the region of ITS of isolates UFSMT15.1, UFSMT16 and UFSMT17 of Trichoderma sp. it presents a simple band with a fragment of approximately 600 bp and the isolate UFSMT17 present high phylogenetic similarity with the specie Trichoderma aureoviride. In the rats treated with biological product of active Trichoderma sp., no viable spores of the fungus werw found in the sampled tissues after a hour of the administration of the bioproduct. / Trichoderma spp. Persson é um dos fungos mais pesquisados como agente de biocontrole de doenças, sendo antagonista a vários fitopatógenos em diferentes culturas. O patógeno de solo Fusarium oxysporum Link causador de murcha vascular em várias culturas, inclusive em crisântemo, é de difícil controle, devido principalmente à sua capacidade de sobrevivência no solo por longos períodos, mesmo sem a presença do hospedeiro. Estudos sobre a dinâmica populacional de Trichoderma spp. e de Fusarium spp. e da microbiota nativa associada são necessários, em especial, para observar-se o impacto da adição de biocontroladores no solo. Plantas ornamentais, como o crisântemo, são cultivadas no Rio Grande do Sul, mas são suscetíveis a várias doenças, dentre as quais, a murcha por Fusarium tem se destacado, principalmente, em ambiente protegido. Visando o biocontrole da murcha vascular causada por F. oxysporum em crisântemo, bem como, o entendimento da dinâmica populacional da microbiota nesse patossistema, este trabalho teve por objetivos: estudar a dinâmica da população fúngica presente em solo utilizado no cultivo de crisântemo em estufa na presença e ausência de sintomas de murcha; selecionar e identificar isolados de Fusarium patogênicos ao crisântemo; isolar e selecionar antagonistas, do gênero Trichoderma, eficazes no biocontrole de Fusarium oxysporum em teste in vitro; verificar a eficácia in vivo dos antagonistas testados no controle in vitro de F. oxysporum; avaliar a sobrevivência de Trichoderma sp. em substrato com incorporação de biopreparados desse fungo; analisar a dinâmica populacional de Fusarium sp. e Trichoderma sp. presentes em solo esterilizado e povoado com bioprotetores utilizados no cultivo de crisântemo em ambiente protegido; caracterizar molecularmente os isolados de Trichoderma sp. utilizados no biocontrole do patógeno; avaliar o efeito de administrações de Trichoderma sp. em organismos não-alvo. A amostragem de solo cultivado com crisântemo em estufa mostrou variação nas populações fúngicas de Trichoderma sp. e de Fusarium sp., em função da ocorrência de sintomas de murcha nas plantas. Dos isolados de Fusarium sp. inoculados, 25,3% foram patogênicos ao crisântemo, os quais foram amostrados em pontos com sintomas visíveis da doença nas plantas. Os biopreparados de Trichoderma sp. utilizados variaram em sua eficácia no controle da murcha do crisântemo, podendo atingir 100% de biocontrole como no caso do isolado UFSMT15.1. A desinfestação do solo com brometo de metila reduziu a população de Trichoderma, Fusarium e outros gêneros fúngicos. A incorporação do biopreparado no solo promoveu crescimento populacional de Trichoderma sp. e inibiu o crescimento de Fusarium sp. A caracterização molecular dos isolados de Trichoderma indicou que a região do ITS dos isolados UFSMT15.1, UFSMT16 e UFSMT17 de Trichoderma sp. apresenta uma banda simples com um fragmento de aproximadamente 600 pares de bases e o isolado UFSMT17 possui alta similaridade filogenética com a espécie Trichoderma aureoviride. Nos ratos tratados com o biopreparado de Trichoderma sp. ativo, não foram encontrados conídios viáveis do fungo nos tecidos amostrados após uma hora da administração do bioproduto.
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Modelos de fração de cura aplicados aos tempos de sobrevivência de pacientes submetidos à ligadura elástica de varizes no esôfago

Galletti, Agda Jéssica de Freitas January 2018 (has links)
Orientador: Rogério Antonio Oliveira / Resumo: A cirrose é uma doença hepática assintomática que, muitas vezes, é descoberta quando o quadro é irreversível. Por isso, o tratamento consiste em uma série de medidas para controlar o avanço da enfermidade, visto que a principal consequência da cirrose é o aumento da pressão na veia portal, que por sua vez, acarreta no surgimento de varizes e no seu respectivo rompimento, podendo ser fatal. Estudos relacionados à esta doença são muito importantes, pois a análise estatística é uma ferramenta que permite auxiliar na tomada de decisões nos procedimentos médicos e acompanhamento de pacientes. Um método estatístico bastante explorado nas ciências biomédicas é a análise de sobrevivência, que consiste em descrever o tempo de um evento inicial até a ocorrência de um outro de interesse. No entanto, existem situações em que uma proporção da amostra não vivencia o desfecho de interesse, mesmo que acompanhado por um período longo de tempo. Nestes casos, tais observações são dita imunes ao desfecho de interesse e as metodologias tradicionais de análise de sobrevivência não são indicadas. Logo, os modelos de fração de cura ou de longa duração, desenvolvido a partir do modelo de mistura, são os utilizados nestas situações. Neste trabalho diverso modelos foram considerados para analisar os tempos de vida de pacientes submetidos à Ligadura Elástica de Varizes Esofágicas, ao qual foram anotados os tempos até o óbito durante o acompanhamento de 129 pacientes do Hospital das Clínicas da Faculdade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cirrhosis is an asymptomatic liver disease that is often discovered when the patient's condition is irreversible. Therefore, the treatment consists of a series of measures to control the progression of the disease, since the main consequence of the cirrhosis is the increase of the portal venous pressure, which causes the appearance of varices and their respective rupture may be fatal. Studies related to that disease are very important, so the statistical analysis is a tool that helps to make decisions in medical procedures and patient follow-up. The most applied statistical method in the biomedical sciences is survival analysis, which consists of describing the time of occurrence until the event of interest. However, there are situations in which a proportion of the sample does not experience the interest outcome, even if they are accompanied by a long period of time. In such cases, such observations are said to be immune to the outcome of interest and traditional survival analysis methodologies are not appropriated. Therefore, the care fraction or long duration models can be used in these situations because they incorporate mixtures of models to solve the complexity inherent in the actual study. In this work, some statistical models were considered to analyze the survival times of patients, after surgery of Endoscopic Band Ligation of the Esophageal Varices, such as Exponential, Gamma and Weibull models. The data is related to survival times of 129 patients, who were treated... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Estudo da idade da vaca ao último parto para avaliar longevidade em rebanhos da raça nelore por análise de sobrevivência /

Caetano, Sabrina Luzia. January 2011 (has links)
Resumo: No Brasil, existem poucos estudos sobre longevidade de vacas de corte, principalmente utilizando ferramentas de análise de sobrevivência na estimação de parâmetros genéticos. Todavia, os critérios para avaliar esta característica são vários, tal que em alguns destes nem todos os registros das vacas nos rebanhos podem ser levados em consideração, devido à metodologia de análise utilizada. Uma variável que é de fácil mensuração e já faz parte da maioria dos controles zootécnicos das fazendas é a idade da vaca ao último parto (IVUP). Neste trabalho, objetivo foi avaliar a longevidade das vacas nos rebanhos utilizando a variável IVUP, por meio da metodologia de análise de sobrevivência. Esta variável foi utilizada mediante um critério para analisar a longevidade produtiva de vacas nos rebanhos. O critério adotado foi a diferença entre a data em relação ao último parto de cada vaca e a data do último parto de cada fazenda. Se esta diferença foi superior a 36 meses, a vaca falhou e foi considerada descartada. Caso contrário, esta vaca foi censurada, indicando que esta ainda poderia ter futuras parições. O critério de 36 meses foi proposto por ser período suficiente para a ocorrência de um novo parto. A metodologia de análise de sobrevivência foi utilizada por considerar dados censurados e não censurados. As variáveis: estação e ano de nascimento de cada vaca, a fazenda e a idade ao primeiro parto foram utilizadas para as análises da variável IVUP. Um estudo prévio por meio de curvas de Kaplan-Meier e o modelo de Cox, utilizando a distribuição gama para os touros, desconsiderando o parentesco entre eles, foram realizados. O software Survival Kit foi empregado para estimação dos parâmetros genéticos, levando em consideração o parentesco entre os animais. Verificou-se que a IVUP apresentou herdabilidade de 0,25, e que seu uso permite avaliar a ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In Brazil, there are few studies about stayability, especially using tools of survival analysis in the estimation of breeding values and heritability. The criteria for evaluating this characteristic are different, such that in some of these not all information in the herds of cows can be taken into consideration, because the method of analysis used. In addition, the definitions that consider the date of disposal of the animal affect the use of information obtained in practice, because until the cows come out of the flock may take years, thus the evaluation of their parents is impaired, since the goal is selection. A variable that is easy to measure and is already part of most controls husbandry farms are cow age at last birth (IVUP). This variable was used by one criterion to analyze the productive longevity of cows in herds. The criterion was the difference between the date from the last delivery date of each cow and the last part of each farm. If this difference was more than 36 months, the cow was considered failed and discarded. Otherwise, this cow was censored, indicating that this could still have further parities. The criterion of 36 months was proposed to be sufficient time for the occurrence of a new birth. The methodology of survival analysis was used. The variables season and year of birth of each cow, farm and age at first birth were used for analysis of variable IVUP. The objective of this study was to evaluate the performance of the variable IVUP through estimates of genetic and fixed effect, to study the longevity of cows in the herd. A previous study by Kaplan-Meier and Cox model using the gamma distribution for the bulls, disregarding the relationship between them, were performed. The Survival Kit software was used to estimate the genetic parameters, taking into account the relationship between the animals. It was found that the heritability of 0.25 for IVUP ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Claudia Cristina Paro da Paz / Coorientador: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Henrique Nunes De Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Lenira El Faro Zadra / Doutor

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