Callitriche (water-starwort) belongs among difficult and insufficiently known genera of the Czech flora. The presented work provides the first critical taxonomic revision of the genus in the Czech Republic, with information relevant also to the broader region of Central Europe. Morphological and cytometric investigation resulted in identification of six Callitriche species in the Czech Republic. The genome size of all six Czech representatives of the genus was estimated using flow cytometry. The hybrid C. × vigens Martinsson (C. cophocarpa × C. platycarpa) was found for the first time in the Czech Republic. An individual related to C. hamulata was found in the Tichá Orlice river, which has aberrant genome size and aborted flowers; further study of this taxon is necessary. Multivariate morphometric analyses of fruits and cultivation were used to check and define reliable distinctive features and an impact of phenotypic plasticity. Key to the identification of species (including the first key for sterile plants), its detailed descriptions and ecological demands were provided. Each species differ significantly from the others in genome size, morphological features as well as in ecology. The reproductive strategy has the main importance for ecology and morphology of the studied species. The distribution of...

Pour bien comprendre comment les espèces actuelles ont évolué, il est important d’étudier certains groupes clés. Ces groupes clés sont parfois bien négligés au profit d’autres groupes apparentés. L’embranchement Hemichordata forme, avec Echinodermata, le clade Ambulacraria. Ce dernier, avec l’embranchement Chordata, forme le super-embranchement Deuterostomia. Parmi les deutérostomes, la classe d’hémichordé Enteropneusta est souvent considérée comme étant la plus ressemblante au dernier ancêtre commun des deutérostomes. Les entéropneustes partagent en effet plusieurs caractéristiques avec Chordata et Ambulacraria et en étudiant celles-ci on peut reconstruire et comprendre leurs états ancestraux. Dans le chapitre d’introduction, j’aborde la morphologie générale des hémichordés et leurs relations évolutives avec les deux autres embranchement deutérostomes. Je présente aussi les caractéristiques qu’ils partagent avec les échinodermes et les cordés. J’aborde ensuite les formes que prennent les parties dures chez les animaux et en particulier chez les deutérostomes. Dans le chapitre deux, j’examine et décris la forme et la composition chimique des osselets chez huit espèces d’hémichordé. Cette étude représente un énorme bond dans nos connaissances sur la biominéralisation chez les hémichordés, car jusqu’à présent les osselets n’avaient été décrits que chez deux espèces, et la composition chimique déterminée chez une seule d’entre elle. J’interprète également ces données dans un contexte évolutif, car les osselets d’hémichordé sont probablement homologues au squelette des échinodermes. Ce chapitre est important, car il nous donne une hypothèse sur l’origine des osselets chez le dernier ancêtre commun des ambulacraires. Dans le chapitre trois, je quantifie l’asymétrie dans les fentes pharyngiennes de populations de deux espèces d’entéropneustes et d’une espèce de cordé non-vertébré. En mettant ces différents nivaux de symétrie en parallèle avec leur comportement alimentaire, les résultats supportent l’hypothèse de l’alimentation par filtration comme rôle initial des fentes pharyngiennes chez les deutérostomes et que la perte de cette fonction induit du bruit développemental, une vestigialisation ou une perte des fentes branchiales. Dans le chapitre quatre, J’utilise la micro-tomographie aux rayons-X pour décrire une espèce d’hémichordé qui était jusqu’à présent un numen nudum. Cette nouvelle technique est comparée avec l’histologie traditionnelle afin de prouver qu’elle pourrait être utilisée dans les futures études taxonomiques sur les hémichordés. Dans le chapitre cinq, je présente quelques expériences qui ont dû être exclues des chapitres précédents car elles ont donné des résultats négatifs non-publiables. Je discute des raisons pour lesquelles ces expériences ont échoué ainsi que quelques pistes de solutions possibles pour qui voudrait tenter de les refaire. Ensuite je récapitule les résultats des chapitres précédents pour montrer comment étudier les hémichordés peut encore nous apprendre beaucoup sur d’autres groupes pourtant déjà très étudiés. / The phylum Hemichordata forms, with Echinodermata, the group Ambulacraria that in turns forms with Chordata, the Deuterostomia. Among deuterostomes, the hemichordate class Enteropneusta is often viewed as the group that most closely resembles the last common ancestor of deuterostomes. Enteropneusts indeed share many traits with the other two deuterostome phyla and by studying them, we can infer the ancestral states of those traits. In the first chapter, I present the general morphology of hemichordates and their relationships with the other two deuterostome phyla. I also discuss the shared traits between the hemichordates, the echinoderms and the chordates. Last, I present the varied shapes that hard parts can take in animals, with a focus on deuterostomes. In chapter two, I describe the shape and mineral composition of ossicles in eight enteropneust species. This study is a major leap in our understanding of biomineralization in Hemichordata since up to this point ossicles were only described in two species and the mineral composition determined for only one. I discuss these results in an evolutionary context since hemichordate ossicles are probably homologous with echinoderm skeletal ossicles. This chapter is significant because it provides a hypothesis on the origin of ossicles in the last common ancestor of ambulacrarians. In chapter three, I quantify the level of asymmetry of the pharyngeal slits in populations of two species of enteropneusts and the invertebrate cephalochordate Branchiostoma floridae. We found that adults of these species display fluctuating asymmetry in the gills and that this asymmetry is lower in filter feeding. This is significant because it supports the hypothesis that filter feeding is an ancestral feature of deuterostomes and that the loss of this function increases developmental noise, vestigiality, or loss of the gills. In chapter four, I use X-ray microtomography to describe the enteropneust Balanoglossus occidentalis that was heretofore a nomen nudum. This new technique is compared with traditional histology to show that it is a viable tool in hemichordate taxonomical studies. In chapter five, I present a few experiments that had to be excluded from the other chapters because they gave negative, unpublishable results. I discuss the probable causes of their failures and potential ways to solve these issues for those who would want to pursue them further. Finally, I summarise the results of the previous chapters to show how studying hemichordates can still teach us a lot about the origin and evolution of the better studied deuterostome phyla.

Dieser Beitrag hat zum Ziel, zunächst literaturbasiert Lernprobleme im Kontext des SRLs (selbstreguliertes Lernen) zu ermitteln und darauf aufbauend in eine Taxonomie zu überführen, welche die Problemfelder dimensioniert. Die Taxonomie soll bei der Konzeption passender Lösungen für die Lernproblemfelder Orientierung geben, indem sie den Fokus auf die zu adressierenden Probleme lenkt, damit (technologiegestützte) Lernhilfen problemorientiert gestaltet werden. Dieser Aspekt fehlt in bestehenden Lern-Taxonomien, welche den Schwerpunkt eher auf die Lernziele und dahinter liegende kognitive Prozesse (Bloom, 1956) oder adaptive Variablen zur Lernerfolgssteigerung (Plass & Pawar, 2020) legen. [Aus: Einleitung]

The taxonomy of the Mediterranean Aristolochia pallida complex has been under debate since several decades with the following species currently recognized: A. pallida, A. lutea, A. nardiana, A. microstoma, A. merxmuelleri, A. croatica, and A. castellana. These taxa are distributed from Iberia to Turkey. To reconstruct phylogenetic and biogeographic patterns, we employed cpDNA sequence variation using both noncoding (intron and spacer) and protein-coding regions (i.e., trnK intron, matK gene, and trnK-psbA spacer). Our results show that the morphology-based traditional taxonomy was not corroborated by our phylogenetic analyses. Aristolochia pallida, A. lutea, A. nardiana, and A. microstoma were not monophyletic. Instead, strong geographic signals were detected. Two major clades, one exclusively occurring in Greece and a second one of pan-Mediterranean distribution, were found. Several subclades distributed in Greece, NW Turkey, Italy, as well as amphi-Adriatic subclades, and a subgroup of southern France and Spain, were revealed. The distribution areas of these groups are in close vicinity to hypothesized glacial refugia areas in the Mediterranean. According to molecular clock analyses the diversification of this complex started around 3–3.3 my, before the onset of glaciation cycles, and the further evolution of and within major lineages falls into the Pleistocene. Based on these data, we conclude that the Aristolochia pallida alliance survived in different Mediterranean refugia rarely with low, but often with a high potential for range extension, and a high degree of morphological diversity.

Le danmaku désigne les commentaires synchronisés qui s’affichent et défilent directement en surimpression sur des vidéos au fil du visionnement. Bien que les danmakus proposent à l’audience une manière originale de partager leur sentiments, connaissances, compréhensions et prédictions sur l’histoire d’une série, etc., et d’interagir entre eux, la façon dont les commentaires s’affichent peut nuire à l’expérience de visionnement, lorsqu’une densité excessive de commentaires dissimule complètement les images de la vidéo ou distrait l’audience. Actuellement, les sites de vidéo chinois emploient principalement des méthodes par mots-clés s’appuyant sur des expressions régulières pour éliminer les commentaires non désirés. Ces approches risquent fortement de surgénéraliser en supprimant involontairement des commentaires intéressants contenant certains mots-clés ou, au contraire, de sous-généraliser en étant incapables de détecter ces mots lorsqu’ils sont camouflés sous forme d’homophones. Par ailleurs, les recherches existantes sur la classification automatique du danmaku se consacrent principalement à la reconnaissance de la polarité des sentiments exprimés dans les commentaires. Ainsi, nous avons cherché à regrouper les commentaires par classes fonctionnelles, à évaluer la robustesse d’une telle classification et la possibilité de l’automatiser dans la perspective de développer de meilleurs systèmes de filtrage des commentaires. Nous avons proposé une nouvelle taxonomie pour catégoriser les commentaires en nous appuyant sur la théorie des actes de parole et la théorie des gratifications dans l’usage des médias, que nous avons utilisées pour produire un corpus annoté. Un fragment de ce corpus a été co-annoté pour estimer un accord inter-annotateur sur la classification manuelle. Enfin, nous avons réalisé plusieurs expériences de classification automatique. Celles-ci comportent trois étapes : 1) des expériences de classification binaire où l’on examine si la machine est capable de faire la distinction entre la classe majoritaire et les classes minoritaires, 2) des expériences de classification multiclasses à granularité grosse cherchant à classifier les commentaires selon les catégories principales de notre taxonomie, et 3) des expériences de classification à granularité fine sur certaines sous-catégories. Nous avons expérimenté avec des méthodes d’apprentissage automatique supervisé et semi-supervisé avec différents traits. / Danmaku denotes synchronized comments which are displayed and scroll directly on top of videos as they unfold. Although danmaku offers an innovative way to share their sentiments, knowledge, predictions on the plot of a series, etc., as well as to interact with each other, the way comments display can have a negative impact on the watching experience, when the number of comments displayed in a given timespan is so high that they completely hide the pictures, or distract audience. Currently, Chinese video websites mainly ressort to keyword approaches based on regular expressions to filter undesired comments. These approaches are at high risk to overgeneralize, thus deleting interesting comments coincidentally containing some keywords, or, to the contrary, undergeneralize due to their incapacity to detect occurrences of these keywords disguised as homophones. On another note, existing research focus essentially on recognizing the polarity of sentiments expressed within comments. Hence, we have sought to regroup comments into functional classes, evaluate the robustness of such a classification and the feasibility of its automation, under an objective of developping better comments filtering systems. Building on the theory of speech acts and the theory of gratification in media usage, we have proposed a new taxonomy of danmaku comments, and applied it to produce an annotated corpus. A fragment of the corpus has been co-annotated to estimate an interannotator agreement for human classification. Finally, we performed several automatic classification experiments. These involved three steps: 1) binary classification experiments evaluating whether the machine can distinguish the most frequent class from all others, 2) coarse-grained multi-class classification experiments aiming at classifying comments within the main categories of our taxonomy, and 3) fine-grained multi-class classification experiments on specific subcategories. We experimented both with supervised and semi-supervised learning algorithms with diffrent features.

Résumé Les entéropneustes, avec les Pterobranchia et les Planktospaeroidea, constituent le petit phylum deutérostomien d’Hemichordata, qui est généralement considéré comme une première ramification de la lignée en direction des Chordata. On s’attend à ce que le groupe détienne des indices sur l'évolution de la notocorde des chordés, du tube neural, des arcs branchiaux et de la glande thyroïde (Sato et al., 2008 ; Cameron et al., 2000). Je présente ici une étude taxonomique détaillée de nouvelles espèces de certaines familles et des études détaillées de leurs embryons et de leur structure musculaire. Dans le premier chapitre, j'ai fourni un contexte général sur les Enteropneusta (habitudes de vie, évolution, biogéographie et fossiles) et un diagnostic des familles d'Enteropneusta. Dans le chapitre deux, j'ai décrit une nouvelle espèce de la famille des entéropneustes Ptychoderidae d'Amérique du Nord en utilisant des méthodes histologiques traditionnelles, Balanoglossus sonorensis nov. sp., originaire du golfe de Californie, cette espèce se distingue de toutes les autres espèces du genre par la présence d'un long sillon médidorsal très profond sur la proboscis, du tissu conjonctif massif au centre du coelome et de la formation rapide et complète de les plaques radiales de la trompe. Le mésentère ventral du collier et l'emplacement des pores gonadiques du tronc sont uniques à cette espèce. Le chapitre trois a fourni une description formelle de Balanoglossus occidentalis, de Puget Sound, Washington, basée sur un manuscrit de W. E. Ritter. Les caractéristiques uniques de cette espèce comprennent. Le péricarde ne s'est pas formé en deux cornes et un glomérule qui s'étendaient largement sur la surface du péricarde et s'étendaient largement sur les parties latérales et ventrales de la stomocordé. Le cordon nerveux du collier a une seule cavité et la partie digestive du tronc était plus petite que la partie branchiale. Dans le chapitre quatre, j’ai quantifié l'efficacité de la micro-tomodensitométrie (CT-scan) dans 4 la taxonomie des entéropneustes. J’ai trouvé que le CT-scan est une alternative potentielle à l'histologie pour des spécimens uniques ou rares, mais il constitue plutôt un complément à l'histologie qui rend la taxonomie plus accessible et compréhensible pour les non-spécialistes. Au chapitre cinq, j'ai décrit l'espèce Schizocardium karankawa sp. nov (famille des Spengelidae) de la Laguna Madre, Texas, comprenant une phylogénie moléculaire, des détails sur sa fécondation et son développement avec un accent particulier sur son développement musculaire à travers la larve de tornaria et jusqu'au stade juvénile du ver. Au chapitre six, j'ai créé une collection virtuelle des entéropneustes d'Amérique du Nord basée sur des spécimens holotypes collectés par Cameron et empruntés au Musée national d'histoire naturelle (Smithsonian). Ces données comprennent des numérisations numériques haute résolution de chaque lame histologique comprenant les holotypes, les détails de la collection, notamment le nom du collectionneur, l'emplacement, les dates et la coloration fixatrice et histologique. La collection virtuelle est disponible sur Canadensys https://www.canadensys.net/, un membre actif du Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Ce chapitre est important, car la numérisation de la collection d’entéropneustes apportera de nombreux avantages, notamment la création d'une documentation constante des collections, le suivi des changements dans la répartition des espèces au fil du temps et l’accès à une grande diversité de morphologies pour comprendre les variations intraspécifiques et interspécifiques. Dans le chapitre sept, j'ai fourni une conclusion générale, la motivation de mon travail, un résumé du travail de taxonomie effectué dans le laboratoire Cameron et la stratégie de tomodensitométrie. Enfin, j'ai fourni un bref aperçu de mes perspectives d'avenir concernant mon désir d’étendre ce travail par l'étude de la taxonomie des entéropneustes nord-africains. / Abstract The Enteropneusta (acorn worms), with the Pterobranchia, and the Planktospaeroidea constitute the small deuterostome phyla Hemichordata, which is generally regarded as an early offshoot of the line to the Chordata. The group is expected to hold clues about the evolution of the chordate notochord, neural tube, gill bars, and thyroid gland (Sato et al., 2008; Cameron et al., 2000). Here, I present a detailed taxonomic study of new species of some families and some detailed studies of their embryos and muscular structure. In the first chapter, I provided a general background of Enteropneusta (life habits, evolution, biogeography, and fossils) and a diagnosis of Enteropneusta families. In chapter two, I described one new species of the family Ptychoderidae acorn worm from North America using traditional histological methods, Balanoglossus sonorensis nov. sp., from the Gulf of California. This species is different from all the other Balanoglossus species by the presence of a deep, long middorsal groove on the proboscis, the massive connective tissue in the center of the coelom in conjunction with the formation of the proboscis radial muscle plates. The collar ventral mesentery and the location of the trunk gonadal pores are unique to this species. Chapter three provided a formal description of Balanoglossus occidentalis from Puget Sound, Washington, based on a manuscript by W.E. Ritter. Unique characteristics of this species include the following: The glomerulus spreads widely across the pericardium's surface and extends down over the stomochord's lateral and ventral portions. The collar nerve cord has a single cavity, and the digestive portion of the trunk is smaller than the branchial portion. In chapter four, we quantified the efficacy of micro-computed tomography (CT scans) in acorn worm taxonomy. We found that CT scans are a potential alternative to histology for 7 unique or rare specimens, but they are more of a complement to histology that makes taxonomy more accessible and understandable for non-specialists. In chapter five, I described the species Schizocardium karankawa sp. nov (family Spengelidae) from Laguna Madre, Texas, including a molecular phylogeny, details of its fertilization and development with particular emphasis on its muscle development through the tornaria larva and into juvenile worm stage. In chapter six, I created a virtual collection of acorn worms from North America based on holotype specimens collected by Cameron and borrowed from the National Museum of Natural History (Smithsonian). These data include high-resolution digital scans of every histological slide that comprises the holotypes and the collection details, including the collector’s name, location, dates, and fixative and histological stain. The virtual collection is available on Canadensys https://www.canadensys.net/ an active member of the Global Biodiversity Information Facility (GBIF). This chapter is significant because digitizing the acorn worm collection will bring many benefits, including the creation of a constant document of collections, tracking changes in species distributions over time, and providing a wide diversity of morphologies to understand intraspecific and interspecific variation. In chapter seven, I provided a general conclusion, the motivation of this thesis research, a summary of the taxonomic work from the Cameron lab, and the CT scan strategy. Finally, I provided a brief overview of my desire to continue this work by expanding on the knowledge of North African acorn worms.

In dieser Arbeit werden spektroskopische und spektrometrische Methoden diskutiert, um Verfahren auf Grundlage von umfassenden, molekularen Informationen für die Charakterisierung, Klassifizierung und Identifizierung von Pollen zu entwickeln. Es ist bereits bekannt, dass Raman- und Infrarot-Spektroskopie spezifische Fingerabdrücke der chemischen Zusammensetzung von Pollen liefern können. Im Rahmen dieser Arbeit werden nun die oberflächenverstärkte Raman-Streuung (surface-enhanced Raman scattering, SERS), die matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight-Massenspektrometrie (MALDI-TOF MS) und die Fourier-Transform-Infrarot-Spektroskopie (FTIR-Spektroskopie) einzelner Pollenkörner für die taxonomische Klassifizierung eingesetzt. Neben der Anwendung zur taxonomischen Klassifizierung können spektroskopische und spektrometrische Methoden auch zur Erkennung von Unterschieden, die durch Umwelteinflüsse verursacht werden, eingesetzt werden. Als ein erstes Beispiel dieser Anwendung werden cherry leaf roll virus (CLRV) infizierte Birkenpollen untersucht und mit Pollen von Kontrollpflanzen verglichen. Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen, dass spektroskopische und spektrometrische Methoden vielversprechend für die Pollenanalytik in vielen verschiedenen Forschungsgebieten sind. / The investigation of pollen grain samples for characterization, classification and identification is still an analytical task that is both challenging and time-consuming, since it is mainly based on the morphological characteristics of the pollen grains. In order to develop approaches that are based on extensive molecular information and that lead to an automated classification, in this thesis, a combination of spectroscopic and spectrometric tools is discussed. It is already known that a fingerprint analysis of the chemical composition of pollen samples can be accomplished by Raman and infrared spectroscopies. Here, surface-enhanced Raman scattering (SERS), matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS), and Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy of single pollen grains are successfully applied for the taxonomic classification of pollen samples. In addition to the application for taxonomic classification, it is conceivable that spectroscopic and spectrometric data could also be used to investigate chemical changes caused by environmental influences. As a first example for such an application, cherry leaf roll virus (CLRV) infected birch pollen are investigated and compared to samples from control plants. The results in this work indicate that spectroscopic and spectrometric methods are powerful analytical tools that may be useful for improved pollen investigation in different areas of research.

Diese Arbeit stellt eine umfassende Reihe von Fallstudien zur Taxonomie, Systematik und Evolution von zwei sehr unterschiedlichen Gruppen von Süßwasserschnecken aus China zusammen, der Familie Viviparidae und der Überfamilie Truncatelloidea. Auf der Grundlage eines integrativen Ansatzes, der Morphologie, Anatomie, molekulare Methoden, Ökologie und Biogeographie kombiniert, liefert die vorliegende Arbeit eine Reihe systematischer Revisionen und die bisher vollständigste Liste gültiger Arten der Viviparidae aus China. Innerhalb der Viviparidae werden in der vorliegenden Arbeit zwei neue Gattungen, neun neue rezente Arten, eine neue fossile Art, 11 neue Kombinationen und ein neues Synonym vorgeschlagen. Die phylogenetische Position der neuen Taxa innerhalb der Viviparidae wird diskutiert. In Bezug auf die Truncatelloidea liefert die vorliegende Arbeit die erste fossil kalibrierte Phylogenie auf der Grundlage von fünf Genen, die die meisten existierenden Familien der Truncatelloidea abdeckt. Eine neue Familie, eine neue Gattung und zwei neue Arten, die alle in China endemisch sind, werden hier beschrieben. Die seit mehr als einem Jahrhundert verschollene sessile Süßwasserschnecke Helicostoa ist wiederentdeckt und hier erstmals systematisch untersucht worden. Neben ihrer sessilen Lebensweise im Süßwasser stellt die neue Helicostoa-Art einen der bemerkenswertesten Fälle von Sexualdimorphismus bei Mollusken dar. Die fossil kalibrierte Phylogenie der Truncatelloidea deutet darauf hin, dass die einzigartige schnecken aus dem Fuxian-See eine neue Art innerhalb einer neuen Familie, der Squamapicidae fam. nov., sein sollte. Die datierte Phylogenie zeigt, dass diese neue Familie ihren Ursprung im Tethys-Ozean während der späten Kreidezeit hat. Insgesamt werden in dieser Arbeit nicht nur viele Taxa der Süßwasserschnecken aus China revidiert und beschrieben, sondern es wird auch ein robusterer systematischer Rahmen für diese beiden alten Schneckengruppen geschaffen. / This thesis compiles a comprehensive set of case studies on the taxonomy, systematics and evolution of two most diverse groups of freshwater gastropods from China, family Viviparidae and superfamily Truncatelloidea. Based on an integrative approach combining morphology, anatomy, molecular methods, ecology and biogeography, the present thesis provides a series of systematic revisions and the most complete list of valid species of Viviparidae from China so far. Within Viviparidae, two new genera, nine new extant species, one new fossil species, 11 new combiniations and one new synonym are proposed in the present thesis. The phylogenetic position of the new taxa within Viviparidae is discussed based on molecular phylogenetic trees. With regard to Truncatelloidea, the present thesis provides the first fossil calibrated phylogeny based on five genes, covering most extant families of Truncatelloidea. One new family, one new genus and two new species all endemic to China are proposed herein. The sessile freshwater gastropod Helicostoa lost for more than a century is rediscovered and systematically studied for the first time. Besides its sessile life style in freshwater, the new species of Helicostoa represents one of the most remarkable cases of sexual dimorphism within molluscs. The fossil calibrated phylogeny of Truncatelloidea suggests that the unique freshwater microgastropod species from Fuxian Lake of China should be a new species of a new genus within a new family, Squamapicidae. fam. nov.. The dated phylogeny reveals that this new family of freshwater gastropods originated in the Tethys Ocean during the Late Cretaceous. This thesis not only revises and describes many taxa of Viviparidae and Truncatelloidea from China, but also provides a more robust systematic frameworks for these two ancient snail groups. It also reveals several interesting cases of species radiations and evolutionary innovations, which contribute to a better understanding of their evolution.

Une taxonomie révisée et une connaissance des limites d’espèces demeurent toujours importantes dans les points chauds en biodiversité comme les Antilles où de nombreuses espèces endémiques sont retrouvées. Des limites d’espèces divergentes impliquent un différent nombre d’espèces retrouvées dans un écosystème, ce qui peut exercer une influence sur les décisions prises face aux enjeux de conservation. Les genres Gesneria et Rhytidophyllum qui forment les principaux représentants de la famille des Gesneriaceae dans les Antilles comprennent plusieurs taxons aux limites d’espèces ambigües et quelques espèces qui ont des sous-espèces reconnues. C’est le cas de Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze qui comprend quatre sous-espèces géographiquement isolées et qui présentent des caractères végétatifs et reproducteurs similaires et variables. Une délimitation d’espèces approfondie de ce complexe d’espèce est effectuée ici à partir d’une approche de taxonomie intégrative considérant des données morphologiques, génétiques et bioclimatiques. Les données morphologiques quantitatives et qualitatives obtenues à partir de spécimens d’herbier sont utilisées pour délimiter des groupes morphologiques à l’aide d’une analyse en coordonnées principales. Ces groupes sont ensuite testés à l’aide de séquences d’ADN de quatre régions nucléaires en utilisant une méthode bayesienne basée sur la théorie de la coalescence. Finalement, les occurrences et les valeurs de variables de température et de précipitation qui y prévalent sont utilisées dans une analyse en composantes principales bioclimatique pour comparer les groupes délimités morphologiquement et génétiquement. Les résultats de l’analyse morphologique multivariée supportent la distinction entre les groupes formés par les sous-espèces actuellement reconnues de G. viridiflora. Les résultats, incluant des données génétiques, suggèrent une distinction jusqu’ici insoupçonnée des populations du Massif de la Hotte au sud-ouest d’Haïti qui sont génétiquement plus rapprochées des populations de Cuba que de celles d’Hispaniola. Bioclimatiquement, les groupes délimités par les analyses morphologiques et génétiques sont distincts. L’approche de taxonomie intégrative a permis de distinguer cinq espèces distinctes plutôt que les quatre sous-espèces acceptées jusqu’à aujourd’hui. Ces espèces sont : G. acrochordonanthe, G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola et G. viridiflora. Une carte de distribution géographique, un tableau de la nouvelle taxonomie applicable et une clé d’identification des espèces sont présentés. La nouvelle taxonomie déterminée dans cette étude démontre un endémisme insoupçonné dans plusieurs régions du point chaud en biodiversité des Antilles et souligne l’importance d’investiguer les limites d’espèces dans les groupes diversifiés comprenant des taxons aux limites d’espèces incomprises. / An accurate taxonomy and knowledge of species limits is of great importance in endemic species-rich biodiversity hotspots like the Caribbean. Indeed, conflicting species limits can alter biodiversity estimates and influence the decisions taken on conservation issues. The genera Gesneria and Rhytidophyllum constitute the main representatives of the Caribbean Gesneriaceae and comprise a few species with unclear boundaries as well as species having several recognized subspecies. Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze is a good example of the latter and consists of four geographically isolated subspecies that possess similar but variable vegetative and reproductive characters. We conducted a thorough investigation of species delimitation in this species complex using an integrative taxonomic approach that includes morphology, genetics and bioclimatic data. Qualitative and quantitative morphological data obtained from herbarium specimens were used to circumscribe morphologically distinct groups using a principal coordinates analysis. These groups were then tested at the genetic level using a Bayesian Phylogenetics and Phylogeography (BPP) species delimitation approach based on four nuclear regions. Bioclimatic multivariate analyses of temperature and precipitation variables obtained from occurrence data were used to compare the groups delimited by morphological and genetic data. The results suggest the presence of five distinct species in this complex. Four of these broadly correspond to the actually defined subspecies: G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola and G. viridiflora. An additional highly endemic species was recognized, G. acrochordonanthe, that consists of the populations found at the Massif de la Hotte in Southwestern Haiti. A distribution map, a table of the new taxonomy and an identification key to the species are provided. The new taxonomy proposed in this study shows an unsuspected species endemism in some regions of the Caribbean biodiversity hotspot and underlines the importance of investigating species boundaries in diversified groups containing taxa with poorly understood boundaries.

La mitochondrie est un organite intracellulaire permettant la production d’énergie nécessaire à la survie de la cellule. Sa singularité passe par le fait qu’elle possède son propre génome (ADN mitochondrial ou ADNmt) distinct du génome nucléaire (ADNnu). Aussi, contrairement à l’ADNnu qui est transmis par les deux parents, l’ADNmt est lui hérité seulement par la mère chez les animaux. Exceptionnellement, un seul système connu va à l’encontre de cette « loi » d’hérédité. Il s’agit du système de double hérédité uniparentale (Doubly Uniparental Inheritance ou DUI) retrouvé chez plusieurs espèces de bivalves. Les espèces concernées possèdent ainsi 2 lignées d’ADNmt distinctes : une d’origine paternelle (ADNmt M) transmise seulement de pères en fils, et une d’origine maternelle (ADNmt F) transmise par la mère à la fois aux filles et fils. L’hypothèse privilégiée pour expliquer le maintien du système DUI au cours de l’évolution l’engage dans la détermination sexuelle chez les bivalves mais la vérification de cette hypothèse repose entre-autre sur une étude plus élargie de différents systèmes DUI. Jusqu’à maintenant, le DUI a été trouvée chez 46 espèces de bivalves, mais sa distribution chez ce groupe est certainement plus vaste étant donné le nombre d’espèces vivantes estimé à >20000. L’objectif de ce projet est d’étudier (et d’élargir) la distribution taxonomique du système DUI au sein du groupe des mollusques afin d’obtenir les prérequis indispensables à une meilleure compréhension de sa fonction mais également pour en retracer l’origine. Les résultats suggèrent l’absence du système DUI chez cinq espèces de gastéropodes et confirment sa découverte chez deux nouvelles espèces et familles de bivalves [i.e. Scrobicularia plana (Semelidae) et Yoldia hyperborea (Yoldiidae)]. En s’appuyant sur les résultats phylogénétiques, nous favorisons l’hypothèse d’une origine unique pour ce système. Finalement, la nouvelle distribution taxonomique proposée ici confirme la présence du système DUI chez 103 espèces de bivalves appartenant à 12 familles. / Mitochondria are semi-independent organelles, mostly known for their role in energy production necessary for cell survival. Several characteristics make them unique: they have their own genome, the mitochondrial DNA (mtDNA), and contrary to the nuclear genome (nuDNA), they are inherited uniparentally by Strict Maternal Inheritance (SMI) in animal species. Exceptionally, one model of mitochondrial inheritance found in some Bivalvia goes against the rule of SMI. It is called the Doubly Uniparental Inheritance (DUI) system. The species concerned possess two distinct mitochondrial lineages: one transmitted by the male (M mtDNA) to his sons only, and the other by the female to both sons and daughters. The most likely hypothesis to explain the retention of the DUI system in evolution involves him in sexual determination in bivalves but a widened study on different DUI systems is needed to verify this hypothesis. Until now, the DUI system has been described in 46 bivalve species but its distribution in this group might be broader given the total number of living species estimated to >20000. This project aimed to study (and broaden) taxonomic distribution of DUI within mollusks as a necessary prerequisite to a better understanding of its function and its origin. The results suggest the absence of DUI in five gastropods species and confirm its discovery in two new bivalves species and families [i.e. Scrobicularia plana (Semelidae) and Yoldia hyperborea (Yoldiidae)]. Based on phylogenetic data, we favor the hypothesis of a single origin of DUI. Finally, the new taxonomy proposed here confirms the presence of the DUI system in 103 bivalves species belonging to 12 families.