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Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů / Identification of Organisms Based on Analysis of Nucleotide Density VectorsMaděránková, Denisa January 2015 (has links)
Most methods for analysis of genomic data work with symbolic sequences. Numerically represented genomic sequences can be analyzed by signal processing methods. A new method of numerical representation of DNA sequences, nucleotide density vectors, is proposed in this thesis. Usability of this method for purposes of molecular species identification is tested on DNA barcoding sequences. DNA barcoding is modern and popular methodology based on comparison of short mitochondrial DNA sequences. Beside species identification by proposed method based on nucleotide density vectors, higher taxa rank identification (e.g. families) was also tested. Furthermore, dendrograms were constructed from standardly used evolutionary distances and distances between nucleotide density vectors and the dendrograms were compared.
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Étude de la diversité neutre et adaptative chez l'anémone de mer symbiotique Anemonia viridis : apport de techniques de type Next-Generation Sequencing dans les questions de délimitation d’espèces et d’adaptation locale / Study of neutral and adaptive diversity in the symbiotic sea anemone Anemonia viridis : contribution of Next-Generation Sequencing techniques in the questions of species delimitation and local adaptationMallien, Cédric 04 December 2017 (has links)
L’anémone de mer symbiotique Anemonia viridis possède cinq morphes définis à l’aide de critères morphologiques. Premièrement, le statut taxonomique de trois des morphes d’A. viridis (var. rufescens, rustica et smaragdina) a été précisé à l’aide de marqueurs moléculaires basés sur des gènes de stress et des marqueurs RAD. Nous avons pu déterminer que ces trois morphes ne formaient qu’une seule espèce et mis en évidence quatre lignées génétiques indépendantes sur base de la géographie (trois en mer Méditerranée, une dans la Manche). Par l’utilisation des variations des séquences ITS2, nous n’avons pu détecter aucune implication du symbiote (Symbiodinium sp.) dans la différenciation des morphes, mais nous avons révélé une composition en symbiotes divergente entre les lignées génétiques indépendantes de l’hôte animal. Par ailleurs, A. viridis se développe dans des environnements particulièrement contrastés, faisant d’elle un modèle d’étude idéal pour l’étude de l’adaptation locale chez les Cnidaires. Par conséquent, l’adaptation locale chez A. viridis a été testée en comparant des populations venant de sites aux conditions environnementales contrastées (surface vs. profondeur et lagune vs. mer). Une recherche de loci outliers sur des marqueurs RAD et des marqueurs de gènes de stress n’a toutefois révélé aucun gène candidat dans l’adaptation locale par rapport aux conditions environnementales testées. Ce travail a donc permis de définir A. viridis comme un organisme extrêmement plastique capable de posséder un fort polymorphisme intrinsèque et de s’acclimater à des habitats contrastés. / The symbiotic sea anemone Anemonia viridis has five morphs described using morphological traits. First, the taxonomical status of three of the morphs of A. viridis (var. rufescens, rustica and smaragdina) was studied using stress gene markers and RAD markers. We revealed that the three morphs were not different species, but that A. viridis was split into four polymorphic independent genetic lineages based on geographical origin (three in the Mediterranean Sea, one in the English Channel). Using ITS2 sequence variation, we could not detect any implication of the symbiont (Symbiodinium sp) in the morph differentiation, but we revealed a divergence in symbiont composition among the geographic independent lineages of the animal host. If no effect of the symbiont was detected, a variable distribution of the ITS2 variants based on geography was revealed. Moreover, A. viridis lives in highly contrasted environments, making it an ideal species to study local adaptation. Thus, local adaptation was tested on A. viridis by comparing populations coming from contrasted environments (shallow vs. deep and lagoon vs. sea). Using RAD and stress genes markers in a search for outlier loci, we revealed no candidate adaptive genes under our environmental conditions. In conclusion, Anemonia viridis seems to be a very plastic organism, with a high intrinsic polymorphism and a high acclimation potential.
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Morphometrische Analyse der Kieferbezahnung fossiler wie rezenter carcharhinider Selachier: Morphometrische Analyse der Kieferbezahnungfossiler wie rezenter carcharhiniderSelachierLeder, Ronny Maik 17 July 2014 (has links)
Die morphologische Variabilität dentaler Strukturen, bei Haien der Familie der Carcharhinidae, ist sowohl innerhalb als auch zwischen den Arten unzureichend erforscht. Ohne Kenntnis der artspezifischen Parameter ist eine genaue taxonomische Klassifizierung von fossilen Haien anhand der Zähne jedoch unmöglich. Die umfassende Analyse der dentalen Strukturen rezenter carcharhinider Haie nach artspezifischen Merkmalen wurde genutzt, um die Ergebnisse auf die nächsten fossilen Verwandten zu übertragen. Besonderes Augenmerk galt darüber hinaus dem morphologischen Vergleich fossiler Zähne westatlantischer und zentralasiatischer Herkunft. Es wurde ein morphometrisches Analyseverfahren entwickelt, dass entgegen bestehender Methoden, gänzlich auf manuelle Datengewinnung verzichtet. Für die neue Methode der automatisierten algorithmischen Morphometrie (AAM) wurden erstmals, anhand von 2340 Einzelzähnen von 112 Individuen aus 41 Arten rezenter Carcharhinidae, die wesentlichen artspezifischen Merkmalskomplexe definiert und in ein Analyseprogramm samt Datenbank übertragen. Die Einzeluntersuchung der einzelnen Spezies nach Gesichtspunkten ontogenetischer, sexueller bzw. mono-/dignather Heterodontie sowie intra- und interspezifischer Varianz der Zahnmorphologie zeigte, dass carcharhinide Haie allein mit Hilfe zahnmorphologischer Merkmale identifiziert werden können und diese Merkmale für systematische Zwecke geeignet sind. Der Erfolg der systematischen Zuordnung steht aber in direkter Abhängigkeit zur Zahnposition und zur betrachteten Spezies. Der Einfluss der Heterodontie auf die taxonomische Aussagekraft ist mitunter enorm, so dass die Eindeutigkeit der taxonomischen Klassifizierung stark begrenzt wird. Es existiert eine enorme Bandbreite an morphologischen Überschneidungen und Durchdringungen, sowohl innerhalb der Arten als auch art- bzw. gattungsübergreifend. Beim Vergleich allein anhand einzelner Zähne, sowohl fossiler als auch rezenter Herkunft, ist es in vielen Fällen nicht feststellbar, ob noch innerartliche Varianz oder bereits artliche Differenz vorliegt. Aus den Erkenntnissen der morphometrischen Analyse und deren Übertragung auf die fossilen Belege, ergab sich die Notwendigkeit, fossile Zähne carcharhinider Haie zukünftig, neben dem bestehenden deskriptiven Verfahren der Taxonomie, zusätzlich funktionsmorphologisch zu beurteilen. Dazu wurden erstmals sechs funktionsmorphologische Gruppen definiert, mit deren Hilfe vor allem ökologische Schlussfolgerungen bei der Bewertung fossiler Zähne möglich sind. / The morphological variability of dental structures within the different species as well as between the species of sharks belonging to the family of the Carcharhinidae is insufficient investigated. Without knowledge of the species specific parameter the precise taxonomic classification based on the teeth morphology of fossil sharks is kind of impossible. The comprehensive analysis of dental structures of extant carcharhinid sharks was used to transfer the results to their next extinct relatives. Special attention was focused on the comparison between fossil teeth of populations with westatlantic and centralasiatic origin. A morphometric analysis program was established, that is in contrast to traditional methods not based on manual data collection. With the new method of automatic algorithmic morphometry (AAM) the essential species specific attribut complexes were defined for the first time by using the morphological data of 2340 single tooth from 112 individuals from 41 species of extant carcharhinid sharks and transfered to an appropriate new analysis program including all datasets in one database. Individual studies for each single species in aspects like ontogenetic, sexual, mono- and dignatic heterodondity as well as intra- and interspecific variance in tooth morphology proved the possibility to identify carcharhinid sharks just by their teeth and that these attributes can be used for systematic purposes. The effectiveness of the systematic classification stands in direct dependence to tooth position and investigated species. The heterodondity influence for the taxonomic significance is quite high and limiting the taxonomic classification. An enormous bandwith in morphological overlapping and interpenetration is existing as well as within the species but also between species respectively across genus. The comparison based on single teeth with both fossil and extant origin, makes it in many cases impossible to differentiate between intraspecific variance and already existing specific difference. From the new insight to morphological differentiation based on the morphometric analysis (AAM) established in this work and the tranfer from this informations to fossil samples the need for different view to fossil teeth of carcharhinid sharks was obvious. Beside the traditional descriptive procedure of taxonomy a method based on functional morphology is need to better reassess fossil carcharhinid shark teeth. Therefor six functional morphological groups where defined for the first time especially for paleoecological conclusions in the assessment of fossil teeth.
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Eine Ordnungslehre für InformationsmodelleFettke, Peter 24 September 2001 (has links)
Innerhalb der Wirtschaftsinformatik sind Modelle zentrales Mittel zur Gestaltung betrieblicher Informationssysteme. Die in der Literatur vorhandenen Typ 2-Modelle sind nicht systematisch zugreifbar, wodurch diese Modelle bei der Gestaltung betrieblicher Informationssysteme gar nicht oder nur eingeschränkt genutzt sowie weiterentwickelt werden können. Um dieses Defizit zu überwinden, bedarf es einer leistungsfähigen Ordnungslehre. Diese Arbeit beschreibt Ausgangssituation, Problemstellung, Zielsetzung, Vorgehensweise sowie erste Ergebnisse des Dissertationsvorhabens.
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Fachkonzeptionelle Standardisierung von Fachkomponenten mit Ordnungssystemen - Ein Beitrag zur Lösung der Problematik der Wiederauffindbarkeit von FachkomponentenFettke, Peter 17 October 2001 (has links)
Auf Basis verschiedener Annahmen zeigt der folgende Beitrag, daß die von Turowski vorgeschlagenen Objekte der Standardisierung nicht den spezifischen Belangen der Wiederauffindbarkeit von Fachkomponenten genügen. Aus diesem Grund werden die Turowski'schen Standardisierungsobjekte um das Objekt Ordnungssystem erweitert. Ein Ordnungssystem ist eine Systematik, wie Fachkomponenten in einer Fachkomponentendokumentation systematisch abgelegt und wiederaufgefunden werden können. Weiterhin werden die in der Literatur vorhandenen Vorarbeiten zur Standardisierung von Ordnungssystemen konsolidiert und ein Vorgehensmodell zur Standardisierung von Ordnungssystemen vorgeschlagen.
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Der Referenzmodellkatalog - Ein Instrument des WissensmanagementsFettke, Peter, Loos, Peter 05 November 2001 (has links)
Referenzmodelle können als Speicher für explizites Domänenwissen interpretiert werden. Obgleich in der Literatur inzwischen zahlreiche Referenzmodelle dokumentiert sind, ist der Zugang zu diesen Wissensspeichern uneinheitlich und nicht systematisch möglich. Referenzmodellkataloge ermöglichen Referenzmodelle nach einheitlichen Gesichtspunkten zu ordnen und nach spezifischen Gesichtspunkten zugreifbar zu machen. Damit bilden sie ein zentrales Instrument zur Erschließung der Wissensquelle Referenzmodell und bilden die Schnittstelle zwischen den Prozessen der Entwicklung von Referenzmodellen einerseits und der Anwendung von Referenzmodellen andererseits.
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Psychologische Dimensionen des Einsatzes von Trainingsfilmen in der PersonalentwicklungKoblischke, Jan 23 November 2005 (has links)
Die allgemeine Zielsetzung dieser Arbeit besteht darin, das Medium Trainingsfilm systematisch zu präzisieren und im Hinblick auf den optimierten Einsatz in der Personalentwicklung theoretisch und empirisch zu untersuchen. Das Medium Trainingsfilm wird definitorisch greifbar gemacht und taxonomisch gegenüber anderen Mediengattungen abgegrenzt. Seine historischen Wurzeln werden aufgezeigt und Vor- und Nachteile seines Einsatzes in der Personalentwicklung diskutiert. Auf der Basis von lern- und lehrtheoretischen Erörterungen werden - unter Heranziehung relevanter kommunikations- und filmwissenschaftlicher Befunde - die Qualitätskriterien von Trainingsfilmen erarbeitet. Diese werden zumindest in Teilen einer empirischen Überprüfung unterzogen. Es wird ein mehrdimensionaler Klassifikationsansatz dargestellt, der als grundlegende filmische Dimensionen den Inhalt, die Struktur und die affektive Wirkabsicht eines Trainingfilms voraussetzt. Zudem werden verschiedene Zukunftsszenarien von Trainingsfilmen beschrieben, die sich aufgrund der zunehmenden technischen Entwicklung und Verbreitung des Internets und des Mediums Trainingsfilm als hybride Lehr-Lern-Arrangements charakterisieren lassen. / It is the overarching aim of this research to state, in a systematic way, the nature of the medium of the training film more precisely and to examine it theoretically and empirically with hindsight to its optimized use in personnel development. The medium training film will be defined more closely and taxonomically distinguished from other genres of the media. Its historical roots will be looked at and advantages and disadvantages of its use will be discussed. Based on a discussion of teaching and learning theory and in consideration of relevant evidence from communications theory and film theory the quality criteria of training films will be worked out. These will, at least in parts, be subjected to empirical examination. A multi-dimensional classificatory approach will be used which will presuppose as basic filmic dimensions the content, the structure and the affective intension of effectiveness of a training film. In addition different future scenarios of training films will be described which due to further technical developments and spread of the internet and of the medium of the training film, could be characterized as hybrid teaching and learning arrangements.
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Multikomponentní učební úlohy ve výuce chemie / Multicomponent learning tasks in chemistryTrčková, Kateřina January 2016 (has links)
The main goal of this dissertation was to create and verify own multicomponent tasks of interdisciplinary character based on analysis of types of tasks occured in international research. Newly created multicomponent learning tasks were classified by task type, solution form, cognitive demands and task variety. Tasks of the same form were ordered to pairs, their difficultness, vulnerability and rate of success were verified. Multicomponent learning tasks were assigned verbally or nonverbally (charts, tables or pictures). Closed jobs (ordering items, matching items, multiple choice questions, true/false questions) and open jobs (wide-answer items, short-answer items) were used in complex of tasks. Rate of success of individual tasks was processed by non-parmetric statistical Wilcoxon test based on form, gender and type of study. Research survey was complemented by pupils' self- reflection questionnaires and teachers'questionnaires about testing process. Key words Multicomponent learning task, taxonomy of learning task, scientific literacy, reading literacy, self-reflective questionnaire.
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Vybraní hlavonožci (Cephalopoda) ordoviku pražské pánve a Baltiky(Estonsko a Švédsko): taxonomie, paleobiogeografie a paleoekologie / Selected cephalopods from the Ordovician of the Prague Basin (Bohemia) and Baltica (Estonia and Sweden): taxonomy, paleobiogeography and paleoecologyAubrechtová, Martina January 2018 (has links)
This dissertation thesis is a summary of five studies published in peer- reviewed, impacted scientific journals. All of the publications are taxonomic revisions of previously unknown or little known collections of fossil cephalopods from the Early Paleozoic strata of Bohemia, Estonia and Sweden. Paleogeogra- phical and stratigraphical distributions of the respective taxa were summarized, refined and compared with contemporary fossil assemblages known from other regions. Implications on the paleoecology of the cephalopods and original envi- ronmental conditions were made. The text of the thesis is divided into three main parts. In the first part, the morphology of cephalopods is explained, stressing out the most important diagnostic characters used for their descriptions. The current systematics of the Cephalopoda is overviewed and the main cephalopod groups during the Ordovician are briefly introduced. The second part of the thesis describes the geological development and settings of the regions, from which the studied fossil cephalopods originate. The third and final part of the thesis provides a discussion and interpretation of the results of the published studies in the context of the previously published research. The genus Bactroceras Holm, 1898 and some members of the order Litui- tida were studied...
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Taxonomická revize rodu Callitriche v České republice / A taxonomic revision of the genus Callitriche in the Czech RepublicPrančl, Jan January 2011 (has links)
Callitriche (water-starwort) belongs among difficult and insufficiently known genera of the Czech flora. The presented work provides the first critical taxonomic revision of the genus in the Czech Republic, with information relevant also to the broader region of Central Europe. Morphological and cytometric investigation resulted in identification of six Callitriche species in the Czech Republic. The genome size of all six Czech representatives of the genus was estimated using flow cytometry. The hybrid C. × vigens Martinsson (C. cophocarpa × C. platycarpa) was found for the first time in the Czech Republic. An individual related to C. hamulata was found in the Tichá Orlice river, which has aberrant genome size and aborted flowers; further study of this taxon is necessary. Multivariate morphometric analyses of fruits and cultivation were used to check and define reliable distinctive features and an impact of phenotypic plasticity. Key to the identification of species (including the first key for sterile plants), its detailed descriptions and ecological demands were provided. Each species differ significantly from the others in genome size, morphological features as well as in ecology. The reproductive strategy has the main importance for ecology and morphology of the studied species. The distribution of...
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