La cryo-microscopie électronique est une technique tomographique permettant de reconstituer la structure 3D d’un objet complexe en biologie à partir d’un jeu d’acquisitions. Ces images de l’objet complexe sont appelées les projections et sont acquises sous orientations inconnues. Un des avantages de la cryo-microscopie électronique est l’obtention d’un modèle 3D de très haute résolution de l’objet dans un état naturel. La procédure de reconstruction comporte plusieurs étapes telles que l’alignement, la classification des projections, l’estimation de leurs orientations et le raffinement des projections. Lors de ces étapes, la distance entre deux projections est fréquemment mesurée. Le travail réalisé au cours de cette thèse s’organise autour de la recherche théorique d’une distance entre des projections non-orientées avec comme objectif l’amélioration de la procédure de reconstruction tomographique en cryo-microscopie électronique. La contribution de ce travail de thèse est une méthode permettant d’estimer la différence angulaire entre deux projections dans les cas 2D et 3D. Notre méthode est basée sur la construction d’un graphe de voisinage dont les sommets sont les projections, dont les arêtes relient des projections voisines et sont pondérées par une approximation locale de la différence angulaire. Le calcul de ces poids repose sur les propriétés des moments de projection. Notre méthode est testée sur des images simulées de différentes résolutions et de différents niveaux du bruit. La comparaison avec des autres méthodes d’estimation de la différence angulaire est aussi réalisée. / Cryo-electron microscopy is a tomographic technique allowing to reconstruct a 3D model of complex structure in biology from a set of acquired images. These images are known as the tomographic projections and are taken at unknown directions. The advantage of the cryo-electron microscopy is the 3D reconstruction at very high resolution. The reconstruction procedure consists of many steps such as projection alignment, projection classification, orientation estimation and projection refinement. During these steps, the distance between two projections is frequently measured. The work in this thesis aims at studying the distances mesured between two unknown-direction projections with the objective of improving the reconstruction result in the cryo-electron microscopy. The contribution of this thesis is the developement of a method for estimating the angular difference between two projections in 2D and 3D. Our method is based on the construction of a neighborhood graph whose vertices are the projections, whose edges link the projection neighbors and are weighted by a local approximation of the angular difference. The calculation of the weights relies on the projection moment properties. The proposed method has been tested on simulated images with different resolutions and at different noise levels. The comparison with others estimation methods of angular difference has been realised.

Environ 30% des CDS prédits d'un génome code pour des protéines de fonction inconnue ou hypothétiques. La compréhension du rôle de ces protéines est donc l'un des grands challenges de la communauté scientifique.L'objectif principal de cette thèse est de comprendre la fonction de six protéines de fonction inconnue spécifiques de l'anaérobiose formant un complexe, appelé complexe ORP chez Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH). Ce système est répandu dans de nombreuses espèces anaérobies, et certaines de ses protéines possèdent des homologies significatives avec des protéines impliquées dans la division cellulaire.Des outils de microscopie dédiés à l'anaérobiose ont été développés au cours de cette thèse et ont permis, pour la première fois, l'observation du cycle cellulaire de DvH. L'étude de l'effet de l'oxygène à l'échelle de la cellule unique a montré une inhibition réversible de la division cellulaire en présence d'oxygène révélant une nouvelle stratégie impliquée dans l'aérotolérance de DvH.Chez DvH, le complexe ORP est codé par des gènes organisés en deux opérons divergents, orp1 et orp2, dont la transcription est gouvernée par l'ARN polymérase sigma54, le facteur de transcription IHF et l'activateur de transcription DVU2106.La diminution de la quantité de complexe ORP conduit à une hétérogénéité de la taille des cellules en accord avec un rôle potentiel du complexe dans le contrôle de la division cellulaire. Alors que l'absence de certaines protéines ORP n'affecte pas de manière significative la division de la bactérie en anaérobiose, la protéine DVU2109 présente une localisation dynamique au cours du cycle cellulaire et semble être essentielle chez DvH. / Up to now, approximately 30% of the predicted CDS in genomes encode for hypothetical or unknown function proteins. Understanding the role and the function of these proteins is now a major challenge for the scientific community.The main objective of this thesis is to determine the function of six proteins of unknown function specific of anaerobiosis and able to forming a multiprotein complex in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH), named the ORP complex. This system is widely found in many anaerobic microorganisms, and some proteins of this system have significant homologies with proteins involved in cell division.Tools for microscopy in anaerobiosis have been developed during this thesis and have allowed observation, for the first time, of a complete DvH cell cycle. The study of oxygen effect on DvH at a single cell level has showed a reversible inhibition of cell division during oxygen exposure revealing a new strategy involved in DvH aerotolerance.In DvH, the ORP complex is encoding by genes organized in two divergent operons, orp1 and orp2, whose transcription is governed by sigma 54 RNA polymerase, the transcription factor IHF and the transcriptional regulator DVU2106. The decreased in the amount of ORP complex leads to heterogeneity of the cell size in accordance with a potential role of this complex in the spatio-temporal control of DvH cell division. While the absence of the majority of ORP proteins doesn't significantly affect DvH division in anaerobic conditions, the protein DVU2109 has a dynamic location during cell cycle and appears to be essential in the cell.

In a typical workflow process, exceptions are the norm. Exceptions are defined as deviations from the normal sequence of activities and events. Exceptions can be divided into two broad categories: known exceptions (i.e., expected and predefined deviations) and unknown exceptions (i.e., unexpected and undefined deviations). Business Process Execution Language (BPEL) has become the de facto standard for executing business workflows with the use of web services. BPEL includes exception handling methods that are sufficient for known exception scenarios. Depending on the exception and the specifics of the exception handling tools, processes may either halt or move to completion. Instances of processes that are halted or left incomplete due to unhandled exceptions affect the performance of the workflow process, as they increase resource utilization and process completion time. However, designing efficient process handlers to avoid the issue of unhandled exceptions is not a simple task. This thesis provides a tool that handles unknown exceptions using provisions for exception handling with the involvement of human activities by using the BPEL4PEOPLE specification. BPEL4PEOPLE, an extension of BPEL, offers the ability to specify human activities within BPEL processes. The approach considered in this thesis involves humans in exception handling tools by providing an alternate sub process within a given business process. A prototype application has been developed implementing the tool that handles unknown exceptions. The prototype application monitors the progress of an automated workflow process and permits human involvement to reroute the course of a workflow process when an unknown exception occurs. The utility of the prototype and the tool using the Scenario Walkthrough and Inspection Methods (SWIMs) are demonstrated. We demonstrate the utility of the tool through loan application process scenarios, and offer a walkthrough of the system by using examples of instances with examples of known and unknown exceptions, as well as a claims analysis of process instances results.

Thesis is focused on the application of Raman’s spectometer Ahura First Defender in cooperation with Fire Department. Theoretical part describes principles and development of Raman spectrometry and possibilities of its application. Practical part focus on identification of unknow substances in case studies and interpretation of the results. Final part of thesis evaluates contribution of Raman spectrometry for fast indentification of unknow compounds for Fire Rescue Brigade in the Czech Republic.

De nos jours, les processus industriels se doivent d’être efficaces, en particulier au niveau de leur production et/ou consommation énergétique.Ce travail vise à améliorer l’efficacité des processus en analysant l’influence des perturbations sur leur comportement, de la phase de conception à la synthèse des contrôleurs/observateurs, ceci dans une approche intégrée.Le problème du Rejet de Perturbation est introduit ainsi que différents types de contrôles permettant d’atténuer et/ou rejeter ces perturbations. Le système de Barre de Torsion est présenté. Une loi de commande basée sur le concept d’état dérivé est présentée et ensuite validée avec comme application le rejet de perturbation. Il est nécessaire d’estimer les grandeurs physiques utilisées dans les différentes expressions de loi de commande. Un observateur à entrées inconnues basé sur la représentation bond graph est rappelé et ensuite étendu au cas multi-variable. C’est la première contribution théorique de ce travail de recherche.Nous comparons ensuite l’efficacité de différentes techniques de commandes pour le rejet de perturbation par simulation sur le système barre de torsion et analysons ainsi l’efficacité de la technique proposée. Une extension théorique au problème du découplage entrée-sortie nous permet de généraliser le problème du rejet de perturbation dans une même démarche intégrée d’analyse et de synthèse. Enfin, ces techniques sont exploitées et analysées sur le système réel. Nous validons ainsi expérimentalement nos résultats.Un modèle très simplifié de centrale hydroélectrique est développé afin d’appliquer les résultats de nos travaux. Un modèle bond graph simplifié est validé par simulation. / Nowadays, industrial processes must be efficient, particularly at the production level and/or energy consumption.This research work aims at improving the process efficiency by analysing the influences of disturbances on their behaviour, from the conception phase to the synthesis of controller/observer, in an integrated approach.The disturbance rejection problem is first introduced as well as different control laws allowing attenuate/reject these disturbances. A control law based on the concept of derivative state variable is presented and validated while applied as disturbance rejection.In order to reject the disturbance, different physical variables must be estimated, such as state variables, derivative state variables as disturbance variables. An unknown input observer based on the bond graph representation is recalled and extended in the multivariable case. It is the first theoretical contribution of this work.We thus compare the efficiency of different so-called «modern control laws» for the disturbance rejection problems by simulation with the Torsion-Bar system example. We analyse the efficiency of our approach. One extension to the Input-Output decoupling problem allows us to extend the disturbance rejection problem to other control law type in an integrated approach. At least, these techniques are applied on the real Torsion-Bar system and compared. We validate our approach.Since this work aims at analysing and developing efficient control laws for industrial processes, a simplified model of a hydroelectric plant is developed, in order to apply our results. A simplified bond graph model is validated with simulations.

Le phénomène d'encrassement dans les échangeurs thermiques est actuellement un sujet important. En effet l'encrassement est un phénomène couteux qui provoque (directement ou indirectement via un surdimensionnement des installations) une augmentation des pertes énergétiques, une hausse de la consommation d'eau. Par effet lié, l’encrassement a un impact environnemental non négligeable dû principalement à une augmentation de l’émission de dioxyde de carbone. La détection de l'encrassement peut se faire de manière très ponctuelle en utilisant des capteurs spécifiques et coûteux ou, globalement, soit en mesurant la variation de masse de l’échangeur, soit en évaluant l’efficacité de l’échangeur à travers le coefficient de transfert – ces deux dernières méthodes exigeant des conditions de fonctionnement très particulières : l’arrêt pour la première et un fonctionnement en régime permanent pour la seconde. Les travaux présentés dans cette thèse consistent au développement d’observateurs non linéaires qui permettent de détecter l'encrassement suffisamment tôt pour mettre en place un système d'entretien efficace. Pour cela, un modèle de dimension finie d’un échangeur tubulaire à contre courant a été défini en début de thèse. Trois solutions basées sur le développement d'observateurs non linéaires de type Takagi-Sugeno appliqués au problème de détection d'encrassement dans les échangeurs thermiques sont proposées. La première consiste en une batterie d'observateurs qui estime les paramètres d'encrassement par une méthode d'interpolation. La deuxième propose un observateur polynomial de type Takagi-Sugeno en utilisant la théorie des sommes de carrés. Enfin, un observateur de type Takagi-Sugeno à entrées inconnues est développé. Une comparaison entre ces différentes méthodes est effectuée en conclusion cette thèse. / The phenomenon of fouling in heat exchangers is currently an important topic. Indeed, the fouling is a costly issue that increases the energy loss (directly or indirectly through an over-sizing of the equipment), and therefore increases the water consumption. As a side effect, fouling increases CO² consumption that leads to environmental consequences. Fouling can be detected either on local scale, using expensive and specific sensors or on global scale. Global estimation of fouling can be done by measuring the variation of the mass of the exchanger, or by estimating the efficiency of the exchanger through the transfer coefficient. These two methods require very restricting conditions: a powered exchanger to measure mass variation and a steady state exchanger to estimate the efficiency. The work introduced in this thesis deals with the development of non-linear observers that detect fouling early enough to start an efficient cleaning process. As a beginning, a finite element model of a counter current tubular exchanger was proposed. Then three approaches, based on non-linear Takagi-Sugeno observers, were suggested to detect early fouling in heat exchangers. First approach consisted in a set of observers that estimated the parameters of fouling effect through an interpolation method. The second approach proposed a polynomial Takagi-Sugeno observer, using the theory of sums of squares. Finally, a observer of Takagi-Sugeno type with unknown inputs was developed. As a conclusion, a comparison between those different methods was done.

Les personnes vivant avec une lésion de la moelle épinière (LMÉ) subissent une réduction drastique de leurs capacités sensori-motrices en dessous du niveau de la lésion. Cette pathologie influence négativement leur contrôle postural, vu comme le résultat de contributions actives, passives et neuronales. Une approche par modèle est choisie afin de représenter ces différentes contributions et mieux comprendre le contrôle postural en position assise. Deux problèmes apparaissent. Tout d’abord les modèles existants de la position assise sont très rares et inapplicables à l’étude des personnes vivant avec une LMÉ qui, dans l’absence de contrôle musculaire au niveau du tronc, vont utiliser leurs membres supérieurs pour s’équilibrer. De plus, les équations non linéaires sous forme descripteur des modèles biomécaniques existant sont linéarisées dans la majorité des cas afin de simplifier les équations obtenues ce qui n’est plus valable dans le cas de mouvements de grande amplitude. Or des travaux récents fournissent des outils pour analyser ces modèles en utilisant le formalisme de Takagi-Sugeno issu de la logique floue. Ce travail est focalisé sur l’étude du contrôle postural des personnes vivant avec une LMÉ par des outils de l’automatique non linéaire, trois objectifs sont définis : 1. Proposer des modèles biomécaniques non linéaires de la stabilité en position assise pour les personnes vivant avec une LMÉ. 2. Utiliser des méthodes d’écriture de modèle du domaine de l’automatique non linéaire afin de créer les outils nécessaires à l’estimation des variables internes (non mesurées) au modèle. 3. Améliorer la connaissance de la stabilité chez les personnes vivant avec une LMÉ par l’estimation expérimentale d’efforts internes en fonction de paramètres personnels et des conditions expérimentales. Les modèles créés dans ce manuscrit sont, à notre connaissance, les premiers à représenter la stabilité assise en considérant le déplacement des membres supérieurs. Il s’agit également des premiers modèles biomécaniques à utiliser les avancées récentes de l’automatique non linéaire pour l’estimation d’efforts internes non mesurables. / The ability to maintain stability in an unsupported sitting position often becomes challenging after an individuals is affected by a spinal cord injury (SCI). In order to better understand sitting postural control as a combination of active, passive and neuronal contribution, a modelling approach is chosen. Two problems arise; first of all, existing models of sitting control are very scarse and inapplicable to people living with a SCI who will use their upper in a compensatory strategy to balance their trunk. Moreover, the majority of biomechanical models nonlinear equations are linearized with small angle hypothesis for an easier processing which is not acceptable when movements become large. Recent advances in nonlinear control theory provide the theoretical tools for the creation of nonlinear observers using the Takagi-Sugeno fuzzy formalism. This work aims at the study of postural control for people living with a SCI by use of nonlinear tools from control theory; three main goals are formulated: 1. Creating new nonlinear biomechanical models aiming at the study of sitting stability of people living with SCI. 2. Using tools coming from nonlinear control theory to estimate model unmeasured variable 3. Improve the current knowledge on stability for people living with a SCI by estimating internal efforts depending on personal parameters in experimental conditions. The models created in this manuscript are, to the best of our knowledge, the first to consider the upper limbs displacement for the control of sitting stability and the first biomechanical models to use the recent advances in nonlinear control theory for the estimation of unmeasured variables.

This project is researching how a comedy show on insanity could be created and aims to research the subject of madness and the performance of insanity. What is the creative idiot? How can play be an option for understanding the Other? The research is the phenomenology of crazy as the unknown, the stranger and the other.  This research questions the ethics of the performance as well as its aesthetics. How can crazy perform itself in an international performative arts context? The focus is to understand the Other as the unknown as unavailable to reason and therefore impossible to perform as understandable. The object of research is the conflict between reason and its negation as the unknown stranger.  The result of this project is an idea on how to create this performance, as a way of practicing madness in a safe space and enjoy insanity as a way of producing the not yet known, as a way of playing life. / Det här examensarbetet önskar resultera i en idé till en humorföreställning. Det undersöker tematiken kring galenskap och på vilket sätt det går att gestalta den. Undersökningens fokus är vansinnets fenomenologi och möjligheten till dess gestaltning inom internationell scenkonst.  Detta examensarbete undersöker föreställningens förutsättningar både etiskt och estetiskt via teori och praktik. Hur kan galenskapen gestaltas oavsett tid, plats och form? Fokus kommer först och främst att ligga på själva researchfasen i projektet men delar av materialet kan komma att användas i den framtida föreställningen. Resultatet är en idé till en humorföreställning som gestaltar galenskap och dess bakomliggande teorier om humor som en konflikt mellan förnuft och oförnuft.

Several of our technological breakthroughs are influenced by types of behavior and structures developed in the natural world, including the emulation of swarm in- telligence and the engineering of artificial synapses that function like the human mind. Much like these breakthroughs, this report examines emerging behaviors across swarms of non-communicating, adaptive units that evade obstacles while find- ing a path, to present a swarming algorithm premised on a class of local rule sets re- sulting in a Unmanned Aerial Vehicle (UAV) group navigating together as a unified swarm. Primarily, this method’s important quality is that its rules are local in nature. Thus, the exponential calculations which can be supposed with growing number of drones, their states, and potential tasks are remedied. To this extent, the study tests the algorithmic rules in experiments to replicate the desired behavior in a bounded virtual space filled with simulated units. Simultaneously, in the adaptation of natural flocking rules the study also introduces the rule sets for goal seeking and uncertainty evasion. In effect, the study succeeds in reaching and displaying the desired goals even as the units avoid unknown before flight obstacles and inter-unit collisions with- out the need for a global centralized command nor a leader based hierarchical system.

This essay demonstrates how three popular writers of the twentieth century have created novels that contain echoes of Eliot's poem. They are F. Scott Fitzgerald's The Great Gatsby (1925), Ernest Hemingway's The Sun Also Rises (1926), and John Steinbeck's To a God Unknown (1933). I chose these particular novels because they exemplify widely different and distinctive echoes of the poem. Fitzgerald's use of waste land imagery is readily perceptible the most effective in defining and summing up the temper of the Jazz Age in America. Hemingway's borrowing lies principally in parallel characterization (Jake Barnes as he Fisher King is the outstanding example) and in depicting a morally and spiritually bankrupt world by showing that a satisfactory sexual relationship between man and woman is impossible. Steinbeck's borrowing is unique. HIs novel not only contains the Fisher King figure, desert land imagery, water motif, and the quest theme, but his protagonist, Joseph Wayne, like Eliot's Fisher King-Tiresias protagonist, is able to metamorphose from one "personage" into another. Steinbeck's borrowings are not used by him for the purpose of depicting the world of the Twenties, or any era. He may have done no more than build upon a piece of literature from the immediate past as Eliot had done from the more remote past when he created The Waste Land. There is also a possibility that Steinbeck disagrees with some of Eliot's philosophical ideas and playfully chides the poet for harboring them. In showing the nfluence of the poem on three important American novelists, perhaps this essay will disprove Karl Shapiro's statement that "at no point in the career of Eliot has there been the slightest indication of literary following,"5 and will furnish proof that Robert E. Knoll's statement regarding the influence of The Waste Land is a valid one: What The Rape of the Lock was to the Augustans and Tintern Abbey to the Romantics, The Waste Land has become to the Moderns, It is inescapable.6