Les flavivirus sont des virus à ARN parmi lesquels certains sont des arbovirus transmis entre hôtes vertébrés par des vecteurs arthropodes, notamment des moustiques. L'interaction avec les moustiques est centrale dans la biologie des flavivirus par son influence sur leur diversité génétique et transmission, mais certains de ses aspects restent méconnus. Au cœur de cette thèse, des approches basées sur les « big data », générées par des technologies modernes ou par compilation de travaux plus anciens, ont éclairé d’un jour nouveau la complexité des relations moustique-flavivirus. En explorant des génomes de moustiques anophèles, nous avons identifié et caractérisé des éléments viraux endogènes d'origine flavivirale chez Anopheles sinensis et An. minimus, suggérant l'existence de flavivirus infectant les anophèles et révélant une facette insoupçonnée de leur diversité. Par ailleurs, nous avons exploré, par séquençage haut-débit, la fine interaction entre le génotype du moustique Aedes aegypti et la diversité intra-hôte du virus de la dengue-1. Nos résultats montrent un fort effet de la dérive génétique lors de l'infection initiale, diminuant l'importance relative de la sélection naturelle, et une modulation de la diversité génétique intra-hôte du virus par le génotype du moustique. Enfin, nous avons compilé la littérature sur la transmission verticale des arbovirus chez les moustiques, c'est-à-dire de la femelle infectée à sa descendance, afin d'identifier des facteurs techniques et biologiques sous-jacents. Nos résultats améliorent la compréhension de ce mode de transmission et des stratégies employées par les arbovirus pour persister dans l’environnement. / Flaviviruses are RNA virus among which some are arboviruses transmitted between vertebrate hosts and arthropod vectors, like mosquitoes. The interaction with mosquitoes is key in the biology of flaviviruses because it influences their genetic diversity and transmission. However, some aspects however are still poorly understood. At the heart of the work presented in this dissertation, strategies based on ‘big data’, both by taking advantage of modern technologies and by compiling older literature, highlighted new aspects of the complex relationships between flaviviruses and mosquitoes. While exploring Anopheles mosquito genomes, we identified and characterized endogenous viral elements of flaviviral origin in Anopheles sinensis and An. minimus, which supports the existence of flaviviruses infecting Anopheles mosquitoes and highlights new aspected of their diversity. Besides, we explored, by deep sequencing, the fine-tuned interaction between genotypes of the mosquito Aedes aegypti and the intra-host diversity of dengue virus 1. Our results showed a strong effect of genetic drift during initial infection, reducing the relative importance of natural selection, and a modulation of the intra-host viral genetic diversity by the mosquito genotype. Finally, we assembled the litterature on arbovirus vertical transmission in the mosquito vector, i.e. from an infected female to her offspring, in order to identify underlying technical and biological predictors. Our results increase our understanding of this transmission mode and the strategies employed by arboviruses to persist in their environment.

Les symbioses eucaryotes/micro-organismes constituent une importante source d'innovation évolutive et de diversité écologique. Ces associations sont très répandues chez les insectes, en particulier chez les insectes parasitoïdes (insectes parasites d'autres insectes) qui hébergent en particulier une grande diversité de virus transmis verticalement. Leurs effets directs sur les parasitoïdes ainsi que les effets indirects sur la structure des communautés sont à l'heure actuelle mal compris. Nous avons abordé ces questions au travers l'étude d'un virus héritable (LbFV) ayant la particularité de manipuler le comportement de superparasitisme de son hôte, l'hyménoptère parasitoïde de drosophiles Leptopilina boulardi. La mise au point d'un outil moléculaire diagnostic de l'infection nous a permis de montrer que ce virus, spécifique à L. boulardi, peut atteindre de fortes prévalences dans les populations d'hôtes. Nous avons également mis en évidence un effet de la présence du virus sur les interactions compétitives interspécifiques au sein de la communauté des parasitoïdes de drosophiles. L'approche intégrée de ce travail constitue une étape importante dans la connaissance du rôle des virus héritables sur l'écologie et l'évolution de leurs hôtes

Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé : Tours : 2008. Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé : CHIANG MAI UNIVERSITY : 2008. / Thèse soutenue en co-tutelle. Titre provenant de l'écran-titre.

Mémoire de sage-femme : Médecine : Nancy 1 : 2009. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr.

L'objectif de cette étude est la modélisation, la validation, l'analyse mathématique et la simulation de modèles de transmission de l'hépatite B en Afrique en général et au Sénégal en particulier. Nous proposons de nouveaux modèles bases sur les connaissances actuelles de l'histoire naturelle de la transmission du virus de l'hépatite B. Ainsi, nous présentons deux modèles de la transmission du VHB1, un modèle sans transmission verticale et un autre ou la transmission verticale de la maladie est prise en compte. Ce second modèle est justifié par la controverse, en ce qui concerne l'incidence des transmissions verticale ou périnatale au niveau de la zone Afrique ; entre d'une part, l'Organisation Mondiale de la Santé et d'autre part les spécialistes de l'hépatite B au Sénégal. Ces modèles, nous ont conduit à étudier des modèles épidémiologiques avec une diérentiabilitée, au niveau des susceptibles, et progression de stade pour les infectieux. Nous obtenons une analyse complète de la stabilité de ces modèles à l'aide des techniques de Lyapunov suivant la valeur du taux de reproduction de base R0. Ce qui nous conduit à l'étude d'un modèle épidémiologique beaucoup plus général qui englobe ceux proposés pour la modélisation de la transmission du virus de l'hépatite B. Nous illustrons à la fin de ce travail ces modèles par des simulations numériques. Ces dernières sont faites à partir de nos modèles confrontés aux données recueillies du programme de lutte contre l'épidémie de l'hépatite B au Sénégal et dans la littérature. Elles permettrons l'effet de la transmission verticale/périnatale du virus de l'hépatite B sur les politiques de Santé Publique / We propose new models based on the state of art and the epidemiology currently known from the transmission of the hepatitis B virus. Thus, we present two models of the transmission of Hepatitis Bvirus, a model without vertical transmission and another in which the vertical transmission of the disease is taken into account, This second model is justified by the controversy, with regard to the incidence of the vertical and perinatal transmission of the virus in some parts of Africa ; between the World Health Organization on one hand and hepatitis B's specialists in Senegal on the other hand. These models helped us to analyse epidemiological models with a differential susceptibility of the population, and stagged progression of infectious. We present a thorough analysis of the stability of the models using the Lyapunov techniques and obtain the basic reproduction ratio, R0 which allows into the study of general epidemiological models including those proposed for the transmission of the hepatitis B virus. Numerical simulations are done to illustrate the behaviour of the model, using data collected during the campaign against epidemic hepatitis B in Senegal and from published literature. These models enable the evaluation of the incidence of the vertical and perinatal transmission of the hepatitis B virus on the policies of Public Health

Les symbioses eucaryotes/micro-organismes constituent une importante source d’innovation évolutive et de diversité écologique. Ces associations sont très répandues chez les insectes, en particulier chez les insectes parasitoïdes (insectes parasites d’autres insectes) qui hébergent en particulier une grande diversité de virus transmis verticalement. Leurs effets directs sur les parasitoïdes ainsi que les effets indirects sur la structure des communautés sont à l’heure actuelle mal compris. Nous avons abordé ces questions au travers l’étude d’un virus héritable (LbFV) ayant la particularité de manipuler le comportement de superparasitisme de son hôte, l’hyménoptère parasitoïde de drosophiles Leptopilina boulardi. La mise au point d’un outil moléculaire diagnostic de l’infection nous a permis de montrer que ce virus, spécifique à L. boulardi, peut atteindre de fortes prévalences dans les populations d’hôtes. Nous avons également mis en évidence un effet de la présence du virus sur les interactions compétitives interspécifiques au sein de la communauté des parasitoïdes de drosophiles. L’approche intégrée de ce travail constitue une étape importante dans la connaissance du rôle des virus héritables sur l’écologie et l’évolution de leurs hôtes / Eukaryots/microorganisms symbiosis is an important source of evolutionary novelty and ecological diversification. These associations are widespread in insects, particularly in parasitoids (insects that parasitize other insects) where a broad diversity of vertically transmitted viruses are found. However, their direct and indirect effects on host community are poorly understood. In this thesis, we used a system involving a Drosophila parasitoid, Leptopilina boulardi and a heritable virus LbFV that manipulates the behaviour of the parasitoid by increasing its tendency to lay eggs in a host that is already parasitized (superparasitism). Using a viral molecular marker developed in this work, we showed very high prevalences of the virus in L. boulardi populations. Additionally, we found a strong effect of the virus on interspecific competition in the Drosophila parasitoid community. The integrative approach of this work is an important step in understanding the role of heritable viruses in parasitoid ecology and evolution

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Depuis la description des premiers cas de SIDA pédiatriques en 1983, d’importants progrès ont été réalisés dans la compréhension des mécanismes de transmission, puis dans la prévention de celle-ci, et dans la connaissance de l’histoire naturelle de l’infection par le VIH chez l’enfant. Depuis 1996 les multithérapies ARV ont permis une diminution considérable de la transmission verticale et de la morbidité et mortalité des enfants infectés par le VIH.<p>Les buts de ce travail ont été :<p>• d’évaluer, dans le contexte de l’offre de soin mise en place dans un centre de référence,<p>l’impact de l’administration prophylactique des traitements ARV pendant la grossesse sur la transmission verticale du virus.<p>• de déterminer si l’instauration précoce d’un traitement ARV chez les enfants infectés à la naissance et encore asymptomatiques améliorait le devenir de l’enfant.<p>• de contribuer à l’évaluation de l’impact de l’exposition à la maladie maternelle et aux traitements ARV sur le devenir des enfants non infectés nés de mères infectées par le VIH.<p><p>Une étude rétrospective portant sur les enfants nés de mères infectées par le VIH et suivis à l’hôpital St-Pierre entre 1986 et 2002, nous a permis de comparer 3 cohortes de naissance correspondant à différents types de prise en charge. Nous avons pu montrer que le taux de transmission a diminué globalement de 10% durant la période précédant l’administration de prophylaxie ARV à 5% durant la troisième période où les multithérapies étaient recommandées en prophylaxie durant la grossesse. Nous avons montré<p>que chez les mères qui ne bénéficiaient pas de prophylaxie ARV le taux de transmission avait augmenté significativement entre 1986 et 2002; le plus souvent suite à une prise en charge trop tardive de la grossesse, à un dépistage tardif de la séropositivité maternelle, ou à une mauvaise compliance au traitement.<p>Chez le nouveau-né infecté par le VIH, la multiplication virale est beaucoup plus importante<p>et prolongée que lors de la primo-infection chez l’adulte. Parallèlement, l’évolution clinique de l’infection peut être rapide dans un quart des cas, et aboutir au SIDA ou au décès avant l’âge de 1 an, sans qu’il existe de bons facteurs prédictifs de cette évolution défavorable en début de vie. Jusqu’en 2007, les différentes recommandations internationales indiquaient de débuter un traitement chez les nourrissons infectés lors d’apparition de symptômes cliniques ou d’immunodépression. Cependant dès 1996, certains centres dans des pays industrialisés, dont l’équipe de pédiatrie du CHU St Pierre, ont décidé d’initier un traitement ARV chez tous les nourrissons infectés dès confirmation du diagnostic. En 2006, nous avons initié une étude rétrospective multicentrique incluant 13 cohortes européennes visant à étudier l’impact du traitement précoce sur l’évolution clinique et biologique de l’enfant. Les données de 210 enfants,nés entre 1996 et 2004 et infectés à la naissance ont été analysées, et ont permis de dé4<p>montrer que les enfants traités avant l’âge de 3 mois avaient un risque de développer un sida ou de décéder 5 fois inférieur aux enfants traités après cet âge. Des résultats similaires ont été observés dans une étude randomisée réalisée en Afrique du Sud et publiée simultanément. Depuis, les recommandations internationales ont été revues<p>et préconisent la mise sous traitement de tous les nourrissons infectés. L’analyse des données biologiques a permis de montrer que la réponse virologique immédiate était plus rapide avec un pic de charge virale moins élevé et que la chute des lymphocytes CD4 était moins prononcée lorsque le traitement était débuté précocement.<p>Avec la généralisation de la prophylaxie ARV pendant la grossesse, le nombre d’enfants exposés in utero au VIH mais indemnes de l’infection a considérablement augmenté.<p>Des études, menées principalement dans des pays en développement, ont révélé un risque accru de morbidité et de mortalité infectieuse ainsi que la survenue d’infections sévères inhabituelles chez ces enfants. Nous avons été frappés durant le suivi de ces enfants par la survenue d’un nombre élevé d’infections néonatales causées par le streptocoque du groupe B (GBS). La comparaison avec le taux d’infection observé dans une population contrôle (estimé sur base des naissances survenues pendant la même période dans le même hôpital) nous a permis de décrire une incidence 19 fois supérieure d’infection à GBS chez les enfants exposés au VIH et non infectés que chez les enfants contrôles. Il s’agit du premier travail publié évoquant une susceptibilité accrue aux infections des enfants exposés non infectés dans un pays industrialisé.<p>En conclusion, la prophylaxie ARV pendant la grossesse et en début de vie a permis de diminuer considérablement la transmission verticale de l’infection à VIH. Un dépistage manqué, une prise en charge tardive de la grossesse, ou la mauvaise adhérence au traitement sont encore responsables d’infection du nouveau-né. Lors de confirmation<p>d’infection du nourrisson par le VIH, il est très important de débuter un traitement le plus rapidement possible afin de contrôler rapidement la multiplication virale, de maintenir une bonne immunité et de prévenir le développement de la maladie. Enfin, en l’absence d’infection du nourrisson par le VIH, il est important de poursuivre le suivi pendant les premières années de vie puisqu’il semble que les enfants exposés au<p>VIH et non infectés soient plus susceptible aux infections sévères. Ceci a été démontré en ce qui concerne les infections néonatales à GBS. / Doctorat en Sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Contexte : Notre incapacité à guérir le VIH/SIDA vient au moins en partie du fait que le VIH établit et maintient des réservoirs cellulaires à l'abri des effets de la thérapie antirétrovirale combinée (cART) et de l'immunité de l'hôte. Alors que les composantes des réservoirs sont bien connues chez les adultes, la composition et l'évolution de ces réservoirs chez les enfants infectés verticalement sont moins bien comprises. Notre objectif était d'examiner les effets de l’âge de l’enfant au moment de l’initiation de la cART et de l'obtention d'une suppression virale soutenue (SVS) sur la taille et la nature du réservoir du VIH chez les enfants et les adolescents. Méthodes : À l'aide de la méthode HIV-Flow, la taille et la distribution des sous-types cellulaires du réservoir viral compétent pour la traduction ont été évaluées dans les cellules T CD4+ purifiées obtenues d'enfants et d'adolescents infectés verticalement (n=34) qui participaient à l'étude EPIC4 et qui ont été groupés selon l'âge (0-5, 5-10, 10-18 ans) et l’atteinte de la SVS. Résultats : Les différences de taille de réservoir entre les participants masculins et féminins ou entre les groupes d'âge n'étaient pas statistiquement significatives (p=0.5003, p=0.9410). Les cellules T CD4+ naïves étaient les principales contributrices au réservoir de cellules productrices de p24 dans tous les groupes d'âge, comparé aux cellules à mémoire centrale (CM), à mémoire effectrice (EM) et terminalement différenciées (TD) (p=0.001, p<0.0001, p<0.0001). La forte représentation des cellules T CD4+ naïves dans le pool total de cellules T CD4+ (⁓68% à >80%) peut expliquer cette contribution. Les cellules CM avaient tendance à présenter des fréquences plus élevées de cellules p24+ chez les adolescents par rapport aux groupes d'âge plus jeunes. Une corrélation négative a été observée entre la fréquence des cellules p24+ et la proportion de vie sous SVS (r=-0.3215, p=0.0318) ainsi que la proportion de vie sous cART efficace (r=-0.3197, p=0.0327). Conclusion : Contrairement aux adultes infectés par le VIH, le réservoir cellulaire hébergeant le VIH compétent pour la traduction chez les enfants et les adolescents infectés verticalement est principalement composé de cellules T CD4+ naïves, avec un profil de distribution se rapprochant progressivement avec l’âge de celui des adultes. Ces résultats éclairent et renforcent les orientations fondées sur des données probantes pour la prise en charge clinique et le traitement de l'infection verticale par le VIH. / Background: Our inability to cure HIV/AIDS stems at least in part from the fact that HIV establishes and maintains cellular reservoirs where it shelters from the effects of combination antiretroviral therapy (cART) and host immunity. Whereas reservoir components are well known in adults, the composition and evolution of these reservoirs in vertically infected children are incompletely understood. Our objective was to examine the effects of the timing of cART initiation and achievement of sustained viral suppression (SVS) on the size and nature of the HIV reservoir in children and adolescents. Methods: Using the HIV-Flow method, size and cell subset distribution of the translation competent viral reservoir were assessed in purified CD4+ T cells from vertically infected children and adolescents (n=34) with and without SVS, who were enrolled in the EPIC4 study and stratified according to age (0-5, 5-10, 10-18 years) and achievement/duration of SVS. Results: Differences in reservoir size between male and female participants or across age groups were not statistically significant (p=0.5003, p=0.9410). Naïve CD4+ T cells were the main contributor to the pool of p24-producing cells in all age groups as compared to central memory (CM), effector memory (EM), and terminally differentiated (TD) (p=0.001, p<0.0001, p<0.0001). The large representation of naïve CD4+ T cells in the total CD4+ T cells pool (⁓68% to >80%) can explain this contribution. CM cells tended to carry higher frequencies of p24+ cells in adolescents compared to younger age groups. A negative correlation was observed between the frequency of p24-positive cells and the proportion of life under SVS (r=-0.3215, p=0.0318) as well as the proportion of life under effective cART (r=-0.3197, p=0.0327). Conclusion: Unlike HIV-infected adults, the cellular reservoir harboring translation competent HIV in vertically infected children and adolescents is mostly comprised of naïve CD4+ T cells, with a distribution profile progressively transitioning to that of adults. These results inform and reinforce evidence-based guidance for the management of vertical HIV infection.

Contexte : La littérature suggère que le virus du papillome humain (VPH) puisse être transmis verticalement. Or, le mécanisme exact de transmission verticale demeure inconnu et les données ne permettent pas de savoir dans quelle mesure la transmission verticale est affectée par le mode d’accouchement. L’objectif de l’étude était de mesurer l’association entre le mode d’accouchement et la détection d’ADN du VPH chez les bébés. Méthode : Nous avons utilisé les données de 1052 femmes enceintes de la cohorte HERITAGE. Des échantillons vaginaux auto-collectés ont été obtenus chez les mères durant la grossesse, et des échantillons des muqueuses de la bouche, la gorge, les yeux et de la région anogénitale ont été collectés chez les bébés à la naissance et à 3 mois. Nous avons inclus les 282 femmes ayant eu un test VPH positif au premier et troisième trimestre de grossesse. Tous les échantillons ont été analysés pour la détection d’ADN du VPH par la méthode de réaction de polymérase en chaîne (PCR) avec le test Linear ArrayMC. Les informations sur l’accouchement ont été collectées dans les dossiers médicaux. L’association entre le mode d’accouchement et la transmission verticale du VPH a été mesurée par régressions logistiques. Résultats : La probabilité de transmission verticale du VPH a été de 8,9% (25/282), soit 3,7% (3/81) pour les césariennes et 10,9% (22/201) pour les accouchements vaginaux. Chez 21 des 25 enfants positifs au VPH (84%), il y avait au moins un génotype concordant avec leur mère, et tous sont nés par accouchement vaginal. Une augmentation significative du risque de transmission verticale du VPH a été observée pour l’accouchement vaginal, en comparaison avec la césarienne (OR ajusté: 3,63, intervalles de confiance à 95% (IC 95%): 1,03-12,82). Nous n’avons pas observé d’association significative entre la césarienne suivant la rupture des membranes et le risque de transmission, lorsque comparé avec la césarienne avec membranes intactes (OR ajusté : 1,31, IC 95% : 0,10-17,76). Il n’y a pas eu d’association entre la durée écoulée entre la rupture des membranes et la naissance (en heures continues) et le risque de transmission verticale (OR : 1,00, IC 95% : 0,97-1,02). Conclusion : L’accouchement par césarienne a été associé à un risque significativement plus faible de transmission du VPH chez les bébés. La transmission verticale du VPH surviendrait principalement lors du passage dans le canal vaginal car très peu d’enfants nés par césarienne ont été infectés au VPH. Puisque la rupture des membranes avant la césarienne et la durée entre la rupture des membranes et la naissance n’ont pas été associées à un risque de transmission du VPH plus élevé, nos résultats suggèrent que la transmission par infection ascendante après rupture des membranes est probablement rare. / Background: The literature suggests that human papillomavirus (HPV) can be transmitted vertically. However, the exact mechanism of vertical transmission remains unknown and the data do not allow us to know to what extent vertical transmission is affected by the mode of delivery. The aim of the study was to measure the association between mode of delivery and the detection of HPV DNA in infants. Method: We used data from 1052 pregnant women from the HERITAGE cohort. Self-collected vaginal samples were obtained from mothers during pregnancy, and specimens from the mucous membranes of the mouth, throat, eyes and anogenital region were collected from infants at birth and at 3 months. We included 282 women who had both positive HPV tests in the first and third trimester of pregnancy. All samples were analyzed for detection of HPV DNA by the polymerase chain reaction (PCR) method with the Linear ArrayTM assay. Information about the delivery was collected from medical records. The association between the mode of delivery and HPV detection in infants was measured using logistic regressions. Results: The probability of transmission of HPV was 8.9% (25/282); 3.7% (3/81) for caesarean sections and 10.9% (22/201) for vaginal deliveries. In 21 of 25 HPV positive infants (84%), there was at least one genotype concordant with their mother, and all were born vaginally. A significant increase in the risk of transmission of HPV was observed for vaginal delivery, compared to caesarean section (adjusted OR: 3.63, 95% confidence intervals (95% CI): 1.03-12.82). We found no significant increase in the risk of HPV transmission for caesarean section following rupture of membranes, compared to caesarean section with intact membranes (adjusted OR: 1.31, 95% CI: 0.10-17.76). There was no association between the time between rupture of membranes and birth (in continuous hours) and the risk of vertical transmission (OR: 1.00, 95% CI: 0.97-1.02). Conclusion: Caesarean delivery is associated with a significantly lower risk of HPV vertical transmission. Vertical transmission is thought to occur mainly during passage through the vaginal canal, because very few infants born by caesarean section have been infected with HPV. Since rupture of membranes before caesarean section and the time between ruptured membranes and birth have not been associated with a higher risk of HPV transmission, our results suggest that transmission by ascending infection after rupture of membranes is unlikely.