A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) e o vírus da leucemia felina (FeLV), pertencem à família Retroviridae, são amplamente distribuídos e induzem um efeito imunossupressor significativo em gatos domésticos (Felis catus) infectados. Proteínas que apresentam atividade contra os retrovírus são conservadas entre mamíferos e são denominadas de fatores de restrição. As citidinas deaminases da família de genes APOBEC3 são a classe mais estudada de fatores de restrição e o gene APOBEC3H (A3H) codifica duas proteínas (APOBEC3H e APOBEC3CH). Essas proteínas de felinos são os principais responsáveis pela restrição de FIV e FeLV, o que ocorre por meio de hipermutações geradas nos provírus durante a transcrição reversa. Alterações na sequência desse gene podem alterar a estabilidade e a localização celular de proteínas APOBEC3H em mamíferos. Considerando a importância do gene A3H em gatos, a investigação de sua variabilidade é relevante. Cinquenta amostras de DNA de gatos FIV e/ou FeLV positivos e cinquenta e nove amostras de gatos negativos para ambos os vírus foram usadas para amplificar duas regiões diferentes do gene, com posterior seqüunciamento e análise comparativa das sequencias. A primeira região investigada demonstrou-se conservada entre todas as amostras. Na segunda, foi possível identificar seis pontos de variação de nucleotídeos únicos, e um deles, o A65S (A65I) foi significativamente correlacionado com a suscetibilidade à infecção por FIV e/ou FeLV. Por outro lado, a análise de haplótipos mostrou que a combinação "GGGGCC " foi significativamente correlacionada com a ausência de infecção retroviral, talvez indicando um efeito protetor. Considerando que um polimorfismo na posição 65 já foi encontrado no Tigre da Indochina e dada a correlação encontrada nesta pesquisa, mais estudos sobre o efeito desses polimorfismos na atividade de fatores de restrição codificados pelo gene A3H devem ser realizados. Da mesma forma, investigações a respeito dos efeitos da combinação "GGGGCC" devem ser realizadas de modo à corroborar um possível efeito protetor sugerido no presente trabalho. / The Feline Immunodeficiency Virus (FIV) and the Feline Leukemia Virus (FeLV) belong to the Retroviridae family, are widely distributed and induce a significant immunosuppressive effect in infected domestic cats (Felis catus). Proteins with activity against retroviruses are conserved between mammals and determined as restriction factors. Cytidine deaminases of the APOBEC3 gene family are the most studied class of restriction factors and the APOBEC3H gene encodes two proteins (APOBEC3H and APOBEC3CH) that are the most responsible for this restriction among cats, through hypermutations in provirus DNA during reverse transcription. Changes on the gene sequence can alter the stability and cellular localization of homologous proteins to APOBEC3H in mammals. Considering the importance of APOBEC3H gene in cats, the investigation of its variability is relevant. Fifty DNA samples of cats FIV and/or FeLV positives and fifty-nine of negative cats to both viruses were used as template to amplify two different regions of the gene, with subsequent sequencing and analysis. The first investigated region was conserved among all samples. On the second one it was possible to identify six single nucleotide variation points, and of them, the A65S (A65I) was significantly correlated with the susceptibility to FIV and/or FeLV infection. On the other hand, the haplotype analysis showed that the combination “GGGGCC” was significantly correlated with the lack of retroviral infection, maybe indicating a protective effect. Whereas a polymorphism at position 65 have been found in Indochinese Tiger and given the correlation found in this research, more studies about the effect on the activity of restriction factors encoded by the A3H gene should be performed. Similarly, research about the effects of the combination “GGGGCC” should be carried so that we can confirm a possible protective effect shown in this work.

Os morcegos (Ordem Chiroptera) estão entre as espécies de mamíferos mais diversificadas e distribuídas no mundo. É reconhecido o papel fundamental que eles exercem na natureza. Por outro lado, são conhecidos como importantes reservatórios de agentes de doenças infecciosas, dentre os quais vírus, até pouco tempo desconhecidos, que nas últimas décadas se tornaram emergentes em humanos e outras espécies. Dentre os vírus RNA emergentes, destacam-se o SARS-CoV, MERS-CoV, vírus Hendra e Nipah e o último a causar importante surto na África, vírus Ebola.Mais de 100 espécies de vírus já foram detectadas em morcegos em todo o mundo, tanto vírus RNA, quanto vírus DNA, embora importância desses últimos como agentes de zoonoses ainda não tenha sido confirmada. Estudos no Brasil com relação à detecção de vírus em morcegos são praticamente inexistentes, e são focados apenas na vigilância e epidemiologia do vírus rábico. Portanto, este trabalho objetivou a detecção de vírus, tanto RNA, quanto DNA, em amostras de morcegos no estado do Rio Grande do Sul, através de técnicas moleculares e sequenciamento dos fragmentos obtidos. Identificamos a presença de vírus da família Coronaviridae, Circoviridae e Adenoviridae em amostras de fezes e tecidos de morcegos insetívoros e hematófagos. A detecção de novas espécies de vírus da família Circoviridae confirma a diversidade viral que estes vírus podem apresentar. Os resultados obtidos por investigação não podem afirmar se tais vírus apresentam potencial zoonótico, mas por serem dados inéditos no país, reforçam a importância da vigilância e de estudos adicionais para melhor compreender o papel que diferentes espécies de morcegos tem como reservatórios de vírus que possam ter impacto na saúde animal e humana. / Bats (Order Chiroptera) are among the most diverse and worldwide distributed mammal species. It is recognized the important role they play in nature, but, on the other hand, they are known as important reservoirs of infectious diseases, including viruses, until then unknown, that have become emerging in recent decades. Among RNA viruses of great importance are the SARS-CoV, MERS-CoV, Hendra and Nipah viruses and the one responsible to cause major outbreaks in Africa recently, the Ebola virus. More than 100 species of virus have been detected in bats in the world, both RNA and DNA viruses DNA, although the latter still hasn't confirmed its importance on zoonosis or the impact it would cause to the host itself.Studies in Brazil are practically nonexistent, because they are focused only on surveillance and epidemiology of rabies virus. Therefore, this work aimed to virus detection, both RNA and DNA in samples from bats in the State of Rio Grande do Sul, through molecular techniques and sequencing of the fragments obtained.We identify the presence of viruses of the family Coronaviridae, Circoviridae and Adenoviridae in stool samples and tissues. In addition, the discovery of new species of viruses of the family Circoviridae confirms viral diversity that these bats can carry. The results obtained in this investigation cannot confirm if such viruses have zoonotic potential, but as they are the first data published in the country, it underscores the importance of vigilance and additional studies to better understand the role that different species of bats have as reservoirs of viruses that may have an impact on animal and human health.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-29T18:54:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 947486 bytes, checksum: 6d7e934deec08032d3a902d1d879ef0a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T18:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 947486 bytes, checksum: 6d7e934deec08032d3a902d1d879ef0a (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Vírus que possuem genoma constituído por DNA fita simples circular são amplamente distribuídos na natureza. As constantes descobertas aliadas à grande diversidade genética desses vírus têm ampliado a compreensão sobre a trajetória evolutiva desse grupo. A partir de 2010 um grupo divergente de vírus com genoma de DNA fita simples circular, denominado genomovírus, passou a ser identificado em diversos ambientes (fezes e esgoto) e associados a diferentes organismos (plantas, fungos, humanos, mamíferos, moluscos e insetos). Neste trabalho foram caracterizados dois genomovírus denominados Momordica charantia associated gemycircularvirus (MorGemy) e Euphorbia heterophylla associated gemycircularvirus (EupGemy) encontrados associados às plantas silvestres Momordica charantia e Euphorbia heterophylla respectivamente. Ambos os vírus possuem organização genômica típica dos genomovírus. Ambos os vírus apresentam stem-loop com nanonucleotídeo conservado em todos os genomovírus, sendo a sequência TAATRTTAT (N pode ser A ou G). Entretanto, no isolado MorGemy foi observado uma estrutura em stem-loop extra na possível origem de replicação não presente em outros genomovírus já descritos. Em ambos os vírus foi observada a presença de um íntron, no interior da ORF que codifica a proteína Rep sendo que o íntron observado em EupGemy é maior que o observado em MorGemy. Na proteína Rep foram observados os motivos I, II e III, e os domínios Walker A, B, C e GRS, elementos encontrados tipicamente na proteína Rep dos geminivírus. O SDT (Sequence Demarcation Tool) revelou que MorGemy tem 72% de identidade com Pteropus associated gemycircularvirus 3 e Hypericum associated gemycircularvirus 1. Além disso, o EupGemy mostra 66% de identidade com Odonata asssociated gemycircularvirus 1. A taxa de identidade de nucleotídeos do genoma completo dos vírus isolados neste trabalho com outros genomovírus já descritos, permite classificar esses novos isolados como duas novas espécies. / Viruses that have genomes consisting of simple circular DNA are widely distributed in nature. The constant discoveries allied to the great genetic diversity of these viruses have broadened the understanding of the evolutionary trajectory of this group. In 2010 a divergent group of viruses with a circular ssDNA genome called Genomovírus was identified in several environments (feces and sewage) and associated with different organisms (plants, fungi, humans, mammals, mollusks and insects). In this work, two Genomovíruses found associated with wild plants were characterized. Both virus shows a structure Genomovírus-like. However two interesting facts were observed. The first, a presence a second structure on stem-loop in the MorGemy no related in other Genomovírus. Both virus presents stem-loop with nanonucleotide conserved in all Genomovírus. Being that the sequence TAATRTTAT (N could be A or G). We also observed the presence of a íntron in both genome, inside the ORF’s Rep. The íntron of EufGmey is greater than MorGemy. In the Rep protein were observed the motif I, II and III. Interestingly, also were observed the presence of Motifs Walker A to C and GRS domain. These elementes are found on protein Rep’s Geminivírus. The SDT releaved that MorGemy shows 72% of identity with Pteropus associated gemycircularvirus 3 and Hypericum associated gemycircularvirus 1. In addition EupGemy shows 66% of identity with Odonata associated gemycircularvirus 1. The rate of identity of MorGemy and EupGemy with Genomovírus associate with plants combined with analysis phylogeny are an indicative that these virus can have a possible host-virus relation with plants.

Orientador: Claudinei José Gomes Campos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T16:20:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bassora_JenniferBazilio_M.pdf: 2131671 bytes, checksum: 3d6f7de621867620d824b07212e6fe98 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A sociedade se questionava, diante de uma nova doença que se disseminava rapidamente, com alta taxa de letalidade, gerava intensas emoções de pânico, medo e de contágio. Aids era uma doença que estava associada a grupos considerados discriminados e marginalizados, como os homossexuais, usuários de drogas injetáveis e as prostitutas. Essa forma de representá-la mobilizou sentimentos e preconceitos. Esta pesquisa estudou o significado da utilização de grupos no contexto ambulatorial, para pessoas que vivem com HIV/Aids, sob a ótica do portador, sendo este um recurso para ajudar e assistir as pessoas em suas necessidades. A população de estudo foi constituída por pacientes do ambulatório de DST/ Aids , envolvidos no processo de grupo junto ao serviço social do HC da Unicamp. Teve como objetivos: Analisar o significado atribuído desta utilização para a vida social do portador, analisar a motivação do portador em relação a sua permanência no grupo pelos depoimentos dos usuários. Para este fim utilizamos a metodologia de pesquisa qualitativa, priorizado o método clínico-qualitativo a fim de abordar a opinião e os valores dos atores. Realizou-se entrevista semi-estruturada com perguntas previamente formuladas e associadas à abordagem livre sobre o tema. Para análise, interpretamos a reprodução da fala dos sujeitos, relacionando-as com as estruturas sociológicas dos enunciados das mensagens presentes, fazendo a análise de conteúdo, articulando os objetivos da pesquisa e a base teórica adotada. Os resultados demonstraram que segundo os entrevistados, a atividade grupal traz reais mudanças para a vida do portador em um âmbito pessoal, psicológico e social. / Abstract: The socyet was questioned before a new disease that was spreading rapidly, with high fatality rate, generated intense emotions of panic and fear of contagion. Aids was a disease that was linked to groups considered discriminated and marginalized groups such as homosexuals, intravenous drug users and prostitutes. This way of representing it mobilized feelings and prejudices. This research studied the meaning of the use of groups in the outpatient context, for people living with HIV / Aids from the perspective of the bearer, being a resource to help and assist people in their needs. The study population consisted of outpatients from the DST/ Aids, involved in social service group with the HC Unicamp. Aimed to assess the meaning assigned to that use to the social life of the bearer, to analyze the patients motivation for staying in the group by testimonials from users. To this end we use the qualitative research methodology, prioritized clinical-qualitative method in order to address the beliefs and values of the actors. Held semi-structured interview with questions related to the previously formulated and free approach on the issue. For analysis, we interpret the speech reproduction of subjects, relating them to the sociological structures of the utterances of these posts, making the content analysis, linking the research objectives and theoretical basis. The results showed that according to those interviewed, the group activity offers real change for the life of a carrier in the personal, psychological and social. / Mestrado / Enfermagem e Trabalho / Mestre em Enfermagem

Made available in DSpace on 2019-03-30T00:11:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2016-10-17 / Brazil and other Latin American countries committed themselves to achieving the target called "90/90/90", established by UNAIDS/WHO: 90% of people living with HIV (PLWHA) knowing their HIV status; 90% of PLWHA following antiretroviral therapy (ART); and 90% of people on ART achieving viral suppression, by the year 2020. To achieve those goals, Brazil is committed to several actions. Thus, changes in the country's profile of the AIDS epidemic, mainly in the northeast, taking into consideration regional differences and showing the situation of the PLWHA after their diagnosis, justifies a surveillance in a longitudinal perspective based in the HIV cases. Thereby, the objective of this study was to characterize the clinical and labaoratorial evolution during the first year after the patient be diagnosed with the HIV infection, in the Counseling and Testing Center (in Portuguese, Centro de Testagem e Aconselhamento - CTA) in Fortaleza, Ceará, focusing onto identify their prognostic factors. This study integrates the First Step Project, which was initially conceived as a cross-sectional study, during the period from October 2013 to September 2014, and recruited patients with HIV reagent test performed at CTA. Later, this longitudinal study was associated to the First Step Project with the purpose of knowing how the situation of these individuals was after one year of their inclusion in the cross-sectional study, aiming to understand its determinants. Data collection was performed by the information systems SISCEL, SICLOM, SINAN and SIM that make it possible to relate the prognostic factors and monitor the clinical and laboratorial evolution of each patient. 191 individuals matched the study inclusion criteria and were analyzed, representing a prevalence of 3.93% of seropositive for HIV within the CTA¿s user population. The continuous care cascade showed a characterization of users in relation to the number of diagnosed ones with HIV (83%), the linking in the service (70%), the retention in the service (67%), the use of ART (65%) and the undetectable viral load (54%). Concerning to the patients diagnosed for HIV in the CTA, the care cascade in this study shows some differences from the national care cascade, such as the greatest loss in the linking in the service (13%) and in the viral suppression (11%). After the introduction of ART, the results of immunological success were significant when compared to the baseline CD4+ T cells quantity (¿¿500 cells / mm³), and the results of virological success were relevant when compared to the treatment adherence (¿¿10 withdrawal of the medicine). The proportion of people reported in SINAN was 81.7% and the prevalence of mortality among patients was 1%, with 100% disease-related causes of HIV. Thus, the care cascade is a process of continuous monitoring, and it is necessary to consider and discuss about the implantation of a systematic model to review it inside the service, because only in this way professionals can catch the users who were not retained and seek for the determinants beyond values system. Key words: HIV; AIDS; Vulnerability Analysis; Viral Load; Medication Adherence. / O Brasil e demais países latino-americanos se comprometeram a alcançar as chamadas metas ¿90/90/90¿ estabelecidas pela UNAIDS/OMS: 90% das pessoas que vivem com HIV (PVHA) conhecendo seu status sorológico; 90% das PVHA seguindo terapia antirretroviral (TARV); e 90% das pessoas em TARV atingindo supressão viral, até o ano de 2020. Para alcançar essas metas, o Brasil está comprometido com inúmeras ações. Desta forma, as mudanças no perfil da epidemia de Aids no País, principalmente no nordeste, que contemple as diferenças regionais e que demonstrem a situação em que as PVHA encontram-se após o diagnóstico, justifica uma perspectiva longitudinal da vigilância baseada em casos de HIV. Nesse sentido, o objetivo desse estudo foi caracterizar a evolução clínico-laboratorial no primeiro ano após o diagnóstico de pacientes diagnosticados com infecção pelo HIV no Centro de Testagem e Aconselhamento (CTA) de Fortaleza-CE, buscando identificar os seus fatores prognósticos. Este subestudo faz parte do Projeto Primeiro Passo, que foi concebido inicialmente como um projeto transversal e durante o período de outubro de 2013 a setembro de 2014, recrutou os pacientes com teste reagente para HIV realizado no CTA. Posteriormente o presente subestudo longitudinal foi associado, com o propósito de conhecer a situação destes indivíduos após o período de um ano da sua inclusão no estudo transversal, buscando compreender os seus determinantes. A coleta de dados foi realizada junto ao SISCEL, SICLOM, SINAN e SIM, sendo possível relacionar os fatores prognósticos e acompanhar a evolução clínico-laboratorial de cada paciente. Foram analisados 191 sujeitos que correspondiam aos critérios de inclusão, representando dentro da população de usuários do CTA uma prevalência de 3,93% de soropositivos para o HIV. A cascata do cuidado contínuo mostrou um retrato dos usuários quanto ao número de diagnosticados (83%), vinculação no serviço (70%), retenção no serviço (67%), uso do TARV (65%) e CV indetectável (54%). Quanto aos pacientes diagnosticados para HIV no CTA, a cascata do cuidado desse estudo apresenta-se com algumas diferenças em relação à cascata nacional, como a maior perda na vinculação (13%) e na supressão viral (11%). Após a introdução da TARV, os resultados de sucesso imunológico apresentaram-se significantes quando comparados à quantificação do LT CD4+ basal (¿ 500 cél/mm³) e os resultados de sucesso virológico apresentaram-se relevantes quando comparados à adesão ao tratamento (¿ 10 retiradas do medicamento). A proporção de pessoas notificadas no SINAN foi de 81,7% e a prevalência de mortalidade entre os pacientes foi de 1%, com 100% das causas relacionadas a doenças pelo HIV. Nesse entendimento, a cascata do cuidado é um processo de monitoramento contínuo, sendo necessário pensar e discutir a implantação de um modelo sistemático para a sua avaliação no serviço, pois somente dessa forma os profissionais poderão captar os usuários que não foram retidos e buscar os determinantes para além dos valores do sistema. Palavras-chave: HIV, AIDS, análise de vulnerabilidade, carga viral, adesão à medicação.

Submitted by Sandro Camargo (sandro.camargo@unipampa.edu.br) on 2015-05-07T22:33:38Z No. of bitstreams: 1 126110036.pdf: 2091532 bytes, checksum: 8020f2b19bedcc2aebd080e502846a88 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-07T22:33:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 126110036.pdf: 2091532 bytes, checksum: 8020f2b19bedcc2aebd080e502846a88 (MD5) Previous issue date: 2014-04-30 / A apicultura é uma atividade de importância econômica e ambiental. O clima e a flora do Brasil somados à presença da abelha africanizada conferem um excelente potencial apícola. Entretanto, as abelhas são suscetíveis a uma variedade de doenças. Vários são os patógenos que podem acometer abelhas melíferas, sendo o foco deste trabalho a relação entre o ácaro Varroa destructor e os vírus que acometem abelhas. V. destructor é um ectoparasita, sendo a varroose, doença causada por este ácaro, responsável pela mortalidade de milhares de colônias de Apis mellifera em várias partes do mundo. Entretanto, os danos causados pela varroose variam com a raça de abelhas e condições climáticas. Embora o ácaro cause poucos danos nas colônias de abelhas africanizadas no Brasil, a coexistência deste ectoparasita com determinados tipos virais pode comprometer seriamente a saúde da colônia, uma vez que muitos destes vírus tem sua transmissão relacionada ao ectoparasita, apontando este como um vetor da infecção. Portanto, faz-se necessária a identificação de quais vírus estão associados ao ácaro e que, possivelmente, utilizam-se do ácaro como vetor. Dentro deste contexto, objetivamos verificar a existência de vírus associados ao ácaro V. destructor em espécimes coletadas em apiários de diferentes regiões do Rio Grande do Sul. Foram realizadas coletas de ácaros em apiários localizados em oito municípios gaúchos. A partir das amostras coletadas, foi realizada extração de RNA total e síntese de cDNA. O cDNA sintetizado foi submetido à PCR utilizando-se 9 pares de primers para detecção de vírus que afetam abelhas e um par de primers para controle endógeno. As amostrasforam submetidas a eletroforese em gel de agarose. Identificou-se, em três apiários, a presença dos vírus SBV (Vírus da Cria Ensacada) e VDV-1 (Vírus Varroa destructor-1) associados ao ácaro V. destructor. Estes dados são inéditos uma vez que estudos semelhantes nunca foram realizados no Brasil ou em abelhas africanizadas e poderão servir de base no desenvolvimento de programas de controle deste parasita. / Beekeeping is an activity that has both economic and environmental importance. Brazil has excellent climate and flora for beekeeping, and alongside the presence of Africanized bee populations, it has great potential for apiculture. However, Apis mellifera bees are susceptible to a variety of diseases. There are several pathogens that can affect honeybees and the focus of this work is to assess the relationship between the Varroa destructor mite and viruses that affect bees in the state of Rio Grande do Sul. V. destructor is an ectoparasite and the disease caused by this mite may be responsible for the death of thousands of colonies of A. mellifera in several parts of the world. However, the damage caused by the varroa mite vary according to the race of the affected bees and weather conditions. Although the varroa mite cause little damage in colonies of Africanized bees in Brazil, the coexistence of this ectoparasite with certain types of viruses can seriously compromise the health of the colony, since many of these viruses use the mite for transmission, pointing this as a probable vector. Therefore, it is necessary to identify which viruses are associated with the mite and that possibly use it as vector. Within this context, the objective of this work is to verify the presence of viruses associated with the V. destructor mite in specimens collected in apiaries in different regions of Rio Grande do Sul. Mite collections were made in apiaries located in eight different cities in the state. Collected samples were subjected to total RNA extrection and cDNA synthesis was performed. The synthesized cDNA was subjected to PCR using nine primer pairs fordetection of viruses affecting bee and one pair of primers for endogenous control. Amplified samples were subjected to electrophoresis on agarose gel. With this work, we have been able to identify in the presence of SBV and VDV-1 virus associated with V. destructor mite in three different apiaries. The obtained data are novel, since similar studies have never been conducted before in Brazil or using Africanized bee colonies, and could be used as basis in development of control strategies of this parasite.

Submitted by Ana Damasceno (ana.damasceno@unipampa.edu.br) on 2016-11-30T18:54:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Identificação de vírus que afetam apis mellifera associados ao ácaro ectoparasita varroa destructor em apiários do Rio Grande do Sul.pdf: 2079239 bytes, checksum: 490f111cf7ddb616e9d3cc3373a5be07 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-30T18:54:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Identificação de vírus que afetam apis mellifera associados ao ácaro ectoparasita varroa destructor em apiários do Rio Grande do Sul.pdf: 2079239 bytes, checksum: 490f111cf7ddb616e9d3cc3373a5be07 (MD5) Previous issue date: 2014-04-30 / A apicultura é uma atividade de importância econômica e ambiental. O clima e a flora do Brasil somados à presença da abelha africanizada conferem um excelente potencial apícola. Entretanto, as abelhas são suscetíveis a uma variedade de doenças. Vários são os patógenos que podem acometer abelhas melíferas, sendo o foco deste trabalho a relação entre o ácaro Varroa destructor e os vírus que acometem abelhas. V. destructor é um ectoparasita, sendo a varroose, doença causada por este ácaro, responsável pela mortalidade de milhares de colônias de Apis mellifera em várias partes do mundo. Entretanto, os danos causados pela varroose variam com a raça de abelhas e condições climáticas. Embora o ácaro cause poucos danos nas colônias de abelhas africanizadas no Brasil, a coexistência deste ectoparasita com determinados tipos virais pode comprometer seriamente a saúde da colônia, uma vez que muitos destes vírus tem sua transmissão relacionada ao ectoparasita, apontando este como um vetor da infecção. Portanto, faz-se necessária a identificação de quais vírus estão associados ao ácaro e que, possivelmente, utilizam-se do ácaro como vetor. Dentro deste contexto, objetivamos verificar a existência de vírus associados ao ácaro V. destructor em espécimes coletadas em apiários de diferentes regiões do Rio Grande do Sul. Foram realizadas coletas de ácaros em apiários localizados em oito municípios gaúchos. A partir das amostras coletadas, foi realizada extração de RNA total e síntese de cDNA. O cDNA sintetizado foi submetido à PCR utilizando-se 9 pares de primers para detecção de vírus que afetam abelhas e um par de primers para controle endógeno. As amostras foram submetidas a eletroforese em gel de agarose. Identificou-se, em três apiários, a presença dos vírus SBV (Vírus da Cria Ensacada) e VDV-1 (Vírus Varroa destructor-1) associados ao ácaro V. destructor. Estes dados são inéditos uma vez que estudos semelhantes nunca foram realizados no Brasil ou em abelhas africanizadas e poderão servir de base no desenvolvimento de programas de controle deste parasita.

Orientador: João Manuel Grisi Candeias / Banca: Adriana P. do Vale / Banca: Nancy Cristina J. Bellei / Não disponível / Not available / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-05-03T12:50:05Z No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Em todo o mundo, as florestas são responsáveis por ocupar cerca de 4 bilhões de hectares. O Brasil apresenta a segunda maior floresta do mundo, com cerca de 54,4% do seu território nacional sendo constituído por florestas naturais e plantadas, distribuídas em seis biomas. As espécies florestais/arbóreas são de grande importância econômica para o país, pois a partir dos produtos obtidos direta ou indiretamente podem favorecer o sustento da população. Além disso, espécies arbóreas podem servir de habitat para diversos microorganismos, entre eles os vírus. Os estudos de vírus infectando espécies arbóreas no Brasil ainda são escassos, devido a algumas dificuldades para detecção e caracterização desse grupo de patógenos devido às suas características peculiares. Com isso o principal objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar espécies virais em espécies arbóreas nativas de diversos biomas encontrados no Brasil. Recentemente novas ferramentas como a metagenômica e plataformas de sequenciamento em alta escala têm propiciado ampliar o conhecimento da diversidade de organismos em diferentes ambientes. Nesse contexto, 60 mudas sintomáticas de espécies arbóreas distribuídas em 27 espécies botânicas e classificadas em 14 famílias, foram coletadas em ambiente de viveiro II da Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP). As amostras analisadas, em pool, tiveram o RNA extraído (protocolo Trizol) após procedimento de semi-purificação visando enriquecimento de partículas virais. Após este procedimento uma amostra composta foi formada e enviada para sequenciamento na Universidade Católica de Brasília (UCB) por meio da tecnologia NGS (Next Generation Sequencing), com o uso da plataforma Illumina Miseq. Os resultados obtidos a partir da análise genômica produziram 2.162 contigs que foram comparados com resultados do banco de dados no programa BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool). A partir do sequenciamento foi obtido um genoma com 9.529 nucleotídeos (nt). Após várias análises verificou-se que o espécime em estudo relaciona-se filogeneticamente com membros da ordem Picornavirales, ao qual denominamos aqui de Hovenia dulcis associated virus (HDAV) Primers específicos para este genoma foram sintetizados e por meio de RT-PCR foi possível realizar a detecção viral em uma amostra de uva do Pará (Hovenia dulcis). Ainda com base no resultado de NGS, sequências de outras seis espécies virais foram obtidas e encontram-se listadas a seguir: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (gênero Carlavirus e família Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus e Strawberry vein banding virus - SVBV (gênero Caulimovirus e família Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (gênero Comovirus e família Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV e Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (gênero Fabavirus família Secoviridae). __________________________________________________________________________ ABSTRACT / Worldwide, forests are responsible for occupying about 4 billion hectares. Brazil shows the second largest forest in the world, with about 54, 4% of its territory consisting of natural and planted forests, distributed in six biomes. The forest species are of great economic importance to the country, producing many products, directly or indirectly, that can help the sustenance of the population. Furthermore, tree species can harbor some microorganisms such as viruses. Studies about infecting-tree-specie viruses in Brazil are still scarce due to some difficulties for detection and characterization of this pathogen group because it shows peculiar characteristics. Thus, the main objective of this study was to identify and characterize viral species ocurrying in native tree species from six biomes found in Brazil. Recently new tools such as metagenomics and large-scale sequencing platforms have led to increase knowledge about the diversity of organisms in different environments. In this context, 60 symptomatic seedlings of tree species, distributed in 27 botanical species and classified into 14 families, were collected in Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP) nursery environment. The samples were analyzed in pool and had their RNA extracted by a Trizol protocol after semi-purification procedure in order to enrich viral particles. After this procedure, a compose sample was formed and sent for sequencing at Universidade Católica de Brasília (UCB) by NGS (Next Generation Sequencing) technology using the Illumina platform Miseq. The results from the genomic analysis produced 2,162 contigs, which were compared with database results BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool) program. From the sequencing was obtained with a genome 9529 nucleotides (nt) was initially identified as Hovenia dulcis associated virus (HDAV). Specific primers were designed and synthesized for viral detection in plants used in this study. By RT-PCR it was possible to viral detection in a sample of grape Para (Hovenia dulcis). Due to the low percentage of identity of viral species with species Dicistroviridae genus and the difference in host of the virus, it is proposed a new member of Picornavirales order to house this species detected. Phylogenetic analysis of the fields (PRO) and dependent RNA polymerase RNA polymerase (POL) put this virus on a branch near the Picornaviridae family). Also based on the result of NGS sequences of other viral species were obtained and are listed below: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (genus Carlavirus and family Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Strawberry vein banding virus - SVBV (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (genus Comovirus and family Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV (genus Fabavirus and family Secoviridae) and Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (genus Fabavirus and family Secoviridae).