Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-05T18:17:37Z No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T20:22:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T20:22:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ). / A região Nordeste é a maior produtora de melão no Brasil, contribuindo com cerca de 90% da produção nacional. Os Estados do Rio Grande do Norte e Ceará juntos produzem desde 2010 cerca de 500 mil toneladas/ano em 21.000 ha de área plantada, sendo os maiores estados produtores do país. O Brasil ocupa o 11º lugar no ranking mundial de produção de melão, sendo este fruto um dos mais exportados nos últimos anos no país. No Brasil, as viroses destacam-se entre os principais problemas fitossanitários que afetam as cucurbitáceas, causando redução na qualidade dos frutos e perda significativa na produção. Os principais vírus que infectam o meloeiro são os potyvírus, comovírus, cucumovírus, tospovírus e carlavírus. O “Amarelão do meloeiro” é considerado a principal doença dessa cultura. Essa doença é caracterizada por apresentar forte clorose nas folhas mais velhas e é associada, até então, ao carlavírus Melon yellowing-associated virus (MYaV) como o agente causador. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os vírus potenciais candidatos a agente causador do “Amarelão do meloeiro”. Um conjunto de amostras de meloeiro apresentando sintoma de “Amarelão do meloeiro” foi coletado em Mossoró (RN) e Juazeiro (BA) e os ácidos nucleicos purificados foram sequenciados utilizando a tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) pela plataforma Illumina HiSeq 2000. Foram identificadas em alta frequência sequências com alta identidade ao genoma do carlavírus Melon yellowing-associated virus (MYaV) e ao polerovírus Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV). Foi elaborada a hipótese de que um desses dois vírus, ou ambos, seja o vírus causador da doença e, portanto, foram caracterizados neste estudo. O isolado de MYaV caracterizado molecularmente foi proveniente de Mossoró sendo denominado isolado M22-MYaV e os isolados de CABYV denominados CABYV-M3 e CABYV-JMB1, de Ceará (CE, perto da cidade de Mossoró) e Juazeiro (BA), respectivamente. A determinação do genoma completo foi realizada a partir de NGS e por sequenciamento pelo método Sanger. O genoma do MYaV possui 9073 bases e codifica seis proteínas: RdRp (ca. 6,2 kb), TGB1 (ca. 0,7 kb), TGB2 (ca. 0,3 kb), TGB3 (ca. 0,2 kb), CP (ca. 1 kb) e NaBp (ca. 0,4 kb). A análise filogenética utilizando a sequência da proteína de replicação (RdRp) do MYaV mostrou que o vírus apresenta maior relacionamento com o carlavírus Sweet potato yellow mottle virus (59,8%), confirmando a classificação do MYaV dentro do gênero Carlavirus. O genoma dos isolados M3 e JMB1 de CABYV é de cerca de 5,7 kbases, codificando sete ORFs: ORF0 (0,7 kb), ORF1 (ca. 1,8 kb), ORF2 (ca. 1,3 kb) , ORF3 (ca. 0,6 kb), ORF3a (ca. 0,1 kb), ORF4 (ca. 0,7 kb) e ORF5 (ca. 0,1 kb). O genoma dos dois isolados de CABYV apresenta 96,8% de identidade em nucleotídeo entre si e 73,7% com a sequência do isolado CABYV-N da França (X76931). A baixa identidade de sequência entre os isolados brasileiros e o francês se deve a uma região de recombinação na extremidade 3’ do genoma compreendendo as regiões que codificam a capa proteica (CP: ORF3 e ORF5) e proteína de movimento (MP: ORF4). O major parent do recombinante foi identificado como CABYV na análise, mas o minor parent não foi identificado dentro do conjunto de sequências de vírus utilizado. A análise filogenética e do relógio molecular sugere que os isolados M3 e JMB1 são possivelmente originários da França, tendo passado anteriormente pela Espanha e Taiwan. Um ensaio em condições controladas demonstrou que o isolado brasileiro de CABYV é eficientemente transmitido por moscas-brancas (Bemisia tabaci biótipo B), apesar de ser classificado como um polerovírus que é tipicamente transmitido por afídeos. Foi possível produzir antissoro específico ao isolado brasileiro de CABYV, que se mostrou útil para testes de detecção por DAS-ELISA. Este estudo apresenta o genoma completo do MYaV e a caracterização molecular e filogenética de novos isolados de CABYV em meloeiro no Brasil e mostra evidências que um membro da família Luteoviridae pode ser transmitido por Bemisia tabaci. / The Northeast region is the largest melon producer in Brazil, accounting for around 90% of the national production. Since 2010, together, the states of Rio Grande do Norte and Ceará have produced around 500,000 tons / year in 21,000 hectares of planted area, being the largest producing state in the country. Brazil occupies the 11th place in the world ranking of melon production, being one of the most exported fruit in recent years. In Brazil, viruses are among the main phytosanitary problems affecting cucurbits, causing a reduction in fruit quality and a significant loss of production. The major viruses that infect melon plants are potyviruses, cucumoviruses, tospoviruses and carlaviruses. "Amarelão do meloeiro”, meaning melon severe yellowing, is considered as the main disease of this crop. This disease is characterized by the occurrence of strong chlorosis in the older leaves of infected plants and is associated with Melon yellowing-associated virus (MYaV) as the causative agent. The objective of this work was to characterize potential virus candidates for the causative agent of "Amarelão do meloeiro". A set of melon samples showing "Amarelão do meloeiro" symptom was collected in Mossoró (state of Rio Grande do Norte) and Juazeiro (Bahia) and purified nucleic acids were sequenced using the Next Generation Sequencing (NGS) technology by the Illumina HiSeq 2000 platform. Sequences of the genome of the carlavirus Melon yellowing-associated virus (MYaV) and the polerovirus Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV) were found in high frequency. It was hypothesized that one of these two viruses, or both, is the virus that causes the disease and, therefore, were characterized in this study. Molecular characterized MYaV isolate was derived from Mossoró being named M22-MYaV isolate and the CABYV isolates were named CABYVM3 and CABYV-JMB1, collected in Ceará (near the city of Mossoró) and Juazeiro (Bahia), respectively. Determination of the complete genome sequence was performed by NGS and by sequencing by the Sanger method. MYaV genome has 9073 bases and encodes six proteins: RdRp (ca. 6.2 kb), TGB1 (ca. 0.7 kb), TGB2 (ca. 0.3 kb), TGB3 (ca. 0.2 kb), CP (ca. 1 kb) and NaBp (ca. 0.4 kb). Phylogenetic analysis using the MYaV replication protein sequence (RdRp) showed that the virus was closely related to the carlavirus Sweet potato yellow mottle virus (59.8%), confirming the classification of MYaV within the genus Carlavirus. The genome of the CABYV M3 and JMB1 isolates is ~ 5.7 kbases, encoding seven ORFs: ORF0 (0.7 kb), ORF1 (ca. 1.8 kb), ORF2 (ca. ORF3 (ca. 0.6 kb), ORF3a (ca. 0.1 kb), ORF4 (ca. 0.7 kb) and ORF5 (ca. 0.1 kb). The genome of the two CABYV isolates shares 96.8% nucleotide identity to each other and 73.7% to the CABYV-N isolate from France (X76931). The low sequence identity between the Brazilian and French isolates is due to a region of recombination at the 3' end of the genome comprising the regions encoding the coat protein (CP: ORF3 and ORF5) and movement protein (MP: ORF4). The major parent of the recombinant was identified as CABYV in the analysis, but the minor parent was not identified within the set of virus sequences used. Phylogenetic and molecular clock analyses suggest that the M3 and JMB1 isolates are possibly from France, having previously passed through Spain and Taiwan. A transmission test performed under controlled conditions has demonstrated that CABYV Brazilian isolate is efficiently transmitted by whiteflies (Bemisia tabaci biotype B), although it is classified as a polerovirus, that is typically transmitted by aphids. It was possible to produce a specific antiserum to the Brazilian CABYV isolate, which proved useful for DAS-ELISA detection tests. This study presents the complete genome of MYaV and the molecular and phylogenetic characterization of new isolates of CABYV in melon in Brazil and shows evidence that a member of the family Luteoviridae can be transmitted by Bemisia tabaci.

A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-05-30T21:42:25Z No. of bitstreams: 1 Aline Cristina Andrade M. EStudo molecular de proteínas estruturadas....pdf: 1507991 bytes, checksum: e5a153c8832e560bcf10d060a63bb47c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-30T21:42:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Cristina Andrade M. EStudo molecular de proteínas estruturadas....pdf: 1507991 bytes, checksum: e5a153c8832e560bcf10d060a63bb47c (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1, HTLV-1, é conhecido, principalmente, por ser o agente etiológico de uma síndrome neurológica denominada TSP/HAM. Os fatores que definem a manifestação de doença ainda não foram completamente esclarecidos. As glicoproteínas do envelope são altamente conservadas entre os isolados do HTLV-1, no entanto, substituições nucleotídicas na região gênica que codifica para estas proteínas, podem influenciar tanto na infectividade viral como na replicação do vírus. A gp46 possui domínios funcionais já associados à inibição da formação do sincício, à transmissão célula-célula e à produção de anticorpos, enquanto que a gp21 apresenta domínios que permitem a fixação dela à membrana plasmática da célula hospedeira. O HBZ, por sua vez, é relacionado à regulação positiva de fatores de transcrição importantes para o ciclo celular, além de suprimir a transcrição viral mediada por TAX. Estudos recentes revelam correlação entre os níveis dos transcritos do HBZ e a severidade da manifestação da TSP/HAM. Pelo exposto, o objetivo principal do trabalho foi buscar possíveis biomarcadores virais nos diferentes perfis clínicos: assintomáticos e TSP/HAM definidos. Nossos resultados revelaram que a mediana da carga proviral dos indivíduos assintomáticos (ASS) (n = 5) e TSP/HAM (n = 5), foi semelhante (316.227 cópias/106 PBMC). Da caracterização da gp46, obtivemos 146 clones virais: 70 (ASS) e 76 (TSP/HAM). A caracterização molecular revelou uma diversidade genética de 0,4% e 0,6% nos indivíduos ASS e TSP/HAM, respectivamente. Identificamos 5 mutações com freqüência acima de 20% entre os clones de cada grupo. Apenas a mutação S35L foi exclusiva de clones do grupo ASS, três mutações (F14S, N42H, G72S) foram exclusivas de clones do grupo TSP/HAM e apenas uma mutação V247I foi encontrada em clones de ambos os grupos com diferença estatística (p = 0,0014). Apenas a mutação G72S está presente em um domínio funcional (53-75aa) previamente identificado. Tal domínio foi o segundo domínio mais divergente entre os indivíduos TSP/HAM, sendo o RBD o mais divergente em ambos os grupos. Análises físico-químicas revelaram que o alelo mutante para a posição 14 é mais hidrofílico e flexível, e menos antigênico, para as posições 42 e 247, respectivamente. Foi possível identificar 23 e 16 epítopos ligantes de alelos de HLA classe I e II, respectivamente nos domínios 175-209aa e 53-75aa, respectivamente. A análise de domínios potenciais revelou a presença dos mesmos sítios de modificação pós-traducional com diferentes freqüências entre os grupos. Identificamos a troca de estrutura em coil para folha beta na predição da estrutura secundária para as mutações S35L e G72S. Da caracterização molecular da gp21 dispomos apenas de 08 sequências, obtidas de PCR direto, de 4 de indivíduos ASS e 4 de indivíduos TSP/HAM. A análise molecular identificou apenas uma mutação (Y477H) em 7 seqüências. Da caracterização de 10 sequências, obtidas de PCR direto do HBZ, foi possível identificar duas mutações (S9P e T95I), em 100% das sequências, e uma terceira mutação R112C em 66,7% e 25% das sequências oriundas de indivíduos ASS (n = 6) e TSP/HAM (n = 4), respectivamente. A mutação R112C pode ser responsável pela mutação P34L na proteína p12 (ORF-1 de pX). 7 Concluímos, portanto, a observação de 5 mutações mais freqüentes, na gp46, e que estão associadas ao perfil de variação dentro de cada hospedeiro, já que, com exceção da mutação V247I, as demais mutações foram exclusivas de clones de um único hospedeiro. Uma única mutação foi encontrada na gp21 e em relação ao HBZ foi possível identificar 3 mutações sendo que nenhuma delas tinha sido descrita na literatura. Não foi possível associar nenhuma das mutações encontradas ao perfil clínico devido ao reduzido número de indivíduos incluídos no estudo. No entanto, sugerimos que novos estudos sejam conduzidos, para expandir o entendimento da diversidade molecular dessas proteínas, com o aumento no número de indivíduos avaliados, e sobretudo porque acreditamos no potencial destas mutações sugerimos também a avaliação funcional delas.

Made available in DSpace on 2016-05-02T13:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carmen_vieira_ioc_dout_2015.pdf: 6531759 bytes, checksum: 8c78e754c64e162a1229bcecc9f3e83b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A disseminação de vírus entéricos em ambientes aquáticos está diretamente relacionada ao despejo in natura de esgotos e, consequentemente, associada a doenças de veiculação hídrica. Atualmente, os vírus vêm sendo sugeridos como marcadores espécie-específicos para rastreamento microbiológico de fonte de contaminação fecal (Microbial Source Tracking [MST]) destes ambientes, podendo ser utilizados em estratégias de monitoramento e gestão de bacias hidrográficas. Neste contexto, este estudo teve como objetivo rastrear fontes de contaminação fecal de origem humana e animal utilizando marcadores virais e determinar a concentração dos principais vírus associados a gastroenterite aguda na bacia hidrográfica do Rio Negro, Manaus, Amazonas (AM), a fim de estimar o risco de infecções por estes vírus por diferentes vias de exposição da população local. Com este propósito, avaliou-se a metodologia de concentração viral por floculação orgânica, além de ensaios quantitativos (qPCR) de detecção. Posteriormente, realizou-se um monitoramento trimestral (2011-2012) ao longo do Rio Negro e dos igarapés da cidade, quando 272 amostras foram coletadas, assim como uma amostragem adicional durante a cheia histórica deste rio (junho de 2012). Parâmetros físico-químicos e bacteriológicos (E. coli e enterococos) também foram determinados, sendo investigada uma possível correlação bactéria-vírus. Adenovírus humanos (HAdV) e poliomavírus JC (JCPyV), utilizados como marcadores de contaminação humana, foram detectados em 91,9 % e 69,5 % das amostras, respectivamente, revelando a origem humana de contaminação dos ecossistemas estudados Adenovírus suíno (PAdV) e poliomavírus bovino (BPyV) foram observados em baixos percentuais, 0,7 e 1,8 %, respectivamente. Rotavírus grupo A (RVA) e norovírus genogrupo II (NoV GII) foram detectados em 23,9 % e 7,4 % das amostras, respectivamente. O NoV GII foi detectado apenas na estação seca enquanto o RVA foi prevalente na cheia, quando suas concentrações apresentaram um aumento significativo. As concentrações dos vírus humanos variaram de 102 a 106 cópias de genoma (CG)/L, sendo observadas maiores contaminações de HAdV e JCPyV nos igarapés e no período de cheia, enquanto as concentrações dos vírus de origem animal variaram de 101 a 102 CG/L. Correlações de 0,274 a 0,762 foram observadas entre HAdV, JCPyV, E. coli e enterococos e apontaram a utilização de HAdV como possível marcador viral de contaminação fecal humana. Pelos resultados obtidos, realizou-se um estudo de avaliação de risco de infecções por RVA, onde estimou-se probabilidades médias de infecção variando de 0,3954 a 0,868 pela exposição por atividades recreacionais ou contato mão-boca com os ambientes aquáticos de Manaus Durante a cheia histórica do Rio Negro, demonstrou-se uma correlação entre o nível de água do rio e o número de casos de gastroenterite, assim como um aumento na concentração de RVA, NoV e HAdV. A investigação de astrovírus e vírus emergentes, como NoV GIV, sapovírus, bocavírus, aichivírus e klassevírus, foi realizada nestas amostras, porém não foram detectados. Globalmente, este estudo representa um grande avanço nos estudos de virologia ambiental no Brasil, sendo pioneiro nas análises de MST e risco virológico, que demonstraram a precariedade de saneamento básico na cidade de Manaus e os riscos de infecção viral associados a esta condição / The dissemination of enteric viruses in aquatic environments is directly related to the discharge of raw sewage and consequently associated with waterborne diseases. Currently, viruses have been suggested as host-specific markers for Microbial Source Tracking (MST) in these environments, and can be used in monitoring and management strategies of watersheds. In this context, this study aimed to assess human and animal sources of contamination by viral markers and the concentrations of the main gastroenteric viruses in the Negro River catchment, Manaus, Amazonas (AM), in order to estimate the risk of infection associated with the use of these waters by the locals. For this purpose, a concentration procedure by organic flocculation and quantitative assays (qPCR) for viruses detection were evaluated. Later, a quarterly monitoring (2011-2012) along the Negro River and the igarapés of the city was carried out, when 272 surface water samples were collected, as well as an additional sampling during the extreme flood of this river (June 2012). Physico-chemical and bacteriological (E. coli and enterococci) parameters were also measured, being investigated the correlation between viruses and bacteria. Human adenovirus (HAdV) and JC polyomavirus (JCPyV) were used as viral markers of human contamination, being detected in 91.9 % and 69.5 % of the samples, respectively, showing the contamination of human origin in the study ecosystems. Porcine adenovirus (PAdV) and bovine polyomavirus (BPyV) were detected in low percentages, 0.7 and 1.8 %, respectively. Group A rotavirus (RVA) and genogroup II norovirus (NoV GII) were detected in 23.9% and 7.4% of the samples, respectively. NoV GII was detected only in the dry season whereas RVA was prevalent in the flood season, when its concentration showed a significant increase. Concentrations of human viruses ranged from 102 to 106 genome copies (GC)/L, being higher contaminations with HAdV and JCPyV observed in the igarapés and during the flood season, whereas concentrations of animal viruses ranged from 101 to 102 GC/L. Correlations between HAdV, JCPyV, E. coli and enterococci ranged from 0.274 to 0.762 and suggested the use of HAdV as a possible viral marker of human fecal contamination. Based on the obtained results, a risk assessment study of RVA infection due to recreational and hand-to-mouth contacts with these contaminated waters was carried out and the estimated mean probabilities of infection ranged from 0.3954 to 0.868. During the extreme flood of the Negro River, a correlation between the river level and number of gastroenteritis cases was demonstrated, as well as an increase in the concentration of RVA, NoV and HAdV. Astrovirus and emerging viruses such as NoV GIV, sapovirus, bocavirus, aichivirus, and klassevirus were also investigated in these samples, but were not detected. The overall results of this thesis represent major advances in environmental virology in Brazil, since it is pioneer in both MST and virological risk assessment studies, which demonstrated the precariousness of basic sanitation in the city of Manaus and risks associated with this condition / 2017-07-26

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) e o vírus da leucemia felina (FeLV), pertencem à família Retroviridae, são amplamente distribuídos e induzem um efeito imunossupressor significativo em gatos domésticos (Felis catus) infectados. Proteínas que apresentam atividade contra os retrovírus são conservadas entre mamíferos e são denominadas de fatores de restrição. As citidinas deaminases da família de genes APOBEC3 são a classe mais estudada de fatores de restrição e o gene APOBEC3H (A3H) codifica duas proteínas (APOBEC3H e APOBEC3CH). Essas proteínas de felinos são os principais responsáveis pela restrição de FIV e FeLV, o que ocorre por meio de hipermutações geradas nos provírus durante a transcrição reversa. Alterações na sequência desse gene podem alterar a estabilidade e a localização celular de proteínas APOBEC3H em mamíferos. Considerando a importância do gene A3H em gatos, a investigação de sua variabilidade é relevante. Cinquenta amostras de DNA de gatos FIV e/ou FeLV positivos e cinquenta e nove amostras de gatos negativos para ambos os vírus foram usadas para amplificar duas regiões diferentes do gene, com posterior seqüunciamento e análise comparativa das sequencias. A primeira região investigada demonstrou-se conservada entre todas as amostras. Na segunda, foi possível identificar seis pontos de variação de nucleotídeos únicos, e um deles, o A65S (A65I) foi significativamente correlacionado com a suscetibilidade à infecção por FIV e/ou FeLV. Por outro lado, a análise de haplótipos mostrou que a combinação "GGGGCC " foi significativamente correlacionada com a ausência de infecção retroviral, talvez indicando um efeito protetor. Considerando que um polimorfismo na posição 65 já foi encontrado no Tigre da Indochina e dada a correlação encontrada nesta pesquisa, mais estudos sobre o efeito desses polimorfismos na atividade de fatores de restrição codificados pelo gene A3H devem ser realizados. Da mesma forma, investigações a respeito dos efeitos da combinação "GGGGCC" devem ser realizadas de modo à corroborar um possível efeito protetor sugerido no presente trabalho. / The Feline Immunodeficiency Virus (FIV) and the Feline Leukemia Virus (FeLV) belong to the Retroviridae family, are widely distributed and induce a significant immunosuppressive effect in infected domestic cats (Felis catus). Proteins with activity against retroviruses are conserved between mammals and determined as restriction factors. Cytidine deaminases of the APOBEC3 gene family are the most studied class of restriction factors and the APOBEC3H gene encodes two proteins (APOBEC3H and APOBEC3CH) that are the most responsible for this restriction among cats, through hypermutations in provirus DNA during reverse transcription. Changes on the gene sequence can alter the stability and cellular localization of homologous proteins to APOBEC3H in mammals. Considering the importance of APOBEC3H gene in cats, the investigation of its variability is relevant. Fifty DNA samples of cats FIV and/or FeLV positives and fifty-nine of negative cats to both viruses were used as template to amplify two different regions of the gene, with subsequent sequencing and analysis. The first investigated region was conserved among all samples. On the second one it was possible to identify six single nucleotide variation points, and of them, the A65S (A65I) was significantly correlated with the susceptibility to FIV and/or FeLV infection. On the other hand, the haplotype analysis showed that the combination “GGGGCC” was significantly correlated with the lack of retroviral infection, maybe indicating a protective effect. Whereas a polymorphism at position 65 have been found in Indochinese Tiger and given the correlation found in this research, more studies about the effect on the activity of restriction factors encoded by the A3H gene should be performed. Similarly, research about the effects of the combination “GGGGCC” should be carried so that we can confirm a possible protective effect shown in this work.

Os morcegos (Ordem Chiroptera) estão entre as espécies de mamíferos mais diversificadas e distribuídas no mundo. É reconhecido o papel fundamental que eles exercem na natureza. Por outro lado, são conhecidos como importantes reservatórios de agentes de doenças infecciosas, dentre os quais vírus, até pouco tempo desconhecidos, que nas últimas décadas se tornaram emergentes em humanos e outras espécies. Dentre os vírus RNA emergentes, destacam-se o SARS-CoV, MERS-CoV, vírus Hendra e Nipah e o último a causar importante surto na África, vírus Ebola.Mais de 100 espécies de vírus já foram detectadas em morcegos em todo o mundo, tanto vírus RNA, quanto vírus DNA, embora importância desses últimos como agentes de zoonoses ainda não tenha sido confirmada. Estudos no Brasil com relação à detecção de vírus em morcegos são praticamente inexistentes, e são focados apenas na vigilância e epidemiologia do vírus rábico. Portanto, este trabalho objetivou a detecção de vírus, tanto RNA, quanto DNA, em amostras de morcegos no estado do Rio Grande do Sul, através de técnicas moleculares e sequenciamento dos fragmentos obtidos. Identificamos a presença de vírus da família Coronaviridae, Circoviridae e Adenoviridae em amostras de fezes e tecidos de morcegos insetívoros e hematófagos. A detecção de novas espécies de vírus da família Circoviridae confirma a diversidade viral que estes vírus podem apresentar. Os resultados obtidos por investigação não podem afirmar se tais vírus apresentam potencial zoonótico, mas por serem dados inéditos no país, reforçam a importância da vigilância e de estudos adicionais para melhor compreender o papel que diferentes espécies de morcegos tem como reservatórios de vírus que possam ter impacto na saúde animal e humana. / Bats (Order Chiroptera) are among the most diverse and worldwide distributed mammal species. It is recognized the important role they play in nature, but, on the other hand, they are known as important reservoirs of infectious diseases, including viruses, until then unknown, that have become emerging in recent decades. Among RNA viruses of great importance are the SARS-CoV, MERS-CoV, Hendra and Nipah viruses and the one responsible to cause major outbreaks in Africa recently, the Ebola virus. More than 100 species of virus have been detected in bats in the world, both RNA and DNA viruses DNA, although the latter still hasn't confirmed its importance on zoonosis or the impact it would cause to the host itself.Studies in Brazil are practically nonexistent, because they are focused only on surveillance and epidemiology of rabies virus. Therefore, this work aimed to virus detection, both RNA and DNA in samples from bats in the State of Rio Grande do Sul, through molecular techniques and sequencing of the fragments obtained.We identify the presence of viruses of the family Coronaviridae, Circoviridae and Adenoviridae in stool samples and tissues. In addition, the discovery of new species of viruses of the family Circoviridae confirms viral diversity that these bats can carry. The results obtained in this investigation cannot confirm if such viruses have zoonotic potential, but as they are the first data published in the country, it underscores the importance of vigilance and additional studies to better understand the role that different species of bats have as reservoirs of viruses that may have an impact on animal and human health.

Mestrado (dissertação)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva, 2017. / Submitted by Gabriela Lima (gabrieladaduch@gmail.com) on 2017-12-06T09:25:57Z No. of bitstreams: 1 2017_JêniferOlivattodaSilva.pdf: 1437610 bytes, checksum: 1b331445bb55f2cb7fc2711c8ba14f26 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-01-31T18:58:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_JêniferOlivattodaSilva.pdf: 1437610 bytes, checksum: 1b331445bb55f2cb7fc2711c8ba14f26 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-31T18:58:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_JêniferOlivattodaSilva.pdf: 1437610 bytes, checksum: 1b331445bb55f2cb7fc2711c8ba14f26 (MD5) Previous issue date: 2018-01-31 / O Centro de Testagem e Aconselhamento (CTA) é um serviço estratégico para promoção da saúde, prevenção, diagnóstico rápido e tratamento de HIV, sífilis, hepatite B e C e, outras infecções sexualmente transmissíveis (IST). O HPV é a IST mais comum mundialmente, atuando como forte fator causal para câncer anal, de colo de útero e pênis. O objetivo principal deste estudo foi descrever as características epidemiológicas e clínicas da população adulta, masculina, diagnosticada com HPV, atendida no CTA-DF, no período de 01/01/2015 a 31/12/2016. Para contemplar este objetivo o estudo contou com dois métodos: estudo epidemiológico do tipo transversal, descritivo, com uso de dados secundários contidos no Sistema de Informação – CTA; e estudo epidemiológico do tipo coorte clínica, descritivo, com coleta de dados secundários dos prontuários da instituição. Foi identificado no Sistema de Informação do CTA (SI-CTA) a predominância do sexo masculino com 18.543 (66,12%), solteiros com 19.292 (68,79%), pardos com 12.411 (44,26%), homens que fazem sexo com mulheres 11.051 (65,69%), com a faixa etária entre 18 a 30 anos de 15.509 (55,30%) e com 8 a 11 anos de estudo 11.825 (42,17%). Os percentuais de positividade para os testes rápidos foram: 3,00% de HIV; 8,23% de sífilis; 0,10% de hepatite B e 0,39% de hepatite C. As prevalências entre coinfecções foram: 0,9% para HIV e sífilis; 0,06% para sífilis e hepatite C, 0,03% para HIV e hepatite B, 0,02% para sífilis e hepatite B e 0,01% para HIV e hepatite B. Foi verificado nos prontuários dos homens com diagnóstico de HPV a predominância da faixa etária entre 18 a 29 anos, brancos, homens que fazem sexo com mulheres, com 8 a 11 anos de estudo, com prevalência de HPV de 16,93/1.000 usuários. No que se refere à coinfecção com HPV a predominante foi HIV com 21 (7,9%) usuários. Em relação ao tipo de lesão a mais frequente foi a lesão de pênis com 209 (60,23%) usuários dos HPV positivos. No que diz respeito ao tratamento o Ácido Tricloracético (ATA 90%) foi o mais prevalente com mediana de 41 dias de tratamento e entre 3 a 5 sessões, dependendo do local da lesão. Em relação ao desfecho houve abandono de tratamento em 208 (66,24%) usuários, alta em 96 (30,57%) dos usuários e foram encaminhados para outros serviços de referência 10 (3,18%) usuários. Observou-se a importância da qualidade dos dados para que possam ser transformados em informação, conhecimento e posterior convertê-los em ações e investigações epidemiológicas. Os achados do estudo reforçam a importância de se traçar este perfil no DF, para fomentar ações de promoção da saúde, prevenção e controle de IST. Desta forma, a faixa etária da vacinação para homens e mulheres devem ser estendidas, pelas características epidemiológicas encontradas no estudo, pois o homem ativo pode ser o transmissor tanto para homens como para mulheres. / The Counseling and Testing Center (CTC) is a strategic service for health promotion, prevention, early diagnosis and treatment of sexually transmitted infections (STIs). The Human Papilloma Virus (HPV) is the largest sexual infection in occurrence worldwide, acting as a strong causal factor for anal, uterine cervix and penis cancers. The main purpose of this thesis was to describe the clinical and epidemiological characteristics of the adult, male population diagnosed with HPV, attended at the CTC in the period from January 1, 2015 to December 31, 2016. To achieve this goal the study used two methods, an epidemiological descriptive cross-sectional study, using secondary data contained in the service information system; and an descriptive epidemiological study of the clinical cohort collecting secondary data from the institution records. It was identified in the Information System the predominance of males 18.543 (66,12%), single 18.543 (66,12%), brown 12.411 (44,26%), men who have sex with women 12.411 (44,26%), between 18 and 30 years 12.411 (44,26%) and with 8 to 11 years of study 12.411 (44,26%). The percentages of positivity were: 3,00% HIV; 8.23% syphilis; 0.10% 0.39% hepatitis B and hepatitis C. The prevalence of coinfections were: 0.90% for HIV and Syphilis; 0.06% syphilis and hepatitis C, 0.03% for hepatitis B and HIV, syphilis and 0.02% for hepatitis B and 0.01% for HIV and hepatitis B. It was verified in the medical records of men with HPV the predominance of the 18 to 29 age group, white, men who have sex with women, with 8 to 11 years of study, with prevalence of HPV 16,93 / 1000 users. As regards the co-infection with HIV is the predominant HPV 21 (7.9%) users. Regarding the most common type of injury was the penis lesion 209 (60.23%) users. Regarding the treatment of HPV, trichloroacetic acid (ATA 90%) was the most prevalent median of 41 days of treatment and from 3 to 5 sessions, depending on the site of the lesion. An outcome of the treatment with an overestimated dropout rate (66.24%) and an underestimated discharge rate (30.57%) is observed, which may have had a heavy effect on the actual number of dropouts. The study indicates that the CTC is a service that can provide access to diagnosis and treatment of STIs men. The service in this way plays an important role in the interruption of the Federal District's transmission chain, since the sexually active man can be an agent of transmission of HPV for both women and men. The findings of the study reinforce the importance of drawing this profile in the DF, for the actions of health promotion, prevention and control of STIs.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências Médicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-03-10T17:13:21Z No. of bitstreams: 1 2015_LeonoraMacieldeSouzaVianna.pdf: 2288433 bytes, checksum: 19801b22ec725db98f87885aae6729ce (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-04-25T12:56:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_LeonoraMacieldeSouzaVianna.pdf: 2288433 bytes, checksum: 19801b22ec725db98f87885aae6729ce (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-25T12:56:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_LeonoraMacieldeSouzaVianna.pdf: 2288433 bytes, checksum: 19801b22ec725db98f87885aae6729ce (MD5) / A Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (SIDA), infecção causada pelo vírus da imunodeficiência humana, tem comportamento pandêmico, sendo um problema de saúde pública. Considerando que pacientes com SIDA têm maior chance de desenvolver neoplasias e que a imunodeficiência poderia facilitar a permanência do Papiloma vírus (HPV) em orofaringe destes pacientes, o objetivo deste trabalho foi pesquisar a infecção pelo HPV e lesões a ele relacionadas em orofaringe de paciente HIV positivos. Foram avaliados 100 pacientes atendidos no ambulatório de DIP/SIDA do HUB. Os dados demográficos, clínicos, hábitos e perfil sócio comportamental foram avaliados por meio de um questionário estruturado. A coleta para a análise citológica (citologia convencional, em meio líquido e imunocitoquímica) e molecular (captura híbrida e PCR) foi feita em orofaringe com escovas. Para as análises citológicas utilizou-se os critérios de Bethesda. A imunocitoquímica avaliou a expressão da proteína p16INK4. A captura híbrida pesquisou o DNA-HPV de alto e baixo risco. A verificação do DNA do HPV pelo PCR utilizou o primer GP5+/6+. Os HPVs de alto e baixo risco foram detectados em 8,2% e 16,7% das amostras respectivamente. A média±dp (máximo-mínimo) da relação RLU/CO (estimativa da carga viral) para os HPVs de alto risco e baixo risco foi, respectivamente, 2,9±2,58 (1,09 - 7,87) e 1,61±0,65 (1,07 - 2,68). Houve positividade para HPV de alto e baixo risco na mesma amostra em dois casos. Não houve diferença significativa quanto a frequência de HPV em relação ao gênero e aos grupos etários. A incidência de HPV foi maior em pacientes heterossexuais (7%) porém ela só foi significativa em mulheres heterossexuais. Nenhuma mulher homossexual foi HPV-positiva e não houve mulheres bissexuais na presente amostra. Não fumantes tiveram 10,6 vezes mais chances de ter HPV. Quanto maior foi a contagem de CD4+ maior a chance dos pacientes apresentarem HPV de baixo risco. Pacientes que não consumiam álcool tiveram quase 15 vezes maior risco de apresentar HPV de baixo risco. Pacientes com menos de um parceiro por ano apresentaram associação (p≤0,003) com o HPV. Não houve associação entre a infecção oral pelo HPV e a presença de lesão oral, uso de terapia antirretroviral, maconha, outras drogas, coitos oral e anal, uso de preservativo e doenças sexualmente transmissíveis (DST). A citologia convencional não mostrou lesões displásicas, observando-se a presença de atipias de significado indeterminado (ASC-US) em 2 amostras. A presença de atipias citolólgicas na citologia convencional mostra que o exame citológico pode ser um método eficiente para detectar lesões iniciais em orofaringe, podendo a captura híbrida ser utilizada para detectar a presença do HPV, da mesma forma como é utilizada no colo uterino. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The AIDS infection caused by the human immunodeficiency virus have a pandemic behavior and has become a public health problem. Considering that AIDS patients are more likely to develop cancer and that immune deficiency could facilitate HPV permanence in the oropharyngeal of these patients, the objective of this study was to investigate HPV infection and related injuries with in HIV-positive in oropharynx. We evaluated 100 patients treated at outpatient DIP/AIDS HUB. The demographic, clinical and behavioral partners habits profile were assessed using a structured questionnaire. The collect for cytological (conventional cytology, immunocytochemistry and base liquid) and molecular (PCR and hybrid capture) analysis were performed in oropharynx with brushes. For cytological analysis the Bethesda’s criteria had been used. Immunocytochemistry assessed the expression of the p16INK4 protein. The hybrid capture researched the high HPV DNA and low risk. Verification of DNA in 100 samples was performed using the primer GP5+/6+. HPV high and low risk were detected in 8.2% and 16.7% of the samples respectively. Those with high-risk and low-risk HPV, the mean ± SD (high-low) of the relationship RLU / CO (estimate viral load) was respectively 2.9 ± 2.58 (1.09 to 7.87) and 1.61 ± 0.65 (1.07 to 2.68). There were positive for HPV high and low risk in the same sample in two cases. There was no significant difference in the frequency of HPV in relation to gender and age group. The incidence of HPV was larger in heterosexual patients (7%) but there were significant only in heterosexual women. No homosexual women was HPV-positive and there was no bisexual women in this sample. No smokers had 10.6 times more chance to have HPV. The higher the CD4+ count greater the chance of patients have low-risk HPV. Patients who did not consume alcohol were almost 15 times higher risk of having low-risk HPV. Patients with less than one partner per year were associated (p≤0.003) with HPV. There was no association between oral HPV infection and the presence of oral lesion, use of antiretroviral therapy, marijuana, other drugs, oral and anal intercourse, condom use and STDs. The conventional cytology showed no dysplastic lesions but observed the presence of atypical cells of undetermined significance (ASC-US) in 2 samples. Cytologic atypias features in conventional cytology reveals that cytological examination can be an efficient method to detect early lesions in the oropharynx and hybrid capture can be used to detect the presence of HPV in the same manner as used in the cervix.

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) e o vírus da leucemia felina (FeLV), pertencem à família Retroviridae, são amplamente distribuídos e induzem um efeito imunossupressor significativo em gatos domésticos (Felis catus) infectados. Proteínas que apresentam atividade contra os retrovírus são conservadas entre mamíferos e são denominadas de fatores de restrição. As citidinas deaminases da família de genes APOBEC3 são a classe mais estudada de fatores de restrição e o gene APOBEC3H (A3H) codifica duas proteínas (APOBEC3H e APOBEC3CH). Essas proteínas de felinos são os principais responsáveis pela restrição de FIV e FeLV, o que ocorre por meio de hipermutações geradas nos provírus durante a transcrição reversa. Alterações na sequência desse gene podem alterar a estabilidade e a localização celular de proteínas APOBEC3H em mamíferos. Considerando a importância do gene A3H em gatos, a investigação de sua variabilidade é relevante. Cinquenta amostras de DNA de gatos FIV e/ou FeLV positivos e cinquenta e nove amostras de gatos negativos para ambos os vírus foram usadas para amplificar duas regiões diferentes do gene, com posterior seqüunciamento e análise comparativa das sequencias. A primeira região investigada demonstrou-se conservada entre todas as amostras. Na segunda, foi possível identificar seis pontos de variação de nucleotídeos únicos, e um deles, o A65S (A65I) foi significativamente correlacionado com a suscetibilidade à infecção por FIV e/ou FeLV. Por outro lado, a análise de haplótipos mostrou que a combinação "GGGGCC " foi significativamente correlacionada com a ausência de infecção retroviral, talvez indicando um efeito protetor. Considerando que um polimorfismo na posição 65 já foi encontrado no Tigre da Indochina e dada a correlação encontrada nesta pesquisa, mais estudos sobre o efeito desses polimorfismos na atividade de fatores de restrição codificados pelo gene A3H devem ser realizados. Da mesma forma, investigações a respeito dos efeitos da combinação "GGGGCC" devem ser realizadas de modo à corroborar um possível efeito protetor sugerido no presente trabalho. / The Feline Immunodeficiency Virus (FIV) and the Feline Leukemia Virus (FeLV) belong to the Retroviridae family, are widely distributed and induce a significant immunosuppressive effect in infected domestic cats (Felis catus). Proteins with activity against retroviruses are conserved between mammals and determined as restriction factors. Cytidine deaminases of the APOBEC3 gene family are the most studied class of restriction factors and the APOBEC3H gene encodes two proteins (APOBEC3H and APOBEC3CH) that are the most responsible for this restriction among cats, through hypermutations in provirus DNA during reverse transcription. Changes on the gene sequence can alter the stability and cellular localization of homologous proteins to APOBEC3H in mammals. Considering the importance of APOBEC3H gene in cats, the investigation of its variability is relevant. Fifty DNA samples of cats FIV and/or FeLV positives and fifty-nine of negative cats to both viruses were used as template to amplify two different regions of the gene, with subsequent sequencing and analysis. The first investigated region was conserved among all samples. On the second one it was possible to identify six single nucleotide variation points, and of them, the A65S (A65I) was significantly correlated with the susceptibility to FIV and/or FeLV infection. On the other hand, the haplotype analysis showed that the combination “GGGGCC” was significantly correlated with the lack of retroviral infection, maybe indicating a protective effect. Whereas a polymorphism at position 65 have been found in Indochinese Tiger and given the correlation found in this research, more studies about the effect on the activity of restriction factors encoded by the A3H gene should be performed. Similarly, research about the effects of the combination “GGGGCC” should be carried so that we can confirm a possible protective effect shown in this work.

A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.