principal objetivo do presente trabalho foi o de coletar informações básicas para a implementação de um programa de manejo da resistência de Brevipalpus phoenicis (Geijskes, 1939) a acaricidas organoestânicos em pomares de citros do Estado de São Paulo. Inicialmente, as linhas básicas de suscetibilidade aos acaricidas óxido de fenbutatin e cihexatin foram obtidas para uma população suscetível de referência de B. phoenicis através de um bioensaio de contato residual. Baseado na curva de concentração-resposta dessa população para os dois acaricidas, a concentração diagnóstica de 180 mg de [IA] / L de água destilada foi definida para ser utilizada em programas de monitoramento da suscetibilidade de populações de B. phoenicis a esses acaricidas. Posteriormente, foram realizados estudos de persistência de resíduos de óxido de fenbutatin em discos de folha de citros mantidos em diferentes condições de umidade relativa (30, 50, 70 e 90% de UR). Os resultados demonstraram que o fator umidade não apresentou efeito significativo na atividade desse acaricida para uma possível discriminação da resistência de B. phoenicis a óxido de fenbutatin. E por último, foi realizado um levantamento da suscetibilidade aos acaricidas óxido de fenbutatin e cihexatin em populações de B. phoenicis coletadas em pomares comerciais com diferentes regimes de uso de acaricidas organoestânicos nos últimos 5 anos. Todas as populações testadas apresentaram suscetibilidade a óxido de fenbutatin e cihexatin semelhante ao da população suscetível de referência, com exceção de uma população que apresentou uma porcentagem de sobrevivência a cihexatin (10,7%) significativamente maior do que a da população suscetível na concentração diagnóstica. Portanto, apesar do intenso uso de acaricidas organoestânicos para controle de B. phoenicis em citros no Estado de São Paulo, as populações desse ácaro ainda apresentam uma alta suscetibilidade a acaricidas ) óxido de fenbutatin e cihexatin. / not available

Orientador: Raghuvir Krishnaswamy Arni / Banca: Anwar Ullah / Banca: Fátima Pereira de Souza / Banca: Priscila Belintani / Banca: Patrick Jack Spencer / Resumo: A videira é a frutífera economicamente mais importante no mundo e é cultivada para que seus frutos produzam uvas de mesa, suco, e uvas passas. As bagas da videira são também a base para o alto valor agregado dos vinhos e outras bebidas alcoólicas. O Rupestris stem pitting associated virus - RSPaV foi identificado como o agente causador da doença do lenho estriado ou cascudo ("Rupestris stem pitting" - RSP), um dos componentes do complexo do lenho rugoso da videira ("Rugose wood" - RW). Esta doença é transmitida por enxertia e constitui uma das viroses de videira mais disseminadas no mundo, sendo descrita no Brasil no final dos anos 60. Devido à dificuldade de purificação das partículas virais a partir da videira infectada, a expressão em larga escala da proteína capisidial do RSPaV em bactérias é uma estratégia promissora para o entendimento de suas propriedades. A cultura do feijão também tem produtividade grandemente afetada pela ocorrência de doenças que diminuem a produção e, conseqüentemente, reduzem a sua oferta, provocando um aumento nos preços de mercado. No Brasil, foram descritas mais de dez viroses em feijoeiro, citando-se aquela causada pelo Southern bean mosaic virus (SBMV) do gênero Sobemovirus. Este vírus tem uma restrita gama de hospedeiras, confinada quase exclusivamente a espécies da família das leguminosas, sendo algumas de interesse econômico como o feijoeiro comum e a soja. As proteínas do movimento (MP), serino protease e VPg, são produzidas em baixas concentrações, impossibilitando a purificação em larga escala a partir de plantas infectadas. A expressão e purificação em larga escala das proteínas VPg, serino protease e proteína do movimento do SBMV e proteína capisidial do RSPaV, foram realizadas utlizando os vetores pET28a e pMAL. Análises das proteínas, através de espalhamento dinâmico de luz mostraram que foi possível obter soluções proteicas monomodais... / Abstract: The grapevine culture is the most economically important fruit plant in the world. The grapevine is the basic source of high valued wines and other alcoholic beverages. The Rupestris stem pitting associated virus-RSPaV was identified as the causative agent of the "rupestris stem pitting" (RSP) disease, a component ofthe the rugose wood (RW) complex, one of the major disease complexes affecting grapevines. This disease is transmitted by grafting and is one of the most widespread viruses of grapevine in the world. In brazil this disease was reported for the first time in late 1960s. As it is difficult to seperate the viral particles from the infected plant, the expression of large-scale of coat protein of RSPaV in bacteria is a promising strategy for understanding their properties. The bean crop productivity has also greatly affected by the occurrence of diseases that reduce the production and consequently reduce their supply, causing an increasein the prices. This virus has a narrow host range, confined almost exclusively to species of leguminous species, some of the species has a very high economical value such as the common bean and soybean. The movement protein (MP), serine protease and VPg, are produced in low concentrations, making impossible the large-scale purification from infected plants. In Brazil, more than ten virus were reported in beans, among them, Southern bean mosaic virus (SBMV) from the genus Sobemovirus. The large scale expression and purification of proteins VPg, serine protease and movement protein of SBMV and capisidial protein of RSPaV were performed using pMAL pET28a vectors. Analysis of the proteins by dynamic light scattering showed that was possible to obtain monomodal protein solutions. By circular dichroism was observed that the proteins were structured and the investigation of protein-ligand interactions was performed using nuclear magnetic resonance. These results contributed to increase ... / Doutor

Orientador: Renate-Krause Sakate / Banca: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Daiana Bampi / Resumo: A alface pode ser infectada por diferentes tipos de vírus. O Lettuce mosaic virus- LMV foi por muitos anos considerado um dos mais frequentes e amplamente distribuídos mundialmente, podendo ocorrer em infecções simples e/ou mistas com Lettuce mottle virus, LeMoV, um provável sequivirus. A falta de informações a respeito dos aspectos biológicos e moleculares relacionados à classificação taxonômica e à transmissão do LeMoV, motivou a testar sua transmissão com afídeos e por sementes, avançar no sequenciamento do genoma viral e avaliar a incidência do vírus em importantes áreas produtoras de alface no estado de São Paulo. Em 2014, dentre um total de 118 plantas sintomáticas analisadas, 63 (53%) foram positivas para a presença de tospovírus, 11 (9%) foram positivas para LMV e, apenas 6 amostras (5%) foram positivas para LeMoV. Em 2015, 40 plantas (80%) estavam infectadas com tospovírus, e o LMV e LeMoV não foram detectados, indicando que o LeMoV não está limitando a produção de alface, pelo menos não durante o ano de 2014 e 2015. A transmissão desse vírus por sementes não foi verificada nas 832 sementes provenientes de plantas de alface infectadas com LeMoV, o que indica que este vírus provavelmente não seja transmitido por semente. Myzus persicae e Aphis gossypii não foram capazes de transmitir o LeMoV de uma planta de alface para outra. Quase toda a sequencia completa do genoma do LeMoV foi obtida e a presença de domínios conservados verificados na região da capa proteica (CP),... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / eng / Doutor

Orientador: Renate Krause Sakate / Coorientador: Cristiane Müller / Banca: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Jorge Alberto Marques Rezende / Resumo: Doenças causadas por vírus são importantes fatores contrários a produção de soja. Entre elas, a doença da necrose da haste causada pelo Cowpea mild mottle virus (CPMMV) e transmitida pela mosca-branca Bemisia tabaci já foi observada em todas as principais regiões produtoras de soja do Brasil e a queima do broto (Tobacco streak virus - TSV) que têm ocorrência mais restrita nas regiões dos Estados do Paraná e de São Paulo. Os impactos causados por ambas doenças à sojicultura brasileira ainda são desconhecidos. Nesse contexto, o objetivo do presente trabalho foi avaliar os efeitos do CPMMV nas cultivares de soja mais utilizadas nas principais áreas produtoras da região sudeste e centro-oeste do Brasil e avaliar, por sequenciamento de nova geração (NGS) a ocorrência de vírus em uma área comercial de soja na região de Mogi Mirim. Para avaliar os efeitos do CPMMV em cultivares de soja, os experimentos foram conduzidos durante a safra 2017/2018 em quatro regiões: Botucatu e Mogi Mirim no estado de São Paulo, Pedra Preta no estado do Mato Grosso e Planaltina no Distrito Federal. O delineamento experimental foi feito em blocos casualizados, com dois tratamentos: plantas infectadas artificialmente com CPMMV e plantas sadias, e cinco repetições. As parcelas compreenderam 6 linhas (5 m), 0,45 m entre linhas e uma média de 14 plantas por metro. Seis cultivares comerciais foram utilizadas e distribuídas de acordo com a frequência que elas são utilizadas nessas regiões. Para a infecção arti... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Diseases caused by virus are important constraints to soybean production. Among then, stem necrosis caused by Cowpea mild mottle virus (CPMMV) a whitefly-Bemisia tabaci transmitted were observed in all the main soybean producer areas in Brazil and the bud blight (Tobacco streak virus - TSV) occurs strictly in regions Parana and Sao Paulo States. The impacts caused by both diseases on soybean production are still unknown. Therefore, the goal of this study was to evaluate the effects of CPMMV on the major soybean cultivars used in the main growing areas of the Southern and the Midwestern regions of Brazil, and evaluate through next generation sequencing (NGS) the presence of virus in a commercial field of soybean in Mogi Mirim County. To evaluate the effects of CPMMV in soybean cultivars, the experiments were conducted during the 2017/2018 season in four regions: Botucatu and Mogi Mirim Counties, in the state of Sao Paulo, Pedra Petra County in the state of Mato Grosso and in Planaltina County, in the Federal District. The experimental design was completely randomised, with two treatments (plants infected by sap transmission and healthy plants) with five replications. The plot was comprised of six rows (5m), 0.45 m between rows and an average of 14 plants per meter. Six commercial cultivars were used and distributed according to the frequency that they are planted in those regions. For the field inoculation, the virus was readily sap-transmitted in soybean plants 30 d after sowing using infected leaves ground in phosphate buffer 0.01 M, pH 7, using approximately two hundred soybean plants per plot. The presence of the virus was detected by RT-PCR using primers specific for CPMMV. Plant height (cm), number of pods per plant, 1.000-grain weight and grain yield were evaluated during harvest time. Although some cultivars tested presented asymptomatic infection for the virus, CPMMV reduced significantly ... / Mestre

Orientador: Renate Krause Sakate / Banca: Ricardo Gioria / Banca: Denise Nakada Nozaki / Resumo: A partir do ano de 2016, anormalidades foram observadas em campos de produção de rúcula (Eruca sativa) no interior do estado de São Paulo, região de Botucatu. As plantas acometidas apresentavam mosaico, redução drástica no crescimento e deformação foliar, sintomas típicos da infeção por vírus. Associadas as essas plantas, também foram observadas altas populações de pulgões/afídeos e de plantas daninhas, como nabiça (Raphanus raphanistrum) e nabo forrageiro (Brassica rapa) apresentando sintomas de mosaico. Inicialmente, as plantas foram submetidas ao teste de ELISA indireto usando um antissoro para potyvirus, em seguida foi realizada a extração de RNA total e RT-PCR, utilizando as amostras ELISA-positivas. A sequência correspondente à região codificadora para a proteína capsidial foi obtida e o vírus foi identificado como Turnip mosaic virus (TuMV). Posteriormente outros campos de produção de folhosas foram visitados no Estado de São Paulo (região de Bragança Paulista e Mogi-Mirim) e o TuMV foi novamente identificado em rúcula, porém também em alface (Lactuca sativa) e acelga (Beta vulgaris subsp. vulgaris). Analises biológicas e moleculares agruparam ambos os isolados de TuMV no grupo Brassica-Raphanus (BR), que inclui isolados infectando espécies de Brassica e Raphanus. É apresentado aqui o primeiro relato de TuMV naturalmente infectando rúcula, alface e acelga no Brasil. De acordo com a análise filogenética, pelo menos duas introduções diferentes de isolados de TuMV ocorrer... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Abnormalities have been observed in rocket (Eruca sativa) fields in Botucatu, Sao Paulo state, Brazil since 2016. Symptoms of mosaic, reduction in foliar growth and deformation, typical symptoms of virus infection were observed in rocket plants. Associated to these plants we also found high populations of aphids, as well as raphanus weeds (Raphanus raphanistrum) and forage turnip (Brassica rapa) with mosaic symptoms. Initially, the plants were submitted to indirect ELISA using a potyvirus antiserum, and then total RNA extraction and RT-PCR were performed using the ELISA-positive samples. The complete coat protein sequence was obtained and the virus was identified as Turnip mosaic virus (TuMV). Later, other fields were visited in Sao Paulo state (cities of Bragança Paulista and Mogi-Mirim) and TuMV was again identified not only in rocket, but also in lettuce (Lactuca sativa) and chard (Beta vulgaris subsp. vulgaris). Biological and molecular analysis grouped both TuMV isolates in the Brassica-Raphanus (BR) clade, which includes isolates infecting Brassica and Raphanus species. Here is the first report of rocket, lettuce and chard naturally infected with TuMV in Brazil. According to the phylogenetic analysis, at least two different introductions of TuMV isolates occurred in Brazil, corresponding to the basal-BR and world-B types, infecting Brassica/Raphanus and Brassica, respectively ... / Mestre

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-09-13T16:56:22Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2092738 bytes, checksum: 991c21e0ecefbc7be1990a39f757c9bb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T16:56:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2092738 bytes, checksum: 991c21e0ecefbc7be1990a39f757c9bb (MD5) Previous issue date: 2016-11-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Translationally controlled tumor protein (TCTP) é uma proteína amplamente distribuída em eucariotos. Ela está envolvida na regulação de processos básicos como progressão do ciclo celular, crescimento celular, proteção contra estresses e apoptose. Durante a infecção de tomateiro (Solanum lycopersicum) e Nicotiana benthamiana pelo potyvírus Pepper yellow mosaic virus ocorre aumento dos níveis de seu mRNA. Plantas silenciadas para TCTP acumulam menos vírus do que plantas selvagens, mostrando que esta proteína é importante para a infecção por potyvírus. Neste trabalho, o envolvimento da TCTP na infecção por potyvírus foi analisado detalhadamente utilizando-se o potyvírus Turnip mosaic virus (TuMV). Em plantas de N. benthamiana silenciadas para TCTP também ocorre uma diminuição no acúmulo do TuMV quando comparado com plantas não silenciadas. Além disso, plantas superexpressando TCTP de maneira transiente acumularam mais vírus do que plantas controle, confirmando o efeito positivo desta proteína na infecção por diferentes espécies de potyvírus. Para analisar a localização subcelular de TCTP no contexto da infecção, TCTP fusionada a GFP foi co-expressa com TuMV/6K2:mCherry. TCTP co-localiza-se com as vesículas replicativas e com estrutura a globular perinuclear tipicamente observada em células infectadas. O fracionamento de proteínas celulares demonstrou que TCTP está predominantemente na fração solúvel e uma pequena porção se associa com membranas, tanto em plantas sadias quanto em plantas infectadas. A co- localização com vesículas marcadas por 6K2 e a presença de TCTP em frações membranosas da célula sugerem um possível envolvimento desta proteína na replicação viral. Para verificar esta hipótese, protoplastos obtidos a partir de plantas silenciadas para TCTP foram infectados com TuMV e com o mutante TuMV VNN , o qual não é capaz de replicar-se. Os resultados demonstraram que o acúmulo de TuMV é reduzido em protoplastos silenciados, indicando que TCTP é necessária para a replicação. O acúmulo da proteína TCTP durante a infecção também foi avaliado. A infecção viral induz o aumento dos níveis de mRNA mas não de proteína, sugerindo que o mRNA que codifica TCTP atue na replicação. Desta forma, foi analisado se expressão de um RNA não traduzível de TCTP possui efeito sobre a infecção viral. Os resultados mostraram que apenas a expressão de um RNA traduzível é capaz de aumentar a infecção viral, indicando que a proteína TCTP, ou que a tradução se seu mRNA, é importante para a replicação viral. / The translationally controlled tumor protein (TCTP) is widely distributed among eukaryotes. It is involved in the regulation of basic processes such as cell cycle progression, cell growth, stress protection and apoptosis. During tomato (Solanum lycopersicum) and Nicotiana benthamiana infection by the potyvirus Pepper yellow mosaic virus, an increase of TCTP mRNA levels was observed. Plants silenced for TCTP accumulate fewer viruses than control plants, showing the importance of that gene for potyvirus infection. In this work, TCTP involvement in potyvirus infection was analyzed in details using the potyvirus Turnip mosaic virus (TuMV). N. benthamiana plants silenced for TCTP accumulated fewer viruses than non-silenced plants. In addition, plants overexpressing TCTP transiently accumulated more viruses than control plants, confirming that TCTP has a positive effect on infection by different potyviruses. To study TCTP subcellular localization in potyvirus infected plants, TCTP fused to GFP was co- expressed with TuMV/6K2:mCherry. Confocal analysis has shown that TCTP co- localizes with 6K2-tagged structures such as replicative vesicles and the perinuclear globular structure that is typically observed in potyvirus-infected cells. Cellular fractioning demonstrated that TCTP is mainly present in the soluble fraction but is also associated with membranes. The co-localization of TCTP with 6K2-tagged vesicles and its presence in cellular membranous fractions suggests a possible involvement of TCTP in virus replication. To test this hypothesis, protoplasts obtained from TCTP silenced plants were infected with TuMV and its mutant TuMV VNN , which is defective for replication. The results showed that TuMV accumulation is reduced in silenced protoplasts, indicating that TCTP is necessary for replication. TCTP accumulation during infection was also analyzed. Viral infection induces TCTP mRNA expression, but not protein accumulation, suggesting that the TCTP mRNA and not the protein has a role in viral infection. To check this, we expressed a non-translatable form of TCTP RNA in plants and analyzed its effect in virus accumulation. The results showed that only the expression of a translatable RNA resulting in protein production is able to increase virus infection, indicating that the protein and/or the translation of TCTP is important for potyvirus replication.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-23T12:31:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3843250 bytes, checksum: 7071f5f3215fa13a160769f4410bbbb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T12:31:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3843250 bytes, checksum: 7071f5f3215fa13a160769f4410bbbb2 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / O gênero Begomovirus (família Geminiviridae) é constituído por vírus que apresentam um ou dois componentes genômicos de DNA circular de fita simples (ssDNA), infectam plantas dicotiledôneas e são transmitidos naturalmente pela mosca-branca Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae). Os begomovírus constituem um importante grupo de patógenos de plantas responsáveis por perdas severas em diversas culturas de importância econômica, principalmente em regiões tropicais e subtropicais. Com base em relacionamento filogenético e organização do genoma, os begomovírus podem ser divididos em dois grupos: Velho Mundo (VM) e Novo Mundo (NM). Os begomovírus do NM possuem em sua maioria dois componentes genômicos, denominados DNA-A e DNA-B. Recentemente, a associação de alguns begomovírus do NM com DNAs satélites foi demonstrada. Begomovírus evoluem a taxas comparáveis às de vírus que possuem genoma de RNA. Embora se saiba que a mutação e a recombinação são os principais mecanismos geradores de variabilidade para esses vírus, ainda falta uma maior compreensão das forças evolucionárias que atuam sob as populações virais. Os objetivos deste estudo foram: (i) obter mais informações sobre os mecanismos evolucionários que influenciam a variabilidade genética dos begomovírus no NM; (ii) avaliar, por meio de filogenia, o efeito de recombinação na evolução dos begomovírus do NM; (iii) mensurar, por meio de análise filogeográfica, o efeito da migração na evolução dos begomovírus do NM. Sequências-referência de todos os DNA-A e DNA-B de begomovírus do NM foram obtidas do GenBank para montagem dos conjuntos de dados. Análises de recombinação evidenciaram um relacionamento entre begomovírus e alfassatélites do NM, sugerindo que a recombinação é um importante mecanismo evolucionário afetando a evolução do DNA-A, e em particular do gene Rep (presente em ambos os agentes). A retirada de blocos recombinantes mostrou-se desnecessária para a construção de filogenias, uma vez que não alterou o sinal filogenético. Foi encontrado um forte agrupamento entre as espécies baseado nos seus locais de origem, sugerindo que a introdução/migração de genomas oriundos de diferentes áreas contribui grandemente para o aumento dos eventos de recombinação e pseudo-recombinação, o que aumentaria a probabilidade do viisurgimento de novas variantes virais mais bem adaptadas que seus parentais. Resultados da filogeografia também indicam que DNA-A e DNA-B possuem histórias evolutivas distintas, já que as análises sugerem ancestrais diferentes. Em conjunto, os resultados indicam um importante papel da recombinação na diversificação dos begomovírus do NM. / The genus Begomovirus (family Geminiviridae) includes viruses with mono- and bipartite genomes of circular, single-stranded DNA (ssDNA), which infect dicot plants and are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci. Begomoviruses constitute an important group of plant pathogens responsible for severe losses in several crops of economic importance, mainly in tropical and subtropical regions. Based on phylogenetic relationships and genomic organization, begomoviruses can be divided into New World (NW) and Old World (OW) groups. NW begomoviruses have mostly bipartite genomes, with the two components named DNA-A and DNA-B. Recently, the association of a small number of NW begomoviruses with alphasatellites was demonstrated. Begomoviruses evolve at high rates, compared to viruses with RNA genomes. Although it is well established that mutation and recombination are the main sources of genetic variability for these viruses, a better understanding of the evolutionary forces that act upon begomovirus populations is still lacking. The objectives of this study were: (i) to obtain more detailed information on the evolutionary mechanisms that influence the genetic variability of NW begomoviruses; (ii) to assess, phylogenetically, the effect of recombination on the evolution of NW begomoviruses; (iii) to measure, by phylogeographic analysis, the effect of migration on the diversification of NW begomoviruses. Datasets including all DNA-A and DNA-B reference sequences of NW begomoviruses were obtained from GenBank. Recombination analysis revealed a relationship between NW begomoviruses and alphasatellites, suggesting that recombination is an important evolutionary mechanism affecting DNA-A evolution, particularly of the Rep gene ( present in both agents). Removal of recombinant blocks from the datasets was shown to be unnecessary, as it did not affect the phylogenetic signal when reconstructing phylogenies. Clusters among species were observed based on their locals of origin, suggesting that the introduction/migration of genomes from different areas greatly contributes to recombination and reassortment, which would increase the probability of the emergence of new variants better adapted than their parental viruses. Phylogeography results suggest that the DNA-A and DNA-B have distinct evolutionary histories, since they have ixdifferent common ancestors. Together, the results indicate an important role of recombination in the diversification of NW begomoviruses.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-05-05T21:06:02Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) / Rejected by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br), reason: Boa noite, Por favor, adicione o campo título alternativo. Atenciosamente. on 2017-05-26T22:12:38Z (GMT) / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-05-29T15:45:46Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-12T20:04:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T20:04:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) Previous issue date: 2017-06-12 / O feijoeiro, Phaseolus vulgaris L., (família Fabaceae) é amplamente cultivado e compõe a dieta dos povos nas Américas Central e do Sul e África. No Brasil, grande produtor (3,2 milhões de toneladas), o tipo preferido varia de acordo com a região do país, mas predomina o grupo varietal ‘Carioca’. A produção é fortemente afetada por viroses e o Bean golden mosaic virus – BGMV (gênero Begomovirus e família Geminiviridae) é o vírus mais comumente relatado causando grandes perdas. Um conjunto de amostras de feijoeiro foi coletado no Estado de Goiás e os ácidos nucleicos purificados foram sequenciados pela plataforma Illumina MiSeq. Foram encontrados contigs referentes a vírus classificados em quatro gêneros, incluindo um cytorhabdovírus, (família Rhabdoviridae) que apresenta partículas envelopadas, genoma de ssRNA (-) e hospedeiros vegetais, normalmente transmitidos por afídeos e cigarrinhas. Este vírus foi provisoriamente denominado Bean associated cytorhabdovirus (BaC). Neste estudo, foi confirmada a infecção por BaC nas amostras originais e em 69,3% dos feijoeiros coletados em Brasília-DF, Cristalina-GO e Luziânia-GO, em infecção mista com vírus transmitidos por mosca branca (Bemisia tabaci), o BGMV e o Cowpea mild mottle virus (gênero Carlavirus e família Betaflexiviridae). Amostras de feijoeiro provenientes de Luziânia-GO foram utilizadas para caracterização molecular de um isolado denominado BaC_Luz, bem como fonte de inóculo para os ensaios biológicos. As extremidades 3’ e 5’do BaC foram identificadas por RACE (Rapid Amplification cDNAs Ends). O genoma completo do BaC_Luz foi recuperado por amplificação da sequência em seis fragmentos e possui 13.449 nt. Foram identificados os cinco genes essenciais comuns aos vírus da família Rhabdoviridae, (N: nucleoproteína, P: fosfoproteína, M: proteína matriz, G: glicoproteína e L: polimerase) flanqueados por duas regiões não transcritas a leader (l) e a trailer (t), além de um gene situado entre P e M (3) que codifica uma provável proteína de movimento. Análises filogenéticas conduzidas com a sequência de aminoácidos da nucleoproteína mostraram que o BaC se agrupou em um clado junto com os membros do gênero Cytorhabdovirus e comparações par a par apresentaram maior identidade com os vírus que infectam monocotiledôneas e são transmitidos por cigarrinhas, o Northern cereal mosaic virus e Barley yellow striate mosaic virus, porém em um ramo diferente do clado. A transmissão do BaC_Luz foi, primeiramente, realizada mecanicamente ao feijoeiro ‘Jalo’ e resultou em 25% de plantas positivas. O BaC_Luz foi utilizado como fonte de inóculo em ensaio de transmissão por adultos de mosca branca provenientes do mesmo campo a feijoeiros ‘Jalo’, ‘Pérola’ e ‘BRS FC 401 RMD’ por um período de acesso de inoculação (PAI) de 14 dias resultando em 100% de eficiência. Em condições controladas, o mesmo isolado, após período de acesso de aquisição (PAA) de 7 dias do vírus por adultos avirulíferos e posterior PAI de 7 dias, resultou em 25, 50 e 75% de transmissão a soja (Glycine max) ‘BR16’, caupi (Vigna unguiculata) e feijoeiro ‘BRS FC 401 RMD’, respectivamente. Este estudo apresenta dados inéditos, pois relata a identificação do primeiro rhabdovírus infectando feijoeiro e também, pela primeira vez apresenta evidências que um membro da família Rhabdoviridae pode ser transmitido por Bemisia tabaci. / The common bean (Phaseolus vulgaris L.) (Fabaceae family) is widely cultivated and is an important food in the the diet in different countries in Central and South America and Africa. In Brazil, a large producer (3.2 million tons), the Carioca type of bean is preferred. The bean yield may be affected by the incidence of viruses and Bean golden mosaic virus - BGMV (genus Begomovirus and family Geminiviridae) is the most commonly reported as responsible for large losses in bean production. Samples of common beans were collected in State of Goiás, sequenced by the Illumina MiSeq platform and contigs of viruses belonging to four genera were identified, including a cytorhabdovirus, (Rhabdoviridae family). Cytorhabdoviruses have enveloped particles, ssRNA (-) genome, infect plant hosts and are usually transmitted by aphids and leafhoppers. The new cytorhabdovirus was denominated Bean associated cytorhabdovirus (BaC). In this work, the infection by BaC was confirmed in the original samples and in 69,3% of samples from Brasília, Cristalina and Luziânia in mixed infections with other whitefly transmitted viruses, BGMV and Cowpea mild mottle virus (genus Carlavirus and family Betaflexiviridae). Samples from Luziânia (isolate BaC_Luz) were used for molecular characterization and as inoculum source in biological assays The 3' and 5' ends of BaC were identified by RACE (Rapid Amplification cDNAs Ends). The complete BaC_Luz genome and was recovered by PCR amplification of six fragments and is 13.449 nt long. The genome presents the five essential genes common to rhabdoviruses, (N: nucleoprotein, P: phosphoprotein, M: matrix protein, G: glycoprotein and L: polymerase) flanked by two non-transcribed leader (1) and trailer (T) regions, in addition to a gene located between P and M (3) encoding a likely moviment protein. Phylogenetic analyzes conducted with the amino acid sequence of the nucleoprotein showed that BaC clustered together with members of the genus Cytorhabdovirus, and pariwise comparisons showed greater identity with Northern cereal mosaic virus and Barley yellow striate mosaic virus that infect monocotyledons and are transmitted by leafhoppers, but are clustered in different branch of the clade. BaC is mechanically transmitted to bean 'Jalo' at a rate of 25% and by whitefly. BaC_Luz was used as an inoculum source in a whitefly transmission test from field infected plant to 'Jalo', 'Pérola' and 'BRS FC 401 RMD' beans with an inoculation access period (IAP) of 14 days resulting in 100% of transmission efficiency. Under controlled conditions, after a seven-day acquisition access period (AAP) in infected plants by aviruliferous adults and subsequent seven-day IAP, resulted in 25, 50 and 75% transmission to soybean (Glycine max) 'BR16 ', cowpea (Vigna unguiculata) and common bean' BRS FC 401 RMD ', respectively. This study presents novel data reporting the identification of the first rhabdovirus infecting beans also for the first time a virus member of the family Rhabdoviridae being transmitted by Bemisia tabaci.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2016-04-27T13:05:16Z No. of bitstreams: 1 2016_MarianaSennaQuirino.pdf: 4546958 bytes, checksum: 7d7bc37fcf79d63d378011f3efea44d6 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-04-27T14:34:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_MarianaSennaQuirino.pdf: 4546958 bytes, checksum: 7d7bc37fcf79d63d378011f3efea44d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-27T14:34:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_MarianaSennaQuirino.pdf: 4546958 bytes, checksum: 7d7bc37fcf79d63d378011f3efea44d6 (MD5) / No capítulo I avaliamos a presença e análise filogenética de vírus de melancia no estado do Tocantins. Folhas com sintomas de infecção viral foram coletadas em 2013 eparticulas virais foram parcialmente purificadas e o RNA total dessas partículas foi purificado e sequenciado usando a plataforma Ilumina HiSeq 2000. As sequências obtidas foram analisadas com o programa CLC Genomics Workbench, e fases abertas de leitura (ORFs) foram procuradas usando o programa Blast x. Os 4.912 contigs que obtiveram hits com vírus de plantas foram analisados e comparados com o auxílio do programa Geneious. A presença dos vírus foi confirmada por diferentes métodos. Foram identificados genomas completos de vírus pertencentes às famílias Potyviridae,BunyaviridaeePartitiviridae. No capítulo II foi realizado estudo biotecnológico na tentativa de construção de um vetor de expressão de proteínas heterólogas com o genoma do baculovírusAnticarsiagemmatalismultilenucleopolyhedrovirus(AgMNPV), baseado no sistema de transposição sítio-específica comercialmente disponível para o baculovírus Autographacalifornicamultiplenucleopolyhedrovirus(AcMNPV). Foram utilizadas três metodologias: i) Recombinação homóloga em células de inseto; ii) Recombinação homóloga em células de E. coli (cepa BJ5183); iii) Digestão e ligação em sítio único Bsu36I e FseI no DNA genômico de AgMNPV. Foi construído um vetor de transferência p2100-KLM, para recombinação homóloga e/ou ligação em sítio único do baculovírus, porém, as tentativas para construção do vetor de expressão não foram efetivas. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In chapter I we analized the presence and phylogeny of viruses found in watermelon in Tocatinsstate. Watermelon leaves with viral symptoms were collected in 2013, and viral particles were partialy purified and total RNA was extracted and sequenced using the Illumina HiSeq 2000 platform. The sequences obtained were analyzed using the CLC Genomics Workbench program, and used for ORF search with theBlastx program. The 4.912 contigs who got hits with plant viruses were analyzed and compared with the help of Geneious program. The presence of viruses in leaves with viral symptoms was confirmed using different methods. Possible complete viral genomes were identified and were related to viruses belonging to the families Potyviridae,Bunyaviridae, Partitiviridae. In chapter II we tried to construct a vector for expression of heterologous proteins using the baculovirusAnticarsiagemmatalismultiple nucleopolyhedrovirus(AgMNPV). This vector was based on site specific transposition system commercially available for the baculovirusAutographacalifornica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV). Three methodologies were used: i) Homologous recombination in insect cells; ii) Homologous recombination in E. coli cells (strain BJ5183); iii) Direct ligation in Bsu36I and FseI unique restriction sites in the genomic DNA of AgMNPV. One transfer vector (p2100-KLM) was constructed for homologous recombination and / or ligation in the baculovirus single site. However, all the different strategies were not effective.

Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Giuseppina Pace Pereira Lima / Coorientador: Julio Massaharu Marubayashi / Banca: Alexandre Moura Guimarães / Banca: João Domingos Rodrigues / Resumo: A cultura do tomateiro apresenta grande importância econômica para o Brasil e está sujeita a várias doenças que, dependendo do nível de resistência genética do cultivar usado, podem limitar sua produção. Os Tospovirus são considerados agentes causais de uma das doenças mais importantes da cultura do tomateiro, o vira-cabeça, acarretando enormes prejuízos econômicos. Diante disso, o objetivo do trabalho foi avaliar o efeito de indutores de resistência na incidência de vira cabeça e na produção do tomateiro. Os experimentos foram executados na Fazenda Experimental da UNESP, Campus Botucatu, em área de histórico de ocorrência da doença. Foram utilizadas 3200 plantas de tomateiro cv. Saladinha Plus. As bandejas foram divididas em 2 grupos, onde a metade recebeu um pré tratamento pela aplicação de Piraclostrobina+Metiram (3 g/L H2O) + Boscalida (0,3 g/L H2O) na bandeja e a outra metade sem nenhum produto aplicado. Após o transplantio, foram aplicados os tratamentos, através da pulverização de Piraclostrobina+Metiram 200g p. c./100L, Piraclostrobina+Metiram 400g p. c./100L, Bacillus subtilis 400mL p. c./100L e o procedimento convencional no qual foi aplicado o produto a base de Metamidófos. As pulverizações foram realizadas em todos os tratamentos aos 20, 35, 50 e 65 dias após o transplantio (DAT). Durante a condução do experimento foi realizada a avaliação da incidência da doença aos 30, 45 e 60 DAT, contando o número de plantas doentes. Com os resultados obtidos nas avaliações foi calculada a área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD). Para as análises bioquímicas (atividade de peroxidase, polifenoloxidase, teor de proteínas totais solúveis e poliaminas), o material vegetal foi coletado aos 30, 40, 45, 55, 60, 70 e 75 DAT. A colheita dos frutos foi realizada aos 80 DAT, sendo selecionadas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The tomato crop has great economic importance in Brazil and is subject of several diseases, and depending on the level of genetic resistance of the cultivar used, it can limit its production. The Tospovirus are considered causal agents of one of the most important diseases of tomato crops, resulting in enormous economic damage. The objective of this work was to evaluate the effect of resistance induction in the tomato crop, as well as the incidence of tospovirus. The experiment was carried out in the Experimental Farm of UNESP Botucatu, in an area of historical occurrence of the disease. Were used 3200 tomato plants cv. Saladinha Plus. Trays were divided into 2 groups, where half received a pretreatment Pyraclostrobin+ metiram (3 g / L H2O) + Boscalida (0, 3 g / L H2O) in the tray and the other half didn't receive any product. After transplanting, treatments were applied by spraying Pyraclostrobin + metiram 200g p. c./100L, Pyraclostrobin + metiram 400g p. c./100L, Bacillus subtilis 400mL p. c./100L by conventional procedure in which the product methamidophos was applied. The spraying was carried in all treatments at 20, 35, 50 and 65 days after transplanting (DAT). During the experiment, an evaluation of the disease incidence was performed at 30, 45 and 60 DAT, counting the number of diseased plants. With the results obtained in the evaluations, was calculated the area under the disease progress curve (AUDPC). To biochemical analysis (peroxidase, polyphenoloxidase, total soluble protein and polyamines), the plant material was collected at 30, 40, 45, 55, 60, 70 and 75 DAT. The fruit harvest was performed at 80 DAT, 20 plants were selected of each treatment, and the analyses of total production were carried out, including average fruit weight, fruit number per treatment, percentage of the number of green... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre