Evalúa la efectividad del tratamiento antirretroviral en la transmisión vertical en embarazadas que asistieron al hospital Martin Icaza en el año 2014. Es una investigación de enfoque cuantitativo, tipo observacional, de corte transversal, retro-prospectivo. Revisa las historias clínicas de 40 gestantes con diagnóstico confirmativo de VIH con carga viral, recuento de CD4. La seguridad del tratamiento se valoró mediante las pruebas bioquímicas del perfil hepático y sanguíneo, la eficacia mediante las pruebas de determinación de carga viral para evidenciar la transmisión vertical. Determina la adherencia mediante una entrevista y el llenado de un cuestionario. Utiliza estadísticas descriptivas para el análisis de datos demográficos y las pruebas no paramétrica de Rho Sperman, Kolmogorov-Smirnov para determinar efectividad, seguridad y adherencia, trabaja con un intervalo de confianza del 95%. Encuentra que el 72% reporta valores de carga viral menor a 20 copias. El 63% de las gestantes presenta valores de CD4 mayor a 500. Todas recibieron TARGA en los 2 esquemas; TENOFOVIR + ENTRACITAVINA + EFAVIRENZ en el 82.5%; mientras que con el esquema de inhibidores de proteasas fueron el 17.5%, durante el parto sólo una gestante no tuvo profilaxis con AZT. En la eficacia del TARGA no hubo transmisión vertical postparto. Los niños y niñas son normales física y clínicamente. La adherencia al TARGA categoriza a las gestantes en cumplidoras al 95% con una actitud positiva al medicamento. Concluye que la efectividad y seguridad del TARGA en la reducción del riesgo de transmisión vertical de las gestantes al producto es del 100%, con una adherencia y cumplimiento del tratamiento del 95%, con una actitud positiva de beneficio para la madre y el bebe. / Tesis

L’autophagie est un mécanisme de l’immunité innée contre le VIH-1 déclenché très rapidement dans les cellules T CD4 par les protéines d’enveloppe du virus (Env). Dans les cellules T CD4 appelées « bystander », c’est-à-dire où l’infection est abortive, l’autophagie entraine l’apoptose. Dans les cellules T CD4 infectées de façon productive, l’autophagie est inhibée, empêchant ainsi à la fois la dégradation du virus et/ou des protéines virales et l’apoptose médiée par Env. Le but de cette étude de doctorat est de comprendre comment l’autophagie est bloquée dans les cellules T CD4 infectées par le VIH-1. Durant la première année de ma thèse, j’ai contribué au travail montrant que Vif nouvellement synthétisé bloque l’autophagie dans les lymphocytes T CD4 infectés. Les données ont été publiées en Janvier 2015 dans AIDS sous le titre «HIV-1 viral infectivity factor interacts with microtubule-associated protein light chain 3 and inhibits autophagy». Ensuite, j’ai montré que Vpr contribue aussi à l’inhibition de l’autophagie. En effet, Vpr ectopique diminue grandement le nombre des autophagosomes présents dans les cellules T CD4 quand l’autophagie est induite par un inhibiteur de mTOR. De même, Vpr incorporé dans les virions diminue le nombre des autophagosomes présents dans les cellules T CD4 très rapidement après leur infection productive (4h et 8h). Dans le but de définir le mécanisme par lequel la protéine Vpr entraine ce blocage, j’ai fait des expériences de GST pull-down et j’ai identifié que Vpr interagit avec BNIP3, une protéine pro-autophagique. De plus, le niveau d’expression de BNIP3 est augmenté dans les cellules T CD4 après le contact avec Env, suggérant que BNIP3 pourrait être impliqué dans l’induction de l’autophagie médiée par l’Env. Vpr co-localise avec BNIP3 et Vpr incorporé dans les virions induit une diminution drastique du niveau d’expression de BNIP3 après 8 heures d’infection. En conclusion, j’ai montré qu’au moins deux protéines du VIH-1 sont séquentiellement impliquées dans l’inhibition de l’autophagie dans les cellules T CD4 infectées par le VIH-1, Vpr qui contrôle l’autophagie durant la phase précoce de l’infection, et Vif néo-synthétisé qui inhibe l’autophagie après la transcription du génome viral. La compréhension complète des mécanismes par lesquels le VIH-1 inhibe l’autophagie devrait à terme permettre l’élaboration de nouvelles stratégies thérapeutiques pour lutter contre ce virus. / Autophagy is a potent anti-HIV-1 mechanism. It is triggered in CD4 T cells by the viral envelope (Env) upon HIV-1 entry. In bystander CD4 T cells, autophagy leads to apoptosis. In productively infected CD4 T cells, autophagy is inhibited, preventing thus HIV-1 virophagy and Env-mediated apoptosis. The aim of my PhD study was to understand how autophagy is blocked in the HIV-1-infected CD4 T cells. During the first year of my thesis, I contributed to the work demonstrating that Vif neosynthesized blocks autophagy in the infected CD4 T lymphocytes. The data were published in January 2015 in AIDS under the title “HIV-1 viral infectivity factor interacts with microtubule-associated protein light chain 3 and inhibits autophagy”. Then, I demonstrated that Vpr contributes also to the inhibition of autophagy. Indeed, both ectopic expression of Vpr and Vpr incorporated into the virions decrease the number of autophagosomes in CD4 T cells when autophagy is induced by an inhibitor of mTOR and Env, respectively. To define the mechanism by which HIV-1 Vpr inhibits autophagy, I performed GST pull-down experiments and identified that Vpr interacts with BNIP3, a pro-autophagic protein. Importantly, BNIP3 expression level is increased in CD4 T cells upon Env contact, suggesting that BNIP3 could be responsible for the Env-mediated induction of autophagy. Furthermore, Vpr co-localizes with BNIP3 and viral incorporated Vpr decreases BNIP3 levels after 8 hours of infection. In conclusion, I demonstrated that at least two HIV-1 proteins are sequentially involved in the inhibition of autophagy in HIV-1-infected CD4 T cells, Vpr that controls autophagy during the early phase of infection, and then neo-synthesized Vif that inhibits autophagy after HIV-1 genome transcription. The complete understanding of the mechanisms by which HIV-1 inhibits autophagy should lead to the rising of new molecular strategies to fight against this virus.

Contexte: Les travailleuses du sexe (TS) sont un groupe à risque de l’infection à VIH, jouant un rôle majeur dans la dynamique de l’épidémie en Afrique de l’Ouest. Les interventions de prévention et de prise en charge du VIH ciblant ces femmes sont donc indispensables, mais leur contenu reste à définir. Nous avons conçu un paquet d’intervention qui combinait la prévention et les soins, et estimé son impact sur l’incidence du VIH. Méthodes: Entre septembre 2009 et septembre 2010, nous avons réalisé une étude transversale à Ouagadougou (Burkina Faso) suivie d’une étude de cohorte interventionnelle chez des jeunes TS âgées de 18 à 25 ans, avec un suivi trimestriel pendant 21 mois maximum. Le paquet d’intervention de la cohorte combinait des activités de prévention effectuées par des pairs (sessions de communication pour un changement de comportement) et de soins (IST, VIH, soins généraux, santé sexuelle et reproductive, soutien psychologique).A chaque visite, les comportements sexuels étaient collectés par un questionnaire ; des tests VIH, HSV-2 et de grossesses étaient réalisés. L’incidence de l’infection à VIH observée dans la cohorte a été comparée à l’incidence attendue en absence d’intervention. Cette dernière a été estimée grâce à un modèle mathématique de Bernouilli utilisant les données collectées chez les clients des TS, et des estimations de paramètres clés issus de la littérature.Durant le suivi, nous avons défini un comportement à risque comme le premier épisode d’un évènement biologique résultant d’un rapport sexuel non-protégé : grossesse non-désirée, primo-infection HSV-2 ou à T. vaginalis. Nous avons utilisé un modèle logistique à effet aléatoire pour identifier les déterminants de ces comportements à risque durant le suivi.Résultats: Parmi les 609 travailleuses du sexe pré-sélectionnées dont 188 (30,9%) professionnelles, la prévalence du VIH était de 10,3% chez les professionnelles et 6,5% chez les non-professionnelles l’âge médian était de 21 ans. Au total, 41,2% des professionnelles et 47,5% des non-professionnelles rapportaient une utilisation non systématique du préservatif, principalement avec leurs partenaires réguliers.Dans cette étude transversale, l’infection à VIH était associée à l’âge (aOR=1,44; IC95%: 1,22-1,71), la vie en couple (AOR=2,70; IC95%: 1,21-6,04), et l’infection à T. vaginalis (aOR=9,63; IC95%: 2,93-31,59), tandis que la réalisation antérieure d’un test VIH réduisait nettement ce risque (AOR=0,18; IC95%: 0,08-0,40). Les 321 TS non-infectées par le VIH incluses dans la cohorte ont effectué un suivi total de 409 personne-années (p-a). Aucune participante n’a fait une séroconversion au VIH durant le suivi (0/409 p-a) alors que l’incidence attendue modélisée était de 5,05/409 p-a (IC95%, 5,01-5,08) soit 1,23 infection/100 p-a (p=0,005). Cette incidence nulle était associée à une réduction du nombre de partenaires réguliers et de clients réguliers ainsi qu’à une augmentation du taux d’utilisation constante du préservatif avec les nouveaux clients (aOR =2,19; IC95%, 1,16-4,14) et avec les clients réguliers (aOR=2,18; IC95%, 1,26-3,76). Cependant, les comportements à risque restaient élevés durant l’intervention : 26,7/100 p-a (IC95%, 24,1-33,7). Ce risque résiduel était plus élevé chez les TS vivant en couple (aOR =7,47, IC95%, 1,70-30,80) et chez les non-professionnelles (AOR =5,53, IC95%, 1,75-16,84). Ces dernières avaient le plus tendance à ne pas déclarer les comportements à risque lors des interviews. Conclusions: Notre étude a démontré la nécessité de cibler les jeunes TS par des interventions adaptées.Notre paquet d’intervention combinant la prévention du VIH et les soins a permis de réduire l’incidence du VIH chez les jeunes travailleuses du sexe au Burkina Faso. Les interventions devront se focaliser sur le dépistage du VIH, les TS non-professionnelles et les partenaires réguliers. / Background: In West Africa, interventions targeting female sex workers (FSW) are crucial to impact on the HIV dynamics. However, the contents and efficacy of these interventions are unclear, and identifying the most at risk FSW in order to adapt these interventions remain challenging, partly because of the limitations of self-reported sexual behaviours. We therefore designed a comprehensive dedicated intervention targeting young female sex workers, and assessed its impact on HIV incidence in Burkina Faso and the reliability of interview data. Methods: From September 2009 to September 2010 we conducted a cross sectional study in Ouagadougou, Burkina Faso. Then HIV-uninfected FSW aged 18-25 years were enrolled in a prospective interventional cohort. The participants were followed quarterly for a maximum of 21 months. The intervention group received a package which combined prevention and care within the same setting, and consisting of peer-led education sessions, psychological support, sexually transmitted infections and HIV care, general routine health care, and reproductive health services. At each visit, behavioural characteristics were collected and HIV, HSV-2 and pregnancy were tested. High-risk behaviour was defined as the first occurrence of any biological event resulting from unsafe sex, including unexpected pregnancy or HSV-2 or T. vaginalis infection. We used random logistic models to assess the relationship between socio-demographic characteristics and the residual high risk behaviours during the intervention.We compared the cohort HIV incidence with a Bernoulli modelled expected incidence in the absence of intervention, using data collected at the same time from FSW clients and key parameters from the litterature. Results: We screened 609 FSW including 188 (30.9%) professionals. Their median age was 21 years [IQR, 19-23], and the prevalence of HIV was 10.3% among professionals and 6.5% among non-professionals. Overall, 277 (45.6%) women reported high-risk behaviours (41.2% among professionals and 47.5% among non-professionals), which were driven mainly by non-consistent condom use with regular partners. In multivariable analysis, before the intervention, HIV infection was associated with older age (AOR=1.44; 95%CI: 1.22-1.71), with being married/cohabiting (AOR=2.70; 95%CI: 1.21-6.04), and with T. vaginalis infection (AOR=9.63; 95%CI: 2.93-31.59), while previous HIV testing was associated with a decreased risk (AOR=0.18; 95%CI: 0.08-0.40).The 321 HIV-uninfected FSW enrolled in the cohort completed 409 person-years of follow-up. No participant seroconverted for HIV during the study while the expected modelled number of HIV infections were 5.05 (95%CI, 5.01-5.08) during the same follow-up (409 person-years) or 1.23 infection per 100 person-years (p=0.005). This null incidence was related to a reduction in the number of regular partners and regular clients, and to an increase in consistent condom use with casual clients (AOR =2.19; 95%CI, 1.16-4.14, p=0.01) and with regular clients (AOR=2.18; 95%CI, 1.26-3.76, p=0.005). However, the incidence of residual risk was high, at 26.7/100 person-years (95% CI, 24.1-33.7). The residual risk was higher among FSW living in couple (adjusted odd ratio [AOR] =7.47, 95% CI, 1.70-30.80) and among those for whom sex work was not the main source of income (AOR =5.53, 95% CI, 1.75-16.84). The latter also tended not to report high-risk behaviours during face –to–face interview. Conclusions: This study highlights the need for targeted interventions among young FSW focusing particularly on non-professionals, sexual behaviours with regular partners and regular HIV testing. The ANRS 1222 study intervention package which combined peer-based prevention and care within the same setting markedly reduced HIV incidence among young female sex workers in Burkina Faso, through reduced risky behaviours.

Les hépatites virales constituent un enjeu majeur de santé public dans le domaine des maladies infectieuses. L’enjeu pour les prochaines années sera de mettre en œuvre des stratégies de dépistage et de de prise en charge des hépatites virales et du VIH, en particulier chez les usagers de drogue par voie intraveineuse et dans les pays à ressources limitées. Dans ce travail de thèse nous avons évalué des outils et des stratégies nouvelles pour améliorer le diagnostic et la prise en charge des infections par le VIH et le VHC dans les pays du Sud. Notre première étude porte sur l’évaluation de la performance diagnostique de la primo-infection du VIH sur Dried serum spot (DSS) par rapport aux tests rapides. Cette étude a été rétrospectivement réalisée chez 39 cas diagnostiqué Primo-infection du VIH entre 2000 et 2012 au CHU de Montpellier. En comparant avec le résultat sur le DSS, nous avons réussi à avoir une sensibilité de 87.2% (34/39) avec PCR Ag/Ac combiné 4eGeneration (ElecsysCombi PT test reactive et Liaison XL test reactive) témoignant de la bonne performance de ce test. Nous avons réalisé par la suite une étude clinico-virologique chez 104 patients co-infectés par le VIH et le VHC à Haiphong, Vietnam (ANRS 12262). C’est pour la première fois qu’une telle étude descriptive (évaluation clinico-virologique, évaluation de la fibrose hépatique avec les marqueurs biologiques recommandés par l’OMS et également par le Fibroscan®) est réalisée dans cette population au Vietnam. L’évaluation clinique, l’analyse des tests biochimiques et virologique et celle de la fibrose par l’élastographie hépatique (Fibroscan®, Echosens) ont été réalisées Parmi 104 patients, 93 (89,4%) avaient des ARN du VHC détectable (médiane 6,19 (4,95 à 6,83 log10 UI / mL). La plupart des patients ont été infectés par les génotypes 1a/1b (69%) et les génotypes 6a/6e (26%). 43 patients (41,3%) présentaient une fibrose significative (≥ F2), dont 24 patients (23,1%) avec une fibrose extensive (F3) et/ou une cirrhose hépatique (F4). L’évaluation de la fibrose hépatique par l’élastométrie (Fibroscan®) est utilisée comme l’examen de référence à comparer avec le test APRI (AST-to-platelet ratio index) recommandé par l’OMS dans la prise en charge des patients infectés par le VHC dans les pays à ressource limitée, en prenant le cut-off élevé supérieur ou égale à 2, nous avons réussi à classifier les fibroses sévères/cirrhose hépatique avec une sensibilité à 90% et une spécificité à 84% (Se: 90%, Sp: 84%, AUROC = 0,93, IC 95%: 0,86 à 0,99).Notre dernière étude a évalué la réponse des marqueurs immunologiques à l’association de Peginterféronα (PegIFNα) et ribavirine. Nous avons étudié la concentration des 25 cytokines chez 30 patients co-infectés par le VIH et le VHC. Les résultats ont été comparés entre les patients classés « RVS » (réponse virologique soutenue) (RVS, n = 19) et les non-répondeurs (NR, n = 11). Le changement en concentration des cytokines lié à la thérapie PegIFNα-ribavirine a été observé chez les patients RVS et NR. Le changement en concentration sérique de l'IL-8, MIP-1β; et MCP-1 pourrait être associé à l'efficacité de la bithérapie PegIFNα-ribavirine chez les patients co-infectés par le VIH et le VHC.L’amélioration du dépistage et du diagnostic est un élément primordial faisant partie du contrôle de ces infections virales. Notre étude a renforcé l’hypothèse de l’utilité de DBS. Le Fibroscan® et les marqueurs biologiques (APRI Test) sont des outils intéressants pour l’évaluation de la fibrose hépatique dans les pays à ressources limitées. Mot clés : Co-infection HIV-VHC, usagers de drogues par voie intraveineuse, dried blood Ssot, fibrose hépatique, fibroscan, APRI, interféron pégylé, Vietnam. / Chronic viral hepatitis is a major public health issue worldwide in the field of infectious dis and mostly affects resource-constrained countries. The challenge for the resource-limited countries is to implement the strategies for screening and management of viral hepatitis, particularly for hepatitis C among people who inject drugs.In this thesis we have evaluated new tests and strategies to improved diagnosis and therapeutic monitoring of HCV and HIV infection in low resource setting. The first study evaluated the performances of HIV testing using filter paper (DSS – Dried serum spot) compared with rapid tests during the early phase of HIV infections. A total of 39 serum samples form newly diagnosed HIV infected persons was included. Fourth generation immunoassays (ElecsysCombi PT test reactive and Liaison XL test reactive) identified 34 out of 39 HIV early infections using dried serum spot, whereas the Determine TM HIV-1/2 rapid test detected 24 out of 39 HIV positive serum (87.2% vs 61.5% respectively, p = 0.009). Fourth generation Ag/Ab immunoassays performed on DSS had good performance for HIV testing during the early phases of HIV infection. In the second study, we conducted a cross-sectional study aimed to assess the proportion of clinically significant fibrosis in HIV/HCV-co-infected patients followed in Viet Tiep Hospital in Haiphong, Northern Vietnam. From February to March 2014, 104 HIV-HCV coinfected patients receiving antiretroviral therapy (ART) were prospectively enrolled. 93 (89.4%) had detectable HCV RNA, median 6.19 (4.95-6.83 Log10 IU/mL). Patients were mainly infected with genotypes 1a/1b (69%) and genotypes 6a/6e (26%). 43 patients (41.3%) had fibrosis ≥ F2 including 24 patients (23.1%) with extensive fibrosis (F3) and/or cirrhosis (F4). Using Fibroscan® as a gold standard, the high threshold (2) of AST-to-platelet ratio index (APRI) had very good performances for the diagnosis of extensive fibrosis/cirrhosis (Se: 90%, Sp: 84%, AUROC=0.93, 95%CI: 0.86-0.99).In the last study, the impact of pegylated interferonα (PegINFα) and ribavirin therapy on T cell immune response was explored in HIV/HCV coinfected patients. Concentrations of 25 cytokines and CD8+ T cell activation were monitored in HCV/HIV co-infected patients. Results were compared between patients retrospectively classified as sustained virological responders (SVR, n=19) and non-responders (NR, n = 11). High pretreatment concentrations of IP-10 (CXCL-10) and MCP-1 (CCL-2) were associated with poor anti-HCV response. Highest rise in MIP-1β; and MCP-1 levels was observed four weeks after anti-HCV treatment initiation in SVR compared to NR, whereas a decrease of IL-8 concentration was associated with treatment failure (p= 0.052). Treatment based on drugs having immunomodulating activities may benefits from immunomonitoring using multiplex techniques. In conclusion, improving access to HIV and HCV diagnosis and monitoring are critical toward the control of these infections. Our work performed illustrate how dried blood spot, point of care testing, Fibroscan and simplified assays may contribute to HIV and HCV care in low resource setting. Key word : Co-infection HIV-HCV, IV drug user, dried blood Spot, liver fibrosis, fibroscan, APRI, Pegylated interferon, Vietnam.

Malgré leur efficacité pour réduire la réplication du VIH, les traitements antirétroviraux ne s’accompagnent pas systématiquement de la restauration du compartiment des lymphocytes T CD4+ périphériques. L’espérance et la qualité de vie des individus en échec immunologique sont grandement impactées. Concomitante avec les anomalies périphériques, une atteinte des progéniteurs hématopoïétiques rend compte des fréquentes cytopénies observées au cours des stades tardifs de l’infection. Si l’infection directe des progéniteurs CD34+ reste marginale, les études qualitatives menées in vitro évoquent la perturbation du potentiel de différenciation de ces cellules.Nous avons sélectionné et apparié les patients infectés par le VIH à chaque extrême quand au profil de leur restauration immunitaire et un groupe de donneurs non infectés. Les répondeurs (IR) et non répondeurs immunologiques (INR) traités depuis plus de 8 ans présentaient les caractéristiques similaires pour chaque paramètre pouvant impacter la magnitude de la reconstitution du système immunitaire. Les INR montraient l’activation chronique du système immunitaire, l’inflammation persistante et les signes de l’atteinte de la thymopoïèse. La fréquence des progéniteurs hématopoïétiques circulants n’étant pas différente entre les deux groupes de patients, nous avons analysé le potentiel de ces cellules aux stades pré-thymiques de la différenciation.En utilisant un système de co-culture des progéniteurs hématopoïétiques avec une lignée stromale OP9-DL1 (différenciation T) ou MS5 (différenciation B et NK) avec un cocktail cytokinique approprié, nous avons mis en évidence l’altération du potentiel de différenciation T des cellules issues de patients INR impactant leur restauration périphérique. Ce n’était pas le cas chez les patients IR qui étaient similaires aux donneurs non-VIH. En revanche, le potentiel NK était impacté chez tous les patients infectés en comparaison aux donneurs. Finalement aucune anomalie de potentiel B n’était révélée.En étudiant les voies moléculaires de l’engagement des précurseurs T (Notch), de leur prolifération (IL-7/IL7R) et leur survie (Fas/FasL, TNFR, caspase-1, P2X7) nous avons constaté une diminution de la viabilité des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ qui présentaient d’avantage d’activation de la caspase-1 qui orchestrait la mort cellulaire par pyroptose. De plus, l’expression de certains gènes-cibles de Notch était clairement Notch-indépendante. Néanmoins, les différences dans le profil transcriptionnel de BCL11B entre les patients IR et INR nous ont permis de proposer un modèle selon lequel la différenciation T était promue chez les patients IR au dépit de celle des précurseurs NK. Enfin, les progéniteurs CD34+ de patients INR présentait la surexpression du P2X7 (récepteur à l’ATP extracellulaire) et l’absence de l’ectonucléotidase CD73 (hydrolyse de l’ATP) ce qui suggérait leur susceptibilité accrue aux nucléotides extracellulaires.L’ensemble de données nous permet de postuler qu’il existe un microenvironnement hautement inflammatoire dans la niche médullaire des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ qui perturbe leur survie et différenciation. Cette mortalité accrue des cellules CD34+ et probablement des cellules voisines amplifie l’inflammation locale. Ce processus est compensé chez certains patients par la meilleure différenciation T des progéniteurs CD34+ et la réponse immunologique qui s’en suit. Quand ce n’est pas le cas l’atteinte de la lymphopoïèse est importante et l’absence de la reconstitution de la population des lymphocytes T CD4+ périphériques est observée. Ainsi, nous pensons avoir identifié une population de patients infectés par le VIH pour qui les interventions ponctuelles avec les médicaments anti-inflammatoires (par exemple, les antagonistes du P2X7) peuvent s’avérer d’un bénéfice clinique irréfutable. / Despite the efficient reduction of the HIV replication, the administration of combination antiretroviral therapy (c-ART) is not systematically accompanied by the restoration of the peripheral T CD4+ lymphocyte compartment. The life expectancy and quality are severely impacted in individuals with immunological failure. Together with peripheral abnormalities, an alteration of CD34+ hematopoietic progenitor may explain the frequency of the cytopenia observed in the latest stages of the disease. While a direct infection of CD34+ progenitors is thought to be extremely rare, quantitative studies performed in vitro have highlighted the impairment of the differentiation potential of these cells.We selected and matched individuals infected with HIV presenting extremely opposite immunological profile in response to c-ART as well as non-infected donors. The Immune Responders (IR) and Immune Non Responders (INR) treated since more than 8 years, presented similar characteristics for each parameter known to be involved in poor reconstitution of immune system. INR patients showed chronic immune activation, persistent inflammation and thymic regeneration failure. The frequency of circulating CD34 hematopoietic progenitors being not different between both groups of patients, we analyzed the differentiation potential of these cells at pre-thymic stages of lymphopoiesis.Using a co-culture system of hematopoietic progenitors with stromal cell lines OP9-DL1 (T-cell assay) or MS5 (B- and NK-cells assay) with appropriate cytokines, we highlighted an alteration of T-cell differentiation potential in INRs impacting their peripheral restoration. This was not observed in IRs who were similar to non-HIV donors. On the other hand, NK-cell differentiation potential was impaired in both groups of patients in comparison to non-HIV donors. Lastly, no abnormalities in B-cell potential were revealed.Studying molecular pathways involved in T-cell specification (Notch), proliferation (IL-7/IL7R) and survival (Fas/FasL, TNFR, caspase-1, P2X7) we observed the decreased viability of hematopoietic progenitors in HIV patients with increased caspase-1 activation involved in cellular death by pyroptosis. Moreover, expression of some Notch target genes was clearly Notch-independent. However, differences in transcriptional profile of BCL11B between IRs and INRs allowed us to postulate that T-cell differentiation is promoted over NK-cell differentiation in IR patients. Finally, CD34+ cells from INRs presented P2X7 overexpression (extracellular ATP receptor) and absence of CD73 ectonucleotidase (ATP hydrolysis) pointing out their increased susceptibility to extracellular nucleotides.Taken together our data, we postulate that highly inflammatory microenvironment of hematopoietic progenitor’s bone marrow niche disturbs their survival and differentiation in HIV patients. Thus, increased cellular death of CD34+ cells and probably neighboring cells amplifies the local inflammation. This is compensated in some patients by enhanced T-cell differentiation of CD34+ progenitors and results in immunological success. When it is not the case, the alteration of lymphopoiesis is important and the absence of reconstitution of peripheral T CD4+ lymphocyte compartment is noted. We believe have identified the population of HIV-infected individuals who will benefit from occasional administration of anti-inflammatory drugs (such as P2X7 antagonists).

La dissémination du VIH-1 par contacts cellulaires est plus efficace que sa transmission par particules virales libres. Cependant, la nature du matériel infectieux transféré à la jonction reste très mal connue. Nos travaux révèlent que l'infectivité du VIH-1 associée aux lymphocytes T est majoritairement portée à la surface cellulaire dans un biofilm viral. Initialement décrit pour le rétrovirus lymphotrope HTLV-1 (Human T-cell Leukemia Virus type-1), le biofilm viral est une colonie extracellulaire de particules virales infectieuses enchâssées dans un cocon de matrice extracellulaire (MEC). Par un panel de techniques de microscopie, nous décrivons la présence de biofilms viraux à la surface de lymphocytes T infectés par le VIH-1 (lignées chroniquement infectées, lymphocytes CD4+ primaires infectés in vitro par des souches de laboratoire et des isolats primaires, lymphocytes de patients). Nous identifions certains éléments de la MEC enrichis dans le biofilm du VIH-1 et démontrons que certains de ces composants, modulés par l'infection, favorisent la transmission du VIH-1. En effet, le biofilm viral joue un rôle clé dans la transmission directe (entre lymphocytes T) et indirecte (trans-infection) du VIH-1. De plus, le biofilm du VIH-1 confère une infectivité accrue aux particules virales, avantage préservé en présence d'antirétroviraux et d'anticorps neutralisants.L'ensemble de notre travail identifie une nouvelle entité infectieuse cruciale pour la dissémination du VIH-1 par contacts cellulaires. Ce nouveau mécanisme de transmission, potentiellement généralisable à d'autres virus, sera désormais à prendre en compte dans l'élaboration de nouvelles stratégies thérapeutiques. / HIV-1 cell-to-cell spread is thousands fold more efficient than cell-free infection; yet the nature of the infectious material transferred at the junction remains poorly documented. We found that HIV-1 T cell-associated infectivity mostly resides at the cell surface in a viral biofilm. Initially described for HTLV-1, a viral biofilm is defined as extracellular viral particles aggregated within a scaffold of extracellular matrix (ECM) components exposed at the surface of infected cells. Using a combination of microscopy techniques, we report the presence of HIV-1 biofilms at the surface of HIV-1 infected T cells (chronically infected T cells lines as well as primary CD4+ T cells infected in vitro with HIV-1 laboratory strains as well as primary isolates). Importantly, we show that CD4+ T cells isolated from HIV-1 patients produce a viral biofilm as well. We partially characterize the composition of HIV-1 biofilm in ECM components and unravel their contribution to HIV-1 transmission. We show that HIV-1 biofilm is transferred both between T cells and during dendritic-cell (DC)-mediated trans-infection and confers viral particles with an increased infectivity as compared to their cell-free counterparts. This increased infectivity is preserved in the presence of antiretroviral treatment and neutralizing antibodies. Our findings hence identify HIV-1 biofilm as a new infectious entity central for the efficiency of HIV-1 cell-to-cell transmission. This new mechanism of intercellular transmission might be shared by other viruses and will require appraisal in the design of future therapeutical strategies.

La participation des enfants dans la recherche est encouragée par les recommandations internationales spécifiques aux enfants et/ou à la réglementation de la recherche. Dans les études sur le VIH pédiatrique, peu de données sont disponibles sur la manière d’appliquer les recommandations internationales au travers de dispositifs qui permettent d’impliquer les enfants, et les exigences des comités d’éthique varient considérablement à cet égard, conduisant à des pratiques diverses.Cette thèse a pour objectif principal de décrire et d’analyser les enjeux éthiques et sociaux de la participation des enfants vivant avec le VIH-1 dans une étude de cohorte au Sénégal afin de proposer des recommandations pour adapter les procédures éthiques dans la recherche médicale en pédiatrie dans les pays du Sud.Deux enquêtes ont été menées entre 2013 et 2015 combinant des méthodes quantitatives et qualitatives. Une première enquête portait sur trois aspects : 1/ la faisabilité et l’acceptabilité d’un dispositif expérimental d’information sur la recherche dans les deux sites de la cohorte Maggsen ANRS 12279, 2/ l’expérience des enfants et des parents de leur participation à la recherche, 3/ les points de vue des acteurs concernés (enfants, parents, soignants, membres associatifs) sur la participation des enfants dans la recherche en santé. Une deuxième enquête analysait les aspects clés liés à l’éthique de la recherche en pédiatrie au Sénégal par l’étude des protocoles de recherche impliquant les enfants soumis au CNERS, entre 2000 et 2013, en se focalisant sur l’information et le processus de décision.Le dispositif expérimental d’information sur la recherche mis en œuvre s’est révélé faisable et acceptable. Il a permis de donner une information de base aux enfants sur les principaux aspects de la cohorte, même si la séance d’information collective, ouverte aux 52 enfants connaissant leur statut VIH, n'a été suivie que par 29% d’entre eux, avec une différence significative selon le site (85% vs 15%). Les obstacles à la mise en place du dispositif étaient liés à son caractère novateur dans des contextes de soins peu expérimentés et pris dans des contraintes de temps, de charge de travail quotidienne importante des soignants, et aux exigences de la recherche. Une bonne préparation des soignants est apparue nécessaire pour favoriser leur engagement dans la recherche et améliorer leurs capacités de communication avec les enfants. Les enfants ne connaissant pas leur statut VIH n’ont pu de ce fait accéder à une information globale et détaillée sur la recherche. L’analyse des expériences de la cohorte rapportées par les enfants a montré une perception positive de leur participation malgré des difficultés à comprendre le sens de la recherche et à la distinguer des soins. D’autre part, les relations familiales et les relations de soins ont favorisé ou limité l’implication des enfants. L’ensemble des acteurs étaient favorables à une information des enfants sur la recherche graduelle à partir de 7 ans et selon la connaissance de leur statut VIH ; leurs divergences portaient sur les modalités pratiques de participation. L’analyse des protocoles de recherche en santé impliquant les enfants au Sénégal (2000-2013), concernant principalement la recherche épidémiologique (58 %) et sur le paludisme (36 %), a montré que les considérations éthiques étaient centrées sur le consentement du représentant légal. Les pratiques en matière de participation des enfants dans les recherches soumises étaient très hétérogènes, incluant des initiatives intéressantes mais qui n’avaient pas été évaluées. L’analyse a confirmé que le dispositif testé dans la cohorte Maggsen pour renforcer la participation des enfants était en phase avec des mesures expérimentées dans des projets de recherche antérieurs.Ce travail identifie des interventions, modalités et conditions favorables d’information et de soutien permettant d’accompagner les enfants et les parents dans la recherche. / The participation of children in the context of research is encouraged by international recommendations specific to children and/or to the regulation of research. In the studies about paediatric HIV, few data are available about the way international regulation is applied through approaches that allow to involve children. The demands of ethics committees considerably vary regarding this issue, leading to a diversity of practices.This thesis has for principal objective to describe and analyse ethical and social questions at stake in the participation of children living with HIV-1 in a cohort study led in Senegal in order to propose recommendations concerning the adaptation of ethical procedures in paediatric research in global South.Methods : Two studies were carried out in 2013 and 2015 combining quantitative and qualitative methods. À first survey focused on three aspects : 1/ the feasibility and acceptability of an experimental information process for research in the contexts of two sites of the cohort Maggsen ANRS 12279, 2/ the experience of children and parents involved in the paediatric HIV research, 3/ the points of view of concerned agents (children, parents, carers, members of associations) about the participation of children in health-related research. À second study analysed the key aspects connected to the ethics of paediatric research in Senegal by studying research protocols submitted to the CNERS between 2000 and 2013 ; the study focussed on information and decision-making process.The experimental information process for research carried out in this context proved to be feasible and acceptable. It allowed giving basic information to children about the essential aspects of the cohort, despite the fact that the collective session, open to 52 children who knew their HIV status, was only attended by 29 % of them, with a significant difference between research sites (85 % vs. 15 %). The obstacles to the setting up of the information process were linked to its novel character for little experienced teams caught in time constraints, to the important daily workload of the carers, and to the demands of research. À good preparation of carers appeared necessary in order to stimulate their engagement in the research process and improve their abilities to communicate with the children. The children who did not know their HIV status could not access global and detailed information on the research. The analysis of children’s experiences of the cohort showed a positive perception of their participation despite their difficulty to understand the meaning of the research project and distinguish it from care. In addition, family relationships and care relationships encouraged or limited children’s involvement. All of the agents were in favour of an information given to children regarding the research gradual from the age of 7 and depending on their knowledge of their HIV status ; their disagreements related to the practical modalities of participation. The analysis of health research protocols implicating children in Senegal (2000-2013), mainly concerned epidemiological research (58 %) and malaria (36 %). It showed that ethical considerations were focused on the consent of legal representative. Practices regarding children’s participation in submitted projects were very heterogeneous, and they included interesting initiatives which had not been evaluated. The analysis confirmed that the experimental information process for research tried out in the Maggsen ANRS 12 279 cohort study with the objective to reinforce children participation, was in tune with measures experimented in previous research projects.This work identifies favourable interventions, modalities and conditions of information and support that reinforce children and their parents’s involvement in paediatric research.

Malgré 30 ans de recherche aucun vaccin VIH n'a permis d'apporter une protection efficace et de manière stable. Au regard des échecs obtenus jusqu'à présent, de nouvelles formes vaccinales ont été développées. Parmi ces dernières les VLP présentent l'avantage notables d'être très immunogènes du fait de leur forme particulaire mimant les virus natifs, et sécuritaire puisque ne véhiculant pas de génome viral. Ce travail de thèse a pour objectif d’établir et d’évaluer une stratégie vaccinale utilisant ces VLP administrées par voies muqueuses dans le but d’initier une réponse humorale et cellulaire au niveau systémique et muqueux. Dans cette étude, nous avons montré que la voie muqueuse est indispensable pour l’induction d’une réponse locale forte. De plus, nos résultats révèlent que la forme particulaire de l’antigène est décisive dans la génération d’une immunité de qualité, générant une réponse TFH forte, une réponse cellulaire locale polyfonctionnelle ainsi qu’une réponse humorale forte et stable dans le temps, caractérisée par des anticorps de qualité.Cherchant à mieux caractériser la stratégie vaccinale établie, nous avons analysé les mécanismes de prise en charge des VLP et d’initiation de la réponse immunitaire après administration IN. Nous avons observé que de nombreuses cellules de l’immunité innée pulmonaire, notamment les macrophages alvéolaires et les neutrophiles, captaient massivement les VLP limitant alors la réponse TFH et potentiellement la réponse humorale qui en découle. Au final, ce travail de thèse aura permis de mettre en avant la voie d’immunisation muqueuse ainsi que la forme particulaire de l’antigène dans la mise en place d’un vaccin VIH. / Currently no HIV vaccine elicit full and stable protection against viral acquisition. In view of the failures until now, new vaccines strategies were developed. Among these, VLP have the advantage to be highly immunogenic because of their particulate structure mimicking native pathogens and safe because of the lack of viral genome.This thesis work aims to develop and evaluate a VLP-based vaccine strategy by mucosal administration in order to initiate systemic and local humoral and cellular responses. In this study, we showed that the mucosal administration is mandatory to generate a strong local immunity. Moreover, our results show that particular form of the antigen is crucial in the generation of the quality of the immune response, generating strong TFH response, polyfunctional T-cell responses in the mucosa and a strong and stable humoral response characterized by high-quality antibodies.We also investigated mechanisms involved in the generation of immune responses following IN VLP injections. We determined which cells take in charge VLP and their role in the followed immune responses. Our preliminary results show many innate immune cells in the lungs, such as alveolar macrophages and neutrophils, have an important role in the particles uptake, limiting TFH response and potentially the followed humoral response.Finally, this thesis work will show the determining role of the mucosal route of immunization and the particulate form antigen for the development of an HIV vaccine.

Les maladies auto-immunes et les infections virales affectent différemment les femmes et les hommes. En général, les femmes développent des réponses immunes antivirales plus fortes mais sont plus susceptibles aux maladies auto-immunes. Des différences liées au sexe sont observées dans les fonctions innées des cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) qui sécrètent de grandes quantités d'IFN de type I suite à l'activation de leur récepteur TLR7 par des ARNs viraux ou endogènes. Les ligands de TLR7 induisent une fréquence plus importante de pDCs productrices d'IFN-alpha chez les femmes que chez les hommes. Ceci pourrait être particulièrement relevant lors de l'infection par le VIH-1 où la charge virale et la progression de la maladie dépendent du sexe. Notre équipe a montré que l'activation du récepteur alpha aux œstrogènes (RE-alpha) par l'œstradiol (E2) augmentait les réponses TLR dépendantes des pDCs murines in vitro et que l'administration d'E2 à des femmes ménopausées produisait les mêmes effets. Cependant, une démonstration directe du rôle des récepteurs aux œstrogènes (RE) dans les pDCs humaines fait toujours défaut. De plus, des facteurs génétiques peuvent aussi contribuer aux différences liées au sexe dans les réponses innées des pDCs. Ainsi, un polymorphisme fréquent du gène TLR7 codé sur le chromosome X (c.32A>T, dbSNP rs179008) a été associé à des différences de susceptibilité à l'infection par le VIH. L'allèle c.32T de TLR7 est plus fréquemment retrouvé chez les femmes infectées par le VIH mais pas chez les hommes infectés. Il a été suggéré que cet SNP conduirait à une perte de fonction de TLR7 mais cela n'a jamais été directement démontré dans les pDCs et les mécanismes sous-jacents ne sont pas connus. Les objectifs de ma thèse étaient 1) d'étudier le rôle de la signalisation des REs sur les réponses TLR-dépendantes des pDCs humaines et 2) d'élucider les mécanismes des effets sexe-dépendants du SNP c.32A>T sur la réponse TLR7 des pDCs. / Infectious and autoimmune diseases affect women and men differently. In general, women develop stronger immune responses and are more susceptible to autoimmunity. Sex-linked differences are observed, in particular, in the innate functions of plasmacytoid dendritic cells (pDCs), which produce large amounts of type I interferon in response to the activation of Toll-like receptor 7 (TLR7) by viral or endogenous RNAs. TLR7 ligands elicit higher frequencies of IFN-alpha producing-pDCs in women than in men. This could be particularly relevant in the context of HIV-1 infection, where gender differences in viral load and disease progression are well established. Our team previously showed that estrogen signaling through estrogen receptor alpha (ERa) positively regulated the TLR-dependent responses of murine pDCs in vitro. Although we showed that estrogen therapy of post-menopausal women enhanced the TLR-mediated responses of pDCs, direct evidence for a role of ER signaling in human pDCs is still lacking. Besides the critical role of estrogens, genetic factors could also contribute to the sex bias in pDCs innate responses. A single nucleotide polymorphism (SNP; c.32A>T; rs179008) of the chromosome X gene encoding TLR7 has been associated with differential susceptibility to infection by HIV-1. This SNP translates into the substitution Gln11Leu in the leader peptide of TLR7, and is more frequently found in women with HIV-1, but not in HIV-1-infected men, relative to healthy controls. It has been suggested that this polymorphism would lead to a loss of function of TLR7, but this has never been directly demonstrated in pDCs, and the relevant mechanisms are not known.

Depuis l’arrivée massive de l’aide internationale dans les années 1990, les Cambodgiens évoluent dans un environnement social mondialisé, composé d’un vaste réseau d’acteurs issus d’horizons socioculturels diversifiés. Des systèmes de référence, des manières de faire et de penser hétéroclites cohabitent et s’enchevêtrent. La thèse se concentre sur l’étude d’une norme globalisée appréhendée comme une porte d’entrée pour mieux cerner les mécanismes d’imbrication entre le global et le local. Aujourd’hui, rares sont les programmes de lutte contre l’épidémie à VIH qui n’impliquent pas les usagers pour la mise en œuvre des activités les concernant et la discussion des choix collectifs. La participation profane est devenue une norme globalisée promue par l’ensemble des institutions de lutte contre le sida. Une fois défini le caractère collectivement partagé des règles qui composent cette norme, un éclairage de ses usages et de ses significations locales dans le contexte du Cambodge est effectué. La participation repose sur des principes de partage des savoirs, de répartition des pouvoirs, de valorisation des profanes et de démocratisation des processus de prise de décision qui se concrétisent difficilement au Cambodge. Depuis l’expansion de cette norme, les acteurs profanes sont impliqués massivement à tous les niveaux du parcours de soins sur la plus grande partie du territoire, cependant ils endossent principalement des rôles d’exécutants. Dès qu’il est question d’exercer une influence sur les décisions publiques, un double mécanisme de rejet de la norme se met en place. D’un côté des acteurs profanes sont réticents à s’imposer comme des personnes de pouvoir, à même de débattre ouvertement dans l’arène publique, de l’autre la majorité des élites qui décident et implantent les actions de développement contrôlent la participation et « ensablent » les voix des profanes. Pour une pléthore d’acteurs, les principes de hiérarchie et de non contestation qui caractérisent la société cambodgienne entrent en contradiction avec les principes et valeurs inhérents à la participation. La norme est reformulée en fonction du contexte structurel et sociohistorique du Cambodge. Elle prend une toute autre forme, parfois contraire à son but initial. / Since the arrival of an enormous amount of international aid in the 1990s, Cambodia has evolved into a globalised society constituted by a vast network of socio-culturally diverse actors. Heterogeneous value systems and ways of acting and thinking cohabit and become entangled. This thesis offers a study of the operation of a globally established norm within Cambodia, in order to contribute to our understanding of the mechanisms underlying the interconnection between the global and the local. Today, almost all HIV/AIDS programmes involve users in the implementation of activities that concern them and in discussions on community choices. Lay participation has become a global norm, promoted by all institutions combating AIDS. The first part of the thesis defines the generally agreed rules of this norm ; this is followed by a description of its uses and its local meaning in Cambodia. Participation is based on the principles of knowledge-sharing, distribution of authority, valuation of lay status and democratization of the process of decision-making, which are difficult to achieve in Cambodia. Since the spread of this norm, lay actors have been introduced at all levels of the care structure in most parts of the country, although in the main these actors assume executive roles. Where there are opportunities to exercise influence over decisions within the public domain this norm is undermined in two ways. On the one hand, lay actors hesitate to show that they have any authority, even to debate openly in public; on the other hand, most members of the elite who decide on and set up development activities retain control over participation and ‘silt up’ lay voices. For many actors, the principles of hierarchy and non-confrontation, which are characteristic of Cambodian society, contrast with the principles and values of participation. The globalised norm is thus reinterpreted in accordance with the Cambodian structural and socio-historical context. It takes a completely different form, which is sometimes contrary to its initial goal.