La cryptococcose neuroméningée (CNM) est la seconde infection opportuniste chez les patients infectés par le VIH. Il s’agit de la 4ème cause de décès dus aux maladies infectieuses en Afrique avec une mortalité annuelle de 600.000 cas. Les levures responsables appartiennent au complexe d’espèces Cryptococcus neoformans / C. gattii. Notre étude décrit, l’épidémiologie et la résistance aux antifongiques de souches environnementales et cliniques de cryptocoques en Côte d’Ivoire. Les isolats sont issus d’une file active de 1750 PVVIH et de 667 prélèvements réalisés dans l’environnement de vie des patients. Nous démontrons une grande diversité génotypique au sein de notre cohorte, la présence de plusieurs espèces de cryptocoques dans un seul prélèvement chez un même patient ainsi que dans des prélèvements issus de suivi de patients, ce qui n’avait jamais été démontré en Afrique de l’Ouest. Nous avons constaté que la récurrence de la CNM est due à des infections multiples par des souches différentes au cours du temps. Nos résultats décrivent également pour la première fois, l’isolement de cryptocoques à partir de fientes de pigeons à Abidjan. Et nous constatons que les génotypes des isolats environnementaux et cliniques sont très différents, ce qui exclut les fientes de pigeons comme source de contamination des patients dans notre échantillon. Enfin, la majorité des isolats est sensible aux antifongiques de référence mais un patient peut être contaminé par des isolats de sensibilité différente. / Cryptococcal meningitis (CM) is the second opportunistic infection in HIV infected patients. It is the fourth cause of death due to infectious diseases in Africa with an annual mortality of 600,000. The yeasts responsible belong to the C. neoformans / Cryptococcus gattii species complex. Our study describes epidemiology and resistance to antifungal of environmental and clinical strains of Cryptococcus in Ivory Coast. The isolates are from an active list of 1,750 patients VIH positive and 667 samples taken in the living environment of patients. We demonstrate a high genotypic diversity within our cohort and the presence of several species of Cryptococcus in one sample from the same patient as well as in samples from patients follow up, which had never been shown in West Africa. We found that the recurrent cryptococcosis is caused by multiple infections by different strains over time. Our results describe also, for the first time, the isolation of Cryptococcus from pigeon droppings from Abidjan. And we notice that, as the genotypes of environmental and clinical isolates are very different, that excludes contamination of patients by pigeon droppings. Finally, most of the isolates were susceptible to reference antifungal but a patient might be contaminated by isolates with different susceptibility.

Les pharmacocinétiques de deux inhibiteurs de protéase, le lopinavir et l'atazanavir et celle d'un inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse, la névirapine, ont été étudiées chez l'enfant par une approche de population. Cette approche nous a permis d'étudier les différentes sources de variabilité pharmacocinétique de chaque molécule antirétrovirale. La prise en compte des relations concentration-effet précédemment établies chez l'adulte, nous a permis, concernant l'atazanavir et la névirapine, de ré-évaluer les recommandations posologiques chez l'enfant en termes d'efficacité et de toxicité. L'étude réalisée sur le lopinavir/ritonavir nous a conduits à comparer en termes de pharmacocinétique, d'efficacité et de tolérance, le changement de rythme d'administration de deux prises à une unique prise par jour. Les résultats obtenus ont mis en évidence dans les trois études une augmentation de la clairance et du volume de distribution apparents en fonction du poids. Pour l'atazanavir, il a été montré que la co-administration de ritonavir ou de ténofovir résulte respectivement en une diminution ou augmentation de sa clairance apparente. Pour la névirapine, un effet de l'âge sur sa biodisponibilité a été mis en évidence, la biodisponibilité relative augmentant avec l'âge. En conclusion, le changement de rythme d'administration du lopinavir/ritonavir s'est avéré être équivalent sur le plan pharmacocinétique, mais a résulté en une baisse de la proportion de patients présentant une charge virale indétectable. Les recommandations posologiques actuelles d'atazanavir/ritonavir pourraient mener à un sur-dosage pour l'intervalle de poids 32-50 kg. Les doses de névirapine recommandées par l'Organisation Mondiale de la Santé pourraient mener à un sous-dosage pour les enfants pesant entre 3 et 10 kg. / The pharmacokinetics of two protease inhibitors, lopinavir and atazanavir and that of a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, nevirapine, has been studied in children by a population approach. This approach allowed us to study the factors affecting the pharmacokinetic variability of each antiretroviral drug. Based on adult concentration-effect relationships, we evaluated the recommended dosage of atazanavir and nevirapine in children in terms of efficacy and toxicity. The study of lopinavir led us to compare in terms of pharmacokinetics, efficacy and safety, a switch from the twice-daily to the once-daily lopinavir/ritonavir regimen. These three studies showed that the apparent clearance and the apparent volume of distribution increased allometrically with body weight. For atazanavir, it was shown that co-administration of ritonavir or tenofovir resulted respectively in a decrease or increase of its apparent clearance. For nevirapine, an effect of age on its bioavailability was pointed out, the relative bioavailability increased with age. In conclusion, the switch of lopinavir/ritonavir regimen was found to be to be equivalent in terms of pharmacokinetics, but resulted in a decrease in the proportion of patients with undetectable viral load. Current dosing recommendations for atazanavir/ritonavir may lead to over-dosage for the body weight range 32-50 kg. Doses of nevirapine recommended by the World Health Organization could lead to under-dosing for children weighing between 3 and 10 kg.

Evalúa la efectividad del tratamiento antirretroviral en la transmisión vertical en embarazadas que asistieron al Hospital Martin Icaza en el año 2014. Tiene un enfoque cuantitativo, tipo observacional, de corte transversal y retro-prospectivo. Revisa sistemáticamente las historias clínicas de 40 gestantes con diagnóstico confirmativo de VIH con carga viral, recuento de CD4 atendidas. La seguridad del tratamiento se valora mediante las pruebas bioquímicas del perfil hepático y sanguíneo, la eficacia mediante las pruebas de determinación de carga viral para evidenciar la transmisión vertical. Para el análisis de datos demográficos se utiliza las estadísticas descriptivas y para determinar efectividad, seguridad y adherencia las pruebas no paramétrica de Rho Sperman, Kolmogorov-Smirnov, para el análisis se trabaja con un intervalo de confianza del 95%. Encuentra que 72% reportó valores de carga viral menor a 20 copias. El 63% de las gestantes presenta valores de CD4 mayor a 500. Todas recibieron TARGA en los dos esquemas; TENOFOVIR + ENTRACITAVINA + EFAVIRENZ en el 82.5%; mientras que con el esquema de inhibidores de proteasas son el 17.5%, durante el parto sólo una gestante no tuvo profilaxis con AZT. En la eficacia del TARGA no hubo transmisión vertical postparto. Los niños y niñas fueron normales física y clínicamente. La adherencia al TARGA categoriza a las gestantes en cumplidoras al 95% con una actitud positiva al medicamento. Concluye que la efectividad y seguridad del TARGA en la reducción del riesgo de transmisión vertical de las gestantes al producto fue del 100%, con una adherencia y cumplimiento del tratamiento del 95%, con una actitud positiva de beneficio para su bebe y para ellas. / Tesis

Realiza un examen sobre las lesiones periodontales, registra el índice de higiene oral y determina la situación socioeconómica, educación y hábitos de higiene bucal, las cuales fueron variables del estudio, en gestantes VIH seropositivas (grupo de estudio) y gestantes VIH no seropositivas (grupo control) de los Hospitales Maternidad de Lima y San Bartolomé, en Lima, Perú, durante el año 1999. Es una investigación de tipo comparativo, transversal, prospectivo. Utiliza una muestra total de 60 pacientes, 30 del grupo control y 30 del grupo de estudio, ambos localizados. Obtiene que ambos grupos presentan lesiones periodontales desde las más simples hasta las moderadamente severas, lo mas resaltante es que en relación a pacientes, el agrandamiento gingival se encuentra en el 33.3% del grupo de estudio y 13.3% en el grupo control, existiendo aquí una diferencia. En relación al número de piezas dentarias, la gingivitis marginal localizada es identificada 282 veces en el grupo de estudio (71.3%) y 209 casos en el grupo control (62.4%). La situación socioeconómica de ambos grupos es de media y baja. El índice de higiene oral, que presenta mayor porcentaje, en ambos grupos es de regular a malo, presenta una mala calificación en lo que concierne a educación y hábitos de higiene oral. Los estudios estadísticos, para esta investigación, encuentran / Tesis

L'étude des interactions entre un pathogène et son hôte, bien qu'ayant généralement pour objectif de contrôler l'infection par le pathogène, permet parfois de découvrir des éléments fondamentaux sur le fonctionnement de l'hôte. J'ai choisi d'étudier les fonctions cellulaires d'une protéine initialement identifiée comme un facteur de restriction du VIH-1. SAMHD1 (SAM domain and HD domain-containing protein 1) est une protéine exprimée dans la plupart des tissus humains. Elle est capable d'hydrolyser les déoxyribonucléotides triphosphates (dNTP) cellulaires et possède une activité nucléase ciblant différents acides nucléiques dont les ARN simple brin in vitro. Des mutations dans le gène SAMHD1 entraînent le développement d'une maladie auto-immune pouvant conduire à la mort précoce des nourrissons, ce qui suggère un rôle de la protéine correspondante dans la régulation de la réponse immunitaire. Il a été montré que SAMHD1 est un facteur de restriction capable d'empêcher l'infection de cellules ne se divisant pas par le VIH-1. La protéine virale Vpx, exprimée par le VIH-2, est capable d'induire la dégradation de SAMHD1 par le protéasome et permet de rendre permissives les cellules initialement résistantes à l'infection par le VIH. SAMHD1 est en réalité capable de restreindre l'infection par des virus aussi différents que les rétrovirus et le virus de l'herpès simplex 1. Néanmoins, le mécanisme permettant à SAMHD1 de contrecarrer différents virus reste aujourd'hui sujet à controverse. Initialement considéré comme agissant en dégradant les dNTP cellulaires, SAMHD1 semble également capable de dégrader l'ARN génomique du VIH-1. Si de nombreux travaux portent sur l'activité antivirale de SAMHD1, peu de données sont disponibles concernant la fonction cellulaire de cette protéine. Or SAMHD1 est capable de réguler la quantité de dNTP cellulaires et d'interagir avec certains acides nucléiques. Ces données font de SAMHD1 un acteur potentiel de différents processus cellulaires fondamentaux sensibles à la quantité intracellulaire de dNTP, notamment la réplication du génome ou la réparation des dommages à l'ADN. J'ai montré au cours de mon doctorat que SAMHD1 module le cycle cellulaire et notamment que la surexpression de cette protéine ralentit la prolifération cellulaire. J'ai également observé que la surexpression de SAMHD1 augmente la sensibilité des cellules aux agents induisant des ruptures double brin de l'ADN. De plus, j'ai découvert qu'en cas de ruptures double brin de l'ADN cellulaire, SAMHD1 est régulé de façon spécifique par phosphorylation sur sa thréonine 592 et est recruté aux sites de cassures. D'autres travaux ont confirmé l'importance de la régulation de SAMHD1 au cours du cycle cellulaire, sa surexpression et sa réduction induisant toutes deux un ralentissement de la prolifération cellulaire. En complément de mes résultats, quelques études suggèrent que SAMHD1 joue un rôle dans le maintien de l'intégrité du génome, qui pourrait être dû à son effet sur la réponse aux dommages à l'ADN. Dans l'ensemble, ces résultats font de SAMHD1 un garant de l'homéostasie cellulaire. J'ai de plus montré que l'expression de SAMHD1 est réduite chez environ 80% des patients souffrant de leucémie lymphoïde chronique. La perte de cette protéine est donc corrélée à l'apparition d'une maladie découlant de la perturbation du fonctionnement cellulaire. L'étude d'échantillons d'autres types de tumeurs montre que, dans de moindres proportions, l'altération de l'expression de SAMHD1 est une caractéristique générale des cancers. Mes travaux de doctorat soulignent ainsi le rôle fondamental de SAMHD1 dans le maintien de l'intégrité cellulaire. / Understanding host pathogen interactions reveals not only important information regarding the replication cycle of the pathogen but it often leads to the discovery and better understanding of key biological processes of the host. The aim of my PhD was to decipher the cellular functions of the HIV-1 restriction factor SAMHD1. SAMHD1 (SAM domain and HD domain-containing protein 1) is expressed in most human tissues. This protein is able to hydrolyze cellular deoxyribonucleotides triphosphate (dNTP) and possesses a nuclease activity primarily against single stranded RNA. Mutations in SAMHD1 have been described in patients suffering from an auto-immune disease causing premature death of newborns. This phenotype suggests a role of SAMHD1 in the control of immune response. Moreover, SAMHD1 restricts HIV-1 in non-cycling cells. The HIV-2 accessory protein Vpx induces SAMHD1 degradation by the proteasome, conferring cell permissiveness to HIV. In fact, the antiviral activity of SAMHD1 has been extended to other viruses including Herpes Simplex Virus 1 and Hepatitis B virus. Nevertheless, the mechanism by which SAMHD1 restrict HIV replication is debated. It was initially thought to act by depleting the dNTP pool but recent studies highlighted a potential role of SAMHD1 nuclease function in degrading HIV-1 genomic RNA. Many studies aiming at understanding the antiviral activity of SAMHD1 are being pursued, whereas little is known about the cellular function of this protein. The fact that SAMHD1 is able to regulate the cellular dNTP pool and to interact with nucleic acids suggests a key role of this protein in cellular processes, such as DNA replication and repair. During my PhD, I showed that SAMHD1 modulates the cell cycle, as the overexpression of this protein slows down cell proliferation. I also observed that SAMHD1 overexpression increases cellular sensitivity to double strand DNA breaks-inducing agents. Moreover I discovered that, after double strand breaks induction, SAMHD1 is specifically regulated by phosphorylation on its threonine 592 and recruited at the damaged sites. Other studies confirmed the importance of SAMHD1 regulation along the cell cycle as its overexpression and depletion both decrease cell proliferation. In addition to my observations, some studies suggested that SAMHD1 is important to maintain genomic integrity, presumably through its implication in DNA repair. Altogether, these results promote SAMHD1 as a key player in cellular homeostasis. I additionally showed that SAMHD1 expression is reduced in 80% of patients suffering from chronic lymphocytic leukemia (CLL). SAMHD1 loss is therefore correlated to the development of a disease due to disturbances of cellular integrity. Looking at samples from different types of tumors, I showed that SAMHD1 loss is shared between all tested cancers, although at lesser extent than in CLL. My PhD work underlines the central role of SAMHD1 to maintain cellular integrity.

Evalúa la efectividad del tratamiento antirretroviral en la transmisión vertical en embarazadas que asistieron al hospital Martin Icaza en el año 2014. Es una investigación de enfoque cuantitativo, tipo observacional, de corte transversal, retro-prospectivo. Revisa las historias clínicas de 40 gestantes con diagnóstico confirmativo de VIH con carga viral, recuento de CD4. La seguridad del tratamiento se valoró mediante las pruebas bioquímicas del perfil hepático y sanguíneo, la eficacia mediante las pruebas de determinación de carga viral para evidenciar la transmisión vertical. Determina la adherencia mediante una entrevista y el llenado de un cuestionario. Utiliza estadísticas descriptivas para el análisis de datos demográficos y las pruebas no paramétrica de Rho Sperman, Kolmogorov-Smirnov para determinar efectividad, seguridad y adherencia, trabaja con un intervalo de confianza del 95%. Encuentra que el 72% reporta valores de carga viral menor a 20 copias. El 63% de las gestantes presenta valores de CD4 mayor a 500. Todas recibieron TARGA en los 2 esquemas; TENOFOVIR + ENTRACITAVINA + EFAVIRENZ en el 82.5%; mientras que con el esquema de inhibidores de proteasas fueron el 17.5%, durante el parto sólo una gestante no tuvo profilaxis con AZT. En la eficacia del TARGA no hubo transmisión vertical postparto. Los niños y niñas son normales física y clínicamente. La adherencia al TARGA categoriza a las gestantes en cumplidoras al 95% con una actitud positiva al medicamento. Concluye que la efectividad y seguridad del TARGA en la reducción del riesgo de transmisión vertical de las gestantes al producto es del 100%, con una adherencia y cumplimiento del tratamiento del 95%, con una actitud positiva de beneficio para la madre y el bebe. / Tesis

L’autophagie est un mécanisme de l’immunité innée contre le VIH-1 déclenché très rapidement dans les cellules T CD4 par les protéines d’enveloppe du virus (Env). Dans les cellules T CD4 appelées « bystander », c’est-à-dire où l’infection est abortive, l’autophagie entraine l’apoptose. Dans les cellules T CD4 infectées de façon productive, l’autophagie est inhibée, empêchant ainsi à la fois la dégradation du virus et/ou des protéines virales et l’apoptose médiée par Env. Le but de cette étude de doctorat est de comprendre comment l’autophagie est bloquée dans les cellules T CD4 infectées par le VIH-1. Durant la première année de ma thèse, j’ai contribué au travail montrant que Vif nouvellement synthétisé bloque l’autophagie dans les lymphocytes T CD4 infectés. Les données ont été publiées en Janvier 2015 dans AIDS sous le titre «HIV-1 viral infectivity factor interacts with microtubule-associated protein light chain 3 and inhibits autophagy». Ensuite, j’ai montré que Vpr contribue aussi à l’inhibition de l’autophagie. En effet, Vpr ectopique diminue grandement le nombre des autophagosomes présents dans les cellules T CD4 quand l’autophagie est induite par un inhibiteur de mTOR. De même, Vpr incorporé dans les virions diminue le nombre des autophagosomes présents dans les cellules T CD4 très rapidement après leur infection productive (4h et 8h). Dans le but de définir le mécanisme par lequel la protéine Vpr entraine ce blocage, j’ai fait des expériences de GST pull-down et j’ai identifié que Vpr interagit avec BNIP3, une protéine pro-autophagique. De plus, le niveau d’expression de BNIP3 est augmenté dans les cellules T CD4 après le contact avec Env, suggérant que BNIP3 pourrait être impliqué dans l’induction de l’autophagie médiée par l’Env. Vpr co-localise avec BNIP3 et Vpr incorporé dans les virions induit une diminution drastique du niveau d’expression de BNIP3 après 8 heures d’infection. En conclusion, j’ai montré qu’au moins deux protéines du VIH-1 sont séquentiellement impliquées dans l’inhibition de l’autophagie dans les cellules T CD4 infectées par le VIH-1, Vpr qui contrôle l’autophagie durant la phase précoce de l’infection, et Vif néo-synthétisé qui inhibe l’autophagie après la transcription du génome viral. La compréhension complète des mécanismes par lesquels le VIH-1 inhibe l’autophagie devrait à terme permettre l’élaboration de nouvelles stratégies thérapeutiques pour lutter contre ce virus. / Autophagy is a potent anti-HIV-1 mechanism. It is triggered in CD4 T cells by the viral envelope (Env) upon HIV-1 entry. In bystander CD4 T cells, autophagy leads to apoptosis. In productively infected CD4 T cells, autophagy is inhibited, preventing thus HIV-1 virophagy and Env-mediated apoptosis. The aim of my PhD study was to understand how autophagy is blocked in the HIV-1-infected CD4 T cells. During the first year of my thesis, I contributed to the work demonstrating that Vif neosynthesized blocks autophagy in the infected CD4 T lymphocytes. The data were published in January 2015 in AIDS under the title “HIV-1 viral infectivity factor interacts with microtubule-associated protein light chain 3 and inhibits autophagy”. Then, I demonstrated that Vpr contributes also to the inhibition of autophagy. Indeed, both ectopic expression of Vpr and Vpr incorporated into the virions decrease the number of autophagosomes in CD4 T cells when autophagy is induced by an inhibitor of mTOR and Env, respectively. To define the mechanism by which HIV-1 Vpr inhibits autophagy, I performed GST pull-down experiments and identified that Vpr interacts with BNIP3, a pro-autophagic protein. Importantly, BNIP3 expression level is increased in CD4 T cells upon Env contact, suggesting that BNIP3 could be responsible for the Env-mediated induction of autophagy. Furthermore, Vpr co-localizes with BNIP3 and viral incorporated Vpr decreases BNIP3 levels after 8 hours of infection. In conclusion, I demonstrated that at least two HIV-1 proteins are sequentially involved in the inhibition of autophagy in HIV-1-infected CD4 T cells, Vpr that controls autophagy during the early phase of infection, and then neo-synthesized Vif that inhibits autophagy after HIV-1 genome transcription. The complete understanding of the mechanisms by which HIV-1 inhibits autophagy should lead to the rising of new molecular strategies to fight against this virus.

Contexte: Les travailleuses du sexe (TS) sont un groupe à risque de l’infection à VIH, jouant un rôle majeur dans la dynamique de l’épidémie en Afrique de l’Ouest. Les interventions de prévention et de prise en charge du VIH ciblant ces femmes sont donc indispensables, mais leur contenu reste à définir. Nous avons conçu un paquet d’intervention qui combinait la prévention et les soins, et estimé son impact sur l’incidence du VIH. Méthodes: Entre septembre 2009 et septembre 2010, nous avons réalisé une étude transversale à Ouagadougou (Burkina Faso) suivie d’une étude de cohorte interventionnelle chez des jeunes TS âgées de 18 à 25 ans, avec un suivi trimestriel pendant 21 mois maximum. Le paquet d’intervention de la cohorte combinait des activités de prévention effectuées par des pairs (sessions de communication pour un changement de comportement) et de soins (IST, VIH, soins généraux, santé sexuelle et reproductive, soutien psychologique).A chaque visite, les comportements sexuels étaient collectés par un questionnaire ; des tests VIH, HSV-2 et de grossesses étaient réalisés. L’incidence de l’infection à VIH observée dans la cohorte a été comparée à l’incidence attendue en absence d’intervention. Cette dernière a été estimée grâce à un modèle mathématique de Bernouilli utilisant les données collectées chez les clients des TS, et des estimations de paramètres clés issus de la littérature.Durant le suivi, nous avons défini un comportement à risque comme le premier épisode d’un évènement biologique résultant d’un rapport sexuel non-protégé : grossesse non-désirée, primo-infection HSV-2 ou à T. vaginalis. Nous avons utilisé un modèle logistique à effet aléatoire pour identifier les déterminants de ces comportements à risque durant le suivi.Résultats: Parmi les 609 travailleuses du sexe pré-sélectionnées dont 188 (30,9%) professionnelles, la prévalence du VIH était de 10,3% chez les professionnelles et 6,5% chez les non-professionnelles l’âge médian était de 21 ans. Au total, 41,2% des professionnelles et 47,5% des non-professionnelles rapportaient une utilisation non systématique du préservatif, principalement avec leurs partenaires réguliers.Dans cette étude transversale, l’infection à VIH était associée à l’âge (aOR=1,44; IC95%: 1,22-1,71), la vie en couple (AOR=2,70; IC95%: 1,21-6,04), et l’infection à T. vaginalis (aOR=9,63; IC95%: 2,93-31,59), tandis que la réalisation antérieure d’un test VIH réduisait nettement ce risque (AOR=0,18; IC95%: 0,08-0,40). Les 321 TS non-infectées par le VIH incluses dans la cohorte ont effectué un suivi total de 409 personne-années (p-a). Aucune participante n’a fait une séroconversion au VIH durant le suivi (0/409 p-a) alors que l’incidence attendue modélisée était de 5,05/409 p-a (IC95%, 5,01-5,08) soit 1,23 infection/100 p-a (p=0,005). Cette incidence nulle était associée à une réduction du nombre de partenaires réguliers et de clients réguliers ainsi qu’à une augmentation du taux d’utilisation constante du préservatif avec les nouveaux clients (aOR =2,19; IC95%, 1,16-4,14) et avec les clients réguliers (aOR=2,18; IC95%, 1,26-3,76). Cependant, les comportements à risque restaient élevés durant l’intervention : 26,7/100 p-a (IC95%, 24,1-33,7). Ce risque résiduel était plus élevé chez les TS vivant en couple (aOR =7,47, IC95%, 1,70-30,80) et chez les non-professionnelles (AOR =5,53, IC95%, 1,75-16,84). Ces dernières avaient le plus tendance à ne pas déclarer les comportements à risque lors des interviews. Conclusions: Notre étude a démontré la nécessité de cibler les jeunes TS par des interventions adaptées.Notre paquet d’intervention combinant la prévention du VIH et les soins a permis de réduire l’incidence du VIH chez les jeunes travailleuses du sexe au Burkina Faso. Les interventions devront se focaliser sur le dépistage du VIH, les TS non-professionnelles et les partenaires réguliers. / Background: In West Africa, interventions targeting female sex workers (FSW) are crucial to impact on the HIV dynamics. However, the contents and efficacy of these interventions are unclear, and identifying the most at risk FSW in order to adapt these interventions remain challenging, partly because of the limitations of self-reported sexual behaviours. We therefore designed a comprehensive dedicated intervention targeting young female sex workers, and assessed its impact on HIV incidence in Burkina Faso and the reliability of interview data. Methods: From September 2009 to September 2010 we conducted a cross sectional study in Ouagadougou, Burkina Faso. Then HIV-uninfected FSW aged 18-25 years were enrolled in a prospective interventional cohort. The participants were followed quarterly for a maximum of 21 months. The intervention group received a package which combined prevention and care within the same setting, and consisting of peer-led education sessions, psychological support, sexually transmitted infections and HIV care, general routine health care, and reproductive health services. At each visit, behavioural characteristics were collected and HIV, HSV-2 and pregnancy were tested. High-risk behaviour was defined as the first occurrence of any biological event resulting from unsafe sex, including unexpected pregnancy or HSV-2 or T. vaginalis infection. We used random logistic models to assess the relationship between socio-demographic characteristics and the residual high risk behaviours during the intervention.We compared the cohort HIV incidence with a Bernoulli modelled expected incidence in the absence of intervention, using data collected at the same time from FSW clients and key parameters from the litterature. Results: We screened 609 FSW including 188 (30.9%) professionals. Their median age was 21 years [IQR, 19-23], and the prevalence of HIV was 10.3% among professionals and 6.5% among non-professionals. Overall, 277 (45.6%) women reported high-risk behaviours (41.2% among professionals and 47.5% among non-professionals), which were driven mainly by non-consistent condom use with regular partners. In multivariable analysis, before the intervention, HIV infection was associated with older age (AOR=1.44; 95%CI: 1.22-1.71), with being married/cohabiting (AOR=2.70; 95%CI: 1.21-6.04), and with T. vaginalis infection (AOR=9.63; 95%CI: 2.93-31.59), while previous HIV testing was associated with a decreased risk (AOR=0.18; 95%CI: 0.08-0.40).The 321 HIV-uninfected FSW enrolled in the cohort completed 409 person-years of follow-up. No participant seroconverted for HIV during the study while the expected modelled number of HIV infections were 5.05 (95%CI, 5.01-5.08) during the same follow-up (409 person-years) or 1.23 infection per 100 person-years (p=0.005). This null incidence was related to a reduction in the number of regular partners and regular clients, and to an increase in consistent condom use with casual clients (AOR =2.19; 95%CI, 1.16-4.14, p=0.01) and with regular clients (AOR=2.18; 95%CI, 1.26-3.76, p=0.005). However, the incidence of residual risk was high, at 26.7/100 person-years (95% CI, 24.1-33.7). The residual risk was higher among FSW living in couple (adjusted odd ratio [AOR] =7.47, 95% CI, 1.70-30.80) and among those for whom sex work was not the main source of income (AOR =5.53, 95% CI, 1.75-16.84). The latter also tended not to report high-risk behaviours during face –to–face interview. Conclusions: This study highlights the need for targeted interventions among young FSW focusing particularly on non-professionals, sexual behaviours with regular partners and regular HIV testing. The ANRS 1222 study intervention package which combined peer-based prevention and care within the same setting markedly reduced HIV incidence among young female sex workers in Burkina Faso, through reduced risky behaviours.

Les hépatites virales constituent un enjeu majeur de santé public dans le domaine des maladies infectieuses. L’enjeu pour les prochaines années sera de mettre en œuvre des stratégies de dépistage et de de prise en charge des hépatites virales et du VIH, en particulier chez les usagers de drogue par voie intraveineuse et dans les pays à ressources limitées. Dans ce travail de thèse nous avons évalué des outils et des stratégies nouvelles pour améliorer le diagnostic et la prise en charge des infections par le VIH et le VHC dans les pays du Sud. Notre première étude porte sur l’évaluation de la performance diagnostique de la primo-infection du VIH sur Dried serum spot (DSS) par rapport aux tests rapides. Cette étude a été rétrospectivement réalisée chez 39 cas diagnostiqué Primo-infection du VIH entre 2000 et 2012 au CHU de Montpellier. En comparant avec le résultat sur le DSS, nous avons réussi à avoir une sensibilité de 87.2% (34/39) avec PCR Ag/Ac combiné 4eGeneration (ElecsysCombi PT test reactive et Liaison XL test reactive) témoignant de la bonne performance de ce test. Nous avons réalisé par la suite une étude clinico-virologique chez 104 patients co-infectés par le VIH et le VHC à Haiphong, Vietnam (ANRS 12262). C’est pour la première fois qu’une telle étude descriptive (évaluation clinico-virologique, évaluation de la fibrose hépatique avec les marqueurs biologiques recommandés par l’OMS et également par le Fibroscan®) est réalisée dans cette population au Vietnam. L’évaluation clinique, l’analyse des tests biochimiques et virologique et celle de la fibrose par l’élastographie hépatique (Fibroscan®, Echosens) ont été réalisées Parmi 104 patients, 93 (89,4%) avaient des ARN du VHC détectable (médiane 6,19 (4,95 à 6,83 log10 UI / mL). La plupart des patients ont été infectés par les génotypes 1a/1b (69%) et les génotypes 6a/6e (26%). 43 patients (41,3%) présentaient une fibrose significative (≥ F2), dont 24 patients (23,1%) avec une fibrose extensive (F3) et/ou une cirrhose hépatique (F4). L’évaluation de la fibrose hépatique par l’élastométrie (Fibroscan®) est utilisée comme l’examen de référence à comparer avec le test APRI (AST-to-platelet ratio index) recommandé par l’OMS dans la prise en charge des patients infectés par le VHC dans les pays à ressource limitée, en prenant le cut-off élevé supérieur ou égale à 2, nous avons réussi à classifier les fibroses sévères/cirrhose hépatique avec une sensibilité à 90% et une spécificité à 84% (Se: 90%, Sp: 84%, AUROC = 0,93, IC 95%: 0,86 à 0,99).Notre dernière étude a évalué la réponse des marqueurs immunologiques à l’association de Peginterféronα (PegIFNα) et ribavirine. Nous avons étudié la concentration des 25 cytokines chez 30 patients co-infectés par le VIH et le VHC. Les résultats ont été comparés entre les patients classés « RVS » (réponse virologique soutenue) (RVS, n = 19) et les non-répondeurs (NR, n = 11). Le changement en concentration des cytokines lié à la thérapie PegIFNα-ribavirine a été observé chez les patients RVS et NR. Le changement en concentration sérique de l'IL-8, MIP-1β; et MCP-1 pourrait être associé à l'efficacité de la bithérapie PegIFNα-ribavirine chez les patients co-infectés par le VIH et le VHC.L’amélioration du dépistage et du diagnostic est un élément primordial faisant partie du contrôle de ces infections virales. Notre étude a renforcé l’hypothèse de l’utilité de DBS. Le Fibroscan® et les marqueurs biologiques (APRI Test) sont des outils intéressants pour l’évaluation de la fibrose hépatique dans les pays à ressources limitées. Mot clés : Co-infection HIV-VHC, usagers de drogues par voie intraveineuse, dried blood Ssot, fibrose hépatique, fibroscan, APRI, interféron pégylé, Vietnam. / Chronic viral hepatitis is a major public health issue worldwide in the field of infectious dis and mostly affects resource-constrained countries. The challenge for the resource-limited countries is to implement the strategies for screening and management of viral hepatitis, particularly for hepatitis C among people who inject drugs.In this thesis we have evaluated new tests and strategies to improved diagnosis and therapeutic monitoring of HCV and HIV infection in low resource setting. The first study evaluated the performances of HIV testing using filter paper (DSS – Dried serum spot) compared with rapid tests during the early phase of HIV infections. A total of 39 serum samples form newly diagnosed HIV infected persons was included. Fourth generation immunoassays (ElecsysCombi PT test reactive and Liaison XL test reactive) identified 34 out of 39 HIV early infections using dried serum spot, whereas the Determine TM HIV-1/2 rapid test detected 24 out of 39 HIV positive serum (87.2% vs 61.5% respectively, p = 0.009). Fourth generation Ag/Ab immunoassays performed on DSS had good performance for HIV testing during the early phases of HIV infection. In the second study, we conducted a cross-sectional study aimed to assess the proportion of clinically significant fibrosis in HIV/HCV-co-infected patients followed in Viet Tiep Hospital in Haiphong, Northern Vietnam. From February to March 2014, 104 HIV-HCV coinfected patients receiving antiretroviral therapy (ART) were prospectively enrolled. 93 (89.4%) had detectable HCV RNA, median 6.19 (4.95-6.83 Log10 IU/mL). Patients were mainly infected with genotypes 1a/1b (69%) and genotypes 6a/6e (26%). 43 patients (41.3%) had fibrosis ≥ F2 including 24 patients (23.1%) with extensive fibrosis (F3) and/or cirrhosis (F4). Using Fibroscan® as a gold standard, the high threshold (2) of AST-to-platelet ratio index (APRI) had very good performances for the diagnosis of extensive fibrosis/cirrhosis (Se: 90%, Sp: 84%, AUROC=0.93, 95%CI: 0.86-0.99).In the last study, the impact of pegylated interferonα (PegINFα) and ribavirin therapy on T cell immune response was explored in HIV/HCV coinfected patients. Concentrations of 25 cytokines and CD8+ T cell activation were monitored in HCV/HIV co-infected patients. Results were compared between patients retrospectively classified as sustained virological responders (SVR, n=19) and non-responders (NR, n = 11). High pretreatment concentrations of IP-10 (CXCL-10) and MCP-1 (CCL-2) were associated with poor anti-HCV response. Highest rise in MIP-1β; and MCP-1 levels was observed four weeks after anti-HCV treatment initiation in SVR compared to NR, whereas a decrease of IL-8 concentration was associated with treatment failure (p= 0.052). Treatment based on drugs having immunomodulating activities may benefits from immunomonitoring using multiplex techniques. In conclusion, improving access to HIV and HCV diagnosis and monitoring are critical toward the control of these infections. Our work performed illustrate how dried blood spot, point of care testing, Fibroscan and simplified assays may contribute to HIV and HCV care in low resource setting. Key word : Co-infection HIV-HCV, IV drug user, dried blood Spot, liver fibrosis, fibroscan, APRI, Pegylated interferon, Vietnam.

Malgré leur efficacité pour réduire la réplication du VIH, les traitements antirétroviraux ne s’accompagnent pas systématiquement de la restauration du compartiment des lymphocytes T CD4+ périphériques. L’espérance et la qualité de vie des individus en échec immunologique sont grandement impactées. Concomitante avec les anomalies périphériques, une atteinte des progéniteurs hématopoïétiques rend compte des fréquentes cytopénies observées au cours des stades tardifs de l’infection. Si l’infection directe des progéniteurs CD34+ reste marginale, les études qualitatives menées in vitro évoquent la perturbation du potentiel de différenciation de ces cellules.Nous avons sélectionné et apparié les patients infectés par le VIH à chaque extrême quand au profil de leur restauration immunitaire et un groupe de donneurs non infectés. Les répondeurs (IR) et non répondeurs immunologiques (INR) traités depuis plus de 8 ans présentaient les caractéristiques similaires pour chaque paramètre pouvant impacter la magnitude de la reconstitution du système immunitaire. Les INR montraient l’activation chronique du système immunitaire, l’inflammation persistante et les signes de l’atteinte de la thymopoïèse. La fréquence des progéniteurs hématopoïétiques circulants n’étant pas différente entre les deux groupes de patients, nous avons analysé le potentiel de ces cellules aux stades pré-thymiques de la différenciation.En utilisant un système de co-culture des progéniteurs hématopoïétiques avec une lignée stromale OP9-DL1 (différenciation T) ou MS5 (différenciation B et NK) avec un cocktail cytokinique approprié, nous avons mis en évidence l’altération du potentiel de différenciation T des cellules issues de patients INR impactant leur restauration périphérique. Ce n’était pas le cas chez les patients IR qui étaient similaires aux donneurs non-VIH. En revanche, le potentiel NK était impacté chez tous les patients infectés en comparaison aux donneurs. Finalement aucune anomalie de potentiel B n’était révélée.En étudiant les voies moléculaires de l’engagement des précurseurs T (Notch), de leur prolifération (IL-7/IL7R) et leur survie (Fas/FasL, TNFR, caspase-1, P2X7) nous avons constaté une diminution de la viabilité des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ qui présentaient d’avantage d’activation de la caspase-1 qui orchestrait la mort cellulaire par pyroptose. De plus, l’expression de certains gènes-cibles de Notch était clairement Notch-indépendante. Néanmoins, les différences dans le profil transcriptionnel de BCL11B entre les patients IR et INR nous ont permis de proposer un modèle selon lequel la différenciation T était promue chez les patients IR au dépit de celle des précurseurs NK. Enfin, les progéniteurs CD34+ de patients INR présentait la surexpression du P2X7 (récepteur à l’ATP extracellulaire) et l’absence de l’ectonucléotidase CD73 (hydrolyse de l’ATP) ce qui suggérait leur susceptibilité accrue aux nucléotides extracellulaires.L’ensemble de données nous permet de postuler qu’il existe un microenvironnement hautement inflammatoire dans la niche médullaire des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ qui perturbe leur survie et différenciation. Cette mortalité accrue des cellules CD34+ et probablement des cellules voisines amplifie l’inflammation locale. Ce processus est compensé chez certains patients par la meilleure différenciation T des progéniteurs CD34+ et la réponse immunologique qui s’en suit. Quand ce n’est pas le cas l’atteinte de la lymphopoïèse est importante et l’absence de la reconstitution de la population des lymphocytes T CD4+ périphériques est observée. Ainsi, nous pensons avoir identifié une population de patients infectés par le VIH pour qui les interventions ponctuelles avec les médicaments anti-inflammatoires (par exemple, les antagonistes du P2X7) peuvent s’avérer d’un bénéfice clinique irréfutable. / Despite the efficient reduction of the HIV replication, the administration of combination antiretroviral therapy (c-ART) is not systematically accompanied by the restoration of the peripheral T CD4+ lymphocyte compartment. The life expectancy and quality are severely impacted in individuals with immunological failure. Together with peripheral abnormalities, an alteration of CD34+ hematopoietic progenitor may explain the frequency of the cytopenia observed in the latest stages of the disease. While a direct infection of CD34+ progenitors is thought to be extremely rare, quantitative studies performed in vitro have highlighted the impairment of the differentiation potential of these cells.We selected and matched individuals infected with HIV presenting extremely opposite immunological profile in response to c-ART as well as non-infected donors. The Immune Responders (IR) and Immune Non Responders (INR) treated since more than 8 years, presented similar characteristics for each parameter known to be involved in poor reconstitution of immune system. INR patients showed chronic immune activation, persistent inflammation and thymic regeneration failure. The frequency of circulating CD34 hematopoietic progenitors being not different between both groups of patients, we analyzed the differentiation potential of these cells at pre-thymic stages of lymphopoiesis.Using a co-culture system of hematopoietic progenitors with stromal cell lines OP9-DL1 (T-cell assay) or MS5 (B- and NK-cells assay) with appropriate cytokines, we highlighted an alteration of T-cell differentiation potential in INRs impacting their peripheral restoration. This was not observed in IRs who were similar to non-HIV donors. On the other hand, NK-cell differentiation potential was impaired in both groups of patients in comparison to non-HIV donors. Lastly, no abnormalities in B-cell potential were revealed.Studying molecular pathways involved in T-cell specification (Notch), proliferation (IL-7/IL7R) and survival (Fas/FasL, TNFR, caspase-1, P2X7) we observed the decreased viability of hematopoietic progenitors in HIV patients with increased caspase-1 activation involved in cellular death by pyroptosis. Moreover, expression of some Notch target genes was clearly Notch-independent. However, differences in transcriptional profile of BCL11B between IRs and INRs allowed us to postulate that T-cell differentiation is promoted over NK-cell differentiation in IR patients. Finally, CD34+ cells from INRs presented P2X7 overexpression (extracellular ATP receptor) and absence of CD73 ectonucleotidase (ATP hydrolysis) pointing out their increased susceptibility to extracellular nucleotides.Taken together our data, we postulate that highly inflammatory microenvironment of hematopoietic progenitor’s bone marrow niche disturbs their survival and differentiation in HIV patients. Thus, increased cellular death of CD34+ cells and probably neighboring cells amplifies the local inflammation. This is compensated in some patients by enhanced T-cell differentiation of CD34+ progenitors and results in immunological success. When it is not the case, the alteration of lymphopoiesis is important and the absence of reconstitution of peripheral T CD4+ lymphocyte compartment is noted. We believe have identified the population of HIV-infected individuals who will benefit from occasional administration of anti-inflammatory drugs (such as P2X7 antagonists).