A capacidade de adquirir, com facilidade, resistência à terapia antimicrobiana torna-se uma das características mais estudadas em Acinetobacter sp., mundialmente conhecido por estar relacionado a surtos de infecções associadas à assistência a saúde (IAAS) e por ser apontado como um grave problema de saúde pública. Embora isolados clínicos desse gênero sejam extensivamente estudados quanto à presença e a diversidade de genes do tipo OXA-carbapenemases,existem poucos estudos sobre essa relação em isolados ambientais. Este trabalho teve como objetivo determinar a presença de carbapenemases do tipo OXA (e sua diversidade), de ISAba1 e de sua relação com as carbapenemases em isolados clínicos e de esgoto hospitalar de Acinetobacter sp. na cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Um total de 310 isolados (145 clínicos e 165 ambientais) foram submetidos a análise por PCR das regiões genéticas de interesse. A diversidade dos genes do tipo blaOXA-51 foi realizada por DGGE. Os resultados indicam a presença do gene blaOXA-58 em um isolado, pela primeira vez no Brasil. A sequência ISAba1 foi frequentemente encontrada (92,9%), porém, a sua associação com blaOXA-51 foi baixa e encontrada em 9,8% dos isolados clínicos e em 6,5% dos isolados ambientais. A análise de diversidade revelou uma baixa freqüência de alelos de OXA-51 entre os isolados estudados, sendo blaOXA-65 a variante mais encontrada. Contudo, podemos afirmar que o esgoto hospitalar analisado constitui-se de uma fonte de contaminação de bactérias patogênicas e que as precárias políticas de saneamento podem proporcionar a disseminação de multirresistência para o meio ambiente. / The ability of easily acquiring resistance to antimicrobial therapy becomes one of the most studied features in Acinetobacter sp., world renowned for being related to outbreaks of infection associated with health care and for being appointed as a serious public health problem. Although clinical isolates of this genus are extensively studied for the presence and diversity of OXAcarbapenemase genes, there are few studies about this relationship in environmental isolates. This study aimed to determine the presence of OXAtype carbapenemases (and yours diversity), of ISAba1 and its relationship with carbapenemases in clinical and hospital sewage isolates of Acinetobacter sp. in Porto Alegre, Rio Grande do Sul. A total of 310 strains (145 of clinical origin and 165 of environmental origin) were subjected to PCR analysis of genetic regions of interest. The diversity of blaOXA-51-like genes was performed by DGGE. The results indicate the presence of the gene blaOXA-58 in an isolated, for the first time in Brazil. ISAba1 was frequently found (92.9%) but its association with blaOXA-51-like was low and was found in 9.8% of clinical isolates and in 6.5% of environmental isolates. The diversity analysis showed that there is a low frequency of alleles of OXA-51 among the studied isolates being blaOXA-65 variant the most often found. However, we can state that the hospital sewage is considered to be a source of pathogenic bacteria contamination and that the poor sanitation politics contributes to the spread of multidrug resistance in the environment.

Nas últimas três décadas, o A. baumannii passou de um germe de patogenicidade questionável para um importante agente causador de infecções no mundo, principalmente por sua capacidade de se tornar resistente aos antimicrobianos. Surtos de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (ABRC) têm sido descritos em vários países. O objetivo deste estudo foi avaliar a mortalidade, em 30 dias, de pacientes colonizados e/ou infectados por ABRC, bem como os fatores preditores desse desfecho. Uma coorte história foi conduzida durante o período de março de 2006 a dezembro de 2008, e os pacientes internados em uma Unidade de Terapia Intensiva (UTI) de hospital terciário de Porto Alegre com cultura positiva para ABRC foram incluídos. Os potenciais preditores de mortalidade foram avaliados. Foram incluídos 66 pacientes, e a taxa de mortalidade em 30 dias foi de 47%. Na análise de regressão multivariada, a presença de choque séptico e o escore de gravidade APACHE II no momento da identificação do ABRC foram os fatores de risco estatisticamente significativos associados à mortalidade. Terapia antimicrobiana apropriada foi um fator protetor, embora sem significância estatística, fato que pode ser em razão do uso de doses subótimas de polimixina B. O mecanismo de resistência identificado nas amostras testadas foi a produção de OXA-23, e foram identificados quatro clones envolvidos no surto. Apesar de não atingir significância estatística no modelo de análise multivariada, pacientes que receberam terapia adequada para infecções por ABRC apresentaram forte tendência a menor mortalidade em 30 dias. Terapêutica adequada pode ser a única variável modificável capaz de influir beneficamente no desfecho clínico de pacientes com infecções por ABRC.

A capacidade de adquirir, com facilidade, resistência à terapia antimicrobiana torna-se uma das características mais estudadas em Acinetobacter sp., mundialmente conhecido por estar relacionado a surtos de infecções associadas à assistência a saúde (IAAS) e por ser apontado como um grave problema de saúde pública. Embora isolados clínicos desse gênero sejam extensivamente estudados quanto à presença e a diversidade de genes do tipo OXA-carbapenemases,existem poucos estudos sobre essa relação em isolados ambientais. Este trabalho teve como objetivo determinar a presença de carbapenemases do tipo OXA (e sua diversidade), de ISAba1 e de sua relação com as carbapenemases em isolados clínicos e de esgoto hospitalar de Acinetobacter sp. na cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Um total de 310 isolados (145 clínicos e 165 ambientais) foram submetidos a análise por PCR das regiões genéticas de interesse. A diversidade dos genes do tipo blaOXA-51 foi realizada por DGGE. Os resultados indicam a presença do gene blaOXA-58 em um isolado, pela primeira vez no Brasil. A sequência ISAba1 foi frequentemente encontrada (92,9%), porém, a sua associação com blaOXA-51 foi baixa e encontrada em 9,8% dos isolados clínicos e em 6,5% dos isolados ambientais. A análise de diversidade revelou uma baixa freqüência de alelos de OXA-51 entre os isolados estudados, sendo blaOXA-65 a variante mais encontrada. Contudo, podemos afirmar que o esgoto hospitalar analisado constitui-se de uma fonte de contaminação de bactérias patogênicas e que as precárias políticas de saneamento podem proporcionar a disseminação de multirresistência para o meio ambiente. / The ability of easily acquiring resistance to antimicrobial therapy becomes one of the most studied features in Acinetobacter sp., world renowned for being related to outbreaks of infection associated with health care and for being appointed as a serious public health problem. Although clinical isolates of this genus are extensively studied for the presence and diversity of OXAcarbapenemase genes, there are few studies about this relationship in environmental isolates. This study aimed to determine the presence of OXAtype carbapenemases (and yours diversity), of ISAba1 and its relationship with carbapenemases in clinical and hospital sewage isolates of Acinetobacter sp. in Porto Alegre, Rio Grande do Sul. A total of 310 strains (145 of clinical origin and 165 of environmental origin) were subjected to PCR analysis of genetic regions of interest. The diversity of blaOXA-51-like genes was performed by DGGE. The results indicate the presence of the gene blaOXA-58 in an isolated, for the first time in Brazil. ISAba1 was frequently found (92.9%) but its association with blaOXA-51-like was low and was found in 9.8% of clinical isolates and in 6.5% of environmental isolates. The diversity analysis showed that there is a low frequency of alleles of OXA-51 among the studied isolates being blaOXA-65 variant the most often found. However, we can state that the hospital sewage is considered to be a source of pathogenic bacteria contamination and that the poor sanitation politics contributes to the spread of multidrug resistance in the environment.

Acinetobacter baumannii é um dos principais patógenos associados a infecções nosocomiais, incluindo pneumonias, meningites secundárias, infecções urinárias e bacteremias. Esse microrganismo apresenta uma grande capacidade de se disseminar, além de adquirir novos mecanismos de resistência. Devido a essas propriedades, numerosos surtos de Acinetobacter baumannii multirresistente têm sido relatados em diversos países, inclusive no Brasil. O objetivo deste estudo foi analisar mecanismos envolvidos na resistência em Acinetobacter baumannii, avaliando a relação de elementos promotores com o aumento da resistência aos carbapenêmicos, além de analisar a presença de integrons envolvidos na disseminação de genes de resistência. Este foi um estudo transversal experimental no qual foram incluídas amostras provenientes de cinco hospitais da cidade de Porto Alegre obtidas no período de julho de 2007 a junho de 2008. Foram selecionados 41 isolados resistentes aos carbapenêmicos representantes de diferentes clones determinados por pulsed field gel eletrophoresis (PFGE) além de 17 amostras sensíveis aos carbapenêmicos, totalizando 58 isolados no estudo. Todos os isolados analisados apresentaram o gene blaOXA-51-like, caracterizando a espécie A. baumannii. Integrons de classe 2 foram os mais prevalentes (50; 86.2%) nos isolados testados, entretanto, integrons de classe 1 (15; 25.9%) também foram detectados. O elemento de inserção ISAba1 foi evidenciado em associação com o gene blaOXA-23-like em 36 isolados resistentes, e demonstrou uma significativa relação (p<0,001) com o aumento das concentrações inibitórias mínimas (MICs) dos carbapenêmicos imipenem e meropenem. A associação de ISAba1 com blaOXA-51-like não apresentou relação com aumento das MICs para os carbapenêmicos. A partir dos dados mostrados nesse trabalho, demonstramos a importância do elemento ISAba1, quando associado ao gene blaOXA-23-like, no aumento dos níveis de resistência aos carbapenêmicos meropenem e imipenem. A presença de integrons em todos os isolados resistentes aos carbapenêmicos reitera a importância desses elementos na disseminação de determinantes da resistência entre isolados de A. baumannii.

Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii is the top-ranked pathogen in the World Health Organization priority list of antibiotic-resistant bacteria. It emerged as a global pathogen due to the successful expansion of a few epidemic lineages, or international clones (ICs), producing acquired class D carbapenemases (OXA-type). During the past decade, however, reports regarding IC-I isolates in Latin America are scarce and are non-existent for IC-II and IC-III isolates. This study evaluates the molecular mechanisms of carbapenem resistance and the epidemiology of 80 non-duplicate clinical samples of A. baumannii collected from February 2014 through April 2016 at two tertiary care hospitals in Lima. Almost all isolates were carbapenem-resistant (97.5%), and susceptibility only remained high for colistin (95%). Pulsed-field gel electrophoresis showed two main clusters spread between both hospitals: cluster D containing 51 isolates (63.8%) associated with sequence type 2 (ST2) and carrying OXA-72, and cluster F containing 13 isolates (16.3%) associated with ST79 and also carrying OXA-72. ST2 and ST79 were endemic in at least one of the hospitals. ST1 and ST3 OXA-23-producing isolates were also identified. They accounted for sporadic hospital isolates. Interestingly, two isolates carried the novel OXA-253 variant of OXA-143 together with an upstream novel insertion sequence (ISAba47). While the predominant A. baumannii lineages in Latin America are linked to ST79, ST25, ST15, and ST1 producing OXA-23 enzymes, we report the emergence of highly resistant ST2 (IC-II) isolates in Peru producing OXA-72 and the first identification of ST3 isolates (IC-III) in Latin America, both considered a serious threat to public health worldwide. / This study was supported by Cienciactiva of CONCYTEC, contract no. 164-2016-FONDECYT; Planes Nacionales de I+D+i 2008-2011/2013-2016, Instituto de Salud Carlos III, Subdirección General de Redes y Centros de Investigación Cooperativa, Ministerio de Economía y Competitividad, Spanish Network for Research in Infectious Diseases (REIPI RD12/0015/0013 and REIPI RD16/0016/ 0010); the 2017 call for Strategic Action on Health (PI17/01932), co-financed by European Development Regional Fund “A way to achieve Europe” and operative program Intelligent Growth 2014-2020; and grant 2014 SGR 0653 from the Departament d’Universitats, Recerca i Societat de la Informació, of the Generalitat de Catalunya. I.R. was supported by the Department of Health, Generalitat de Catalunya, grant SLT002/16/00349. Part of these data have been presented as a poster communication at the 18th International Congress on Infectious Diseases, 3–4 March, 2018, Buenos Aires, Argentina, and at the XXVIII-European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), Madrid (Spain), 21–24 April, 2018 / Revisión por pares

Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-30T13:02:59Z No. of bitstreams: 1 cp108652.pdf: 3211869 bytes, checksum: 99fdf86f3617cb57359337d87c540797 (MD5) / Approved for entry into archive by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-06-30T13:03:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cp108652.pdf: 3211869 bytes, checksum: 99fdf86f3617cb57359337d87c540797 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-30T13:03:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cp108652.pdf: 3211869 bytes, checksum: 99fdf86f3617cb57359337d87c540797 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / FAPESP: 04/14434-3

Acinetobacter baumannii é um patógeno nosocomial que está envolvido em um amplo espectro de infeções hospitalares. A maior preocupação atual é devido a sua alta capacidade de adquirir mecanismos de resistência, principalmente aos carbapenêmicos, fármacos utilizados normalmente para o tratamento dessas infecções. Desta forma, as opções terapêuticas tornam-se restritas e por isso, as polimixinas (polimixina B e colistina) voltaram a serem utilizadas na prática clínica. A heterorresistência a colistina já foi descrita em estudos recentes com isolados de A. baumannii e outros estudos detectaram a presença de resistência adaptativa as polimixinas. O objetivo deste estudo foi investigar a presença do fenômeno de heterorresistência e resistência adaptativa a polimixina B, e avaliar sua estabilidade. A pesquisa foi feita em isolados pertencentes a 15 clones diferentes de A. baumannii resistentes aos carbapenênicos e sensíveis a polimixina B. A avaliação da heterorresistência foi feita através da análise do perfil da população (PAP) para 29 isolados, selecionados aleatoriamente (pelo menos um de cada clone). A indução da resistência foi avaliada para 22 isolados, selecionados aleatoriamente (pelo menos um de cada clone), submetendo os isolados ao cultivo em concentrações crescentes de polimixina B. A determinação da estabilidade das subpopulações e da indução da resistência foi feita através de passagens, em dias consecutivos, em meio livre de antibiótico. Foram consideradas subpopulações heterogêneas aquele isolado que possuía colônias com uma CIM maior do que a população original para polimixina B. A CIM foi reavaliada após 75 e 60 dias de estocagem em -80ºC para os isolados que apresentaram subpopulação heterogênea ou indução da resistência para a polimixina B, respectivamente. Dos 29 isolados, submetidos a avaliação da heterorresistência, 26 (90%) apresentaram subpopulações heterogêneas para polimixina B. Nenhum isolado apresentou subpopulação superior a 2 μg/mL para polimixina B, ou seja, não foi encontrado neste estudo subpopulações heterorresistentes. As CIMs das subpopulações heterogêneas permaneceram iguais após os subcultivos em meio livre de antibiótico, mas quando a CIM foi reavaliada depois da estocagem, os valores obtidos foram os mesmos da população original. Dos 22 isolados submetidos a indução de resistência, 12 (55%) apresentaram algum crescimento até a concentração de 64 μg/mL de polimixina B. Após as passagens em meio livre de antibiótico a CIM diminuiu, voltando a CIM original na reavaliação após a estocagem a -80ºC. Este estudo mostra pela primeira vez a avaliação da heterorresistência e indução da resistência para polimixina B em isolados de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos. O fenômeno de heterorresistência não foi encontrado neste estudo, no entanto, subpopulações com uma CIM maior do que a original foram identificadas em 90% dos isolados. As CIMs das subpopulações permaneceram estáveis após 4 dias de passagens em meio livre de antibiótico, mas retornaram a CIM original após estocagem, o que sugere o envolvimento de mecanismos moleculares neste fenômeno. A presença da resistência induzida a polimixina B foi detectada em 55% dos isolados, sugerindo que este fenômeno pode ser comum entre os isolados de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos, frente a polimixina B. Embora a presença de subpopulações heterogêneas e a indução da resistência a polimixina B tenha sido comum neste estudo, mais estudos são necessários para um melhor entendimento do significado clínico e das implicações terapêuticas destes dois fenômenos.

Introdução: O gênero Acinetobacter sp apresenta considerável heterogeneidade possuindo inúmeras espécies. Atualmente, 23 espécies já foram nomeadas e nove outras espécies já foram descritas. Quatro destas espécies possuem contextos clínicos e epidemiológicos diferentes, no entanto são agrupadas em um complexo denominado Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii (ABC) devido à sua similaridade genética e fenotípica. Diversos testes para diferenciação do complexo já foram descritos, porém a maioria não pode ser realizado na rotina laboratorial, pois são caros e laboriosos. Objetivos: Avaliar um método rápido e viável na rotina laboratorial, capaz de diferenciar as espécies do complexo ABC; Determinar a prevalência das diferentes espécies do complexo ABC; Avaliar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos nas diferentes espécies. Métodos: Foram analisadas 118 amostras de dois hospitais de Porto Alegre-RS através do método Multiplex PCR para o gene gyrB e posteriormente confirmadas pelo padrão-ouro: sequenciamento do 16S-23S ITS. O perfil de suscetibilidade foi realizado através de microdiluição em caldo. Resultados: Das 118 amostras identificadas inicialmente como Acinetobacter sp., a grande maioria dos isolados (106 -89.9%) foram identificados como A. baumannii; mas doze isolados foram identificados como sendo das demais espécies do complexo ABC: 6 (5.1%) A. nosocomialis, 5 (4.2%) A. pittii, e 1 (0.8%) A. genoespécie 10, através da técnica de Multiplex PCR. Todos os resultados foram confirmados por sequenciamento. A. baumannii apresentou um elevado nível (72,6%) de resistência ao imipenem em comparação com as outras espécies seguido da espécie A. nosocomialis que apresentou metade de seus isolados resistentes. Todas as espécies apresentaram baixos índices (inferior a 7,5%) de resistência à Polimixina B e Tigeciclina. Conclusão: O Multiplex PCR para o gene gyrB apresentou resultados fidedignos quando comparados ao padrão-ouro, demonstrando, assim, ser um método confiável para a identificação das espécies do complexo ABC. Outras espécies, além de A. baumannii, ABC podem apresentar percentuais significativos de resistência ao imipenem. / Background: Introduction: The genus Acinetobacter sp presents considerable heterogeneity possessing numerous species. Currently, 23 species have been named and nine other species have been described. Four of these species have different clinical and epidemiological contexts, but are grouped in a complex called Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii (ABC) due to their genetic and phenotypic similarity. Several tests for differentiation of the complex have been described, but most can not be performed routinely in the laboratory, they are expensive and laborious. Objectives: To evaluate a fast and feasible in routine laboratory able to differentiate the species of the complex ABC; determine the prevalence of different species of the complex ABC; evaluate the antimicrobial susceptibility profile of the different species. Methods: We analyzed 118 samples from two hospitals in Porto Alegre-RS by the method of Multiplex PCR for gene gyrB and subsequently confirmed by the gold standard: sequencing the 16S-23S ITS. The susceptibility profile was performed by microdilution. Results: Of the 118 samples initially identified as Acinetobacter sp. The great majority of isolates (106 -89.9%) were identified as A. baumannii, but twelve isolates were identified as being from other species of the complex ABC: 6 (5.1%) A. nosocomialis, 5 (4.2%) A. pittii, and 1 (0.8%) A. genospécie 10 by Multiplex PCR technique. All results were confirmed by sequencing. A. baumannii showed a high level (72.6%) of imipenem resistance in comparison with the other species followed by the species A. nosocomialis showed that half of his resistant isolates. All species showed low levels (less than 7.5%) of resistance to Polymyxin B and Tigecycline. Conclusion: Multiplex PCR for gene gyrB results presented totally reliable when compared to the gold standard, demonstrating thus be a safe method for the laboratory. Other species besides A. baumannii, ABC may have significant percentages of resistance to imipenem.

Acinetobacter baumannii é considerado um dos patógenos de maior importância clínica atualmente, sendo responsável por uma variedade de infeções nosocomiais como, bacteremias, infecções no trato urinário, pneumonias associadas a ventilação mecânica, meningites secundárias e infecções em feridas. Desde a última década o tratamento de infecções por Acinetobacter spp. vem sendo dificultado pela emergência de cepas multirresistentes. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi determinar a dinâmica populacional e as características moleculares envolvidas na resistência de Acinetobacter spp. Foram avaliados isolados de Acinetobacter spp. provenientes de seis hospitais da cidade de Porto Alegre coletados entre janeiro de 2013 e março de 2014. A espécie Acinetobacter baumannii foi identificada pela presença do gene blaOXA-51, além de PCR multiplex para o gene gyrB. Carbapenemases (blaNDM, blaOXA-23-like, blaOXA-24/40-like, blaOXA-58-like e blaOXA-143-like), além dos integrons de classe 1 e 2 foram pesquisados por PCR. Um total de 524 isolados de Acinetobacter spp. foram coletados, e a maioria (487/92,9%) foram identificados como A. baumannii, seguidos pelas espécies A. nosocomialis (9/1,7%), A. pittii (3/0,6%), A. calcoaceticus (3/0,6%) e por fim, 22 (4,2%) isolados não pertenciam ao complexo A. baumannii-calcoaceticus. Quanto ao perfil de sensibilidade, 83% dos isolados demonstraram não ser sensíveis aos carbapenêmicos (imipenem e meropenem). Dos isolados de A. baumannii, 429 (88,1%) continham o gene blaOXA-23, além disso, foram observados dois isolados de A. nosocomialis contendo o gene blaOXA-23. Foi possível identificar dois isolados de A. baumannii produtores de blaOXA24/40 (0,8%) pela primeira vez na região Sul do país. A análise do gene por sequenciamento caracterizou como sendo a variante blaOXA-72, e a tipagem por MLST caracterizou os isolados como pertencentes a ST730 (CC79). Também foram analisados por MLST, isolados produtores de OXA-72 do estado de São Paulo e do Paraná. A análise dos dados demonstrou que estes isolados estão associados aos complexos clonais epidêmicos CC15 e CC79. A pesquisa para o gene blaNDM foi positiva para um isolado de A. pittii, sendo o primeiro isolado de Acinetobacter não baumannii produtor de NDM-1 no Brasil. A análise do contexto genético de blaNDM-1 demonstrou a presença de ISAba125 upstream ao gene, além disso, o gene demonstrou estar localizado no cromossomo da bactéria. Foi observada uma maior prevalência de integrons de classe 2 nos isolados avaliados (134/25,5%), quando comparada aos integrons de classe 1 (72/13,7%). Raros (2/0,4%) isolados apresentaram ambas as classes de integrons. Um total 244 isolados de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos foram submetidos à tipagem por REP-PCR, que demonstrou a presença de 20 grupos clonais entre os isolados analisados. Isolados de diferentes grupos clonais foram selecionados para a tipagem por MLST. Com o objetivo de realizarmos uma análise longitudinal dos clones circulantes desde o primeiro surto de Acinetobacter baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAB) na cidade de Porto Alegre, também foram selecionados para análise por MLST isolados de A. baumannii pertencentes ao nosso banco de dados com diferentes perfis clonais, coletados entre 2007 e 2008. Através da análise dos dados gerados pelo MLST no banco de dados do Instituto Pasteur, foram descritas 13 novas STs: ST883 (CC32), ST884 (CC221), ST885 (CC79), ST886, ST887, ST888, ST889 (CC464), ST892 (CC15), ST899, ST902 (CC1), ST903 (CC79), ST904 (CC15) e ST905 (CC32). A avaliação da dinâmica populacional de A. baumannii nos dois períodos avaliados demonstrou a permanência de isolados pertencentes aos complexos clonais CC15 e CC79 desde o período do primeiro surto de CRAB da cidade de Porto Alegre até o ano de 2014, demonstrando a capacidade desses clones de se manter por longos períodos no ambiente hospitalar. Além disso, estes CCs apresentaram uma elevada prevalência durante o primeiro período avaliado (2007-2008). Este dado que nos permite inferir que o primeiro surto de CRAB produtor de OXA-23 da cidade de Porto Alegre foi relacionado a disseminação de CC15 e CC79. / Acinetobacter baumannii is considered one of the main pathogens of clinical importance currently, being responsible for a wide range of nosocomial infections such as, bacteremias, urinary tract infections, ventilator-associated pneumonia, secondary meningitis and wound infections. Since the last decade the treatment of these infections has been impaired by the emergence of multiresistant strains. In this context, the aim of this study was to determine the population dynamic and the molecular characteristics involved in Acinetobacter spp. resistance. A total of 524 Acinetobacter spp. isolates were collected from six Porto Alegre hospitals from January 2013 to March 2014. A. baumannii species were identified by the presence of blaOXA-51 gene and by the gyrB multiplex PCR. Carbapenemase genes (blaNDM, blaOXA-23-like, blaOXA-24/40-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143-like) as well as class 1 and 2 integrons were investigated by PCR. As expected, the majority (487/92.9%) of isolates were identified as A. baumannii, followed by A. nosocomialis (9/1.7%), A. pittii (3/0.6%), and A. calcoaceticus (3/0.6%). A total of 22 (4.2%) isolates were not identified as A. baumannii-calcoaceticus complex. Analysis of the susceptibility profile demonstrated that 83% of the isolates were not susceptible to carbapenems (imipenem e meropenem). Among the A. baumannii isolates, 429/487 (88.1%) presented blaOXA-23 gene. Two A. nosocomialis isolates also presented the blaOXA-23 gene. We also found, for the first time in Southern Brazil, two A. baumannii isolates containing blaOXA24/40 (0.8%). The sequencing of blaOXA24/40 identified the variant blaOXA-72, and MLST analysis characterized both isolates as ST730 (CC79). In addition, OXA-72-producing A. baumannii isolates from the states of São Paulo and Paraná were analyzed by MLST. Data analysis demonstrated that the isolates were associated to the clonal complexes CC15 and CC79. The screening of blaNDM gene was positive for an A. pittii isolate. Therewith, in the present study we described for the first time a Acinetobacter non-baumannii producing NDM-1 in Brazil. Analysis of the genetic environment of blaNDM-1 gene demonstrated the presence of ISAba125 upstream of the gene and that the gene was chromosome-located in A. pittii. It was observed an increased prevalence of class 2 integrons (134/25.5%) compared to class 1 integrons (72/13.7%). Only a few isolates presented both classes (2/0.4%). A total of 244 carbapenem-resistant A. baumannii isolates were typed by REP-PCR, which demonstrated the presence of 20 clonal groups. Isolates belonging to different clonal groups were selected for MLST typing. In order to conduct a longitudinal analysis of circulating clones from the first CRAB outbreak in the city of Porto Alegre, we also selected A. baumannii isolates with different clonal profiles collected between 2007 and 2008. According to MLST database from Pasteur Institute, we identified 13 new STs: ST883 (CC32), ST884 (CC221), ST885 (CC79), ST886, ST887, ST888, ST889 (CC464), ST892 (CC15), ST899, ST902 (CC1), ST903 (CC79), ST904 (CC15) and ST905 (CC32). The analysis of A. baumannii population dynamics in the two periods of the study demonstrated the persistence of the clonal complexes CC15 and CC79 from the first CRAB outbreak in Porto Alegre city, up to the year of 2014. Besides, these CCs presented a high prevalence during the first period (2007-2008) evaluated. These data allow us to infer that the first CRAB OXA-23-producing outbreak in Porto Alegre city was related to the dissemination of CC15 and CC79.

Nas últimas três décadas, o A. baumannii passou de um germe de patogenicidade questionável para um importante agente causador de infecções no mundo, principalmente por sua capacidade de se tornar resistente aos antimicrobianos. Surtos de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (ABRC) têm sido descritos em vários países. O objetivo deste estudo foi avaliar a mortalidade, em 30 dias, de pacientes colonizados e/ou infectados por ABRC, bem como os fatores preditores desse desfecho. Uma coorte história foi conduzida durante o período de março de 2006 a dezembro de 2008, e os pacientes internados em uma Unidade de Terapia Intensiva (UTI) de hospital terciário de Porto Alegre com cultura positiva para ABRC foram incluídos. Os potenciais preditores de mortalidade foram avaliados. Foram incluídos 66 pacientes, e a taxa de mortalidade em 30 dias foi de 47%. Na análise de regressão multivariada, a presença de choque séptico e o escore de gravidade APACHE II no momento da identificação do ABRC foram os fatores de risco estatisticamente significativos associados à mortalidade. Terapia antimicrobiana apropriada foi um fator protetor, embora sem significância estatística, fato que pode ser em razão do uso de doses subótimas de polimixina B. O mecanismo de resistência identificado nas amostras testadas foi a produção de OXA-23, e foram identificados quatro clones envolvidos no surto. Apesar de não atingir significância estatística no modelo de análise multivariada, pacientes que receberam terapia adequada para infecções por ABRC apresentaram forte tendência a menor mortalidade em 30 dias. Terapêutica adequada pode ser a única variável modificável capaz de influir beneficamente no desfecho clínico de pacientes com infecções por ABRC.