Orientador: Ana Maria Goulart de Azevedo Tozzi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T00:59:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_MarcosJoseda_D.pdf: 19424513 bytes, checksum: 8c7cb269238ddaf0c944b29ae376b8d3 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Lonchocarpus Kunth (Leguminosae, Papilionoideae, Millettieae) é predominantemente neotropical e inclui cerca de 150 espécies. Estudos considerando a sistemática de Lonchocarpus são necessários, devido à sua classificação infragenérica que apresenta problemas nomenclaturais e taxonômicos, correlacionados com a alta diversidade morfológica de seus representantes. Há controvérsias referentes ao número, ao nome e à definição de suas séries, seções e subgêneros, bem como à sua própria circunscrição genérica. Entre as seções de Lonchocarpus, L. sect. Laxiflori (Benth.) Taub. e L. sect. Punctati (Benth.) Taub. são distintas morfologicamente das demais e têm distribuição geográfica quase que restrita à América do Sul, sendo a revisão taxonômica delas fundamental para a delimitação de Lonchocarpus. Ainda neste contexto, a precisa circunscrição do gênero só é possível com o entendimento das relações de Lonchocarpus com gêneros relacionados. Entre as poucas referências de estudos filogenéticos que incluem espécies de Lonchocarpus, uma apresenta Lonchocarpus s. str. como monofilético se as espécies sulamericanas da seção Punctati forem excluídas. Considerando os resultados apresentados nos estudos filogenéticos e os problemas relacionados à circunscrição e à classificação infragenérica de Lonchocarpus, esta tese teve como objetivos 1) estudar a filogenia de Lonchocarpus, com o intuito de precisar sua circunscrição, bem como sua origem, idade, diversificação geográfica, e de elucidar suas relações com alguns gêneros cotribais, e 2) revisar Lonchocarpus sect. Punctati e L. sect. Laxiflori. O estudo filogenético baseou-se em fragmentos seqüências de macromoléculas derivadas do DNA do cloroplasto (trnL-F e matK) e nuclear (ITS1+5.8S+ITS2), analisadas individualmente ou de maneira combinadas entre si e com dados morfológicos, através dos métodos de parcimônia e bayesiano, enquanto que os estudos taxonômicos revisionais fundamentaram-se nos procedimentos taxonômicos tradicionais. No capítulo 1, que trata da filogenia e biogeografia de Lonchocarpus e afins, as análises cladísticas mostraram que Lonchocarpusconforme atualmente circunscrito é parafilético e que em Lonchocarpus sensu lato três grandes clados podem ser reconhecidos: clado Laxiflori, clado Dahlstedtia e clado Lonchocarpus s. str., sendo os dois primeiros predominantemente sulamericanos e o último principalmente mesoamericano. As espécies de Lonchocarpus sect. Punctati ficaram no clado Dahlstedtia, enquanto que no clado Laxiflori também foram incluídas as espécies de Bergeronia Micheli e Margaritolobium Harms. Com estes resultados, em adição à consistência da delimitação morfológica, houve a necessidade de se propor o reestabelecimento de Muellera L.f., gênero neotropical com apenas duas espécies antes de sua sinonimização com Lonchocarpus, para incluir as espécies do clado Laxiflori, e a ampliação da circunscrição de Dahlstedtia, para incluir as espécies até então subordinadas à seção Punctati. Na recircunscrição e revisão do gênero Dahlstedtia Malme (capítulo 2) foram reconhecidas 16 espécies incluindo as duas anteriormente aceitas e as 3 novas para a ciência, e propostas 12 combinações novas e dois sinônimos novos. Dahlstedtia possui distribuição neotropical, com centro de diversidade na porção sudeste da América do Sul. O estudo visando o restabelecimento e revisão do gênero Muellera L.f. (capítulo 3) resultou na sinonimização de Lonchocarpus sect. Laxiflori e dos gêneros Bergeronia e Margaritolobium com Muellera, totalizando 26 espécies, das quais 10 novas. O gênero é sulamericano, com duas espécies atingindo a América Central. Estão sendo propostas seis lectotipificações, 10 sinonimizações e 17 combinações novas. Descrições, ilustrações, comentários taxonômicos, mapas de distribuição geográfica e chaves para identificação das espécies foram apresentadas. A análise de datação molecular revelou que Lonchocarpus s.s originou-se a cerca de 8,7±0,05Ma na América Central, diferentemente dos clados Dahlstedtia e Laxiflori que surgiram na América do Sul, em 6,3±0,05Ma e 8,0±0,09Ma, respectivamente, e que ocorreu pelo menos três eventos de migração deste gênero da América Central para a do Sul e um único para o continente africano. / Abstract: Lonchocarpus Kunth (Leguminosae, Papilionoidae, Millettiae) is predominantly neotropical and it includes around 150 species. It is necessary to make studies of the systematics of Lonchocarpus owing to its problematic nomenclatural and taxonomical infrageneric classification, which is related to the great morphological diversity of its representatives. There is a controversy over the number, the name, the definition of itsseries, sections and subgenus, as well its generic circumscription. Among the sections of Lonchocarpus, only L. sect. Laxiflori (Benth) Taub. and L. Sect. Punctati (Benth) Taub. Are morphologically distinct from the others. And their geographical distribution is mostly restricted to South America. Hence, it is extremely important to perform a taxonomical revision to delimit Lonchocarpus. Moreover, a precise circumscription of the genus is only possible if one has an understanding of the relationship between Lonchocarpus and related genera. Among the few references to phylogenetic studies which include species of Lonchocarpus, one refers to Lonchocarpus s. str. as monophyletic if the South American species of the section Punctati are excluded. Considering the resulted presents in the phylogenetic studies, the problems related to circumscription and the infrageneric classification of Lonchocarpus, this thesis aims at: 1) Studying the phylogeny of Lonchocarpus in order to determine its exact circumscription, its age and origin, and its geographic diversification, as well as elucidating its relationships with some cotribal genera, and 2) at revising Lonchocarpus sect Punctati and L. sect Laxiflori. The phylogenetic study was based on sequence fragments of macromolecules derived from the DNA of the chloroplast (trnL-F AND matk) AND of nuclear (ITS1 + 5.85 + ITS2), analyzed individually or combined among themselves (or with morphological data) using the parsimony and bayesian methods, while the revisional taxonomic studies were based on traditional taxonomic procedures. Chapter 1 deals with phylogeny and biogeography of Lonchocarpus and allies. In this chapter the cladistic analysis shows that according to the current circumscription Lonchocarpus is paraphyletic and that in Lonchocarpus sensu lato three great clade can be recognized: clade Laxiflori, clade Dahlstedia and clade Lochocarpus s. str., where the first two are predominantly southamerican and the last one ismainly mesoamerican. The species of Lonchocarpus sect. Punctati remained in the clade Dahlstedtia, while the species of Bergeronia Micheli and Margaritolobium Harms were also included in the clade Laxiflori. Based on these results which support the consistency of the morphological delimitation, it was necessary to propose the reestablishment of Muellera L.f., a neotropical genus with only two species before its synonymization with Lonchocarpus, in order to include the species of the clade Laxiflori. Furthermore, the circumscription of Dahlstedtia was extended to include the species which were still subordinated to the section Punctati. During the recircumscription and revision of the genus Dahlstedtia Malme (chapter 2), 16 species were recognized including the two species which were previously accepted and 3 unknown species to science. Also, 12 new combinations and 2 new synonyms were proposed. Dahlstedtia has a neotropical distribution, with its diversity center in the southern region of South America. The study intended for the reestablishment and revision of the genus Muellera L.f. (chapter 3) resulted in the synonymization of Lonchocarpus sect. Laxiflori and of the genera Bergeronia and Margaritolobium with Muellera, totalling 26 species (10 of them new). The genus is South American, with two species reaching Central America. Six lectotypifications, tem synonymizations and 17 new combinations are being proposed. Descriptions, illustrations, taxonomic commentaries, maps of the geographic distribution and species identification keys have been presented. The analysis of the molecular dating revealed that Lonchocarpus s. str. originated in Central America around 8.7± 0.05Ma. Unlike the clades Dahlstedia and Laxiflori that appeared in South America in 6.3± 0.05Ma and 8.0± 0.09Ma, respectively. The analysis also revealed that there have been at least three migrations of this genus from Central America to South America, and only one to Africa. / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-08-10T17:58:39Z No. of bitstreams: 1 Tese - Fernanda Alves Martins - 2016.pdf: 7514352 bytes, checksum: 26ab210eab88a067ec233c173df6ef87 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-15T13:35:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Fernanda Alves Martins - 2016.pdf: 7514352 bytes, checksum: 26ab210eab88a067ec233c173df6ef87 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-15T13:35:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Fernanda Alves Martins - 2016.pdf: 7514352 bytes, checksum: 26ab210eab88a067ec233c173df6ef87 (MD5) Previous issue date: 2016-05-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The interactions between the organisms and their physical environment and among the organisms themselves occur at definite spatial scales, and give rise to spatial patterns that may be assessed to a better understanding of these relationships. Thus, in order to understand the variation in species diversity, it is necessary to link the scale in which the variation is measured to the scale in which the processes operate. The main objective of this work is thus to identify the factors that best explain the diversity of dragonflies’ tropical assemblages and determine how they interact across scales. The work is based on the Community Assembly conceptual framework that relies on the idea that community assembly is affected by spatial processes hierarchically arranged. Dragonflies are good models because they comprise two distinct groups of species regarding to body size, thermoregulatory responses and dispersal ability. Due to their ecological differences, they may respond differently to local as well as to regional environmental conditions. Despite of their ecological differences, our results suggest that richness patterns for both groups are affected by the same factors, i.e., they respond in a similar fashion to the analysed factors. In regional scales, environmental filters, such as temperature seasonality, affect species richness. The abundance is the main predictor of local species richness. Nevertheless, the assemblages’ compositional patterns are different. Comparatively, Zygoptera (low-dispersal group) assemblages are more affected by local scale processes than Anisoptera. Our results suggest a better integration of metacommunity theory (focused on the role of dispersal shaping different spatial dynamics in the assemblages) and community assembly theory. The fact that the dispersal processes is more important at smaller scales indicate the potential importance of occupancy dynamics at this scale, calling for explicitly incorporating dispersal, affecting the spatial dynamics at different spatial scales. Furthermore, our results suggest that rather than being mutually exclusive, neutral and deterministic processes acts jointly on community assembly. / As interações ecológicas entre os organismos e seus ambientes ocorrem em diferentes escalas espaciais, dando origem a padrões espaciais de composição e riqueza das espécies. O objetivo principal desta tese é investigar fatores que operam em diferentes escalas na estruturação das comunidades de libélulas tropicais. O estudo se apoia no marco conceitual de Community Assembly, que se baseia na ideia de que a organização das comunidades ecológicas é afetada por processos hierárquicos espacialmente organizados. Libélulas são bons modelos de estudo porque compreendem dois grupos de espécies que diferem em características ecofisiológica tais como tamanho corporal afetando as relações com seus ambientes locais e regionais, influenciando os padrões de diversidade resultantes. A subordem Zygoptera compreende organismos com menor tamanho corporal e possuem menor habilidade de dispersão enquanto que Anisoptera é composta por espécies com maior tamanho corporal e maior habilidade de dispersão. Apesar das diferenças ecofisiológicas, nossos resultados indicam que a riqueza de espécies nos dois grupos de libélulas responde de maneira similar aos fatores analisados. Em escalas regionais, a riqueza de espécies de ambos os grupos é influenciada de maneira consistente por filtros ambientais, tais como as variações sazonais da temperatura ambiente. Em escalas locais, a riqueza dos dois grupos é determinada primariamente pela abundância total. No entanto, os padrões de composição das comunidades são diferentes para Zygoptera e Anisoptera. As comunidades de Zygoptera são mais afetadas por fatores que ocorrem em escala local do que Anisoptera. Nossos resultados sugerem que a dispersão desempenha um importante papel em escalas espaciais reduzidas, indicando a importância que as dinâmicas de ocupação podem ter na formação das comunidades ecológicas. Nesse sentido, sugerimos uma maior integração da teoria de metacomunidades (que enfatiza a importância do processo de dispersão na formação das dinâmicas espaciais nas comunidades) e com a teoria de Community Asssembly, com a incorporação explícita do processo de dispersão, afetando as dinâmicas espaciais nas diferentes escalas. Além disso, nossos resultados sugerem que processos neutros e processos determinados pelo nicho não são mutuamente exclusivos, mas atuam conjuntamente na formação das comunidades ecológicas.

Muito pouco se conhece sobre os ácaros Eriophyoidea associados às palmeiras no Brasil e em outras partes do mundo. O ácaro do coqueiro, Aceria guerreronis Keifer (Prostigmata: Eriophyidae), representa uma das principais pragas desta cultura em diversas regiões produtoras. Informações sobre o espectro de hospedeiros, região de origem e fontes de recentes introduções deste ácaro são importantes para orientar a prospecção de agentes de controle biológico e a adoção de medidas quarentenárias. Levantamentos de ácaros Eriophyoidea em palmeiras podem fornecer novas informações sobre o espectro de hospedeiros de A. guerreronis. O conhecimento da acarofauna associada às palmeiras também pode fornecer subsídios ao reconhecimento futuro destes ácaros em cultivos comerciais de palmeiras. No presente estudo, realizou-se um levantamento de Eriophyoidea em 191 espécies de palmeiras (nativas e introduzidas) de algumas localidades da América. Foram coletadas 38 espécies de Eriophyoidea, mas A. guerreronis não foi encontrada em nenhuma das amostras analisadas, exceto no coqueiro, Cocos nucifera L.. Relatos de novos hospedeiros e novas localidades de ocorrência são apresentados. Dentre os 26 táxons identificados como novos, foram descritos três novos gêneros e 17 novas espécies. Com o objetivo de facilitar estudos futuros, foram reunidas informações, publicadas e novas (adquiridas durante o desenvolvimento deste projeto), sobre as espécies de Eriophyoidea associadas às palmeiras no mundo, e uma chave dicotômica para auxiliar na separação das mesmas foi elaborada. Visando a obtenção de informações sobre aspectos biogeográficos de A. guerreronis, foram realizadas análises filogeográficas, baseadas em seqüências de DNA ribossomal (ITS) e mitocondrial (16S e CO-I), e morfométricas, utilizando técnicas de morfometria multivariada tradicional [Análise dos Componentes Principais (ACP) e Análise de Variáveis Canônicas (AVC)] e morfometria geométrica [Análise de Deformações Relativas (ADR), utilizando a função Thin-plate splines], de 29 populações ao longo de sua área de ocorrência na América, África e Ásia. As análises filogenéticas foram realizadas utilizando-se probabilidade máxima, parcimônia máxima e inferência Bayesiana. ACPs e ADCs foram conduzidas para seis combinações de populações (Brasil; América; América & África; América & Ásia; África & Ásia e América, África & Ásia). ADR foram aplicadas às regiões do escudo dorsal, coxi-genital e ventral de A. guerreronis. As matrizes de peso das ADR aplicadas aos indivíduos de todas as populações foram analisadas através de AVC. Os resultados das análises filogeográficas e morfométricas foram concordantes e são consistentes com o possível histórico de disseminação e invasões de A. guerreronis e com a hipótese de que o coqueiro não seja seu hospedeiro original. Estes resultados sugerem que A. guerreronis apresenta origem americana, que a introdução na África ocorreu a partir de um número reduzido de indivíduos, e que possivelmente a introdução na Ásia se deu a partir de populações africanas ou tenha a mesma população fonte que estas. Visando a aquisição de espécimes de A. guerreronis para o estudo da variabilidade genética e morfológica de populações, foram inspecionadas amostras de frutos de coco de diversas localidades da América. Vários outros ácaros além de A. guerreronis foram também coletados e identificados. Os sintomas observados nos frutos infestados pelas diferentes espécies fitófagas foram descritos. / Little is known about the Eriophyoidea mites associated with palm trees in Brazil and other parts of the world. The coconut mite, Aceria guerreronis Keifer (Prostigmata: Eriophyidae), represents a major pest of this crop in several production areas. Information on host range, region of origin and sources of recent introductions of this mite are important aspects to guide prospections of biological control agents and adoption of quarantine measures. Surveys of Eriophyoidea mites on palm trees can provide new information on the host range of A. guerreronis. Knowledge on the mite fauna associated with palms can be useful in their future recognition in commercial palm crops. A survey of the Eriophyoidea on 191 palm species (native and introduced) was conducted in some localities of America in this study. Thirty-eight Eriophyoidea species were collected, but A. guerreronis was not found. Reports of new hosts and new localities of occurrence were presented. Of 26 taxa identified as new, three new genus and 17 new species were described. With the objective to facilitate future studies, published and new (acquired during development of this project) information on Eriophyoidea mites associated with palms was summarized and a dichotomous key to help in the separation of those mites was prepared. To obtain information on biogeographical aspects of A. guerreronis, phylogeographical analyses, based on ribosomal (ITS) and mitochondrial (16S e CO-I) DNA, and morphometrical analyses, using traditional multivariate morphometry [Principal Component Analysis (PCA) and Canonical Variables Analysis (CVA)] and geometric morphometry techniques [Relative Warp Analysis (RWA) through Thin-plate splines function] of 29 populations, along its occurrence area in America, Africa and Asia, were conducted. Phylogenetic analyses were conducted using maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian inferences. PCAs and CVAs were conducted with six combinations of populations (Brazil; America; America & Africa; America & Asia; Africa & Asia and America, Africa & Asia) were conducted. RWAs were applied to prodorsal shield, coxi-genital and ventral regions of A. guerreronis. Weight matrixes of RWA applied to specimens of all populations were analyzed through CVA. Results of phylogeographical and morphometric analyses were compatible and are consistent with the possible historic of dissemination and invasion of A guerreronis history and with the hypothesis that the coconut is not the original host of this mite. These results suggest that A. guerreronis has an American origin; that few individuals were introduced to Africa; that populations introduced to Asia probably originated in Africa or had the same source as the African populations. Aiming to acquire A. guerreronis specimens for the genetic and morphological variability studies, coconut fruits from several localities in America were inspected. Several other mites were also collected and identified. Symptoms observed on the fruits infested by different phytophagous species were described.

O continente sul-americano é a única região biogeográfica onde podemos encontrar um grupo estenohalino de elasmobrânquios: as arraias da família Potamotrygonidae. Entre 19 e 21 espécies de potamotrigonídeos estão taxonomicamente organizadas em três gêneros, distribuídas pelas bacias dos rios Atrato, Magdalena, Maracaibo, Orinoco, Essequibo, Amazonas e do Prata, os quais desembocam no Oceano Atlântico e no Mar do Caribe. Diversos cenários biogeográficos postulados para explicar a presença de linhagens predominantemente marinhas nos sistemas fluviais da América do sul foram propostos. O mais aceito para a origem e diversificação de Potamotrygonidae é a de invasão de um ancestral caribenho no sistema fluvial sul-americano durante as ingressões marinhas do Mioceno inferior no noroeste do continente, seguido de isolamento por alteração dos padrões de drenagens do Orinoco e formação dos Andes. A fauna parasitária de Potamotrygonidae está representada predominantemente por membros de Cercomeromorpha, um clado composto por linhagens de platelmintos membros de Cestoda e Monogenoidea. Dois gêneros de monogenóideos parasitas branquiais podem ser encontrados em potamotrigonídeos: Potamotrygonocotyle (Monocotylidae), para o qual 12 espécies são conhecidas, e a monotípica Paraheteronchocotyle amazonense (Hexabothriidae). O objetivo desta tese é propor uma hipótese de relacionamento filogenético baseada em dados moleculares para as espécies de Potamotrygonocotyle, e discutir padrões de evolução da espécie P. aramasae e seu hospedeiro Paratrygon aiereba, distribuídos em diferentes rios amazônicos. Sequências nucleotídicas do gene mitocondrial cox1 e nuclear ITS1 foram utilizadas simultaneamente em uma busca de uma hipótese filogenética para todas as espécies conhecidas de Potamotrygonocotyle. Os resultados recuperaram o status monofilético de cinco espécies, sugeriram complexos de linhagens crípticas para três espécies nominais e revelaram relacionamentos de grupo-irmão não detectados na hipótese filogenética mais recente para o gênero, baseada em dados morfológicos. Adicionalmente, os resultados apresentados suportam decisões taxonômicas recentes envolvendo sinonímias entre espécie nominais de Potamotrygonocotyle. Finalmente, os relacionamentos filogenéticos de haplótipos de diferentes populações de P. aramasae e seu hospedeiro P. aiereba foram acessados pela análise cladística de múltiplos marcadores mitocondriais, com o objetivo de se detectar possíveis padrões filogeográficos e testá-los sob predições filogenéticas de três hipóteses de diversificação amazônica (Hidrogeológica, de Museu e Paleogeográfica). Sequências dos genes ribossomal 16S e citocromo oxidase 1 foram obtidas para espécimes de parasitas de seis sub-bacias amazônicas. Os hospedeiros foram amostrados em 10 sub-bacias amazônicas e na sub-bacia do rio Essequibo, para os quais foram obtidas sequências nucleotídicas dos genes mitocondriais citocromo oxidase 1, citocromo b e ATPase. Os resultados sugerem a ausência de padrões filogeográficos para o parasita, cujos resultados indicam um modelo de alta dispersão. Em contraste, P. aireba é caracterizada por populações bem estruturadas, de acordo com as sub-bacias amostradas. O padrão filogeográfico geral desta espécie é concordante com as predições da Hipótese de Museu (linhagens mais antigas em rios dos escudos pré-cambrianos; linhagens apicais na bacia sedimentar amazônica). / South America is the only biogeographical region in the world where is possible to find an exclusive stenohalin group of elasmobranchs: the Potamotrygonidae stingrays. Between 19 and 21 species of potamotrygonid stingrays are taxonomically organized in three genera, distributed in the Atrato, Magdalena, Maracaibo, Orinoco, Essequibo, Amazonas e la Plata river Basins, discharging in both Atlantic and Caribbean waters. Distinct biogeographical scenarios have been proposed to explain the presence of predominantly marine lineages in the south American fluvial systems. The most accepted theory for Potamotrygonidae is the invasion of a Caribbean ancestor in the south-American freshwater system during the marine ingression of the early Miocene in the northwest of the continent, followed by its isolation due alterations of Orinoco rivers drainage patterns, as well as formation of Andes. The parasitic fauna of potamotrygonids is predominantly represented by members of Cercomeromorpha, a clade composed by members of Cestoda and Monogenoidea. Two genera of gill parasites monogenoidean might be found in potamotrygonids: Potamotrygonocotyle (Monocotylidae), for which 12 species are currently recognized, and the monotypic Paraheteronchocotyle amazonense (Hexabothriidae). The goal of this study is to propose a phylogenetic hypothesis based in molecular data for members of Potamotrygonocotyle, as well as to discuss evolutionary patterns of the species P. aramasae and its host Paratrygon aiereba, distributed through different amazon rivers. Nucleotide sequences of the mitochondrial gene cox1, and the nuclear gene ITS1 were simultaneously used to infer phylogenetic sister-group relationships among allrecognized species of Potamotrygonocotyle. The results recovered the monophyletic status of five species, suggested cryptic lineages for three species complexes, and revealed sister-groups relationships not detected previously by the phylogenetic analysis of morphological data. Additionally, the results supports recent taxonomic decisions involving synonyms among nominal species within the genus. The phylogenetic relationships of haplotypes from distinct populations of the parasite P. aramasae, as well as from its host Paratrygon aiereba, were accessed by the cladistic analysis of mitochondrial markers, in an attempt of detecting possible phylogeographic patterns, and to test them against phylogenetic predictions of three amazonian bio-diversification hypotheses (Hydrogeology, Museum, Paleogeography). Sequences of the ribosomal 16S gene and cytochrome oxidase 1 were obtained from parasite specimens collected in six amazon sub-basins. The hosts were sampled in 10 amazon sub-basins, as well as in the Essequibo sub-basin, for which cythocrome oxidase 1, cythocrome b, and ATPase sequences were obtained. No clear phylogeographic patterns were revealed for theparasite haplotypes, and the results suggest a high dispersion model. In contrast, P. aiereb is characterized by strongly structured populations, according to the sub-basin sampled. The general phylogeographic pattern recovered for this species is in agreement with the Museum Hypothesis predictions (older lineages in rivers of the pre-cambrian shields; apical lineages inhabiting the sedimentary amazon basin).

Recentemente, tornou-se acessível a análise filogenética com base em caracteres contínuos. Isso amplia a quantidade de caracteres que podem ser utilizados em análises filogenéticas baseadas em morfologia, mas não há ainda um consenso sobre como esse tipo de caráter deve ser codificado e analisado. Este trabalho analisa o uso de caracteres contínuos em filogenias com dois diferentes enfoques: simulações em computador e aplicação em uma análise com dados reais. As simulações realizadas indicam que de fato pode-se recuperar filogenias com base em caracteres contínuos, com alguns cuidados. O mais importante deles é o uso de pesagem implícita. Mesmo com esse cuidado, os ramos pouco suportados podem ser incorretos, provavelmente devido a um efeito de atração de ramos longos. Na análise do gênero Anchylorhynchus, utilizei caracteres discretos e contínuos, em separado e combinados. As árvores obtidas com as matrizes separadas são bastante diferentes, e a árvore da matriz combinada é semelhante àquela obtida somente com os caracteres discretos. O suporte dos ramos, contudo, cresce com a adição dos caracteres contínuos. Os caracteres contínuos, portanto, não devem ser vistos como uma alternativa, mas como um acréscimo às análises tradicionais. A revisão taxonômica de Anchylorhynchus resultou na descrição de nove espécies novas e reconhecimento de quatro sinônimos novos. O gênero resultou ser um grupo monofilético com um total de 24 espécies reconhecidas. Além disso, as informações sobre a biologia e a distribuição geográfica desses gorgulhos foi atualizada. Em conjunto com a filogenia obtida, essas informações basearam reconstruções biogeográficas e da associação histórica com as plantas hospedeiras. / Recently, phylogenetic analysis based on continuous characters was made accessible. This increases the pool of characters available for morphology-based phylogenetic analyses, but there is still no consensus on how this kind of characters should be coded and analyzed. In the present study, I assessed the use of continuous characters in phylogenies from two distinct perspectives: computer simulations and an application to real data. The simulations indicate that one can indeed recover phylogenies based on continuous characters, given some precautions. The most important of them is the use of implied weighting. Even when this is done, poorly supported branches may be incorrect, probably due to long-branch attraction. For the phylogenetic analysis of Anchylorhynchus, I used both continuous and discrete characters, separately or combined. Trees obtained with separate matrices were significantly different, and the combined matrix resulted in a tree very similar to the tree obtained with discrete characters alone. Branch supports, however, increased with the addition of continuous characters. Continuous characters, therefore, should not be considered an alternative to traditional analyses. Rather, they should be added to discrete-character matrices. The taxonomic revision of Anchylorhynchus resulted in nine new species described and four new synonyms recognized. The genus resulted to be a monophyletic group containing 24 recognized species. Moreover, the information on weevils\' biology and geographical distribution was updated. Together with the phylogeny this information embased reconstructions of host relationships and biogeography.

Os opiliões são um bom modelo para o estudo da biogeografia histórica, especialmente na Mata Atlântica, onde existe a maior diversidade de espécies do grupo no mundo. A presente tese foi dividida em três capítulos: o primeiro objetiva a delimitação de áreas de endemismo para a Mata Atlântica, usando a ocorrência de espécies de Gonyleptidae; o segundo objetiva encontrar um padrão geral de relação histórica entre essas áreas de endemismo que explique a diversificação no bioma, usando as filogenias de sete subfamílias de Gonyleptidae; o terceiro é a revisão sistemática da subfamília Hernandariinae. Foram delimitadas 12 áreas de endemismo para a Mata Atlântica, usando a ocorrência de 109 espécies. Foram usados os métodos numéricos PAE (Análise de Parcimônia de Endemicidade) e NDM, e desenvolvidos seis Critérios Combinados para a avaliação e delimitação das áreas. Para procurar por um padrão geral histórico de relação entre essas áreas, foram usados os métodos de biogeografia cladística para construção de cladogramas gerais de áreas. As 12 áreas de endemismo se relacionam historicamente formando três blocos principais na Mata Atlântica, com a separação do componente norte (Pernambuco e Bahia) inicialmente e posterior separação do componente central (Rio de Janeiro e São Paulo) do componente sul (sul de São Paulo, Paraná e Santa Catarina). São discutidos os principais eventos históricos geológicos, climáticos e biológicos que determinaram essas divisões e a diversificação da fauna de opiliões no bioma. A subfamília Hernandariinae, após a presente revisão, é composto por 23 espécies em 6 gêneros. Nova classificação é proposta baseada em uma análise cladística usando 67 caracteres morfológicos. Quatro novas combinações foram propostas: Hernandaria armatifrons, H. una, Acrogonyleptes granulatus e A. pectinifemur. Três revalidações de espécies são propostas: A. granulatus, A. pectinifemur e A. spinifrons. Oito espécies novas são propostas: quatro de Hernandaria, duas de Acrogonyleptes e duas de Pseudotrogulus. Seis sinonímias são propostas: Proweyhia e Metaxundarava = Hernandaria, Apembolephaenus calcaratus = H. armatifrons, Paraproweyhia = Acrogonyleptes, Paraproweyhia curitibae = A. exochus, e Melloleitaniana curitibae = A. spinifrons. Ariaeus é transferido para Gonyleptinae. / Harvestmen are a good model to historical biogeography studies, especially in Atlantic Rain Forest of Brazil, where harbors the greatest species diversity of the group in the world. This thesis was divided in three chapters: the first one aimed to delimit areas of endemism for Atlantic Forest, using the occurrence of species of Gonyleptidae; the second one aimed to search for a general pattern of historical relationships among areas of endemism that explain the diversification of bioma, using phylogenies of seven Gonyleptidae subfamilies; the third one reviewed the subfamily Hernandariinae. Twelve areas of endemism were delimited for Atlantic Forest, using the occurrence of 109 species. Numerical methods PAE (Parsimony Analysis of Endemicity) and NDM were employed. Six Combined Criteria for evaluation and delimitation of areas were proposed. Methods of Cladistic Biogeography was used for constructing general cladograms of areas, which represent the general historic pattern. The 12 areas of endemism historically relate among them, forming three main components in Atlantic Forest, with separation of a northern component (Pernambuco and Bahia) firstly and a second separation of central component (Rio de Janeiro and São Paulo) from a southern component (south of São Paulo, Paraná, and Santa Catarina). The main geological, climatical and biological events which determined those divisions and the diversification of harvestmen in the Atlantic Forest were discussed. The subfamily Hernandariinae, after this review, is composed by 23 species in 6 genera. A new classification is presented based on an cladistic analysis, using 67 morphological characters. Four new combinations are proposed: Hernandaria armatifrons, H. una, Acrogonyleptes granulatus, and A. pectinifemur. Three species are revalidated: A. granulatus, A. pectinifemur, and A. spinifrons. Eight new species are proposed: four of Hernandaria, two of Acrogonyleptes, and two of Pseudotrogulus. Six synonimies are proposed: Proweyhia and Metaxundarava = Hernandaria, Apembolephaenus calcaratus = H. armatifrons, Paraproweyhia = Acrogonyleptes, Paraproweyhia curitibae = A. exochus, and Melloleitaniana curitibae = A. spinifrons. Ariaeus is transferred to Gonyleptinae.

A biogeografia estuda a distribuição dos organismos em relação ao espaço e ao tempo, favorecendo a compreensão dos mecanismos que geram e mantém a diversidade, especiação, extinção e dispersão das espécies. Dentre as florestas tropicais, a Mata Atlântica constitui um mosaico vegetal de grande diversidade, onde a filosfera representa um dos habitats mais comuns para os microrganismos. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a estrutura e diversidade da comunidade bacteriana da filosfera de Maytenus robusta no Parque Estadual Carlos Botelho, Parque Estadual Ilha do Cardoso e Estação Ecológica de Assis, no estado de São Paulo, Brasil. As folhas foram coletadas em duas épocas do ano, seca e chuvosa. A estrutura da comunidade bacteriana foi avaliada através de PCR-DGGE da região V3 do gene rRNA 16S e a diversidade por sequenciamento da região V1-V3 do mesmo gene. A similaridade entre a estrutura de comunidades de Bacteria foi determinada com base na presença ou ausência das bandas detectadas no gel após PCR-DGGE. O agrupamento hierárquico gerado com o coeficiente de Jaccard e o método UPGMA mostrou a existência de comunidades bacterianas distintas na filosfera de M. robusta nas áreas amostradas. A existência de padrões biogeográficos foi determinada através de análises de regressão, usando os dados de similaridade da estrutura das comunidades bacterianas e os de distância geográfica entre as árvores amostradas. A correlação negativa observada nas avaliações fornece evidências para suportar a hipótese de que a similaridade entre as comunidades bacterianas da filosfera de plantas da mesma espécie diminui com o aumento da distância entre as árvores, dentro de um mesmo bioma. A avaliação espaço temporal da composição da comunidade bacteriana, realizada pela análise NMDS, demonstrou que houve efeito espacial mas no temporal na estrutura das comunidades bacterianas da filosfera de M. robusta. A afiliação taxonômica de 1.470 sequências de clones do gene rRNA 16S de Bacteria, obtidas da filosfera de M. Robusta, nas diferentes áreas e épocas, e a comparação múltipla das bibliotecas, mostraram que as comunidades bacterianas na filosfera foram distintas umas das outras, sendo os filos Proteobacteria e Acidobacteria os mais frequentes. Somente 1% das Unidades Taxonômicas Operacionais foram comuns entre os indivíduos avaliados. Com base nos resultados obtidos, pode-se inferir que, em cada bioma, plantas da mesma espécie possuem comunidades bacterianas únicas, sugerindo a existência de endemismo, altos níveis de especiação e baixa dispersão das comunidades bacterianas nas áreas avaliadas. / Biogeography studies the distribution of organisms in relation to space and time, favoring the understanding of the mechanisms that generate and keep the diversity, speciation, extinction and dispersion of species. Among the tropical forests, the Atlantic Forest constitutes a highly diverse vegetation mosaic, in which the phyllosphere represents one of the most common habitats for microorganisms. The goal of this work was to evaluate the structure and diversity of the bacterial community from the phyllosphere of Maytenus robusta in the Carlos Botelho State Park, Ilha do Cardoso State Park and Assis Ecologic Station, São Paulo state, Brazil. The leaves were collected in two different seasons of the year, dry season and rainy season. The structure of the bacterial community was evaluated through PCR-DGGE of the 16S rRNA gene V3 region, and the diversity by sequencing of the V1-V3 region of the same gene. The similarities between the structures of the bacterial community were determined based on the presence or absence of bands detected in the gels after PCR-DGGE. The hierarchical clustering generated using the Jaccard coefficient and the UPGMA method showed the existence of distinct bacterial communities in the M. robusta phyllosphere of the sampled areas. The existence of biogeographic patterns was determined through regression analyses, using the community structure similarity data geographic distance among the sampled trees. The negative correlation observed in most of the cases provides evidence to support the hypothesis that the similarity between the bacterial communities from phyllosphere of plants of the same species decreases as the distance among trees increased, within the same biome. The spacial-temporal evaluation of the structure of the bacterial communities, performed by the NMDS analyses, showed the occurrence of spacial but not temporal effects on the structure of the bacterial communities of M. robusta phyllosphere. The taxonomic affiliation of 1,470 bacterial 16S rRNA gene clones obtained from the M. robusta phyllosphere, in different areas and seasons, as well as the multiple comparisons of libraries showed that the bacterial communities in the phyllosphere were distinct from each other, and that Proteobacteria and Acidobacteria phyla were the most frequent. Only 1% of the bacterial Operational Taxonomic Units were common among the individuals evaluated. Based on the results obtained it is possible to conclude that, in each biome, plants of same species have unique bacterial communities, suggesting the existence of endemism, high levels of speciation and low dispersal of bacterial communities in the evaluated areas.

Hylaeamys yunganus, é um roedor da tribo Oryzomyini que apresenta amostras distribuídas ao longo das florestas tropicais da Amazônia e ocupa um amplo gradiente altitudinal, que se estende do nível do mar até altitudes ao redor de 2000m. Informações disponíveis na literatura sugerem que as populações de H. yunganus da Venezuela, Colômbia, Equador, Peru e oeste do Brasil apresentam grande tamanho corpóreo, enquanto que é característico das populações da Guiana Francesa, Guyana, Suriname e ao longo da região leste da Bacia Amazônica, um tamanho menor. Dentro deste contexto, considerando novas amostras disponíveis e novas abordagens metodológicas (morfológicas quantitativas e moleculares), o presente estudo buscou avaliar as diferenças entre as populações do leste e oeste de H. yunganus. Além disso, buscou verificar a existência de similaridade morfológica entre as populações da Amazônia oriental e da Amazônia ocidental com populações simpátricas de H. megacephalus e H. perenensis, respectivamente. Localidades geográficas próximas foram agrupadas com o propósito de obter amostras mais robustas para as análises estatísticas. As análises morfométricas e morfológicas foram conduzidas em indivíduos adultos de acordo com o desgaste dos molares e de ambos os sexos. Os caracteres morfométricos consistiram em 17 crânio-dentárias. As normalidades foram testadas uni e multivariadamente utilizando os testes de Kolmogorov- Smirnov e Kurtose de Mardia, respectivamente. As análises de variação geográfica basearam-se em diagramas Dice-Leraas, Análises de Componentes Principais e Análises Discriminantes. Utilizando um fragmento de 414 pb do gene mitocondrial do citocromo b foram realizadas árvores filogenéticas pelos métodos de Neighbour-Joining e Bayesiana. Foi também conduzida uma análise da rede de haplótipos para reconhecer os agrupamentos dos haplótipos na espécie. Ao longo da distribuição da espécie foram encontrados padrões de divergência baseados em dados morfológicos (nas análises uni e multivariadas). As populações do leste são menores em diversas dimensões cranianas que os indivíduos da porção oeste da distribuição. As análises moleculares revelam uma congruência parcial com as análises morfológicas: os indivíduos da porção oeste são mais próximos entre si e formam um clado divergente dos indivíduos do leste. A diferença existente é que o clado leste, tem a presença de espécimes de Potaro e Barima-Waini (Guiana), localidades que apresentam diferenças morfológicas tanto com o grupo leste como oeste, dependendo da análise estatística. Concluiu-se que existe variação geográfica em H. yunganus ao longo da distribuição na Amazônia, porém de forma gradual e não abrupta, entre as populações do leste e do oeste da Amazônia. / Hylaeamys yunganus is a rodent of the Oryzomyini tribe presenting samples distributed through the Amazon rainforests and occupies a wide altitudinal gradient, which extends from sea level up to ca. 2,000m. Information available in the literature suggests that populations of H. yunganus from Venezuela, Colombia, Ecuador, Peru and western Brazil have large body size, whereas populations from French Guiana, Guyana, Suriname and the eastern Amazon Basin have a smaller size. Within this context, considering new samples available and new methodological approaches (quantitative morphological and molecular), this study evaluated the differences between the eastern and western populations of H. yunganus. In addition, investigates the existence of morphological similarity between the populations of the eastern Amazon and the western Amazon with sympatric populations of H. megacephalus and H. perenensis, respectively. Close geographic locations were grouped in order to obtain samples for more robust statistical analysis. The morphometric and morphological analysis were conducted in adults according to the molar wear in both sexes. The morphometric characters consisted of 17 cranio-dental measurements. The normality was tested using univariate and multivariate tests of Kolmogorov- Smirnov and Mardi kurtosis, respectively. Geographic variation analysis was based on Dice- Leraas diagrams, Principal Components Analysis and Discriminant Analysis. Using a fragment of 414 bp of the mitochondrial cytochrome b gene were performed phylogenetic trees by the Neighbour-Joining and Bayesian methods. It was also conducted a haplotype network analysis in order to recognize groups of haplotypes in the species. Through the species distribuition divergent patterns were found in morphology (uni and multivariate analyses). The eastern populations presented smaller cranial dimentions than the western ones. The molecular analyses revealed partial congruence with this pattern. The western samples are close to each other forming a separated group from the eastern samples. The eastern clade has samples from Potaro and Barima-Waini (Guyana) that present mophological differences with the eastern group as well as with the western one, depending on the statistical analysis. In short, H. yunganus presents geographical variation through its distribution in a gradual pattern between the eastern and the western Amazon.

As unidades de conservação da natureza são a forma mais efetiva de proteção da biodiversidade que se conhece. Legalmente as unidades de conservação podem ser divididas em dois grandes grupos: aquelas de uso sustentável e as de proteção integral ou uso indireto. Segundo o Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC) instituído pela Lei 9.985 de 18 de julho de 2000, as Reservas Particulares do Patrimônio Natural (RPPN) são consideradas unidades de conservação privadas de uso sustentável. Na Espanha, a conservação em terras privadas é denominado de Custodia del territorio e se dá por meio de parceria privada entre entidades de custódia e o proprietário, diferentemente do Brasil onde ocorre participação pública. Atualmente na Espanha, o processo de criação destas áreas é previsto pela Ley 42 de 13 de dezembro de 2007, que trata do Patrimonio Natural y de la Biodiversidad do país. Esta pesquisa tem como objetivo principal elaborar um panorama atual da conservação em terras privadas no estado do Paraná, Brasil, comparando parcialmente com a conservação privada na Catalunha, Espanha, avaliando a efetividade da gestão destas áreas protegidas no Paraná, para que seja possível apontar possíveis melhorias nos meios de desenvolvimento e gerenciamento das RPPN, tendo em conta a atual demanda ambiental existente. Busca-se ainda entender a dinâmica da relação dessas propriedades privadas de proteção da natureza, com os diferentes órgãos de governo e assim apontar melhorias para a legislação e relação já existentes. Para atingir tal objetivo foram aplicados questionários em 132 RPPN distribuídas pelo Paraná e nove áreas protegidas privadas da Catalunha, e ainda, avaliada a efetividade do manejo aplicado às áreas paranaenses com base na adaptação de uma metodologia já existente. Desta relação atual fica clara a ausência de contato entre proprietário privado e órgãos públicos, bem com a insatisfação de parte dos proprietários de RPPN do Paraná, que criaram estas reservas privadas com expectativas diferentes do que na realidade ocorre, mostrando possivelmente a existência de falha no processo de criação das áreas. Para o caso catalão é possível perceber maior proximidade entre entidades de custódia e proprietário o que reflete em uma gestão mais efetiva destas áreas, além disso, é perceptível a maior utilização destas áreas pela população de seu entorno para atividades de lazer. Também se destaca em algumas áreas visitadas a aplicação de programas de pagamentos por serviços ambientais. Avaliando a efetividade de manejo das reservas paranaenses é possível constatar que 78% das áreas estão incluídas em um manejo insatisfatório e pouco satisfatório, somando no máximo 50% da nota a ser atingida nesta análise, confirmando a ideia da dificuldade na gestão de áreas protegidas por seus proprietários. / Nature conservation units are the most effective form of biodiversity protection that is known. Legally conservation units can be divided into two large groups: those of sustainable use and those of integral protection or indirect use. According to the National System of Conservation Units (SNUC) established by Law 9.985 of July 18, 2000, Private Reserves of the Natural Patrimony (RPPN) are considered private conservation units for sustainable use. In Spain, conservation in private lands is called the Custody of the Territory and occurs through a private partnership between custodians and the owner, unlike Brazil where there is public participation. Currently in Spain, the process of creating these areas is provided for by Law 42 of December 13, 2007, which deals with the country\'s Natural Heritage and Biodiversity. This research has as main objective to elaborate a current panorama of the conservation in private lands in the state of Paraná, Brazil, comparing partially with the private conservation in Catalonia, Spain, evaluating the effectiveness of the management of these protected areas in Paraná, so that it is possible to point out possible Improvements in the means of development and management of RPPN, taking into account the existing environmental demand. It also seeks to understand the dynamics of the relationship of these private nature protection properties with the different governing bodies and thus point out improvements to the already existing legislation and relationship. To achieve this objective, questionnaires were applied in 132 RPPN distributed by Paraná and nine private protected areas of Catalonia, and also evaluated the effectiveness of the management applied to the areas of Paraná based on the adaptation of an existing methodology. From this current relationship it is clear the absence of contact between private owner and public agencies, as well as the dissatisfaction of the owners of RPPN of Paraná, who created these private reserves with different expectations of what actually occurs, possibly showing the existence of a failure in the process of creating areas. For the Catalan case, it is possible to perceive a greater proximity between custodial entities and owner, which reflects in a more effective management of these areas, in addition, it is noticeable the greater use of these areas by the population of its surroundings for leisure activities. Also highlighted in some areas visited is the application of payment programs for environmental services. Evaluating the management effectiveness of the Paraná, it is possible to verify that 78% of the areas are included in an unsatisfactory and little quality management, adding a maximum of 50% of the note to be reached in this analysis, confirming the idea of the difficulty in the management of protected areas by their owners.

Orientador: João Semir / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T08:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_DeiseJoselyPereira_M.pdf: 27113628 bytes, checksum: 003e585fa3662d163dda06241869a617 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full electronic document / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestra em Biologia Vegetal