A área de pesquisa científica, denominada computação e biodiversidade, tem por desafio suprir a demanda por tecnologias de apoio à conservação da biodiversidade, fornecendo ferramentas computacionais aplicadas ao estudo da biodiversidade. Os modelos de distribuição geográfica de espécies têm uma importante contribuição para o entendimento da biodiversidade e no apoio para a tomada de decisão em conservação dos recursos de biodiversidade. Os resultados da modelagem de distribuição de espécies, não apresentam com clareza os tratamentos aplicados aos dados na etapa de pré-análise e os critérios de seleção das variáveis preditoras, o que agrava a incerteza quanto aos resultados obtidos e prejudica a reprodutibilidade do experimento. Assim, o objetivo desta pesquisa é apresentar o processo de modelagem de distribuição de espécie com destaque para as atividades de pré-análise e atividades de seleção das variáveis preditoras. O processo de modelagem de distribuição de espécies proposto é avaliado por meio de estudo de caso de Modelagem de Distribuição de Espécies do polinizador Centris hyptidis e das plantas oleaginosas Angelonia campestris e Angelonia cornigera, que considera como fator biótico a especialização da interações entre essas plantas e o polinizador. Neste estudo de caso pode-se verificar que a aplicação de técnicas estatísticas exploratórias de dados na etapa de pré-análise do processo de modelagem distribuição de espécies permite a avaliação da qualidade dos pontos de ocorrência, essenciais para o desempenho preditivo do modelo final. / The area of research called biodiversity informatics, or bioinformatics, has to face the challenge of meeting the demand for technologies to support the conservation of biodiversity, providing computational tools applied to the study of biodiversity. The models of geographic distribution of species have a fundamental implication for understanding the biodiversity and conservation decision making. Researches on modeling species distributions generally do not present clearly the treatments applied to the data in the pre-analysis and criteria for selection of predictor variables, which increases the uncertainty regarding the results and affect the reproducibility of experiment. The objective of this research is to present the process of species distribution modeling with emphasis on the activities of pre-analysis and activities selection of the predictor variables, such as to favor its repeatability and reproducibility by other researchers. The process of modeling species distribution proposed is validated on a case study of modeling distribution of pollinator species Centris hyptidis and oilseed Angelonia campestris and Angelonia cornigera, a biotic factor that considers the specialization of these interactions between plants and pollinators. In this case study we can observe one of the main contributions of this work: the application of statistical techniques for data exploration in the pre-analysis of species distribution modeling process, with improved capacity for evaluation and selection of points of occurrence essential to the performance of the predictive model.

Com o avanço das tecnologias computacionais abriu-se a possibilidade de se adquirir computadores pessoais cada vez mais potentes e com um custo cada vez mais baixo, o que possibilitou um avanço por parte de pesquisadores em métodos e metodologia de análise, utilizando sistemas de processamento de massa de dados combinados. Neste trabalho, procurou-se realizar estudos de Ecologia da Paisagem utilizando diferentes softwares que trabalham com sistemas de informações geográficas na análise da paisagem, principalmente os diagnósticos de fragmentação de habitats e de locais de maior pressão no entorno de Unidades de Conservação, na Região Metropolitana a maior cidade da América Latina. O estudo procurará recuperar os diferentes preceitos teórico-metodológicosdos estudos de análise da paisagem. Também buscou estabelecer estudos práticos espacializados em mapas, permitindo assim uma visualização dos resultados em duas escalas de trabalho: a primeira das pressões urbanas no entorno imediato de 2 km dos Parques Estaduais da Cantareira, Juquey, Jaraguá, Itapetinga e Itaberaba e a segunda para uma paisagem que abrange os cinco parques citados acima. Os resultados encontrados nessa pesquisa foram qualitativos na forma de mapas e quantitativos na forma de tabelas e gráficos, apontando locais de maior ou menor pressão no entorno dos Parques Estaduais e para Paisagem como um todo. Apesar da alta antropização no entorno dos Parques Estaduais ainda existem locais que podem ser utilizados para se aumentar o nível do habitat na paisagem. / With the advancement of computer technologies, the possibility of acquiring increasingly powerful personal computers with an increasingly low cost was opened up, allowing a breakthrough by researchers in methods and analysis methodology, usingprocessing systems of combined data mass. In this work, studies of Landscape Ecology were conducted, using different types of software that work with geographic information systems in the landscape analysis, especially the diagnostics of habitats fragmentation and higher-pressure places near Protected Areas, in the Metropolitan Region-the largest city in Latin America. The study will seek to retrieve the different theoretical-methodological precepts of landscape analysis studies. It also sought to establish practical studies specialized on maps, thus allowing a preview of the results in two ranges of work: the first one for urban pressures in the immediate surroundings of 2 km from Cantareira, Juquey, Jaraguá, Itapetinga and Itaberaba State parks, and the second one for a landscape covering the five parks mentioned above. The results found in this research were qualitative in the form of maps and quantitative in the form of tables and charts pointing places of greater or lesser pressure in the surroundings of the State Parks and for the Landscape as a whole. Despite the high anthropization in the surroundings of the State Parks, there are still places that can be used to increase the habitat level in the landscape.

A cana-de-açúcar é atualmente a cultura de maior importância agrícola do Estado de São Paulo, a partir da qual são gerados açúcar e etanol, além de vários outros subprodutos. No entanto, com a expansão das fronteiras agrícolas e alterações nas práticas de manejo, ocorre atualmente um momento de adequação de tal cultivo, que visa uma maior produtividade e sustentabilidade de produção. Para isto, dentre outros fatores, o papel da comunidade microbiana presente nos solos pode ter fundamental importância, auxiliando no melhor desenvolvimento da planta. No entanto, pouco se sabe sobre a comunidade microbiana existente nos solos cultivados com cana-de-açúcar. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade e a abundância de fungos em solos de cultivo de cana-deaçúcar no estado de São Paulo, em áreas sob diferentes atributos químicos, físicos e de manejo. Objetivou-se também, verificar a ocorrência de padrões biogeográficos na estruturação de tais comunidades. Para isso, foi realizada a análise da estrutura das comunidades fúngicas por polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição terminal (T-RFLP), juntamente com a quantificação destas comunidades por meio da PCR em tempo real (qPCR) em 476 amostras de solo, obtidas de 11 áreas de cultivo (usinas). Dentro deste conjunto de dados, temos que os atributos químicos, físicos e manejo explicam maiores valores de variância dentro de cada área amostra, mas pouco explicam da variância geral dos dados, sugerindo a ocorrência de padrões biogeográficos das comunidades de fungos neste ambiente. Tal ocorrência foi confirmada pela significância estatística da correlação entre distância e dissimilaridade das comunidades de fungos, dando suporte a geração dos primeiros mapas biogeográficos de fungos em tais solos. Adicionalmente, a abundância de fungos mostrou-se relacionada com a produtividade da cultura, indicando este ser um dos fatores que modulam a produtividade de cana-de-açúcar nas áreas avaliadas. / The sugarcane is nowadays, the most important crop in the State of São Paulo, serving as the raw material for the production of sugar and ethanol, besides many others by-products. Considering the expansion of agricultural barriers, and shifts in fields management, such cultivation is under a re-arrangement process, aiming to a higher productivity and sustainability. In order to achieve that, among other factors, the role of microbial communities present in soils can be essential to support plant development. However, a few is known about the microbial community under sugarcane crop production soils. Hence, this work intended to evaluate the fungi diversity and abundance in soils cultivated with sugarcane in the State of São Paulo, exploring areas under distinct chemical and physical attributes and also distinct management practices. It was also aimed to determine the occurrence of biogeographically patterns in the structure of such communities. Indeed, it was made the analysis of the fungal community structure by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP), together with the quantification of these communities by real time PCR (qPCR) in 476 soils samples, collected in 11 areas cultivated with sugarcane (mills). Within this dataset, it was found that chemical, physical and management attributes explain higher values of variance within each sampled area, but explain little about the total variance of data, suggesting the occurrence of biogeographically patterns in fungal communities in this environment. It was confirmed by the statistical significance of the correlation between distance and dissimilarity of fungal communities, supporting the generation of very first biogeographically maps in such soils. Additionally, the abundance of fungi revealed to be related with sugarcane productivity, indicating this issue as one of the factors modulating the sugarcane productivity in the evaluated areas.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-13T14:00:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DiversitificacaoMolecularMorfologica.pdf: 3448999 bytes, checksum: 79cec3f46f3ec3330f429d72c2172f4d (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2016-12-21T16:01:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DiversitificacaoMolecularMorfologica.pdf: 3448999 bytes, checksum: 79cec3f46f3ec3330f429d72c2172f4d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-21T16:01:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DiversitificacaoMolecularMorfologica.pdf: 3448999 bytes, checksum: 79cec3f46f3ec3330f429d72c2172f4d (MD5) Previous issue date: 2015-03-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A compreensão dos padrões de distribuição da diversidade biológica, tem sido um tema amplamente discutido em estudos ecológicos e biogeográficos nas últimas décadas (Gaston, 2000; Ricklefs, 2004; Diniz-Filho et al., 2009). Nesse contexto, a região neotropical sul-americana destaca-se pela sua alta diversidade, distribuída nos mais diversos biomas (Morrone, 2004; Turchetto-Zolet et al., 2013). Estudos recentes demonstram que as alterações climáticas e geomorfológicas apoiam um cenário de mudanças complexas na paisagem do continente, influenciando na distribuição espacial dos táxons, riqueza de espécies, endemismos, diversidade genética e padrões biogeográficos observados (Nores 2004; Rull, 2008; Antonelli et al, 2009; Carnaval et al, 2009; Hoorn et al, 2010; Thomé et al., 2010; Werneck et al, 2012; Ribas et al 2012; Turchetto-Zolet et al., 2013, Rull, 2011, 2013). A conformação atual da América do Sul foi grandemente influenciada pelo soerguimento dos Andes, processo iniciado há aproximadamente 65 Ma, causando alterações climáticas e hidrográficas no continente (Hoorn et al. 1995; Van der Hammen & Hooghiemstra, 2000). Uma das principais consequências da elevação dos Andes foi a alteração do padrão de drenagem continental, levando à formação da bacia amazônica como a conhecemos atualmente (Hoorn et al 2010). Embora haja discordâncias sobre quando o Rio Amazonas começou a correr para o leste, a partir dos Andes, diferentes dados indicam que este já havia atingido seu fluxo atual a partir do Plioceno inferior (Figueredo et al. 2009; Latrubesse et al. 2010). Ainda que em menor escala, contudo, movimentos tectônicos continuaram a ocorrer na região, produzindo alterações ao menos locais, até o início do Holoceno (Rosseti et al. 2005; Rosseti & Valeriano, 2007).

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-03T16:46:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescriaooNotasTaxonomicas.pdf: 4346550 bytes, checksum: a06bbcbf2caec9fc381cff44c3dee8f1 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-03T16:47:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescriaooNotasTaxonomicas.pdf: 4346550 bytes, checksum: a06bbcbf2caec9fc381cff44c3dee8f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-03T16:47:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescriaooNotasTaxonomicas.pdf: 4346550 bytes, checksum: a06bbcbf2caec9fc381cff44c3dee8f1 (MD5) Previous issue date: 2014-04-03 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Descrições e notas taxonômicas comparativas das terminalias femininas de 15 espécies de Peckia Robienau-Desvoidy, 1830 (Diptera, Sarcophagidae) da Amazônia Brasileira. Para contribuir com a caracterização e também possibilitar a identificação específica das fêmeas do gênero Peckia, as terminálias de 15 espécies com ocorrência na Amazônia Brasileira são descritas, ilustradas e uma chave de identificação para fêmeas é fornecida. Além da cor da gena e presença de sétulas da gena e caliptra, o formato das espermatecas e do tergito 6 também podem ser utilizados caracterização dos cinco subgêneros de Peckia. O formato dos esternitos 6, 7 e 8, a posição do espiráculo 6 e a polinosidade do tergito 6 revelaram-se importantes para identificação das espécies. O tergito 8 está presente apenas na espécie Peckia (Pattonella) intermutans (Walker, 1861). O formato da placa vaginal, estrutura presente em apenas quatro espécies do subgênero Peckia, difere entre elas e pode ser utilizado para identificação específica. Portanto, uma análise conjunta destas características da terminália feminina é necessária para identificação específica de fêmeas de Peckia. / Description and comparative morphological notes of female terminalia of species of Peckia Robienau-Desvoidy, 1830 (Diptera, Sarcophagidae) from the Brazilian Amazon. In order to contribute and allow specific identification of female of the genus Peckia, the terminalia of 15 species that occurs in Brasilian Amazon are described, illustrated and an identification key to females is given. Besides gena color and the presence of setulae in gena and calypter, the shape of spermathecae and tergite 6 can also be used in the subgenus determination. The sternites 6, 7 and 8, the position of spiracle 6 and the microtrichosity of tergite 6 reveled important to specific identification. The tergite 8 is present only in the species Peckia (Pattonella) intermutans (Walker, 1861). The shape of vaginal plate, a structure present only in four species of subgenus Peckia, differs in shape and can be used to characterize these species. Therefore, a combined analysis of these features of female terminalia is necessary in the species determinationof the females of Peckia. Peckia (Peckia) hilifera (Aldrich, 1916) is recorded for the first time from Brazil.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-05T13:27:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FisiologiaTermicaVulnerabilidade.pdf: 3948924 bytes, checksum: 2b699507836ace090c461e0d75e49853 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-05T13:28:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FisiologiaTermicaVulnerabilidade.pdf: 3948924 bytes, checksum: 2b699507836ace090c461e0d75e49853 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-05T13:28:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_FisiologiaTermicaVulnerabilidade.pdf: 3948924 bytes, checksum: 2b699507836ace090c461e0d75e49853 (MD5) Previous issue date: 2017-01-12 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / É previsto que o aquecimento global leve a Terra a um aumento da temperatura de até 4.8°C até o final do século XXI, o que pode afetar negativamente distribuição das espécies de lagartos, considerando que são animais ectotérmicos e dependem diretamente da temperatura do ambiente para regularem a temperatura corporal (Tc). Estes animais geralmente apresentam como resposta compensatória ao estresse térmico a restrição do tempo de atividade em refúgios, para minimizar o risco de morte por superaquecimento. Acredita-se que a vulnerabilidade das espécies seja portanto inversamente proporcional à Tc e ao número de horas de restrição nos refúgios (Hr), e diretamente associada à temperatura máxima do ambiente (TMA), o que significa que qualquer lagarto, seja ele termoconformador ou heliotérmico, pode ser vulnerável às mudanças climáticas. Há pouca informação disponível na literatura em relação a biologia dos lagartos da Amazônia, apesar de ser a região mais biodiversa do mundo e abrigar cerca de 210 espécies de lagartos ao longo de sua extensão. Com isso, o primeiro capítulo do presente trabalho teve como objetivo sintetizar o conhecimento acerca da fisiologia térmica destes animais e incorporar dados inéditos de preferência térmica de algumas espécies, além de caracterizar o seu modo de termorregulação e recuperar as relações entre os caracteres. O segundo capítulo, por sua vez, analisa o status de persistência/ausência de 29 espécies de lagartos amazônicos, com projeções para 2050 e 2070, verificando se a sua vulnerabilidade está de fato associada à Tc, Hr e TMA. Quarenta e cinco estudos reportando Tcs de 62 espécies foram encontrados, e dados adicionais de Tc, bem como dados inéditos de preferência térmica, foram coletados em 13 localidades na Amazônia, abrangendo diversas fitofisionomias do bioma. Foram obtidos dados de temperatura preferencial (Tpref), temperaturas voluntárias mínima (Vtmin) e máxima (Vtmax) e zona de tolerância (críticos térmicos, Ctmin e Ctmax) para 33 espécies, e dados de performance (Tot) para 10 espécies. Tc, Tpref e Vtmin apresentaram sinal filogenético fraco (K<1), e todas as variáveis se correlacionam, exceto por 1) Tot, que não apresenta correlação com Ctmax e 2) Ctmin, que só se correlaciona com Tot. Embora apresentem diferenças estatisticamente significativas, heliotérmicos e termoconformadores apresentam características térmicas intercaladas na escala de valores, demonstrando um continuum entre os extremos dos modos de termorregulação. A utilização de um modelo de distribuição que combina dados ambientais e de fisiologia para calcular a distribuição potencial atual e futura das espécies, considerando um cenário de emissão de gás carbônico realista, permitiu a verificação do status de persistência/ausência de 29 espécies de lagartos amazônicos. Três delas, todas heliotérmicas, apresentaram um projeção de expansão territorial até 2070. Para as demais, foi prevista uma redução de área de ocorrência, com heliotérmicos apresentando, em média, menores Hr e maiores Tc que os termoconformadores. Não foi verificado um padrão de vulnerabilidade relacionado ao modo de termorregulação, e a maioria das espécies apresentou baixas Tcs e/ou Hr, concordando com a hipótese que relaciona vulnerabilidade à Tc, Hr e TMA. Foi feita ainda a modelagem de outras oito espécies, porem estas apresentaram resultados controversos nos cálculos de distribuição potencial e portanto não foram incluídas nas análises de vulnerabilidade. Tais espécies estão sendo avaliadas pelos desenvolvedores do modelo para eventuais ajustes. Por fim, caso as previsões se concretizem, as altas restrições de área recuperadas pelo modelo podem refletir um elevado risco de extinção das espécies. O resultado é preocupante mesmo considerando eventuais limitações do método, e reforça a necessidade de políticas conservativas que levem em consideração os efeitos das mudanças climáticas sobre a fauna, além de mais estudos visando ampliar nosso entendimento acerca das consequências do aquecimento global. / Is predicted that the global warming drive the Earth to an increase of temperature of almost 4.8°C by the end of the XXI century, what may negatively affects the distribution of lizards species, considering that they are ectotherms and depends directly on the environmental temperatures to regulate their body temperatures (Tb). This animals usually present as compensatory response to the thermal stress the restriction of activity time in refuges, to minimize the risk of death by overheating. It is believed that the species’ vulnerability would be inversely proportional to Tb and to the number of hours of activity restriction in refuges (Hr), and directly proportional to the maximum environmental temperature (MET), what means that both heliotherm and thermoconformer lizards should be vulnerable to the climate changes. There are little information available in literature about the biology of Amazonian lizards, although it is the most biodiverse region in the world and house about 210 species of lizards among all its extension. Therefore, the first chapter of this work had as goal to synthetize the knowledge on thermal physiology of these animals and incorporate unpublished data on thermal preferences for some species, besides to characterize their thermoregulation mode and recover the phylogenetic relationships among the characters. The second chapter, in turn, analyzes the persistence/absence status of 29 species, with projections to 2050 and 2070, in order to verify if their vulnerability is in fact associated to Tb, Hr and MET. Fourty-five studies reporting Tbs from 62 species were found, and additional data on Tb, as well as unpublished data on thermal preferences, were collected among 13 localities of Amazonia, encompassing several phytophysiognomies of the biome. Were obtained data on preferred temperature (Tpref), minimum (Vtmin) and maximum (Vtmax) voluntary temperatures and tolerance zone (critical thermals, Ctmin and Ctmax) for 33 species, and performance data (Topt) for 10 species. Tb, Tpref and Vtmin present low phylogenetic signal (K<1), and all variables are correlated, with exception of 1) Topt, which does not present correlation with Ctmax, and 2) Ctmin, which only correlates with Topt. Although shows significant statistical differences, heliotherms and thermoconformers present thermal characters intercalated in the scale of values, demonstrating a continuum between the extreme thermoregulation modes. The use of a species distribution model that mix environmental and physiological data to calculate the potential distribution of species in the present and future, considering a realistic scenario of greenhouse gases’ emissions, allows the verification of the persistence/absence status on 29 species of Amazonian lizards. Three of them, all heliotherms, presents a projection of territorial expansion by 2070. The other 26, presents a projection of reductions in their occurrence area, with heliotherms presenting lower mean values of Hr and higher mean values of Tb than thermoconformers. Has not been verified any pattern of vulnerability related to thermoregulation mode, and the majority of the species present low Tb and/or Hr, agreeing with the hypothesis that relates vulnerability to Tb, Hr and MET. Other eight species were also modeling, but they present issues in the calculation of the potential distribution and thus were not included in the vulnerability analysis. These species are being evaluated by the model’ developers to possible adjustments. Lastly, if the forecasts concretizes, the high occurrence restrictions recovered by the model can reflects a potentially high extinction risk of the species. The result is worrying, even considering the model limitations, and reinforces the need of conservation policies that take into account the effects of climate change on fauna, as well as further studies aimed to improving our understanding about the consequences of the global warming.

A cana-de-açúcar é atualmente a cultura de maior importância agrícola do Estado de São Paulo, a partir da qual são gerados açúcar e etanol, além de vários outros subprodutos. No entanto, com a expansão das fronteiras agrícolas e alterações nas práticas de manejo, ocorre atualmente um momento de adequação de tal cultivo, que visa uma maior produtividade e sustentabilidade de produção. Para isto, dentre outros fatores, o papel da comunidade microbiana presente nos solos pode ter fundamental importância, auxiliando no melhor desenvolvimento da planta. No entanto, pouco se sabe sobre a comunidade microbiana existente nos solos cultivados com cana-de-açúcar. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade e a abundância de fungos em solos de cultivo de cana-deaçúcar no estado de São Paulo, em áreas sob diferentes atributos químicos, físicos e de manejo. Objetivou-se também, verificar a ocorrência de padrões biogeográficos na estruturação de tais comunidades. Para isso, foi realizada a análise da estrutura das comunidades fúngicas por polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição terminal (T-RFLP), juntamente com a quantificação destas comunidades por meio da PCR em tempo real (qPCR) em 476 amostras de solo, obtidas de 11 áreas de cultivo (usinas). Dentro deste conjunto de dados, temos que os atributos químicos, físicos e manejo explicam maiores valores de variância dentro de cada área amostra, mas pouco explicam da variância geral dos dados, sugerindo a ocorrência de padrões biogeográficos das comunidades de fungos neste ambiente. Tal ocorrência foi confirmada pela significância estatística da correlação entre distância e dissimilaridade das comunidades de fungos, dando suporte a geração dos primeiros mapas biogeográficos de fungos em tais solos. Adicionalmente, a abundância de fungos mostrou-se relacionada com a produtividade da cultura, indicando este ser um dos fatores que modulam a produtividade de cana-de-açúcar nas áreas avaliadas. / The sugarcane is nowadays, the most important crop in the State of São Paulo, serving as the raw material for the production of sugar and ethanol, besides many others by-products. Considering the expansion of agricultural barriers, and shifts in fields management, such cultivation is under a re-arrangement process, aiming to a higher productivity and sustainability. In order to achieve that, among other factors, the role of microbial communities present in soils can be essential to support plant development. However, a few is known about the microbial community under sugarcane crop production soils. Hence, this work intended to evaluate the fungi diversity and abundance in soils cultivated with sugarcane in the State of São Paulo, exploring areas under distinct chemical and physical attributes and also distinct management practices. It was also aimed to determine the occurrence of biogeographically patterns in the structure of such communities. Indeed, it was made the analysis of the fungal community structure by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP), together with the quantification of these communities by real time PCR (qPCR) in 476 soils samples, collected in 11 areas cultivated with sugarcane (mills). Within this dataset, it was found that chemical, physical and management attributes explain higher values of variance within each sampled area, but explain little about the total variance of data, suggesting the occurrence of biogeographically patterns in fungal communities in this environment. It was confirmed by the statistical significance of the correlation between distance and dissimilarity of fungal communities, supporting the generation of very first biogeographically maps in such soils. Additionally, the abundance of fungi revealed to be related with sugarcane productivity, indicating this issue as one of the factors modulating the sugarcane productivity in the evaluated areas.

A fim de avaliar a diversidade genética, morfológica e filogeografia de tripanossomas de leptodactilídeos, analisamos diversos isolados encontrados em amostras de sangue e fígados obtidos no Brasil (Amazônia, Caatinga, Cerrado, Mata Atlântica e Pantanal), na Colômbia e na Venezuela. Inferências filogenéticas baseadas em marcadores moleculares (V7V8 SSUrDNA e gGAPDH) demonstraram uma complexa associação entre clados, biomas e hospedeiros vertebrados. Nossos resultados corroboram a monofilia dos trypanossomas de anuros e sugerem a existência de, ao menos, seis clados (An01-06) nesse grupo com 12 candidatos a novas espécies. O clado An01 compreende tripanossomas de leptodactilídeos e hilídeos de todos os biomas. Os clados An02, An05 e An06 são formados, predominantemente, por tripanossomas de leptodactlídeos de diferentes biomas brasileiros, da Colômbia e da Venezuela. O clado An03 é formado por tripanossomas de leptodactilídeos, bufonídeos e flebotomíneos, todos do bioma amazônico. O clado An04 agrupa apenas tripanossoma exóticos da América do Norte, África e Europa. / Aiming to investigate the genetic diversity, the morphology and the phylogeny of leptodactylid trypanosomes, we analyzed a number of trypanosomes from blood and liver samples from Brazil (Amazonia, Caatinga, Cerrado, Atlantic Forest and Pantanal), Colombia and Venezuela. Phylogenetic analyses based on molecular markers (V7V8 SSUrDNA and gGAPDH) demonstrated a complex association between clades, biomes and vertebrate hosts. Our results corroborated the monophyly of anuran trypanosomes and suggested the existence of, at least, six clades (An01-06) inside the anuran clade with 12 candidate new species. Clade An01 groups trypanosomes from leptodactylids and hylids collected in all biomes. Clades An02, An05 and An06 are composed, mostly, by leptodactylid trypanosomes from several Brazilian biomes, Colombia and Venezuela. Clade An03 aggregates parasites from leptodactylids, bufonids and phlebotomines from Amazonia. Clade An04 groups only exotic trypanosome species from North America, Africa and Europe.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 977653 bytes, checksum: 9245342bfb1b1d3396ff9464707b4a33 (MD5) Previous issue date: 2006-07-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Amazon region has the largest drainage basin of the world, which is constituted by a diversity of waterbodies, and almost all of them are resulting from the junction of small streams ( igarapés ) that drain the forest. The igarapés present acid, nutrient-poor waters, and their food chains are dependent on allochthonous materials provided by the forest that fall into the igarapé, as pollen, flowers, fruits, leaves, branches, insects and spiders. In spite of that, the Terra-Firme system in the Amazon is recognized as the ecosystem of higher species diversity on the planet. This work aimed to describe the distribution and the beta diversity pattern of the species comprising the Odonata communities present in the Adolfo Ducke Forest Reserve river basins. It also objectives to provide information about determining factors of the fauna similarity among sites, in order to select viable units for Odonata conservation. Samples were carried out in 24 igarapés (eleven of 1st, eight of 2nd and five of 3rd order) distributed in four river basins, and in each basin it was conducted samples in six igarapés. The samples constituted on visual counting of adult individuals of Odonata present in 100 meters along each waterbody, divided into 20 stretches of 5 meters. The sampling time constituted of one hour duration on average. The total fauna of Odonata founded in the Ducke Reserve was of 17 species observed and 23 (± 4,77) estimated. The cluster analysis of the abiotic data demonstrated high similarity among the igarapés. The microdrainage basins were compared in relation to species richness and they were similar statistically, and the same result was also obtained for beta diversity. The low value of beta diversity index demonstrated high fauna similarity among the igarapés. The relationship of beta diversity between the environmental data and the distance among the igarapés was highly non-significant. The low values of beta diversity index may be attributed to the high similarity of the environment, which presented small variation in the abiotic data, and also to the distance scale of this study, which may be small enough to not represent a barrier to Odonata dispersion. Another factor that may have contributed to these values is the occurrence of a long period of environmental stability in the Amazon that allowed the species distribution in the environment, even those with low dispersion capacity. The basic environmental variables (channel width and depth) were related to species richness increase. These results are important to species conservation, and indicate the necessity of including intermediate-size streams, with higher variation in depth and channel width, to be used as one selection criteria in the choice of environmental protection areas. / A região Amazônica possui a maior bacia de drenagem do mundo, formada por uma diversidade de corpos d água, quase todos resultantes da junção de pequenos igarapés que drenam a floresta. As águas dos igarapés em geral são ácidas, pobres em nutrientes e as cadeias alimentares são dependentes de materiais alóctones, como pólen, flores, frutos, folhas, galhos, insetos e aranhas provenientes da floresta que caem sobre o igarapé. Apesar disso, o sistema de Terra-Firme na Amazônia é reconhecido como o ecossistema de maior diversidade de espécies do planeta. Este trabalho visou conhecer a distribuição e o padrão de diversidade beta das espécies que compõem as comunidades de Odonata presentes nas bacias hidrográficas existentes na Reserva Florestal Adolfo Ducke, bem como promover informações dos fatores que determinam o padrão de similaridade de composição de fauna entre locais, visando a escolha de unidades viáveis para a conservação de Odonata. Para isso, foram realizadas coletas em 24 igarapés (onze de 1a ordem, oito de 2a e cinco de 3a) distribuídos em quatro bacias, sendo que em cada bacia de drenagem foram feitas coletas em seis igarapés. As amostragens consistiram na contagem visual do número de indivíduos adultos de cada espécie de Odonata presentes em 100 metros de margem dos corpos d água, de cada área, divididos em 20 segmentos de cinco metros. O tempo médio em cada ponto de amostragem foi de uma hora. A fauna total de Odonata encontrada na Reserva Ducke foi de 17 espécies observadas e 23 (± 4,77) estimadas. A análise de agrupamento com os dados abióticos demonstrou uma grande semelhança entre os igarapés. As microbacias foram comparadas usando a riqueza de espécies, sendo estatisticamente semelhantes. Resultado parecido foi encontrado para a diversidade beta. O índice de diversidade beta foi baixo, demonstrando uma alta similaridade de fauna entre os Igarapés. As relações da diversidade beta com os dados ambientais e com a distância entre os igarapés não foram significativas. Os baixos valores de diversidade beta obtidos podem ser devido à alta similaridade dos ambientes, com pouca variação dos dados abióticos e também porque a escala de distância usada no estudo pode ter sido pequena, não representando uma barreira para a dispersão de Odonata. Outro fator que pode ter contribuído é a ocorrência de um longo período de estabilidade ambiental na Amazônia, possibilitando a distribuição das espécies no ambiente, até mesmo para aquelas espécies com baixa capacidade de dispersão. As características das variáveis ambientais básicas (profundidade e largura do igarapé) foram relacionadas com o aumento da riqueza de espécies. Esses resultados são importantes para a conservação das espécies, apontando para a necessidade de incluir riachos intermediários, com maior variação na profundidade e largura, para serem usados como critério de seleção na escolha de áreas para proteção ambiental.

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 7359456 bytes, checksum: 16477438042d951ea0467f36a2a1005e (MD5) Previous issue date: 2012-08-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The taxonomic and trophic structures of termite assemblages were studied in 10 areas of altitudinal forests ( Brejo de Altitude ) in the Caatinga dryland biome and their patterns of species richness and distribution were analyzed. A standardized sampling protocol (30 hours x person) was performed in five 5 x 2 m plots distributed along each of six 65 x 2 m transects; the densities of termite nests were also estimated in each of the 10 forest areas in six 65 m x 20 m plots, and climatic, vegetation, and soil parameters were evaluated. Faunal similarity analyses were made between the 10 altitudinal forest areas and 36 other sites distributed among the major Brazilian morphoclimatic domains. Seventy-one morpho species of termites were identified among 799 specimens encountered. In general, the Apicotermitinae were represented by the largest numbers of species and relative abundance, with the humivorous group being dominant. A total of 13 species constructing conspicuous nests were recorded, with an average of 13.1 to 71.8 active nests/ha. Phosphorus was the best predictor variable of termite richness and abundance in all of the areas, with trunk perimeter being the second best predictor. Grouping analysis of the altitudinal forests formed group I (SOR+RFB+RSN) composed of areas at higher altitudes located in the western region of the Borborema Plateau that showed relatively low richness and abundance, and group II [(SJB+RPF+RMM+PVS)+(PRM+PUB)] composed of areas closest to the coastal Atlantic Forest + areas in Ceará State that showed greater richness and relative abundance; the Triunfo/PE site demonstrated the least faunal similarity with the other areas. These results corroborated the hypothesis that Brejos de Altitude forests do not constitute a distinct biogeographical unit. These Brejos de Altitude forests demonstrate greater faunal similarity with Atlantic Forest and Caatinga areas but less similarity with Amazon and Cerrado sites. These patterns of termite distributions appear to reflect Quaternary period cycles of expansion and retraction of Tropical Rainforests during glacial and interglacial periods as well as current climatic and geomorphological factors. / As estruturas taxonômica e trófica das taxocenoses de cupins foram estudadas em dez áreas de Brejo de Altitude, estabelecidos nos domínios da Caatinga, buscando analisar os padrões de riqueza e distribuição das espécies. Para cada área, foi aplicado um protocolo padronizado de amostragem (30 horas x pessoa), consistindo de cinco parcelas de 5 x 2 m distribuídas ao longo de seis transectos de 65 x 2 m. Para cada área, a densidade de ninhos foi estimada em seis parcelas de 65 m x 20 m, e parâmetros climáticos, da vegetação e do solo foram avaliados. Análises de similaridade faunística foram realizadas entre os Brejos de Altitude e 36 áreas distribuídas entre os maiores Domínios Morfoclimáticos brasileiros. Setenta e uma morfoespécies foram registradas nos Brejos, pertencentes a 36 gêneros e três famílias, com 799 encontros. De forma geral, os Apicotermitinae apresentaram os maiores números de espécies e abundância relativa, e o grupo alimentar dos humívoros foi dominante. Um total de 13 espécies construtoras de ninhos conspícuos foi registrado, e a densidade média variou de 1,3 a 71,8 ninhos ativos/ha. O fósforo foi a melhor variável preditora da riqueza e da abundância de cupins para todas as áreas, sendo o perímetro do tronco a segunda melhor variável preditora. A análise de agrupamento entre as áreas de Brejo formou o grupo I (SOR+RFB+RSN): áreas com riqueza e abundância relativa baixa, maiores altitudes e localizadas a oeste no Planalto da Borborema; e o grupo II [(SJB+RPF+RMM+PVS)+(PRM+PUB)]: áreas com maiores riqueza e abundância relativa, incluindo áreas mais próximas da Floresta Atlântica costeira + áreas no Ceará, enquanto Triunfo/PE apresentou menor similaridade faunística com as demais áreas. Tais resultados corroboram a hipótese de que os Brejos de Altitude não constituem uma unidade biogeográfica. Os Brejos de Altitude apresentaram maior similaridade faunística com a Floresta Atlântica e a Caatinga, respectivamente, e menor similaridade com a Amazônia e o Cerrado. Tais padrões de distribuição podem refletir, além dos fatores climáticos e geomorfológicos atuais, os ciclos de expansão e retração das Florestas Tropicais Úmidas durante os períodos interglaciais e glaciais do Quaternário.