Made available in DSpace on 2014-06-12T22:57:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1412_1.pdf: 6537585 bytes, checksum: 2cac5088c7c91e2dd804758a99640811 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A taxonomia e a ecologia dos Copepoda Harpacticoida dos sedimentos do talude da Bacia de Campos são aqui apresentadas (capitulo 1), assim como a descrição de três espécies novas de Echinopsyllus (capitulo 2) e uma discussão acerca da distribuição geográfica e batimétrica da família Ancorabolidae (capitulo 3). Um total de 44 estações foi amostrado ao longo de nove transectos, considerando-se cinco profundidades (750 m, 1050 m, 1350 m, 1650 m e 1950 m) nas áreas Norte e Sul da Bacia de Campos e em dois estratos sedimentares (0-2 e 2-5cm). Para analisar a composição taxonômica e os aspectos ecológicos dos dados, foram construídos gráficos e organizadas tabelas. O índice de diversidade utilizado foi o de Shannon-Wiener e a equitabilidade calculada pelo índice de Pielou (J ). A análise de variância, por postos, de Kruskal-Wallis, foi aplicada aos valores do número total de indivíduos de Copepoda Harpacticoida, por amostra, a fim de testar diferenças entre os estratos trabalhados. Para a determinação de padrões ecológicos da comunidade, aplicou-se o índice de similaridade de Bray-Curtis e foi realizada uma análise de ordenação não-métrica multidimensional, considerando diferentes fatores: campanhas, áreas, profundidades e estratos. A significância da formação dos grupos de amostras foi testada pela análise ANOSIM. Para uma avaliação das relações entre a estrutura da comunidade de Harpacticoida e as variáveis ambientais, foi realizada a análise BIOENV. Foram identificados 1449 exemplares de Copepoda Harpacticoida. A composição desta fauna, na Bacia de Campos, mostrou-se semelhante à de outras áreas, especialmente, a da Bacia de Angola; porém, um alto valor percentual de táxons novos foi encontrado na Bacia de Campos (10 gêneros e 78 espécies novas). Os valores de densidade foram inferiores, de um modo geral, aos de outros estudos de mar profundo. A diversidade apresentou, em geral, valores altos ao longo das diferentes estações e áreas estudadas, além de uma tendência à redução com o aumento da profundidade. O estrato mais superficial apresentou, significativamente, os maiores valores de densidade e diversidade, o que confirma os relatos já existentes na literatura, Utilizando diferentes níveis de resolução taxonômica, os padrões observados para a comunidade mostraram uma resposta semelhante, no entanto, o uso de categorias taxonômicas mais elevadas leva a uma grande perda do conhecimento da biodiversidade marinha. A descoberta de novas espécies de Echinopsyllus estendeu o limite de distribuição desse gênero para o hemisfério sul e é uma evidência adicional de uma ampla distribuição dos gêneros de Ancorabolidae, anteriormente não esperada, nos oceanos mundiais. A posição filogené tica de Echinopsyllus dentro de Ancorabolinae é discutida. As observações dos registros de latitudes, profundidades e faixas de temperatura dos ancorabolídeos evidenc iaram uma clara tendência de distribuição: das altas latitudes existem registros em profundidades baixas e altas, enquanto nas baixas latitudes, os registros provém, unicamente, de altas profundidades. Esse padrão nos leva a hipotetizar que os limites de distribuição latitudinal e batimétrica das espécies de Ancorabolidae podem ser controlados/restritos pela temperatura. A posição filogené tica basal da subfamilia Laophontodinae sugere que Ancorabolidae foi, originalmente, uma família de áreas rasas e plataformas continentais frias de águas subantarticas que irradiaram para o mar profundo

O talha-mar Rynchops niger (Rynchopinae) e o trinta-réis-grande Phaetusa simplex (Sterninae), são aves aquáticas migratórias que se reproduzem simultaneamente em muitas praias fluviais da América do Sul. A taxonomia e a sistemática destas subfamílias foram objetos de poucos estudos. Além disso, possuem subespécies cuja delimitação e a caracterização ainda são confusas, além do que, uma revisão rigorosa da validade destes táxons nunca foi feita. E, como consequência dos poucos estudos, existe uma enorme imprecisão sobre a real área de distribuição de cada táxon, não havendo muita informação sobre os locais para onde se movimentam após o período reprodutivo. Assim sendo, este trabalho teve como objetivo caracterizar geneticamente e revisar a taxonomia destas duas espécies polítipas, definindo os seus táxons válidos e distribuição. Para tal, foram utilizados caracteres morfológicos (de plumagem e morfométricos), sequências do gene mitocondrial ND2 e de marcadores associados a sítios de restrição (ddRADseq), a fim de estimar a variação intra e interpopulacional, o fluxo gênico e a estrutura genética; visando também entender o padrão de migração destes táxons na América do Sul e a influência dos rios na taxonomia e na história evolutiva destas aves. De acordo com os resultados conclui-se: P. simplex passa a ser considerado um táxon monotípico, pois não é possível separar as subespécies entre si, nem morfologicamente e nem geneticamente. Apesar das variações genéticas entre as três subespécies de R. niger não serem significativas, estas continuam a ser consideradas como subespécies válidas, pois puderam ser plenamente diagnosticáveis quanto aos caracteres de plumagem e de distribuição. Não existem variações genéticas significativas entre as populações. As populações podem estar passando por um processo de expansão recente ou seleção positiva; ou podem estar se comportando como uma metapopulação. Os grandes rios sul-americanos, juntamente com o ciclo sazonal de precipitação da América do Sul (que altera a dinâmica destes rios), influenciam diretamente na distribuição, e, consequentemente, na evolução das aves aqui analisadas. Neste caso, os rios funcionam como vias de contato (e não como barreiras) entre os indivíduos, contribuindo para o intenso fluxo gênico dos táxons aqui apresentados / The Black Skimmer (Rynchops niger) and the Large-billed Tern (Phaetusa simplex) are migratory waterbirds that breed simultaneously on river beaches throughout South America. Few studies have been conducted on the taxonomy and systematics of these polytypic species and the delimitation and validity of each taxa described has never been studied in detail. As a result, the geographical distribution of both species is poorly understood and there is little information about the whereabouts of their non-breeding grounds. Therefore, the purpose of this study was to characterize genetically and revise the taxonomy and distribution of these two polytypic species. For this it was integrated morphological characters (plumage and morphometrics), mitochondrial sequences (ND2), and single nucleotide polymorphisms (SNPs) inferred from double digestion restriction associated DNA sequencing (ddRADseq) to estimate: 1) intra- and inter-populational variation, 2) gene flow, 3) population genetic structure, 4) migration patterns of these taxa within South America, and 5) assess the influence of rivers on the taxonomy and evolutionary history of these birds. The results lead to the following conclusions: P. simplex should now be considered a monotypic taxon because currently recognized subspecies are neither morphologically nor genetically diagnosable. Although genetic variation between the three subspecies currently recognized in R. niger is not significant, these taxa continue to be considered as valid subspecies because they are fully diagnosable in plumage characters and distributional patterns. There are no significant genetic variation between the populations of both species (R. niger and P. simplex). Populations may be undergoing a process of recent expansion or positive selection or they may be behaving like a metapopulation. Main South American rivers, together with the seasonal precipitation cycles of South America (which changes the dynamics of these rivers), have direct influence on the distribution, and, consequently, on the evolution of these birds. In this case, the rivers function as pathways of contact (and not as barriers) between individuals, contributing to the intense gene flow between these taxa

Área de endemismo ou elemento biótico é uma região geográfica que apresenta congruência distribucional entre táxons. Não há um padrão aceito universalmente para delimitação de áreas de endemismo e, portanto, várias metodologias são usadas para sua identificação. Nesta dissertação, propomos uma comparação integrada de alguns métodos de análises de endemismo, com base em dados de distribuição hipotéticos e reais. Desta forma, este estudo tem como objetivos: (1) comparar a Análise de Parcimônia de endemicidade (PAE), a Análise de endemicidade (EA) e um novo método de codificação que propomos a Análise de Distribuições de Três-Itens (3ID), avaliando sua performance com base na capacidade de identificar padrões hipotéticos predefinidos de áreas de endemismo, representando áreas não conflitantes, aninhadas e sobrepostas; (2) analisar os padrões de distribuição de 214 espécies de hidrozoários bentônicos, pelágicos e benthopelágicos não-sifonóforos do Oceano Atlântico Sul Ocidental (OASO), usando três métodos biogeográficos para testar hipóteses anteriores de regionalização biogeográfica e avaliar o performance da PAE, a EA e a 3ID com conjuntos de dados reais. No capítulo 2, intitulado “Comparison of analysis of endemism procedures based on hypothetical distributions”, nós comparamos a PAE, EA e 3ID e encontramos que a 3ID tem o maior percentual de sucesso na recuperação de áreas de endemismo predefinidas. Adicionalmente, a EA é o único método capaz de recuperar padrões sobrepostos, porém também encontra padrões espúrios. Nós sugerimos, portanto, que a melhor opção para identificação de áreas de endemismo é o uso de 3ID e EA em conjunto. No capítulo 3, intitulado “Biogeographic patterns of benthic and planktonic hydrozoans from the southwestern Atlantic Ocean”, nós utilizamos dados distribucionais de 214 espécies de hidrozoários bentônicos, pelágicos e bentopelágicos não-sifonóforos do OASO (20°-60°S, 33°-75°W), os quais foram organizados em diferentes matrizes (concatenada, bentônica, pelágica, e bentopelágica) de acordo com as diferentes estratégias de ciclo de vida em Hydrozoa. Todas as matrizes foram analisadas por meio da PAE, EA e 3ID. Os resultados mostram três padrões biogeográficos gerais: (1) Tropical (2) Temperado-Quente, e (3) Temperado-Frio. Os padrões obtidos variam de acordo com o tipo de ciclo de vida em Hydrozoa, demonstrando a importância de analisar-se separadamente conjuntos de dados de espécies com diferentes estratégias de reprodução. Cada método teve um desempenho diferente e, portanto, concluímos que o uso de 3ID e EA em conjunto é a melhor opção para inferir padrões biogeográficos marinhos / Areas of endemism or biotic elements comprise regions delimited by more than one taxon with coincident patterns of distribution. There is not an accepted universal protocol for delimitation of areas of endemism, and therefore, they are identified by several different methods. In this study, we propose an integrative comparison of different methods for identification of areas of endemism based on data of hypothetical and real distributions. Therefore, the general aims of this study are: (1) to compare the Parsimony Analysis of Endemicity (PAE), the Endemicity Analysis (EA) and a new coding method that we propose, the Three-Item Analysis of Distributions (3ID) to contrast their performance based on their ability to identify hypothetical predefined areas of endemism representing non-conflicting, nested and overlapping patterns; (2) to analyze the patterns of distribution of benthic, pelagic and benthopelagic non-siphonophore hydrozoans of the Southwestern Atlantic Ocean (SWAO), to test previous biogeographic hypotheses of regionalization for the area and to evaluate the performance of the endemicity methods based on real datasets. In chapter 2, entitled “Comparison of analysis of endemism procedures based on hypothetical distributions”, we compared the performance of PAE, EA and 3ID, and we found that 3ID has the greatest percentage of success in retrieving predefined areas of endemism. EA is the only method that recovers overlapping patterns, but it can also find spurious patterns. We recommend the use of 3ID together with EA as the best available option for hypothesizing areas of endemism. In chapter 3, entitled “Biogeographic patterns of benthic and planktonic hydrozoans from the southwestern Atlantic Ocean”, we used the distribution 214 hydrozoan species from the SWAO (20°-60°S, 33°-75°W), which were organized in different data matrices (concatenated, benthic, pelagic, and benthopelagic) according to the different life cycle strategies in Hydrozoa. All matrices were analyzed through PAE, EA and 3ID. The resulting areas showed three broad biogeographic patterns: (1) Tropical, (2) Warm-Temperate and (3) Cold-Temperate. The output patterns varied according to the life cycle of hydrozoan species, demonstrating the importance in analyzing separately data of species with different strategies of life cycle. Each method performed differently, and we concluded that the use of 3ID and EA together is the best approach to infer strong biogeographic patterns for the marine realm

Com o avanço das tecnologias computacionais abriu-se a possibilidade de se adquirir computadores pessoais cada vez mais potentes e com um custo cada vez mais baixo, o que possibilitou um avanço por parte de pesquisadores em métodos e metodologia de análise, utilizando sistemas de processamento de massa de dados combinados. Neste trabalho, procurou-se realizar estudos de Ecologia da Paisagem utilizando diferentes softwares que trabalham com sistemas de informações geográficas na análise da paisagem, principalmente os diagnósticos de fragmentação de habitats e de locais de maior pressão no entorno de Unidades de Conservação, na Região Metropolitana a maior cidade da América Latina. O estudo procurará recuperar os diferentes preceitos teórico-metodológicosdos estudos de análise da paisagem. Também buscou estabelecer estudos práticos espacializados em mapas, permitindo assim uma visualização dos resultados em duas escalas de trabalho: a primeira das pressões urbanas no entorno imediato de 2 km dos Parques Estaduais da Cantareira, Juquey, Jaraguá, Itapetinga e Itaberaba e a segunda para uma paisagem que abrange os cinco parques citados acima. Os resultados encontrados nessa pesquisa foram qualitativos na forma de mapas e quantitativos na forma de tabelas e gráficos, apontando locais de maior ou menor pressão no entorno dos Parques Estaduais e para Paisagem como um todo. Apesar da alta antropização no entorno dos Parques Estaduais ainda existem locais que podem ser utilizados para se aumentar o nível do habitat na paisagem. / With the advancement of computer technologies, the possibility of acquiring increasingly powerful personal computers with an increasingly low cost was opened up, allowing a breakthrough by researchers in methods and analysis methodology, usingprocessing systems of combined data mass. In this work, studies of Landscape Ecology were conducted, using different types of software that work with geographic information systems in the landscape analysis, especially the diagnostics of habitats fragmentation and higher-pressure places near Protected Areas, in the Metropolitan Region-the largest city in Latin America. The study will seek to retrieve the different theoretical-methodological precepts of landscape analysis studies. It also sought to establish practical studies specialized on maps, thus allowing a preview of the results in two ranges of work: the first one for urban pressures in the immediate surroundings of 2 km from Cantareira, Juquey, Jaraguá, Itapetinga and Itaberaba State parks, and the second one for a landscape covering the five parks mentioned above. The results found in this research were qualitative in the form of maps and quantitative in the form of tables and charts pointing places of greater or lesser pressure in the surroundings of the State Parks and for the Landscape as a whole. Despite the high anthropization in the surroundings of the State Parks, there are still places that can be used to increase the habitat level in the landscape.

O presente trabalho explora os aspectos taxonomicos, ecologicos, morfologicos, biometricos e biogeograficos dos Arcellinida Kent, 1880 coletados no Parque Ecologico do Rio Tiete, Sao Paulo Brasil. Foram encontrados organismos pertencentes a cerca de 30 taxons nominais, no entanto, a revisao da literatura, novos dados morfologicos obtidos atraves do Microscopio Eletronico de Varredura e medidas biometricas realizadas com grande numero de individuos permitem afirmar que muitos destes taxons estao se referindo a mesma entidade na natureza. Logo, na presente pesquisa sao descritas, com detalhes de distribuicao geografica, morfologia ultra-estrutural, morfometria e ecologia, especies pertencentes a quatro familias e cinco generos: Difflugia corona Wallich, 1864; Difflugia gramen Penard, 1902; Difflugia lanceolata Penard, 1890; Difflugia claviformis Penard, 1899; Difflugia gigantea Chardez, 1967; Centropyxis aculeata (Ehrenberg, 1838); Netzelia wailesi (Ogden, 1980); Lesquereusia modesta Rhumbler, 1895; Lesquereusia mimetica Penard, 1911; Arcella hemisphaerica Perty, 1852; Arcella gibbosa Penard, 1890; Arcella discoides Ehrenberg, 1871 e Arcella brasiliensis Cunha, 1913. Sao discutidas inovacoes taxonomicas para que a comparacao de dados obtidos usando tecnicas atuais com aqueles reportados na literatura tradicional seja feita da maneira mais explicita possivel, de modo a delimitar melhor o conceito taxonomico de cada especie abordada. / The present survey explores the taxonomic, ecologic, morphologic, biometric and biogeographic aspects of the Arcellinida Kent, 1880 collected at the Ecological Park of the Tiete River, Sao Paolo Brazil. Around 30 nominal taxa were identified, however, a review of the literature and new morphologic data obtained via the Scanning Electron Microscope and biometric measures with a large number of individuals allow the inference that many of these taxa are referring to the same natural entity. Therefore, the present work describes species from four families and five genera, along with details about geographic distribution, ultra-structural morphology, morphometry and ecology: Difflugia corona Wallich, 1864; Difflugia gramen Penard, 1902; Difflugia lanceolata Penard, 1890; Difflugia claviformis Penard, 1899; Difflugia gigantea Chardez, 1967; Centropyxis aculeata (Ehrenberg, 1838); Netzelia wailesi (Ogden, 1980); Lesquereusia modesta Rhumbler, 1895; Lesquereusia mimetica Penard, 1911; Arcella hemisphaerica Perty, 1852; Arcella gibbosa Penard, 1890; Arcella discoides Ehrenberg, 1871 e Arcella brasiliensis Cunha, 1913. Taxonomic innovations are discussed in order to make comparison of recent data with those reported on traditional literature a more explicit practice, allowing a better understanding of each species taxonomic concept.

The conformation of urban green spaces comes from a historical construction, resulting from the configurations in the society-nature relationship that shapes this landscape. It is observed in the phytogeography of the urban space, a dialectical process between the thesis of its natural determinants and, the antithesis of its socio-cultural scope. The urban landscape is established as a materialization of a political project of society in the cities which intensifies and concentrates exploration and social-environmental impact. The present thesis analyzes phytogeography in Aracaju / SE and its correlations with urban socioenvironmental aspects, based on geographical and historical conditions, modeling techniques and geoprocessing. With this purpose, bibliographic, statistical and geographic data surveys were carried out; besides fieldwork with the use of Unmanned Aerial Vehicle to elaborate an audiovisual collection. The results were gathered in a geographic database, in which editing, restitution, photointerpretation, geostatistical modeling and analysis were performed. These results allowed a socio-environmental characterization of Aracaju wich was made through a integrated approach by the spheres of water, land and air and their impacts; of urbanization, population and their services; and finally, of the uses of the soil, phytogeographic and socioenvironmental modeling. The roads and sidewalks of Aracaju have some afforestation; orthogonal aspect, longitudinal and woody structures that have their local contexts and need species selection and diversification. There is also a lack of better distribution of the squares, since they are more concentrated and better equipped in the historical or higher-income neighborhoods. The neighborhoods Jardins, Treze de Julho and Coroa do Meio are emblematic examples of a socio-spatial segregation process that has resulted in high investments and environmental impacts. It should be emphasized that changes in landscape dynamics, socio-environmental impacts and phytogeography need to be explained from the society-nature relationship, in order to promote a more functional, structural and equitable afforestation in the urban space. / A conformação dos espaços verdes urbanos é proveniente de uma construção histórica, resultante das configurações na relação sociedade-natureza que modelam essa paisagem. Observa-se na fitogeografia do espaço urbano, um processo dialético entre a tese de seus condicionantes naturais e, a antítese de seu âmbito sociocultural. A paisagem urbana é estabelecida como a cristalização de um fazer geopolítico de sociedade que promove a intensificação e concentração da exploração e dos impactos socioambientais. A presente tese analisa a fitogeografia em Aracaju/SE e suas correlações com aspectos socioambientais urbanos, com base em condicionantes geográficos e históricos, técnicas de modelagem e geoprocessamento. Com esta finalidade, foram realizados levantamentos de dados bibliográficos, estatísticos e geográficos; além de trabalhos de campo com a utilização de Veículo Aéreo Não Tripulado para elaboração de um acervo audiovisual. Os dados coletados foram congregados em um banco de dados geográfico, no qual foram realizados processos de edição, restituição, fotointerpretação, modelagem geoestatística e análises. Esses resultados possibilitaram uma caracterização socioambiental de Aracaju a partir da abordagem integrada das esferas das águas, da terra, do ar e seus impactos; da urbanização, população e serviços; e por fim, dos usos do solo, fitogeografia e modelagem socioambiental. As vias e calçadas de Aracaju possuem certa arborização; aspecto ortogonal, a partir de eixos estruturantes longitudinais arborizados que apresentam seus contextos locais e necessitam de seleção e diversificação de espécies. Observa-se ainda, uma carência de melhor distribuição das praças, pois elas estão mais concentradas e melhor equipadas nos bairros históricos ou de maior renda. Os bairros Jardins, Treze de Julho e Coroa do Meio são exemplos emblemáticos de um processo de segregação socioespacial que acarretou em elevados investimentos e impactos ambientais. Salienta-se portanto, que as transformações na dinâmica da paisagem, os impactos socioambientais e a fitogeografia precisam ser explicados a partir da relação sociedade-natureza, com a finalidade de promover ao espaço urbano uma arborização mais funcional, estrutural e equitativa. / São Cristóvão, SE

A Amazônia inclui uma grande proporção da biodiversidade encontrada atualmente na Terra. Apesar disso, nosso conhecimento sobre a biodiversidade Amazônica ainda é limitado, dificultando nosso entendimento dos padrões de diversidade nesta região. Entender os processos que levaram à diversidade encontrada na Amazônia representa um grande desafio para a biologia evolutiva. Este estudo foca em Pachyptera (Bignonieae, Bignoniaceae), um pequeno gênero de lianas neotropicais, centrado na Amazônia. Pachyptera tem uma história taxonômica complicada, incluindo problemas na circunscrição genérica e específica. Este estudo visa: (i) reconstruir o parentesco filogenético entre espécies do gênero, (ii) produzir uma revisão taxonômica, incluindo nova circunscrição genérica e específica, (iii) entender a história biogeográfica do grupo e, (iv) desenvolver marcadores microssatélites (SSRs) para futuros estudos filogeográficos. Em primeiro lugar, reconstruímos a filogenia do gênero usando uma ampla amostragem de taxa e uma combinação de marcadores de cpDNA (ndhF and rpl32-trnL) e nDNA (PepC). Em segundo lugar, analisamos a filogenia de Pachyptera utilizando análises de coalescência (GMYC e *BEAST) e morfologia para esclarecer limites específicos dentro do complexo P. kerere. Em terceiro lugar, produzimos uma filogenia datada de Pachyptera, a qual foi utilizada como base para reconstruir a história biogeográfica do gênero utilizando BSSVS e RASP. Por fim, desenvolvemos SSRs utilizando sequenciamento de próxima geração, os quais serão utilizados para guiar estudos filogeográficos futuros com o grupo. Nosso estudo indica que P. ventricosa é mais proximamente relacionada à Mansoa do que Pachyptera, levando ao reestabelecimento de M. ventricosa. Além disso, nossos estudos moleculares e morfológicos sustentam o reconhecimento de P. kerere var. incarnata como uma espécie separada e a descrição de uma espécie nova (P. linearis). Desta forma, reconhecemos um gênero com cinco espécies: (i) P. aromatica, (ii) P. erythraea, (iii) P. incarnata, (iv) P. kerere, e (v) P. linearis. Estas espécies são tratadas em uma revisão taxonômica do gênero. As análises biogeográficas indicam que Pachyptera surgiu durante o Eoceno Tardio, e diversificou durante o Mioceno, um período de intensas perturbações provocadas na América do Sul (i.e., soerguimento dos Andes, eventos de incursões marinhas, e formação de sistemas florestais secos e úmidos). Vinte-e-um SSRs foram desenvolvidos para Pachptera e servirão como base para estudos filogeográficos futuros com este grupo. Esta dissertação faz parte de um projeto multi-disciplinar que visa compreender a evolução da biota amazônica e seu ambiente (FAPESP 2012/50260-6) / The Amazon houses a large proportion of the overall biodiversity currently available on Earth. Despite that, our knowledge of Amazonian biodiversity is still limited, complicating our understanding of diversity patterns within this region. Understanding the drivers of Amazonian biodiversity represents a major challenge in evolutionary biology. This study focuses on Pachyptera (Bignonieae, Bignoniaceae), a small genus of neotropical lianas centered in the Amazon. Pachyptera has a complicated taxonomic history, including problematic generic and species circumscriptions. This study aims to: (i) reconstruct phylogenetic relationships among species of the genus (ii) produce a taxonomic revision, including clear generic and species circumscriptions, (iii) understand the biogeographic history of the group, and (iv) develop microsatellite markers (SSRs) for future phylogeographic and population genetic studies. First, we inferred phylogenetic relationships within a broad sampling of taxa and a combination of cpDNA (ndhF and rpl32-trnL) and nuclear (PepC) markers. Second, we analyzed the phylogeny of Pachyptera using coalescent approaches (GMYC and *BEAST) and morphology to clarify species limits within the P. kerere species complex. Third, we produced a time-calibrated phylogeny of Pachyptera that was used as basis to reconstruct the biogeographical history of the genus using BSSVS and RASP. Lastly, we developed SSRs using next-generation sequencing (NGS) that will be used to guide future phylogeographic studies within this group. Our study indicates that P. ventricosa is more closely related to Mansoa than Pachyptera, leading to the reestablishment of Mansoa vetricosa. Furthermore, our molecular and morphological analyses support the recognition of P. kerere var. incarnata as a separate species, and the description of a new taxon (P. linearis). As such, we here recognize a genus with five species: (i) P. aromatica, (ii) P. erythraea, (iii) P. incarnata, (iv) P. kerere, and (v) P. linearis. These species are treated in a taxonomic revision of Pachyptera. The biogeographical analyses indicate that Pachyptera originated during the Late Eocene, and diversified during the Miocene, a time of intense perturbations in South America (e.g., uplift of the Andes, marine incursions, and formation of dry and wetland systems). Twenty-one SSRs were developed for P. kerere and will serve as basis for future phylogeographic studies. This dissertation is part of a multidisciplinary project that aims to understand the evolution of the Amazonian biota and its environment (FAPESP 2012/50260-6)

A área de pesquisa científica, denominada computação e biodiversidade, tem por desafio suprir a demanda por tecnologias de apoio à conservação da biodiversidade, fornecendo ferramentas computacionais aplicadas ao estudo da biodiversidade. Os modelos de distribuição geográfica de espécies têm uma importante contribuição para o entendimento da biodiversidade e no apoio para a tomada de decisão em conservação dos recursos de biodiversidade. Os resultados da modelagem de distribuição de espécies, não apresentam com clareza os tratamentos aplicados aos dados na etapa de pré-análise e os critérios de seleção das variáveis preditoras, o que agrava a incerteza quanto aos resultados obtidos e prejudica a reprodutibilidade do experimento. Assim, o objetivo desta pesquisa é apresentar o processo de modelagem de distribuição de espécie com destaque para as atividades de pré-análise e atividades de seleção das variáveis preditoras. O processo de modelagem de distribuição de espécies proposto é avaliado por meio de estudo de caso de Modelagem de Distribuição de Espécies do polinizador Centris hyptidis e das plantas oleaginosas Angelonia campestris e Angelonia cornigera, que considera como fator biótico a especialização da interações entre essas plantas e o polinizador. Neste estudo de caso pode-se verificar que a aplicação de técnicas estatísticas exploratórias de dados na etapa de pré-análise do processo de modelagem distribuição de espécies permite a avaliação da qualidade dos pontos de ocorrência, essenciais para o desempenho preditivo do modelo final. / The area of research called biodiversity informatics, or bioinformatics, has to face the challenge of meeting the demand for technologies to support the conservation of biodiversity, providing computational tools applied to the study of biodiversity. The models of geographic distribution of species have a fundamental implication for understanding the biodiversity and conservation decision making. Researches on modeling species distributions generally do not present clearly the treatments applied to the data in the pre-analysis and criteria for selection of predictor variables, which increases the uncertainty regarding the results and affect the reproducibility of experiment. The objective of this research is to present the process of species distribution modeling with emphasis on the activities of pre-analysis and activities selection of the predictor variables, such as to favor its repeatability and reproducibility by other researchers. The process of modeling species distribution proposed is validated on a case study of modeling distribution of pollinator species Centris hyptidis and oilseed Angelonia campestris and Angelonia cornigera, a biotic factor that considers the specialization of these interactions between plants and pollinators. In this case study we can observe one of the main contributions of this work: the application of statistical techniques for data exploration in the pre-analysis of species distribution modeling process, with improved capacity for evaluation and selection of points of occurrence essential to the performance of the predictive model.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-02T20:34:58Z No. of bitstreams: 2 Tese_ComunidadeIcticaInterrelacoes.pdf: 314073329 bytes, checksum: 162643e63180de141a2776f1582f5b6b (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-13T12:54:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese_ComunidadeIcticaInterrelacoes.pdf: 314073329 bytes, checksum: 162643e63180de141a2776f1582f5b6b (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-13T12:54:48Z (GMT). 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No nível de organização das populações, o estudo de parâmetros biológicos tais como: taxa de crescimento corporal, tamanho corporal máximo, taxa de mortalidade e o tamanho médio do início da maturação sexual constituíram uma boa aproximação para entender a história de vida dos diferentes grupos de peixes. Foi evidenciada uma tendência das comunidades de estarem conformadas por espécies tipo r-estrategistas e com menor tamanho corporal, em relação ao número de k-estrategistas de maior tamanho. Numa abordagem funcional, foi verificado que estruturar as comunidades em guildas constitui um bom indicador tanto dos padrões de convergência de uni ecossistema afim ao setor estudado do Xingu quanto do atual estado de conservação do mesmo. Um modelo de balanço de massas construído para o setor do médio rio Xingu indicou que se trata de um sistema com grande instabilidade ambiental e, que por sua vez, se comporta como um sistema sazonalmente maduro. A aparente restrição sazonal na disponibilidade de recursos alimentares observada para o setor de rio estudado pode incidir numa máxima eficiência no uso e transferência dos mesmos no ecossistema. Uma análise biogeográfica foi feita a partir da ocorrência das espécies para contextualizar o setor do rio compreendido entre a confluência dos rios Iriri e Xingu até as proximidades do povoado de Senador José Porfirio, na bacia do Xingu. Através desta análise verificou-se que o médio (a montante das cachoeiras) e baixo Xingu (a jusante) encontram-se inseridos em duas áreas de endemismo. A baixa afinidade na composição de espécies, observada para estes dois setores, é atribuída a uma variação geográfica na paisagem. Assim, a ocorrência do limite das cachoeiras nas proximidades do povoado de Belomonte e o efeito do rio Amazonas no setor do baixo Xingu podem ser os principais fatores que explicam as diferenças na composição ictiofaunística e na abundância das espécies em relação ao setor do médio Xingu. Finalmente, ressalta-se a importância da manutenção da conectividade hidrológica como forma de manter os processos ecológicos que ligam o sistema das cabeceiras à foz, e discutem-se os eventuais impactos na dinâmica ambiental e nas espécies de peixes do médio rio Xingu que serão ocasionados com a construção do projeto hidrelétrico de Belomonte. / This study presents applied methodologies to better understand the dynamics of mechanisms characterizing a portion of the Xingu River, with respect to fish communities living in that environment. Through the study of the ichthyofauna it is aimed to verify various environmental standard patterns, in order to assess the current conservation state of a part of the Xingu River. Based on surveys of the local ichthyofauna conducted over seasonal variations, analyses were conducted at the specieS, population and trophic guild levels. With regards to the ecological population level, study of biological parameters such as individual growth rates, asymptotic body length, mortality rates and size at first maturity were good indicators for a better understanding of the life history of those fish groups. Therefore a trend was observed in which species of relatively small body size to followed a "r" type strategy, whilw species of larger body sizes would follow the "k" strategy tactics. From a functional point of view, it was verified that guild community structure is not only a good indicator of convergence patterns to similar ecosystems as like the Xingu River studied stretch, but also a tool to assess its conservation status. A steady- state ecosystem model for the medium Xingu River sector indicated that it is a system highly instable, and simultaneusly look like a mature seasonal system. An apparent seasonal restriction of food availability observed in the studied river section could imply optimum use efficiency and transfer of the trophic resources. A biogeographic study was undertaken based on species occurrence in order to conceptualise the River stretch comprised between the confluences of the Iriri and Xingu Rivers up to the vicinity of of the village Senador José Porfirio, in the Xingu basin. By means of this analysis, it was possible to demonstrate that the medium upstream of waterfalls) and lower (downstream) courses of the Xingu River are parts of two endemic areas. The low affinity of species composition observed in these two sectors is attributed to geographic variations in the landscape. Therefore, the boundaries of the waterfalls around the village of Belomonte and the influence of the Amazon River in the lower Xingu course could trigger differences in ichthyofaunal composition and species abundance when compared to the medium course of that river. Finally, the importance of maintaining all hydrologic connectivity is pointed out in order to maintan the unity of the system, from the headwaters to the mouth. Impacts on environmental processes and fish populations in the medium course of the Xingu River as a result of the eventual construction of the Belemonte hydroelectric dam are discussed.

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