Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biologia Vegetal, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T23:35:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 319146.pdf: 1347141 bytes, checksum: a63bc2c32c89961eae521b236babccad (MD5) Previous issue date: 2013 / Kappaphycus alvarezii (Doty) Doty ex P. C. Silva é uma alga vermelha de grande importância comercial por ser a principal fonte de carragenana, um ficocolóide amplamente utilizado nas indústrias alimentícia, têxtil e farmacêutica. A espécie é originária das Filipinas e da Indonésia onde é cultivada desde meados da década de 1970, sendo que sua principal forma de propagação é vegetativa, por meio da simples fragmentação do talo, fato este que pode ocasionar em perda da variabilidade genética e consequente redução na taxa de crescimento e aumento na susceptibilidade a pragas e doenças, resultando em perda da produtividade. Para contornar o problema, diversos estudos envolvendo técnicas de micropropagação vem sendo realizados para a espécie. Os objetivos deste trabalho foram: 1. caracterizar os níveis de ploidia de núcleos de células do calo; 2. analisar os efeitos de bloqueadores das fibras do fuso e de fitorreguladores no processo de regeneração indireta; 3. analisar os efeitos de bloqueadores das fibras do fuso e de fitorreguladores no processo de regeneração direta. Para o primeiro objetivo, núcleos de calos do tetrasporófito marrom com 30 e 60 dias de cultura foram marcados com DAPI e sua fluorescência foi captada em Microscópio Confocal de Fluorescência e quantificada por meio do software Image J. Os núcleos apresentaram variações na intensidade de fluorescência de 11.972 a 100.386 pixels µm-2 e 20.000 a 80.975 para calos de 30 e 60 dias respectivamente. Este padrão de variação pode sugerir a ocorrência de núcleos com diversos níveis de ploidia e tendência a redução nesta variação decorrente da reorganização celular como consequência do processo de diferenciação. Para o segundo objetivo, calos com 60 dias do tetrasporófito marrom foram transferidos para meios de cultura líquidos e submetidos a 14 tratamentos com diferentes combinações e concentrações de bloqueadores de fibras do fuso e de fitorreguladores por 30 dias. Os tratamentos não interferiram na viabilidade dos calos, entretanto não foram observadas regenerações indiretas. Para o terceiro objetivo, explantes do tetrasporófito marrom foram submetidos a 7 tratamentos com diferentes concentrações de bloqueadores de fibras do fuso e 12 tratamentos com diferentes combinações e concentrações de fitorreguladores combinados com orizalina a 1,0 mg L-1, adicionados ao meio de cultura líquido durante 2 semanas. Os tratamentos não influenciaram na taxa de sobrevivência. A orizalina sozinha ou combinada com fitorreguladores IAA ou K estimulou a maior produção de eixos eretos por explante. A taxa de crescimento foi estimulada pela orizalina em combinação com a espermina ou com outros fitorreguladores (IAA e K; IAA e S; K e S; IAA, K e S). O presente trabalho demonstrou que a regeneração indireta é de difícil obtenção, por outro lado a regeneração direta é observada com freqüência, sendo recomendada para a propagação da espécie, sendo que com a utilização de orizalina e com fitorreguladores há um aumento na formação de micropropágulos e da biomassa, sem afetar a taxa de sobrevivência dos explantes. Ambos os casos são importantes alternativas para aumentar a produtividade da macroalga Kappaphycus alvarezii. <br> / Abstract: Kappapphycus alvarezii (Dotty) Doty ex P. C. Silva is a red algae with great commercial importance because it is the main source of carrageenan, a phycocoloid largely used in food, textile andpharmaceutical industries. This species is original from the Phillipines and Indonesia, where is cultivated since early 1970's, and the main form of cultivation is through vegetatively propagation, by simple thallus fragmentation. This fact can be causing reduction in growth rates and a possible increase in the susceptibility to pests and diseases, resulting in productivity loss. To solve this problem, several studies evolving micropropagation techniques have been done for this species. The objectives of this study were: 1. Characterize the levels of ploidy in calli cells nuclei; 2. Analyze the effects of spindle inhibitors and plant growth regulators on the indirect regeneration process; 3. Analyse the effects of spindle inhibitors and phytorregulators on direct regeneraticon process. For the first objective, brown tetrasporophyte calli nuclei with 30 and 60 days were marked with DAPI and its fluorescence was captured in Confocal Microscopy of Fluorescence and measured with Image J software. The nuclei presented fluorescence intensity variation of 11.972 to 100.386 pixels µm-2 and 20.000 to 80.975 to 30 and 60 days old calli, respectivelly. This pattern of variation can suggest the occurrence of nuclei in several degrees of ploidy and a trend to reduction in this variation due to a cellular reorganization as consequence of differentiation process. For the second objective, 60 days old brown tetrasporophyte calli were transferred to liquid medium and submitted to 14 treatments with different combinations and concentrations of spindle inhibitors and phytoregulators for 30 days. Treatments had no influence in survival rates of the explants, although no indirect regeneration were observed. For the third objective, brown tetrasporophyte thalli were submitted to 7 treatments with different spindle inhibitors concentrations, and 12 different concentrations and combinations of phytoregulators combined with 1,0 mg L-1 oryzalin added to liquid culture media for 2 weeks. The treatments did not influenced on survival rates. The oryzalin alone or in combination with IAA or K phytorregulators further stimulated the upright axes production per explant. The growth rates were stimulated by oryzalin in combination with spermine or the others phytorregulators (IAA and K; IAA and S; K and S; IAA, K and S). This study demonstrated that indirect egeneration is hard to obtain, but direct regeneration is frequently observed and recommended for propagation of this species. Also, with utilization of oryzalin and phytorregulators, there is an increase on micropropagule formation and biomass without any effect on explant survival. Both cases are important alternatives to improve the production of the seaweed Kappaphycus alvarezii.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2013-12-06T00:08:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 319753.pdf: 1321186 bytes, checksum: 340974d0e6666e16b102c1f24db09682 (MD5) Previous issue date: 2013 / Políporos é um dos principais grupos de fungos decompositores de madeira, contudo, o conhecimento sobre sua diversidade ainda é escasso. Em Santa Catarina, a sinopse sobre a diversidade dos macromicetos apresenta 247 espécies de fungos, destas, 143 são poliporoides, principalmente da região insular. Para a continuidade e o avanço do conhecimento sobre a diversidade de fungos poliporoides que ocorrem na Mata Atlântica de Santa Catarina, foram estudados aspectos sobre a ecologia de comunidades fúngicas, particularmente de uma área pouco explorada, bem como um complexo taxonômico que ocorre na região. Primeiramente foi avaliada e caracterizada a comunidade de políporos em uma área de Floresta Ombrófila Densa do Parque Nacional da Serra do Itajaí, em termos de riqueza, abundância e funcionalidade. Entre os 152 espécimes coletados 58 espécies foram identificadas. Polyporus dictyopus, Perenniporia martia e Fuscoporia walhbergii foram as espécies dominantes. Com base nas frequências relativas nos diferentes tipos e substratos foram encontrados cinco grupos funcionais, dos quais dois formados por Phylloporia spathulata (em raízes vivas no solo) e Phylloporia chrysita (em lianas vivas) e os outros três constituídos por espécies saprofíticas, sendo cada grupo caracterizado pela presença de uma das espécies dominantes citadas. Finalmente, Phellinus piptadeniae é apresentada como um complexo taxonômico, em processo de especiação, a partir de evidências ecológicas (hospedeiro e distribuição geográfica) e filogenéticas. <br> / Abstract : Polypores is one of the most important groups of wood-decay fungi; however, its diversity knowledge is still scarce. In Santa Catarina state, a synopsis of macrofungi diversity presented 247 species, of which 143 are polypores, mainly from insular region. In order to continue and improve the knowledge about the diversity of polypores, wich are occurring in the Atlantic Forest of Santa Catarina, ecological aspects of fungal communities were studied, in an unexplored area, as well as a complex taxonomy that occurs in the region. Firstly, was described the community of wood-decaying polypores in the Atlantic Rain Forest of Parque Nacional da Serra do Itajai, characterizing the community in terms of richness, abundance and functionality. Among 152 specimens collected 58 species were identified. Polyporus dictyopus, Perenniporia martia and Fuscoporia walhbergii were the dominant species. Based on the relative frequency in the different types of substrates where five functional groups were recognized. Two of them were formed by Phylloporia spathulata (on live roots in the ground) and Phylloporia chrysita (on live trunks); and three other functional groups, consisting of saprophytic species, each of them was characterized by the presence of one of the dominant species. Finally, Phellinus piptadeniae is presented as a taxonomic complex, in a speciation process, evidenced by the existence of two phylogenetic and ecological (host and geographic distribution) lineages.

Orientador : Prof. Dr. Alexander W. Biondo / Orientador : Prof. Albert Icksang Ko / Coorientador : Prof. Dr. Marco Aurélio Krieger / Coorientador : Dr. Alex Hoffmaster / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 27/02/2012 / Inclui referências : f. 150-169 / Resumo: cuja sintomatologia é inespecífica. Humanos desenvolvem formas graves de leptospirose e os métodos diagnósticos atuais não são eficazes para a detecção precoce da doença. O uso de um método de PCR em tempo real pode permitir o diagnóstico precoce e a quantificação das bactérias em amostras clínicas; além da quantificação do risco ambiental em amostras de água. Foi demonstrado que o método permite a detecção das leptospiras em amostras de sangue total coletadas nos primeiros seis dias de doença, após os quais a carga bacteriana decai de modo inversamente proporcional ao título de anticorpos. O limite mínimo de detecção foi estimado em 280 GEq/mL. O ponto de corte prognóstico foi estimado em 159 GEq/mL para o desenvolvimento de LPHS, com sensibilidade de 64,3% (IC 95% 35,1-87,2%), especificidade de 68,8% (IC 95% 62,8-74,3%) e acurácia 68,0%. Para óbito, o ponto de corte prognóstico foi definido em 1.181 GEq/mL, com sensibilidade de 76,5% (IC 95% 50,1-93,2%), especificidade de 89,3% (IC 95% 85,0-92,8%) e acurácia de 88,3%. A seleção do kit para extração do DNA e estabelecimento de parâmetros de concentração, volume inicial de amostra e limite mínimo de detecção permitiu a adaptação do método de qPCR para a quantificação das leptospiras em amostras ambientais. O método adaptado foi validado em estudo conduzido com amostras ambientais coletadas na comunidade de Pau da Lima, em Salvador (Bahia, Brasil). Os resultados apontaram maior positividade entre as amostras coletadas em baixa altitude (50% das amostras positivas), bem como entre as amostras coletadas pela manhã em comparação com a tarde (17,7% vs. 5,8%). A positividade foi maior entre amostras de esgoto do que entre amostras de água empoçada (17,7% vs. 5,6%). Também houve diferença de positividade entre as amostras coletadas nos períodos úmido e com umidade intermediária (16,0% vs. 9,7%). Assim, concluímos que o método de qPCR é uma ferramenta útil para o diagnóstico e avaliação prognóstica em pacientes com suspeita clínica de leptospirose. O método também foi eficaz na identificação de possíveis focos de infecção a partir da avaliação de amostras de água coletadas em área endêmica. Palavras-chave: Leptospira, leptospirose, PCR em tempo real, sangue total, carga bacteriana, prognóstico, amostra ambiental de água. / Abstract: are non-specific. Humans develop severe forms of leptospirosis and the current diagnostic methods are not suited for the early diagnosis of the disease. The use of a real-time PCR method allowed for an early diagnosis and bacterial quantification in clinical samples, as well as quantification of environmental burden in water samples. It has been shown that this method allows for the detection of leptospires in whole blood samples obtained during the first six days of illness, after which the bacterial load decrease is inversely proportional to the raise in antibody titer. The lower limit of detection was estimated to be 280 GEq/mL. The prognostic threshold was estimated at 159 GEq/mL for the development of LPHS, with sensitivity of 64.3% (95% CI 35.1- 87.2%), specificity of 68.8% (95% CI 62.8-74.3%) and accuracy of 68.0%. For death, the prognostic threshold was set at 1.181 GEq/mL, with sensitivity of 76.5% (95% CI 50.1-93.2%), specificity of 89.3% (95% CI 85.0-92.8%) and accuracy of 88.3%. Selection of the commercial kit for DNA extraction, and establishment of concentration parameters, initial sample volume and lower limit of detection led to the adaption of the qPCR method to allow for the quantification of leptospires in environmental samples. The adapted method was validated in a study conducted with environmental samples collected in the slum community of Pau da Lima, in Salvador (Bahia, Brazil). Results showed a higher positivity for samples collected at low altitudes (positivity of 50%), as well as for samples collected in the morning when compared to those collected in the afternoon (17.7% vs. 5.8%). Positivity was also higher for sewage than for puddle water (17.7% vs. 5.6%). There was also difference in positivity for samples collected during the wet season when compared to those collected during the period with intermediate humidity (16.0% vs. 9.7%). Therefore, we conclude that the qPCR method is a useful tool for the diagnosis and prognostic evaluation of patients with a clinical suspicion of leptospirosis. The method was also reliable in identifying possible infection sites through the evaluation of water samples collected from an endemic area. Keywords: Leptospira, leptospirosis, real time PCR, whole blood, bacterial load, prognosis, environmental water sample.

Orientador : Prof. Dr. Edvaldo da Silva Trindade / Orientadora : Profª. Drª. Dorly de Freitas Buchi / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 28/08/2014 / Inclui referências / Resumo: Melanoma é um câncer de pele cujas metástases para órgãos distantes levam à óbito milhares de pessoas todos os anos. Até o presente momento, não existe uma forma de terapia que possua alta frequencia de respostas duradouras. Sendo assim, muitos pacientes com câncer utilizam homeopatia como uma terapia integrativa e complementar, e relatam terem vivenciado os benefícios do tratamento. Entretanto, existem poucas evidências científicas que comprovem sua real eficácia. Sendo assim, no presente estudo foi investigado o potencial anti-melanoma de um medicamento homeopático chamado M1, com base em sua ação imunoestimulante relatada anteriormente. Para tanto camundongos C57BL/6 foram injetados intravenosamente com células de melanoma B16F10 ou LWT1 para formação de metástases pulmonares e tratados com M1 ou seu veículo (água). Após 14 días de tratamento, os camundongos foram eutanasiados e os pulmões foram removidos para análises microscópicas e por citometria de fluxo. As análises histológicas revelaram que M1 reduziu a formação de metástases em ambos os modelos de melanoma. Adicionalmente, o tamanho dos nódulos, bem como a proliferação e angiogênese tumorais estavam todas reduzidas em metástases de melanoma B16F10 de camundongos tratados com M1. Interessantemente, a ação do M1 foi independente da imunidade inata e adaptativa mediada por linfócitos. Por outro lado, pulmões de camundongos com B16F10 e tratados com M1 posuíram menores frequencias de células mielóides imunossupressoras caracterizadas pela marcação CD11b+ Gr-1baixo AT1R+. A presença de AT1R nessas células sugere um papel na angiogênese tumoral, inibida pelo M1. Adicionalmente, as metástases de melanoma apresentaram um fenótipo de marcações para imunofluorescência associado à menor malignidade tumoral, como maior expressão de Beta-Catenina e menor expressão de Ácido Hialurônico. Esses dados revelaram que o tratamento com M1 resultou em menor carga tumoral de metástases de melanoma em camundongos e sugerem um possível mecanismo de ação celular: o controle da angiogênese pela inibição de células CD11b+ Gr-1baixo AT1R+ com consequente menor desenvolvimento tumoral e aumento de apoptose. Esses dados comprovam a eficiência do tratamento com M1 para o câncer de pele tipo melanoma. / Abstract: Melanoma is a skin cancer with increasing incidence and incurable metastases, which annually kills thousands of people worldwide. Until now, there is not a therapy with high efficacy rate and durable response. Therefore many cancer patients use integrative therapies such as Homeopathy and claim the benefits from these treatments. However, there are not enough scientific evidences to support efficacy of these homeopathic medicines. Therefore, in this study was investigated the antimelanoma potential of a homeopathic medicine termed M1, based on M1's immunestimulatory action that has been previously reported. C57BL/6 mice were injected intravenously with B16F10 or LWT1 mouse melanoma cells and treated with M1 or vehicle (water). Following 14 days of treatment, mice were euthanized, lungs removed and analysed by microscopy or flow cytometry. Microscopic analysis revealed the quantity of metastases was reduced by treatment with M1 for both melanoma cell lines. Furthermore, metastases' size, proliferation and angiogenesis were all reduced by M1 treatment for the B16F10 model. Surprisingly, these effects by M1 treatment were not associated but independent of innate and adoptive immune responses for B16F10 and LWT1 melanoma metastases. On the other hand, mice's lungs with B16F10 and treated with M1 had fewer frequency of CD11b+ Gr-1low AT1R+ myeloid-derived suppressor cells. The expression of AT1R on these cells suggests a possible role for tumour angiogenesis, inhibited by M1. Additionally, melanoma metastases had a phenotype determined by microscopy typical for decreased malignancy, such as increased Beta-Catenin and decreased Hyaluronic Acid expression. In summary, these data reveal M1 treatment reduces tumor burden of melanoma metastases in mice and suggest a possible mechanism of action: control of angiogenesis by inhibition of CD11b+ Gr-1low AT1R+ cells with consequent reduction of tumor development and increased tumour apoptosis. These data show the efficacy of treatment with M1 and provide insights in the importance of treatment with homeopathic medicines. Key words: Melanoma. Homeopathy. M1. Angiogenesis. CD11b+ Gr-1low AT1R+ cells.

Orientadora : Profª. Drª. Andrea Senff Ribeiro / Coorientador : Prof. Dr. Silvio Sanches Veiga / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 27/02/2017 / Inclui referências : f. 73-83 / Resumo: O tumor do tipo melanoma da pele apresenta baixa incidência contudo, sua letalidade é extremamente elevada. As linhagens B16 constituem um modelo de melanoma murino muito útil na oncologia experimental. A linhagem B16F10 apresenta alta capacidade de invasão e metastização enquanto que a linhagem B16-F1 apresenta menor motilidade in vitro e, portanto, baixo potencial metastático. A TCTP (Translationally Controlled Tumor Protein) é expressa em diversos organismos e tecidos, o que aponta um papel biológico fundamental. Diferentes estudos já estabeleceram seu envolvimento na regulação do ciclo e proliferação celular, bem como na malignidade e como fator protetor contra estresse e apoptose. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi avaliar o papel da TCTP em melanoma murino (B16F1 e B16F10). O perfil proteico bidimensional apresentado pelas linhagens foi diferente: a linhagem B16-F10 apresentou 201 spots e a linhagem B16-F1 126 spots. Essa diferença pode estar relacionada à complexidade celular da B16-F10, mais maligna e metastática. Em ambos os extratos foi identificada uma proteína com mobilidade eletroforética de 20 kDa e pI de 4,8 (valores esperados para TCTP). Além disso, a TCTP foi imunodetectada por western blotting. A linhagem B16- F1 apresentou um menor sinal de detecção quando comparada à B16-F10., Essa diferença poderia estar associada a uma maior expressão de TCTP em células tumorais mais metastáticas e invasivas e, consequentemente, a B16F10 apresentaria níveis superiores de TCTP. Esta hipótese foi confirmada por PCR em tempo real: B16-F10 apresentou níveis de RNAm para TCTP superiores aos encontrados para B16-F1. Esses dados corroboram com os resultados do western blotting e com dados da literatura que relacionam a TCTP à linhagens malignas, devido ao seu papel anti-apoptótico e seu antagonismo com a p53. A fim de avaliar o papel biológico da TCTP no melanoma, esta foi silenciada na linhagem B16-F10, utilizando a técnica de RNAi. O silenciamento diminuiu os níveis de TCTP em 50 a 70% quando utilizado 50 nM e 60 a 80% quando utilizado 100 nM do duplex após 24, 48 e 72 horas de transfecção. As linhagens transfectadas com RNAi para TCTP apresentaram menor proliferação, menor migração e maior adesão celular às moléculas da matriz extracelular quando comparadas às linhagens transfectadas com o controle negativo. Porém, não houve qualquer alteração significativa da viabilidade celular. O aumento da proliferação celular e do potencial migratório são dois eventos muito importantes para a tumorigênese, e estão intimamente relacionados à malignidade. Portanto, o silenciamento foi capaz de regredir o fenótipo de malignidade da linhagem B16-F10, deixando esse mais próximo da B16-F1. Dessa forma, nosso estudo caracterizou os perfis celulares das duas linhagens e demonstrou uma diferença no número de proteínas e parceiros moleculares entre ambas linhagens. Além disso, nossos dados sugerem que o silenciamento da TCTP tornou a linhagem B16-F10 menos metastática e maligna, com um fenótipo mais próximo ao de uma célula normal. Mais estudos são necessários com o intuito de identificar possíveis parceiros e melhor entender o papel dessa proteína multifuncional no melanoma murino. Palavras-chave: TCTP, melanoma, B16-10, B16-F1, câncer / Abstract: Skin melanoma tumor displays low incidence, however, its lethality is extremely high. B16 cell lines typify a murine melanoma model very useful on the experimental oncology field. B16-F10 cell line exhibits high invasion and metastization capacities while B16-F1 cell line depicts lower in vitro motility and, therefore, low metastasis potential. TCTP (translationally controlled tumor protein) is expressed in several organisms and tissues, which suggests a fundamental biological role. Different studies have already settled its participation in cell cycle regulation and cell proliferation, as well as in malignancy and as a protective factor against stress and apoptosis. Thus, this study aimed to assess the TCTP role in in murine melanoma (B16-F1 and B16- F10). Two-dimensional electrophoresis profiles of proteins from the two cell lines were different: B16-F10 cells presented 201 electrophoresis spots while B16-F1 originated 126 spots. This difference may be related to the B16-F10 cell complexity, since this cell line is more malignant and metastatic. In both cell extracts was identified a protein with electrophoretic mobility about 20 kDa and deduced pI of 4.8 (expected parameters for TCTP). Furthermore, TCTP was immunodetected by western blotting analysis. B16-F1 cells produced low detection signals when compared to the B16-F10 cells. This difference may be associated to the higher TCTP expression in more metastatic and invasive tumoral cells and, consequently, B16-F10 would present higher TCTP levels. This hypothesis was confirmed by Real-Time PCR, since B16-F10 revealed RNAm levels for TCTP higher than the B16-F1. These data corroborate with western blotting results and the specific literature, which connect TCTP and malignant cell lines due to the anti-apoptotic function and its p53 antagonism. In order to evaluate the biological role of TCTP in melanoma, it was performed the TCTP silencing in B16-F10 cell line by using RNA interference (RNAi) method. The gene silencing reduced TCTP levels in 50% to 70% when used 50 nM and 60% to 80% when used 100 nm of the duplex after 24, 48 and 72 hours of transfection. The transfected cell lines with RNAi for TCTP presented lower proliferation, lower migration and higher cell adhesion to extracellular matrix molecules when compared to the cell lines transfected with negative control. However, there was no significant change in cell viability. Increasing cell proliferation and migration potential are two events very important for the tumorigenesis process and they are closely related to the malignancy. Therefore, gene silencing was able to recede the malignant phenotype of B16- F10 cell line, resulting in a similar aspect to the B16-F1 cells. Thus, this study characterized the profile of two cell lines and it demonstrated differences in protein number and molecular partners between these two cell lines. Moreover, the generated data suggest that TCTP gene silencing became B16-F10 cells less metastatic and malignant, resembling the normal cell phenotype. Further studies are necessary in order to identify possible partners and to better understand the TCTP role in the murine melanoma. Key-words: TCTP, melanoma, B16-10, B16-F1, cancer.

Made available in DSpace on 2014-08-27T14:36:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-08-27T15:57:09Z : No. of bitstreams: 1 000777987_20150228.pdf: 1117439 bytes, checksum: 9fd2decbcc0447eb7e0130a6f2ef7968 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-03T12:45:19Z: 000777987_20150228.pdf,Bitstream added on 2015-03-03T12:45:56Z : No. of bitstreams: 1 000777987.pdf: 4639540 bytes, checksum: a9e91d54b20b0c16443a02f210845531 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Opilioacaridae é um pequeno e raro grupo de ácaros de vida livre, com seus aspectos biológicos e ecológicos pouco conhecidos. Das 37 espécies conhecidas no mundo, 15 são encontradas no Novo Mundo, sendo 12 pertencentes ao gênero Neocarus e as outras três pertencentes ao gênero Caribeacarus, podendo ser diagnosticados pelas setas modificadas no tarso do palpo e no telotarso da perna I. Apesar das descrições recentes, não existe uma proposta de parentesco entre suas espécies. Com intuito de preencher esta lacuna, apresenta-se a primeira hipótese de relacionamento filogenético entre as espécies de Neocarus. Do material analisado, 20 táxons terminais e 37 caracteres foram incluídos na análise. Utilizou-se o NONA com 1000 replicações e 100 árvores armazenadas por replicação, com pesagens iguais de caracteres, através da busca heurística TBR, utilizando a otimização ACCTRAN e o WinClada como interface. A análise filogenética produziu 20 árvores igualmente parcimoniosas com 73 passos, com índice de consistência 68 e índice de retenção 74. A árvore de consenso estrito encontrada apresentou 83 passos, índice de consistência 60 e índice de retenção 63. Para verificar o suporte dos ramos, foi utilizado o índice de Bremer, com 1000 replicações e considerando árvores com 5 passos adicionais. O monofiletismo de Neocarus não foi observado, sendo parafilético em relação à Caribeacarus, com as relações entre suas espécies não totalmente estabelecidas, apresentando politomias. O material tipo de algumas espécies não pôde ser obtido para análise taxonômica, assim como algumas estruturas não puderam ser observadas. A espécie Neocarus ojastii se enquadra na diagnose de Caribeacarus, sugerindo-se uma nova combinação, bem como a espécie N. calakmulensis que pode se tratar de uma sinonímia de N. nicaraguensis / Opilioacaridae is a small and rare group of free-living mites, their biological and ecological aspects unfamiliar. Of the 37 known worldwide species, 15 are found in the New World, which 12 belong to the genus Neocarus and the other three belong to the genus Caribeacarus and can be diagnosed by the setae in the modified tarsus of palp and telotarsus I. Despite recent descriptions, there is no proposed relationship between their species. In order to fill this gap, we present the first hypothesis of phylogenetic relationships among species of Neocarus. Of the material analyzed, 20 characters and 37 terminal taxa were included in the analysis. We used NONA with 1000 replicates and 100 trees stored for replication, with equal weights of characters through the TBR heuristic search using the ACCTRAN optimization and WinClada as interface. Phylogenetic analysis produced 20 equally parsimonious trees with 73 steps, with a consistency index of 68 and a retention index of 74. The strict consensus tree had found 83 steps, consistency index 60 and 63 retention rate. To check the support of branches was used Bremer index, with 1000 replications and considering trees with 5 additional steps. The monophyly of Neocarus was not observed, being paraphyletic with respect to Caribeacarus, and the relationships between their species is not fully established, presenting polytomies. The type material of some species could not be obtained for taxonomic analysis, as well as some structures could not be observed. The Neocarus ojastii fits the diagnosis of Caribeacarus, suggesting a new combination, as well N. calakmulensis that can treat a synonymy of N. nicaraguensis / FAPESP: 10/13269-0

As fosfodiesterases do tipo 2A (PDE2A) hidrolisam os nucleotídeos cíclicos cAMP e cGMP e por isso desempenham papel importante na sinalização intracelular. PDE2A é composta por uma região N-terminal, que ao contrário de outras famílias de PDEs, não possui função conhecida, dois domínios regulatórios, GAF A e GAF B, e um domínio catalítico localizado na porção C-terminal. Sabe-se que a hidrólise dos nucleotídeos cíclicos, pela PDE2A, é ativada pela ligação de cGMP ao domínio regulatório GAF B. Em uma triagem dois híbridos, identificamos XAP2 como a principal proteína interatora de PDE2A. XAP2 é um componente crucial do complexo multiprotéico do receptor Aril hidrocarboneto (Ahr), o principal fator de transcrição que controla a expressão de múltiplos genes envolvidos em detoxificação. Neste trabalho, foi determinado que XAP2 liga o domínio GAF B da enzima PDE2A. Ensaios de atividade fosfodiesterásica, utilizando proteínas purificadas, mostram que a ligação de XAP2 não interfere na atividade enzimática de PDE2A. Para analisar se PDE2A afeta a função de XAP2, foi investigado o deslocamento de Ahr para o núcleo. Sabe-se que a regulação da expressão dos genes alvos de Ah é iniciada pela ligação de tetraclorodibenzodioxina (TCDD) e por uma via, ainda pouco entendida, dependente de cAMP. Verificamos que a ligação de PDE2A à XAP2 inibe o deslocamento de Ahr para o núcleo, induzido por TCDD e por cAMP em células hepáticas Hepa1c1c7 em cultura. Em conclusão, mostramos neste trabalho que XAP2 recruta PDE2A para o complexo Ahr, causando a inibição da mobilidade de Ahr, possivelmente pela redução local da concentração de cAMP. Esses dados suportam o papel de cAMP no controle da função de Ahr. / Phosphodiesterase type 2A (PDE2A) hydrolyzes cyclic nucleotides cAMP and cGMP thus efficiently controlling cNMP-dependent signaling pathways. PDE2A is composed of an N-terminal region, two regulatory GAF domains and a catalytic domain. Cyclic nucleotide hydrolysis is known to be activated by cGMP binding to GAF-B, however, other mechanisms may operate to fine-tune local cyclic nucleotide levels. In a yeast-two-hybrid screening we identified XAP2, a crucial component of the aryl hydrocarbon receptor (AhR) complex, as a major PDE2A-interacting protein. We mapped the XAP2 binding site to the GAF-B domain of PDE2A. PDE assays with purified proteins showed that XAP2 binding does not change the enzymatic activity of PDE2A. To analyze if PDE2A could affect the function of XAP2 we studied nuclear translocation of AhR, i.e. the master transcription factor controlling the expression of multiple detoxification genes. Notably, regulation of AhR target gene expression is initiated by tetrachlorodibenzodioxin (TCDD) binding to AhR and by a poorly understood cAMP-dependent pathway, followed by the translocation of AhR from the cytosol into the nucleus. Binding of PDE2A to XAP2 inhibited TCDD- and cAMP-induced nuclear translocation of AhR in Hepa1c1c7 hepatocytes. We conclude that XAP2 targets PDE2A to the AhR complex thereby restricting AhR mobility, possibly by a local reduction of cAMP levels. Our results provide first insights into the elusive cAMP-dependent regulation of AhR.

Ureases (EC 3.5.1.5) são metaloenzimas que hidrolisam uréia para produzir amônia e dióxido de carbono. Estas enzimas, que são amplamente encontradas em fungos, bactérias e plantas, compartilham de estruturas similares. A presença de urease em várias bactérias patogênicas (Helicobacter pylori e Proteus mirabilis, p.e) está fortemente correlacionada com a patogênese em doenças humanas. Muitos fungos de importância médica possuem atividade ureásica, entre eles citamos Cryptococcus neoformans, Coccidioides immitis, Histoplasma capsulatum, Sporothrix schenckii, e espécies de Trichosporon e Aspergillus. C. neoformans é uma levedura que produz vários fatores de virulência conhecidos, como presença de cápsula polisacarídica, produção de melanina e capacidade de desenvolvimento a 37ºC. A maioria de isolados clínicos produz grandes quantidades de urease e muitos autores sugerem que a urease de Cryptococcus exerça uma função importante na patogênese, porém com mecanismos ainda não esclarecidos. Cryptococcus gattii – sorotipo B, tipo molecular VGII, linhagem R265, com capacidade de infectar pacientes imunocompetentes, causou uma epidemia na Ilha de Vancouver (Canadá) entre 1999 e 2003. Neste trabalho desenvolvemos um procedimento de purificação e apresentamos a caracterização físico-química e cinética da urease de C. gattii, cepa R265, após ter sido purificada na razão de 539 vezes. A massa molecular estimada foi de 120 kDa, Km 2,0 mM para uréia, pH ótimo 8,0. O ácido acetohidroxâmico demonstrou ser um bom inibidor em concentrações micromolares, enquanto ρ-hidroximercuriobenzoato causou inibição em concentrações mais altas, comparado a outras ureases. Espera-se que estudos adicionais com essa urease purificada permitam investigar propriedades biológicas independentes da atividade ureolítica e estabelecer sua contribuição para a patogênese da criptococose. / Ureases (EC 3.5.1.5) are metalloenzymes that hydrolyze urea to produce ammonia and carbon dioxide. These enzymes, which are found in fungi, bacteria, and plants show very similar structures. The presence of urease in many pathogenic bacteria (Helicobacter pylori and Proteus mirabilis) is strongly correlative with pathogenesis in human diseases. Many medically important fungi have urease activity, among which are Cryptococcus neoformans, Coccidioides immitis, Histoplasma capsulatum, Sporothrix schenckii, and species of Trichosporon and Aspergillus. C. neoformans is a heterothallic yeast with several known virulence factors, including a polysaccharide capsule, melanin production, and the ability to grow at 37°C.The majority of clinical isolates produce large amounts of urease and several authors suggest that Cryptococcal urease play an important role in pathogenesis but with unclear mechanisms but probably by different routes dependent and independent of ureolytic activity, althought many questions are unclear. We wanted to further investigate the role of urease in biological properties by using Cryptococcus gattii as a pathogen model. C. gatti – serotype B, molecular type VGII, R265 strain, which has capacity to infect immunocompetent individuals, caused an outbreak on Vancouver Island in Canada from 1999 to 2003. This work presents the physicochemical characterization of a urease from C. gatti strain R265 after a 539 fold purification. The estimated native molecular mass was 120 kDa, Km 2.0 mM urea, pH optimum 8.0. Aceto hydroxamic acid was a strong inhibitor at low concentration while ρ-hidroxy mercuribenzoate needed higher concentrations for inhibition compared to other ureases.

O arroz é umas das mais importantes plantas cultivadas no mundo, sendo constituinte da dieta básica de mais da metade da população humana, inclusive no Brasil. Entretanto, o arroz é um cereal nutricionalmente pobre, apresentando baixas concentrações de metais essenciais, como o ferro e o zinco. Programas de melhoramento e de engenharia genética têm sido empregados na tentativa de melhorar o teor nutritivo dos grãos de arroz. Entretanto, para se alcançar este objetivo é essencial conhecer os mecanismos que envolvem a aquisição de metais, transporte interno e armazenamento nas plantas. A literatura recente tem revelado a existência de diversas famílias de genes candidatos a desempenharem função na homeostase de metais em arroz (genes Yellow Stripe Like, IRT, FRO, MTP, etc). Entre estes, a família Yellow Stripe Like é forte candidata a possuir genes envolvidos na alocação de ferro para o grão, visto que é uma família numerosa (18 genes) de transportadores de ferro, com diferentes isoformas capazes de transportar ferro ligado a fitossideróforos ou a nicotiamina (o principal quelante de ferro intracelular), e com expressão comprovada de pelo menos uma isoforma em células de floema. No entanto, a alocação de minerais para o grão é um processo altamente regulado, que provavelmente requer a atividade de outros genes, com funções ainda desconhecidas. Neste estudo visamos avaliar a contribuição de genes YSL em plantas de arroz e identificar novos genes potencialmente envolvidos com o transporte de metais aos grãos de arroz utilizando diferentes ferramentas: análise de plantas mutantes no gene OsYSL15 por inserção do retroelemento TOS17; avaliação da expressão de genes YSL em folhas bandeira e panículas de arroz em dois estádios de desenvolvimento; construção de uma biblioteca de hibridização subtrativa (SSH) de panículas em dois estádios de desenvolvimento, visando identificar genes com expressão induzida no enchimento dos grãos. Estas diferentes abordagens nos permitiram concluir que: o gene OsYSL15 é fortemente induzido em raízes sob deficiência de ferro, mas não necessário para o desenvolvimento das plantas nas condições estudadas; a função do gene OsYSL15 provavelmente possui sobreposição com as de outros transportadores de ferro, que podem compensar a sua falta; o gene OsYSL18 é um forte candidato a participar dos processos de alocação de minerais para os grãos de arroz. Além disso, foi possível identificar um novo gene, com função ainda desconhecida, com alta expressão em panículas de arroz durante o enchimento do grão. / Rice is one of the most important crops worldwide. Although being a poor source of nutrients, such as iron and zinc, rice is the dietary basis of over half the world's population, including Brazil. Breeding and genetic engineering programs have been employed with the intent to improve the nutritive characteristics in rice grains, including the increase of mineral nutrients, such as iron and zinc. To reach this objective, it is necessary to understand how metal homeostasis occurs in plants, including rhizosphere uptake, internal transport and storage. The recent literature has revealed several families of genes which are candidates to be involved in metal homeostasis in rice (Yellow Stripe Like, IRT, FRO, MTP, etc). Among them, the Yellow Stripe Like family is a strong candidate to contain genes involved with iron allocation to the grain. This is a large family (18 genes) of iron transporters, with different isoforms being able to transport iron chelated to siderophores or to nicotianamine (the main intracellular iron ligand in plants), and with at least one isoform being expressed in phloem cells. However, mineral allocation to the grain is a highly regulated process, which probably requires the activity of other genes, with functions that are still unknown. This study aimed at the evaluation of the contribution of YSL genes and at the identification of new genes potentially involved with metal transport to the rice grain, making use of three different tools: analysis of OsYSL15 mutant plants, containing TOS17 retroelement insertion; gene expression evaluation of YSL genes in rice flag leaves and panicles during two reproductive stages; construction of a panicle subtractive library (SSH) comparing two reproductive stages, in order to identify genes up-regulated during grain filling. These diverse approaches allowed us to reach the following conclusions: the OsYSL15 gene is strongly induced in roots under iron deficiency, but is not necessary for plant development under control conditions; probably there is function overlap between the OsYSL15 gene and other iron transporters, which can compensate for its absence; the OsYSL18 gene is a strong candidate to participate in mineral allocation to the rice grain. Moreover, it was possible to identify a new gene, with still unknown function, which is highly up-regulated in panicles after anthesis.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:49Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-05-24Bitstream added on 2014-06-13T18:52:47Z : No. of bitstreams: 1 takahashi_bt_me_bauru.pdf: 676058 bytes, checksum: 5480afd77932f310c39703067cb9cb54 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Atualmente é cada vez mais presente, nos livros e manuais didáticos, a utilização da História das Ciências nos conteúdos a serem trabalhados. Entretanto, muitos professores não tiveram contato com essa abordagem em sua formação inicial. Como consequência, essa lacuna gera inseguranças, dúvidas e dificuldades que criam obstáculos para a autonomia docente. Diante desse contexto, a presente pesquisa objetivou contribuir para a formação continuada de uma professora de Biologia e Ciências, de uma escola pública em um município do interior do Estado de São Paulo, que não teve em sua formação inicial contato com a História da Ciência. Na metodologia adoramos o trabalho colaborativo, entre pesquisadores e os sujeitos envolvidos, no intuito de compartiharmos os conhecimentos e experiências para o processo de formação e desenvolvimento dos participantes. Para tanto, utilizamos como tema a história das pesquisas que envolveram a elucidação da estrutura do DNA. Também foram efetuadas entrevistas abertas, reuniões registradas em notas de campo e observação das aulas ministradas pela professora participante da pesquisa. Na análise e discussão dos resultados, utilizamos como referenciais norteadores os Saberes Docentes e a História da Ciência. Os resultados demonstraram que, mesmo com dificuldades provenientes das lacunas da formação inicial, a professora recorreu aos seus saberes experiencias para suprir essas lacunas além de apropriar de saberes provenientes dos programas e livros didáticos e dos saberes produzidos a partir do trabalho colaborativo da presente pesquisa. Também observamos que o trabalho colaborativo entre os envolvidos na pesquisa contribuiu com a formação continuada da professora e favoreceu sua autonomia docente. Assim, essas informações nos conduzem a uma reflexão sobre a importância da relação Universidade e Escola / Today it is increasingly necessary in books and texbooks, the use of the History of Science in content to be worked. However, many teachers had no contact with this approach in their initial training. Consequently, this gap creates insecurities, doubts and difficulties that create obstacles to teaching autonomy. In this context, this research aimed to contribute to the continuing education of a teacher of Biology and Science, a public school in a municipality in the state of Sao Paulo, which was not contact with the History of Science in his initial training. In the methodology we adopt we adopt the collaborative work between researchers and those involved in order to share knowledge and experiences to the process of formation and development of the participants. The study used as its theme the history of research involving the elucidation of the structure of ADN. Were also conducted open interviews, meetings recorded in field notes and observation of classes taught by the teacher survey participant. In the analysis and discussion of results, use as benchmarks guiding the Teacher Knowledges and History of Science. The results showed that even with difficulties arising from gaps in initial training, the teacher to their experimental knowledge to address these gaps in addition to appropriate knowledge from programs and textbooks and the knowledge produced from the collaborative work of this research. We also observed that the work involved in collaborative research contributed to the continuing education of teacher and favored teaching autonomy. Thus, this information leads us to reflect on the importance of the University and School