Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-04-17T14:54:06Z No. of bitstreams: 1 467370 - Texto Completo.pdf: 6072599 bytes, checksum: 169f7ff123882c0b088732b04ad1956d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T14:54:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 467370 - Texto Completo.pdf: 6072599 bytes, checksum: 169f7ff123882c0b088732b04ad1956d (MD5) Previous issue date: 2014-06-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Schistososmiasis is a chronic endemic infection caused by parasites of the genus Schistosoma, and it occurs in 74 countries in Africa, South America and Asia. The three main agents of this infection in humans are: Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum, that cause the hepatic-intestinal disease, and Schistosoma haematobium, responsible for the genitourinary infection. Despite the effective treatment like praziquantel, schistososmiasis remains as the second most prevalent parasitic disease in the world. Diagnosis of the intestinal schistososmiasis is achieved through the direct visualization of the eggs in fecal samples. The current method recommended by the World Health Organization in epidemiological studies is the Kato-Katz method. Despite it being simple and cheap, in areas of low endemicity this technique loose sensibility, leading to the occurrence of false-negative cases and underestimation of the prevalence in the studied area. Helmintex? is a coproparasitological method highly sensitive that allows the isolation of Schistosoma eggs from 30 grams of feces, based in the interaction between the eggs and paramagnetic microspheres in a magnetic field. However, this method demands time and specialized equipment, being of difficult manipulation in work field. The mechanism that promotes the interaction between the paramagnetic spheres with the Schistosoma eggs is not known. Considering the necessity of sensitive diagnostic tools of easy applicability in epidemiological studies in low endemicity areas, this work has the purpose to study the surface physical-chemical characteristics of S. mansoni and S. japonicum eggs, in order to enhance the efficiency of the Helmintex? method. S. mansoni and S. japonicum eggs were isolated from livers of experimentally infected mice. The eggs were submitted to morphological and structural analysis using Scanning and Transmission Electron Microscopy and elemental analysis using Energy Disperssion Spectroscopy. The magnetic susceptibility was determined using SQUID (Superconducting Quantum Interference Device) and the concentration of the chemical elements was determined through Atomic Emission Spectroscopy. Experiments to elucidate the interaction properties of the eggs of the eggs and the microspheres were conducted incubating the eggs from both species with different paramagnetic microspheres. The results show that the egg surface of both species is recovered by a dense layer of microspines, being those shorter and less spaced in S. mansoni. The eggs spontaneously bind the particles, with a greater preference for magnetic material. S. japonicum eggs have a higher affinity for paramagnetic microspheres than S. mansoni eggs. The presence of streptavidin in the surface of the microspheres enhances the affinity of both species for non-magnetic material, however it decreases the affinity for paramagnetic microspheres. Despite the presence of iron in the eggshell of S. mansoni and S. japonicum, the origin of the interaction does not seem to be magnetic, but, based in the difference of electrostatic charges present in the surface of the eggs and the microspheres. The continuity of this study is important to determine the physical-chemical characteristics of eggs from human feces, and it can lead to the upgrading and optimization of the Helmintex? method. Studies using Atomic Force Microscopy are in progress. / A esquistossomose ? uma infec??o cr?nica end?mica causada por parasitos do g?nero Schistosoma, e ocorre em pa?ses 74 pa?ses na ?frica, Am?rica do Sul e ?sia. Os tr?s principais agentes desta infec??o em humanos s?o: Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum, causadores da doen?a hepato-intestinal, e Schistosoma haematobium, respons?vel pela infec??o genitourin?ria. Apesar de haver tratamento efetivo como o praziquantel, a esquistossomose permanece como a segunda infec??o parasit?ria mais prevalente no mundo. O diagn?stico da esquistossomose intestinal ? feito atrav?s da direta visualiza??o dos ovos em amostras fecais. O m?todo atualmente recomendado pela Organiza??o Mundial de Sa?de em estudos epidemiol?gicos ? o m?todo de Kato-Katz. Apesar de simples e barato, em ?reas de baixa endemicidade esta t?cnica perde sensibilidade, levando ? ocorr?ncia de casos falso-negativos e subestima??o da preval?ncia da ?rea estudada. O Helmintex? ? um m?todo coproparasitol?gico altamente sens?vel que permite o isolamento de ovos de Schistosoma ? partir de 30 gramas de fezes, baseado na intera??o entre os ovos e esferas paramagn?ticas em um campo magn?tico. Entretanto, este m?todo demanda tempo e equipamentos especializados, sendo de dif?cil manipula??o em estudos de campo. O mecanismo que promove a intera??o das esferas paramagn?ticas com os ovos de Schistosoma n?o ? conhecido. Tendo em vista a necessidade de ferramentas diagn?sticas sens?veis e de f?cil aplicabilidade em estudos epidemiol?gicos em ?reas de baixa transmiss?o, este trabalho tem por objetivo estudar caracter?sticas f?sico-qu?micas da superf?cie dos ovos de S. mansoni e S. japonicum, afim de aprimorar a efici?ncia do m?todo Helmintex?. Ovos de S. mansoni e S. japonicum foram isolados de f?gados de camundongos experimentalmente infectados. Os ovos foram submetidos ? analise morfol?gica e estrutural utilizando Microscopia Eletr?nica de Varredura e Transmiss?o e an?lise elementar utilizando Espectroscopia por Dispers?o de Energia. A susceptibilidade magn?tica foi determinada utilizando-se o SQUID (Superconducting Quantum Interference Device) e a concentra??o dos elementos qu?micos foi determinada atrav?s de Espectroscopia por Emiss?o At?mica. Experimentos para elucidar as propriedades de intera??o dos ovos e das microesferas foram conduzidos incubando ovos de ambas as esp?cies com diferentes microesferas paramagn?ticas. Os resultados mostram que a superf?cie do ovo de ambas as esp?cies ? recoberta por uma camada densa de microespinhos, sendo estes mais curtos e menos espa?ados em S. mansoni. Os ovos espontaneamente ligam-se ?s part?culas, com maior prefer?ncia por material magn?tico. Os ovos de S. japonicum possuem maior afinidade pelas microsesferas paramagn?ticas do que os ovos de S. mansoni. A presen?a de estreptavidina na superf?cie das microesferas aumenta a afinidade de ambas as esp?cies por microesferas n?o-magn?ticas, por?m diminui a afinidade por microesferas paramagn?ticas. Apesar da presen?a de ferro na casca do ovo tanto de S. mansoni quanto de S. japonicum, a origem da intera??o n?o parece ser magn?tica, e sim, baseada na diferen?a de cargas eletrost?ticas presentes na superf?cie dos ovos e das microesferas. A continuidade deste estudo ? importante para determinar as caracter?sticas f?sico-qu?micas de ovos provenientes de fezes humanas, e pode levar ao aprimoramento e otimiza??o do m?todo Helmintex?. Estudos utilizando-se Microscopia de For?a At?mica encontram-se em andamento.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-07-08T21:47:56Z No. of bitstreams: 1 471802 - Texto Parcial.pdf: 3735530 bytes, checksum: 4d5d2bdf0acc100c891cf110e11d4904 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-08T21:47:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 471802 - Texto Parcial.pdf: 3735530 bytes, checksum: 4d5d2bdf0acc100c891cf110e11d4904 (MD5) Previous issue date: 2015-03-23 / Biomolecular recognition processes are intrinsically related to protein flexibility. To understand how ligands interact with its partners, how proteins can cooperate with each other, or why aggregation process occurs, are particularly important, not only to biophysics, but also in the rational drug design process. X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance, and molecular dynamics simulations are broadcasted approaches used to try to comprehend flexibility in biological macromolecules, although, this is not an easy task. This Ph.D. thesis will discuss the role of the flexibility using two different systems, (i) Mycobacterium tuberculosis EPSP synthase and (ii) Calmodulin from Mus musculus. Our main goal with this first system was to analyse in detail the structural information of the EPSP synthase, using molecular dynamics simulation. As a result, we have hypothesised how EPSP synthase flexibility could affect its activity, as well as its implications in the process of molecular docking experiments. Calmodulin project was developed during a ten month internship at the University of Cambridge. Our main goal was to study the influence of peptide mutated sequences in the process of molecular recognition, using nuclear magnetic resonance and isothermal titration calorimetry. As a product of this work, we have observed the impact of the linker domain to the peptide recognition, as well as, we have presented the importance of the entropy? enthalpy balance in the association with Calmodulin. / O reconhecimento biomolecular est? diretamente ligado ? capacidade de uma prote?na a suportar mudan?as conformacionais, ou seja sua plasticidade. Compreender como ocorre a associa??o de ligantes com seus receptores, como prote?nas se interrelacionam, porque ocorrem os processos de agrega??o, s?o de extrema import?ncia, n?o apenas para a ?rea da biof?sica, como tamb?m para o desenho racional de f?rmacos. T?cnica como cristalografia por difra??o de raios X, resson?ncia magn?tica nuclear e din?mica molecular, s?o algumas das principais abordagens para o estudo da flexibilidade em macromol?culas biol?gicas. No entanto, esta n?o ? uma tarefa simples. Esta tese de doutorado versar? sobre o papel da flexibilidade em dois sistemas distintos, (i) a enzima EPSP sintase de Mycobacterium tuberculosis e (ii) a prote?na Calmodulina de Mus musculus. A Parte 1 trar? como modelo de estudo a enzima EPSP sintase de Mycobacterium tuberculosis. O nosso objetivo com esta parte foi analisar em detalhes as informa??es estruturais desta enzima, por meio da t?cnica de din?mica molecular. Como resultados, propomos como a flexibilidade pode atuar na modula??o da atividade enzim?tica, a hip?tese dos cinco m?nimos locais de energia, bem como, suas implica??es para o processo de docagem molecular a partir de uma estrutura. A Parte 2 foi desenvolvida durante o per?odo de doutorado sandu?che e teve como alvo a prote?na Calmodulina de Mus musculus. O objetivo na Parte 2 desta tese foi estudar a influ?ncia de muta??es no processo de reconhecimento molecular com a Calmodulina, por meio das t?cnicas de resson?ncia magn?tica nuclear e calorimetria por titula??o isot?rmica. Como resultados, observamos a influ?ncia da regi?o de dobradi?a para o reconhecimento dos pept?deos avaliados, bem como, um processo de balan?o entr?pico?ent?lpico na associa??o destas mol?culas.

Orientador: Adilson Fransozo / Resumo: Os siris Achelous spinimanus e Arenaeus cribrarius são capturados como fauna acompanhante da pesca camaroeira no litoral norte paulista. Ambas as espécies possuem valor comercial e por isso são aproveitadas e vendidas nas bancas de mercado. Estudar as característica da reprodução, distribuição e estrutura populacional dos recursos pesqueiros constitui uma ferramenta importante para elaboração de estratégias de manejo e conservação ambiental, visto que nem todas as espécies têm padrões similares em um mesmo local. Nesta tese foram analisadas as características reprodutivas (períodos de reprodução e recrutamento e tamanho de maturidade morfológica), distribuição ecológica e estrutura populacional de A. spinimanus e A. cribrarius no litoral norte paulista. Os animais foram coletados nas regiões de Ubatuba e Caraguatatuba, litoral norte do estado de São Paulo, Brasil. Foi verificado que A. spinimanus e A. cribrarius possuem períodos reprodutivos em estações do ano diferentes, no inverno e verão, respectivamente. Também foi possível observar que A. spinimanus tem pico de recrutamento após o pico de A. cribrarius. Estas diferenças temporais das características reprodutivas podem representar uma estratégia evolutiva para evitar competição por alimento com outras espécies. Comparando as estimativas de tamanho de maturidade sexual com outros estudos, também foi possível observar certa plasticidade reprodutiva para ambas as espécies, o que sugere que esta característica pode variar tem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The swimmong crabs Achelous spinimanus and Arenaeus cribrarius are caught as bycatch of the shrimp fishery on the north coast of São Paulo. Both species have commercial value and are therefore used and sold in the market stalls. Studying the characteristics of the reproduction, distribution and population structure of the fishery resources constitutes an important tool for the elaboration of strategies of management and environmental conservation, since not all the species have similar standards in the same place. In this thesis the reproductive characteristics (breeding and recruitment periods and size of morphological maturity), ecological distribution and population structure of A. spinimanus and A. cribrarius in the north coast of. The animals were collected in the regions of Ubatuba and Caraguatatuba, north coast of the state of São Paulo, Brazil. It was verified that A. spinimanus and A. cribrarius have reproductive periods in different seasons of the year, in winter and summer, respectively. It was also possible to observe that A. spinimanus has peak recruitment after the peak of A. cribrarius. These temporal differences in reproductive characteristics may represent an evolutionary strategy to avoid competition for food with other species. Comparing estimates of sexual maturity size with other studies, it was also possible to observe a certain reproductive plasticity for both species, suggesting that this characteristic can vary temporally and spatially. A. spinimanus ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-09-01T14:18:40Z No. of bitstreams: 1 DIS_ANGELICA_DA_PAZ_RAMIREZ_COMPLETO.pdf: 2409049 bytes, checksum: 1aa9c09c978ce2b26c7b1afbd06c2eec (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T14:18:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_ANGELICA_DA_PAZ_RAMIREZ_COMPLETO.pdf: 2409049 bytes, checksum: 1aa9c09c978ce2b26c7b1afbd06c2eec (MD5) Previous issue date: 2016-03-09 / Schistosomiasis is a trematode infection caused by Schistosoma mansoni. The parasitosis occurs mainly in northern Minas Gerais and northeastern States in Brazil. There has been a significative reduction in morbidity and prevalence of schistosomiasis in some areas. However, the parasitosis is still considered an infection that is expanding geographically. The first autochthonous case in Esteio, Rio Grande do Sul (RS) was diagnosed in 1997. Since that date, 28 individuals were found infected with S.mansoni and have been followed up by the Grupo de Parasitologia Biom?dica at PUCRS. The objective of the present study was to investigate and update data indicating a possible interruption of transmission. Serum samples were collected from the individuals previously identified with the infection and from school-aged children at Vila Pedreira, Esteio. From children, urine samples were also collected and tested with the rapid test ?point of care? for detection of cathodic circulating antigen (POC-CCA). Serum samples were examined by Western-blot (WB), with S.mansoni microsomal antigen (MAMA). 18 children were positive at POC-CCA test. None of the positive results with molecular methods were positive by Helmintex. Transmission interruption in Esteio may probably have occurred, but its certification needs a long-term monitoring as well as adjustment of best suited methods for this challenging task. / A esquistossomose mans?nica ? uma infec??o causada por um tremat?deo, Schistosoma mansoni. No Brasil, as ?reas de maior ocorr?ncia s?o o norte de Minas Gerais e nordeste do pa?s. Nos ?ltimos anos, houve uma redu??o significativa na morbidade e preval?ncia desta infec??o em algumas regi?es. No entanto, a esquistossomose ainda ? considerada uma doen?a parasit?ria em expans?o geogr?fica. Em 1997, foi diagnosticado o primeiro caso aut?ctone em Esteio, no Rio Grande do Sul (RS). Desde ent?o, 28 pessoas foram confirmadas com esquistossomose e monitoradas pelo Grupo de Parasitologia Biom?dica da PUCRS. O objetivo deste estudo foi investigar e atualizar indicadores de interrup??o da esquistossomose em Esteio, RS. Neste trabalho foram coletadas amostras de sangue de indiv?duos ex-infectados por S. mansoni e de crian?as em idade escolar de Vila Pedreira, Esteio. As crian?as tiveram tamb?m coletadas amostras de urina. As amostras de sangue de foram analisadas pelo m?todo de Western-blot (WB), utilizando o ant?geno microssomal de S. mansoni (MAMA) e as urinas pelo teste r?pido utilizando ant?geno circulante cat?dico (POC-CCA). Resultados positivos foram confirmados pelo m?todo Helmintex. 18 crian?as tiveram resultado positivo para POC-CCA. Nestes casos os resultados da sorologia e do m?todo Helmintex foram negativos. Existe a possibilidade de interrup??o da transmiss?o da esquistossomose em Esteio, por?m a certifica??o desta interrup??o depende da continuidade por muito tempo, do monitoramento e ajuste dos m?todos mais adequados para esta finalidade.

A caracterização das mutações nos genes katG, ahpC e inhA e sua correlação com a resistência à isoniazida em isolados de Mycobacterium tuberculosis tem sido descrita. A mutação S315T no gene katG é a mais freqüentemente encontrada e pode fornecer rápida informação para a seleção do tratamento anti-tuberculose, para a vigilância epidemiológica da resistência e, possivelmente rastrear a transmissão de linhagens resistentes. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi o desenvolvimento de um Ensaio de Hibridização Reversa (EHR) para a rápida identificação da mutação no códon 315 do gene katG em M. tuberculosis. Após a padronização da metodologia com 180 DNAs de M. tuberculosis isolados de cultura, o teste foi aplicado a 46 DNAs isolados de amostras clínicas e foram testados para a detecção de mutantes katG315 resistentes à isoniazida. Quando aplicado em DNA de cultura o teste pôde detectar com sucesso a mutação mais comum no katG315 (AGC ACC) em todas as linhagens estudadas em comparação com o seqüenciamento de DNA. Em relação às amostras clínicas, o EHR apresentou concordância com o seqüenciamento em todas as amostras com baciloscopia positiva. O teste desenvolvido apresenta um bom potencial para a rápida identificação da resistência à isoniazida em regiões com uma elevada prevalência de mutantes katG315 entre isolados de M. tuberculosis resistentes à isoniazida. / Mutations in katG, ahpC and inhA genes were identified and have been correlated with isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates, mutation in katG S315T being the most frequent. Rapid detection of this mutation could therefore improve the choice of an adequate anti-TB regimen, epidemiological monitoring of isoniazid resistance and, possibly to track transmission of resistant strains. Reverse Hybridization Assay (RHA) is a simple technique for the rapid identification of katG315 mutation in M. tuberculosis. The assay was standardized with 180 DNAs isolated from cultures of M. tuberculosis and was applied to 46 clinical specimens and tested for the detection of isoniazid-resistant katG315 mutants. When the test was applied to the DNA from cultured M. tuberculosis it was possible to successfully detect the most common mutation at katG315 (AGC ACC) in all isolates studied in comparison with DNA sequencing. For clinical samples, the RHA presented agreement with the sequencing in all samples with smear positive. The developed test presents a good potential for the rapid identification of isoniazid resistance in regions with a high prevalence of katG315 mutants among isoniazid-resistant M. tuberculosis isolates.

Nesse trabalho foi desenvolvido um Teste Colorimétrico de Hibridização Reversa (TCHR-TB) que verifica a presença de mutações em uma região específica do gene rpoB, que confere resistência à rifampicina. Foram analisados 156 DNAs de M. tuberculosis obtidos de cultura. Quando comparado com teste convencional de susceptibilidade às drogas, a sensibilidade e a especificidade do TCHR-TB foi 92.3% e 98.0% respectivamente. Comparando com o seqüenciamento, o qual é considerado padrão ouro, a sensibilidade e a especificidade do TCHR-TB foram 90% e 100%, respectivamente. Mutações no códon 531 seguido de mutações no códon 526 são as mutações mais comuns mundialmente, sendo responsáveis por aproximadamente 75% das amostras resistentes à RIF. O TCHR-TB detectou corretamente 100% destas mutações. O método desenvolvido pôde também detectar mutações no gene rpoB de DNA de M. tuberculosis extraídos diretamente de amostras clínicas. Trinta e três amostras clinicas foram testadas e os resultados do TCHR-TB foram 100% concordantes quando comparados com método das proporções. Os resultados do nosso estudo demonstraram uma alta taxa de concordância do TCHR-TB quando comparado com os testes de sensibilidade convencionais e com o seqüenciamento. O teste pode ser aplicado com sucesso quando se faz necessária uma rápida e sensível detecção de resistência à rifampicina e conseqüentemente um correto gerenciamento dos pacientes. / In this work a Reverse-Line Blot Hybridization (RLBH) assay was developed which allows the detection of mutation in a specific region of rpoB gene, that confer rifampicin resistance, in a panel of 156 DNAs of M. tuberculosis obtained from cultures. When compared to the conventional drug susceptibility testing (DST), sensitivity and specificity of the RLBH were 92.3% and 98.0%, respectively. Comparing to sequencing, which is considered a “gold standard” reference, sensitivity and specificity of the RLBH were 90% and 100%, respectively. Mutations at codon 531, followed by mutation at codon 526 are the most common mutations worldwide accounting for approximately 75% of RIF resistance. The RLBH assay correctly detected 100% of these mutations. The method developed could also detect rpoB mutations of M. tuberculosis in clinical specimens. Thirty-three clinical specimens were tested and the results of RLBH were 100% concordant when compared to DST. The results of our study demonstrate a high concordance rate when the RLBH results were compared to conventional methods and sequencing data. The test can be successfully applied when a rapid sensitivity testing is required for the correct management of patients.

Gliomas apresentam um prognóstico precário apesar das múltiplas modalidades terapêuticas como ressecção neurocirúrgica, radioterapia e quimioterapia, possivelmente pelo seu alto nível de invasividade e resistência aos tratamentos. Estudos recentes demonstraram que o peptídeo liberador de gastrina (GRP), assim como seu receptor, possui efeitos importantes no desenvolvimento de muitos tumores, inclusive de gliomas. O receptor de GRP está super expresso em linhagens celulares de glioblastomas tendo sua função relacionada com a proliferação celular, estimulando o crescimento tumoral. No presente estudo, foi investigado o efeito do RC-3095, um antagonista seletivo do receptor de GRP, como mono terapia e em associação à temozolamida (TMZ), um agente citotóxico alquilante de DNA, em modelos experimentais de células de glioma da linhagem C6 de rato in vitro e in vivo. A proliferação celular foi reduzida tanto por RC-3095 quanto por TMZ, porém quando ambos os agentes foram administrados em associação, a redução da proliferação foi significativamente mais efetiva. Nos experimentos in vivo, o grupo controle apresentou os tumores maiores (52 ± 15.5 mm3), enquanto RC-3095 reduziu o tamanho tumoral, tendo um efeito mais efetivo na dose 0.3 mg/kg (21 ± 9.7 mm3). Porém, a combinação dos dois agents produziu a maior redução no tamanho tumoral (10 ± 7.5 mm3), assim como, apresentou índices histológicos menos agressivos. Nossos resultados demonstram que a combinação de RC-3095 e temozolamida produz uma maior redução tumoral em modelos experimentais de glioma de rato indicando que RC-3095 pode ser um forte candidato para associação à temozolamida potencializando os efeitos de agentes alquilantes de DNA no tratamento de gliomas multiformes. / Malignant gliomas have a dismal prognosis despite multi-modality treatments like neurosurgical resection, radiation therapy and chemotherapy, mainly due to their high level of invasion. Recent studies demonstrated that gastrin-releasing peptide (GRP) and its receptors play a role in the development of a variety of cancers including gliomas. The GRP receptor was shown to be over-expressed on glioblastoma cell lines and its function is related with cellular growth. In the present study, we investigated the effects of RC-3095, a selective antagonist of the GRP receptor, alone and in combination with temozolomide (TMZ), a DNA alkylating agent, in vitro and in vivo using experimental rat C6 glioma models. Cellular proliferation was reduced in all treatments (TMZ, RC-3095 and TMZ + RC-3095) with the administration of TMZ together with RC-3095 being the most effective. In in vivo experiments, the control group displayed the largest tumors (52 ± 15.5 mm3), whereas RC-3095 reduced the tumor size, with the most significant effect observed at the dose of 0.3mg/kg (21 ± 9.7 mm3). The combined therapy produced the largest reduction in tumor size (10 ± 7.5 mm3), greater than with either treatment alone. Ours results show that the combination of RC-3095 and TMZ have additive effects on the in vitro and in vivo glioma growth therefore making RC-3095 a candidate drug to potentiate the effects of the DNA alkylanting agent temozolomide in the treatment of malignant gliomas.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-10-04T10:48:59Z No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_COUTO_GIACOBBO_COMPLETO.pdf: 3325467 bytes, checksum: 539cc1eb4d805644ba436db429ede065 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T10:48:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_COUTO_GIACOBBO_COMPLETO.pdf: 3325467 bytes, checksum: 539cc1eb4d805644ba436db429ede065 (MD5) Previous issue date: 2016-03-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused mainly by Mycobacterium tuberculosis and is one of the most devastating public health problems worldwide. Furthermore, MDR-TB and XDR-TB treatments are limited and recommended medicines are often not available revealing an urgent need for new anti-TB alternatives. In the present study, a series of 2-(quinolin-4-yloxy)acetamides were synthesized for further evaluation of minimum inhibitory concentration (MIC) against Mycobacterium tuberculosis (Mtb) strains. Moreover, a preliminary structure-activity relationship (SAR) study was also performed. The synthesized compounds were evaluated in a whole-cell assay against M. tuberculosis H37Rv and drug-resistant clinical isolate. The most active molecules against M. tuberculosis H37Rv (MIC <1?M) were selected for cytotoxicity study in Vero cells. The results showed that the molecular volume and hydrophobicity at the N-arylamide portion, the effect hydrogen bond donor on the acetamide moiety and an H-bond acceptor at 4-position of the quinoline ring represent three pharmacophoric groups important for antimycobacterial action. Further, the synthesized compounds 6a, 6h, 12d-f, and 12i-n were active against drug-resistant strains (MICs ? 0,001?M) with devoid of apparent cytotoxicity to Vero (IC50s ? 20 ?M). Therefore, these data indicate that this class of compounds may furnish candidates for future development, and to provide drug alternatives for tuberculosis treatment / A tuberculose (TB) ? uma doen?a infecciosa causada principalmente por Mycobacterium tuberculosis e ? um dos problemas de sa?de p?blica mais devastadores no mundo. Al?m disso, tratamentos de XDR-TB e MDR-TB s?o limitados e os medicamentos recomendados frequentemente n?o est?o dispon?veis, ressaltando uma necessidade urgente de novas alternativas anti-TB. No presente estudo, uma s?rie de 2-(quinolin-4-iloxi)acetamidas foi sintetizada para posterior avalia??o da concentra??o inibit?ria m?nima (MIC) frente a cepas de Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Al?m disso, um estudo preliminar da rela??o estrutura-atividade (SAR) tamb?m foi realizado. Os compostos sintetizados foram avaliados no ensaio in vitro frente ao M. tuberculosis cepas H37Rv e isolado cl?nico resistente a f?rmacos. Os compostos mais ativos frente ao M. tuberculosis H37Rv (MIC < 1?M) foram selecionados para estudos de viabilidade em c?lulas Vero. Os resultados mostraram que o volume molecular e a hidrofobicidade na por??o N-arilamida, o efeito doador liga??o de hidrog?nio na por??o acetamida e o receptor na posi??o 4 do anel quinol?nico representam tr?s grupos farmacof?ricos importantes para a a??o antimicobacteriana. Al?m disso, os compostos sintetizados 6a, 6h, 12d-f, e 12i-n foram ativos frente a cepa resistente aos medicamentos (MIC ? 0,001?M) com desprovida citotoxicidade aparente para Vero (IC50 ? 20 ?M). Portanto, estes dados indicam que esta classe de compostos pode apresentar candidatos para o desenvolvimento futuro, e oferecer alternativas de medicamentos para o tratamento da tuberculose.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-12-23T13:17:24Z No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf: 1004622 bytes, checksum: f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-23T13:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf: 1004622 bytes, checksum: f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c (MD5) Previous issue date: 2015-03-18 / Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. To date, there are no sequenced genomes of Brazilian strains available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (North-American and Australian strains). Genome sequencing was performed by next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) was performed. Data showed significant differences between the two Brazilian strains, and their comparison with North-American strains (Florida and St. Maries) revealed more nucleotide differences than with Australian strains (Gypsy Plains and Dawn). These results shed light into the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information of South American isolates. Assessing sequences of the genomes of strains from different regions is essential to increase knowledge of the pan-genome of this rickettsia. / Anaplasma marginale ? um pat?geno transmitido por vetores que causa uma doen?a conhecida como anaplasmose. At? o momento, n?o h? genomas sequenciados de cepas brasileiras dispon?veis. O objetivo deste trabalho foi comparar genomas completos de cepas brasileiras de A. marginale (Palmeira e Jaboticabal) com genomas de cepas de outras regi?es (cepas norte-americanas e australianas). O sequenciamento do genoma foi realizado por sequenciamento de alto rendimento. As reads foram mapeadas utilizando o genoma da cepa Florida de A. marginale como uma sequ?ncia de refer?ncia. A identifica??o de polimorfismos de nucleot?deo ?nico (SNPs) e inser??es/dele??es (INDELs) foi realizada. Os dados mostraram diferen?as significativas entre as duas cepas brasileiras, e sua compara??o com as cepas norte-americanas (Fl?rida e St. Maries) revelou mais diferen?as de nucleot?deos do que com as cepas australianas (Gypsy Plains e Dawn). Esses resultados lan?am luz sobre a hist?ria evolutiva de A. marginale e fornecem a primeira informa??o gen?mica de isolados da Am?rica do Sul. Avaliar sequ?ncias dos genomas de cepas de diferentes regi?es ? essencial para aumentar o conhecimento do pangenoma desta rickettsia.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 462081.pdf: 1430487 bytes, checksum: 4c2af366716f369356b61bcee2b250d0 (MD5) Previous issue date: 2014-08-25 / Brazil is a large country, were each region shows a particular pattern of admixture population. To evaluate the agreement between different forensic anthropology tools to determine ancestry and sex in a region of this country, we perform morphological and genetic analysis in a sample of 25 crania from cemeteries and Universities from Porto Alegre metropolitan region, south of Brazil. Those analysis consists in cranioscopy evaluation of 8 cranial traits, 16 craniometric measurements, and allele amplification of 13 autosomal short tandem repeats (STRs) loci of the CODIS system (TPOX, D3S1358, FGA, D5S818, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11) plus other two loci (D2S1338, D19S433) and amelogenin, using the Identifiler? Plus Kit loci Amelogenin and The NGM Kit loci. Genetics and morphological data were then compared to ancestral populations' database of cranial measurements, Howells and Hanihara database, and STR allele frequencies from individuals of African, Amerindian and European origin. Our results showed cranioscopy and craniometry based on Hanihara database were the most accurate morphological tools to determine sex, and probably ancestry as well. This can be explained by the fact that Howells database is not composed of populations who effectively colonized Brazil, and a more resembled craniometric database could turn Brazilian forensic identification analysis more precise and accurate. / Porto Alegre ? a maior cidade do Rio Grande do Sul, sul do Brasil. Sua popula??o ? composta principalmente por descendentes de portugueses, com a contribui??o de outras popula??es europeias, africanos e ind?genas. Neste estudo, para a estimativa da ancestralidade e sexo, foram utilizadas as metodologias de cranioscopia (8 caracteres), craniometria (16 medidas/?ndices) e a an?lise de marcadores gen?ticos STR em uma amostra de 25 cr?nios provenientes da regi?o metropolitana de Porto Alegre, sul do Brasil. A an?lise craniom?trica da ancestralidade foi realizada por meio de an?lise discriminante utilizando a dist?ncia de Mahalanobis, com o software FORDISC 3.0 baseado no banco craniom?trico de Howells, e com o software Statistica 12 utilizando o banco craniom?trico de Hanihara. Foram utilizados os 13 (STRs) loci do sistema CODIS (CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, FGA, TH01, TPOX, vWA) acrescido de mais dois loci STR (D2S1338, D19S433) e Amelogenina, utilizando os kits AmpFlSTR Identifiler? Plus Kit e AmpFlSTR NGM da Applied Biosystems?. A compara??o dos resultados entre os dados craniom?tricos e de marcadores STR demonstra que as duas metodologias apresentam resultados pouco concordantes. Em se tratando da compara??o da craniometria usando dois bancos de dados distintos, o banco de Hanihara se mostrou mais preciso na determina??o do sexo e, possivelmente, da ancestralidade, se comparado ao banco de Howells. Isso pode se dever ao fato de que o banco Hanihara ? composto de indiv?duos de popula??es europeias, africanas e ind?genas originais similares as que efetivamente colonizaram o Brasil. Os resultados obtidos indicam a necessidade de um banco de dados craniom?trico contendo popula??es ancestrais brasileiras, o que seria importante para aumentar a efici?ncia das identifica??es em Antropologia Forense no Brasil.