Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-03-31T14:55:14Z No. of bitstreams: 1 thesis Trevizani_protegida.pdf: 22726026 bytes, checksum: 6bea89be5be890f00d13877ab906c396 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-03-31T14:57:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thesis Trevizani_protegida.pdf: 22726026 bytes, checksum: 6bea89be5be890f00d13877ab906c396 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-31T15:01:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thesis Trevizani_protegida.pdf: 22726026 bytes, checksum: 6bea89be5be890f00d13877ab906c396 (MD5) Previous issue date: 2014-12-17 / De novo protein structure prediction aims to find the 3D conformation of a protein from its amino acid sequence without the use of experimental templates. One of the most successful strategies consists in assembling models from a collection of small fragments of other proteins using a search algorithm. GAPF (Genetic Algorithms for Protein Folding) is a software for ab initio protein structure prediction developed by GMMSB/LNCC which uses a multiple minima genetic algorithms (GA) to search the energy landscape. The aim of this work is to incorporate a de novo methodology to GAPF to increase its predictiveness. The main strategy implemented is based on using fragment libraries. Fragments are selected based on sequence similarity and secondary structure prediction, and were used both to assemble the individuals of the initial population, and as mutation operators. We developed a strategy to insert fragments whose length was determined using the confidence of the secondary structure prediction. Additionaly, the structures with the highest hydrophobic compactness were favoured by a new form of parental selection. The test set comprises 20 proteins distributed among mainly-α, mainly-β and α/β classes, ranging from 20 to 146 aminoacids. The de novo method presented here was able to improve the prediction for 75% of the proteins of the test set, and the improvement was considered significative for 50% of the proteins of the test set. Besides the performance improvement (i.e., smaller number of evaluations of the energy function), a greater number of individuals with better hydrophobic compactness was generated. The results of this work point to important pathways to better de novo methods and aided setting the protocol that allowed GAPF to participate in the Critical Assessment of Protein Structure Prediction - CASP 11. / A predição de novo de estruturas de proteínas almeja encontrar a conformação tridimensional de uma proteína a partir de sua sequência de aminoácidos sem o uso de moldes/estruturas experimentais de referência. Uma das estratégias de maior sucesso consiste em construir modelos a partir de uma coleção de fragmentos de outras proteínas utilizando um algoritmo de otimização. O GAPF (Genetic Algorithms for Protein Folding) é um programa de predição ab initio, desenvolvido pelo GMMSB/LNCC, que utiliza um algoritmo genético (AG) de múltiplas soluções para a exploração da superfície de energia livre. O objetivo deste trabalho é o desenvolvimento de uma metodologia de novo para o programa GAPF objetivando o aumento da sua capacidade preditiva. A principal estratégia implementada baseia-se no uso de bibliotecas de fragmentos. Os fragmentos são escolhidos com base na similaridade de sequência e predição de estruturas secundárias e foram utilizados para compor os indivíduos da população inicial do AG e também através do uso de operadores de mutação específicos. Desenvolveu-se uma estratégia de inserção de fragmentos de tamanho variável, onde a determinação do tamanho utiliza informações obtidas da predição de estrutura secundária. Adicionalmente, foi incorporada uma estratégia de favorecimento da compactação hidrofóbica das estruturas preditas através do desenvolvimento de uma nova forma de seleção parental para a geração de novos indivíduos durante o AG. A metodologia foi testada em um conjunto de 20 proteínas, contendo de 20 a 146 resíduos de aminoácidos, pertencentes às classes principalmente-α, principalmente-β e α/β. Os resultados obtidos mostraram que a metodologia de novo desenvolvida foi capaz de melhorar a predição para 75% das proteínas do conjunto, sendo que foram verificadas melhorias consideradas significativas para 50% do conjunto. Além de uma melhora na performance computacional (i.e., menor número de avaliações da função energia), observou-se também a geração de indivíduos exibindo uma melhor compactação hidrofóbica. Os resultados deste trabalho apontam caminhos importantes para a melhoria da metodologia de novo no contexto do programa GAPF e viabilizaram a construção do protocolo utilizado pelo GMMSB em sua participação no evento Critical Assessment of Protein Structure Prediction - CASP 11.

Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-04-10T18:35:20Z No. of bitstreams: 1 Karina_Dissertacao_versao_final.pdf: 14328590 bytes, checksum: b09ee552401b05045498580540b46215 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-04-10T18:35:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Karina_Dissertacao_versao_final.pdf: 14328590 bytes, checksum: b09ee552401b05045498580540b46215 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-10T18:35:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karina_Dissertacao_versao_final.pdf: 14328590 bytes, checksum: b09ee552401b05045498580540b46215 (MD5) Previous issue date: 2014-07-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) / Protein structure prediction is one of the most important problems in computational molecular biology and aims to determine the three dimensional structure of proteins solely from the amino acid sequence. It is considered that the amino acid sequence contains all the necessary information for the chain to adopt its native conformation under physiological conditions. The prediction of protein structure constitutes an extremely difficult optimization problem because, depending on the approximations made, it deals with hundreds or thousands of degrees of freedom and a complex search space associated with the multimodal energy hyper surface. Even for smaller proteins, the problem is computationally costly due the complexity of the optimization process. The goal of this work was the development of genetic operators for the GAPF program (Genetic Algorithm for Protein Folding – developed by GMSSB/LNCC). The operators work through the use of constraints in the search space of the main chain dihedral angles to accelerate the search algorithm and improve the predictive ability of the program. This work was developed in six stages: I - Building an matrix of dihedral angles phi and psi from a database of experimentally determined protein structures, with up to 20% identity; II - Development and introduction in the GAPF program of the RAMA mutation operators in order to use the dihedral angles matrix; III - Generation of initial population using information supplied by the matrix of dihedral angles; IV - Use of matrix of dihedral angles generated from fragments libraries specifically built for each sequence target; V - Verify the performance of the methodology when information from secondary structure prediction of the target sequence and protein structures database are provided; and VI - Evaluate the effect of these changes in terms of reducing the computational cost and quality of the predicted structures. The operators were tested in a set of eight proteins belonging to the following classes: preferably-alpha, alpha+beta, alpha\beta and preferably-beta. The results showed that the imposition the more favorable phi and psi for each amino acid as angular constraints reduced up to 75% the number of energy function evaluations necessary to obtain equivalent results without the use of these operators. Additionally, it was possible to obtain more accurate models, with a reduction of up to 4Å for RMSD and an increase of approximately 6% in GDT-TS of the bigger proteins of the test set, i.e. 1BDD and 1GYZ, when comparing with the values obtained for standard version of the GAPF program using the same number of evaluations. / A predição de estrutura de proteínas é um dos propósitos mais importantes da biologia molecular computacional e possui como objetivo determinar a estrutura tridimensional de proteínas a partir de suas sequências de aminoácidos. Na técnica de predição por primeiros princípios se considera que a sequência de aminoácidos de uma proteína contém toda a informação necessária para que a cadeia adote, em condições fisiológicas, sua conformação tridimensional nativa. Esse tipo de predição se constitui em um problema de otimização extremamente difícil visto que, dependendo das aproximações efetuadas, se lidam com centenas ou milhares de graus de liberdade e com um espaço de busca conformacional muito complexo associado à uma superfície de energia multimodal. Mesmo para uma pequena molécula de proteína, o problema é difícil de ser tratado computacionalmente devido ao alto custo em tempo de execução, além da complexidade associada ao processo de otimização. O objetivo deste trabalho foi o desenvolvimento de operadores genéticos que atuem no processo de otimização do programa GAPF (Genetic Algorithm for Protein Folding – desenvolvido pelo GMSSB/LNCC) através do uso de restrições no espaço de busca de ângulos diedrais associados à cadeia principal da proteína de modo a acelerar o processo de busca do algoritmo e melhorar a capacidade preditiva do programa. Esse trabalho se desenvolveu em seis etapas: I – Construção uma matriz de ângulos diedrais phi e psi a partir do banco de estruturas de proteínas determinadas experimentalmente, com até 20% de identidade; II - Desenvolvimento e introdução de operadores genéticos de mutação RAMA ao programa GAPF tendo em vista o uso da matriz de ângulos diedrais; III - Geração da população inicial empregando informações fornecidas pelas matrizes de ângulos diedrais; IV - Investigação do uso de matrizes de ângulos diedrais geradas a partir de bibliotecas de fragmentos específicas para cada sequência alvo; V - Verificar o desempenho da metodologia ao serem introduzidas informações a respeito da estrutura secundária da sequência alvo e das proteínas do banco de estruturas usado; e VI - Avaliar o efeito das modificações introduzidas no algoritmo em termos de redução do custo computacional e qualidade das estruturas preditas. A utilização dos operadores foi testada na predição de um conjunto de oito proteínas, pertencentes às classes: preferencialmente alpha; alpha+beta; alpha\beta e preferencialmente beta. Os resultados obtidos mostraram que a imposição de restrições angulares associadas à utilização dos ângulos phi e psi mais favoráveis para cada tipo de resíduo, proporcionaram uma redução de até 75\% do número de avaliações de função de energia necessário para se obter um resultado equivalente sem o uso desses operadores. Adicionalmente, foi possível obter predições de estruturas mais acuradas, com uma redução de até 4Å nos valores de RMSD e um acréscimo de aproximadamente 6% nos valores de GDT-TS das maiores proteínas do conjunto teste, isto é, 1BDD e 1GYZ, quando comparados aos valores obtidos com o GAPF padrão para o mesmo número de avaliações.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-18T12:20:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AtividadeAntiplasmodialModelagem.pdf: 2404946 bytes, checksum: f50c8e09794716ea2356ae20dc9b113b (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-11-03T14:56:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AtividadeAntiplasmodialModelagem.pdf: 2404946 bytes, checksum: f50c8e09794716ea2356ae20dc9b113b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-03T14:56:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AtividadeAntiplasmodialModelagem.pdf: 2404946 bytes, checksum: f50c8e09794716ea2356ae20dc9b113b (MD5) Previous issue date: 2008 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A malária é uma infecção causada pelo Plasmodium sp. e pode ser grave, se não tratada precocemente. Ela acomete importante fração da humanidade e tem profundo impacto sanitário mundial. Estima-se que 3,3 bilhões de pessoas estejam expostas ao risco de transmissão. Um dos problemas inerentes à infecção é o progressivo aumento da resistência do parasito aos antimaláricos. Nesse contexto, fazem-se necessários estudos para o desenvolvimento de novas alternativas quimioterápicas. Muitas substâncias têm atividade antiplasmodial comprovada, como as chalconas. Entretanto, as propriedades fisico-químicas dessas moléculas, que são importantes para suas ações biológicas, não estão bem estabelecidas. Neste trabalho, foi realizada a modelagem molecular e avaliada a atividade antiplasmodial de duas chalconas (HBR1 e LH2) e quatro derivados de chalconas (GH3, IV4, LCH1 e LCH3). Para isso, foram determinadas: as concentrações inibitórias em 50% do crescimento do P. falciparum in vitro e as propriedades físico-químicas das substâncias, como HOMO, LUMO, potencial eletrostático, C log P, energia de hidratação, polarizabilidade e volume molecular, através de cálculos virtuais. Os resultados dos valores calculados foram correlacionados com a atividade biológica, a fim de se identificar parâmetros químicos que possam influenciar a ação antiplasmodial. As concentrações inibitórias em 50% do crescimento do P. falciparum variaram de 0,2 a 1,7 μM, sendo que estes valores foram menores do que os descritos na literatura. O estudo da correlação entre as atividades biológicas e as propriedades fisico-químicas mostraram parâmetros determinantes de atividade biológica, como LUMO, potencial eletrostático, C log P e energia de hidratação, que podem auxiliar na seleção de moléculas mais ativas contra o P. falciparum. Assim, essas propriedades moleculares podem ser utilizadas no planejamento racional de novas chalconas e/ou derivados com atividade antiplasmodial. / Malaria is an infection caused by Plasmodium sp. and It can be serious, if not treated precociously. It affects significant fraction of humanity and has profound health impact worldwide. It is estimated that 3.3 billion people are exposed to the risk of transmission. One of the problems of the infection is the growing emergence of parasite resistance to antimalarial drugs. In this context, studies are needed to develop new alternative chemotherapy. Many substances, such as the chalcones, have had their antiplasmodial activity proven. However, the physicochemical properties of these molecules, which are important for biological actions, are not well established. In this work, molecular modeling was performed and the antiplasmodial activity was evaluated of two chalcones (HBR1, and LH2) and four derivatives of chalcones (GH3, IV4, LCH1, and LCH3). For that, we determined the drug concentration inhibitory of 50% of the growth of P. falciparum in vitro as well as the physicochemical properties of derivatives of chalcones as HOMO, LUMO, electrostatic potential, C log P, hydration energy, polarizability and molecular volume through virtual calculations. The results of the calculated values were correlated with the biological activity in order to identify chemical parameters that can influence the antiplasmodial action. The inhibitory concentrations in 50% of the growth of P. falciparum ranged from 0,2 to 1,7 M, and these values were smaller than described them in the literature. The study of the correlation between the biological activities and the physicochemical properties showed determinating parameters for the biological activity, as LUMO, electrostatic potential, C log P and hydration energy, which may help in the selection of molecules more active against P. falciparum. Thus, these molecular properties can be used in the rational planning of new chalcones and/or derivatives with antiplasmodial activity.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marielzaismaelmartins_tese.pdf: 995891 bytes, checksum: 0b6650b7225cb745138cabdd1074db51 (MD5) Previous issue date: 2007-03-08 / Introduction: Aspartame is a widely used artificial sweetener added to many products of foods and beverages, being 200 times as sweet as sugar. Objective: evaluating the effect of aspartame in kidneys of rats fetuses considering morpholmetric changes of glomeruli, proximal and distal convoluted tubules and, colleting duct. Material and Method: Fifteen pregnant Wistar rats weighting around 240gr divided into three groups: control group (n = 5), treated group with aspartame at room temperature (n = 5) and treated group with aspartame heated to 40C (n = 5). The treatment with aspartame occurred on the 9, 10 and 11 day of pregnancy. A dose of 14mg/Kg of body weight during organogenesis. In the 20th day of pregnancy, animals were sacrificed and the fetuses were fixed in Alfac solution and the kidneys included in paraffin, sectioned an stained with hematoxiline-eosine. A morphometric study used karyometry and stereology. Results: There were significant decreases in fetal weight in treated group with aspartame at room temperature (p=0,004) when compared with control group. The Karyometric have allowed evaluation modification of cell nuclei with significant variation in the glomeruli, proximal and distal convoluted tubules and, lower degree in the colleting ducts of treated fetuses. Stereological parameters showed an increase in the cellular volume and reduction in the numerical cellular density when the control and treated groups with aspartame heated to 40C are statistically compared. Conclusions: These results showed that use of aspartame produced alterations in every kidney structures suggesting nefrotoxicity. / Introdução: O aspartame é um edulcorante artificial amplamente usado em muitos produtos como alimentos e bebidas sendo 200 vezes mais doce que o açúcar. Objetivo: avaliar o efeito do aspartame em rins de fetos de ratas considerando as alterações morfométricas no glomérulo, túbulos contorcidos proximais e distais e ducto coletor. Material e Método: 15 ratas grávidas, pesando em média 240gr foram divididas em 3 grupos: grupo controle(n=5), grupo tratado com aspartame á temperatura ambiente(n=5) e, grupo tratado com aspartame aquecido á 40C (n=5). Os animais foram expostos ao aspartame nos 9°, 10° e 11° dias de prenhez. A dosagem é de 14 mg/kg de peso durante a organogênese. No 20 dia da prenhez, os animais foram mortos e os fetos fixados em solução Alfac, e os rins incluídos em parafina, cortados e estabilizados com hematoxilina-eosina. O método utilizado foi a morfometria pelas técnicas cariométrica e estereológica. Resultados: Houve diminuição significativa no peso dos fetos do grupo tratado com aspartame á temperatura ambiente (p=0,004) comparado com o grupo controle. A cariometria permitiu avaliar as modificações dos núcleos celulares, com variações significantes nos glomérulos, túbulos contorcidos proximais e distais e, em menor grau nos ductos coletores dos fetos tratados. Os parâmetros estereológicos mostraram um aumento no volume celular e redução na densidade numérica celular quando os grupos controle e tratado com aspartame aquecido a temperatura de 40C foram comparados estatisticamente. Conclusão: Estes resultados mostraram que o uso do aspartame produz alterações em todas as estruturas renais sugerindo nefrotoxicidade.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DAIANA MILENA BRONOSKI DE FREITAS.pdf: 2016794 bytes, checksum: 8e2142b92df2ebbcad8ab16140dd6d3b (MD5) Previous issue date: 2014-06-10 / The mesenchymal stem cells ( MSCs ) are a population of tissue -resident adult cells that have the capacity for self-renewal and differentiation into different cell types of mesenchymal origin with great potential for application in cell therapies. Thus the work proposed to obtain, expand and cultivation of MSCs from subcutaneous adipose tissue, visceral mesenteric and omental visceral taken from the same individual . The technique of mechanical dissociation was used, in order to investigate new sources for obtaining MSCs by this simple and cheap method. The samples were collected from patients undergoing bariatric surgery, between 30 to 45 years old, obese patients with associated diseases. Among 10 collected samples it was possible to measure cell viability from 4 patients. The tissue showed higher cell rate was the visceral tissue of omentum. In tests cryopreservation, the substance showed cryoprotectant capacity was 81% dimethylformamide at a concentration of 5% DMSO solution in a concentration of 5% 49% success was obtained. / As células-tronco mesenquimais (CTMs) são uma população residente em tecidos como medula óssea e tecido adiposo. Devido á baixa porcentagem destas células presentes em medula (0,01 – 0,001%), a fonte de maior utilização, se faz necessária à busca de novas fontes para utilização em terapia celular. Desta forma o trabalho propôs-se a obtenção, expansão, cultivo e criopreservação das CTMs a partir de tecido adiposo subcutâneo, visceral mesentérico e visceral de omento retirados de um mesmo indivíduo. Utilizou-se a técnica de dissociação mecânica, a fim de investigar novas fontes de obtenção de CTMs por essa metodologia simples e barata. As amostras foram coletadas de pacientes submetidos à cirurgia bariátrica, entre 30 a 45 anos, pacientes obesos e com doenças associadas. De 10 amostras coletadas foi possível o isolamento e expansão celular de 40% dos pacientes. O tecido que apresentou maior taxa celular foi o tecido visceral de omento. Nos ensaios de criopreservação, a substância que apresentou capacidade crioprotetora de 81% foi a Dimetilformamida em concentração de 5%, a solução de DMSO em concentração 5% obteve 49% de sucesso.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Larissa Glugoski.pdf: 3355270 bytes, checksum: c1790717a7cb103b4caf05eb10cb56cb (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / The Loricariidae family is the largest in the Siluriformes order, being comprised of eight subfamilies. One of these, the Loricariinae subfamily, shows great diversity in respect to the number of chromosomes and karyotype formula, varying in the diploid number (2n) from 36 to 74 chromosomes. This diverse range originated mainly from Robertsonian(Rb) rearrangements. Rineloricaria is the largest genre in the Loricariinae subfamily, its species ranging from 2n = 36 to 70 chromosomes. In spite of this, little is known about which kinds of repetitive DNA gave rise to the events of chromosome fusion or fission. Previous studies have revealed the presence of multiple 5S rDNA sites in specimens of Rineloricaria from the Paraná River Basin, associated to the Robertsonian fission/fusion events. The aim of this work was the molecular characterization of the fragile sites associated to the 5S rDNA, besides localizing in situ marker chromosomes in Rineloricaria latirostris from the Das Pedras River and R. latirostris from the Piumhi River (first described in this work), seeking to understand the 2n diversification in this group. Rineloricaria latirostris from the Pedras River exhibited 2n = 46 chromosomes, while those from the Piumhi River presented 2n = 48 chromosomes, and both had a fundamental number (FN) of 60. Fluorescence in situ hybridization (FISH) assays in R. latirostris from the Piumhi River revealed 2 chromosome pairs with 5S rDNA sites, pair 7 with 18S rDNA, and only terminal staining when subjected to a telomeric probe (TTAGGGn). The population of the Pedras river exhibited 5 pairs with 5S rDNA sites, the metacentric (m) pair 2 marked with 18S rDNA, TTAGGGn markers in the terminal regions of the chromosomes, and the presence of interstitial telomeric sites (ITS) in pairs m 1 and m 3. The latter, in synteny with 5S rDNA, is indicative of Robertsonian fusion events. The isolation, cloning and sequencing of the 5S rDNA revealed clones with high sequence identity to 5S rDNA from other species, in addition to the necessary regions for recognition and transcription by RNA polymerase III. One clone of ~700 bp exhibited a degenerated fragment of hAT transposon in its sequence. It was named degenerated 5S rDNA. The fluorescence in situ hybridization assay highlighted chromosomes with co-localized staining for 5S rDNA/hAT, 5S rDNA/degenerated 5S rDNA, and 5S rDNA/ITS (m 3 pair) in R. latirostris from das Pedras River. In R. latirostris from Piumhi River, there was no detection of degenerated 5S rDNA sites. These results allow us to infer the role of the hAT transposon in the dispersion of 5S rDNA sites in the population, since some studies have indicated a relation between 5S rDNA dispersion and transposons in fish. In conclusion, data obtained by this study indicate a possible association between the hAT and the dispersion of 5S rDNA sites and Robertsonian events in the studied population of R. latirostris. The presence of the 5S rDNA/degenerated 5S rDNA/ITS generates hotspots for chromosomal breakage, contributing to the large karyotype diversity found in Loricariidae. / A família Loricariidae é a mais numerosa dentro da ordem Siluriformes e abrange oito subfamílias. A subfamília Loricarinae apresenta uma grande diversidade no que diz respeito ao número de cromossomos e a fórmula cariotípica, com variação do número diploide (2n) de 36 a 74 cromossomos, sendo os rearranjos Robertsonianos (Rb) considerados os principais mecanismos para explicar esta variação cromossômica. Rineloricaria é o gênero mais numeroso de Loricariinae, com espécies apresentando 2n = 36 - 70 cromossomos. Contudo, pouco ainda se sabe sobre quais os tipos de DNAs repetitivos originaram os eventos de fissão e fusão cromossômica. Estudos anteriores revelaram a presença de sítios múltiplos de rDNA 5S em exemplares de Rineloricaria da bacia do Rio Paraná, associados aos eventos de fissão/fusão Robertsonianos. O objetivo deste trabalho foi a caracterização molecular de sítios frágeis associados ao rDNA 5S, além da localização in situ de marcadores cromossômicos em Rineloricaria latirostris do rio das Pedras e R. latirostris do rio Piumhi (pela primeira vez descrito neste trabalho), visando a compreensão da diversificação do 2n neste grupo. Rineloricaria latirostris do rio das Pedras apresentou 2n = 46 cromossomos, enquanto R. latirostris do rio Piumhi apresentou 2n = 48 cromossomos, ambos com número fundamental (NF) de 60. Ensaios de hibridação in situ fluorescente em R. latirostris do rio Piumhi revelaram 2 pares cromossômicos marcados com rDNA 5S, o par 7 marcado com rDNA 18S, além de apenas marcações terminais utilizando-se a sonda telomérica (TTAGGGn). A população do rio das Pedras apresentou 5 pares portadores de sítios de rDNA 5S, o par metacêntrico (m) 2 marcado com rDNA 18S, marcações de TTAGGGn nas regiões terminais dos cromossomos, além da presença de vestígios de sítios teloméricos intersticiais (interstitial telomeric sites - ITS) nos pares m 1 e m 3, sendo este último em sintenia com o rDNA 5S, indicativo de eventos de fusão Robertsoniana. O isolamento, clonagem e sequenciamento de fragmentos de rDNA 5S, revelaram clones apresentando alta identidade ao rDNA 5S de outras espécies, além das regiões necessárias para o reconhecimento e transcrição pela RNA polimerase III. Um dos clones de ~700 pb apresentou um fragmento do transposon hAT em sua sequência, já em intensa degeneração molecular, sendo denominado de rDNA 5S degenerado. A hibridação in situ fluorescente evidenciou cromossomos com marcações co-localizadas de rDNA 5S/hAT, rDNA 5S/rDNA 5S degenerado e rDNA 5S/ITS (no par m 3) em R. latirostris do rio da Pedras. Em R. latirostris do rio Piumhi, não foram detectados sítios com rDNA 5S degenerado. Estes resultados nos permitem inferir o papel do TE hAT na dispersão dos sítios de rDNA 5S na população estudada, visto que alguns estudos indicam haver uma relação entre a dispersão do rDNA 5S pelo genoma e TEs em peixes. Em conclusão, os dados obtidos neste estudo indicam uma possível associação entre o elemento hAT e a dispersão de sítios de rDNA 5S e eventos Robertsonianos presentes na população de R. latirostris estudada. A presença de rDNA 5S/rDNA 5S degenerado/ITS geram hotspots para as quebras cromossômicas, contribuindo assim para a ampla diversidade cariotípica encontrada em Loricariidae.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Michelle Orane Schemberger.pdf: 2128012 bytes, checksum: 6410629ac444b4a8a7f1f63731248268 (MD5) Previous issue date: 2009-09-28 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / In this study, the fraction of the heterochromatin of the Apareiodon sp. chromosome W was isolated by microdissection with subsequent amplification by DOP-PCR. The sequences obtained were used in the procedure of the fluorescence in situ hybridization in Parodontidae species chromosomes. This probe was named WAp. Then, with this marker and others available, the study presented a molecular cytogenetic analysis in Parodontidae species present in different Brazilian hydrographic basin. The species analyzed were: Apareiodon sp., A. ibitiensis, A. vladii, A. piracicabae, A. vittatus, A. affinis, P. hilarii, P. moreirai, P. nasus and P. pongoensis. The results reveal closeness of the location of 18S rDNA marker found in Parodon species compared to the sister group Anostomidae. Still, it has been viewed a high identity chromosome pair bearing the rDNA 5S sites in all Parodontidae studied. Mapping of repetitive DNAs WAp and pPh2004 by fluorescence in situ hybridization in chromosomes of some species of Parodontidae permitted deduce the origin and differentiation of sex chromosome system ZZ/ZW from a inversion allocating proximal region WAp sites of a chromosome metacentric pair. These results allowed inferring that the sex chromosome system multiple ZZ/ZW1W2 of A. affinis can originate from one system ZW similar to that found in ancient populations of species P. hilarii. Thus, this work contributes to the understanding of development and diversification of the genome of some species of Parodontidae, mainly to the comprehension of the origin and sex chromosome differentiation. / Neste estudo, a fra??o heterocrom?tica do cromossomo W de Apareiodon sp. foi isolado por microdissec??o com posterior amplifica??o por DOP-PCR. As seq??ncias obtidas foram utilizadas no procedimento de hibrida??o in situ fluorescente em cromossomos de esp?cies de Parodontidae. Esta sonda foi denominada WAp. Assim, de posse deste marcador e de outros j? dispon?veis o trabalho apresentou uma an?lise de citogen?tica molecular em exemplares da fam?lia presentes em diferentes bacias hidrogr?ficas brasileiras. Foram analisadas as esp?cies: Apareiodon sp., A. ibitiensis, A. vladii, A. piracicabae, A. vittatus, A. affinis, P. hilarii, P. moreirai, P. nasus e P. pongoensis. Os resultados evidenciaram a proximidade da localiza??o do marcador do rDNA 18S encontrado em esp?cies de Parodon em compara??o ao grupo irm?o Anostomidae. Ainda, foi visualizado um alta identidade do par cromoss?mico portador dos s?tios de rDNA 5S em todos Parodontidae estudados. Com o mapeamento dos DNAs repetitivos WAp e pPh2004 por hibrida??o in situ fluorescente nos cromossomos de algumas esp?cies de Parodontidae foram lan?adas hip?teses de origem e diferencia??o do sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW a partir de uma invers?o alocando s?tios WAp em regi?o proximal de um par cromoss?mico metac?ntrico. Esses resultados permitiram inferir tamb?m que o sistema de cromossomos sexuais m?ltiplos ZZ/ZW1W2 de A. affinis pode ter origem de um sistema ZW similar ao encontrado em popula??es ancestrais da esp?cie P. hilarii. Assim, este trabalho contribui para o entendimento da evolu??o e diversifica??o do genoma de algumas esp?cies de Parodontidae, principalmente para o esclarecimento da origem e diferencia??o dos cromossomos sexuais.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karin Cristina.pdf: 1779954 bytes, checksum: fa7540fc1601cdb177d071d632782f2e (MD5) Previous issue date: 2009-10-05 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Chemical fertilizers and pesticides have become an important part of modern agriculture. The use of these chemical brought great benefits but also created new problems, such as disposal after use, persistence over time and accumulation in the environment, resulting significant bad consequences to public health and adverse impact on ecosystems. Maize culture deserves attention because the large amount of herbicides used. Mesotrione is a new selective herbicide developed for use in maize culture. Due it has not been used for a long time, there is little information available on the ecotoxicological risk. Only two mesotrione-degrading strains, from soil and water, both the genus Bacillus, were isolated and identified. The aim of this study was to isolate and characterize endophytic and epiphytic bacterial strains collected from maize leaves, able to biodegrade the herbicide mesotrione. Samples were collected in maize planting variety Penta without treatment with mesotrione and maize planting variety DKB 234 treated with mesotrione, at Fazenda Escola Capão da Onça, Ponta Grossa, PR. The microorganisms were isolated and cultured in mineral medium supplemented with mesotrione as sole carbon source. Of the twenty samples were isolated 347 tolerant and/or mesotrione-degrading strains. These were selected in increasing concentrations of the herbicide and had their degradation capability evalueted by VIS spectrophotometry. Ten strains were able to grow in the presence of high concentrations of mesotrione. Of these, 9 strains (7 epiphytic and 2 endophytic) were isolated from maize variety Penta without treatment with mesotrione and only 1 epiphytic strain was isolated from maize variety DKB 234 treated with mesotrione. Five strains had the ability to degrade the herbicide confirmed. One strain was identified as Acinetobacter baumanii and other as Micrococcus luteus. Just M. luteus is an endophytic strain, the others are maize epiphytics. Four mesotrione-degrading strains were isolated from maize untreated with mesotrione, only one strain of Gram-negative bacilli non fermenter was isolated from maize treated with the herbicide. The growth in high concentration of the strains that didn’t have the mesotrione degradation capability detected by spectrophotometry indicates the possibility of these strains degrade this herbicide when in association with other microorganisms consortia in the environment. The real quantitative capability of mesotrione degradation by the strains recorded by spectrophotometry may be underestimated due to the accumulation of degradation products which have the same wavelength as the mesotrione. This study reports the first isolation and characterization of mesotrione degrading strains endophytic and epiphytic from maize. / Os adubos químicos e pesticidas tornaram-se parte integral da agricultura moderna. O emprego destas substâncias químicas trouxe grandes vantagens, mas também criou novos problemas, como a eliminação após o uso, a persistência ao longo do tempo e o acúmulo no ambiente, acarretando conseqüências adversas consideráveis à saúde pública e um impacto negativo nos ecossistemas. A cultura do milho merece atenção pela elevada quantidade de herbicidas usados. O mesotrione é um novo herbicida seletivo utilizado na cultura do milho. Devido sua introdução recente, há pouca informação referente ao risco ecotoxicológico do mesotrione e de seus produtos de degradação. Apenas duas linhagens bacterianas do gênero Bacillus, degradadoras do mesotrione, provenientes do solo e da água, já foram isoladas e identificadas. O objetivo deste estudo foi isolar e caracterizar linhagens bacterianas endofíticas e epifíticas, isoladas das folhas de milho, com capacidade de biodegradar o herbicida mesotrione. As coletas foram realizadas em plantação de milho variedade Penta sem tratamento com o herbicida mesotrione e em plantação de milho variedade DKB 234 com tratamento com o herbicida, na Fazenda Escola Capão da Onça, Ponta Grossa, PR. Os microrganismos foram isolados e cultivados em meio mineral com mesotrione como única fonte de carbono. Das vinte coletas foram isoladas 347 linhagens bacterianas tolerantes e/ou degradadoras. Estas foram selecionadas em concentrações crescentes do herbicida e tiveram sua capacidade de degradação investigada por espectrofotometria visível. Dez linhagens capazes de crescer na presença de altas concentrações do herbicida foram avaliadas. Destas, 9 linhagens (7 epifíticas e 2 endofíticas) foram isoladas de milho variedade Penta sem tratamento com o herbicida mesotrione e 1 foi isolada de milho variedade DKB 234 com tratamento com mesotrione. Cinco linhagens tiveram a capacidade de degradar o herbicida comprovada. Uma linhagem foi identificada como Acinetobacter baumannii e outra como Micrococcus luteus. Somente Micrococcus luteus é uma linhagem endofítica, sendo as demais epifíticas do milho. Quatro linhagens degradadoras foram isoladas de plantação de milho sem tratamento prévio com mesotrione; apenas uma linhagem de bacilo Gram-negativo não fermentador foi isolada de plantação sob tratamento com o herbicida. O crescimento, em alta concentração, das linhagens que não tiveram a capacidade de degradação do mesotrione detectada pela espectrofotometria indica a possibilidade destas linhagens participarem da degradação deste herbicida quando associadas com outros microrganismos em consórcios no ambiente. A capacidade quantitativa real de degradação do mesotrione pelas linhagens investigadas registrada pela espectrofotometria pode estar subestimada devido ao acúmulo dos produtos de degradação que possuem o mesmo comprimento de onda no espectro de absorção que a molécula de mesotrione. Este trabalho é o primeiro relato de isolamento de linhagens bacterianas degradadoras do herbicida mesotrione epifíticas e endofíticas de milho.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Simoni Marineia Braatz.pdf: 10395189 bytes, checksum: 4c6c59c43b05d7cdd5092ae73a0d7737 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Surinam cherry leaves are popularly used as an alternative treatment for diabetes mellitus. They are rich in phenolic compounds which have antioxidant properties. Besides, it is well known that reactive species influence in the progression of diabetes. The aim of this study was to evaluate the antioxidant, cytotoxic and cytoprotective activity of the crude leaf extracts of Eugenia uniflora L. and some major components of the extracts, quercetin (QE) and myricetin (MI); and the effect of these substances on the functionality of RINm5f cells. The methodologies performed were: Folin- Ciocalteau method, MTT reduction, DPPH method, hematoxylin-eosin stain, radioimmunoassay and Western Blot analyses. The total phenolic content obtained for the extracts was 440.27 g/mL and 37.83Yg/mL catechin equivalent/mg of aqueous extract (AE) and ethanol extract (EE), respectively. In the DPPH essay, the IC50 of AE was 321.50 g/mL, MI was 152.63 g/mL and QE was 110.278 g/mL. The EE didn’t show significant antioxidant activity. The AE and the EE are not cytotoxic in the concentrations between 12.5 - 75 g/mL and 31.25 - 500Yg/mL, respectively. QE and MI are not cytotoxic in the concentrations between 3.13 – .25 g/mL and 3.13 – 12.5 g/mL, respectively. Most of the compounds didn’t interfere in insulin secretion, except for EE, which increased at least 3 times insulin secretion and MI which decreased insulin secretion in its lower concentration tested. Hydrogen peroxide (H2O2) induced a reduction of 33% of cell viability in acute assay and 45% in chronic assay. The AE had a cytoprotective effect mainly in the chronic assay and in its higher concentrations. The EE had a similar effect only when chronically tested. QE showed a dose-dependent result (6.5 > 3.13 g/mL) in the acute assay and prevented 100% of the damage caused by H2O2 in the chronic assay. One possible cytoprotective mechanism for these compounds and extracts is the inhibition of the activation of NF-κB. Besides that, H2O2 altered intercellular adhesion with intense modification of cellular morphology. The cells presented a round shape, with the formation of folds in the membrane and reduction of cytoplasm basophily. Both extracts and isolated compounds also prevented changes in morphology caused by H2O2, suggesting prevention of lipid peroxidation. There was no variation in the expression of the proteins superoxide dismutase (SOD), Bax, disulfide isomerase (PDI) and GRP94 (glucoseregulated protein), however, the increased protein content of GRP78 was an indicative of reticular stress. These results are an evidence that Eugenia uniflora L. can be used as an alternative treatment for diabetes mellitus. / Folhas de pitanga são popularmente utilizadas no tratamento alternativo do diabetes mellitus. Portanto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a atividade antioxidante, citotóxica e citoprotetora dos extratos brutos das folhas de Eugenia uniflora L. e de compostos encontrados nos extratos: quercetina (QE) e miricetina (MI), além do efeito destes sobre a funcionalidade de células RINm5f. As metodologias utilizadas foram: Folin-Ciocalteau, redução do MTT, captura do DPPH, coloração por hematoxilina e eosina, radioimunoensaio e Western Blot. O conteúdo total de fenóis obtido nos extratos foi 440,27 g/mL e 37,83 g/mL equivalentes de catequina/mg de extrato aquoso (EA) e alcoólico (EE), respectivamente. No ensaio de captura do DPPH, o EA apresentou um IC50 de 321,50 g/mL, a MI de 152,63 g/mL e a QE de 110,278 g/mL. O EE não apresentou significativa atividade antioxidante. O EA e o EE não apresentaram citotoxicidade nas concentrações entre 12,5 - 75 g/mL e 31,25 - 500 g/mL, respectivamente. Já a QE e MI são mais citotóxicas, apresentando viabilidade celular superior a 90% entre 3,13 - 6,25 g/mL e 3,13 - 12,5 g/mL, respectivamente. Quanto à funcionalidade celular, o EA e a QE não interferiram na secreção de insulina. A MI causou redução na secreção de insulina na concentração de 3,13 g/mL enquanto o EE aumentou mais de 3 vezes a secreção deste hormônio. O peróxido de hidrogênio (H2O2) reduziu, em média, 33% da viabilidade das células no ensaio agudo e 45% no ensaio crônico. O EA promoveu citoproteção principalmente no ensaio crônico e nas maiores concentrações testadas. Já o EE apresentou citoproteção apenas quando incubado cronicamente. A QE apresentou resultado dose-dependente (6,5 > 3,13 g/mL) no ensaio agudo e preveniu 100% dos danos causados pelo H2O2 no ensaio crônico. Um possível mecanismo de ação relacionado com a proteção dos extratos e compostos isolados é o bloqueio da ativação do NF-κB pelo H2O2. Além disso, o H2O2 alterou a adesão intercelular com intensa modificação na morfologia destas. As células apresentaram formato mais arredondado, com formação de pregas na membrana e redução da basofilia citoplasmática. Os extratos e compostos isolados preveniram alterações na morfologia causadas por H2O2, sugerindo prevenção da peroxidação lipídica. Não houve variação na concentração protéica da superóxido dismutase (SOD), BAX, dissulfito isomerase (PDI) e GRP94 (proteína regulada por glicose), entretanto houve aumetno da concentração da proteína GRP78 indicando estresse reticular. Os resultados apresentados são um indicativo de que a E. uniflora L. possa ser usada no tratamento alternativo do diabetes mellitus.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Debora Kremer.pdf: 14046680 bytes, checksum: d4d54e7a64612cdc40e86b5171443c46 (MD5) Previous issue date: 2011-05-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Tillandsia L. is the largest genus of the subfamily Tillandsioideae (Bromeliaceae) with ca. 557 species. It is distributed from the southern U. S. A to central Argentina and Chile. Traditionally the genus has been divided into seven subgenera: Tillandsia subg. Allardtia (A. Dietrich) Baker, Tillandsia subg. Anoplophytum (Beer) Baker, Tillandsia subg. Phytarrhiza (Vis.) Baker, Tillandsia subg. Diaphoranthema (Beer) Baker, Tillandsia subg. Tillandsia L., Tillandsia subg. Pseudalcantarea Mez and Tillandsia subg. Pseudo-Catopsis Baker. The taxonomic study of the species Tillandsia in the Paraná state was presented. Were found 17 species in 4 subgenera:Tillandsia subg. Diaphoranthema -Tillandsia loliacea Mart. ex Schult. & Schult.f., Tillandsia recurvata (L.) L, Tillandsia tricholepis Baker and Tillandsia usneoides (L.) L.; Tillandsia subg. Anoplophytum -Tillandsia didisticha (E. Morren) Baker, Tillandsia gardneri Lindley, Tillandsia geminiflora Brong., Tillandsia lineares Vell., Tillandsia lorentziana Griseb.; Tillandsia pohliana Mez, Tillandsia recurvifolia Hooker, Tillandsia stricta Solander, Tillandsia tenuifolia L.; Tillandsia subg. Phytarrhiza - Tillandsia crocata (E. Morren) Baker, Tillandsia streptocarpa Baker; Tillandsia mallemontii Glazou ex Mez e Tillandsia subg. Tillandsia -Tillandsia polystachia (L.) L.. Identification Keys, as well as descriptions, illustrations, comments and distribuition patterns are presented. The results show that the Paraná has a high species richness when compared to neighboring states. Besides the taxonomic study, there were some evolutionary adaptations of species, fitting them in ecophysiological types proposed in the literature. Only T. polystachia presents wide rosette forming tank. The remaining species are characterized by the absence of the tank, the presence or absence of non-root in adulthood and four species were found to be minimized. / Tillandsia L. é o maior gênero da subfamília Tillandsioideae (Bromeliaceae) com 557 espécies, distribuídas desde o sul dos Estados Unidos até a Argentina e o Chile. Tradicionalmente, está dividido em sete subgêneros: Tillandsia subg. Allardtia (A. Dietrich) Baker, Tillandsia subg. Anoplophytum (Beer) Baker, Tillandsia subg. Phytarrhiza (Vis.) Baker, Tillandsia subg. Diaphoranthema (Beer) Baker, Tillandsia subg. Tillandsia L., Tillandsia subg. Pseudalcantarea Mez e Tillandsia subg. Pseudo- Catopsis Baker. Um estudo taxonômico de Tillandsia no Estado do Paraná foi realizado e foram encontrados 17 táxons, distribuídos em 4 subgêneros: Tillandsia subg. Diaphoranthema -Tillandsia loliacea Mart. ex Schult. & Schult.f., Tillandsia recurvata (L.) L, Tillandsia tricholepis Baker e Tillandsia usneoides (L.) L.; Tillandsia subg. Anoplophytum - Tillandsia didisticha (E. Morren) Baker, Tillandsia gardneri Lindley, Tillandsia geminiflora Brong., Tillandsia lineares Vell., Tillandsia lorentziana Griseb.; Tillandsia pohliana Mez, Tillandsia recurvifolia Hooker, Tillandsia stricta Solander, Tillandsia tenuifolia L.; Tillandsia subg. Phytarrhiza - Tillandsia crocata (E. Morren) Baker, Tillandsia streptocarpa Baker; Tillandsia mallemontii Glazou ex Mez e Tillandsia subg. Tillandsia – com apenas uma espécie Tillandsia polystachia (L.) L.. São apresentadas chaves de identificação, descrições, comentários,ilustrações e distribuição geográfica de cada táxon. Os resultados revelaram que a riqueza de espécies de Tillandsia no Paraná é maior quando comparada aos Estados vizinhos. Além do estudo taxonômico, foram observadas algumas adaptações evolutivas das espécies, enquadrando-as nos tipos ecofisiológicos propostos em literatura. Apenas T. polystachia apresenta roseta ampla formando tanque. As demais espécies são caracterizadas pela ausência de tanque, a presença ou não de raiz na fase adulta e quatro delas, foram consideradas espécies minimizadas.