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Método de detecção de massas em mamas densas usando análise de componentes independentes / Method for Detection Masses in Dense Breast using Independent Component AnalysisSILVA, Luis Claudio de Oliveira 27 July 2017 (has links)
Submitted by Rosivalda Pereira (mrs.pereira@ufma.br) on 2017-09-04T18:08:18Z
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Previous issue date: 2017-07-27 / Breast cancer is the second type of cancer that most a ects women in the world, losing
only for non melanoma skin cancer. Breast density can hinder the location of masses,
especially in early stages. In this work, the use of independent component analysis for
detecting and segmentation lesions in dense breasts is proposed. Several works suggests
the use of computer aided diagnosis, increasing sensitivity to over 90% in detecting cancer
in non dense breasts, however there are few published studies about detecting in dense
breasts. To analyse its e ciency in relation to other segmentation techniques, we compare
the performance with principal component analysis. To measure the quality of the segmentation
obtained by the two methods, a area overlay measure will be used. To verify if
there was any di erence between the results of the proposed methods in the detection of
lesions in nondense breasts and in dense breasts, a statistic test for two proportions was
used. Experimental results on the Mini-MIAS and DDSM database showed an accuracy
of 92.71% in detecting masses in nondense and 79.17% in dense breasts. All experiments
showed that the ICA lters have a better performance for detect lesions in dense breast,
compared with PCA. Contrary to previous works, our experiments showed that there is
actually a signi cant di erence between the detection of masses in dense and nondense
breasts. This study can help specialist to detect lesions in dense breast. / O câncer de mama é o segundo tipo de câncer que mais afeta mulheres no mundo, perdendo
apenas para o câncer de pele não melanoma. A densidade da mama pode di cultar a localização
de massas, especialmente em estágios iniciais. Neste trabalho, propõe-se o uso de
análise de componentes independentes para detectar e segmentar lesões em mamas densas.
Vários trabalhos sugerem o uso do diagnóstico auxiliado por computador, aumentando a
sensibilidade para acima de 90% na detecção de câncer em mamas não densas, no entanto,
existem poucos estudos publicados sobre a detecção em mamas densas. Para analisar a
e ciência do método proposto em relação a outras técnicas de segmentação, comparamos
o desempenho com a análise de componentes principais. Para medir a qualidade da segmentação
obtida pelos dois métodos, será utilizada uma medida de sobreposição de área.
Para veri car se houve diferença entre os resultados dos métodos propostos na detecção de
lesões em mamas não densas e nas mamas densas, foi utilizado um teste estatístico para
duas proporções. Os resultados experimentais usando os bancos de dados Mini-MIAS e
DDSM mostraram uma acurácia de 92,71% na detecção de massas em mamas não densas
e 79,17% em mamas densas. Todas as experiências mostraram que os ltros de ICA usados
têm um melhor desempenho para detectar lesões em mamas densas, em comparação
com PCA. Contrariamente aos trabalhos anteriores, nossos experimentos mostraram que
existe realmente uma diferença signi cativa entre a detecção de massas em mamas densas
e não densas. Este estudo pode ajudar o especialista a detectar lesões em mamas densas
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Análise da expressão de miRNAs em carcinoma hepatocelular / Expression analysis of miRNAs in hepatocellular carcinomaSANTOS, Ian Barroso dos 11 February 2014 (has links)
Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-07-03T12:10:28Z
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Previous issue date: 2014 / O carcinoma hepatocelular corresponde à neoplasia maligna primária mais comum do fígado e ao quinto tumor sólido mais frequente no mundo. Altamente letal, permanece como um grave problema de saúde pública em virtude das dificuldades no diagnóstico precoce e na elaboração de medidas terapêuticas efetivas. Estudos recentes no ramo da biologia molecular sugerem que o perfil de miRNAs no carcinoma hepatocelular pode influir consideravelmente na identificação de fatores de riscos associados a oncogenes ou genes supressores. Objetivou-se avaliar a expressão de miRNA 135b, miRNA 181a-5p e miRNA 181a-3p em amostras de Carcinoma Hepatocelular e de Hepatite C Crônica e correlacioná-las de maneira a buscar prováveis biomarcadores relacionados ao mecanismo de carcinogenese. A investigação foi feita em seis pacientes com carcinoma hepatocelular e vinte e quatro casos de Hepatite C Crônica, procedentes do Pará, Norte do Brasil. Todas as amostras de Carcinoma Hepatocelular foram submetidas à microdissecção, para posterior extração do RNA. Para a extração do RNA total e do microRNA foi utilizado o kit AllPrep DNA/RNA FFPE Kit (Qiagen), quantificados pelo equipamento Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen) para concentração padrão final de 5ng/μL. Em seguida cDNA foi obtido, utilizando-se TaqMan® MicroRNA Reverse Transcription(AppliedBiosystems). As análises estatísticas foram realizadas nos softwares SPSS 17.0, usando o teste de Mann-Whitney, considerando como significantes valores de p<0,05. Os resultados demonstraram diferenças significativas dos níveis de expressão do miR181a-3p e do miR181a-5p no carcinoma hepatocelular (médias 3,94 e 17,9, respectivamente) em relação à hepatite C crônica (médias de 1,18 e 1,8, respectivamente) com P valor de 0,005 e 0,003. Nesse estudo, observou-se que os miRNAs 181a-3p e 181a-5p, especialmente o 181a-5p, foram significativamente mais expressos nas amostras de carcinoma hepatocelular, quando comparados ao tecido hepático não tumoral com hepatite C crônica. Portanto, os microRNAs possuem características interessantes que os favorecem como possíveis marcadores biológicos no rastreamento de tumores para diagnóstico precoce e terapias alvo selecionadas. / Hepatocellular carcinoma represents the most common primary malignancy of the liver and the fifth most common solid tumor worldwide. Highly lethal, remais a serious public health problem because of difficulties in early diagnosis and the development of effective therapeutic measures. Recent in the field of molecular biology studies suggest that define the profile of miRNAs in hepatocellular carcinoma may considerably influence the identification of risk factors associated with oncogenes and suppressor genes. The objective is to evaluate the expression of miRNA 135b, miRNA 181a-5p and miRNA 181a-3p in samples of Hepatocellular Carcinoma and Chronic Hepatitis C and correlate them so likely to seek biomarkers related to the mechanism of carcinogenesis. The research was done in six patients with hepatocellular carcinoma and twenty four cases of Chronic Hepatitis C, Para, northen Brazil. All samples Hepatocellular carcinoma underwent microdissection for subsequent RNA extraction. For the extraction of total RNA and microRNA All=Prep the DNA / RNA FFPE kit (quiagem), quantified by the Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen) for final concentration of 5ng/μL standard equipment was used. The cDNA was obtained using TaqMan® MicroRNA Reverse Transcription (Applied Biosystems). Statistical analyzes were performed in softwares SPSS 17.0, using the Mann-Whitney test, with significat differences in the expression levels of the miR181a-3p and miR 181a-5p in hepatocellular carcinoma (average 3.94 and 17.9, respectively) compared with chronic hepatitis C (average 1.18 to 1.8, respectively) with P-value of 0.005 and 0.003. In this study, it was observed that miRNAs 181a-3p and 181a-5p, especially the 181a-5p way were significantly more highly expressed in hepatocellular carcinoma samples when compared to non-tumor liver tissue with chronic hepatitis C. Therefore, microRNAs have interesting characteristics that favor them as possible in biological screening for early diagnosis of tumors and targeted therapies selected markers.
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Farmacogenômica das fluoropirimidinas no tratamento oncológico personalizadoFERNANDES, Marianne Rodrigues 29 December 2016 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-01T11:39:24Z
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Previous issue date: 2016-12-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Nas últimas décadas, o câncer se tornou um evidente problema de saúde pública mundial. O esquema terapêutico com base em Fluoropirimidinas tem sido a conduta quimioterápica mais utilizada em todo o mundo em vários tipos de tumores sólidos, incluindo câncer gástrico e colorrectal. Do total de pacientes tratados com 5-Fluorouracil (5-FU), de 10-40% apresentam toxicidades severas, em geral estes casos resultam em hospitalizações prolongadas e onerosas. O principio da medicina personalizada consiste em estudar as respostas a medicamentos baseados na informação genômica individual. O elevado grau de miscigenação é um desafio para a implementação mundial da medicina personalizada na prática clínica. Poucos estudos na literatura especializada relataram a influência de marcadores farmacogenômicos em populações miscigenadas como a população brasileira. O objetivo deste estudo foi investigar a variabilidade farmacogenômica de diferentes biomarcadores em farmacogenes envolvidos na via de metabolismo das Fluoropirimidinas em pacientes com câncer gástrico ou câncer colorrectal, subestuturados de acordo com a resposta e toxicidade ao tratamento. Para a realização da investigação utilizamos 216 pacientes com câncer colorretal ou gástrico que receberam tratamento quimioterápico a base de 5-FU. Foram investigados 33 polimorfismos genéticos em 17 farmacogenes (ABCB1, ABCC2; ABCC4; ABCG2, CYP2A6, DPYD, FPSG, ITGB5, MTHFR, SLC22A7, SLC29A1, TP53, TYMS, UMPS, GGH, RRM1, TYMP) envolvidos na via de metabolizacão das fluoropirimidinas. Nossos resultados demonstraram que 77.3% dos pacientes apresentaram algum tipo de toxicidade relacionada ao tratamento com 5-FU e destes, 22% apresentaram toxicidades severas classificadas em grau 3 e 4. O óbito ocorreu em 23 pacientes, onde três casos foram relacionados à toxicidade e quatro casos com a progressão tumoral e toxicidade quimioterápica. O subestruturamento populacional não foi influente nos resultados de associação para os polimorfismos farmacogenéticos com o uso de 5-FU. O gene FPGS (rs4451422) mostrou-se significativo em associação com a toxicidade geral (p=0,0052; OR 0,32) e com eventos de toxicidades (p=0,0004; OR 0,22). O gene ABCC4 (rs148551) apresentou associação significativa para a resposta clínica (p=0,0056; OR 0,28). O gene SLC29A1 (rs760370) demonstrouse significativo para toxicidades de grau 3 e 4 (p=0,0033; OR 4,73). Em conclusão, devido ao elevado grau de miscigenação da população brasileira, e particularmente do Norte do Brasil, os dados gerados de farmacogenômica do 5- FU são particularmente únicos se comparados com as populações homogêneas investigadas ate o presente. Os genes ABCC4, FPGS e SLC29A1 demonstraram ser importantes biomarcadores preditivos para a medicina personalizada da terapia com uso de 5-FU. / Recently, cancer has become an obvious public health problem worldwide. The Fluoropyrimidine-based regimen has been the most widely used chemotherapy regimen worldwide in several types of solid tumors, including gastric and colorectal cancer. Of the total number of patients treated with 5-Fluorouracil (5-FU), 10-40% have severe toxicities, which usually result in prolonged and costly hospitalizations. The principle of personalized medicine is to study responses to medications based on individual genomic information. The high degree of miscegenation is a challenge for the worldwide implementation of personalized medicine in clinical practice. Many studies in the specialized literature have reported the influence of pharmacogenomic markers in mixed populations such as the Brazilian population. The aim of this study was to investigate the pharmacogenomic variability of different biomarkers in pharmacogenes involved in the metabolism pathway of Fluoropyrimidines in patients with gastric cancer or colorectal cancer, which are sub-strutured according to response and toxicity to treatment. To perform the research we used 216 patients with colorectal or gastric cancer who received 5-FU chemotherapy treatment. We investigated 33 genetic polymorphisms in 17 pharmacogens (ABCB1, ABCC2, ABCC4, ABCG2, CYP2A6, DPYD, FPSG, ITGB5, MTHFR, SLC22A7, SLC29A1, TP53, TYMS, UMPS, GGH, RRM1, TYMP) involved in the metabolism pathway of fluoropyrimidines. Our results showed that 77.3% of the patients presented some type of toxicity related to 5-FU treatment, of which 22% presented severe toxicities classified in grade 3 and 4. Death occurred in 23 patients, where three cases were related to toxicity and four cases with tumor progression and chemotherapeutic toxicity. Population substructuration was not influential in the association results for pharmacogenetic polymorphisms with the use of 5-FU. The FPGS gene (rs4451422) was shown to be significant in association with overall toxicity (p = 0.0052; OR 0.32) and toxicity events (p = 0.0004; OR 0.22). The ABCC4 gene (rs148551) had a significant association with the clinical response (p = 0.0056; OR 0.28). The SLC29A1 gene (rs760370) was shown to be significant for grade 3 and 4 toxicities (p = 0.0033; OR 4.73). In conclusion, due to the high degree of miscegenation in the Brazilian population, and particularly in the North of Brazil, the generated 5-FU pharmacogenomics data are particularly unique when compared to the homogenous populations investigated to date. The ABCC4, FPGS and SLC29A1 genes have been shown to be important biomarkers predictive of personalized medicine therapy using 5-FU.
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Avaliação da integridade genômica mitocondrial em gliomas de alto e baixo grau na população paraenseCOSTA JÚNIOR, Carlos Antonio da 14 December 2016 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-07T13:32:58Z
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Previous issue date: 2016-12-14 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer se caracteriza pela a rápida proliferação de células anormais que crescem além dos seus limites habituais, podendo invadir partes adjacentes ou à distância. O câncer do SNC representa 2% de todas as neoplasias no mundo, sendo ligeiramente mais alta em homens que em mulheres. As mitocôndrias, responsáveis pela produção da maior parte do ATP celular através da oxidação fosforilativa (OXPHOS), pode também atuar através da glicólise com a mesma finalidade, não necessitando exclusivamente de oxigênio. Esta opção é característica das células cancerosas, conhecida como efeito Warburg. Uma hipótese para explicar essa alteração metabólica pode estar relacionada aos defeitos no DNA mitocondrial (mtDNA) causados pela OXPHOS, onde essas mutações podem induzir as células cancerosas à glicólise. Foram analisadas oito regiões do mtDNA (D-LOOP, ND1, ND3, CO I, CO II, CO III, ATPase 6 e ATPase 8) em tecidos neoplásicos de pacientes acometidos por câncer de células da glia na população paraense, relacionando os dados obtidos com as características clínicas e patológicas dos pacientes. Dentre as alterações encontradas, as do complexo I parecer ser determinantes para a progressão dos tumores de alto grau, assim como, as alterações indel parecem comprometer estruturas importantes para a OXPHOS. As deleções 4977 pb, quando associadas a outras alterações no ND1/ND3 ou a heteroplasmias, sugerem mau prognostico, porém, parecem ter uma redução no risco quando as alterações nos ND1 e ND3 são simultâneas. / Cancer is characterized by fast abnormal cells proliferation which grow beyond their normal limits and may invade adjacent or distant tissue. Cancer CNS represents 2% of all cancers in the world, being slightly higher in men than in women. Mitochondria are responsible for producing most of the cellular ATP by oxidative phosphorylation (OXPHOS), may also act through glycolysis for same purpose, not requiring only oxygen. This option is a particular cancer cell property, also known as the Warburg effect. One hypothesis to explain this metabolic change may be related to mitochondrial DNA (mtDNA) defects caused by OXPHOS where these mutations can lead cancer cells to glycolysis. Eight mtDNA regions (D-LOOP, ND1, ND3, CO I, CO II CO III, ATPase 6 and ATPase 8) were analyzed in patients’ neoplastic tissues with glial cell cancer in Pará population, relating the data with the pathological and clinical characteristics of the patients. Among the changes found, the complex I seem to be decisive for the progression of high-grade tumors, as well as changes indel seem compromising important structures for OXPHOS. Deletions 4977 bp, when combined with other changes in ND1 / ND3 or heteroplasmias suggest poor prognosis, however, seem to have a reduced risk when changes in ND1 and ND3 are simultaneous.
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Soroprevalência da infecção pelo vírus linfotrópico de células T humanas em portadores de doenças linfoproliferativas atendidos no Hospital Ophir Loyola, Belém, ParáBARBOSA, Sheyla Fernanda da Costa 25 May 2012 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-04T13:48:52Z
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Previous issue date: 2012-05-25 / Cerca de 20% da incidência mundial de câncer em humanos é atribuída à infecção por vírus chamados de oncovírus, dentre estes, destaca-se o Vírus Linfotrópico de Células T Humanas tipo 1 (HTLV-1). Este vírus está associado a várias patologias, entre as mais estudadas estão a Paraparesia Espástica Tropical Mielopatia Associada ao HTLV (PET/MAH) e a Leucemia Linfoma de Células T do Adulto (LLTA). O HTLV-1 é endêmico em várias regiões do mundo, com maior concentração de casos no sul do Japão, enquanto o HTLV-2 tem sido encontrado em maior frequência entre usuários de drogas endovenosas nos Estados Unidos e na Europa, e entre populações nativas das Américas. No Brasil, o HTLV 1 encontra-se distribuído por todo o território nacional. O objetivo desta pesquisa foi determinar soroprevalência da infecção pelo Vírus Linfotrópico de Células T Humanas em portadores de Doenças Linfoproliferativas atendidos no Hospital Ophir Loyola, Belém, Pará. A população deste estudo foi composta por 364 pacientes com diagnóstico de doença linfoproliferativa (Linfoma de Hodking, Linfoma não Hodking e Leucemias Linfóides Crônicas e Agudas), atendidos no período de janeiro de 2005 a dezembro de 2011. Utilizou-se o teste de ELISA para o exame sorológico e confirmou-se um caso pela técnica de PCR. A soroprevalência da infecção pelo HTLV nesta população foi de 3,17%, o estudo molecular de um caso mostrou tratar-se da infecção pelo HTLV tipo 1. Todos os indivíduos soro-reagentes foram diagnosticados como Linfoma não Hodgkin de células T (p=0.0021). Entre estes, a manifestação inicial da doença ocorreu após os 30 anos de idade, a média de idade foi de 43,75 anos e a maioria eram mulheres. Conclui-se que a prevalência de HTLV no grupo estudado está de acordo com os estudos sobre infecção por HTLV entre leucemias e linfomas. / About 20% of the worldwide incidence of cancer in humans is attributed to infection by viruses called oncovirus, among them stands out Lymphotropic Virus Human T type 1 (HTLV-1). This virus is associated with several pathologies, among the most studied are paraparesis Tropical Spastic Associated Myelopathy HTLV (HAM / TSP) and the Leukemia Lymphoma, Adult T Cells (ATLL). The HTLV-1 is endemic in many regions of the world, with the highest concentration of cases in southern Japan, while HTLV-2 has been found in greater frequency among intravenous drug users in the United States and Europe, and among native populations of Americas. In Brazil, HTLV 1 is distributed throughout the national territory. The objective of this research was to determine seroprevalence for T-Lymphotropic Virus Human Lymphoproliferative Disease in patients treated at Ophir Loyola Hospital, Belém, Pará The study population consisted of 364 patients diagnosed with lymphoproliferative disease (Hodgkin's lymphoma, Hodgkin lymphoma and non Leukemias Acute and Chronic Lymphoid), treated between January 2005 and December 2011. We used the ELISA test for serological examination and a case was confirmed by PCR. The seroprevalence of HTLV infection in this population was 3.17%, the molecular study of a case showed that it was of HTLV type 1. All serum-reactive individuals were diagnosed as non-Hodgkin lymphoma T cells (p = 0.0021). Among these, the initial manifestation of the disease occurred after the age of 30, the average age was 43.75 years and the majority were women. It is concluded that the prevalence of HTLV in the group studied is consistent with studies of HTLV between leukemias and lymphomas.
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Avaliação do polimorfismo INDEL no gene TYMS em associação a resposta quanto ao uso de fluoropirimidinas em pacientes portadores de neoplasias do trato gastrointestinal / Pharmacogenetic studies can provide a personalized therapy toxicity reducing mortality and improving therapeutic efficacy, thereby providing a cancer therapy with better clinical resultsCOSTA, Danielle Feio da 26 February 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014 / Introdução: O câncer consiste em um problema de saúde publica mundial, com estimativa de 27 milhões de casos novos e 17 milhões de mortes por câncer no ano de 2030. No Brasil, as estimativas para o câncer no ano de 2014, apontam a ocorrência de aproximadamente 580 mil casos novos. As fluoropirimidinas são usadas nos principais esquemas quimioterápicos direcionados a tumores do trato gastrointestinal. Nos últimos anos muito se tem investigado sobre causas de respostas individuais diferenciadas em relação ao tratamento quimioterápico; dessa forma têm-se buscado uma terapia individualizada que possa maximizar a eficácia dos medicamentos e minimizar os efeitos adversos associados aos fármacos. Objetivamos buscar a associação do INDEL (rs16430) do gene TYMS com o padrão de resposta ao tratamento oncológico de fármacos com base em fluoropirimidinas, de maneira a contribuir para o desenvolvimento da medicina personalizada. Material: Estudadas 151 amostras de sangue periférico de pacientes oncológicos tratados com fluoropirimidinas, da população da região amazônica brasileira com elevado grau de mistura interétinica. Foi genotipado um polimorfismo INDEL (rs16430) no gene TYMS envolvido na resposta ao tratamento com uso de fluoropirimidinas. Resultados: A investigação relatou que a maioria dos pacientes tinha doença avançada no momento do diagnóstico; 32,7% receberam tratamento com intenção paliativa; e 22,8% tratamento neoadjuvante. Nossos resultados evidenciam que o polimorfismo INDEL no gene TYMS demonstrou ter um efeito de proteção à progressão tumoral (p=0,033). Pacientes tratados com fluoropirimidinas que eram homozigotos selvagens (INS/INS) apresentaram uma proteção à progressão tumoral de 24% comparado com outros genótipos desse polimorfismo. As estimativas de ancestralidade genômica global da amostra investigada foram: 62,4% europeia; 25,2% nativo americana e 12,4% africana. Foi possível estabelecer uma correlação inversa entre o aumento da ancestralidade ameríndia e a presença de metástase (p=0,024). Conclusão: Estudos farmacogenéticos podem proporcionar uma terapia personalizada reduzindo mortalidade por toxicidades e aumentando a eficácia terapêutica, desta forma proporcionando um tratamento oncológico com melhores resultados clínicos. / Cancer is a public health problem worldwide, with an estimated of 27 million new cases and 17 million cancer deaths in 2030. In Brazil, estimates for cancer in 2014, indicate the occurrence of approximately 580 000 new cases. Fluoropyrimidines are used in the main chemotherapy regimens targeted to tumors of the gastrointestinal tract. Recently, much has been investigated on causes of different individual responses to chemotherapy.Thus, it has been sought an individualized therapy that can maximize drug efficacy and minimize adverse effects associated with drugs. We aimed to seek the association of an INDEL polymorphism (rs16430) in TYMS gene with the pattern of response to chemotherapy drugs based on fluoropyrimidines, in order to contribute to the development of personalized medicine. We studied 151 samples of cancer patients treated with fluoropyrimidine, from a population of the Brazilian Amazon region with high interethnic admixture. An INDEL polymorphism (rs16430) was genotyped in TYMS gene that is involved in the response to treatment using fluoropyrimidines. The research reported that most patients had advanced disease at diagnosis, of which 32.7% were treated with palliative intent, and 22.8% neoadjuvant treatment. Our results show that the INDEL polymorphism in the TYMS gene appears to have a protective effect on tumor progression (p = 0.033). Patients treated with fluoropyrimidine who were wild homozygous (INS / INS) had a 24% protection to tumor progression compared to other genotypes of this polymorphism. Estimates of global genetic ancestry of the sample investigated were: 62.4% European, 25.2% Amerindian and 12.4% African. It was possible to establish an inverse correlation between the increase of Amerindian ancestry and metastasis (p = 0.024). Pharmacogenetic studies can provide a personalized therapy toxicity reducing mortality and improving therapeutic efficacy, thereby providing a cancer therapy with better clinical results.
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Análise imunohistoquímica da ADAMTS-1 e proteoglicanos no ameloblastoma e no tumor odontogênico cístico calcificante / Immunohistochemistry analysis of ADAMTS-1 and proteoglycans in ameloblastoma and calcifying odontogenic tumorSOUZA NETO, Osvaldo Rodrigues de 30 June 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O ameloblastoma e o tumor odontogênico cístico calcificante (TOCC) são tumores
odontogênicos que tem origem do epitélio odontogênico, porém ainda não é
conhecido o estímulo ou gatilho que leva à transformação neoplásica desses
tumores. O comportamento biológico das lesões é distinto, pois o ameloblastoma é
um tumor mais agressivo e com taxa de recorrência significativa. Já o TOCC é um
tumor menos agressivo e raramente há recorrência e por esse motivo foi utilizado
como controle no estudo. Portanto, a elucidação completa dos mecanismos pelos
quais esses tumores odontogênicos apresentam tais comportamentos biológicos continua sendo um desafio para os pesquisadores. As c (A Disintegrin and Metalloproteinase with ThromboSpondin) são metaloendopeptidases que são dependentes de zinco em seu domínio catalítico. Essas enzimas possuem ampla
atividade catalítica contra uma variedade de substratos como os proteoglicanos
(agrecan, brevican e versican), que são proteínas presente na matriz extracelular
(MEC). As ADAMTS exibem características estruturais que lhes conferem um grande
potencial para exibir múltiplas funções. Exibem função crucial em vários processos
como proliferação, adesão, invasão e sinalização celular. As alterações nessas
enzimas estão presentes em diversos tumores, o que sugere que estas proteínas
podem estar envolvidas no processo carcinogênico em diferentes caminhos.
Especificamente a ADAMTS-1 tem sido correlacionada com a tumorigênese de
algumas neoplasias como no câncer de mama, pulmão e pâncreas. Assim como a
ADAMTS, agrecan, brevican e versican são expressos em vários tumores e a
regulação alterada desses proteoglicanos pode contribuir para o desenvolvimento da
carcinogênese. Neste trabalho foram estudadas ADAMTS-1, agrecan, brevican e
versican no ameloblastoma e TOCC. Foram incluídos 20 casos de ameloblastoma e
6 casos de TOCC, utilizados como controle. A expressão de ADAMTS-1, agrecan,
brevican e versican foi avaliada por imunohistoquímica e as áreas de marcação
foram mensuradas e analisadas. Para análise de correlação entre as proteínas
estudadas utilizou-se o teste de Spearman. Todas as amostras de ameloblastoma
expressaram ADAMTS-1, agrecan, brevican e versican. Todas as amostras de
TOCC também expressaram as mesmas proteínas, porém numa quantidade
significativamente menor que no ameloblastoma. A diferença de expressão de
ADAMTS-1 e brevican no epitélio do ameloblastoma e do TOCC foi significante
estatisticamente (p<0,0105). Assim como a expressão de agrecan e versican, no
epitélio do ameloblastoma e do TOCC, também foi estatisticamente significante
(p<0,0067) e (p<0,0148), respectivamente. Não houve correlação entre as proteínas
estudadas. / Ameloblastoma and calcifying cystic odontogenic tumor (CCOT) are odontogenic
tumors with origin odontogenic epithelium, but it is not yet known stimulus or trigger
that lead to neoplastic transformation of tumors. The biological behavior of the
lesions is distinct because the ameloblastoma is more aggressive and significant rate
of tumor recurrence. CCOT is a less aggressive tumor and recurrence rarely there
and therefore was used as a control in the study. Therefore, the complete elucidation
of the mechanisms by which these odontogenic tumors show such biological
behavior remains a challenge for researchers. The ADAMTS (A Disintegrin and
Metalloproteinase with thrombospondin) are metalloendopeptidases who are
dependent on zinc in its catalytic domain. These enzymes have catalytic activity
against a broad range of substrates including proteoglycans (aggrecan, brevican and
versican), which are proteins present in the extracellular matrix (ECM). The ADAMTS
exhibit structural features that confer great potential to display multiple functions.
Exhibit crucial role in various processes such as proliferation, adhesion, invasion and
cell signaling. Changes to these enzymes are present in various tumors, suggesting
that these proteins may be involved in the carcinogenic process in different ways.
Specifically, ADAMTS-1 has been correlated with tumorigenesis of some cancers
such as in breast, lung and pancreatic cancer. Like ADAMTS, aggrecan, versican
and brevican are expressed in various tumors and altered regulation of
proteoglycans may contribute to the development of carcinogenesis. In this work
ADAMTS-1, aggrecan, brevican and versican in ameloblastoma and CCOT were
studied, 20 cases of ameloblastoma and 6 cases of TOCC, used as controls were
included. We evaluated the expression of ADAMTS-1, aggrecan, brevican and
versican by immunohistochemical study and the marking areas were measured and
analyzed. To correlation analysis between the studied proteins used the Spearman
test. All samples of ameloblastoma expressed ADAMTS-1, aggrecan, brevican and
versican. All samples TOCC also expressed the same proteins, but in significantly
less than the amount ameloblastoma. The difference in expression of ADAMTS-1
and brevican in the epithelium of ameloblastoma and of TOCC was statistically
significant (p<0.0105). As the expression of aggrecan and versican, between
ameloblastoma and TOCC, in the epithelium was also statistically significant
(p<0.0067) and (p<0.0148), respectively. There was no correlation between the
proteins studied.
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Associação do perfil de acetilação lenta do gene NAT2 na susceptibilidade ao câncer, na Região Norte do Brasil / The acetylation profile association of NAT2 gene to cancer susceptibility, in Northenr BrazilFERNANDES, Marianne Rodrigues 10 April 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivos: O gene N-acetiltransferase 2 (NAT2) é um marcador para o estudo da susceptibilidade interindividual ao desenvolvimento de neoplasias malignas, visto que a enzima NAT2 participa da metabolização de agentes carcinogênicos e os polimorfismos de base única (SNP) do seu gene produzem enzimas com diferentes atividades, levando a acetilação lenta ou rápida de xenobióticos. O objetivo do presente estudo foi verificar uma possível associação entre os SNPS do gene NAT2 e a susceptibilidade ao acometimento de Adenocarcinoma gástrico ou Carcinoma ductal invasivo da mama em pacientes da região norte do Brasil. Material e Métodos: Os cinco polimorfismos de grande importância para a determinação do perfil de metabolização da enzima NAT2 (C282T, T341 C, C481 T, A803G e G857A) foram investigados por sequenciamento direto de 986 pares de bases, amplificados em duas reações de PCR, no total de 133 pacientes com câncer (63 com Câncer Gástrico e 70 com Câncer de Mama) e 89 indivíduos Controles. Para evitar interpretações espúrias decorrentes do subestruturamento populacional, empregamos um painel de 48 marcadores informativos de ancestralidade (IAM). Resultados: Encontramos diferenças estatísticas para a contribuição parental Africana e Européia, quando comparadas entre os grupos com Câncer e Controles, uma contribuição maior do grupo Africano foi detectada no grupo de estudo com câncer e, no grupo controle, foi detectada uma maior contribuição do grupo Europeu (p<0,001). Os genótipos do polimorfismo C282T dominante (TT + CT) apresentaram associação significativa (p<0,001; OR 3,076; Cl 95% 1,664-5,687) para a susceptibilidade as diferentes formas de Câncer investigadas. Foi observada uma associação significante do perfil de acetilação lenta e rápida com a susceptibilidade ao desenvolvimento das neoplasias investigadas (p=0,010; OR 3,054; Cl 95% 1,303-7,159) e (p= 0,041; OR 0,527 Cl 95% 0,280-0,973) evidenciando que indivíduos com o perfil acetilador lento apresentaram um risco aumentado em até três vezes no desenvolvimento de neoplasias quando comparado com os indivíduos controles. Conclusão: O controle genômico da ancestralidade foi efetivamente importante para a presente investigação possibilitando controlar o efeito da ancestralidade na associação do gene NAT2 para susceptibilidade ao câncer. Neste trabalho foi possivel evidenciar a forte influência do perfil de acetilação lenta do gene NAT2 de xenobióticos na susceptibilidade ao Câncer Gástrico e de Mama. / Objectives: The N-acetyltransferase 2 (NAT2) gene is a marker for the study of interindividual susceptibility to develop malignant neoplasms, once the enzyme NAT2 takes part in the metabolism of carcinogenic agents and the single nucleotide polymorphism (SNP) of its gene produces enzymes with different activities, leading to either slow or fast acetylation of xenobiotics. The purpose of this study was to investigate a possible association between the NAT2 gene SNPS and susceptibility to the involvement of gastric adenocarcinoma or invasive ductal carcinoma of the breast in patients of northern Brazil. Methods: Five polymorphisms of great importance for defining the metabolism profile of enzyme NAT2 (C282T, T341C, C481T, A803G and G857A) were investigated by direct sequencing of 986 base pairs, amplified in two PCR reactions, totalizing 133 patients with neoplasms (63 with Gastric Cancer-GC and 70 with Breast Cancer-BC) and 89 Control subjects. In order to avoid spurious interpretations resulting from the population substructure, we used a panei with 48 ancestry informative markers (AIM). Results: We found statistical differences for African and European parental contribution when compared between the Cancer and Control groups; a higher African contribution was detected in the study group with Cancer and, in the control group, it was detected a higher European contribution (p<0.001). Dominating polymorph genotypes C282T (TT + CT) showed significant association (p<0.001; OR 3.076; Cl 95% 1.664-5.687) for susceptibility to the different forms of Cancer investigated. A significant association of slow and fast acetylation profile with the susceptibility to develop the investigated neoplasms was noticed (p=0.010; OR 3.054; Cl 95% 1.303-7.159) and (p= 0.041; OR 0.527 Cl 95% 0.280-0.973) clearly showing that individuais with slow acetylator profile showed a risk of developing neoplasms increased to up to three times when compared to Control subjects. Conclusions: Ancestry genomic control was effectively important for this investigation and enabled the control of the ancestry effect on the association of NAT2 gene for susceptibility to cancer. In this study, it was possible to prove the strong influence of xenobiotics slow acetylation profile on the susceptibility to GC and BC.
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Perfil mutacional do gene APC em pacientes com polipose adenomatosa familial no estado do ParáCAVALLERO, Sandro Roberto de Araújo 22 January 2014 (has links)
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-19T19:21:00Z
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Previous issue date: 2014 / O câncer colorretal é um grave problema de saúde pública na região norte, sendo a 3a neoplasia mais frequente entre os homens e a 2a entre as mulheres. Cerca de 10% destes tumores são hereditários e a polipose adenomatosa familial está entre as principais causas destes. Mutações no gene APC são responsáveis pelo desenvolvimento de tumores nestes pacientes e estão presentes desde a fase
mais precoce na carcinogênese, além disso, existe uma relação entre o tipo de mutação e apresentação clínica da doença. Até o presente momento não existe uma publicação com o perfil de mutação do gene APC na região norte do país. Este trabalho tem como objetivo principal, identificar o perfil de mutações no gene APC
em famílias do estado do Pará. Um total de 15 pacientes foi analisado provenientes
de cinco famílias, todos atendidos no UNACON do HUJBB. Foi realizado a extração
de DNA do sangue periférico e realizado um sequenciamento direto em um membro
de cada família, obtendo desta forma um screening molecular e os demais membros
da família foram genotipados pela técnica ARMS. A análise estatística foi realizada
pelos softwares que acompanham o próprio produto. Neste estudo foram
encontrados mutações nos 15 membros estudados (provenientes das 5 famílias),
40% das quais eram do tipo frameshift, 35% silenciadoras e 20% nonsense. Sendo
que 60% de todas as mutações ocorreram na região MCR. Entre as três mutações
mais frequentes na literatura, neste estudo foram encontradas duas: códon 1309
(em 40% dos indivíduos) e no códon 1061 (em 10% dos indivíduos). Estes números
foram bem diferentes dos encontrados na literatura, reforçando o papel da
miscigenação na frequência das mutações. A mutação c.3956delC foi a única
encontrada em todas as famílias analisadas, o que pode comportar-se como um
forte biomarcador desta síndrome. A avaliação clínica dos pacientes confirmou a
correlação genótipo/fenótipo, sendo um fator determinante para o direcionamento
clínico e aconselhamento genético. A plataforma confeccionada para análise de
mutações pela técnica ARMS será de grande utilidade, já que conseguiu detectar
mutações no 15 indivíduos estudados a um custo bem inferior que o
sequenciamento direto por PCR. / Colorectal cancer is a serious public health problem in the northern region of
the country, being the third most common cancer among men and the second among
women. About 10% of these tumors are hereditary and familial adenomatous
polyposis are among the main causes of these. Mutax APC gene is responsible for
the development of tumors in these patients and is present from a very early stage in
carcinogenesis, in addition, there is a relationship between the type of mutation and
clinical presentation of the disease. To date there is no publication with the profile of
the APC gene mutation in the northern region of the country. This work aims to
identify the profile of mutations in the APC gene families in the state of Pará. A total
of 15 patients were analyzed from five families, all attended in the Unacon HUJBB.
DNA was extracted from peripheral blood and performed a direct sequencing in one
member of each family, thus obtaining a molecular screening and other family
members were genotyped by ARMS technique. Statistical analysis was performed by
the software that came with the product itself . In this study, mutations were found in
all 15 patients studied (from 5 families), 40 % of which were frameshift, 35 % were
silencing and 20 % nonsense . Since 60 % of all mutations occurred in the MCR
region. Among the three most frequent mutations in the literature , this study found
two : codon 1309 (in 40 % of subjects) and in codon 1061 (10 % of subjects) . These
numbers were very different from those found in the literature, reinforcing the role of
miscegenation in the frequency of mutations. Only c.3956delC mutation was found in
all families , which can behave as a strong biomarker of this syndrome . The clinical
evaluation of patients confirmed the genotype / phenotype correlation , being a
determining factor for clinical guidance and genetic counseling . The plataform for
analysis of mutations by ARMS technique will be very useful , since it was able to
detect mutations in all 15 subjects studied at a lower cost than direct PCR
sequencing.
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Avaliação da expressão da proteína twist em amostras de carcinoma epidermóide bucal e sua correlação com aspectos clínico-patológicosABREU, Michelle Carvalho January 2014 (has links)
Submitted by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-08-10T13:24:43Z
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Previous issue date: 2014-08-07 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Entre as neoplasias malignas que ocorrem na boca, 95% são representadas pelo carcinoma epidermóide de boca (ceb). no brasil, as estimativas para o ano de 2014, segundo o inca, apontam mais de 15.290 novos casos. esses dados mostram que o ceb representa um problema de saúde pública em razão de a morbidade afastar, na maioria dos casos, grande número de cidadãos do mercado de trabalho, além de onerar os custos com a saúde no estado, fruto dos dias de internação e do tratamento aplicado. a patogênese do ceb está relacionada a fatores genéticos além de agentes químicos, como o consumo de tabaco e álcool, físicos e biológicos, considerados carcinogênicos. o fator de transcrição twist foi recentemente apontado como um importante regulador da tem durante a progressão tumoral e metástase e vem se tornando um importante marcador diagnóstico e prognóstico para pacientes devido ao fato de sua sobre-regulação positiva e metilação do gene estarem sendo implicados em vários tipos de câncer. apesar de muitos estudos fornecerem importantes insights sobre a compreensão da biologia dos tumores malignos bem como dos genes envolvidos na tem, os mecanismos de twist na tumorigênese e na transição epitelial-mesenquimal do carcinoma epidermóide bucal ainda precisam ser elucidados. neste estudo nós investigamos o padrão de expressão da proteína twist através da técnica de imuno-histoquímica em 59 amostras carcinoma epidermóide bucal (ceb) provenientes de pacientes usuários do sistema único de saúde do estado do pará e avaliamos a existência de associação dos resultados com características clínico-patológicas dos tumores estudados e com a sobrevida dos pacientes. os resultados mostraram uma associação estatisticamente significante entre o consumo de álcool e os sítios mais afetados pelo ceb, sugerindo que o etanol pode desempenhar um papel potencializador dos agentes do tabaco nos sítios que recebem maior exposição dessas substâncias. a expressão da proteína twist também mostrou uma diminuição na média de sobrevida dos indivíduos. apesar dessa diminuição não ter apresentado significância estatística em nossos estudos, acreditamos que ela deve ser mais amplamente estudada, visando o melhor entendimento do papel desta no carcinoma epidermóide bucal. a positividade de marcação da proteína demonstrou relação com o tabagismo, onde 87,8% dos pacientes fumantes, apresentaram marcação positiva para a proteína, corroborarando o fato de que o fumo pode modular a expressão de marcadores tem incluindo twist. em síntese, os resultados deste estudo evidenciam algumas correlações intrigantes, que no nosso entender merecem especial atenção, no intuito de serem esclarecidas. assim como a localização intracelular da proteína observada neste estudo, que possivelmente está relacionada a algum processo oncogênico ainda não descrito. / Among the malignant neoplasms that occur in the mouth, 95% are represented by oral squamous cell carcinoma (oscc). in brazil, the estimates for the 2014, according to the inca point more than 15,290 new cases. these data show that the oscc represents a public health problem because of the morbidity away a large numbers of patients from de work, and weigh the cost of health care in the state, due the days of hospitalization and the treatment applied. the pathogenesis of the oscc is related to genetic factors as well as chemical agents, such as tobacco and alcohol, physical and biological agents considered carcinogenic. the transcription factor twist was recently appointed as an important regulator of emt during tumor progression and metastasis and has become an important diagnostic and prognostic marker for patients due to the fact its positive upregulation and methylation of the gene are being implicated in several cancers. although many studies provide important insights into understanding the biology of malignant tumors as well as genes involved in emt, twist mechanisms in tumorigenesis and epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma remain to be elucidated. in this study we investigated the pattern of expression of twist protein by immunohistochemical technique in 59 oscc samples from patients from the national health system of the state of pará and evaluated the possible association of the results with clinical and pathologic features survival of patients.the results showed a statistically significant association between alcohol consumption and the most sites affected by the oscc, suggesting that ethanol may play a potentiating role of tobacco agents in sites that receive greater exposure of these substances. the expression of twist protein also showed a decrease in average survival of individuals. despite this decline have not shown statistical significance in our studies, we believe that it should be more widely studied, aiming at a better understanding of its role in oral squamous cell carcinoma. the positivity of protein labeling demonstrated relationship to smoking, where 87.8% of smoking patients showed positive staining for protein, corroborating the fact that smoking can modulate the expression of emt markers including twist. in summary, the results of this study show some intriguing correlations, which in our opinion deserve special attention in order to be clarified. as the intracellular localization of the protein observed in this study, is probably related to some oncogenic process is not described
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