Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2014-08-13T18:01:02Z : No. of bitstreams: 1 000748011_20150228.pdf: 573819 bytes, checksum: 3344da0365a81a0bf0b11e133955fde8 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-03T12:45:21Z: 000748011_20150228.pdf,Bitstream added on 2015-03-03T12:45:57Z : No. of bitstreams: 1 000748011.pdf: 3605502 bytes, checksum: f4aa4b916761c5c5f0617ddd061382d8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-04Bitstream added on 2014-06-13T20:44:18Z : No. of bitstreams: 1 martins_pmm_dr_rcla.pdf: 973158 bytes, checksum: 8092208107da6d0372b2a5093d8b6213 (MD5) / A citricultura é uma das atividades mais importantes do setor agrícola brasileiro. Ainda assim, a incidência de doenças como o cancro cítrico afeta sobremaneira a produtividade dos pomares. Seu agente etiológico, a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é capaz de infectar todas as espécies cultivadas, não havendo cura para plantas afetadas. Assim, dados a respeito de seus processos biológicos básicos poderiam auxiliar a vislumbrar soluções para esta enfermidade. Assim, visamos com este trabalho obter informações sobre a formação do septo em Xac, processo do qual participa a proteína ZapA e cujas perturbações têm alto potencial de interferência na multiplicação da bactéria e, portanto, em seu controle. Três estratégias foram utilizadas para esta determinação: 1) estudo de interactantes de ZapA através de ensaio de duplo-híbrido em leveduras; 2) análise do perfil de expressão global de um mutante produzindo cópias extras de ZapA, com a identificação de vias possivelmente por ela influenciadas; e 3) disrupção de ZapA e XAC3407, para averiguar sua interferência no estabelecimento de infecção in planta, sendo XAC3407 um possível novo componente septal a ser descrito em Xanthomonas spp. Embora aparentemente os resultados não apontem para um envolvimento direto entre ZapA e a expressão do fenótipo virulento de Xac, os processos celulares nos quais esta proteína parece atuar diretamente são bastante variados, incluindo aqueles relativos à percepção de estresse, regulação da montagem do flagelo, citoesqueleto e biossíntese de componentes do envelope celular. Todos estes elementos são discutidos caso a caso neste trabalho, na tentativa de que possam lançar luz no conhecimento acerca da biologia básica de Xac / Citriculture is one of the most important activities of Brazilian agricultural sector. Even though, the incidence of diseases such as citrus canker affects drastically the orchards productivity. Its etiologic agent, the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is able to infect all citric cultivars, without any treatment to the diseased plants until now. That’s the reason why new data concerning the basic biological processes of Xac can be enormously useful to provide insight on its control. What we sought with this work was to assess new information on Xac’s septum formation, a process where the protein ZapA is involved and which impairment has a high potential for disturbing the bacterium growth and, consequently, be useful for control purposes. Three approaches were used for us to reach these goals: 1) the study of ZapA interactants by an yeast-two-hybrid assay; 2) analysis of the expression profile of a mutant strain with extra copies of ZapA, allowing the identification of biochemical pathways possibly influenced by this protein; and 3) depletion of ZapA as well as of XAC3407, to assess its interference during infection establishment in planta, being XAC3407 a possible new septal component to be described in Xanthomonas spp. Although our data seems not to support any involvement of ZapA in the virulent phenotype of Xac, the protein-protein interactions and pathways in which it is enrolled are as broad as stress perception, flagellum assembly regulation, cytoskeleton and cell envelope biosynthesis. All these elements are discussed in this work in the hope that it may shed light on the current knowledge of Xac’s basic biology

Orientador: Katia Cristina Kupper / Coorientador: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Silvio Aparecido Lopes / Banca: Fabrício José Jaciani / Banca: Antonio de Goes / Banca: Tiago Santana Balbuena / Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma doença que afeta quase todos os tipos de culturas de citros. A produção de determinados fatores de patogenicidade em Xcc é regulado por um grupo de genes chamados rpf, que codificam elementos de um sistema de comunicação célulaFcélula chamada de quórum sensing (QS), mediado por moléculas da família do fator difusível de sinal (DSF). A interferência com a sinalização célulaFcélula, também denominado quórum quenching, seja por degradação do sinal ou excesso de produção tem sido sugerido como estratégia para controlar doenças bacterianas. Nesse estudo, foram isoladas três cepas provenientes de folhas de citros que apresentaram alta capacidade de perturbar a sinalização QS em Xcc. Ensaios de patogenicidade em laranja doce (Citrus sinensis (L.) Osbeck) mostraram que as bactérias pertencentes ao gênero Pseudomonas e Bacillus têm forte capacidade de reduzir a severidade da doença. Estes efeitos foram associados a alteração na aderência bacteriana e a formação de biofilme, fatores que são conhecidos por contribuir para a virulência de Xcc. Essas bactérias quórumFquenching podem ser um instrumento extremamente útil para o processo de controle biológico e oferecer uma alternativa para o tratamento tradicional de cobre, atualmente utilizado para o tratamento do cancro cítrico / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects almost all types of citrus crops. The production of particular pathogenicity factors in Xcc is controlled by a cluster of genes named rpf, which encode elements of cellFcell communication system called Quorum Sensing (QS), mediated by molecules of the Diffusible Signal Factor (DSF) family. Interference with cellFcell signaling, also termed quorum quenching, either by signal degradation or overFproduction has been suggested as strategy to control bacterial disease. In this study, we isolated three bacterial strains from citrus leaves that displayed a high ability to disrupt QS signaling in Xcc. Pathogenicity assays in sweet orange (Citrus sinensis (L.) Osbeck) showed that bacteria belonging to the genera Pseudomonas and Bacillus also have a strong ability to reduce the severity of citrus canker disease. These effects were associated with alteration in bacterial attachment and biofilm formation, factors that are known to contribute to Xcc virulence. These quorumFquenching bacteria may represent a highly valuable tool in the process of biological control and offer an alternative to the traditional copper treatment currently used for the treatment of citrus canker disease / Doutor

Orientador : Henrique Ferreira / Coorientador: Luis Vitor Silva do Sacramento / Banca: José Belasque Junior / Banca: Luis Octávio Regasini / Banca: Fernando Rogério Pavan / Banca: Franklin Behlau / Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico asiático, uma severa doença que afeta todos os cultivares das principais áreas produtores ao redor do mundo. Até o momento não há nenhum tratamento capaz de combater o cancro cítrico. Dessa forma, a erradicação de plantas infectadas constitui a única medida de controle efetivo para evitar a disseminação da doença. Com o programa de erradicação sob ameaça e um claro risco de que Xac torne-se endêmica na principal área produtora de laranja no mundo, há uma necessidade urgente para o desenvolvimento de novas estratégias para o combate do cancro. Neste trabalho foi avaliada a atividade de galatos de alquila para a prevenção do crescimento de Xac. Estes ésteres desempenham um potencial de atividade anti-Xac similar ao da kanamicina (controle positivo), como observado pelo teste Resazurin Microtiter Assay (REMA). O tratamento de Xac com estas substâncias induziram alteração na morfologia celular, e a investigação de possíveis alvos intracelulares usando linhagens de Xac com o septo e centrômero marcados, apontaram para um alvo comum envolvido com a segregação cromossômica/divisão. Além disso, a inoculação artificial de citros com Xac pré-tratada com galatos de alquila demonstraram que a bactéria perde a habilidade de colonizar o hospedeiro, o que é uma evidência a favor do potencial destes ésteres em proteger plantas contra a infecção de Xac. No intuito de determinar o mecanismo de ação, alguns experimentos foram realizados em Bacillus subtillis. Os galatos de alquila também mostraram-se ativos contra B. subtillis. A localização de FtsZ foi rapidamente perturbada após o tratamento, o que sugere que as substâncias possam ter a maquinaria de divisão celular como alvo. Quando estudados in vitro, as substâncias afetaram FtsZ formando estruturas que podiam ser facilmente sedimentadas em alta velocidade, ... / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of asiatic citrus canker, a severe disease that affects all the cultivars of citrus in the main citrus producing areas worldwide. There is no curative treatment for citrus canker. Thus, the eradication of infected plants constitutes the only effective control for the spread of disease. Since the eradication program is under threat, and with a clear risk of Xac becoming endemic in the main orange producing area worldwide, there is an urgent need for the development of new strategies to fight citrus canker. In this work, were evaluated the potential use of alkyl galates to prevent Xac growth. These esters displayed a potent anti-Xac activity similar to kanamycin (positive control) as observed by the Resazurin Microtiter Assay (REMA). Treatment of Xac with these compounds induced altered cell morphology, and investigation of the possible intracellular targets using Xac strains labeled for septum and centromere pointed to a common target involved with chromosome segregation and cell division. Furthermore, artificial inoculation of citrus with Xac pre-treated with alkyl galates showed that the bacterium loses the ability to colonize its host, which argued in favor of the potential of these esters to protect citrus plants against Xac infection. In attempt to determine their mechanism of action some experiments were performed in Bacillus subtillis. Alkyl gallates were also active against B. subtilis and the FtsZ localization is rapidly perturbed after the treatment, which suggested that the compounds may target the cell division machinery. When studied in vitro, the alkyl gallates affected FtsZ by forming structures that could easily be spun down at high velocity, independent of the presence of nucleotide. These structures seem to be specific since the BSA (bovine serum albumin) protein did not sediment in the presence of the alkyl gallates. Also, GTP hydrolysis, an indicator ... / Doutor

Orientador : Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Junior / Banca: Celson Eduardo Benedetti / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: Franklin Behlau / Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ... / Doutor

Orientador: Alessandro de Mello Varani / Coorientafdor: Jesus Aparecido Ferro / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Rafael Marini Ferreira / Banca: Fabrício José Jaciani / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / O cancro cítrico tipo A, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (XccA), é uma das doenças de citros mais importantes, afetando todas as cultivares comerciais, para a qual não existem ainda estratégias de controle eficientes. Os genes ntrB e ntrC codificam, respectivamente, a histidina quinase (HK) e o regulador de respostas (RR), pertencentes a um sistema de dois componentes (TCSs), que atuam no sistema regulador de nitrogênio (NTR). Porém, o possível papel desses genes na virulência da XccA e de outros fitopatógenos ainda não foi elucidado. Este estudo teve como objetivo investigar os efeitos dos genes ntrB e ntrC no desenvolvimento do cancro cítrico em limão-cravo (Citrus limonia Osbeck), bem como a possível relação desses genes com a regulação da expressão de genes do sistema de secreção tipo 3 (SST3), considerado um dos principais fatores de virulência da XccA. Os mutantes ΔntrB e ΔntrC foram obtidos pela técnica de mutagênese sítio-dirigida por reação em cadeia da polimerase de extensão por sobreposição. A mutação dos genes causou redução na sintomatologia do cancro cítrico e diminuição da população bacteriana no espaço intercelular do tecido foliar da planta. A análise das curvas de crescimento in vitro revelou que a ausência do gene ntrB não alterou a viabilidade da bactéria, enquanto a mutação do gene ntrC afetou o "fitness" bacteriano em meio de cultura NB. Análises in vitro indicaram que o mutante ΔntrC formou duas vezes mais biofilme e produziu cinco ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / The citrus canker type A, provoked by the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (XccA), is one of themost important citrus diseases, affecting all the commercial cultivars, for which there are no effective control strategies. The ntrB and ntrC genes encode a histidine kinase (HK) and the response regulator (RR), respectively, belong to a two-component system (TCSs), related to the nitrogen regulatory system (NTR). However, the possible role of ntrB and ntrC genes in the virulence of XccA and other phytopathogens has not yet been elucidated. Therefore, the aim of this study was to investigate the impact of the ntrB and ntrC genes on the development of citrus canker in rangpur lime (Citrus limonia Osbeck), as well as the possible relation of ntrB and ntrC genes with the regulation of the type 3 secretion system (T3SS) gene expression, which is considered one of the main virulence factors of XccA. The ΔntrB and ΔntrC were obtained by site-directed mutagenesis through overlap extension polymerase chain reaction. The mutation of the ntrB and ntrC genes caused a reduction of the citrus canker symptoms, and decrease of the bacterial population in the intracellular space of the foliar tissue of the plant. In vitro growth curves analysis revealed that the ΔntrB did not affect the viability of the bacterium, whereas the ΔntrC affected the bacterial fitness in NB culture medium. In vitro analysis indicated that the ΔntrC formed 2x more biofilm, and produced 5x xanthan gum compared to... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Flavia Maria de Souza Carvalho / Banca: Fabrício José Jaciani / Resumo: A produção de laranja e de suco concentrado é uma atividade agrícola que tem uma grande importância para o Brasil, em especial para o estado de São Paulo. Entretanto, o cancro cítrico é uma doença que causa grandes prejuízos à citricultura brasileira e mundial, sendo que até o momento não há nenhum método curativo para esta doença e o principal controle é a erradicação das plantas contaminadas. O cancro cítrico é originário da Ásia e tem como agente causal a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual ataca todas as espécies comerciais de citros. Em um estudo de expressão gênica em dois mutantes de Xac que apresentavam diminuição ou ausência total de sintomas de cancro cítrico, a proteína XAC1008 se mostrou altamente expressa, pelo que o objetivo deste trabalho foi a caracterização funcional da ORF XAC1008 de Xac. A estratégia utilizada foi a produção de um mutante desta ORF e avaliação da sua patogenicidade quando comparada com a do isolado 306 de Xac selvagem em plantas de limão 'Cravo' (Citrus limonia Osbek) e laranja Pêra (Citrus sinensis (L.) Osbeck). A técnica utilizada para a obtenção do mutante foi a da mutagênese sítio-dirigida por PCR utilizando o vetor suicida pOK1, seguida de recombinação homóloga. Os ensaios de patogenicidade do mutante ΔXAC1008 mostraram que a mutação alterou a coloração e o formato das colônias e impediu a multiplicação da bactéria in planta, embora ela ainda seja capaz de crescer em meio de cultura. O mutante diminuiu de maneira significativa a formação de biofilme e não foi capaz de causar doença em laranja 'Pêra Rio' (Citrus sinensis (L.) Osbeck) e em limão 'Cravo' (Citrus limonia Osbek), dois de seus hospedeiros citros, enquanto que a Xac 306 selvagem apresentou os sintomas característicos do cancro cítrico nos dois hospedeiros. Os resultados indicam que a proteína XAC1008 não está diretamente relacionada... / Abstract: The production of frozen concentrated juice from sweet orange is an agricultural activity that is of great importance to Brazil, especially for the state of São Paulo. However, citrus canker is a disease that causes bigger losses to the Brazilian and global citrus industry, and to date there is no curative method for this disease and the main control is the eradication of infected plants. The citrus canker originated in Asia and its causal agent is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), which attacks all commercial species of citrus. In a study of gene expression in two Xac mutants with impaired or total absence of symptoms of citrus canker, the ORF XAC1008 was highly expressed, so the aim of this study was the functional characterization of the protein encoded by ORF XAC1008 from Xac. The strategy used was the construction of a mutant of the ORF XAC XAC1008 and evaluation of its pathogenicity in plants of Rangpur lime (Citrus limonia Osbek) and sweet orange 'Pêra Rio' (Citrus sinensis (L.) Osbeck) compared with the wild isolate strain Xac 306. The technique used for obtaining the mutant was PCR-based site-directed mutagenesis using the suicide vector POK1, followed by homologous recombination. Pathogenicity tests of the mutant ΔXAC1008 showed that the mutation affected the color and shape of colonies, and prevent multiplication of bacteria in the plant, though it is still able to grow in the culture medium. The mutant decreased significantly biofilm formation and was not able to cause disease in sweet orange 'Pêra Rio' orange and Rangpur lime, two of its citrus hosts, while the wild isolate strain Xac 306 showed the characteristic symptoms of citrus canker in both hosts. The results indicate that the protein XAC1008 is not directly related to the virulence or pathogenicity of Xac in citrus but is essential for the proliferation and survival of the bacteria in the host. Although the presence of the ... / Mestre

Orientador: Daiane Cristina Sass / Banca: Gislaine Vicente dos Reis / Banca: Jonas Contiero / Resumo: Este trabalho teve como objetivo obter extratos contendo metabólitos secundários de fungos filamentosos isolados de sedimentos marinhos da Antártica e avaliar sua potencial atividade antibacteriana em Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas euvesicatoria e Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae (bactérias fitopatogênicas que causam doenças em cítricos, pimenta e tomate, e maracujá, respectivamente). Entre os 90 extratos brutos intracelulares e extracelulares obtidos a partir de fungos, 19 mostraram a capacidade de impedir o crescimento de X. citri subsp. citri e X. euvesicatoria in vitro e 22 mostraram a capacidade de dificultar o crescimento de X. axonopodis pv. passiflorae in vitro. Os extratos extracelulares inibiram em média 97,12% de X. citri subsp. citri, 95,94% de X. euvesicatoria e 96,58% de X. axonopodis pv. passiflorae a 3,0 mg / mL / Abstract: This work aimed to obtain extracts containing secondary metabolites from filamentous fungi isolated from marine sediments from Antarctic and assess their potential antibacterial activity on Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas euvesicatoria and Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae (phytopathogenic bacteria causing diseases in citrus, pepper and tomato, and passionfruit, respectively). Among the 90 raw intracellular and extracellular extracts obtained from fungi, 19 showed the ability to hamper the growth of Xanthomonas citri subsp. citri and X. euvesicatoria in vitro and 22 showed the ability to hamper the growth of X. axonopodis pv. passiflorae in vitro. The extracellular extracts inhibited on average 97,12% of Xanthomonas citri subsp, 95,94% of X. euvesicatoria and 96,58% of X. axonopodis pv. passiflorae at 3,0 mg/mL / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Francisco André Ossamu Tanaka / Banca: Roberto Hirochi Herai / Banca: Helen Alves Penha / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: Os citros são um grupo de espécies vegetais, com alto potencial produtivo, porém, acometido por várias doenças. Do gênero de bactérias Xanthomonas, três espécies são patogênicas a citros: Xanthomonas citri subsp. citri, agente causal do cancro cítrico, uma das doenças de maior preocupação da citricultura; X. fuscans subsp. aurantifolii tipos B e C, que causam a cancrose; e X. alfalfae subsp. citrumelonis, responsável por causar a mancha bacteriana dos citros. Diante disso, o objetivo desse trabalho foi a análise e descrição, em nível anatômico e ultraestrutural, dos processos de infecção de bactérias do gênero Xanthomonas, causadoras de doenças em citros, a correlação do fenótipo da interação XfaC-citros com o transcriptoma e a análise dos fatores de virulência das estirpes estudadas. O processo de infecção das estirpes Xac306, Xac636, Xac828, Xacm1510, XfaC1632 e XfaC1630 em lima ácida 'Galego' e/ou laranja doce 'Hamlin', foi avaliado em diferentes períodos de infecção, pelas técnicas de microscopia de luz e eletrônicas de varredura e transmissão. As seguintes características relacionadas a virulência das estirpes foram avaliadas: formação in vitro de biofilme, produção de goma, motilidade "swimming" e auto agregação celular. Os resultados mostraram que Xac306 é a estirpe mais agressiva dentre as demais, visto pelos sintomas e pela intensidade das alterações anatômicas no tecido de 'Hamlin' e 'Galego'. O processo de infecção em lima ácida 'Galego' foi semelhante em todas as ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Citrus are a diverse group of plant species, with high yield potential, but affected by several diseases. The bacteria genus Xanthomonas has three species pathogenic to citrus: Xanthomonas citri subsp. citri, causal agent of citrus canker, one of the most important diseases of citrus crop; X. fuscans subsp. aurantifolii types B and C, causing citrus cancrosis; and X. alfalfae subsp. citrumelonis, which causes citrus bacterial spot. Therefore, the goal of this work was to analyze and describe, at the anatomical and ultrastructural level the infectious processes of Xanthomonas causing diseases in citrus, the correlation of the XfaC-citrus interaction phenotype with the transcriptome and the comparative analysis of virulence related factors, in order to elucidate morphophysiological traits of host-pathogen interaction. The infection process of Xac306, Xac636, Xac828, Xacm1510, XfaC1632 and XfaC1630 strains in 'Galego' Mexican lime and 'Hamlin' sweet orange were evaluated at different points of infection by light microscopy and scanning and transmission electron microscopy. The following virulence related characteristics of the strains were evaluated: in vitro biofilm formation, gum production, swimming motility and cellular auto aggregation. The results showed that Xac306 is the most aggressive strain among the others, due to the intensity of the symptoms and anatomical alterations in 'Hamlin' and 'Galego' tissue. The infection process in the susceptible host ('Galego' Mexican l... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:45:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 329217.pdf: 1998132 bytes, checksum: e00638349c5bf4365456b99f47193051 (MD5) Previous issue date: 2014 / Nas últimas décadas a cadeia produtiva de alimentos foi alvo de inovações principalmente sob dois aspectos: a problemática do uso excessivo de aditivos incorporados diretamente aos alimentos, e quanto ao aumento do consumo de materiais plásticos tradicionais para a fabricação de embalagens que, por sua vez, impactam em questões ambientais. Neste contexto, foram elaborados filmes biodegradáveis multifuncionais com polímero natural (amido de milho) e polímero sintético (polietileno linear de baixa densidade - PELBD), nas concentrações de amido 10, 20, 30, 40, 50 %, denominados de F10, F20, F30, F40 e F50, respectivamente, aditivados com ácido cítrico como agente antioxidante, antimicrobiano e compatibilizante. Também foi produzido um filme controle (FC) somente de PELBD. A microscopia eletrônica de varredura demonstrou que a incorporação do amido provocou alterações na superfície devido a uma distribuição não uniforme e existência de cristais, principalmente nos filmes com maior proporção mássica de amido. Estas caraterísticas influenciaram as propriedades mecânicas, com uma diminuição da Resistência máxima à Tração dos filmes com concentrações superiores a 10% da mistura de amido. Efeito semelhante foi percebido no Alongamento até a ruptura e Módulo de elasticidade. A solubilidade e o grau de intumescimento dos filmes em água aumentaram de forma diretamente proporcional à concentração de amido dos filmes. Em relação aos parâmetros de cor dos filmes foi observado um aumento na Luminosidade e na intensidade da cor vermelha (a*) principalmente para os filmes com maior adição de amido (F40 e F50). A cor amarela (b*) foi intensificada significativamente nos filmes F30, F40 e F50. Na análise termogravimétrica das blendas foi demonstrado que a degradação ocorre em três estágios, com mudanças relativas à proporção de amido, diferentemente do FC que degradou em apenas um estágio. Os espectros FT-IR para os diferentes filmes apresentaram bandas de absorção típicas dos grupos funcionais do PELBD com um aumento gradativo na intensidade dos picos característicos do amido de acordo com sua incorporação. Referente à condutividade elétrica dos filmes, esta aumentou com a adição da mistura de amido. Após caracterização, o filme foi avaliado quanto à atividade antioxidante/antimicrobiana na conservação de amostras de carne armazenadas em refrigeração. O filme F30 apresentou uma redução significativa dos índices de TBARs e no último dia de armazenamento nos valores de pH e na contagem bacteriana total da carne quando comparadas ao FC (não ativo). Foidetectada uma melhora em relação à cor da carne embalada, com aumento significativo de a* e Chroma, característicos da cor vermelha desejável de carnes bovinas. Na avaliação da migração do ácido cítrico em meio simulante, foi detectada migração a partir do segundo dia de armazenamento. A biodegradabilidade dos filmes foi confirmada pela inoculação em meio com Aspergillus niger, pela ação direta da enzima amilase e em solo. O filme ativo biodegradável se apresenta como uma boa alternativa para o armazenamento de carne bovina, tanto sob os aspectos de qualidade da carne, oxidação de gorduras, degradação microbiana e coloração, quanto pela necessária redução do uso de materiais plásticos convencionais na cadeia produtiva cárnea.<br> / Abstract : In recent decades the food chain was the target of innovations mainly in two aspects: the problem of excessive use of additives incorporated directly to food, and about of increased consumption of traditional plastics for the manufacture of packaging which, in turn, impact on environmental issues. In this context, biodegradable films with natural polymer (corn starch) and synthetic polymer (linear low density polyethylene - LLDPE) were prepared at concentrations of starch 10, 20, 30, 40, 50%, called F10, F20, F30, F40 and F50, respectively, with additives citric acid as antioxidant, antimicrobial and coupling agent. Also produced a film control (FC) only of LLDPE. The Scanning Electron Microscopy showed that the incorporation of starch caused changes on the surface of the films. These characteristics influence the mechanical properties of the films, with a decrease of Tensile Strength in concentrations higher than 10% of the starch. A similar effect was observed in Elongation at Break and Modulus of Elasticity. The water vapor permeability of the films was affected by the incorporation of starch, but was framed as moderate. The solubility and degree of swelling of the films in water increased in direct proportion to the concentration of starch films. Regarding the color parameters of the films was observed an increase in brightness and intensity of redness (a*) mainly for F40 and F50. The yellow color (b*) was significantly enhanced in F30, F40 and F50. In Thermogravimetric analysis of blends was shown deterioration in three stages, with changes on the proportion of starch, unlike FC has degraded in just one stage. The FT-IR spectra for the different films presented the typical absorption bands of the functional groups of LLDPE with a gradual increase in the intensity of the characteristic peaks of starch according to their incorporation. In relation the electrical conductivity of the films, was observed a increased with the addition of the mixture of starch. After characterization, the film was evaluated for antioxidant/antimicrobial activity in the conservation of meat samples stored under refrigeration. The film F30 showed a significant reduction of oxidation (TBARS), pH and total bacterial count of meat when compared with samples from FC (not active). An improvement was detected in relation to the color of packaged meat, with significant increase in a* and Chroma, the desirable characteristic red color of beef. The migration of citric acid in simulating media was detected from the second day of storage. The biodegradability of the films was confirmed by inoculation in medium with Aspergillus niger by the direct action of the enzyme amylase andsoil. The biodegradable active film was presented as a good alternative for storage of beef, due to preserve aspects of meat quality like: lipid oxidation, microbial degradation and staining, and by reducing the use of conventional plastic materials in the meat production chain.