Coronavirus disease 2019 (covid-19) är en smittsam infektionssjukdom som orsakas av viruset severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Sedan sjukdomens utbrott i december 2019 har viruset spridits globalt och infekterat fler än 270 miljoner människor världen över. Majoriteten av de som insjuknar i covid-19 får lindriga till måttliga besvär, men en liten del blir allvarligt sjuka och behöver sjukhusvård. Bland de patienter som blir allvarligt sjuka i covid-19 diagnostiseras en betydande del i det akuta skedet med sväljsvårigheter, eller dysfagi. Föreliggande studie bestod i en retrospektiv journalgranskning, som en del av ett kvalitetssäkringsarbete inom Region Gävleborg. Syftet med studien var att undersöka hur sväljsvårigheter kan manifesteras hos personer som vårdas på sjukhus till följd av covid-19 och som remitterats till logoped för bedömning och åtgärder. 60 deltagare inkluderades i studien, varav 17 var kvinnor och 43 var män. Resultaten visar att förekomsten av dysfagi var hög i det akuta skedet, där 42 deltagare (70 %) bedömdes ha dysfagi vid första logopedbedömning. Många deltagare återhämtade sig från sin dysfagi under vårdtiden, men 12 deltagare (20 %) hade kvarstående dysfagi vid utskrivning. Behovet av nutritionsstöd och andningsstöd under vårdtiden var stort. Vanliga fynd under de kliniska sväljbedömningarna var hosta, trögutlöst sväljning och nedsatt oral bearbetning. Deltagarna erhöll logopediska rekommendationer främst gällande anpassad kost, sittställning och munvård. Deltagarnas sväljförmåga skattades med Functional Oral Intake Scale (FOIS) vid första logopedbedömning och vid utskrivning. Vid första bedömning rekommenderades en majoritet av deltagarna anpassad kost (FOIS 1–6) och medelvärdet för FOIS var 3,5 ± 2,1. Vid utskrivning hade de flesta återgått till normalkost (FOIS 7) och medelvärdet för FOIS var 6,0 ± 1,8 (p < 0,001). Denna studie visar att en majoritet av de som vårdats på sjukhus till följd av covid-19 i Region Gävleborg och som remitterats till logoped, uppvisade dysfagi i det akuta skedet men kunde vid utskrivning äta normalkost. Behovet av mer forskning och vidare analyser av hur sväljsvårigheter manifesteras och upplevs hos patientgruppen är fortsatt stort. / Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a contagious infectious disease caused by the virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Since the outbreak in December of 2019, the virus has spread globally and infected more than 270 million people worldwide. The majority of people infected with COVID-19 will have mild to moderate symptoms, but some will suffer from severe illness which requires hospital care. Many of those who experience severe illness from COVID-19 are diagnosed with swallowing difficulties, or dysphagia, in the acute stage. This study consisted of a retrospective medical chart review and is part of a review of quality control in Region Gävleborg. The aim of the study was to investigate how swallowing difficulties manifest in people who require hospital care due to COVID-19 and who have been referred to the Speech and Language Therapy department. 60 participants were included in the study, of whom 17 were women and 43 were men. The results show that the prevalence of dysphagia was high in the acute stage, where 42 participants (70%) were diagnosed with dysphagia during the first SLT assessment. Many participants recovered from their dysphagia during their hospital stay, but 12 participants (20%) had persistent dysphagia at discharge. The need for nutritional and respiratory support was high. Common findings from the clinical swallowing assessments were coughing, difficulty initiating swallowing as well as affected oral processing. Common SLT recommendations included modified consistencies, posture and oral care. Swallowing ability was graded with the Functional Oral Intake Scale (FOIS) at first SLT assessment and at discharge. At first SLT assessment a majority of the participants were recommended a modified diet (FOIS 1-6) and the average FOIS was 3.5 ± 2.1. At discharge most participants had returned to a normal diet (FOIS 7) and the average FOIS was 6.0 ± 1.8 (p < 0,001). This study shows that a majority of the people who were hospitalized due to COVID-19 in Region Gävleborg and who were referred for an SLT evaluation, had dysphagia in the acute stage and recovered from their swallowing difficulties before discharge. More research and further analyses of how swallowing difficulties manifest in patients hospitalized due to COVID-19 is still needed.

Contexte : Partout dans le monde, la population âgée en hébergement a été la plus lourdement affectée par la pandémie de COVID-19, du point de vue des infections et des décès. Or, ces mêmes personnes ont été exclues d’une grande partie de la littérature scientifique. Ce mémoire décrit l’évolution des éclosions dans 17 CHSLD publics de Montréal, dont certains ont été fortement atteints alors que d’autres ont été épargnés pendant la première vague (23 février au 11 juillet 2020), en cherchant à élucider les facteurs associés à l’incidence et à la létalité de la COVID-19. Méthodes : Des données institutionnelles ont été recueillies sur les 17 CHSLD du CIUSSS Centre-Sud-de-l'Île-de-Montréal et des données individuelles ont été obtenues grâce à une révision des 1197 dossiers de patients atteints de la COVID-19 en première vague. Dans l’analyse ARIMA, des séries chronologiques ont été construites pour les cas incidents bruts chez les résidents en CHSLD et dans la ville de Montréal, afin d’évaluer l’impact de deux interventions, soit le port généralisé du masque de procédure et le dépistage élargi des résidents et des employés. Dans l’analyse des infections par CHSLD, des modèles de régression de type binomial négatif ont été construits pour estimer l’effet des facteurs de risque institutionnels sur l’incidence de la COVID-19 chez les résidents. Dans l’analyse de surmortalité, les excès de décès durant la période de février à juillet ont été évalués avec des tests t et des ratios de taux entre l’année 2020 et la moyenne des quatre années précédentes (2016-2019). Enfin, pour l’analyse de mortalité dans la cohorte rétrospective de résidents atteints de la COVID-19, des modèles de régression logistique à effets mixtes ont été utilisés pour évaluer les facteurs institutionnels et les traitements associés à la mortalité dans les 30 jours suivant un diagnostic de COVID-19, en contrôlant pour les facteurs de risque individuels. Résultats : Dans l’analyse de série chronologique ARIMA, chaque augmentation d’un cas incident quotidien par 100 000 à Montréal était associée avec une augmentation de 0,051 (IC95% 0,044 à 0,058) fois l’incidence quotidienne en CHSLD la semaine suivante, chez les résidents à risque. De plus, en contrôlant pour la transmission communautaire, chaque palier d’intensification du dépistage était associé à une diminution de l’incidence de 11,8 fois (IC95% -15,1 à -8,5) dans les deux semaines suivantes, chez les résidents à risque. Dans le modèle explicatif des infections au niveau des CHSLD, la pénurie sévère d’infirmières auxiliaires (IRR 3,2; IC95% 1,4 à 7,2), la mauvaise performance aux audits ministériels (IRR 3,0; IC95% 1,1 à 7,8) et un score moyen d’autonomie plus faible (IRR 2,1; IC95% 1,4 à 3,1) étaient associés au taux d’incidence par centre. En revanche, la présence de zone chaude dédiée aux patients COVID-19 (IRR; 0,56 IC95% 0,34 à 0,92) était protectrice. Pour l’ensemble des 17 CHSLD avec 2670 lits, l’excès de décès de février à juillet 2020 était de 428 (IC95% 409 à 447). Comparé aux quatre années précédentes, il y a eu plus que le double (IRR 2,3; IC95% 2,1 à 2,5) de décès en 2020 pendant la période de la première vague. Pour 12 CHSLD qui ont vécu des éclosions importantes, les excès de décès en 2020 variaient de 5,2 à 41,9 décès par 100 lits, avec une surmortalité par rapport aux années précédentes allant de 1,9 à 3,8. Selon l’analyse de mortalité dans la cohorte rétrospective, les facteurs individuels associés à la mortalité dans les 30 jours suivant le diagnostic de COVID-19 étaient l’âge (OR 1,58; IC95% 1,35 à 1,85 par tranche additionnelle de 10 ans), le sexe masculin (OR 2,37; IC95% 1,70 à 3,32), la perte d’autonomie (OR 1,12; IC95% 1,05 à 1,20 pour chaque augmentation d’un point à l’Iso-SMAF), le niveau d’intervention médicale C (OR 3,43; IC95% 1,57 à 7,51) et D (OR 3,61; IC95% 1,47 à 8,89) comparé au niveau A, ainsi que les diagnostics de trouble neurocognitif (OR 1,54; IC95% 1,04 à 2,29) et d’insuffisance cardiaque (OR 2,36; IC95% 1,45 à 3,85). Le traitement avec une thromboprophylaxie (OR 0,42; IC95% 0,29 à 0,63) et l’infection tardive après le 20 avril 2020 (OR 0,46; IC95% 0,33 à 0,65) étaient associés à la survie à 30 jours. Pour les facteurs institutionnels, la pénurie sévère de 25% ou plus d’infirmières auxiliaires (OR 1,91; IC95% 1,14 à 3,21 par rapport à une pénurie légère < 15%) et la taille du centre (OR 1,77; IC95% 1,17 à 2,68 pour chaque 100 lits additionnels) étaient associés au décès dans les 30 jours. Conclusion : Ce mémoire a relevé plusieurs facteurs de risque modifiables au niveau institutionnel associés aux infections et aux décès COVID-19, dont le dépistage, l’adhérence aux directives ministérielles de prévention et contrôle des infections, la pénurie d’infirmières auxiliaires et le nombre de lits par centre. Ces enjeux cruciaux devront être au cœur des futures orientations et politiques touchant les centres d’hébergement, pour cette pandémie et au-delà. / Background: In the midst of the COVID-19 pandemic, the population of long-term care residents has been the hardest hit by infections and deaths all around the world. Yet, these same individuals have been excluded from vast segments of the scientific literature. This thesis describes the evolution of outbreaks in 17 public long-term care facilities (“CHSLD”) in Montreal, some of which were severely affected and others were relatively spared during the first wave (February 23 to July 12, 2020), in search of risk factors associated with COVID-19 cases and deaths. Methods: Institutional-level data on the 17 CHSLDs were collected from relevant administrative departments within the establishment (CIUSSS Centre-Sud-de-l'Île-de-Montréal), and individual-level data was obtained from the chart reviews of 1,197 first wave COVID-19 patients. For the ARIMA analysis, time series were built using the crude incidence rates among CHSLD residents and in the city of Montreal, in order to assess the impact of two interventions – introduction of the mask-wearing policy and generalized testing among residents and staff. For the analysis of facility-level infection rates, negative binomial regression models were built to estimate the effects of several institutional risk factors on incident cases. As for the excess mortality analysis, excess death and relative mortality were estimated using one-sample t-tests and rate ratio tests to compare 2020 deaths with average deaths in the previous four years (2016-2019), for the period of February to July. Lastly, for the survival analysis of the retrospective cohort, mixed-effects logistic regression models were used to identify institutional factors and treatments associated with 30-day mortality after a COVID-19 diagnosis, while controlling for individual risk factors. Results: In the ARIMA time series analysis, each additional case per 100,000 per day in Montreal was associated with a 0.051 (95%CI 0.044 to 0.058) increase in CHSLD daily incidence a week later, among at-risk residents. In addition, while controlling for community transmission, increased testing intensity was associated with a 11.8 (95%CI -15.1 to -8.5) decrease in CHSLD daily incidence two weeks later, among at-risk residents. In the negative binomial regression model for facility-level COVID-19 infections, poor performance on ministry audits (IRR 3.0 95%CI 1.1 to 7.8), severe shortage of auxiliary nurses (IRR 3.2 95%CI 1.4 to 7.2) and lower average autonomy scores (IRR 2.1 95%CI 1.4 to 3.1) were associated with incident cases, while the presence of a COVID-19 unit or “red zone” (IRR 0.56 95%CI 0.34 to 0.92) was inversely associated with infections. For the 17 CHSLDs, excess deaths from February to July 2020 was 428 (95%CI 409 to 447). Compared to the same period in the previous four years, 2020 mortality during the first wave was 2.3 (IRR 95%CI 2.1 to 2.5) times higher. For a subset of 12 facilities that experienced substantial outbreaks, excess deaths in 2020 varied from 5.2 to 41.9 deaths per 100 beds, with significant excess mortality between 1.9 and 3.8, relative to previous years. According to the mortality analysis by mixed-effects logistic regression, individual risk factors associated with 30-day mortality after a COVID-19 diagnosis were age (OR 1.58 95%CI 1.35 to 1.85 per additional 10 years), male sex (OR 2.37 95%CI 1.70 to 3.32), loss of autonomy (OR 1.12 95%CI 1.05 to 1.20 per unit increase of Iso-SMAF profile), C-level (OR 3.43 95%CI 1.57 to 7.51) or D-level (OR 3.61 95%CI 1.47 to 8.89) medical intervention compared to A-level, as well as being diagnosed with a neurocognitive disorder (OR 1.54 95%CI 1.04 to 2.29) or congestive heart failure (OR 2.36 95%CI 1.45 to 3.85). Treatment with thromboprophylaxis (OR 0.42 95%CI 0.29 to 0.63) and diagnosis after April 20, 2020 (OR 0.46 95%CI 0.33 to 0.65) were associated with 30-day survival. As for institutional risk factors, severe shortage of auxiliary nurses (OR 1.91 95%CI 1.14 to 3.21) and facility size (OR 1.77 95%CI 1.17 to 2.68 per 100 beds) increased the odds of dying within 30 days. Conclusion: This study identified several modifiable risk factors at the institutional level associated with COVID-19 infections and deaths, including testing strategies, adherence to ministry directives for infection prevention, auxiliary nurse shortages, and number of beds per facility. Future policies and regulations targeting long-term care facilities will need to tackle these critical issues, for this pandemic and beyond.

[pt] A pandemia do COVID-19 teve impactos sem precedentes em indivíduos e comunidades em todo o mundo. Uma questão de grande preocupação é o impacto da pandemia na saúde mental. O isolamento, o medo e a incerteza causados pelo vírus levaram ao aumento das taxas de ansiedade, depressão e outros problemas de saúde mental. As preocupações com o aumento da prevalência de distúrbios psicológicos já estão levando os países a incluir a saúde mental e o apoio psicossocial em seus planos de resposta à COVID-19, mas, apesar disso, permanecem grandes lacunas e preocupações. Os múltiplos estressores desencadeados pelo vírus, somados às graves interrupções nos serviços públicos, deixaram sérias lacunas no atendimento de quem mais precisa. Além do agravamento e generalização de condições de saúde mental pré-existentes, agora também há a necessidade de acomodar questões recém-desenvolvidas. Nosso objetivo é, portanto, investigar os principais motivos que levaram os pacientes do Serviço de Psicologia Aplicada da PUC-Rio a buscar tratamento psicológico antes (2019) e durante a pandemia (2020 e 2021). Através de uma análise lexical dos formulários de demanda psicológica, pretendemos rastrear as possíveis transições e agravos entre demandas psicológicas de adultos (artigo 1) e famílias (artigo 2) utilizando o software IRaMuTeQ e o método Reinert, que analisa qualitativa e quantitativamente as transcrições relatórios. Por meio desse recurso de análise, é possível começar a mapear e investigar as queixas subjetivas desses pacientes, sua evolução e suas correlações. / [en] The COVID-19 pandemic has had unprecedented impacts on individuals and communities around the world. A matter of great concern is the impact of the pandemic on mental health. The isolation, fear and uncertainty caused by the virus has led to increased rates of anxiety, depression and other mental health issues. Concerns about the increasing prevalence of psychological disorders are already leading countries to include mental health and psychosocial support in their COVID-19 response plans, but despite this, major gaps and concerns remain. The multiple stressors triggered by the virus, in addition to the severe interruptions in public services, have left serious gaps in the care of those who need it most. In addition to the worsening and generalization of pre-existing mental health conditions, there is now also a need to accommodate newly developed issues. Our objective is therefore to investigate the main reasons that led patients from the Service of Applied Psychology at PUC-Rio to seek psychological treatment before (2019) and during the pandemic (2020 and 2021). Through a lexical analysis of the psychological demand forms, we intend to trace the possible transitions and aggravations between psychological demands of adults (article 1) and families (article 2) using the IRaMuTeQ software and the Reinert method, which qualitatively and quantitatively analyzes the transcribed reports. Through this analysis resource, it is possible to start mapping and investigating the subjective complaints of these patients, their development and their correlations.

Dependent on the excretion pattern, wastewater monitoring of viruses can be a valuable approach to characterizing their circulation in the human population. Using polyethylene glycol precipitation and reverse transcription-quantitative PCR, the occurrence of RNA of SARS-CoV-2 and influenza viruses A/B in the raw wastewater of two treatment plants in Germany between January and May 2022 was investigated. Due to the relatively high incidence in both exposal areas (plant 1 and plant 2), SARS-CoV-2-specific RNA was determined in all 273 composite samples analyzed (concentration of E gene: 1.3 × 10⁴ to 3.2 × 10⁶ gc/L). Despite a nation-wide low number of confirmed infections, influenza virus A was demonstrated in 5.2% (concentration: 9.8 × 10² to 8.4 × 10⁴ gc/L; plant 1) and in 41.6% (3.6 × 10³ to 3.0 × 10⁵ gc/L; plant 2) of samples. Influenza virus B was detected in 36.0% (7.2 × 10² to 8.5 × 10⁶ gc/L; plant 1) and 57.7% (9.6 × 10³ to 2.1 × 10⁷ gc/L; plant 2) of wastewater samples. The results of the study demonstrate the frequent detection of two primary respiratory viruses in wastewater and offer the possibility to track the epidemiology of influenza by wastewater-based monitoring.

In der vorliegenden Arbeit wurden modernste Multiplexing-Ansätze der quantitativen Proteomanalyse angewandt, um das neuartige Virus SARS-CoV-2 zu untersuchen, den Erreger der globalen COVID-19 Pandemie, die Ende 2019 begann. Trotz enormer internationaler Anstrengungen zur Erforschung dieser Krankheit sind viele Aspekte der grundlegenden Virusbiologie, Virus-Wirt-Interaktionen und der COVID-19-Pathophysiologie noch immer unbekannt. Dies verhindert die Entwicklung gezielter Behandlungen, insbesondere für COVID-19-Patienten mit schwerem Verlauf. Im ersten Teil dieser Arbeit wurde die Infektionsdynamik in lungenähnlichen Zelllinien untersucht. Der Vergleich von SARS-CoV mit SARS-CoV-2-Infektion in Zellen mit niedriger ACE2 Expression ermöglichte es, die Rolle anderer Membranproteine ​​als Virus Eintrittsfaktoren neu zu bewerten. In SARS-CoV-2 infizierten Calu-3-Zellen konnten Reaktionen der Wirtszellen beobachtet werden, die die Interaktion zwischen viralen Proteinen und Proteikinasen der Wirtszelle vermitteln. Im nächsten Teil wurde die angeborene Immunantwort des Wirts auf das Virus untersucht. Primäre, aus Blut isolierte Monozyten, die mit SARS-CoV-2 behandelt wurden, wiesen eine spezifische Protein-Signatur auf, die auf eine Polarisierung der Zellen zu einem profibrischen Makrophagen-Phänotyp hindeutet. Weitere Analysen zeigten, dass dieser Prozess weitgehend unabhängig von bekannten antiviralen Reaktionen und viraler RNA-Sensoren in Monozyten abläuft. Die durch das Virus hervorgerufene Phosphoproteom-Signatur deutet an, dass die profibrotische Polarisierung durch die kombinierte Wechselwirkung von viralen Proteinen und Infektionsnebenprodukten mit Wirtsrezeptoren induziert wurde. Zusammenfassend liefert diese Arbeit einen wertvollen Beitrag zur Aufklärung von Mechanismen, die zu einem schweren COVID-19 Verlauf führen können und hebt dabei die Bedeutung von Proteomanalysen in der Erforschung viraler Erkrankungen hervor. / In this thesis, we used cutting-edge multiplexed quantitative proteomics and phosphoproteomics approaches to study the virus SARS-CoV-2. The newly emerged betacoronavirus is the causative agent of the global pandemic of COVID-19 that began in late 2019. Despite the tremendous research effort in studying this disease, many aspects of the basic viral biology, virus-host interactions and COVID-19 pathophysiology still remain obscure. This prevents the development of targeted treatments, especially for severe COVID-19 patients. In the first part of this thesis, we studied infection dynamics in lung-like cell lines. Comparison between SARS-CoV and SARS-CoV-2 infections in low-ACE2-expressing cells allowed us to re-evaluate the role of other membrane proteins as entry factors. In Calu-3 cells, we could observe host responses mediating the interactions between viral proteins and host kinases. Next, we focused on the innate immune response of the host to the virus. Ex vivo monocytes treated with SARS-CoV-2 exhibited a specific proteomic signature indicating a polarization toward a profibric macrophage phenotype. Further dissection of this response revealed it to be largely independent from the viral RNA sensing and antiviral response cellular mechanisms. Furthermore, the specific phosphoproteomics signature induced by the virus indicated that the profibrotic polarization was induced by the combined interaction between viral proteins and infection byproducts with host receptors. In summary, this thesis shows the power of mass spectrometry based proteomics to study the complex dynamics between viruses and host cells. Furthermore, we uncovered a potential mechanism contributing to the development of severe COVID-19.

Introduktion: SARS-CoV-2-pandemin resulterar i katastrofala både direkta och indirekta konsekvenser, speciellt i utvecklingsländer. Hälso- och sjukvårdspersonal påverkar samhällets åsikter, acceptans och beslutsfattande gällande vaccinering vilket gör att det är viktigt att förstå SARS-CoV-2-vaccintäckning, samt kunskap och attityd gentemot SARS-CoV-2-vaccin i denna målgrupp. Syfte: Att bestämma vilka variabler som är associerade med SARS-CoV-2-vaccination, samt kunskap och attityd gentemot det samma, hos hälso- och sjukvårdspersonal inom nivå 2- och 3-verksamheter i Nairobi. Metod: Ett kvantitativt frågeformulär delades ut till hälso- och sjukvårdspersonal som arbetar inom nivå 2- och 3-verksamheter i Nairobi. Data analyserades med hjälp av IBM SPSS Statistics 28. Chi-square test, Fisher’s exact test, t-test och envägs-ANOVA användes för att bestämma signifikant associerade variabler med SARSCoV-2 vaccinering, samt kunskap och attityd gentemot det samma. Resultat: Studien fann signifikanta samband mellan vaccinationsstatus och kunskapsindex (p=0,04). Gruppen sjuksköterskor, undersköterskor och läkare hade större sannolikhet att vara vaccinerade än andra yrkesgrupper (p=0,027). Positiva signifikanta samband hittades även mellan kunskapsindex och: ålder (p=0,031), att vara kvinna (p=0,029), erfarenhet (p=0,019), att vara vaccinerad (p=0,007), och attitydindex (p= &lt;0,001). Studien fann även ett signifikant samband mellan kunskapsindex och subcounty (p=0,032). Dagoretti South, Embakasi East och Westlands hade de lägsta kunskapsindexen bland de subcounties som deltog i studien. Studien fann även positiva signifikanta samband mellan attitydindex och följande variabler: erfarenhet (p=0,022), att vara vaccinerad (p=&lt;0,001) och kunskapsindex (p=&lt;0,001). Resultaten visar även ett signifikant samband mellan attitydindex och yrke (p=0,025). Slutsats: Resultaten visar på hög vaccinationstäckning och en generellt positiv attityd. Dock belyser studien viktiga kunskapsluckor om COVID-19-vaccin hos deltagarna som bör adresseras i syfte att förbättrabåde kunskapsläget och vaccinationstäckningen i populationen. / Introduction: The pandemic caused by SARS-CoV-2 is having, and will have devastating indirect consequences, affecting developing countries in particular. The SARS-CoV-2 vaccine acceptance, knowledge and attitude among healthcare workers are important to understand since they influence public opinion, community vaccine acceptance, and decision-making regarding vaccination. Aim: To determine the associated variables with SARS-CoV-2 vaccine uptake, knowledge, and attitude among health workers in level 2 and 3 facilities in Nairobi.  Methods: A quantitative questionnaire was distributed to healthcare workers in level 2 and 3 health facilities in Nairobi. Data was analysed using IBM SPSS Statistics 28. Chi-square tests, Fisher’s exact tests, t-tests and one-way ANOVA tests were conducted to determine the associated variables with SARS-CoV-2 vaccine uptake, knowledge, and attitude. Results: A positively significant association was found between vaccine uptake and knowledge index (p=0,04). The group nurses, assistant nurses and physicians were more likely to be vaccinated than other health professions (p=0,027). A positively significant association was found between knowledge index and: age (p=0,031), being female (p=0,029), years of experience (p=0,019), being vaccinated (p=0,007), and attitude index (p=&lt;0,001). A significant association was found between knowledge index and subcounty (p=0,032). Dagoretti South, Embakasi East and Westlands had the lowest knowledge indexes among the subcounties. A positively significant association was determined between attitude index and: years of experience (p=0,022), being vaccinated (p=&lt;0,001), and knowledge index (p=&lt;0,001). Health profession was also found to be significantly associated with attitude index (p=0,025). Conclusion: The results reflect a high vaccination uptake and a general positive attitude. However, the findings identified essential knowledge gaps regarding COVID-19 vaccines among the participants that should be addressed.

Purpose To investigate the relationship between the risk of pediatric inflammatory multisystem syndrome temporally associated with SARS-CoV-2 (PIMS-TS) in children and the predominance of different SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) over time. Methods In relation to the Alpha, Delta, and Omicron VOC phases of the pandemic, the risk of developing PIMS-TS was calculated by analyzing data for rtPCR-confirmed SARS-CoV-2 infections reported to the German statutory notification system, along with data captured by a separate, national PIMS-TS registry. Both overall infection rates and age group-specific ratios of PIMS-TS during the different pandemic phases were calculated using the Alpha period as the baseline. Results The PIMS-TS rate changed significantly over time. When the Alpha VOC was dominant [calendar week (CW) 11 in March–CW 31 in August 2021], the PIMS-TS rate was 6.19 [95% confidence intervals (95% CI) 5.17, 7.20]. When Delta prevailed (CW 32 in August 2021–CW 4 in January 2022), the rate decreased to 1.68 (95% CI 1.49, 1.87). During the Omicron phase (CW 5 in January–CW 16 in April 2022), the rate fell further to 0.89 (95% CI 0.79, 1.00). These changes correspond to a decreased PIMS-TS rate of 73% (rate ratio 0.271, 95% CI 0.222; 0.332) and 86% (rate ratio 0.048, 95% CI 0.037; 0.062), respectively, in comparison to the Alpha period. Rate ratios were nearly identical for all age groups. Conclusion The data strongly suggest an association between the risk for PIMS-TS and the prevailing VOC, with highest risk related to Alpha and the lowest to Omicron. Given the uniformity of the decreased risk across age groups, vaccination against SARS-CoV-2 does not appear to have a significant impact on the risk of children developing PIMS-TS.

Pat. mit Multipler Sklerose haben ein erhöhtes Risiko, einen schweren Verlauf einer SARS- CoV-2 Infektion zu entwickeln. Durch das fehlregulierte Immunsystem und durch die mit dem Krankheitsbild verbundenen vielen körperlichen Einschränkungen treten bei MS Pat. häufiger schwere Infektionen auf. Eine Anti-CD20-Antikörpertherapie depletiert vor allem B-Zellen, zu einem geringen Teil auch T-Zellen. Mit dieser immunsupprimierenden Therapie haben Pat. ein nochmals erhöhtes Infektionsrisiko. Zur B-Zell depletierenden Therapie (BZDT) werden aktuell Ocrelizumab, Ofatumumab und Rituximab verwendet. Durch eine Impfung könnten die MS Pat. mit BZDT vor einer SARS-CoV-2 Infektion geschützt werden bzw. ein schwerer Verlauf durch sie verhindert werden. Die Beurteilung der Effektivität einer Impfung kann durch die Analyse der B-Zell spezifischen und T-Zell spezifischen Impfantwort untersucht werden. Ziel der Studie ist es, herauszufinden, ob Pat. trotz der MS-Erkrankung und einer Anti-CD20 Antikörpertherapie eine Impfantwort entwickeln und ob die Pat. dadurch von einer SARS- CoV2-Impfung profitieren.:Abkürzungsverzeichnis Abbildungsverzeichnis Tabellenverzeichnis 1. Einleitung 1.1 Multiple Sklerose 1.1.1 Epidemiologie 1.1.2 Ätiologie und Risikofaktoren 1.1.3 Pathophysiologie 1.1.4 Symptome 1.1.5 Verlaufsformen 1.1.6 Diagnostik 1.1.7 Prognosefaktoren 1.1.8 Therapie 1.2 SARS-CoV-2 1.2.1 Epidemiologie 1.2.2 Ätiologie und Risikofaktoren 1.2.3 Infektion und ihre Immunantwort 1.2.4 Impfung 2. Fragestellung und Zielsetzung 3. Material und Methode 3.1 Einschlusskriterien 3.2 Methode 3.2.1 B-Zell Antwort 3.2.2 T-Zell Antwort 3.3 Statistik 3.4 Pat.kollektiv 4. Ergebnisse 4.1 Ergebnisse nach der Grundimmunisierung 4.1.1 B- und T-Zell Antwort nach der Grundimmunisierung 4.1.2 Einfluss einer SARS-CoV-2-Infektion auf die B- und T-Zell Antwort nach der Grundimmunisierung 4.2 Ergebnisse nach der Booster Impfung 4.2.1 B- und T-Zell Antwort nach der Booster Impfung 4.2.2 Einfluss einer SARS-CoV-2-Infektion auf die B- und T-Zell Antwort nach der Booster Impfung 4.3 SARS-CoV-2 spezifische B- und T-Zell Antwort im Verlauf 4.4 Bedeutung des zeitlichen Beginns einer BZDT auf die SARS-CoV-2 spezifische Impfantwort 5. Diskussion 6. Zusammenfassung 7. Summary 8. Literaturverzeichnis 9. Danksagung 10. Anhang (einschließlich Originalpublikationen) / Patients with multiple sclerosis generally face an elevated risk of experiencing a severe course of SARS-CoV-2 infection. This heightened susceptibility results from the dysregulated immune system and various physical limitations associated with the disease. Anti-CD20 therapy primarily leads to B-cell depletion and, to a lesser extent, T-cell depletion. Consequently, patients undergoing BCDT, which includes ocrelizumab, ofatumumab, and rituximab, are at an even greater risk of infection due to this immunosuppressive therapy. Vaccination emerges crucial of protecting MS patients undergoing BCDT from SARS-CoV-2 infection or mitigating the severity of the disease. The effectiveness of a vaccination can be assessed by analyzing the B-cell specific and T-cell specific vaccination response. The study aims to ascertain whether patients with MS, despite the disease and anti-CD20 antibody therapy, develop a vaccination response and whether they indeed benefit from a SARS-CoV-2 vaccination.:Abkürzungsverzeichnis Abbildungsverzeichnis Tabellenverzeichnis 1. Einleitung 1.1 Multiple Sklerose 1.1.1 Epidemiologie 1.1.2 Ätiologie und Risikofaktoren 1.1.3 Pathophysiologie 1.1.4 Symptome 1.1.5 Verlaufsformen 1.1.6 Diagnostik 1.1.7 Prognosefaktoren 1.1.8 Therapie 1.2 SARS-CoV-2 1.2.1 Epidemiologie 1.2.2 Ätiologie und Risikofaktoren 1.2.3 Infektion und ihre Immunantwort 1.2.4 Impfung 2. Fragestellung und Zielsetzung 3. Material und Methode 3.1 Einschlusskriterien 3.2 Methode 3.2.1 B-Zell Antwort 3.2.2 T-Zell Antwort 3.3 Statistik 3.4 Pat.kollektiv 4. Ergebnisse 4.1 Ergebnisse nach der Grundimmunisierung 4.1.1 B- und T-Zell Antwort nach der Grundimmunisierung 4.1.2 Einfluss einer SARS-CoV-2-Infektion auf die B- und T-Zell Antwort nach der Grundimmunisierung 4.2 Ergebnisse nach der Booster Impfung 4.2.1 B- und T-Zell Antwort nach der Booster Impfung 4.2.2 Einfluss einer SARS-CoV-2-Infektion auf die B- und T-Zell Antwort nach der Booster Impfung 4.3 SARS-CoV-2 spezifische B- und T-Zell Antwort im Verlauf 4.4 Bedeutung des zeitlichen Beginns einer BZDT auf die SARS-CoV-2 spezifische Impfantwort 5. Diskussion 6. Zusammenfassung 7. Summary 8. Literaturverzeichnis 9. Danksagung 10. Anhang (einschließlich Originalpublikationen)

Un des enjeux pour améliorer la qualité de l’air intérieur des bâtiments est d’adopter de bonnes pratiques, notamment en matière de sélection des matériaux lors des phases de conception. Pour cela, des outils d’aide à la décision/conception sont indispensables en support à ces bonnes pratiques pour atteindre une maîtrise globale de la qualité de l’air intérieur. Dans le domaine du bâtiment, il n’existe pas à ce jour d’outil opérationnel permettant d’estimer, en amont d’une construction, la qualité de l’air intérieur. Des travaux sont engagés sur ce thème mais ils se heurtent à un manque d’informations sur le comportement des matériaux lorsque ceux-ci sont associés et soumis à des conditions normales d’usage. Ces travaux de thèse avaient donc pour objectif d’évaluer le comportement de matériaux (source ou puits) vis-à-vis de la contamination aux composés organiques volatils (COV) et au formaldéhyde lorsqu’ils sont évalués seuls dans des conditions normalisées retenues pour l’étiquetage sanitaire, mais aussi lorsqu’ils sont mis en œuvre dans des projets de construction (impact du changement d’échelle et effet d'assemblage). La méthodologie développée a donc associé des essais à l’échelle du matériau et à l’échelle d’une pièce dans le but d’acquérir des données d’entrée à un modèle pour la prédiction des concentrations et l’évaluation des contributions respectives des différents processus (émissions primaires, échanges aux interfaces air/surfaces intérieures,…) à la contamination intérieure par les COV. Une première partie de ce travail a consisté à évaluer en laboratoire les échanges de COV et de formaldéhyde à l'interface matériau-air pour une sélection de matériaux de construction et de décoration. Les émissions primaires ont été déterminées selon la méthode normalisée ISO 16000-9 et par une méthode d’échantillonnage passif basée sur un couplage cellule d'émission/micro-extraction sur phase solide (SPME) (dispositif DOSEC-SPME) et l’effet de l’assemblage de matériaux et de composants sur la qualité de l’air intérieur a été étudié. Les constantes d’adsorption/désorption du formaldéhyde sur les matériaux sélectionnés ont ensuite été déterminées par une méthodologie innovante. Ces constantes, ainsi que les données d’émission, ont été rassemblées dans une base données pour servir de critères (ou indicateurs) pour la sélection de matériaux respectueux de la qualité de l’air intérieur (QAI). Dans une deuxième partie, les résultats obtenus en conditions de laboratoire ont été confrontés à ceux obtenus en conditions réelles à l’échelle d’une pièce dans le cadre d’une étude de plusieurs mois dans le but de mettre en évidence l’impact du changement d’échelle. La dernière partie de cette thèse a consisté à développer un modèle de prévision de la QAI intégrant les données d'adsorption/désorption préalablement déterminées. A terme, la base de données et le modèle ont vocation à constituer des outils de gestion pour orienter les choix en matière de matériaux, de configuration et d'usage d’un bâtiment dans l’optique d’une réduction à la source des émissions de COV dans l’air intérieur. / One of the challenges for improving the indoor air quality of buildings is to adopt good practices, especially in the selection of materials during design phases. To this end, decision-making / design tools are essential in support of these good practices to achieve global control of indoor air quality.In the building sector, there is currently no operational tool to estimate the indoor air quality in building. Work is underway on this theme, but they encounter a lack of information on the behavior of materials when they are associated and subject to normal conditions of use.The purpose of this thesis was therefore to evaluate the behavior of materials (source or sink) with respect to contamination with volatile organic compounds (VOCs) and formaldehyde when they are evaluated alone under standardized conditions selected for health labeling, but also when they are implemented in construction projects (impact of the change of scale and the effect of assembly). The developed methodology has therefore combined material-scale and room-scale testing to acquire input data to a model for concentration prediction and assessment of the respective contributions of different processes (primary emissions, exchanges at air / interior surfaces interfaces, ...) to internal contamination by VOCs.A first part of this work consisted of laboratory evaluation of VOC and formaldehyde exchanges at the material-air interface for a selection of construction and decoration materials. The primary emissions were determined according to the ISO 16000-9 standard method and a passive sampling method based on solid-phase emission / micro-extraction (SPME) (DOSEC-SPME device) and the effect of the assembly of materials and components on indoor air quality has been studied. The adsorption / desorption constants of formaldehyde on the selected materials were then determined by an innovative methodology. These constants, as well as emission data, have been collated into a database to serve as criteria (or indicators) for the selection of IAQ-compliant materials.In a second part, the results obtained under laboratory conditions were compared with those obtained under real-world conditions on a scale of a part in a study of several months in order to highlight the impact of the change of scale.The last part of this thesis consisted in developing an IAQ prediction model integrating previously determined adsorption / desorption data. Ultimately, the database and the model are intended to constitute management tools to guide the choice of materials, configuration and use of a building with a view to reducing emissions at the source VOC in the indoor air.

Ce travail vise l'étude de l'oxydation catalytique des Composés Organiques Volatils (COVs). L'objectif principal est de trouver des matériaux catalytiques qui sont des alternatives aux métaux nobles très onéreux. La recherche des matériaux catalytiques actifs, sélectifs, stables dans le temps et à base de métaux de transition est abordée. Afin d'améliorer les performances catalytiques des métaux de transition, la dispersion de l'espèce métallique doit être optimisée en utilisant une méthode de synthèse adéquate. Les différents solides préparés ont été caractérisés par différentes techniques physico-chimiques : la Diffraction des Rayons X (DRX), les Analyses Thermiques (ATD/ATG), la Spectroscopie Infrarouge (IR), la Réduction en Température Programmée (H₂-RTP), la Microscopie Electronique à Balayage (MEB), la Spectroscopie de Photoélectrons induits par rayons X (SPX)...De plus, les oxydes obtenus ont été testés dans les réactions d'oxydation totale du COV propène. En premier lieu, nous avons focalisé notre travail sur la préparation d'une série d'oxydes mixtes Co-Mg/Al-Fe par voie hydrotalcite afin d'obtenir des propriétés intéressantes en catalyse hétérogène. Cette étude consiste surtout à évaluer la substitution des cations bivalents et trivalents. Il s'est avéré que le solide contenant à la fois du cobalt et du fer (CoFe) possède l'activité catalytique la plus élevée. L'intérêt de la voie hydrotalcite par rapport à d'autres méthodes de synthèse, telles que la méthode classique et le mélange mécanique des oxydes a été mis en évidence. En second lieu, l'utilisation des irradiations micro-ondes lors de la synthèse des matériaux hydrotalcites a été également étudiée comme une méthode de synthèse non-conventionnelle. Un effet bénéfique a été observé avec l'utilisation des micro-ondes dû principalement à des surfaces spécifiques plus élevées et à une meilleure réductibilité des espèces oxydes. En outre, cette étude vise également la mise au point de cette nouvelle méthode. De ce fait, l'optimisation de la température, durée et puissance des irradiations micro-ondes a été effectuée sur le solide CoFe, afin de montrer l'influence de chaque paramètre sur les propriétés physico-chimiques des matériaux. En troisième lieu, la synthèse d'une série de catalyseurs par voie hydrotalcite avec différentes teneurs en Co²⁺ et Fe³⁺ a été effectuée. L'influence du rapport molaire sur la structure hydrotalcite a été montrée. Une comparaison entre ces solides et ceux préparés par la méthode micro-ondes a été également abordée. / This work aims to study the catalytic oxidation of Volatile Organic Compounds (VOCs). The main objective is to find catalytic materials that are alternatives to very expensive noble metals. The search for transition metal based catalysts is investigated. Furthermore, to improve the catalytic performance of the transition metals, their dispersion must be optimized using an adequate synthetic method. The various prepared solids were characterized by different physicochemical techniques : X-ray Diffraction (XRD), Thermal Analysis (TDA/TGA), Infrared Spectroscopy (IR), Temperature Programmed Reduction by hydrogen (H₂-TPR), Scanning Electron Microscopy (SEM), X-ray Photoelectron Spectroscopy (XPS)...Moreover, the obtained oxides were tested in the total oxidation of the VOC propene. Firstly, we focused our work on the preparation of a series of Co/Fe hydrotalcites -like samples by the traditional co-precipitation method. This study consists mainly of evaluating the substitution of bivalent and trivalent cations. It has been found that the solid containing both cobalt and iron (CoFe) has the highest catalytic activity. The interest of the hydrotalcite route compared to other methods of synthesis, such as the classical method and the mechanical mixing of oxides was put into evidence. Secondly, the use of microwave irradiation during the synthesis of hydrotalcite materials has also been studied as an unconventional method of synthesis. A beneficial effect has been observed with the use of microwaves due mainly to higher specific surface areas and better reducibility of the oxide species. In addition, an optimization of the temperature, duration, and power of the microwave irradiations was carried out on the CoFe solid, in order to show the influence of each parameter on the physico-chemical properties of the materials. Thirdly, the synthesis of a series of hydrotalcite catalysts with different ratio of Co²⁺ and Fe³⁺ was carried out. The influence of the molar ratio on the hydrotalcite structure has been shown. A comparison between these solids and those prepared by the microwave method was also discussed.