Orientador: Denise Vaz de Macedo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T10:10:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gandra_PauloGuimaraes_D.pdf: 3901290 bytes, checksum: ee5d5ae8b4367d8ada3a77f8e845aec2 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A presente tese apresenta os resultados de dois estudos utilizando análise proteômica, sobre os efeitos agudos e crônicos do exercício de endurance no músculo de ratos. No primeiro estudo foram coletadas amostras de gastrocnemio de animais controle não exercitados, e exercitados em teste incremental de media duração em esteira ate a exaustão. Os ratos foram sacrificados 3h e 24h após o exercício. Utilizamos a abordagem clássica da análise proteômica quantitativa, que utiliza a eletroforese bidimensional (2DE) para separação das proteínas, e a espectrometria de massas para identificação destas proteínas. Seis spots apresentaram alterações significativas no volume relativo. Os spots identificados como gliceraldeido-3-fosfato desidrogenase, triose fosfato isomerase 1, subunidade beta da piruvato desidrogenase E1, carnitina palmitoil transferase 2 e HSC70 mostraram-se mais abundantes apos o exercício. Já o spot identificado como ?-actina mostrou-se menos abundante apos o exercício. Estes resultados sugerem que um único estímulo de endurance em animais destreinados não estimula a síntese de proteínas miofibrilares, mas sim de proteínas sarcoplasmáticas e mitocondriais. Essas alterações no músculo destreinado serviriam para precondicionar o músculo para realização de um exercício subsequente. No segundo estudo apresentamos a análise proteômica da porção vermelha (GV) e branca (GB) do gastrocnemio de ratos controle não treinados (C), de ratos bem adaptados ao exercício de endurance (T1), e de ratos treinados e submetidos a um período de overtraining (T2). Os ratos do grupo T2 foram subdivididos ainda em grupo overreaching funcional (FOR), que exibiram aumento ou manutenção do desempenho após o overtraining, e grupo overreaching não funcional (NFOR), cujo nível de desempenho estava diminuído apos o overtraining. Na comparação entre C, T1 e T2, 32 spots demonstraram alterações no GV e 22 no GB. No GV as maiores alterações ocorreram no grupo T2. As proteínas com aumento na abundancia indicam aumento da biogênese mitocondrial, da capacidade de captar lipídeos, maior capacidade antioxidante, maiores abundancia de chaperonas e transformação das fibras no sentido de rápidas para lentas, sugerindo que um período de overtraining e eficiente em adaptar o músculo esquelético. Já no GB as adaptações esperadas com o treinamento de endurance não foram aparentes. A diminuição da abundância de spots da aconitase sugere um maior ataque oxidativo no GB do que no GV. Após o estímulo crônico proteínas do miofilamento e de interação com o miofilamento e citoesqueleto demonstraram abundância alterada. No seu conjunto, nossos resultados sugerem que a resposta inicial do músculo a um único estimulo de endurance envolve um aumento inespecífico da capacidade de produção de ATP, enquanto a estimulação crônica aumenta somente a capacidade oxidativa, com uma concomitante diminuição da abundancia de proteínas glicoliticas. Além disso, chamam a atenção para um papel chave das mitocôndrias e proteínas dos miofilamentos e citoesqueleto no processo adaptativo e maldaptativo ao exercício. / Abstract: In the present work the acute and chronic changes in rat skeletal muscle in response to endurance exercise were investigated by proteomic analysis. The results are presented in two separated studies. In the first study gastrocnemius muscle were sampled from control non exercised animals and from animals exercised to exhaustion in an incremental manner in a treadmill. Exercised rats were sacrificed 3 and 24h after exercise cessation. We used the classic proteomic approach which utilizes two dimensional electrophoresis (2DE) to separate the proteins and mass spectrometry to identify these proteins. Six spots presented significant alterations in their relative volume. Spots identified as GAPDH, triose phosphate isomerase 1, beta subunit of pyruvate dehydrogenase E1, carnitine palmitoil transferase 2 and HSC70 were up-regulated after exercise. The spot identified as ?-actin was down-regulated after exercise. This results suggests that one bout of endurance exercise in untrained muscle may stimulate sarcoplasmic and mitochondrial proteins synthesis but not myofibril proteins. Proteins presenting increased abundance after one single bout of endurance exercise may be important for the preconditioning of skeletal muscle for a subsequent exercise bout. In the second study we present the proteomic analysis of the red (RG) and white portion (WG) of gastrocnemius muscle sampled from rats well adapted to endurance exercise (T1), well trained and submitted to an overtraining period (T2) and from control non exercised rats (C). Rats from group T2 were also subdivided in a functional overreaching group (FOR) which is composed by rats demonstrating an enhanced or unchanged performance after the overtraining period or a non functional overreaching group (NFOR) which is composed by rats demonstrating decreased performance levels after the overtraining period. When comparing C, T1 and T2, 32 spots demonstrated altered abundance in RG and 22 in the WG. The main alterations in RG were observed in the T2 group and indicated increased mitochondrial biogenesis, increased capacity of lipid uptake, antioxidant capacity, chaperone function, and a shift of fiber type from a fast-glycolytic to a slow-oxidative pattern. All these changes demonstrated the efficiency of an intensified training period to adapt skeletal muscle. The expected adaptations to endurance training were not evident in WG and the results such as decreased aconitase spots volume suggest higher oxidative stress levels in WG than in RG during overtraining. Myofilament and myofilament interacting proteins abundance were altered after chronic endurance stimuli. The results presented here suggests that the initial response of skeletal muscle to one single bout of endurance exercise encompasses an nonspecific increase of ATP production capacity while chronic stimulation increases only the oxidative capacity with a concomitant decrease in glycolytic proteins abundance. Also the results draw attention to the roles of mitochondria and myofilament proteins in adaptation and maladaptation to endurance exercise. / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Raquel Fernanda Gerlach, Frederico Barbosa de Sousa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-17T01:33:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Porto_IsabelMaria_D.pdf: 20861055 bytes, checksum: 0299cefd6df5fb84fe2f7a034ca14273 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O esmalte é o tecido mais mineralizado do corpo. Esta característica o torna um tecido altamente conservado no período post mortem. Por isso ele é citado como o melhor tecido para se estudar matéria orgânica em fósseis no campo da antropologia, paleontologia e arqueologia. É possível também a determinação do sexo na ciência forense. Porém a dificuldade está em se extrair o conteúdo orgânico destes dentes, já que o esmalte maduro contém menos de 1% de proteínas. Dois estudos da presente tese descrevem um método muito eficiente em extrair proteínas do esmalte. Esta mineralização do esmalte dentário pode ser prejudicada por doenças, como a fluorose dentária por exemplo. Em nosso terceiro estudo, analisamos o perfil dos aminoácidos para saber se o flúor interfere na clivagem das amelogeninas. Neste estudo, a clivagem da amelogenina não é afetada pelo flúor em dentes humanos fluoróticos erupcionados e inclusos. O quarto estudo traz como hipótese que a distribuição espacial dos conteúdos bioquímicos nas lesões fluoróticas do esmalte se assemelha aquela observada na última onda de mineralização durante o estágio de maturação. Observou-se neste estudo que há um aumento do conteúdo orgânico e uma hipomineralização na superfície no esmalte fluorótico, tanto nos terceiros molares erupcionados quanto inclusos. Estes dados sugerem que a lesões fluoróticas em esmalte humano refletem a composição do esmalte no período tardio de maturação da amelogênese / Abstract: The dental enamel is the most highly mineralized tissue in the body. Due to its characteristics, the enamel is highly inert to changes brought about by time and the environment, being a very important source of information for palaeo-, palaeanthropo-, and anthropologists. The enamel proteins are also used for sex identification in forensic science. But protein recovery from the enamel it is a challenging task. Here, we present two studies that describe procedures very effective in providing enamel samples that are adequate for protein analysis. This mineralization could be impaired by diseases like dental fluorosis, for example. In the third study, we analyzed the amino acid profile in the erupted and nonerupted fluorotic human teeth compared to control ones. In this study the cleavage of amelogenin was not affected by fluoride in the fluorotic teeth. In the fourth study we hypothesized that the composition of fluorotic lesions may resemble the enamel found during last wave of enamel mineralization. We found an increase in the organic content and a superficial hypomineralization of the fluorotic enamel, in both erupted and non-erupted human third molars. These data suggest that in both non-erupted and erupted human teeth the fluorotic lesions resembles the late maturation stage enamel, which is not mineralized until maturation is completed / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientador: Felix Guillermo Reyes Reyes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-17T10:10:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sismotto_Marcela_M.pdf: 608581 bytes, checksum: 06d9dc244d3f9c3dfc7c4d6225ed5c95 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O resumo poserá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full eletronic digital document / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-18T08:57:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_VanessaGoncalvesdos_M.pdf: 2677797 bytes, checksum: df960f3d5c05d314477c8333f88eb71a (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Um estudo de mecanismo de reação, seja ele por espectrometria de massas ou por outras técnicas, deve garantir que as propostas estejam o mais próximo possível do mecanismo da reação estudada. Para isso o estudo deve reproduzir as condições experimentais para esta reação com a mínima interferência, deste modo, o uso de aditivos (sejam eles ácidos ou básicos) para protonar ou desprotonar os intermediários de reação podem perturbar o caminho reacional ou mesmo o equilíbrio da reação em estudo. Além disso, o favorecimento de uma espécie em relação as demais, de acordo com a afinidade por prótons, pode dificultar a detecção de alguns dos intermediários de interesse, prejudicando assim a interpretação do mecanismo. Sendo assim, o presente trabalho tem como objetivo propor novas metodologias para o estudo de mecanismos de reações orgânicas por espectrometria de massas, de forma buscar soluções e contornar problemas inerentes da técnica. No presente trabalho, foi avaliado a utilização de reagentes carregados, (não ácidos e não básicos) não sendo necessário, neste caso, o uso de aditivos, uma vez que todos os intermediários irão carregam uma ¿etiqueta¿ de carga que facilita sua detecção por espectrometria de massas. Estes reagentes marcados foram utilizados no estudo do mecanismo da reação multicomponente de Hantzsch. Além disso, uma nova fonte de ionização ambiente foi desenvolvida com o propósito de facilitar estudos online de mecanismos reacionais, a qual se mostrou útil sendo útil não apenas para monitorar o andamento da reação, mas também para um estudo mais detalhado do mecanismo, permitindo a detecção de intermediários transientes presentes no meio reacional que são de extrema importância para a elucidação do mecanismo da reação. Por fim, a nova fonte foi empregada no estudo online da reação multicomponente de Hantzsch de forma a avaliar cineticamente o mecanismo anteriormente estudado por ESI-MS(/MS) / Abstract: A study of reaction mechanisms, either by mass spectrometry or by another technique, should ensure that proposals are similar the possible mechanism of the reaction studied. For this study should accurately reproduce the experimental conditions for this reaction with minimal interference. Thereby, using additives (acids or basics) to protonated or deprotonated the intermediates in solution can disturb the reaction path or even the equilibrium of the reaction studied. Moreover, the encouragement of a species in relation to others, according to the affinity for protons, may hinder the detection of some of the intermediate of interest, thus hampering interpretation of the mechanism. This dissertation aims to propose new methodologies for studying the mechanisms of organic reactions by mass spectrometry, in order to seek solutions and to get over problems inherent in the technique. Thus, a new ionization source was developed aiming to became possible online mechanisms studies, this new source could be useful not only to monitor the progress of the reaction but also for a more detailed study of the mechanism, allowing the transient intermediates detection on solution, which are important to mechanism elucidation. Moreover, this source was applied in the analysis of commercial samples like drugs, alcoholics drinks and crude oil, in order to show its efficacy either to pure samples and complex matrices. Our work proposes also the use of charged tags in order to perform analysis without additives (acids or basics), since all intermediates are charged, making it easy its detection by mass spectrometry. These charged tags are going to be used in the investigation concerning the multicomponent Hantzch reaction / Mestrado / Quimica Organica / Mestre em Química

Orientadores: Francisco Carlos Groppo, Reginaldo Bruno Gonçalves / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-12T19:00:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cogo_Karina_D.pdf: 3355648 bytes, checksum: d8afd799c6d162cda6cbb9bad9d225a5 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O uso do cigarro tem sido associado com a progressão da periodontite bem como com a redução da resposta à terapia aplicada a essa doença. Porphyromonas gingivalis é um importante colonizador do biofilme subgengival além de ser um dos principais patógenos envolvidos no estabelecimento e progressão da doença periodontal. No entanto, os possíveis efeitos dos principais derivados do cigarro sobre P. gingivalis ainda não foram totalmente investigados. Dessa forma, os objetivos deste estudo foram avaliar os efeitos da nicotina e cotinina sobre a expressão de proteínas e sobre a capacidade de adesão e invasão celular de P. gingivalis. A fim de avaliar a expressão de proteínas, culturas de P. gingivalis W83 foram expostas à nicotina e cotinina nas concentrações de 6 e 600µg/mL, as proteínas foram extraídas, separadas por eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (12.5% SDS-PAGE) e identificadas por LC-MS/MS. Os géis e suas corridas eletroforéticas foram feitas em triplicatas e a detecção de proteínas nos mesmos foi feita através de coloração com corante Coomassie. Proteínas diferentemente expressas foram digeridas com tripsina e as amostras de peptídeos sequenciadas utilizando um sistema Q-TOF API LC-MS/MS. A busca MS/MS foi realizada utilizando os bancos de dados MSDB e NCBI através do programa Mascot. Para examinar a capacidade de adesão e invasão de P. gingivalis, monocamadas de células KB e culturas de P. gingivalis ATCC 33277 foram expostas às concentrações de 0.1, 10 e 100 µg/mL de nicotina e cotinina. As células epiteliais foram incubadas por 24 h enquanto P. gingivalis foi exposta a essas substâncias até atingir a fase logarítmica. Após o período de incubação, P. gingivalis foi submetida aos ensaios de adesão e invasão às células KB. O número de bactérias associadas às células foi obtido através de contagem de unidades formadoras de colônia. Os resultados obtidos da análise expressão de proteínas mostraram que a adição de nicotina e cotinina promoveram alterações no proteoma de P. gingivalis. Entre os ± 430 spots de proteínas reproduzíveis detectados em cada gel, 20 proteínas foram menos expressas e 42 foram mais expressas em pelo menos um dos tratamentos (p<0.05; ANOVA - Tukey). Entre as proteínas identificadas, muitas estavam envolvidas em processos como produção de energia celular, síntese de proteínas, estresse oxidativo, virulência, transporte, etc. Em relação aos resultados obtidos nos ensaios de adesão e invasão, foi evidenciado que, quando as células epiteliais foram inoculadas com nicotina e cotinina, nenhuma diferença significativa na colonização de P. gingivalis foi encontrada. Quando P. gingivalis foi exposta à maior concentração de cotinina, sua capacidade de adesão e invasão às células epiteliais aumentou de forma expressiva (p<0.05; ANOVA - Tukey). No entanto, a nicotina e as outras concentrações de cotinina testadas não alteraram a capacidade de colonização. Esses achados indicam que a nicotina e a cotinina podem afetar a expressão de proteínas de P. gingivalis. Ainda, a cotinina pode alterar positivamente a eficiência de adesão e invasão de P. gingivalis. / Abstract: Cigarette smoking is associated with the development of periodontitis and the decreased response to periodontal therapy. P. gingivalis is an important colonizer of the subgingival biofilm and is one of the major pathogens involved in the initiation and progression of periodontal disease. However, the possible effects of major cigarette's derivatives on P. gingivalis were not fully investigated. Thus, the purpose of the present study was to evaluate the effects of nicotine and cotinine on the protein expression and cellular adhesion and invasion abilities of P. gingivalis. To evaluate protein expression, P. gingivalis W83 cultures were exposed to nicotine and cotinine 6 and 600µg/mL concentrations, the proteins were extracted, separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (12.5% PAGE) and identified with LC-MS/MS. The gels were run in triplicates and detection of proteins was obtained by staining the gels with Coomassie blue. Proteins differentially expressed were digested with trypsin, and the peptide samples sequenced using a Q-TOF API LC-MS/MS system. The MS/MS was searched against the MSDB and NCBI databank using Mascot program. In order to assess P. gingivalis adhesion and invasion abilities, KB cells monolayers and P. gingivalis ATCC 33277 cultures were exposed to 0.1, 10 and 100 µg/mL nicotine and cotinine concentrations. The epithelial cells were incubated for 24 h while P. gingivalis was exposed to these substances until early logarithmic phase. After incubation period, P. gingivalis were submitted to assays to evaluate adhesion to and invasion of KB cells. The number of bacteria associated with these cells was assessed by counting the colony-forming unities. The results from protein expression analyses showed that addition of nicotine and cotinine promoted alterations in proteome profile of P. gingivalis. Among ± 430 protein spots reproducibly detected on each gel, 20 protein spots were downregulated, and 42 were upregulated at least in one treatment (p<0.05; ANOVA - Tukey test). The identified proteins are involved in several processes, i.e. energy production, protein synthesis, oxidative stress, virulence, transport and binding activities. Data obtained from adhesion and invasion assays evidenced that epithelial cells inoculated with nicotine and cotinine did not show any significant differences in P. gingivalis colonization. When P. gingivalis was exposed to the higher concentration of cotinine, adherence and invasion of this bacterium to the epithelial cells markedly increased (p<0.05; ANOVA - Tukey test). However, nicotine and the other concentrations of cotinine did not alter the colonization ability. These findings indicate that nicotine and cotinine may affect P. gingivalis protein expression. In addition, cotinine may alter positively P. gingivalis adhesion and invasion efficiencies. / Doutorado / Farmacologia, Anestesiologia e Terapeutica / Doutor em Odontologia

Orientadores: Jose Francisco Hofling, Marta Cristina Teixeira Duarte / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-13T20:36:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Furletti_VivianFernandes_D.pdf: 15725192 bytes, checksum: 65483e2911af2ad708e51cdf6c4f01ab (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Os fungos pertencentes ao gênero Candida fazem parte da microbiota residente da cavidade bucal, sendo comumente considerados microrganismos comensais inofensivos. No entanto, sob determinadas circunstâncias, podem superar as defesas do hospedeiro e agir como oportunistas, produzindo diversas manifestações clínicas superficiais ou ainda podem estar associados a outras doenças. Estudos recentes indicam uma crescente resistência entre isolados de Candida albicans de bolsas periodontais aos antifúngicos azólicos, sugerindo que a cavidade oral pode ser um reservatório de leveduras resistentes. Esta resistência de patógenos humanos a múltiplas drogas é bem conhecida atualmente, e mostra a necessidade da busca de substâncias antimicrobianas a partir de novas fontes, incluindo plantas. Isto pode ser observado devido a um crescente interesse nas medicinas alternativas e nas terapias naturais milenares utilizadas no tratamento de diversas patologias. O objetivo deste trabalho foi estudar a ação de extratos, óleos essenciais de Allium tuberosum, Coriandrum sativum, Cymbopogom martini, Cymbopogon winterianus e Santolina chamaecyparissus e frações da planta medicinal de melhor atividade sobre a formação do biofilme de espécies da levedura Candida spp. provenientes de amostras clínicas obtidas da cavidade oral de adultos (pacientes portadores de doença periodontal) através da técnica de microdiluição e assim obter a MIC das plantas frente aos isolados de Candida spp. Análises de microscopia eletrônica de varredura (MEV) também foram realizadas com intenção de se verificar se ocorerram alterações morfológicas na parede das leveduras. O material vegetal de melhor atividade contra células planctônicas e biofilme de Candida spp. foi o óleo essencial de Coriandrum sativum. Como conseqüência da boa atividade inibitória esse óleo essencial foi fracionado e a fração de melhor atividade foi a do grupamento F8-10 cuja capacidade de inibição foi considerada forte. Essa fração então foi analisada quimicamente observando-se a presença de três compostos ativos majoritários que demonstraram forte inibição frente às células de levedura sendo que a mistura destes promoveu a melhor MIC (0,0005mg/mL). Através da MEV pode-se observar qualitativamente as mudanças na morfologia das células planctônicas e na estrutura do biofilme das espécies de Candida / Abstract: The Fungi, from the genus Candida, belong to the macrobiotic residence of the oral cavity. They are known as harmless commensally micro-organisms. However, under certain circumstances, they can overcome the host's defenses and act as opportunistic, producing innumerous clinical manifestations or they might be associated to diseases. Recent studies indicate an increasing resistance of Candida albicans isolated periodontal pockets to the azole antifungal, suggesting that the oral cavity can be a reservoir of resistant yeast. This resistance of human pathogens to multiple drugs is well known nowadays and demonstrates the necessity to research for antimicrobial substances from new resources, including plants. This can be noticed due to a growing interest in alternative medicine and natural therapies used in the ancient treatment of various diseases. The purpose of this study was to research on the action of extracts, essential oils of Allium tuberosum, Coriandrum sativum, Cymbopogon martini, Cymbopogon winterianus and Santolina chamaecyparissus and fractions of medical plants with the best activity on biofilms formation of species of yeast Candida spp. prominent from clinical samples obtained from adults oral cavity (patients with periodontal disease) by the technique of microdilution and thereby obtaining MIC (minimal inhibitory concentration) of the plants against the isolated Candida spp. Analysis of scanning electron microscopy (SEM) were also performed with the intention to verify if there were morphological changes on the wall of yeasts.The natural material of best activity against planktonic and biofilm cells of Candida spp. was the essential oil of Coriandrum sativum. As a result of good inhibitory activity this essential oil was fractionated and the fraction with the best activity was the group F8-10, from which the capacity of inhibition was considered strong. This fraction was then chemically analyzed and it was found the presence of three major active components that showed strong inhibition against the yeast cells. The mixture of these substances promoted the best MIC (0.0005 mg / mL). Through the SEM was proved qualitatively changes in the morphological structure of planktonic cells and biofilm cells of Candida species / Doutorado / Microbiologia e Imunologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientador: Fernando Antonio Santos Coelho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-15T03:19:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Abella_CarlosAlbertoMiranda_D.pdf: 8234084 bytes, checksum: 0320b741bad5e28b8ad206ec73935836 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo:O capítulo 1 relata os intermediários atingidos visando à síntese do alcalóide (±)-8-a-etoxiprecrivelina. Obteve-se um intermediário com todos os grupos funcionais necessários para atingir o alvo. A adição de metilamina sobre o aduto de Morita-Baylis-Hillman sililado proveniente do bromopiperonal levou ao produto de adição syn com elevada diastereosseletividade que foi racionalizada através de cálculos teóricos. Através de uma mudança na rota sintética inicialmente proposta, foi possível inserir um álcool secundário necessário através de uma reação de ozonólise seguida de redução quimiosseletiva. Dada a ausência na literatura deste tipo de reação sobre olefinas de adutos de Morita-Baylis-Hillman com anéis aromáticos, realizaram-se testes com adutos possuindo diferentes demandas eletrônicas no anel aromático os quais foram obtidos na sua maioria com sucesso. O capítulo 2 descreve a aplicação de uma metodologia desenvolvida no nosso grupo de pesquisa visando a síntese de alcalóides indolizidínicos a partir de lactamas bicíclicas polifuncionalizadas. Estas últimas foram obtidas nas suas formas racêmicas e quiral. O aldeído quiral sintetizado não racemizou nas condições empregadas na síntese do aduto de Morita-Baylis-Hillman, o qual foi obtido de forma majoritária como anti. Os diastereoisômeros foram separados e o majoritário ciclizado para fornecer a lactama bicíclica. A primeira parte do capítulo 3 relata as tentativas de usar bases de Tröger como catalisadores na reação de Morita-Baylis-Hillman, as quais se mostraram infrutíferas. Na segunda parte do mesmo capítulo, o mecanismo de reação de formação de bases de Tröger foi estudado por ESI-MS usando tanto formaldeído como urotropina como fontes de metileno. Os intermediários chaves foram caracterizados via ESI-MS/MS e determinou-se que o mecanismo envolve uma seqüência de reações de substituição eletrofílica aromática / Abstract: Chapter 1 describes the intermediates obtained towards the total synthesis of (±)-8-a-ethoxyprecriwelline. An intermediate with all required functionalities was obtained in order to achieve the target. Methylamine addition on silylated Morita-Baylis-Hillman adduct obtained from bromopiperonal gave mostly the syn diastereoisomer which was rationalized by the use of theoretical calculations. By means of changing the original synthetic proposal, it was possible to introduce a necessary secondary alcohol through an ozonolysis reaction followed by chemoselective reduction. Since there was no evidence of this kind of reaction on olefin of Morita-Baylis-Hillman adducts with aromatic ring in the literature, some test were done with adducts having different electronic requirements on the aromatic ring, and most were successfully obtained. Chapter 2 shows the application of a methodology developed in our research group envisaging the synthesis of indolizidinic alkaloids from polyfunctionalized bicyclic lactams. The latter were obtained in its racemic and chiral form. The chiral aldehyde synthesized didn' t racemize in the conditions used in the synthesis of Morita-Baylis-Hillman adduct, which was obtained as the anti as the major diastereomer. Both diastereomers were separated and the major one was cyclized to produce the bicyclic lactam. The first part of chapter 3 tells the tentative of use of Tröger' s bases as catalyst in the reaction of Morita-Baylis-Hillman, which didn' t prove useful. In the second part of the same chapter, the mechanism of formation of Tröger' s bases was studied by ESI-MS using formaldehyde as well as urotropine as the source of methylene. Key intermediates were characterized by ESI-MS/MS and it was found that the mechanism involves a sequence of electrophilic aromatic substitution reaction / Doutorado / Quimica Organica / Doutor em Ciências

Orientador: Helena Teixeira Godoy / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-11T10:31:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Scherer_Rodrigo_D.pdf: 928592 bytes, checksum: 5a302dc29cabc12b55ee37f7e292ef66 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: No presente trabalho foram avaliados alguns extratos vegetais com relação à atividade biológica (antioxidante e antimicrobiana) e sua composição. Do carrapicho (Xanthium strumarium) foram estudados 18 extratos diferentes obtidos com extração supercrítica, hidrodestilação, maceração, maceração dinâmica e soxhlet com solventes de diferentes polaridades, incluindo metanol, etanol, acetato de etila e clorofórmio/diclorometano (1/1), enquanto que das plantas cravo-da-índia (Caryophillus aromaticus L.), citronela (Cymbopogon winterianus) e palmarosa (Cymbopogon martinii) apenas o óleo essencial. Também foram avaliadas as frações isoladas eugenol e eucaliptol. Para determinação da atividade antioxidante foi desenvolvido um novo índice utilizando o radical DPPH (2,2-difenil-1-picril-hidrazila), chamado de Índice de Atividade Antioxidante (IAA), através do qual foi possível comparar a capacidade antioxidante dos diferentes extratos vegetais com compostos de referência. A determinação da atividade antimicrobiana foi realizada através da determinação da concentração inibitória mínima (CIM), através da qual a ação antimicrobiana dos extratos foi comparada com a ação de alguns antibióticos frente aos microrganismos Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Salmonella thyphimurium, Pseudomonas aeruginosa e Clostridium perfringens. Na avaliação da composição das frações voláteis, foi utilizada a cromatografia a gás com detector de massas para a identificação e com detector de ionização em chama para a quantificação dos compostos. Nos extratos fixos, foi utilizada a cromatografia líquida com detector de arranjo de diodos e detector de massas para a confirmação da identidade dos compostos fenólicos avaliados. Os resultados mostraram que os extratos hidrodestilados e extratos supercríticos de X. strumarium apresentaram uma composição qualitativa muito semelhante, entretanto, foram diferentes quantitativamente, pois no extrato hidrodestilado o _-guaieno foi encontrado com 79,6% da composição, enquanto que nos extratos supercríticos a concentração foi de 0,2 a 0,5%. Os extratos hidrodestilados e os extratos supercríticos de X. strumarium apresentaram ação antioxidante muito fraca, porém forte ação antimicrobiana, entretanto, os extratos fixos de X. strumarium apresentaram forte ação antioxidante e forte ação antimicrobiana. Nos extratos fixos de X. strumarium foram identificados dois compostos fenólicos majoritários, o ácido ferúlico e o ácido clorogênico, sendo que esses compostos foram encontrados em maiores quantidades nos extratos metanólicos e etanólicos do que nos extratos obtidos com acetato de etila e diclorometano/clorofórmio. Além disso, foi encontrado um alto grau de correlação entre o teor desses compostos com a atividade antioxidante dos extratos. Foi encontrado nos cotilédones e nas sementes de X. strumarium o composto hepatotóxico carboxiatractilosideo, mas não foi encontrado nas folhas em estádio adulto, sendo assim, o uso medicinal dessa planta deve ser restrito apenas as folhas na fase adulta. Tanto o óleo de cravo quanto o eugenol apresentaram atividade antioxidante muito forte e ação antimicrobiana forte a moderada sobre os microrganismos avaliados. Os óleos de citronela e palmarosa e o eucaliptol apresentaram fraca ação antioxidante, porém forte a moderada ação antimicrobiana. O eugenol é o componente majoritário do óleo de cravo seguido pelo _-cariofileno, enquanto que nos óleos de citronela e palmarosa, o _-citronelal e o geraniol foram os componentes majoritários, respectivamente. Considerando que o eucaliptol e o eugenol apresentaram boa atividade antimicrobiana, e o fato de serem frações isoladas, o que facilita o controle de qualidade e a aquisição de lotes homogêneos de amostras, os dois compostos foram escolhidos para serem testados como alternativa aos antibióticos utilizados como promotores de crescimento em frangos de corte no período de 1 a 21 dias. No experimento, foram utilizados 392 pintos machos distribuídos em 7 tratamentos onde foram utilizados o eucaliptol e o eugenol microencapsulados e o antibiótico avilamicina. Os resultados mostraram que a associação dos dois compostos afetou negativamente o desempenho das aves, entretanto, a utilização de eucaliptol (500 mg/kg) ou eugenol (500 mg/kg) melhorou o desempenho das aves em relação ao controle. Não foram verificadas diferenças significativas com o tratamento de 10 mg/kg de avilamicina, portanto, é possível substituir a avilamicina pelos extratos vegetais testados sem comprometer o desempenho das aves na fase inicial / Abstract: In this work the biological activity (antioxidant and antimicrobial), as well as the composition of several plant extracts were studied. For cocklebur (Xanthium strumarium), 18 different extracts were studied, including supercritical extraction, hydrodistillation, maceration, dynamic maceration and soxhlet with different extracting solvents, including methanol, ethanol, ethyl acetate and chloroform/dichloromethane (1/1), while clove (Caryophillus aromaticus L.), citronella (Cymbopogon winterianus) and palmarosa (Cymbopogon martinii) only the essential oil. The isolated fractions eucalyptol and eugenol were analyzed too. To the antioxidant activity evaluation, a new Antioxidant Activity Index (AAI) using the DPPH radical (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) was proposed, that use was possible to compare the antioxidant strength between plant extracts, as well as between pure compounds. The antimicrobial activity of samples was evaluated by the determination of the minimal inhibitory concentration (MIC), by the way the extracts were compared with antibiotics against the microorganisms Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Salmonella thyphimurium, Pseudomonas aeruginosa e Clostridium perfringens. The composition of the volatile fractions was carried out using a gas chromatography coupled with mass spectrometer detector for the identification and coupled with flame ionization detector (FID) for the quantification of the compounds. For non-volatile fractions, a liquid chromatography coupled with diode array detector and coupled with mass spectrometer detector was used in the phenolic compounds analysis. The results showed that the composition of the X. strumarium extracts obtained by supercritical extraction and by hydrodistillation presented little qualitative difference, but they did differ quantitatively, 79.6% of _-guaiene was found in the hydrodistilled, while as 0.2 to 0.5% in the supercritical extracts. Hydrodistilled and supercritical extracts of X. strumarium presented poor antioxidant activity, but strong antimicrobial activity, however, the non-volatile fractions exhibit strong antioxidant and antimicrobial activities. In the non-volatile fractions, two phenolic compounds was indentified, the ferulic and chlorogenic acids, since that the concentrations were higher in methanolic and ethanolic extracts than the ethyl acetate and chloroform/dichloromethane extracts, moreover, high correlation between these compounds and antioxidant activity was found. The results show that carboxyatractyloside, a high liver toxic compound, is indeed present in the seeds and in the cotiledonary stage (two leaves stage) but not in adult leaves, therefore for medicinal use, only the adult leaves should be used. The clove oil and the eugenol presented very strong antioxidant activity and strong to moderate antimicrobial activity against tested microorganisms. The citronella and palmarosa oils and the eucalyptol showed poor antioxidant activity and strong to moderate antimicrobial activity. The eugenol was found as the majority compound in the clove oil followed by B-caryophyllene, while as in the citronella and palmarosa oils the B-citronellal and geraniol were the majority compounds, respectively. Considering that the eucalyptol and eugenol showed good antimicrobial activity and are isolated compounds, that make easy the control quality and the acquisition of the homogeneous samples batches, they are chosen compounds to be tested as alternative growth promoters in broilers from 1 to 21 days of age. In this experiment were used 392 male broilers (Ross), distributed in 7 treatments where used eucalyptol and eugenol microencapsulated and the antibiotic avilamicyn. The results showed that the association of the two compounds had negative effect in the broilers performance, however, when the eucalyptol (500 mg/kg) or eugenol (500 mg/kg) was used, the broilers performance were better than control group, and no significant difference to 10 mg/kg of avilamicyn was observed. So, the avilamycin can be substituted by the tested plant extracts without to lose the performance of birds in the growing phase / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-01-29T12:18:30Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-03-22T10:23:30Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2018-03-22T10:23:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-07-11 / Lippia alba é uma planta vastamente utilizada pela medicina popular devido as suas características antimicrobianas, antiespasmódicas, anti-inflamatórias, analgésicas, digestivas, entre outras. Conhecida popularmente como “cidreira”, “erva cidreira” entre outros nomes populares, L. alba é amplamente utilizada no Brasil e na América do Sul. Possuindo grande variação genética, foram encontrados cinco citótipos de L. alba com 2n=30, 38, 45, 60 e 90 cromossomos. O estudo dessas variações cromossômicas levou a uma proposta de formação de um complexo autopoliploide a partir de cruzamentos unilaterais e bilaterais de citótipos por meio de gametas reduzidos e/ou não reduzidos. Avanços foram obtidos no que diz respeito ao conhecimento de L. alba e diversas abordagens, tais como, análise de dados cariotípicos, citogenéticos, citométricos e moleculares foram empregadas. Para contribuir no estudo da variação biológica da espécie, o presente trabalho teve como objetivo avaliar, de forma comparativa, o perfil proteômico dos níveis de ploidia descritos para a espécie (diploide, aneuploide, triploide, tetraploide, hexaploide). Para isso, foi realizada a extração de proteínas de folhas de representantes das ploidias citadas, com posterior separação por eletroforese bidimensional, análise de spots e identificação de proteínas por espectrometria de massas. Ao comparar o perfil proteômico do acesso diploide ao perfil dos demais níveis de ploidia, foi possível identificar diferenças de expressão entre os spots analisados. Essas diferenças mostraram-se tanto qualitativas, devido a variações de ausência e presença na expressão dos spots, quanto quantitativas, de acordo com a porcentagem de volume de cada spot. Além disso, foram identificadas 44 proteínas, sendo 27 relacionadas à fotossíntese, 12 relacionadas à energia e metabolismo, 3 chaperonas e 2 proteínas tubulinas de função estrutural. Para cada uma dessas proteínas identificadas, foi possível observar as semelhanças e divergências de expressão entre os níveis de ploidia estudados. As proteínas identificadas possuem papéis relevantes no metabolismo primário de Lippia alba. Os dados sugerem, de modo geral, que a alteração no tamanho do genoma não provocou alterações representativas no perfil proteômico observado, à exceção do acesso triploide que apresentou um perfil particular. / Lippia alba is a plant vastly utilized in popular medicine due to its antimicrobial, antispasmodic, anti-inflammatory, analgesic and pro-digestive features. It is commonly known in Brazilian Portuguese as “cidreira”, “erva cidreira” along with other popular names and “bushy matgrass” in English. It is widely used in Brazil and South America. The species display large genetic variation, five cytotypes have been described with 2n=30, 38, 45, 60 and 90. The study of these chromosomal variations has led to proposing the formation of an autopolyploid complex derived from unilateral and bilateral crossings of cytotypes by reduced and/or non-reduced gametes. There have been advances concerning the knowledge on L. alba and on the formation of the polyploid complex. Various approaches have been employed, such as analysis of data generated from karyotyping, cytogenetics, cytometry and molecular genetics. The present work aims at contributing to elucidate the possibility of biological variations by assessing, comparatively, the proteomic profile of the ploidy levels described for the species (diploid, aneuploid, triploid, tetraploid and hexaploid). Protein extraction from leaves has been carried out with posterior dimensional electrophoretic separation. Later, we performed spot analysis and protein identification by mass spectrometry. When comparing the proteomic profile from the diploid sample to the remaining ploidy levels, expression differences were observed between the spots analyzed. The differences showed to be either qualitative, due to the variation in presence of spots, and quantitative, as observed in the volume percentage of each spot. In addition, we identified 44 proteins, being 27 related to photosynthesis, 12 to metabolism and energy, 3 chaperones, and 2 tubulins with structural function. For each of the identified proteins, it was possible to observe similarities and divergences concerning expression amidst the ploidy levels studied. The proteins identified possess relevant roles in primary metabolism of L. alba. Our data suggest that alterations in genome size do not provoke representative alterations on the proteomic profile, with the exception of the triploid sample, which displayed a particular profile.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-11-19T11:42:47Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thays Colletes de Carvalho - 2015.pdf: 2499571 bytes, checksum: fe876dabf52c3d28675aeb6e1dae2d21 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-11-19T11:44:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thays Colletes de Carvalho - 2015.pdf: 2499571 bytes, checksum: fe876dabf52c3d28675aeb6e1dae2d21 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-19T11:44:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thays Colletes de Carvalho - 2015.pdf: 2499571 bytes, checksum: fe876dabf52c3d28675aeb6e1dae2d21 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / 2G Ethanol production is a laborious process that may result in formation of glucose -fermenting yeasts, which reduces the process yield. The search for new rapid and sensitive methods are required to show the condition with the formation of free sugars and absence of fermentation inhibitors (Hidroximetilfurfural and furfural). The present work proposes utilizing the Paper Spray (PS) Ionization source as a method of detecting and quantifying fermentation yeasts inhibitors and sugars generated in 2G ethanol-acquiring processes. The method was optimized and was obtained as calibration curves for the glucose obtained by enzymatic hydrolysis process. These conditions were used for analysis actual sample of sugarcane bagasse liquors. The best analysis conditions by PS were: distance between 1 and 5 mm, dry spot application mode, Whatman Grade 1 paper, 60º angle, modified paper with paraffin barrier, 10 μL volume and sample application concentration of 0,1mg/mL. The detection of the expected product in the pretreatment and hydrolysis liquors of sugarcane bagasse was performed as expected. The paper with paraffin channel proved to be more effective for the quantification of glucose with improved linearity (0.9952) and limits of detection (2.77 mmol/L) and quantification (9.27 mmol/L) compared to without changing paper and paper cur ends. Applying the PS prototype in determining sugars and inhibitors in sugarcane bagasse liquors has proven to be efficient and quick, opening up a perspective of utilizing this method on monitoring Ethanol 2G production processes. / A produção de etanol 2G é um processo laborioso, que pode resultar na formação de inibidores de leveduras fermentadoras de glicose, o que diminui os rendimentos do processo. A busca de novas metodologias rápidas e sensíveis são necessárias para evidenciar a condição com a formação de açúcares livres e ausência de inibidores da fermentação (Hidroximetilfurfural e furfural). Este trabalho apresenta a proposta de utilizar a fonte de ionização Paper Spray Ionization (PS) como método de detecção e quantificação de inibidores e açúcares gerados nos processos de obtenção de etanol 2G. O método foi otimizado e obteve-se curvas de calibração para a glicose obtida pelo processo de hidrolise enzimática. Essas condições foram usadas para análise de amostras reais de licores de bagaço de cana-de-açúcar. As melhores condições de análise por PS foram: Distância entre 1 e 5 mm, modo de aplicação por aplicação a seco, papel Whatman Grade 1, ângulo de 60°, papel modificado com barreira de parafina, volume de 10 μL e concentração de amostra de 0,1mg/mL. A detecção dos produtos esperados nos licores de pré-tratamento e hidrólise do bagaço de cana-de-açúcar foi realizada como esperado. O papel com canal de parafina mostrou-se ser mais eficaz para a quantificação da glicose com melhor linearidade (0,9952) e limites de detecção (2,77 mmol/L) e quantificação (9,27 mmol/L) em relação ao papel sem modificação e o papel arredondado. A aplicação do PS na determinação de açúcares e inibidores em licores de bagaço de cana-deaçúcar mostrou-se eficiente e rápido abrindo a perspectiva de utilização deste método no acompanhamento de processos de produção de etanol 2G.