Regulation of transcription by Stress Activated Protein Kinases (SAPKs) is an essential aspect for adaptation to extracellular stimuli. In mammals, the activation of the p38 SAPK results in the regulation of gene expression through the direct phosphorylation of several transcription factors. However, how p38 SAPK regulates the proper gene expression program of adaptation to stress as well as the basic mechanisms used by the SAPK remains uncharacterized. The results displayed in this manuscript show that the p38 SAPK plays a central role in the regulation of gene expression upon stress, as up to 80% of the upregulated genes are p38 SAPK dependent. Moreover, we also observed that a specific set of genes were upregulated in response to each specific stimuli, and just a small set of genes were commonly up-regulated by several stresses, which involves mainly transcription factors. In addition, we observed that, to proper regulate gene transcription, the p38 SAPK is recruited to stress-induced promoters via its interaction with transcription factors. Additionally, p38 activity allows the recruitment of RNA polymerase II and the MAPKK MKK6 to stress-responsive promoters. The presence of active p38 SAPK at open reading frames also suggests the involvement of the SAPK in elongation. Altogether, the results showed in this manuscript establish the p38 SAPK as an essential regulator in the transcriptional response to stress, as well as define new roles for p38 in the regulation of transcription in response to stress. / La regulación de la transcripción por las Proteínas Quinasas activadas por Estrés (SAPKs) es un aspecto esencial para la adaptación a los estímulos extracelulares. En mamíferos, la activación de la SAPK p38 da lugar a la regulación de la expresión génica a través de la fosforilación de varios factores de transcripción. Sin embargo, cómo p38 SAPK regula el programa de expresión génica de adaptación al estrés así como los mecanismos utilizados por la SAPK permanece sin caracterizar. Los resultados presentados en este manuscrito muestran que p38 SAPK juega un rol central en la regulación de la expresión génica en respuesta a estrés, ya que hasta el 80% de los genes inducidos son dependientes de p38 SAPK. También observamos que en respuesta a cada tipo de estrés se induce un grupo de genes específicos, y sólo hay una pequeña respuesta de genes comunes a los diferentes tipos de estrés la cual engloba principalmente factores de transcripción. Además, hemos observado que para regular la transcripción, p38 se recluta a los promotores de respuesta a estrés a través de su interacción con factores de transcripción. Asimismo, la actividad de p38 permite el reclutamiento de la RNA Polimerasa II y de la MAPKK MKK6 a los promotores inducidos por estrés. La presencia de p38 activa en las regiones codificantes sugiere su participación durante la elongación. En conjunto, los resultados mostrados en este manuscrito establecen a p38 como un regulador esencial de la transcripción en respuesta a estrés, así como definen nuevas funciones de p38 en la regulación de la transcripción en respuesta a estrés.

The recent advent of High-Throughput Sequencing (HTS) methods has triggered a revolution in gene regulation studies. Demand has never been higher to process the immense amount of emerging data to gain insight into the regulatory mechanisms of the cell. We address this issue by describing methods to analyze, integrate and interpret HTS data from different sources. In particular, we developed and benchmarked Pyicos, a powerful toolkit that offers flexibility, versatility and efficient memory usage. We applied it to data from ChIP-Seq on progesterone receptor in breast cancer cells to gain insight into regulatory mechanisms of hormones. Moreover, we embedded Pyicos into a pipeline to integrate HTS data from different sources. In order to do so, we used data sets from ENCODE to systematically calculate signal changes between two cell lines. We thus created a model that accurately predicts the regulatory outcome of gene expression, based on epigenetic changes in a gene locus. Finally, we provide the processed data in a Biomart database to the scientific community. / La llegada reciente de nuevos métodos de High-Throughput Sequencing (HTS) ha provocado una revolución en el estudio de la regulación génica. La necesidad de procesar la inmensa cantidad de datos generados, con el objectivo de estudiar los mecanismos regulatorios en la celula, nunca ha sido mayor. En esta tesis abordamos este tema presentando métodos para analizar, integrar e interpretar datos HTS de diferentes fuentes. En particular, hemos desarollado Pyicos, un potente conjunto de herramientas que ofrece flexibilidad, versatilidad y un uso eficiente de la memoria. Lo hemos aplicado a datos de ChIP-Seq del receptor de progesterona en células de cáncer de mama con el fin de investigar los mecanismos de la regulación por hormonas. Además, hemos incorporado Pyicos en una pipeline para integrar los datos HTS de diferentes fuentes. Hemos usado los conjuntos de datos de ENCODE para calcular de forma sistemática los cambios de señal entre dos líneas celulares. De esta manera hemos logrado crear un modelo que predice con bastante precisión los cambios de la expresión génica, basándose en los cambios epigenéticos en el locus de un gen. Por último, hemos puesto los datos procesados a disposición de la comunidad científica en una base de datos Biomart.

Adaptive responses allow cells to maintain their growth as well as their proliferative potential under diverse stress conditions. It is known that, growth and proliferation can be suppressed by intense stress, but maintained under tolerable stress conditions under which cells can induce compensatory responses. The kinase mTOR is a central regulator of proliferative and growing capacity in mammalian cells, and has been shown to be sensitive to diverse stressors. However, little is known about the role played by mTOR in the adaptive responses that cells utilize to resist stress and maintain their growth capacity. We addressed this question in the context of osmotic stress, to which cells can adapt by inducing the transcription of specialized genes. We showed that mTOR is active under moderate osmostress conditions and regulates the induction of a set of genes by mechanisms dependent and independent of NFAT5, the main transcription factor involved in the transcription of genes upon hypertonic stress. In addition, we observed that the overall set of genes whose induction was sensitive to mTOR activity is enriched in regulators of growth and proliferation. We also have identified REDD1 and REDD2 as two osmostress and mTOR-dependent induced genes, which previously had been characterized in other stress contexts acting as negative regulators of the mTORC1 pathway. We observed that mTOR promoted changes in chromatin predisposing it towards a transcriptional permissive configuration, with higher levels of acetylated histone H4 and increased recruitment of active RNA-pol II to promoters as well as transcribed regions. Altogether, the results described in this thesis reveal a new role for the mTOR kinase in the regulation of gene expression to facilitate the cellular adaptive response upon osmostress. / Las respuestas adaptativas frente al estrés permiten a las células mantener su crecimiento así como su potencial proliferativo. Aunque se ha establecido que el crecimiento y la proliferación celular pueden inhibirse en respuesta a un estrés intenso, en situaciones de estrés tolerable las células pueden mantener su crecimiento y proliferación mediante la inducción de respuestas compensatorias. La quinasa mTOR es una proteína clave para el mantenimiento de la capacidad proliferativa y del crecimiento en las células de mamífero; además se ha descrito que es sensible a varios estreses. Sin embargo, poco se sabe acerca del papel que juega en las respuestas de adaptación que son utilizadas por las células para resistir el estrés y mantener así su capaciad de crecimiento. Nuestro trabajo se ha centrado en el ámbito del estrés osmótico, en cuyo caso las células pueden adaptarse mediante la transcripción de diversos genes especializados. Nuestro estudio demuestra que mTOR se encuentra activo en condiciones moderadas de estrés osmótico y regula la indución de un conjunto de genes mediante mecanismos dependientes e independientes de NFAT5, el principal factor de transcripción responsable de la transcripción de genes en respuesta a un estrés hipertónico. Además, observamos que la mayoría de los genes cuya inducción es sensible a la actividad de mTOR tienen funciones en la regulación del crecimiento y de la proliferación. También hemos identificado a REDD1 y REDD2 como genes que se inducen en respuesta a estrés osmótico dependientes de mTOR, y que con anterioridad se habían caracterizado en otros escenarios de estrés actuando como reguladores negativos de la ruta de señalización de mTORC1. Por último hemos observado que mTOR origina cambios en la cromatina, promoviendo una configuración permisiva para la transcripción, con un incremento de la acetilación de la histona H4 y un aumento en el reclutamiento de la forma activa de la RNA-polimerasa II en los promotores y regiones transcritas de ciertos genes. En resumen, los resultados descritos en esta tesis muestran un nuevo papel de la quinasa mTOR en la regulación de la expresión génica facilitando así la respuesta de adaptación celular frente al estrés osmótico.

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / La presente memoria aborda una problemática que guarda relación con un fenómeno que se ha venido desarrollando con fuerza en los últimos años, y que dice relación con el avance veloz que han experimentado los medios de comunicación en nuestra sociedad, y los riesgos que aquello involucra. Éste trabajo, se dedica en específico a analizar como el derecho a expresar e informar sin freno a través de los medios actuales de comunicación, tiene el potencial de afectar profundamente el honor y la privacidad de las personas. En el Capítulo 1 se hace un breve análisis general de los derechos involucrados en la problemática planteada. Luego en el Capítulo 2 se señala la forma en que el derecho a la honra se encuentra resguardado en nuestro sistema jurídico, comenzando por el ámbito constitucional, penal, laboral y civil, respectivamente. En el Capítulo 3, se da una mirada desde los ojos de los medios de comunicación social respecto a nuestro tema de fondo, estableciendo la responsabilidad social y jurídica a la que se encuentran sometidos en nuestro país. Posteriormente, en el Capítulo 4 se realiza un enfoque específico del derecho al honor en las redes sociales como las nuevas plataformas de comunicación, exponiendo sus riesgos y describiendo algunos casos del acontecer nacional. En el Capítulo 5 se organizan y establecen algunos criterios que pueden ser considerados para limitar los derechos en conflicto. Finalmente, se presentan las conclusiones

Freedom of speech as a basic right is the starting point of the article. The Inter-American legal framework contributes pondering on the importance plurality and the vast array of information have in the validity of this right and democracy in general. This consideration is done from the standards given by the Commission reports and the Inter-American Court of Human Rights case law. The article ponders on how and how much the exercise of freedom of speech right is affected by the excessive concentrationof personal property and control over the media. / El artículo toma como punto de partida que la libertad de expresión forma parte del corpus de derechos fundamentales que el marco jurídico interamericano para reflexionar sobre la importancia de la pluralidad y la diversidad de la información tienen para la vigencia de este derecho y de la democracia en general. Esta reflexión se realiza a partir de los estándares construidos por los informes de la Comisión y la jurisprudencia de la Corte interamericanas. El texto reflexiona sobre cuánto y cómo afecta, al pleno ejercicio de la libertad de expresión, la excesiva concentración de la propiedad privada y del control de los medios de comunicación.

Este trabajo tiene por objetivo principal conocer los factores que propiciaron y/o dificultaron el aprendizaje/adquisición de la expresión oral de aprendices de la lengua española de la Universidad Federal de Sergipe (UFS). Para tanto, nos basamos principalmente en los estudios sobre el proceso de enseñanza y aprendizaje de lenguas de Nunan (1989); en las teorías de adquisición y aprendizaje formulados originalmente por Krashen (1981,1982); en el trabajo sobre métodos y enfoques realizado por Sánchez Pérez (1997, 2004(a), 2004(b), 2009); en los textos sobre factores (des)motivacionales de Madrid (1999), Williams & Burden (1999), Tragant & Muñoz (2000) y Jacob (2004). Con base en la estructura curricular vigente, esta investigación tiene como corpus los probables concluyentes de los cursos de Letras Español y Letras Portugués/Español de la UFS en el año de 2012. Los datos para la investigación fueron recogidos a través de cuestionarios aplicados en dos grupos, uno de cada curso, los cuales versan sobre el perfil socioeconómico y lingüístico de los aprendices, así como sobre los factores (des)motivacionales, positivos y negativos, y las actividades curriculares que contribuyeron y/o dificultaron el aprendizaje/adquisición de la expresión oral de la lengua española. Los resultados revelan que los informantes se sienten motivados en relación a la habilidad oral y a las clases en la universidad, y que la lectura, las películas y el esfuerzo personal actuan como factores positivos. En cambio, convienen que la competencia es desmotivadora y señalan como factores negativos la timidez y la falta de recurso de la institución de enseñanza. / Este trabalho tem por objetivo principal conhecer os fatores que propiciaram e/ou dificultaram a aprendizagem/aquisição da expressão oral de aprendizes da língua espanhola da Universidade Federal de Sergipe (UFS). Para tanto, embasamo-nos principalmente nos estudos sobre o processo de ensino e aprendizagem de línguas de Nunan (1989); nas teorias de aquisição e aprendizagem formulados originalmente por Krashen (1981, 1982); no trabalho sobre métodos e abordagens realizado por Sánchez Pérez (1997, 2004(a), 2004(b), 2009); nos textos sobre fatores (des)motivacionais de Madrid (1999), Williams & Burden (1999), Tragant & Muñoz (2000) e Jacob (2004) . Com base na estrutura curricular vigente, esta pesquisa tem como corpus os prováveis concludentes dos cursos de Letras Espanhol e Letras Português/Espanhol da UFS no ano de 2012. Os dados para a investigação foram coletados através de questionários aplicados em duas turmas, uma de cada curso, os quais versam sobre o perfil socioeconômico e linguístico dos aprendizes, bem como sobre os fatores (des)motivacionais, positivos e negativos, e as atividades curriculares que contribuíram e/ou dificultaram a aprendizagem/aquisição da expressão oral da língua espanhola. Os resultados revelam que os informantes sentem-se motivados em relação à habilidade oral e às aulas na academia; e que a leitura, os filmes e o esforço pessoal agem como fatores positivos. Em contrapartida, concordam que a competição é desmotivadora e apontam como fatores negativos a timidez e a falta de recursos da instituição de ensino.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-08-04T10:55:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Rosalva Osuna Zamora - 2016.pdf: 2822617 bytes, checksum: 144c5e95d31f8d324f4199ad2cbc6893 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-04T12:12:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Rosalva Osuna Zamora - 2016.pdf: 2822617 bytes, checksum: 144c5e95d31f8d324f4199ad2cbc6893 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-04T12:12:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Rosalva Osuna Zamora - 2016.pdf: 2822617 bytes, checksum: 144c5e95d31f8d324f4199ad2cbc6893 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Este trabajo desarrolla un análisis sobre las condiciones para el ejercicio profesional del periodismo em México, especificamente em el estado de Sinaloa, em el noroeste del país, region donde los profesionistas de la prensa han sido víctimas de los abusos que afectan la libertad de expresión. Segun denuncias de la organización no gubernamental Artículo 19, los abusos han sido efectuados com la convivencia y hasta com la participación del gobierno federal, que supuestamente tiene vinculos com el crimen organizado y narcotráfico, siendo las ciudades de Culiacán, Los Mochis y Mazatlán las más afectadas. El trabajo busca entender el periodismo, a partir de sus tensiones internas, y particularmente las relaciones entre el periodismo como actividad comercial y prestación de un servicio. El análisis será hecho a partir de una lectura crítica, teniendo como instrumentos entrevistas, em un proveso de tipo etnográfico, de forma complementar también serán usados documentos de organizaciones ligadas a los derechos humanos y al periodismo. El análisis apunta, a partir de entrevistas com periodistas y datos recolectados em entidades de defensa de clase em México, cómo las acciones violentas interfieren al trabajo de los periodistas y em las prácticas profesionales periodistas de Sinaloa. La investigación rebela como el periodismo se vuelve una profesión de alto riesgo al colocarse como defensor de la ciudadanía y de los derechos humanos. / Este trabalho desenvolve uma dissertação analítica sobre as condições para o exercício profissional do jornalismo no México, especificamente no estado de Sinaloa, no noroeste do país, região onde os profissionais de imprensa têm sido vítima de abusos que afetam a liberdade de expressão. Segundo denúncias da organização não governamental Artículo 19, os abusos têm sido efetuados com a conivência e até com a participação do Governo, que supostamente tem vínculos com o crime organizado e narcotráfico, sendo as cidades de Culiacán, Los Mochis e Mazatlán as mais afetadas. O trabalho busca entender o jornalismo a partir de suas tensões internas e particularmente as relações entre o jornalismo como atividade comercial e prestação de serviço. A análise será feita a partir de uma leitura crítica do contexto social da região, tendo como instrumentos entrevistas, através de um processo metodológico do tipo etnográfico. De forma complementar também serão usados documentos de organizações ligadas aos direitos humanos e ao jornalismo. A análise aponta, a partir de entrevistas com jornalistas e dados coletados em entidades de defesa de classe no México, como as ações violentas interferem no trabalho dos jornalistas e nas praticas profissionais jornalísticas de Sinaloa. A pesquisa revela ainda como, ao se colocar como defensor da cidadania e dos direitos humanos, o jornalismo se torna uma profissão de alto risco.

El habla es el resultado de la combinación de señales verbales y no verbales en relación sistemática de interdependencia significativa (Bravo, 2000). Entre los numerosos no verbales que se producen en el habla, está la expresión corporal, que por ser propia de la danza y del habla, es posible estudiarla y describirla en ambos códigos. Creemos que al observar a los hispanohablantes bailarines residentes en Suecia en la realización del habla en situaciones de conversación cotidiana, encontraremos rasgos que pueden considerarse propios a su expresión corporal. Gracias a su profesión, dominan la relación entre el tiempo, el espacio y el gesto – es decir, trabajan con la función estética del movimiento – la cual hará la gran diferencia si comparamos estos comportamientos corporales con hablantes de español que no son bailarines y que, por ende, no pertenecen al mismo subconjunto sociocultural; pensamos además que mostrarán una mayor capacidad meta comunicativa con respecto a estos aspectos del habla de la que sea posible observar en hablantes no bailarines. Las filmaciones realizadas en dos escenarios ficticios (calle y escenario) a dos grupos distintos de hablantes en situación de conversación cara a cara, (grupo meta G1 de los bailarines y grupo de control GC de no bailarines), como también las encuestas realizadas a todos los participantes, indican que es posible identificar en el grupo de estudio (G1), un lenguaje básico de expresión que se distingue por su conciencia de esta función estética. Esta misma función, coopera con la posibilidad de ver en la danza aspectos similares al habla, como es el caso de crear nuevas secuencias de movimientos y gestos jamás realizados, de la misma manera que cada hablante es capaz de producir y comprender una infinidad de palabras y expresiones jamás encontradas anteriormente.

En la didáctica de lenguas del siglo XXI, entender las creencias, las representaciones y los saberes (CRS) de los profesores es una condición indispensable para mejorar las prácticas y evolucionar en la enseñanza. La investigación acerca de lo que piensan los profesores sobre su práctica da lugar a mejoras en el currículo, a la reflexión propia y al perfeccionamiento en la toma de decisiones. En el siguiente estudio se realiza una descripción de los sistemas de creencias de seis profesores españoles con diferentes grados de experiencia sobre la enseñanza de la expresión e interacción oral en el contexto de enseñanza no reglada de India. Partiendo de la etnografía como base, se ha establecido una comparación entre las creencias de los informantes. Los resultados han desvelado que las experiencias como aprendientes de otras lenguas determinan las prácticas de los profesores en cuanto a la enseñanza de la expresión e interacción oral. Asimismo, se ha comprobado cómo el contexto de enseñanza provoca conflictos entre las creencias propias de los informantes y sus prácticas posteriores, atribuyendo estas alteraciones al perfil del alumno, las estrategias de aprendizaje o el papel del profesor. El objetivo principal es llegar a un entendimiento más profundo sobre la práctica de los docentes en este contexto. / In Language teaching in the 21st century, understanding the beliefs, representations and knowledge of teachers is a prerequisite for improving and evolving teaching practices. Research on what teachers think about their practice leads to improvements in the curriculum, to self-reflection and improvement in decision-making. The following study will describe the belief systems of six Spanish teachers with varying degrees of experience in teaching oral expression and interaction in the context of non-formal education in India. Using an ethnographic approach, the beliefs of informants are compared and checked against theoretical assumptions. Results have revealed that experiences as learners in foreign languages determinate the practices of these six teachers regarding the oral expression and interaction. Furthermore, we found out how the learning context provokes conflicts between teachers’ own beliefs and their practices. These alterations rise from the Indian learner profile, strategies on learning and the role of teacher. The main objective is to reach a deeper understanding of the practice of teachers in this context.

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / La así llamada “experiencia WikiLeaks” nos ha hecho reflexionar acerca de la extensión de la libertad de expresión y de prensa en Estados Unidos, dado que se trata de una nación fundada en ella y su líder durante el transcurso de toda su historia. Además, esa nación devino la principal potencia comunicativa, influyendo y determinando la construcción cultural del occidente post Segunda Guerra, sin olvidar que se trata de la primera potencia económica y militar de La Tierra indiscutiblemente desde el fin de la guerra fría. Con sólo esos hechos se demuestra el interés de al legar antecedentes a la reflexión.