En las especies bovina y porcina se ha comunicado la presencia de glicosidasas ligadas a los espermatozoides (Hayashi et al., 2004). Otros autores han propuesto diferentes glicosidasas espermáticas que interactúan con carbohidratos específicos en la ZP en otras especies animales incluyendo al hombre (Tulsiani et al., 1989, 1990; Avilés et al., 1996; Song et al., 2000; Venditti et al., 2007, 2010).En el presente trabajo se llevó a cabo un estudio de las principales glicosidasas espermáticas para establecer su ubicación en el espermatozoide, el origen de su síntesis, la expresión génica y mediante FIV porcina valorar el papel de aquellas glicosidasas con mayor actividad enzimática (AE) en el reconocimiento de gametos, fecundación y desarrollo embrionario temprano. / In bovine and porcine species, the presence of sperm bound glycosidases has been reported (Hayashi et al., 2004). Others studies have proposed different sperm glycosidases that interact with specific ZP carbohydrates in other species, including men (Tulsiani et al., 1989, 1990; Avilés et al., 1996; Song et al., 2000; Venditti et al., 2007, 2010). In the present work, the major sperm glycosidases were studied to establish their localization in the spermatozoon, the origin of their synthesis, their gene expression and through porcine IVF; we sought to define the role of the glycosidases with greater activity during gamete interaction, fertilization and early embryo development.

En la levadura S. cerevisiae, un incremento de la osmolaridad extracelular activa la vía de Hog1, lo que produce una compleja respuesta adaptativa. Entre las respuestas adaptativas que Hog1 coordina, está un importante cambio en el partón de expresión génica. La tesis presentada se centra en la respuesta a nivel de regulación génica, y en ella se ponen de manifiesto nuevos mecanismos por los cuales Hog1 regula la transcripción para inducir genes necesarios para la adaptación celular en respuesta a estrés osmótico. Este trabajo demuestra que Hog1 controla la iniciación y la elongación de la transcripción, interacciona con la RNA polimerasa elongando, y es reclutado en toda la región codificante de los genes que se inducen por estrés osmótico a traves del 3'UTR. Asimismo, Hog1 recluta el complejo remodelador de cromatina RSC para promover un dramático cambio en el posicionamiento de nucleosomas, permitiendo una correcta inducción de la expresión génica. / In the yeast S.cerevisiae, an increase in extra cellular osmolarity activates the Hog1 Pathway, which produces a very complex adaptive response. Among these adaptive responses coordinated by Hog1, there is an important change in the gene expression pattern. The presented Thesis focuses on the response triggered at the genomic level, showing novel mechanisms by which Hog1 regulates transcription to efficiently and properly induce a subset of genes critical for the cellular adaptation to osmotic stress. This work demonstrates that Hog1 promotes and regulates transcription not only at the initiation level, as was previously described, but it also interacts with the RNA Polymerase while elongating, and travels along the coding regions of genes induced upon osmotic stress through recognition of the 3'UTR. Furthermore, Hog1 recruits a chromatin-remodeling complex known as RSC to promote a dramatic change in nucleosome positioning of target genes, allowing a proper induction of the transcription

The main objectives of this work are:a) To test the predictions of suppressed-recombination chromosomal speciation models on two different lineages of mammals: rodents and rimates. Suppressed-recombination chromosomal speciation is still quite elusive as a mode of speciation in mammals. Experimental results are scarce and the first objective of this work is to analyze whole-genome data looking for traces of events of chromosomal speciation. Rodent and primate lineages were chosen for this search, not just because of their particular biological and cytological characteristics, which make them good candidates to have speciated by this mechanism, but also because they were the first mammalian organisms to be fully sequenced. b) To study the effects of chromosomal rearrangements on genic evolutionary rates. As have been seen in the introduction, there are many of potential interactions among chromosomal rearrangements and evolutionary rates, so the second goal of this work was to try to understand the impact of chromosomal rearrangements over substitution rates by means of other mechanisms not related with speciation. c) To distinguish individual contributions of different genomic factors in the potential association among chromosomal rearrangements and evolutionary rates.The third main goal of this thesis was to discern among the different factors that could be explaining the many associations between chromosomal and genic evolution that were detected in different studies.

La tesi de Crous (2009) descriu les característiques de les estructures gramaticals del català i del mandinga que expressen malalties, signes i símptomes, trets físics i psíquics, etc. (com ser diabètic, estar refredat, tenir febre, tenir un bony (a la cama), tenir mal de panxa o tenir mal a la panxa, venir un atac de tos, agafar febre o fer mal el cap). La tesi demostra que la conceptualització i la categorització dels estats patològics, la manera com els parlants perceben alguns aspectes dels estats (com la temporalitat, l'abast corporal, la causalitat o el grau d'afectació) i les relacions entre aquests estats i els altres dos participants de la situació d'afectació (una persona i les seves parts del cos), no només es posa de manifest en els mots d'una llengua sinó que també intervé en la construcció i en la distribució dels diferents participants dins d'una oració. / Crous' doctoral dissertation (2009) describes the characteristics of Catalan and Mandinga grammatical structures expressing illnesses, signs and symptoms, physical and psychic traits, etc. (like ser diabètic 'to be diabetic', estar refredat 'to have a cold', tenir febre 'to have a fever', tenir un bony (a la cama) 'to have a lump (in one's leg)', tenir mal de panxa 'to have a bellyache' or tenir mal a la panxa 'to have an ache/a wound in one's belly', venir un atac de tos 'to have/suffer a cough attack', agafar febre 'to catch a fever' or fer mal el cap '(someone's head) to hurt'). This dissertation shows that the conceptualization and the categorization of the pathological states, the way speakers perceive some aspects of the states (such as their temporality, the corporal extend, the causality or the degree of affectedness), and the relations between these states and the other two participants in the situation (a person and his/her body parts) are not only manifested in the vocabulary of the language, but also in the construction and distribution of the participants in a sentence.

Acercar y reflejar en un juego de espejos las propuestas de Luigi Pirandello y SamuelBeckett constituye el propósito de la presente tesis. El núcleo central de la argumentaciónes constituido por la máscara, tal como surge de la obra teatral de Pirandello. Con eltérmino 'máscara' se hace referencia no sólo al artefacto material utilizable en la puesta enescena, sino sobre todo a la representación simbólica de una experiencia vivida por el serhumano, a través del personaje teatral. Se sostiene que el nombre propio, el cuerpo y lamirada dibujan los rasgos exteriores de la máscara, mientras la oscilación desde la palabrahasta el silencio, pasando por la locura, caracteriza los elementos internos. La dramaturgiapirandelliana ocupa una posición central en la investigación y representa el punto de partidapara el análisis de las correspondencias. Los ámbitos de comparación están determinadospor la poética teatral, el lenguaje dramático y la caracterización de los personajes. / The intention of this thesis is to put together and reflect, like in a mirror game, LuigiPirandello's and Samuel Beckett's proposals. The mask, as it arises from Luigi Pirandello'sdramatic work, constitutes the central core of the argument. The term 'mask' refers notonly to the device available for staging, but especially to the symbolic representation of anexperience lived by the human being, through the dramatic character. I propose that thename, the body and the look draw the mask's external features, while the oscillation fromthe word up to the silence, passing through the madness, characterizes the internalelements. Pirandellian dramatic theory and art play a central role in the research andrepresent the starting point for the analysis of the correspondences. Theatrical poetics,dramatic language and characters determine the areas of comparison.

Esta tesis propone modelos para cambios socio-culturales en Internet. Proyectos en red en colaboración fueran el objeto de este estudio. Fueran elegidos 100 proyectos para una base de datos donde se hizo un análisis detallado. Después de un estudio de los resultados de la base de datos, asimismo basándose en teorías de multitud, resistencia, tolerancia, controle y protocolo, cultura libre y realismo virtual, modelos emergieron. Los proyectos fueron divididos en 3 áreas: diseño, colaboración, y metas. Diseño como una manera de categorizar proyectos referente a su uso de elementos visuales. Luego, esbozase formatos de cómo las contribuciones son presentadas a los usuarios y cómo está estructurada la toma de decisión. Metas, como foco de esta investigación, apuntaron a cuatro modelos: discutir, reflexionar, expresar y actuar. Estos son útiles para la comprensión de cambios socio-culturales en Internet; además, plantean implicación en el espectro de relaciones y redes sociales. / This thesis proposes models for socio-cultural changes on the Internet. Network projects were the object of study, and through collaboration they achieve transformation. I selected 100 projects to be part of a database to a detailed examination. After an analysis of the results of this database, and based on theories of multitude resistance, tolerance, protocol and control, free culture, and virtual realism, models emerged. The projects were divided in 3 areas: design, collaboration, and goals. Design as a way to categorize projects in relation to their use of visual aesthetics elements. Shortly, it is outlined formats on how the contributions are displayed to users and how is decision-making structuralized. Goals, the focus of this investigation, suggested four models: discuss, reflect, express, and act. These models are helpful to the understanding of socio-cultural changes on the Internet; moreover, they have implication on the spectrum of social relations and networks.

El principal objetivo de éste proyecto de investigación es la definición de una arquitectura que permita la protección y gestión de los derechos digitales en un entorno de gestión de contenido multimedia, siguiendo estándares abiertos siempre que sea posible. A fin de conseguir dicho objetivo, se analizarán y considerarán múltiples estándares e iniciativas relacionados.En primer lugar se aborda la definición de una arquitectura preliminar basada en MPEG-21 que permite la protección y gestión de los derechos digitales (DRM) aplicables a contenido multimedia. Más adelante, se presenta una arquitectura genérica y se describen diferentes implementaciones desarrolladas en proyectos nacionales y europeos, como AXMEDIS, VISNET II, Linked-Work y GILDDA. El análisis incluye casos de uso, aspectos de seguridad y la propuesta de una metodología de prueba o test. En el caso de Linked-Work, se detalla una implementación específica, resaltando los conceptos clave que la hacen diferente de otros sistemas de DRM. / The main goal of this research project is to define a generic architecture for the protection and management of digital rights in a multimedia content management scenario following open standards as much as possible. In order to achieve this goal, several standards and initiatives will be analysed and taken into account.First, a MPEG-21-based preliminary architecture for the protection and management of digital rights for multimedia content is tackled. Later on, a more general architecture is defined. Several implementations are described such as those in several Spanish and European projects such as AXMEDIS, VISNET II, Linked-Work and GILDDA. The focus in made on use cases, security features and a testing methodology. Linked-Work details a specific implementation, emphasising on the key concepts that make it different from other kind of DRM systems.

El NFAT5 es un factor de transcripción de la familia Rel, la cual incluye a los NFATc y los NF-[kappa]B. Hasta ahora, el NFAT5 había sido caracterizado principalmente como un factor de respuesta a estrés osmótico ya que regula la expresión de genes osmoprotectores y citoquinas en respuesta a hipertonicidad. En este trabajo hemos identificado y caracterizado una nueva función del NFAT5, la regulación de genes (TNF[alfa], IL6, iNOS) activados por la vía de los receptores de tipo Toll (TLR), importantes para la respuesta inmunitaria innata y adaptativa a una amplia variedad de estímulos patogénicos. Nuestros resultados muestran que el NFAT5 es un regulador importante en la ruta de los TLR, jugando un papel en la actividad de varios miembros de esta familia de receptores, tal y como lo hacen los factores de transcripción NF[kappa]B e IRF5. / NFAT5 is a transcription factor of the Rel family, which includes NFATc and NF-[kappa]B. NFAT5 has been mainly characterized as a hypertonicity responsive factor, since it regulates the expression of osmoprotective genes and cytokines in response to osmotic stress. In this work we have identified and characterized a novel role for NFAT5, the regulation of genes (TNF[alfa], IL6, iNOS) activated by the Toll-like receptor pathway (TLR), important for innate and adaptive immunity responses to a wide variety of pathogenic molecules. Our results show that NFAT5 is an important transcription factor of the TLR pathway, playing a role in the activity of several members of this receptor family, like other transcription factors such as NF-[kappa]B and IRF5.

Regulation of transcription by Stress Activated Protein Kinases (SAPKs) is an essential aspect for adaptation to extracellular stimuli. In mammals, the activation of the p38 SAPK results in the regulation of gene expression through the direct phosphorylation of several transcription factors. However, how p38 SAPK regulates the proper gene expression program of adaptation to stress as well as the basic mechanisms used by the SAPK remains uncharacterized. The results displayed in this manuscript show that the p38 SAPK plays a central role in the regulation of gene expression upon stress, as up to 80% of the upregulated genes are p38 SAPK dependent. Moreover, we also observed that a specific set of genes were upregulated in response to each specific stimuli, and just a small set of genes were commonly up-regulated by several stresses, which involves mainly transcription factors. In addition, we observed that, to proper regulate gene transcription, the p38 SAPK is recruited to stress-induced promoters via its interaction with transcription factors. Additionally, p38 activity allows the recruitment of RNA polymerase II and the MAPKK MKK6 to stress-responsive promoters. The presence of active p38 SAPK at open reading frames also suggests the involvement of the SAPK in elongation. Altogether, the results showed in this manuscript establish the p38 SAPK as an essential regulator in the transcriptional response to stress, as well as define new roles for p38 in the regulation of transcription in response to stress. / La regulación de la transcripción por las Proteínas Quinasas activadas por Estrés (SAPKs) es un aspecto esencial para la adaptación a los estímulos extracelulares. En mamíferos, la activación de la SAPK p38 da lugar a la regulación de la expresión génica a través de la fosforilación de varios factores de transcripción. Sin embargo, cómo p38 SAPK regula el programa de expresión génica de adaptación al estrés así como los mecanismos utilizados por la SAPK permanece sin caracterizar. Los resultados presentados en este manuscrito muestran que p38 SAPK juega un rol central en la regulación de la expresión génica en respuesta a estrés, ya que hasta el 80% de los genes inducidos son dependientes de p38 SAPK. También observamos que en respuesta a cada tipo de estrés se induce un grupo de genes específicos, y sólo hay una pequeña respuesta de genes comunes a los diferentes tipos de estrés la cual engloba principalmente factores de transcripción. Además, hemos observado que para regular la transcripción, p38 se recluta a los promotores de respuesta a estrés a través de su interacción con factores de transcripción. Asimismo, la actividad de p38 permite el reclutamiento de la RNA Polimerasa II y de la MAPKK MKK6 a los promotores inducidos por estrés. La presencia de p38 activa en las regiones codificantes sugiere su participación durante la elongación. En conjunto, los resultados mostrados en este manuscrito establecen a p38 como un regulador esencial de la transcripción en respuesta a estrés, así como definen nuevas funciones de p38 en la regulación de la transcripción en respuesta a estrés.

The recent advent of High-Throughput Sequencing (HTS) methods has triggered a revolution in gene regulation studies. Demand has never been higher to process the immense amount of emerging data to gain insight into the regulatory mechanisms of the cell. We address this issue by describing methods to analyze, integrate and interpret HTS data from different sources. In particular, we developed and benchmarked Pyicos, a powerful toolkit that offers flexibility, versatility and efficient memory usage. We applied it to data from ChIP-Seq on progesterone receptor in breast cancer cells to gain insight into regulatory mechanisms of hormones. Moreover, we embedded Pyicos into a pipeline to integrate HTS data from different sources. In order to do so, we used data sets from ENCODE to systematically calculate signal changes between two cell lines. We thus created a model that accurately predicts the regulatory outcome of gene expression, based on epigenetic changes in a gene locus. Finally, we provide the processed data in a Biomart database to the scientific community. / La llegada reciente de nuevos métodos de High-Throughput Sequencing (HTS) ha provocado una revolución en el estudio de la regulación génica. La necesidad de procesar la inmensa cantidad de datos generados, con el objectivo de estudiar los mecanismos regulatorios en la celula, nunca ha sido mayor. En esta tesis abordamos este tema presentando métodos para analizar, integrar e interpretar datos HTS de diferentes fuentes. En particular, hemos desarollado Pyicos, un potente conjunto de herramientas que ofrece flexibilidad, versatilidad y un uso eficiente de la memoria. Lo hemos aplicado a datos de ChIP-Seq del receptor de progesterona en células de cáncer de mama con el fin de investigar los mecanismos de la regulación por hormonas. Además, hemos incorporado Pyicos en una pipeline para integrar los datos HTS de diferentes fuentes. Hemos usado los conjuntos de datos de ENCODE para calcular de forma sistemática los cambios de señal entre dos líneas celulares. De esta manera hemos logrado crear un modelo que predice con bastante precisión los cambios de la expresión génica, basándose en los cambios epigenéticos en el locus de un gen. Por último, hemos puesto los datos procesados a disposición de la comunidad científica en una base de datos Biomart.