Para estudar a epidemiologia e evolução do novo genótipo HRSVB denominado BA, caracterizado pela duplicação de 60 nt na proteína G, analisamos 4274 amostras clínicas coletadas de crianças hospitalizadas no Hospital Universitário/USP e Hospital da Santa Casa de Misericórdia, cidade de São Paulo entre os anos de 2001 e 2009. As amostras foram submetidas a RT-PCR seguido do sequenciamento da região G2 do gene G. A duplicação de 60 nt foi detectada em 104 (28.3%) das 367 amostras analisadas. De 2001 a 2004 a circulação do genótipo BA foi baixa, seguido de 85.4% (2005), 57.6% (2006), sem circulação (2007), 10% (2008) e 75% (2009) do total de amostras sequenciadas. As sequências foram comparadas com outras BA de diversos países do mundo. A análise filogenética preliminar dividiu as amostras brasileiras em 5 grupos (BA-I, BAII, BAIII, BAIV e BAVI), sendo que a maioria das amostras de 2005 a 2009 agruparam juntas na linhagem BA-IV, estabelecendo um grupo temporal e geográfico. / In order to study the epidemiology and evolution of the new genotype of HRSVB named BA characterized with a 60-nt duplication in the G protein we analyzed 4274 clinical samples collected from children hospitalized in University Hospital/USP and Santa Casa de Misericórdia Hospital, in São Paulo city, during 2001 to 2009. The samples were subject to RT-PCR followed by sequencing of the G2 region of the G gene. The 60 nt-duplication were detected in 104 (28.3%) of 367 sequencing samples. From 2001 to 2004 the circulation of the BA genotype was low, followed by 85.4% (2005), 57.6% (2006), no circulation (2007), 10% (2008) and 75% (2009) of total sequencing samples. Sequences were compared with G sequences with the 60 nt-duplication globally sampled. Preliminary phylogenetic analysis divided Brazilian samples into five clusters (BA-I, BAII, BAIII and BAVI and BAIV), and almost all samples from 2005 to 2009 were clustered together in BA-IV lineage, establishing temporal and geographical cluster.

Em nosso estudo foi avaliada a presença das bactérias do grupo Bacteroides fragilis em 108 amostras fecais de bezerros com e sem diarréia, além de fatores de virulência e a similaridade genética entre as cepas de B. fragilis. Hemolisinas foram observadas em 36,3% e em 83,7% dos bezerros com e sem diarréia, respectivamente. Apenas 7,4% dos isolados foram hemaglutinantes. De todos os isolados, grande parte resistiu à ação do soro e 100% foram sensíveis ao imipenem e metronidazol. Houve resistência aos metais pesados utilizados. Plasmídios foram detectados em 7,4% dos isolados. Dentre 58,8% produtores de ß-lactamase, em 19,7% e em 26,0% de bezerros com e sem diarréia, respectivamente detectou-se o gene cepA, que foi observado também em plasmídios de 5,5 kb. O gene cfiA foi observado em 16,5% dos isolados diarréicos e em 12,6% de não diarréicos, mas não em plasmídios. O gene nanH foi detectado em 21,8% dos isolados e o gene bft somente em dois isolados diarréicos. A similaridadade genética entre os B. fragilis mostrou a heterogeneidade das bactérias. / In this study the bacteria of Bacteroides fragilis group was evaluated in 108 fecal samples of calves with and without diarrhea, besides virulence factors and the genetic similarity among the B. fragilis strains. Hemolysin was observed in 36.3% and in 83.7% of calves with and without diarrhea, respectively. Only 7.4% of the isolates showed hemagglutinability. Of all the isolates, the major part resisted to the action of the serum and 100% were sensitive to the imipenem and metronidazole. There was resistance to the used heavy metals. Plasmids were detected in 7.4% isolates. Among 58.8% ß- lactamase producing, 19.7% and 26.0% strains of calves with and without diarrhea, respectively the cepA gene was detected, that was also observed in 5.5 kb plasmids. The cfiA gene was observed in 16.5% of the diarrheic isolates and 12.6% of non-diarrheic, but not in plasmids. The nanH gene was detected in 21.8% of the isolates and the bft gene only in two diarrheic isolates. The genetic similarity among the B. fragilis showed the heterogeneity of the bacteria.

O feijão-fava (Phaseolus lunatus L.) é uma importante espécie da família Fabaceae, que possui ampla distribuição mundial. A origem e a domesticação da espécie são apontadas no continente americano, no entanto, os locais exatos ainda não estão totalmente esclarecidos, devido à ampla distribuição e a escassez de populações silvestres. Além disso, a perda de germoplasma de feijão-fava em muitas áreas de distribuição natural, o que mostra a importância dos Bancos de Germoplasma, da caracterização da diversidade e dos estudos de domesticação da espécie. O estudo da diversidade genética a nível molecular vem sendo bastante realizado, os marcadores moleculares de microssatélites (SSR), se destacam. O feijão-fava conta com poucos estudos usando como ferramentas os SSRs, não possuindo locos específicos para a espécie, o que limita o conhecimento sobre sua genética. Assim, objetivou-se desenvolver locos microssatélites nucleares (ncSSR) específicos a espécie para estudar a diversidade genética, bem como, o processo de domesticação entre acessos silvestres e domesticados em diferentes países (Brasil, México, Peru, Colômbia e Argentina), por marcadores SSR cloroplastidiais (cpSSR), além de estudar a plasticidade fenotípica de acessos brasileiros. Estimou-se a plasticidade fenotípica de 12 acessos do Brasil em quatro ambientes com diferentes adubos (1 - controle sem adubação; 2 - adubação mineral NPK; 3 - adubação orgânica de esterco bovino; 4 - adubação mineral e orgânica). O delineamento foi inteiramente casualizado com três repetições. Os caracteres avaliados foram: Número de Dias para Floração (NDF), Número de Dias para Maturação (NDM), Número de Vagens por Planta (NVP), Número de Sementes por Planta (NSP), Comprimento de vagem (CV), Largura da Vagem (LV), Número de Lóculos por Vagem (NLV), e Peso de Cem Sementes (P100S). Realizou-se a análise de variância e estimou-se o índice de Plasticidade Fenotípica (IPF) e a Correlação de Pearson entre os caracteres. Para a determinação da diversidade e estrutura genética foram usados marcadores microssatélites, sendo cinco locos cloroplastidiais (cpSSR) e três locos nucleares (ncSSR), em 44 acessos de feijão-fava. Foi possível detectar-se plasticidade fenotípica nos acessos de feijão-fava. Todos os caracteres, com exceção de NDF e NSV, apresentaram interação genótipo × ambiente significativa para os quatro ambientes avaliados. NVP e NSP tiveram os maiores IPF (0,82) e NDF o menor (0,06), sendo assim o mais e o menos plástico, respectivamente, nos quatro ambientes. A maior correlação positiva foi observada entre NVP x NSP, de modo que seus valores variam na mesma direção. NVP x P100S apresentaram a maior correlação negativa. A diversidade genética observada com marcadores microssatélites nucleares e cloroplastidiais mostrou-se maior em acessos do México (cpSSR = 0,163; ncSSR = 0,15), seguido do Brasil (cpSSR = 0,111; ncSSR = 0,00). Em nível de variedades, os acessos silvestres tiveram menor diversidade em cpSSR (0,16) e maior em ncSSR (0,14) do que os domesticados (cpSSR = 0,119; ncSSR = 0,02). Altos níveis de variação e diferenciação genética foram observadas entre países, com 94% da variação e Fst = 0,874 e entre variedades, com 87% e Fst = 0,944 em cpSSR. Já em ncSSR, variação e diferenciação maiores ocorreram entre acessos (61%; Fst = 0,771) e dentro de variedades (80%; Fst = 0,778). Essas diferenças podem estar relacionadas a diferenças no padrão de herança dos marcadores. Os SSR cloroplastidiais são mais conservados e tem herança maternal. Assim, os acessos de mesmo país conservam os mesmos haplótipos, apresentando baixa diferenciação entre eles. O contrário ocorre com os SSR nucleares, que possuem herança biparental e maior porcentagem de mutação. Apresentando assim, maior diferenciação entre os acessos, que é favorecida pelo sistema reprodutivo predominantemente autógamo. Os acessos domesticados brasileiros estão mais próximos geneticamente dos acessos silvestres mexicanos, podendo ter sido resultantes da domesticação de indivíduos silvestres do México. / Lima bean (Phaseolus lunatus L.) is an important species of the Fabaceae family, which is distributed worldwide. The origin and domestication of the species is not fully understood due to the wide distribution and lack of wild accessions, as well as the loss of germplasm in many areas of its natural distribution, which indicates the importance of germplasm banks and the characterization of diversity and of domestication studies. The study of genetic diversity at the molecular level has been quite accomplished, the molecular markers od microsatellites (SSR), stand out. The lima bean has few studies using as tools the SSRs, not having specific loci for the species, which limits the knowledge about its genetics. Thus, the objective was to develop specific nuclear microsatellite loci (ncSSR) to study the genetic diversity, as well as the domestication process involving wild and domesticated accessions in different countries (Brazil, Mexico, Peru, Colombia and Argentina), by chloroplastids SSR markers (cpSSR), besides to study the phenotypic plasticity of Brazilian accessions. The phenotypic plasticity of 12 accessions from Brazil was estimated in four environments with different fertilizers (1 - control without fertilization, 2 - mineral fertilization with NPK, 3 - organic fertilization with bovine manure, 4 - mineral [NPK] and organic fertilization [manure]). The design was completely randomized with three replicates. The evaluated traits were: Number of Days for Flowering (NDF), Number of Days for Maturation (NDM), Number of Pods per Plant (NVP), Number of Seeds per Plant (NSP), Pod Length (CV), Pod Width (LV), Number of Locules per Pod (NLV), and Weight of One Hundred Seeds (P100S). The analysis of variance was performed, the index of Phenotypic Plasticity (IPF) and the Pearson Correlation between the characters were estimated. Microsatellite markers were used for the determination of genetic diversity and structure, with five chloroplastid (cpSSR) and three nuclear loci (ncSSR) in 44 accessions of lima bean. There was phenotypic plasticity in the accessions of lima bean. All characters except for NDF and NSV presentated genotype x environment interaction significant for the four environments evaluated. NVP and NSP had the highest (0.82) and NDF the lowest (0.06) IPF, thus being the most and the least plastic, respectively, in the four environments. The highest positive correlation was observed between NVP x NSP, so that their values vary in the same direction. NVP and P100S had the highest negative correlation. The genetic diversity observed with nuclear and chloroplast microsatellite markers was greater in accessions from Mexico (cpSSR = 0.163; ncSSR = 0.15), followed by Brazil (cpSSR = 0.111; ncSSR = 0.00). At the variety level, wild accessions had lower diversity with cpSSR (0.16) and higher diversity with ncSSR (0.14) than domestic (cpSSR = 0.119; ncSSR = 0.02). High levels of variation and genetic differentiation were observed among countries, with 94% of the variation and Fst = 0.874, and between varieties, with 87% and Fst = 0.944 with cpSSR. With ncSSR, greater variation and differentiation occurred between accessions (61%, Fst = 0.771) and within varieties (80%, Fst = 0.788). These differences may be related to differences in the inheritance pattern of the markers. Chloroplast SSRs are more conserved and have maternal inheritance. Thus, accessions from the same country retain the same haplotypes, presenting low differentiation between them. The opposite occurs with nuclear SSR, which has a biparental inheritance and a higher percentage of mutation. Thus, a greater differentiation exists between the accessions, which is favored by the predominantly autogamous reproductive system. Brazilian domesticated accessions are genetically closest to the Mexican wild accessions, and may have resulted from the domestication of wild individuals from Mexico.

As posições críticas dos estatísticos, que atuam em programas de melhoramento genético, referem-se à falta de uma análise criteriosa da estrutura da interação do genótipo com o ambiente (G x E) como um dos principais problemas para a recomendação de cultivares. Tradicionalmente, a análise dessa estrutura á superficial não detalhando os efeitos da complexidade da interação. Com isso, os ganhos genéticos podem ser diminutos, pela não seleção de genótipos superiores melhores indicados a um ambiente específico. A busca constante por novos métodos e algoritmos, visando eliminar ou minimizar esse problema, tem proporcionado uma inegável evolução científica, com a geração de tecnologias de ponta que envolvem grande capacidade de processamento computacional. Atualmente, a metodologia AMMI (additive main efects and multiplicative interaction analysis) propõe ser mais eficiente que as análises usuais na interpretação e compreensão da interação G x E. Entretanto, os principais pontos negativos dessa metodologia dizem respeito à dificuldade de se interpretar a interação quando há baixa explicação do primeiro componente principal; à dificuldade de se quantificar os escores como baixos, considerando estável os genótipos e/ou ambientes, além de não apresentar o padrão de resposta do genótipo, o que caracteriza os padrões de adaptabilidade. Nesse contexto, essa metodologia apresenta alguns inconvenientes de ordem estatística, fazendo com que suas interpretações sejam vistas com ressalvas. Assim, o objetivo desta tese foi o desenvolvimento de procedimentos estatísticos que minimizem esses problemas, tornando a metodologia AMMI mais precisa e confiável na caracterização da estabilidade e adaptabilidade fenotípica de plantas. Nesse sentido, foi desenvolvido uma metodologia via reamostragem "bootstrap", no modelo AMMI, que possibilitou as análises gráficas e numéricas, das estabilidades e adaptabilidades fenotípicas de 75 progênies de Eucalyptus grandis, procedentes de três localidades australianas, e implantadas em sete testes de procedências e progênies nas regiões Sul e Sudeste do Brasil. Os resultados indicaram comportamentos diferenciados dos genótipos e dos ambientes, sendo a interação G x E significativa ao nível de 1% de probabilidade. As interpretações das estabilidades e adaptabilidades fenotípicas foram melhores compreendidas com a realização da reamostragem "bootstrap". A metodologia "bootstrap" AMMI, eliminou as dúvidas relacionadas à quantificação dos escores como baixos, tornando a metodologia AMMI mais precisa e confiável, na predição da estabilidade fenotípica de genótipos e de ambientes. O coeficiente "bootstrap" de estabilidade (CBE), baseado na distância quadrada de Mahalanobis, sobre o modelo AMMI2, obtidos através da região de predição para o vetor nulo, permitiu classificar os genótipos e ambientes em cinco escalas de estabilidade, e, conjuntamente com as representações gráficas das regiões de confiança para a estabilidade e gráficos de dispersões dos escores bootstrap", em biplot AMMI2, apresentaram melhores qualidades para predições das estabilidades fenotípicas, do que o método tradicional AMMI, com representação gráfica em biplot. / Reliable evaluation of the stability of genotypes and environment is of prime concern to plant breeders, who have Undertaken much research into the development of methods for studying in detail the structure of genotype-environment interaction. The lack of a comprehensive analysis of the structure of the GEI interaction has been a stumbling block to the recommendation of cultivars. Traditionally, the analysis of that structure was superficial and stopped short of detailing the efects of the complexity of the interaction. However, recent advances in computer science have allowed the development of interactive systems of data processing with fast and precise algorithms. Consequently, statistical methods are being developed to study in detail the structure and stability of GEI interaction. At the moment, the Additive Main Efects and Multiplicative Interaction (AMMI) Model promises to be more eficient than the usual analyses in the interpretation and understanding of the GEI interaction. The main drawbacks of the AMMI methodology are the dificulty of interpreting the interaction when there is a poor explanation of the first principal component; the dificulty of determining low scores, which relates to the statistical stability of the genotypes and/or environments; and the lack of presentation of the pattern of response of the genotype, which characterizes the adaptability patterns of the groups formed through significant parameters. Thus care needs to be exercised in the interpretation. The present contribution proposes the use of bootstrap re-sampling in the AMMI Model, and applies it to obtain both a graphical and a numerical analysis of the phenotypic stability and adaptability of 75 progenies of Eucalyptus grandis from Australia that were planted in seven environments in the South and Southeast regions of Brazil. The results show diderential behavior of genotypes and environments, the genotype x environment interaction being significant (p value < 0.01). The interpretation of the phenotypic stability through graphical analysis of the AMMI biplot is better understood with the aid of the bootstrap. The bootstrap coeficient of stability based on the squared Mahalanobis distance of the scores bootstrap, shows that genotypes and environments can be diferentiated in terms of their stabilities. The AMMI bootstrap proposal thus provides better and more precise predictions of phenotypic stability and adaptability of the geno- types than the traditional AMMI analysis, and eliminates the doubts related to the identification of the low scores.

No estado do Mato Grosso o cultivo do algodão herbáceo ocorre em diferentes condições edafoclimáticas e sob dois sistemas de produção: o sistema empresarial que compreende grandes áreas (entre 100 e 5.000 ha) com uso intensivo de insumos e mecanização, e o sistema familiar caracterizado por pequenas áreas (até 5 ha), menor quantidade de insumos e uso de mão-de-obra familiar. O objetivo deste trabalho foi avaliar a magnitude da interação entre cultivares e locais, o componente predominante da interação (simples ou complexa) e a estabilidade e adaptabilidade fenotípica para o caráter produção de algodão em caroço, nos dois sistemas de produção, através da metodologia de Eberhart e Russell (1966). Os experimentos foram constituídos por 28 cultivares avaliados no delineamento em blocos ao acaso com quatro repetições, em 19 municípios do Estado do Mato Grosso, em três anos agrícolas: 1998/99, 1999/00 e 2000/01. Verificou-se que a ocorrência predominante da interação foi o complexo. Os cultivares ideais, caracterizados por maior produtividade, estabilidade e adaptabilidade ampla () foram IAC/96-319, CNPA 96/1202, ITA-96, ANTARES, FMT-SATURNO e IPR-94 para o sistema empresarial; e EPAMIG PREC-1, CNPA-7H, IAC 97-86 e IPR-96 para o sistema familiar, em 1998/99, 1999/00 e 2000/01, respectivamente, indicando, também, a ocorrência de interação entre cultivares e sistemas de produção. Conseqüentemente, a avaliação de cultivares do programa de melhoramento do algodoeiro deve adotar critérios específicos para cada sistema de produção, empresarial ou familiar. / In the state of Mato Grosso, cotton is grown under different environmental conditions and two production systems: the high input system in large areas (100 to 5,000 ha), and the low input system in small areas (up to 5 ha), where only the family labor is used. The objective of this research was to evaluate the magnitude of the cultivar by location interaction, the main component of the interaction (simple or complex) and the phenotypic stability and adaptability for the trait cotton seed yield for both systems, based on Eberhart & Russell (1966)’s method. The yield trials were carried out in 19 locations of the Mato Grosso state, across three crop seasons: 1998/99, 1999/00 and 2000/01. Each experiment consisted of 28 cultivars, evaluated in a randomized block design with four replications. Cultivar by location interaction was detected for the three crop seasons, while the complex component explained most of this interaction, since the cultivar performances were not consistent over different locations. The best cultivars, characterized by higher yield, stability and broad adaptability (1=b), were IAC/96-319, CNPA 96/1202, ITA-96, ANTARES, FMT-SATURNO and IPR-94 under the high input system and EPAMIG PREC-1, CNPA-7H, IAC 97-86 and IPR-96 under the low input system, respectively for 1998/99, 1999/00 e 2000/01 crop seasons, indicating the occurrence of cultivar by production system interaction as well. Consequently, the evaluation of cultivars in cotton breeding programs must take into account the two production systems, with specific criteria for each one of them.

O dimorfismo sexual varia consideravelmente entre populações dentro de uma mesma espécie. Essa variação na direção e na magnitude do dimorfismo sexual é, em parte, devida às diferenças sexuais na respostas plásticas às condições e aos recursos ambientais. Por meio de experimentos em laboratório, sabe-se que a temperatura e a disponibilidade de alimento são fatores importantes na geração de variações morfológicas inter-individuais e que seus efeitos diferem entre machos e fêmeas. Usamos indivíduos da tesourinha Labidura xanthopus (Dermaptera) coletados em 20 localidades ao longo da costa brasileira para investigar como o tamanho corporal e o tamanho do armamento de machos e fêmeas variam em um gradiente natural de temperatura. O tamanho do corpo diminuiu com o aumento da temperatura, mas o dimorfismo sexual se manteve constante ao longo do gradiente de temperatura. Para o tamanho do armamento, encontramos uma relação negativa para machos e positiva para fêmeas. Conseqüentemente, a magnitude do dimorfismo sexual no tamanho do armamento diminuiu ao longo do gradiente de temperatura. Para entender o efeito da disponibilidade de alimento sobre a expressão de características morfológicas em cada um dos sexos, manipulamos a dieta durante o desenvolvimento de indivíduos provenientes de uma população de clima tropical e uma de clima temperado. Independente da população, o dimorfismo sexual foi causado por diferenças sexuais na dependência de condição. Machos e fêmeas diferiram não apenas na magnitude da resposta, mas também na direção. Em relação ao comprimento relativo dos fórceps, em particular, os resultados obtidos em laboratório não apóiam que a variação encontrada em campo se deve à disponibilidade de alimento. Outros fatores que não levamos em consideração, tais como densidade populacional, podem exercer um papel importante na resposta de machos e fêmeas em relação ao tamanho do armamento. Por fim, mais estudos experimentais comparando populações com diferenças marcantes de condições ambientais poderão lançar luz sobre quais fatores ecológicos podem ter favorecido a evolução do dimorfismo sexual dependente de condição / Sexual dimorphism varies considerably among populations within species. This variation in the direction and magnitude of sexual dimorphism is partially explained by sexual differences in phenotypically plastic responses to environmental conditions and resource availability. Laboratory experiments have already shown that temperature and food availability are important factors promoting inter-individual morphological variation and that their effects differ between males and females. We used individuals of the earwig Labidura xanthopus (Dermaptera) collected from 20 Brazilian localities to investigate how body size and weapon size of males and females vary across a natural temperature gradient. Body size decreased with increasing temperature, but sexual size dimorphism remained constant across the temperature gradient. For weapon size, we found a negative relationship for males and a positive relationship for females. Thus, the magnitude of sexual dimorphism in weapon size decreased across the temperature gradient. To understand the effect of food availability on the expression of morphological traits in each sex, we manipulated the diet of individuals from a tropical and temperate population. Regardless of the population, sexual dimorphism was caused by sex-differences in condition dependence. Males and females differed not only in the magnitude of their responses, but also in the direction. Regarding the relative length of the forceps, in particular, our results do not support the interpretation that the morphological variation observed in the field is explained by differences in food availability. Other factors not considered here, such as population density, may play an important role in determining weapon size variation in males and females under natural conditions. Finally, more experimental studies comparing populations with marked differences in environmental conditions may shed light on which ecological factors have favored the evolution of condition-dependent sexual dimorphism

A laranjeira \'Pera\' é a cultivar mais plantada na citricultura brasileira. Com a incidências de doenças e aumento do custos de produção na citricultura, torna-se necessário a avaliação de materiais genéticos mais promissores que a laranjeira \'Pera\'. Portanto, buscou-se avaliar o desempenho horticultural de laranjeiras doces consideradas meia-estação e identificar aquelas superiores à cultivar padrão (Pera IAC). Foram avaliadas dezessete cultivares de laranja doce (Pera IAC, Pera IAC 2000, Pera 2, Pera 3, Pera 4, Pera Alexandre Maróstica, Pera Milton Teixeira, Seleta Amarela, Seleta Rio, Homosassa, Finike, Biondo, Bidwells Bar, Sanguínea, Vaccaro Blood, Torregrosa e Jaffa) enxertadas em tangerineira \'Sunki\'. O experimento foi instalado em maio de 2007, no espaçamento 6,5 x 2,5 m e conduzido sem irrigação. Avaliaram-se o crescimento vegetativo, produção, eficiência produtiva, abscisão dos frutos, sensibilidade ao déficit hídrico, incidência de podridão floral (PFC), incidência e severidade de mancha preta dos citros (MPC), qualidade e curva de maturação dos frutos. As médias das variáveis foram comparadas com a cultivar padrão (Pera IAC) e analisadas pelo teste de Dunnett (P < 0,05). Para sensibilidade ao déficit hídrico e curvas de maturação foram realizadas analises de regressão. As plantas de laranja \'Pera 3\' registraram as menores alturas, no sétimo ano após o plantio. As plantas de laranja \'Pera Milton Teixeira\' e \'Pera Alexandre Maróstica\' foram os únicos materiais que registraram produções acumuladas superiores às das plantas de laranja \'Pera IAC\'. As plantas de \'Seleta Amarela\', \'Pera 3\', \'Pera 4\', \'Vaccaro Blood\' e \'Pera Milton Teixeira\' registraram as maiores eficiências produtivas. As plantas da laranja \'Pera IAC\' registraram as maiores alternâncias produtivas e as plantas de laranja \'Sanguínea\' registraram as menores alternâncias. As seleções \'Pera 2\', \'Pera 3\', \'Pera 4\' e \'Pera Milton Teixeira\' registraram as menores abscisões de frutos. As plantas das laranjas \'Pera Milton Teixeira\', \'Pera IAC\', \'Pera IAC 2000\', \'Pera 2\', \'Seleta Rio\' e \'Pera 3\' foram classificadas como cultivares de alta sensibilidade ao déficit hídrico e as plantas das laranjas \'Bidwells Bar\', \'Jaffa\', \'Torregrosa\' e \'Sanguínea\' como de baixa sensibilidade. As menores incidências de MPC foram registradas nos frutos da laranjeira \'Pera IAC\' e não houve diferenças entre as cultivares para incidência de PFC. Para o teor de sólidos solúveis, apenas os frutos da laranja \'Finike\', \'Pera 2\' e \'Pera Alexandre Maróstica\' foram superiores aos da cultivar padrão. A seleções \'Pera IAC\', \'Pera 2\', \'Pera 3\' e \'Pera 4\' apresentaram alta similaridade fenotípica entre si. Ao estabelecer a curva de maturação, verificou-se uma maior precocidade da laranjeira \'Seleta Rio\' e uma maturação mais tardia para a seleção \'Pera Alexandre Maróstica\' quando comparadas a laranjeira \'Pera IAC\'. / \'Pera\' is the most widely planted sweet orange cultivar in the Brazilian citrus industry. Due to incidences of diseases and increase in production costs it is necessary to find promising genetic materials than \'Pera\' sweet orange. Therefore, the horticultural performance of sweet oranges, considered mid-season, were evaluated and identified those ones which were better than standard cultivar (Pera IAC). Seventeen sweet orange cultivars (Pera IAC, Pera IAC 2000, Pera 2, Pera 3, Pera 4, Pera Alexandre Maróstica, Pera Milton Teixeira, Seleta Amarela, Seleta Rio, Homosassa, \'Finike, Biondo, Bidwells Bar, Sanguínea, Vaccaro Blood, Torregrosa e Jaffa) were evaluated, all of then were grafted on \'Sunki\' mandarin and were nonirrigated. The experimental orchard was planted in May 2007, from 12 month-old plants (nursery trees) disposed in a 6,5 m × 2,5 m spacing. We evaluated the vegetative growth, yield, yield efficiency, fruit drop, sensitivity to drought, incidence of postbloom fruit drop (PFD), incidence and severity Black Spot of Citrus (CBS), fruit quality and index of ripeness. The averages of variables were compared with the standard cultivar (Pera IAC) and analyzed by Dunnett\'s Test (P < 0.05). For sensitivity to drought and index of ripeness were performed regression analyzes. The lowest hight and canopy volume were recorded in the \'Pera 3\' sweet orange trees seven years after planting. The \'Pera Milton Teixeira\' and \'Pera Alexandre Marostica\' sweet orange trees were the only materials which had superiority over the \'Pera IAC\' sweet orange trees regarding cumulative yield. The largest yield efficiency was registered in \'Seleta Amarela\', \'Pera 3\', \'Pera 4\', \'Vaccaro Blood\' and \'Pera Milton Teixeira\' sweet orange trees. The most alternate bearing index was found in the standard cultivar and \'Sanguinea\' sweet orange trees showed smaller bearing index. Smaller fruit drop were checked in cultivars Pera 2, Pera 3, Pera 4 and Pera Milton Teixeira. The \'Pera Milton Teixeira\', \'Pera IAC\', \'Pera IAC 2000\', \'Pera 2\', \'Seleta Rio\' and \'Pera 3\' sweet orange trees showed high sensitivity to drought while the \'Bidewells Bar\', \'Jaffa\', \'Torregrosa\' and \'Sanguínea\' sweet orange trees showed low sensitivity. Regarding the evaluated diseases, the orange \'Pera IAC\' recorded the lowest incidences of MPC and PFC differences were not cheked among the cultivars. For the soluble solids content, only the \'Finike\', \'Pera 2\' and \'Pera Alexandre Marostica\' sweet oranges fruits were superior to standard. The cultivars Pera IAC, Pera 2, Pera 3 and Pera 4 sweet oranges showed high phenotypic similarity. The \'Seleta Rio\' sweet orange was considered early-maturing cultivar and \'Pera Alexandre Maróstica\' a late-maturing cultivar when compared \'Pera IAC\' sweet orange.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Alguns Bastonetes Gram-negativos não fermentadores (BGNNF) costumam ser considerados clinicamente pouco significantes e a sua implicação em infecções é subestimada. Devido à similaridade fenotípica, mudanças taxonômicas, baixa reatividade bioquímica e limitações nos bancos de dados em sistemas comerciais, a identificação de BGNNF é frequentemente equivocada, culminando com a denominação de diferentes micro-organismos apenas como BGNNF, por falta de melhor diferenciação. O objetivo desse estudo foi avaliar, por métodos fenotípico convencional, proteômico e molecular, a identificação de BGNNF incomuns isolados em hemoculturas de pacientes atendidos em um hospital universitário no Rio de Janeiro. Foram selecionadas 78 amostras isoladas de hemoculturas caracterizadas no laboratório clinico como BGNNF para a identificação por sequenciamento dos genes 16S RNA e recA, por um conjunto amplo de testes fenotípicos manuais e por MALDI-TOF MS. Os micro-organismos predominantes na amostragem foram genotipados pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, a maioria das amostras (n=31; 40%) foi incluída no gênero Burkholderia, seguido de Pseudomonas stutzeri (10%) e Delftia acidovorans (4%). Os demais isolados foram agrupados em 27 diferentes espécies. O sequencimento do gene recA identificou a maioria das espécies de Burkholderia como Burkholderia contaminans (n=19; 24%). Os testes fenotípicos incluíram as 31 amostras apenas no CBc e para as outras 47 amostras, a concordância com o sequenciamento do gene 16S rRNA em nível de espécie foi de 64% (n=30) e apenas em gênero a concordância foi de 17% (n=8). A análise comparativa geral da identificação por MALDI-TOF MS com o sequenciamento do gene16S rRNA mostrou que 42% (n=33) das 78 amostras foram concordantes em nível de espécie e 45% (n=35) apenas em gênero. Excluindo as amostras do CBc, houve um aumento da concordância em nível de espécie para 60%. As discordâncias parecem ser devido às diferenças nos perfis proteicos das amostras em relação às amostras-referência do banco de dados do equipamento e podem ser aprimorados com a atualização de perfis no sistema. A análise do polimorfismo genético de B. contaminans mostrou a ausência de um clone disseminado causando surto, além da provável origem ambiental das infecções. Os setores de nefrologia e hemodiálise contribuíram com maior número de pacientes com amostras positivas (5 pacientes e 9 amostras). Os grupos clonais BcoD e BcoE foram encontrados em pacientes assistidos no mesmo setor com diferença de quatro meses (BcoD, nefrologia) e 1,5 ano (BcoE, hemodilálise), entre as culturas, respectivamente. As discordâncias entre as técnicas ocorreram principalmente devido a dificuldade de identificação das espécies do CBc. Os BGNNF incomuns são de difícil caracterização independente da metodologia usada e nenhum método por si só foi capaz de identificar todas as amostras. / Some nonfermenting Gram-negative Bacilli (NFGNB) are considered of low clinical significance, and their implication in infections is usually underestimated. Due to their phenotypic similarities, frequent taxonomic changes and low biochemical reactivity, as well as to limitations of bacterial identification commercial system databases, these NFGNB are frequently misidentified and are collectively referred to as NFGNB group, in the lack of a better differentiation. The aim of the present study was to evaluate the performance of the conventional phenotypic method, the proteomic matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectometry method (MALDI-TOF MS) and of molecular methods (16S RNA and recA gene sequencing) in the identification of 78 unusual NFGNB isolated from blood cultures of pacients treated at an university hospital in Rio de Janeiro. Clonality of the predominant species identified within these isolates was determined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). By the 16S rRNA gene sequence analysis, most strains (n = 31; 40%) were included in the Burkholderia spp. followed by Pseudomonas stutzeri (n = 8; 10%), Delftia acidovorans (n = 3; 4%) and Stenotrophomonas maltophilia (n = 3; 4%). The remaining bacterial isolates were included in 27 different species. By the recA gene sequencing technique, most bacteria from the Burkholderia cepacia complex (BCC), samples were classified as Burkholderia contaminans (n=19; 24%). Phenotypic tests provided accurate identification of all 31 isolates included in the BCC by the 16S rRNA gene sequence analysis. For the other 47 samples, agreement of the results obtained with these two techniques in species and genus level identifications occurred in 30 (63,8%) and 17 samples (36,2%), respectively. The results obtained by the MALDI-TOF MS and 16S rRNA gene sequencing methods agreed at species and genus levels in 33 (42%) and 35 isolates (45%), respectively. When bacteria from the BCC were excluded from the analysis, the agreement between the two techniques at species level increased to 60%. Misidentification by the MALDI-TOF MS method may be due to differences in protein spectra between the samples and the reference strains in the equipment database. PFGE analysis of B. contaminans isolates revealed the absence of a disseminate clone causing an outbreak, and the probable environmental source of infections. The nefrology ang dialisis sectors contributed to the greatest number of patients with positive cultures (5 pacients and 9 isolates). Clones BcoD and BcoE were found in blood cultures of pacientes treated in a same sector with differences of 4 months (BcoD, nefrology) and 1.5 year (BcoE, dialisis). The misidentifications occurred mainly due to the hard differentiation of BCC species. Unusual NFGNB are of difficult characterization whatever the methodology used and no method alone was able to identify all the isolates.

O gênero Candida é responsável pela maioria das infecções fúngicas nosocomiais. A identificação do provável foco de origem é de extrema importância para elucidar a epidemiologia desse tipo de infecção e nesse sentido, a utilização de métodos de tipagem, que avaliam características fenotípicas e moleculares dos isolados, é essencial. Assim, o objetivo desse estudo foi tipar isolados de C. albicans, antes e após armazenamento e em diferentes ocasiões de coleta, a fim de verificar a manutenção dos biotipos apresentados, e o poder de discriminação dos métodos utilizados. Foi avaliada a microbiota leveduriforme da saliva de 73 estudantes universitários (tempo 0) sendo que após 180 dias (tempo 180) foi realizada nova coleta de saliva daqueles que apresentaram isolamento de C. albicans na primeira coleta. Os isolados foram analisados por ocasião das duas coletas, quanto à produção de exoenzimas fosfolipase e proteinase, pela morfologia das colônias, pelo perfil de suscetibilidade frente à anfotericina B, fluconazol e itraconazol e pela tipagem molecular por RAPD. As leveduras, após isoladas, foram armazenadas em ágar Sabouraud dextrose (ASD) e água destilada esterilizada. Após 180 dias, foram realizadas, novamente, as provas de tipagem. Todos isolados de C. albicans foram produtores de fosfolipase, nas duas coletas, embora tenha havido oscilação de atividade enzimática entre moderada e alta, no período. O enzimotipo prevalente nos tempos 0 e 180 foi, respectivamente, 22 e 32. Com relação à proteinase, 100% das leveduras apresentaram atividade moderada da enzima no tempo 0. No tempo 180 esse percentual foi de 85%, sendo que os demais não apresentaram atividade dessa enzima. Após armazenamento em ASD e água destilada, foi detectada alteração da atividade de ambas enzimas e conseqüente mudança de enzimotipos, em 40 e 30% dos isolados, respectivamente. Foram identificados 8 morfotipos diferentes de C.albicans no tempo 0 e apenas 50% foi mantido no tempo 180. O morfotipo mais comum foi 000-0. Após armazenamento, a maioria dos isolados apresentou alteração no morfotipo. Todos isolados mostraram-se sensíveis aos antifúngicos analisados nos tempos 0 e 180, denotando apenas um antifungotipo, o 111. Somente um isolado após estocagem em ASD, teve mudança de perfil de sensível para dose dependente ao itraconazol de modo que o antifungotipo foi alterado. A tipagem molecular por RAPD, com os primers OPA-09, OPB-11 e OPE-18, mostrou 19 tipos moleculares distintos entre os isolados obtidos na primeira coleta e permitiu identificar que um isolado de C.albicans obtido no tempo 180, não era relacionado ao obtido, do mesmo indivíduo, no tempo 0. Os demais mostraram perfil de fragmentos de DNA relacionado entre as coletas. Após estocagem, por ambos métodos, todos isolados mostraram correlação genética com o padrão obtido no tempo 0. Os resultados obtidos demonstram que os métodos de conservação aplicados neste estudo não permitem a manutenção da estabilidade das características fenotípicas avaliadas. Por outro lado, além da estabilidade dos biotipos gerados, a tipagem molecular por RAPD mostrou o melhor índice discriminatório, dentre as metodologias utilizadas, ratificando sua capacidade em diferenciar isolados, de uma mesma espécie e, portanto a sua utilidade em inquéritos epidemiológicos. / The Candida genus is responsible for most nosocomial fungal infections. The identification of the probable origin focus is very important to elucidate the epidemiology of this kind of infection and so, the usage of typing methods that evaluate phenotypic and molecular characteristics are essential. Therefore, the objective of this study was to type C. albicans isolates, before and after culture storage and in two different collection occasions to verify the biotype maintenance and the discriminatory power of the utilized methods. The salivary yeast microbiota of 73 university students (time 0) was evaluated and after 180 days (time 180) a new saliva collection of those that had presented C. albicans on the first collection was made. The isolates were analysed, in the two collection occasions on the basis of exoenzymes phospholipase and proteinase production, by colonial morphology, susceptibility profile to amphotericin B, fluconazole and itraconazole and according to molecular typing by RAPD. After isolation, the yeasts were storaged on Sabouraud dextrose agar (SDA) and in sterile distilled water. After 180 days, typing tests were carried out again. All C. albicans isolates were phospholipase productors, in both collections, even though enzyme activity had oscillated between moderate and high at that period. The prevalent enzymotype at time 0 and 180 were, respectively, 22 and 32. In relation to the proteinase, 100% of the yeasts showed moderate enzyme activity at time 0. At time 180, this percentage was 85%, and the others didn`t show enzyme activity. After storage on SDA and in distilled water, it was detected activity alteration of both enzymes and consequent enzymotype change, in 40 and 30% of isolates, respectively. Eight different C. albicans morphotypes were identified at time 0 and just 50% were maintained at time 180. The most common morphotype was 000-0. After storage most isolates presented changes in the morphotype. All isolates showed susceptibility to the analysed antifungals at times 0 and 180, showing just one antifungaltype, the 111. Only one isolate, after storage on SDA had a profile change from susceptible to dose dependent susceptible to itraconazole in a way that the antifungaltype wasn`t changed. The molecular typing by RAPD, with primers OPA-09, OPB-11 and OPE-18, showed 19 distinct molecular types among first collection isolates and allowed to identify that one C. albicans isolate from time 180 wasn`t related with the isolate obtained at time 0, from the same individual. The others showed DNA fragment profiles related between collection occasions. After storage by both methods, every isolate showed genetic relatedness with the profile obtained at time 0. The obtained results showed that the preservation methods used in this study don`t allow stability maintenance of the phenotypical characteristics evaluated. On the other hand, besides biotypes generated stability, the molecular typing by RAPD showed the best discriminatory index, between methodologies used, ratifying its ability in discriminating isolates of the same specie and so, its utility in epidemiological inquiries

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:30:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6430.pdf: 2950618 bytes, checksum: 22a2d5e0c9dda81cdb7055014b0bb1e9 (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / Universidade Federal de Minas Gerais / Because the importance of invasive plant species in biological diversity reduction and environmental quality depreciation, there is great studies need addressing these organisms development, invasive potential and changes in nutrient cycling at invaded areas. We evaluate the development, invasiveness and debris input of Hedychium coronarium, aggressive herbaceous weed of wetlands, as well as the invasiveness of riparian communities. The two-year population dynamics study found increased ramets mortality and births during the winter season, indicating primary effect strategy for ramets recruitment. The in situ and in vitro decomposition experiments demonstrated low mineralization rates comparing with others same habit and niche of macrophytes. Sinusoid and exponential models demonstrates stochasticity of development and debris accumulation of H. coronarim in invaded areas. Rhizomes showed histological responses to different soil moistures. In high moisture soils, we found great aerenchyma development. Under low moisture, rhizomes showed greater starch granules accumulation. Removal experiments presented alternations in the preferential vegetative or reproductive investments according to soil moisture and habits of competitors. We also noted the use of rhizomes as food resource by capybaras during the winter season. / Devido à importância das espécies invasoras vegetais na diminuição de diversidade biológica e depreciação da qualidade ambiental, existe grande necessidade de estudos que abordem o desenvolvimento destes organismos, seu potencial de invasão e seus impactos ecológicos nas áreas invadidas. Nós avaliamos o desenvolvimento, invasividade e aporte de detritos de Hedychium coronarium, invasora herbácea agressiva de ambientes úmidos, assim como a invasibilidade das comunidades das áreas ripárias invadidas. O estudo de dois anos da dinâmica populacional constatou maior mortalidade e natalidade de rametas durante o período de inverno, indicando estratégia de efeito prioritário para recrutamentos dos rametas. Os experimentos de decomposição in situ e in vitro demonstraram baixas taxas de mineralização de detritos dos rametas, comparadas com outras macrófitas de mesmo hábito e nicho. Os modelos senoidais e exponenciais demonstram a estocasticidade dos eventos de desenvolvimento e acumulo de detritos de H. coronarim nas áreas invadidas. Os rizomas apresentaram respostas histológicas para diferentes umidades do solo. Em solos com alta umidade, constatamos grande desenvolvimento de aerênquimas. Já em baixa umidade, o rizoma apresentou grande acúmulo de grânulos de amido. Os experimentos de remoção demonstraram que a invasora alterna o investimento preferencial entre os crescimentos vegetativo e o reprodutivo segundo a umidade do solo e hábitos das competidoras. Constatamos também a utilização dos seus rizomas como recurso alimentar de capivaras durante o período de inverno.