Cette thèse porte sur l’analyse des apports des approches participatives épidémiologiques (PE) dans l’amélioration de la surveillance de la fièvre aphteuse (FA), en particulier dans l’implication des éleveurs à l’échelle locale. Le premier objectif était d’évaluer l’efficacité de la surveillance et de la vaccination contre la FA à l’échelle locale en utilisant PE. Le deuxième objectif était d’évaluer la faisabilité d’application des outils de PE pour améliorer l’implication des éleveurs dans la surveillance de la FA au Vietnam. Les méthodes de PE ont compris des entretiens informelles (en groupes ou individuels), des outils de notation (classement par paires, empilement proportionnel, matrice de notation), des outils de visualisation (cartographie, lignes de temps, diagramme d’écoulement) et d’outil sociologique appelée méthode Q. 122 entretiens en groupe, 467 entretiens individuels, 339 questionnaires ont été effectuées en 2014 et 2015. 409 sérums et 152 fluides d’oesophagiens ont été prélevées. Les enquêtes par questionnaire, les tests d’ELISA et de rtRT-PCR et la modélisation de Bayésienne ont été utilisées pour valider la performance de PE dans la surveillance de la FA. La maladie a été considérée comme la problème la plus importante dans la production animale. La FA était la maladie la plus importante pour la production laitière, suivie par la septicémie hémorragique. Pour la production de bovin de viande, elle a été enregistrée dans l'ordre inverse. La maladie la plus importante pour la production porcine était le syndrome reproducteur et respiratoire porcin tandis que la FA était classé en quatrième. Les agriculteurs ont des capacités de diagnostic différentiel des maladies en fonction des symptômes cliniques. La prévalence sérique de la FA a été estimée à 23% pour la population 1 (proche la frontière du Cambodge) et 31% pour la population 2 (loin de la frontière du Cambodge), respectivement. La sensibilité et la spécificité de PE a été estimée à 59% et 81%, respectivement. La valeur prédictive positive et négative a été estimée à 48% et 86% pour la population 1 et 58% et 81% pour la population 2, respectivement. La présence du sérotype A, de la lignée A/Asia/Sea-97 et du sérotype O, lignées O/ME-SA/PanAsia et O/SEA/Mya-98 a soutenu la circulation du virus par des mouvements transfrontalières des animaux. Les fermes laitières ont appliquées la quarantaine, la désinfection et la vaccination comme méthodes de prévention. Les fermes de bovin de viande ont préférées la propreté et les bonnes pratiques de gestion de l'élevage. Les fermes porcines ont considérées que toutes les méthodes de prévention avaient la même importance. Trois discours «Croire», «Confiance», «Défi», représentés les perceptions communes des éleveurs et représentés 57,3% de la variance, ont été identifiés en utilisant méthode Q. Les éleveurs ont pris eux-mêmes les décisions de vaccination et se sont sentis plus en sécurité après la vaccination contre la FA. Cependant, une partie de la population étudiée n'a pas considérée la vaccination comme le premier choix de prévention. L'analyse de sensibilité de rapport de bénéfice-coût de la vaccination de la FA a montré que la vaccination était rentable pour tous les types de production, même si l'augmentation du coût de la vaccination et la diminution du prix de lait et de viande. 18 nouveaux villages sentinelles ont été identifiés comme potentiellement infectés par la FA. 77 animaux soupçonnés ont été confirmés positives avec la FA. La sensibilité et la spécificité de PE a été estimée à 0,75 et 0,65 respectivement. L'efficacité de PE pour détecter une épidémie de FA au Vietnam ont été démontrée. La vaccination a était montré la méthode la plus économique et la plus efficace pour prévenir la FA. Grâce à l'application des outils simples et adaptables qui facilitent la participation directe et active des éleveurs, PE permet d'obtenir une meilleure acceptabilité de la surveillance et des informations qualifiées. / This PhD thesis aimed at evaluating the contribution of participatory epidemiology (PE) to improve the foot-and-mouth disease (FMD) surveillance and control activities, especially the involvement of farmers at local level. The first objective aimed at assessing the effectiveness of the FMD surveillance and vaccination strategy at local level by using PE approach. The second objective aimed at assessing the feasibility of applying PE tools to improve the involvement of farmers in the FMD surveillance in Vietnam. PE methods performed in our study included informal interviews (focus group and individual), scoring tools (pairwise ranking, proportional pilling, disease impact matrix scoring and disease signs matrix scoring), visualization tools (mapping, timeline, flow chart) and sociological tools called Q methodology. 122 focus groups, 467 individual interviews, 339 questionnaire surveys were performed during two field studies in 2014 and 2015. 409 sera and 152 probang samples were taken. Conventional questionnaire surveys, Bayesian modelling and laboratory test (ELISA and rtRT-PCR) was used to validate the performance of PE in FMD surveillance. Disease was considered as the most important issues in animal production. FMD was the most important disease for dairy cattle production, followed by haemorrhagic septicaemia. For beef cattle production, it was recorded in reverse order. The most important disease for pig production was porcine reproductive and respiratory syndrome while FMD was ranked fourth. Farmers showed their abilities in differential diagnostic of important diseases based on its clinical symptoms. Sero-prevalence of FMD were estimated at 23% for population 1 (bordering with Cambodia) and 31% for population 2 (locating far from the border), respectively. Sensitivity and Specificity of PE were found to be 59% and 81%, respectively. The positive and negative predictive value were found to be 48% and 86% for population 1 and 58% and 81% for population 2, respectively. The presence of serotype A, lineage A/Asia/Sea-97 and serotype O with two separate lineages, O/ME-SA/PanAsia and O/SEA/Mya-98 supported virus circulation through trans-boundary animal movement activities. Dairy farms frequently applied quarantine, disinfection and vaccination as prevention methods. Beef farms preferred cleanliness and good husbandry management practices. Pig farms considered that all prevention methods had the same importance. Three distinct discourses “Believe”, “Confidence”, “Challenge”, representing common perceptions among farmers and accounting for 57.3 % of the variance, were identified based on Q methodology. Farmers take vaccination decisions themselves without being influenced by other stakeholders and feel more secure after FMD vaccination campaigns. However, part of the studied population did not consider vaccination to be the first choice of prevention strategy. The benefitcost ratio of FMD vaccination for dairy cow production in large-scale and in small-scale and meat cattle production were 37.2, 30.0 and 7.3, respectively. The sensibility analysis showed that FMD vaccination was profitable for all of production types even through the increase of vaccine cost and decrease of market price of milk and slaughter cattle. From the focus groups organized at sentinel villages, 18 new villages were identified as potentially infected by FMD. 77 suspected animals were confirmed positive for FMD, with viral serotypes O and A. Sensitivity and specificity of participatory surveillance were recorded at 0.75 and 0.65, respectively. The effectiveness of PE in FMD surveillance system to detect outbreak in Vietnam was demonstrated. It was demonstrated that vaccination was the most effective and economic method to prevent FMD. Through the application of simple, adaptive tools which facilitate direct and active participation of farmers, PE allowed to reach a better acceptability of surveillance and to obtain qualified information.

La fièvre de la vallée du Rift (FVR) est une arbovirose zoonotique émergente, touchant principalement l'homme et les ruminants. En l'absence de traitement spécifique et de moyen de prévention efficace, la prédiction des lieux à risque est un enjeu important de la lutte contre cette maladie. En milieu agropastoral sahélien du Sénégal, la période à risque est la saison des pluies, lorsque hôtes et vecteurs se rencontrent autour de mares temporairement inondées. La transmission du virus est complexe, car elle implique au moins deux espèces de vecteurs d'écologies différentes (Aedes vexans et Culex poicilipes) et des hôtes sédentaires ou nomades. Le virus est enzootique dans la communauté rurale de Barkedji. Afin d'y prédire le niveau de risque, défini comme l'intensité du contact hôtes-vecteurs en saison des pluies, nous avons mis en place un modèle prédictif de la répartition spatiale des troupeaux, à partir de données satellitales et de terrain. Puis les mares temporaires, gîtes des vecteurs, ont été détectées sur une série d'images SPOT5 et utilisées pour estimer l'abondance vectorielle relative. Ces données ont ensuite été synthétisées dans un modèle attribuant à chaque pixel de la zone d'étude un niveau de risque relatif. Les résultats obtenus sont encourageants, quoi que le modèle doive être amélioré et validé. L'intérêt majeur de notre travail est de présenter une approche méthodologique spécifique aux problématiques de santé-environnement, basée sur l'étude des interactions entre les éléments du cycle épidémiologique et le milieu. Nous espérons également qu'à moyen terme, il constituera une aide appréciable pour le réseau de surveillance sénégalais de la FVR.

La découverte du rôle des insectes en tant que vecteurs de pathogènes, établi depuis plus d'un siècle, a été l'élément moteur de la discipline " entomologie médicale et vétérinaire ". Malgré le succès de nombreuses campagnes de prévention et de programmes de lutte, nous assistons depuis une trentaine d'années à l'émergence et à la recrudescence de maladies à transmission vectorielle. Le virus de la fièvre catarrhale ovine (FCO) (Reoviridae : Orbivirus) est un très bon exemple de virus émergent en Europe dont les mécanismes de transmission sont encore peu connus dans cette région. Ce virus est transmis par des moucherons hématophages du genre Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae) aux ruminants sauvages et domestiques. En Europe, la FCO a été pendant longtemps considérée comme une maladie exotique. À partir de 1998, plusieurs incursions apparaissent dans l'ouest du bassin méditerranéen en lien avec la remontée vers le nord de populations de Culicoides imicola, le principal vecteur afrotropical. À partir d'août 2006, l'apparition et la transmission du sérotype 8 dans le nord de l'Europe, dans des zones où C. imicola est absent, révèle l'importance des espèces autochtones et la nécessité de comprendre leur rôle vecteur. Ce travail s'intéresse aux mécanismes de transmission du virus de la FCO en Europe non méditerranéenne, en i) présentant un état de l'art de la biologie et l'écologie des Culicoides adultes, ii) en évaluant les conditions possibles d'utilisation de pièges pour estimer le taux de piqûre et iii) en décrivant les comportements trophiques pour les espèces d'intérêt vétérinaire.

Les maladies animales vectorielles sont devenues depuis 2000 une préoccupation majeure pour la France et certains pays de l'Union Européenne du fait de l'apparition, la persistance et l'expansion de virus pathogènes en provenance de régions du Sud. La fièvre catarrhale du mouton (FCM) est un bon exemple de la progression en zone tempérée d'arboviroses tropicales sous l'effet, semble-t-il, de l'extension de son vecteur principal sur le littoral méditerranéen européen (Corse, îles Baléares, Catalogne, Italie, Sardaigne, Sicile, Var).<br />L'objectif de cette thèse est à la fois d'étudier les outils méthodologiques et diagnostiques disponibles pour évaluer les risques liés à la FCM et d'en développer d'autres afin d'améliorer la surveillance de cette maladie en France.<br />Une première étude a constitué en l'évaluation des performances épidémiologiques du test sérologique (ELISA de compétition) utilisé pour le diagnostic et la surveillance de la FCM en Corse et sur le continent français. Une analyse du plan de surveillance de la circulation virale dans le contexte particulier corse a également été conduite. Elle a permis notamment d'identifier les points critiques de ce dispositif. <br />Suite à la détection de la présence de Culicoides imicola, vecteur biologique impliqué dans la circulation du virus de la FCM (BTV) sur le pourtour méditerranéen, dans la vallée de l'Argens (département du Var), le besoin de développer de nouveaux outils pour surveiller et évaluer le risque de transmission de ce virus dans des zones d'implantation récente est devenu nécessaire. Une étude entomologique a ainsi été mise en place dans la vallée de l'Argens afin i) de confirmer l'installation de C. imicola dans cette zone, ii) de suivre la dynamique de cette population sur une saison d'activité, iii) de collecter des données entomologiques pour estimer le potentiel de transmission de cette population de vecteurs. Un modèle stochastique de capacité vectorielle regroupant des données spécifiques des populations locales de C. imicola et des données publiées dans la littérature est ainsi proposé. Une étude de la compétence de C. imicola vis-à-vis du sérotype 9 de la FCM a, de plus, été initiée.<br />La discussion générale s'attarde sur les points qui semblent importants pour améliorer le dispositif de surveillance et avancer vers la mise en place d'un système d'alerte précoce. Elle ouvre également de nouvelles perspectives pour prolonger l'approche intégrative proposée en incluant notamment des travaux de géomatique initiés sur C. imicola. Elle pose, de plus, la question d'un passage à une échelle d'étude plus large. Les questions de recherche que pose l'épizootie récente de FCM dans le Nord de l'Europe sont finalement examinées.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le virus Ebola, responsable d'une fièvre hémorragique virale létale et le virus de la variole, agent étiologique de la variole, sont des armes biologiques potentielles. Il n'existe pas de traitement ou de prophylaxie autorisés contre le virus Ebola, quelques candidats vaccins étant en cours de développement. Concernant la variole, des vaccins dits de première génération (virus de la vaccine) ont permis l'éradication de la maladie cependant ils sont à l'origine de complications post-vaccinales parfois sévères alors que des vaccins plus récents dits de troisième génération, non-réplicatifs, ont été développés pour leur innocuité mais restent faiblement immunogènes. Nous avons récemment développé plusieurs vecteurs viraux de type virus de la vaccine (VACV) par délétion d'un certain nombre de facteurs de virulence. Nous avons évalué leur innocuité, leur immunogénicité et leur efficacité en tant que candidats vaccins antivarioliques chez la souris puis utilisé l'un de ces vecteurs pour développer un candidat vaccin bivalent antivariolique et anti-virus Ebola. Ces virus de la vaccine délétés sont réplicatifs mais fortement atténués. Ils induisent une réponse en anticorps neutralisants spécifiques anti-vaccine similaire à celle induite par le vaccin antivariolique de première génération et induisent des réponses immunitaires cellulaires CD4+ et CD8+ spécifiques suffisantes pour protéger l'animal d'un challenge létal de cowpoxvirus en intranasal, simulant une infection par le virus de la variole. Le virus délété le plus immunogène et le plus sûr, nommé MVL, a été utilisé pour construire un vecteur viral codant pour la glycoprotéine du virus Ebola (EGP). Le gène entier d'EGP ou une forme chimérique d'EGP (fusion entre l'ectodomaine d'EGP et le domaine transmembranaire de la glycoprotéine B5 du VACV) ont été clonés dans le génome du vecteur viral. Ces deux vecteurs produisent des virus ayant incorporé EGP dans leur enveloppe. Ces deux candidats vaccins recombinants induisent de fortes réponses humorales spécifiques anti-EGP et anti-vaccine chez la souris immunocompétente. En conclusion, nous avons développé plusieurs candidats vaccins antivarioliques aussi immunogènes et efficaces que le vaccin historique et avec une atténuation similaire aux vaccins de troisième génération. L'un de ces candidats (MVL) a été utilisé comme vecteur viral pour exprimer la glycoprotéine hétérologue EGP, contre laquelle il induit une réponse immunitaire humorale forte

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La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une zoonose due à un virus transmissible par une large variété de vecteurs. Au cours des quinze dernières années, elle a rendu malades des dizaines de milliers de personnes, entrainé des centaines de décès humains et provoqué la mort de plus de 100 000 ruminants domestiques en Afrique et dans la péninsule arabique. Suite à la découverte de la présence du virus à Mayotte, les autorités sanitaires, le Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement) et les éleveurs ont créé en 2009 un système de surveillance en santé animale, le SESAM. L‘objectif de cette thèse était de faire un état des lieux de la situation épidémiologique de la FVR chez les ruminants à Mayotte en 2012-2013, d’évaluer les perspectives de persistance de la maladie et d’étudier les perceptions et les priorités des éleveurs vis-à-vis de cette maladie. En 2012, le fonctionnement du dispositif de surveillance de la FVR a été révisé avec un renouvellement partiel du groupe d’éleveurs sentinelles et un renforcement de la surveillance événementielle basée sur la recherche systématique de la FVR en cas d’avortement ou de mortalité anormale. Une baisse continue de la séroprévalence de 2010 à 2013 a été observée. En 2012-2013, le taux d’incidence est resté stable avec environ deux séroconversions pour 100 animaux-ans. Ce taux est très inférieur au taux d’incidence de 18% observé en 2011. Le virus de la FVR n’a été détecté dans aucun des prélèvements réalisés dans le cadre de la déclaration officielle des avortements chez les ruminants (n=41). Des critères d’évaluation de la performance du dispositif de surveillance ont été proposés et ont mis en évidence une amélioration de la qualité des données entre 2010 et 2013. Un modèle dynamique de type SIR a permis d’estimer le niveau de transmission hôte-vecteur attendu qui expliquerait au mieux la séroprévalence observée de 2008 à 2013 à Mayotte. La probabilité de transmission hôte-vecteur estimée par ce modèle est cinq fois plus faible qu’attendue. Dans ces conditions, la probabilité de persistance de la FVR, en l’absence de nouvelle introduction d’animaux virémiques reste inférieure à 10%, cinq ans après l’arrivée du virus. Enfin, la priorisation des problèmes sanitaires à Mayotte par une démarche d’épidémiologie participative et des réunions d’éleveurs a mis en évidence que les cinq problèmes spontanément rapportés comme les plus importants chez les bovins sont dans l’ordre le charbon symptomatique, les tiques, le syndrome « bavite-fièvre-grippe», le syndrome « dermatophilose-boutons » et la diarrhée. La FVR est absente de ce classement mais les avortements arrivent en 9ème position et à la première selon le critère de « risque ». La surveillance, et les approches interdisciplinaires de modélisation et de sciences humaines doivent être poursuivies pour évaluer plus précisément le risque de réémergence de la FVR à Mayotte et anticiper les réponses à y apporter. La surveillance doit aussi s’adapter aux attentes des éleveurs et développer l’approche syndromique ainsi que s’intégrer pleinement aux dispositifs régionaux et nationaux. / Rift Valley fever (RVF) is a vector-borne zoonosis, with a wide variety of potential competent vectors. During the last fifteen years, RVF caused tens of thousands of human cases, hundreds of human deaths and more than 100,000 domestic ruminant deaths in Africa and in the Arabic peninsula. After the first detection of RVF in Mayotte, an animal health surveillance network has been created in 2009, namely the SESAM. The aim of this PhD was to assess the epidemiological situation of Mayotte toward RVF in 2012-2013, to assess the persistence probability of RVF in the territory and to document farmers’ perceptions and health priorities. In 2012, RVF surveillance has been revised in order to partially renew the pool of the sentinel herds. The passive surveillance with systematic RVF detection assay on abortion and abnormal mortality was enforced. A continuous decrease in the seroprevalence was observed based on 2010-2013 data. During 2012-2013, a steady incidence rate of about 2 seroconversions per 100 animal-year was observed. This rate is much lower than the previous assessment of 18% during 2011. RVF virus was not detected in any of the 41 declared abortion cases. Surveillance performance criteria were discussed and assessed showing mainly an increase in data quality between 2010 and 2013. A SIR dynamic model was built based on vector knowledge and observed seroprevalence in Mayotte from 2008 to 2013. Estimated host-vector transmission rate was fivefold lower than expected according to current literature. Persistence probability, without reintroduction of viremic animals, was predicted to be 10% five years after virus introduction. Finally, health problem prioritization in Mayotte was studied through focus groups, gathering 164 farmers. The five main issues stated were: blackleg, ticks, a respiratory « fever/flu-like» syndrome, a dermatologic syndrome and diarrhoea. RVF was absent from the priority problems list in which abortions were ranked 9th. However abortions came first when « risk » criteria was taken into account, raising issues of cultural risk perceptions. Further surveillance and research using transdisciplinary approaches that mix mathematical modelling and the humanities should be continued with the view to assess more precisely reemergence probability in Mayotte and anticipate mitigating measures. Surveillance and research should also align with farmers’ expectations. The development of syndromic surveillance (abortion, death, etc.) requires strengthening surveillance network and identification data quality. Mayotte surveillance components should also be fully integrated within the regional and national schemes.

Le virus Ebola, responsable d'une fièvre hémorragique virale létale et le virus de la variole, agent étiologique de la variole, sont des armes biologiques potentielles. Il n'existe pas de traitement ou de prophylaxie autorisés contre le virus Ebola, quelques candidats vaccins étant en cours de développement. Concernant la variole, des vaccins dits de première génération (virus de la vaccine) ont permis l'éradication de la maladie cependant ils sont à l'origine de complications post-vaccinales parfois sévères alors que des vaccins plus récents dits de troisième génération, non-réplicatifs, ont été développés pour leur innocuité mais restent faiblement immunogènes. Nous avons récemment développé plusieurs vecteurs viraux de type virus de la vaccine (VACV) par délétion d'un certain nombre de facteurs de virulence. Nous avons évalué leur innocuité, leur immunogénicité et leur efficacité en tant que candidats vaccins antivarioliques chez la souris puis utilisé l'un de ces vecteurs pour développer un candidat vaccin bivalent antivariolique et anti-virus Ebola. Ces virus de la vaccine délétés sont réplicatifs mais fortement atténués. Ils induisent une réponse en anticorps neutralisants spécifiques anti-vaccine similaire à celle induite par le vaccin antivariolique de première génération et induisent des réponses immunitaires cellulaires CD4+ et CD8+ spécifiques suffisantes pour protéger l'animal d'un challenge létal de cowpoxvirus en intranasal, simulant une infection par le virus de la variole. Le virus délété le plus immunogène et le plus sûr, nommé MVL, a été utilisé pour construire un vecteur viral codant pour la glycoprotéine du virus Ebola (EGP). Le gène entier d'EGP ou une forme chimérique d'EGP (fusion entre l'ectodomaine d'EGP et le domaine transmembranaire de la glycoprotéine B5 du VACV) ont été clonés dans le génome du vecteur viral. Ces deux vecteurs produisent des virus ayant incorporé EGP dans leur enveloppe. Ces deux candidats vaccins recombinants induisent de fortes réponses humorales spécifiques anti-EGP et anti-vaccine chez la souris immunocompétente. En conclusion, nous avons développé plusieurs candidats vaccins antivarioliques aussi immunogènes et efficaces que le vaccin historique et avec une atténuation similaire aux vaccins de troisième génération. L'un de ces candidats (MVL) a été utilisé comme vecteur viral pour exprimer la glycoprotéine hétérologue EGP, contre laquelle il induit une réponse immunitaire humorale forte / Ebola virus, causing a lethal haemorrhagic fever and variola virus, the agent of smallpox are potential biological weapons. There is no treatment and no prophylaxis authorised against Ebola, although some vaccine viral vectors were developed these last years. Concerning smallpox, several types of vaccines exist against smallpox (based on vaccinia virus), first generation that allowed the disease eradication but responsible of some post-vaccination complications and some non-replicative 3rd generation vaccines which are safe but not very immunogenic. We have recently developed several vaccinia virus (VACV) vectors by deletion of some virulence genes, and we have evaluated their safety, immunogenicity and efficacy as smallpox vaccine in mice and used one of them as a bivalent vaccine against Ebola and smallpox. These viral vectors are higly attenuated and replicative competent. They induce a neutralizing specific-VACV antibodies response similar to that of the historical vaccine and induce VACV-specific CD8+ and CD4+ immune responses efficient to protect immunocompetent mouse model intranasally infected by cowpox virus, simulating variola virus infection.The most safety and immunogenic vaccinia virus vector, named MVL, has been used to construct a vector encoding the Ebola glycoprotein (EGP) for immunization against Ebola. The native EGP gene or a chimeric EGP gene (a fusion between the EGP ectodomain and the transmembrane domain of the VACV B5 glycoprotein) have been cloned into the viral vector genome. These two recombinant vaccine candidates induce specific humoral immune responses against Ebola and vaccinia virus in immunocompetent mice. In conclusion, we have developed several vaccine candidates against smallpox as immunogenic and protective as the historical vaccine and as safe as 3rd generation vaccines. One of these candidates, MVL, has been used as a viral vector to express the heterologous glycoprotein EGP, against which it induce a strong humoral immune response.

La fièvre Q est une zoonose de répartition mondiale due à une bactérie intracellulaire stricte, Coxiella burnetii. Les ruminants domestiques contaminent l’environnement en excrétant la bactérie principalement dans les produits de parturition, le mucus vaginal et les fèces. L’Homme et l’animal s’infectent ensuite par inhalation de pseudo-spores circulantes dans l’environnement. Des enjeux de santé publique et vétérinaires ont ainsi motivés la mise en place de ce projet de thèse afin de mieux maîtriser les infections par C. burnetii dans les élevages. Les objectifs de ce travail étaient de produire des connaissances épidémiologiques descriptives sur : (a) la dynamique de circulation de C. burnetii en élevage ovin naturellement infecté ; (b) la diversité génotypique des souches de C. burnetii circulantes dans les élevages de ruminants domestiques en France ; (c) la diversité phénotypique de ces souches via l’utilisation de deux modèles de virulence, un in vivo et un in vitro ; et (d) l’implication du cheval dans l’épidémiologie de la fièvre Q, en étudiant son exposition à C. burnetii ainsi qu’une potentielle symptomatologie.Le suivi longitudinal réalisé en élevage ovin a permis de fournir des indicateurs pertinents à utiliser pour évaluer rapidement le risque de transmission de C. burnetii en contexte infectieux, en termes de lots d’animaux, d’outils diagnostics ou encore de périodes d’échantillonnage à privilégier. Par ailleurs, nous avons également identifié trois grands clusters génotypiques de souches circulantes dans les élevages de ruminants domestiques en contexte d’avortement fièvre Q en France. Deux clusters génotypiques regroupent majoritairement les petits ruminants, dont un principalement les ovins et l’autre les caprins. Le troisième cluster génotypique est composé quasi-exclusivement de bovins. Nous avons montré que le gène IS1111 impacte significativement la diversité génotypique MLVA observée. Nous avons également montré qu’en plus d’une spécificité d’espèce, les génotypes circulants en France sont stables d’un point de vue spatio-temporel. Pour l’étude phénotypique, nous avons mis au point deux modèles d’infection, l’un in vivo par inoculation dans le coussinet plantaire de souris mâle CD1 et l’autre in vitro par infection de deux lignées cellulaires macrophagiques : l’une bovine (SV40) et l’autre ovine (MoCl4). Ces modèles nous ont permis d’identifier 4 clusters phénotypiques, qui n’étaient pas systématiquement corrélés aux trois clusters génotypiques, identifiés in vivo à partir de l’analyse de la charge bactérienne dans la rate de souris, ni aux cinétiques de multiplication de C. burnetii observés in vitro. Enfin, les séroprévalences obtenues chez le cheval dans une zone considérée hyperendémique pour l’Homme (Camargue et Plaine de La Crau) suggèrent que les chevaux sont exposés à la fièvre Q dans cette région et pourrait éventuellement être utilisés comme des indicateurs pertinents du risque zoonotique. Néanmoins, nos résultats ne nous permettent pas de conclure sur les formes cliniques potentiellement associées à la fièvre Q chez le cheval. À l’avenir, les résultats obtenus dans ce travail de thèse permettront une meilleure compréhension de la dynamique de circulation et des conséquences de l’infection par C. burnetii en élevages de ruminants domestiques et de chevaux. Ces données permettront in fine d’améliorer la surveillance, le diagnostic ainsi que la mise en œuvre de mesures de gestion sanitaire de la fièvre Q en santé publique et vétérinaire. / Q fever is a worldwide zoonosis, due to a strict intracellular bacterium: Coxiella burnetii. Domestic ruminants mainly shed the bacteria in parturition products, vaginal mucus and feces. Humans and animals infect by inhalation of circulating pseudo-spores into the environment.Public and veterinary health issues therefore motivated the implementation of this PhD project in order to better control C. burnetii infections on farms. The objectives of this thesis were to provide descriptive epidemiological findings about: (a) circulation dynamics of C. burnetii in a naturally infected flock of sheep; (b) the genotypic diversity of circulating C. burnetii strains on domestic ruminant farms in France; (c) the phenotypic diversity of these strains as demonstrated by the use of two virulence models, one in vivo and one in vitro; and (d) the involvement of horses in the epidemiology of C. burnetii, by studying their exposure and a potential symptomatology.Longitudinal follow-up in a flock of sheep provided relevant tools to rapidly assess the risk of C. burnetii transmission when a flock was identified as infected, in terms of animal pens, diagnostic tools, or sampling periods to be preferred. We also identified three main genotypic groups of circulating strains in domestic ruminant farms in France where Q fever abortion were recorded. Two genotypic groups mainly included small ruminants, with one group mainly composed of sheep and the other mainly composed of goats. The third genotypic group was comprised almost exclusively of cattle. We have shown that the IS1111 gene significantly impacts the genotypic MLVA diversity observed. In addition to this species specificity, we have shown that the circulating genotypes in France were also spatiotemporally stable. We then developed two models of infection, one in vivo by inoculating CD1 male mice in the footpad of and one in vitro by infecting two macrophage cell lines: one bovine (SV40) and one ovine (MoCl4). These two models allowed us to show that the genotypic clusters were not systematically correlated with both the four phenotypic clusters identified in vivo from the analysis of the bacterial load in the mouse spleens and the analysis in vitro of the C. burnetii multiplication kinetics.Finally, the seroprevalence observed in horses within hyperendemic areas for Q fever in humans (Camargue and Plain of La Crau) suggests that horses are exposed to the bacteria in the area and that they may be a relevant indicator of the zoonotic risk. Nevertheless, our results were inconclusive on the clinical forms associated with Q fever in horses.In the future, the findings found in our work will allow a global understanding of the circulation dynamics of C. burnetii on domestic ruminant farms as well as in others animal species. Thus, all these data will ultimately improve surveillance, diagnosis and management of Q fever in public and veterinary health.