Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3514431 bytes, checksum: 363b70b87828ee72684cb0b0718115ca (MD5) Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dinoponera lucida (Formicidae: Ponerinae) is a ant of black color and large size, up to four cm, with apterous females and smaller, winged males. There are no morphologically differentiated castes and the reproduction is carried out by fertilized workers known as gamergates . The species is on the Brazilian list of fauna threatened with extinction. Its distribution is restricted to the south of Bahia and to Espírito Santo in the Central Corridor of the Mata Atlântica. As a contribution to the elucidation of the type of geopgraphic distribution and population structure of the species, the phylogeography of D. lucida was studied from mitochondrial DNA. 1149 bp of the COI, COII and Cytb genes were sequenced. Phylogenetic trees were constructed by Bayesian Inference. Molecular variation, fixation indices, nucleotide and haplotype diversity indices were estimated. Haplotype networks were reconstructed by median-joining network. The type of phylogeography observed was phylogeographic structure with discontinuous genetic divergence and loss of intermediate haplotypes and populations with limited gene flow. The area of occurrence of the species has been intensely impacted by habitat loss and consequently isolation of remaining populations and preserved forests that represent modern ecological refuges for the species. The loss of the habitat also represents loss of intermediate haplotypes and the remaining populations presented exclusive haplotypes. The loss of any of these can not be replaced or compensated for by the conservation of any other. This implies the necessity of conservation efforts aiming to preserve as many as possible of the remaining areas that still harbour population of the D. lucida. / Dinoponera lucida (Formicidae: Ponerinae) é uma formiga de coloração preta e grande porte, até 4 cm, com fêmeas ápteras e machos alados e menores. Não há castas morfologicamente diferenciadas e a reprodução é feita por operárias fertilizadas conhecidas como gamergates . A espécie consta na lista brasileira da fauna ameaçada de extinção. Sua distribuição está restrita ao sul da Bahia e ao Espírito Santo no Corredor Central da Mata Atlântica. Como contribuição para a elucidação do padrão de distribuição geográfica e estruturação populacional da espécie, a filogeografia de D. lucida foi estudada a partir de seqüências do DNA mitocondrial. Foram seqüenciados 1149 pb dos genes COI, COII e Cytb. Árvores filogenéticas foram construídas por Inferência Bayesiana. Variância molecular, índices de fixação, índices de diversidade nucleotídica e haplotípica foram estimados. Redes de haplótipos foram reconstruídas por median-joining network. Os índices de diversidade e fixação indicaram a estruturação das populações. O padrão filogeográfico observado foi a estruturação filogeográfica com padrão descontínuo de divergência genética e perda de haplótipos intermediários em populações com limitado fluxo gênico. A área de ocorrência da espécie tem sido intensamente impactada com perda de habitat e conseqüente isolamento das populações remanescentes em fragmentos florestais preservados que representam refúgios ecológicos modernos para a espécie. A perda de habitat representa também a perda haplótipos intermediários e as populações remanescentes apresentaram haplótipos exclusivos. A perda de qualquer uma delas não pode ser substituída ou compensada pela conservação de nenhuma outra. Isto implica a necessidade de esforços conservacionistas que visem preservar o máximo possível das áreas remanescentes que ainda abrigam populações de D. lucida.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623187 bytes, checksum: 351372d8fb2a6df46264f48e3ae8f0e5 (MD5) Previous issue date: 2007-03-02 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The soybean is attacked by many pathogens, spite of all the diseases the Asiatic rust caused by the fungus Phakopsora pachyrhizi has been considered one of the most important pathogens. The symptoms are characterized for small points darker than the healthy tissue, where it is observed a bulge, which it opens in small pore expelling some uredionospores. Hardly infected plants show premature fallen leave, compromising then the formation and filling of some string beans and also the final weight of some grains. The most effective controlling method is the use of some resistant varieties, however the pathogenic large variability has bothered the research of these resistant varieties. This research has aimed search the special and temporal distribution of the genetic diversity of the Phakopsora pachyrhizi, and infer about the developed relations between some Brazilian, African and Asiatic isolates. Uredionospores were collected in 20 Brazilian places and also in South African. The genomic DNA was extracted from and amplified with the PCR using specifics primers for the ITS region of the nuclear genome in the Phakopsora pachyrhizi. The ITS1 and ITS2 regions were cloned and sequenced of independent forms. Four clones of each ITS regions in samples were sequenced, aimed to verify whether it might have variability of the pathogens in same location. The sequences were lined up and compared each others and also with isolates sequences of the Phakopsora pachyrhizi from different countries in GenBank. Later, the TCS program was used to obtain haplotypes net, one for the ITS1 sequences and other for the ITS2 region. The program ARLEQUIN was used to conduct the analysis of molecular variables, calculating the diversities between and in located samples, and also to calculate the genetic and nucleotide diversity. The net based on the ITS1 sequences, was able to distinguish 21 haplotypes between 96 sequences, while the net based on ITS2 distinguished 17 haplotypes between 86 sequences, showing that spite of Phakopsora pachyrhizi was recently inserted in Brazil, the Brazilian isolates show a great genetic variability. This net shows that distributed haplotypes in Brazil were also found in Africa and Asia, showing an ancestors relation. Comparing the sequences, it was observed the presence of at least three haplotypes for each location, showing a large genetic diversity among the locations, and it was proved by variability molecular analysis. The results support the hypothesis that the origin of this fungus in Brazil has been brought through spores, probably by area transportation through the Atlantic Ocean from Africa and this migration happen more than once. / A soja é atacada por muitos patógenos, porém dentre todas as doenças a ferrugem asiática causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi tem sido considerada como uma das mais importantes. Os sintomas são caracterizados por minúsculos pontos mais escuros do que o tecido sadio, onde se observa uma protuberância, essa se abre em minúsculo poro, expelindo daí, os uredósporo. Plantas severamente infectadas apresentam desfolha precoce, comprometendo a formação e o enchimento de vagens e o peso final dos grãos. O método mais eficiente de controle é o emprego de variedades resistente, entretanto, a grande variabilidade patogênica tem dificultado a pesquisa de tais variedades resistentes. Esse estudo teve como objetivo investigar a distribuição espacial e temporal da atual diversidade genética de Phakopsora pachyrhizi, e inferir sobre as relações evolutivas entre os isolados de origem brasileira e de origem africana e asiática. Uredósporos foram coletados de 20 localidades brasileiras e de localidades na África do Sul. O DNA genômico foi extraído e amplificado por meio de PCR utilizando-se iniciadores específicos para a região de ITS do genoma nuclear de Phakopsora pachyrhizi. As regiões ITS1 e ITS2 foram clonadas e sequenciadas de forma independente. Foram sequenciados quatro clones de cada região ITS por amostra, com o objetivo de verificar se haveria variabilidade do patógeno dentro de uma mesma localidade. As sequências foram alinhadas e comparadas entre si e com sequências de isolados de Phakopsora pachyrhizi de diferentes países obtidas no GenBank. A seguir, o programa TCS foi utilizado para obter redes de haplótipos, uma para as sequências de ITS1, e outra para a região de ITS2. O programa ARLEQUIN foi utilizado para conduzir a análise de variância molecular, calculando a diversidade entre e dentro das localidades amostradas, como também para calcular a diversidade gênica e a diversidade nucleotídica. A rede, com base em sequências provenientes de ITS1, foi capaz de distinguir 21 haplótipos entre as 96 sequências, enquanto que a rede baseada em ITS2 distinguiu 17 haplótipos entre as 86 sequências, indicando que embora P. pachyrhizi tenha sido recentemente introduzida no Brasil, os isolados brasileiros apresentam uma grande variabilidade genética. Essa rede também mostrou que haplótipos amplamente distribuídos no Brasil também foram encontrados na África e Ásia, indicando uma relação de ancestralidade. Pela comparação das sequências, foi observada a presença de cerca de três haplótipos para cada localidade, indicando uma alta diversidade genética dentro da localidade, sendo esse indício comprovado pela análise de variância molecular. Os resultados dão suporte à hipótese de que, a origem desse fungo no Brasil tenha sido por meio de esporos trazidos, provavelmente, por correntes aéreas transoceânicas que tenham atravessado o Oceano Atlântico, vindos da África. E que essa migração ocorreu mais de uma vez.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000866312.pdf: 1513735 bytes, checksum: ebc1a9c4c91be977c085b13a32f3b8b4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram...

Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Coorientador: Fausto Foresti / Banca: Diego Teruo Hasimoto / Banca: Santiago Montealegre Quijano / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Bruno Leite Mourato / Resumo: A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram... / Abstract: Not available / Doutor

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-05-09T23:31:45Z No. of bitstreams: 1 ViniciusDeAvelarSaoPedro_TESE.pdf: 3540659 bytes, checksum: 67811bd281acabb110f34e4ceae516ae (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-05-10T00:07:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ViniciusDeAvelarSaoPedro_TESE.pdf: 3540659 bytes, checksum: 67811bd281acabb110f34e4ceae516ae (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-10T00:07:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ViniciusDeAvelarSaoPedro_TESE.pdf: 3540659 bytes, checksum: 67811bd281acabb110f34e4ceae516ae (MD5) Previous issue date: 2014-05-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A diagonal de ?reas abertas, ou ?diagonal seca?, ? uma regi?o de grande riqueza de esp?cies e reconhecida import?ncia biogeogr?fica na Am?rica do Sul. Formada por Caatinga, Cerrado e Chaco, sua diversidade ainda est? subestimada e pouco se conhece acerca dos processos que deram origem ? sua biota. Para investigar a import?ncia de eventos geol?gicos e clim?ticos nos processos de diversifica??o, foi realizada uma abordagem gen?tica multilocus de ampla abrang?ncia geogr?fica em dois grupos de anf?bios (Dermatonotus muelleri e Phyllomedusa grupo hypochondrialis). Os dados moleculares foram interpretados ? luz da teoria da coalesc?ncia e infer?ncia bayesiana. T?cnicas como rede de hapl?tipos, reconstru??o filogeogr?fica, modelagem de nicho, testes de migra??o e ABC foram utilizadas como an?lises complementares. Foram reconhecidas duas linhagens distintas em Dermatonotus, que se diferenciaram durante eventos orog?nicos do Mioceno/Plioceno. A influ?ncia das varia??es clim?ticas do Pleistoceno se limitaram a mudan?as no tamanho populacional de uma das linhagens. Em Phyllomedusa, foram identificadas ao menos quatro linhagens geograficamente estruturadas. Uma complexa hist?ria de diversifica??o explica o surgimento dessas linhagens, come?ando por especia??o alop?trica durante o Ne?geno, envolvendo o soerguimento do Planalto Central e oscila??es na vaz?o do Rio S?o Francisco, at? os eventos de expans?o e retra??o dos biomas durante o Pleistoceno. Os resultados do presente estudo colaboram com a taxonomia dos g?neros Dermatonotus e Phyllomedusa e, sobretudo, contribuem com a compreens?o dos processos de diversifica??o nos biomas abertos da Am?rica do Sul. / The ?dry diagonal? is a very diverse and biogeographically important region in South America. However, its diversity is still underestimated and little is known about the processes that originated its biota. To investigate the relevance of geological and climatic events in the diversification processes, we conducted a multilocus range-wide approach for Dermatonotus muelleri, a fossorial frog endemic to the dry diagonal. We found two geographically structured lineages, well defined in both mitochondrial (NAD2) and nuclear (POMC and TMEM) genes. The estimates of lineage divergence, between the Miocene and Pliocene, corroborate the idea that Neogene orogeny events were crucial for the main diversification events in the dry diagonal. The influence of Pleistocene climatic fluctuations appears restricted to population size changes of one of the lineages. A great genetic divergence and distinctive ecological niches between lineages suggest the existence of a cryptic non-described species. Partially contrasting with previous works, our results reinforce the need for additional phylogeographic studies approaching other taxa as the only way to better understand the biogeographic history in the dry diagonal.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-07-17T13:30:06Z No. of bitstreams: 1 FrancoiseDantasDeLima_TESE.pdf: 8585044 bytes, checksum: 0ae8905bac9e200a95b966507fc7aa0e (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-07-19T15:09:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FrancoiseDantasDeLima_TESE.pdf: 8585044 bytes, checksum: 0ae8905bac9e200a95b966507fc7aa0e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-19T15:09:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FrancoiseDantasDeLima_TESE.pdf: 8585044 bytes, checksum: 0ae8905bac9e200a95b966507fc7aa0e (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A abordagem integrativa aplicada ? conserva??o de uma esp?cie ? essencial para a compreens?o dos fatores que contribuem para a diversifica??o de popula??es, processos de especia??o e identifica??o de padr?es ecol?gicos. Para tra?ar um panorama de conserva??o para Octopus insularis, foi adotada uma abordagem integrativa que envolve elementos da filogenia, filogeografia, Barcoding, modelagem do nicho clim?tico e gen?tica da paisagem. O presente estudo foi realizado em 15 localidades da costa oeste e ilhas oce?nicas do Atl?ntico Tropical. Foi identificado um aumento da ?rea de distribui??o de O. insularis para o mar do Caribe, o qual confirma o alto potencial da esp?cie para dominar ambientes de ?guas quentes e rasas. Al?m disso, verificou-se problemas com a identifica??o incorreta das esp?cies que comp?em os estoques pesqueiros dessa regi?o e do Golfo do M?xico, o que pode amea?ar a esp?cie end?mica O. maya. Atrav?s do enfoque filogen?tico com infer?ncia biogeogr?fica, foi poss?vel identificar o Caribe como poss?vel centro de origem do O. insularis, a qual divergiu de outras do g?nero ap?s o soerguimento do Istmo do Panam?. Tr?s clados contendo esp?cies transistimianas confirmam a import?ncia desse evento geol?gico no processo de especia??o em oct?podes. A influ?ncia dos processos clim?ticos subsequentes nas popula??es de O. insularis foi analisada atrav?s da modelagem do nicho em cinco cen?rios temporais. A an?lise revelou expans?o do nicho de O. insularis, em dire??o a regi?es temperadas nos cen?rios de aquecimento global. J? a filogeografia, estrutura??o populacional mostrou quatro popula??es/estoques bem delimitados geneticamente, devido ao regime da Corrente Sul Equatorial e montes submersos. Tais resultados corroboram a hip?tese do isolamento por Resist?ncia. Os resultados do presente estudo permitiram uma vis?o hol?stica dos fatores gen?ticos, ecol?gicos e oceanogr?ficos que influenciam a esp?cie O. insularis e auxiliaram a tra?ar um atual panorama de conserva??o e regulamenta??o da esp?cie, bem como sugerir futuras medidas de manejo para e esp?cie. / The integrative approach applied to species conservation is essential to understand the factors that contribute to population diversification, speciation processes and identification of ecological patterns. To propose a panorama for the conservation of Octopus insularis, a wide distributed species in the Tropical Atlantic, an integrative approach involving phylogeny, phylogeography, Barcoding, climatic niche modeling and landscape genetics was adopted. The present study was performed in 15 localities of the Tropical Atlantic west coast and oceanic islands. It was identified a northward increase in the O. insularis distribution area towards the Caribbean Sea, which confirms high potential of this species to dominate warm and shallow waters. Furthermore, misidentification of the species that compose fisheries stocks in the Gulf of Mexico was detected, which may threaten the endemic species O. maya. By using phylogeny approach with biogeographic interference, it was possible to identify Caribbean Sea as an origin area of O. insularis, which diverged from others congeners after the uplift of Isthmus of Panama. Tree clades formed by transisthmian species confirmed the importance of this geological event on speciation processes in octopod. The influence of the historical e future climate changes on distribution and expansion of O. insularis populations was analyzed by ecological niche modeling in five temporal scenarios. The analysis revealed a climatic niche expansion of O. insularis towards temperate regions on global warming scenarios. Whereas, phylogeography and population structure showed four populations/stocks well delimited, mainly due to South Equatorial Current and seamounts. These results corroborate the Isolation by Distance hypothesis. The present results allowed a holistic view, including genetic, ecology and oceanographic factors, which influences O. insularis life history. Those findings can help to build an actual panorama of species conservation and regulation, as well, to suggest future management measures to attenuate possible consequence of global climatic changes.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / As florestas tropicais brasileiras (Amazônia e a Mata Atlântica) possuem alta diversidade de espécies e atualmente estão separadas por um cinturão de vegetação aberta. Parte deste cinturão é ocupada pela Caatinga, onde se encontram os Brejos de Altitude, testemunhos das conexões históricas entre a Mata Atlântica e a Amazônia. O Centro de Endemismos Pernambuco (CEPE) é a unidade biogeográfica que compõe a Mata Atlântica ao norte do rio São Francisco e contém diversos táxons endêmicos. Esta região apresenta uma mastofauna compartilhada com a Amazônia, devido às conexões existentes durante o Cenozóico. A presença do rio São Francisco em seu limite sul pode atuar como barreira ao fluxo gênico e explicar os endemismos encontrados no CEPE. Contrastando com sua situação peculiar, a mastofauna do CEPE ainda carece de estudos aprofundados sobre a identificação de suas espécies, padrões geográficos e relações filogenéticas. Revisões recentes têm identificado espécies diferentes ao norte e ao sul do rio São Francisco, mas poucos trabalhos têm proposto hipóteses biogeográficas para o CEPE. Para ampliar o conhecimento sobre a identidade e distribuição geográfica dos pequenos mamíferos do CEPE e sua estrutura filogeográfica, foram realizados levantamentos de espécies e análises de diversidade genética e morfométrica para algumas espécies. Os levantamentos consistiram de visitas às coleções científicas a fim de identificar as espécies ocorrentes no CEPE e excursões de coleta com 5 a 17 noites consecutivas em 12 localidades ao longo do CEPE, que totalizaram 64691 armadilhas noites e resultaram na coleta de 476 exemplares de 31 espécies. As espécies foram identificadas com base na morfologia externa e craniana e por análises citogenéticas. Para investigar a biogeografia do CEPE, análises de genética de populações, filogeográficas e morfométricas foram realizadas para os marsupiais Caluromys philander, Didelphis aurita, Marmosa murina, Metachirus nudicaudatus e os roedores Akodon cursor, Oecomys catherinae e Rhipidomys mastacalis para avaliar a existência de diferenciação nas populações do CEPE e suas relações com as linhagens Amazônicas e Atlânticas. Estes resultados mostraram que a diversificação dos pequenos mamíferos do CEPE ocorreu tanto no Terciário quanto no Quaternário. Algumas populações, como em Caluromys philander e Oecomys catherinae, mostraram afinidades com linhagens amazônicas, enquanto outras, como em Metachirus nudicaudatus e Rhipidomys mastacalis, apresentaram afinidades com linhagens atlânticas. Os pequenos mamíferos do CEPE apresentaram diferenciação em relação às suas linhagens irmãs, com algumas linhagens podendo tratar-se de espécies ainda não descritas (e.g. Didelphis aff. aurita e Rhipidomys aff. mastacalis). Esta diferenciação provavelmente foi causada pelos eventos cíclicos de flutuações climáticas que provocaram elevações no nível do mar e retração das florestas tropicais, isolando as populações do CEPE. Por fim, para auxiliar na identificação das espécies em novas coletas, de suas distribuições geográficas e de suas características citogenéticas e ecológicas, foi elaborado um guia reunindo todas as informações disponíveis sobre as espécies de pequenos mamíferos do CEPE. / The Brazilian tropical rainforests (Amazon and Atlantic Forest) present high species diversity and are currently separated by a belt of open and dry vegetation. Part of this belt is occupied by the Caatinga, where are found the Brejos de Altitude, evidence of the historical connections between the Atlantic Forest and the Amazon. The Pernambuco Endemism Center (CEPE) is the biogeographic unit of the Atlantic Forest located north of the São Francisco River and contains several endemic taxa. Part of its mammal fauna is shared with the Amazon, due to former connections in the Cenozoic. The presence of the São Francisco river in its southern limit may act as a barrier to gene flow and explain the endemism found in CEPE. In contrast to their peculiar situation, the mammalian fauna from CEPE still lacks detailed studies on its taxonomic composition, geographic patterns and phylogenetic relationships. Recent reviews have identified different species in the north and south of the San Francisco river, but few studies have proposed biogeographical hypotheses for the CEPE. In order to increase knowledge on the identity and geographical distribution of the small mammals in the CEPE and their phylogeographic structure, species surveys were carried out and the genetic and morphometric diversity of some of the species found were assessed. The surveys consisted of visits to scientific collections to identify the species occurring in CEPE and trapping trips, with 5 to 17 consecutive nights, in 12 sites throughout the CEPE, totaling 64,691 trap-nights, resulting in the collection of 476 specimens of 31 species. The specimens were identified based on external and cranial morphology and cytogenetic analysis. To investigate the biogeography of CEPE, genetics, phylogeographic and morphometric analysis were performed with the marsupials Caluromys philander, Didelphis aurita, Marmosa murina, Metachirus nudicaudatus and the rodents Akodon cursor, Oecomys catherinae and Rhipidomys mastacalis to assess the existence of differentiation in CEPE populations and their relationships with the Amazon and Atlantic Forest lineages. These results showed that diversification of small mammals in CEPE occurred in both the Tertiary and Quaternary. Some populations, such as Caluromys philander and Oecomys catherinae showed affinities with amazonian lineages, while others, like Metachirus nudicaudatus and Rhipidomys mastacalis, showed affinities with atlantic lineages. The small mammals from CEPE showed differentiation from their sisters lineages, with some lineages probably being, in fact, undescribed species (eg Didelphis aff. aurita and Rhipidomys aff. mastacalis). This differentiation was probably caused by cyclical events of climate fluctuations that led to sea level rises and retractions of the tropical forests, thus isolating the populations in CEPE. Finally, to help identifying species in future field surveys, their geographic distributions and ecological and cytogenetic features, a guide was prepared by gathering all available information on the species of small mammals from CEPE.

O gênero Noctilio pertence à superfamília Noctilionoidea, família Noctilionidae, e inclui atualmente duas espécies de distribuição Neotropical, N. leporinus e N. albiventris. Estas ocorrem em simpatria nas áreas de planície desde a costa pacífica do México até o Norte da Argentina e Uruguai. N. leporinus possui características morfológicas externas e funcionais que o tornam adaptado à piscivoria, apesar de trabalhos citarem para sua alimentação um consumo equivalente de insetos, crustáceos e aracnídeos. N. albiventris possui hábito insetívoro, apresentando características morfológicas externas que se assemelham muito a N. leporinus, sendo apenas de menor tamanho. As duas espécies apresentam variação morfológica ao longo de sua distribuição geográfica, com a descrição de subespécies para ambas. Dados moleculares foram utilizados recentemente para investigar as relações intragenéricas em Noctilio, indicando uma origem recente para N. leporinus e a parafilia de N. albiventris. O presente trabalho teve como objetivo a caracterização genética intraespecífica e a determinação do padrão filogeográfico das espécies do gênero Noctilio, verificando a possibilidade de existência de mais que duas linhagens evolutivas para o táxon. A amostragem incluiu 63 indivíduos de N. leporinus distribuídos por 35 localidades, e 43 indivíduos de N. albiventris de 19 localidades distintas, tendo sido utilizados como marcadores moleculares o gene mitocondrial citocromo b e a região controle do DNAmit. Os resultados corroboraram a parafilia descrita para N. albiventris, além de evidenciarem níveis de divergência filogenética mais significativos do que o alcançado pelo estudo anterior. Foram encontrados em N. albiventris três filogrupos com alto suporte, igualmente distantes do filogrupo de N. leporinus, as quais apresentam uma correlação geográfica com as subespécies propostas. Os testes de desvio da neutralidade em N. leporinus foram significativos, indicando uma rápida expansão populacional após o surgimento da espécie. Estimativas para o cálculo do ACMR das linhagens evolutivas remetem ao período pleistocênico, tanto para o surgimento de N. leporinus como para os três clados encontrados em N. albiventris. A divergência observada entre estas linhagens variou entre 4,3 e 6,1%. O presente estudo permitiu a confirmação do surgimento recente da espécie N. leporinus a partir de uma linhagem de N. albiventris. A hipótese proposta para a origem da linhagem piscívora do gênero foi a colonização das pequenas Antilhas por uma população de N. albiventris durante os ciclos glaciais do Pleistoceno. Ali a população teria se diferenciado, originando N. leporinus, e posteriormente sofrido uma rápida expansão populacional devido à ocupação de um nicho inexplorado por morcegos neotropicais. / The genus Noctilio belongs to the Superfamily Noctilionoidea, Family Noctilionidae, and currently it includes two species with Neotropical distribution, N. leporinus and N. albiventris. Both species occurs simpatrically in lowland areas from western and eastern Mexico, southward to northern Argentina and Uruguay. N. leporinus have functional and external morphologic characteristics that enables it to piscivory, although many works describe an equivalent consume of arachnids, insects and crustaceans in its diet. N. albiventris is insectivore and resembles N. leporinus in most external and cranial features, but is a smaller species. Both species show morphological variation along their geographic range, congruent with the subspecies distribution. A recent study on molecular phylogeny suggested a recent origin for N. leporinus and to the paraphyly of N. albiventris. The main purpose of this work was the intraspecific genetic characterization and the description of phylogeographic patterns of both species of genus Noctilio, in attempt to investigate how many evolutionary lineages are included in the taxon. Sampling included 63 individuals of N. leporinus from 35 distinct localities and 43 individuals of N. albiventris from 19 localities. The mitochondrial gene cytocrome b and the control region from mtDNA were used as molecular markers. The results corroborate the paraphyly described for N. albiventris, and reveals more significant levels of phylogenetic divergence than previously observed. Three highly supported phylogroups were found within N. albiventris, all of them presenting similar phylogenetic distances to the lineage of N. leporinus. These phylogroups showed geographic structure congruent with the N. albiventris subspecies. The tests against neutrality hypothesis in N. leporinus were significant, suggesting a rapid population growth after the origin of the species. Estimates of the MRCA of the evolutionary lineages dates to the Pleistocene, for both the origin of N. leporinus and all three clades found for N. albiventris. Observed divergence between lineages varied from 4.3 to 6.1%. This study corroborates the recent origin of N. leporinus and its closest phylogenetic relationship with a N. albiventris lineage. The hypothesis for the piscivory in the genus Noctilio was the colonization of the Lesser Antilles by a population of N. albiventris during glacial cycles in the Pleistocene. This population may have differentiated, giving rise to N. leporinus, and then getting through a rapid expansion due to a trophic niche previously unexplored by any neotropical bat lineage.

Espécies em anel se formam quando uma população se expande em volta de uma barreira geográfica, de modo que as duas frentes de expansão que se reencontram no outro lado da barreira estejam isoladas reprodutivamente. Esse complexos são considerados um exemplo emblemático de especiação por distância, processo no qual a aquisição do isolamento reprodutivo depende da atenuação do fluxo gênico pela distância. Barreiras geográficas que limitam a dispersão dos organismos têm tido um papel central no estudo da especiação, já que a sua presença tem o potencial de facilitar este processo. Além disso, a dispersão também é limitada por fatores endógenos, de modo que, frequentemente, a área acessível a cada indivíduo é menor do que a área total da distribuição da espécies. Na especiação por distância, esta limitação é o principal mecanismo promovendo a redução do fluxo gênico. Usando modelos baseados em agentes, simulamos a expansão e divergência de uma população em volta de uma barreira central com presença contínua de fluxo gênico. Nossos resultados mostram que espécies em anel são instáveis e resultam em especiação completa ou homogeneização da divergência adquirida durante o processo de expansão, porém podem persistir por períodos prolongados de tempo, mesmo na ausência de seleção ambiental. Esta persistência é afetada pela configuração da paisagem, e sugerimos que a forma da área de distribuição de Phylloscopus trochiloides, um dos casos mais bem documentados deste fenômeno, pode ser importante para a sua existência. Com este exemplo, mostramos que modelos baseados em agentes podem ajudar a entender padrões de distribuição espacial da variação genética e discriminar o efeito de atributos geográficos em casos particulares. Dada a demonstração da ocorrência de espécies em anel nas simulações, investigamos em mais detalhe as suas condições de formação. Concluímos que, na ausência de seleção ambiental, estes complexos são raros e se formam apenas em condições muito restritas que dependem conjuntamente de atributos da paisagem, da população e dos organismos. No entanto, a aquisição do isolamento reprodutivo é melhor explicada pela estruturação populacional gerada pela configuração da paisagem, do que pela reprodução local. Discutimos que a especiação por distância pode ser particularmente favorecida no caso de espécies em anel devido à ocorrência de expansão populacional, cenário no qual a deriva genética pode potencializar a fixação diferencial de alelos. As condições de formação de espécies em anel por especiação por distância são muito restritas e, só por isso, já seria esperado que elas fossem raras. Como as espécies estão sujeitas à variação ambiental, há grandes chances de que surjam lacunas em suas distribuições ao longo do tempo. Espécies em anel podem estar especialmente sujeitas ao surgimento de lacunas, pois a sua formação é favorecida por áreas particularmente estreitas. Além disso, na ausência de seleção ambiental, o fluxo gênico as torna intrinsecamente instáveis, e espera-se que estes complexos se separem ou se misturem completamente com o tempo. Esta transitoriedade é mais um fator a contribuir para a raridade de espécies em anel / Ring species are circular chains of gradually changing taxa which are formed when a population expands around a geographic barrier in such a way that the two expanding fronts, which meet after many generations, are reproductively isolated. These structures are considered a prime example of speciation by distance, a process in which the acquisition of reproductive isolation depends on the attenuation of gene flow with distance. Geographical barriers that limit dispersal have played a central role in the study of speciation, since their presence has the potential of facilitating divergence. In addition, dispersal is also limited by endogenous factors, so that the area accessible to each individual is less than total area of the species distribution. In speciation by distance, this limitation is the main mechanism promoting the reduction of gene flow. Using agent-based models, we simulated the expansion and divergence of a population around a central barrier with ongoing gene flow. Our results show that ring species are unstable to speciation or mixing, but can persist for extended times, even in the absence of environmental selection. This persistence is affected by landscape configuration and we suggest that the shape of the distribution area of the greenish warbler ring species, one of the best documented examples of this phenomenon, may be important for its existence. These results imply that agent-based models can aid the understanding of patterns of spatial distribution of genetic diversity and the effect of spatial attributes in particular cases. Given the demonstration of ring species in the simulations, we investigated the conditions for their formation in more detail. We conclude that, in the absence of environmental selection, these complexes are rare and form only under very restricted conditions which depend on landscape, population and individual features. However, population structuring leading to the acquisition of reproductive isolation is better explained by landscape configuration than by local mating. We suggest that speciation by distance can be particularly favored in the case of ring species due to population expansion, since under these circumstances genetic drift can enhance differential allele fixation. The conditions for ring species formation by speciation by distance are very limited, which by itself could explain their rarity. Since species are subject to environmental variation, gaps in their distributions may appear over time. Ring species may be especially susceptible to the emergence of gaps, since their formation is favored by particularly narrow areas. Furthermore, in the absence of environmental selection, these complexes are intrinsically unstable due to the presence of gene flow, and are expected to completely speciate or mix. This transience in time is another factor contributing to the rarity of ring species

A tribo Glandulocaudini inclui os gêneros Lophiobrycon, Glandulocauda e Mimagoniates e dez espécies, distribuídas em ambientes de água doce do leste e sul do Brasil, no Paraguai e nordeste do Uruguai. São peixes neotropicais de pequeno porte, cujo grau de especialização morfológica e comportamental, bem como os padrões de distribuição das espécies, constituem interessante modelo para estudos evolutivos e para o entendimento de padrões biogeográficos de peixes de água doce na América do Sul. Embora os trabalhos sobre sistemática e biogeografia realizados recentemente representem avanço considerável no conhecimento de Glandulocaudini, nenhum foi embasado fundamentalmente em evidências moleculares. Além disso, amostragens recentes revelaram aspectos inéditos relativos à distribuição de populações alopátricas das espécies Glandulocauda melanopleura e Mimagoniates microlepis e estes novos dados indicaram a necessidade de estudos mais aprofundados em nível populacional, envolvendo a análise combinada de dados moleculares e morfológicos. A presente tese aborda estas questões, e para isto está dividida em três capítulos. No primeiro capítulo foi realizada uma análise filogenética com base em sequências gênicas do mtDNA e nuDNA para a tribo Glandulocaudini, que representa a primeira hipótese de relações proposta com base em dados moleculares para o grupo. No segundo e o terceiro capítulos foram realizadas análises filogenéticas, filogeográficas, de demografia histórica, e análises morfológicas das populações alopátricas de Mimagoniates microlepis e Glandulocauda melanopleura, respectivamente. / The tribe Glandulocaudini comprises three genera, Lophiobrycon, Glandulocauda and Mimagoniates, and ten species, distributed in freshwater environments of eastern and southern Brazil, Paraguay, and northeastern Uruguay. Its members include small Neotropical fishes, whose degree of morphological and behavioral specialization, as well as the distributional patterns of the species are of great value for evolutionary studies and understanding of biogeographical patterns of South American freshwater fishes. Although studies on systematics and biogeography carried out recently represent considerable progress on the knowledge of Glandulocaudini, none was grounded in molecular evidence. Furthermore, recent samples revealed unknown aspects concerning the allopatric distributions of populations of Glandulocauda melanopleura and Mimagoniates microlepis, and this new data indicates the need of more deep studies at population levels, combining both molecular and morphological analysis. This thesis addresses such issues and for this purpose it is divided in three chapters. In the first chapter, a phylogenetic analysis of the tribe Glandulocaudini, based on mtDNA and nuDNA data was performed, representing the first hypothesis of relationship for the group based on molecular data. In the second and third chapters, analysis of phylogeny, phylogeography and historical demography were performed, as well as morphological studies on allopatric population of Mimagoniates microlepis and Glandulocauda melanopleura, respectively.