Le séquençage du génome humain et l'émergence de nouvelles technologies de génomique à haut débit, ont initié de nouveaux modèles d'investigation pour l'analyse systématique des maladies humaines. Actuellement, nous pouvons tenter de comprendre les maladies tel que le cancer avec une perspective plus globale, en identifiant des gènes responsables des cancers et en étudiant la manière dont leurs produits protéiques fonctionnent dans un réseau d’interactions moléculaires. Dans ce contexte, nous avons collecté les gènes spécifiquement liés à la Leucémie Lymphoblastique Aiguë (LLA), et identifié de nouveaux partenaires d'interaction qui relient ces gènes clés associés à la LLA tels que NOTCH1, FBW7, KRAS et PTPN11, dans un réseau d’interactions. Nous avons également tenté de prédire l’impact fonctionnel des variations génomiques tel que des fusions de gènes impliquées dans LLA. En utilisant comme modèles trois différentes translocations chromosomiques ETV6-RUNX1 (TEL-AML1), BCR-ABL1, et E2A-PBX1 (TCF3-PBX1) fréquemment identifiées dans des cellules B LLA, nous avons adapté une approche de prédiction d’oncogènes afin de prédire des perturbations moléculaires dans la LLA. Nous avons montré que les circuits transcriptomiques dépendant de Myc et JunD sont spécifiquement dérégulés suite aux fusions de gènes TEL-AML1 et TCF3-PBX1, respectivement. Nous avons également identifié le mécanisme de transport des ARNm dépendant du facteur NXF1 comme une cible directe de la protéine de fusion TCF3-PBX1. Grâce à cette approche combinant les données interactomiques et les analyses d'expression génique, nous avons fourni un nouvel aperçu à la compréhension moléculaire de la Leucémie Lymphoblastique Aiguë. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La première partie de cette thèse traite des théories de gravité massive. L'étude de ces théories a connu un regain d'intérêt depuis la découverte de l'accélération de l'expansion de l'univers, car elles pourraient expliquer cette dernière sans avoir à recourir à une constante cosmologique. La découverte, en 2010 d'une théorie cohérente de gravité massive, dite dRGT, a ouvert un vaste et prometteur champ d'investigation. Dans cette thèse nous déterminons, dans une formulation métrique et covariante, la linéarisation autour d'espace-temps arbitraires de ces théories, et de leur extension bimétrique. Ce travail nous permet ensuite de compter par une méthode lagrangienne le nombre de degrés de liberté qui se propagent. La seconde partie de cette thèse s'inscrit dans le cadre des ondes gravitationnelles en relativité générale et porte plus précisément sur la dynamique de systèmes binaires d'objets compacts. Ce travail est important dans la perspective de leur détection par les détecteurs interférométriques d'ondes gravitationnelles terrestres et spatial. Nous étudions le problème de la dynamique de systèmes binaires d¿objets compacts en relativité générale, à l¿aide de la méthode d'approximation dites des développements post-newtoniens (PN). Nous dérivons les équations du mouvement à l'ordre $4$PN en coordonnées harmoniques. Nous utilisons une méthode basée sur une action de Fokker adaptée au formalisme post-newtonien, en dérivant notamment les effets de sillage d'onde qui apparaissent à $4$PN. / The first part of this thesis deals with massive gravity theories. There has been a renewal of interest in these theories since the discovery of the acceleration of the expansion of the universe, because they could explain it without having to resort to a cosmological constant. The discovery in 2010 of a coherent theory of massive gravity, named dRGT, has opened a vast and promising field of investigation. In this thesis we determine, in a metric and covariant formulation, the linearization around arbitrary backgrounds of these theories and their bimetric extension. This result then allows us to count with a Lagrangian method the number of degrees of freedom that are propagating. The second part of this thesis concerns gravitational waves in general relativity and especially the dynamics of coalescing compact binary systems. This work is important in view of their detection by interferometric detectors, both terrestrial and spacial. We study the dynamics of compact binary systems in general relativity, using the approximation method based on post-Newtonian developments (PN). We derive the equations of motion to $4$ PN order in harmonic coordinates. We use a method based on a Fokker action adapted to the post-Newtonian formalism, in particular deriving the tail effects appearing at $4$PN.

Unanimement considéré comme l’astronome le plus influent de l’entre-deux guerres, Arthur S. Eddington (1882-1944) a aussi investi le champ philosophique avec deux ouvrages majeurs, The Nature of the Physical World (1928) et The Philosophy of Physical Science (1939), mais également d’innombrables remarques au long de son œuvre considérable. Cette étude propose, à partir de l’ensemble des écrits d’Eddington, un portrait de sa philosophie. Envisagée dans son développement progressif d’abord, mettant tour à tour l’accent sur la synthèse, le symbole et la structure, dans ses interactions ensuite, dans ses racines philosophiques enfin. Se déploie peu à peu une conception originale de la nature et de la portée de la science physique, parfois déroutante mais non sans cohérence, à condition de la reconduire à ses intuitions originaires. / Arthur S. Eddington (1882-1944) certainly was the world’s most famous astronomer during the interwar period. He also plunged into philosophy and published a couple of major books,The Nature of the Physical World (1928) et The Philosophy of Physical Science (1939), as well as numerous remarks scattered along his works. Grounding its claims on the entirety of his writings, this study intends to sketch Eddington’s own philosophy. Its progressive development is firstly addressed, highlighting three essential themes, i. e. synthesis, symboland structure. Then are explored its interactions with both science and religion, and its rootsin terms of philosophical authors. An original conception of the nature and the scope of physical science slowly merges, sometimes upsetting but never without some kind of unity,provided its originating intuitions are finally discovered.

Le but de cette thèse est d’étudier s’il existe une méthode de récolte d’informations, autre que celle couramment utilisée, permettant de mieux décrire l’histoire naturelle des lombalgies non spécifiques. Pour cela, une revue de la littérature a été effectuée et une étude prospective dans la population générale danoise a été analysée. Deux méthodes de récolte d’informations sont utilisées pour caractériser cette évolution : la méthode usuelle par questionnaires, permettant de classer les douleurs lombaires en fonction du nombre total de jours avec douleurs dans une année, et une nouvelle méthode par suivi SMS prenant en compte la durée et le rythme des épisodes douloureux dans une année. Les résultats de la revue de littérature et l’analyse de la population générale danoise vont dans le même sens. L’évolution des douleurs lombaires est relativement stable, notamment pour ceux qui n’ont pas de douleurs en début d’étude. Les deux systèmes de classification, issus respectivement des deux méthodes de récolte, répartissent les individus en groupes non similaires. De plus, les associations de ces groupes avec des variables biopsychosociales ne sont pas les mêmes, différenciant ainsi cliniquement les groupes de chaque classification. Le suivi SMS permet d’apporter des informations plus détaillées sur le rythme des douleurs lombaires dans le temps et semble plus appropriée pour caractériser l’évolution d’une affection récurrente comme la lombalgie non spécifique. Ces résultats permettent maintenant de prévoir l’évolution des douleurs lombaires et vont faciliter l’étude plus précise de profils d’évolutions des individus afin d’améliorer le diagnostic qui, pour l’instant, reste un diagnostic d’exclusion. / The aim of this thesis is to study if there is information gathering method, other than that commonly used to better describe the natural history of non-specific low back pain. For this, a literature review was performed and a prospective study in the Danish general population was analyzed. Two methods of gathering information are used to characterize this course: the usual method by questionnaires, classifying low back pain based on the total number of days with pain in one year, and a new SMS-Track method taking into account the duration and rhythm of painful episodes in a year. The results of the literature review and analysis of data on the Danish general population go in the same direction. The course of low back pain is fairly stable, especially for those who do not have pain at baseline. Both classification systems, respectively from the two methods of collection, divide individuals into different groups. In addition, associations of these groups with bio-psychosocial variables are not the same, differentiating clinically the groups of each classification. SMS-Track method provide more detailed information on the rhythm of low back pain over time and seems more appropriate to characterize the course of a recurring condition such as non-specific low back pain. These results now predict the natural history of low back pain and will facilitate the study of individual course patterns to improve the diagnosis, which remains, for now, a diagnosis of exclusion.

Animal originaire d’Afrique du Nord, atypique sous nos latitudes, la genette européenne (Genetta genetta) est singulière, tant par sa physionomie (tête fuselée, oreilles de renard, taches de panthère et longue queue annelée) que par sa discrétion. Cet animal nocturne est mystérieux et son histoire n’a jamais été étudiée : comment, quand et par qui a-t-elle été introduite en Europe méridionale ? Etait-elle chassée ? A-t-elle été domestiquée ? Par qui, quand et comment était-elle représentée ? Quelle a été, et est encore peut-être, sa signification symbolique ? Il sera important d’établir le lien entre la genette et les milieux géographiques dans lesquels elle a évolué et évolue, faisant ainsi d’elle un indicateur environnemental. En effet, si cette recherche s’assigne comme objectif principal l’histoire de la genette et de sa représentation dans le cadre de sa relation avec l’homme dans le bassin méditerranéen, elle le fait aussi dans une perspective plus vaste, environnementale. Ainsi le continuum historique met-il en valeur le caractère changeant et évolutif des rapports de l’homme et de l’animal en fonction des contextes géographiques, sociaux, économiques et politiques. Connaître le passé et le présent d’un animal, connaître sa relation historique et imaginaire avec l’homme et connaître les manières dont il est représenté peut aider à mieux le préserver.Cette recherche s’inscrit donc dans le cadre d’une histoire co-évolutive des relations entre les sociétés méditerranéennes et le monde animal, de la préhistoire à nos jours. Pour la mener à bien, il a été nécessaire de recourir non seulement à des sources textuelles mais aussi à des sources archéologiques et iconographiques / Originating from Northern Africa, atypical in our part of the world, the European genet (Genetta genetta) is remarkable for its physiognomy (pointed head, fox-like ears, panther spots and a long annulate tail) as much as its furtiveness. This nocturnal animal is mysterious, and its history has never been fully studied: how, when and by whom was it introduced in southern Europe? Was it hunted? Has it ever been tamed? By whom, when and how has it been represented? What have been its symbolical meanings?It is important to establish the link between the genet and the physical environment in which it has been evolving, thereby establishing it as an environmental indicator. Indeed, if this project aims mostly at delivering the history of the genet and of its representation with a focus on its relation to man in the Mediterranean region, it also considers the wider perspective of environmental studies. Thus, the historical continuum points to the changing relationship between man and animal according to different geographical, social, economic and political contexts. Understanding the past and present history of an animal, its historical and imaginary relations to man and its various representations can help to preserve the species more effectively.This research lies within the scope of a co-evolutive history of the relationships between Mediterranean societies and the animal kingdom, from prehistorical times to the present. To complete this project, it proved necessary to resort not only to textual resources, but also to use archeological and iconographical resources.

Espace marin d'interface singularisé à petite échelle par des effets de lisière perceptibles sous les angles croisés de la nature et de la société, la mer côtière est un objet géographique en construction qui pénètre depuis peu les problématiques littorales et marines en raison des pressions croissantes s'y exerçant. La genèse territoriale qui s'opère à l'interface terre/mer implique de prendre en compte les hétérogénéités structurelle et dynamique induites et d'aborder ainsi la mer côtière comme une somme d'ensembles territoriaux composites animés par des dynamiques et des formes d'expression propres, articulant et supportant des projets et des représentations variables. Un appareil théorique élaboré à partir de différentes notions et approches disciplinaires permet alors de mettre en place une démarche visant à dégager les contours et le fonctionnement de la mer côtière. Cette démarche est appliquée et testée à deux échelles qui se complètent : d'abord, au sein d'un vaste ensemble spatial franco-espagnol riche en éléments de comparaison, ensuite, par l'intermédiaire de trois zones-ateliers déterminées à partir de configurations-types articulant « pleins » et « vides » et fournissant un triple éclairage idiographique. Cette démarche permet ainsi de faire émerger une gamme de processus de construction territoriale à l'oeuvre en mer côtière, alimentant une grille de lecture des rapports nature/société et des relations entre l'endogène et l'exogène à l'interface terre/mer. À la manière des franges pionnières, la construction d'ensembles territoriaux en mer côtière apparaît dès lors comme un laboratoire privilégié d'analyse des dynamiques territoriales.

Cette thèse se compose de deux parties. Une première partie est dédiée à l'étude de phénomènes de diffusions dans des géométries non triviales. Je présente tout d'abord un travail sur les effets des irrégularités de la géométrie d'une surface sur un mouvement brownien galiléen évoluant sur cette surface. Ce problème est susceptible d'applications en biologie, notamment dans la modélisation des phénomènes de diffusions latérales sur des interfaces. J'expose ensuite des travaux réalisés sur des processus stochastiques relativistes. J'introduis d'une part des modèles simples de diffusion dans un univers en expansionet présente des relations de fluctuation-dissipation vérifiées par ces modèles. J'expose d'autre part une approche unifiée des différents processus stochastiques relativistes existant dans la littérature, à savoir, le ROUP, le processus de Franchi-Le~Jan et le processus de Dunkel-Hänggi. Dans une seconde partie, je présente deux applications de la récente théorie champ moyen de la relativité générale. La théorie a été appliquée à un trou noir de Schwarzschild et à un trou noir de Reisner-Nordström extrême. Les caractéristiques de l'espace-temps moyen obtenu dans chacun de ces deux cas sont présentées. Les résultats sont mis en relation avec des observations de trous noirs astrophysiques et avec des observations cosmologiques. Les effets de la moyennisation sur les propriétés thermodynamiques de ces trous noirs sont également étudiés.

L'ensemble des solutions d'une équation différentielle algébrique, ordinaire ou aux dérivées partielles se scinde entre la solution générale et les solutions singulières. Ces notions peuvent être définies de manière rigoureuse dans le cadre de l'algèbre différentielle, une théorie fondée par J.F.Ritt. Des travaux récents dans ce domaine ont permis de mettre au point des algorithmes effectifs pour déterminer la trivialité d'un système différentiel en effectuant une première décomposition. On peut ainsi déterminer si une équation différentielle admet des solutions singulières et quelles sont elles. Les décompositions obtenues ne sont néanmoins pas minimales. Nous proposons un algorithme, qui évite les factorisations, pour éliminer les composantes redondantes. En termes analytiques, il s'agit de distinguer les solutions singulières essentielles, qui sont enveloppes de la solution générale, des solutions singulières particulières, qui sont limites de solutions essentielles. la solution générale, des solutions singulières particulières, qui sont limites de solutions essentielles. Au c\oe ur de cette détermination se tient le Théorème des petites puissances, la réalisation effective étant soutenue par l'algorithme Rosenfeld-Gröbner. Nous présentons de plus un algorithme et quelques critères qui permettent de calculer les bases différentielles des composantes essentielles. De telles bases permettent une analyse des points singuliers ainsi que des heuristiques d'intégration.

Cette thèse d'habilitation présente des études numériques d'objets compacts (étoiles à neutrons, étoiles de quarks étranges, trous noirs), principalement considérés comme sources d'ondes gravitationnelles pour les détecteurs VIRGO et LISA.

Dans les tropiques, la convection atmosphérique est fortement modulée à l'échelle intrasaisonnière (périodes de 20 à 90 jours). L'océan jouerait un rôle important dans l'activité atmosphérique à cette échelle. Les variations de Températures de Surface de l'Océan (TSO) perturberaient en effet les flux de surface et déstabiliseraient l'atmosphère pour déclencher un événement convectif organisé à grande échelle. La réponse dynamique associée permettrait alors l'entretien de la convection à l'échelle intrasaisonnière par augmentation des flux de chaleur à la surface. Ces perturbations de TSO sont principalement liées aux perturbations de la température de la couche de mélange et dépendent donc, comme l'énergie disponible pour l'entretien de la convection, de la profondeur de cette dernière. Les résultats d'observations, présentés ici, étayent cette conception thermodynamique de l'origine de la variabilité intrasaisonnière qui permet d'expliquer son lien climatologique avec le cycle saisonnier des moussons. L'impact des perturbations intrasaisonnières de la TSO sur l'organisation des événements convectifs est ensuite étudié au moyen de simulations effectuées avec le modèle de climat LMDZ. Une part importante de la variabilité intrasaisonnière de la TSO est de plus liée à la formation de Couches de Réchauffement Diurne comme le montre le diagnostic effectué à partir d'un algorithme simple forcé par les données ERA-40. La validation de cette démarche au moyen des mesures du réseau global de bouées SVP autorise l'inclusion de cet algorithme dans LMDZ. On vérifie enfin la capacité du modèle à reproduire des CRD réalistes avant de discuter leur effet sur la variabilité intrasaisonnière simulée.