Resumo O Vale do Ribeira é uma área que ocupa cerca de 10% da região sul do estado de São Paulo e abriga pelo menos 25 comunidades remanescentes de quilombos. Dessas, 13 já foram oficialmente reconhecidas ou estão em fase de reconhecimento. Com o objetivo de contribuir para o conhecimento da estrutura populacional e da história da formação desses remanescentes de quilombos, estudamos os indivíduos do sexo masculino de seis comunidades: Abobral Margem Esquerda (48), Galvão (22), São Pedro (22), Pedro Cubas (60), Pilões (15) e Maria Rosa (9), além de uma amostra de 81 homens da cidade de São Paulo, em relação a quatro locos polimórficos do cromossomo Y: dois microssatélites (DYS19 e DYS390), um SNP (DYS199) e uma inserção de Alu (DYS287). Os genótipos foram identificados por meio da amplificação do DNA pela reação em cadeia da polimerase (PCR), seguida de eletroforese em gel de poliacrilamida. Um quinto marcador foi estudado, um SNP (M168), apenas em alguns indivíduos selecionados. Nesse caso os genótipos foram identificados por seqüenciamento direto do DNA. As freqüências alélicas no DYS19 e DYS390 indicaram que nas populações por nós estudadas há uma importante contribuição patrilinear portuguesa. O SNP DYS199, por possuir um alelo-específico de ameríndios, o alelo T, indicou uma baixa contribuição patrilinear ameríndia entre as comunidades de quilombo. Essa contribuição foi detectada somente na população de Pedro Cubas. A inserção de Alu YAP (DYS287), por ser muito freqüente entre africanos, é um bom indicador de contribuição paterna africana. No entanto, nem todos os africanos a possuem. Por essa razão o marcador M168 veio completar a informação em relação à origem africana do cromossomo Y. Esses marcadores moleculares indicaram uma contribuição masculina provavelmente africana nos quilombos, em freqüências que variaram de 11 a 55%. Somente em Pedro Cubas, a freqüência de cromossomos Y de origem africana superou a freqüência de cromossomos Y de origem européia. Em Abobral, a freqüência de cromossomo Y provavelmente africano chegou a aproximadamente 40%, revelando serem essas duas populações as mais africanas do ponto de vista do cromossomo Y. O total das populações de quilombo apresentou índice de diversidade genética haplotípica equivalente ao da amostra de São Paulo, provavelmente devido à diversidade das populações africanas que as constituíram ou à mistura com populações de outros grupos étnicos. Entre as comunidades de quilombo, Galvão foi a que apresentou menor índice de diversidade, indicando que nessa comunidade o efeito do fundador foi o mais notável. O haplótipo mais freqüentemente observado em Galvão tem provável origem européia. Quando observamos o dendrograma que reúne as populações quilombolas, a população de São Paulo e outras populações da literatura, os quilombos de Galvão, São Pedro e Abobral mostraram-se mais próximos das populações africanas do que das demais populações da literatura. Dentre os remanescentes de quilombos, Pedro Cubas é a única com afinidade com os ameríndios. Pilões e Maria Rosa ficaram mais próximas de São Paulo, bem como de brasileiros brancos e portugueses, indicando maior contribuição européia. / Abstract At least 25 quilombos remnants are supposed to exist in the Vale do Ribeira region, located in the southern part of São Paulo State. Thirteen of those quilombo remnants have already been identified and officially recognized. In order to understand the structure and history of the foundation of these quilombo remnants, we studied male individuals belonging to six populations: Abobral Left Margin (48 individuals), Galvão (22), São Pedro (22), Pedro Cubas (60), Pilões (15) and Maria Rosa (9), in addition to 81 individuals sampled from the city of São Paulo, for four Y chromosome polymorphic loci: two microsatellite loci (DYS19 and DYS390), one SNP (DYS199) and one Alu insertion (YAP). The genotypes were identified by DNA amplification by polymerase chain reaction (PCR) followed by acrylamide gel electrophoresis. A fifth locus was also analysed, by a different SNP (M168), but only in a few individuals. In this analysis DNA direct sequencing was employed. The allelic frequencies in the locus DYS19 indicated significant male Portuguese contribution in the quilombos. The Amerindian specific allele (T) of the DYS199 locus indicated little or no contribution from Amerindian males, except the population of Pedro Cubas. The Alu insertion (YAP or DYS287), frequent in Africans, is a good indicator of African ancestry, although not all Africans show it. Thus, the analysis of the M168 locus helped to determine the origin of Y chromosomes. These markers indicated a range from 11 to 55% of probable African contribution in the quilombos. Only in Pedro Cubas the frequency of African Y chromosomes was higher than the one European Y chromosomes. In Abobral, the frequency of African Y chromosomes was approximately 40%, being the most African of the quilombo populations, when Y chromosomes are considered. The total haplotype diversity in the quilombos was similar to the one observed for the sample from São Paulo, probably due to the diversity of African populatons that originated the quilombos, or the admixture with other ethnic groups. Galvão showed the lowest diversity, indicating that this population was the most influenced by founder effects. In the neighbor-joining tree built with allelic frequencies obtained in the quilombos, São Paulo and other populations previously reported, the quilombos of Galvão, São Pedro and Abobral were closer to the African populations and Pedro Cubas is the only one close to Amerindians. Pilões and Maria Rosa were closer to São Paulo, white Brazilians and Portuguese populations, indicating European contribution.

As abelhas da tribo Meliponini apresentam ampla distribuição, ocupando principalmente as regiões neotropicais do planeta. São encontradas mais de 400 espécies pertencentes a 50 gêneros. Tetragonisca angustula é uma espécie que se distribui por praticamente toda a América Latina, sendo em geral bastante abundante.No presente projeto foram empregadas técnicas moleculares (sequenciamento de DNA mitocondrial e análise de loci de microssatélites) no intuito de se verificar a variabilidade em duas pequenas populações de Tetragonisca angustula distribuídas nos campi da USP de Ribeirão Preto e São Paulo. Para a obtenção de um panorama da variabilidade da espécie, foram coletados e analisados indivíduos de áreas externas aos campi. Os resultados de sequenciamento mostraram que a variabilidade do genoma mitocondrial das amostras externas é muito maior que a variabilidade nas amostras dos campi. Além disso, ficou claro que os campi contêm populações monofiléticas bastante isoladas entre si, e que cada uma possui maior similaridade com as amostras externas do que com as amostras do outro campus. Em contrapartida, os resultados de microssatélites mostraram que a variabilidade dessas populações para os loci estudados é extremamente similar. Isso sugere que a filopatria da espécie é muito grande, e que o vôo dos machos é responsável por, de certa forma, homogeneizar a variabilidade genética das populações, impedindo que haja muita estruturação. Dessa maneira, em uma população de T. angustula, existem dois números efetivos populacionais: um para as fêmeas (estimado pela variabilidade do DNA mitocondrial) e outro maior para machos (estimado pela variabilidade dos microssatélites). Os resultados indicam que a colonização dos campi se deu por um número pequeno de rainhas que posteriormente aumentaram a população por conta da grande quantidade de recursos que os campi possuem / The bees of the Meliponini tribe have a broad distribution, mainly throughout the neotropical regions of the planet. There are over 400 species distributed among 50 genera. Tetragonisca angustula is a species which occupies almost all Latin America, generally in large individual numbers. In this study we used molecular techniques (mitochondrial DNA sequencing and analysis of microsatellite loci) to obtain measures of the genetic variability in two small populations of T. angustula located in both the campi of USP, Ribeirão Preto and São Paulo. In order to get a better idea of the variability of the species as a whole, we also analyzed individuals from populations from outside the campi. The results of the DNA sequencing showed that the variability of these external samples is far bigger than the variability of the other two populations. Also, it became clear that both campi have monophyletic populations that are very isolated from each other, and that each one of these campus populations is phylogenetically closer to the external samples than they are to each other. On the other hand, the results obtained with microsatellites showed that the variability of the populations from both campi are very similar to the variability of the external samples. This suggests that there is a high degree of filopatry in the species, and that the male flight is responsible, in a way, for mixing the genetic variability of the populations, this way keeping them from getting structured. Thus, in a given population of T. angustula, there are two different effective population sizes: of for the females (measured by the variability in the mitochondrial DNA) and another for the males (measured by the variability in the microsatellites). Our results indicate that the process of colonization in both campi was carried out by a few queens, which lately were responsible for increasing the population sizes due to the big amount of resources found in the campi

A distribuição familial da resposta ao extrato antigênico da Leishmania foi analisada sobre o prisma da epidemiologia genética. O exame utilizado para medir a resposta do organismo ao antígeno estudado foi a intradermorreação de Montenegro (IDRM). O presente trabalho utilizou uma amostra de 313 indivíduos do município de Monte Negro, RO, com o objetivo de detectar a evidência de um componente genético importante na determinação da expressão da característica em estudo. As análises estatísticas foram realizadas por meio do programa SPSS e as análises de segregação foram feitas utilizando o programa de computador POINTER. Os resultados indicaram que as variáveis idade e sexo estão correlacionadas com a resposta ao extrato antigênico da Leishmania. Cálculos de correlação sugeriram a existência de agregação familial significante com forte componente genético. Esta agregação familial foi confirmada pela análise de segregação complexa, que sugeriu que o modelo mais adequado para explicar a transmissão do fenótipo, na população estudada, foi o monogênico recessivo. / The familal distribuition of the response to an antigenic extract of Leishmania was analyzed by applying genetic epidemiologic methods. The test used to measure the response of the organism to a Leishmania antigen went to Montenegro skin test. The present study tested a sample of 313 individuals from the Monte Negro, RO, with the objective to ascertain the relative importance of genetic components in the determination of the expression of the characteristic studied. Statistical analyses of sample were made through of SPSS program and complex segregation analysis was made using the computer program POINTER. The results showed that age and gender affect significantly the response to antigenic extract of Leishmania. Correlations suggested the existence of a significant familial aggregation with a strong genetic component. This familial aggregation was confirmed by complex segregation analysis, which suggested that the best model to explain the phenotype transmission in the Monte Negro population was the recessive monogenic one.

O objetivo do trabalho foi de investigar os mecanismos genéticos relacionados à resposta humana à malária em duas populações Amazônicas. Cerca de 180 indivíduos de Portuchuelo e mais de 800 indivíduos de Monte Negro foram incluídos na amostra. Os indivíduos amostrados passaram por um levantamento epidemiológico e caracterização de marcadores genéticos. O número de episódios de malárias relatado pelos indivíduos, após correção para idade e sexo, foi submetido a testes de associação. A associação esperada entre indivíduos Fy- e a característica estudada foi encontrada nas duas populações, sem heterogeneidade significante. Análises de segregação complexa indicaram a presença de um gene principal relacionado ao acometimento de malária. Utilizando 108 STRs foi realizada uma varredura genômica na população de Portuchuelo onde foi encontrado um pico de lod score, sugestivo de ligação no braço curto do cromossomo 4. Os resultados obtidos em Portuchuelo não foram confirmados em 9 STRs estudados na população de Monte Negro. / With the aim of investigate the genetic mechanisms related to the human response to malaria infection, two Amazonian populations were studied. About 180 individuals from Portuchuelo population and more than 800 individuals from Monte Negro were included in the sample. Those individuals where subjected to an epidemiological survey, followed by characterization of genetic markers. Among the characteristics surveyed, the number of malaria episodes reported by the subjects was tested for association with classic blood groups markers after correction for age and sex. The expected association with Fy- individuals was observed in both populations, without significant heterogeneity. Complex segregation analyses indicated the presence of a major gene related to the number of malaria episodes. A genomic scan using STRs markers was conducted at the Portuchuelo sample. The multipoint linkage scan showed a lod score suggestive of linkage at the short arm of chromosome 4. The results found at Portuchuelo were not confirmed at the Monte Negro sample using 9 STRs.

Dois estudos foram realizados com o objetivo de analisar a distribuição espacial de diferentes raças bovinas e dos valores genéticos de animais Brangus no Brasil, relacionando sua ocorrência com variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas. O objetivo do primeiro estudo foi analisar a relação das variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas com a distribuição de raças bovinas. Neste estudo utilizou-se as informações município e estado das raças Aberdeen Angus, Ayrshire, Braford, Brangus, Charolês, Devon, Flamenga, Hereford, Pinzgauer, Shorthorn e Simental. As raças foram classificadas conforme sua finalidade: carne, dupla aptidão e leite e posteriormente espacializadas no programa ArcGis 10.2. As raças leiteiras estudadas estavam localizadas nos estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, as raças de duplo propósito em Minas Gerais e no Rio Grande do Sul e as raças de carne estão concentradas na região sul do país. As regressões logísticas demonstraram que as raças de corte e dupla aptidão tendem a ser criadas em regiões com menor temperatura máxima e média, menor amplitude térmica e ITU, porém em municípios com alta umidade e altitude, menor produto interno bruto, pouca orientação técnica, baixo controle de doenças e parasitas e pouca rotação de pastagens A análise de variância mostrou que as raças de carne, leite e dupla aptidão não variaram para as características climáticas, físicas e socioeconômicas. No segundo estudo objetivou-se analisar a associação das variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas com a distribuição dos valores genéticos para características de crescimento e perímetro escrotal de animais da raça Brangus. Foram utilizados registros de 84.703 animais da raça Brangus, nascidos entre 2000 e 2010 distribuídos em 65 fazendas do Brasil. Os animais localizaram-se nos estados RS, PR, SP, MG, GO, MG e MS. Á desmama, as maiores médias dos valores genéticos por fazenda estão agrupadas no cluster 1 e ao sobreano agruparam-se no cluster 2. Os maiores valores genéticos ficaram fortemente relacionadas com amplitude térmica e área municipal. Ter conhecimento da distribuição espacial de raças bovinas e dos valores genéticos de animais Brangus pode auxiliar no desenvolvimento de índices ambientais, avaliações genéticas e escolha de animais para determinados ambientes. / Two studies were conducted in order to analyze the spatial distribution of different breeds and breeding values of Brangus animals in Brazil, relating their occurrence to climatic, physical and socioeconomic variables. The aim of the first study was to analyze the relationship of climatic, physical and socioeconomic variables with the distribution of bovine breeds. In this study we used the municipality and state information of the Aberdeen Angus, Ayrshire, Braford, Brangus, Charolais, Devon, Flemish, Hereford, Pinzgauer, Shorthorn and Simmental breeds. Breeds were classified according to their purpose: beef, dual purpose and milk and spatialized using ArcGis 10.2. The dairy breeds studied were located in the states of Rio Grande do Sul and Santa Catarina, the dual purpose breeds in Minas Gerais and Rio Grande do Sul and the beef breeds are concentrated in the southern region of the country. Logistic regression showed that both beef and dual purpose cattle are more likely to be raised in municipalities with lower maximum and average temperatures, lower thermic amplitude and THI, although, with high humidity and altitude, with lower gross domestic product, where technical guidance, rotation of pastures and control of diseases and parasites were low Analysis of variance showed that beef, dairy and dual purpose breeds did not ranged for climatic, physical and socio-economic characteristics. The second study aimed to analyze the association of climate, physical and socio-economic characteristics with the distribution of breeding values of growths traits and scrotal perimeter of Brangus animals. Records of 84.703 Brangus animals, born between 2000 and 2010 distributed in 65 farms in Brazil were used. Cluster analysis formed three clusters of average breeding values per farm. Animals were located in the Brazilian states of RS, PR, SP, MG, GO, MG and MS. At weaning, the highest averages of breeding values per farm were grouped in cluster 1 and to yearling in cluster 2. The highest breeding values were strongly related to thermal amplitude and municipal area. knowledge the spatial distribution of cattle breeds and breeding values of Brangus animals can help in the development of environmental indices, genetic evaluations and in the choice of animals for certain environments.

Após a chegada dos conquistadores europeus, as populações nativas americanas foram dizimadas por diversas razões, como guerras e doenças, o que possivelmente levou diversas linhagens genéticas autóctones à extinção. Entretanto, durante essa invasão, houve miscigenação entre os colonizadores e os povos nativos e muitos estudos genéticos têm mostrado uma importante contribuição matrilinear nativa americana na formação da população colonial. Portanto, se muitos indivíduos na atual população urbana brasileira carregam linhagens nativas americanas no seu DNA mitocondrial (mtDNA), muito da diversidade genética nativa perdida durante o período colonial pode ter se mantido, por miscigenação, nas populações urbanas. Assim, essas populações representam, efetivamente, um importante reservatório genético de linhagens nativas americanas no Brasil e em outros países americanos, constituindo o reflexo mais fiel da diversidade genética pré-colombiana em populações nativas. Baseado nisso, este estudo teve como objetivos 1) comparar os padrões de diversidade genética de linhagens nativas americanas do mtDNA em populações nativas do Sul do Brasil e da população urbana (miscigenada) adjacente; e 2) comparar, através de Computação Bayesiana Aproximada (ABC), a história demográfica de ambas populações para chegar a uma estimativa do nível de redução do tamanho efetivo populacional (Ne) das populações indígenas aqui tratadas. Foram utilizados dados já publicados da região hipervariável (HVS-I) do mtDNA de linhagens nativas de 396 indivíduos Nativos Americanos (NAT) pertencentes aos grupos Guarani, Caingangue e Charrua e de 309 indivíduos de populações miscigenadas urbanas (URB) do Sul do Brasil e do Uruguai As análises de variabilidade e estrutura genética, bem como testes de neutralidade, foram feitos no programa Arlequin 3.5 e a rede de haplótipos mitocondriais foi estimada através do método Median-Joining utilizando o programa Network 5.0. Estimativas temporais do tamanho populacional efetivo foram feitas através de Skyline Plot Bayesiano utilizando o pacote de programas do BEAST 1.8.4. Por fim, o programa DIYABC 2.1 foi utilizado para testar cenários evolutivos e para estimar o Ne dos nativos americanos pré- (Nanc) e pós-contato (Nnat), para assim, se estimar o impacto da redução de variação genética causada pela colonização europeia. Os resultados deste estudo indicam que URB é a melhor preditora da diversidade nativa ancestral, possuindo uma diversidade substancialmente maior que NAT, pelo menos na região Sul do Brasil e no Uruguai (H = 0,96 vs. 0,85, Nhap = 131 vs. 27, respectivamente). Ademais, a composição de haplogrupos é bastante diferente entre as populações, sugerindo que a população nativa tenha tido eventos de gargalo afetando os haplogrupos B2 e C1 e super-representando o haplogrupo A2. Em relação à demografia histórica, observou-se que URB mantém sinais de expansão remetendo à entrada na América, contrastando com NAT em que esses sinais estão erodidos, apenas retendo sinais de contração populacional recente. De acordo com as estimativas aqui geradas, o declínio populacional em NAT foi de cerca de 300 vezes (84 – 555). Em outras palavras, a população efetiva nativa amricana nessa região corresponderia a apenas 0,33% (0,18% – 1,19%) da população ancestral– 99,8%, corroborando os achados de outros estudos genéticos e também com os registros históricos. / After the arrival of the European conquerors, the Native American populations were decimated due to multiple reasons, such as wars and diseases, which possibly led many autochtonous genetic lineages to extinction. However, during the European invasion of the Americas, colonizers and indigenous people admixed, and many genetic studies have shown an important Native American matrilineal contribution to the formation of the Colonial population. Therefore, if many individuals in the current urban population harbor Native American lineages in their mitochondrial DNA (mtDNA), much of Native American genetic diversity that have been lost during the Colonial Era may have been mantained by admixture in urban populations. In this case, these populations effectively represent an important reservoir of Native lineages in Brazil and other American countries, constituting the most accurate portrait of pre-Columbian genetic diverstity of Native populations. Based on this, the aims of the presente study were 1) to compare the patterns of genetic diversity of Native American mtDNA lineages in Native populations from Southern Brazil and the surrounding admixed urban populations; and 2) to compare, using Approximate Bayesian Computation (ABC), the demographic history of both groups to estimate the level of reduction in the effective population size (Ne) for the indigenous groups present here. We used mtDNA hypervariable segment (HVS-I) data of indigenous origin already published from 396 Native American individuals (NAT) belonging to the Guarani, Kaingang, and Charrua groups, and 309 individuals from Southern Brazilian and Uruguayan admixed urban populations (URB) The analyzes of variability and genetic structure, as well as the neutrality tests were accomplished using Arlequin 3.5, and the mitochondrial haplotype network estimated through the Median-Joining method available in Network 5.0. Time estimates for effective population size were performed using Bayesian Skyline Plot available in the BEAST 1.8.4 package. Finally, the DIYABC 2.1 software was used to test evolutionary scenarios and to estimate the pre (Nanc) and post-contact (Nnat) Native American Ne, and estimate the impact of the colonization process on the Native American genetic variability. The results indicate that URB is the best predictor of ancestral Native diversity, having substancially greater genetic diversity than NAT, at least in the Southern Brazilian and Uruguayan regions (H = 0.96 vs. 0.85, Nhap = 11 vs. 27, respectively). Moreover, the haplogroup compositions are very distinct between these groups, suggesting that the Native population passed through bottleneck events affecting the haplogroups B2 and C1, and overrepresenting the haplogroup A2. In relation to demographic history, we observed that URB retains signals of population expansion back to the entry in the Americas. In contrast, these signals are eroded in NAT, which maintains only signals of recent population contraction. According to our estimates, the population decline in NAT was around 300x (84 – 555x). In other words, the effective Native American population in this region would correspond to only 0.33% (0.18% – 1.19%) of the ancestral population, corroborating the findings of other genetic studies and historical records.

As abelhas da tribo Meliponini apresentam ampla distribuição, ocupando principalmente as regiões neotropicais do planeta. São encontradas mais de 400 espécies pertencentes a 50 gêneros. Tetragonisca angustula é uma espécie que se distribui por praticamente toda a América Latina, sendo em geral bastante abundante.No presente projeto foram empregadas técnicas moleculares (sequenciamento de DNA mitocondrial e análise de loci de microssatélites) no intuito de se verificar a variabilidade em duas pequenas populações de Tetragonisca angustula distribuídas nos campi da USP de Ribeirão Preto e São Paulo. Para a obtenção de um panorama da variabilidade da espécie, foram coletados e analisados indivíduos de áreas externas aos campi. Os resultados de sequenciamento mostraram que a variabilidade do genoma mitocondrial das amostras externas é muito maior que a variabilidade nas amostras dos campi. Além disso, ficou claro que os campi contêm populações monofiléticas bastante isoladas entre si, e que cada uma possui maior similaridade com as amostras externas do que com as amostras do outro campus. Em contrapartida, os resultados de microssatélites mostraram que a variabilidade dessas populações para os loci estudados é extremamente similar. Isso sugere que a filopatria da espécie é muito grande, e que o vôo dos machos é responsável por, de certa forma, homogeneizar a variabilidade genética das populações, impedindo que haja muita estruturação. Dessa maneira, em uma população de T. angustula, existem dois números efetivos populacionais: um para as fêmeas (estimado pela variabilidade do DNA mitocondrial) e outro maior para machos (estimado pela variabilidade dos microssatélites). Os resultados indicam que a colonização dos campi se deu por um número pequeno de rainhas que posteriormente aumentaram a população por conta da grande quantidade de recursos que os campi possuem / The bees of the Meliponini tribe have a broad distribution, mainly throughout the neotropical regions of the planet. There are over 400 species distributed among 50 genera. Tetragonisca angustula is a species which occupies almost all Latin America, generally in large individual numbers. In this study we used molecular techniques (mitochondrial DNA sequencing and analysis of microsatellite loci) to obtain measures of the genetic variability in two small populations of T. angustula located in both the campi of USP, Ribeirão Preto and São Paulo. In order to get a better idea of the variability of the species as a whole, we also analyzed individuals from populations from outside the campi. The results of the DNA sequencing showed that the variability of these external samples is far bigger than the variability of the other two populations. Also, it became clear that both campi have monophyletic populations that are very isolated from each other, and that each one of these campus populations is phylogenetically closer to the external samples than they are to each other. On the other hand, the results obtained with microsatellites showed that the variability of the populations from both campi are very similar to the variability of the external samples. This suggests that there is a high degree of filopatry in the species, and that the male flight is responsible, in a way, for mixing the genetic variability of the populations, this way keeping them from getting structured. Thus, in a given population of T. angustula, there are two different effective population sizes: of for the females (measured by the variability in the mitochondrial DNA) and another for the males (measured by the variability in the microsatellites). Our results indicate that the process of colonization in both campi was carried out by a few queens, which lately were responsible for increasing the population sizes due to the big amount of resources found in the campi

Para examinar como o nível de diversidade genética de Plasmodium vivax em uma comunidade varia no tempo e no espaço, investigamos a dinâmica de polimorfismos do parasito durante as primeiras fases de ocupação de um assentamento agrícola na Região Amazônica brasileira. A caracterização por microssatélites de 84 isolados de P. vivax, colhidos ao longo de três anos, revelou uma diversidade genética de moderada a alta (heterozigosidade esperada média, 0,699), com uma grande proporção (78,5%) de infecções por múltiplos clones (IMC), mas também um forte desequilíbrio de ligação (DL) consistente com um raro cruzamento entre os haplótipos. Observamos uma pequena influência temporal na diversidade genética dos haplótipos do parasito e nenhum padrão de distribuição espacial dos mesmos. Em amostras consecutivas colhidas de um mesmo indivíduo observou-se uma intensa renovação de haplótipos ao longo do tempo. Um único haplótipo foi compartilhado por três indivíduos cujas amostras foram colhidas durante um surto; todos os outros 81 haplótipos foram recuperados apenas uma vez. A menor diversidade parasitária, com a menor proporção de IMC e um DL mais intenso, foi observada no momento do surto, fornecendo um claro exemplo de uma estrutura populacional epidêmica de um patógeno humano. Todos os parâmetros populacionais retornaram aos valores prévios ao surto durantes os últimos anos de estudo, apesar da queda concomitante na transmissão de malária. Sugerimos que a genotipagem do parasito pode ser útil para monitorar a propagação de novas linhagens do parasito associadas a surtos em áreas que se aproximam da eliminação da malária. / To examine how community-level genetic diversity of the malaria parasite Plasmodium vivax varies across time and space, we investigated the dynamics of parasite polymorphisms during the early phases of occupation of a frontier settlement in the Amazon Basin of Brazil. Microsatellite characterization of 84 isolates of P. vivax sampled over 3 years revealed a moderate to high genetic diversity (mean expected heterozygosity, 0.699), with a large proportion (78.5%) of multiple-clone infections (MCI), but also a strong multilocus linkage disequilibrium (LD) consistent with rare outcrossing. Little temporal and no spatial clustering was observed in the distribution of parasite haplotypes. A single microsatellite haplotype was shared by 3 parasites collected during an outbreak; all other 81 haplotypes were recovered only once. The lowest parasite diversity, with the smallest proportion of MCI and the strongest LD, was observed at the time of the outbreak, providing a clear example of epidemic population structure in a human pathogen. Population genetic parameters returned to preoutbreak values during last 2 years of study, despite the concomitant decline in malaria incidence. We suggest that parasite genotyping can be useful for tracking the spread of new parasite strains associated with outbreaks in areas approaching malaria elimination.

Tolypeutes tricinctus, o tatu-bola, é um mamífero neotropical pertencente ao grupo dos Xenarthra. É uma espécie endêmica ao Brasil que só ocorre nos biomas de Caatinga e Cerrado e encontra-se ameaçada de extinção. O único estudo genético que foi realizado sobre a espécie estimou a diversidade no gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI). Apenas um haplótipo foi observado em 30 indivíduos da única população de tatus-bola até então amostrada. Devido a esse resultado e à falta de estudos genéticos e filogenéticos este trabalho foi proposto a fim de investigar melhor a diversidade genética dessa população, distribuída no Cerrado do estado da Bahia na área da Fazenda Jatobá. Para tanto, foram utilizados marcadores microssatélites selecionados por sequenciamento de nova geração e a região controle do DNA mitocondrial (D-loop). Foi feito também um esforço de amostragem a fim de analisar exemplares de T. tricinctus provenientes de outras populações e da espécie congenérica Tolypeutes matacus. Além disso, testou-se o poder do gene COI na diferenciação entre oito espécies da ordem Cingulata através da técnica do DNA barcoding. Foram selecionados e testados 60 loci microssatélites, sendo 23 amplifcados com sucesso entre os indivíduos da Fazenda Jatobá. Destes, apenas dois se mostraram polimórficos com dois e três alelos respectivamente. Nas amostras provenientes de museu ou de outras localidades não foi possível amplificar nenhum dos marcadores. Já na amostra de T. matacus, cinco marcadores foram amplificados com sucesso, sendo que em um marcador foi encontrado um alelo diferente do observado na população da Fazenda Jatobá. Esse resultado foi inesperado e impossibilitou a estimativa dos parâmetros populacionais relativos ao efetivo populacional e grau de endocruzamento. A possibilidade de erros ou limitações da técnica utilizada foi descartada sendo provável que a baixa eficiência na seleção de loci polimórficos seja reflexo da baixa diversidade da população estudada. Baixos índices de diversidade genética foram também observados em segmentos de 386pb do D-loop (h = 0.4032±0,0909 e π = 0.002084±0.001737), sendo que em 23 indivíduos da fazenda Jatobá somente dois haplótipos foram observados. Um terceiro haplótipo foi observado em uma amostra proveniente do estado do Ceará que também foi incluída na estimativa dos índices de diversidade para a espécie (h = 0.4529±0.0948 e π = 0.002125±0.001757). No estudo com barconding, o gene COI mostrou-se eficiente na diferenciação entre a maioria das espécies. A estimativa da filogenia não mostrou suporte significativo nas relações dentro das subfamílias. Considerando as evidências sobre a baixa diversidade na população de T. tricinctus da Fazenda Jatobá e as ameaças à sobrevivência da espécie, é possível que a mesma situação seja observada em outras populações. Sendo assim os resultados aqui apresentados demonstram a necessidade de uma maior amostragem nas demais localidades de distribuição de T. tricinctus, para confirmação da atual situação da espécie. A fim de contribuir para conservação da espécie, a preservação das populações remanescentes de tatu-bola, evitando o declínio das mesmas, deve ser prioridade em planos de conservação. A manutenção da variação genética do tatu-bola é de especial interesse, em especial da população da Fazenda Jatobá, a qual se já não for um exemplo de extinção local poderá sofrer os efeitos negativos da depressão por endocruzamento e consequente impacto em sua viabilidade e sobrevivência. / Tolypeutes tricinctus, the three-banded armadillo, is a Neotropical mammal that belongs to Xenarthra group. This species is endangered and endemic to Brazil occurring only in Caatinga and Cerrado biomes. The previous genetic study available analyzed the genetic diversity on Cytochrome Oxidase I (COI) gene and found only one haplotype among 30 individuals of a single population, the only one sampled so far. Considering this result and the lack of genetic and phylogenetic studies, the present work was proposed to better understand the genetic diversity of this population, from the Cerrado biome of the Bahia state, the Fazenda Jatobá population. We used microsatellite markers selected by next generation sequencing and the mitochondrial DNA control region (D-loop). A field research and contact with other researchers were made to obtain samples of the T. matacus and T. tricinctus samples from different localities. In addition, we also tested the power of COI gene to differentiate eight species of Cingulata order and to estimate the phylogeny using the DNA barcoding approach. Sixty microsatellite loci were selected and tested and 23 showed positive amplification results among individuals from Jatobá Farm population. Only two were polymorphic with two and three alleles respectively. Museum samples and individuals from other localities did not present positive results after amplification tests. The obtained result was unexpected and prevents any further population parameters estimates such as effective population size and inbreeding. Any chance of limitation or error was refuted and the low number of polymorphic loci probably express the low genetic diversity of the population. Low levels of genetic diversity were also observed in 386bp of D-loop (h = 0.4032±0.0909 e π = 0.002084±0.001737). Only two haplotypes were observed among 23 individuals from the Jatobá population. A third haplotype was observed when in a sample from Ceará (h = 0.4529±0.0948 e π = 0.002125±0.001757). In the DNA barconding study the COI gene was effective to differentiate most of armadillo species. The phylogeny did not show high support for the nodes representing subfamily level. Considering the evidences of low genetic diversity for the T. tricinctus Jatobá population and the menaces to species\' survival it possible that a similar scenario be present in other populations. Therefore, the obtained results indicate that a larger sampling along different localities of the species\' distribution is needed in order to understand the genetic diversity of T. tricinctus. Preserving the extant three-banded armadillo populations avoiding decline in size should be a priority in future conservation actions. Preserving the genetic diversity of the tree-banded armadillo is essential, especially for Jatobá population. This population may be an example of local extinction, or at least suffer from the negative effects of inbreeding depression and resulting impacts on its viability and survival.

O mosquito Aedes aegypti é reconhecido como o principal vetor do vírus da Dengue, além de transmitir outros arbovírus de importância médica, como os causadores da Febre Amarela urbana, Chikungunya e Zika. A ecologia deste vetor está intimamente associada ao homem, sendo provavelmente, a única espécie de culicídeo a conseguir completar todo seu ciclo de vida dentro das habitações humanas, com sua dinâmica populacional fortemente relacionada aos processos decorrente da urbanização. Assim como outras metrópoles, a cidade de São Paulo apresenta estresse ambiental, em função da elevada densidade populacional e urbanização não planejada, o que contribui para a proliferação do Ae. aegypti e, consequentemente, o aumento no número de casos de Dengue. Embora, vacinas como a da Febre Amarela e Dengue já tenham sido desenvolvidas, esta última mais recentemente e, ainda não empregada em larga escala, o controle do vetor ainda permanece como a principal estratégia para a disruptura dos padrões epidemiológicos das arboviroses causadas por seus patógenos. Estruturação populacional, geralmente é um resultado de combinações decorrentes de processos históricos e contemporâneos envolvendo determinada espécie, como a sua capacidade de dispersão, padrões de cópula, barreiras físicas e ambientais, além de padrões demográficos. Desse modo, determinar os diferentes papéis destes processos na estruturação de populações torna-se útil no controle de vetores de importância médica. Um bom exemplo é a propagação da resistência a inseticidas, em decorrência do fluxo gênico entre as populações. Portanto, um melhor conhecimento da estruturação populacional do Ae. aegypti é crucial para auxílio e desenvolvimento de novas estratégias de controle. Dessa forma, visando elucidar seu padrão de estruturação, o presente estudo utilizou-se da morfometria geométrica alar e de marcadores microssatélites, para investigação de 11 populações de mosquitos Ae. aegypti coletados em áreas com diferentes graus de urbanização, localizadas no município de São Paulo. Os resultados encontrados sugerem um padrão de estruturação de acordo com o gradiente de urbanização no qual os espécimes foram coletados. As distâncias de Mahalanobis, obtidas pela morfometria geométrica alar, apresentaram significância estatística em 54 dos 55 testes conduzidos, com as populações exibindo um claro padrão de segregação nas Análises de Variáveis Canônicas e Neighbor-Joining, tanto para as populações agrupadas na forma de seus estratos urbanos, como por seus respectivos locais de coleta, enquanto que o teste de reclassificação dos espécimes alcançou relativo grau de precisão de reconhecimento. Os microssatélites indicaram uma baixa estruturação genética (Fst = 0,057), com 93 por cento de seus valores apresentando significância estatística. Contudo, em conformidade com o gradiente de urbanização dos estratos, com moderado fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e indícios de expansão populacional, principalmente nas áreas com maior grau de urbanização. A intensificação dos processos decorrentes da urbanização tem como causa a diminuição dos espaços verdes encontrados nas cidades, de modo a contribuir para a elevação da temperatura e, consequentemente, favorecer a proliferação do Ae. aegypti. Adicionalmente, a perda destes espaços implica no processo de homogeneização biótica, fenômeno que atua como adjuvante a plasticidade ecológica do vetor, de maneira a beneficia-lo. Hipótese, corroborada pela sua expansão populacional, exibida principalmente nos ambientes mais antropizados. A estruturação observada nas populações de Ae. aegypti no presente estudo indica que os processos de urbanização desempenham um importante papel na sua conformação, e fatores como o moderado fluxo gênico e déficit de heterozigosidade podem estar refletindo nos seus padrões epidemiológicos / Aedes aegypti is recognized as the main vector of Dengue, in addition to transmit other arboviruses of medical importance, as the agents of Yellow Fever, Chikungunya and Zika. The ecology of this vector is closely associated with the human, being probably the only kind of mosquito to be able to complete all their life cycle inside the human habitations, with their population dynamics strongly related to processes arising from urbanization. Like other cities, the city of São Paulo suffers from environmental stress due to the high population density and unplanned urbanization, which contributes to the proliferation of Ae. aegypti mosquitoes and consequently the increase in the number of cases of dengue fever. Although vaccines such as Yellow Fever and Dengue have already been developed, the latter, more recently, and not yet used on a large scale, vector control remains the main strategy for the disruption of epidemiological patterns of arboviral diseases caused by their pathogens. Structure of the population, is generally the result of combinations resulting from historical and contemporary processes involving certain species, such as their ability to disperse, copulation pattern, physical and environmental barriers and demographic trends, and to determine the different roles of these processes in structuring the population becomes very useful for the medical importance of vector control. A good example is the spread of insecticide resistance, due to gene flow between populations. Therefore, a better understanding of the population structure of Ae. Aegypti is crucial to support and develop new strategies for control programs. Thus, in order to elucidate its pattern of structuring this study utilized wing geometric morphometric and microsatellite markers, for investigation of 11 Ae. aegypti populations collected in areas with different degrees of urbanization, located in the municipality of São Paulo. The results suggest a pattern of structuring according to the urbanization gradient in which the specimens were collected. The distances of Mahalanobis obtained by wing geometric morphometry, statistically significant in 54 of the 55 tests performed, with populations showing a clear trend of segregation in the Canonical Variables analysis and Neighbor-Joining, both for the populations grouped in the form of their urban strata as per their respective collection locations, while the reclassification of test specimens reached relative degree of recognition accuracy. Microsatellites indicated a low genetic structure (Fst = 0.057), with 93 per cent of their statistically significant values. However, in accordance with the gradient of urbanization of the strata, with moderate gene flow, heterozygosity and evidence of population expansion, especially in the areas with the highest degree of urbanization. The intensification of the processes resulting from urbanization Implies in the reduction of the green spaces found in the cities, in order to contribute to the increase of the temperature and thus the proliferation of the Ae. Aegypti. In addition, the loss of these spaces involves biotic homogenization process, a phenomenon that acts as an adjuvant ecological plasticity of the vector, in order to benefit it. Hypothesis, corroborated by its population expansion, displayed mainly in anthropic environments. The structure observed in populations of Ae. aegypti in this study indicates that the urbanization processes play an important role in their conformation, and factors such as moderate gene flow and deficit of heterozygosity can be reflected in their epidemiological patterns