Orientadores: Shirley Maria Recco Pimentel, Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T04:15:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Conte_Monica_D.pdf: 2562572 bytes, checksum: 5809c698460cf03316a75fff9039a861 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Muitas espécies de anfíbios estão entre as mais ameaçados de extinção, e no entanto, informações sobre a variabilidade genética e a estruturação genética das suas populações são ainda limitadas. No presente trabalho, a variabilidade genética de populações da espécie Physalaemus cuvieri foi analisada utilizando microssatélites como marcadores moleculares. Considerando-se sua ampla distribuição geográfica, variação morfológica interpopulacional e variação intra- e interpopulacional em algumas características citogenéticas, espécimes de dez populações de P. cuvieri foram amostradas, em São Pedro da Água Branca (MA), Urbana Santo (MA), Porto Nacional (TO), Uberlândia (MG), Vitória Brasil (SP), Palestina (SP), Nova Itapirema (SP), Chapada dos Guimarães (MT), Vitória da Conquista (BA) e Passo Fundo (RS). Dez locos de microssatélites de P. cuvieri foram isolados a partir de uma biblioteca enriquecida em repetições (CA)8 e (GT)8. A amplificação desses locos em 160 indivíduos de P. cuvieri revelou uma média de 5,7 alelos por loco e uma heterozigosidade esperada variando de 0,30 a 0,85. Embora a maior parte da variação genética esteja dentro das populações, o valor global do FST encontrado indica uma alta diferenciação entre essas populações. O baixo fluxo gênico encontrado sugere baixa capacidade dispersiva, no padrão de escala geográfica usado neste trabalho, e condiz com o comportamento filopátrico atribuído aos anuros. Nesse estudo foi ainda verificado que não existe correlação entre distância geográfica e distância genética das populações amostradas, sugerindo uma alta fidelidade dessa espécie aos seus locais de desova. Os resultados indicam que a distância geográfica sozinha não explica a variabilidade genética dessas populações. Duas populações, São Pedro da Água Branca (MA) e Nova Itapirema (SP), possivelmente passaram por efeito de gargalo populacional (bottleneck), que pode ser resultado, entre outros fatores, da destruição de habitat levando à fragmentação da população. Dos dez locos de microssatélites desenvolvidos para P. cuvieri, nove foram utilizados para verificar a possibilidade de amplificação e sua aplicabilidade no estudo da estrutura genética de duas outras espécies do grupo cuvieri muito proximamente relacionadas à P. cuvieri. Essas espécies são: P. ephippifer (15 indivíduos) e P. albonotatus (11). As duas populações estudadas ficaram isoladas das cinco de P. cuvieri, mostrando um alto grau de diferenciação genética, e indicando claramente sua condição de espécie distinta de P. cuvieri. A população de Crateús - CE agrupou com Urbano Santos - MA (ambas P. cuvieri). Este resultado corrobora os resultados de estudos citogenéticos. As populações de Porto Nacional (TO) e Passo Fundo (RS) formaram dois grupos de indivíduos cada uma. Parte dos indivíduos de Porto Nacional agrupou com a população de Uberlândia (MG) de P. cuvieri, e o restante dos indivíduos não mostrou nenhum agrupamento com qualquer outra população e espécies analisadas neste trabalho. Resultados semelhantes foram obtidos com a população de Passo Fundo, que não mostrou agrupamento com nenhuma outra população analisada. Estudos adicionais dessas populações serão necessários para melhor compreender esses dados. O conhecimento do padrão de dispersão da variabilidade genética de P. cuvieri, avaliada por microssatélites, somado ao conhecimento acumulado, obtido por meio de outras metodologias, poderá contribuir para a definição de estratégias de conservação e contribuir para o delineamento entre as fronteiras taxonômicas dessa espécie. / Abstract: Even though many amphibian species are among the most endangered animals, the knowledge about their genetic variability and population genetic structure is still limited. In the present work, natural populations of the barker frog Physalaemus cuvieri were analyzed for genetic variability and differentiation using microsatellites, considering its wide geographic distribution, interpopulational morphological variation and cytogenetic intra- and interpopulational variation. Analyzes comprised specimens from ten P. cuvieri populations sampled in the following regions of Brazil: São Pedro da Água Branca (MA), Urbano Santo (MA), Porto Nacional (TO), Uberlândia (MG), Vitória Brasil (SP), Palestina (SP), Nova Itapirema (SP), Chapada dos Guimarães (MT), Vitória da Conquista (BA) and Passo Fundo (RS). Ten microsatellite loci were isolated for P. cuvieri from a library enriched in (CA)8 and (GT)8 repeats. In 160 P. cuvieri individuals, the average number of alleles per locus was 5.7 and the expected heterozygosity ranged from 0.30 to 0.85. Although most of the genetic variation was found within populations, the overall FST value indicated high genetic differentiation among the populations. The low gene flow among populations suggested low dispersion capability within the geographic scale pattern used in this work, which is compatible with the anuran philopatric behavior. In addition, there was no correlation between geographic and genetic distances of these populations, suggesting fidelity of P. cuvieri populations to their spawning place. These results indicated that the geographic distance alone does not explain the genetic variability observed among these populations. The data also indicated that the populations from São Pedro da Água Branca (MA) and Nova Itapirema (SP), respectively in the Northeast and Southeast regions of Brazil, have likely gone through a recent population bottleneck effect. Destruction of natural habitats leading to population fragmentation could be a major cause of this suggested bottleneck effect. Of the ten microsatellite loci developed for P. cuvieri, nine were used to investigate cross-amplification and suitability for population genetic structure studies in two other species of the cuvieri group closely related to P. cuvieri. These species are: P. ephippifer (15 specimens) and P. albonotatus (11 specimens). These two populations remained isolated from all populations of P. cuvieri, demonstrating its high genetic differentiation, pointing that these two species are distinct from P. cuvieri. The Crateús (CE) population was grouped with Urbano Santos (MA) population (both P. cuvieri). This result corroborated previous cytogenetic results. The Porto Nacional (TO) and Passo Fundo (RS) populations were divided in two sets of individuals each one. Part of Porto Nacional individuals were clustering with P. cuvieri from Uberlândia (MG), and the remaining did not show any grouping with none of other analyzed species. Similar results were found to Passo Fundo population, which also did not show any group with the analyzed species. The knowledge of the dispersion pattern of the P. cuvieri genetic variability evaluated by microsatellites, in addition to the genetic variability data obtained using other methodologies, will contribute for the development of future ecological and conservation strategies and to improve the taxonomy of this species. / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Hildete Prisco Pinheiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-08T04:40:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taglianetti_TatianaBurattoBordin_M.pdf: 5877530 bytes, checksum: 8766580b60704d96ff1ae1a0288803fb (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Neste trabalho, o principal interesse é estudar as medidas de distância genética para loci de microsatélites baseadas nos desvios absolutos e quadráticos sob o modelo de mutação ¿stepwise¿. Os estudos em microsatélites têm sido cada vez mais freqüentes devido a sua importância na aplicação em mapeamento genético. Desta forma, surgeriu-se um modelo para explicar a mutação nas seqüências de repetições nos loci de microsatélites, que é conhecido por modelo de mutação ¿stepwise¿. Nesse modelo supõe-se que a cada geração,cada alelo pode sofrer mutação para outra classe alélica. Na sua forma mais simples,que é o modelo mutacional de um passo o alelo pode sofrer mutação, aumentando ou diminuindo em um estado com probabilidade B. Vamos assumir o modelo de mutação¿stepwise¿ de um passo para desenvolver as medidas de distância baseadas nos desvios absolutos e quadráticos. Propõe-se dois testes de homogeneidade, um baseado na medida de distância dos desvios quadráticos e outro na dos devios absolutos. Suas distribuições assintóticas são estudadas utilizando-se a teoria de Estatística U. Para verificar os resultados analíticos com respeito a distribuição assintótica, um modelo de simulação foi aplicado baseado no modelo de mutação ¿stepwise¿ de um passo e na teoria de coalescência. Os testes de homogeneidade são aplicados a dados reais com o interesse de verificar se existe ou não diferença na variação do número de repetições para os grupos definidos pela etnia e o índice de alcolismo (ALDX1) em um determinado locus / Abstract: In this work, the main interest is to study the measures of genetic distance for microsatelliteloci based on the absolute and the quadratic diferences under the it stepwise mutation model. The study in microsatellite has become the mainstay due to its importance to developgenetic map. Therefore, one suggests a model to explain the mutation that occurs inthe repeated sequence (microsatellite loci), called ¿stepwise¿ mutation model. The modelassumes that in each generation, each allele can mutate to another allelic class. In thesimplest case, which we call the ¿one-step model¿, ones assumes that the allele can increaseor decrease by one unit with probability B. We assume the one-step model to develop themeasures of genetic distance based on absolute and quadratic differences. We suggest two types of homogeneity tests, one based in the measure of quadraticdistance and the other based in the absolute distance. Its asymptotic distributions aregoing to be study using U-statistics theory. In order to certify the analytical results about the asymptotic distribution, a simulation study based on one-step mutation model and coalescence theory was employed. An application using real microsatellite data was performed in order to verify if there are differences in the distribution in the repeat sequence among groups de_ned by ethnicity and alcoholism index (ALDX1) in a determined locus using the homogeneity tests / Mestrado / Bioestatistica / Mestre em Estatística

Orientador: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-09T08:21:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rosa_AlineCoelhoda_M.pdf: 1020874 bytes, checksum: 5958193e586711ee1cf0c5fe30134718 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Este trabalho consiste na construção de uma biblioteca genômica enriquecida em microssatélites e na caracterização de dez locos polimórficos para a espécie Haematobia irritans irritans (Diptera: Muscidae), popularmente conhecida como mosca-dos-chifres, um ectoparasita de grande importância econômica para a pecuária de diversos países, principalmente no Brasil. A biblioteca genômica enriquecida em microssatélites teve um rendimento de 67% considerando-se o número de microsatélites (contendo mais de 7 repetições em série) caracterizados em um total de 109 sequências analisadas. Um rendimento de 22% foi encontrado referente à obtenção de 16 locos potencialmente informativos. Dos microssatélites identificados nesta análise, 85% possuíam motivos (CA)n e apenas 12% apresentaram motivos (GA)n, apesar da biblioteca ter sido enriquecida para ambos os motivos. Neste projeto, dez locos polimórficos de microssatélites foram descritos para a espécie H. irritans. Destes, oito locos apresentaram motivos dinucleotídeos, sendo cinco motivos (CA)n e três motivos (GA)n, além da identificação de um loco com motivo trinucleotídeo (CAA)7 e um tetranucleotídeo (CCGT)6. Entre os dez locos polimórficos, o número de alelos por loco variou entre dois e oito, tendo uma média de quatro alelos por loco, considerados um número baixo quando comparado com outras espécies de dípteros. As heterozigosidades esperada e observada apresentaram um intervalo de 0,1421-0,7702 e 0,1500-0,6750, respectivamente. Os valores de heterozigosidade também foram considerados baixos, sendo inferiores a 0,5 em pelo menos três locos. Após correção seqüencial de Bonferroni, oito locos não apresentaram desvios significativos pelo esperado por Hardy-Weinberg, bem como não foi verificado desequilíbrio de ligação entre os pares de locos. A caracterização destes marcadores microssatélites polimórficos, é potencialmente informativa para elucidar questões evolutivas envolvendo H. irritans como a compreensão da dinâmica populacional e estrutura genética desta espécie. A análise deste marcador molecular poderá orientar projetos de manejo e controle da mosca-dos-chifres / Abstract: The aim of this work was the construction of a genomic microsatelliteenriched library for the species Haematobia irritans irritans (Diptera: Muscidae), commonly known as ¿horn fly¿, an ectoparasite of great economic importance world-wide, and particularly in Brazil. Here we describe ten polymorphic microsatellite loci isolated from this species. From a complete set of 109 sequences analised, 67% contained microsatellites regions (considering sequences with more than 7 repeats). The analysis of these sequences resulted in the identification of 16 potentially informative microsatellites loci (an efficience of 22%). Regarding the composition of the microsatellites sequenced retrived in this process, 85% have (CA)n motifs and only 12% have (GA)n motifs, despite enrichment on both. From the ten polymorphic microsatellite loci isolated from H. irritans, 8 have dinucleotide motifs (5 (CA)n and 3 (GA)n), one was a trinucleotide motif (CAA)7 and one was a tetranucleotide motif (CCGT)6. The number of alleles per locus ranged from two to eight, with an average of four alleles per locus. This number of alleles was considered low if compared with other dipterans studies. The expected and observed heterozigosities ranged from 0,1421 to 0,7702 and 0,1500 to 0,6750, respectively. Heterozigosity values were considered low. In this analysis, at least three loci presented heterozigosity values under 0,5. After sequential Bonferroni correction, significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was found for 2 loci. No linkage disequilibrium was observed between pairs of loci after correction for multiple tests. The characterization of these polymorphic microsatellites markers is potentially informative to investigate evolutionary questions regarding H. irritans populations by providing fundamental insights into population dynamics and genetic structure. Further projects on horn flies control and management could also benefit from this molecular marker analysis / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T21:43:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Peres_ElenArroyo_M.pdf: 3413124 bytes, checksum: 396b939134071fb3306c13d15c7080d9 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A Mata Atlântica e uma das mais importantes florestas tropicais do mundo e, devido a sua grande riqueza de espécies e altas taxas de endemismo, e considerada um hotspot mundial para conservação. Entretanto, o bioma tem sido intensamente devastado nos últimos 500 anos, ficando restrito a pequenos fragmentos isolados. A fragmentação do habitat pode afetar diretamente a biodiversidade, já que o tamanho dos fragmentos e a conectividade entre eles exercem grande influencia sobre a estrutura das populações. Embora não tenha efeitos previsíveis sobre a variabilidade genética das espécies, a subdivisão do habitat favorece a ação da deriva genética e, conseqüentemente, o acumulo de divergências entre as populações locais, caso o fluxo gênico entre elas seja diminuído. Assim, as conseqüências da fragmentação dependem da habilidade de migração dos indivíduos entre fragmentos, o que e influenciado pelas propriedades especificas da matriz, pela distancia entre os fragmentos e pela capacidade de dispersão de cada espécie. Sendo um grupo bastante variável quanto aos meios de dispersão, as aranhas constituem um bom modelo para o estudo da fragmentação. O objetivo deste trabalho foi investigar, por meio de PCR-RFLP do mtDNA, a variabilidade genética e estrutura populacional da aranha Araneus venatrix dentro e entre cinco fragmentos de Mata Atlântica do Estado de São Paulo, alem de inferir os prováveis processos evolutivos responsáveis pela distribuição dos haplóipos na região estudada. Foram observados altos índices de variabilidade, o que pode estar relacionado ao habito de forrageamento e comportamento social da espécie. A fragmentação do habitat parece afetar a diversidade genética, apesar de não haver correlação significativa entre tamanho do fragmento e variabilidade, sugerindo que fatores como grau de conservação dos fragmentos e conectividade entre eles também são importantes para a variabilidade genética na espécie. A forte estruturação populacional encontrada sugere que a capacidade de dispersão de A. venatrix e relativamente limitada a longas distancias, ao menos entre as fêmeas. A migração dos indivíduos também pode ter sido prejudicada pela fragmentação do habitat, já que a matriz urbano-industrial e agrícola entre os fragmentos pode ter aumentado o isolamento de algumas populações. As analises fitogeográficas não apontaram para eventos históricos de fragmentação ou expansão demográfica recente entre as populações de A. venatrix, sugerindo que a distribuição dos alótipos provavelmente se deve a restrições ao fluxo gênico entre as populações, sendo influenciada posteriormente pelos efeitos da fragmentação antropica do habitat. / Abstract: Brazilian Atlantic Forest is considered a biodiversity hotspot due to its high pecies richness and endemism. However, this biome has been intensively depleted in the last 500 years, and now the remains are found in more or less isolated patches of different sizes. Habitat fragmentation may directly affect biodiversity once patch size and connectivity play important roles in the structure of communities. Though the genetic effects of habitat subdivision cannot be predicted, it may promote random genetic drift and interpopulational divergence when gene flow is reduced or absent. Therefore, the consequences of habitat fragmentation depend on the dispersal ability of each species, which may be influenced by the properties of the surrounding matrix and the distance between fragments. Spiders are a very diverse group regarding dispersal behavior and, hence, represent a suitable model for fragmentation studies. The aim of this work was to investigate, with analysis of mtDNA PCR-RFLP, intra and interpopulational genetic variability and structure of the spider Araneus venatrix in five patches of Brazilian Atlantic Forest. We discuss the likely evolutionary processes responsible for haplotypes distribution in this region. High levels of genetic diversity were observed, which may be related to species' foraging and social behavior. Habitat fragmentation also seems to affect genetic variance, although no significant correlation between variability and patch size was found, suggesting that levels of disturbance and patch connectivity may also be important for the species genetic diversity. High levels of populational structure reveal limited dispersal ability in A. venatrix, at least among females. Migration may also be affected by fragmentation, since the urban and agroecossystem matrix could isolate some of the patches. Phylogeographic analysis did not indicate fragmentation historic events or demographic expansion in A. venatrix populations, suggesting that the distribution of haplotypes is probably due to restricted gene flow and isolation by distance, influenced by antropogenic habitat fragmentation. / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-16T14:11:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Antonio Saulo Cunha Machado.pdf: 1630078 bytes, checksum: 9018338e35f4ebb5375871ef5c348e75 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-16T14:11:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Antonio Saulo Cunha Machado.pdf: 1630078 bytes, checksum: 9018338e35f4ebb5375871ef5c348e75 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-16T14:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Antonio Saulo Cunha Machado.pdf: 1630078 bytes, checksum: 9018338e35f4ebb5375871ef5c348e75 (MD5) Previous issue date: 2013-12-06 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The great catfish Pseudoplatystoma punchier (surubim) is among the five species of catfish of the Amazon basin with greater commercial value. It plays important role as top predator in freshwater ecosystems of the Amazon. The movement of aquatic species, in watersheds, can be interrupted by natural biogeographic barriers, formed by rapids and waterfalls that produce distinct biota.There are clear differences between the biota (assemblies) of fish in the area that is upstream and downstream of the falls of the Madeira Rive. The waterfalls of Madeira River delimit two distinct regions: upstream the sub-basins of the Mamore/Guapore (which will be called the Mamore/Guapore sub-basin) and downstream the sub-basin of the Madeira River.The knowledge of how the life cycle of P. punchier is influenced by the Madeira River rapids and waterfall, taking into account their migratory route and how much genetic variation occurs in this species, within and between sub-basins, is very important for the conservation and for possible management measures. Molecular analyzes were performed by sequencing the COI gene of mtDNA and 10 microsatellite loci. Our objective was to determine whether P. punchier constitutes a parunitic population or if there is some kind of genetic segregation, associated with space and time, which can be related to the waterfalls of the river Madeira or the homing behavior. Were analyzed 96 specimens with the COI gene and 99 with microsatellite loci from six localities, being two in the the Mamore/Guapore sub-basin and four in the sub-basin of the Madeira River, both in the Amazon basin. With the COI marker were observed 11 haplotypes, a haplotype diversity of 0.600 and a nucleotide diversity of 0.00157. All analyzed microsatellite loci were highly polymorphic, the number of alleles per locus ranging from two (Ppu8) to 22 (Ppu4), on average 10.4 alleles per locus. The total number of observed alleles was 104, with 27 unique alleles. Based on the results of the analysis of molecular variance (AMOVA) and gene flow (Nm) observed between the sub-basins to the microsatellite (PST = 0.067; Nm= 6.883) and for the gene COI ((DST = 0.391; Able 0.643), we cannot reject the hypothesis of panmixia for Pseudoplatystoma punchier. However, it was evidenced that the specimens of P. punchier of Madeira River and Mamore/Guapore sub-basins feature a large genetic differentiation and intermediate for the gene COI and microsatellites, respectively. Genetic differentiation observed in Bayesian analysis of BAPS, with the COI data clearly showed the existence of two maternal lines, an in each sub-basin. This result may be related to: sedentary females; the different environmental conditions; the water regime of the Madeira River and Mamore/Guapoth sub-basins and with rapids and waterfalls and of the Madeira River, which partially disrupt the gene flow. We propose a model of migration of males on the basis of the results of the analysis of microsatellite loci and prior studies of ecology. Our results indicated the occurrence of two fishing stocks, which require separate management or priority for conservation. However, anthropogenic actions in the area of study, such as: the construction of dams, deforestation and the fishing exploitation, make the complex conservation and management measures. / O grande bagre Pseudoplatystoma punctifer (surubim) está entre as cinco espécies de bagres da bacia Amazônica com maior valor comercial. Desempenha importante papel como predador de topo nos ecossistemas de água doce da Amazônia. O movimento das espécies aquáticas, nas bacias hidrográficas, pode ser interrompido por barreiras biogeográficas naturais formadas por comedeiras e cachoeiras que produzem biotas distintas. Existem diferenças claras entre as biotas (assembléias) de peixes da área que fica à montante e à jusante das cachoeiras do rio Madeira. As cachoeiras do rio Madeira delimitam duas regiões distintas: à montante, a sub-bacia dos rios Mamoré/Guaporé (que será chamada de sub-bacia do Mamoré/Guaporé) e à jusante, a sub-bacia do rio Madeira. O conhecimento de como o ciclo de vida de P. punctifer é influenciado pelas corredeiras e cachoeiras rio Madeira, levando em consideração a sua rota migratória e o quanto de variação genética ocorre nesta espécie, dentro e entre as sub-bacias, é muito importante para a conservação e para possíveis medidas de manejo. Foram realizadas análises moleculares através do sequenciamento do gene CO1 do DNA mitocondrial e de 10 !ocos microssatélites. O objetivo foi verificar se P. punctifer constitui uma população panmítica ou se existe algum tipo de segregação genética que possa ser relacionada com as cachoeiras do rio Madeira. Foram analisados 96 espécimes com o gene CO1 e 99 com os locos microssatélites, de seis localidades, sendo duas na sub-bacia do Mamoré/Guaporé e quatro na sub-bacia do rio Madeira, ambas na bacia Amazônica. Com o marcador CO1 foram observados 11 haplótipos, uma diversidade haplotípica de 0,600 e uma diversidade nucicotídica de 0,00157. Todos os !ocos microssatélites analisados foram altamente polimórficos, com o número de alclos por loco variando de dois (Ppu8) a 22 (Ppu4), em média 10,4 alclos por loco. O número total de alclos observados foi de 104, com 27 alclos exclusivos. Com base nos resultados da análise de variância molecular (AMOVA) c de fluxo gênico (Nm) observados entre das sub-bacias, para os microssatélites (FsT = 0,067; Nm= 6,883) e para o gene CO1 (0sT= 0,391; Nm= 0,643), não podemos rejeitar totalmente a hipótese de panmixia para Pseudoplatystoma punctifer. No entanto, foi evidenciada que os espécimes de P. punctifer das sub-bacias do rio Madeira e do Mamore/Guaporé apresentam uma diferenciação genética grande e intermediária para o gene CO1 e microssatélites, respectivamente. A diferenciação genética observada na análise baycsiana do programa BAPS, com os dados de CO1, mostrou claramente a existência de duas linhagens maternas, uma em cada sub-bacia. Este resultado pode estar relacionado com: o sedentarismo das fêmeas; as diferentes condições ambientais; o regime hídrico das sub-bacias do rio Madeira e do Mamoré/Guaporé e às corredeiras e cachoeiras do rio Madeira, que interrompem parcialmente o fluxo gênico. Propomos um modelo de migração dos machos, tendo como base os resultados da análise dos locos microssatélites e estudos prévios de ecologia. Nossos resultados indicaram a ocorrência de dois estoques pesqueiros, que precisam gestão separada ou prioridade para conservação. No entanto, as ações antropogênicas na área de estudo, tais como: a construção das hidrelétricas, o desmatamento e a exploração pesqueira, tomam as medidas de conservação e manejo complexas.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:43:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Bernardes - 2014.pdf: 2035312 bytes, checksum: 8b960a119417d6138d7c9fbbdf6c6ad0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:46:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Bernardes - 2014.pdf: 2035312 bytes, checksum: 8b960a119417d6138d7c9fbbdf6c6ad0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T10:46:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Bernardes - 2014.pdf: 2035312 bytes, checksum: 8b960a119417d6138d7c9fbbdf6c6ad0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Molecular markers are identifiable DNA sequences found at specific sites in the genome and transmitted by the standard laws of inheritance from one generation to the next. Markers known as microsatellite are indicated for genetic population analysis; due they are widely distributed in the genome and their high polymorphic information content per locus. To support different management practices, genebanks, conservation studies is important to perform the analysis of genetic variability in natural populations of the species of interest. In the biome Cerrado there are inumerous medicinal and fruit trees that are used in a extractive way, among them are those of the gender Byrsonima sp. popularly known as murici, belonging to the family Malpighiaceae. In Brazil presents about 70 species with wide distribution in the Cerrado. The murici is a multi- potential plant and although not be domesticated, its economic exploitation can be viable. In this context, the objective was to develop a set of microsatellite markers for species Byrsonima cydoniifolia A. JUSS. and test the potential transferability of this set of markers for species Byrsonima crassifolia L. Kunth. The microsatellite regions were isolated using genomic libraries enriched for repetitive regions and then they were used for primer design. Using the primers designed temociclagem conditions were tested and the products were characterized using the DNA of 90 individuals of B. cydoniifolia and 24 indivuduals of B. crassifolia. Of these, 14 loci were polymorphic and 3 monomorphic in three populations of B. cydoniifolia. The number of alleles ranged from 3 to 17, with an average of 10.45 alleles per locus. The observed heterozygosity was similar to the expected heterozygosity, the values ranged from 0.20 to 0.92 and 0.43 to 0.92; respectively. 39 private alleles were identified. This set of markers showed high combined probability of paternity exclusion (Q) equal to 0.999 and combined probability of identity (I) equal to I=7.84x10-1. The global values for the fixation index (FIS) were not significant (P<0.05), whereas the values of FST=0,082 and FIT=0,143 were significant. For Byrsonima crassifolia species, nine pairs of primers produced good patterns of cross amplification in the study population, with a mean of 7.56 alleles per locus. The observed heterozygosity ranged from 0.250 to 0.958, which was higher than the expected heterozygosity ranging from 0.223 to 0.905. The combined probability of paternity exclusion (Q) was equal to 0.99847 and high combined probability of identity equal to 6.42x10-9. The strategy of development of microsatellite markers from the genomic library enriched methodology was efficient to generate a panel with eleven polymorphic microsatellite markers for B. cydoniifolia and nine polymorphic microsatellite markers successfully transferred to B. crassifolia, providing a useful tool for population genetic studies not only for the species B. cydoniifolia and B. crassifolia, but possibly for other related species evolutionarily. / Marcadores moleculares são sequências de DNA identificáveis, encontrados em locais específicos do genoma e transmitidos pelas leis padrão de herança de uma geração para a seguinte. Os marcadores moleculares conhecidos como microssatélites são indicados para análises genético-populacionais, por serem amplamente distribuídos no genoma e apresentarem alto conteúdo de informação polimórfica por loco. Para subsidiar diferentes práticas de manejo, bancos de germoplasma e estudos de conservação é importante realizar a análise da variabilidade genética nas populações naturais das espécies de interesse. No bioma Cerrado encontram-se inúmeras espécies medicinais e frutíferas que são utilizadas de forma extrativista, dentre elas estão as do gênero Byrsonima sp., conhecidas popularmente como murici, que são pertencentes à família Malpighiaceae. No Brasil, existem cerca de 70 espécies com ampla distribuição no Cerrado. O murici é uma planta de múltiplas potencialidades e apesar de não ser domesticada, a sua exploração econômica apresenta potencial. Nesse contexto, o objetivo do trabalho foi desenvolver um conjunto de marcadores microssatélites para a espécie Byrsonima cydoniifolia A. JUSS. e testar o potencial de transferibilidade deste conjunto de marcadores para a espécie Byrsonima crassifolia L. Kunth. As regiões microssatélites foram isoladas utilizando bibliotecas genômicas enriquecida para regiões repetitivas e, posteriormente, as mesmas foram utilizadas para o desenho de primers. A partir dos primers desenvolvidos foram testadas condições de temociclagem e seus produtos foram caracterizados utilizando o DNA de 90 indivíduos de B. cydoniifolia e 24 indivíduos de B. crassifolia. Das 60 sequências obtidas, foi possível identificar 22 regiões microssatélites e desenhar pares de primers para 17. Destes, 14 locos apresentaram polimorfismo e três foram monomórficos em três populações de B. cydoniifolia. O número de alelos variou de 3 a 17, com uma média de 10,45 alelos por loco. A heterozigosidade observada foi semelhante à heterozigosidade esperada, com os valores variando de 0,20 a 0,92 e 0,43 a 0,92, respectivamente. Foram identificados 39 alelos privados. Este conjunto de marcadores apresentou alta probabilidade combinada de exclusão de paternidade (Q) igual a 0,999 e probabilidade de identidade combinada (I) igual a I=7,84x10-1. Os valores globais obtidos para o índice de fixação (FIS) não foram significativos (P<0,05), enquanto que os valores de FST=0,082 e FIT=0,143 foram significativos. Para a espécie Byrsonima crassifolia, nove pares de primers produziram bons padrões de amplificação cruzada na população avaliada, apresentando uma média de 7,56 alelos por loco. A heterozigosidade observada variou de 0,250 a 0,958, maior do que a heterozigosidade esperada, que variou de 0,223 a 0,905. A probabilidade combinada de exclusão de paternidade (Q) foi alta igual a 0,998 e a probabilidade combinada de identidade igual a 6,42x10-9. A estratégia de desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir da metodologia de biblioteca genômica enriquecida foi eficiente para gerar um painel com onze marcadores microssatélites polimórficos para B. cydoniifolia e nove marcadores microssatélites polimórficos transferidos com sucesso para B. crassifolia, disponibilizando uma ferramenta útil para estudos genético-populacionais não só para as espécies B. cydoniifolia e B. crassifolia, mas possivelmente para outras espécies próximas evolutivamente.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-16T17:09:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Monik Oprea - 2013.pdf: 1967380 bytes, checksum: 406bdd6925672cd697798a30f89bc4d5 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-16T17:32:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Monik Oprea - 2013.pdf: 1967380 bytes, checksum: 406bdd6925672cd697798a30f89bc4d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-16T17:32:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Monik Oprea - 2013.pdf: 1967380 bytes, checksum: 406bdd6925672cd697798a30f89bc4d5 (MD5) Previous issue date: 2013-06-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Microsatellite markers are important tools for molecular ecology studies, particularly for bats, whose information is difficult to obtain through direct observations. In the first chapter, we conducted searches for scientific articles about the use of microsatellite markers in bats in order to evaluate the current knowledge about the genetic patterns and also to unravel sociological aspects of this knowledge. We found that the use of microsatellite markers to study bats is quite new and little spread. Many questions in molecular ecology can be addressed with a limited number of polymorphic markers, such as microsatellites. This will not only contribute to the knowledge of the species biology, but also to design effective strategies for conservation of bat species. In the second chapter, we report the development and characterization of ten microsatellite loci for the bat Glossophaga soricina isolated from a shotgun genomic library. Among 67 individuals, the number of alleles per locus ranged from 2 to 20, and the observed and expected heterozygosity ranged from 0.015 to 0.606 and from 0.016 to 0.915, respectively. The high combined probability of genetic identity (4.369x10-8) and probability of paternity exclusion (0.996) showed that the microsatellite loci are useful for population genetic structure and detailed parentage studies in natural populations of G. soricina. In the third chapter, we used the nine developed microsatellite loci and spatially explicit analysis to unravel population genetic structure and how landscape features affected genetic diversity of G. soricina at 17 localities in the Brazilian Cerrado. Our results showed that G. soricina populations already have higher inbreeding in fragmented landscapes in small geographic scales. Also, some pairs of populations showed genetic discontinuity as the outcome of landscape modification. / Marcadores microssatélites são ferramentas importantes para estudos de ecologia molecular, principalmente para estudos sobre morcegos, cujas informações são difíceis de acessar através de observações diretas. No primeiro capítulo, buscamos artigos científicos sobre o uso de microssatélites em morcegos para avaliar o conhecimento atual dos padrões genéticos e revelar os aspectos sociológicos desse conhecimento. Nós observamos que o uso de marcadores microssatélites é relativamente recente e ainda pouco difundido. Muitas questões em ecologia molecular poderiam ser respondidas com um número limitado de marcadores moleculares, como os microssatélites. Isso não só contribuiria para o conhecimento da biologia, mas também para desenhar estratégias efetivas para conservação das espécies de morcegos. No segundo capítulo, apresentamos o desenvolvimento e caracterização de dez locos de microssatélites para o morcego Glossophaga soricina, isolados a partir de uma biblioteca shotgun. Foram analisados os genótipos de 67 indivíduos, sendo que o número de alelos por locos variou de 2 a 20, e a heterozigozidade observada e esperada variaram entre 0.015 a 0.606 e entre 0.016 a 0.915, respectivamente. A alta probabilidade de identidade genética (4.369x10-8) e a probabilidade de exclusão de paternidade (0.996) mostraram que os locos de microssatélites desenvolvidos são úteis para estudos de estrutura genética e paternidade em populações naturais de G. soricina. No terceiro capítulo, foram usados nove locos de microssatélites desenvolvidos, juntamente com análises espacialmente explícitas para acessar a estrutura genética, e verificar como as características da paisagem afetam a diversidade genética de G. soricina em 17 localidades do Cerrado brasileiro. Nossos resultados mostraram que populações de G. soricina já apresentam altos índices de endogamia em paisagens fragmentadas em pequenas escalas geográficas. Além disso, alguns pares de populações apresentaram descontinuidade genética como resultado da modificação da paisagem.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-07-28T19:07:37Z No. of bitstreams: 2 Tese - Rosana Talita Braga - 2016.pdf: 2100004 bytes, checksum: 888ddcc97f7af7b38c2dc63d5383d0d7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-01T13:19:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Rosana Talita Braga - 2016.pdf: 2100004 bytes, checksum: 888ddcc97f7af7b38c2dc63d5383d0d7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-01T13:19:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Rosana Talita Braga - 2016.pdf: 2100004 bytes, checksum: 888ddcc97f7af7b38c2dc63d5383d0d7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Spatial patterns of population abundance: a review of predictions and theoretical models in ecology and biogeography: The search for mechanisms influencing population demographic patterns has continuously increased. The early models described how closed populations performed, considering only local demographic attributes. However, the spatial configuration and dispersal rates in demographic patterns become determinant factors for understanding patterns of distribution and abundance. As a result, spatially explicit models have been improved to be analytically tractable by using computer simulations. Because species are not infinitely disperse, here I investigated the theoretical predictions to understand what determine range boundaries and distribution patterns, as well as abundance patterns over species ranges. I conclude that empirical studies are crucial to a more accurate understanding of population dynamics along space and time to validate the theoretical predictions made about the geographic distribution of species. / Ao longo da história da ecologia, predições e modelos teóricos sobre mecanismos estruturadores dos padrões demográficos populacionais se intensificaram. Inicialmente, os modelos desenvolvidos ocupavam-se em descrever como populações fechadas se comportavam considerando unicamente atributos demográficos que ocorrem localmente. Posteriormente, tornou-se claro que considerar também a configuração do espaço bem como as taxas de dispersão nos modelos demográficos eram fatores determinantes para compreender padrões de distribuição e abundância. Diante destes avanços, modelos espacialmente explícitos vêm sendo desenvolvidos e aprimorados, sendo eles analiticamente tratáveis ou provenientes de simulações computacionais. Como as espécies não se dispersam infinitamente, elucidei também predições teóricas sobre o que determina o limite de distribuição geográfica (distribuição geográfica) e que padrões de distribuição de abundância são esperados ao longo da distribuição geográfica de uma espécie. Testes empíricos para aprimorar a compreensão da dinâmica populacional (temporal e espacial) é urgentemente necessária para validar as predições teóricas feitas a respeito da distribuição geográfica das espécies.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-10-18T14:14:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly da Silva e Souza - 2016.pdf: 2710469 bytes, checksum: cbe461f0d7a743f38a8a7043c982acf0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-10-18T16:44:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly da Silva e Souza - 2016.pdf: 2710469 bytes, checksum: cbe461f0d7a743f38a8a7043c982acf0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-18T16:44:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly da Silva e Souza - 2016.pdf: 2710469 bytes, checksum: cbe461f0d7a743f38a8a7043c982acf0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / To understand how landscape features spatially affect the genetic structure of a population , we propose the creation of resistance surfaces using an approach Pattern Oriented Modeling of genetic divergence (FST parwise) among baru populations (Dipteryx alata). To compose the resistance surface, we employed land use layers in an area of 25 baru populations, generating 10000 resistance surfaces with randomized cost values between 0 and 100. We use these surfaces to calculate matrices pairwise effective resistance to the circuitscap. Mantel test and its variations revealed a correlation of FST parwise with geographical distance of 0.48. The correlation between FST pairwise and the resistance matrices ranged between r = -0.2019 and r= 0.6736. We used multiple regression matrices to select the best (most satisfactory) models through Akaike (AIC). Three models were selected to contain the parameters that best explain the genetic divergence with ΔAIC below three. The ΔAIC values were used to calculate the AIC-weight (WI) and evaluate the individual contribution of each parameter in the selected surfaces. The selected models suggest that the areas with lower resistance are characterized as Savanna Arboreo Dense and Savanna Grassy Woody. Roads, big rivers, and agricultural lands cause higher resistance. / Para entendermos como as características da paisagem afetam espacialmente a estrutura genética populacional, propomos a criação de superfícies de resistência utilizando uma abordagem de Modelagem Orientada pelo Padrão da divergência genética (FST) entre as populações de baru (Dipteryx alata), uma árvore amplamente distribuída na região do Cerrado do Brasil Central. Para compor as superfícies de resistência, utilizamos camadas de uso da terra na área em que as 25 populações de baru em estudo estão inseridas. Geramos 10 mil superfícies de resistência com valores de custo aleatorizados entre 0 e 100 em intervalos de 1. Usamos essas superfícies para calcular matrizes de resistência efetiva par-a-par com o circuitscape, um programa que calcula os valores de resistência fazendo uma analogia entre a conectividade elétrica e os dados genéticos da espécie em estudo. Calculamos testes de Mantel e suas variações entre o FST e cada uma das matrizes de resistências. A correlação do FST par-a-par com a distância geográfica, foi de 0,48. Para a correlação entre FST par a par e as matrizes de resistência, os testes de Mantel resultaram em coeficientes de correlação variando entre r = -0,2019 e r = 0,6736. Usamos a regressão múltipla de matrizes para seleção dos melhores modelos pelo critério de Akaike (AIC). Três modelos foram selecionados como sendo os que contém os parâmetros que melhor explicam a divergência genética pelo critério de Akaike com ΔAIC menor que 3. Os valores ΔAIC foram usados para calcular o peso do AIC em cada modelo (wi) e foram utilizados para avaliar a contribuição individual de cada parâmetro nas superfícies selecionadas. Modelos selecionados sugerem que as áreas com menor resistência são as caracterizadas por Cerrado de Savana Arbóreo Densa (cerradão) e Savana Gramíneo Lenhosa (campo limpo). As estradas, grandes rios e áreas agrícolas do Cerrado causam maior resistência.

O MHC (Major Histocompatibility Complex) é um sistema genético importante para a manutenção de espécies ameaçadas, uma vez que baixa variabilidade para locos MHC tem sido associada a uma menor capacidade de resposta a doenças e diminuição do sucesso reprodutivo. Deste modo, pesquisas sobre a variabilidade genética do MHC têm demonstrado ser bastante informativas em estudos populacionais voltados para aspectos referentes à conservação. No presente trabalho foi investigada a variabilidade genética do MHC para três espécies de mamíferos marinhos (toninha, baleia franca austral e lobo marinho sul-americano) do sul do Brasil, com intensa mortalidade provocada por atividades humanas atuais ou passadas. As amostras foram coletadas de animais mortos encalhados na costa, de animais capturados acidentalmente por barcos pesqueiros, e também através de um sistema de biópsia. A região variável do exon 2 do gene DQB do MHC foi amplificada por PCR (Polymerase Chain Reaction) em 109 amostras de toninhas (Rio de Janeiro n=32, Rio Grande do Sul n=52, Argentina n=25), 35 amostras de lobo marinho sul-americano e 30 amostras de baleia franca austral, utilizando-se um par de primers heterólogos. O fragmento resultante de 172 pares de bases foi analisado quanto ao polimorfismo de seqüência através da técnica de SSCP (Polimorfismo de Conformação de Fita Simples) em todas as amostras de toninha e de lobo marinho sul-americano e 14 amostras de baleia franca austral. Dificuldades associadas à amplificação resultaram em padrões de SSCP pouco informativos para as amostras de lobo marinho sul-americano e baleia franca austral Todas as amostras de toninha apresentaram um padrão de pelo menos 4 bandas por indivíduo. As 4 bandas de um único indivíduo do Rio Grande do Sul foram seqüenciadas, tendo sido possível verificar que 2 seqüências relacionadas ao genes DQB estão sendo amplificadas com estes primers. Pelas análises de SSCP foi possível detectar ausência de variabilidade para as amostras de toninha provenientes do Rio de Janeiro e diferenciá-las da população da Argentina, que é polimórfica. A população do Rio Grande do Sul parece apresentar níveis intermediários de variação em relação aos extremos da distribuição da espécie. Analisando as três populações amostradas, conclui-se que a espécie apresenta baixos níveis de variabilidade para o loco DQB, a exemplo do que é reportado para os genes de MHC de outros mamíferos marinhos.