Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.

Dentre os vários marcadores genéticos existentes, alguns SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) podem estar associados à determinação de uma série de características fenotípicas (cor de pele, olhos e cabelos, estatura, forma do rosto, espessura do fio de cabelo) tendo sua predição um grande valor nas investigações forenses. Dentre os principais genes conhecidos por controlarem a pigmentação humana, através da produção da melanina, o SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) e o MC1R (melanocortin 1-receptor) apresentam um papel fundamental na melanogênese. O advento do sequenciamento de nova geração permitiu o processamento de várias regiões genômicas e indivíduos simultaneamente, aumentando a disponibilidade e precisão de dados de genomas completos, como alcançado em estudos como o 1000 Genomes Project. Nossas análises preliminares demonstraram que os dados de Fase 3 do 1000 Genomes são muito mais confiáveis do que as versões anteriores. Com esses dados, obtidos para 26 populações globais, foram realizadas análises populacionais (diversidade haplotípica, desequilíbrio de ligação, redes de haplótipo e de variância molecular) para os genes MC1R e SLC24A5 a fim de se compreender melhor seus padrões de diversidade, correlacionando-os à prováveis eventos de seleção natural que tenham moldado sua história evolutiva, como por exemplo a intensidade da radiação UV nas diferentes regiões geográficas. Alguns padrões foram encontradas entre os grupos africano, europeu e asiático, de acordo com a história evolutiva já descrita para estes grupos. Apesar disso, foi observado um padrão claro de varredura seletiva para o SLC24A5 nos resultados obtidos, como o alto desequilíbrio de ligação e baixa diversidade haplotípica. As análises da diversidade do SLC24A5 associadas com as zonas de incidência UV, no entanto, não apresentaram uma correlação clara entre a intensidade da radiação UV e a diversidade haplotípica / Among the various existing genetic markers, some SNPs may be associated with the determination of a series of phenotypic characteristics (skin, eyes and hair color, height, face shape, hair thickness) and its prediction could have a great value in forensic investigations. Among the major genes known to control human pigmentation through melanin production, SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) and MC1R (melanocortin-1 receptor) have a major role in melanogenesis. The advent of next-generation sequencing has enabled processing of several individuals and genomic regions simultaneously while increasing the availability and accuracy of whole genomes data, such as 1000 Genomes Project has achieved. Our preliminary analysis showed that Phase 3 data from the 1000 Genomes are far more reliable than previous versions. Using this data, obtained for 26 global populations, several analyzes were performed (haplotype diversity, linkage disequilibrium, haplotype networks and molecular variance) for MC1R and SLC24A5 in order to better understand their diversity patterns, correlating them to natural selection events which may have shaped their evolutionary history, such as UV radiation intensity in different geographical regions. Some patterns were found between African, European and Asian groups, according to the evolutionary history already described for these groups. Nevertheless, a strong pattern of selective sweep was observed for SLC24A5 in our data, such as high linkage disequilibrium and low haplotype diversity. Analysis of SLC24A5 diversity associated to UV, however, did not show a clear correlation between the UV radiation intensity and haplotype diversity

Nannotrigona testaceicornis é uma espécie de abelha sem ferrão sendo que seus ninhos são largamente encontrados na zona urbana. Os meliponíneos estão entre os principais polinizadores da flora brasileira, no entanto, muitas espécies estão seriamente ameaçadas de extinção em consequência da perda do habitat e isolamento causados principalmente pelo desmatamento, uso indiscriminado de defensivos agrícolas e grandes queimadas, pois tais alterações resultam em ecossistemas fragmentados, formando mosaicos de vegetação remanescente, mergulhados numa paisagem antropizada. Nesse processo, grandes populações são reduzidas e subdivididas, o que pode acarretar alterações ecológicas e genéticas. Estudos populacionais de espécies de meliponíneos ainda são muito escassos, fazendo-se necessário a ampliação desses estudos para uma melhor compreensão da dinâmica populacional dessas abelhas. Neste contexto, este trabalho teve como objetivo a realização de um estudo populacional em ninhos amostrados nos estados de São Paulo e Minas Gerais, utilizando-se o mtDNA como ferramenta molecular. As análises através de PCR+RFLP de 05 regiões do mtDNA não revelaram polimorfismos nas populações estudadas, sendo detectado apenas um haplótipo. O estudo através do sequenciamento de um fragmento do gene COI I de sessenta operárias provenientes do campus da USPRP, Ribeirão Preto, Bonfim Paulista, Franca, Campinas, São Paulo, Uberlândia, Várzea da Palma, Viçosa e Caratinga, revelou a presença de cinco haplótipos nas populações amostradas dos quais três eram exclusivos de uma única populaçaõ e um era compartilhado por 70% das populações. A média da diversidade haplotípica (Hd= 0,264), e a diversidade nucleotídica (=0,00386) foram avaliadas revelando uma baixa divergência entre os haplótipos encontrados. As análises estatísticas revelaram que as populações estudadas estão estruturadas em três grupos, sendo esta estruturação um reflexo de eventos antigos em consequência de mudanças climáticas devido às glaciações do Pleistoceno levando a um gargalo populacional e posterior dispersão, juntamente com a barreira geográfica do mosaico de montanhas do complexo da Serra do Espinhaço que isolou duas das populações estudadas (Viçosa e Caratinga) levando à diferenciação das mesmas. / Nannotrigona testaceicornis is a stingless bee species whose nests are widely found in urban regions. The meliponines are among the most important Brazilian flora pollinators, however, many species are in seriously extinction danger due to habitat loss and isolation caused by deforestation, indiscriminate use of agricultural defensives, and great extent burnings. These changes result in fragmented ecosystems, in small extent of land showing residual vegetation, and in a human impacted landscape. In this process, large populations are reduced and subdivided, leading to ecological and genetic changes. Population studies of meliponine species are still scarce, showing the necessity of more investigation to a better understanding of the population dynamics of these bees. In this context, this work aimed to perform a population study in nests sampled in São Paulo and Minas Gerais states, using the mtDNA as a molecular tool. The PCR+RFLP analyses of five mtDNA regions did not show polymorphisms among the studied populations, and just one haplotype was detected. The study through CO I gene fragment sequencing in sixty workers collected in ten different places from the two Brazilian states mentioned above revealed the presence of five haplotypes. Three of them were exclusive to just one population and one was shared by 70% of the studied populations. The average haplotype diversity (Hd= 0.264) and the average nucleotide diversity (=0.00386) were estimated and showed low deviation among the haplotypes. The statistical analyses revealed that the studied populations are structured in three groups. This split may be explained as a consequence of ancient events caused by climatic changes due to Pleistocene glaciations resulting in a population bottleneck and later dispersion; in addition to these, a geographical barrier formed by the Serra do Espinhaço mountain complex, had isolated two of the studied populations (Viçosa and Caratinga), conducing them to differentiation.

O mapeamento associativo em soja tem sido recentemente utilizado como alternativa para o mapeamento de locos envolvidos no controle de características quantitativas em plantas. Dentre as vantagens, a técnica possibilita explorar a variabilidade genética disponível em bancos de germoplasma, permitindo maior resolução para a identificação de novos locos e alelos envolvidos no controle de características quantitativas. Um painel associativo composto por 89 genótipos provenientes de diversas regiões do mundo foi caracterizado em relação a 20 características fenotípicas e 114 marcadores moleculares microssatélites. Foram identificados 905 alelos, com média de 7,94 alelos/loco além de ampla variabilidade fenotípica, incluindo materiais mais produtivos em relação às testemunhas comerciais. Para associação entre marcadores e fenótipos, foi utilizada a abordagem de modelo linear misto (MLM), o qual incorpora informações de estrutura populacional e parentesco. Dos 114 marcadores utilizados, 78 foram responsáveis por 285 associações significativas com base nos diferentes métodos de correção para múltiplos testes, sendo 29 marcadores associados a uma única característica. As características produtividade de grãos, massa de 100 sementes, teor de óleo e teor de proteína foram associadas a 36 marcadores, sendo 30% destas associações previamente descritas na literatura. Algumas destas associações foram selecionadas para verificar o efeito alélico sobre o genótipo observado, gerando informações preliminares para a aplicação futura de seleção assistida por marcadores (SAM). O tamanho dos blocos de ligação foram estimados em ~20 cM (r2 < 0,05) e ~2 cM (r2 < 0,1), sugerindo a necessidade de 140 ou 1.300 marcadores para saturação completa do genoma no caso do painel associativo analisado. Os resultados obtidos deverão ser investigados futuramente a fim de confirmar as associações em diferentes populações. / Association mapping has recently been used in soybean as an alternative to linkage mapping of loci controlling quantitative traits. Among the advantages, the technique allows to explore the genetic diversity available in germplasm banks, which may result in greater resolution for the identification of new loci and alleles. An association panel comprising 89 genotypes from different regions of the world was characterized with using 20 phenotypic traits and 114 microsatellite markers. A total of 905 alleles were identified, with an average of 7.94 alleles / locus, besides a wide phenotypic variability, including more productive genotypes when compared to the commercial checks. Association between markers and phenotypes was performed using a mixed linear approach (MLM), which incorporates information regarding population structure and kinship. Among the 114 markers used, 78 were responsible for 285 significant associations based on different criteria to correct for multiple tests, and 29 markers were associated with a single trait. Seed yield, 100 seeds weight, oil and protein content were associated with 36 markers, with 30% of these associations previously reported in the literature. Some of these associations were selected to determine the allelic effects over the traits, in order to generate preliminary data for marker assisted selections (MAS). Estimated size of haplotype blocks were ~20 cM (r2 <0.05) and ~2 cM (r2 <0.1), suggesting that 140 or 1,300 markers would be necessary to cover the association panel\'s genome. Future studies should confirm marker-trait associations here found using different populations.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Maria Imaculada Zucchi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T01:07:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mori_GustavoMaruyama_D.pdf: 12793055 bytes, checksum: 6364bf6e873c229003959f7098e256c7 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The complete abstract is available with the full electronic document / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral / Dissertação (mestrado) - Universidade EStadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T01:02:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Trad_RafaelaJorge_M.pdf: 22525547 bytes, checksum: ab1b354e662d2efdfd89ddde29c10f86 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O cerrado, uma formacao vegetal tipica do Brasil central, e um dos biomas com maior biodiversidade de especies, sendo classificado como um "hotspot". Atualmente, a acao antropogenica no cerrado tem causado muito desmatamento, ameacando a existencia de muitas especies. Kielmeyera Mart. & Zucc. (Clusiaceae s.l./Calophyllaceae) e um genero com aproximadamente 50 especies, das quais varias ocorrem no cerrado. Morfologicamente o genero e caracterizado por apresentar flores vistosas com corola contorta e numerosos estames, ovario trilocular e capsulas lenhosas com numerosas sementes aladas. Um dos elementos mais conspicuos do cerrado e Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc., uma especie altamente variavel morfologicamente. A especie apresenta a maior amplitude ecologica para o genero e sua distribuicao geografica coincide, em maior parte, com a distribuicao do cerrado. K. coriacea e facilmente reconhecida por apresentar suber espesso, folhas verdes caducas e aglomeradas nos apices dos ramos, padrao de venacao caracteristico e flores alvas e odoriferas. Na ultima revisao realizada para o genero Kielmeyera (Saddi 1982), a circunscricao de K. coriacea foi alterada, mas permaneceu problematica. Visando organizar a variacao, o autor propoe o reconhecimento de duas subespecies e sete variedades, formando o que e conhecido atualmente como "complexo K. coriacea". Faz parte desse complexo tambem a especie K. grandiflora (Wawra) Saddi, considerada antes uma variedade de K. coriacea. Para estudar o complexo o presente trabalho utilizou abordagens taxonomicas convencionais, a anatomica e a genetica. Foram realizadas observacoes de material de herbario e cortes das regioes marginais e medianas de folhas adultas de cinco populacoes, sendo: duas de K. coriacea subsp. coriacea, duas de K. coriacea subsp. tomentosa e uma de K. grandiflora, constituidas por dois individuos cada populacao. Para estudos de genetica populacional foram utilizados 12 pares de primers previamente desenvolvidos a partir de uma biblioteca enriquecida de microssatelites. Os marcadores foram amplificados em 27 populacoes com 20-30 individuos cada. A anatomia estrutural apresentou dois padroes claramente distintos e a genetica populacional indicou grande semelhanca entre os taxons pertencentes ao complexo. Os resultados nao corroboram a proposta de Saddi para taxonomia da espécie / Abstract: The Cerrado, a savanna-like vegetation typical of Central-Brazil, is one of the most species rich biomes of the world. It was classified as a "Biodiversity Hotspot". It is suffering strong anthropogenic pressures of different sources, and quite a number of species is seriously threatened. Kielmeyera Mart. & Zucc. (Clusiaceae s.l./ Calophyllaceae) is a genus of nearly 50 spp., several of which occur in the cerrado. Morphologically, the genus is characterized by large flowers with a contorted corolla and numerous stamens, a 3- locular ovary, and septicidal woody capsules with numerous winged seeds. One of the most common elements of the cerrado is Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc., a morphologically highly variable species. It shows the widest ecological amplitude within the genus and its geographical distribution largely coincides with the cerrado biome. This species can be easily recognized by the thick corky bark, green coriaceous caducous leaves crown-like condensed at the end the branches, a characteristic venation and odoriferous, white flowers. In the last revision of the genus Kielmeyera (Nagib Saddi, 1982), the circumscription of K. coriacea remained problematic. To cope with a high variability, Saddi proposed two subspecies and seven varieties. The species is taxonomically so problematic that it is usually referred to as the "K. coriacea complex", to which also belongs K. grandiflora (Wawra) Saddi, formerly included as a variety in K. coriacea. To help with the taxonomic study of this complex, the study was done with taxonomy work, population genetics and structural anatomy of the leaves. For anatomy, two populations from each subspecies of K. coriacea and one population of K. grandiflora, consisting of 2 plants, were sampled. For genetics studies twelve primers pairs were selected between the ones previously developed from an enriched library of K. coriacea . Two patterns were found according to the structural anatomy and taxonomy observations suggest that there are two or more species in the complex. According to genetics, the banding pattern varies from one to eight bands per individual. K. grandiflora showed a similar banding pattern. For our study we treated each subspecies of K. coriacea as one group and Kielmeyera grandiflora as a third. We sampled at least 5 populations for each group and 20-30 plants to represent each population. The results show how genetically similar individuals of K. coriacea are. They do not corroborate most of Saddi's ideas for a subdivision of the K. coriacea complex, but suggest that K. grandiflora and K. coriacea are distinct species (as proposed by Saddi) and that possibly the two subspecies of K. coriacea actually represent two distinct species / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Orientadores : Denise Pontes Cavalcanti, Valder Roberval Arruda / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T11:01:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Neri_JoaoIvanildodaCostaFerreira_M.pdf: 41236330 bytes, checksum: 3729551501ea8ce88ce1ecf7a9993ee5 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Dois polimorfismos decorrentes de duas mutações de ponto (C677T e A1298C) no gene da metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), enzima responsável pela ativação do ácido fólico no principal processo de metilação da homocisteína, vêm sendo referidos como fatores predisponentes à ocorrência de defeitos de fechamento do tubo neural (DFTN). O genótipo 677TT determina uma variante termolábil da MTHFR, com atividade reduzida a cerca de 50% e, consequentemente, aumento da homocisteína plasmática. Quanto ao segundo polimorfismo, apenas a dupla hetrozigosidade (CT/AC) parece estar associada a alterações bioquímicas semelhantes às descritas para o homozigoto 677TT. Embora os DFTNs compreendam três tipos anatomicamente distintos: anencefalia, encefalocele e espinha bífida, a maioria dos trabalhos que estudaram a relação entre as mutações no gene da MTHFR com esses defeitos o fizeram incluindo apenas as espinhas bífidas. Evidências epidemiológicas, por outro lado, sugerem que anencefalia, encefalocele e espinha bífida podem ser defeitos distintos e, possivelmente, eles possam ser classificados como defeitos altos (anencefalia, encefalocele, espinha bífida cervical e torácica) e baixos (espinhas bífidas lombares e sacrais). O presente trabalho investigou, por meio da técnica da PCR, essas duas mutações no gene da MTHFR em recém-nascidos portadores de DFTN e seus pais, compreendendo 119 famílias que foram registradas no Programa de Genética Perinatal (pROGEPE) no período de setembro de 1987 a dezembro de 2000. As fteqüências obtidas nessas famílias foram comparadas com aquelas encontradas numa amostra da população da mesma região formada por amostras de sangue de cordão colhidas, em duas etapas, dentro do período de desenvolvimento do projeto e durante o parto de recém-nascidos vivos e consecutivos que não apresentassem qualquer alteração morfológica diagnosticada até a data de sua alta da maternidade. Observou-se que a fteqüência do homozigoto mutante 677TT entre os propósitos foi de 13,5%, e nos demais grupos de 10,1% nas mães, 11,8% nos pais e 11,3% nos controles, não sendo observadas diferenças estatisticamente significativas entre os quatro grupos (i'(3) = 0,53; P = 0,91). O genótipo mutante 1298CC observado entre os propósitos, mães, pais e controles foram, respectivamente: 5,8%, 5,0%, 3,6% e 5,6%. Todas as fteqüências alélicas, seja para a mutação C677T, seja para a A1298C, em todos os grupos estudados mostraram-se estar em equilíbrio de Hardy- Weinberg. O genótipo duplamente heterozigoto (CT/AC) foi encontrado em 11,8% dos propósitos, 19,OOIÓ das mães, 20,2% dos pais e 13,2% dos controles, não sendo observada diferenças estatisticamente significativas (X:(3)= 3,93; P = 0,27).A distribuiçãodas freqüências dos genótipos homozigoto mutante (TT) e duplo heterozigoto (CT/AC) entre os sexos dos propósitos, bem como entre seus diferentes diagnósticos também não apresentaram diferenças estatisticamente significativas no presente estudo. Apesar desses resultados, a maior concentração do genótipo TT entre as espinhas bífidas lombares e sacrais, sugerem uma possível associação desse genótipo TI com os defeitos anatomicamente mais baixos. Finalmente, as freqüências muito baixas ou nulas das combinações genotípicas CT/CC, TT/AC e TT/CC, inclusive na população de controle, sugerem que tais associações são pouco viáveis / Abstract: Two current polymorphisms of two point mutations (C677T and A1298C) in the gene of the methilenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), responsible enzyme for the activation of the folic acid in the main process ofmetylation ofthe homocysteine, come being referred as predisponent factors to the occurrence of neural tube defects (NTD). The genotype 677TT determines a thermolable variant of MTHFR, with reduced activity about 50% and, consequent1y, increase of the plasmatic homocysteine. With relationship to the second polymorphism, just the double hetrozygosity (CT/AC) seems to be associated to biochemical alterations similar to described them for the homozygous 677TT. Although NTD understands three anatomically different types: anencephaly, encephalocele and spina bifida, most of the works that studied the relationship among the mutations in the gene of MTHFR with those defects they made it just including the spina bifida. Epidemiological evidences, on the other hand, suggest that anencephaly, encephalocele and spina bifida can be different defects and, possibly, they can be classified as high defects (anencephaly, encephalocele, cervical and thoracic spina bifida) and low (lumbar and sacrais spina bifida). The present study investigated, using the technique of PCR, those two mutations in the gene ofMTHFR in newbom carriers ofNTD and their parents, understanding 119 families that were registered in the Program of Perinatal Genetics (pROGEPE) in the period of September 1987 to December 2000. The obtained frequencies in those families were compared with those found in a sample of the population of the same area formed by picked samples of cord blood, in two stages, inside of the period of development of the project and during the childbirth of newbom alive and serial that didn't present any morphologic alteration diagnosed untU the date of its discharge of the maternity. It was observed that the ftequency of the homozygote mutant 677TT among the proposals was of 13,5%, and among the other groups of 10,1% in the mothers, 11,8% in the fathers and 11,3% in the controls, not being observed statistically significant differences among the four groups (r:(3)= 0,53;p = 0,91). The mutant genotype1298CCobserved among the proposals, mothers, fathers and controls were, respectively: 5,8%, 5,0%, 3,6% and 5,6%. AlI the allelic ftequencies, be for the mutation C677T, be for the A1298C, in all the studied groups they were shown to be in Hardy-Weinberg equilibrium. The double heterozygote genotype (CT/AC) was found in 11,8% ofthe proposals, 19,0% ofthe mothers, 20,2% of the fathers and 13,2% ofthe controls, not being observed statistically significant differences (i(3) =3,93;p = 0,27).The distributionofthe ftequenciesofthe homozygotemutant (TT) and double heterozygote (CT/AC) genotypes among the sexes of the proposals and their different diagnoses didn't also present statistically significant differences in the present study. In spite of those results, the largest concentration of the genotype TT among the lumbar and sacral spinas bifida, suggests a possible association of that genotype TT with the anatomically lower defects. Finally, the very low or null ftequencies of the genotypic combinations CT/CC, TT/AC and TT/CC, besides in the control population, suggest that such associations are little viable / Mestrado / Genetica Medica / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Marlies Sazima / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T20:24:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Brito_ViniciusLourencoGarcia_D.pdf: 4957816 bytes, checksum: 940ef8f4522f7c83d44d482b1e307c27 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Uma estratégia reprodutiva pode ser entendida como um conjunto de características morfo-fisiológicas que são determinantes para a reprodução do organismo e, consequentemente, para sua aptidão. Como a maioria das espécies da família Melastomataceae apresenta anteras poricidas e apenas pólen como recurso, esses grãos de pólen devem cumprir uma dupla função: ser a unidade de transporte do gameta masculino da planta e alimento para os visitantes florais. Assim, em plantas desta família, diferentes estratégias reprodutivas podem ter sido favorecidas como solução para o que ficou conhecido como "dilema de pólen". Nesta tese descrevemos algumas estratégias reprodutivas e discutimos suas possíveis causas e consequências em quatro estudos de caso que envolvem: 1) a fenologia reprodutiva das espécies de Melastomataceae ocorrentes em áreas de Mata Atlântica e Cerrado; 2) a dinâmica de néctar e pólen em Miconia theizans e seu papel no aumento do espectro de visitantes florais e consequente incremento do sucesso reprodutivo feminino; 3) a estrutura e diversidade genética em populações da mesma espécie ocorrente em extremos de um gradiente de altitude com diferentes dinâmicas de polinização e; 4) a mudança de cor em Tibouchina pulchra considerando o aparato visual-cognitivo das abelhas polinizadoras. Além disso, também apresentamos uma revisão sobre a ecologia cognitiva da polinização como um anexo ao quarto estudo. Os resultados obtidos separadamente em cada um destes trabalhos são discutidos em um contexto ecológico-evolutivo e podem ser extrapolados para outros grupos de plantas em que predomina o sistema de polinização dependente de abelhas baseado na oferta de apenas pólen como recurso / Abstract: A reproductive strategy could be understood as complex of morphological and physiological traits involved in plant reproduction and, therefore, in its fitness. As the majority of species of the family Melastomataceae has poricide anthers and offers just pollen as reward to flower visitors, this pollen may face a double fate: be the male reproductive transport unit and food for flower visitors. Therefore, in plants belonging to this family, different reproductive strategies should have been favoured to solve this "pollen dilemma". In this thesis, we describe some reproductive strategies and discuss their possible causes and consequences in four different study cases. The first one is about the reproductive phenology of species of Melastomataceae occurring in the Atlantic rainforest and Cerrado formations. The second study describes the nectar and pollen dynamics in Miconia theizans and its role in favouring the increase of visitor spectra and female reproductive success. The third describes the genetic structure and diversity of populations of Tibouchina pulchra occurring in extremes of an elevational gradient with different pollination dynamics. The fourth is concerned with the floral colour change phenomenon in the same species when considering the visual apparatus of the bees. We also present a review about the cognitive ecology of pollination as an appendix to the fouth study. The results of each study case are discussed in an eco-evolutionary context and may be extrapolated to other angiosperm groups that rely on bees for their pollination and offer just pollen as reward / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Anete Pereira de Souza. / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Durigan_Mauricio_D.pdf: 7600085 bytes, checksum: 74ae2337a73b6edfb14a403af4ffa590 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Giardia duodenalis é um protozoário flagelado que parasita o homem e diversos animais domésticos e selvagens. Este parasito causa a doença giardiose que é uma das mais prevalentes doenças parasitárias de veiculação hídrica do mundo, responsável por aproximadamente 280 milhões de casos anualmente. Existe uma considerável variabilidade genética em G. duodenalis, de modo que seus isolados foram divididos em oito grupos genéticos (A-H), dois dos quais (A e B) são encontrados tanto em humanos quanto em animais. Os demais grupos (C-H) parasitam outros animais e apresentam maior especificidade a determinados hospedeiros não humanos. A contaminação ambiental por Giardia tem sido amplamente descrita embora esses estudos, em sua maioria, são realizados no nível de identificação de espécie. Há falta de estudos que correlacionam a contaminação ambiental e infecções clínicas na mesma região. O presente trabalho teve como objetivo principal contribuir para o conhecimento da diversidade genética da espécie Giardia duodenalis. Primeiramente, foi realizada a genotipagem multilocos dos principais grupos genéticos de G. duodenalis na região metropolitana de Campinas. Foram encontrados grupos genéticos associados principalmente a infecções humanas bem como isolados com potencial zoonótico em amostras ambientais e obtidas de outros animais. Foi encontrado um alto percentual (25%) de amostras com grupos genéticos mistos e um elevado número de haplótipos distintos, indicando grande diversidade genética do parasito nessa região. Na segunda parte deste trabalho, foi realizado um estudo populacional com amostras clínicas de Giardia provenientes de hospital, creche e centro de controle de zoonoses e amostras ambientais de esgoto hospitalar, efluente de estação de tratamento de esgoto e amostras hídricas de importantes rios e córregos urbanos. As análises populacionais, com exceção das amostras caninas, evidenciaram grande similaridade genética entre essas populações de Giardia. Na terceira parte do presente trabalho, foi realizada uma busca por repetições microssatélites (SSRs) nos genomas publicados de Giardia para desenvolvimento, caracterização e avaliação de polimorfismo de novos marcadores microssatélites. Foram encontrados 506, 438, 402 e 507 microssatélites correspondentes aos genomas AI, AII, B e E, respectivamente. Foram selecionados 80 SSRs específicos aos grupos genéticos A, B e E (40, 20 e 20, respectivamente), além de 36 SSRs compartilhados entre os três genomas. A análise de amplificação confirmou a existência de marcadores específicos aos grupos genéticos A, B e E, além de marcadores compartilhados entre os grupos. A caracterização dos SSRs permitiu a detecção de 12 locos SSRs polimórficos do grupo genético A e sete locos SSRs polimórficos do grupo genético B. Dentre os marcadores compartilhados, o loco GduABE01 apresentou polimorfismo. Os locos polimórficos podem servir para futuros estudos populacionais e os marcadores desenvolvidos podem ser utilizados para identificação dos principais grupos genéticos de G. duodenalis em amostras clínicas e ambientais. Os resultados apresentados contribuem para um melhor entendimento sobre a diversidade genética do parasito bem como sobre a presença de grupos com potencial zoonóticos inter-relacionados em diferentes regiões. Os novos marcadores moleculares disponibilizados podem contribuir para novos estudos populacionais, promovendo melhor discriminação entre os genótipos e possibilitando assim identificar a contaminação e promover o rastreamento da doença / Abstract: Giardia duodenalis is a flagellate protozoan that that parasites humans and several domestic and wild animals. This parasite causes giardiasis, one of the most common waterborne diseases in the world responsible for, approximately 280 million cases per year. There is a great genetic diversity in this species and its isolates have been grouped into eight distinct genetic assemblages (A-H). While groups A and B parasitize different hosts and have zoonotic potential, groups C, D, E, F, G and H usually found in animals and show greater specificity to the parasitized host. Environmental contamination for Giardia has been widely reported however, most of these studies have been performed only at species level. The present study aimed to contribute to the knowledge of the genetic diversity of the species Giardia duodenalis. In the first chapter of this document, multilocus sequence-based genotyping using three gene loci assigned most of the samples as belonging to human genotypes although isolates with zoonotic potential have also been identified in environmental and non-human clinical samples. A high percentage (25%) of mixed assemblages and a high number of different haplotypes were detected, which indicates high genetic diversity of this parasite in this region. In the second chapter, a population genetics study was performed with clinical samples from hospital, day-car center and a center for zoonosis control of the city and environmental samples from hospital sewage, effluent of a wastewater treatment plant and important water samples from rivers and urban streams. With the exception of the canine population, population genetic analysis showed consistent similarity between clinical and environmental populations. In the last chapter, we performed a search for microsatellites (SSRs) in the published genomes of Giardia to develop and characterize the polymorphism of new microsatellite markers. Our group identified 506, 438, 402 and 507 microsatellites of the genomes AI, AII, B and E, respectively. We have selected 80 markers specific to the genetic assemblages A, B and E (40, 20 and 20, respectively) and 36 shared SSRs between the three genomes. Analysis of amplification reactions confirmed the existence of specific loci of each genetic assemblage as well as shared loci among assemblages. Characterization of all loci allowed the detection of 12 polymorphic loci for group A and seven polymorphic loci for group B. Among the shared markers, GduABE01 presented polymorphism. The polymorphic markers can be used in future population genetic studies and the developed markers can contribute to the identification of the main genetic assemblages of G. duodenalis in clinical and environmental samples. The results presented here contribute to a better understanding of the genetic diversity of the parasite as well as the presence of zoonotic potential genotypes, related in different regions. The new molecular markers provided can contribute with population genetic studies in a high level of discrimination that allows identifying the source of contamination and molecular tracking of the disease / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Raça e etnia são substitutos ruins para ancestralidade genética. O uso de marcadores genéticos de ancestralidade melhoram o quadro significativamente, especialmente em populações miscigenadas como a brasileira. Nós determinamos o genótipo de 547 pessoas de São Paulo, Brasil de 90 marcadores de ancestralidade que distinguem origem semítica de européia. Ancestralidade centro-sul asiática (CSA) correspondeu a 29% do total, o segundo maior grupo. Outras análises indicam que esta contribuição genética semítica é derivada dos cristãos-novos durante o período colonial brasileiro. Nós então investigamos se ancestralidade africana geneticamente determinada está associada a alterações neuropatológicas comunmente ligada à demência, conforme sugerido por estudos de negros nos Estados Unidos. Nós estudamos 202 cérebros obtidos entre 2004 e 2009 no banco de encéfalos do Grupo de Estudos de Envelhecimento Cerebral da Faculdade de Medicina da USP, identificando a presença de placas neuríticas, emaranhados neurofibrilares, arterioloesclerose, infartos cerebrais e corpúsculos de Lewy. Nós também ajustamos os resultados para múltiplos fatores de risco e genótipo de APOE. Ao contrário de estudos prévios, indivíduos com ancestralidade africana apresentaram menor prevalência de placas neuríticas nas análises univariada e multivariadas. Os resultados são robustos e não se alteram quando restringimos a comparação aos que se auto-declaram brancos, nem quando ajustamos para genótipo de APOE4, ou quando ajustamos para idade e sexo somente. Pela primeira vez nós demonstramos com marcadores genéticos de ancestralidade, que ancestralidade africana é protetora para a neuropatologia da doença de Alzheimer. Nosso uso de ancestralidade determinada geneticamente tem implicações diretas no estudo da genética de doenças complexas / Race/ethnicity is poor surrogate for estimating ancestry. Genetic testing using ancestryinformative markers are a significant improvement, especially in admixed populations such as the Brazilian population. We have genotyped 547 inhabitants of São Paulo, Brazil for 90 ancestryinformative markers that have previously been shown to distinguish individuals with Semitic and European ancestry. Central-South Asian (CSA) ancestry emerged as the second largest cluster within our population (29%). Further comparisons indicated that this semitic contribution to the Brazilian gene pool is likely derived from Portuguese New Christians during colonial times. We then investigated whether genetically-determined African ancestry is associated with neuropathological changes commonly associated with dementia, as suggested by studies in African Americans. We studied 202 brains obtained in the brain bank of the Brazilian Aging Brain Study Group of the University of Sao Paulo between 2004 and 2009 for presence of neuritic plaques, neurofibrillary tangles, small vessel disease, brain infarcts, and Lewy bodies. We also adjusted the results for multiple environmental risk factors and APOE genotype. Contrary to previous studies, subjects with African ancestry showed lower prevalence of neuritic plaques in the univariate and multivariate analysis. The results are robust and are not altered when studying only those who self-defined themselves as Whites, when adjusting for APOE4 status only, or when adjusting for age and sex only. We therfore showed for the first time, using geneticallydetermined ancestry markers, that African ancestry is highly protective of Alzheimer\'s disease neuropathology. Our use of genetically-determined ancestry has led to results that have direct implications on the study of the genetics of complex diseases