Após a chegada dos conquistadores europeus, as populações nativas americanas foram dizimadas por diversas razões, como guerras e doenças, o que possivelmente levou diversas linhagens genéticas autóctones à extinção. Entretanto, durante essa invasão, houve miscigenação entre os colonizadores e os povos nativos e muitos estudos genéticos têm mostrado uma importante contribuição matrilinear nativa americana na formação da população colonial. Portanto, se muitos indivíduos na atual população urbana brasileira carregam linhagens nativas americanas no seu DNA mitocondrial (mtDNA), muito da diversidade genética nativa perdida durante o período colonial pode ter se mantido, por miscigenação, nas populações urbanas. Assim, essas populações representam, efetivamente, um importante reservatório genético de linhagens nativas americanas no Brasil e em outros países americanos, constituindo o reflexo mais fiel da diversidade genética pré-colombiana em populações nativas. Baseado nisso, este estudo teve como objetivos 1) comparar os padrões de diversidade genética de linhagens nativas americanas do mtDNA em populações nativas do Sul do Brasil e da população urbana (miscigenada) adjacente; e 2) comparar, através de Computação Bayesiana Aproximada (ABC), a história demográfica de ambas populações para chegar a uma estimativa do nível de redução do tamanho efetivo populacional (Ne) das populações indígenas aqui tratadas. Foram utilizados dados já publicados da região hipervariável (HVS-I) do mtDNA de linhagens nativas de 396 indivíduos Nativos Americanos (NAT) pertencentes aos grupos Guarani, Caingangue e Charrua e de 309 indivíduos de populações miscigenadas urbanas (URB) do Sul do Brasil e do Uruguai As análises de variabilidade e estrutura genética, bem como testes de neutralidade, foram feitos no programa Arlequin 3.5 e a rede de haplótipos mitocondriais foi estimada através do método Median-Joining utilizando o programa Network 5.0. Estimativas temporais do tamanho populacional efetivo foram feitas através de Skyline Plot Bayesiano utilizando o pacote de programas do BEAST 1.8.4. Por fim, o programa DIYABC 2.1 foi utilizado para testar cenários evolutivos e para estimar o Ne dos nativos americanos pré- (Nanc) e pós-contato (Nnat), para assim, se estimar o impacto da redução de variação genética causada pela colonização europeia. Os resultados deste estudo indicam que URB é a melhor preditora da diversidade nativa ancestral, possuindo uma diversidade substancialmente maior que NAT, pelo menos na região Sul do Brasil e no Uruguai (H = 0,96 vs. 0,85, Nhap = 131 vs. 27, respectivamente). Ademais, a composição de haplogrupos é bastante diferente entre as populações, sugerindo que a população nativa tenha tido eventos de gargalo afetando os haplogrupos B2 e C1 e super-representando o haplogrupo A2. Em relação à demografia histórica, observou-se que URB mantém sinais de expansão remetendo à entrada na América, contrastando com NAT em que esses sinais estão erodidos, apenas retendo sinais de contração populacional recente. De acordo com as estimativas aqui geradas, o declínio populacional em NAT foi de cerca de 300 vezes (84 – 555). Em outras palavras, a população efetiva nativa amricana nessa região corresponderia a apenas 0,33% (0,18% – 1,19%) da população ancestral– 99,8%, corroborando os achados de outros estudos genéticos e também com os registros históricos. / After the arrival of the European conquerors, the Native American populations were decimated due to multiple reasons, such as wars and diseases, which possibly led many autochtonous genetic lineages to extinction. However, during the European invasion of the Americas, colonizers and indigenous people admixed, and many genetic studies have shown an important Native American matrilineal contribution to the formation of the Colonial population. Therefore, if many individuals in the current urban population harbor Native American lineages in their mitochondrial DNA (mtDNA), much of Native American genetic diversity that have been lost during the Colonial Era may have been mantained by admixture in urban populations. In this case, these populations effectively represent an important reservoir of Native lineages in Brazil and other American countries, constituting the most accurate portrait of pre-Columbian genetic diverstity of Native populations. Based on this, the aims of the presente study were 1) to compare the patterns of genetic diversity of Native American mtDNA lineages in Native populations from Southern Brazil and the surrounding admixed urban populations; and 2) to compare, using Approximate Bayesian Computation (ABC), the demographic history of both groups to estimate the level of reduction in the effective population size (Ne) for the indigenous groups present here. We used mtDNA hypervariable segment (HVS-I) data of indigenous origin already published from 396 Native American individuals (NAT) belonging to the Guarani, Kaingang, and Charrua groups, and 309 individuals from Southern Brazilian and Uruguayan admixed urban populations (URB) The analyzes of variability and genetic structure, as well as the neutrality tests were accomplished using Arlequin 3.5, and the mitochondrial haplotype network estimated through the Median-Joining method available in Network 5.0. Time estimates for effective population size were performed using Bayesian Skyline Plot available in the BEAST 1.8.4 package. Finally, the DIYABC 2.1 software was used to test evolutionary scenarios and to estimate the pre (Nanc) and post-contact (Nnat) Native American Ne, and estimate the impact of the colonization process on the Native American genetic variability. The results indicate that URB is the best predictor of ancestral Native diversity, having substancially greater genetic diversity than NAT, at least in the Southern Brazilian and Uruguayan regions (H = 0.96 vs. 0.85, Nhap = 11 vs. 27, respectively). Moreover, the haplogroup compositions are very distinct between these groups, suggesting that the Native population passed through bottleneck events affecting the haplogroups B2 and C1, and overrepresenting the haplogroup A2. In relation to demographic history, we observed that URB retains signals of population expansion back to the entry in the Americas. In contrast, these signals are eroded in NAT, which maintains only signals of recent population contraction. According to our estimates, the population decline in NAT was around 300x (84 – 555x). In other words, the effective Native American population in this region would correspond to only 0.33% (0.18% – 1.19%) of the ancestral population, corroborating the findings of other genetic studies and historical records.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2010. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-02-17T19:57:59Z No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1576686 bytes, checksum: 080e210f6ef6123172c5a6fcaf1fe807 (MD5) / Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: on 2011-02-18T12:11:11Z (GMT) / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-02-18T12:48:45Z No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1569914 bytes, checksum: b8c1916b5c2421b6439eec869edcdcbe (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2011-02-18T12:55:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1569914 bytes, checksum: b8c1916b5c2421b6439eec869edcdcbe (MD5) / Made available in DSpace on 2011-02-18T12:55:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1569914 bytes, checksum: b8c1916b5c2421b6439eec869edcdcbe (MD5) / A história do povoamento do Brasil teve relação direta com a composição atual de sua população. Inicialmente com a presença indígena (ameríndia), e posteriormente com a colonização de europeus (notadamente da península ibérica) e contribuição africana decorrente da política escravagista, a população resultante traz a participação básica destes três grupos parentais. O histórico de ocupação mais recente do Centro-Oeste, com o deslocamento de migrantes de diversos outros Estados brasileiros, tem sugerido que esta região apresente um retrato genético da população do país. Um questionamento acerca dos estudos populacionais é se a amostra utilizada em um dado trabalho representa a população pretendida. Amostragens visando uma descrição populacional buscam adotar condições de aleatoriedade, porém devido às singularidades de coleta questiona-se se diferentes amostras da mesma população podem refletir alguma estratificação nela existente. Outra questão é se perfis definidos por marcadores considerados neutros, como os STR autossômicos do sistema CODIS, fornecem informações sobre a ancestralidade de um dado indivíduo. Dessa forma, o objetivo geral desse trabalho foi investigar se amostras coletadas em uma mesma localidade geográfica, porém de estratos sócio-econômicos distintos, apresentam diferenças quanto à caracterização genética para marcadores genéticos do tipo STR autossômicos e se perfis genéticos gerados para esses marcadores fornecem informações sobre ancestralidade dos indivíduos em análise. Para tanto, foram utilizadas duas amostras do Distrito Federal, uma oriunda de pessoas amostradas em laboratório público e que apresentam menor poder aquisitivo e outra de um laboratório privado, onde os indivíduos apresentam um maior poder aquisitivo. Análises de diferenciação genética mostraram que essas duas amostras, assim como a comparação dessas com outras localidades brasileiras, não apresentam diferença quanto à constituição genética para 12 marcadores STR autossômicos. Entretanto, análises de contribuição genética dos grupos parentais na constituição das duas amostras, assim como a análise de estrutura populacional (STRUCTURE) mostraram diferenças. A amostra de origem de laboratório privado apresentou uma maior contribuição europeia (77,7%) do que a do laboratório público (61,2%). Por outro lado, a contribuição africana e ameríndia foram maiores no público (26,6% e 12,2%, respectivamente) em contraste com o privado (13,2% e 9,0%, respectivamente). Análise obtida com o auxílio do programa STRUCTURE corrobora essa visão. Quanto à análise de perfis genéticos obtidos por STR autossômicos descritos como neutros serem ou não informativos de ancestralidade em população miscigenada, foram utilizadas as planilhas OMNIPOP e MPGO/EHSTRAFD. Foi possível identificar um potencial de indicação de ancestralidade a partir de alelos sugeridos no presente trabalho como indicativo de ancestralidade europeia, africana ou ameríndia. Deste modo, foram estabelecidos alelos e genótipos característicos de determinadas origens geográficas ou parentais, estabelecendo-se que os marcadores autossômicos do sistema CODIS, notadamente cinco deles (TPOX, D5S818, TH01, D13S317 e FGA), podem ser utilizados como indicadores de ancestralidade. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The history of the populating of Brazil had a direct relation with the current composition of its population. Originally with indigenous (Amerindian), and subsequently with the colonization of Europeans (mainly from the Iberian peninsula) and the African contribution arising from slavery politics, the population shares the involvement of these three basic groups of parents. The history of more recent occupation of the Midwest, with the displacement of many migrants from other Brazilian states, has suggested that this region presents a portrait of the genetic population. A questioning of population studies is whether the sample used in a given work represents the intended population. Sampling aiming at a description of population seeks to adopt conditions of randomness, but due to the singularity of collecting methods there is a questioning whether different samples of the same population may reflect some stratification that might exist within it. Another question is whether profiles defined by markers allegedly neutral, such as autosomal STR CODIS system, provide information about the ancestry of a given individual. Thus, the general objective of this study was to investigate whether the samples collected in the same geographic location, but in different socio-economic strata, show differences in genetic characterization for genetic markers of autosomal STR type and if genetic profiles generated by these markers provide information on ancestry of these individuals in the analysis. To this end, we used two samples of the Federal District, one coming from people sampled in a public laboratory with a lower purchasing power and another from a private laboratory, where individuals have a higher purchasing power. Analysis of genetic differentiation showed that these two samples, as well as the comparison among other locations in Brazil, have no difference in the genetic constitution for 12 autosomal STR markers. However, analysis of the genetic contribution of parental groups in the constitution of the two samples, as well as analysis of population structure (STRUCTURE) showed differences. The sample source from the private laboratory showed a greater European contribution (77.7%) than the one from the public laboratory (61.2%). On the other hand, African and Amerindian contributions were higher in public (26.6% and 12.2% respectively) in contrast with the private laboratory (13.2% and 9.0% respectively). Analysis obtained with the help of the STRUCTURE program corroborates this view. As for the analysis of genetic profiles obtained by autosomal STR described as neutral being or not ancestry informative in a mixed population, we used OMNIPOP and MPGO/EHSTRAFD spreadsheets. It was possible to identify a potential indication of ancestry from allele suggested in this study as indicative of European, African or American ancestry. Thus, alleles and genotypes characteristic of certain geographic origins or parents were established, indicating that the CODIS system autosomal markers, especially five of them (TPOX, D5S818, TH01, D13S317 and FGA), can be used as indicators of ancestry.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2010. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-13T00:51:35Z No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-13T00:55:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-13T00:55:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / A superóxido dismutase (SOD), a catalase (CAT), a haptoglobina (HAPTO), as glutationas S-Transferases (M1 e T1) e a glutationa peroxidase (GPX1) são marcadores genéticos associados ao estresse oxidativo, que têm como função inibir ou diminuir as taxas de oxidação no organismo, evitando danos ao DNA. A variação genética dessas enzimas sugere diferenças individuais quanto ao grau de proteção antioxidante e a distribuição das frequências alélicas apresenta diferenças geográficas, dependendo do grupo étnico. Neste trabalho foi descrita a distribuição da freqüência dos polimorfismos: CAT (21A/T), SOD2 (Ala9Val), GPX1 (Pro198Leu), subtipos da HAPTO e deleção dos genes da GSTM1 e GSTT1 em três grupos populacionais brasileiros de origens étnicas diferentes: Kayabi (n = 60), Kalunga (n = 72) e Distrito Federal (n = 162). A maioria das freqüências dos alelos variantes observadas em Kalunga (18% a 60%) e Distrito Federal (15% a 63%) foram similares aos observados em Euro e Afro-descendentes, enquanto que em Kayabi (3% a 68%), dependendo do marcador foram semelhantes aos Asiáticos, Ameríndios e Euro-descendentes. Exceto para SOD2 e HAPTO em todos os grupos de população estudados e para GPX1 em Kayabi e Kalunga, as distribuições genotípicas estavam de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg. Valores de FST mostram que há uma diferenciação genética moderada nestes três grupos populacionais brasileiros. Em populações miscigenadas, como a brasileira, esses dados podem elucidar a contribuição de diferentes etnias em sua formação. Além disso, estes polimorfismos têm revelado dados interessantes para evitar associações genótipo-fenótipo inconsistentes nos estudos de farmacogenética. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic markers associated with oxidative stress such as superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), haptoglobin (HAPTER), glutathione S-transferase (M1 and T1) and glutathione peroxidase (GPX1) inhibit, or decrease the rate of oxidation in the organism avoiding damage to DNA. Genetic variation of these enzymes suggests individual differences in the degree of antioxidant protection and the distribution of allele frequencies shows geographical differences, depending on the ethnic group. This study describes the frequency distribution of polymorphisms CAT (21A/T), SOD2 (Ala9Val), GPX1 (Pro198Leu), HAPTO subtypes and deletions of the GSTM1 and GSTT1 in three population groups from different ethnic backgrounds: Kayabi (n = 60), Kalunga (n = 72) and the Federal District (n = 162). Most of the frequencies of variant alleles observed in Kalunga (18% to 60%) and the Federal District (15% to 63%) were similar to those observed in European and African descendants, while in Kayabi (3% to 68%) depending on the marker were similar to Asians, Amerindians and Euro-descendants. Except for SOD2 in all population groups studied and HAPTO in Kayabi and Federal Districti and GPX1 in Kalunga, the genotypic distributions were in accordance with the Hardy-Weinberg. FST values show that there is a moderate genetic differentiation in these three population groups. In admixed populations such as Brazilian, these data can elucidate the contribution of different ethnic groups in their formation. Moreover, these polymorphisms have revealed interesting data to avoid the genotype-phenotype inconsistent in pharmacogenetic studies.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2011. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2011-06-28T17:49:21Z No. of bitstreams: 1 2011_RafaelaCesareParmezanToledo.pdf: 689527 bytes, checksum: 94da9c149705926f4a0b862b4232701a (MD5) / Approved for entry into archive by Elna Araújo(elna@bce.unb.br) on 2011-07-06T22:36:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_RafaelaCesareParmezanToledo.pdf: 689527 bytes, checksum: 94da9c149705926f4a0b862b4232701a (MD5) / Made available in DSpace on 2011-07-06T22:36:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_RafaelaCesareParmezanToledo.pdf: 689527 bytes, checksum: 94da9c149705926f4a0b862b4232701a (MD5) / Kimura propôs que o principal fator evolutivo na evolução humana foi a deriva genética. Porem, nos últimos anos diversos trabalhos tem indicado que a seleção natural também pode ter tido um papel importante na evolução da espécie. Nesse trabalho foi avaliado se há forças evolutivas atuando sobre a região 3´UTR do HLA-G em duas populações do Centro-Oeste brasileiro, Distrito Federal e Kalunga, cujas histórias demográficas são bem conhecidas. O Distrito Federal apresenta uma população que foi recentemente formada pela migração de pessoas advindas de várias regiões do Brasil, tornando-se uma região urbana geneticamente representativa do país. Kalunga é uma população semi-isolada rural formada basicamente por escravos fugidos e abandonados. O HLA G apresenta baixo nível de polimorfismo, distribuição e expressão restrita a tecidos/órgãos específicos e propriedades biológicas que levam a tolerância imunológica. O maior conhecimento atual sobre o HLA-G em comparação aos demais genes de classe Ib deve-se à observação de associação de alelos e padrões de expressão com abortos espontâneos recorrentes e diversas doenças. Devido à associação do gene HLA-G com várias doenças e por ele produzir respostas diferentes a cada doença, é possível pensar que esteja sob direta influência da seleção natural, sendo que no caso da região 3´UTR do HLA-G, acredita-se que esteja sob seleção balanceadora. A hipótese desse trabalho é que a região 3´UTR do gene HLA-G deve apresentar uma série de mutações, várias ainda desconhecidas, e que essa região genômica possa estar sob pressão seletiva. Para testar essa hipótese novas mutações foram buscadas e oito SNPs (single nucleotide polymorphisms) foram avaliados na região 3´UTR do gene HLA-G a partir do seqüenciamento total do éxon 8 de 61 indivíduos de Kalunga e 72 do Distrito Federal. Com os dados levantados foram avaliados parâmetros de genética de populações e a ocorrência de seleção utilizando os Teste D de Tajima, Teste F de Fu & Li e Teste D de Fu & Li, utilizando o DNASP v5.10.01 e o teste de neutralidade de Ewens–Watterson com o Pypop v0.7.0. Como resultado, uma mutação nova foi identificada na população Kalunga. As populações não mostraram diferenças significativas, para os oito loci avaliados, quanto as freqüências gênicas e genotípicas. Ambas se adequaram ao equilíbrio de Hardy-Weinberg. Foi observado forte desequilíbrio de ligação. Foram observados 11 haplótipos diferentes no Distrito Federal e na população Kalunga oito. As populações não diferiram quanto as freqüências haplotípicas. O teste F de Fu & Li e o teste de Ewens-Watterson foram significativos para ambas as populações, o teste D de Tajima foi significativo para o Distrito Federal e o teste D de Fu & Li não foi significativo para nenhuma das populações. É possível perceber que apesar de todas as diferenças contidas na história demográfica das duas populações, para a região 3´UTR do HLA-G há forças evolutivas mantendo essa região semelhante nas duas populações. Pelo teste F de Fu & Li e pelo teste de Ewens- Watterson é visto que provavelmente houve atuação de seleção balanceadora desde muito tempo até hoje. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Kimura proposed that the main evolutionary factor in human evolution is genetic drift. However, in recent years several studies have shown that natural selection may also have played an important role in the evolution of species. In this study, we assessed whether there are evolutionary forces acting on the 3'UTR region of the HLA-G in two populations of the Brazilian Center-West, Federal District and Kalunga, whose demographic histories are well known. The Federal District has a population that was recently formed by the migration of people from many different regions of Brazil, becoming an urban region genetically representative of the country. Kalunga is a semiisolated rural population basically formed by runaway and abandoned slaves. HLA G shows a low level of polymorphism, distribution and expression restricted to tissues / organs and specific biological properties that lead to immunological tolerance. The most current knowledge on the HLA-G in comparison with other class Ib genes is due to the observation of association of alleles and patterns of expression with recurrent miscarriages and various diseases. Due to the association of HLA-G gene with various diseases and for him to produce different answers to different disease it is possible to think that this region is under the direct influence of natural selection. The case of the 3'UTR of the HLA-G, it is believed that is under balancing selection. The hypothesis of this study is that the 3'UTR of the gene HLA-G should present a series of mutations, several still unknown, and that this genomic region may be under selective pressure. To test this hypothesis were sought new mutations, one InDel and seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) were evaluated in the 3'UTR of the HLA-G gene from the total sequencing of exon 8 of 61 individuals and 72 Kalunga of the Federal District. With the data collected were evaluated parameters of population genetics and the occurrence of selection using the Tajima D test, Fu &Li F test, and Fu & Li D test, using the DNASP v5.10.01 and the test of neutrality of Ewens-Watterson with Pypop v0.7.0. As a result, a new mutation was identified in the population Kalunga. The populations showed no significant differences for the eight markers examined for allele frequency and genotype. Both fitted the Hardy-Weinberg. We observed strong linkage disequilibrium. We observed 11 different haplotypes in the Federal District and the population Kalunga eight. The populations did not differ in haplotype frequencies. The Fu &Li F test and Ewens-Watterson test were significant for both populations, the test was significant Tajima D for the Federal District and the Fu & Li D test was not significant for any population. It is possible to verify that despite all the differences included in demographic history between populations, to the 3'UTR of the HLA-G is evolutionary forces maintaining this region similar in both populations. The Fu & Li F test and the Ewens-Watterson test is seen that there was likely action of balancing selection for a long time until today.

Em abelhas, como nos demais himenópteros, a haplodiploidia e o mecanismo de determinação do sexo restringem o tamanho efetivo da população. Ademais, a nidificação próxima ao sítio natal pelas fêmeas das espécies solitárias restringe o fluxo gênico materno e causa alta viscosidade populacional. Centris é um gênero de abelhas solitárias da tribo Centridini, encontradas em distintos locais, como matas contínuas ou fragmentos florestais, bem como em ambientes urbanos; as espécies C. analis e C. tarsata se destacam no gênero pela abundância com que são encontradas nestas localidades. São abelhas poliléticas ou generalistas na coleta de pólen e nidificam em cavidades pré-existentes. Em razão de seu porte médio, presume-se que não apresentem alta capacidade de dispersão. Fêmeas de algumas espécies do gênero apresentam comportamento filopátrico. Estes dados nos levam a supor que espécies com traços biológicos similares tenham suas populações naturalmente estruturadas (subdivididas). Para testar esta hipótese, foram analisadas algumas regiões do genoma mitocondrial (DNAmt) de abelhas Centridini residentes em áreas urbanas. As duas subunidades da citocromo c oxidase (COI e COII), bem como o RNA transportador de leucina (RNAtLeu), apresentaram baixo nível de variação intra-específica, e a dificuldade em amplificar estas regiões para uma das espécies impediu a utilização destas regiões para análises populacionais. Desta forma, foram selecionadas duas regiões gênicas com taxas de variação intra-específicas distintas, o gene citocromo b (cytb) e a subunidade maior do DNA ribossômico (16S). Por ser uma molécula de herança materna, a análise destas regiões gênicas nos permitiu obter informações a respeito de colonização e o número de linhagens maternas. Os resultados deste trabalho sugerem que as populações de Centris tarsata e Centris trigonoides apresentam baixa e moderada estruturação, respectivamente. Para C. analis, a espécie mais bem amostrada, o excesso de picos duplos apresentados nos eletroferogramas dificultou a interpretação dos resultados. Foi possível ainda verificar diferenças na distribuição haplotípica de machos e fêmeas de C. tarsata, sugerindo a ocorrência de uma dispersão enviesada para machos, caracterizando uma dispersão sexo-assimétrica. / In bees, as in other hymenopterans, the haplodiploidy and mechanism of sex determination constrain the effective population size. Moreover, the nesting close to home site by the females of solitary species restricts maternal gene flow and causes high population viscosity. Centris is a genus of solitary bees of the tribe Centridini found in different locations, such as continuous forests or forest fragments, as well as in urban environments; the species C. analis and C. tarsata stand out in the genre for the abundance that are found in these locations. They are polyletics bees, or generalists in collecting pollen, and nest in cavities pre-existing. In reason of its medium size, it is presumed that do not present high dispersal capacity. How some species of the genus are phylopatric, we presume that other also presenting similar behavior. These data lead us to suppose that species with similar traits have their populations naturally structured (subdivided). To test this hypothesis, we analyzed urban populations of four species of Centris for some regions of mitochondrial genome (mtDNA). The two subunits of cytochrome c oxidase (COI and COII) and the tRNA leucine (tRNALeu) showed a low level of intraspecific variation, and the difficulty to amplify those regions for one species prevented the use of these regions to population analysis. Thus, we selected two gene regions with distinct rates of intra-specific variation, the gene cytochrome b (cytb) and the large subunit ribosomal DNA (16S). As a molecule maternally inherited, the analysis of the mitochondrial genes enabled us to obtain informations about colonization through the number of maternal lineages. Our results suggest that Centris tarsata and Centris trigonoides populations exhibit low and moderate genetic structuring, respectively. In C. analis, the species most well sampled, the excess of double peaks showed in the electropherograms difficults the interpretation of results. Also, for the species C. tarsata was possible to verify differences between males and females, suggesting the occurrence of a male skewed dispersion and an asymmetrical dispersion.

Solanum lycocarpum A.St.-Hil. (Solanaceae) é uma espécie de ampla distribuição no bioma Cerrado. Popularmente conhecida com fruta-do-lobo, devido ao fato de o lobo-guará consumir frequentemente os frutos desta planta, sendo este seu principal agente dispersor de sementes. É utilizada pela população local para fabricação de doces, e empiricamente como medicinal. A espécie floresce e frutifica durante todo o ano, característica que permite constante fluxo de genes via pólen e sementes. Ocupa facilmente ambientes antropizados, o que permite que seja utilizada em projetos de restauração. O presente estudo teve como objetivo, caracterizar a estrutura genética populacional de S. lycocarpum em ambientes naturais e antropizados, utilizando dois marcadores moleculares: microssatélites (SSR) e isoenzimas. Foram estudadas quatro populações com SSR, e duas populações com Isoenzimas, formando pares de populações (uma natural e outra antropizada). As populações estudadas com marcadores SSR estavam situadas duas a Nordeste do Estado de Goiás e outras duas a Sul do estado. As duas populações estudadas com isoenzimas localizavam-se a Sul de Goiás. Coletou-se aleatoriamente amostras de 60 indivíduos em cada população, exceto na população antrópica estudada com marcador Isoenzimático, que foram amostrados 41 indivíduos. As amostras foram conduzidas ao LARGEA – ESALQ/USP, onde foram realizados os procedimentos laboratoriais. A análise dos dados consistiu em quantificar a diversidade genética e sua distribuição entre e dentro das populações. Embora os valores do índice de fixação tenham sido algumas vezes altos, não foram detectados valores significativos em nenhuma das populações para ambos os marcadores, sugerindo ausência de endogamia nas populações estudadas. As populações naturais estudadas com locos SSR apresentaram número de alelos por loco mais elevados que as populações antropizadas. Uma população situada em uma unidade de conservação foi a que apresentou maior número de alelos por locos e maior número de alelos exclusivos, o que permite sugerir que unidades de conservação abrigam maior diversidade genética que populações com influência antrópica. Utilizando o teste X2 foi possível confirmar que o número de alelos encontrados nas populações naturais é significativamente mais elevado que os encontrados no outro tipo de ambiente. O mesmo não foi verificado para as populações estudadas com locos isoenzimáticos. A divergência genética entre as populações foi substancial, significativamente diferentes de zero e semelhantes para ambos os marcadores (θp=0,095 e θp=0,081 para marcadores SSR e Isoenzimáticos, respectivamente). A divergência genética entre as populações medida pela estimativa GST(Hedrick), que considera tanto o tipo como a freqüência dos alelos, apresentou valores superiores para os dois marcadores (SSR=0,167 e Isoenzimáticos= 0,102), indicando maior restrição no fluxo gênico histórico se comparado com as estimativas obtidas da estatística FST. O presente estudo permite sugerir que existe diferença na estrutura genética entre áreas sob intervenção antrópica e aquelas com intervenção restrita, havendo nas áreas mais preservadas maior diversidade genética. Os resultados obtidos com a estimativa GST(Hedrick) possibilitam propor que mesmo em espécies de ampla distribuição e que frequentemente ocupam ambientes de ação antrópica, como a lobeira, pode estar ocorrendo restrição de fluxo gênico e apontam maior diferenciação entre populações de lobeira do que relatado em estudos anteriores. / Solanum lycocarpum A. St.-Hil. (Solanaceae) has a wide distribution in savanna biome. The species is common know as "fruta-do-lobo" due the "lobo-guará" frequently to eat your fruits. "Lobo-guará" is also the main seed disperser of the species. The species is used for local people to manufacture sweets and as medicine. The species flowering and produce fruits during all year, favoring pollen and seed gene flow. The species colonize easily anthropized environments, permitting your use in environmental restoration projects. The goal of this study was to characterize the genetic structure of S. lycocarpum in natural and anthropized populations, using two different kinds of genetic markers: microsatellites (SSR) and allozymes. Four populations were studied using SSR markers and two using allozyme markers, forming pair of populations (a natural and an anthropized). Two populations studied by SSR markers were located in Northeast of Goiás State and two in South of the State. The two South populations were also studied by allozyme markers. Samples were randomly collected from 60 individuals in each population, with exception in one anthropized population study by allozymes, where 41 individuals were sampled. The samples were envied to LARGEA – ESALQ/USP, where the Lab analyses were made. The genetic diversity and distribution among and within populations was quantified. Although fixation index values were highest in some populations, these values were not statistically different from zero for both used genetic markers, suggesting absence of inbreeding in the studied populations. For SSR markers, natural populations showed higher number of alleles per locus than anthropized populations. A population located in a conservation unity presents the highest number of alleles per locus and exclusive alleles, suggesting that this population have higher genetic diversity than anthropized populations. According to a X2 test, the number of SSR alleles was significantly higher that detected in anthropized population. The same was not observed for population studied by allozyme loci. The genetic divergence among populations was substantial and significant different from zero for both used genetic markers (θp=0.095 and θp=0.081 for SSR and allozymes, respectively). The genetic divergence measured by GST(Hedrick) statistic, that considerer simultaneously the kinds of alleles and gene frequency was higher for both genetic markers (SSR=0.167 and allozymes= 0.102), indicating lower historic gene flow than measured by FST statistic. The present study suggested that there are differences in genetic structure between natural and anthopized populations, where natural populations have more genetic diversity. The results from GST(Hedrick) statistic suggested that even species with wide geographic distribution and whish frequently colonizing anthropized environments, as lobeira, can experience restriction in gene flow. The present results also indicate higher genetic differentiation among population than has been related in previous population study with this species.

Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.

Orientador: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T07:13:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Torres_TatianaTeixeira_D.pdf: 5404919 bytes, checksum: 33cdb805f7c8934dd855ce4d3d6ea798 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A importância cultural e econômica da produção animal na América Latina tem suas raízes na era colonial. Este continente possui uma das maiores populações de gado do mundo e países como o Brasil, a Argentina e o Uruguai têm um papel importante no cenário mundial como produtores e exportadores de uma grande variedade de produtos pecuários. Doenças parasitárias afetam profundamente a produtividade animal e a venda de animais vivos ou derivados e, conseqüentemente, representam um grande impacto no desenvolvimento do setor agropecuário nos países sul americanos. A mosca da bicheira, Cochliomyia hominivorax (Coquerel) é um dos principais agentes causadores de miíases traumáticas na região Neotropical. Larvas da mosca da bicheira alimentam-se de tecidos vivos de animais de sangue quente. Esta espécie foi erradicada da América do Norte e parte da América Central através da técnica do inseto estéril (SIT). Na América do Sul, no entanto, esta peste continua causando um grande prejuízo à pecuária e um projeto internacional está em andamento para se avaliar a execução de um programa de controle da mosca da bicheira neste continente. Neste sentido, o principal objetivo deste estudo foi gerar informações sobre padrões de variabilidade, estrutura genética e fluxo gênico de populações sul americanas de C. hominivorax. Estas são importantes informações para o investimento em programas de controle de insetos-praga. Os microssatélites são uma classe especial de marcadores moleculares tipicamente codominantes e multi-alélicos altamente polimórficos e com uma alta heterozigosidade esperada. Estas características fazem com estes marcadores sejam cada vez mais empregados para investigar questões acerca da variabilidade genética, fluxo gênico e sistemas de acasalamento, até mesmo em espécies com baixos níveis de variabilidade em outros marcadores. A principal limitação dos microssatélites é a necessidade de se desenvolver marcadores microssatélites de novo para cada nova espécie a ser estudada, o que pode ser uma tarefa cara e demorada, mas indispensável na maioria dos casos. Para investigar padrões de variabilidade genética e diferenciação populacional na atual distribuição de C. hominivorax, duas abordagens foram empregadas para isolar marcadores microssatélites a partir de bibliotecas genômicas. Inicialmente, 10 locos foram isolados a partir de uma biblioteca enriquecida em repetições (AC)n. A amplificação destes locos em 30 indivíduos de C. hominivorax, revelou uma média de 6,9 alelos por loco, com heterozigosidades esperadas variando de 0,3831 a 0,8022. Na segunda abordagem, sete novos marcadores polimóficos foram desenvolvidos utilizando uma estratégia diferente, na qual uma sonda (AG)n foi usada em vez de (GT)n na etapa de enriquecimento. A média de alelos encontrados nos sete novos locos foi de 7,8 alelos por loco, com heterozigosidades esperadas variando de 0,4220 to 0,9045. Os "primers" desenvolvidos para C. hominivorax foram utilizados com sucesso na amplificação heteróloga em outras espécies da família Calliphoridae, sugerindo que os locos caracterizados poderão ser úteis em estudos nessas espécies após a avaliação do conteúdo de polimorfismo. Estas duas abordagens também motivaram o desenvolvimento de um conjunto de ferramentas de bioinformática para a análise de seqüências contendo microssatélites, o FiRe ("Find Repeats"). Esta iniciativa representa uma importante contribuição para facilitar o isolamento e caracterização destes marcadores. Doze, dos 17 marcadores desenvolvidos, foram selecionados para caracterizar a variabilidade genética e a estrutura populacional de amostras de C. hominivorax da América do Sul. Em uma análise da estrutura espacial e temporal de populações geográficas do Uruguai, desvios significativos do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram observados em todas as subpopulações. Vários pares de locos também apresentaram desequilíbrio de ligação independentemente nas subpopulações. Um baixo, mas significativo, nível de diferenciação foi observado entre as subpopulações, mas não foi detectado isolamento por distância. A análise temporal indicou um aumento na diferenciação populacional global após um ano e foi observada uma diferenciação populacional significativa entre subpopulações da mesma localidade em períodos diferentes. As diferenças observadas entre as populações locais são, provavelmente, um resultado de alterações demográficas em populações da mosca da bicheira. A análise conjunta de 21 populações geográficas da América do Sul (distantes de 15 a 5180 km entre si) revelou uma alta variabilidade genética. Desvios significativos do equilíbrio de Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação entre pares de locos foram freqüentes nas amostras analisadas. Foi observada uma diferenciação populacional baixa, mas significativa, indicando uma homogeneidade entre as amostras analisadas. A correlação entre as distâncias genéticas e geográficas das amostras não foi significativa. As evidências encontradas apontam para uma expansão populacional recente da espécie no continente sul americano, mas as observações também podem ser uma evidência de uma dinâmica populacional envolvendo eventos freqüentes de extinção e recolonização, na qual cada subpopulação de C. hominivorax se comportaria como uma metapopulação. Independentemente de qual seja o cenário que melhor descreva a história evolutiva desta espécie, fica evidente o potencial de dispersão e adaptação desta espécie, o que terá profundas implicações em programas de controle da espécie. Estudos futuros poderão fornecer um quadro mais completo sobre a dinâmica das populações da mosca da bicheira, gerando informações fundamentais para a tomada de decisões no que concerne à erradicação desta importante praga da pecuária / Abstract: The cultural and economic importance of animal production in South America dates back to the colonial era. This continent has one of the largest percentages of the world's total cattle population and countries like Brazil, Argentina and Uruguay play a major role as exporters of a variety of livestock products. Diseases affecting livestock can have a significant impact on animal productivity, on trade of live animais, meat and other animal products, which, consequently, affects the overall process of the economic development of South American countries. The New World screw-worm (NWS), Cochliomyia hominivorax (Coquerel), is an important parasitic insect pest in Neotropical regions. NWS myiasis is caused by the larval stage of the fly infesting tissues of warm-blooded vertebrates. This species has been successfully eradicated from North and most of Central America by the sterile insect technique. In South America, however, this pest continues to affect the development of the livestock sector and an international effort is underway to evaluate the feasibility of eradicating the NWS from endemic areas of Central and South America. Therefore, the aim of this study was to provide some insight into the patterns of genetic variation, structure and gene flow of C. hominivorax populations from South America. Those are valuable information required prior to an investment on large-scale efforts aiming at controlling insect pests. Microsatellites stand out as co-dominant markers with a high number of alleles per locus, high polymorphism and high-expected heterozygosities. Due to those features, these markers have been increasingly used to investigate questions regarding population structure, gene flow and mC!ting system even in populations that have low levels of allozyme and mitochondrial variation. The major drawback of microsatellites is that they must often be isolated de novo for each species. In order to investigate patterns of genetic differentiation of C. hominivorax from its current distribution using microsatellite loci, two efforts were made to isolate these markers from enriched genomic libraries. Initially, a set of 10 polymorphic microsatellite loci was isolated from an AC-enriched genomic library. Amplification of the reported loci in 30 screw-worms revealed an average of 6.9 alleles per locus with expected heterozygosities ranging from 0.3831 to 0.8022. In the second effort, seven new pOlymorphic microsatellite markers were developed using a different protocol. An (AG)n probe was used instead of (GT)n in the enrichment step. The number of alleles found in the seven new loci ranged from 3 to 13 per locus, with the expected heterozygosities ranging from 0.4220 to 0.9045. Cross-species amplifications of the 17 microsatellite markers were successful in other Calliphoridae species, suggesting that these loci may be useful in those species after evaluating the extent of polymorphism. These efforts have also motivated the development of a web-based, user-friendly toolkit for microsatellite sequence characterization, the FiRe (Find Repeats). This initiative represents an important contribution to other efforts aimed at isolating and characterizing microsatellite markers. Twelve of the 17 isolated loci were used to characterize genetic variability and population structure across NWS South American populations. In the spatio-temporal analysis of C. hominivorax populations from Uruguay, significant departures from Hardy-Weinberg equilibrium were observed for ali populations. Linkage disequilibrium was also detected for severa I locus pairs. Low, but significant, levels of subdivision were recorded between populations, but no evidence of isolation by distance was observed. The temporal analysis indicated a population differentiation increase over time and ali pairwise comparisons between temporal subpopulations yielded significant estimates of population differentiation. The observed differences between local populations are probably a result of the occurrence of demographic changes that affected NWS populations. Analysis of populations from 21 geographical sites in South America (distances ranging from 15 to 5180 km) revealed a high genetic variability within NWS populations. Deviations from Hardy-Weinberg equilibrium and linkage disequilibrium were frequent. A strikingly low, but significant, genetic differentiation was observed, indicating a broad-scale genetic homogeneity in the continent. This low differentiation was coupled with a lack of isolation by distance. These results are consistent with the patterns expected from a species that has undergone range expansion. The pattern of genetic variation among populations could also be an evidence of colonization-extinction dynamics, where subpopulations of this species might usefully be viewed as a metapopulation. Whichever scenario best describes the population structure of NWS, it will have deep implications in contrai strategies. Further studies should complement these findings and provide support for decision makers in the planning and implementation of new area-wide contrai programs of this important livestock pest / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T18:32:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Schwarcz_KaiserDias_M.pdf: 1400141 bytes, checksum: dd7ec0c32ab504bed6d9f8912fc65118 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A floresta atlântica semidecídua, um dos principais tipos de formações vegetais constituintes da Mata Atlântica Brasileira, estende-se ao longo das regiões central e sudeste do interior do país. A sua destruição tem resultado na eliminação de muitas populações e, potencialmente, na erosão da diversidade genética de diversas espécies. A área originalmente coberta pela Mata Atlântica era de cerca de 15% do território nacional, indo do atual Estado do Rio Grande do Norte até o Rio Grande do Sul, estendendo-se, nas regiões sul e sudeste, do litoral brasileiro até a Argentina e o Paraguai. Desde então, a Mata Atlântica tem sido devastada principalmente devido à exploração predatória dos recursos florestais, causando sua redução a 7,3% de sua área original, distribuídos de forma fragmentada pelo território brasileiro. No estado de São Paulo a Mata Atlântica está reduzida a menos de 5% de sua área original e em Campinas, ocupa apenas 2,42% da área municipal. O agravamento da fragmentação florestal causado pela ação humana podem alterar os fluxos de vento, radiação e água ao longo da paisagem, bem como os padrões de migração e dispersão de animais, pólen e sementes. Uma vez que a maior parte da Mata Atlântica se apresenta hoje distribuída em fragmentos descontínuos, é fundamental estudar os efeitos desta nova situação ecológica sobre os atributos genéticos das populações vegetais. Neste trabalho, foi estudada a variabilidade e estruturação genéticas de Metrodorea nigra e Astronium graveolens com síndrome de dispersão autocórica e anemocárica, respectivamente. Foram coletados 47 indivíduos adultos e 113 jovens de M. Nigra e 28 adultos e 84 jovens de A. graveolens em dois fragmentos de mata atlântica localizados na Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídeo no município de Campinas, São Paulo. Os indivíduos adultos, devido ao seu longo tempo de vida, refletem um evento reprodutivo menos influenciados pelos processos de fragmentação, quando em comparação com os indivíduos jovens. Através da comparação entre jovens e adultos, esperava-se verificar o efeito da fragmentação sobre a variabilidade de espécies com síndromes de dispersão distintas. Ambas as espécies apresentaram deficiência de heterozigottos. M. nigra apresentou coeficiente de endogamia (f) médio de 0,64 ; enquanto A. graveolens apresentou f de 0,21. O alto valor de f para M. nigra é uma conseqüência da síndrome de dispersão autocórica e do comportamento de forrageio dos polinizadores preferenciais desta espécie. O grupo de indivíduos jovens de A. graveolens apresentaram heterozigozidade (HO) maior que os adultos, indicando uma redução na incidência de acasalamentos entre indivíduos aparentados. Esta redução provavelmente está relacionada à maior eficiência da dispersão anemocórica desta espécie após a degradação ambiental dos fragmentos. Em A. graveolens a estruturação genética entre os grupos de jovens foi maior que entre os grupos de adultos; indicando uma menor eficiência na dispersão de pólen após a fragmentação. Os resultados indicam que a fragmentação, acompanhada da degradação ambiental dentro dos fragmentos, pode reduzir o número de cruzamentos endogâmicos em espécies com sementes dispersas pelo vento. Já em espécies com dispersão autocórica de sementes, a fragmentação tem efeitos menos evidentes sobre os atributos genéticos. Entretanto, o fluxo de pólen pode ser reduzido pelo dificultamento do vôo de insetos entre os fragmentos. Para uma maior compreensão do atual estado genético das populações arbóreas da Mata Atlântica, são necessários novos estudos envolvendo maior número de fragmentos florestais, espécies arbóreas com diferentes características biológicas; assim como o estudo dos efeitos da fragmentação sobre as espécies polinizadoras. / Abstract: The Semideciduous Forest is one of the major formations of the Brazilian Atlantic Forest. It extends along the central and southeast regions of the country's interior. Its destruction has resulted in the elimination of many populations and the erosion of genetic diversity in different species. The Atlantic Forest originally covered about 15% of the national territory, ranging from the current state of Rio Grande do Norte to Rio Grande do Sul, and from the brazilian coast to Argentina and Paraguay. Since then, the Atlantic Forest has been devastated mainly due to the predatory exploitation of forest resources, causing a reduction to 7.3% of its original area, distributed in fragmented remnants through brazilian territory. In the state of São Paulo, the Atlantic Forest is reduced to less than 5% of its original area. In Campinas, occupies only 2.42% of the municipal area. The forest fragmentation increase caused by human action can change the flow of the wind, the solar irradiation and the water along the landscape, as well as patterns of migration and dispersal of animals, pollen and seeds. As most of the Atlantic Forest is today distributed in discontinued fragments, it is essential to study the effects of this new ecological situation on the genetic attributes of plant populations. In this work, we studied the genetic structure and variability of Metrodorea nigra and Astronium graveolens wich have explosive dehiscence and wind-mediated seed dispersion mechanisms, respectively. Forty seven adults and 113 young individuals of M. nigra were collected; while for A. graveolens this number were of 28 adults and 84 young. The field studies were conducted in two diferent remnants of Atlantic Forest in the reserve of Souzas and Joaquim Egídeo (Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídeo) in Campinas, São Paulo. We also made a comparison between young and adult specimens of each species. The adults, due to their long lifetime, preserves information of a reproductive event less influenced by fragmentation processes compared to young individuals. Trougth this comparison, it was expected to detect differential fragmentation influences on the diversity of species with distinct seeds dispersion mechanisms. The two species showed heterozigosity deficience in both populations. M. nigra had a mean endogamy coefficiente (f) of 0,64; while A. graveolens had 0,21. The high value of f in M. nigra is an consequence of its autocoric seed dispersion machanism and also of its polinators behavior. The group of young individuals of A. graveolens showed heterozigosity (HO) higher than the adults; suggesting a lower incidence of endogamy after the fragmentation. This could be probabily ralated to the better eficience os wind-mediated seed dispersion of this species after the enviromental degradation in those remnants. Also in A. graveolens the genetic structure between the two young groups was higher than between the adults, suggesting a lower eficience in the pollen dispersion after fragmentation. The results sugests that the fragmentation, accompanied by environmental degradation in the fragments, may reduce inbreding in wind dispersed species. In autochoric dispersed species, fragmentation has a lighter effect on the genetic attributes. However, the flow of pollen can be reduced by hindering the flight of insects between the fragments. To better understand the current genetic status of tropical tree populations, new studies involving more forest fragments are required, as well as tree species with different biological characteristics and the study of the effects of fragmentation on the pollinating species. / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Vera Nisaka Solferini, Sonia Cristina da Silva Andrade / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T00:32:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Udelsmann_Bruno_M.pdf: 3710944 bytes, checksum: d180c3d886961b5fcad87d1976916dd3 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Neste estudo foram analisados por eletroforese de isoenzimas e morfometria tradicional, indivíduos de Stramonita haemastoma, uma espécie de gastrópode que habita costões rochosos no litoral brasileiro. Foram feitas coletas em nove localidades no litoral dos estados de Santa Catarina, São Paulo e Rio de Janeiro. Em estudo prévio com esta espécie havia sido encontrado um distinção genética em dois grupos. Tal distinção se manteve, com diferenças marcantes nas freqüências dos alelos de três locos. Assim sendo, após interpretação dos géis de isoenzimas as amostras foram sub-divididas em dois grupos, denominados A e B. E esta divisão foi corroborada por um teste de atribuição de genótipos utilizando o programa Structure. Os grupos genéticos foram então tratados independentemente para a obtenção de estimativas de variabilidade e estruturação genéticas. Os valores encontrados foram similares aos de outros moluscos com desenvolvimento larval planctotrófico. Sendo encontrada variabilidade moderadamente alta e estruturação reduzida. O grupo B apresentou maior estruturação indicando possíveis diferenças entre os grupos quanto ao desenvolvimento e dispersão. Foram encontrados poucos desvios significativos do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram poucos, assim como de desequilíbrio de ligação. Diversos locos apresentaram diferenças significativas de freqüência entre os grupos A e B. A distância genética média das amostras foi de 0,338 entre os grupos, 0,006 entre as amostras do grupo A e 0,015 entre as amostras do grupo B. Estes valores são comparáveis aos encontrados em espécies cogenéricas. Nos mesmos indivíduos das análises genéticas foram tomadas oito medidas distintas para análise morfológica. As medidas foram analisadas separadamente e por análise de componentes principais. A maior parte da diversidade foi encontrada entre as localidades amostradas e não entre os grupos A e B. Nossos resultados indicam que S. haemastoma possui uma complexidade taxonômica ainda não elucidada, tendo os grupos A e B características de espécies crípticas. / Abstract: In this study, Stramonita haemastoma individuals, a gastropod who inhabits marine rocky shores, were analysed through isozymes electrophoresys and traditional morphometrics. Nine localities in the brazilian shore, extending from Santa Catarina to Rio de Janeiro were sampled. In a preliminary study, a genetic distinction in two different groups was detected. This distinction continues to be found, with evident differentiation in three loci and in minor degree in other loci. After the interpretation of the isozymes data, individuals were adressed as belonging to groups A or B according to their genotypes. To corroborate with this division a genotype atribution test was performed using the software Structure, which resulted in a division 92% similar. The groups A and B were treated independently to obtain the genetic variability and structure parameters. Values were similar to other molluscs whith similar larval development, with moderately high variation and reduced population structure. Group B has higher population structure indicating possible differences in development or dispersal. There were few deviations to Hardy-Weinberg and few linkage disequilibrium, many loci differed in frequencies between populations of distinct groups. Genetic distance was in average 0,338 between populations of distinct genetic groups, a value comparable to other cogeneric species. Between group A populations the distance was in average 0,006 and between group B populations distance was of 0,015 in average. The same individual from the genetic analysis were used for the morphometrics. Eight different shell measures were used. Data was analysed measure by measure and through principal components analysis. The majority of variation was found between sample sites rather than between the groups A and B. From the results of this study it is possible to affirm that the taxonomy of S. haemastoma is not fully understood. The groups A and B have typical characteristics of cogeneric sibling species. More studies are necessary, in broader areas to asses the groups the status of distinct species, by the moment S. haemastoma should be adressed as a species complex. / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular