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Distribuição empírica dos autovalores associados à matriz de interação dos modelos AMMI pelo método bootstrap não-paramétrico / Empirical distribution of eigenvalues associated with the interaction matrix of the AMMI models for non-parametric bootstrap method

Hongyu, Kuang 25 January 2012 (has links)
A interação genótipos ambientes (G E) foi definido por Shelbourne (1972) como sendo a variação entre genótipos em resposta a diferentes condições ambientais. Sua magnitude na expressão fenotípica do caráter pode reduzir a correlação entre fenótipo e genótipo, in acionando a variância genética e, por sua vez, parâmetros dependentes desta, como herdabilidade e ganho genético com a seleção. Estudos sobre a adaptabilidade e a estabilidade fenotípica permitem particularizar os efeitos da interação GE ao nível de genótipo e ambiente, identificando a contribuição relativa de cada um para a interação total. Varias metodologias estatísticas têm sido propostas para a interpretação da interação G E proveniente de um grupo de cultivares testados em vários ambientes. Entre essas metodologias destaca-se os modelos AMMI (Additive Main Eects and Multiplicative Interaction Model), que vem ganhando grande aplicabilidade nos últimos anos. O modelo AMMI e um método uni-multivariado, que engloba uma analise de variância para os efeitos principais, que são os efeitos dos genótipos (G) e os ambientes (E) e para os efeitos multiplicativos (interação genótipo ambiente), para a qual utiliza-se a decomposição em valor singular (DVS). Essa técnica multivariada baseia-se no uso dos autovalores e autovetores provenientes da matriz de interação G E. Araujo e Dias (2005) verificaram o problema de superestimação e subestimação de autovalores estimados da maneira convencional. Efron(1979) propôs uma técnica de simulação numérica chamada Bootstrap para avaliar tais incertezas. O método Bootstrap consiste em uma técnica de reamostragem que permite aproximar a distribuição de uma função das observações a partir da distribuição empírica dos dados. Por meio desse método, podem ser estimados o erro-padrão da referida estimativa e os intervalos de confiança, com o intuito de fazer inferência sobre os parâmetros em questão. O objetivo deste trabalho será estudar o efeito da interação G E, avaliar a adaptabilidade e estabilidade de genótipos em diferentes ambientes através do modelo AMMI, com as analises através dos gráficos Biplot, encontrar a distribuição empírica dos autovalores e calcular o intervalo de confiança através o método Bootstrap não-paramétrico. Com o estudo da distribuição empírica dos autovalores poder-se-a validar os testes de hipóteses propostos na literatura para identificar o numero de IPCA (Incremental Principal Component Analysis) para seleção dos modelos AMMI, e propor um teste para seleção dos modelos. / The genotype environment interaction (G E) was dened by Shelbourne (1972) as the variation among genotypes in response to dierent environmental conditions. Its magnitude in phenotypic expression of the character can reduce the correlation between genotype and phenotype, in ating the genetic variance and, in turn, dependent on the parameters, as heritability and genetic gain with selection. Studies on the phenotypic adaptability and stability allow particularize the eects of interaction G E at the level of genotype and environment, identifying the relative contribution of each to the total interaction. There are several methods of analysis and interpretation for the genotype environment interaction from a group of genotype tested in several environments. These methods include AMMI models (Additive Main Eects and Multiplicative Interaction Model), coming gaining great applicability past years. The AMMI model is a uni-multivariate method, that includes an analysis of variance for the main eects (the eects of the genotypes (G) and environments (E)) and assumes multiplicative eects for the genotype environment interaction, using a singular value decomposition (DVS). This method estimates the eigenvalues and eigenvectors deriving from the matrix of genotype environment interaction. Araujo and Dias (2005) found an overestimation and underestimation problem with the eigenvalues in the conventional way. Efron (1979) proposed a numerical resampling technique called Bootstrap for evaluate such uncertainties. The bootstrap method consists of a resampling technique that allows to approximate the distribution of a function of the observations from the empirical distribution of the data. Through this method, can be estimated by the standard error of that estimate and condence intervals, in order to make inferences about the parameters in question. The aim of this work was to study the eect of genotype environment interection (GE), evaluate the adaptability and stability of genotypes in dierent environments through the AMMI model, with the analysis through the Biplot graphs, nd the empirical distribution of eigenvalues and calculate the condence interval using the nonparametric bootstrap, the study of the empirical distribution of eigenvalues serve to validate the hypothesis tests proposed in the literature to identify the number of IPCA (Incremental Principal Component Analysis) for selecting the AMMI model, and propose a test for selection of models.
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Avaliação do efeito do tratamento periodontal convencional e associado à terapia antimicrobiana em pacientes com periodontite crônica sobre os níveis de Porphyromonas gingivalis e dos genótipos fimA II e IV no biofilme subgengival. / Evaluation of the effect of the conventional periodontal treatment and associated with antimicrobial therapy in chronic periodontitis patients on the levels of Porphyromonas gingivalis and fimA genotypes II and IV in the subgingival biofilm.

Teixeira, Sílvia Regina Loureiro 18 February 2008 (has links)
Porphyromonas gingivalis é um dos principais mircrorganismos associados à periodontite. O objetivo do presente estudo foi testar a hipótese de que a colonização por diferentes genótipos fimA de P.gingivalis resultaria em diferenças na resposta ao tratamento periodontal. Foram analisados 20 pacientes com periodontite crônica, fumantes, portadores de P.gingivalis, divididos em 2 grupos: 1 grupo recebeu tratamento periodontal mecânico (RAR) e o outro recebeu, além da RAR, antibioticoterapia (amoxicilina e metronidazol). O efeito do tratamento foi avaliado com relação a parâmetros clínicos, prevalência e níveis subgengivais de P. gingivalis e dos genótipos fimA II e fimA IV em estudo quantitativo por PCR em tempo real, antes e 180 dias após o tratamento. Os dados sugerem que RAR associado a antibiotioticoterapia sistêmica é mais eficiente na redução dos níveis de P.gingivalis do que apenas RAR. Não foram detectadas diferenças na resposta ao tratamento periodontal quanto à presença dos genótipos fimA II ou fimA IV em relação aos demais genótipos de P.gingivalis. / Porphyromonas gingivalis is one of the main mircrorganisms associate to periodontitis. The present study proposed to test the hypothesis that the colonization by different P.gingivalis genotypes fimA would lead to different results on periodontal treatment. Twenty chronic periodontitis patients, smokers, bearers of P. gingivalis was analyzed and divided in 2 groups: one group received mechanic periodontal treatment (SRP) and the other group received, besides SRP, antibiotic therapy (amoxicillin and metronidazole). The effect of treatment was appraised under clinical parameters, prevalence and subgingival levels of P. gingivalis and genotypes fimA II and fimA IV in quantitative study by Real time PCR, before and after 180 days of the treatment. Data suggest that SRP associated with systemic antibiotic administration is more efficient in reducing P. gingivalis levels than SRP only. No difference on periodontal treatment results was detected about the presence of fimA II or fimA IV genotypes related to other P.gingivalis genotypes.
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Epidemiologia molecular do vírus da rubéola isolados no Estado de São Paulo durante o período de 1997 a 2004. / Molecular epidemiology of rubella virus isolated in State of Sao Paulo during 1997-2004.

Figueiredo, Cristina Adelaide 12 November 2010 (has links)
A rubéola é uma doença infecciosa aguda, normalmente com um curso clínico suave. Porém quando adquirida nas primeiras 12 semanas de gestação, pode causar severos defeitos de nascimento, conhecida como Síndrome da Rubéola Congênita (SRC). A caracterização genética do vírus da rubéola é feita analisando a seqüência da região hipervariável do gene da glicoproteína E1. Este estudo, apresenta a primeira caracterização molecular de do vírus da rubéola isolados no estado de São Paulo, Brasil. As amostras (sangue, urina, swab de orofaringe, explante de fígado, produto de aborto e fluido cerebrospinal) foram coletados entre 1997 e 2004 de pacientes com sintomas clínicos de rubéola. O gene E1 vírus da rubéola foi amplificado pela reação em cadeia da polimerase em cadeia diretamente de espécimes clínicos e isolados, e os fragmentos de DNA obtidos foram seqüenciados. As seqüências foram alinhadas para a analise filogenética, com seqüências representativas dos diferentes genótipos do vírus da rubéola. Vinte e nove isolados foram obtidos, incluindo isolados relacionados com insuficiência hepática aguda, encefalite e infecções congênitas. A análise filogenética mostrou que 19 dos 29 virus da rubéola isolados pertencem ao genótipo 1a, e 10 pertencem ao genótipo 1G. Este trabalho demonstrou dois genótipos do vírus da rubéola circularam simultaneamente entre os anos de 1997-2004. / Rubella is an acute infectious disease with normally a mild clinical course. However, infections during pregnancy, especially before week 12 of gestation (WG), can cause severe birth defects known as congenital rubella syndrome (CRS). Genetic characterization of wild-type rubella virus is based on sequence analysis of a hypervariable region of the glycoprotein E1 gene. This study presents the first molecular characterization of isolates from São Paulo, Brazil. Samples (blood, urine, oropharyngeal swab, explanted liver, product of conception and cerebrospinal fluid) were collected between 1997 and 2004 from patients with clinical symptoms of rubella. The rubella virus E1 gene coding region was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction directly from clinical specimens and isolates, and the resulting DNA fragments were sequenced. Sequences were assigned to genotypes by phylogenetic analysis with rubella virus reference sequences. Twenty-nine isolates were obtained, including isolates from acute liver failure, encephalitis and congenital infections. Phylogenetic analysis showed that 19 out of 29 isolated in the São Paulo strains of rubella virus belonged to genotype 1a, and 10 strains to genotype 1G. This work demonstrated two genotypes of RV circulated simultaneously between years 1997 and 2004 in the state of São Paulo. The information reported in this paper may be useful for contributes to understand better the molecular epidemiology of RV in São Paulo, Brazil.
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Teste estatístico para contribuição de genótipos e ambientes na matriz de interação GE / Statistical test for contribution in the interaction matrix of genotypes and environments

Araújo, Mirian Fernandes Carvalho 21 July 2008 (has links)
O presente trabalho teve por objetivos propor um método para testar a contribuição de cada genótipo e ambiente para a interação genótipos X ambientes em ensaios multi-ambientais através de um teste F e implementar uma rotina computacional para a realização da análise de dados segundo o teste proposto. O estudo avalia quatro conjuntos de dados, cada um com diferentes números de genótipos dentro de ambientes com quatro blocos. Para um dos conjuntos, simulou-se as somas de quadrados das linhas (genótipos) e colunas (ambientes) da matriz de interação genótipos X ambientes (GE) gerando 500, 5000 e 10000 experimentos para verificar a distribuição empírica. Os resultados indicaram um ajuste à distribuição qui-quadrado não-central para as linhas e colunas da matriz de interação GE, verificados também pelo teste de Kolmogorov-Smirnov e o gráfico QQplot. Na aplicação do teste F proposto aos quatro conjuntos de dados, identificou-se os genótipos e ambientes que contribuiram mais para a interação genótipos X ambientes. Dessa forma, os melhoristas podem selecionar bons genótipos e ambientes nos seus estudos. / The objective of the present work was to propose a method for testing the con- tribution of each element in a genotypes X environments interaction using multi-environment analyses by means of an F test and implementation of a computational routine to analyze the data according to the test proposed. The study evaluated four data sets, each with a di®erent number of genotypes and environments, in a block design with four repetitions. In one group, the sum of squares within rows (genotypes) and columns (environments) of the genotypes X environments (GE) matrix was simulated, generating 500, 5000 and 10000 experiments to verify the empirical distribution. Results indicate a non-central chi-squared distribution for rows and columns of the GE interaction matrix, which was also verified by the Kolmogorov-Smirnov test and QQplot graph. Application of the F test to the four data sets identified the genotypes and environments that contributed the most to the genotypes X environments interaction. In this way, geneticists can select good genotypes and environments in their studies.
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Caracterização morfo-agronômica e molecular, processamento mínimo e utilização de raios X em sementes de feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp] / Morpho-agronomic and molecular characterization, minimally processing, and use of X-ray in cowpea seeds [Vigna unguiculata (L.) Walp]

Melo, Roberto de Albuquerque 10 December 2010 (has links)
O presente estudo foi realizado com os seguintes objetivos de (a) caracterizar morfo-agronômica e molecularmente cinco genótipos de feijão-caupi; (b) avaliar a preservação da qualidade de grãos de feijão-caupi minimamente processado empacotado em três tipos de embalagens (PVC, PP e PEBD) sob temperaturas de armazenamento de 1, 5 e 10 °C, durante nove dias e, (c) identificar os danos causados por caruncho [Callosobruchus maculatus (Fabr.)] e sua relação com a qualidade fisiológica das sementes de feijão-caupi, por meio da análise de raios X. Na caracterização morfo-agronômica os genótipos analisados foram: IPA-206, BRSPAJEU, BRS-POTENGI, L 281.005 e L ESP 10 e na caracterização molecular foram utilizados 26 primers de RAPD e 37 primers de ISSR. Foram construídos três dendrogramas baseados em marcadores moleculares RAPD, ISSR e RAPD+ISSR. Na caracterização morfo-agronômica, as características que apresentaram maior poder discriminante para os cinco genótipos avaliados, foram: cor das folhas; comprimento e largura do folíolo apical; vigor da planta; número de dias à floração, cor das flores; número de dias para maturação da primeira vagem, e ainda, o comprimento, a largura e o número de lóculos por vagem, como também o número de vagens por plantas; e na semente, massa de 100 sementes, comprimento, largura e espessura. A caracterização molecular demonstrou a utilidade do método, não só para avaliar o conjunto da diversidade no germoplasma, mas também para permitir aglomeração potencial dos genótipos com base nas suas afinidades entre si em características de desempenho agronômico. No ensaio de processamento mínimo foi utilizado como matéria prima grãos de feijão-caupi, linhagem L ESP 10. Foram realizadas as seguintes análises: perda de massa fresca, composição gasosa, aroma e aparência. Os dados foram analisados através da construção de gráficos. Constatou-se que a perda de massa dos grãos foi muito reduzida. A temperatura de 1°C e o uso do filme de PVC foi mais eficientes na conservação da qualidade pós-colheita do feijão-caupi minimamente processado, propiciando melhor manutenção da cor verde, aparência, odor e menor oxidação na região próxima ao hilo. Com relação à identificação dos danos causados por caruncho por meio da análise de raios X foram utilizadas três cultivares: IPA-206, BRS-Pajeu, BRS-Potengi e duas linhagens, L 281.005 e L ESP 10. As amostras foram submetidas ao teste de raios X e ao teste de germinação, a fim de determinar a relação de causa e efeito entre os danos provocados pelo caruncho e a germinação das sementes. Para os danos classificados como severos, localizados no eixo embrionário e, ou nos cotilédones, as sementes originaram plântulas anormais ou as sementes estavam mortas. O teste de raios X se mostrou eficiente para a avaliação de danos causados por caruncho em sementes de feijão-caupi, permitindo relacionar os eventuais danos com os prejuízos causados à germinação. / This study was undertaken with the following objectives: (a) to characterize, morphoagronomic and molecularly, five genotypes of cowpea beans, (b) to evaluate the preservation of grain quality of cowpea minimally processed in three types of packaging (PVC, PP and PEBD) under storage temperatures of 1, 5 and 10 ° C for nine days, and (c) to identify the damage caused by the weevil [Callosobruchus maculatus (Fabr.)] using the X-ray analysis and evaluate its relationship to the physiological quality of the cowpea seeds. The genotypes used in this morpho-agronomic characterization were IPA 206, BRS-PAJEU, BRS-POTENGI, L 281.005 and L ESP 10. For the molecular characterization, it was used 26 primers of RAPD and 37 primers of ISSR. Three dendograms were constructed based on molecular markers RAPD, ISSR and RAPD+ISSR. Concerning to morpho-agronomic characterization, the characteristics which presented the highest discriminating power were: color of the leaves, lenght and width of the apical leaflet, plant vigor, number of the days for flowering, color of the flowers, number of the days for first ripe pod, and number of beans per individual plant. For seeds were evaluated, mass of 100 seeds, lenght, width and thickness. The molecular characterization showed the efficiency of the method not only to evaluate all the diversity conditions in the germoplasm but also to allow the potential agglomeration of the genotypes based on their similarities for their characteristics regarding to the agronomic behavior. To set up the trial of cowpea grains minimally processed it was used the line L ESP 10. The following traits were analysed: mass loss, gas composition, odor, and appearance. The results were evaluated by the graphs construction. The results showed that temperature at 1 0C and use of PVC were the most efficient process to preserve the postharvest quality of minimally processed cowpea beans, keeping its green color, appearance, odor, and lowest oxidation level near the hilum. As regards the damage caused to the cowpea seeds by weevil were used the cultivars IPA-206, BRSPajeu and BRS-Potengi, and two lines (L 281.005 and L ESP 10). The samples were exposed to X-ray and germination test to determine the cause-effect relationship between weevil damage and seed germination. Seed damage classified as severe, located in the embryonic axis or in the cotyledons, resulted in abnormal seedlings or dead seeds. The X-ray test, therefore, is efficient for evaluating weevil damage in cowpea seeds.
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Emprego do conceito de medidas repetidas na avaliação do desempenho de genótipos de frangos de corte. / Employment of the concept of repeated measures in the evaluation on performance of broiler chicken genotypes.

Rosário, Millor Fernandes do 11 December 2003 (has links)
O experimento teve por objetivo avaliar genótipos de frangos de corte através do desempenho zootécnico utilizando-se o conceito de medidas repetidas e avaliar os mesmos genótipos a partir de suas características de carcaça. Os tratamentos consistiram de quatro genótipos, dois sexos e seis idades para avaliar o desempenho zootécnico e as características de carcaça foram avaliadas aos 42 dias. As variáveis de desempenho zootécnico foram: consumo médio de alimento (CONS), peso médio vivo (PMV), conversão alimentar (CA), ganho médio diário de peso (GMDP), viabilidade (VIAB) e fator europeu de eficiência produtiva (FEEP) e de características de carcaça foram: rendimento de carcaça (CARPV), rendimento de peito (PTPV) e de pernas (PRPV) em relação ao peso vivo e rendimento de peito (PTCAR) e de pernas (PRCAR) em relação ao peso de carcaça. O delineamento experimental para o desempenho zootécnico foi em blocos incompletos desbalanceados, em um esquema fatorial 4x2x6, considerando-se o box com 40 aves a unidade experimental e a análise foi realizada nos procedimentos GLM e MIXED, sendo neste último testadas cinco estruturas de variância e covariância, escolhendo-se a que apresentou menor valor para o Critério de Informação de Akaike; para as características de carcaça foi em blocos incompletos desbalanceados, em um esquema fatorial 4x2, considerando-se a ave a unidade experimental e a análise foi realizada no procedimento GLM. As médias foram estimadas através do "least square means" e comparadas pelo teste de Tukey-Kramer. Para CONS, PMV, CA, GMDP e VIAB foi escolhida a estrutura auto regressiva de primeira ordem heterogênea e para FEEP a estrutura simetria composta heterogênea. Os resultados observados detectaram diferenças significativas (P<0,05) nos valores de PMV e GMDP nas comparações entre genótipos, sexos, idades e nas interações idade x genótipo, idade x sexo e idade x genótipo x sexo. Para CONS foram detectados efeitos significativos (P<0,05) nas comparações entre genótipos, sexos, idades e nas interações idade x genótipo e idade x sexo para ambos procedimentos, porém foi detectado efeito significativo (P<0,05) da interação idade x genótipo x sexo apenas no proc MIXED. Para CA verificaram-se diferenças significativas (P<0,05) nas comparações entre genótipos, sexos, idades e na interação idade x genótipo; para VIAB as diferenças significativas (P<0,05) foram observadas nas comparações entre genótipos, idades e interação idade x sexo. O FEEP apresentou diferenças significativas (P<0,05) nas comparações entre genótipos, sexos, idades e nas interações idade x genótipo e idade x sexo. Para as características de carcaça, os resultados mostraram diferenças significativas (P<0,05) entre genótipos, sexos e interação genótipo x sexo para CARPV, PTPV; para PTCAR apenas foi verificada diferença significativa (P<0,05) entre sexos. Os genótipos de frangos de corte foram melhor avaliados utilizando-se o conceito de medidas repetidas através do proc MIXED, sendo este mais apropriado e indicado para a análise dos dados de desempenho zootécnico; dentre os genótipos estudados, o D apresentou melhor desempenho zootécnico. O genótipo B apresentou os melhores resultados de características de carcaça. / This trial aimed to evaluate the effect of genotypes on performance of broilers using the concept of repeated measures and to evaluate the effects of genotypes on carcass characteristics of broilers. The treatments consisted of four genotypes, two sexes and six ages to evaluate the performance and the carcass characteristics were only evaluated at 42 days of age. The variables of performance were: average feed intake (AFI), average alive weight (AAW), feed:gain ratio (FGR), average daily weight gain (ADWG), viability (VIAB) and European factor of productive efficiency (EFPE). The variables of carcass characteristics were: carcass yield (CY), breast yield (BAW) and legs yield (LAW) in relation to average alive weight and breast yield (BCY) and legs yield (LCY) in relation to carcass weight. The experimental design for performance analysis was desbalanced incomplete blocks, in a factorial scheme 4x2x6, considering each box with 40 broilers as an experimental unit. This analysis was accomplished in the GLM and MIXED procedures, being in this last tested five variance and covariance structures, choosing the one that presented smaller value for the Akaike´s Information Criterion. For carcass characteristics the experimental design was desbalanced incomplete blocks, in a factorial scheme 4x2, considering each broiler as an experimental unit and the analysis was accomplished in the GLM procedure. The averages were estimated by the least square means and compared by the test of Tukey-Kramer. For AFI, AAW, FGR, ADWG and VIAB was chosen the structure first-order autoregressive heterogeneous and for EFPE was chosen the structure compound symmetry heterogeneous. The observed results detected significant differences (P<0,05) in the values of AAW and ADWG in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotype, age x sex and age x genotype x sex. For AFI were detected significant effects (P<0,05) in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotype and age x sex for both procedures. Additionally, it was detected significant effect (P<0,05) in the interaction age x genotype x sex in MIXED proc. For FGR significant differences were verified (P<0,05) in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotype and age x sex, being this last one just verified in the MIXED proc. For VIAB significant differences (P<0,05) were observed in the comparisons among genotypes, ages and in the interaction age x sex. EFPE presented significant differences (P<0,05) in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotypes and age x sex. For the carcass characteristics the results showed significant differences (P<0,05) among genotypes and sexes for CY, BAW and LAW; the interaction genotype x sex was only significant (P<0,05) for CY and BAW. The broiler chicken genotypes were better evaluated using of the concept of repeated measures by MIXED proc, being it more appropriated and indicated for the analysis of the performance’s data; between the genotypes studied, D presented the best performance. The genotype B presented the best results on carcass characteristics.
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Agressividade de isolados de Cercospora zeae-maydis em genótipos de milho / Aggressiveness of Cercospora zeae-maydis isolates in maize genotypes

Mathioni, Sandra Marisa 19 May 2006 (has links)
A cultura do milho (Zea mays L.) apresenta grande importância cultural, social e econômica, tanto no Brasil como no mundo. Entre os fatores que contribuem grandemente para a diminuição de sua produtividade estão as doenças. A mancha de cercospora ou cercosporiose, causada pelo fungo Cercospora zeae-maydis Tehon & Daniels, é uma das principais doenças da cultura em vários países. Uma vez que o uso de híbridos resistentes é a medida mais eficiente para o seu controle, a caracterização e a discriminação de genótipos de milho quanto ao nível de resistência e de isolados do patógeno quanto ao nível de agressividade é uma etapa fundamental de qualquer programa de melhoramento. Isolados de C. zeae-maydis podem ser classificados em dois grupos genéticos, denominados I e II, segundo análise por marcadores AFLP e por restrição da região intergênica espaçadora do rDNA 5.8S. No Brasil, há ocorrência dos dois grupos, mas nos Estados Unidos há uma prevalência do grupo I sobre o grupo II, ao passo que em países do sul da África verifica-se somente a presença de indivíduos do grupo II. Presentemente, não há nenhum relato sistemático sobre diferenças em agressividade entre indivíduos destes grupos. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a agressividade de 20 isolados de C. zeae-maydis dos grupos genéticos I e II quando inoculados em um híbrido de milho suscetível e também testar o comportamento de 10 linhagens de milho frente a oito isolados em dois ambientes para verificar a possível presença de interação diferencial entre isolado, linhagem e local. Para tanto, os isolados foram cultivados em sementes de sorgo para produção de inóculo. Sementes colonizadas foram depositadas no cartucho das plantas e as avaliações foram realizadas utilizando-se escalas diagramáticas. No experimento em casa de vegetação foi verificada uma variação em agressividade entre os isolados do grupo genético I, do grupo genético II e entre os grupos. Observou-se ainda que isolados pertencentes ao grupo genético II são, em média, mais agressivos que isolados do grupo genético I. Este é o primeiro relato de diferenças em agressividade entre os grupos genéticos. No experimento em campo não foram observadas diferenças significativas quanto à agressividade dos isolados avaliados em Jardinópolis (SP) e Indianópolis (MG). Entretanto, observou-se forte interação entre linhagens e locais, indicando que o ambiente exerce influência na doença. Dessa forma, recomendam-se avaliações em ambientes diferentes e a utilização de isolados mais agressivos e pertencentes aos dois grupos genéticos a fim de otimizar a discriminação de genótipos de milho com relação à resistência a C. zeae-maydis. / Maize (Zea maydis L.) is of great social, cultural and economical importance in Brazil and in the world. Maize diseases are the main factors that reduce crop yield. Gray leaf spot, caused by the fungus Cercospora zeae-maydis Tehon & Daniels, is one of the most important diseases in many countries. Given that the disease can be controlled by the use of resistant maize hybrids, the characterization and discrimination of maize genotypes according to their level of resistance and of pathogen isolates according to their aggressiveness are fundamental steps in any breeding program. Isolates of C. zeae-maydis can be classified into two genetic groups, named I and II, by analysis with AFLP markers and restriction of the intergenic spacer region of the 5.8S rDNA. In Brazil, both groups occur whereas in the United States isolates from group I prevail and in some South African countries only isolates from group II can be found. Presently, there are no systematic reports on differences in aggressiveness between these groups. Therefore, the objective of this study was to evaluate the aggressiveness of 20 isolates of C. zeae-maydis from both genetic groups when inoculated in a susceptible maize hybrid and also to test the reaction of 10 maize inbreds to eight C. zeae-maydis isolates in two environments in order to assess the possible occurrence of differential interaction between isolates, inbreds, and locations. Isolates were cultivated in sorghum seeds for innoculum production. Colonized seeds were placed into the whorl of the plants and the disease reaction was evaluated using a diagrammatic scale. In the greenhouse experiment significant variation in aggressiveness was observed among isolates of group I, group II and between groups. Also, it was observed that isolates from group II were, on average, more aggressive than isolates from group I. This is the first report on differences in aggressiveness between the two genetic groups of C. zeae-maydis. In the field experiment no significant differences were observed in aggressiveness among isolates evaluated in Jardinópolis (SP) and Indianópolis (MG) for the inbreds tested. However, a strong interaction between reactions of maize inbreds and regions was observed indicating that the environment influences the disease. Thus, evalutions in several locations with aggressive isolates from both groups is recommended in order to optimize the discrimination of maize genotypes regarding their resistance to C. zeae-maydis.
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Técnicas para otimização da multiplicação in vitro de brotações de Eucalyptus citriodora (Hook) K.D. Hill &amp; L.A.S. Johnson / Optimization techniques for shoots in vitro multiplication of Eucalyptus citriodora (Hook) KDHill &amp; LASJohnson

Almeida, Lívia Vieira de 12 December 2012 (has links)
Pelas qualidades silviculturais e da madeira, o Eucalyptus citriodora apresenta-se como uma excelente espécie para usos múltiplos, destacando-se a extração de óleo essencial para indústria de perfumaria e desinfetantes. Entre as espécies de eucalipto é a que apresenta madeira de alta densidade, dependendo das condições edafoclimáticas e procedência. Porém, as limitações referentes à disponibilidade de sementes e dificuldades de enraizamento de estacas e miniestacas inviabilizam sua multiplicação comercial. Sendo assim, a utilização da micropropagação objetiva acelerar os métodos convencionais de clonagem, de genótipos selecionados. Brotações com uma a três gemas de aproximadamente 1,5cm, foram transferidas para três diferentes meios básicos de cultura, MS (MURASHIGE; SKOOG, 1962), WPM (LLOYD; MCCOWN, 1980) e JADS (CORREIA et al., 1995), suplementados a cada subcultivo com concentrações combinadas e crescentes de benzilaminopurina (BAP- 0,025; 0,05 e 0,50mg L-1) e ácido naftalenoacético (ANA) (0,0025; 0,005 e 0,050mg L-1), sendo que para a maior concentração de ambos os fitorreguladores foram realizados 4 subcultivos, totalizando 6 subcultivos. Vinte repetições de cada tratamento foram separadas para avaliação dos parâmetros fisiológicos (peso da matéria fresca, peso da matéria seca e número de brotos por cepa), avaliação da aparência por nota e análise química do teor nutricional. O experimento foi conduzido no delineamento inteiramente casualizado em arranjo fatorial (3x3x3x3), testando-se três clones, três meios de cultura, três concentrações de BAP combinadas com três concentrações de ANA. Os resultados inferiram que as respostas aos diferentes meios de cultura são genótipo-dependentes em relação às concentrações salinas, relacionando as exigências nutricionais do material genético e a relação auxina/citocinina à produção de matéria seca. A multiplicação das microcepas é influenciada por fatores epigenéticos, que atuam no aumento do vigor, tamanho das folhas, número e homogeneidade das brotações / By its silvicultural qualities, Eucalyptus citriodora presents itself as an excellent species for multiple uses, especially the essential oil extraction for fragrance and disinfectants industry. Among Eucalyptus species, this has high wood density, depending on environmental conditions and provenance. However, limitations related to seed available and difficulties with cuttings rooting make unfeasible its commercial multiplication. Thus, the use of micropropagation aims to accelerate conventional methods of selected genotypes cloning. Shoots with one to three buds with about 1.5 cm length were transferred to three different basic culture media, MS (Murashige and Skoog, 1962), WPM (Lloyd and McCown 1980) and JADS (Correia et al. 1995), supplemented to each subculture with combined increasing concentrations of benzylaminopurine (BAP- 0, 025, 0.05, and 0.50 mg L-1) and naphthaleneacetic acid (NAA) (0.0025, 0.005 and 0.050 mg L-1), and the highest concentration of both regulators were performed during four subcultures, totaling 6 subcultures. Twenty replicates of each treatment were separated for assessment of physiological parameters (fresh weight, dry oven weight and number of shoots per microstumps), appearance evaluation by note and chemical analysis of mineral nutrient content. The experiment was conducted in a completely randomized factorial design (3x3x3x3), testing three clones, three culture media, three concentrations of BAP combined with three concentrations of NAA. The results inferred that the response to the different culture media are genotype-dependent to salt concentrations, relating the nutritional requirements of the genetic material and the relationship auxin/cytokinin production of dry matter. The multiplication of microstumps is influenced by epigenetic factors, which act to increase the strength, size of leaves, number and homogeneity of shoots.
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Contribuição genética do melhoramento de arroz irrigado de terras baixas para o Rio Grande do Sul / Genetic Contribution of Lowland Irrigated Rice Breeding from the Rio Grande do Sul

Streck, Eduardo Anibele 06 October 2017 (has links)
Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2017-12-20T10:47:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese Final.pdf: 2924207 bytes, checksum: 7c3690594b72dc0f2ba9aaedc72bc1ed (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-01-02T13:56:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese Final.pdf: 2924207 bytes, checksum: 7c3690594b72dc0f2ba9aaedc72bc1ed (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-02T13:56:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Final.pdf: 2924207 bytes, checksum: 7c3690594b72dc0f2ba9aaedc72bc1ed (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-10-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O Rio Grande do Sul têm evidenciado elevados avanços na produtividade e qualidade dos grãos de arroz irrigado nas últimas décadas, decorrentes de inúmeros avanços na área da pesquisa e desenvolvimento de novas tecnologias. Logo, essa resposta fenotípica da cultura vem sendo decorrente de progressos genéticos, de ambiente e das interações genótipos x ambientes. Logo, este trabalho objetiva evidenciar a atuação do programa de melhoramento de arroz irrigado de Terras Baixas da Embrapa e perspectivas diante da realidade da cultura, no Sul do Brasil. Foram realizadas três experimentações: I) Progresso Genético em 45 Anos de Melhoramento Genético de Arroz Irrigado no Sul do Brasil - as estimativas foram oriundas via, meta-análise obtidas da avaliação de 455 genótipos em 145 ensaios de rendimento regional de linhagens (ERs) e valor de cultivo e uso (VCUs) em 44 safras agrícolas; e via comparação de cultivares, obtidas da avaliação de 25 cultivares em 10 safras agrícolas. II) Adaptabilidade e estabilidade de cultivares de arroz irrigado lançadas entre 1972 e 2017 na região subtropical do Brasil – experimentação contemplando 25 cultivares de arroz irrigado, conduzida à campo em todas as regiões agroclimáticas de cultivo de arroz irrigado do estado do Rio Grande do Sul, entre as safras agrícolas de 2005/2006 e 2015/2016, totalizando 60 experimentos (ambientes). III) Qualidade genética dos grãos de cultivares de arroz irrigado lançadas pela Embrapa no Rio Grande do Sul - estimativas genéticas seguiram a abordagem baseada na análise comparativa das 25 cultivares lançadas pela Embrapa ao longo de 45 anos, sendo implementada em quatro regiões produtoras do estado do Rio Grande do Sul na safra 2015/2016. Houve um progresso genético no período de 1972 a 2016 via meta-análise e comparação de cultivares de 0,62% (37,91 kg ao ano) e 0,73% (47,78 kg ao ano), respectivamente. Podemos destacar as cultivares BRS Pampa, BRS Pampeira e BRSCIRAD 302 que podem ser cultivados em vários ambientes no Rio Grande do Sul, reunindo alta produtividade de grãos, alta adaptabilidade, boa estabilidade, bons atributos agronômicos e excelente rendimento de engenho após o beneficiamento. Além disso, o programa de melhoramento acarretou em: redução de -0,32 cm por ano (-0,32% ao ano) na estatura das plantas; redução de 0,21 dias por ano (-0,21% ao ano) nos dias para floração; e progressos genéticos anuais significativos para os principais atributos de qualidade dos grãos. Logo, tem disponibilizado cultivares em consonância com a demanda nacional para produtividade e qualidade dos grãos nos diversos segmentos da cadeia produtiva do cereal. / The Rio Grande do Sul have shown high advances in yield and quality of rice grains in recent decades due to many advances in research and development of new technologies. Therefore, this phenotypic response of the crop has been due to genetic progress, environmental and genotype x environmental interactions. Logo, essa resposta fenotípica da cultura vem sendo decorrente de progressos genéticos, de ambiente e das interações genótipos x ambientes. Thus, this work aims to highlight the role of the rice breeding program of Embrapa Lowlands and perspectives on the reality of culture, in Southern Brazil. Three experiments were carried out: I) Genetic progress in 45 years of Irrigated Rice Breeding in Southern Brazil - the estimates were obtained with the meta-analysis obtained from the evaluation of 455 genotypes in 145 trials of regional yield of strains (ERs) and value of cultivation and use (VCUs) in 44 seasons; and cultivars released, obtained from the evaluation of 25 cultivars in 10 seasons. II) Adaptability and stability of irrigated rice cultivars released between 1972 and 2017 in the subtropical region of Brazil – experimenting with 25 cultivars of irrigated rice, conducted to the field in all agroclimatic regions of irrigated rice cultivation in the state of Rio Grande do Sul, between the 2005/2006 and 2015/2016 seasons, totaling 60 experiments (environments). III) Grain quality genetic in irrigated rice cultivars released by Embrapa for the Rio Grande do Sul State - Genetic estimates followed the approach based on comparative analysis of 25 cultivars released by Embrapa over 45 years, being implemented in four producing regions of Rio Grande do Sul state in the harvest 2015/2016. There was a genetic progress in the period from 1972 to 2016 with meta-analysis and cultivars released of 0.62% (37.91 kg per year) and 0.73% (47.78 kg per year), respectively. We can highlight the BRS Pampa, BRS Pampeira and BRSCIRAD 302 which can be grown in various environments in Rio Grande do Sul, bringing together high yield, high adaptability, good stability, good agronomic traits and excellent milling quality after processing. In addition, the breeding program resulted in: decrease of -0.32 cm per year (-0.32% per year) in plant height; reduction of 0.21 days per year (-0.21% per year) in days to flowering; and significant annual genetic progress for the main attributes of grain quality. Therefore, it has provided cultivars in line with the national demand for grain quality and yield in the various segments of the cereal production chain.
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Melhoramento genético e biometria aplicada a produtividade e biofortificação de grãos de milho / Genetic breeding and biometry applied to yield and biofortification of maize grains

Carvalho, Ivan Ricardo 15 February 2018 (has links)
Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2018-03-09T14:09:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese Ivan Ricardo 05.03 Ajustada e correta.pdf: 1156151 bytes, checksum: 0fba4df804fe3ebd632eaedacfe2e4f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-03-28T12:50:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese Ivan Ricardo 05.03 Ajustada e correta.pdf: 1156151 bytes, checksum: 0fba4df804fe3ebd632eaedacfe2e4f2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-28T12:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Ivan Ricardo 05.03 Ajustada e correta.pdf: 1156151 bytes, checksum: 0fba4df804fe3ebd632eaedacfe2e4f2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-02-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / O melhoramento genético do milho é dinâmico e requer do melhorista uma compreensão multidisciplinar, capacidade de planejamento e execução de atividades voltadas ao âmbito agronômico, cruzamentos, seleções, aplicabilidade de modelos biométricos, obtenção de genótipos produtivos egrãos biofortificados. Os objetivos do presente trabalho foram: 1) Estimar os componentes de variância e parâmetros genéticos (REML), as correlações lineares fenotípicas, genéticas, de ambiente e canônicas para os caracteres de interesse agronômico em milho; 2) Identificar as associações lineares, de causa e efeito entre os caracteres e a estabilidade pelo método de Annicchiarico da proteína bruta dos grãos do milho cultivado em quatro diferentes ambientes; 3) Determinar as associações lineares, as estimativas dos parâmetros genéticos e a heterose de compostos bioativos e micronutrientes em híbridos intervarietais de milho; 4) Estimar a heterose, os componentes de variância e parâmetros genéticos mais relevantes, utilizar uma abordagem multivariada para definir perfis de herdabilidade com sentido restrito para os componentes do rendimento e nutricionais em progênies de meios-irmãos de milho;5) Estimar os componentes de variância e parâmetros genéticos (REML/BLUP) de um dialelo intervarietal, selecionar e predizer os melhores genótipos para os componentes de rendimento do milho. As principais conclusões obtidas foram: 1) evidenciou-se a maior contribuição da variação genética na interação genótipos x ambientes e herdabilidade com sentido amplo para o diâmetro da espiga, número de fileiras de grãos da espiga e diâmetro do sabugo; 2) o aumento da altura de planta, massa de mil grãos e do rendimento de grãos reduz o teor de proteína bruta no grão do milho; 3) a espessura e a coloração das sementes, fenóis totais, radical antioxidante ABTS e zinco são incrementados através dos efeitos da heterose intervarietal; 4) a herdabilidade com sentido restrito entre e dentro das progênies são superiores para o teor de manganês, glicina, prolina e triptofano nos grãos do milho; 5) os genitores paternos e a fração genética aditiva são determinantes ao índice relativo para o volume do grão, entretanto, a massa de10 cem grãos e o rendimento de grãos são determinados pela capacidade específica de combinação intervarietal. / The genetic breeding of maize is dynamic and requires a multidisciplinary comprehension from the breeder, ability to plan and execute agronomic activities, crosses, selections, applicability of biometric models, obtaining of productive genotypes and biofortified grains. The objectives of the present work were: 1) To estimate the variance components and genetic parameters (REML), the linear phenotypic, genetic, environmental and canonical correlations for the traits of agronomic interest in maize; 2) To identify the linear, cause and effect associations between traits, and the stability by Annicchiarico´s method of the crude protein of maize grains cultivated in four different environments; 3) To determine the linear associations, to estimate genetic parameters and heterosis of bioactive compounds and micronutrients in maize intervarietal hybrids; 4) To estimate heterosis, components of variance and the most relevant genetic parameters, to use a multivariate approach to define narrow sense heritability profiles for yield and nutritional components in maize half-sibling progenies; 5) To estimate the variance components and genetic parameters (REML/BLUP) of an intervarietal diallel, to select and predict the best genotypes for maize yield components. The main conclusions were: 1) the greatest contribution of genetic variation in the genotypes x environments interaction and broad sense heritability was verified for spike diameter, number of rows in the ear, and cob diameter; 2) the increase of plant height, mass of a thousand grains and grain yield reduces crude protein content in maize grain; 3) the thickness and color of the seeds, total phenols, antioxidant radical by ABTS and zinc content are increased through the effects of intervarietal heterosis; 4) the narrow sense heritability among and within the progenies are superior for manganese, glycine, proline and tryptophan content in maize grains; 5) male genitors and the additive genetic fraction are determinant to the grain volume relative index, however, the mass of one hundred grains and grain yield are determined by the intervarietal specific combining ability.

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