Submitted by Ilvana Bentes (vovoquinha.ufam@gmail.com) on 2018-09-24T15:07:40Z No. of bitstreams: 1 Caracterização molecular da infecção por HPV em lesões de colo de útero de mulheres submetidas ao tratamento cirurgico no serviço de alta complexidade do Estado do Amazonas.pdf: 1772146 bytes, checksum: 75f184fcb8dba2afd19b8b37e3493e98 (MD5) / Approved for entry into archive by Marcos Roberto Gomes (mrobertosg@gmail.com) on 2018-09-25T19:30:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Caracterização molecular da infecção por HPV em lesões de colo de útero de mulheres submetidas ao tratamento cirurgico no serviço de alta complexidade do Estado do Amazonas.pdf: 1772146 bytes, checksum: 75f184fcb8dba2afd19b8b37e3493e98 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-09-27T12:26:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Caracterização molecular da infecção por HPV em lesões de colo de útero de mulheres submetidas ao tratamento cirurgico no serviço de alta complexidade do Estado do Amazonas.pdf: 1772146 bytes, checksum: 75f184fcb8dba2afd19b8b37e3493e98 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-27T12:26:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caracterização molecular da infecção por HPV em lesões de colo de útero de mulheres submetidas ao tratamento cirurgico no serviço de alta complexidade do Estado do Amazonas.pdf: 1772146 bytes, checksum: 75f184fcb8dba2afd19b8b37e3493e98 (MD5) Previous issue date: 2017-08-07 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cervical cancer presents alarming rates in the northern region of Brazil, and in Amazonas this incidence is 53/100,000 women. The persistence and presence of high-risk human papillomavirus (HPV) is related to the development of this neoplasia. About 70% of cervical cancer cases involves HPV 16 and 18 genotypes, being the most frequent in all geographic regions and studies in Brazil shows a genotypic variability. The objective of this study was to characterize the most prevalent HPV genotypes in women with cervical cancer and cervical intraepithelial neoplasia grade III (CIN III), attended at referral center in the state of Amazonas. This is an observational, cross-sectional, descriptive study carried out at the Fundação Centro de Controle de Oncologia do Amazonas - FCECON (Oncology Control Center of Amazonas), in women undergoing total hysterectomy, diagnosed with CIN III and invasive cervical cancer. For HPV detection, Real-Time PCR methods for HPV 16 and 18, generic PCR (PGMY09 / 11) and PapilloCheck® commercial kit. From 42 women included in the study, 30.9% were diagnosed with CIN III and 69.1% with invasive carcinoma, with HPV frequency of 86,2%. The most frequent genotypes were HPV 16 (70.3%), followed by HPV 18 (21.6%). HPV 06 was found in a patient who had co-infection with HIV and EBV, presenting a diagnosis of CIN III. There was statistical significance regarding the age of women and the presence of HPV (p = 0.020). FIGO staging the patients presented a more frequent stage in 1BI (23.8%). Three patients presented staging IIB, IIIB and IVB. The most frequent histological type in patients with invasive carcinomas was squamous cell carcinomas (52.4%), followed by ADC with 14.3% and one case of adenosquamous The mean age distribution in relation to HPV genotypes and patient pathological status showed that women with HPV 16 and 18 genotypes were older (p = 0.350), as were women with invasive carcinoma (p = 0.096). HPV 06 found in one of the patients is a low-risk genotype and has been reported to be involved in the pathogenesis of high-grade lesions and is associated with other viruses. Clinical stage is a prognostic factor for the treatment of the disease, but other studies, such as survival analyses are necessary. The prevalence of the adenocarcinoma was high in this population and its association with HPV genotypes with a higher oncogenicity, can make it more aggressive as seen in other studies. Because HPV 16 is the most prevalent genotype in high grade lesions or cervical cancer it is necessary to carry out new studies on the mutations in HPV 16 DNA to understand its pathogenicity in the different histological types. / O câncer cervical apresenta taxas de incidência alarmantes na região Norte do Brasil, tendo o Amazonas uma taxa de 53/100.000 mulheres. A persistência e presença do Papillomavírus humano (HPV) de alto risco está relacionada com o desenvolvimento desta neoplasia. Cerca de 70% dos casos de câncer cervical são pelos genótipos HPV 16 e 18, sendo os mais frequentes em todas as regiões geográficas, contudo, estudos no Brasil mostram uma variabilidade genotípica. Desta forma, o objetivo deste estudo foi caracterizar os genótipos do HPV mais prevalentes em mulheres com câncer cervical ou neoplasia intra-epitelial de grau III (NIC III), tratadas em um centro de referência em oncologia do estado do Amazonas. Tratou-se de um estudo observacional, transversal, descritivo, realizado na Fundação Centro de Controle de Oncologia do Amazonas (FCECON), em mulheres submetidas a cirurgia de histerectomia total. Para detecção do HPV foram utilizados os métodos de PCR em Tempo Real para HPV 16 e 18, PCR genérica (PGMY09/11) e o kit comercial PapilloCheck® (Greiner Bio-One, Germany). Das 42 mulheres incluídas no estudo, 30,95% possuíam diagnóstico de NIC III e 69,05% de carcinoma invasor, tendo frequência do HPV de 86,2%. A prevalência do HPV em lesões de NIC III foi de 92,3% e em carcinomas invasores foi de 86,2%. Os genótipos mais frequentes foram HPV 16 (70,27%), seguido do HPV 18 (21,62%). Foi encontrado o HPV 06 em uma paciente, que tinha coinfecção por HIV e EBV, apresentando diagnostico de NIC III. Foram encontrados 5,4% de genótipos indeterminados do HPV. Houve significância estatística quanto a idade das mulheres e a presença do HPV (p=0,020). Quanto ao estadiamento FIGO as pacientes apresentaram estádio mais frequente em 1BI (23,8%). Três pacientes apresentaram estadiamento IIB, IIIB e IVB. O tipo histológico mais frequente nas pacientes com carcinomas invasores foi o carcinoma de células escamosas (52,4%), seguido do ADC com 14,3% e um caso de adenoescamoso. A distribuição media da idade em relação aos genótipos do HPV e o status patológico da paciente, mostrou que as mulheres com genótipos HPV 16 e 18 eram mais velhas (p=0,350), assim como as mulheres com carcinoma invasor (p=0,096). O HPV 06 encontrado em uma das pacientes, é um genótipo de baixo risco e foi relatado o seu envolvimento na patogênese de lesão de alto grau, estando associado a outros vírus. O estadiamento encontrado nas pacientes é um fator de prognostico para o tratamento da doença, porém, são necessários outros estudos, como análises de sobrevida dessas pacientes. A prevalência do tipo histológico adenocarcinoma apresentou-se alta e sua associação com genótipos do HPV de maior oncogenicidade, pode torná-lo mais agressivo como visto em outros estudos. Sendo o HPV 16 o mais prevalente nas lesões de alto grau ou no carcinoma invasor, são necessários novos estudos sobre as mutações no DNA do HPV 16 para entender a sua patogenicidade nos diferentes tipos histológicos.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-10-17T18:49:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_RENATO_VERSÃO FINAL 28-08-2018.pdf: 1581336 bytes, checksum: c1c251bb61c1eca656a5b81e7c810d42 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-10-17T18:50:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_RENATO_VERSÃO FINAL 28-08-2018.pdf: 1581336 bytes, checksum: c1c251bb61c1eca656a5b81e7c810d42 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-17T18:50:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_RENATO_VERSÃO FINAL 28-08-2018.pdf: 1581336 bytes, checksum: c1c251bb61c1eca656a5b81e7c810d42 (MD5) Previous issue date: 2017-12-01 / HPV infection is the most common sexually transmitted infection worldwide and the persistence of high-risk HPV (hrHPV) is the major etiologic factor for the development of Uterine Cervical Cancer (UCC). CCU is the fourth most common type of cancer in women in the world. In Brazil, it is the third most prevalent type and, in the North, it is the first neoplasm among women. Cytological examination has been the method of choice for the screening of precursor lesions and invasive cancer. Liquid cytology (CML) and molecular detection of HPV have been considered as promising strategies to increase the effectiveness of screening. This study aimed to detect hrHPV in women with altered cytology and in a group with normal cytology in the city of Coari-Amazonas. After consent, cervical samples were collected from 455 women under routine gynecological examination at the Basic Health Units of the city of Coari from September to December 2014. The samples were collected using the cytology collection kit in liquid medium - CML (BD SurePathTM). The cytopathological slides were prepared in the semi-automated BD PrepmateTM and PrepStainTM equipment. A 0.5 mL aliquot was separated to screen hrHPV by the HPV BD Onclarity® assay using the Viper LT system, which identifies six types individually (16/18/31/45/51/52) and eight types per group of genotypes ( P1: HPV33/58; P2: HPV56/59/66 and P3: HPV35/39/68). Our results showed that the blades made by CML were 99.3% classified as satisfactory and 7,3% (33/452) presented altered results. The hrHPV were detected in 70,9% of the cytologies altered, being positive in 77,3% of the cytologies classified as LSIL, 60% of the HSIL cytologies, 50% of the ASCUS cytologies and the most found genotypes were HPV 52 and group of HPV P3 genotypes. Among the 42 normal cytologies selected, 11,9% presented hrHPV infection, being also the most common genotypes HPV 52 and group of HPVP3 genotypes. These data, in addition to tracking women with a real risk for CCU development and confirming the presence and genotypic diversity of hrHPV in this Amazon female sample, reinforce studies in the literature that present CML and molecular tests as fundamental alternative tools in screening and, consequently, CCU reduction, especially in regions where there is a high index of this pathology. / A infecção por HPV é a infeção sexualmente transmissível mais comum em todo o mundo e a persistência do HPV de alto risco (hrHPV) é o principal fator etiológico para o desenvolvimento do Câncer do Colo do Útero (CCU). O CCU é o quarto tipo de câncer mais comum em mulheres no mundo. No Brasil, é o terceiro tipo mais prevalente e, na Região Norte, é a primeira neoplasia entre as mulheres. O exame citopatológico tem sido o método de escolha para o rastreamento das lesões precursoras e do câncer invasivo. A citologia em meio líquido (CML) e a detecção molecular do HPV têm sido consideradas estratégias promissoras para aumentar a eficácia do rastreamento. Este trabalho teve como objetivo detectar hrHPV em mulheres com citologia alterada e num grupo com citologia normal na cidade de Coari-Amazonas. Após consentimento, foram coletadas amostras cervicais de 455 mulheres em exame ginecológico de rotina nas Unidades Básicas de Saúde da cidade de Coari no período de setembro a dezembro de 2014. As amostras foram coletadas utilizando-se o kit de coleta de citologia em meio líquido - CML (BD SurePathTM). As lâminas citológicas foram confeccionadas nos equipamentos semi-automatizados BD PrepmateTM e PrepStainTM. Uma alíquota 0,5 mL foi separada para rastrear hrHPV pelo ensaio HPV BD Onclarity®, através do sistema Viper LT, que identifica seis tipos individualmente (16/18/31/45/51/52) e oito tipos por grupos de genótipos (P1: HPV33/58; P2: HPV56/59/66 e P3: HPV35/39/68). Nossos resultados mostraram que as lâminas confeccionadas por CML foram 99,3% classificadas como satisfatória e 7,3% (33/452) apresentaram resultados alterados. Os hrHPV foram detectados em 70,9% das citologias alteradas, sendo positivo em 77,3% das citologias classificadas como LSIL, 60% das citologias com HSIL, 50% das citologias com ASCUS e os genótipos mais encontrados foram o HPV 52 e o grupo de genótipos HPV P3. Dentre as 42 citologias normais selecionadas, 11,9% apresentaram infecção por hrHPV, sendo, também, os genótipos mais comuns o HPV 52 e o grupo de genótipos HPVP3. Estes dados, além de rastrear mulheres com real risco para o desenvolvimento do CCU e confirmar a presença e a diversidade genotípica de hrHPV nesta amostra feminina amazônica, reforça os estudos na literatura que apresentam a CML e os testes moleculares como ferramentas alternativas fundamentais no rastreio e, consequentemente, redução do CCU, principalmente em regiões onde existe um alto índice desta patologia.

Orientador: Angélica Zaninelli Schreiber / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-25T21:59:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ReichertLima_Franqueline_M.pdf: 2034183 bytes, checksum: 203b846210e23f42a824280eb3cadda2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O gênero Cryptococcus engloba duas espécies consideradas patogênicas: C.neoformans e C.gattii. Apesar dos avanços na área médica, a criptococose permanece uma das infecções fúngicas sistêmicas mais importantes no Brasil. Anfotericina B (AMB) associada a flucitosina (5FC) é a terapia de indução indicada porém, no Brasil, 5FC não está disponível e o tratamento segue somente com AMB ou em associação com fluconazol (FCL). Este trabalho avaliou a ocorrência de espécies e os genótipos de isolados clínicos de pacientes atendidos no Hospital de Clínicas da UNICAMP em um período de 5 anos; isolados ambientais coletados na cidade de Campinas-SP e o perfil de suscetibilidade aos antifúngicos sozinhos contra isolados clínicos e ambientais e o efeito de combinações de antifúngicos frente a isolados clínicos de Cryptococcus spp.. A identificação de espécies e genótipos foi realizada por testes bioquímicos, Restriction Fragment Length Polymorphism do gene URA5 (URA5-RFLP) e sequenciamento da região Internal Transcribed Spacer (ITS) do DNA ribossomal. Testes de suscetibilidade para AMB, 5FC, FCL, voriconazol (VRC), itraconazol (ITC) e terbinafina (TRB) isolados foram realizados conforme CLSI M27-A3 (2008). Os testes com antifúngicos combinados (AMB+5FC; AMB+FCL; AMB+TRB; FCL+TRB), foram realizados pelo método do "tabuleiro de xadrez" para determinação do Coeficiente de Inibição Fracional (CIF) para avaliar o tipo de interação entre as substâncias (sinergismo, indiferença ou antagonismo). Dentre 75 isolados clínicos reativados, foram identificados 66 C.neoformans e 9 C.gattii. Todos C.gattii pertenceram ao genótipo VGII enquanto que 62 isolados de C.neoformans ao genótipo VNI e apenas 4 ao genótipo VNII. Foram obtidos 92 isolados ambientais de Cryptococcus, pertencentes às espécies C.neoformans (genótipo VNI), C.laurentii, C.albidus, C.flavescens e Cryptococcus spp.. Os valores dos intervalos de CIM para C.neoformans clínicos foram AMB: ? 0,125-1 µg/mL; 5FC: ? 0,125-2 µg/mL; FCL: 0,25-8 µg/mL; VRC: ? 0,015-0,125 µg/mL; ITC: 0,03-0,25 µg/mL e TRB: 0,125-2 µg/mL. Intervalos de CIM para C.gattii variaram de 0,25-1 µg/mL para AMB; 0,5-4 µg/mL para 5FC; 2-16 µg/mL para FCL; 0,06-0,25µg/mL para VRC; 0,06-0,5 µg/mL para ITC e 0,5-4 µg/mL para TRB. Foram observados elevados valores de CIM para os antifúngicos 5FC e FCL frente aos isolados ambientais de C.albidus e C.laurentii. O genótipo VNI de C.neoformans clínico mostrou 75,80% de interação sinérgica para AMB+5FC; 79,03% para AMB+FCL; 77,42% para AMB+TRB e 95,16% para FCL+TRB. O genótipo VNII apresentou 100% de sinergismo em todas as combinações. C.gattii (VGII) apresentou 88,9% de sinergismo nas combinações AMB+5FC e AMB+FCL; 100% para AMB+TRB e FCL+TRB. Não foi observado efeito antagônico nas combinações de antifúngicos. Foi observado bom desempenho nas combinações realizadas, especialmente naquelas envolvendo a TRB para ambas as espécies C.neoformans e C.gattii. O genótipo VNI foi o predominante entre os genótipos que afetam os pacientes com criptococose na região de Campinas. Em infecções de difícil tratamento ou que não respondem aos antifúngicos convencionais, a combinação de diferentes antifúngicos como AMB+TRB ou FCL+TRB podem vir a ser uma alternativa em países onde 5FC não está disponível, como no Brasil. Mais estudos são necessários para avaliar o papel dos genótipos na sensibilidade aos antifúngicos, assim como estudos de combinações de antifúngicos in vitro e in vivo para que novas estratégias possam ser empregadas no tratamento da criptococose / Abstract: Cryptococcus genus comprises two species considered pathogenic: C.neoformans and C.gattii. Despite advances in the medical field, cryptococcosis remains one of the most important systemic fungal infections in Brazil. Amphotericin B (AMB) associated with flucytosine (5FC) induction therapy is indicated but, in Brazil, 5FC is not available and treatment follows only with AMB or in combination with fluconazole (FCL). This study evaluated the prevalence of species and molecular subtypes of clinical isolates from patients treated at the Hospital of UNICAMP in a period of 5 years; environmental isolates collected in Campinas ¿ SP and in vitro antifungal susceptibility profile of antifungal agents alone against clinical and enviromental isolates of Cryptococcus spp. and the effect of combinations of antifungal agents against clinical isolates of Cryptococcus spp.. The species identification and subtyping was performed by biochemical tests, Restriction Fragment Length Polymorphism of URA5 gene (RFLP - URA5) and sequencing of the Internal Transcribed Spacer region (ITS) of ribosomal DNA. Susceptibility tests for AMB, 5FC, FCL, voriconazole (VRC), itraconazole (ITC) and terbinafine (TRB) isolated were performed according to CLSI M27-A3 (2008). Combined antifungals tests (AMB +5FC; AMB+FCL; AMB +TRB, FCL+TRB), were performed by the "Checkerboard" method to determine the Fractional Inhibitory Coefficient index (FIC) to assess the type of interaction between substances (synergism, indifference or antagonism). Among the 75 viable clinical isolates, 66 were identified as C.neoformans and 9 as C.gattii. All C.gattii belonged to subtype VGII while 62 isolates belonged C.neoformans VNI genotype and only 4 VNII. 92 environmental isolates of Cryptococcus were obtained. The species C.neoformans (subtype VNI) C.laurentii, C.albidus, C.flavescens and Cryptococcus spp.were identified. The MIC range values of clinical C.neoformans for AMB were: ? 0.125 -1 µg/mL; 5FC: ? 0.125 to 2 µg/mL; FCL: 0.25-8 µg/mL; VRC: ? 0.015 to 0.125 µg/mL; ITC: 0.03 to 0.25 µg/mL and TRB: 0.125 to 2 µg/mL. MIC for C.gattii ranged from 0.25-1 µg/mL for AMB; 0.5-4 µg/mL for 5FC; 2-16 µg/mL for FCL; 0.06 to 0.25 µg/mL for VRC; 0.06 to 0.5 µg/mL for ITC and 0.5-4 µg/mL for TRB. High MIC values were observed for FCL and 5FC against environmental isolates of C.albidus and C.laurentii. The VNI C.neoformans genotype showed 75.80 % of synergistic interaction for AMB+5FC; 79.03 % for AMB + FCL; 77.42 % for AMB + TRB and 95.16 % for FCL+TRB. The VNII genotype showed 100% synergism in all combinations. C.gattii (VGII) showed 88.9 % of synergism in combinations AMB+5 FC and AMB+FCL; 100 % for AMB+TRB and TRB+FCL. No antagonistic effect was observed in all evaluated antifungal combinations. Good performance was observed in all combinations performed, especially those involving TRB for both C.neoformans and C.gattii species. The VNI was the predominant genotype among genotypes affecting patients with cryptococcosis in Campinas region. In difficult to treat infections or unresponsive to conventional antifungal agents, the combination of different antifungals so as AMB+FCL or TRB+TRB may become an alternative in countries where 5FC is not available, as in Brazil. More studies are needed to evaluate the role of genotypes in sensitivity to antifungal agents, as well as antifungal agents combination studies in vitro and in vivo so that new strategies can be employed in the treatment of cryptococcosis / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestra em Ciências Médicas

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:00:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1244_1.pdf: 3388892 bytes, checksum: a4c93d041358b9086b3d74dedace06f7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Existe uma relação bem definida entre os diferentes tipos de papilomavirus humano e a incidência de câncer cervical na região metropolitana do Recife, Pernambuco assim como em outras Regiões do Brasil. O conhecimento que se tem hoje a respeito do papilomavírus humano é muito amplo quando se fala de genoma viral, modo de infecção, estágios de progressão da doença e atualmente processos vacinas. Porém, quando se fala de um vírus tão comumente disseminado pela população, mas que apresenta diferentes aspectos em relação a características específicas quanto ao país, tipo celular e tipo viral, os estudos têm de ser diferentemente estruturados. Nosso estudo avaliou a incidência dos diferentes tipos de HPV e sua relação com tipo de lesão em amostras de material cervical de pacientes recebidas em unidade do Serviço de Saúde Publico da região metropolitana de Recife para os tipos mais prevalentes. Pudemos comprovar que existe uma alta incidência do HPV 16, seguidos pelos tipos 31 e 33, diferentemente das demais regiões brasileiras. Tais dados colocam em questão se as vacinas profiláticas lançadas atualmente no mercado podem ou não atender as necessidades da região metropolitana do Recife (PE)

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:31:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8103_1.pdf: 576734 bytes, checksum: add06e925071142bf95395156c86620d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Estimar a prevalência de resistência primária aos anti-retrovirais em pacientes cronicamente infectados pelo HIV-1, sem uso prévio de anti-retrovirais, em um Centro de Referência para o tratamento do HIV/AIDS do Nordeste do Brasil. Foram colhidas amostras de sangue para extração do RNA viral de pacientes com HIV/AIDS, cronicamente infectados, atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco, antes do início do tratamento antiviral, no período de fevereiro de 2002 a janeiro de 2003. As regiões da transcriptase reversa (TR) e da protease (PR) foram seqüenciadas para a determinação das mutações relacionadas à resistência aos antivirais.Foram ampliadas e genotipadas um total de 84 amostras. Os pacientes apresentavam CD4 médio de 178,7 células/mm3 e Carga viral média de 269.305 cópias RNA/mL. A genotipagem revelou 2 (2,4%) pacientes com mutação principal relacionada aos ITRN e nenhuma mutação principal aos ITRNN ou IP. Foram encontrados 17 (20,2%) pacientes com mutações secundárias aos ITRN e 67 (79,8%) com mutações secundárias relacionadas aos IP. Mutações acessórias no gene da protease ocorreram nas seguintes posições: L63P [40/84 (47,6%)], M36I [29/84 (34,5%)], V77I [13/84 (15,5%)], L10V [9/84 (10,7%)], K20R [9/84 (10,7%)], A71T [6/84 (7,1%), L10I [5/84 (6%)], A71V [2/84 (2,4%)] e I54P [1/84 (1,2%)]. As mutações associadas a susceptibilidade reduzida aos ITRN foram: M41L [2/84 (2,4%)], G333E [6/84 (7,1%)], V118I [5/84 (5,9%)], S68G[4/84 (4,8%)], E44D [1/84 (1,2%)] e K219E [1/84 (1,2%)]. Observou-se baixa prevalência de mutações primárias relacionadas à resistência aos ITRN em pacientes cronicamente infectados pelo HIV e ausência de resistência aos ITRNN e IP

Orientadores: Fernando Lopes Gonçales Junior, Neiva Sellan Lopes Gonçales / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T22:44:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tonetto_PriscilaAparecida_M.pdf: 2027435 bytes, checksum: ec4453a66ae541917395dc0f14142ed8 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O vírus da hepatite B (VHB) pode ser classificado em oito principais genótipos (A-H), e essa classificação tem uma distribuição geográfica determinada. Os genótipos do VHB podem influenciar na progressão de doença. O objetivo foi determinar os genótipos e os subtipos do VHB e correlacioná-los com as variáveis clínicas epidemiológicas, laboratoriais e histológicas. Foram determinados os genótipos de 139 amostras de soro de pacientes infectados pelo VHB, coletadas em Campinas, no estado de São Paulo, Brasil. O método para genotipagem utilizado foi o seqüenciamento parcial do gene S do VHB. Os primers utilizados foram desenhados a partir de seqüências do gene S, com genótipo determinado, depositadas no GenBank. Todas as seqüências obtidas foram comparadas com as seqüências depositadas no GenBank para determinação dos genótipos. O genótipo A (55%) do VHB foi o mais predominante na população, seguido pelos genótipos C (3%), D (38%) e F (4%). Entre os pacientes infectados pelos genótipos A e D, observou-se uma provável descendência africana de 18% (14/76) e 11% (6/53), respectivamente. Entre os quatro pacientes infectados pelo genótipo C, dois possuíam descendência asiática e dois eram caucasianos. Todos os pacientes infectados pelo genótipo F eram caucasianos sem ascendência indígena relatada. Aproximadamente 30% dos pacientes eram HBeAg positivo e 70% eram HBeAg negativo. A carga viral do DNA-VHB foi aproximadamente cinco vezes mais alta entre os HBeAg positivo quando comparada aos HBeAg negativo. Os genótipos A e D são os mais prevalentes entre os pacientes, aparentemente em virtude da imigração européia em nossa região / Abstract: Hepatitis B virus (HBV) can be classified into eight major genotypes (A-H) that have mainly a geographic distribution. The HBV genotype may influence disease progression. Our objective was to determine the genotypes and the subtypes of HBV and to correlate them with the with variables clinical epidemiologies, laboratories and histological. Hepatitis B virus genotypes were determined in 139 plasma samples collected in Campinas, in the state of São Paulo, Brazil from HBV-infected patients. A method for genotyping hepatitis B virus by partial HBsAg gene sequencing with primers common to all known genotypes was developed. The results of sequencing corresponded to those found in HBV isolates obtained from GenBank, including all of the known HBV genotypes. HBV genotype A was predominant in our sample, appearing in 76 patients (55%), while genotypes C, D and F was found in 4 (3%), 53 (38%) and 6 (4%) of the patients, respectively. Among the patients infected by genotypes A and D, were observed a probably African descendents of the 18.3% (14/76) and 11.3% (6/53), respectively. Among the genotype C infected patients, 2 (50%) were of Asian descendents and 2 were Caucasians. The genotype F infected patients were all Caucasians without told indigenous origin. About 30% of the patients were HBeAg positive and 70% were HBeAg negative. The viral load of HBV-DNA was about 5 times higher among HBeAg positive than in HBeAg-negative patients. Genotypes A and D were the most prevalent among our HBV-infected patients, apparently a consequence of the types of immigration to our region / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Ciências Médicas

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriano Queiroz de Mesquita -30-07-2010.pdf: 3684854 bytes, checksum: bc87bf213d6700cac487c2b4580b87a1 (MD5) Previous issue date: 2010-07-30 / A mastite tem sido considerada, mundialmente, a doença de maior impacto nos rebanhos leiteiros, devido à elevada prevalência e aos prejuízos econômicos que determina. As desordens decorrentes da mastite por agente etiológico de origem bacteriana são complexas, dependentes do microrganismo envolvido, e desencadeiam inúmeros processos de reconhecimento. As estruturas moleculares dos microrganismos são conhecidas como padrões moleculares associados aos patógenos (PAMPS) e os receptores nas células do hospedeiro como receptores de reconhecimento de padrões (PRR). O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de identificar a presença de polimorfismos de nucleotídeo único no gene codificador do TLR4 em vacas leiteiras da raça holandesa em uma propriedade leiteira em Goiás, avaliando a relação dos alelos identificados, com a ocorrência de mastite subclínica e contagem celular somática. Foram coletadas 150 amostras de leite individual de vacas para identificação de microrganismos, contagem celular somática e composição centesimal, e 150 amostras de sangue para genotipagem em uma propriedade rural do Estado de Goiás. A discriminação alélica foi realizada por meio da técnica de PCR em tempo real, baseada em 4 SNPs de referência no gene codificador do TLR4 depositados no NCBI (rs8193046, rs8193047, rs8193060 e rs29017188). Os resultados obtidos revelam maior frequência de microrganismos Gram negativos na propriedade de estudo (52,47%) e que, animais identificados com os genótipos AACCCC, GGTCGG e GACCGC são os mais indicados para seleção assistida por marcadores moleculares. / Mastitis has been considered, worldwide, the disease of greatest impact in dairy herds because of the high prevalence and the economic losses that determines. The disorders caused by mastitis causative agent of bacterial origin are complex, depending on the microrganism involved, and trigger numerous processes of recognition. The molecular structures of microrganisms are known as Pathogen- Associated Molecular Patterns (PAMPs) and the receptors on host cells as pattern recognition receptors (PRR). This study was developed with the aim of identifying the presence of single nucleotide polymorphisms in TLR4 in Holstein dairy cows on a dairy farm in Goiás, evaluating the relationship between identified alleles, occurrence of subclinical mastitis and somatic cell count. 150 milk samples from individual cows were collected for identification of microrganisms, somatic cell count and composition, and 150 blood samples for genotyping on a farm in the State of Goiás. The allelic discrimination was performed by Real-time PCR, based on four reference SNPs in TLR4 gene from NCBI (rs8193046, rs8193047, rs8193060 and rs29017188). The results showed higher frequency of Gram negative microrganisms (52.47%) and that animals with the genotypes AACCCC, GGTCGG GACCGC are best suited for marker-assisted selection.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Alyne Melo Pereira.pdf: 2782543 bytes, checksum: 9841bfc0f181c8d2c6af086d835eadc3 (MD5) Previous issue date: 2012-03-07 / Tuberculosis (TB) is a chronic infectious bacterial disease, very contagious, that, despite almost 130 years of biomedical research since the discovery of the tubercle bacillus, it continues to be a major threat to global health and is one of the leading causes of death by a bacterial organism, particularly in the developing world. The etiologic agent, Mycobacterium tuberculosis, is a bacterium that is easily transmitted by air. The disease control depends on several factors, being the correct diagnosis; efficient treatment; and active disease patient management to avoid transmission, essential ones. In order to improve the success in diagnosis, the knowledge of genotypic profiles by molecular techniques has provided positive results. Additionally, the correlation between the geographical locations of TB cases is a useful tool to aid epidemiological control strategies, especially when it is performed together with the knowledge of genetic variability of the studied TB strains. In this study we used the 15 loci MIRU-VNTR technique to identify polymorphisms among Mycobacterium tuberculosis isolates. A total of 119 M. tuberculosis samples, isolated between 2006 and 2007 from patients attending two reference hospitals of Goiânia city, were genotyped and the results compared with the gold standard RFLP-IS6110 technique. The 15 loci MIRU-VNTR analysis of 119 TB isolates provided 110 distinct genotypes, 105 of which contained only one isolate while 14 isolates were grouped in five genetic groups (clusters). This technique showed a good discriminatory power (0.9986). The 15 loci MIRU-VNTR technique was more discriminatory than RFLP-IS6110 (0.9942). We also performed the georeferencing of 241 TB cases, corresponding to all clinical forms reported in Goiânia during the year 2007 by the City´s Secretary of Health Department. The cases were randomly distributed throughout the city. The distribution of cases showed that, visually, there was no relationship between disease and socio-economic situation of the population. Among the georeferenced cases, we were able to genotype 50 isolates by 15 loci MIRU-VNTR. A great genetic variability of genotypes among the 50 isolates was observed, and the few ones that were clustered did not show epidemiological links. Based on the observed data, no transmission source the TB was identified in the city of Goiânia, and consequently we can infer that TB in the City of Goiânia could be resulted from a previously acquired infection due to the high degree of heterogeneous genetic profiles observed. / A tuberculose (TB) é uma doença bacteriana crônica infecto-contagiosa que, apesar de quase 130 anos de pesquisas desde a descoberta do bacilo, continua a ser um importante agravo à saúde global e uma das principais causas de morte, particularmente nos países em desenvolvimento. A doença tem como agente etiológico o Mycobacterium tuberculosis, uma bactéria de fácil transmissão uma vez que os bacilos se propagam pelo ar. O controle da doença depende de vários fatores, dentre os quais, o correto diagnóstico, o tratamento completo e o manejo adequado dos pacientes com a doença ativa para evitar a transmissão são fundamentais. Neste cenário, o conhecimento dos perfis genotípicos dos microorganismos circulantes em uma região, através de técnicas moleculares apropriadas, tem contribuído com bons resultados. Além disso, a correlação entre o espaço geográfico de casos da doença é uma ferramenta útil para a definição de estratégias epidemiológicas, sobretudo quando se conhece a variabilidade genética das cepas presentes em uma determinada população associada a sua localização geográfica. Neste estudo, foi empregada a análise de MIRU-VNTR para identificar o polimorfismo de 15 loci em amostras de Mycobacterium tuberculosis. Foram analisadas 119 amostras, coletadas entre 2006 e 2007, de pacientes com TB pulmonar em dois hospitais de referência no município de Goiânia. Os resultados obtidos pela técnica de 15 loci MIRU-VNTR foram posteriormente, comparados com resultados gerados pela técnica padrão ouro RFLP-IS6110. Pela análise dos padrões moleculares dos 119 isolados, foram encontrados 110 genótipos distintos. Destes, 105 continham um único isolado enquanto que 14 amostras se agruparam em cinco grupos (cluster) genéticos. Esta técnica apresentou um bom poder discriminatório (0,9986). Nossos resultados mostraram que a técnica de tipagem por 15 loci MIRU-VNTR se mostrou mais discriminatória que a técnica de RFLP-IS6110 (0,9942). Adicionalmente, foram georreferenciadas 241 amostras de pacientes diagnosticados com qualquer forma clínica de TB em 2007 de acordo com a Secretaria Municipal de Saúde e destas, 50 amostras foram genotipadas por 15 loci MIRU-VNTR. No georreferenciamento de 241 casos da doença, observou-se uma distribuição aleatória destes pelo município sem aglomerados significativos. A distribuição dos casos mostrou que, visualmente, não houve relação entre a doença e a situação sócio-ecônomica da população. O estudo genotípico de 50 isolados georreferenciados demonstrou que existe grande variabilidade genética de cepas circulantes na cidade e essas, quando agrupadas, não apresentam associação geo-espacial que possibilite estabelecer uma ligação epidemiológica entre os casos. Podemos concluir que não existem focos recentes de transmissão da doença, podendo esta ser proveniente de reativação endógena de infecção latente adquirida anteriormente, já que a maioria dos isolados apresentaram perfis únicos.

The main objective of the present thesis was to propose a procedure to optimize genotypic information value in small dairy cattle populations and investigate the impacts of including genotypes and phenotypes of cows chosen by different strategies over the performance of genome-wide association studies and genomic selection. The first study was designed to propose innovative methods that could support alternative inference over population structure in livestock populations using graph theory. It reviews general aspects of graphs and how each element relates to theoretical and practical concepts of traditional pedigree structure studies. This chapter also presents a computational application (PedWorks) built in Python 2.7 programming language. It demonstrates that graph theory is a suitable framework for modeling pedigree data. The second study was aimed asses how graph community detection algorithms could help unraveling population partition. This new concept was considered to develop a method for stablishing new cow genotyping strategies (community-based). Results obtained showed that accounting for population structure using community detection for choosing cows to get included in the reference population may improve results from genomic selection. Methods presented are easily applied to animal breeding programs. The third study aimed to observe the impacts of different genotyping strategies (including the proposed community-based) over the ability to detect quantitative trait loci in genome-wide association studies. Distinct models for genomic analysis were also tested. Results obtained showed that including cows with extreme phenotypic observations proportionally sampled from communities can improve the ability to detect quantitative trait loci in genomic evaluations. The last chapter was designed study possible deleterious impacts of the presence of preferential treatment (in different levels) in a small dairy cattle population environment over accuracy and bias of genomic selection. Different proportions of cows with artificially increased phenotypic observations were included in the reference population. Observed results suggest that both accuracy and bias are affected by the presence of preferential treatment of cows in the evaluated population. Preferential treatment is expected to have much more effect on the performance of genomic selection in small than in large dairy cattle populations for the higher (proportional) value of the information from cows in such reduced-size breeds. / O principal objetivo da presente tese foi propor um procedimento capaz de otimizar o valor da informação genotípica em pequenas populações de gado de leite e investigar os impactos da inclusão de genótipos e fenótipos de vacas escolhidas por diferentes estratégias sobre o desempenho de estudos de associação genômica ampla e seleção genômica. O primeiro estudo foi delineado para elaborar um método que permita uma inferência alternativa sobre a estrutura populacional de populações de animais de produção usando como base a teoria de grafos. Este revê os aspectos gerais de grafos e como cada elemento se relaciona com conceitos teóricos e práticos de estudos de estrutura de pedigree tradicionais. Este capítulo também apresenta um aplicativo computacional (PedWorks) construído em linguagem de programação Python 2.7. Resultados observados demonstraram que a teoria de grafos é uma estrutura adequada para modelar dados de pedigree. O segundo estudo teve como objetivo avaliar como os algoritmos de detecção de comunidades de grafos poderiam ajudar revelar o particionamento de uma população. Este novo conceito foi considerado para desenvolver um método para o estabelecimento de novas estratégias de genotipagem de vacas (baseadas em comunidades). Os resultados obtidos mostraram que a contabilização da estrutura populacional usando a detecção de comunidades para a escolha de vacas a serem incluídas na população de referência pode melhorar os resultados da seleção genômica. Os métodos apresentados sugerem ser facilmente introduzidos em programas de melhoramento animal. O terceiro estudo teve como objetivo observar os impactos de diferentes estratégias de genotipagem (incluindo a anteriormente proposta baseada em comunidades) sobre a capacidade de detectar locos relacionados características quantitativas por meio de estudos de associação genômica ampla. Modelos distintos para análise genômica também foram testados. Os resultados obtidos mostraram que incluir vacas com observações fenotípicas extremas amostradas proporcionalmente das comunidades pode melhorar a capacidade de detectar locos de características quantitativas em avaliações genômicas. O último capítulo foi desenhado para estudar possíveis impactos deletérios da presença de tratamento preferencial no ambiente de pequenas populações de gado leiteiro sobre resultados da seleção genômica. Diferentes proporções de vacas com observações fenotípicas aumentadas artificialmente foram incluídas na população de referência. Os resultados observados sugerem que tanto a acurácia quanto o viés são afetados pela presença de tratamento preferencial de vacas na população avaliada. Espera-se que o tratamento preferencial tenha muito mais efeito sobre o desempenho da seleção genômica em populações pequenas de gado de leite que em grandes populações devido a maior relevância das informações de vacas em raças de tamanho reduzido.

Orientador: José Paes de Oliveira Filho / Resumo: O estudo das doenças de origem genética em animais domésticos se torna cada vez mais relevante, sobretudo em cães, uma vez que estes animais podem servir como modelos experimentais para certas doenças em humanos. Além disso, o reconhecimento clínico de algumas destas enfermidades pode ser um entrave ao Médico Veterinário e em algumas ocasiões o teste genético que confirmaria a etiologia não está disponível no país. A Nefropatia Familiar (FN) causada pela mutação c.115A>T no gene colágeno tipo 4α4 (COL4A4), e a Atrofia Progressiva da Retina (prcd-PRA), causada pela mutação c.5G>A no gene da degeneração cone-bastonete progressiva (PRCD), se destacam entre as principais enfermidades hereditárias de origem genética que acometem cães da raça Cocker Spaniel Inglês (CSI). Até o momento a prevalência destas enfermidades nesta raça não havia sido verificada no Brasil, sendo assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a frequência alélica destas mutações no CSI. Para tanto, foram genotipados 220 e 216 CSI para a prcd-PRA e FN, respectivamente. Fragmentos do DNA, contendo cada uma das mutações, foram amplificados por reação em cadeia da polimerase e submetidos ao sequenciamento gênico direto. A frequência alélica da mutação c.115A>T no gene COL4A4 foi de 0,9% e da mutaçao c.5G>A no gene PRCD foi de 25,5%. Tais valores enfatizam a importância da realização dos testes de genotipagem nos cães da raça CSI como método de diagnóstico precoce principalmente para a orientação dos acasalamentos v... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The study of genetic diseases in domestic animals has become more relevant, especially in dogs, once these animals can serve as experimental models in the study of some human genetic diseases. Besides, these diseases can be hard to recognize on their clinical signs by the practitioners, and the genetic tests that can confirm them are usually available only abroad. Familial Nephropathy (FN) due to the mutation c.115A> T in the 4α4 collagen gene (COL4A4), and Progressive Retinal Atrophy (prcd-PRA) due to the mutation c.5G> A in the progressive rod cone degeneration gene (PRCD), are important genetic diseases of English Cocker Spaniel dogs (ECS) dogs. Since the prevalence of these diseases wasn’t verified in Brazil so far, this study aims to evaluate the allelic frequencies of the mutations c.115A>T in the COL4A4 gene and c.5G>A in the PRCD gene in English Cocker Spaniel dogs. For that, purified DNA from blood samples or buccal swab from 220 and 216 ECS for prcd-PRA and FN, respectively. DNA fragments with the mutation region were amplified by polymerase chain reaction and submitted to direct genomic sequencing. The allelic frequency of the mutation c.115A>T in the COL4A4 gene was 0.9% and the c.5G>A in the PRCD gene was 25.5%. The results in this study emphasizes the importance to realize the genotyping test in ECS as an early diagnostic test, not only for trying an improvement of the affected dogs’ life quality but also for breeding orientation to avoid clinical cases of the d... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre