Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:26Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00231.pdf: 1784115 bytes, checksum: 4dcd9596246858abd2e260995c2c0ab4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Candida rugosa é um patógeno emergente que merece destaque pela sua maior ocorrência em países da América Latina. Esta levedura tem o potencial de colonizar e causar infecções de corrente sanguínea no homem, bem como de apresentar resistência a diversos antifúngicos, principalmente aos azólicos. Objetivos: comparar caracteres fenotípicos, como atributos de virulência e sensibilidade antifúngica, além de realizar identificação e tipagem molecular de isolados clínicos de C. rugosa obtidos de pacientes que desenvolveram candidemia, com cepas isoladas de pacientes que foram somente colonizados por esta espécie, sem desfecho de candidemia na internação. Também foi de nosso interesse avaliar tais diferenças entre as cepas provenientes de pacientes internados ao longo de dois períodos avaliados: 1995/96 e 2001/02. Material e Métodos: As cepas foram caracterizadas fenotipicamente quanto a fatores de virulência, incluindo a produção de enzimas extracelulares (proteinase, fosfolipase e lipase) e a formação de biofilme. Foram realizados teste de susceptibilidade a cinco antifúngicos pelo método de microdiluição em caldo, sendo eles: anfotericina B, fluconazol, voriconazol, caspofungina e anidulafungina. Para confirmação de espécie e avaliação de variabilidade genotípica, foram utilizadas as técnicas moleculares de RAPD, microssatélite e sequenciamento da região ITS (rRNA). Resultados: Observou-se grande variabilidade nos resultados referentes à produção de enzimas hidrolíticas. A população foi classificada, no geral, como baixa produtora de proteinase, não produtora de fosfolipase e baixa e média produtora de biofilme. A produção de lipase foi o único fator de virulência expresso de maneira considerável pelos isolados clínicos, destacando-se a alta produção desta enzima por cepas isoladas de sangue, sugerindo a importância da mesma no estabelecimento de infecção por C. rugosa. Com relação à sensibilidade aos antifúngicos, os isolados mostraram-se sensíveis a todas as drogas, exceto ao fluconazol. A avaliação dos resultados obtidos por 3 diferentes métodos moleculares demonstrou alto relacionamento filogenético entre os isolados clínicos, exceto pela cepa de referência a qual foi sempre posicionada em diferente cluster. A análise genotípica revelou similaridade de 90,5% entre todos os isolados, e de 87% para a cepa de referência ATCC1051 pela técnica de RAPD, e uma similaridade de 92% entre os isolados clínicos e de 86,5% para a cepa controle pelo método de microssatélite. O seqüenciamento da região ITS identificou todos os isolados como sendo C. rugosa, apresentando uma identidade que variou de 89% a 93% para os isolados clínicos, e 99% para a cepa de referência ATCC10571. Conclusões: Não foi possível estabelecer uma correlação direta entre a expressão de todos os fatores fenotípicos avaliados e o desfecho clínico dos pacientes, embora haja evidências importantes da atividade de lipase influenciando candidemia por C. rugosa. Sugere-se que houve uma disseminação clonal dos isolados de C. rugosa no ambiente hospitalar avaliado ao longo de vários anos. Adicionalmente, as diferenças genéticas encontradas entre os isolados clínicos e a cepa de referência ATCC10571, juntamente com algumas diferenças fenotípicas observadas exclusivamente nesta cepa, tais como alta produção de biofilme, macromorfologia acentuadamente rugosa e baixa atividade de lipase, indicam a possibilidade de heterogeneidade do táxon C. rugosa. / Introduction: Candida rugosa is an emergent pathogen recognized by its higher occurrence in Latin American countries. This yeast has the ability to colonize and cause human bloodstream infections as well as to show resistance to several antifungal drugs, specifically to azoles. Objectives: To compare phenotypic properties such as virulence attributes and antifungal susceptibility, as well as to perform molecular identification and typing of C. rugosa clinical isolates obtained from patients who were either colonized or developed candidemia due to this species during the hospitalization period. We were also interested in evaluating such differences among strains isolated across two different periods: 1995/96 and 2001/02. Material and Methods: The strains were phenotypically characterized according to virulence factors, including the production of extra cellular enzymes (protease, phospholipase and lipase) and biofilm formation. We performed susceptibility testing to 5 antifungal drugs by using broth microdilution: amphotericin B, fluconazole, voriconazole, caspofungin and anidulafungin. To confirm identification to the species level and evaluate genetic variability, we have employed RAPD, microsatelite and rDNA ITS region sequencing. Results: Phenotypic properties varied considerably among the isolates, specifically regarding to hydrolytic enzymes production. Most of the isolates were low proteinase producers. The strains were phospholipase negative and showed a not very expressive biofilm formation in general. Nevertheless, lipase production was the only virulence factor considerably expressed by the clinical isolates, specifically by blood strains, suggesting the importance of this attribute in C. rugosa infection. The strains were sensitive to all the antifungal drugs tested, except fluconazole. The clinical isolates were highly related as determined by 3 different methods. However the control strain ATCC10571 was considered genotipically very different Our isolates were 90.5% similar among them and 87% similar to C. rugosa control strain as determined by RAPD, and 92% similar among them and 86,5% similar to ATCC10571, as determined by microsatelite. All the isolates were identified as C. rugosa by ITS region sequencing. The percentage of similarity ranged from 89% to 93% for the clinical isolates, and 99% to C. rugosa ATCC10571. Conclusions: It was not possible to establish a direct relationship between the expression of all virulence properties and patients clinical outcomes. However there is mounting evidence that lipase activity influences candidemia due to C. rugosa. It is possible that clonal dissemination in the hospital environment have occurred throughout several years. In addition, the genetic differences found between our isolates C. rugosa control strain ATCC10571, together with the phenotypic differences observed, such as higher biofilm formation and rough colony morphology, as well as low lipase activity for this control strain, suggest the genetic heterogeneity among the taxon C. rugosa. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Edileide Reis (leyde-landy@hotmail.com) on 2015-04-14T02:13:13Z No. of bitstreams: 1 Adriana Bruno.pdf: 2642439 bytes, checksum: e714ae4731202e624f8831f3ead98ebb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T02:13:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriana Bruno.pdf: 2642439 bytes, checksum: e714ae4731202e624f8831f3ead98ebb (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / O objetivo primário deste trabalho foi descrever a distribuição dos genótipos do papilomavírus humano (HPV) em mulheres procedentes do estado da Bahia, Brasil. Secundariamente, testar a associação entre genótipos de HPV e resultados cito-histopatológicos, associação entre genótipos de HPV e faixa etária, descrever as frequências das infecções por múltiplos genótipos de HPV e dos tipos contidos nas vacinas contra HPV. Métodos: Entre 20102013, foram revisados 351 prontuários de mulheres submetidas ao teste de genotipagem PapilloCheck®, usado para detectar 24 tipos de HPV. Os achados cito-histopatológicos foram classificados em grupos de: achados negativos para neoplasia (exames citopatológico e histopatológico negativos), lesão de baixo grau (achado citopatológico LIE-BG ou achado histopatológico NIC1, NIVA1 ou condiloma) e lesão de alto grau (achado citopatológico LIE-AG ou histopatologia com laudo maior ou igual NIC2 ou NIVA2). Resultados: O genótipo de alto risco mais detectado foi o HPV 16 (18,5%; IC 95%, 14,6% a 23%), seguido pelo HPV 56 (14%; IC 95%, 10,5% a 18%) e HPV 39 (13,4%; IC 95%, 9,5% a 16,8%). O HPV 18 (5,4%; IC 95%, 3,3% a 8,3%) figurou entre os menos comuns. Dentre os tipos de baixo grau, o HPV 42 (15,7%; IC 95%, 12% a 20%), HPV 6 (11,4%; IC 95%, 8,3% a 15,2%) e HPV 44/55 (11,1%; IC 95,%, 8% a 14,9%) foram os mais encontrados, enquanto que o HPV 11 (2,8%; IC 95%, 1,4% a 5,2%) foi o menos frequente. A proporção do HPV 16 aumentou com a severidade das anormalidades cito-histopatológicas: 13,8% (12/87) nas lesões de baixo grau e 42,8% (14/33) nas lesões de alto grau. Houve maior associação entre a presença de lesão cito-histopatológica e os genótipos de alto risco, HPV 16, HPV 52, HPV 73 e HPV 82 e o de baixo risco, HPV 43. Mulheres na faixa etária menor de 30 anos apresentaram frequência significativamente maior do HPV 16 (22,2% vs 12,9%, p =0,018), HPV 42 (19,7% vs 10,9%, p=0,018) e HPV 45 (6,6% vs 1,4%, p=0,015). A infecção múltipla foi observada em 53,8% (189/351) das mulheres e foi significativamente mais frequente na faixa etária menor de 30 anos (58,1% vs 47,4%, p=0,046). O HPV 16 ou 18 foi encontrado em 22,8% dos exames, enquanto a presença dos dois tipos juntos foi detectada em apenas 0,6% dos casos. Pelo menos um dos genótipos contemplados pelas vacinas quadrivalente e nonavalente foi detectado em 31,3% e 41,9% dos exames, respectivamente. Conclusões: O presente estudo demonstrou que entre os tipos oncogênicos, o HPV 16 foi o mais frequente nesta amostra, seguido pelo HPV 56 e 39. O HPV 18 figurou entre os menos comuns. Entre os HPV não oncogênicos, os HPV 42, 6 e 44/55 foram os mais frequentes, entretanto o HPV 11 foi o menos frequente.

Submitted by DONICER EDUARDO MONTES VERGARA null (donicer.montes@unisucre.edu.co) on 2016-04-11T17:24:33Z No. of bitstreams: 1 H.Tese-Donicer- Defensa Definitivo -08-04-2016.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-12T14:43:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 montesvergara_de_dr_jabo.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-12T14:43:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 montesvergara_de_dr_jabo.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) Previous issue date: 2016-03-24 / Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de “chips” de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip “Illumina BovineHD BeadChip”. Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia “Relative Extended Haplotype Homozygosity” (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do “National Center for Biotechnology Information”- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas 2.756 regiões núcleo, com tamanho médio 27,6 ± 29,1 Kb, abrangendo 70,1 Mb dos 25 cromossomos estudados. Dos SNPs utilizados, 17.312 participaram da formação das regiões núcleo, com o mínimo de 10 no BTA27 e o máximo de 20 SNPs nos cromossomos 1, 3-7, 9-15,18-21, e 23-24. Foram identificadas 40 assinaturas de seleção recentes com diferentes níveis de significância e 56 genes A maioria dos genes localizados nas regiões de assinaturas de seleção tem relação com os processos biológicos de metabolismo mitocondrial, desenvolvimento pós-embrionário, regulação da taxa de ovulação e fertilidade, resposta imune, metabolismo de triglicerídeo, proliferação celular e neurônios receptores olfativos. A investigação de mecanismos regulatórios da expressão dos genes associados aos processos biológicos descritos pode oferecer conhecimentos sobre os mecanismos moleculares que afetam a característica ocorrências de prenhez precoce, na raça Nelore. / Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatures, with different levels of significance, and 56 positional candidate genes. Most of genes located in selection signature regions are related to biological processes of mitochondrial metabolism, post-embryonic development, ovulation rate regulation and fertility, immune response, triglyceride metabolism, cell proliferation, and olfactory receptor neurons. The investigation of regulatory mechanisms of gene expression associated with biological processes described can provide knowledge on the molecular mechanisms affecting characteristic of early pregnancy occurrences in Nellore.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:41:51Z : No. of bitstreams: 1 almeida_ramb_dr_botfm.pdf: 853261 bytes, checksum: 866edf2277c1ac0e74ea9c48e8cb31a9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Iniciativas como a “WHO/UNAIDS ‘3 by 5’ permitiram que se atingisse, no ano de 2007, a marca de 3 milhões de pessoas com acesso à terapia antiretroviral (TARV) em países de baixa e média renda. O aumento da cobertura nestes países demanda custos importantes com anti-retrovirais, porém também levanta outro problema, que é o monitoramento da terapia em localidades de poucos recursos. Há consenso no fato de que devem ser pesquisados marcadores de eficácia da TARV mais acessíveis. Considerando o comportamento da β-2 microglobulina sérica e das citocinas séricas TNF-α, IFN-γ, IL-2, IL-4 e IL-10 com relação à atividade inflamatória induzida pela replicação do HIV-1, o objetivo deste estudo foi o de verificar o comportamento destas substâncias como indicadores da presença, ou não, de falha terapêutica à HAART. Entre agosto de 2004 e novembro de 2005, 89 indivíduos infectados pelo HIV-1, atendidos pela Área de Doenças Tropicais da Faculdade de Medicina de Botucatu-UNESP, e 20 indivíduos normais, doadores de sangue do Hemocentro de Botucatu [43 mulheres e 66 homens; idade média = 39,7 anos (22 - 66 anos)] foram divididos em 4 grupos: G1- 15 indivíduos infectados pelo HIV-1, virgens de tratamento ou sem HAART há pelo menos seis meses e com contagens de linfócitos T CD4 + menores que 350 células/mm3; G2- 31 indivíduos infectados pelo HIV-1, em uso de HAART e sem falha terapêutica virológica (FT); G3- formado por 43 indivíduos infectados pelo HIV-1, em uso de HAART e com FT, e GC- formado por 20 indivíduos normais, não infectados pelo HIV-1, que serviram de controles para as citocinas séricas. Foram revisados os dados demográficos, clínicos e de HAART e realizados os exames β-2 microglobulina sérica, citocinas séricas (TNF-α, IFN-γ, IL-2, IL-4 e IL-10), genotipagem do HIV-1, carga viral plasmática (CV) e linfócitos T CD4 + e T CD8 +. Para... / Initiatives such as WHO/UNAIDS ‘3 by 5’ made it possible to achieve the figure of 3 million people with access to antiretroviral therapy (ART) in middle- and low-income countries in 2007. The increase in these countries’ coverage leads to important expenditure on antiretroviral drugs; however, it also raises another problem, which is therapy monitoring in low-income locations. There is agreement on the fact that more accessible ART efficacy markers must be studied. By considering the behavior of serum β-2 microglobulin and serum cytokines TNF-α, IFN-γ, IL-2, IL-4 and IL-10 in relation to inflammatory activity induced by HIV-1 replication, the objective of this study was to assess the behavior of such substances as indicators of the presence, or not, of antiretroviral therapeutic failure (TF). From August 2004 to November 2005, 89 HIV-1-infected individuals assisted by the Tropical Diseases Sector of the Botucatu School of Medicine – UNESP and 20 normal blood donors at the Blood Transfusion Center of Botucatu [43 female and 66 male; mean age = 39.7 years (22 - 66 years)] were divided into 4 groups: G1- 15 HIV-1-infected individuals, previously untreated or without HAART for at least six months and CD4 + < 350 cells/mm3; G2- 31 HIV-1-infected individuals undergoing HAART without virological therapeutic failure (TF), G3- 43 HIV-1-infected individuals undergoing HAART with TF, and CG- 20 normal individuals who served as controls for serum cytokines. Demographic, clinical and HAART data were reviewed, and serum β-2 microglobulin, serum cytokines (TNFα, IFN-γ, IL-2, IL-4 and IL-10), HIV-1 genotyping, plasma viral load (VL) and T CD4 + and T CD8 + lymphocytes tests were performed. The Mann-Whitney test for independent samples was used for between-group comparison in the case of numeric variables, and Fisher’s exact test was applied for category variables. Statistical difference... (Complete abstract click electronic access below)

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-09T18:52:49Z No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-05-16T19:46:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T19:46:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) Previous issue date: 2017-05-16 / Escherichia coli uropatogênica (UPEC) é marcada pela sua versatilidade genética, sendo capaz de causar infecções em diferentes níveis do trato urinário bem como sepse urinária. Este estudo teve por objetivo estudar cepas de E. coli isoladas de casos de infecção do trato urinário (ITU) e sepse urinária (SU) atendidos no Hospital Regional de Ceilândia do Distrito Federal. A presença de 15 preditores genéticos de 3 patotipos de E. coli (UPEC, EAEC e MNEC) foi testada em 401 cepas. Análises filogenéticas baseadas na determinação de filogrupos e de tipos de sequências (sequence type – ST) foram realizadas. Os preditores moleculares de UPEC foram detectados em mais de 70% das cepas. Preditores moleculares de EAEC (aatA e aggR) foram detectados em apenas 2,4% (9/377) das cepas envolvendo dois casos de cistite e um de sepse urinária (SU). Marcadores de UPEC foram estatisticamente associados a diferentes aspectos epidemiológicos e analíticos da uropatogênese. Os marcadores fyuA (sistema sideróforo), chuA (sistema sideróforo), vat (toxina vacuolizante) e pic (mucinase) foram estatisticamente associados (p < 0,05) aos casos de infecção adquiridos na comunidade. Cepas positivas para csgA (fímbria curli), chuA (sistema sideróforo) ou ag43 (adesina de agregação) mostraram associação estatística com os casos de SU. Cepas positivas para pap (pilus associado a pielonefrite) foram associadas a piúria (p = 0,000) e a presença de muco nas amostras de urina (p = 0,003). Cepas com genótipo fyuA-pap-csgA (p = 0,020) ou pap-csgA-ag43 (p = 0,000) foram associadas a casos de SU e predominantes no filogrupo D. Análises filogenéticas mostraram que duas das três cepas híbridas EAEC/UPEC estudadas foram posicionadas em um clado característico de cepas de UPEC compartilhado por cepas de filogrupo D e ST3 (filogrupo D-ST3). A outra cepa EAEC/UPEC foi classificada como filogrupo A-ST478 e posicionada em um clado distinto juntamente com uma cepa comensal. Nossos resultados endossam a heterogeneidade genética de cepas uropatogênicas mostrando padrões moleculares especificos associados a casos de SU (cepas de filogrupo D e genótipo fyuA-pap-csgA ou pap-csgA-ag43), como também a participação de cepas híbridas EAEC/UPEC de linhagens extraintestinais (filogrupo D-ST3) e intestinais (filogrupo A-ST478) como uropatógenos. / Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is marked by its genetic diversity and is responsible for infections in different levels of the urinary tract as well as urinary sepsis. This work aimed to study E. coli strains isolated from cases of urinary tract infections (UTI) and urosepsis that were attended in the Hospital Regional de Ceilândia in the Brazilian Federal District. Four hundred one strains were tested for the presence of 15 genetic predictors of 3 E. coli pathotypes (UPEC, EAEC and MNEC). Phylogenetic analysis based on the determination of phylogroups and sequence type (ST) were carried out. UPEC genetic predictors were detected in more than 70% of the strains. EAEC molecular predictors (aatA and aggR) were detected in only 2.4% (9/377) of the strains that were recovered from two cases of UTI and from one case of US. UPEC markers were statistically associated with distinct epidemiologic and analytic aspects of the uropathogenesis. The markers fyuA (siderophore system), chuA (siderophore system), vat (vacuolating toxin) and pic (mucinase) were statistically associated (p < 0.05) with community-onset infections. Strains positive for csgA (curli fimbria), chuA (siderophore system) or ag43 (aggregation adhesin) were associated with urosepsis cases. pap-positive strains were associated with pyuria (p = 0.000) and the presence of mucous in urine samples (p = 0.003). Strains displaying the genotype fyuA-pap-csgA (p = 0,020) or pap-csgA-ag43 (p = 0.000) were associated with urosepsis cases and were predominant in phylogroup D. Phylogenetic analysis show that two of out three studied hybrid EAEC/UPEC strains were positioned on a characteristic clade of UPEC strains that was shared by strains with phylogroup D and ST3 (phylogroup D-ST3). Another EAEC/UPEC strain was classified as phylogroup A-ST478 and was positioned on a different clade along with a commensal strain. Our findings endorse the genetic heterogeneity displayed by uropathogenic strains showing specific molecular pattern associated with urosepsis cases (strains displaying phylogroup D and genotype fyuA-pap-csgA or pap-csgA-ag43) as well as the participation of hybrid EAEC/UPEC strains from both extraintestinal (phygroup D-ST3) and intestinal lineages as uropathogens.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-06-15T16:11:55Z No. of bitstreams: 1 Renata Pimentel Bandeira de Melo.pdf: 793664 bytes, checksum: 79341c83c86e5ba3b6f51a28991d5e93 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-15T16:11:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Renata Pimentel Bandeira de Melo.pdf: 793664 bytes, checksum: 79341c83c86e5ba3b6f51a28991d5e93 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Toxoplasma gondii is an obligate intracellular coccidian, tissue cyst forming, which causes toxoplasmosis, zoonotic disease of great impact in public health. T. gondii is able to infect most of warm-blooded animals, including humans. Felids are recognized as the only definitive hosts and are important in toxoplasmosis epidemiology, shedding oocysts in feces, contaminating environment. The purpose of this study was to isolate and genotyping T. gondii in feral cats (Felis catus) from the Fernando de Noronha Archipelago, Pernambuco state, Brazil. During one year sick feral cats were caught by Archipelago Animal Vigilance Center. After chemical restraint (ketamine 10% and xylazine 1%) blood samples of 31 feral cats from different locations on the island were collected. These weak animals posteriorly died and fragments of brain, heart, lung, diaphragm, and liver were collected. Blood samples were intended to serology by Indirect Immunofluorescence Assay (IFA) for IgG antibody detection and tissue fragments were submitted to mouse bioassay for T. gondii isolation. Anti-T.gondii antibodies were detected in 18/31 (58%) felines. Tissues from seven animals were submitted to bioassay, obtaining two T. gondii isolates non-pathogenic for mouse. Genotyping was performed by PCR-RFLP using 10 molecular markers (SAG1, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1 e Apico), identifying an atypical strain of T. gondii (ToxoDB #146). This is the first report of this genotype in feral cats worldwide. The results obtained contribute to molecular epidemiology studies of this pathogen and show/demonstrate T. gondii infection in feline population of the Archipelago. Control measures based on health education should be reinforced to prevent the cat infection and to reduce infection sources for definitive and intermediate hosts, especially to human population of this island. / Toxoplasma gondii é um coccídeo intracelular obrigatório formador de cistos teciduais, responsável pela toxoplasmose, zoonose de grande impacto na saúde pública. É capaz de infectar a maioria dos animais homeotérmicos, incluindo humanos. Os felídeos são os únicos hospedeiros definitivos, apresentando grande importância na epidemiologia da toxoplasmose pela capacidade de eliminar oocistos nas fezes, contaminando o ambiente. Este estudo teve como objetivo isolar e genotipar T. gondii em gatos ferais (Felis catus) do Arquipélago de Fernando de Noronha, Estado de Pernambuco, Brasil. Durante o período de um ano, gatos ferais fracos foram capturados pelo Centro de Vigilância Animal do Arquipélago. Após contenção química (quetamina 10% e xilazina 1%) foram coletadas amostras de sangue de 31 felinos ferais de diferentes localidades da Ilha. Esses animais doentes, posteriormente, vieram a óbito e fragmentos de encéfalo, coração, pulmão, diafragma e fígado foram coletados. As amostras de sangue foram destinadas à sorologia por meio da Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI) para pesquisa de anticorpos (IgG) anti-T.gondii e os fragmentos de tecido deos felinos positivos na RIFI foram submetidos ao bioensaio em camundongos para isolamento do protozoário. Anticorpos anti-Toxoplasma gondii foram detectados em 18/31 (58%) felinos. Sete animais tiveram seus tecidos submetidos ao bioensaio, obtendo-se dois isolados de T. gondii não patogênicos para camundongos. A genotipagem foi realizada por meio da PCR-RFLP multilocus, utilizando 10 marcadores genéticos (SAG1, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1 e Apico). Uma cepa atípica de T. gondii (ToxoDB #146) foi identificada, sendo este o primeiro relato deste genótipo em gatos ferais no mundo. Os resultados obtidos neste trabalho contribuem para o estudo da epidemiologia molecular deste agente e permitem concluir que a infecção por T. gondii ocorre na população de felinos do Arquipélago. Medidas de controle baseadas na educação sanitária devem ser reforçadas para prevenir a infecção dos felinos e reduzir as fontes de infecção para outros hospedeiros intermediários, sobretudo para a população humana desta Ilha.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-06T18:47:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertacao-BrenoAlbuquerque.pdf: 1989114 bytes, checksum: 513b1650c4c44605e3bda0afef185321 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T18:47:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertacao-BrenoAlbuquerque.pdf: 1989114 bytes, checksum: 513b1650c4c44605e3bda0afef185321 (MD5) Previous issue date: 2012 / O Papilomavírus bovino(BPV) é o agente etiológico da papilomatosebovina. Esta apresenta lesões que normalmente são benignas e tendem a regredir, porém podem progredir a uma neoplasia. Muitas metodologias utilizadas para detecção de BPV se mostram inespecíficas e apresentam reações cruzadas com outros organismos relacionados. No entanto, a reação quantitativa em tempo real emcadeia da polimerase (qPCR) é uma ferramenta de destaque na detecção, tipificação e quantificação de nucleotídeos e vem sendo utilizada na clínica para avaliar carga viral. O objetivo do trabalho foi desenvolver um novo protocolo de detecção, tipificação e quantificação de BPV através daqPCR. Foram desenhados cinco pares de primers, que possuem como alvo uma região conservada do genoma viral (gene L1) de diferentes BPVs. A seletividade dos primers foi testada in vitroe DNA extraído de células MDBK não infectadas foram utilizados como controle negativo. A técnica de qPCR permitiu detectar, tipificar e quantificar material viral dos BPVs 1, 2, 4, 5 e 6. O limiar relativo da detecção foi de 4fg de DNA,emtorno de 30-40 cópias de DNA/μL. Dos cinco pares de primers produzidos, quatro apresentaram mesmo perfil térmico durante a qPCR (qPCRBPV2, 4, 5 e 6), permitindo em um único procedimento detectar e tipificar os quatro tipos virais. A distinção das amostrasfoi realizada através da análise de meltingque permitiu tipificá-las. Através da metodologia desenvolvida foi observado que em lesões cutâneas de bovinos infectados com BPV a carga viral não se mostrou inferior a 1000 cópias/μL, enquanto que a técnica permite quantificar até um limiar de 40 copias de DNA/μl. Este trabalho possui relevância para validação de qPCR como diagnóstico da papilomatose bovina e particular importância quando aplicado em estudos da infecção pelo BPV e no monitoramento por veterinários da eficácia das futuras vacinas. / Bovine papillomavirus (BPVs) is the etiologic agent of bovine papilomatose which is characterized by hyper proliferative lesions. Papillomas in cattle are typically benignandoften regress, but occasionally lesions can persist and progress to malignant neoplasia.The majority of current techniques for identification of BPV is unspecific andpossessescross-reactivity with closely related organisms.The Real-time quantitative polymerase chain reaction assay (qPCR) has become an exceptional tool for detection and quantification of oligonucleotides and has been utilized increasingly on viral load evaluation.Aiming to develop a new protocol for fast detection, typification and quantification of BPV in qPCR, we designed five pairs of Oligonucleotides for BPV1, 2, 4, 5 and 6 focusing on L1 gene. The qPCR primers sets were testedin vitroandMadin-Darby Bovine Kidney Cells (MDBK)DNA was also used as negative control.The Real-time qPCR assay provided an accurate detection and quantification for the BPVs 1, 2, 4, 5 and 6. The relative detection limit for the assays was 4fg or 30 to 40genome equivalents. Four primers pairs (qPCRBPV2, 4, 5 and 6) had the same annealing temperature and their products showed differences on meltingpoints analyses. Through the meltingpoint analysis, samples can be identified and discriminated as a screening and then samples can be run for viral load. In our study we tested the viral load in bovine cutaneous skin warts and observed infections with 1000 copies/μl at least. However, this assay could reach levels of 40copies/μL. In conclusion, this methodology has an important impact on the validation of qPCR as a BPV diagnosis. Its relevance is proved when applied to BPV infection studies and the monitoring of the efficacy of future BPV vaccinesby veterinarians.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-20T16:36:59Z No. of bitstreams: 1 Itala Iara Medeiros de Araujo.pdf: 682787 bytes, checksum: fc0270c78b2defb1d6aa93cc96d0ae10 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T16:36:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Itala Iara Medeiros de Araujo.pdf: 682787 bytes, checksum: fc0270c78b2defb1d6aa93cc96d0ae10 (MD5) Previous issue date: 2013-02-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Candidate genes of the kappa-casein (CSN3) and beta-lactoglobulin (LGB) are involved in the composition, processing and quality of milk and are linked to production characteristics. This study aimed to evaluate the allele and genotype frequencies of kappa-casein gene (CSN3) and beta-lactoglobulin (LGB) and associate them with milk production of cattle participants Progeny Test Breed Girolando through analysis of variables milk yield in 305 days (P305) and predicted transmitting ability (PTA) for milk. For the study of polymorphisms were genotyped sires 138 and 729 cows (n = 867) for CSN3 and 737 and 131 bulls and cows (n = 868) to LGB. For the association analysis were evaluated 127 bulls and 536 cows (n = 663) and 127 for CSN3 bulls and 536 cows (n = 663) for LGB. The differentiation of allele A / B genes studied was obtained by PCR-RFLP. Allele frequencies, genotype and calculating the probability of Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were established through the program Popgen versão1.32 and tested by χ ² test at a significance level of 1%. The association study was performed by regression analysis using the GLM procedure of SAS 9.1. The allele and genotype frequencies for the gene CSN3 were, respectively, 0.7324 (AA), 0.2468 (AB) 0.0208 (BB) and 0.8558 (A) 0.1442 (B) and the LGB were, respectively, 0.2604 (AA), 0.4827 (AB) 0.2569 (BB) and 0.5017 (A) 0.4983 (B). The population is in HWE for both genes. No association was found between genes evaluated and analyzed variables. / Os genes candidatos da kappa-caseína (CSN3) e da beta-lactoglobulina (LGB) estão envolvidos na composição, processamento e qualidade do leite e estão ligados às características de produção. Objetivou-se avaliar as frequências alélicas e genotípicas do gene da kappa-caseína (CSN3) e da beta-lactoglobulina (LGB) e associá-las à produção de leite de bovinos participantes do Teste de Progênie da Raça Girolando, por meio de análise das variáveis de produção de leite em até 305 dias (P305) e de capacidade prevista de transmissão (PTA) de leite. Para o estudo do polimorfismo, foram genotipados 138 touros e 729 vacas (n = 867) para o CSN3 e 131 touros e 737 vacas (n = 868) para LGB. Para a análise de associação foram avaliados 127 touros e 536 vacas (n = 663) para CSN3 e 127 touros e 536 vacas (n = 663), para LGB. A diferenciação dos alelos A/B dos genes estudados foi obtida por meio da técnica de PCR-RFLP. As frequências alélicas, genotípicas e o cálculo da probabilidade de equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW) foram estabelecidos por meio do programa Popgen versão1.32 e testado pelo teste χ² ao nível de significância de 1%. O estudo de associação foi realizado por meio de análise de regressão utilizando o procedimento GLM do SAS 9.1. As frequências genotípicas e alélicas para o gene CSN3 foram, respectivamente, 0,7324 (AA); 0,2468 (AB); 0,0208 (BB) e 0,8558 (A); 0,1442 (B) e para o LGB foram, respectivamente, 0,2604 (AA); 0,4827 (AB); 0,2569 (BB) e 0,5017 (A); 0,4983 (B). A população encontra-se em EHW para ambos os genes. Não foi detectada associação entre os genes avaliados e as variáveis analisadas.

Orientadores: Renata de Oliveira Mattos-Graner, Jose Francisco Hoffling / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-09T19:22:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alves_AlessandraCastro_D.pdf: 3592161 bytes, checksum: de9b96b3bb52ede551a7be86c8b6c2b2 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Crianças adquirem Streptococcus mutans durante os primeiros anos de vida, sendo a mãe a principal fonte de infecção. O objetivo deste estudo foi determinar a aquisição inicial de S. mutans em crianças que freqüentam creches, identificando as vias não familiares de transmissão, utilizando a reação em cadeia da polimerase, com primer arbitrário (AP-PCR). 160 bebês entre 5-13 meses de idade, freqüentando 28 creches públicas de Piracicaba (São Paulo) foram acompanhados por 18 meses. Os níveis de infecção por S. mutans nos bebês foram determinados no início e, a cada 6 meses. Foram realizados exames clínicos para verificação dos dentes erupcionados e lesões de cárie. Os perfis de AP-PCR dos isolados de S. mutans das crianças e dos 61 cuidadores das creches foram obtidos, assim como num subgrupo de 16 mães, cujas crianças apresentavam altos níveis de S. mutans. As cepas de S. mutans eram isoladas de amostras de saliva bucais, coletadas através de espátulas esterilizadas e inoculadas em MSB (Mitis Salivarius com Bacitracina). As placas eram incubadas a 37oC em microaerofilia e o número de colônias contadas em área determinada, sob lupa estereoscópica. Oito colônias por criança foram re-isoladas e genotipadas por AP-PCR com o primer OPA-02 e separadas em gel de agarose. Os ensaios de AP-PCR dos isolados de S. mutans nos bebês das mesmas creches, mães-filhos e bebês-cuidadores foram processados nas mesmas reações, separados em mesmo gel e comparadas visualmente. Os amplicons foram considerados similares ou iguais quando a maior parte das bandas eram idênticas. O subgrupo de amplitipos considerados idênticos ou muito semelhantes pela análise visual, tiveram o coeficiente de similaridade de Dice determinado com Fingerprinting II informatix software. S. mutans foram isolados da cavidade bucal dos bebês a partir de 6 meses de idade. No baseline, a prevalência de S. mutans foi 5,6%, aumentando para 15,6% em T6 (seis meses), 32,1% em T12 (doze meses) e 40,3% ao final do estudo (T18). A mediana da aquisição de S. mutans foi de 21 meses. Foram identificados de um a quatro amplitipos distintos por criança. Foram identificadas no total 16 crianças freqüentadoras das mesmas creches compartilhando amplitipos de S. mutans similares, sugerindo transmissão horizontal entre crianças. Das mães examinadas, 68,8% apresentaram altos níveis de S. mutans, variando de 1-4 amplitipos. Apresentaram coincidência de amplitipos 50% dos pares mãe-filho analisados. A análise genotípica dos isolados dos cuidadores e bebês não revelou coincidência, apesar dos altos níveis de S. mutans nos cuidadores (51,5%). A detecção precoce de S. mutans, associada comumente a altos níveis de infecção e diversidade de amplitipos indicam alta exposição a S. mutans durante os primeiros dois anos de idade. A detecção de crianças da mesma creche compartilhando o mesmo amplitipo de S. mutans indica ocorrência de transmissão horizontal de S. mutans nesta população. Estes dados são compatíveis com a freqüência relativamente baixa de similaridade de amplitipos observada entre os pares mãe-filhos(as) / Abstract: Children are more likely to acquire Streptococcus mutans in the oral cavity during the early years of their lives. The mothers are often the main source of S. mutans transmission. This study aimed to identify non-mother potential sources of S. mutans transmission in a population of nursery children during the period of initial colonization, using arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). 160 infants from 28 public nurseries schools of the city of Piracicaba (Brazil), with initial age between 5-13 months, were enrolled in this prospective study. Levels of S. mutans infection were determined during a 18-month follow-up period, in which children were examined at each 6-month period. Number of erupted teeth and caries were also analyzed. AP-PCR profiles of the children S. mutans isolates were also obtained with the amplitypes of the S. mutans strains that were isolated from their 61 respective day-care nurses. S. mutans isolates obtained from a subset of sixteen mothers whose children harbored high levels of S. mutans were also analyzed by AP-PCR. S. mutans strains were isolated from samples of saliva that were collected with tongue blades and inoculated onto MSB (Mitis Salivarius and Bacitracina). Plates were incubated at 37oC for 48 hours. The number of S. mutans-like colonies was determined using a stereoscopic microscope. Eight isolates of S. mutans per subject were picked up from each plate and pure cultures stored. Genomic DNA purified from the isolates were subjected to AP-PCR using OPA-02. PCR products were electrophoretically resolved in agarose gels. Comparisons of AP-PCR amplicon profiles were performed between children attending the same nursery, and between children and their respective nurse and/or mother by side-by-side visual comparison. Amplitypes were considered similar when all major bands were identical. The degree of similarity of a subset of visually matching strains were also analyzed with the help of the Fingerprinting II informatix software. S. mutans were isolated from children as young as 6 months of age. At baseline (T0), S. mutans were detected in 5.6% of the children. This prevalence increased to 15.6, 32.1 and 40.3% respectivelly at the subsequent follow-up periods (T6, T12, T18). The median age of initial acquisition was 21 months. Children harbored one to four distinct amplitypes. A subset of 16 children carried the same amplitype of their nursery mates in at least one of the phases of the study, suggesting child-child horizontal S. mutans transmission. Amplitype matching among mother-child pairs were detected in 50% of the subset analyzed indicating transmission from mothers to their children. Sixty-eight percent of the mothers were heavily infected. Mothers were colonized by one-four amplitypes. Although most of the nurses harbored high levels of S. mutans (51.5%), their S. mutans amplitypes did not match amplitypes detected in their respective children. Nursery children may be colonized by diverse S. mutans genotypes during the first two years of age in the studied population, and that children may acquire S. mutans by child-child horizontal transmission. That is compatible with the relative low prevalence of S. mutans amplitype matching among child-mother pairs / Doutorado / Microbiologia e Imunologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientadores: Sophie Françoise Mauricette Derchain, Luis Otavio Sarian / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-11T00:16:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_DenisedaRochaPittaLimade_M.pdf: 959384 bytes, checksum: dcd7eaa366994d0d3d606ecc04a19503 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Introdução: Este estudo faz parte de uma linha de pesquisa cuja finalidade é avaliar testes de detecção de papilomavírus humano (HPV) envolvidos na carcinogênese e rastreamento de câncer cervical. Até recentemente, a captura híbrida 2 (HC2) para detecção de um pool de HPV de alto risco oncogênico foi o método clínico mais estudado por este grupo. Entretanto, frente à evidente diferença no risco de evolução das lesões cervicais, a genotipagem do HPV através de análise do ácido nucléico passou a ser relevante. Objetivo: Avaliar a distribuição de infecções simples e múltiplas de diferentes tipos de HPV em mulheres com neoplasia intra-epitelial cervical de alto grau (NIC2 e NIC3). Sujeitos e Métodos: Foram avaliados os genótipos específicos de HPV da amostra cervical de 106 mulheres utilizando Roche Linear Array® human papillomavirus (LA-HPV) genotyping assay (Roche Diagnostics,USA). O material foi coletado antes da conização cervical. Foram comparadas as proporções de NIC2 e NIC3 em grupos de mulheres infectadas com tipos de HPV dos grupos filogenéticos Alfa7 (A7) e Alfa9 (A9). Três situações foram consideradas: mulheres com 1) infeccão simples; 2) infecção múltipla; 3) infecção simples e múltipla. Foram comparadas as proporções de diferentes combinações de tipos de HPV em grupos de mulheres com NIC2 e NIC3. Resultados: Pelo menos um tipo de HPV foi detectado em 99% das amostras. Infecções múltiplas foram detectadas em 68 (64,7%) das amostras. Os genótipos de alto risco mais freqüentemente detectados em infecção simples ou múltipla foram HPV16 (57,1%), HPV58 (24,7%), HPV33 (15,2%), HPV52 (13,3%), HPV31 (10,4%) e HPV51 (7,6%) e HPV18 (6,6%). A probabilidade de mulheres com NIC3 serem infectadas com HPV da espécie A9 foi maior. Os HPV 16 e ou 18, associados ou não com outros tipos virais foram mais frequentemente encontrados nas mulheres com NIC3 do que naquelas com NIC2. Conclusão: A severidade da NIC esteve associada com a presença de tipos de HPV incluídos na classificação filogenética A9 e por infecções que incluem HPV16 e 18 combinados ou não com outros genótipos de HPV / Abstract: Objective: To evaluate the distribution of single and multiple infections of different human papillomavirus (HPV) types in women with high grade cervical intraepithelial neoplasia (CIN2 and CIN3) and to assess the relation of the various combinations of virus with the severity of CIN. Subject and methods: Cervical samples from 106 women treated due to CIN2 (18) or CIN3 (88) were examined for specific HPV genotypes using Roche Linear Array® Human Papillomavirus (LA-HPV)(Roche Diagnostics, USA). The material was collected immediately before cervical conization. The proportion of CIN2 and CIN3 in groups of women infected with varying HPV phylogenetic groups Alpha7 (A7) and Alpha9 (A9) was compared. Three situations were considered: women with 1) single infection; 2) multiple infections; 3) the whole sample. The proportions of CIN2 and CIN3 in groups of women with different combinations of HPV types were compared. Results: At least one HPV type was detected in 99% of the whole series. Multiple infections were detected in 68 (64.7%) samples. The most frequent high-risk genotypes detected (single/multiple) were HPV16 (57.1%), HPV58 (24.7%), HPV33 (15.2%), HPV52 (13.3%), HPV31 (10.4%), HPV51 (7.6%) and HPV18 (6.6%). Women with CIN3 were more infected with HPV of species A9. HPV16 and/or HPV18, associated or not with other viral types, were more frequently found in specimens of women with CIN3 than in those of women with CIN2. Conclusions: the severity of high-grade CIN may be associated by the presence of HPV types included in the A9 phylogenetic classification and by infections including HPV16 and 18 combined or not with other HPV genotypes / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Tocoginecologia