Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe e têm sido alvo de grande interesse, pois são preditos como possíveis reguladores de mais de 60% dos RNAs mensageiros (mRNAs) humanos. Outra classe dos ncRNAs é composta por ncRNAs longos (lncRNAs, com mais de 200 nucleotídeos), que são transcritos a partir de regiões intergênicas e intrônicas do genoma humano e possuem várias funções, muitas delas relacionadas ao controle da expressão de mRNAs. Recentemente, os lncRNAs têm sido caracterizados quanto à sua estrutura e função. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais os lncRNAs são regulados. Este trabalho teve como objetivo avaliar se lncRNAs são regulados por miRNAs em células humanas. Para tanto, identificamos lncRNAs ligados ao complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) em células da linhagem HeLa, utilizando um método aqui desenvolvido de geração de bibliotecas de cDNA direcionadas para sequenciamento em larga escala na plataforma 454/Roche. Em paralelo, sequenciamos os miRNAs ligados ao RISC nestas mesmas células. Os resultados obtidos mostram que centenas de lncRNAs de diversas classes se ligam ao RISC em células HeLa, juntamente com milhares de mRNAs e várias centenas de miRNAs. Entre os miRNAs, encontramos 37 que são preditos como alvejando os lncRNAs detectados. Estes miRNAs constituem possíveis reguladores dos lncRNAs e, portanto, nosso trabalho estabelece um mapa experimental de interações diretas entre lncRNAs e miRNAs. Dentre os lncRNAs identificados ligados ao RISC neste trabalho, destaca-se o TUG1, lincRNA sabidamente envolvido na regulação de genes relacionados à apoptose e ao ciclo celular. Mostramos por ensaio de super-expressão de miRNAs e qPCR que TUG1 é regulado pelo miRNA-148b, um dos miRNAs por nós detectados que possui um sítio alvo altamente conservado em mamíferos localizado na extremidade 3\' de TUG1. Em conjunto, este trabalho contribui para o entendimento da regulação dos níveis de expressão de lncRNAs em células humanas e abre perspectivas para a modulação de miRNAs como estratégia de regulação dos níveis e das funções de lncRNAs. / Recent studies have revealed that the largest fraction of the transcripts generated in human cells is composed of non-protein coding RNAs (ncRNAs). A portion of these RNAs encompasses the class of short RNAs, which are less than 200 nucleotides in length. Micro-RNAs (miRNAs) are part of this class and are of great interest, as they are predicted to target over 60% of the human messenger RNAs (mRNAs). Another class of ncRNAs is composed of long ncRNAs (lncRNAs, longer than 200 nucleotides), which are transcribed from intergenic and intronic regions of the human genome and have several functions, many of them related to the control of the mRNA expression. Recently, the structure and function of lncRNAs have been characterized. However, little is known about the mechanisms involved in lncRNA regulation. This work aimed to evaluate whether lncRNAs are regulated by miRNAs in human cells. For this purpose, we identified lncRNAs bound to the RNA-induced silencing complex (RISC) in HeLa cells using a method developed here for the generation of strand-specific cDNA libraries for large scale RNA-sequencing in the 454/Roche plataform. In parallel, we sequenced the miRNAs bound to RISC in these cells. Our results show that hundreds of lncRNAs from diverse classes are bound to RISC in HeLa cells, along with thousands of mRNAs and several hundred miRNAs. Among the miRNAs we identified 37 that are predicted to target the detected lncRNAs. These miRNAs are possible regulators of the lncRNAs, and therefore our work establishes an experimental map of direct interactions between lncRNAs and miRNAs. The lncRNA TUG1, a lincRNA involved in the regulation of genes related to apoptosis and cell cycle, was identified among the lncRNAs bound to RISC. We showed by miRNA over-expression and qPCR that TUG-1 is regulated by the miRNA-148b, which is one of the miRNAs detected in our sequencings and has a binding site highly conserved in mammals located at the TUG1 3` end. Taken together, our results contribute to the understanding of the regulation of the lncRNA expression levels in human cells and open perspectives for the modulation of miRNAs as a strategy to regulate the levels and functions of lncRNAs.

Apresenta um modelo completo em sistemas multicorpos de uma combinação veicular formada por um cavalo mecânico e um semi-reboque para um estudo de dirigibilidade. O modelo multicorpos foi desenvolvido no MSC.Adams/Car e inclui a suspensão primária, sistema de direção, trem de força, modelo de pneu e um quadro flexível para o cavalo mecânico, e a suspensão primária, modelo de pneu e quadro rígido para o semi-reboque. A resposta dinâmica lateral de uma composição veicular depende das características combinadas de estabilidade direcional, dirigibilidade e interação pneu/pavimento da unidade motora e da unidade rebocada. Os parâmetros mais importantes em relação à dinâmica lateral dos veículos longos combinados são: a velocidade longitudinal, o concerning stiffness dos pneus da combinação veicular, as elasticidades dos sistemas de suspensão e esterçamento do cavalo mecânico, a localização, distribuição do carregamento e momento de inércia em guinada da unidade movida e transferência lateral de carga do veículo como um todo. O modelo foi validado no âmbito dos modos de vibração. As análises de dirigibilidade foram realizadas mediante execução de manobras de mudança simples de pista e de esterçamento com entrada rampa, no MSC.Adams/Car, para calcular métricas comumente utilizadas para avaliação da dinâmica lateral de veículos longos combinados como aceleração lateral, velocidade de guinada, offtracking dinâmico e o gradiente de esterçamento. Análises dos resultados mostraram a influência no tempo de resposta, em regime transitório, do cavalo quando atrelado ao semi-reboque e um comportamento sub-esterçante nas velocidades longitudinais simuladas. A combinação veicular utilizada para este estudo apresenta um comportamento direcional estável. / This work presents a complete multibody model of a heavy articulated vehicle with a tractor and a semitrailer for handling study purposes. The model had been developed on MSC.Adams/Car and includes primary suspension system, steering system, powertrain, tire model and a flexible frame for tractor, suspension system, tire model and a rigid frame for semitrailer. The lateral dynamics response of a heavy articulated vehicle depends on tractor/semitrailer combined characteristics of the directional stability, the manouverability and the tire/road interaction. The most important parameters concerning of the lateral dynamics of heavy articulated vehicles are: longitudinal velocity, combined tire cornering stiffness of vehicular composition, suspensions systems compliance and steering system compliance of tractor, location, load distribution and yaw moment of towing unit and vehicle overall lateral load transfer. The model was validated about modal shapes and frequencies vibrations. Handling analyses had performed with single lane change and ramp steer maneuvers simulation on MSC.Adams/Car to calculate common measures for heavy articulated vehicles lateral dynamics evaluation as lateral acceleration, yaw velocity, dynamic offtracking and understeer gradient. The results analyses showed that the towing unit influences on response of the tractor and an understeer behavior of all vehicular composition over longitudinal velocity range simulated. The heavy articulated vehicle used on this study shows a stable directional behavior.

Plankton microorganisms constitute the base of the marine food web and play a great role in global atmospheric carbon dioxide drawdown. Moreover, being very sensitive to any environmental changes they allow noticing (and potentially counteracting) them faster than with any other means. As such they not only influence the fishery industry but are also frequently used to analyze changes in exploited coastal areas and the influence of these interferences on local environment and climate. As a consequence, there is a strong need for highly efficient systems allowing long time and large volume observation of plankton communities. This would provide us with better understanding of plankton role on global climate as well as help maintain the fragile environmental equilibrium. The adopted sensors typically provide huge amounts of data that must be processed efficiently without the need for intensive manual work of specialists. A new system for general purpose particle analysis in large volumes is presented. It has been designed and optimized for the continuous plankton monitoring problem; however, it can be easily applied as a versatile moving fluids analysis tool or in any other application in which targets to be detected and identified move in a unidirectional flux. The proposed system is composed of three stages: data acquisition, targets detection and their identification. Dedicated optical hardware is used to record images of small particles immersed in the water flux. Targets detection is performed using a Visual Rhythm-based method which greatly accelerates the processing time and allows higher volume throughput. The proposed method detects, counts and measures organisms present in water flux passing in front of the camera. Moreover, the developed software allows saving cropped plankton images which not only greatly reduces required storage space but also constitutes the input for their automatic identification. In order to assure maximal performance (up to 720 MB/s) the algorithm was implemented using CUDA for GPGPU. The method was tested on a large dataset and compared with alternative frame-by-frame approach. The obtained plankton images were used to build a classifier that is applied to automatically identify organisms in plankton analysis experiments. For this purpose a dedicated feature extracting software was developed. Various subsets of the 55 shape characteristics were tested with different off-the-shelf learning models. The best accuracy of approximately 92% was obtained with Support Vector Machines. This result is comparable to the average expert manual identification performance. This work was developed under joint supervision with Professor Rubens Lopes (IO-USP). / Microorganismos planctônicos constituem a base da cadeia alimentar marinha e desempenham um grande papel na redução do dióxido de carbono na atmosfera. Além disso, são muito sensíveis a alterações ambientais e permitem perceber (e potencialmente neutralizar) as mesmas mais rapidamente do que em qualquer outro meio. Como tal, não só influenciam a indústria da pesca, mas também são frequentemente utilizados para analisar as mudanças nas zonas costeiras exploradas e a influência destas interferências no ambiente e clima locais. Como consequência, existe uma forte necessidade de desenvolver sistemas altamente eficientes, que permitam observar comunidades planctônicas em grandes escalas de tempo e volume. Isso nos fornece uma melhor compreensão do papel do plâncton no clima global, bem como ajuda a manter o equilíbrio do frágil meio ambiente. Os sensores utilizados normalmente fornecem grandes quantidades de dados que devem ser processados de forma eficiente sem a necessidade do trabalho manual intensivo de especialistas. Um novo sistema de monitoramento de plâncton em grandes volumes é apresentado. Foi desenvolvido e otimizado para o monitoramento contínuo de plâncton; no entanto, pode ser aplicado como uma ferramenta versátil para a análise de fluídos em movimento ou em qualquer aplicação que visa detectar e identificar movimento em fluxo unidirecional. O sistema proposto é composto de três estágios: aquisição de dados, detecção de alvos e suas identificações. O equipamento óptico é utilizado para gravar imagens de pequenas particulas imersas no fluxo de água. A detecção de alvos é realizada pelo método baseado no Ritmo Visual, que acelera significativamente o tempo de processamento e permite um maior fluxo de volume. O método proposto detecta, conta e mede organismos presentes na passagem do fluxo de água em frente ao sensor da câmera. Além disso, o software desenvolvido permite salvar imagens segmentadas de plâncton, que não só reduz consideravelmente o espaço de armazenamento necessário, mas também constitui a entrada para a sua identificação automática. Para garantir o desempenho máximo de até 720 MB/s, o algoritmo foi implementado utilizando CUDA para GPGPU. O método foi testado em um grande conjunto de dados e comparado com a abordagem alternativa de quadro-a-quadro. As imagens obtidas foram utilizadas para construir um classificador que é aplicado na identificação automática de organismos em experimentos de análise de plâncton. Por este motivo desenvolveu-se um software para extração de características. Diversos subconjuntos das 55 características foram testados através de modelos de aprendizagem disponíveis. A melhor exatidão de aproximadamente 92% foi obtida através da máquina de vetores de suporte. Este resultado é comparável à identificação manual média realizada por especialistas. Este trabalho foi desenvolvido sob a co-orientacao do Professor Rubens Lopes (IO-USP).

Este trabalho investiga a viabilidade de se implantar no Brasil o veículo combinado de cinco eixos constituído de um cavalo mecânico mais dois semi-reboques acoplados por um dolly intermediário e chamado aqui de Duplo Semi-Reboque (DSR). Essa investigação inclui tanto aspectos econômicos (custos operacionais) quanto operacionais (densidade das cargas, rotas, demandas, veículos utilizados), tecnológicos (veículos e implementes), legais (pesos e dimensões), de segurança (estabilidade, dirigibilidade, risco de acidentes e impacto sobre o tráfego de outros veículos) e de inter-relação com a infra-estrutura rodoviária. Como a configuração analisada é largamente utilizada nos Estados Unidos, com o nome de twin trailer truck, faz-se uma ampla revisão da literatura norte-americana. O estudo apresenta as características técnicas do twin, levanta a legislação norte-americana de carga por eixo e mostra como a busca de produtividade e o aumento da carga volumosa conduziram à necessidade de veículos mais longos. Compila artigos sobre a estabilidade, a dirigibilidade e o impacto sobre o tráfego dos veículos longos combinados. Sintetiza pesquisas comparando taxas de acidentes dos veículos combinados com os caminhões convencionais. A maioria desses estudos conduz à conclusão de que, embora os twins possam degradar ligeiramente as condições de segurança de tráfego e aumentar o desgaste elos pavimentos, essa degradação é compensada pela redução do número de viagens e do custo do transporte. Conclui-se que o veículo seria economicamente viável no Brasil para substituir caminhões trucados em rotas de demanda limitada, e que poderia também economizar custos na substituição a veículos convencionais no transporte de cargas volumosas, sem provocar maiores impactos sobre a segurança operacional. Pesquisa com frotistas mostra que quase 50% das transportadoras de carga fracionada operam cargas de densidade compatível com o DSR. A introdução do veículo, no entanto, enfrenta fortes obstáculos legais e exigiria mudança profunda na legislação dos veículos combinados longos. / This paper investigates the feasibility of introducing the American twin trailer truck in the Brazilian road transport network. The twin is a five axle configuration with one tractor and two semi-trailers, coupled by an intermediate dolly. The investigation embraces not only economic questions (operational costs), but also operational aspects (freight density and volume, vehicle choice, line extension etc), technological questions (vehicles, trailers and dollies), weights and dimensions legislation, safety impacts (handling and stability, impact of traffic operations and statistic studies of accident rates) and the twin\'s interface with the highway facilities. The American and Canadian studies about twins are reviewed. The paper presents the technical characteristics of twins, the american weights and dimensions legislation and shows how the claim for more productivity in the transport industry and the low density freight growth have induced the use of longer combinations. The study compiles the main results presented in the literature about handling, stability and the twin trailer impact on the highway traffic and analyzes statistics comparing doubles with semi-trailer accident rates. The literature review leads to the conclusion that, althrough the twins could degrade slightly the vehicle traffic safety performance and accelerate the pavement wear, this degradation is overwhelmed by the reduction of the number of vehicles on the roads and direct and indirect transportation costs. The introduction of the win trailer truck in Brazil could be advantageous in order to replace tandem trucks on low demand routes. The savings in terminal times and the higher capacitiy of this configuration would cut costs as compared to the straight truck, semi-trailer and truck-and-trailer configurations, without relevant deterioration of the operational safety. The results of a large sample with brazilian LTL companies show that almost 50% of them operate with a freight density that would be ideal for twins. The twin\'s introduction, however, faces strong legal impediments in some markets, and only would be feasible if deep changes in the Brazilian weight and dimension regulations would be undertaken.

Este trabalho investiga a viabilidade de se implantar no Brasil o veículo combinado de cinco eixos constituído de um cavalo mecânico mais dois semi-reboques acoplados por um dolly intermediário e chamado aqui de Duplo Semi-Reboque (DSR). Essa investigação inclui tanto aspectos econômicos (custos operacionais) quanto operacionais (densidade das cargas, rotas, demandas, veículos utilizados), tecnológicos (veículos e implementes), legais (pesos e dimensões), de segurança (estabilidade, dirigibilidade, risco de acidentes e impacto sobre o tráfego de outros veículos) e de inter-relação com a infra-estrutura rodoviária. Como a configuração analisada é largamente utilizada nos Estados Unidos, com o nome de twin trailer truck, faz-se uma ampla revisão da literatura norte-americana. O estudo apresenta as características técnicas do twin, levanta a legislação norte-americana de carga por eixo e mostra como a busca de produtividade e o aumento da carga volumosa conduziram à necessidade de veículos mais longos. Compila artigos sobre a estabilidade, a dirigibilidade e o impacto sobre o tráfego dos veículos longos combinados. Sintetiza pesquisas comparando taxas de acidentes dos veículos combinados com os caminhões convencionais. A maioria desses estudos conduz à conclusão de que, embora os twins possam degradar ligeiramente as condições de segurança de tráfego e aumentar o desgaste elos pavimentos, essa degradação é compensada pela redução do número de viagens e do custo do transporte. Conclui-se que o veículo seria economicamente viável no Brasil para substituir caminhões trucados em rotas de demanda limitada, e que poderia também economizar custos na substituição a veículos convencionais no transporte de cargas volumosas, sem provocar maiores impactos sobre a segurança operacional. Pesquisa com frotistas mostra que quase 50% das transportadoras de carga fracionada operam cargas de densidade compatível com o DSR. A introdução do veículo, no entanto, enfrenta fortes obstáculos legais e exigiria mudança profunda na legislação dos veículos combinados longos. / This paper investigates the feasibility of introducing the American twin trailer truck in the Brazilian road transport network. The twin is a five axle configuration with one tractor and two semi-trailers, coupled by an intermediate dolly. The investigation embraces not only economic questions (operational costs), but also operational aspects (freight density and volume, vehicle choice, line extension etc), technological questions (vehicles, trailers and dollies), weights and dimensions legislation, safety impacts (handling and stability, impact of traffic operations and statistic studies of accident rates) and the twin\'s interface with the highway facilities. The American and Canadian studies about twins are reviewed. The paper presents the technical characteristics of twins, the american weights and dimensions legislation and shows how the claim for more productivity in the transport industry and the low density freight growth have induced the use of longer combinations. The study compiles the main results presented in the literature about handling, stability and the twin trailer impact on the highway traffic and analyzes statistics comparing doubles with semi-trailer accident rates. The literature review leads to the conclusion that, althrough the twins could degrade slightly the vehicle traffic safety performance and accelerate the pavement wear, this degradation is overwhelmed by the reduction of the number of vehicles on the roads and direct and indirect transportation costs. The introduction of the win trailer truck in Brazil could be advantageous in order to replace tandem trucks on low demand routes. The savings in terminal times and the higher capacitiy of this configuration would cut costs as compared to the straight truck, semi-trailer and truck-and-trailer configurations, without relevant deterioration of the operational safety. The results of a large sample with brazilian LTL companies show that almost 50% of them operate with a freight density that would be ideal for twins. The twin\'s introduction, however, faces strong legal impediments in some markets, and only would be feasible if deep changes in the Brazilian weight and dimension regulations would be undertaken.

Les romans grecs et les Métamorphoses d’Apulée – même si les modalités sont différentes pour ce dernier – sont des fictions en prose qui fonctionnent autour de topoi auxquels la figure de l’Autre n’échappe pas. Bien que le monde grec soit alors radicalement différent de ce qu’il était au Ve siècle avant J.-C., période à laquelle l’identité grecque est construite par opposition à la figure du barbare, les romanciers qui prennent la plume à partir du Ier siècle avant notre ère utilisent un certain nombre de stéréotypes hérités de l’époque classique, alors mise à l’honneur par le mouvement de la Seconde Sophistique. Il s’agit d’étudier dans le détail certains éléments de la représentation de l’Autre pour déterminer qui il est, comment il se comporte, ce qui le constitue en Autre. Puis, à partir de cette esquisse, nécessairement incomplète, d’évaluer ce que cette représentation peut induire sur l’image de l’identité grecque à l’époque impériale, par le jeu de miroir que F. Hartog a décelé dans l’œuvre d’Hérodote. Une première partie est consacrée aux rapports entre l’homme et l’animal ainsi qu’à l’image de la sauvagerie, ce qui permet d’explorer les bornes romanesques de l’humanité. La seconde partie s’attache à des éléments que l’époque classique a plus particulièrement mis en avant pour distinguer les Grecs des non-Grecs : le critère de la langue, l’art de faire la guerre et le discours politique qui est tenu sur les institutions barbares. La troisième partie étudie la place des dieux et des pratiques religieuses dans la définition de l’Autre. J’espère ainsi contribuer à la compréhension du genre romanesque et des représentations culturelles de l’empire « gréco-romain ». / The Greek novels and The Metamorphoses of Apuleius, even if it is in different terms for the last, are prose fictions which are based on topoi, and the figure of the Other is one of them. Although the Greek world was radically different of what it was in the fifth century BC, time during which Greek identity is contructed as opposed to the figure of the barbaros, the authors of novels, who wrote from the first century BC onward, used some stereotypes inherited from classical period, which was celebrated by the Second Sophistic movement. The aim of this thesis is to study in detail some elements of the representation of the Other to determine who it is, how he behaves, what makes him other. Then, from this sketch, necessarily incomplete, to evaluate what this representation says about the image of Greek identity in the imperial age, according to the play of the mirror detected by F. Hartog in the text of Herodotus. The first part of the thesis is dedicated to the relationship between man and animal and to the image of savagery, in order to explore the novelistic limits of humanity. The second part concentrates on elements that classical period had particularly insisted on to promote the distinction between Greeks and non-Greeks : the linguistic criterion, the way to make war, and the politic discourse on the barbaric institutions. The third part study the place of the gods and of religious practices in the definition of the Other. I hope to contribute to the understanding of novel genre and of cultural representations of the « greco-roman- empire ».