Os eucaliptais correspondem a cerca de 4,5 milhões de hectares de todo o território brasileiro. Esta silvicultura vem sendo implantada principalmente em áreas de pastagens de baixa produtividade. Os efeitos da substituição de áreas agrícolas por eucaliptais sobre a distribuição de pequenos mamíferos ainda são desconhecidos. Sendo assim, este trabalho buscou identificar um padrão de distribuição e abundância de mamíferos de pequeno porte em uma área de pastagens que foi convertida em eucaliptais. O estudo foi realizado nas fazendas Três Lagoas e Arca, localizadas no município de Angatuba, região do Alto Paranapanema, entre agosto de 2007 e julho de 2009. O levantamento da mastofauna foi realizado por meio de armadilhas de interceptação e queda, distribuídas em trinta unidades amostrais. Foram identificadas catorze espécies de pequenos mamíferos pertencentes as ordens Didelphimorphia e Rodentia. O pasto abandonado e a vegetação nativa apresentaram maior abundância e riqueza de indivíduos do que os eucaliptais. A taxocenose de pequenos mamíferos presente nesta paisagem silvicultural assemelha-se à encontrada em outras paisagens agrícolas. Os resultados obtidos, aliados ao atual contexto de mudança do uso da terra no estado de São Paulo sugerem que os eucaliptais atuam como uma matriz permeável para os pequenos mamíferos. No entanto, os remanescentes de vegetação nativa presentes em paisagens silviculturais são fundamentais para a conservação de tais espécies. / Eucalyptus plantations currently cover 4.5 million hectares of Brazilian territory. This forestry is expanding mainly over areas of extensive livestock production. The effects of the replacement of pastures by eucalyptus plantations on the distribution of small mammals are still unknown. In this context, this study aimed at to identify the distribution pattern and abundance of small mammals in an area where recently cattle pastures were converted into eucalyptus plantations. This study was carried out at Fazenda Três Lagoas and Fazenda Arca in the municipality of Angatuba, located in the Upper Paranapanema river basin, between August 2007 and July 2009. The small mammals survey was carried out with pitfall traps distributed in 30 sampling units. Fourteen species of orders Didelphimorphia and Rodentia were captured. The abandoned pasture and the native vegetation presented a higher abundance and species richness in relation to the eucalyptus plantations. The taxocenosis of small mammals in this silvicultural landscape resembles those found in other agricultural landscapes. These results together and the current land use trend suggest that eucalyptus plantations can be relatively to small mammals. However, the remnants of native vegetation in silvicultural landscapes are essential to the conservation of these species.

Com base em novos fósseis de mamíferos coletados na Formação Tremembé, Bacia de Taubaté, Estado de São Paulo, Brasil e na reavaliação dos materiais anteriormente estudados e coletados nesta mesma localidade, é apresentado um panorama da paleomastofauna desta Formação. Foram feitas redescrições de materiais de alguns grupos, melhorando o conhecimento anatômico de alguns espécimes. A ampliação da diversidade conhecida de mamíferos fósseis deve-se a materiais inéditos coletados no afloramento da Fazenda Santa Fé (Tremembé) e depositados no Museu de História Natural de Taubaté (MHNT). As comparações foram feitas com materiais de outras localidades da América do Sul, de idade igual ou semelhante, que confirmam a identificação de diversos táxons, contribui com a reconstituição do paleoambiente e a determinação da idade dos sedimentos da Formação Tremembé. Três novos táxons de metatérios são reconhecidos, sendo dois deles representados por material de excelente valor diagnóstico. São reconhecidos um Proborhyaenidae de médio porte (no lugar de um suposto Borhyaenidae) e um Metatheria da família Hathliacynidae (próximo de Sipalocyon) de tamanho semelhante ao de um gambá atual (Didelphis). A presença de um material dentário de Pyrotheriidae, juntamente com material pós-craniano, também contribui com características diagnósticas de um táxon distinto de outros membros da família. O fragmento dentário até então identificado como de um Notohippidae indeterminado é aqui atribuído a Rhynchippus brasiliensis que, como Taubatherium paulacoutoi, parece ser uma espécie polimórfica quanto aos caracteres dentários. Com base em materiais dentários, Taubatherium paulacoutoi é o único Leontiniidae seguramente descrito para a Formação Tremembé. Entretanto, um novo material pertencente a esta família é aqui apresentado, porém com dados insuficientes para uma melhor identificação. Os materiais analisados reforçam, para a Formação Tremembé, a idade Deseadense Superior, ou ainda, sugerem idade Oligoceno Superior ou, com menor probabilidade, Mioceno Inferior, ou seja, ao redor de 23,5 a 24 milhões de anos. Os mamíferos colaboram também para reforçar a idéia de um paleoambiente ligado a uma região de beira de lago, com grande oferta de peixes, principalmente, durante as estações de estiagem, que atraía um grande número de animais oportunistas. / This study presents a comprehensive panorama of the fossil mammal fauna of the Tremembé Formation, Taubaté Basin, São Paulo State, Brazil based on recently collected materials, and revaluation of previous specimens collected from the same fossil quarries. We improved our understanding of previously examined material by making new descriptions, and our appreciation of the diversity of fossil mammals in this area was further enhanced by studies on hitherto unpublished collections from outcrops at the Fazenda Santa Fé (Tremembé) that are now deposited in the Museu de História Natural de Taubaté (MHNT). Comparisons were made with fossil collections of the same or similar age from other localities in South America. The comparisons helped confirm the identity of diverse taxa, and contributed to a reconstruction of the palaeoenvironment, and to the determination of the age of the sediments in the Tremembé Formation. Three new Metatheria taxa were recognised, two of which were based on material with excellent diagnostic features: they comprise a medium sized Proborhyaenidae (previously identified as a supposed Borhyaenidae), and a Metatheria of the family Hathliacynidae (a close relative of Sipalocyon) that was similar in size to the recent opossum (Didelphis). A dental and also post-cranial material of the Pyrotheriidae provided diagnostic characters for a new taxon distinct from other members of the pyrotheriids. Another dental fragment previously identified as an undetermined Notohippidae, we attribute to Rhynchippus brasiliensis which, like Taubatherium paulacoutoi, seems to be a rather polymorphic species with regard to dental features. Taubatherium paulacoutoi is the only Leontiniidae that has been identified with confidence for Tremembé, and whilst we assign the new material to this family, the data are insufficient for a more positive identification. The analysed materials reinforce the view that the Tremembé Formation belongs to the Upper Deseadense, or perhaps the Upper Oligocene, or more unlikely the Lower Miocene, i.e. around 23.5-24 mya. These mammal fossils also support the idea of a palaeoenvironment that was a lakeside habitat, with the occurerence of many fish, mainly, in the dry season, that may have attracted a large number of opportunistic animals.

L’objectiu d’aquesta tesi és avançar en el coneixement de l’ús que els meso-mamífers fan del paisatge mediterrani amb diferents nivells d’urbanització i de quina manera les variacions en aquest s’associen a variacions en el seu comportament, ecologia i, per tant, en la conservació. Tenint en compte el creixement de la població humana en les àrees mediterrànies i el desenvolupament de les infraestructures viàries associat a aquest creixement, l’estudi de les respostes de l’ús del territori en aquests ambients periurbans poden resultar de gran utilitat en un futur, quan gran part dels espais naturals mediterranis es trobaran sota aquestes condicions “periurbanes”. Les diferents característiques de cada espècie estudiada i el comportament esquiu i quasi pràcticament nocturn que presenten, implica la integració de diferents metodologies per al seu estudi. Per tal d’abordar aquesta proposta inicial, l’estudi es planteja a diferents nivells d’anàlisi i des de perspectives diferents. La primera part de la tesi, integrada pels capítols ú al tres, tracta sobre l’organització espacial dels individus, analitzada tant des del punt de vista de l’organització de l’espai, com de la selecció de l’hàbitat. La segona part de la tesi, formada pels capítols quatre i cinc, tracta d’una problemàtica més unida a les característiques periurbanes de Collserola: la incidència del trànsit viari sobre la supervivència de les espècies i la connectivitat de l’àrea amb altres zones perifèriques. Al primer capítol s’analitza de quina manera les diferències en el paisatge s’associen a diferències en el patró espacial en dos poblacions de teixó. Estudiar la mida dels grups, domini vital, àrees de màxima activitat, densitat poblacional i patró de comportament espacial dels teixons als parcs de Collserola i Montserrat mitjançant el marcatge d’individus amb collars radio-emissors. Complementàriament, al segon capítol s’analitza la disponibilitat dels diferents tipus d’hàbitat en la mesura que afecta la situació dels dominis vitals, nuclis d’alimentació i la ubicació dels caus; per a la qual cosa s’ha estudiat la selecció de l’hàbitat dels teixons de Montserrat i Collserola en relació al nivell de domini vital, nuclis d’alimentació, i l’ambient circumdant a les teixoneres. Arrel dels resultats obtinguts amb la selecció de l’hàbitat dels teixons en el capítol anterior, al tercer capítol es va desenvolupar un altre treball sobre la selecció de l’hàbitat de tres espècies més de mamífers del parc de Collserola: guineus, gats mesquers i porcs senglars, per tal d’esbrinar els hàbitats importants per a cada espècie i observar si hi ha un patró general per al conjunt d’espècies. D’altra banda, a la segona part de la tesi, al quart capítol, s’analitzen algunes de les variables que poden afectar la localització, estacionalitat i distribució dels atropellaments de mamífers al parc de Collserola, per tal de trobar algun patró general o específic de cada espècie que ajude a minvar parcialment les morts de fauna salvatge per atropellament, alhora que es redueix la sinistralitat vial en zones perifèriques a espais naturals. Finalment, al cinquè capítol es realitza una comparativa que té com a objectiu analitzar les diferències i similituds entre zones quant a composició d’espècies mitjançant una aplicació de la teoria de la informació per tal d’esbrinar si l’aïllament del Parc de Collserola i la manca de connectivitat ha tingut ja algun efecte sobre la distribució d’alguna de les espècies en les zones estudiades. Mitjançant la realització d’una campanya de transectes lineals en cerca de rastres d’algunes espècies de meso-mamífer, s’ha comparat la composició específica en tres zones perifèriques del parc, en tres dels parcs circumdants més propers (Montserrat, St.Llorenç del Munt i l’Obac, i Serra Marina), i finalment en les tres zones intermèdies entre Collserola i els tres parcs de destí (“corredors”). / The aim of the present doctoral thesis is to advance in the knowledge of the relationship between the meso-mammals’ landscape use in Mediterranean habitats and the degree of urbanization and urban development. Furthermore the thesis is also focused in the way this variations are associated to variations in animal behaviour, ecology, and then conservation. Considering the human demographic increase in Mediterranean areas, and the consequent road communication network development, the study of these responses would be very useful for future scenarios in most of the Mediterranean protected areas, which would become suburban areas in the near future. The different characteristics of the studied species and their nocturnal and elusive behaviour, requires the combination of different methodologies to achieve experimental data. In order to deal with the initial proposal the study was planned under different levels of analysis and from different perspectives. The first part, composed by the chapters one to three, is about individual spatial organization analyzed from both points of view, the spatial organization itself and also from the view of the habitat selection. From the other hand, the second part, composed by chapters four and five, deals with the controversial characteristics of an antropogenic park: the incidence of traffic road over species survival and habitat connectivity with neighboring protected areas.

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 12252069 bytes, checksum: 1600b25f25cfdf6ca826316a966d8ec7 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of the present study was to estimate the population density of jaguar (Panthera onca) and ocelot (Leopardus pardalis), and the abundance and species richness of other terrestrial mammals on the Fazenda São Nicolau, in the north of the Brazilian state of Mato Grosso, located in the southern Amazon basin. Camera traps were used to record the presence of the different species. Twelve collecting points were established in forested areas and sampled during four years between 2008 and 2011, with a total of 3603 trap-days of records. In impacted areas, 16 points were sampled in a rotating system over two years (2009 and 2010), with a total of 658 traps-days of records. Population parameters were estimated for the felids only in the forested areas, while the mammal community was analyzed in both habitats. Population density was estimated considering both open and closed populations, with individuals being identified based on pelage coloration patterns. The conventional capture-recapture method (CAPTURE) and the Spatially Explicit (SECR) model were used for the closed population analysis, while the Jolly-Seber and Pollock's robust design were used for the open population. A total of 10 jaguar were identified from 88 photo-records. Jaguar sexual ratio was estimate in 1,5:1. Population estimates of the jaguar were performed only for 2010 using closed population models. Population density based on the CAPTURE and the maximum distance traveled (MMDM) average was estimated at 4.12 ind/km ². The SECR estimated density was 3.03 (±1,57) ind/km ². Overall, 24 ocelots were identified from 134 photo-records, with density being estimated for all four years based on both open and closed population models. Ocelot sexual ratio was 1:1. Population density was estimated in the four seasons following the use of closed and open population analysis. The results of the SECR were more moderate, estimating 7.87 (± 3.0), 14.17 (± 6.5), 10.46 (± 4.4) and 7.36 (± 2.9) ind/km² between 2008 and 2011, respectively. The Jolly-Seber model obtained the highest estimates, 19.54, 25.01, 16.03 and 19.74 ind. / km ², each season. Survival and population growth were also estimated for this species. This result indicates that the spatially explicit model was adequate for the understanding of the population dynamics of the two felid species, although the robust design returned a greater number of demographic parameters, complementing the population analysis. The average population density of the ocelot for four seasons in southern Amazonia based on SECR, was estimated on 11.81 (± 2.29) ind/100km2 in a region with at least 25% of the disturbed area. Total mammalian richness for the study area was estimated at 26 species, with between 21 and 24 species being recorded in any given year. In the altered habitat, species richness was estimated to be 18 species, although only 17 were recorded (13 in one year and 15 in the other). The most common species were Tayassu pecari in the forested area and Cerdocyon thous in the altered habitat. The analysis of 24 indices of Beta diversity indicated a more homogeneous distribution of species in the forested areas in comparison with the altered habitat. Overall, this study has demonstrated that camera-trapping studies of population density or community structure require monitoring over two or more years for the collection of data for reliable analyses. This reinforces the importance of long-term studies for the understanding of the dynamics of wild populations and community structure. / Este estudo teve o objetivo de estimar as populações de onça-pintada (Panthera onca) e de jaguatirica (Leopardus pardalis) e a riqueza e a abundância dos mamíferos terrestres na Fazenda São Nicolau, no norte do estado de Mato Grosso, sul da Amazônia. Utilizei armadilhas-fotográficas para registrar as espécies. Amostrei 12 pontos em áreas de floresta durante quatro temporadas (2008 a 2011), totalizando 3603 dias/câmeras. Nas áreas alteradas amostrei 16 pontos em duas temporadas (2009 e 2010), em sistema de rodízio, totalizando 658 dias/câmeras. Estimei parâmetros populacionais dos felídeos apenas nas áreas de floresta. Analisei a comunidade de mamíferos nos dois ambientes. A densidade populacional das duas espécies de felídeos foi estimada analisando a população fechada e aberta dentro de ocasiões de captura de 10 dias, aproximadamente. Identifiquei os indivíduos comparando as diferenças nas malhas da pelagem. Utilizei o método convencional de captura e recaptura (CAPTURE) e o modelo espacialmente explícito (SECR) para as análises de população fechada. Para análises de população aberta, utilizei o modelo Jolly-Seber e o desenho robusto de Pollock. Identifiquei 10 onças, em 88 eventos fotográficos nas quatro temporadas. A razão sexual (M:F) foi de 1,5:1. As estimativas populacionais da onça-pintada foram realizadas somente para 2010 utilizando os modelos de população fechada. A densidade populacional com base no CAPTURE e na média da máxima distância percorrida (MMDM) foi estimada em 4,12 ind./km². O SECR estimou a densidade em 3,03 (±1,57) ind./km². No caso das jaguatiricas, identifiquei 24 indivíduos em 134 eventos fotográficos. A razão sexual foi de 1:1. Estimei a densidade populacional nas quatro temporadas utilizando os modelos de população fechada e aberta. Os resultados do SECR foram mais moderados, estimando 7,87 (±3,0), 14,17 (±6,5), 10,46 (±4,4) e 7,36 (±2,9) ind./km², entre 2008 e 2011, respectivamente. Entretanto o modelo Jolly-Seber foi o que obteve as maiores estimativas, sendo 19,54, 25,01, 16,03 e 19,74 ind./km², a cada temporada. Também estimei a sobrevivência e o crescimento populacional desta espécie. O modelo SECR estabilizou as estimativas de densidade mesmo com os valores de buffer mais elevados, evitando superestimar a população. Estes resultados indicam que o modelo espacialmente explícito foi adequado para a compreensão da dinâmica populacional das duas espécies de felídeos. Entretanto, o desenho robusto retornou um maior número de parâmetros demográficos, complementando as análises populacionais. A densidade populacional média da jaguatirica para as quatro temporadas ao sul da Floresta Amazônica com base no SECR, foi estimada em 11,81 (±2,29) ind/100km2, em uma região com pelo menos 25% de área alterada. O número de espécies observadas de mamíferos entre as temporadas variou de 21 a 24 na área de floresta, e a riqueza foi estimada em 26 espécies. Na área alterada o número de espécies observadas nas duas temporadas foi de 13 e 15 e a riqueza foi estimada em 18 espécies, sendo que o total de espécies observadas foi 17. As espécies mais representativas foram o Tayassu pecari, na área de floresta e o Cerdocyon thous, na área alterada. A análise gráfica composta de 24 índices de diversidade beta indicou que a área de floresta teve maior homogeneidade na ocorrência das espécies do que na área alterada. Este estudo demonstra que quando há uma coleta de dados por mais que uma temporada, seja para investigar a população de uma espécie ou a estrutura de uma comunidade, os resultados não serão os mesmos, mesmo utilizando os mesmos procedimentos. Isso reforça a importância dos estudos da dinâmica das populações silvestres para compreender a oscilação na abundância e também na riqueza da comunidade.

Compreender os mecanismos que causam variações espaço-temporais na diversidade biológica é uma das principais atribuições da ecologia. A teoria clássica de nicho prediz que o gradiente ambiental e sua complexidade mediam processos cruciais na estruturação das assembléias locais, permitindo a coexistência das espécies. A associação entre fatores espaciais e ambientais e diversidade inventário e diversidade diferenciação de mamíferos Neotropicais, tem sido usualmente investigada por estudos de resolução grosseira. Assim, o efeito do gradiente ambiental em resolução fina, ainda é praticamente desconhecido. Neste trabalho, eu investiguei os efeitos de processos ambientais, espaciais e ambientais espacialmente estruturados sobre a diversidade α e β de mamíferos, em uma área de aproximadamente de 1.100,42 km2 no norte do Pantanal, a maior área úmida contínua do planeta. Utilizei um método de análise espacial chamado Análise de Coordenadas Principais de Matrizes Vizinhas e modelos lineares para descrever as contribuições desses processos. Os resultados demostram que fatores ambientais e espaciais, em conjunto, são mais importantes do que os efeitos independentes de cada fator, tanto para a diversidade α quanto para a β. O modelo completo explicou 18% da variação na diversidade α e 41% da variação na diversidade β. A diversidade β estimada foi negativamente relacionada com a diversidade α estimada. A diversidade β observada foi positivamente relacionada com a variação da estrutura de habitas entre sítios, embora o modelo tenha explicado uma porcentagem pequena da variação total. Os dados sugerem que embora os grandes mamíferos neotropicais sejam considerados espécies generalistas, eles não ocorrem de forma homogênea ao longo do gradiente, criado pelo mosaico da paisagem pantaneira, e que o papel da variação de nicho espacial é fundamental para manter a riqueza específica em nível regional. / Comprehending the mechanism that causes spatial-temporal variation in biological diversity is at the core of ecological inquiry. Classical niche theory states that environmental gradient and complexity mediate crucial processes that structure local assemblages, allowing species to co-exist. The association between spatial and environmental factors and mammalian inventory or differentiation diversity in the Neotropics, has been usually investigated by coarse grain studies, thus the effect of fine grain effects on mammalian diversity still largely unappreciated. In this paper, I investigated the effects of environmental, spatial, and spatially structured environmental processes on mammalian α- and β-diversity in an area of approximately 1,100.42 km2 in the northern Pantanal, the largest continuous wetland on Earth. I used a spatial analysis method called Principal Coordinates of Neighbor Matrices analysis and linear models to depict the contributions of these processes. The results show that environmental and spatial factors, jointly, are more important than the independent effects of each factor for both, α- and β-diversity. The full model accounted for 18% of the variation in α- diversity and 41% of the variation in β-diversity. Estimated β-diversity decreased with estimated α-diversity. Observed β-diversity increased with site distinctness, although the model had a poor fit and explained a small amount of the total variance. My data suggests that although most large Neotropical mammals are broadly distributed and considered plastic species, they do not occur homogeneously across the landscape, and that the role of spatial niche is critical to maintain species richness at the landscape level.

La presente investigación busca empezar a cerrar el vacío de producción científica nacional de estudios del ocelote (Leopardus pardalis) y contribuir a mejorar el actual estado de conservación de este importante meso predador. Asimismo, ya que el ocelote es una especie popular para los turistas, este animal ayudará a fomentar el turismo en el área de estudio. Se plantea al ecoturismo como una excelente alternativa para mejorar el desarrollo del distrito de Las Piedras a través de una doble función: implementación de estrategias de conservación y la creación de empleo para la población local. El área de estudio es una concesión de conservación y ecoturismo de 11,000 hectáreas pertenecientes al albergue Amazon Research and Conservation Center (ARCC). Usando una combinación de imágenes satélite y software SIG, realizamos un análisis multitemporal de la deforestación del área de estudio entre los años 2000 al 2013 y encontramos que la mayor parte de ella se encuentra al sur de la provincia de Tambopata y a lo largo de la Carretera Interoceánica. Se realizó el muestro del ocelote instalando 73 cámaras en un periodo de 7 meses (agosto 2012 – febrero 2013) divididas en 9 rondas. Se identificaron 8 ocelotes individuales de los cuales solo 3 (A1, A3 y A6) fueron recapturados en más de una ocasión. Utilizando un análisis de captura-recaptura y con las distancias entre recapturas se estimó el área de muestreo efectiva usando el método del Promedio de la Máxima Distancia Recorrida (MMDM) y ½ MMDM (con 0.4 km y 0.2 km de distancia entre recapturas, respectivamente). Los modelos dieron como resultado una densidad poblacional de 0.7 ocelotes/km2 con MMDM, y de 1.8 ocelotes/km2 con ½ MMDM. Por otro lado, usando el software PRESENCE se analizó la probabilidad de captura de las cámaras trampa. A través de un modelo constante y análisis poblacional cerrado se estimó una detección para cada ronda de 0.3 (SE 0.0567). Finalmente, con imágenes satélite analizamos la vegetación presente y evaluamos la preferencia de hábitat de los ocelotes. Encontramos que la mayoría de los felinos capturados se encuentran cerca o en un sendero turístico y que prefieren las llanuras aluviales cercanas a las riberas de los ríos y cochas, y evitan los pantanos. Concluimos que el ecoturismo, a través del monitoreo constante de la fauna silvestre, permite conocer y entender la biodiversidad la Amazonía. Se utilizó al ocelote como animal modelo ya que presenta un rol ecológico y turístico valioso. Sin embargo, también existen muchos otros animales que se pueden utilizar como emblema para promocionar el ecoturismo y promover la conservación del mismo. La metodología de cámaras trampa utilizado en el estudio puede formar parte de un modelo de conservación replicable en otras partes de la Amazonía que tengan un contexto geográfico similar. El albergue ARCC pretende presentar un modelo de monitoreo que pueda servir como guía para otras iniciativas de ecoturismo en Las Piedras y así crear un corredor ecoturístico con otros albergues asentados a lo largo del río Las Piedras. / An ecological study of the ocelot (Leopardus pardalis) has not been done before in the district of Las Piedras, Peru. This investigation seeks to begin closing the gap on the scientific production of feline studies in this region and contribute to the local conservation status and population health of this important meso predator. Additionally, the ocelot being a popular specie amongst tourists, helps promote the ecolodge’s tourism. Ecotourism presents an excellent alternative to improve the development of the district of Las Piedras through a dual function: implementation of conservation strategies and the creation of employment for the local population. The study area is an 11,000 ha. conservation and ecotourism concession owned by the ecolodge Amazon Research and Conservation Center. Using a combination of satellite images and GIS software, we performed a multi-temporal analysis of deforestation in the study area from 2000 to 2013 and found that most of it is located in the southern area of Tambopata province and along the Interoceanic Highway. For the home range analysis we installed 73 cameras over a sampling period of 7 months (August 2012 - February 2013) divided into 9 rounds. In total 8 individual ocelots were identified from which only 3 (A1, A3 and A6) were recaptured on more than one occasion. Using a capture-recapture analysis along with the distances between recaptures we found the effective sampling area using the following methods: Mean Maximum Distance Moved (MMDM) and ½ MMDM (with 0.4 km and 0.2 km between recaptures, respectively). The models yielded a population density of 0.7 ocelots/km2 with MMDM, and 1.8 ocelotes/km2 with ½ MMDM. On the other hand, using the software PRESENCE we analized the camera traps capture probability. Through a constant model and a closed population analysis it was estimated that the detection for each round was 0.3 (SE 0.0567). Finally, using a combination of satellite imagery and GIS software, we analyzed the ocelot habitat and we found that these animals frequently use transects aimed for tourists, they prefer floodplains nearby banks of rivers and lakes, and that they avoid bamboo forests and swaps. We conclude that ecotourism, through constant monitoring of wildlife, can help understand and preserve biodiversity in the Amazon. We used the ocelot as a model because it has a valuable ecological and touristic role. However, there are many other animals that can be used as a symbol to promote ecotourism and promote conservation. Camera trap methodology used in this study may be part of a conservation model that can be replicable in other parts of the Amazon that have a similar geographic context. The ARCC ecolodge aims to present a monitoring model that can serve as a guide for other initiatives in Las Piedras and create an ecotourism corridor with other ecolodges settled along the river Las Piedras. / Tesis

Compreender os mecanismos que causam variações espaço-temporais na diversidade biológica é uma das principais atribuições da ecologia. A teoria clássica de nicho prediz que o gradiente ambiental e sua complexidade mediam processos cruciais na estruturação das assembléias locais, permitindo a coexistência das espécies. A associação entre fatores espaciais e ambientais e diversidade inventário e diversidade diferenciação de mamíferos Neotropicais, tem sido usualmente investigada por estudos de resolução grosseira. Assim, o efeito do gradiente ambiental em resolução fina, ainda é praticamente desconhecido. Neste trabalho, eu investiguei os efeitos de processos ambientais, espaciais e ambientais espacialmente estruturados sobre a diversidade α e β de mamíferos, em uma área de aproximadamente de 1.100,42 km2 no norte do Pantanal, a maior área úmida contínua do planeta. Utilizei um método de análise espacial chamado Análise de Coordenadas Principais de Matrizes Vizinhas e modelos lineares para descrever as contribuições desses processos. Os resultados demostram que fatores ambientais e espaciais, em conjunto, são mais importantes do que os efeitos independentes de cada fator, tanto para a diversidade α quanto para a β. O modelo completo explicou 18% da variação na diversidade α e 41% da variação na diversidade β. A diversidade β estimada foi negativamente relacionada com a diversidade α estimada. A diversidade β observada foi positivamente relacionada com a variação da estrutura de habitas entre sítios, embora o modelo tenha explicado uma porcentagem pequena da variação total. Os dados sugerem que embora os grandes mamíferos neotropicais sejam considerados espécies generalistas, eles não ocorrem de forma homogênea ao longo do gradiente, criado pelo mosaico da paisagem pantaneira, e que o papel da variação de nicho espacial é fundamental para manter a riqueza específica em nível regional. / Comprehending the mechanism that causes spatial-temporal variation in biological diversity is at the core of ecological inquiry. Classical niche theory states that environmental gradient and complexity mediate crucial processes that structure local assemblages, allowing species to co-exist. The association between spatial and environmental factors and mammalian inventory or differentiation diversity in the Neotropics, has been usually investigated by coarse grain studies, thus the effect of fine grain effects on mammalian diversity still largely unappreciated. In this paper, I investigated the effects of environmental, spatial, and spatially structured environmental processes on mammalian α- and β-diversity in an area of approximately 1,100.42 km2 in the northern Pantanal, the largest continuous wetland on Earth. I used a spatial analysis method called Principal Coordinates of Neighbor Matrices analysis and linear models to depict the contributions of these processes. The results show that environmental and spatial factors, jointly, are more important than the independent effects of each factor for both, α- and β-diversity. The full model accounted for 18% of the variation in α- diversity and 41% of the variation in β-diversity. Estimated β-diversity decreased with estimated α-diversity. Observed β-diversity increased with site distinctness, although the model had a poor fit and explained a small amount of the total variance. My data suggests that although most large Neotropical mammals are broadly distributed and considered plastic species, they do not occur homogeneously across the landscape, and that the role of spatial niche is critical to maintain species richness at the landscape level.

A predação de sementes, juntamente com a dispersão, é um dos principais fatores determinantes no recrutamento de novos indivíduos. Espécies de plantas que oscilam na produção de frutos e sementes podem influenciar os predadores e dispersores, alterando a resposta destes em anos de baixa ou alta oferta de recursos. A araucária (Araucaria angustifolia) é o principal elemento da Floresta Ombrófila Mista e as suas sementes, os pinhões, além de amplamente consumidas pela fauna, são uma importante fonte de renda para muitas famílias. Dentre os animais, os roedores são os principais predadores dessas sementes. O objetivo de nosso estudo foi avaliar a relação entre a abundância dos roedores, a disponibilidade de frutos zoocóricos e de sementes da araucária. Avaliamos também se a disponibilidade de sementes influencia nas taxas de remoção e dispersão da araucária. Realizamos o estudo em oito áreas (quatro nativas e quatro de plantação com araucária) na Floresta Nacional de São Francisco de Paula, nordeste do Rio Grande do Sul. Amostramos os roedores durante cinco noites consecutivas em cada estação do ano (abr/outono, jul/inverno, out/primavera e jan/verão). Para avaliar a produção, acompanhamos mensalmente, entre jan/06 a jan/07, todos os indivíduos frutificando ao longo de duas transecções em cada área. Avaliamos também a predação e dispersão de sementes da araucária entre os meses de mai/06 a ago/06. Nossos resultados demonstraram que as sementes da araucária são um importante recurso nas áreas, principalmente no inverno, período em que houve uma queda acentuada na disponibilidade de outros frutos no solo. A abundância dos roedores variou entre as estações do ano, sendo maior no inverno e menor no verão. A remoção de sementes variou entre as áreas nativas e plantadas e entre os meses. Encontramos uma menor remoção nas áreas plantadas, locais de maior disponibilidade de pinhões no solo. A sobrevivência das sementes também foi maior nessas áreas. Nossos resultados indicaram um padrão de predação variando de acordo com a densidade, com uma correlação negativa entre a produção de sementes e a remoção. Nos locais de maior abundância de roedores e maior disponibilidade de sementes encontramos uma menor taxa de remoção, sugerindo uma possível saciação dos predadores. Essa estratégia pode ter conseqüências para o recrutamento e conservação da araucária, bem como para a dinâmica de predação e dispersão, caso não ocorra um manejo dos impactos associados a essa formação, como por exemplo, a coleta das sementes para comercialização e a presença de gado nas áreas. / Seed predation, as well as dispersion, is one of the determinant factors involved in the recruitments of new plant individuals. Plant species that oscillate in their fruit and seed production may influence their seed predators and dispersers, changing their responses in years with high or low resource offer. Araucaria angustifolia is the main element of the Araucaria Forest. Its seeds are largely consumed by the fauna as well as by people, being an important income source for many families. Among the animals that feed upon this seed, the rodents are the main predators. The aim of this study was to evaluate the relation between rodent abundance and fruit availability as well as Araucaria angustifolia seed availability. We also evaluated if the seed production influences the rate of predation and dispersion of araucaria seeds. We conducted the study in the National Forest of São Francisco de Paula, in Rio Grande do Sul state, southern Brazil. In this area, eight forested study sites were selected, four of them were covered by native vegetation (Mixed Ombrophilous Forest) and four were planted with Araucaria. We sampled the rodents at each site during five consecutive nights in each season (autumn, winter, spring, summer). To evaluate the amount of fruit production, we recorded all fruiting individuals of two transects of each area once a month between Jan/06 and Jan/07. We also evaluated the araucaria seed predation and dispersion between May/06 and Aug/06. Our results showed that Araucaria seeds are an important resource in the area, mainly in winter, on which availability of other fruits on the ground was lower. The rodent abundance changed between seasons, being higher during the winter and summer. Seed removal changed between native and planted sites as well as along months. We found low removal rates in planted areas, where overall seed availability on the ground was higher. Seed survival rate was also higher in these areas. Our results indicated a pattern of seed predation changing according to seed density, with a negative correlation between seed production and removal. In areas with higher rodent abundance, we detected lower removal rates, which suggests predator satiation. Such strategy might have consequences for recruitment and conservation of A. angustifolia, as well as for the predation and dispersion dynamic, in case of inadequate management of this species. Additional impacts on seed numbers, such as seed harvest for commercialization and the presence of cattle should be considered in management projects.

O horário de atividade é um importante aspecto da vida de um animal, refletindo sua fisiologia, interações com o ambiente e com outros animais. Dentre os sinais exógenos que ajudam a determinar o início e fim de um dia para um animal estão a luz, temperatura, precipitação e disponibilidade de alimento. Em nosso estudo buscamos determinar o horário de atividade de duas espécies de roedores cricetídeos, Akodon montensis e Delomys dorsalis, verificando como este é influenciado por variáveis ambientais (temperatura e umidade) e pela disponibilidade da semente da araucária (pinhão). Para isso, utilizamos 21 armadilhas acopladas com relógios para determinar o horário de captura dos animais em oito grades de floresta com araucária nativa. As armadilhas permaneceram funcionando por cinco noites consecutivas em excursões bimestrais no período de março de 2010 a fevereiro de 2011. Para determinar a influência do pinhão no horário de atividade comparamos a época dentro e fora de sua produção. Também removemos o pinhão, experimentalmente, de quatro das grades para determinar como a ausência desse recurso sazonal afeta o comportamento dos animais (grades remoção). Encontramos um padrão de atividade bimodal para A. montensis e unimodal para D. dorsalis, sendo as duas espécies predominantemente noturnas e apresentando padrões de atividade noturnos distintos. Em A. montensis, verificamos diferenciações no horário de atividade entre o inverno e o verão, com a atividade nos meses mais frios apresentando um pico no início na noite e, nos meses mais quentes, apresentando um pico no fim da noite. A. montensis também apresentou horários médios de atividade diferentes entre as grades controle (21h35min) e remoção (23h51min). Em D. dorsalis verificamos uma relação positiva entre o horário de atividade e a temperatura ambiente. O efeito da remoção do pinhão sobre a atividade de A. montensis reforça a importância dessa espécie para a fauna de pequenos mamíferos. / An important aspect of an animal’s life is its activity pattern, which reflects its physiology, interactions with the environment and with other animals. Among the exogenous signs that help determine the beginning and end of a day to an animal are light, temperature, precipitation and food availability. In our study we aimed to determine the daily activity patterns of two species of cricetid rodents, Akodon montensis and Delomys dorsalis, analyzing how these are influenced by the availability of an important seasonal resource, the seed of the araucaria tree (Araucaria angustifolia), and by environmental variables (temperature and humidity). To do so, we used 21 live-traps equipped with clocks that determined the time an individual was captured in eight grids placed in native araucaria forest. The traps were set on the grids for five consecutive nights during six excursions, which took place between March 2010 and February 2011. To determine the influence of the araucaria seed on the daily activity of the two species, we compared the times of capture registered during the production season of the seed and outside of the production period. We also experimentally removed the araucaria seeds from four of the grids, to determine how the absence of this seasonal resource affects the behavior of the studied species (removal grids). We found a bimodal daily activity pattern for A. montensis and a unimodal pattern for D. dorsalis, and both species were considered predominantly nocturnal and presented distinct nocturnal activity patterns. A. montensis showed a differentiation in its daily activity pattern between winter and summer, presenting a peak of activity in the beginning of the night in the colder months and at the end of night during the warmer months. A. montensis also presented different average activity hours between the control grids (9:35 p.m.) and removal grids (11:51 p.m.). We found a positive relationship between the daily activity time of D. dorsalis and ambient temperature. The effect of the removal of the araucaria seed on the daily activity of A. montensis reinforces the importance of this tree species to the small mammal fauna.

A busca pelo repertório genético por trás de características comportamentais e reprodutivas de espécies de primatas tem desafiado nosso grupo de pesquisa. A premissa principal nesse tipo de estudo baseia-se na hipótese de que um traço fenotípico (seja ele fisiológico, comportamental, etc) compartilhado por um grupo taxonômico inteiro deve ser determinado por um repertório genético comum a esses táxons. Considerando a complexidade de muitas dessas características, temos ampliado nossos estudos para vários genes da rede OXT – AVP – PRL, usando abordagens in silico, in vitro, e in vivo. Na presente Tese, o conjunto gênico de estudo foi selecionado por uma metodologia baseada na ontologia biológica, com critério de seleção para características como comportamento materno, amamentação e aspectos reprodutivos, tais como comportamento de acasalamento e de corte. Essa seleção resultou em 12 genes candidatos para o estudo: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. Exploramos aqui esse conjunto gênico da rede OXT – AVP – PRL através da mineração de dados, buscando por seus ortólogos nas várias espécies de primatas e de outros mamíferos, bem como através de novos dados de sequências da região codificadora dos genes PRLR e PRLH, em um conjunto de espécies de primatas do Novo Mundo (NWM, conforme sigla em inglês). Adicionalmente, sequências das regiões codificadoras de PRLR foram também obtidos em espécies de marsupiais. Com o objetivo de elucidar os padrões evolutivos dos genes de interesse, utilizamos análises como os testes NsSites e Branch Sites do pacote PAML, assim como vários testes populacionais clássicos, para diferentes conjuntos amostrais. Além disso, foi feita a predição da estrutura secundária das proteínas-alvo, utilizando metodologia específica do programa PSIPRED, bem como o PONDER-FIT, para a caracterização de aminoácidos intrinsecamente desordenados. Nossos resultados das análises in silico sugerem que os genes da família de receptores da vasopressina (AVPR1A, AVPR1B, e AVPR2) apresentam um padrão compatível com seleção positiva em mamíferos placentários. Alguns dos sítios com sinal de seleção apresentam motivos lineares (SLiMS) preditos no receptor AVPR2, que podem ter facilitado a emergência de novidades adaptativas, conforme foi sugerido para a espécie do rato-canguru Dipodomys ordii, que habita regiões áridas. As análises dos dados originais da região codificadora do gene PRLR em 17 espécies de NWM revelaram vários sítios presentes na forma longa do receptor com alta probabilidade de estarem sob seleção positiva, sendo que alguns deles (posições 507, 532 e 572) estão associados com o parto gemelar, uma característica das espécies de Callitrichidae. Adicionalmente verificamos no ramo dos Siimiformes um motivo linear de interação que reconhece domínios SH3 (Src Homology 3). Os domínios SH3 e os seus locais de ligação foram descritos para centenas de proteínas; eles fornecem à célula um meio particularmente conveniente e adaptável de interação específica proteína-proteína, que pode ser de importância funcional. Esse trabalho como um todo contribuiu para o conhecimento do repertório genético relacionado à complexa rede de mecanismos neuroendócrinos associados à emergência de traços adaptativos, tanto fisiológicos quanto comportamentais em diferentes clados de mamíferos. / The search for the genetic repertoire behind behavioral and reproductive features of Primate species has challenged our research group. The principal premise in this kind of study is based on the hypothesis that a phenotypic trait (either physiological, behavioral, etc.) shared by an entire taxonomic group should be determined by a genetic repertoire common to these taxa. Considering the complexity of many of these features, we have expanded our studies for several genes of the OXT - AVP - PRL network, using in silico, in vitro, and in vivo approaches. In the present Thesis, the set of genes for the study was selected by a methodology based on biological ontology, with features like maternal behavior, breastfeeding, and reproductive aspects, such as mating and courtship behavior. This selection resulted in 12 candidate genes for the study: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR, and TRH. We explored here this gene set of the OXT – AVP – PRL network through data mining, searching for their orthologues in many Primate species and other mammals, as well as through new sequence data from the PRLR and PRLH coding region in a set of New World Monkey (NWM) species. Additionally, sequences from the PRLR coding regions were also obtained in marsupial species. To elucidate evolutionary patterns of the genes of interest, we used the NsSites and Branch Sites tests from PAML package, as well as several classic population tests, for different sample sets. In addition, we predicted the secondary structure of target proteins, using a specific methodology of the PSIPRED program, as well as PONDER-FIT for prediction of intrinsically disordered amino acids. Our in silico results suggest that the genes of the vasopressin receptor family (AVPR1A, AVPR1B, and AVPR2) present a pattern compatible with positive selection in placental mammals. Some of the sites with selection signals have linear motifs (SLiMS) predicted in the AVPR2 receptor, which may have facilitated the emergence of adaptive novelties, as was suggested for the kangaroo rat Dipodomys ordii, which inhabits arid regions. Analyses of the original PRLR coding region data on 17 NWM species revealed several sites present in the long form of the receptor with a high probability of being under positive selection, some of them (positions 507, 532 and 572) being associated with twin births, a characteristic of Callitrichidae species. Additionally, we verified in the Siimiformes branch a linear interaction motif that recognizes SH3 domains (Src Homology 3). The SH3 domains and their ligands were described for hundreds of proteins; they provide a particularly convenient and adaptable medium of specific protein-protein interaction to the cell, which can be of functional importance. This work as a whole contributed to the knowledge of the genetic repertoire connected to the complex network of neuroendocrine mechanisms associated to the emergence of physiological and behavioral adaptive traits in different mammalian clades.