Le marquage protéique par fluorescence est une méthode de choix permettant d’étudier l’évolution des protéines depuis leur synthèse cellulaire jusqu’à leur dégradation, en plus de rendre possible leur localisation ainsi que la visualisation des interactions entre protéines. De cet intérêt certain ont découlé différentes techniques de marquage, dont celle présentement développée dans le groupe Keillor. Le principe de celle-ci repose sur la réaction entre deux maléimides portés par un fluorogène et une séquence peptidique cible, laquelle contient deux résidus cystéines séparés par une distance appropriée. Suite à cette double addition de thiols du peptide sur les maléimides du fluorogène, la fluorescence latente de ce dernier est régénérée, menant au marquage covalent de la protéine d’intérêt. Afin d’optimiser la spécificité et la sensibilité de cette méthode de marquage, la synthèse de nouveaux fluorogènes et l’étude de l’efficacité de quench de la fluorescence par les maléimides est présentement en cours dans les laboratoires du groupe Keillor. / The fluorescent labelling of proteins is a powerful approach for following the dynamic process of their cellular synthesis and degradation, in addition to determining their localization and protein-protein interactions. We have developed a ‘small molecule’-based labelling technique that is complementary to existing methods. Our fluorogenic approach relies on the use of dimaleimide fluorogens that react with a target peptide sequence that presents appropriately spaced, solvent-exposed Cys residues. The thiol addition reaction between target sequence and dimaleimide fluorogen restores the latent fluorescence of the latter and results in the covalent fluorescent labelling of the protein of interest. Synthesis of new fluorogens and quench efficiency studies are presently taking place in the Keillor group laboratory in order to optimize the specificity and sensitivity of the labelling method.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

aLe sujet de la présente thèse nous a été suggéré par un fait déjà connu, à savoir que le passage d'un courant constant dans un tube en U contenant un monoacide fort entraîne l'apparition d'une zone frontière stable, se déplaçant avec une mobilité liée à celle de l'anion et séparant la colonne acide d'une couche d'eau cathodique d'épaisseur croissante. Il était donc logique de chercher à étudier les phénomènes d'électrophorèse sur un plan théorique et d'une manière aussi générale que possible en tenant compte des perturbations dues à la diffusion .Cette étude a été menée pour les électrolytes uni-univalents . Tous nos calculs sur ordinateur et toutes nos expériences montrent que la formation spontanée d'une zone frontière mobile s'éloignant d'une électrode s'accompagne toujours des deux caractéristiques suivantes : (1) Le champ existant au voisinage de cette frontière du côté de l'électrode est plus grand que celui qui règne dans la zone centrale du tube. (2) La mobilité de cette frontière peut être reliée à celle s des ions par un calcul traduisant un simple bilan matière. En conséquence et d'un point de vue pratique, on pourra prévoir la formation spontanée d'une zone frontière mobile et son déplacement par translation en calculant les champs susceptibles de régner de part et d'autre de la surface frontière hypothétique. Si le champ régnant du côté de l'électrode est le plus grand, la surface frontière existera et sa mobilité sera donnée par un simple bilan matière. Nous étudions actuellement l'extension de cette théorie aux polyacides, aux colloïdes, ... et plus généralement à tout corps "ionisable" dissout dans un solvant polaire quelconque. Sur un plan expérimental, nous cherchons d'abord à rendre la méthode des sondes plus précise. Afin de mesurer directement les concentrations ioniques et moléculaires le long du tube, nous travaillons aussi à adapter à notre problème diverses méthodes physiques d'analyse, en particulier la spectrophotométrie d'absorption moléculaire et le marquage radioactif des ions.

Le fuligule milouin (Aythya ferina) est une espèce de canard plongeur répandue dans l’ensemble du Paléarctique. Montrant des signes de déclin de ses effectifs nicheurs en Europe depuis les années 2000, son statut de conservation IUCN a été réévalué de « Préoccupation Mineure » à « Vulnérable ». Etant une espèce chassée, la question du maintien de ces prélèvements cynégétiques est légitime. L’objectif de ce travail de thèse est donc de comprendre son fonctionnement démographique et les mécanismes sous-jacents à sa dynamique de population, pour proposer des mesures de gestion et de conservation. Pour cela, nous nous sommes attachés à estimer la tendance de ce déclin sur sa voie de migration nord-ouest européenne à partir des données de recensements de la mi-janvier. Puis, nous avons étudié la connectivité migratoire de cette voie de migration avec les autres voies préssuposées, afin de mieux comprendre l’origine de ce déclin. Enfin, nous avons estimé deux paramètres démographiques clés, la survie et le succès de nidification, pour les intégrer dans un cadre matriciel permettant d’estimer un taux de croissance asymptotique et comprendre quels sont les paramètres démographiques clés sur lesquels doivent reposer les actions de gestion. Il ressort de ce travail de thèse que le déclin du fuligule milouin est probalement dû surtout à une diminution de sa productivité en Europe de l’Est et en Russie. Le contrôle et la gestion de la productivité par l’Homme étant limités, uniquement des travaux de gestion autour des habitats liés à la nidification sont envisageables. Ces travaux pourraient être facilement menés en Europe mais beaucoup plus difficilement en Sibérie, principale aire de reproduction des milouins caractérisée par une vaste superficie et un fort isolement. Les taux de survie des oiseaux bagués en France sont plus faibles que pour les oiseaux bagués dans d’autres pays, potentiellement du fait d’une pression de chasse plus élevée. Amener le taux de survie en France au même niveau que dans les pays voisins (Suisse et Grande-Bretagne), par une modification de la réglementation sur la chasse, serait de nature à ramener le taux de croissance à l’équilibre. La mise en place de la gestion adaptative pourrait faciliter les objectifs de conservation fixés en adaptant annuellement ces prélèvements aux effectifs présents et aux connaissances dont on dispose. / The Common Pochard (Aythya ferina) is a regular diving duck species in the western Palearctic. However, a worrisome decline of its wintering population led to an up-listed IUCN status from “Least Concern” to “Vulnerable”. This species is still hunted in Europe despite this decline. Hence, one may wonder about the sustainability of its harvest. The aim of this work was to understand the population dynamics of this species, and the drivers of these mechanisms. For this purpose, we assessed the declining trend in northwestern Europe using the mid-january censuses. Then, we studied the migratory connectivity with the two others flyways, in order to better understand the origin of the decline. Finally, we assessed two main demographic parameters (survival rate and nesting success) and combined these into a matrix population model. This model allowed us to assess an asymptotic growth rate and to determine the key demographic parameters on which management actions should focus. The main results of this thesis indicate that the decrease in productivty in Europe and in Russia could have been the main reason of the decline. However, given the limited human action to improve Pochard productivity, only breeding habitat improvement could be considered. Such improvements could be easily considered in Europe, but not in Siberia, the main breeding region characterized by a large area and a strong geographic isolation. Survival rates were lower in France than in neighbouring countries, possibly owing to a greater hunting pressure. A more moderate hunting pressure could lead to higher survival rates, and a balanced growth rate. Setting up an adaptative harvest management scheme could help reaching defined management goals, by annually adapting hunting quotas to current knowledge and assessment of Pochard population size.

La mention de référents (personnes, objets et évènements) est au coeur du discours. Cette thèse porte sur l’étude de la variation d’emploi des marqueurs de référence, en combinant des indices syntaxiques et prosodiques, produits lors de narrations d’images séquentielles. L’objectif est de déterminer l’effet des paramètres situationnels sur la production des marqueurs syntaxiques et prosodiques. Deux autres objectifs sont également développés, l’un visant à mettre en évidence les compétences (socio)cognitives sous-jacentes et l’autre visant à étudier l’impact du vieillissement. Pour répondre à ces objectifs, une tâche de narration d’images séquentielles a été utilisée pour éliciter la production de marqueurs de référence. Les narrations d’images séquentielles ont été réalisées auprès de deux groupes de participants, l’un constitué de 30 jeunes adultes (19-39 ans) et l’autre de 30 séniors (59-79 ans). L’ensemble des participants a été soumis à des tests (socio)cognitifs afin de caractériser leurs profils.Nos résultats montrent que le marquage référentiel est un processus complexe et influencé par de multiples facteurs situationnels. En effet, les marqueurs syntaxiques et prosodiques varient en fonction des étapes de discours et du contexte référentiel. Selon l’accessibilité cognitive du référent – notamment l’accessibilité cognitive moindre, le marquage référentiel sollicite des compétences (socio)cognitives. Les résultats indiquent également des effets du vieillissement sur le marquage référentiel : l’emploi des marqueurs de référence chez les séniors est différent de l’emploi des jeunes adultes. Compte tenu de l’importance du marquage référentiel lors des conversations, nos résultats pourraient avoir des implications cliniques et théoriques. / Referring to people, objects and events is a cental piece of the Speech. This dissertation studies the variation in the use of referential markers, by combining syntactic and prosodic cues, produced during a storytelling task sequential pictures. The goal is to determine the effect of situational parameters on the production of the syntactic and prosodic markers. Two other goals are also pursued: (i) to highlight the underlying (socio)cognitive abilities and (ii) to study the impact of aging. To meet these objectives, a storytelling task with sequential pictures was used to obtain the production of referential markers. 30 younger (age span:19-39) and 30 older participants (age span : 59-79) undertook this storytelling task. All the participants were submitted to (socio)cognitive tests to characterize their profiles. Our results show that referential marking is a complex process influenced by multiple situational factors. Indeed, the syntactic and prosodic markers vary according to discourse stages and the referential context. Depending on the cognitive accessibility of the referent - in particular the lesser cognitive accessibility, referential marking requires (socio)cognitive abilities. The results also indicate effects of aging on referential marking : the use of referential markers is different in seniors and in younger participants. Given the importance of referential marking during conversations, our results may have some clinical implications.

Le système de marquage personnel du kurde centrale, avec un ensemble complexe de paradigmes personnels, présente un bon nombre de problèmes. Par exemple, un enclitique personnel qui marque l’actant oblique, construit avec une préposition dans les constructions au présent, devient un affixe personnel dans les constructions au passé. Les recherches précédentes (Bynon 1979 ; Samvelian 2007 ; Haig 2008 ; Jügel 2009) ont mis en évidence les phénomènes pertinents, mais un traitement global du problème et une explication générale des motivations derrière le phénomène font encore défaut. Nous établissons le statut morphophonologique des paradigmes des personnes et nous examinons en détail le fonctionnement des marques de personnes. Nous proposons une nouvelle analyse du positionnement des enclitiques mobiles en kurde centrale en termes de phonologie prosodique (Selkirk 1995 ; Truckenbrodt 1999 ; Anderson, 2005) selon laquelle une forme de personne enclitique apparait systématiquement après la première phrase phonologique (ou mot prosodique) dans le domaine du syntagme verbal. L’alternance formelle d’un enclitique personnel et d’un affixe personnel est considéré comme le résultat des restrictions sur les combinaisons des enclitiques (Gerlach 2002). D’autres problèmes du système des marques de personnes sont expliqués grâce à un examen plus approfondi des faits de prosodie et par une série de contraintes plus générales de la langue (Prince and Smolensky 1993 ; Yip 1998) qui favorisent l’expression des actants en maintenant distincte l’identité morphologique et phonologique des marques de personnes lorsqu’elles sont en combinaison. / The person-marking system of Central Kurdish, with a complex set of person-marker paradigms, presents a number of problems, especially in the manners in which different person-marker paradigms are distributed for argument-indexing. For instance, a pronominal complement of an adposition is a person form from clitic person markers in a present-tense construction, but the formal expression of the same argument is switched to a verbal affix person marker in a past-tense construction. Previous scholarship (Bynon 1979; Samvelian 2007; Haig 2008; Jügel 2009) has pointed to the relevant phenomena and provided important descriptive facts, but, a comprehensive treatment of the problem is still lacking. In this study, morphophonological status of person marking paradigms is established and argument-indexing function of person-marker paradigms are thoroughly investigated. A novel analysis of clitic placement in Central Kurdish is proposed whereby a clitic is considered to be systematically occurring after a prosodic word. The formal switch from a clitic to a verbal affix person marker in the expression of a number of arguments is analysed as occurring for avoiding certain clitic combinations (Gerlach 2002) since the latter inevitably leads to an improperly placed clitic. A number of other problems relating to seeminlgy non-clitic-

Le cadmium (Cd) est un élément toxique. Les activités humaines ont contaminé un large éventail de sols agricoles. L'exposition de l'homme au Cd se fait majoritairement par voie alimentaire, notamment à travers les aliments de base tels que les céréales. Le blé dur accumule naturellement plus de Cd dans ses grains que les autres céréales. Une fraction significative de la production française de blé dur dépasse la limite réglementaire européenne fixée pour le Cd. Il est donc nécessaire de réduire l'accumulation de Cd dans les grains de blé dur. Cette thèse portant sur l'écophysiologie de l'allocation du Cd aux grains chez le blé dur a pour ambition d'aider au développement de stratégies agronomiques visant à réduire le niveau de contamination en Cd du blé dur et de ses dérivés.Dans un premier temps, nous avons étudié la relation entre la structure de la biomasse aérienne et l'allocation de Cd aux grains. Nous avons fait l'hypothèse que la répartition de la biomasse aérienne entre pailles et grains était un facteur déterminant de l'allocation du Cd aux grains. Huit cultivars Français de blé dur - de hauteur de paille contrastée - ont été cultivés en présence de Cd. Comme prévu, le principal facteur expliquant la différence d'accumulation de Cd dans le grain était la structure de la biomasse aérienne. Les cultivars allouant une plus grande proportion de leur biomasse aérienne aux pailles - autrement dit les cultivars à longue tige - avaient tendance à accumuler moins de Cd dans leurs grains, car les tiges et les feuilles sont des puits de Cd en concurrence avec les grains lors de leur remplissage.Les minéraux importés dans les grains proviennent soit de leur absorption directe par la racine après l'anthèse, soit de leur remobilisation depuis des réserves constituées avant l'anthèse. La deuxième partie de ce travail a été consacrée à déterminer l'importance quantitative de ces deux « sources » pour le Cd chez le blé dur, et de préciser comment leur contribution relative varie entre cultivars et avec le niveau d'azote (N). Le traçage isotopique a été utilisé pour suivre le flux de Cd absorbé après l'anthèse. L'impact du niveau d'azote a été testé en privant la moitié des plantes de N après l'anthèse, sur deux cultivars montrant une capacité contrastée à accumuler le Cd dans leurs grains. La contribution de la remobilisation a été estimé à 50%, ce qui signifie que la moitié du Cd accumulé dans les grains provenait du Cd prélevé après l'anthèse. Le Cd a été remobilisé à partir des tiges, peut-être des racines, mais pas à partir des feuilles. La contribution de la remobilisation n'a pas varié entre les deux cultivars, de sorte qu'aucune relation entre la « source » de Cd et son niveau d'accumulation dans le grain n'a été mise en évidence. La privation d'azote en phase de remplissage a stimulé la remobilisation de N sans affecter celle de Cd, ce qui suggère que la remobilisation de Cd est un processus indépendant de la sénescence.En troisième lieu, nous avons examiné comment les caractéristiques d'allocation de Cd aux grains étaient modulées par le niveau d'exposition au Cd. [...]Enfin, nous nous sommes intéressés à la localisation de Cd dans le grain. [...] Ce travail a fourni la première carte de localisation de Cd dans un grain de blé dur. La distribution de Cd s'est caractérisée par une forte accumulation de Cd dans le sillon et par une dissémination dans l'endosperme amylacé plus prononcée que celle de Fe et Zn. / Cadmium (Cd) is a toxic element. Human activities have contaminated a wide range of agricultural soils. Most of Cd entering human bodies is through the dietary intake, and especially through staple food like cereals. Durum wheat naturally accumulates more Cd in its grains than other cereals. A significant fraction of the French durum wheat production has been found to exceed the European regulatory limit set for Cd. There is thus a need to reduce the accumulation of Cd in durum wheat grains. This thesis is dedicated to a better understanding of the ecophysiology of Cd allocation to the grains in durum wheat, with the ambition of helping to find agronomic strategies to reduce the Cd contamination level of durum wheat products.In first, we investigated the relationship between the aboveground partitioning of Cd and the shoot allometry. We hypothesized that the partitioning of shoot biomass between grains and straws is a driver of the allocation of Cd to the grains. Eight French durum wheat cultivars differing in their stem height were grown in presence of Cd. As expected, the main factor explaining the difference in their grain Cd was the shoot biomass partitioning. Cultivars allocating a higher proportion of their aerial biomass to the straws, i.e. long-stem cultivars, tended to accumulate less Cd in their grains because stems and leaves are sinks for Cd in competition with developing grains.Minerals imported into cereal grains originate from either direct post-anthesis root uptake or from the remobilization of pre-anthesis stores. The second part of this work was dedicated to determine the quantitative importance of these two pathways for Cd in durum wheat, and how their relative contribution vary between cultivars and with the level of nitrogen (N) supply. Stable isotopic labelling was used to trace the flux of Cd taken up post-anthesis. The impact of N supply was tested by depriving half of the plants of N after anthesis, in two cultivars showing a contrasted ability to accumulate Cd in their grains. The contribution of Cd remobilization was around 50%, which means that half of Cd in grains originated from Cd taken up pre-anthesis. Cd was remobilized from stems, possibly from roots, but not from leaves. The contribution of remobilization did not vary between the two cultivars so that no relationship between the pathway and the level of accumulation of Cd in grain was evidenced. Post-anthesis N deprivation triggered the remobilization of N without affecting that of Cd, which suggests that Cd remobilization is a senescent-independent process.In third, we investigated how the characteristics of Cd allocation to the grains was affected by the level of Cd exposure. [...]In last, we focused on how Cd was distributed within durum wheat grains. [...] This work provided the first map of Cd localization in durum wheat grains. Cd distribution was characterized by a strong accumulation of Cd in the crease and by a non-negligible dissemination in the starchy endosperm, as compared to Fe and Zn.

La méthode des invariants est une des plus utilisées méthodes de synthèse pour les SED modélisés par des réseaux de Petri (RdP). Cependant, elle ne garantit pas en général une solution optimale dans la présence de l'incontrôlabilité. Dans ce travail nous proposons une solution à ce problème pour les RdP généralisés. Premièrement, nous proposons une solution d'identification des contraintes admissibles pour les RdP saufs non-conservatifs. La méthode repose sur une définition des contraintes contenant des marquages complémentés. Ceux-ci sont après éliminés en exploitant les composants conservatifs des RdP. Deuxièmement, nous avançons une technique de détermination des contraintes admissibles pour les RdP généralisés. La méthode est basée sur une vision spatiale de l'espace d'états du modèle. Les contraintes sont dérivées de l'équation d'hyperplan affin qui sépare les régions interdite- et autorisée- de cet espace. Nous proposons un algorithme pour le calcul du contrôleur optimal minimal. / The place-invariants method is one of the most popular controller synthesis approaches for Petri net (PN) modeled DES. Unfortunately, the observance of the constraints is not certain in the presence of uncontrollable transitions. This thesis offers a solution to this problem for ordinary and generalized PNs. We begin by studying safe non-conservative PNs, and devising a constraint-determination technique that will always provide a set of admissible constraints for this type of model. The approach stems from the general definition of forbidden states --- that of marking vectors. In the second part of our work, we present an admissible constraint-determination technique for generalized PNs. The method is based on a special view of the system's state space. The constraints are derived from the equation of the affine hyper-plane separating the authorized- and forbidden- regions of this space. We propose an algorithm that allows the identification of the minimal maximally permissive controller.

Cette thèse présente la conception et la mise en œuvre d'un imageur CMOS pour être utilisé dans biocapteurs intégrés basés sur Résonance Plasmonique de Surface (SPR). Tout d'abord, les conditions optimales pour la résonance plasmon dans une interface compatible CMOS / post-CMOS sont obtenus par modélisation avec COMSOL. Deuxièmement, un imageur CMOS de Colonne Actif (CMOS-ACS) du 32x32 pixels est mis en œuvre sur une technologie CMOS 0,35 um. Dans une interface d'or-eau avec une excitation de prisme, on constate que pour les prismes avec des indices de réfraction de 1,55 et 1,46, le couplage optimal avec le plasmon est obtenu pour des films d'or d'une épaisseur de 50 et 45 nm, respectivement. Dans ces conditions, environ 99,19% et 99,99% de l'énergie de la lumière incidente est transférée à le surface plasmon pour les deux prismes respectivement, à condition que la lumière incidente, avec une longueur d'onde de 633 nm, arrive avec un angle d'incidence de 68,45° et 79,05° respectivement. Il est également obtenu qu'un changement de RIU 10-4 de l'indice de réfraction du milieu diélectrique, produit un changement de 0,01 ° dans l'angle de résonance de plasmons qui, dans un schéma de modulation d'intensité de lumière produit une variation de 0,08% dans la lumière réfléchie au photodétecteur. En ce qui concerne le imageur CMOS, une photodiode n-well/p-substrate est choisi comme l'élément de photodétection, en raison de sa faible capacité de jonction, ce qui conduit à un rendement élevé et le gain de conversion élevé comparativement à une photodiode n-diff/p-substrate. Des simulations sur ordinateur avec Cadence et Silvaco produit une capacité de jonction de 31 FF et 135 fF respectivement. Le pixel de l'imageur est basé sur une configuration à trois transistors (3T) et présente un facteur de remplissage de 61%. Le circuit de lecture utilise une technique de capteur de colonne actif (ACS) pour réduire le bruit à motif fixe (Fixed Pattern Noise ou FPN en anglais) liée au le Capteur à Pixels Actif (APS) traditionnelle. En outre, Non-Corrélés Echantillonnage Double (Non-Correlated Double Sampling ou NCDS en anglais) et Delta double échantillonnage (DDS) sont utilisés comme techniques de réduction du bruit. Un montage optique expérimental est utilisé pour caractériser les performances de l'imageur, et nous avons obtenu un gain en conversion de 7,3 uV/e-, une capacité de jonction de la photodiode de 22 fF, un bruit de lecture de 324,5 uV, ce qui équivaut à 45 électrons, et une gamme dynamique de 50,5 dB. Les avantages de l'ACS et NCDS-DDS sont observées dans le niveau faible de FPN du pixel et de la colonne, avec une valeur de 0,09% et 0,06% respectivement. Le travail présenté dans cette thèse est une première étape vers l'objectif de développer une plateforme entièrement intégrée SPR pour biocapteurs, incorporant source de lumière, l'interface SPR, canal microfluidique, les éléments d'optique et imageur CMOS. / This dissertation presents the design and implementation of a CMOS imager for use in integrated biosensors based on Surface Plasmon Resonance. First, the optimal conditions for plasmon resonance in a CMOS/Post-CMOS compatible interface are obtained by COMSOL modelling. Second, a 32x32-pixel CMOS-Active Column Sensor (CMOS-ACS) is implemented on 0.35 um CMOS technology. In a gold-water interface with prism excitation, it is found that for prisms showing refractive indexes of 1.55 and 1.46, optimal plasmon coupling is obtained for gold films with thicknesses of 50 and 45 nm respectively. Under these conditions, approximately 99.19% and 99.99% of the incident light's energy is transferred to the surface plasmon for both prism respectively, provided that the incident light, with a wavelength of 633 nm, arrives with incidence angles of 68.45° and 79.05° respectively. It is also obtained that a change of 10-4 RIU in the refractive index of the dielectric medium, produces a change of 0.01° in the plasmon resonance angle, which under a light intensity modulation scheme produces a change of 0.08% in the reflected light's energy reaching the photodetector. Concerning the CMOS imager, a n-well/p-substrate photodiode is selected as the photosensing element, due to its low junction capacitance, which results in high efficiency and high conversion gain compared to the n-diff/p-substrate photodiode. Computer simulations with Cadence and Silvaco produced a junction capacitance of 31 fF and 135 fF respectively. The imager's pixel is based on a three-transistor (3T) configuration and shows a fill factor of 61%. The readout circuitry employs an Active Column Sensor (ACS) technique to reduce the Fixed Pattern Noise (FPN) associated with traditional Active Pixel Sensors (APS). Additionally, Non-Correlated Double Sampling (NCDS) and Delta Double Sampling (DDS) are used as noise reduction techniques. An experimental optical setup is used to characterize the performance of the imager, obtaining a conversion gain of 7.3 uV/e-, a photodiode junction capacitance of 21.9 fF, a read noise of 324.5 uV, equivalent to ~45 e- and a dynamic range of 50.5 dB. The benefits of ACS and NCDS-DDS are observed in the low pixel and column FPN of 0.09% and 0.06% respectively. The work presented in this thesis is a first step towards the goal of developing a fully integrated SPR-biosensing platform incorporating light source, SPR interface, microfluidic channel, optical elements and CMOS imager.

Durant longtemps la spectroscopie RMN en solution a été limitée à de petits objets biologiques. Aujourd'hui, il est clairement reconnu que la stratégie du marquage isotopique spécifique de groupements méthyle dans une protéine perdeutérée a considérablement repoussé la frontière de cette technique. En effet, des protéines aussi grande que 1 MDa ont pu être récemment étudiées par RMN. Cependant, cette stratégie présente un inconvénient important lié au nombre réduit de sondes protonées. Dans ce contexte, le projet de thèse vise a développer de nouvelles méthodes pour faire face à cette rareté d'information structurale, en s'appuyant sur le marquage simultané (combinatoire) de plusieurs groupements méthyle afin d'augmenter le nombre de sondes. Pour un marquage combinatoire optimal, le choix des acides aminés à marquer et les précurseurs à utiliser ainsi que le protocole de leur incorporation doit être judicieusement étudié. Dans le présent travail, un nouveau protocole a été mis en place pour un marquage AbId1(LV)proS optimisé, exempt de toutes fuites isotopiques. En comparaison avec le marquage “AbId1LV standard", le modèle proposé permet la diminution d'un facteur de 2 le nombre de signaux RMN des Leu et Val et améliore par un facteur de 4 l'intensité des nOes à long portée qui sont expérimentalement détectable. Par ailleurs, ce protocole permet également la suppression des corrélations parasites, particulièrement nocives pour les études structurales basées sur la détection / analyse de nOes. Afin d'exploiter les spectres RMN obtenus en utilisant le protocole ci-dessus mentionné, l'attribution des signaux des méthyles est obligatoire. Deux stratégies ont été donc proposées. La première s'applique aux systèmes dont le poids moléculaire ne dépasse pas les 100 kDa (e.g. MSG). Elle se repose sur la linéarisation du marquage isotopique des acides aminés permettant ainsi l'utilisation de l'expérience 13C-TOCSY pour attribuer de manière régio et stéréo-spécifique les méthyles de l'isoleucine, leucine et valine en une seule étape. En ce qui concerne la seconde, adaptée aux protéines supra-moléculaire (> 100 kDa), c'est une optimisation de l'approche SeSAM (Sequence-Specific Assignment of Methyl groups by Mutagenesis) précédemment décrite dans la littérature. En effet, grâce au milieu de culture enrichi, mit au point pour le marquage spécifique de l'Ala, le volume minimal de culture requis a été considérablement diminué. Ceci a permis par conséquence de produire les protéines dans des plaques de 24 puits et de les purifier dans des plaques de 96 puits, raccourcissant ainsi le temps global de préparation des échantillons. Il a été estimé que l'utilisation de cette version améliorée de SeSAM offre la possibilité d'attribuer environ 100 méthyles en 2 semaines, dont 4 jours de temps de RMN, en consommant moins de 2 k € de matériaux isotopiques. Pour illustrer la pertinence du marquage isotopique et la protonation sélectifs des méthyles, de façon combinée ou pas, de nombreuses applications ont été présentés, à savoir l'étude en temps réel des processus d'auto-assemblage d'une protéine supramoléculaire (PhTET-2, ~ 0,5 MDa) par RMN. Le marquage combinatoire des protéines (82 kDa et 0,5 MDa) pour la détection de nOes longue portée (jusqu'à 10 Å et 8 Å respectivement) a également été étudié. Cette même approche a également été utilisée pour le filtrage de nOes inter-monomères à long portée, qui sont particulièrement importants pour le calcul de structure, dans des systèmes symétrique et homo-oligomèriques (PhTET-2). / Solution NMR spectroscopy has been limited to small biological objects for a long time. Nowadays, it is unequivocally recognized that the strategy of specific isotope labeling of methyl groups in a perdeuterated protein has significantly extended the frontier of this technique. Indeed, proteins as large as 1 MDa could be investigated by NMR. Conversely, this strategy presents an important drawback consisting of the drastically reduced number of protonated probes. The project of this thesis falls within the framework of developing new methodologies to cope with this scarce structural information, relying on the simultaneous labeling of several methyl groups to increase the number of probes. For optimized combinatorial labeling, the choice of the ensemble of amino acids to label simultaneously and the precursors as well as the protocol for their incorporation have to be carefully studied. In this work, a new protocol was introduced for the scrambling-free and optimized isotopic labeling of AbId1(LV)proS methyl groups. In comparison to the “standard AbId1LV” labeling scheme, the proposed pattern induces a 2-fold decrease of number of Leu and Val NMR signals and enhances the intensity of detectable long-range nOes by a factor 4. The described protocol also permits the suppression of spurious correlations, especially harmful for structural studies based on detection/analysis of nOes. To make an efficient use of the obtained high quality NMR spectra using this protocol, assignment of the methyl groups signals is mandatory. Two strategies were then proposed. The first is suitable for systems whose molecular weight does not exceed 100 kDa. It relies on the use of isotopically linearized precursors (with different isotope topologies to discriminate each methyl group) to assign in a regio- and stereo-specific manner the isoleucine, leucine and valine methyl groups in a single step, employing an optimized “out and back” 13C-TOCSY pulse sequence. While the second, adapted to supra-molecular proteins (> 100 kDa), consists of optimizing the previously reported SeSAM approach (Sequence-Specific Assignment of Methyl groups by Mutagenesis). Indeed, thanks to the developed enriched culture medium for the specific labeling of Ala, the minimal required culture volume was significantly decreased, enabling the proteins expression in 24 well plates and their parallel purification in 96 well plates. This improved SeSAM version was estimated to allow the assignment of ca. 100 methyl cross-peaks in 2 weeks, including 4 days of NMR time and less than 2 k€ of isotopic materials. To illustrate the pertinence of using selectively protonated methyl groups, either in a single or combined fashion, several applications were presented, namely the real-time NMR study of self-assembly process of a ~0.5 MDa supra-molecular protein (PhTET-2). The use of combinatorial labeling for the detection of long-range nOes to up to 10 Å (8 Å) in proteins of 82 kDa (respectively 0.5 MDa) was also investigated. This same approach was exploited for the filtering of inter-monomeric long-range nOes in the same symmetrical and homo-oligomeric PhTET-2 protein.