Orientador: Danilo Moretti-Ferreira / Banca: Claudia Aparecida Rainho / Banca: Ligia Maria Suppo Souza Rúgulo / Banca: Célia Maria Giacheti / Banca: Ester Silveira Ramos / Resumo: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) é uma afecção genética rara, com frequência estimada em 1:7500 nascidos vivos, caracterizada por alterações do desenvolvimento associados a deficiência mental moderada, anomalias cardíacas e fácies peculiar, além de um comportamento amigável, alegre e desinibido. O diagnóstico clínico é bastante acurado, porém as diferenças fenotípicas conforme a idade pode dificultar o diagnóstico. O diagnóstico clínico pode ser confirmado pelo diagnóstico molecular, sendo a técnica de FISH, o padrão ouro deste diagnóstico. A SWB tem por etiologia a deleção em 7q11.23, sendo esta ocorrência esporádica. A deleção típica envolve uma região cromossômica de 1.5 Mb ou 1.8 Mb contendo 28 genes denominada de região crítica da SWB. O mecanismo de deleção está ligado as duplicações segmentarias (DSs) ou repetições com baixo números de cópias LCRs. A origem da deleção tem sido atribuída ao rearranjo desigual na meiose devido as recombinações homologas não alélicas (Nonallelic homologous recombination-NAHRs), que pode ocorrer entre regiões repetidas de baixo número de cópias (LCRs). Para termos a indicação ou não da realização do exame de FISH, existem na literatura 3 sistemas de pontuações (escores), publicados por Lowery et al,1997, AAP, 2001 e Sugayama et al, 2007. O presente estudo teve como um dos seus objetivos a verificação da especificidade e da sensibilidade dentre os 3 sistemas publicados, para termos a indicação de qual seria o melhor a ser aplicado. Para tanto foram utilizados um banco de características clínicas com 250 pacientes que já haviam realizados exames da FISH e onde foram aplicados os 3 sistemas de escores. Todos os três sistemas de escores apresentaram alta sensibilidade e baixa especificidade, porém o escore descrito por Lowery et al., 1995 foi ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Williams - Beuren syndrome (WBS ) is a rare genetic disorder , often estimated at 1:7500 live births , characterized by developmental disorders associated with moderate mental retardation , cardiac anomalies and peculiar facies , and a friendly demeanor , cheerful and uninhibited . The clinical diagnosis is fairly accurate, but the phenotypic differences according to age can make diagnosis difficult. The clinical diagnosis can be confirmed by molecular diagnosis, and the technique of FISH, the gold standard for this diagnosis . The SWB is etiology deletion in 7q11.23, which is sporadic. The typical deletion involves a chromosomal region of 1.5 Mb or 1.8 Mb containing 28 genes designated critical region of SWB. The mechanism of deletion is linked to segmental duplications (SDs) or repetitions with low copy numbers of LCRs. The origin of the deletion has been attributed to unequal rearrangement in meiosis because nonallelic homologous recombination (NAHRs), which can occur from repeated regions of low copy number (LCRs). To get an indication whether or not the examination of FISH, in literature there are 3 systems scores (scores), published by Lowery et al, 1997, AAP, 2001 and Sugayama et al, 2007. The present study had as one of its objectives to verify the specificity and sensitivity among 3 systems publish, to terms to indicate what would best be applied. Therefore, we used a database of clinical characteristics of 250 patients who had already performed the FISH tests were applied and where the three scoring systems. All the three scoring systems showed high sensitivity and low specificity, but the score described powder Lowery et al., 1995 was considered the easiest application. The second objective of this study was to evaluate the sizes of the fragments deleted in order to infer the local break points. Thus were studied for the first time in the literature,...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2015-03-26T13:38:28Z No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Rosana Santos Sousa.pdf: 1130049 bytes, checksum: 655b2327510139c0f35ca9ce002df7b4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-26T13:38:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_ICS_Rosana Santos Sousa.pdf: 1130049 bytes, checksum: 655b2327510139c0f35ca9ce002df7b4 (MD5) / Apoio Financeiro NIH R03AI067663-02 NIH P50-AI30639-16 / Diferentes espécies do gênero Leishmania podem ser associadas com as diferentes formas de doença, evidenciando a contribuição do conteúdo genético do parasito sobre as manifestações clínicas e o prognóstico das infecções. A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é caracterizada por um amplo espectro de manifestações clínicas e imunológicas, que envolve a pele e mucosas. Três formas diferentes de LTA resultantes da infecção humana por Leishmania braziliensis - Leishmaniose Tegumentar Localizada (LC), Leishmaniose Cutâneo-Mucosa (LM) e Leishmaniose Disseminada (LD) - podem ser encontradas simultaneamente em Corte de Pedra, área endêmica de L. braziliensis no estado da Bahia. Estudos prévios indicaram que subpopulações (clados) de L. braziliensis geneticamente distintas foram associadas com diferentes tipos clínicos de infecção, sugerindo um alto grau de polimorfismo fenotípico e genético intraespecífico. Leishmania reside preferencialmente em macrófagos nos hospedeiros mamíferos. Nossa hipótese é que L. braziliensis de diferentes clados induzem perfis de expressão gênica distintos nos macrófagos infectados do hospedeiro, que favorecem a sua sobrevivência e que levariam aos vários desfechos clínicos de LTA. Este estudo visa avaliar se cepas pertencentes a subtipos diferentes de L. braziliensis de Corte de Pedra causam padrões distintos na expressão gênica de macrófagos após infecção. A infecção in vitro de macrófagos derivados de monócitos (MDM) humanos de doadores sadios foi realizada em paralelo por quatro horas com L. braziliensis de cada um dos diferentes clados - A, B e C, os quais estão associados com LD, LC e LM respectivamente. Utilizando a técnica de microarranjo de DNA, comparamos os padrões globais de expressão gênica entre os macrófagos infectados pelas diferentes cepas e os não infectados. Foram avaliados os níveis de expressão de 47.000 transcritos de sequências funcionalmente caracterizadas de 6.500 genes do genoma humano e os nossos resultados indicam que a maioria dos transcritos permaneceu inalterada e entre os transcritos significativamente alterados (cerca de 500), houve uma repressão causada por todos os isolados de L. braziliensis no estágio precoce da infecção. Dentre os transcritos para genes dramaticamente reprimidos temos os que codificam proteínas associadas com funções celulares importantes, como propagação de estímulos, apoptose e metabolismo oxidativo mitocondrial. Poucos transcritos de genes que codificam proteínas envolvidas na resposta ao estresse tiveram a sua expressão induzida. As diferenças entre os três isolados de L. braziliensis foram observadas na magnitude da alteração do que no tipo de transcrito envolvido e de uma maneira geral os isolados derivados das formas metastáticas da doença (LD e LM) induziram uma maior magnitude de repressão do que o isolado proveniente da forma LC. Os achados sugerem que a L. braziliensis estimula a sua sobrevivência através de modulação negativa de genes importantes das MDM do hospedeiro durante o processo de infecção, e que as cepas destinadas à disseminação exercem uma mais profunda repressão do que cepas que permanecem próximas ao sítio cutâneo de inoculação, reforçando a distinção genética entre as formas clínicas de doença.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-05-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:23Z : No. of bitstreams: 1 000849906.pdf: 1765122 bytes, checksum: 8c6d553d9c85a8d8f90b29da0d564f24 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os linfomas não Hodgkin (LNHs) são as neoplasias hematopoiéticas mais comuns nos cães, sendo o Linfoma Difuso de Grandes Células B (DLBCL) o subtipo mais frequente. Os DLBCLs são neoplasias formadas por células linfoides B com padrão de crescimento difuso e podem apresentar pelo menos cinco variantes. O presente trabalho teve como objetivos traçar o perfil imunoistoquímico dos DLBCLs dos cães, classificá-los de acordo com os critérios estabelecidos pela WHO (2008), WHO veterinária (2002) e Classificação de Kiel e efetuar a avaliação dos anticorpos utilizados pelo método de microarranjo de tecido (TMA), comparando-o com o corte convencional. Foi avaliada a expressão imunoistoquímica de marcadores pan B (CD79a, CD20 e PAX-5); a determinação dos índices proliferativo (Ki-67) e apoptótico (caspase-3) e também da expressão de p53 mutante. Foram observados 24 linfomas centroblásticos monomórficos, 4 imunoblásticos B e 1 centroblástico polimórfico de acordo com a classificação de Kiel. Este perfil é de 25 Linfomas de Grandes Células B Difusos/ DLBCL, NOS variante centroblástica e 4 Imunoblásticos de Grandes Células /DLBCL, NOS variante imunoblástica, pela WHO de 2002 e 2008, respectivamente. Houve marcação em 100%, 75,8% e 58,6% dos casos para o CD79a, CD20 e PAX-5, respectivamente. A mediana de porcentagem de marcação para o Ki-67 e para a caspase-3 foi de 45,9% e 10%, respectivamente. Já a expressão da proteína p53 mutante foi verificada em 16 tumores (55,1%). A análise destes marcadores utilizando-se o TMA resultou em perfil imunofenotípico idêntico e medianas de caspase-3, Ki67 e p53 significativamente semelhantes quando comparadas com o corte convencional. Concluiu-se que em nossas amostras não houve diferença estatística entre os diferentes subtipos histológicos em relação aos índices proliferativo e apoptótico e expressão da p53. Ainda, o TMA é uma técnica adequada para avaliação do... / Non Hodgkin lymphomas (LNHs) are the most common hematopoietic tumors of dogs, among which Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL) is the most frequent subtype. DLBCLs are tumors composed of lymphoid B cell with a diffuse growth pattern and may present at least five variants. The present work intended to delineate the immunohistochemical profile of canine DLBCL, classify them according to the criteria proposed by WHO (2008); veterinary WHO (2002) and Updated Kiel Classification and also perform the evaluation of the used antibodies on tissue microarray (TMA) method in comparison to conventional histological sections. The immunohistochemical expression of pan B markers (anti CD79a, anti CD20 and PAX-5) was assessed; as well as the determination of proliferation index (Ki-67) and apoptosis (caspase 3) and also the expression of the mutant p53. There were 24 monomorphic centroblastic lymphomas, 4 imunoblastic B and 1 polimorphic centroblastic according to Kiel. That profile is 25 Diffuse Large B Cell Lymphoma/ DLBCL, NOS centroblastic variant and 4 Large Cell Imunoblastic/ DLBCL, NOS imunoblastic variant according to WHO 2002 and 2008 respectively. Immunolabeling was seen in 100%, 75.8% and 58.6% of the cases for CD79a, CD20 and PAX-5 respectively. The immunolabeling median percentage of Ki67 was 45.9% and for caspase-3 it was 10%. The expression of mutant p53 was observed in 16 tumors (55.1%). The analysis of those markers using TMA resulted in identical imunophenotype and significantly similar medians of caspase-3, Ki67 e p53 when compared to conventional sections. In conclusion there was no statistical difference among the histological subtypes regarding proliferation and apoptotic indexes and p53 expression in our samples. Also, TMA is an adequate technique for evaluating imunophenotype, proliferation and apoptotic indexes as well as presence of mutant p53

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-03Bitstream added on 2014-06-13T19:02:39Z : No. of bitstreams: 1 vieira_gh_dr_botib.pdf: 2742179 bytes, checksum: 6bb27b4e9425723a049535fafef2bcab (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A síndrome de Smith-Magenis (SMS) foi descrita , em 1986, como uma síndrome que envolvia uma mutação na região 17p em 9 pacientes. Sua prevalência esta estimada em um caso a cada 25.000 nascidos vivos. A SMS apresenta fenótipo que inclui características físicas, no desenvolvimento e comportamentais. Os sinais faciais se caracterizam por uma face larga e de forma quadrangular, braquicefalia, frontal proeminente, sinofre, fendas palpebrais alongadas para cima, ponte nasal larga, hipoplasia de face média, nariz largo e achatado, micrognatia na infância com relativa prognatia com a idade e lábio superior protruso e em „v‟ invertido. Os sinais clínicos mais importantes na SMS são comportamentais que levam a autoagressão, hiperatividade e déficit atenção. Foram estudados 31 pacientes brasileiros com suspeita diagnóstica de SMS. As análises genéticas realizadas para avaliar este grupo incluíram técnicas de citogenética molecular (FISH), aCGH, PCR quantitativa e busca por mutações na região de transcrição do gene RAI1. Os resultados demostraram que mais de 90% dos casos neste estudo tinham deficiência mental, atraso no desenvolvimento da fala e comportamento de auto-injúria. Além disso, 30% (9/30) tiveram deleção ou mutação de ponto na região 17p11.2 e RAI1 gene, sendo que 67% apresentaram uma deleção clássica (6/9), 11% tinham uma deleção atípica (1/9) e 22% (2/9) tinham uma mutação no gene RAI1. Foi possível determinar o ponto de quebra das deleções observadas e determinar os genes envolvidos. A deleção atípica descrita neste trabalho atingiu parte do gene RAI e até o momento não havia sido descrita. Além disso, duas mutações de ponto, no exon 3 do gene foram descritas. Por fim, dentro grupo estudado, foi diagnosticado um caso com síndrome da deleção 1p36, sendo possível a sugestão de um novo... / The Smith-Magenis syndrome (SMS) was described in 1986 as a syndrome involving a deletion in the 17p region in 9 patients. Its prevalence is estimated at one case per 25.000 live births. The SMS has phenotype that includes physical and behavioral development. The facial features are characterized by brachycephaly, midface hypoplasia, relative prognatism, everted, tented upper lip and deep-set, close-spaced eyes. The most important clinical features in SMS are leading behavioral self-injury, hyperactivity and attention deficit. We studied 31 Brazilian patients with suggested diagnostic to SMS. The genetic analysis performed to evaluate this group included molecular cytogenetic techniques (FISH), aCGH, quantitative PCR and the search for mutations in the gene transcription RAI1. Results showed that over 90% of the cases in this study had intellectual disability, delayed speech-language development, and self-injurious behavior. Furthermore, 30% had deletion or point mutation in the 17p11.2 region and RAI1 gene. Within this group, we found that 67% carried a classic deletion, 11% had an atypical deletion and 22% had a mutation in the RAI1 gene. It was possible to determine the breakpoint of the deletions observed and to determine the genes involved. The atypical deletion described reached part of the gene RAI1 and to date had not been described. In addition, two point mutations in exon 3 gene have been described. Finally, in this study group, one case was diagnosed with 1p36 deletion syndrome hinting of a possible new Differential Diagnosis for SMS. These findings add information for the etiology of SMS and may facilitate the development of new diagnostic tools, including FISH probes and sequencing-based screening for mutations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-10-31Bitstream added on 2014-06-13T20:23:14Z : No. of bitstreams: 1 souza_dh_dr_botib.pdf: 1267745 bytes, checksum: ce5cbf1a14320a4be0ba78bff6fc479e (MD5) / A síndrome de Williams-Beuren (SWB) é uma afecção genética rara, com frequência estimada em 1:7500 nascidos vivos, caracterizada por alterações do desenvolvimento associados a deficiência mental moderada, anomalias cardíacas e fácies peculiar, além de um comportamento amigável, alegre e desinibido. O diagnóstico clínico é bastante acurado, porém as diferenças fenotípicas conforme a idade pode dificultar o diagnóstico. O diagnóstico clínico pode ser confirmado pelo diagnóstico molecular, sendo a técnica de FISH, o padrão ouro deste diagnóstico. A SWB tem por etiologia a deleção em 7q11.23, sendo esta ocorrência esporádica. A deleção típica envolve uma região cromossômica de 1.5 Mb ou 1.8 Mb contendo 28 genes denominada de região crítica da SWB. O mecanismo de deleção está ligado as duplicações segmentarias (DSs) ou repetições com baixo números de cópias LCRs. A origem da deleção tem sido atribuída ao rearranjo desigual na meiose devido as recombinações homologas não alélicas (Nonallelic homologous recombination-NAHRs), que pode ocorrer entre regiões repetidas de baixo número de cópias (LCRs). Para termos a indicação ou não da realização do exame de FISH, existem na literatura 3 sistemas de pontuações (escores), publicados por Lowery et al,1997, AAP, 2001 e Sugayama et al, 2007. O presente estudo teve como um dos seus objetivos a verificação da especificidade e da sensibilidade dentre os 3 sistemas publicados, para termos a indicação de qual seria o melhor a ser aplicado. Para tanto foram utilizados um banco de características clínicas com 250 pacientes que já haviam realizados exames da FISH e onde foram aplicados os 3 sistemas de escores. Todos os três sistemas de escores apresentaram alta sensibilidade e baixa especificidade, porém o escore descrito por Lowery et al., 1995 foi... / The Williams - Beuren syndrome (WBS ) is a rare genetic disorder , often estimated at 1:7500 live births , characterized by developmental disorders associated with moderate mental retardation , cardiac anomalies and peculiar facies , and a friendly demeanor , cheerful and uninhibited . The clinical diagnosis is fairly accurate, but the phenotypic differences according to age can make diagnosis difficult. The clinical diagnosis can be confirmed by molecular diagnosis, and the technique of FISH, the gold standard for this diagnosis . The SWB is etiology deletion in 7q11.23, which is sporadic. The typical deletion involves a chromosomal region of 1.5 Mb or 1.8 Mb containing 28 genes designated critical region of SWB. The mechanism of deletion is linked to segmental duplications (SDs) or repetitions with low copy numbers of LCRs. The origin of the deletion has been attributed to unequal rearrangement in meiosis because nonallelic homologous recombination (NAHRs), which can occur from repeated regions of low copy number (LCRs). To get an indication whether or not the examination of FISH, in literature there are 3 systems scores (scores), published by Lowery et al, 1997, AAP, 2001 and Sugayama et al, 2007. The present study had as one of its objectives to verify the specificity and sensitivity among 3 systems publish, to terms to indicate what would best be applied. Therefore, we used a database of clinical characteristics of 250 patients who had already performed the FISH tests were applied and where the three scoring systems. All the three scoring systems showed high sensitivity and low specificity, but the score described powder Lowery et al., 1995 was considered the easiest application. The second objective of this study was to evaluate the sizes of the fragments deleted in order to infer the local break points. Thus were studied for the first time in the literature,...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-04. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:38Z : No. of bitstreams: 1 000828456_20160101.pdf: 422063 bytes, checksum: 8476834ceb55ae5bce2c637566dd5def (MD5) Bitstreams deleted on 2016-01-04T10:26:22Z: 000828456_20160101.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-04T10:28:15Z : No. of bitstreams: 1 000828456.pdf: 2122241 bytes, checksum: 622d6ebfa87551ddad978a95d5a84bc8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose é uma doença crônica multifatorial, inflamatória, estrógeno-dependente, que afeta entre 8 a 10% das mulheres em idade reprodutiva e caracterizada por tecido similar ao endométrio (glândula e estroma) fora da cavidade uterina. Embora a sua etiologia seja pouco conhecida, evidências recentes indicam que alterações epigenéticas estão envolvidas na sua patofisiologia. Esta hipótese é apoiada pelos achados envolvendo padrões alterados de metilação do DNA em genes específicos, bem como pelos níveis alterados de expressão de componentes da maquinaria epigenética nas lesões endometrióticas, quando comparadas ao endométrio eutópico da mesma paciente ou ao endométrio de mulheres que não apresentam a doença. Assim, um melhor entendimento do papel dos mecanismos epigenéticos na patogênese e progressão da endometriose tem se tornado necessário, podendo contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos e para o delineamento de novas abordagens terapêuticas, que trariam benefícios e melhor qualidade de vida para as mulheres que apresentam esta condição. Neste contexto, este estudo buscou a identificação de genes diferencialmente metilados candidatos a biomarcadores na endometriose. Os resultados obtidos foram organizados em dois artigos científicos. O primeiro artigo teve como objetivo investigar o perfil diferencial de metilação do DNA na endometriose intestinal em comparação com amostras pareadas de endométrio eutópico da mesma paciente. Para isso, foi empregada uma abordagem em larga escala baseada em microarranjos contendo 27.800 ilhas CpG, que resultou na identificação de 546 genes hipermetilados e 871 genes hipometilados. A análise in silico para a classificação funcional dos genes diferencialmente metilados permitiu identificar conjuntos de genes com funções de fatores de transcrição, remodeladores da cromatina entre outras classes funcionais. Após a realização de uma ... / The endometriosis is a multi-factorial and chronic disease affecting 5% to 10% of women in reproductive age characterized by endometrium-like tissue (gland and stromma) outside uterine cavity. Although its etiology is poorly understood, recent evidences have indicated that epigenetic alterations are implicated in the pathophysiology. This hypothesis has been supported by findings surrounding altered DNA methylation pattern of specific genes, as well as by altered levels of expression of epigenetic machinery components in endometriotic lesions compared to eutopic endometrium from the same patient or endometrium of women free of disease. Thus, a better understanding of the role of epigenetic mechanisms in the pathogenesis and progression of endometriosis has become necessary and may contribute to the identification of diagnostic markers and for designing new therapeutic approaches that could benefit and improve the quality of life of women with this condition. In this context, this study aimed to identify differentially methylated genes as candidate biomarkers in endometriosis. The results could be organized in two papers. The first study aimed to investigate the profile of differential DNA methylation in intestinal endometriosis compared to eutopic endometrium of paired samples from the same patient. For this, we carried out a large-scale approach based on microarray containing 27,800 CpG islands, resulting in the identification of 546 genes as hypermethylated and 871 genes as hipomethylated. In silico analysis for the functional classification of differentially methylated genes enabled us to identify sets of genes with functions of transcription factors, chromatin remodeling, besides other functional classes. After conducting a comparative assessment with data available in other large-scale studies of literature, it was possible to recognize recurrent alteratons evolving 227 hypermethylated and 322 hypomethylated ...

Orientador: Cláudia Apaecida Rainho / Banca: Wellerson Rodrigo Scarano / Banca: Erika Cristina Pavarino / Banca: Adriana Camargo Ferrasi / Banca: Sandro José Conde / Resumo: A endometriose é uma doença crônica multifatorial, inflamatória, estrógeno-dependente, que afeta entre 8 a 10% das mulheres em idade reprodutiva e caracterizada por tecido similar ao endométrio (glândula e estroma) fora da cavidade uterina. Embora a sua etiologia seja pouco conhecida, evidências recentes indicam que alterações epigenéticas estão envolvidas na sua patofisiologia. Esta hipótese é apoiada pelos achados envolvendo padrões alterados de metilação do DNA em genes específicos, bem como pelos níveis alterados de expressão de componentes da maquinaria epigenética nas lesões endometrióticas, quando comparadas ao endométrio eutópico da mesma paciente ou ao endométrio de mulheres que não apresentam a doença. Assim, um melhor entendimento do papel dos mecanismos epigenéticos na patogênese e progressão da endometriose tem se tornado necessário, podendo contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos e para o delineamento de novas abordagens terapêuticas, que trariam benefícios e melhor qualidade de vida para as mulheres que apresentam esta condição. Neste contexto, este estudo buscou a identificação de genes diferencialmente metilados candidatos a biomarcadores na endometriose. Os resultados obtidos foram organizados em dois artigos científicos. O primeiro artigo teve como objetivo investigar o perfil diferencial de metilação do DNA na endometriose intestinal em comparação com amostras pareadas de endométrio eutópico da mesma paciente. Para isso, foi empregada uma abordagem em larga escala baseada em microarranjos contendo 27.800 ilhas CpG, que resultou na identificação de 546 genes hipermetilados e 871 genes hipometilados. A análise in silico para a classificação funcional dos genes diferencialmente metilados permitiu identificar conjuntos de genes com funções de fatores de transcrição, remodeladores da cromatina entre outras classes funcionais. Após a realização de uma ... / Abstract: The endometriosis is a multi-factorial and chronic disease affecting 5% to 10% of women in reproductive age characterized by endometrium-like tissue (gland and stromma) outside uterine cavity. Although its etiology is poorly understood, recent evidences have indicated that epigenetic alterations are implicated in the pathophysiology. This hypothesis has been supported by findings surrounding altered DNA methylation pattern of specific genes, as well as by altered levels of expression of epigenetic machinery components in endometriotic lesions compared to eutopic endometrium from the same patient or endometrium of women free of disease. Thus, a better understanding of the role of epigenetic mechanisms in the pathogenesis and progression of endometriosis has become necessary and may contribute to the identification of diagnostic markers and for designing new therapeutic approaches that could benefit and improve the quality of life of women with this condition. In this context, this study aimed to identify differentially methylated genes as candidate biomarkers in endometriosis. The results could be organized in two papers. The first study aimed to investigate the profile of differential DNA methylation in intestinal endometriosis compared to eutopic endometrium of paired samples from the same patient. For this, we carried out a large-scale approach based on microarray containing 27,800 CpG islands, resulting in the identification of 546 genes as hypermethylated and 871 genes as hipomethylated. In silico analysis for the functional classification of differentially methylated genes enabled us to identify sets of genes with functions of transcription factors, chromatin remodeling, besides other functional classes. After conducting a comparative assessment with data available in other large-scale studies of literature, it was possible to recognize recurrent alteratons evolving 227 hypermethylated and 322 hypomethylated ... / Doutor

Orientador: Luis Fernando Barbisan / Banca: Maria Aparecida Marchesan Rodrigues / Banca: Thomas Prates Ong / Banca: Luciana Azevedo / Banca: Rui Manuel Vieira Reis / Resumo: Estudos prévios mostraram que uma dieta rica em óleo de peixe aumentou a eficácia quimioprotetora do tamoxifeno contra a carcinogênese mamária induzida pela N-metil-Nnitrosuréia (MNU) em ratas Sprague-Dawley. O presente trabalho evidenciou que o tratamento com tamoxifeno modifica a expressão gênica de tumores mamários dependendo to tipo de gordura administrado na dieta dos animais. Ratas Sprague-Dawley iniciadas com MNU e tratadas com tamoxifeno receberam uma dieta rica em óleo de milho ou óleo de peixe. Após oito semanas, tumores do mesmo tipo histológico (cribriformes) foram coletados, e análise do RNA mensageiro (mRNA) foi executada através de microarray de expressão gênica e seguinte validação dos resultados por PCR em tempo real. A maior expressão do mRNA dos genes SerpinB10, Wisp2 e Apod em tumores de animais tratados com óleo de peixe é indicativo de que esses tumores eram altamente diferenciados. A redução da expressão de mRNA dos genes H19 e Igf2 nos grupos tratados com tamoxifeno, e de Thrsp e Wnt5b no grupo tratado com óleo de peixe e tamoxifeno pode estar relacionado à redução do crescimento tumoral e baixa capacidade metastática. A expressão aumentada do nível de transcrito Irf7 nos animais tratados com óleo de peixe sugere melhora na resposta imune antitumoral (padrão Th1), enquanto o aumento nos transcritos dos genes Fcer1a, Hdc, Ms4a2, Slp1, Mcpt1 and Mcpt2 nos animais tratados com óleo de peixe e tamoxifeno podem indicar uma mudança no padrão de resposta imune para Th2. O padrão Th2 representa um potencial mecanismo de escape da resposta imune adquirido pelas células tumorais dos animais tratados com óleo de peixe e tamoxifeno. Esses resultados sugerem que, apesar do tamoxifeno modular a expressão gênica levando à redução do crescimento tumoral, modulações de genes adicionais são influenciadas pela dieta rica em óleo de peixe... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Studies have shown that a fish oil-rich diet increased the chemopreventive efficacy of tamoxifen (Tam) against N-methyl-N-nitrosourea (MNU)-induced rat mammary carcinogenesis. Herein, we evidence that tamoxifen treatment modifies gene expression of mammary tumors depending upon the type of dietary fat fed to the animals. Rats initiated with MNU and treated with Tam were fed a diet rich in corn oil (CO) or fish oil (FO). After 8 weeks, tumors of the same histological type (cribriform) were collected and comprehensive analysis of messenger RNA expression was performed. The mRNA expression of genes such as SerpinB10, Wisp2 and Apod in tumors from FO-treated rats is indicative of highly differentiated tumors. Decreased expression of H19 and Igf2 mRNA in Tam-treated groups, and Thrsp and Wnt5b mRNA in FO+Tam group may be related to tumor growth impairment and lower metastatic capacity. Increased Irf7 transcript levels in FO-treated animals suggests an improved immune response against tumors (Th1 pattern) whereas decreased mRNA of Fcer1a, Hdc, Ms4a2, Slp1, Mcpt1 and Mcpt2 may indicate a shift of the immune response towards Th2 pattern. The Th2 pattern of gene expression represents a potential mechanism of escape from the immune response caused by FO+Tam treatment. These data show that, although tamoxifen modulates the expression of genes leading to tumor growth impairment, further modulations of genes are influenced by FO altering Tam-modulated expression of genes in a manner that may, in part, account for its enhancing chemopreventive effect against MNU-induced mammary carcinogenesis / Doutor

Orientador: Paula Rahal / Banca: Dorotéia Rossi Silva Souza / Banca: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Cláudia Regina Bonini Domingos / Banca: Paulo Peitl Júnior / Resumo: Os tumores de cabeça e pescoço ocupam, mundialmente, a quinta posição na lista das neoplasias mais freqüentes. O tipo histológico predominante é o carcinoma de células escamosas, que acomete a cavidade oral, a orofaringe, a hipofaringe e a laringe. O tumor de laringe é um dos tipos mais comuns, correspondendo a 25% dos casos, com alto índice de mortalidade e prognóstico reservado. O principal fator etiológico para o seu desenvolvimento é o consumo combinado de álcool e fumo. O desenvolvimento do câncer de cabeça e pescoço é um processo multipasso acompanhado por mudanças genéticas e epigenéticas. Recentemente, estudos envolvendo a tecnologia microarray têm identificado genes específicos, cuja expressão está alterada em câncer de cabeça e pescoço quando comparado ao tecido normal. No entanto, a maioria dos estudos são realizados usando tumores de diferentes sítios. Neste estudo, foi analisado somente amostras de carcinoma de laringe para minimizar as diferenças genéticas. Dessa forma, os objetivos do presente projeto foram identificar e validar possíveis biomarcadores moleculares envolvidos na carcinogênese de laringe. Para tanto, foi construído um cDNA microarray com 340 genes previamente identificados pelo Head and Neck Annotation Consortium. A expressão desses genes foi analisada em 8 amostras de tecido tumoral e em 4 amostras de tecido histologicamente normal de laringe pela técnica de microarray. Foram identificados 35 genes diferencialmente expressos (SNR ½1.0½, p-value 0.001), os quais estão envolvidos em diversos processos celulares como adesão celular, apoptose, ciclo celular, inibição de proteases, metabolismo, proteólise, reparo de DNA, regulação da transcrição e transdução de sinal. A robustez da assinatura dos 35 genes diferencialmente expressos foi confirmada em um conjunto adicional de 5 amostras tumorais e 6 amostras... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the fifth most common cancer world-wide. More than 90% of this cancer type has a squamous origin and common sites include oral cavity, oropharynx, hypopharynx and larynx Laryngeal squamous cell carcinoma is very common in head and neck cancer, corresponding to 25% of cases, with high mortality rates and poor prognosis. Tobacco use and/or alcohol consumption are the two principal risk factors involved in development of HNSCC. The development of head and neck cancer is a multistep process accompanied by genetic and epigenetic changes. In recent years, studies involving microarrays have identified specific genes whose expression has changed in head and neck cancer compared with normal tissue. However, most microarray studies are performed using tumors from different sites in head and neck. In our study, we analyzed only larynx carcinoma samples to minimize the genetic differences. Thus, the purpose of this work was to identify and to validater molecular biomarkers involved in larynx carcinogenesis. Therefore, we constructed a cDNA microarray containing 340 genes previously identified by Head and Neck Annotation Consortium. Expression analysis was applied to 8 larynx tumor samples and 4 larynx normal samples. We identified 35 differentially expressed genes between tumor and non-tumor adjacent tissue of larynx (SNR ½1.0½, p-value 0.001). Genes detected were involved in processes as apoptosis, cell adhesion, cell cycle, DNA repair, metabolism, protease inhibition, proteolysis, signal transduction and transcription regulation. The robustness of the 35-gene signature was confirmed using data from an additional set of 5 larynx tumor samples and 6 adjacent non-tumor larynx tissues. For real time RT-PCR validation we selected fourteen genes, of which 10 (ADCY6, AES, AL2SCR3, CRR9, CSTB, DUSP1, MAP3K5, PLAT, UBL1 and ZNF706) were validated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Reduzir a dimensão de bancos de dados é um passo importante em processos de reconhecimento de padrões e aprendizagem de máquina. Projection Pursuit (PP) tem emergido como uma técnica relevante para tal fim, a qual busca projeções dos dados em espaços de baixa dimensão onde estruturas interessantes sejam reveladas. Apesar do relativo sucesso de PP em vários problemas de redução dimensional, a literatura mostra uma aplicação limitada da mesma em bancos de dados com elevada quantidade de atributos e poucas amostras, tais como os gerados em biologia molecular. Nesta tese, estudam-se formas de aproveitar o potencial de PP em problemas de alta dimensão e poucas amostras a fim de facilitar a posterior construção de classificadores. Entre as principais contribuições deste trabalho tem-se: i) Sequential Projection Pursuit Modified (SPPM), um método de busca sequencial de espaços de projeção baseado em Algoritmo Genético (AG) e operadores de cruzamento especializados; ii) Block Sequential Projection Pursuit Modified (Block-SPPM) e Whitened Sequential Projection Pursuit Modified (W-SPPM), duas estratégias de aplicação de SPPM em problemas com mais atributos do que amostras, sendo a primeira baseada e particionamento de atributos e a segunda baseada em pré-compactação dos dados. Avaliações experimentais sobre bancos de dados públicos de expressão gênica mostraram a eficácia das propostas em melhorar a acurácia de algoritmos de classificação populares em relação a vários outros métodos de redução dimensional, tanto de seleção quanto de extração de atributos, encontrando-se que W-SPPM oferece o melhor compromisso entre acurácia e custo computacional. / Reducing the dimension of datasets is an important step in pattern recognition and machine learning processes. PP has emerged as a relevant technique for that purpose. PP aims to find projections of the data in low dimensional spaces where interesting structures are revealed. Despite the success of PP in many dimension reduction problems, the literature shows a limited application of it in dataset with large amounts of features and few samples, such as those obtained in molecular biology. In this work we study ways to take advantage of the potential of PP in order to deal with problems of large dimensionalities and few samples. Among the main contributions of this work are: i) SPPM, an improved method for searching projections, based on a genetic algorithm and specialized crossover operators; and ii) Block-SPPM and W-SPPM, two strategies of applying SPPM in problems with more attributes than samples. The first strategy is based on partitioning the attribute space while the later is based on a precompaction of the data followed by a projection search. Experimental evaluations over public gene-expression datasets showed the efficacy of the proposals in improving the accuracy of popular classifiers with respect to several representative dimension reduction methods, being W-SPPM the strategy with the best compromise between accuracy and computational cost.