Submitted by Vasti Diniz (vastijpa@hotmail.com) on 2017-09-08T14:06:42Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2742380 bytes, checksum: cf8f43acdec2329a5d6d78a8a373b6b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T14:06:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2742380 bytes, checksum: cf8f43acdec2329a5d6d78a8a373b6b7 (MD5) Previous issue date: 2017-04-20 / The finding of sperm through the screening tests on samples collected from rape victims confirms the occurrence of the sexual act, but its absence usually closes biological research in the crime in question, leaving a gap about the authorship of the crime, as well as about the criminal typification. The present work aimed to analyze the need of implementation in forensic routine of Genetics Laboratories of molecular analysis of negative samples to the prostate-specific antigen (PSA) collected from sex crimes victims. Vaginal swabs were selected and proceedings collected from 200 women who have been victims of those crimes in Paraíba from January 2015 to January 2016. Such materials had been sorted and presented negative result for PSA. Proceeded to the sample quantification by Real-time PCR using the Plexor® HY kit and there was a far greater concentration of autosomal DNA in relation to the male DNA. With the use of thermal cyclers GeneAmp® PCR System 9700, 200 DNA samples extracted from the sperm fraction (SF) were amplified for Y-STR with the use of PowerPlex® Y23 Systems and AmpFlSTR® Yfiler PCR Amplification kits. Such products have been subjected to capillary electrophoresis in genetic sequencer ABI PRISM™ 3500 Genetic Analyzer and the results analyzed by GeneMapper® ID software v 3.2. The fractions analyzed, only two full profiles amplification (1%), 24 (12%) partials, while the 174 remaining samples (87%) did not present any amplification. Screening with PSA testing negative served, statistically, how to determine guiding absence of sperm in swabs of vaginal origin and anally for victims of sex crimes. However, in this study were analyzed samples from rape victims. Due to the large social call caused by this type of crime, any nonzero statistic must be acceptable to a presumptive test. The results obtained have awakened to the need to study a new way of sorting this material, as well as the repetition of some analytical steps in order to get a genetic profile informative for illicit criminal resolution. / A constatação de espermatozoides, através dos testes de triagem, em amostras coletadas de vítimas de estupro confirma a ocorrência do ato sexual, todavia a sua ausência geralmente encerra a investigação biológica no crime em questão, ficando uma lacuna quanto à autoria do delito, bem como quanto à tipificação penal. O presente trabalho objetivou analisar a necessidade de implantação na rotina dos laboratórios de genética forense da análise molecular de amostras negativas para o antígeno específico da próstata (PSA) coletadas de vítimas de crimes sexuais. Foram selecionadas swabs vaginais e anais coletados de 200 mulheres que foram vítimas desses crimes na Paraíba entre os meses de janeiro de 2015 e janeiro de 2016. Tais materiais haviam sido triados e apresentaram resultado negativo para PSA. Procedeu-se à quantificação amostral por PCR em tempo real, com uso do kit Plexor® HY e observou-se uma concentração bem maior de DNA autossômico com relação ao DNA masculino. Com uso de termocicladores GeneAmp® PCR System 9700, 200 amostras de DNA extraído das frações espermáticas (FE) foram amplificadas para Y-STR com o emprego dos sistemas PowerPlex® Y23 System e AmpFlSTR® Yfiler® PCR Amplification. Tais produtos foram submetidos à eletroforese capilar em seqüenciador genético ABI PRISM 3500™ Genetic Analyzer e os resultados analisados pelo software GeneMapper® ID v3.2. Das frações analisadas, constatou-se amplificação de apenas dois perfis completos (1%), 24 parciais (12%), enquanto as 174 amostras restantes (87%) não apresentaram amplificação alguma. O teste de triagem com PSA negativo serviu, estatisticamente, como norteador para se determinar a ausência de esperma em swabs de origem vaginal e anal das vítimas de crimes sexuais. Contudo, no presente trabalho foram analisadas amostras provenientes de vítimas de estupro. Devido ao grande apelo social provocado por esse tipo de crime, nenhuma estatística diferente de zero deve ser aceitável para um teste presuntivo. Os resultados obtidos despertaram para a necessidade de estudar uma nova forma de triagem desse material, bem como pela repetição de alguns passos analíticos no intuito de se obter um perfil genético informativo para resolução do ilícito penal.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-30Bitstream added on 2014-06-13T19:18:05Z : No. of bitstreams: 1 carvalho_acm_me_ilha.pdf: 707408 bytes, checksum: 2a8a38abcafc29447efd4b3102bde2d0 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e aumenta a distância entre coespecíficos. Também pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Em curto prazo, isso pode afetar processos como sistema de reprodução e dispersão de pólen e sementes e resultar no aumento da taxa de autofecundação e cruzamentos correlacionados, redução na taxa de imigração de pólen e sementes (isolamento reprodutivo do fragmento), redução na distância de dispersão de pólen e sementes e no aparecimento de estrutura genética espacial dentro das populações. Dentro desse contexto, os objetivos desta dissertação foram estudar por marcadores microssatélites a estrutura genética espacial, a taxa de imigração e a distância de fluxo de pólen e sementes em uma pequena população em fragmento de 4,8 ha de Copaifera langsdorffii Desf., localizada no município de São José do Rio Preto, no estado de São Paulo. Para tanto, foram mapeadas e genotipadas para oito locos microssatélites todas as 112 árvores adultas reprodutivas e 128 plântulas da regeneração existentes no referido fragmento. O teste de desequilíbrio de ligação não detectou indício de ligação física entre os locos avaliados, o que indica que estes podem ser usados em estudos genéticos de diversidade e fluxo gênico. Na amostra total das 240 plantas foram encontrados 186 alelos. Altos níveis de diversidade genética foram encontrados para a média dos locos na população (A =23,25; e A =8,67; o H =0,774; e H =0,878). Comparando árvores adultas com regenerantes, 54 alelos foram exclusivos aos adultos e nenhum nos regenerantes. Adultos apresentaram maior número médio de alelos por loco e número médio efetivo de alelos (A =23,25; e A =10,07, respectivamente) do que os regenerantes (A =16,5; e A =6,70). As heterozigosidades observada... / Forest fragmentation to decrease the size of the reproductive population, the population density, increase the distance among coespecifics and can isolate populations and individuals in pastures. This in short term, can affect process as mating system and pollen and seed dispersal and result in increase in selfing rate and correlated matings, decrease in the pollen and seed immigration rate (reproductive isolation of the fragment) and distance of pollen and seed dispersal and, result in intra-population spatial genetic structure. Thus, the aims of this master these were to study by microsatellite markers the spatial genetic structure, the seed and pollen immigration rate and dispersal in a small fragmented population of 4.8 ha of Copaifera langsdorffii Desf., located inside of the São José do Rio Preto municipality, in State of São Paulo. Thus, it were mapped and genotyped for eight microsatellite loci all 112 adult reproductive trees in the fragment and in a sampled of 128 individuals of the regeneration. The test of linkage disequilibrium not detected anyone indicative of physic linkage between the evaluated loci, indicating that these can be used for studies of genetic diversity and gene flow. In the total sample of 240 plants it was found 186 alleles. Consequently, high levels of genetic diversity were found for the average of loci in the population (A =23.25; e A =8.67; o H =0.774; e H =0.878). Comparing adult trees with regeneration, 54 alleles were exclusives in the adults and no one in the regeneration. Adult trees have higher average number of alleles per loci and effective number of alleles per loci (A =23.25; e A =10.07, respectively) than regeneration (A =16.5; e A =6.70). The observed and expected heterozygosities were similar among the adults ( o H =0.757; e H =0.893) and regeneration ( o H =0.788; e H =0.838)... (Complete abstract click electronic access below)

The growing demand for strawberries has imposed challenges, especially regarding the control of pests. Many farmers report problems with reduced chemical control efficiency, probably due to selection of resistant populations of insects and mites. An alternative is the use of biological control using pathogenic fungi as a tool in integrated pest management. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae) are generalist entomopathogenic fungi with worldwide distribution and can cause diseases in a large number of hosts. Many studies on the development of Metarhizium as a biological control agent were performed, but this bulk of knowledge is in remarkable contrast to the lack of research on the fundamental ecology of Metarhizium in agroecosystems. This thesis aimed to evaluate the establishment, persistence and dispersal of these entomopathogenic fungi in strawberry crop soil in Inconfidentes, Minas Gerais, Brazil; and to study the diversity and abundance of species of Metarhizium isolated from organic and conventional strawberry crop soils, and the field margins in Brazil and Denmark. The effectiveness of new species of Metarhizium recently found in Brazil, was evaluated against two spotted spider mite, Tetranychus urticae. Applied isolates of M. anisopliae (ESALQ1037) and M. robertsii (ESALQ1426) were able to persist for up to 12 months after the application within the soil, and disperse to other plots and colonize the rhizosphere of strawberry plants. In the plots where ESALQ1037 and ESALQ1426 were applied, 25% and 87.5% of the isolates recovered after 12 months consisted of the same isolates inoculated. A new taxonomically unassigned lineage, referred to as Metarhizium sp. Indet. 5 in this study, was found in strawberry crop margins. The dominant species of Metarhizium in Brazil and Denmark was Metarhizium robertsii and M. brunneum respectively. Further, Metarhizium pemphigi was first detected in Denmark in this study. Soil in organically grown strawberries harbored a more diverse population of Metarhizium spp. compared with conventionally grown strawberries. These studies showed for the first time the potential of new species of Metarhizium as spider mite biological control agents, the lowest median lethal time (LT50 = 4 ± 0.17 days) was observed in mites treated with the isolate ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1. The best isolates were ESALQPL63 of B. bassiana, ESALQ1608 and ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1 and ESALQ3069 and ESALQ3222 of M. pingshaense based on the survival curve, total mortality, percentage of sporulated cadavers and LT50. Knowledge of the diversity of Metarhizium spp. and persistence in strawberry soil generated in this study may be useful in developing conservation strategies and maximize the natural biological pest control. / A crescente demanda por morangos vem impondo desafios, especialmente quanto ao controle das pragas. Muitos agricultores relatam problemas com a redução da eficiência do controle químico, provavelmente devido à seleção de populações resistentes de insetos e ácaros. Uma alternativa é o uso de controle biológico com fungos entomopatogênicos como ferramenta dentro do manejo integrado de pragas. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae), são fungos entomopatogênicos generalistas com distribuição cosmopolita e que podem causar doenças em um grande número de hospedeiros. Muitos estudos sobre o desenvolvimento de Metarhizium como agente de controle biológico foram realizados, mas este leque de conhecimento está em contraste com a notável falta de investigação sobre a ecologia de Metarhizium nos agroecossistemas. Esta tese teve como objetivo avaliar o estabelecimento, persistência e dispersão destes fungos entomopatogênicos em solo de morangueiro em Inconfidentes, Minas Gerais, Brasil; bem como estudar a diversidade e abundância de espécies de Metarhizium isolados do solo de cultivos orgânico e convencional de morangueiro, e das margens das plantações no Brasil e Dinamarca. A eficácia de novas espécies de Metarhizium, encontradas recentemente no Brasil, foi avaliada contra o ácaro rajado, Tetranychus urticae. Os isolados inoculados de M. anisopliae (ESALQ1037) e M. robertsii (ESALQ1426) foram capazes de persistir por até 12 meses após a aplicação no solo, além de dispersar para outras parcelas e colonizar a rizosfera dos morangueiros. Nas parcelas onde ESALQ1037 e ESALQ1426 foram aplicados, 25% e 87,5% dos isolados recuperados após 12 meses consistiam dos mesmos isolados inoculados. Uma nova linhagem não taxonomicamente identificada, referida neste trabalho como Metarhizium sp. Indet. 5, foi encontrada nas margens de morangueiros cultivados. A espécie dominante de Metarhizium no Brasil e Dinamarca foi Metarhizium robertsii e M. brunneum, respectivamente. Além disso, Metarhizium pemphigi foi detectado pela primeira vez na Dinamarca neste estudo. Solos de cultivo orgânico de morangueiro em geral apresentaram uma diversidade maior de Metarhizium do que solos de cultivos convencionais. Estes estudos revelaram pela primeira vez o potencial de novas espécies de Metarhizium como agentes de controle biológico do ácaro rajado, sendo o menor tempo letal mediano (TL50= 4 ± 0.17 dias) observado em ácaros tratados com o isolado ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1. Os melhores isolados foram ESALQPL63 de B. bassiana, ESALQ1608 e ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1 e ESALQ3069 e ESALQ3222 de M. pingshaense baseado na curva de sobrevivência, mortalidade total, porcentagem de cadáveres esporulados e TL50. O conhecimento da diversidade de Metarhizium spp. e persistência em solos de morango, gerados neste estudo, poderão ser úteis no desenvolvimento de estratégias de conservação e maximizar o controle biológico natural de pragas.

Brazil is the largest producer of sugar and ethanol from sugarcane. The economic, social profile and the characterization of the sugarcane industry and its by-products are factors that distinguish this culture as one of the most important, both in agriculture and in industry. For the country to reach such importance in the sugarcane industry, the genetic improvement of sugarcane was key, especially by the increase in agroindustrial income, with gains of 1% to 2% per year. This work aimed to evaluate the results of a cultivar competition experiment with the main genotypes planted in Alagoas between 1975 and 2010, conducted between February 2012 and February 2013 in Plant Sinimbu, adopting the following statistical-genetic procedures: Mean estimates and grouping of cultivars to the main agroindustrial characteristics; Estimates of genetic parameters of the main agro-industrial characteristics, aimed at predicting future earnings; assessment of levels of genetic diversity of cultivars through molecular markers of the microsatellite type; recommendation of genetic crosses between cultivars in order to get future genetic gains in agro-industrial income. The experimental design of the trial was a randomized block with four replications. The plots consisted of three double rows of seven meters, spaced 1.50 mx 0.80 m, with an area of 48.3 m2. It was made sprinkler irrigation, applying four 30mm slides, one in the beginning of the experiment and the other at nine, ten and eleven months of age cane. The results obtained from the analysis of this study allow us to conclude that: the cultivars that showed the highest yields of sugar were RB92579, RB867515, RB99395 and RB951541; the higher heritability estimates and ratio of the genetic / environmental variance coefficients were for BRIX features, POL, TPH and TCH, indicating that most likely get future gains in the selection of superior individuals in these features, performing genetic crosses with genotypes this study; primers microsatellite SSR05, SSR06 and SSR93 were efficient in determining unique genetic profiles and discriminate relationship and genetic diversity of 21 cultivars evaluated in this study; and genetic crosses that can predict major gains in income in sugar are the cultivar RB92579 with RB867515 cultivars RB931003, RB931011, RB951541, RB98710 and RB99395. / O Brasil é o maior produtor mundial de açúcar e etanol da cana-de-açúcar. O perfil econômico, social e a caracterização do setor canavieiro e seus subprodutos são fatores que distinguem esta cultura como uma das mais importantes, tanto na agricultura quanto na indústria. Para que o país atingisse tal importância no setor sucroenergético, o melhoramento genético da cana-de-açúcar foi fundamental, principalmente pela elevação dos rendimentos agroindustriais, com ganhos de 1% a 2% ao ano. Este trabalho teve por objetivo avaliar os resultados de um experimento de competição de cultivares com os principais genótipos plantados em Alagoas entre 1975 e 2010, conduzido entre fevereiro de 2012 e fevereiro de 2013 na Usina Sinimbu, adotando-se os seguintes procedimentos estatísticos-genéticos: estimativas de médias e agrupamento das cultivares para as principais características agroindustriais; estimativas de parâmetros genéticos das principais características agroindustriais, visando a predição de ganhos futuros; avaliação dos níveis de diversidade genética das cultivares por meio de marcadores moleculares do tipo microssatélite; recomendação de cruzamentos genéticos entre as cultivares com a finalidade de obter ganhos genéticos futuros em rendimentos agroindustriais. O delineamento experimental do ensaio foi em blocos ao acaso, com quatro repetições. A parcela foi composta de três linhas duplas de sete metros, no espaçamento de 1,50 m x 0,80 m, com área útil de 48,3 m2. Foi feita irrigação por aspersão, aplicando-se quatro lâminas de 30 mm, sendo uma na instalação do experimento e as demais, aos nove, dez e onze meses de idade da cana. Os resultados obtidos com as análises do presente estudo permitem concluir que: as cultivares que apresentaram os maiores rendimentos em açúcar foram RB92579, RB867515, RB99395 e RB951541; as maiores estimativas de herdabilidade e razão entre os coeficientes de variância genético/ambiental foram para as características BRIX, POL, TPH e TCH, indicando ser muito provável obter ganhos futuros na seleção de indivíduos superiores nessas características, realizando cruzamentos genéticos com os genótipos avaliados neste estudo; os primers de microssatélites SSR05, SSR06 e SSR93 foram eficientes em determinar perfis genéticos únicos e em discriminar grau de parentesco e diversidade genética das 21 cultivares avaliadas neste estudo; e os cruzamentos genéticos que podem predizer maiores ganhos em rendimento em açúcar são da cultivar RB92579 com as cultivares RB867515, RB931003, RB931011, RB951541, RB98710 e RB99395.

Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) is the largest tree of the Atlantic Forest. To contribute to in situ and ex situ genetic conservation programs for the species, herein we investigate the genetic diversity, inbreeding, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), mating system and contemporary pollen flow in three fragmented populations of this species. We found 65 adult trees in the Ibicatu population, 22 in MGI, and four in MGII. Seeds were hierarchically sampled among and within fruits directly from the canopy of 15 seed-trees in Ibicatu (n= 40), five seed-trees in MGI (n= 50), and two seed-trees in MGII (n= 100). Thirteen specific microsatellite loci were developed and validated for 51 C. legalis trees. Eleven loci were polymorphic, revealing a maximum of two to 15 alleles per locus. Using the progeny arrays and seed-tree genotypes, we investigated the Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of seven microsatellite loci specifically isolated for C. legalis and two previously developed heterologous microsatellite loci. No notable deviations from the expected Mendelian segregation, linkage, or genotypic disequilibrium were detected. The average allelic richness in the adult cohort of Ibicatu was 11.65 and 14.29 for MGI-II and for seeds it was 14.18 in Ibicatu and 10.85 in MGI-II; the average observed heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.811 and 0.838 for MGI-II and for seeds it was 0.793 in Ibicatu and 0.786 in MGI-II; the average expected heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.860 and 0.900 for MGI-II and for seeds it was 0.856 in Ibicatu and 0.853 in MGI-II. The average fixation index was significantly greater than zero for adults and seeds from both populations. Multilocus outcrossing rate ( m t ) in the three populations was significantly lower than unity (1.0), especially in MGII ( m t = 0.830). The rate of mating among relatives was significant when compared to zero only for Ibicatu ( ????0.266) m s t t . Paternity correlation is substantially higher within than among fruits. The average coancestry coefficient ( ??) was higher and variance effective size ( e N ) was lower than expected for halfsib progenies in all three populations. The number of seed-trees necessary for seed collection to obtain progeny arrays with an effective size of 150 was estimated between 54 to 58 seedtrees. The pollen immigration rate was low, especially for the small stands (maximum of 0.4% for MGI), indicating significant genetic isolation of MGI and MGII. The effective pollination radius was also low in MGI (68 m) and MGII (191 m). For MGII, we also found higher levels of selfing (18%) than for Ibicatu (6%) and MGI (6.4%). The substantial genetic isolation of these stands suggest that we can expect an increase in SGS in the future and strategies to increase gene flow and effective population size, such as transplanting individuals among the populations, are desirable for long term in situ conservation. In conclusion, this study produced valuable information for the management of fragmented populations of C. legalis, contributing to breeding programs and providing guidelines for seed collection aimed at conservation and reforestation programs. / Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) é a maior árvore da Mata Atlântica. Para contribuir com a conservação in e ex situ nós investigamos a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), sistema de reprodução e fluxo contemporâneo de pólen em três populações fragmentadas da espécie. Encontrámos 65 árvores adultas na população Ibicatu, 22 em MGI, e quatro em MGII. As sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em Ibicatu (n = 40), cinco em MGI (n = 50), e duas em MGII (n = 100). Treze locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 51 indivíduos de C. legalis. Onze deles foram polimórficos, revelando um máximo de dois a 15 alelos por loco. Usando os genótipos das progênies e matrizes, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e desequilíbrio genotípico de sete locos isolados de C. legalis e dois heterólogos. Não foram detectados desvios notáveis da segregação mendeliana, de ligação, ou desequilíbrio genotípico. A riqueza alélica média de adultos de Ibicatu foi 11,65 e 14,29 para MGI-II e para as sementes foi de 14,18 em Ibicatu e 10,85 na MGI-II, a heterozigosidade média observada para adultos em Ibicatu foi 0,811 e 0,838 para MGI-II, para as sementes foi de 0,793 em Ibicatu e 0,786 em MGI-II, a heterozigosidade média esperada para adultos de Ibicatu foi 0,860 e 0,900 para MGI-II, para as sementes foi de 0,856 em Ibicatu e 0,853 em MGI-II. O índice médio de fixação foi significativamente maior do que zero para adultos e sementes de ambas as populações. A taxa de cruzamento Multilocus (? ) nas três populações foi significativamente menor do que a unidade (1,0), especialmente para MGII ( = 0,830). A taxa de acasalamento entre parentes foi significativa apenas para Ibicatu ( . A correleção de paternidade foi substancialmente maior dentro do que entre os frutos. O coeficiente médio de coancestria (?) foi maior e variação de tamanho efetivo (Ne ) foi menor do que o esperado para progênies de meio-irmãos em todas as populações. O número estimado de árvores matrizes necessárias para a coleta de sementes para se obter um tamanho efetivo de 150 foi de 54-58 árvores. A taxa de imigração de pólen foi baixa, especialmente para os fragmentos menores (máximo de 0,4% para MGI), indicando isolamento genético significativo. O raio efetivo de polinização foi baixo em MGI (68 m) e MGII (191 m). Para MGII também encontramos níveis mais elevados de autofecundação (18%) do que para Ibicatu (6%) e MGI (6,4%). O isolamento genético substancial desses estandes sugerem que podemos esperar um aumento na EGE e que estratégias para aumentar o fluxo gênico e tamanho efetivo da população, como o transplante de indivíduos nas populações, são desejáveis para o longo prazo. Em conclusão, este estudo gerou informações valiosas para a gestão de populações fragmentadas de C. legalis, contribuindo para programas de melhoramento e fornecendo orientações para a coleta de sementes destinadas a programas de conservação e reflorestamento.

Ce travail a eu pour but premier d’étudier le risque d’évolution de la résistance aux herbicides inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS) chez l’ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia L.) à travers quatre points : (i) la pression de sélection (étude de l’efficacité d’une gamme d'herbicides inhibiteurs de l’ALS), (ii) la capacité de réponse adaptative de l’adventice (détermination de la variation de la sensibilité aux inhibiteurs de l’ALS entre plantes et mise en place d’un programme de sélection récurrente), (iii) une étude de terrain (recherche de résistance aux inhibiteurs de l’ALS au champ en France), (iv) l’étude des mécanismes de résistance (liée à la cible – RLC – et non liée à la cible – RNLC – par une approche de transcriptomique). Le second objectif fut d’étudier la connectivité des populations d’A. artemisiifolia dans des paysages agricoles à l’aide de marqueurs microsatellites développés lors de ce travail afin de déterminer les facteurs qui pourraient faciliter la dispersion de cette espèce et de la résistance à l’échelle du paysage agricole.En ce qui concerne la résistance aux herbicides :-La réponse de d’A. artemisiifolia aux herbicides inhibiteurs de l’ALS est très variable entre substances.-Des plantes ayant survécu à la dose maximale autorisée et à des doses supérieures de metsulfuron ont été sélectionnées pour débuter un programme de sélection récurrente. Après deux cycles de sélection, on observe une intensification de la résistance au metsulfuron et une émergence de la résistance à l’imazamox et au tribénuron.-Trois cas de résistance à l’imazamox ont été identifiés au champ dont deux cas de pure RNLC et un cas de coexistence RLC – RNLC.-Un transcriptome d’A. artemisiifolia a été généré grâce à la technique de séquençage PacBio pour rechercher des gènes impliqués dans les mécanismes de RNLC (approche RNAseq). 62 gènes candidats ont été identifiés dont des transporteurs ABC, des cytochromes P450 ainsi que des glutathione-S-transférases connus pour être impliqués dans la dégradation des herbicides.Pour l’étude de la connectivité des populations agricoles :-26 marqueurs microsatellites ont été développés et ont révélé une forte variabilité génétique. La structuration génétique a été étudiée à grande échelle pour des populations d’A. artemisiifolia d’Europe (aire d’invasion) et d’Amérique du Nord (aire d’origine).-À une échelle plus fine (paysage agricole), la structure génétique des populations reste influencée par les événements de colonisation. Les événements de migration qui ont été identifiés entre zones de présence de l’ambroisie suggèrent des flux de gènes (pollen/semences) et une connectivité modérés à l’échelle d’un territoire agricole. Dans les environnements agricoles, la dispersion des allèles de résistance aux herbicides pourrait se faire facilement de proche en proche via les flux de pollen, et également à plus longue distance via des dispersions de graines. Les activités anthropiques jouent un rôle majeur dans la dispersion des semences (machineries agricoles, lots de semences contaminés…).-L’analyse du système de reproduction a confirmé que cette espèce est allogame ce qui entraîne des flux de gènes intra- et inter-populations importants.Les connaissances acquises au cours de ce travail pourront aider à développer des stratégies de contrôle mieux adaptées, pour lutter efficacement contre A. artemisiifolia afin de limiter son expansion, telles que :-Des stratégies de désherbage diversifiées : combinaison de lutte mécanique (dont faux semis) et chimique (diversification des modes d’action herbicides).-Un allongement et une diversification des rotations de cultures en favorisant des cultures d’hiver et/ou des cultures couvrantes et compétitrices.Ces connaissances pourront aussi être utilisées dans la lutte contre une autre espèce adventice du genre Ambrosia, Ambrosia trifida.Mots-clés (6) : Ambrosia artemisiifolia L., ambroisies, résistance aux herbicides, / The first aim of this work was to investigate the risk for the evolution of resistance to acetolactate synthase inhibitor (ALS) herbicides in the common ragweed (Ambrosia artemisiifolia L.) through four points: (i) the selection pressure (effectiveness of a range of ALS inhibitor herbicides), (ii) the adaptive response of Ambrosia artemisiifolia (recurrent selection experiment), (iii) a resistance monitoring in fields in France, and (iv) the investigation of the mechanisms underlying herbicide resistance (target-site (TSR) and non-target-site resistance (NTSR) using transcriptomic analyses). The second aim was to study the connectivity of A. artemisiifolia populations in agricultural landscapes using microsatellite markers developed during this work, to determine factors that could facilitate the spread of this invasive weed species and the spread of herbicide resistance.In regards to herbicide resistance:-The sensitivity of A. artemisiifolia to ALS-inhibiting herbicides is variable between active ingredients.-Plants that survived the French maximum authorized field rate and higher rates of metsulfuron were selected to implement a recurrent breeding program. After two selection cycles, the resistance level to metsulfuron increased and resistance to imazamox and tribenuron emerged.-Three cases of imazamox resistance were identified in the field, including two cases of pure NTSR and one case of TSR - NTSR coexistence.-A transcriptome for A. artemisiifolia, AMBELbase, was generated using the PacBio sequencing technology to search for genes involved in NTSR mechanisms (RNAseq approach). 62 candidate contigs were identified including ABC transporters, cytochromes P450 and glutathione S-transferases known to be involved in the degradation of herbicides.In regards to population connectivity:-26 microsatellite markers were developed and revealed high genetic variability. Genetic structuring has been studied on a large scale for populations of A. artemisiifolia from Europe (invasion range) and North America (native range).-On a finer scale (agricultural landscape), the genetic structure of populations was influenced by colonization events. Migration events detected among the areas colonized by A. artemisiifolia suggested moderate pollen/seed flows and connectivity at the farmland scale. In agricultural environments, herbicide resistant alleles could be easily spread among neighbouring populations via pollen flow, and also at longer distances via seed dispersal. Human-related activities play a major role in the dispersal of seeds (agricultural machinery, contaminated seed lots, etc.).-The mating system analysis confirmed that A. artemisiifolia is an obligate outcrossing species which leads to important intra- and inter-population gene flow.The knowledge acquired during this work may help to foster the development of better management strategies to effectively control A. artemisiifolia to limit its spread, such as:-Diversified weed control strategies: combination of mechanical (including false-seed) and chemical weeding (diversification of herbicide modes of action).-Longer diversified crop rotations including more winter crops and/or cover and competitive crops to break the life cycle of A. artemisiifolia.These knowledge may also be used to better control of another weed species of the genus Ambrosia, Ambrosia trifida L.

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T01:41:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ramos_RafaelFlora_M.pdf: 2299855 bytes, checksum: 943dfb31cd7db5f4dcc0508ca7f17c91 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Euterpe edulis é uma palmeira tropical ameaçada de extinção que no passado era abundante na Mata Atlântica, desde a planície costeira até 1.000 metros acima do nível do mar. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade e a estrutura genética em populações naturais de E. edulis distribuídas em diferentes altitudes dentro de um contínuo florestal. O estudo foi conduzido em uma área de proteção ambiental da Serra do Mar, no litoral norte do estado de São Paulo, onde foram amostrados 300 adultos em seis localidades, denominadas subpopulações. Cada indivíduo foi genotipado com sete locos microssatélite. O número total de alelos foi alto (140) e o número médio de alelos não variou entre as subpopulações. A heterozigosidade total esperada foi de 0,867, variando entre 0,782 e 0,859 entre subpopulações. O índice de fixação foi baixo para todas as subpopulações, concordando com o sistema de reprodução cruzada da espécie. A estruturação espacial genética foi ausente ou muito baixa nas subpopulações analisadas separadamente ou agrupadas. A estrutura genética foi alta (?' = 0,26) considerando a distância máxima de 32 km entre as subpopulações amostradas. Foram definidos quatro grupos genéticos mais prováveis de acordo com o teste de atribuição dos indivíduos, e cinco grupos de acordo com a AMOVA (Análise de Variância Molecular). O teste de Mantel parcial correlacionou à estrutura genética entre pares de subpopulações com a distância geográfica (r = 0,8; p < 0,05) e ainda com a diferença altitudinal excluído o efeito da distância geográfica (r = 0,5; p < 0,05). Se estas diferenças são causadas pelo fluxo gênico reduzido ou por adaptações locais ainda precisa ser testado em estudos futuros. Este padrão de diferenciação genética em distâncias reduzidas é inesperado dentro de um contínuo florestal, destacando a importância de abordagens em pequena escala para a compreensão das dinâmicas complexas nos sistemas tropicais / Abstract: Euterpe edulis is an endangered tropical palm, once abundant throughout the Atlantic Forest from the coastal plain up to 1000 meters above sea level. The main purpose of this study was to evaluate the genetic diversity and structure in natural populations of E. edulis distributed in different altitudes within a continuous forest. The study was conducted in a protected area of Serra do Mar, at the north coast of São Paulo State, where we sampled 300 adults from six locations. Each individual was genotyped with seven microsatellite loci. The total allele number was high (140) and the mean allele number did not vary between samples. The total expected heterozygosity was 0.867, ranging from 0.782 to 0.859 among samples. The inbreeding coefficient was low in all samples, in accordance with the outcrossing breeding system. The spatial genetic structure was absent or weak at populations analyzed individually or grouped. The genetic structure was high (?' = 0.26) considering that the maximum distance of 32 km between samples. Four most likely genetic groups were defined according to the assignment test, and five groups according to AMOVA (Analysis of Molecular Variance). A partial Mantel test correlated the pairwise genetic structure with the geographical distance (r = 0.8; p < 0.05) and also with the pairwise altitudinal differences without the effect of the geographic distances (r = 0.5; p < 0.05). Whether those differences are mainly due to reduced gene flow or to local adaptation remains to be tested in future studies. This pattern of genetic differentiation at short distances is unexpected within a continuous rainforest, highlighting the importance of small scale approaches to understanding the complex dynamics of tropical systems / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

A partir de uma linha macho de corte e outra de postura, foi desenvolvida uma população experimental F2 com objetivo de mapear locos de características quantitativas (QTLs) para características de interesse comercial. Foi gerado um total de 2.063 animais F2 em 17 incubações que foram criados como frangos de corte até a 6&#170; semana de idade, quando foram avaliadas seis características de desempenho. As famílias utilizadas para o estudo, foram as que obtiveram maior número de marcadores microssatélites informativos em trabalhos anteriores envolvendo os cromossomos 1 a 5 com a mesma população. Vinte marcadores dos cromossomos 19, 23, 24, 26, 27 e 28 foram testados nos indivíduos parentais e F1 das famílias escolhidas para checar se eram ou não informativos. Após a genotipagem das 5 famílias escolhidas, foram construídos os mapas de ligação e realizada a análise de mapeamento de QTL por intervalo para cada cromossomo utilizando o método de regressão e o modelo genético F2. Dois modelos foram testados: um incluindo apenas o efeito aditivo do QTL e outro modelo que incluiu também o efeito de dominância. Caso fosse identificado QTL com nível de significância no mínimo sugestivo no genoma, os modelos foram confrontados para confirmar o efeito de dominância do QTL. Foram conduzidas também análises complementares com o intuito de detectar interação do QTL x sexo e QTL x família. Foram estimados a porcentagem da variância fenotípica e o intervalo de confiança para cada QTL. No cromossomo 26 foi mapeado QTL significativo a 5% no cromossomo para ganho de peso dos 35 aos 41 dias, e no cromossomo 27 foi identificado, para a característica peso vivo aos 35 dias um QTL sugestivo no genoma. Os QTL localizados nos cromossomo 26 e 27 foram localizados a 0.0 e 103.0 cM e explicaram 1,95 e 2,03% da variação fenotípica, respectivamente. / With the objective of mapping quantitative trait loci (QTLs) for economically valuable characteristics, an F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer dam line. A total of 2.063 F2 chickens from 17 incubations were reared as broilers and slaughtered at 6 week of age, when six performance traits were measured. Five families were chosen for this study based on previous work to determine the most informative families. Twenty markers from chromosomes 19, 23, 24, 26, 27 and 28 were tested in the parental and F1 chickens from the chosen families to select the informative markers. After genotyping parental, F1 and F2 chickens, the linkage maps were constructed and QTL Interval mapping analysis was conducted for each chromosome using regression methods and the F2 genetic model. Two different models were tested: one including only the additive effect of the QTL and another model that also included the dominance effect. If at least a genome-wide suggestive QTL was detected, they were compared through standard F tests to confirm the dominance effect of the QTL. Complementary analyses were conducted to investigate the existence of QTL x sex and QTL x family interactions. The percentage of the phenotypic variance explained by the QTL and the confidence intervals were estimated for each QTL. A 5% chromosome-wide significant QTL for weight gain from 35 to 41 d was mapped to chromosome 26 and a QTL that exceeded the genome-wide suggestive threshold for body weight at 35 d was mapped to chromosome 27. This QTL positioned at 103 cM explained 2.03% of the phenotypic variance of the trait and presented a confidence interval from 0 to 111 cM.

MSc (Zoology) / Department of Zoology

MSCAGR (Animal Science) / Department of Animal Science / The Nguni is a transboundary indigenous Southern African cattle breed. The breed has distinct populations that are adapted to the different ecological zones of Southern Africa. Previous work on characterising the Nguni has been limited to within-country studies. Thus, the aim of the current study was to genetically characterise South African (SA) Nguni, Mozambican Nguni (Landim) and Swazi Nguni populations across Southern African region using a panel of 25 microsatellite markers, recommended by FAO and ISAG for genetic diversity studies. Genotypic data were generated from 90 unrelated autosomal DNA samples of the three cattle populations (SA Nguni n=30, Mozambican Nguni (Landim) n=30 and Swazi Nguni n=30) collected from government research stations and stud herds. Five South African beef cattle breeds’ DNA profiles were obtained from the ARC-DNA database and used as reference populations. A majority of the microsatellite markers were highly polymorphic across the studied populations. High genetic diversity was detected and expected heterozygosity varied from 71% (Landim) to 75% (SA Nguni) with a higher mean number of alleles (MNA) in the SA Nguni (7.52±0.42) compared to the Swazi Nguni (6.92±0.40) and Landim (7.16±0.43) populations. Observed heterozygosity (Ho) (0.597±0.046) compared to expected heterozygosity (He) (0.719±0.022) was lowest for the Swazi Nguni, confirming a relatively high level of inbreeding (FIS=0.158) in that population. An analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 9.61% of the total variation occurred among populations, while 90.39% occurred within populations. Short genetic distance (29.9%) was observed between Landim and Swazi Nguni, with the SA Nguni (>50%) being the most genetically distant population. The distant relationship between SA Nguni and the other two Nguni cattle populations was further confirmed by neighbor-joining (NJ) tree, Principal Coordinates Analyses (PCoA) and Factorial Corresponding Analysis (FCA). The structure of the three Nguni cattle populations clustered independently, despite some evidence of admixture. Additionally, genetic differentiation and population structure within four Mozambican indigenous cattle populations were investigated using the same panel of microsatellite markers. The analysis of unrelated autosomal DNA was performed on 120 animals (Angone n=30, Bovine de Tete n=30, Landim n=30 and Namaacha Nguni n=30), which presented sufficient genetic diversity across all populations. Estimates of mean number of alleles, observed and expected heterozygosities were 6.920±0.20, 0.68±0.02 and 0.71±0.01, respectively. Genetic differentiation among the populations accounted for 8.02% of total genetic variability. Negative (-0.025±0.029) to low positive (0.073±0.050) levels of inbreeding were observed within the four populations. The genetic distance, NJ tree, PCoA and FCA revealed a close relationship between Bovine de Tete and Landim as opposed to Angone and Namaacha Nguni. STRUCTURE analysis assigned the four Mozambican populations independently; however Bovine de Tete and Landim showed relatively higher levels of admixture with each other than Angone and Namaacha Nguni. It can be concluded that SA Nguni, Landim and Swazi Nguni populations accomplish high genetic diversity and they are genetically distant; however, the two latter populations are closely related. These results present useful information / NRF