Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2646.pdf: 870244 bytes, checksum: b88bf96aa8cafe0798c953895db021a7 (MD5) Previous issue date: 2009-08-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / A preliminary genetic linkage map was constructed for the species Prochilodus argenteus, an endemic fish from the São Francisco river basin, using 23 microsatellite markers in a progeny with 95 individuals from a single cross by the pseudo-testcross strategy. The male and female parents were collected in different regions, downstream of the dam of the Três Marias (MG). Only 11 (52.4%) markers grouped in some linkage group and the the remaining was unlinked. Twenty-one (91.5%) markers appeared to segregate according to Mendelian inheritance, and only two (8.7%) showed segregation distortion. The map covered 297.58 cM of the genome, according to the Kosambi s function. The number of linkage groups (3) found in this study was much lower than expected for the species (equivalent to the haploid number of chromosomes, n = 27), demonstrating the importance of using a larger number of molecular markers in future studies. The data obtained in this work will be compiled with the marks obtained by AFLP by Rojas (2008) in order to obtain a denser genetic map. Although the number of linkage groups found have been lower than expected for the species, the results can be considered promising for the Brazillian Fish Genetics, since genetic mapping studies are virtually absent in Neotropical fish. / Um mapa genético preliminar foi construído para a espécie Prochilodus argenteus, um peixe endêmico da bacia hidrográfica do rio São Francisco, através de 23 marcadores moleculares microssatélites em uma progênie com 95 indivíduos provenientes de um único cruzamento através da estratégia pseudo-testcross . Os genitores masculino e feminino foram coletados em diferentes regiões, à jusante da barragem de Três Marias (MG). Apenas 11 (52.4%) marcadores foram alocados em algum grupo de ligação e os restantes não estavam ligados. Vinte e um (91.5%) marcadores segregaram de acordo com a herança mendeliana e apenas dois (8.7%) apresentaram distorção da segregação. O mapa cobriu 297.58 cM do genoma, de acordo com a função de Kosambi. O número de grupos de ligação (3) encontrado no presente trabalho foi muito inferior ao esperado para a espécie (equivalente ao número de cromossomos haplóides, n = 27), demonstrando a importância da utilização de um número maior de marcadores moleculares em estudos futuros. Os dados obtidos no presente trabalho serão compilados com as marcas AFLP obtidas por Rojas (2008), visando um mapa genético mais denso. Embora o número de grupos de ligação encontrado tenha sido inferior ao esperado para a espécie, os resultados podem ser considerados como promissores na área de Genética de Peixes do Brasil, já que estudos de mapeamento genético são praticamente inexistentes em peixes neotropicais.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3871.pdf: 3349931 bytes, checksum: 699bd6092d3da7218a1550f52bb10cdb (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Litopenaeus vannamei is known as Pacific white shrimp and is the main species marketed worldwide. Its geographical distribution includes the Pacific coast, ranging from Mexico to Peru. Due to its outstanding economic importance, this species has been farmed and showing great adapting levels to captivity, having been introduced in several countries, including Brazil. However, despite all the concern to properly manage the farming populations, many countries have not had a renewal of their breeding herds because of the risk of introduction of exogenous pathogens, which has increased the degree of inbreeding of these stocks and decreased levels of genetic diversity. To monitor this loss, microsatellite markers or SSRs (Simple Sequence Repeats), from genome arbitrary and expressed regions have been used. In the specific case of SSRs present in expressed regions of the genome (ESTs, Expressed Sequence Tags) or SSRs-ESTs, they allow the access to the genetic variability of populations, and the ESTs markers devoid of SSRs may be related to genes of interest, subsidizing the development of breeding programs based on Marker Assisted Selection (MAS). Moreover, EST-SSRs loci may show an excellent rate of transferability in taxonomically related species, since they are in more conserved regions of the genome. Within this context, this study aimed (i) the validation population of EST-SSR loci isolated through dataming from L. vannamei ESTs database (www.shrimp.ufscar.br), (ii) the genomic annotation of ESTs and EST-SSRs markers (iii) the determination of EC numbers (Enzyme Codes), aiming respectively, (i) the characterization of polymorphic markers (ii) the description of genes and their protein products and (iii) the establishment of information to describe the possible pathways for the penaeid group. Therefore, we tested 32 EST-SSRs loci in PCR reactions. After establishing the best pattern of reaction and subsequent loci genotyping, nine SSRs-ESTs were polymorphic, with allele number ranging from two to 20, levels of observed heterozygosity from 0.32 to 0.86 and average PIC (Polymorphism Information Content) of 0.78. No pair of loci presented in linkage disequilibrium. However, after Bonferroni correction, we found that one of these showed a significant deficit of heterozygotes. The nine polymorphic loci from L.vannamei showed satisfactory amplification in at least one of the seven native species tested: the marine ones Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus brasiliensis, Farfantepenaeus paulensis, Rimapenaeus constrictus and Litopenaeus schmitti and the freshwater ones Macrobrachium amazonicum and Macrobrachium jeskii, being useful also for genetic studies of these species. The genome annotation performed by access in ShEST website (Litopenaeus vannamei EST Genome Project) showed that only three of nine loci 4 have the gene and its protein product described. The other loci showed no matches with any other genomic database available for research. In this work, gene product could be elucidated for 99% of ESTs, being possible to establish 209 EC numbers, highlighting enzymes responsible for xenobiotics metabolism, immunity, energy production, reproduction, oxidative stress, among others. These codes were used for construction of some metabolic pathways present in the penaeid group, contributing for building a wide database of the genome of this important animal group. These data may be applied in genetic improvement programs as well as gene expression studies, such as realtime PCR and microarrays. / Litopenaeus vannamei é conhecido como camarão branco do Pacífico e é a principal espécie de peneídeo comercializada no mundo. Sua distribuição geográfica compreende a costa do Oceano Pacífico, indo desde o México até o Peru. Devido a sua relevante importância econômica, esta espécie passou a ser cultivada, adaptando-se bem às condições de cativeiro, tendo sido introduzida em diversos países, incluindo o Brasil. Entretanto, apesar de toda preocupação em manejar adequadamente as populações de cultivo, muitos países não têm tido renovação de seus estoques reprodutores ou plantéis, devido ao risco de introdução de patógenos exógenos, o que tem aumentado o grau de endogamia desses estoques e diminuição dos níveis de diversidade genética. Para monitorar esta perda de variabilidade genética, marcadores microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats), oriundos de regiões arbitrárias e expressas do genoma desta espécie, vêm sendo utilizados. No caso específico de SSRs presentes em regiões expressas do genoma (ESTs, Expressed Sequence Tags) ou SSRs-ESTs, além destes permitirem acessar a variabilidade genética das populações, as ESTs desprovidas de SSRs podem estar relacionadas a genes de interesse, podendo auxiliar o desenvolvimento de programas de melhoramento genético baseados na Seleção Assistida por Marcadores (MAS). Além disso, locos SSRs-ESTs podem apresentar uma excelente taxa de transferabilidade em espécies taxonomicamente relacionadas, uma vez que se encontram em regiões mais conservadas do genoma. Dentro deste contexto, este trabalho teve como objetivos (i) a validação populacional de locos SSRs-ESTs, isolados via dataming no banco de dados de ESTs de L. vannamei (www.shrimp.ufscar.br); (ii) a anotação genômica de marcas ESTs e locos SSRs-ESTs (iii) e a determinação dos EC numbers (códigos enzimáticos), visando, respectivamente, (i) a caracterização de marcadores polimórficos, (ii) a descrição de genes e seus respectivos produtos protéicos e (iii) o estabelecimento de informações para descrever as possíveis vias metabólicas para o grupo de peneídeos. Para tanto foram testados 32 locos SSRs-ESTs em reações de PCR. Após estabelecimento do melhor perfil de reação e posterior genotipagem dos locos, nove SSRs-ESTs mostraram-se polimórficos, com número de alelos variando de 4 a 20, níveis de heterozigozidade observada de 0,32 a 0,86 e valores médios de PIC (Polymorphism Information Content) de 0,78. Nenhum loco apresentou-se em desequilíbrio de ligação. Entretanto, após correção de Bonferroni, constatou-se que um deles apresentou déficit significativo de heterozigotos. Os nove locos polimórficos para L. vannamei apresentaram amplificação satisfatória em pelo menos uma das sete espécies nativas testadas: as marinhas Xiphopenaeus kroyeri, 2 Farfantepenaeus brasiliensis, Farfantepenaeus paulensis, Rimapenaeus constrictus e Litopenaeus schmitti e as de água doce Macrobrachium amazonicum e Macrobrachium jeskii podendo se constituir em marcas úteis para os estudos genéticos também dessas espécies. A anotação genômica realizada via acesso à página de anotação do Projeto ShEST (Projeto Genoma EST de Litopenaeus vannamei) demonstrou que apenas três dos nove locos polimórficos têm o seu gene e produto protéico já descritos. Os demais locos não apresentaram blasts positivos com nenhuma outra base de dados genômicos disponíveis para pesquisa. No caso das sequências anotadas, o produto gênico pôde ser elucidado para 99% destas, sendo possível estabelecer 209 EC numbers, destacando-se enzimas responsáveis pela degradação de xenobióticos, imunidade, produção de energia, reprodução, estresse oxidativo, dentre outras. Estes códigos enzimáticos foram utilizados para determinação de algumas vias metabólicas presentes no grupo dos peneídeos, contribuindo assim para a construção de uma ampla base de dados do genoma deste importante grupo animal, podendo ser utilizada em estudos de conservação, programas de melhoramento genético e em análises de expressão gênica, como PCR em tempo real e microarrays.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3440.pdf: 2492071 bytes, checksum: b94aa5c86583789dfc913ab73dc5f1de (MD5) Previous issue date: 2011-02-14 / Universidade Federal de Sao Carlos / Studies of population structuring are important tools for the conservation of species and can assist in decisions for the creation, management and restructuring of conservation units. Recent researches conducted with freshwater migratory fish have demonstrated the organization of metapopulations in species of the genus Prochilodus and Brycon, suggesting that the tributaries where the individuals reproduce have a key role in this structuring. Furthermore, the homing behavior, characterized by the return of individuals to their birthplace to breed, has been reported for the genus Prochilodus. This behavior restricts gene flow, which can lead to population structuring. Moreover, a previous study in Prochilodus costatus was not able to detect population structuring when comparing three sites downstream the dam of Três Marias (MG). However, the idea that tributaries may contain different genetic populations remains to be tested. In this context, we investigated the population genetic structure of P. costatus in the region of the headwaters of the São Francisco river, where the extension of the protected area Parque Nacional da Serra da Canastra is discussed. We used ten microsatellite loci to conduct the studies in three tributaries of the Upper São Francisco. We use the fixation index (FST) and AMOVA to verify the genetic differentiation between subpopulations previously defined and assignment tests to see how many people there. The results showed a high diversity within subpopulations, low diversity among subpopulations and the existence of only one population group. Thus, the conservation policies for this species should consider a high variability in a single and large population model. / Estudos de estruturação populacional são ferramentas importantes para a conservação de espécies e podem auxiliar nas decisões para criação, manejo e reestruturação de unidades de conservação. Pesquisas realizadas com peixes migradores de água doce já constataram a organização de metapopulações em espécies dos gêneros Prochilodus e Brycon, sugerindo que os tributários onde ocorre a reprodução dos indivíduos podem ter um papel fundamental nessa estruturação. Além disso, o comportamento de homing, que se caracteriza pelo retorno dos indivíduos ao lugar onde nasceram para se reproduzir, já foi relatado para o gênero Prochilodus. Esse comportamento promove uma restrição no fluxo gênico, que pode acarretar em estruturação populacional. Por outro lado, um estudo prévio em Prochilodus costatus não foi capaz de detectar estruturação populacional, quando foram comparadas três localidades a jusante à barragem de Três Marias (MG). Entretanto, a ideia de que tributários podem conter populações genéticas diferenciadas ainda precisa ser testada. Nesse contexto, investigamos a estrutura genética populacional de P. costatus na região das nascentes do rio São Francisco, onde atualmente se discute a ampliação do Parque Nacional da Serra da Canastra. Utilizamos dez locos microssatélites para realizar os estudos em três tributários do Alto São Francisco. Utilizamos o índice de fixação (FST) e AMOVA para verificar a diferenciação genética entre as subpopulações previamente definidas e testes de atribuição para verificar quantas populações existem. Os resultados obtidos evidenciaram uma alta diversidade intrapopulacional, baixa diversidade entre as subpopulações e a existência de apenas um grupo populacional. Dessa forma, as medidas conservacionistas para essa espécie devem considerar uma alta variabilidade em um modelo de população não estruturada.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 467886 bytes, checksum: 051d33e9fe8f41b61beb20c091a64c17 (MD5) Previous issue date: 2008-02-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objectives of this work were to study the resistance inheritance of the Híbrido Timor UFV 443-3 to Hemileia vastatrix and identify QTLs associated with resistance to coffee leaf rust. To study the inheritance we used a population of 246 individuals, produced from the controlled self-pollinated F1 H 511-1, 115 susceptible backcrossing (BCS) plants, and 87 resistant backcrossing (BCR) plants, originated from the crossing between F1 with Catuaí amarelo UFV 2148-57 and Híbrido de Timor UFV 443-3, respectively. These populations were inoculated with the race II, and a noncharacterized field isolate, designated pathotype 001, both from a single pustule-isolate of H. vastatrix. For both pathotypes, the Catuaí amarelo UFV 2148-57 was susceptible, while the Híbrido de Timor, the F1, and the BCR plants were resistant. The F2 plants inoculated with the race II showed two goodness of fit by the chi-square test, 15:1 (P=24.92%) and 61:3 (P=87.27%). The resistance inheritance was confirmed by the inoculation of BCs plants which segregated in a rate of 3:1 (P=17.83%), expected for the two genes, whereas the hypothesis of segregation 7:1, expected for three genes, was rejected. These results demonstrate that two independent dominant genes are responsible for the resistance of the Híbrido de Timor 443-3 to the race II of H. vastatrix. Similar results were observed with the pathotype 001 showing a segregation of 15:1 (P=92.13%) in the F2, and 3:1 (P=78.78%) in the BCs. These data indicate that two independent dominant genes, also, control the resistance of the Híbrido de Timor to this pathotype. To identify QTLs associated with the resistance of the Híbrido de Timor UFV 443-3 to coffee leaf rust we tested 286 molecular markers (282 SSR and 4 RAPD) in the parental genotypes. Those polymorphic markers (21 SSR and 4 RAPD) were used to screening the 246 F2 plants and to construct the linkage map. Among the 25 analyzed markers, two did not match to any of the six linkage groups formed by the 23 remaining markers, covering 277.90cM of the genome. Three QTLs were identified, QTLHv1, QTLHv2 and QTLHv3, that explain, 5.94%, 5.52% and 15.92% of the phenotypic variation respectively. The LOD score and the recombination frequency between the marker and respective QTLs were 3.69 and 14cM to the QTLHv1, 3.18 and 0.5cM to the QTLHv2, and 10.33 and 22cM to the QTLHv3. This is the first report of SSR markers in the identification of QTLs associated to the coffee tree resistance to H. vastatrix. These QTLs could be used in the assisted selection for introgression of genes for resistance from the Híbrido de Timor UFV 443-3 to coffee leaf rust into commercial genotypes. / Este trabalho teve como objetivos estudar a herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-3 a Hemileia vastatrix e identificar QTLs associados à resistência à ferrugem do cafeeiro. Para o estudo da herança, foram utilizadas 246 plantas da população F2, originadas da autofecundação controlada do F1 H 511-1, 115 plantas do retrocruzamento suscetível (RCS) e 87 do retrocruzamento resistente (RCR), derivados de cruzamentos do F1 com o genótipo Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) e o Híbrido de Timor UFV 443-3, respectivamente. Essas plantas foram inoculadas com a raça II de H. vastatrix e um isolado coletado de Coffea arabica Oeiras , de raça desconhecida, denominado patótipo 001, ambos isolados de lesões monopustulares. Para os dois patótipos, o Catuaí Amarelo UFV 2148-57 foi suscetível, enquanto que o Híbrido de Timor UFV 443-3, a F1 e as plantas do RCR foram resistentes. As plantas F2, quando inoculadas com a raça II, apresentaram duas segregações significativas pelo teste Qui-quadrado, 15:1 (P=24,92%) e 61:3 (P=87,27%). A herança da resistência foi confirmada pela inoculação das plantas do RCS que segregaram na proporção de 3:1 (P=17,83%), esperado para os dois genes, enquanto que a segregação 7:1, esperada para três genes, foi rejeitada. Estes dados sugerem que dois genes dominantes e independentes conferem a resistência desse Híbrido de Timor à raça II de H. vastatrix. Resultados semelhantes foram obtidos com o patótipo 001, onde foi observada segregação de 15:1 (P=92,13%) na F2 e de 3:1 (P=78,78%) no RCS, demonstrando, também, que dois genes dominantes e independentes controlam a resistência do Híbrido de Timor a esse outro patótipo. Para a identificação de QTLs associados à resistência do Híbrido de Timor UFV 443-3 a H. vastatrix, 286 marcadores moleculares (282 SSR e 4 RAPD) foram analisados nos parentais. Os marcadores polimórficos (21 SSR e 4 RAPD) foram utilizados para amplificar o DNA das 246 plantas F2 e construir o mapa genético. Dos 25 marcadores analisados, dois não se ligaram a nenhum dos seis grupos de ligação formados pelos 23 marcadores restantes, que cobriram 277,90 cM do genoma. Três QTLs foram identificados e designados como QTLHv1, QTLHv2 e QTLHv3, que explicaram, respectivamente, 5,94%, 5,52% e 15,92% da variação fenotípica. Os valores de LOD e distância entre as marcas e respectivos QTLs foram de 3,69 e 14 cM para o QTLHv1, 3,18 e 0,5 cM para o QTLHv2 e 10,33 e 22 cM para o QTLHv3. Este é o primeiro relato da utilização de marcadores SSR na identificação de QTLs associados à resistência do cafeeiro a H. vastatrix. Esses QTLs poderão ser utilizados na seleção assistida para a introgressão de genes de resistência do Híbrido de Timor UFV 443-3 à ferrugem nos genótipos comerciais.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294516 bytes, checksum: 2ec13b3c525f57f69aa1f3dad7a90997 (MD5) Previous issue date: 2008-07-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / QTL are statistical associations of a genomic region and the phenotypic variation between segregating populations. The variation in a quantitative trait of interest can be related with the genotype of a molecular marker if this marker is close and linked to quantitative trait loci (QTL). To identify these associations, the mapping of chromosomes 9 and 10 was conducted in a F2 population composed of 714 animals derived from Piau X Commercial (Large White Landrace X Pietrain) crosses. The population was evaluated by performance, carcass, internal organs, viscera, carcass cuts and meat quality traits. Six microsatellites loci on chromosome 9 and three microsatellites loci on chromosome 10 were studied. The loci were analyzed for genic frequency, observed heterogosity, expected heterozigosity and polymorphic information content. Linkages maps were also constructed through the CRIMAP 2.4 program for the informative markers. The orders of all microsatellite loci were in accordance with the published USDA-MARC map. However, sex average maps of chromosomes 9 and 10 were, respectively, 27.75% and 124.60% longer than the published USDA-MARC. Association analyses were performed using interval mapping by regression for QTL detection. Three significant QTL to chromosomal levels were detected on chromosome 9 for total (bone-in) loin weight (P<0.01), boneless loin weight (P<0.05) and small intestine length (P<0.05), responding, respectively, by 6.7%, 4.0% and 4.9% of phenotypic variance. Two significant QTL to chromosomal levels have been detected on chromosome 10 for higher backfat thickness on the shoulder region (P<0.05) and redness (P<0.05), both responding by 2.4% of phenotypic variance and one significant QTL to genomic level for liver weight (P<0.01) responding by 6.9% of phenotypic variance. The generated information of significant QTL will be useful for future studies dealing with fine mapping and identification of genes that could provide a better understanding of physiology and production traits of pigs. / QTL são associações estatísticas entre dados relativos a uma região genômica e a variabilidade fenotípica existente entre populações segregantes. Para identificação e avaliação dos efeitos de tais associações, foi feito o mapeamento dos cromossomos 9 e 10 de suínos pertencentes a uma população F2, oriunda do cruzamento entre as raças Piau e Comercial (Landrace X Large White X Pietrain), composta por 714 animais. A população foi avaliada em relação a características de desempenho, carcaça, órgãos e vísceras, cortes de carcaça e qualidade da carne. Foram estudados um total de 9 locos microssatélites distribuídos nos cromossomos, sendo seis localizados no cromossomo 9 e três no cromossomo 10. Os locos foram avaliados em relação à freqüência alélica, heterozigosidade observada, heterozigosidade esperada e conteúdo de informação polimórfica, sendo que aqueles considerados informativos foram utilizados na construção dos mapas de ligação, a partir do programa CRIMAP versão 2.4. A ordem dos marcadores no presente mapa foi semelhante àquela apresentada pelo mapa do USDA-MARC. No entanto, os mapas médios entre sexos dos cromossomos 9 e 10 obtidos no presente estudo possuem comprimentos superiores, respectivamente, 27,75% e 124,60% em relação aos mapas do USDA-MARC. As análises de associação foram feitas utilizando mapeamento de intervalo por regressão para detecção de QTL, com o auxílio do programa QTL EXPRESS. Foram detectados três QTL significativos ao nível cromossômico no cromossomo 9 para peso total do carré (P<0,01), peso do lombo (P<0,05) e comprimento total do intestino delgado (P<0,05), respondendo, respectivamente, por 6,7%, 4,0% e 4,9% da variação fenotípica. No cromossomo 10, foram detectados dois QTL significativos ao nível cromossômico para maior espessura de toucinho na região da copa, na linha dorso-lombar (P<0,05) e índice de vermelho (P<0,05), ambos respondendo por 2,4% da variação fenotípica, e um QTL significativo ao nível genômico para peso de fígado (P<0,01), respondendo por 6,9% da variação fenotípica. As informações dos QTL significativos encontrados servem para estudos futuros como o mapeamento fino e a identificação de genes que ajudem no melhor entendimento da fisiologia e das características de produção de suínos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 409832 bytes, checksum: ad0a607cdb6347db88136cb73c5389f8 (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This is the first genetic study on Atta robusta to investigate the genetic variability and structure in populations from Espírito Santo and Rio de Janeiro in which microsatellites specific primers were used. Twenty microsatellite primers for A. robusta were designed and eleven (55%) were polymorphic. When analyzing 80 colonies of A. robusta, the number of alleles/locus ranged from 7 to 24. The observed heterozigosity ranged from 0,27 a 0,80 in the loci analyzed, meanwhile the expected heterozigosity ranged from 0,30 to 0,83. When grouping the colonies within the two targeted populations (Espírito Santo and Rio de Janeiro), it was confirmed that they are genetically similar. In the population from Espírito Santo, the number of alleles/locus ranged from 6 to 22. The observed heterozigosity ranged from 0,22 to 0,70, while the expected heterozygosity ranged from 0,30 to 0,85. In the population from Rio de Janeiro, the number of alleles/locus ranged from 4 to 17. The observed heterozigosity ranged from 0,32 to 0,97, while the expected ranged from 0,29 to 0,81. However, when considering the colonies sampled in each of the 16 localities as a subpopulation, it was confirmed that they are highly structured. However, the UPGMA analysis did not provide accurate evidence that the formation of clades containing only colonies are geographically nearby. When considering the 80 colonies sampled, they weren&#8217;t structured and did not group colonies geographically adjacent. These results indicate that the colonies of A. robusta sampled either in Rio de Janeiro or Espírito Santo have high genetic variability and that they aren&#8217;t structured. Although, considering the endemism and the threaten to extinction of A. robusta, in order to conserve this species will be necessary the maintenance of all possible colonies in the Restinga&#8217;s region. / Este é o primeiro estudo genético realizado com Atta robusta e investigou a variabilidade genética e o nível de estruturação nas populações do Espírito Santo e Rio de Janeiro com o uso de primers microssatélites espécie-específicos. Assim, vinte primers microssatélites específicos para A. robusta foram desenhados, sendo que onze (55%) foram polimórficos. Ao se analisar 80 colônias de A. robusta, o número de alelos/loco variou de 7 a 24. A heterozigosidade observada variou de 0,27 a 0,80 nos locos analisados, enquanto a esperada variou de 0,30 a 0,83. Agrupando-se as colônias em duas populações (Espírito Santo e Rio de Janeiro), verificou-se que elas são geneticamente similares. Na população do Espírito Santo, o número de alelos/loco variou de 6 a 22. A heterozigosidade observada variou de 0,22 a 0,70 nos locos analisados, enquanto a esperada variou de 0,30 a 0,85. Na população do Rio de Janeiro, o número de alelos/loco variou de 4 a 17. A heterozigosidade observada variou de 0,32 a 0,97 nos locos analisados, enquanto a esperada variou de 0,29 a 0,81. Por outro lado, considerando-se as colônias amostradas em cada uma das 16 localidades amostradas, como uma subpopulação, verificou-se que elas estão altamente estruturadas. Apesar disto, a análise de agrupamento não evidenciou a formação de clados contendo apenas colônias de localidades geograficamente próximas. Por outro lado, quando se considerou as 80 colônias amostradas, não se verificou estruturação e nem agrupamento de colônias de acordo com a localidade de origem das mesmas. Em conclusão, os resultados obtidos indicam que as colônias amostradas, tanto no Rio de Janeiro como no Espírito Santo, apresentam alta variabilidade genética e que as mesmas não estão estruturadas. Entretanto, considerando-se o endemismo e a ameaça à extinção de A. robusta, para conservá-la será necessário a manutenção do maior número possível de colônias nas regiões de restinga destes dois Estados.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 640697 bytes, checksum: d31b0368a1a2b34e484521158593590b (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The growing worldwide search for renewable energy sources has directed several studies with oleaginous species, aiming biodiesel production. Among the many native species with potential for oil production, the macaw palm (Areceaceae: Acrocomia aculeate (Jacq.) Lood. Ex Mart.)) stands out for its great yield potential and lower demand for water, and the perspective for generating for employment and income. This study aimed to investigate the genetic structure and the phylogeography patterns of Acrocomia aculeata populations on Minas Gerais and São Paulo states. The studies were performed from 64 palm trees sampling distributed in natural occurrence sites of the species, and eight individuals of a Active Germplasm Bank from palm trees sampled in different states. The 64 palm trees were genotyped through five microsatellites markers (SSR) and 11 ISSR markers, and we performed the sequencing of the ITS region of the RNA ribossomal nuclear genes, and the trnT-trnL cpDNA spacer of all individuals. The high value of fixation index found indicate that species has a mixed mating system. Cluster analyses and AMOVA revealed that there is a degree of genetic structure, in relation of the collection points, but the most of genetic variability is inside the groups formed a priori. Despite appearing to harbor polymorphic sites, was not possible to perform the full alignment of the trnT-trnL spacer sequences. The sequencing of the ITS region generated a 667 bp fragment, harboring 4 polymorphic sites that differed 4 haplotypes. The low level of polymorphism found suggests that occupation of the area by A. aculeata were recent. Two individuals located on Northeast region and two individuals located on southwestern of the Mato Grosso do Sul state harboring half of the haplotypic variability found. Although AMOVA to indicate that sampling within groups is more appropriated for the sampled area, the generated data by ITS sequences indicate the sampling in other regions, such as Mato Grosso do Sul state and Northeast region, may reveal significant levels of genetic variability. / A crescente procura mundial por fontes de energia renovável têm direcionado vários estudos com espécies oleaginosas, visando à produção de biodiesel. Dentre as várias espécies nativas com potencial para a produção de óleo, a macaúba (Arecaceae: Acrocomia aculeata (Jacq.) Lood. ex Mart.)) se destaca por seu grande potencial produtivo e menor demanda por água, além da perspectiva por geração de emprego e renda. Este trabalho teve por objetivo investigar a estrutura genética e os padrões filogeográficos de populações de Acrocomia aculeata, distribuídas nos Estados de Minas Gerais e São Paulo. Os estudos foram realizados a partir da amostragem de 64 palmeiras distribuídas em sítios naturais de ocorrência da espécie, e por oito indivíduos de um Banco Ativo de Germoplasma, provenientes de palmeiras amostradas em diferentes estados. As 64 palmeiras foram genotipadas através de cinco marcas microssatélites (SSR) e 11 marcas ISSR, e foi realizado o sequenciamento da região ITS dos genes nucleares de RNA ribossomal, e do espaçador trnT-trnL de cpDNA de todos indivíduos. Os altos valores de índice de fixação encontrados indicam que a espécie possui sistema reprodutivo misto. Análises de agrupamento e AMOVA revelaram que existe um certo nível de estruturação genética, com relação aos locais de coleta, mas que a maior parte da variabilidade genética está dentro de grupos formados a priori. Apesar de aparentar abrigar sítios polimórficos, não foi possível realizar o completo alinhamento das sequências do espaçador trnT-trnL. O sequenciamento da região ITS gerou um fragmento de 667 bp, abrigando 4 sítios polimórficos, que diferenciaram 4 haplótipos. O baixo nível de polimorfismo encontrado sugere que a ocupação da área por A. aculeata foi recente. Dois indivíduos localizados na região Nordeste e dois indivíduos localizados no sudoeste do Mato Grosso do Sul abrigaram metade da variabilidade haplotípica encontrada. Apesar de AMOVA indicar que a amostragem dentro de grupos é a mais indicada para a região amostrada, os dados gerados pelas sequencias ITS indicam que a amostragem em outras regiões, como Mato Grosso do Sul e região Nordeste, podem revelar níveis significativos de variabilidade genética.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 556442 bytes, checksum: 83f1236169675934d178ce9bc6f855fb (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genetic variability of 66 colonies of Partamona helleri collected in five locations of Minas Gerais state was estimated using ten microsatellites loci. Low levels of polymorphism were detected, getting 40% of polymorphic loci and 1,5 alleles/Iocus. The expected average heterozygosity for all the analyzed colonies was 0.180 and the observed average heterozygosity was 0.107. The analyzed subpopulations were well structured, with significant genetic variation (FST = 0.552). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 81.23% of the total genetic variability is explained by variation among populations, what confirms the structure observed. The grouping analysis of the colonies, did not reveal the formation of groups corresponding to their geographic origin. However, when grouping colonies according to localities, it was verified that the population of Viçosa was more genetically different from the others, and that populations of São Miguel do Anta, Teixeiras and Porto Firme were closer to that collected in Rio Vermelho, than to population of Viçosa, although Rio Vermelho was geographically more distant. More detailed studies, analyzing a larger number of colonies and using microsatellites primers specific for P. helleri, must be carried out in order to supply more conclusive information about the genetic variability of these bees. / A variabilidade genética de 66 colônias de Partamona helleri coletadas em cinco localidades do Estado de Minas Gerais foi estimada utilizando dez locos microssatélites. Baixos níveis de polimorfismos foram detectados, obtendo-se 40% de locos polimórficos e 1,5 alelos/loco. A heterozigosidade média esperada para todas as colônias analisadas foi 0,180 e a heterozigosidade média observada foi de 0,107. As subpopulações analisadas apresentaram forte estruturação, com significativa diferenciação genética (FST = 0,552). A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que 81,23% da variabilidade genética total é explicada pela variação existente entre as populações, o que confirma a forte estruturação detectada. A análise de agrupamento de todas as colônias em conjunto, não revelou a formação de grupos correspondentes à origem geográfica das mesmas. Porém, ao agrupar as colônias por localidade, verificou-se que a população de Viçosa mostrou-se mais geneticamente diferente das demais, e que as populações de São Miguel do Anta, Teixeiras e Porto Firme mostraram-se geneticamente mais próximas daquela coletada em Rio Vermelho, do que da população de Viçosa, apesar de ser geograficamente mais distante. Estudos mais detalhados, analisando um maior número de colônias e utilizando primers microssatélites específicos para P. helleri, devem ser realizados a fim de fornecerem dados mais conclusivos sobre a variabilidade genética destas abelhas.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_angela_rohr.pdf: 1097467 bytes, checksum: 6a58273c690b74d83e088521e72f61ff (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / The potato is the third major food crop in the world and is one of the most sensitive species to water deficit. Given the climate change scenario, the cultivation of potatoe is highly threatened, and it is urgent the need to develop varieties adapted to this demand. This work was developed aiming to characterize the genetic structure of the potato germplasm from Embrapa breeding program and to evaluate the response of potato genotypes to water deficit in two growing seasons. To evaluate the genetic structure from potato germplasm, 131 genotypes were characterized with seven SSR loci. The results showed that although the evaluated germplasm has shown a wide and unstructured genetic variability, there is a trend of narrowing the genetic base that is actually being used by the breeding program. To evaluate the response of potato genotypes to drought stress, 12 genotypes were evaluated in two seasons, spring and fall, in hydroponic culture using polyethyleneglycol to simulate a water deficit of -0.129 MPa. The genotypes were evaluated with respect to various morphological and agronomic characters, such as root and shoot dry weight as well as number of tubers produced per plant. Based on the results of this work can be seen that the potato genotypes respond differently to drought stress depending on the growing season that it is cultivated, if spring or fall. It was also found that the negative effect of drought stress in tuber development and yield is more pronounced in spring season than in autumn. / A batata é o terceiro principal alimento no mundo e é um dos cultivos mais sensíveis ao déficit hídrico. Diante do cenário de mudanças climáticas o cultivo de batata está fortemente ameaçado, sendo urgente a necessidade de desenvolver variedades adaptadas a essa demanda. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar a estrutura genética do germoplasma usado pelo programa de melhoramento da Embrapa e avaliar a resposta de genótipos de batata submetidos ao déficit hídrico em duas épocas de cultivo. O primeiro trabalho, para caracterizar a estrutura genética do germoplasma do programa de melhoramento de batata da Embrapa foi caracterizado 131 genótipos com sete loci SSR. Como resultado, embora o germoplasma avaliado tenha mostrado uma ampla variabilidade genética e não estruturada, há uma tendência de estreitamento da base genética que está efetivamente sendo utilizada pelo programa. No segundo trabalho, com o objetivo de verificar a resposta de genótipos de batata ao estresse hídrico foram avaliados doze genótipos, em duas épocas, primavera e outono, em cultivo hidropônico com o uso de polietilenoglicol simulando um déficit hídrico -0,129 Megapascal (MPa). Durante o experimento foram mensurados vários caracteres morfo-agronômicos, como a massa seca de raiz e de parte aérea e o número e massa seca de tubérculos produzidos por planta. Com base nos resultados obtidos foi constatado que os genótipos de batata respondem diferencialmente ao estresse hídrico dependendo da época de cultivo, se primavera ou outono. Também foi observado que o estresse hídrico provoca um efeito negativo no desenvolvimento e produção de tubérculos sendo que esse efeito é mais pronunciado no cultivo de primavera do que no outono.

Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-09T20:11:53Z No. of bitstreams: 1 Tese_Rauvolfia_fevereiro.docx: 18767443 bytes, checksum: fc0f2b02da8b3988cbb195215ad93e3c (MD5) / Rejected by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 1: Seu arquivo está em Word. O arquivo deve estar obrigatoriamente em formato PDF para submissão no Repositório. Assim que efetuar essa correção, submeta o arquivo em PDF novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-05-11T17:00:35Z (GMT) / Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-11T18:26:13Z No. of bitstreams: 1 Tese_JVidal.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) / Approved for entry into archive by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br) on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste estudo, nós desenvolvemos marcadores moleculares e aplicamos abordagens integrativas em filogeografia e ecologia para investigar e descrever a história biogeográfica das chapadas da região oeste do Cerrado brasileiro. Utilizando como modelo duas espécies do gênero Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. e Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., típicas destes ambientes, nós desenvolvemos um conjunto de marcadores nucleares microssatélites e sequenciamos espaçadores de cloroplasto, com os quais estimamos métricas de diversidade genética e estruturação populacional. A partir destes dados, nós reconstruímos relações filogenéticas entre as linhagens, estimamos tempos de divergência e realizamos simulações demográficas e modelos de distribuição, com o intuito de testar possíveis cenários biogeográficos. Em sequência, nós desenvolvemos modelos de distribuição potencial em escala de comunidade e análises espaciais, para estimar o impacto relativo das flutuações climáticas do Pleistoceno sobre o endemismo no Cerrado, quando comparadas a outros processos. Os resultados estão apresentados em três capítulos. No primeiro, intitulado “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, nós descrevemos o desenvolvimento de uma biblioteca de microssatélites específica para R. weddelliana e testamos sua transferabilidade para a espécie R. gracilis. Nós isolamos dez marcadores transferíveis, com alto conteúdo de polimorfismos que podem agora ser aplicados em estudos genéticos para o grupo, e também demonstramos a diploidia das espécies através do padrão de bandas de cada lócus. No segundo capítulo, intitulado “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, nós aplicamos estes marcadores em conjunto com espaçadores de cloroplasto para testar, através de análises demográficas e modelos de nicho, os impactos das flutuações climáticas nas populações de R. weddelliana e R. gracilis. Nossas análises recuperaram duas linhagens com origem anterior ao Pleistoceno, coincidindo com o soerguimento do Planalto Central Brasileiro, que sofreram retração interglacial durante o Pleistoceno. Apesar de nossos modelos de distribuição terem apresentado resultado contrário a retração interglacial, eles recuperaram a mesma divergência norte-sul, também anterior ao último eventos de glaciação. Estes resultados sugerem que as savanas dos planaltos do oeste do Cerrado provavelmente configuram refúgios interglaciais. No terceiro capítulo, nós testamos este padrão, descrevendo a estabilidade relativa de chapadas e vales e modelando as distribuições potenciais de espécies típicas destes ambientes. Este trabalho contribui para a discussão sobre os impactos do clima do Pleistoceno e dos processos geológicos do Mioceno na diversificação do complexo domínio dos Cerrados. / In this study, we developed molecular markers and applied integrative approaches in phylogeography and ecology to investigate and describe the biogeographic history of the plateaus of the west region of the Cerrado in Brazil. Using as models two species of the genus Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., typical from these habits, we developed a set of nuclear microsatellite markers and sequenced chloroplast spacers, which we used to estimate metrics of genetic diversity and population structure. From this data, we reconstructed phylogenetic relationships between lineages, estimated divergence times and conducted demographic simulations and distribution models, intending to test possible biogeographic scenarios. In sequence, we also developed community wise models of potential distribution and conducted spatial analysis to estimate the relative impact of climatic shifts of the Pleistocene on the endemism of the Cerrado, when compared to other processes. Our results are presented in three chapters. In the first, entitled “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, we describe the development of a specific microsatellite library to R. weddelliana and tested its transferability to the species R. gracilis . We isolated ten transferable markers with high polymorphism content that may now be applied to genetics studies on the group, and also demonstrated the diploidy for these species though the patterns of bands for each locus. In the second chapter, entitled “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, we applied these markers, along with sequences of chloroplast spacers to test, with demographic analysis and niche models, the impacts of the climatic fluctuations on the populations of R. weddelliana and R. gracilis . Our analysis recovered two lineages with origin prior to Pleistocene, coinciding with the Brazilian Central Plateau uplift. These lineages underwent interglacial retractions along the Pleistocene. Despite distribution models presented results that are contrary to the interglacial retraction, they recovered the same north-south divergence, also predating the Last Glacial Maximum. These results suggest that the savannas in the plateaus of the western Cerrado are potentially configuring interglacial refugia. In the third chapter, we tested this pattern, by describing the relative stability of plateaus and valleys and modelling the potential distributions of species typical from these environments. This study contributes to the discussions about the impacts of the Pleistocene climate and the geological processes of the Miocene on the diversification the complex Cerrado domain.