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401

Invasion, démographie et évolution : le cas de l'hybridation

Bermond, Gérald 16 December 2013 (has links) (PDF)
Cette thèse s'inscrit dans le contexte de la biologie de l'invasion de la chrysomèle des racines du maïs, Diabrotica virgifera virgifera (Dvv), en Europe. Les introductions multiples de cette peste sur le vieux continent à partir des années 1990 et en provenance des États-Unis ont conduit à la formation de plusieurs foyers envahissants dont deux principaux, différenciés génétiquement et situés en Italie du Nord-Ouest (Italie NO) et en Europe Centrale et du Sud-Est (Europe CSE). Ces deux foyers sont entrés en contact en 2008, en Italie du Nord, dans la région de la Vénétie. L'objectif principal de ces trois années de recherche était de détecter, d'étudier et de documenter un cas précis d'hybridation au cours d'une invasion biologique. Dans un premier temps, j'ai montré que la zone de contact détectée en Vénétie résultait bien en une zone hybride. Pour cela plusieurs types d'analyses de génétique des populations ont été réalisés à l'aide de marqueurs micro-satellites. Dans un second temps, j'ai exploité cette zone hybride et utilisé la théorie des clines neutres et le déséquilibre de liaison pour estimer la dispersion (σ) de Dvv en Italie du Nord aux alentours de 20 km.génération−1/2. Enfin j'ai montré l'absence d'impact de l'hybridation au cours de l'invasion européenne de Dvv in natura, en mesurant sur des génotypes hybrides et parentaux, de nombreux traits phénotypiques positivement liés à la fitness des individus. Ainsi, une sélection ou contre sélection des hybrides est à exclure dans ce cas précis d'hybridation et la dynamique de l'invasion de cette peste en Europe ne devrait être affectée en aucune façon.
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Investigation of the utilization of microsatellites for fingerprinting in three endangered southern African crane species.

Moodley, Eshia Stephany. January 2006 (has links)
Cranes are large elegant birds that occur on all continents of the world except for South America and Antarctica. Of the fifteen species of crane worldwide, three predominantly occur in southern Africa; the Wattled crane (Bugeranus carunculatus), the Blue crane (Anthropoides paradisea) and the Crowned crane (Balearica regulorum). Crane numbers throughout the world are diminishing, mostly because of the destruction of their habitat and illegal bird trading. Efforts are underway to prevent species extinction, legally and through the compilation of a studbook that contains descriptions of physical attributes, ownership, location and possible kinships of birds in captivity . This investigation, first of its kind, WdS undertaken to assess whether twelve published and unpublished microsatellite primers developed for the related Whooping crane and Red-Crowned crane could be used to fingerprint the southern African crane species using cost effective polyacrylamide gel electrophoresis. The results obtained were then used to determine the extent of genetic variation within species and distance between species. All primer sets amplified heterologous microsatellite loci in the three crane species, however, the unpublished primers produced poorly defined fingerprints even after extensive optimization. Of the twelve microsatellite loci investigated, the Blue crane and the Wattled crane revealed a high level of polymorphism. The Blue crane displayed 76% polymorphism and the Wattled crane 92%. In contrast, for the Crowned crane, that belongs to a different subfamily, Balearicinae, only 50% of the loci were polymorphic. The alleles displayed sizes similar to that of the species for which the primers were developed. Little variation in size, less than 10 bp, was noted for the different alleles of the polymorphic loci. The number of alleles, on the other hand, at each of the polymorphic loci was found to be low. The frequency of the most prevalent allele at most of the loci was generally reasonably high. These results therefore suggest that these primer sets are not suitable for individual identification and differentiation using polyacrylamide gel electrophoresis. Xll The observed heterozygosity of the three crane species was low; 12% in Blue crane; 7% in Crowned crane; and 13% in Wattled crane. Nei's identity further confirmed the high similarity between individuals; 66-100% for Blue crane; 55-100% for Crowned crane and 41-95% for Wattled crane. This low genetic variation is attributed to possible relatedness between birds supplied by aviculturists whom have a limited number of birds in captivity. A Hardy-Weinberg test for equilibrium revealed that most of the microsatellite loci displayed a deficiency of heterozygotes, while a few loci displayed an excess of heterozygotes. In general, the Hardy Weinberg test of equilibrium supported the notion that the individuals within each of the species might have been related. Differentiation between the three crane species ranged from 3-5%, with Blue and Wattled crane displaying a higher degree of genetic similarity when compared to the Crowned crane, known to be the oldest extant crane species. The limited allelic variation within the microsatellite loci tested, as well as the extensive genetic similarity between individuals suggests that a wide-ranging search for additional microsatellite loci that are more polymorphic and contain a larger number of alleles should be undertaken for the southern African crane species. / Thesis (M.Sc.)-University of KwaZulu-Natal, Pietermaritzburg, 2006.
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Individual identification and parentage analysis of Struthio camelus (ostrich) using microsatellite markers.

Essa, Fatima. January 2005 (has links)
Ostrich (Struthio camelus) breeding is a well-developed industry in South Africa. However, successful genetic management has yet to be implemented. Parentage in colony breeding ostriches is unknown, where for a given offspring, a number of possible parents exist. Molecular markers have been extensively used in the livestock industry to resolve parentage issues and are only beginning to be utilized to address the issues of the ostrich industry. The aims of this investigation were to test known microsatellite markers developed for other ostrich subspecies in a South African Black ostrich population, and to further test these markers for their use in individual and parentage identification. DNA was extracted from venous blood obtained from two pair bred families and a colony of 97 individuals. Eleven polymorphic microsatellite markers were tested by PCR amplification of DNA samples followed by multiplexing on polyacrylamide gels to generate DNA fingerprints for each individual. Alleles were sized and quantified and used to create genotypes for each individual. Parentage analysis was performed using exclusion and likelihood methods. Pedigrees were constructed for the families by comparison of genotypes. Breeding statistics were calculated for the colony individuals. Three microsatellite markers did not amplify in this population and one marker was found to be monomorphic in this population. Four of the microsatellite markers that successfully amplified produced anonymous amplification products suggesting a second annealing site in the genome sequence of Blacks. All loci displayed low observed heterozygosities indicative of little genetic variation in this population. For the colony sample, four individuals were not assigned either parent and one female did not contribute any offspring. On average females produced 4.86 ± 2.71 fertile eggs during the sampling period with a coefficient of variation of 55.86%. A total of 79.2% of individuals were assigned paternity and 88.3% were assigned maternity. A greater number of loci are required to improve the power of parentage analysis within breeding flocks incorporating all eggs laid. / Thesis (M.Sc.)-University of KwaZulu-Natal, Pietermaritzburg, 2005.
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Analyse de la diversité moléculaire de populations d'abeilles de la lignée ouest-méditerranéenne (Apis mellifera mellifera) dans le but de la conservation

Bertrand, Bénédicte 28 June 2013 (has links) (PDF)
L'abeille mellifère (Apis mellifera, L.) est divisée en quatre lignées évolutives (M : Ouest-Méditerranéenne, A : Africaine, C : Nord-Méditerranéenne et O : Orientale), elles-mêmes divisées en au moins 26 sous-espèces. Ces lignées et sous-espèces Sont caractérisées par une très forte structuration géographique. Cette structure est le fruit de milliers d'années d'évolution (depuis les dernières glaciations jusqu'à nos jours).Parmi les différentes sous-espèces, on distingue notamment Apis mellifera mellifera (A. m. mellifera), également connue sous le nom de " Abeille noire ". Cette sous-espèce est naturellement présente en France et en Europe du Nord.Pour diverses raisons, des sous-espèces non locales, appartenant en particulier à la lignée C sont importées depuis les années 60 en France.Ces importations, souvent massives, ont tendance à déstructurer la répartition géographique de l'espèce et pourraient mener à une perte de la sous-espèce locale et de ses caractéristiques spécifiques.Des conservatoires d'A. m. mellifera, gérés par des associations d'apiculteurs, ont progressivement vu le jour en Europe, pour limiter les effets des importations. Toutefois, aucun " cahier des charges ", couplant l'aspect scientifique de la conservation avec l'apiculture, n'a encore été émis.La présente thèse a donc permis, par l'étude de congrégation de mâles d'abeilles, de caractériser et valider des conservatoires Européens.Un protocole, quant à la mise en place et au suivi scientifique ainsi qu'apicole de ces conservatoires a été proposé.Enfin, une étude préliminaire du fonctionnement reproducteur d'une population d'abeilles a été menée en Ile-de-France. Cette étude a été entreprise dans le but d'apporter de nouvelles informations pour les programmes de conservation de l'espèce et de l'Abeille noire.Il ressort de cette thèse que la majorité des conservatoires étudiés présentent un niveau d'introgression (par la lignée Nord-Méditerranéenne) suffisamment faible et une diversité génétique suffisante pour être acceptés comme conservatoires. Il faut cependant maintenir le faible niveau d'introgression, d'une part, et, d'autre part, la diversité génétique suffisante, ces critères étant indispensable pour tout conservatoire d'A. m. mellifera.Il apparait également que l'isolement géographique n'est pas obligatoire, voire même non recommandé, pour l'établissement d'un conservatoire. Mais, il est important de caractériser l'ensemble des populations situées autour des zones conservatoires. Cette caractérisation a, en effet, pour but d'estimer et de limiter les risques d'introgression par des colonies non locales.Plusieurs hypothèses émises au cours de cette analyse réfuteraient les conclusions proposées dans des études précédemment réalisées sur l'espèce A. mellifera.En effet, il semblerait que les " faux bourdons " ne se rendent pas à la congrégation de mâles la plus proche. Toutefois, une étude plus approfondie du comportement reproducteur doit être réalisée afin de valider ou d'infirmer cette hypothèse.Enfin, des essaims naturels pourraient être présents dans la région Ile-de-France. Ces essaims étaient considérer comme complètement disparus, à cause de l'invasion du parasite Varroa destructor en Europe. Cette nouvelle hypothèse doit cependant être confirmée par d'autres analyses plus approfondie. La présence de ces essaims naturels serait très encourageante pour la conservation d'A. m. mellifera, mais également de l'espèce en générale.
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Étude de l'impact des microARNs sur la carcinogenèse des cancers colorectaux instables sur les séquences répétées microsatellites du génome

El-Murr, Nizar 19 February 2014 (has links) (PDF)
La progression tumorale MSI (Microsatellite Instable) est un processus multi-étapes résultant de mutations générées par un processus d'instabilité génétique qui affecte en majorité les motifs répétés en tandem de l'ADN (microsatellites). Ces mutations contribuent à l'oncogenèse lorsqu'elles perturbent la fonction d'oncogènes ou de gènes suppresseurs de tumeurs. Le trait phénotypique MSI est consécutif à l'inactivation du système de réparation des mésappariements de l'ADN (système MMR). Dans ce travail, je me suis intéressé au rôle des microARNs dans l'oncogenèse MSI. Les microARNs régulent l'expression de nombreux gènes pouvant avoir un rôle clé dans le cancer. J'ai donc fait l'hypothèse d'un rôle de ces microARNs lors des différentes étapes du processus tumorigénique MSI. Tout d'abord nous avons mis en évidence une surexpression du miR-155 (ciblant les principales protéines MMR) au niveau de la muqueuse colique non transformée des malades atteints d'une Maladie Inflammatoire Chronique Intestinale, qui pourrait constituer un évènement pré-tumoral favorisant l'émergence de clones MMR-déficients (notion d'effet de champs). Dans une deuxième partie, nous avons pu identifier la première mutation somatique touchant un microARN. Il s'agit du miR-3613 dont la répétition microsatellite est entièrement localisée dans le miR mature. L'instabilité au niveau de ce miR conduit à des changements de séquence à l'extrémité 3' du miR (notion d'IsomiRs). Les isomiRs produits ont un répertoire de cibles qui pour certaines sont communes à la forme sauvage et pour d'autres spécifiques à chacun des variants.
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Les populations invasives de rongeurs en milieu agricole : une étude menée dans des cultures de grande échelle, les plantations de palmiers à huile en Indonésie : Approche paysagère, génétique et écotoxicologique

Andru, Julie 21 December 2012 (has links) (PDF)
Les perturbations environnementales d'origine anthropique favorisent l'établissement de populations invasives. La gestion de ces populations est primordiale pour la santé publique (zoonose, famine), l'environnent (perte de biodiversité), et l'économie (dégâts). L'objectif de cette thèse pluridisciplinaire, menée en conditions naturelles, est d'améliorer les connaissances sur les populations invasives de rongeurs dans des paysages agricoles à grande échelle et d'appréhender les mécanismes d'adaptation qui favorisent une réponse positive aux pressions anthropiques. Les résultats montrent que (1) le rat endémique Rattus tiomanicus, dont la présence est associée à la typologie de l'habitat naturel, et le rat introduit Rattus tanezumi-R3, dont la présence est associée aux activités humaines, constituent les populations invasives des plantations de palmier à huile en Indonésie; (2) leur distribution géographique clinale est probablement contemporaine à l'anthropisation des milieux, et suppose une compétition inter-spécifique; (3) ces grandes populations sont spatialement continues avec un flux génique limité par la distance géographique (caractérisées par un patron d'isolement par la distance) et potentiellement influencé par les transports routiers; (4) R. tanezumi-R3 possède une forte résistance physiologique aux raticides AVK, dont l'origine n'est pas associée à une mutation génétique de la molécule cible mais probablement liée aux enzymes du métabolisme. Ces travaux soulignent des stratégies d'adaptations comportementales et physiologiques des populations invasives de rongeurs en milieux agricoles et procurent des bases pour l'élaboration de stratégies de lutte adaptée
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Distribution and evolution of short sequence tandem repeats in eukariotic genomes

Ledda, Alice 06 May 2011 (has links)
Els microsat el lits s on seq u encies d'ADN formades per repeticions en t andem de motius curts. Les curtes seq u encies repetides en t andem s on ubiq ues en els genomes dels eucariotes, tant en les regions codi cants com en les regions no codi cants. Aquestes seq u encies tenen un nivell molt elevat de polimor sme i de diverg encia interespec ca. Hem investigat si les dades obtingudes mitjan cant la seq uenciaci o de nova generaci o del Projecte Pilot dels 1000 Genomes s on utils per quanti car la variabilitat dels microsat el lits en les poblacions humanes i per descobrir nous loci hipot eticament implicats en malalties causades per l'expansi o de repeticions de trinucle otids. Hem analitzat la conservaci o ologen etica dels microsat el lits per entendre el rol que juga la selecci o en l'evoluci o dels microsat el lits. El primer estudi conclou que en els llinatges dels vertebrats, les repeticions en t andem d'amino acids estan m es conservades que altres seq u encies similars localitzades a les regions no codi cants. Aix o ens porta a concloure que l'evoluci o ha mantingut les repeticions a les regions codi cants de les prote nes. En una segona fase hem analitzat la conservaci o dels microsat el lits en diferents regions gen omiques, comparant-les amb la conservaci o dels microsat el lits a les regions interg eniques. Concloem que la selecci o no mant e nom es els microsat el lits als exons, sin o que tamb e a altres regions gen omiques. / Microsatellites are DNA sequences formed by tandem repetition of short motifs. Short sequence tandem repeats are ubiquitous in eukaryotic genomes both in coding and non-coding regions. They show a very high level of polymophism and interspeci c divergence. We investigated the use of next generation sequencing data, from the 1000 Genomes Pilot Prjects, to quantify microsatellite variability in the human population and discover putative new loci involved in trinucleotide repeat expansion diseases. We analysed microsatellites phylogenetic conservation to learn about the role of selection in shaping microsatellite evolution. The rst study con- cluded that in vertebrate lineages amino acid tandem repeats were more conserved than similar sequences located in non-coding regions. This lead us to the conclusion that evolution was preserving repeats in protein-coding regions. In a second stage we analzed the conservation of microsatellites in di erent genomic regions, comparing them with the of microsatellite in inter- genic region. We concluded that selection was not preserving microsatellites only in exons but also in other genomic regions. 1
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Variabilidade genética e verificação de paternidade da colônia cativa do mico-leão-preto (Leontopithecus chrysopygus) (Primates, Callithricidae) utilizando marcadores microssatélites

Ayala Burbano, Paola Andrea 03 June 2015 (has links)
Submitted by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-08-01T19:59:42Z No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-08-01T19:59:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-08-01T20:00:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-01T20:00:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPAAB.pdf: 4100356 bytes, checksum: 348f90d1cf3911093faeec744c33f884 (MD5) Previous issue date: 2015-06-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The main goal of any captive breeding program consists is maximizing the conservation of genetic diversity. Groups kept in captivity are particularly susceptible to the loss of genetic diversity, inbreeding depression and adaptation to captivity, due to their small size. The genetic characterization of wild and captive populations is an important tool both to minimize these impacts and for the conservation of these species, since it enables the development of management strategies aimed at maintenance of genetic diversity. In this context, the main objective of the study was to evaluate genetic variability and paternity for animals of black lion tamarin from Centro de Primatología do Rio de Janeiro, Fundacão Parque Zoológico de Sao Paulo, Parque Ecológico de Sao Carlos and 14 specimen belonging to the Durrell Conservation Trust in England using 15 microsatellite loci. The results of the allelic richness and expected heterozygosity showed similar values of alleles numbers and heterozygosity when compared with other species of Callitrichidae. Factorial correspondence analysis (FCA) showed greater homogeneity among captive animals than wild animals from Capão Bonito. The captive groups showed no differentiation among them and high differentiation from the wild Capão Bonito population. The data obtained herein are fundamental to increase the knowledge in genetic aspects of tamarins and support breeding programs to prevent loss of genetic diversity and inbreeding. / Maximizar a conservação da diversidade genética é um dos principais objetivos de qualquer programa de reprodução em cativeiro. Por serem de pequeno tamanho, grupos mantidos em cativeiro são particularmente suscetíveis à perda de diversidade genética, depressão endogâmica e adaptação ao cativeiro. Na tentativa de minimizar tais impactos, a caracterização genética de populações de vida livre e de cativeiro, torna-se uma importante ferramenta para a conservação destas espécies, uma vez que possibilita o desenvolvimento de estratégias de manejo que visem à manutenção de níveis adequados de diversidade genética. Neste contexto o objetivo principal deste trabalho foi avaliar através de 15 loci microssatélites, os níveis de variabilidade genética e paternidade dos animais mantidos em cativeiro no Brasil, no Centro de Primatologia do Rio de Janeiro, Fundação Parque Zoológico de São Paulo, Parque Ecológico de São Carlos e 14 espécimenes que faziam parte do Durrell Conservation Trust na Inglaterra. Os resultados referentes à riqueza alélica e heterozigosidade esperada mostraram que há uma representação similar nos valores de alelos e heterozigosidade quando comparado com outras espécies de Calitriquídeos. A análise de correspondência fatorial (FCA) mostrou que os grupos em cativeiro do Brasil apresentaram maior homogeneidade, quando comparados a um grupo de vida livre proveniente da região de Capão Bonito (São Paulo) e aos 14 indivíduos que representam ao grupo em cativeiro do zoológico de Durrell. O alto grau de parentesco entre os animais em cativeiro evidencia baixa diferenciação entre os grupos pertencentes às diferentes instituições brasileiras estudadas. Os grupos de cativeiro do Brasil, no entanto, mostraram-se divergentes dos animais de Capão Bonito. As informações obtidas neste trabalho são fundamentais para aumentar o conhecimento sob aspectos genéticos dos micos-leões-pretos e subsidiar planos de reprodução assistida que visem minimizar a perda de diversidade genética e a endogamia.
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Étude des conséquences génomiques et fonctionnelles de l'instabilité des microsatellites dans le cancer colorectal / Study of the genomic and functional consequences of microsatellite instability in colorectal cancer

Greene, Malorie 28 November 2017 (has links)
L’instabilité des séquences répétées microsatellites du génome (courtes répétitions en tandem d’un à cinq nucléotides) est une conséquence de l’inactivation du système MMR (MisMatch Repair), en charge de la réparation des erreurs produites au cours de la réplication de l’ADN. Cette instabilité est associée à un processus de transformation cellulaire original, observé chez l’homme dans des pathologies tumorales fréquentes, nommées MSI (pour Microsatellite Instability). Les localisations primaires les plus fréquentes de ces tumeurs sont le côlon, l’endomètre et l’estomac. Elles peuvent avoir une origine héréditaire (prédisposition familiale ; syndrome de Lynch et apparentés), mais sont dans la majorité des cas de survenue sporadique. La transformation des cellules MMR-déficientes s’observe dans le contexte de l’accumulation de nombreuses mutations somatiques dans l’ADN tumoral. Certaines ont un caractère oncogénique en favorisant la troncature et la perte de fonction de gènes suppresseurs de tumeur ou apparentés, impliqués dans des voies de signalisations diverses et qui contiennent des microsatellites codants (mutations indels d’une à deux paires de base, décalant le cadre de lecture, fréquemment rapportées dans ces tumeurs). Les travaux présentés dans le cadre de mon doctorat visent à mieux comprendre le rôle de l’instabilité microsatellitaire dans la tumorigenèse MSI. Ils s’inscrivent dans le contexte du décryptage et de l’analyse des données de séquençage d’exome de 47 cancers colorectaux primitifs MSI. Dans le contexte d’un niveau élevé d’instabilité génomique caractérisant ces tumeurs, la mise au point par mon laboratoire d’accueil de modèles probabilistes a permis de dresser une liste restreinte de gènes, remarquables par le fait qu’ils sont affectés par des mutations somatiques dont les fréquences sont exceptionnellement élevées ou basses dans l’ADN tumoral. Sous l’hypothèse que de tels évènements somatiques affectent des gènes clés de la tumorigenèse MSI colique, j’ai focalisé mes recherches sur les gènes dont les altérations sont peu fréquentes. Brièvement, j’ai pu démontrer le caractère délétère d’un petit nombre d’altérations microsatellitaires codantes dont la survenue semble soumise à une pression de sélection négative (N=13). Mes résultats indiquent que ces mutations semblent fragiliser le phénotype tumoral des cellules dans lesquelles elles surviennent, la perte de fonction des gènes qu’elles affectent conduisant à diverses conséquences délétères en fonction du gène candidat (e.g. sensibilisation à la mort cellulaire, perte des capacités proliférative et migratoire, ralentissement de la croissance tumorale). Ces résultats rapportent pour la première fois et à grande échelle, la sélection négative de mutations dans des tumeurs à forte instabilité génomique MSI. Ils ouvrent de nouvelles voies pour la compréhension de ce mode particulier de transformation cellulaire, et sont potentiellement d’intérêt pour la mise au point de thérapies personnalisées pour les patients. / Since the discovery of a link between mismatch repair (MMR) deficiency and cancer, microsatellite instability (MSI) is thought as a process underlying cell transformation and tumour progression and invasion. MSI tumours are a subset of frequent human neoplasms, both inherited and sporadic, associated with several primary locations (colon, stomach, endometrium…). In MMR-deficient cells, MSI generates hundreds of frameshift mutations in genes (MSI Target Genes, MSI-TGs) containing coding microsatellite sequences (e.g. -1/+1 bp, insertions/deletions, i.e. indels). Some of these mutations affect genes with a role in human carcinogenesis and are thus expected to promote the MSI-driven tumorigenic process. During my PhD, I aimed to decipher the role of MSI in colon tumorigenesis. I exploited exome-sequencing data available in my lab that were generated from the analysis of a series of 47 human MSI primary colorectal cancer (CRC). Through biostatistics analysis and mathematical models that we designed to interpret mutation rates in the context of the high background for instability characterizing MSI in CRC, we identified a few microsatellites containing genes coding mutations that were negatively selected in MSI colon tumours (N=13). Under the hypothesis that these events may have a negative impact in colon tumorigenesis, I demonstrated that the silencing of these MSI target genes (siRNA/shRNA) was deleterious for MSI cancer cells using in vitro and in vivo models (impairment of proliferation and/or migration and/or response to chemotherapy and/or tumour growth) (Jonchère*, Marisa*, Greene* et al., submitted).
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Caracterização da estrutura genética de populações residentes e migradoras da espécie Salminus brasiliensis da Bacia do rio Mogi-Guaçu

Rossini, Bruno César 24 November 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3339.pdf: 3467173 bytes, checksum: 0bde7cebe4b7fdf5c09347167fc42231 (MD5) Previous issue date: 2010-11-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / Dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) is an excellent migratory fish, possessing large body and wide distribution in South America, with presence in Paraná, Uruguay, Paraguay and La Plata River Basins (Argentina, Brazil, Uruguay and Paraguay), in drainage of Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul state, Brazil) and the upper portion of the Mamoré and Chaparé River system (Bolivia). This fish is much appreciated in gastronomy and sport fishing. However, with increasing habitat degradation, overfishing and damming of rivers due to electric power generation, the fauna of these areas has suffered large impacts, and studies aimed at conservation are needed. In this approach, microsatellite markers have been used to assess the genetic structure of natural populations in order to provide data for management and conservation programs. Despite the microsatellite markers are extremely useful for many organisms including dourado, there are not species-specific loci described yet. Thus, in the present study we used heterologous loci, described for three species related to S. brasiliensis in eight populations of this fish (four residents and four migratory). Samples of 201 animals were collected in the Mogi-Guaçú River (Cachoeira de Emas, Pirassununga, SP) during the years 2007-2009, including reproductive periods (November-February) and non-reproductive (March-October). DNA was extracted using protocol phenol: chloroform: isoamyl alcohol. We tested 29 microsatellite loci, 16 were described for Salminus franciscanus, six for Brycon hilarii and seven for Brycon opalinus. Of this total, only ten loci (nine for S. franciscanus and one for B. opalinus) have demonstrated excellent amplification and high polymorphism, being used in population analysis of S. brasiliensis. Statistical analysis was performed in Genepop 4.0 (HWE, heterozygosity, linkage disequilibrium), FSTAT 2.9.3. (FST, genetic diversity and allelic richness, Fis), GenAlEx 6 (private alleles), Popgene 1.31. (distance and genetic identities), Micro-Checker (null alleles) and Structure 2.3.1. (assignment test and population differentiation). The number of alleles ranged from eight (Sfra18) to 48 (Sfra02), considering all populations together. The levels of observed heterozygosity ranged from 0,668 (RT- 07/2008) to 0,776 (MT-01/2009), and seven populations were out of the HWE at least for one locus. The values of Nei's distance and genetic identity varied, respectively, from 0,08 to 0,29 and 0,75 to 0,92. The data show that these populations have high intra-population genetic variability and low population differentiation between them. The FST values, together with the data of gene and genotypic differentiation and the analysis in the software Structure pointed to the existence of at least two populations outside the breeding period in the analysis. For populations sampled within the reproductive period no structure was identified. These results may help to better understand about the migratory behavior and their reproduction in the region of Cachoeira de Emas, contributing to management actions related to fisheries and conservation of this important migratory fish species. / O dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) é um excelente peixe migrador, possuindo grande porte e larga distribuição na América do Sul, com presença nas bacias dos rios Paraná, Uruguai, Prata e Paraguai (Brasil, Argentina, Uruguai e Paraguai), na drenagem da Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul, Brasil) e na porção superior do sistema do alto rio Mamoré e Chaparé (Bolívia). Este peixe é muito apreciado na pesca esportiva e gastronomia. Porém, com a crescente degradação de habitats, a sobrepesca e o represamento de rios para fins de geração de energia elétrica, a fauna dessas áreas vem sofrendo grandes impactos, sendo necessários estudos que visem sua conservação. Dentro desta abordagem, marcadores moleculares microssatélites vêm sendo utilizados para avaliar a estrutura genética de populações naturais com o objetivo de subsidiar programas de manejo e conservação. Apesar dos microssatélites serem marcadores extremamente úteis, para muitos organismos incluindo o dourado, não há locos espécie-específicos descritos. Desta forma, no presente trabalho foram utilizados locos heterólogos descritos para três espécies relacionadas à S. brasiliensis em oito populações (sendo quatro residentes e quatro migradoras). Amostras de 201 animais foram coletadas no rio Mogi-Guaçu (região da Cachoeira de Emas, município de Pirassununga, SP) durante os anos de 2007 a 2009, incluindo os períodos reprodutivos (Novembro a Fevereiro) e não reprodutivo (Março a Outubro). O DNA foi extraído utilizando protocolo fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. Foram testados 29 locos microssatélites, sendo 16 descritos para Salminus franciscanus, seis para Brycon hilarii e sete para Brycon opalinus. Deste total, apenas dez locos (nove de S. franciscanus e um de B. opalinus) demonstraram excelente padrão de amplificação e alto polimorfismo, sendo utilizados nas análises populacionais de S. brasiliensis. As análises estatísticas foram feitas nos programas Genepop 4.0 (EHW, níveis de heterozigosidade, desequilíbrio de ligação), FSTAT 2.9.3. (FST, diversidades gênica e riqueza alélica, Fis), GenAlEx 6 (alelos privados), Popgene 1.31. (distância e identidades genéticas), Micro-Checker (alelos nulos) e Structure 2.3.1. (teste de atribuição e diferenciação populacional). O número de alelos variou de oito (Sfra18) a 48 (Sfra02), considerando as oito populações conjuntamente. Os níveis de heterozigosidade média observada variaram de 0,668 (RT-07/2008) a 0,776 (MT-01/2009), sendo que sete populações apresentaram-se fora do EHW para pelo menos um loco. Os valores de distância e identidade genética de Nei variaram, respectivamente, de 0,08 a 0,29 e 0,75 a 0,92. Os dados obtidos demonstram que estas populações apresentam alta variabilidade genética intra-populacional e baixa diferenciação entre as populações aqui analisadas. Os valores de FST, juntamente com os dados de diferenciação gênica e genotípica e análises no programa Structure apontam para a provável existência de pelo menos duas populações residentes diferenciadas. Para as populações amostradas dentro do período reprodutivo nenhuma estruturação foi identificada. Estes resultados podem auxiliar a entender melhor o comportamento migratório e reprodutivo destes animais na região de Cachoeira de Emas, contribuindo para proposições de ações de manejo relacionadas à pesca e conservação desta importante espécie de peixe migrador.

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