Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3339.pdf: 3467173 bytes, checksum: 0bde7cebe4b7fdf5c09347167fc42231 (MD5) Previous issue date: 2010-11-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / Dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) is an excellent migratory fish, possessing large body and wide distribution in South America, with presence in Paraná, Uruguay, Paraguay and La Plata River Basins (Argentina, Brazil, Uruguay and Paraguay), in drainage of Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul state, Brazil) and the upper portion of the Mamoré and Chaparé River system (Bolivia). This fish is much appreciated in gastronomy and sport fishing. However, with increasing habitat degradation, overfishing and damming of rivers due to electric power generation, the fauna of these areas has suffered large impacts, and studies aimed at conservation are needed. In this approach, microsatellite markers have been used to assess the genetic structure of natural populations in order to provide data for management and conservation programs. Despite the microsatellite markers are extremely useful for many organisms including dourado, there are not species-specific loci described yet. Thus, in the present study we used heterologous loci, described for three species related to S. brasiliensis in eight populations of this fish (four residents and four migratory). Samples of 201 animals were collected in the Mogi-Guaçú River (Cachoeira de Emas, Pirassununga, SP) during the years 2007-2009, including reproductive periods (November-February) and non-reproductive (March-October). DNA was extracted using protocol phenol: chloroform: isoamyl alcohol. We tested 29 microsatellite loci, 16 were described for Salminus franciscanus, six for Brycon hilarii and seven for Brycon opalinus. Of this total, only ten loci (nine for S. franciscanus and one for B. opalinus) have demonstrated excellent amplification and high polymorphism, being used in population analysis of S. brasiliensis. Statistical analysis was performed in Genepop 4.0 (HWE, heterozygosity, linkage disequilibrium), FSTAT 2.9.3. (FST, genetic diversity and allelic richness, Fis), GenAlEx 6 (private alleles), Popgene 1.31. (distance and genetic identities), Micro-Checker (null alleles) and Structure 2.3.1. (assignment test and population differentiation). The number of alleles ranged from eight (Sfra18) to 48 (Sfra02), considering all populations together. The levels of observed heterozygosity ranged from 0,668 (RT- 07/2008) to 0,776 (MT-01/2009), and seven populations were out of the HWE at least for one locus. The values of Nei's distance and genetic identity varied, respectively, from 0,08 to 0,29 and 0,75 to 0,92. The data show that these populations have high intra-population genetic variability and low population differentiation between them. The FST values, together with the data of gene and genotypic differentiation and the analysis in the software Structure pointed to the existence of at least two populations outside the breeding period in the analysis. For populations sampled within the reproductive period no structure was identified. These results may help to better understand about the migratory behavior and their reproduction in the region of Cachoeira de Emas, contributing to management actions related to fisheries and conservation of this important migratory fish species. / O dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) é um excelente peixe migrador, possuindo grande porte e larga distribuição na América do Sul, com presença nas bacias dos rios Paraná, Uruguai, Prata e Paraguai (Brasil, Argentina, Uruguai e Paraguai), na drenagem da Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul, Brasil) e na porção superior do sistema do alto rio Mamoré e Chaparé (Bolívia). Este peixe é muito apreciado na pesca esportiva e gastronomia. Porém, com a crescente degradação de habitats, a sobrepesca e o represamento de rios para fins de geração de energia elétrica, a fauna dessas áreas vem sofrendo grandes impactos, sendo necessários estudos que visem sua conservação. Dentro desta abordagem, marcadores moleculares microssatélites vêm sendo utilizados para avaliar a estrutura genética de populações naturais com o objetivo de subsidiar programas de manejo e conservação. Apesar dos microssatélites serem marcadores extremamente úteis, para muitos organismos incluindo o dourado, não há locos espécie-específicos descritos. Desta forma, no presente trabalho foram utilizados locos heterólogos descritos para três espécies relacionadas à S. brasiliensis em oito populações (sendo quatro residentes e quatro migradoras). Amostras de 201 animais foram coletadas no rio Mogi-Guaçu (região da Cachoeira de Emas, município de Pirassununga, SP) durante os anos de 2007 a 2009, incluindo os períodos reprodutivos (Novembro a Fevereiro) e não reprodutivo (Março a Outubro). O DNA foi extraído utilizando protocolo fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. Foram testados 29 locos microssatélites, sendo 16 descritos para Salminus franciscanus, seis para Brycon hilarii e sete para Brycon opalinus. Deste total, apenas dez locos (nove de S. franciscanus e um de B. opalinus) demonstraram excelente padrão de amplificação e alto polimorfismo, sendo utilizados nas análises populacionais de S. brasiliensis. As análises estatísticas foram feitas nos programas Genepop 4.0 (EHW, níveis de heterozigosidade, desequilíbrio de ligação), FSTAT 2.9.3. (FST, diversidades gênica e riqueza alélica, Fis), GenAlEx 6 (alelos privados), Popgene 1.31. (distância e identidades genéticas), Micro-Checker (alelos nulos) e Structure 2.3.1. (teste de atribuição e diferenciação populacional). O número de alelos variou de oito (Sfra18) a 48 (Sfra02), considerando as oito populações conjuntamente. Os níveis de heterozigosidade média observada variaram de 0,668 (RT-07/2008) a 0,776 (MT-01/2009), sendo que sete populações apresentaram-se fora do EHW para pelo menos um loco. Os valores de distância e identidade genética de Nei variaram, respectivamente, de 0,08 a 0,29 e 0,75 a 0,92. Os dados obtidos demonstram que estas populações apresentam alta variabilidade genética intra-populacional e baixa diferenciação entre as populações aqui analisadas. Os valores de FST, juntamente com os dados de diferenciação gênica e genotípica e análises no programa Structure apontam para a provável existência de pelo menos duas populações residentes diferenciadas. Para as populações amostradas dentro do período reprodutivo nenhuma estruturação foi identificada. Estes resultados podem auxiliar a entender melhor o comportamento migratório e reprodutivo destes animais na região de Cachoeira de Emas, contribuindo para proposições de ações de manejo relacionadas à pesca e conservação desta importante espécie de peixe migrador.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4443.pdf: 2299347 bytes, checksum: c1bbf7b5ca822d7515252d8efba8e8d3 (MD5) Previous issue date: 2012-05-17 / Universidade Federal de Minas Gerais / Pilosocereus machrisii is a columnar cacti with natural fragmented distribution; restrict to campos rupestres vegetation patches or rocky outcrops on the Cerrado domain; in Central and eastern Brazil. These features makes P. machrisii an appropriate biological model for population genetic studies aiming to gather information on population structure; since small and isolated populations are often vulnerable to genetic drift and high levels of inbreeding. Genetic diversity and population structure were assessed for ten microsatellite loci in 12 P. machrisii populations; covering the majority of the species distribution. Genetic diversity levels were relatively similar on sampled populations; except for Brotas-SP samples; that showed lower levels than those observed for other locations. Significant Hardy Weinberg Equilibrium departures were detected in eight different populations; for one or two loci. High levels of genetic differentiation and private alleles with elevated frequencies were detected; with total FST value of 0.357. The genetic structure of P. machrisii was analyzed with STRUCTURE and SAMOVA softwares; and populations were grouped in four main clusters; with secondary structure on two of these clusters. Significative levels of correlation between genetic and geographic distances were observed for the whole dataset; however; when the genetic groups were analyzed separately; no correlation was verified. Furthermore; the genetic relationship between the populations was observed with a principal coordinate analysis (PCA) and an UPGMA dendrogram. The genetic structure observed in P. machrisii suggests that historical factors caused populations fragmentation; with subsequent geographic isolation and high genetic differentiation between them. / Pilosocereus machrisii é um cacto colunar com distribuição naturalmente fragmentada no centro e leste do Brasil; restrito aos enclaves de vegetação de campos rupestres ou de afloramentos rochosos no domínio Cerrado. Essas características tornam a espécie um modelo biológico apropriado para a realização de estudos de estrutura populacional; uma vez que suas populações pequenas e isoladas podem estar altamente vulneráveis a efeitos de deriva genética e endogamia. Foram estimados os níveis de diversidade genética e estruturação populacional a partir de dez locos marcadores microssatélite em doze populações de ocorrência natural de P. machrisii; cobrindo a maior parte de sua distribuição. Os níveis de diversidade genética dentro das populações apresentaram resultados relativamente similares nas localidades amostradas; exceto pelas amostras do município de Brotas-SP; com índices menores que os observados em outras populações. Desvios significativos em relação às proporções do Equilíbrio de Hardy-Weinberg foram detectados para um ou dois locos em oito populações diferentes. Alelos privados em alta frequência foram detectados; assim como altos níveis de diferenciação genética; com um valor de FST total de 0;357. A estrutura genética das populações; verificada a partir da análise com os programas STRUCTURE e SAMOVA apresentou uma estruturação mais provável em quatro grupos principais e níveis secundários de estruturação dentro desses grupos. Níveis significativos de correlação entre as distâncias genéticas e geográficas entre pares de populações foram detectados para o conjunto total de dados; no entanto não houve correlação quando os agrupamentos genéticos foram analisados separadamente. Além disso; foi possível verificar as relações genéticas entre as diferentes populações a partir de uma análise de coordenadas principais (PCA) e de um dendrograma construído a partir do método UPGMA. A estrutura genética observada em P. machrisii aponta para um importante efeito de eventos históricos que causaram a fragmentação das populações; com posterior isolamento geográfico e aquisição de elevada diferenciação genética.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 970.pdf: 592712 bytes, checksum: e6f35685131e115d74ca1fd6ef27e678 (MD5) Previous issue date: 2006-02-22 / Universidade Federal de Minas Gerais / "Curimbatá-pióa ", Prochilodus costatus (Valenciennes, 1850), is an endemic species from São Francisco river basin, with migratory habits, with important ecological role and of fishing importance. The present study aimed to assess the genetic variation in Prochilodus costatus in order to verify the occurrence of population genetic structure and to produce knowledge that contributes to the conservation of the species. Genetic variation was studied at three sites downstream of the Três Marias dam (MG) through six specific microsatellites loci, isolated and characterized in this study. The loci were amplified through PCR (polymerase chain reaction) and the individuals were genotyped in an automated sequencer. The statistical analyses were accomplished through the softwares GENEPOP 3.3 and FSTAT 2.9.3.2. Fish from the three sites had quite similar genetic diversity levels and they did not show genetic differentiation to each other, suggesting that P. costatus might represent a single reproductive unit in the high-middle São Francisco River. These findings are comparable to those previously obtained in the sister-species P. argenteus and should be important for futures management plans that seek the conservation of this species. / O curimbatá-pióa , Prochilodus costatus (Valenciennes, 1850), é uma espécie endêmica da bacia do Rio São Francisco, de hábitos migratórios, de importante função ecológica e importância pesqueira. O presente estudo propôs-se a estudar a variação genética em Prochilodus costatus para verificar a ocorrência de estruturação genética populacional e produzir conhecimentos que contribuam para a conservação da espécie. A variação genética foi estudada em três localidades à jusante da barragem de Três Marias (MG), utilizando-se seis loci de microssatélites específicos, isolados e caracterizados neste trabalho. Os loci foram amplificados via PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e os indivíduos genotipados em seqüenciador automático. As análises estatísticas foram realizadas através dos programas computacionais GENEPOP 3.3 e FSTAT 2.9.3.2. Os peixes das três localidades apresentaram níveis de diversidade genética bastante similares, e não apresentaram diferenciação genética entre si, sugerindo que P. costatus possa representar uma simples unidade reprodutiva na região do alto-médio Rio São Francisco. Esses achados são comparáveis ao observado em estudos prévios na espécie-irmã P. argenteus e devem ser importantes para futuros planos de manejo que visem à conservação dessa espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3726.pdf: 1279379 bytes, checksum: 9e1075ad1b412e877b4b51557d6bd6e3 (MD5) Previous issue date: 2011-05-06 / Universidade Federal de Sao Carlos / The biodiversity conservation is necessary for the natural ecosystems maintenance and their ecological interactions. The loss of species by human actions, which has been accentuated over the last decades, must be minimized and the search for its conservation is necessary. The endangered species of fauna require efforts for a proper management and the maintenance of genetic diversity is essential to the management success. The Cracid birds are an important group to the maintenance and regeneration of the ecosystems where they live. Thus, support studies to analyze the genetic diversity of these animals are critical for an appropriate management in captivity and wild life. Microsatellites are molecular markers for genetic diversity analyzes widely used and they have advantages over other methods, however, they are specific and they need to be isolated for each species in research. Therefore, microsatellites were prospected to Crax blumenbachii, an endangered type of cracid, validating them and supplying researches for their genetic diversity in search of biodiversity conservation. These markers have been used to analyze the genetic variation and the kinship degree of a captivity population of southeastern curassows from Poços de Caldas/MG breeding site. The results show a number of alleles per locus from two to four, the expected heterozygosity ranged from 0.35 to 0.70 and the observed one ranged from 0.41 to 1.0, which do not have a significant difference. Based on the found PIC values none locus is considered uninformative. The PID, considering all the loci, was 2.46 x 10-7 which means that the loci, characterized together, present a good resolution to individual identification. All the polymorphic loci were in Hardy-Weinberg equilibrium and it was not found significant linkage disequilibrium among any loci pair. It was found no evidence of a recent population bottleneck. The FIS results do not indicate neither excess nor heterozygote deficit at the analyzed loci, implying that the captive management and breeding are being planned properly. With the obtained data from the kinship analyzes it was possible proposing not related couples to reproduction which would maximize the captive population s genetic variability. The developed molecular markers in this research proved to be a good tool for genetic variation assessing of the captive population of the studied species and they supply genetic researches to maximize the management efficiency for cracid birds conservation. / A conservação da biodiversidade é necessária para a manutenção dos ecossistemas naturais e suas interações ecológicas. A perda de espécies por ações antrópicas, acentuada nas últimas décadas, deve ser minimizada e a busca pela sua conservação se faz necessária. As espécies da fauna ameaçadas necessitam de esforços para um manejo adequado e a manutenção da diversidade genética é essencial para o sucesso desse manejo. Os cracídeos são um grupo de aves importantes para a manutenção e regeneração dos ecossistemas em que estão inseridos. Sendo assim, subsidiar estudos para a análise da diversidade genética desses animais é de suma importância para um manejo adequado em cativeiro e vida livre. Microssatélites são marcadores moleculares muito utilizados para análises de diversidade genética e possuem vantagens em relação a outros métodos, porém são específicos, sendo necessário isolá-los para cada espécie que se pretende estudar. Deste modo, prospectou-se microssatélites para Crax blumenbachii, cracídeo ameaçado, validando-os e subsidiando estudos de sua diversidade genética. Esses marcadores foram utilizados para analisar a variação genética e o grau de parentesco de uma população cativa de mutuns-do-sudeste do Criadouro de Poços de Caldas/MG. Os resultados indicam um número de alelos por loco de dois a quatro, a heterozigosidade esperada variou de 0,35 a 0,70 e a observada variou de 0,41 a 1,0, não havendo diferença significativa entre elas. Baseando-se nos valores de PIC encontrados, nenhum loco é considerado pouco informativo. A PID, considerando todos os locos, foi de 2,46 x 10-7, o que significa que os locos caracterizados em conjunto apresentam um bom poder de resolução na identificação individual. Os quatro locos polimórficos estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg e não foi encontrado desequilíbrio de ligação significativo entre nenhum par de locos. Não encontrou-se nenhuma evidência de gargalo populacional recente os resultados do FIS não indicam excesso nem déficit de heterozigotos nos locos analisados, inferindo-se que o manejo e reprodução em cativeiro estão sendo planejados adequadamente. Os marcadores moleculares desenvolvidos neste trabalho mostraram-se uma boa ferramenta para avaliação da variação genética da população cativa da espécie estudada e subsidiam estudos genéticos para maximizar a eficiência do manejo para conservação dos cracídeos em geral. Com os dados de análises de parentesco obtidos foi possível propor casais não relacionados geneticamente para reprodução, o que maximiza a variabilidade genética da população cativa.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2016-09-27T12:23:30Z No. of bitstreams: 1 TeseAGN.pdf: 2192797 bytes, checksum: e995724f0c22f92176dd1473070b69a6 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T20:09:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseAGN.pdf: 2192797 bytes, checksum: e995724f0c22f92176dd1473070b69a6 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T20:09:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseAGN.pdf: 2192797 bytes, checksum: e995724f0c22f92176dd1473070b69a6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T20:09:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseAGN.pdf: 2192797 bytes, checksum: e995724f0c22f92176dd1473070b69a6 (MD5) Previous issue date: 2015-08-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The Salminus genus is characterized by predatory fish medium to large, migratory and ichthyophagi, very appreciated in fisheries and gastronomy. Among these stands out the Salminus hilarii species, popularly known as tabarana and considered top of the food chain, due to its high degree of selectivity for environments with rich water oxygen which constitutes a good environmental indicator. This species occurs in the São Francisco basins, Paraná basins and Jaguaribe river, and depends on specific hydrological conditions to carry out their reproduction. In this context and because of intense anthropogenic interference that such river systems have suffered, population's study of tabaranas in the upper Paraná basin can contribute to a better understanding of aspects related to its population structure and conservation of their populations. Thus, the aim of this study was to characterize the population genetic structure of S. hilarii at different periods in rivers of the Upper Paraná basin, in order to better understand the population dynamics of fish and effectively contribute to their conservation. It was used for molecular analysis 15 polymorphic microsatellite loci and mtDNA (D-loop). The results revealed the existence of population differentiation among the rivers sampled. Nevertheless, individuals sampled in the Jacaré-pepira river and Cubatão showed no genetic difference, indicating the occurrence of gene flow between populations sufficient to maintain the genetic homogeneity. Moreover, it was possible to identify the temporal structure into the Turvo and Jacaré-pepira river. A high genetic diversity was found in populations of Upper Paraná basin sampled rivers. The D-loop analysis showed no population structure between samples, but indicated the occurrence of a high diversity. The contradictory results may be due to mutational rates of the markers used, since microsatellites have high mutational rate. These results are important for understanding the behavior and biology of these fish, and also to establish fisheries management programs and conservation S. hilarii in the upper Paraná basin. / O gênero Salminus é caracterizado por peixes predadores de médio à grande porte, migradores e ictiófagos, muito apreciados na pesca e na gastronomia. Dentre esses, destaca-se a espécie Salminus hilarii, conhecida popularmente como tabarana e considerada topo de cadeia alimentar, devido ao seu alto grau de seletividade por ambientes com águas ricas em oxigênio o que torna a espécie uma bom indicador ambiental. Essa espécie ocorre nas bacias do São Francisco, alto rio Paraná e do rio Jaguaribe e depende de condições hidrológicas específicas para realizar sua reprodução. Dentro desse contexto e devido à intensa interferência antrópica que tais sistemas hidrográficos vêm sofrendo, estudar populações de tabaranas na bacia do alto Paraná pode contribuir efetivamente para o melhor entendimento de aspectos relacionados à sua estrutura populacional e conservação da espécie. Assim, o objetivo geral deste trabalho foi caracterizar a estrutura genética de populações de S. hilarii em diferentes períodos em rios da bacia do alto Paraná, com o intuito de compreender melhor a dinâmica populacional desse peixe e contribuir efetivamente para sua conservação. Para as análises moleculares utilizou-se 15 locos polimórficos de microssatélites e o mtDNA (D-loop). Os resultados obtidos revelaram a existência de diferenciação populacional entre os rios amostrados. Apesar disso, os indivíduos amostrados no rio Jacaré-pepira e ribeirão do Cubatão não apresentaram diferença genética entre eles, indicando a ocorrência de fluxo gênico entre as populações suficiente para manter a homogeneidade genética. Além disso, foi possível identificar a estruturação temporal dentro do rio Turvo e do rio Jacaré-pepira. Uma alta diversidade genética foi encontrada nas populações dos rios amostrados da bacia do alto Paraná. As análises do D-loop não evidenciaram estruturação populacional entre as amostragens, mas indicou a ocorrência de uma alta diversidade. A contradição dos resultados deve-se as taxas mutacionais dos marcadores utilizados, uma vez que os microssatélites possuem taxas mutacionais elevadas. Esses resultados são importantes para o entendimento do comportamento e biologia desses peixes e, ainda, para estabelecer programas de manejo de pesca e conservação de S. hilarii na bacia do alto Paraná.

Submitted by Luciana Sebin (lusebin@ufscar.br) on 2016-10-07T18:32:03Z No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-13T19:51:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-13T19:51:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T19:51:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / The black lion tamarin (Leontopithecus chrysopygus) is one of the most endangered neotropical primates and the historical causes that led them to the brink of extinction are closely related to the history of the Atlantic Rainforest. Among its main threats are the fragmentation of their habitat, the small number of his surviving populations and the isolation of them, which directly affect the genetic structure of these populations. The use of genetic analysis and molecular markers for the wildlife conservation have been growing over the past few years with the advent of genetic and molecular technologies and bioinformatics, allowing the establishment of rapid diagnosis of diseases and many genetic and ecological parameters such as migration rate, population size, genetic diversity, kinship relations. Among the main molecular markers are microsatellite that consist of short DNA sequences tandemly repeated composed of 1 to 6 bases pairs widely distributed in eukaryotic and prokaryotic genomes. Characteristics like codominance and high level of polymorphism make microsatellites an important tool to measure the loss of genetic diversity and recent changes in genetic structure of populations, and for use in forensic investigations. Among the methods used for the isolation of such markers, is the in silico mining for species with available genetic data. In the present study, we identified 60 tetranucleotide microsatellite loci have been identified in the genome of common marmoset (Callithrix jacchus) through data mining conducted in the genome of this species. Primer pairs were designed and tested in black lion tamarin, since this kind does not have any genomic data available. Of the 60 loci tested, 87% had successful amplification of DNA samples from 10 captive animals. PCR products were analyzed on agarose gel and 13 loci were genotyped in automatic sequencer ABI3730XL. The Geneious version 8.1.6 software was used for genotyping. Only four loci showed polymorphism, observed two alleles per locus. This low polymorphism may be associated with the origin of the captive colonies. / O mico-leão-preto (Leontopithecus chrysopygus) é um dos mais ameaçados primatas neotropicais e as causas históricas que o levaram à beira da extinção estão intimamente relacionadas à história da Mata Atlântica. Entre suas principais ameaças estão a fragmentação de seu habitat, o número reduzido de suas populações sobreviventes e o isolamento das mesmas, as quais afetam diretamente a estrutura genética dessas populações. O uso de análises genéticas e marcadores moleculares a favor da conservação da vida silvestre vêm crescendo ao longo dos últimos anos com o surgimento das tecnologias genéticas, moleculares e da bioinformática, possibilitando o estabelecimento do rápido diagnóstico de doenças e de muitos parâmetros genéticos e ecológicos, como taxa de migração, tamanho populacional, diversidade genética, relações de parentesco. Dentre os principais marcadoes estão os microssatélites que consistem em pequenas sequências de DNA repetidas em tandem compostas de 1 a 6 pares de base amplamente distribuídas nos genomas eucarióticos e procarióticos. Suas características de codominância e alto nível de polimorfismos fazem desses marcadores ferramentas importantes para estimativas de perda de variabilidade e de mudanças recentes na estruturação genética de populações, além do uso em investigações forenses. Dentre os métodos utilizados para o isolamento de tais marcadores, está a mineração in silico para espécies com dados genéticos disponíveis. No presente estudo, identificamos 60 microssatélites tetranucleotídicos no genoma do saguí-de-tufo-branco (Callithrix jacchus) através de Data Mining realizados no genoma desta espécie. Pares de primers foram desenhados e testados em Leontopithecus chrysopygus, uma vez que esta espécie não possui dados genômicos disponíveis. Dos 60 locos testados, 87% tiveram sucesso de amplificação em amostras de DNA provenientes de 10 animais de cativeiro. Os produtos de PCR foram analisados em gel de agarose e 13 locos foram genotipados em sequenciador automático ABI3730XL. O programa Geneious versão 8.1.6 foi utilizado para genotipagem. Somente quatro locos demonstraram polimorfismo, sendo observados dois alelos por loco. Esse baixo polimorfismo pode estar associado à origem das colônias de cativeiro.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 365530 bytes, checksum: 14eb9333accf37cc0f88b5dbb33077f0 (MD5) Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Molecular markers can be used to identify chromosomal regions harboring quantitative trait locos (QTL) that control traits of economic importance in farm animals. To study these locos in the pig, a resource population has been generated from a cross between two Naturalized Brazilian Piau grand sires and eighteen Commercial grand dams (Landrace x Large White x Piétrain). A total of 614 F2 progeny from 50 matings of F1 parents were produced. Phenotypic data on performance, carcass, internal organs, viscera, carcass cuts and meat quality traits were collected on the F2 animals. Parentals, F1 e F2 animals were genotyped for 17 microsatellite markers covering the chromosomes 5, 7 e 8. The loci were considered appropriate for quantitative analysis, when it was analysed their values for observed heterogosity (Ho), expected heterozigosity (He) and polimorfic information content (PIC). In the chromosome 5, the average values of the Ho, He; and PIC found were 0,73; 0,66 and 0,61; in the chromosome 7, the values found were 0,81, 071 and 0,67 and in the chromosome 8 had the average values for Ho, He and PIC of 0,65; 0,65 and 0,61 respectively. After the genotype scoring, it was constructed the linkage map for these markers in the population. Association analyses were performed using interval mapping by regression for QTL detection. Seventeen QTL were mapped for carcass and cuts carcass traits on the three chromosomes, while just one QTL for feed intake were found for performance trait in the eight chromosome. One QTL for Total (bone-in) loin weight (Kg) and for bacon depth were mapped and not yet described in the literature on the seven chromosome. The generated information of significant QTL will be useful for future studies dealing fine mapping with and identification of genes that could provide a better understanding of physiology and production traits of pigs. / Marcadores moleculares podem ser usados para identificar regiões cromossômicas que contêm locos de características quantitativas (QTL) que controlam fenótipos de importância econômica em animais de produção. Para estudá-los em suínos, foi gerada uma população de um cruzamento entre dois varrões da raça naturalizada Piau e dezoito fêmeas da linha comercial (Landrace x Large White x Pietrain). Uma progênie de 614 animais na F2 foi produzida de 50 acasalamentos da F1. Os dados fenotípicos de desempenho, carcaça, órgãos internos, vísceras, corte de carcaça e qualidade de carne foram coletados nos animais F2. Os animais parentais, F1 e F2 foram genotipados para 17 marcadores tipo microssatélites cobrindo os cromossomos 5, 7 e 8. Os locos foram considerados adequados para estudos de características quantitativas, quando foram analisados os valores de heterozigosidade observada (Ho), heterozigosidade esperada (He) e conteúdo de informação polimórfica (PIC). No cromossomo 5, os valores das médias de Ho, He e PIC encontrados foram 0,73; 0,66 e 0,61; no cromossomo 7, os valores encontrados foram 0,81, 071 e 0,67 e no cromossomo 8 os valores foram 0,65; 0,65 e 0,61. Com o resultado da genotipagem foi construído o mapa de ligação específico dos marcadores para a população desenvolvida. As análises de associação foram feitas utilizando mapeamento por intervalo por regressão para detecção de QTL. Foram detectados 17 QTL para características de carcaça e corte de carcaça nos três cromossomos, enquanto para característica de desempenho apenas um QTL para conversão alimentar foi encontrado no cromossomo oito. Não foram encontrados nas literaturas consultadas QTL para Peso de Carré e Espessura de Bacon no cromossomo sete. As informações dos QTL significativos encontrados servem para estudos futuros como o mapeamento fino e identificação de genes que ajudam no melhor entendimento da fisiologia e características de produção de suínos.

Culex coronator Dyar & Knab e Culex usquatus Dyar são duas espécies irmãs, que fazem parte do Complexo Coronator, composto por mais quatro espécies (Culex usquatissimos Dyar, Culex ousqua Dyar, Culex camposi Dyar, Culex covagarciai Forattini). As fêmeas deste grupo são indistinguíveis por caracteres morfológicos, sendo a identificação possível somente através da distribuição e tamanho das cerdas apicais que ornamentam o gonocoxito da genitália masculina. Cx. coronator, é a espécie com maior distribuição geográfica, ocupando as Américas do Norte, Central e Sul. Já Cx. usquatus só foi registrado nas Américas Central e do Sul, ocorrendo em simpatria no Brasil com Cx. coronator. Apesar da semelhança morfológica das fêmeas das duas espécies, até o momento, somente Cx. coronator foi encontrado naturalmente infectado por diversas arboviroses. Considerando que estudos populacionais são importantes para compreender a evolução e a dinâmica de populações de pontencias vetores, e que a correta identificação de fêmeas é fundamental para estudos de competência vetorial, os objetivos deste trabalho foram: (1) distinguir fêmeas adultas de Cx. coronator de Cx. usquatus (2) obter conhecimento da estrutura populacional de Culex coronator nas regiões Sul e Sudeste (3) examinar a possível existência de outras espécies não descritas e/ou incorretamente identificadas sob o epíteto de Cx. coronator. Para tanto foram utilizadas duas ferramentas: uma morfológica (morfometria de asa), e outra genética (4 loci de microssatélites e sequenciamento do fragmento barcode do gene COI). As análises dos três marcadores mostraram que as populações do Sudeste são geneticamente e morfologicamente diversas, mas não apresentam estrutura populacional, enquanto as populações do Sul são mais homogêneas, e diferentes das do Sudeste. Assim, tanto os microssatélites como a morfometria geométrica, mostraram alguma estruturação populacional em relação às macrorregiões Sul e Sudeste. A análise da morfometria da asa distinguiu as espécies de Cx. coronator e Cx. usquatus, enquanto a análise do COI barcode apresentou uma politomia das duas espécies. Nenhum marcador indicou a existência de um complexo de espécies sob o espíteto Culex coronator. / Culex coronator and Culex usquatus are sibling species belonging to Coronator Group, which comprises five other species (Culex usquatissimos Dyar, Culex ousqua Dyar, Culex camposi Dyar, Culex covagarciai Forattini). Except by Cx. yojae, the females of this group are indistinguishable, being the identification only possible by the analysis of the arrangement and number of appendicles on the apical lobe of the gonocoxite of the male genitalia. Cx. coronator is the most widely distributed species in the complex, occupying North, Central and South America, while Cx. usquatus was recorded only in Central and South America. Therefore, these species are sympatric in Brazil. Despite the morphological similarity of the females of both species, only Cx. coronator has epidemiological importance, being found infected with many arboviruses. Since studies focusing in population structure are important to understand the evolution and dynamics of potencial vectors and that the correct female identification is critical for development of vectorial competence studies, the aims of this study were to: (1) distinguish adult females of Cx. coronator from Cx. usquatus (2) obtain knowledge of the population structure of Culex coronator in Southern and Southeastern areas (3) examine the presence of undescribed and/or incorrectly identified species under Cx. coronator. Thereby, a survey was carried out using morphological (wing geometry) and genetic (4 microsatellite loci and barcode region of the Cytochrome c oxidase subunit I gene) markers. Results showed genetic and morphological diversity of southeastern populations, with low population structure, while southern populations were more homogenous but different from those of Southeast Brazil. Thus, analysis of microsatellite and wing morphometry showed some populational structure according to South and Southeast macro-regions. Only wing morphometric analysis distinguished Cx. coronator from Cx. usquatus, while the COI barcode analysis showed a polytomy of the two species. No marker indicated Cx. coronator s.s as a group of cryptic species.

O estudo de etnovariedades de mandioca (Manihot esculenta Crantz), originárias de diferentes regiões do Brasil, com marcadores microssatélites, permite obter informações sobre a diversidade genética e a distribuição desta diversidade em roças, comunidades e regiões geográficas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética de 83 etnovariedades de mandioca cultivadas em áreas de cerrado do Estado do Mato Grosso do Sul (MS) e de 20 variedades comerciais usadas na região Centro-sul do Brasil. A partir de nove locos de microssatélites, avaliou-se o nível e a distribuição da diversidade genética entre e dentro de 21 roças de agricultura tradicional na área de estudo, e de um grupo de 20 variedades comerciais (9 de mesa e 11 industriais). Elevada variabilidade genética para as etnovariedades de mandioca no cerrado sulmatogrossense foi detectada. Todos os locos mostraram-se polimórficos, com um número médio de 7,55 alelos/loco. O número médio de alelos por loco/roça foi 2,55/roça, sendo que 10 roças apresentaram 100% de polimorfismo. Observou-se menor valor para a heterozigosidade média observada ( o H = 0,31) em relação à diversidade gênica média ( e H = 0,51), sendo esses valores de heterozigosidade considerados elevados. À semelhança de outros estudos realizados com mandioca, a maior parte da variabilidade genética concentrou-se dentro de roças (HS = 0,551). No entanto, ao contrário de outros estudos, esta encontrou-se estruturada no espaço, tendo-se observado correlação relativamente alta (r = 0,45) e significativa (p<0,035) entre distâncias genéticas médias e distâncias geográficas entre municípios. Ambas as análises de agrupamento para etnovariedades e para roças, bem como o gráfico de dispersão a partir da análise de componentes principais, indicaram a separação dos municípios de Costa Rica e Cassilândia dos demais municípios. Conclui-se que a grande variabilidade e a estruturação espacial observada podem estar relacionadas, entre outros, ao processo de colonização da região, envolvendo diferentes rotas migratórias populacionais a que os municípios da região foram submetidos. Os resultados para as variedades comerciais revelaram grande polimorfismo (100%) e grande variabilidade genética dentro dos dois grupos (mesa e industrial). Observou-se grande amplitude para o índice de similaridade de Jaccard (variando de 0,29 a 0,82) o que também demonstra a grande variabilidade dos genótipos avaliados e a baixa vulnerabilidade genética dos materiais atualmente sob cultivo na região Centro-sul do Brasil. Genótipos contrastantes para uso como parentais em programas de melhoramento foram detectados. Comparando-se os dois grupos, as variedades de mesa mostraram-se mais divergentes entre si. Houve ainda uma tendência à separação das variedades industriais das de mesa. / Studies with cassava (Manihot esculenta Crantz) landraces, originated from different regions in Brazil, using microsatellite markers, allows the estimation of genetic diversity and the distribution of this diversity within and among households, geographic communities and regions. The objective of this study was to characterize the genetic diversity of 83 cassava landraces from the State of Mato Grosso do Sul (MS), cultivated in areas of Cerrado ecosystem, and of 20 commercial varieties used in the Center-south region of Brazil. The genetic diversity of the landraces and its distribution among and within 21 households in the study area, as well as of 20 commercial varieties (11 industrial and nine home consumption varieties) were evaluated using nine microsatellite loci. Results showed a high genetic variability for the cerrado cassava ethnovarieties of MS. All loci were polymorphic, with an average number of 7.55 alleles/locus. The average number of alleles per locus/household was 2.55, whereas 10 households presented 100% polymorphism. A lower value was found for the average observed heterozygosity ( o H = 0.31) in relation to the average gene diversity ( e H = 0.51), although these are considered high heterozygosity values. In agreement to other studies with cassava, most of the genetic diversity was concentrated within households (HS = 0.551). However, on the contrary to other studies, this genetic diversity was found to be structured in space, showing a relatively high (r = 0.45) and significant (p<0.035) correlation between mean genetic distances and geographic distances between municipalities. Both the cluster analyses conducted for the 83 ethnovarieties and for the 21 households, and the scatter graph obtained from the principal component analysis, pointed to the separation of the municipalities of Costa Rica and Cassilândia from the other municipalities. It was concluded that the high variability and space structuring observed can be related, among other factors, to the settling process in the region, involving different migratory population routes to which these municipalities were submitted. Results showed a high polymorphism for the commercial varieties (100%) and high genetic variability between the two groups (home consumption and industrial varieties). A wide range for the Jaccard´s similarity index (varying from 0.29 to 0.82) was observed demonstrating the high variability of the genotypes analyzed and the low genetic vulnerability of the planting materials currently under cultivation in the Centersouth region of Brazil. Contrasting genotypes used as parents in plant breeding programs were detected. In comparison, home consumption varieties were more divergent among themselves. A tendency was also noticed towards the separation of industrial and home consumption varieties.

O presente trabalho teve por objetivo compreender a dinâmica do manejo da agrobiodiversidade nos roçados de mandioca em comunidades ribeirinhas de várzea e terra firme das Reservas de Desenvolvimento Sustentável Amanã e Mamirauá, na Amazônia, e suas relações com as formas de organização da produção, do espaço e do trabalho adotadas pelos produtores. Para tal foi trabalhado um conjunto de metodologias baseados na teoria de sistemas agrários, análise de agroecossistemas, etnoecologia e análise genética utilizando microssatélites. Os resultados indicaram que: 1) Nas duas reservas existem três identidades produtivas, forjadas a partir da principal fonte de renda: agricultores, pescadores e agricultores-pescadores (desenvolvem as duas atividades com fins de comercialização); 2) Os ribeirinhos classificam diversos ambientes como aptos para a agricultura, e a partir deles diversos sistemas de cultivo, que variam em função do ecossistema (várzea ou terra-firme); 3) Existem duas racionalidades produtivas na agricultura (comercialização e auto-consumo), que moldam as racionalidades de manejo da agrobiodiversidade; 4) A diversidade específica e varietal nos roçados diminui à medida que se aumenta o grau de especialização produtiva, tanto da pesca, quanto da agricultura. Contudo, isso não se verifica do ponto de vista genético, uma vez que os genes estão bem distribuídos nas variedades e populações, independente da lógica produtiva; 5) Os roçados de mandioca da RDS Amanã e RDS Mamirauá são extremamente diversos geneticamente, apresentando altos valores de riqueza alélica, polimorfismo e heterozigosidade; 6) A diversidade genética está estruturada basicamente dentro de cada roçado, o que indica alto fluxo gênico entre as variedades de cada roçado e entre as variedades dos diferentes roçados, proporcionada principalmente pela troca de variedades entre agricultores, diminuindo a diferença entre roçados e aumentando a freqüência de diferentes alelos em cada roçado; 7) Os pescadores e as comunidades de várzea têm papel fundamental na dinâmica da agrobiodiversidade, pois abrigam grande número de espécies e variedades de mandioca nos roçados; 8) Portanto, em todas as comunidades a agricultura tem papel fundamental, o que denota que as estratégias de assessoria devem prever a dimensão de sistemas de produção em suas intervenções. / This study had the objective of understanding the agrobiodiversity management dynamics in roçados (swidden fields of cassava) in riverine communities of the Amanã and Mamirauá Sustainable Reserves in the Amazon and its relations with production, space and work management adopted by the families. The methodology adopted was based on the agrarian systems theory, agroecosystems analysis, ethnoecology and microsatellites genetic analysis. The results indicated that: 1) In the two reserves there are three productive identities, forged from the main source of economic income: agriculturists, fishing and agriculturist-fishing (they develop the two activities with commercialization aims); 2) The informers classify diverse environments as apt for agriculture, and from them diverse crop systems, that vary in function of the ecosystem (land-firm or floodplain); 3) There are two productive rationalities in agriculture (commercialization and self-consumption), which adapts to the rationalities of agrobiodiversity management; 4) The specific and varietal diversity in the roçados decreases as the level of productive specialization increases, both the fishing and agriculture. However, this is not verified in the genetic point of view, where the genes are well distributed in the varieties and populations, independent of the productive logic; 5) The roçados at the Amanã and Mamirauá SDR are extremely diverse, presenting high values of allelic diversity, polymorphism and heterozigosity; 6) The genetic diversity is structured basically within each roçado, which indicates high gene flow among the varieties of each roçado and among the varieties of the different roçados, promoted mainly by the exchange of varieties between agriculturists, diminishing the difference between roçados and increasing the frequency of different alleles in each roçado; 7) The floodplain fishing and communities have an important role in the agrobiodiversity dynamics, as they shelter a great number of species and cassava varieties in their roçados; 8) Therefore, in all the communities agriculture has an important role, which denotes that the extension strategies must foresee the production systems approach in their interventions.