Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados para C. gasar, indicando que esta espécie estaria mais estruturada do que C. rhizophorae. As análises demográficas indicaram uma provável expansão das populações durante o ultimo período glacial e uma possível origem americana das populações africanas. Todos os resultados sugeriram a existência de uma barreira geográfica próxima ao Rio de Janeiro, que poderia ser a cadeia de Vitória-Trindade e o fenômeno de ressurgência que ocorre em Cabo Frio (RJ). Esses resultados serão de grande utilidade para estabelecer critérios para seleção de sementes para cultivo ao longo da costa do Brasil que permitirá o manejo adequado dos estoques ostreícolas, prevenindo seu desaparecimento como já ocorrido em outros recifes no mundo. / Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more structured than C. rhizophorae. Demographic analyses showed a probable expansion of populations during the last glacial period and a probable American origin of African populations. All results suggested the existence of a barrier next to Rio de Janeiro, which could be Vitoria-Trindade chain and the upwelling in the region of Cabo Frio (RJ). These results will be useful to establish criteria for the selection of seeds for cultivation along the Brazilian coast which will allow proper management of stocks of oysters preventing its disappearance as in other reefs around the world.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / The Most Probable Numbers (NMPs) of enterococci and thermotolerant coliforms were estimated in 60 oyster samples (crassostrea rhizophorea) sold at two beach restaurantes, A and B, at Praia do Futuro, Fortaleza City, Cearà state, during the period between september 2000 and september 2001. Each sample included 25 individuals, therefore reaching a total of approximately 1,500 tested oyster. The enterococci NMPs in the samples collected at A ranged between <3,0/g and >1,100/g, while those sampled at B were between 3,0/g and >1,100/g. For the thermotolerant coliforms the obtained values were between <3,0/g and 9,300/g for A, and between <3,0/g and >110,000/g for B. Of all the tested samples, 40% of the oyster sampled at A and 43% of those sampled at B showed thermotolerant coliforms NMPs values over the limits established by the National Health Safety Agency ( AgÃncia Nacional de VigilÃncia SanitÃria) for human consumption of raw food (BRASIL, 2001). There was no statistical correlation between the enterococci and thermotolerant coliforms NMPs (p<0.05). 90 strains of E. faecalis (71%), 8 of E. hirae (6%), 2 of E. mundtii (2%) and 1 of E. durans (1%) were isolated at A, while at B 76 strains of E. faecalis (63%), 5 of E. hirae (4%), 2 of E. mundtii (2%) were found. Regarding the thermotolerant coliform group, 56 strains of E. coli (82%), 12 of Enterobacter (17%) and 1 of Citrobacter (1%) were confirmed at A, while 40 strains of E. coli (63%), 19 of Enterobacter (30%), 3 of Citrobacter (5%) and 1 of Klebsiella (2%) were found at B. All the E. coli strains isolated at A were sensitive to the following antimicrobial agents: CIP, CN, CRO, FOX, IMP, NA and SXT. 70% of these strains showed resistence to ampiciline. At B, the higher sensitivies (100%) were observed for the following antimicrobial agents: CIP, CN, CRO, FOX, IMP, NA and NIT. The ampiciline-resistence values were similar to those at A. None of the Enterococcus species showed to be capable to produce growth inhibiting substances (bacteriocins) aganist E. coli. / Foram estimados o NÃmero Mais ProvÃvel (NMP) de enterococos e de coliformes termotolerantes de 60 amostras de ostras (Crassostrea rhizophorae) comercializadas em duas barracas: A e B, na Praia do Futuro em Fortaleza â CE, no perÃodo de setembro de 2000 a setembro de 2001. Cada amostra constava de 25 indivÃduos, totalizando assim a anÃlise de aproximadamente 1.500 ostras. Os NMPs de enterococos para as amostras coletadas na Barraca A variaram de <3,0 a >1100/g , enquanto os estimados nas amostras da Barraca B ficaram entre 3,0 e >1100/g. Para coliformes termotolerantes os valores encontrados nas amostras de ostra foram de <3,0 a 9300,0/g e <3,0 a >110000/g para as Barracas A e B, respectivamente. Do total de amostras analisadas, 40% na Barraca A e 43% na Barraca B mostraram valores de coliformes termotolerantes acima dos padrÃes estabelecidos pela AgÃncia Nacional de VigilÃncia SanitÃria (ANVISA) para espÃcies destinadas a alimentaÃÃo humana e que serÃo ingeridas cruas (BRASIL, 2001). NÃo houve correlaÃÃo estatÃstica entre os NMPs de enterococos e de coliformes termotolerantes ( p< 0,05). Na Barraca A foram confirmadas 90 (71%)cepas de E. faecalis; 8 (6%) de E. hirae; 2(2%) de E. mundtii e 1( 1%) de E. durans, enquanto na B foram confirmadas: 76(63%) cepas de E. faecalis; 5 (4%) de E. hirae e 2(2%) de E. mundtii. Com relaÃÃo aos coliformes termotolerantes, foram confirmadas na Barraca A: 56 (82%)cepas de E. coli; 12 (17%) de Enterobacter e 1 (1%) de Citrobacter e na Barraca B, foram confirmadas 40 (63%) de E. coli; 19 (30%) de Enterobacter; 3 (5%) de Citrobacter e 1 (2%) de Klebsiella. Todas as cepas de E. coli da Barraca A foram sensÃveis ao antimicrobianos: CIP,CN, CRO, FOX, IMP, NA e SXT enquanto, que 70% apresentaram resistÃncia a ampicilina. Na Barraca B, As maiores sensibilidades (100%) foram detectadas aos antimicrobianos CRO, CIP, CN, FOX, F, IMP, NA. e NIT. Com relaÃÃo à resistÃncia a ampicilina, o resultado foi similar ao da Barraca A. Frente a Escherichia coli, nenhuma das cepas, das diferentes espÃcies de Enterococcus, testadas, mostrou capacidade de produzir substÃncias inibidoras (bacteriocinas) de crescimento.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-06-09T11:35:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CianotoxinasOstrasAguas.pdf: 1711540 bytes, checksum: eb11c36e72609b2319a594f916b74184 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-06-12T14:32:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CianotoxinasOstrasAguas.pdf: 1711540 bytes, checksum: eb11c36e72609b2319a594f916b74184 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T14:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CianotoxinasOstrasAguas.pdf: 1711540 bytes, checksum: eb11c36e72609b2319a594f916b74184 (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Cianobactérias são organismos procarióticos fotossintetizantes e em condições favoráveis ao seu crescimento podem formar florações. Também são capazes de produzir cianotoxinas, metabólitos secundários que possuem efeito tóxico para organismos eucarióticos inclusive o homem. Como parte do fitoplâncton as cianobactérias participam das cadeias alimentares, sendo assim a ingestão de moluscos que tenham se alimentado continuamente de cianobactérias tóxicas e acumulado as toxinas em seus tecidos gera a possibilidade de transferência para o homem através de seu consumo trazendo sérios riscos à sua saúde. Ainda são escassos estudos sobre a contaminação (por cianotoxinas) de moluscos destinados ao consumo humano. Logo, este estudo consistiu em verificar a ocorrência de cianotoxinas em águas de cultivo e no tecido de ostras destinadas ao consumo humano. As coletas de água e de ostras foram realizadas em cultivos de dois municípios localizados no nordeste do Pará. A pesquisa por cianotoxinas foi realizada através de Cromatografia Líquida de Alta Eficiência, HPLC. As cianobactérias presentes na água, as isoladas e as cultivadas a partir das conchas das ostras foram identificadas. Não foram detectadas microcistinas e saxitoxinas nas amostras de água e nos extratos de ostras de ambos locais de cultivo. Contudo, foram identificados três gêneros de cianobactérias – Aphanizomenon, Oscillatoria e Phormidium, em Curuçá e três gêneros de cianobactérias em São Caetano de Odivelas – Aphanothece, Oscillatoria e Phormidium, todos conhecidos por conter espécies tóxicas. Foi detectada a presença de saxitoxinas em extratos de culturas de cianobactérias a partir das conchas das ostras de ambos os locais de cultivo, indicando a presença de espécies tóxicas apesar da ausência de floração. Neste estudo, verificou-se que os locais de cultivo de ostras encontram-se adequadas para o consumo, livres de contaminação por microcistinas e saxitoxinas, no entanto, se faz necessária a implantação de uma legislação específica e o monitoramento desses cultivos a fim de assegurar a saúde dos consumidores. / Cyanobacteria are photosynthetic prokaryotic organisms and under conditions favorable to their growth can form blooms. They are also capable of producing cyanotoxins, secondary metabolites that have a toxic effect on eukaryotic organisms including man. As part of phytoplankton the cyanobacteria participate in the food chains, thus the ingestion of shellfish, that have been continuously fed toxic cyanobacteria and accumulated the toxins in their tissues generates the possibility of transfer to the man through their consumption bringing serious risks to their health. There is still very little research on the contamination (by cyanotoxins) of shellfish intended for human consumption. Therefore, this study was to verify the occurrence of cyanotoxins in culture waters and in the tissue of oysters destined for human consumption. The water and oyster samples were collected from two municipalities located in the northeast of Pará. The cyanotoxins research was performed using High Performance Liquid Chromatography (HPLC). The cyanobacteria present in the water, isolated and cultured from oyster shells were identified. No microcystins and saxitoxins were detected in water samples and oyster extracts from both growing sites. However, three genera of cyanobacteria - Aphanizomenon, Oscillatoria and Phormidium were identified in Curuçá and three genera of cyanobacteria in São Caetano de Odivelas - Aphanothece, Oscillatoria and Phormidium, all known to contain toxic species. The presence of saxitoxins in extracts from cyanobacterial cultures was detected from the oyster shells of both growing sites, indicating the presence of toxic species despite the absence of bloom. In this study, it was verified that the cultivation of oyster sites are suitable for consumption, free of contamination by microcystins and saxitoxins, however, it is necessary to implement specific legislation and the monitoring of these crops in order to ensure consumer health.

As bactérias patogênicas em moluscos bivalves podem ser agentes causadores de doenças como a gastroenterite e responsáveis por vários surtos de origem alimentar, representado um risco para os consumidores. Os vírus entéricos são a causa mais comum de surtos de gastroenterites não bacteriana em humanos no mundo e podem ser encontrados nas águas utilizadas no cultivo de moluscos bivalves. Este estudo teve como objetivo avaliar a contaminação de mexilhões (Mytella falcata) e ostras (Crassostrea brasiliana) provenientes do Complexo Estuarino Lagunar de Cananéia-Iguape, Estado de São Paulo, por bactérias (coliformes totais, coliformes termotolerantes, patotipos de Escherichia coli), por astrovírus e norovírus humanos. Um total de 150 amostras de moluscos bivalves (75 ostras e 75 mexilhões) foram coletadas de junho de 2016 a fevereiro de 2017. A estimativa de coliformes totais nos tecidos das ostras variou de 14,1 a 154,5 número mais provável (NMP)/g e de coliformes termotolerantes de 3,0 a 48,6 NMP/g, enquanto que para as amostras de mexilhões, os coliformes totais variaram de 97,4 a 1300 NMP/g e coliformes termotolerantes de 3,6 a 927 NMP/g. E. coli foi detectada em 24 amostras (16%), em concentrações variando entre &lt;3 e &gt;927 NMP/g. Quatro amostras (17%) foram identificadas com Escherichia coli enteropatogênica (EPEC), apresentando o gene eae por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e RFLP (Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição), e os amplicons positivos foram sequenciados. As porcentagens de similaridade relativas ao gene phoA de E. coli, para as cinco amostragens realizadas no estudo, apresentaram valores iguais ou superiores a 88,6%. As sequências de EPEC agruparam-se em diferentes clados com outras sequências do Brasil, Suíça e Uruguai, exibindo similaridade de 57,7 e 97,1% quando comparadas umas as outras. Quando comparadas a outras sequências de referência depositadas no GenBank, a similaridade variou entre 56,2 e 95,4%. Estes resultados são os primeiros a indicar a presença de EPEC em moluscos bivalves no Brasil. Astrovírus não foram identificados nas amostras de moluscos analisadas neste estudo. Norovírus (NoV) foi identificado em 21 (14%) das amostras, sendo 38% de mexilhões e 62% de ostras. As amostras de NoV genogrupo II (GII) foram agrupadas num clado único, juntamente com outras sequências de NoV GII, sendo mais próximas filogeneticamente de sequências originárias do Brasil, Japão e México, com similaridade de 93,8 a 96,6% do que com as outras sequências homólogas. A triagem de moluscos bivalves para coliformes, E. coli e presença de vírus entéricos significativos para a saúde pode ajudar na prevenção de surtos entre os consumidores e contribuir para a melhoria do ambiente estuarino. / The pathogenic bacteria in bivalve molluscs are causative agents of diseases such as gastroenteritis and responsible for several food-borne outbreaks, representing a risk to consumers. Enteric viruses are the most common cause of outbreaks of non-bacterial gastroenteritis in humans in the world and can be found in waters used in the cultivation of bivalve molluscs. The objective of this study was to evaluate the contamination of mussels (Mytella falcate) and oysters (Crassostrea brasiliana) from the estuarine complex Lagunar of Cananéia-Iguape, State of São Paulo, by bacteria (total coliforms, thermotolerant coliforms, Escherichia coli) and by human astroviruses and noroviruses. A total of 150 samples of bivalve molluscs (75 oysters and 75 mussels) were collected from June 2016 to February 2017. The total coliform estimate in oyster tissues varied from 14.1 to 154.5 most probable number (MPN)/g and thermotolerant coliforms from 3.0 to 48.6 MPN/g, whereas for mussel samples, total coliforms ranged from 97.4 to 1300 MPN/g and thermotolerant coliforms from 3.6 to 927 MPN/g. E. coli was detected in 24 samples (16%) at concentrations ranging from &lt;3 to &gt;927 NMP/g. Four (17%) were identified with enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), presenting the gene eae by PCR (Polymerase Chain Reaction) and RFLP (Restriction fragment length polymorphism), and the positive amplicons were sequenced. The percentages of similarity relative to the phoA gene of E. coli, for the five samplings carried out in the study, presented values equal or superior to 88.6%. The EPEC sequences were grouped in different clades with other sequences from Brazil, Switzerland and Uruguay, exhibiting similarity of 57.7 and 97.1% when compared to each other. When compared to other reference sequences deposited in GenBank, the similarity ranged from 56.2 to 95.4%. These results are the first to indicate the presence of EPEC in bivalve molluscs in Brazil. Astroviruses were not identified in the mollusk samples analyzed in this study. Norovirus (NoV) was identified in 21 (14%) of the samples, representing 38% of mussels and 62% of oysters. NoV genogroup II (GII) samples were clustered in a single clade, along with other NoV GII sequences, keeping phylogenetically closest to sequences originating in Brazil, Japan and Mexico, with similarity of 93.8 to 96.6% than with the other homologous sequences. The screening of bivalve molluscs for coliforms, E. coli and the presence of enteric viruses significant to health can help preventing outbreaks among consumers and contribute to the improvement of the estuarine environment.

ARAÚJO, Rayza Lima. Quantificação de bactérias entéricas em sítios anatômicos e líquido intervalvar de ostras (Crassostrea rhizophorae) e caracterização de isolados de Escherichia coli. 2013. 72 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2013 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-21T12:44:56Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlaraújo.pdf: 1057950 bytes, checksum: 1d6c5772a5e213e790c01a58e0b1adca (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-21T12:45:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlaraújo.pdf: 1057950 bytes, checksum: 1d6c5772a5e213e790c01a58e0b1adca (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T12:45:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlaraújo.pdf: 1057950 bytes, checksum: 1d6c5772a5e213e790c01a58e0b1adca (MD5) Previous issue date: 2013 / Fecal coliforms have been described as one of the best indicators of pollution in the aquatic environments by human wastes, and it is widely used as a parameter for classifying areas where oysters are farmed or extracted. Among Enterobacteriaceae members, E. coli stands out as potential pathogenic specie, representing risk for public healthy when associated with consumption of raw or undercooked bivalves. However, little is known about this colonization in the bivalve tissues and/or distribution of these enteric bacteria. The objective of the present study was to: (i) quantify fecal coliforms from body fluid and anatomical sites, separately; (ii) isolate and identify E. coli in oysters commercialized in natura in Praia do Futuro beach, Fortaleza-Ceará; (iii) evaluate the virulence profile and resistance to antimicrobial agents of E. coli isolates. The study covered ten samples, from February to April 2012, by analyzing twelve oysters for sample, divided into a body fluid (intervalvar liquor) and two anatomical sites (mantle and gastrointestinal tract). Fecal coliforms concentration was higher than allowed by legislation nº 12/2001 of ANVISA in three samples, and intervalvar liquor presented higher MPN in six samples. Out of 137 E. coli strains isolated, 19% was resistant to both tetracycline and oxytetracycline, and MAR ranged from 0,250 to 0,625. It is further noted producing expended spectrum beta lactamases strains, however none showed biofilm production. The major frequency resistance to oxytetracycline suggests a selective pressure to mangrove ecosystem microbiota that could be directly affected by farming shrimp activity, practiced in a region next to Parnaíba city, located in Piauí state, where oysters are extracted. In addition, the presence of multiple resistance can be a risk for in natura oyster consumers. / Os coliformes termotolerantes têm sido descritos como um dos melhores indicadores de contaminação de ambientes aquáticos por resíduos humanos, sendo amplamente utilizado como parâmetro para classificação de áreas onde se cultiva ou extrai ostras. Dentre os membros deste grupo, a Escherichia coli se destaca como uma espécie potencialmente patogênica, representando risco para a saúde pública quando associada ao consumo de moluscos bivalves crus ou parcialmente cozidos. Entretanto, pouco é sabido sobre a colonização nos tecidos desses moluscos e/ou distribuição dessas bactérias entéricas. O presente estudo teve como objetivos:(i) quantificar coliformes termotolerantes do fluido corporal e dos sítios anatômicos, separadamente;(ii) isolar e identificar E. coli de amostras de ostras comercializadas in natura na Praia do Futuro, Fortaleza-Ceará;(iii) avaliar o perfil de virulência e resistência a antimicrobianos dos isolados de E. coli. Foram realizadas dez coletas no período de fevereiro a abril de 2012, sendo analisadas dez ostras por coleta, divididas em um fluido corporal (líquido intervalvar) e dois sítios anatômicos (músculo e trato gastrointestinal). Os resultados apontaram três amostras com contagens de coliformes acima do limite estabelecido pela legislação nº 12 de 2001 da ANVISA, tendo o líquido intervalvar apresentado o NMP mais elevado em seis amostras. Das 137 cepas de E. coli isoladas, verificou-se maior incidência de resistência à tetraciclina e oxitetraciclina (19%), com variação do Índice de Múltipla Resistência (MAR) entre 0,250 e 0,625. Observou-se ainda a presença de cepas produtoras de enzimas beta-lactamases de espectro estendido, porém nenhuma das cepas testadas apresentou produção de biofilme. A elevada frequência de resistência à oxitetraciclina sugere uma pressão seletiva sobre a microbiota do ecossistema manguezal, que pode ser afetada diretamente pela atividade de carcinicultura, praticada na região próxima à cidade de Parnaíba, localizada no Estado do Piauí, de onde as ostras são extraídas. Além disso, a presença de múltipla resistência aos antimicrobianos observada pode ser indicativa de risco para os consumidores de ostra in natura.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados para C. gasar, indicando que esta espécie estaria mais estruturada do que C. rhizophorae. As análises demográficas indicaram uma provável expansão das populações durante o ultimo período glacial e uma possível origem americana das populações africanas. Todos os resultados sugeriram a existência de uma barreira geográfica próxima ao Rio de Janeiro, que poderia ser a cadeia de Vitória-Trindade e o fenômeno de ressurgência que ocorre em Cabo Frio (RJ). Esses resultados serão de grande utilidade para estabelecer critérios para seleção de sementes para cultivo ao longo da costa do Brasil que permitirá o manejo adequado dos estoques ostreícolas, prevenindo seu desaparecimento como já ocorrido em outros recifes no mundo. / Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more structured than C. rhizophorae. Demographic analyses showed a probable expansion of populations during the last glacial period and a probable American origin of African populations. All results suggested the existence of a barrier next to Rio de Janeiro, which could be Vitoria-Trindade chain and the upwelling in the region of Cabo Frio (RJ). These results will be useful to establish criteria for the selection of seeds for cultivation along the Brazilian coast which will allow proper management of stocks of oysters preventing its disappearance as in other reefs around the world.

Dissertação(mestrado) - Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós-Graduação em Oceanografia Física, Química e Geológica, Instituto de Oceanografia, 2007. / Submitted by Cristiane Silva (cristiane_gomides@hotmail.com) on 2013-02-18T16:41:32Z No. of bitstreams: 1 2007_gabriela_ignacio.pdf: 836041 bytes, checksum: bb374a70eb8e3a0915630c9ed8785c3f (MD5) / Approved for entry into archive by Bruna Vieira(bruninha_vieira@ibest.com.br) on 2013-06-12T17:10:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_gabriela_ignacio.pdf: 836041 bytes, checksum: bb374a70eb8e3a0915630c9ed8785c3f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-12T17:10:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_gabriela_ignacio.pdf: 836041 bytes, checksum: bb374a70eb8e3a0915630c9ed8785c3f (MD5) Previous issue date: 2007 / Hidrocarbonetos naturais e antrópicos estão amplamente distribuídos no meio ambiente marinho, tendo sua origem biogênica, diagenética, pirolítica ou petrogênica. Com o objetivo de avaliar os níveis ambientais e fontes preferenciais de hidrocarbonetos alifáticos e policíclicos aromáticos (HPAs) ao longo do Complexo Estuarino da Baía de Paranaguá, foram coletadas 7 amostras de sedimento, 12 de água e 7 de ostras em áreas sob influência antropogênica e fora da área potencialmente contaminada (Controle). Os hidrocarbonetos alifáticos foram determinados em água e sedimento por cromatografia gasosa com detector de ionização de chama (CG/DIC) e os HPAs em água, sedimento e ostras por cromatografia gasosa com detector de massas (CG/EM). No sedimento, a distribuição individual e as relações entre n-alcanos sugerem uma contribuição preferencial de hidrocarbonetos de origem biogênica terrestre em todas as estações, refletindo a presença de manguezais. A mistura complexa não resolvida (MCNR) foi observada em todas as amostras, mas sua concentração não caracteriza claramente a existência de aportes crônicos de óleo. A distribuição de HPAs no sedimento mostrou uma mistura de fontes pirolíticas e petrogênicas, com grande predominância de fonte pirolítica. Na água, as relações encontradas sugerem uma mistura de hidrocarbonetos de origem biogênica, petrogênica e pirolítica. Nas ostras, a concentração dos compostos de 2 e 3 anéis foi predominante em relação aos compostos de 4 e 5 anéis em quase todas as amostras, indicando a assimilação de compostos mais leves pelos organismos. Os fatores de bioacumulação (água/ostra e sedimento/ostra) foram relativamente baixos, indicando uma baixa biodisponibilidade dos HPAs. Apesar das diferentes fontes encontradas para os compartimentos bióticos e abióticos estudados no Complexo Estuarino da Baía de Paranaguá, os níveis de hidrocarbonetos são considerados relativamente baixos se comparados a ambientes sabidamente contaminados. / Natural and anthropogenic hydrocarbons are ubiquitously distributed in the aquatic environments, with biogenic, diagenetic, pyrolitic and petrogenic origins. Thus, the aim of this study was to evaluate the environmental levels and preferential sources of aliphatic and polycyclic aromatic (PAH) hydrocarbons in the Estuarine Complex of Paranaguá Bay. Seven samples of sediment, 12 of water and 7 of oysters were collected in areas under the influence of and away from anthropogenic inputs (Control site). Aliphatic hydrocarbons were determined in water and sediment samples by gas chromatography with flame ionization detector (GC/FID), while polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) in water, sediment and oyster samples were determined by gas chromatography with mass spectrometer detector (GC/MS). In sediment samples, the nalkanes suggested a great contribution of continental hydrocarbons in all the stations, reflecting the presence of mangroves. The unresolved complex mixture (UCM) was observed in all samples, but its concentration did not characterize the existence of chronic inputs of oil. The distribution of PAHs in the sediment showed a mixture of pirolitic and petrogenic sources, with a predominance of pirolitic sources. In water samples, the relations suggested a mixture of hydrocarbons of biogenic, petrogenic and pirolitic origin. In oysters, 2 and 3 rings were predominant over 4 and 5 ring PAHs in almost all samples, indicating the assimilation of lighter compound by the organisms. The low bioaccumulation factors (water/oyster and sediment/oyster) indicated a reduced bioavailability of the PAHs. Despite different sources were found in biotic and abiotic compartments from the Estuarine Complex of Paranaguá Bay, the levels of hydrocarbons were relatively low in comparison to contaminated areas.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / ClassificaÃÃes taxonÃmicas de ostras sÃo problemÃticas, pois estes organismos possuem caracterÃsticas morfolÃgicas pouco informativas. A variabilidade da regiÃo ITS do cluster ibossÃmico tem sido bastante utilizada em estudos filogenÃticos e taxonÃmicos, visto que esta regiÃo apresenta uma variabilidade relativamente elevada e fÃcil amplificaÃÃo por termociclagem. A ostra Crassostrea brasiliana foi, por dÃcadas, confundida com C. rhizophorae, entretanto, estudos recentes indicam que sÃo duas espÃcies biologicamente distintas. Esta pesquisa objetivou analisar a variabilidade da regiÃo ITS-1 de populaÃÃes de ostras C. rhizophorae em trÃs estuÃrios da costa do Estado do Cearà e investigar a presenÃa de uma segunda espÃcie de ostra pertencente ao gÃnero Crassostrea. Exemplares da ostra nativa C. cf. rhizophorae foram coletados nos estuÃrios da costa cearense para anÃlise de variabilidade populacional. Foram coletados tambÃm espÃcimes de C. cf. brasiliana para estudo de filogenia e comparaÃÃo com o primeiro grupo de ostras. ApÃs extraÃÃo de DNA e amplificaÃÃo por PCR da regiÃo ITS-1, seqÃÃncias desta regiÃo foram obtidas para anÃlise filogenÃtica realizada atravÃs dos mÃtodos de neighbour-joining e mÃxima parcimÃnia. SequÃncias de ITS-1 descritas no GenBank para 35 indivÃduos, representando 12 espÃcies de ostras do gÃnero Crassostrea, e mais duas seqÃÃncias de Saccostrea glomerata (grupo externo), foram utilizadas para os alinhamentos com as sequÃncias obtidas na presente pesquisa. A variabilidade intraespecÃfica de C.cf.rhizophorae foi estudada pelo mÃtodo da mÃxima parcimÃnia. SeqÃÃncias inÃditas de ITS-1 completo foram obtidas para C.brasiliana e C.rhizophorae, com 427 e 439 pb, respectivamente. A Ãrvore de neighbour-joining evidenciou a clara separaÃÃo de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae em ramos distintos (100%), confirmando a ocorrÃncia de, pelo menos, duas espÃcies de Crassostrea no local de estudo. O estudo sugere a ocorrÃncia de C.brasiliana no Estado do CearÃ. Embora alguns autores tenham considerado C.brasiliana sinÃnimo de C.virginica, em nosso estudo, C.virginica mostrou-se muito mais prÃxima de C.rhizophorae, com forte agrupamento (100%). A Ãrvore de mÃxima parcimÃnia mostrou que as seqÃÃncias de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae formaram um grupo monofilÃtico com as demais espÃcies de Crassostrea em 100% das repetiÃÃes. C.cf.brasiliana apresentou-se na base do ramo monofilÃtico de Crassostrea e, portanto, foi o grupo mais prÃximo de S.glomerata. Esta Ãrvore tambÃm mostrou a separaÃÃo dos exemplares de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae em ramos distintos (100%), evidenciando o forte sinal filogenÃtico observado na anÃlise. Novamente, C.cf.rhizophorae mostrou-se prÃxima de C.virginica. A anÃlise de mÃxima parcimÃnia para variabilidade intraespecÃfica de C.cf.rhizophorae nos trÃs estuÃrios estudados mostrou a formaÃÃo de 7 diferentes sequÃncias para C.cf.rhizophorae. A ligaÃÃo entre as sequÃncias encontradas sugere a presenÃa de fluxo gÃnico entre as populaÃÃes estudadas e a ocorrÃncia de sequÃncias exclusivas pode indicar a formaÃÃo de populaÃÃes residentes em cada um dos estuÃrios analisados. A regiÃo ITS-1 mostrou-se ideal para estudos de filogenia de ostras e estudos de variabilidade gÃnica populacional. A confirmaÃÃo de uma segunda espÃcie de ostra pertencente ao gÃnero Crassostrea na costa cearense à relevante para uma melhor gestÃo destes recursos, que possuem grande importÃncia ecolÃgica, econÃmica e social para nosso Estado. / Taxonomic classifications of oysters are problematic, because these bodies have little morphological information. The variability of the ITS region of the cluster ibossÃmico has been used in phylogenetic and taxonomic studies, since this region presents a relatively high variability and easy amplification by thermocycling. The oyster Crassostrea brasiliana was, by decades, confused with C. rhizophorae However, recent studies indicate that two biologically distinct species. This study aimed to analyze the variability of ITS-1 region of oyster populations of C. rhizophorae in three estuaries on the coast of Cearà State and investigate the presence of a second species of oysters belonging to the genus Crassostrea. Copies of the native oyster C. cf. rhizophorae were collected in the estuaries of the coast of Cearà for the analysis population ariability. Were also collected specimens of C. cf. brasiliana for study of phylogeny and compared with the first group of oysters. After extraction of DNA and amplification by PCR of the ITS-1 region, this region sequences were obtained for phylogenetic analysis performed by the methods of neighbor-joining and maximum parsimony. ITS-1 sequences described in GenBank for 35 individuals representing 12 species of oysters of the genus Crassostrea and two sequences of Saccostrea glomerata (external group) were used for the alignments with the sequences obtained in this study. The intraspecific variability of C.cf.rhizophorae was studied by the method of maximum parsimony. Unpublished sequences of ITS-1 were obtained for full C.brasiliana and C.rhizophorae with 427 and 439 bp, respectively. The neighbor-joining tree, showed the clear separation of C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae in separate branches (100%), confirming the occurrence of at least two species of Crassostrea place of study. The study suggests the occurrence of C.brasiliana in the state of CearÃ. Although some authors have considered C.brasiliana synonymous with C.virginica in our study, C.virginica was very close to C.rhizophorae, with a strong group (100%). The tree of maximum parsimony showed that the sequences of C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae formed a monophyletic group with other species of Crassostrea in 100% of replicates. C.cf.brasiliana presented on the basis of branch of Crassostrea monophyletic and, therefore, was the group nearest S.glomerata. This tree also showed the separation of the copies of C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae in different branches (100%), showing the strong signal observed in the phylogenetic analysis. Again, C.cf.rhizophorae showed up near C.virginica. The maximum parsimony analysis of intraspecific variability of C.cf.rhizophorae for the three estuaries studied showed the formation of 7 different sequences for C.cf.rhizophorae. The connection between the sequences found suggests the presence of gene flow between populations and the occurrence of unique sequences may indicate the formation of resident populations in each of the estuaries examined. The region ITS-1 proved to be ideal for studies of phylogeny of oysters and studies of population genetic variability. Confirmation of a second species of oysters belonging to the genus Crassostrea in Cearà coast is important for better management of these resources, which have important ecological, economic and social to our state.

Foram aplicadas técnicas de análise e comparação de anatomia detalhada, através de dissecções e por análises moleculares em um grupo altamente variável como os Ostreidae com objetivo de comprovar o monofiletismo de Crassostreinae. Por ser economicamente importante em todo o mundo, a diferenciação entre as espécies é fundamental, com aplicações até na produção. Através de um estudo comparativo de morfologia detalhada, representantes de quase todos os gêneros de Ostreoidea foram analisados. Inicialmente, os representantes da subfamília Crassostreinae foram estudados isoladamente. Em cada uma foi realizada uma análise filogenética na procura de sua monofilia e de sua identidade básica. Os representantes de Ostreinae e Gryphaeidae foram utilizados como grupo-externo. Em seguida, alguns representantes de Pteriomorphia foram incorporados ao grupo-externo (Limidae, Spondylidae, Plicatulidae, Isognomonidae, Anomiidae) com enraizamento em Arcidae. Foram estudados 73 caracteres, presentemente comentados e discutidos. Uma única árvore mais parcimoniosa foi obtida: (((((((Cryptostrea permolis (Teskeyostrea weberi ((Hyotissa hyotis (Parahyotissa mcgintyi - P. numisma)) ((Eostrea puelchana - E. lurida) (Ostrea edulis (Ostreola equestris (\"Dendostrea\" sp1 ((Lopha cristagalli - Alectryonella plicatula) ((Dendostrea folium - D. sp 2) (\"Dendostrea\" frons (\"Saccostrea\" echinata (\"Saccostrea\" palmula (((Saccostrea mordax - \"Striostrea\" prismatica) (Saccostrea cucullata - S. glomerata)) ((Crassostrea virginica (C. gigas - C. bilineata)) (C. mangle (C. brasiliana - C. rhizophorae)))))))))))))))) Plicatulostrea onca) Plicatula gibbosa) Spondylus americanus) Lima sp.) (Anomia simplex - Isognomon alatus)) Barbatia cândida) tendo como índices: passos = 372, IC = 27 e IR = 58. Nota-se que a monofilia de Crassostreinae foi comprovada e é suportada por 6 sinapomorfias, Crassostrea também é monofilético, suportado por 4 sinapomorfias. Saccostrea, considerando a espécie tipo S. cucullata, é monofilético junto com S. glomerata. Dados obtidos por análises moleculares, realizadas neste e dados do GenBank&reg;, corrobora, em parte, com os dados anatômicos; Crassostrea é considerado monofilético em ambas análises. As diferenças e semelhanças morfo-anatômicas encontradas em quase todas as estruturas foram suficientes para a separação e agrupamento entre os gêneros e respectivas espécies / Techniques of analysis and comparison of detailed anatomy through dissections and molecular analysis were applied in a highly variable group as Ostreidae in order to prove the monophyly of Crassostreinae. Being economically important worldwide, differentiation between species is essential in applications to production. Through a detailed comparative study of morphology, representatives of almost all genres of Ostreoidea were analyzed. Initially, the representatives of the subfamily Crassostreinae were studied in isolation. A phylogenetic analysis was performed in the search for your monophyly and their basic identity in each one. Representatives of Ostreinae Gryphaeidae and were used as-external. Then, some representatives of Pteriomorphia were incorporated into the group-external (Limidae, Spondylidae, Plicatulidae, Isognomonidae, Anomiidae) with rooting Arcidae. 73 characters presently commented and discussed were studied. A single most parsimonious tree was obtained: (((((((Cryptostrea permolis (Teskeyostrea weberi ((Hyotissa hyotis (Parahyotissa mcgintyi - P. numisma)) ((Eostrea puelchana - E. lurida) (Ostrea edulis (Ostreola equestris (\"Dendostrea\" sp.1 ((Lopha cristagalli - Alectryonella plicatula) ((Dendostrea folium - D. sp.2) (\"Dendostrea\" frons (\"Saccostrea\" echinata (\"Saccostrea\" palmula (((Saccostrea mordax - \"Striostrea\" prismatica) (Saccostrea cucullata - S. glomerata)) ((Crassostrea virginica (C. gigas - C. bilineata)) (C. mangle (C. brasiliana - C. rhizophorae)))))))))))))))) Plicatulostrea onca) Plicatula gibbosa) Spondylus americanus) Lima sp.) (Anomia simplex - Isognomon alatus)) Barbatia candida) while indices: = 372 steps, CI = 27 and IR = 58. We note that the monophyly of Crassostreinae been established and is supported by six synapomorphies, Crassostrea is also monophyletic, supported by four synapomorphies. Saccostrea, considering the type species S. cucullata, is monophyletic with S. glomerata. Data obtained by molecular analyzes, performed and this data GenBank&reg; corroborates, in part, with the anatomical data; Crassostrea is considered to be monophyletic in both analyzes. Differences and morphological, anatomical similarities found in almost all structures were sufficient for separating and grouping among genera and their species

As bactérias patogênicas em moluscos bivalves podem ser agentes causadores de doenças como a gastroenterite e responsáveis por vários surtos de origem alimentar, representado um risco para os consumidores. Os vírus entéricos são a causa mais comum de surtos de gastroenterites não bacteriana em humanos no mundo e podem ser encontrados nas águas utilizadas no cultivo de moluscos bivalves. Este estudo teve como objetivo avaliar a contaminação de mexilhões (Mytella falcata) e ostras (Crassostrea brasiliana) provenientes do Complexo Estuarino Lagunar de Cananéia-Iguape, Estado de São Paulo, por bactérias (coliformes totais, coliformes termotolerantes, patotipos de Escherichia coli), por astrovírus e norovírus humanos. Um total de 150 amostras de moluscos bivalves (75 ostras e 75 mexilhões) foram coletadas de junho de 2016 a fevereiro de 2017. A estimativa de coliformes totais nos tecidos das ostras variou de 14,1 a 154,5 número mais provável (NMP)/g e de coliformes termotolerantes de 3,0 a 48,6 NMP/g, enquanto que para as amostras de mexilhões, os coliformes totais variaram de 97,4 a 1300 NMP/g e coliformes termotolerantes de 3,6 a 927 NMP/g. E. coli foi detectada em 24 amostras (16%), em concentrações variando entre &lt;3 e &gt;927 NMP/g. Quatro amostras (17%) foram identificadas com Escherichia coli enteropatogênica (EPEC), apresentando o gene eae por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e RFLP (Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição), e os amplicons positivos foram sequenciados. As porcentagens de similaridade relativas ao gene phoA de E. coli, para as cinco amostragens realizadas no estudo, apresentaram valores iguais ou superiores a 88,6%. As sequências de EPEC agruparam-se em diferentes clados com outras sequências do Brasil, Suíça e Uruguai, exibindo similaridade de 57,7 e 97,1% quando comparadas umas as outras. Quando comparadas a outras sequências de referência depositadas no GenBank, a similaridade variou entre 56,2 e 95,4%. Estes resultados são os primeiros a indicar a presença de EPEC em moluscos bivalves no Brasil. Astrovírus não foram identificados nas amostras de moluscos analisadas neste estudo. Norovírus (NoV) foi identificado em 21 (14%) das amostras, sendo 38% de mexilhões e 62% de ostras. As amostras de NoV genogrupo II (GII) foram agrupadas num clado único, juntamente com outras sequências de NoV GII, sendo mais próximas filogeneticamente de sequências originárias do Brasil, Japão e México, com similaridade de 93,8 a 96,6% do que com as outras sequências homólogas. A triagem de moluscos bivalves para coliformes, E. coli e presença de vírus entéricos significativos para a saúde pode ajudar na prevenção de surtos entre os consumidores e contribuir para a melhoria do ambiente estuarino. / The pathogenic bacteria in bivalve molluscs are causative agents of diseases such as gastroenteritis and responsible for several food-borne outbreaks, representing a risk to consumers. Enteric viruses are the most common cause of outbreaks of non-bacterial gastroenteritis in humans in the world and can be found in waters used in the cultivation of bivalve molluscs. The objective of this study was to evaluate the contamination of mussels (Mytella falcate) and oysters (Crassostrea brasiliana) from the estuarine complex Lagunar of Cananéia-Iguape, State of São Paulo, by bacteria (total coliforms, thermotolerant coliforms, Escherichia coli) and by human astroviruses and noroviruses. A total of 150 samples of bivalve molluscs (75 oysters and 75 mussels) were collected from June 2016 to February 2017. The total coliform estimate in oyster tissues varied from 14.1 to 154.5 most probable number (MPN)/g and thermotolerant coliforms from 3.0 to 48.6 MPN/g, whereas for mussel samples, total coliforms ranged from 97.4 to 1300 MPN/g and thermotolerant coliforms from 3.6 to 927 MPN/g. E. coli was detected in 24 samples (16%) at concentrations ranging from &lt;3 to &gt;927 NMP/g. Four (17%) were identified with enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), presenting the gene eae by PCR (Polymerase Chain Reaction) and RFLP (Restriction fragment length polymorphism), and the positive amplicons were sequenced. The percentages of similarity relative to the phoA gene of E. coli, for the five samplings carried out in the study, presented values equal or superior to 88.6%. The EPEC sequences were grouped in different clades with other sequences from Brazil, Switzerland and Uruguay, exhibiting similarity of 57.7 and 97.1% when compared to each other. When compared to other reference sequences deposited in GenBank, the similarity ranged from 56.2 to 95.4%. These results are the first to indicate the presence of EPEC in bivalve molluscs in Brazil. Astroviruses were not identified in the mollusk samples analyzed in this study. Norovirus (NoV) was identified in 21 (14%) of the samples, representing 38% of mussels and 62% of oysters. NoV genogroup II (GII) samples were clustered in a single clade, along with other NoV GII sequences, keeping phylogenetically closest to sequences originating in Brazil, Japan and Mexico, with similarity of 93.8 to 96.6% than with the other homologous sequences. The screening of bivalve molluscs for coliforms, E. coli and the presence of enteric viruses significant to health can help preventing outbreaks among consumers and contribute to the improvement of the estuarine environment.