Le concept d’habitat, qui définit le lieu de vie des organismes par des conditions abiotiques et biotiques, est déterminant pour étudier les relations entre les organismes et leur environnement. La sélection d’habitat est le processus à travers lequel l’organisme va choisir l’habitat où il se trouve en fonction des différents habitats disponibles autour de lui. Cette sélection va dépendre d’un choix individuel, qui est propre à l’organisme (ex. son comportement), et d’un choix commun, qui est observable chez des organismes qui partagent des traits communs (ex. les individus d’une même espèce). Les modèles spécifiques de sélection d’habitat cherchent à expliquer et prédire ce choix commun, et sont notamment utilisés pour les cours d’eau dans les outils d'aide à la définition de débits écologiques. Pour les poissons de rivière, la plupart des modèles spécifiques à l’échelle du microhabitat sont peu transférables à d’autres rivières. En effet, ils sont construits à partir de données d’abondance échantillonnées dans le même site pendant quelques campagnes. Afin d’améliorer la qualité prédictive de ces modèles, j’ai développé une approche prometteuse de modélisation multi-sites et multi-campagnes permettant à la fois de considérer la réponse non linéaire de la sélection et la surdispersion des données d’abondance. A partir de suivis individuels par télémétrie, j’ai montré la pertinence des modèles de sélection spécifiques malgré la forte variabilité individuelle observée. Finalement, la sélection d’habitat étant dépendante de processus structurant les communautés et agissant à l’échelle du paysage, telle que la dispersion des individus, j’ai mis en évidence l’intérêt d’utiliser des techniques légères d’échantillonnage comme les observations par plongée pour caractériser les structures des communautés et leurs répartitions spatiales. Ces techniques permettront alors d’étudier l’influence des processus du paysage sur les modèles de sélection d’habitat / The habitat concept, which defines the place where organisms live, is composed by abiotic and biotic conditions and differs for examples between species or activities. The habitat selection is the process where organisms choose the habitat to live in function of all habitats available around them. This habitat selection depends on an individual choice related to the organism, for example its behavior and a common choice related to organisms sharing common traits as individuals from the same species. Specific habitat selection models are developed to understand and represent this common choice and used to build ecological flow tools. For freshwater fish, most of specific habitat selection models have low transferability between reaches and rivers. Indeed, they are built from abundance data and sampled in the same study reach during few numbers of surveys. In order to improve predictive quality of models, I developed an attractive modelling approach, both multi-reach and multi-survey, involving the non-linear response of habitat selection and abundance data overdispersion. Then, despite the high individual variability of habitat selection, I showed, from telemetry data, the relevance of developing specific habitat selection models. Finally, as the habitat selection is also depending on processes which influence community structures at the landscape scale (e.g. dispersal), I demonstrate the benefits of sampling methods such as snorkeling to characterize community structures and their longitudinal distributions at a large spatial scale. These techniques will allow studying the influence of landscape processes on habitat selection models.

L’objet de notre recherche sont les relations conceptuelles exprimées dans les définitions des dictionnaires et celles exprimées dans un corpus spécialisé. Nous avons pour but d’analyser et comparer ces relations pour identifier les relations les plus communes d’un domaine spécialisé et déterminer où ces relations se trouvent plus fréquemment. Notre approche considère que ces relations se trouvent plus souvent dans les corpus et qu’on pourrait enrichir les définitions terminologiques en incorporant ces relations conceptuelles extraites des textes spécialisés. Le domaine choisi pour cette étude est celui de la pêche durable dont nous analysons la terminologie en anglais. Les termes analysés sont extraits d’un corpus de textes de ce domaine construit pour notre étude et qui comporte des articles scientifiques et des comptes rendus d’organismes spécialisés dans le domaine de la pêche. Pour l’analyse de définitions, trois dictionnaires spécialisés en pêche ont été sélectionnés dans l’étude. L’échantillon final de termes analysés inclut 20 noms (dont 12 termes dénotent des entités et 8 termes dénotent des activités). Ces termes sont les plus spécifiques extraits du corpus avec l’extracteur TermoStat (Drouin, 2003) et définis dans au moins deux des dictionnaires choisis. Les unités lexicales du corpus sont repérées de façon semi-automatique à l’aide de la fonctionnalité word sketch, « an automatic corpus-derived summary of a word’s grammatical and collocational behavior » (Kilgarriff et al., 2010, p. 372) dans la plateforme de gestion de corpus Sketch Engine (Kilgarriff et al., 2014). Nous travaillons avec deux types de word sketches: le word sketch conventionnel fourni par défaut par Sketch Engine et l’EcoLexicon Semantic Sketch Grammar (ESSG; León Araúz & San Martín, 2018). Seules les unités lexicales les plus fréquentes sont sélectionnées de tous les résultats de l’interrogation du corpus. L’analyse des définitions se penche sur toutes les unités lexicales reliées directement au terme analysé. Nous utilisons des paraphrases dans les analyses pour identifier et valider les relations entre le terme analysé et chaque unité reliée. À la suite de l’identification des relations, nous compilons une liste de relations et nous faisons une comparaison entre les résultats du corpus et des définitions. La comparaison des types de relations repérées dans chaque source montre qu’il y a plus de types de relations dans le corpus que dans les définitions pour 70 % de l’échantillon de termes. Lorsque la comparaison examine séparément des termes dénotant des entités et des activités, plus de types de relations se trouvent dans le corpus que dans les définitions pour 83 % des entités et pour 50 % des activités. Les résultats montrent également que 54 % des types de relations repérées sont identifiés pour plus de termes dans le corpus que dans les dictionnaires. Par ailleurs, seulement 16,7 % des relations repérées sont identifiées pour plus de termes dans les dictionnaires que dans le corpus. La recherche a également identifié quels types de relations se trouvent plus souvent dans le corpus, dans le dictionnaire ou dans les deux sources pour le même terme. Ce constat a permis de classifier les types de relations dans trois groupes: les relations qui se trouvent la plupart du temps dans les dictionnaires, celles plus souvent présentes dans le corpus ou celles présentes dans les deux sources. / The object of our study are the conceptual relations expressed in dictionary definitions and those expressed in a specialized corpus. Our goal is to analyze and compare these relations to identify the most common relations of a specialized subject field and determine where these relations are more frequently found. Our approach considers that these relations are more often found in the corpus and that we could enrich terminological definitions if we include the conceptual relations extracted from specialized texts. The subject field chosen for this study is sustainable fisheries from which we analyze the terminology in English. The terms analyzed were extracted from a corpus of texts belonging to this subject field and built for the study. The corpus includes scientific articles and reports issued by specialized organizations in the field of fisheries. For the analysis of definitions, three specialized dictionaries were selected for the study. The final sample of terms analyzed includes 20 nouns (12 terms designating entities and 8 terms designating activities). These terms are the most specific terms extracted from our corpus using the term extractor TermoStat (Drouin, 2003) and defined in at least two of the selected dictionaries. The lexical units from the corpus were extracted semiautomatically using the function word sketch, “an automatic corpus-derived summary of a word’s grammatical and collocational behavior” (Kilgarriff et al., 2010, p. 372) in the corpus management platform Sketch Engine (Kilgarriff et al., 2014). We worked with two types of word sketches: the conventional word sketch provided by default in Sketch Engine and the Ecolexicon Semantic Sketch Grammar (ESSG; León Araúz & San Martín, 2018). Only the most frequent lexical units were selected from all the results of the corpus interrogation. The analysis of definitions included all the related lexical units directly linked to the analyzed term. Paraphrases were used in the analysis to identify and validate the relation between the analyzed terms and the related lexical units. Once all the relations were identified, a list of relation types was compiled, and a comparison was made between results from the corpus and the dictionaries. The comparison of the relation types found in each source shows that there are more relation types in the corpus than in the definitions for 70% of the sample. When the comparison focuses separately on entity and activity terms, more relation types were found in the corpus than in the definitions for 83% of entity terms and 50% of activity terms. Results also show that 54% of the relation types are associated with more terms in the corpus and only 16.7% are associated with more terms in the dictionaries. Additionally, the study identified which relation types are more often found in the corpus, in the dictionaries or in both sources. These findings allowed us to classify the relation types in three scenarios: relation types mostly found in the dictionaries, those more often found in the corpus and the group of relation types which are mostly found in both sources for each term.

La zone économique exclusive Mauritanienne est le siège d’upwelling et constitue une zone de transition où cohabitent des espèces d’affinités tempérée et tropicale. Pour comprendre le comportement spatio-temporel des assemblages démersaux du point de vue de leur composition, structuration, distribution de probabilité et diversité face aux préoccupations écologiques. Les facteurs abiotiques contribuent à la structuration des assemblages démersaux persistants au cours du temps. Les effets de la pêche étaient relativement faibles. Les trajectoires temporelles entre les assemblages et les conditions environnementales ont été mises en évidence pour certaines années et des zones. Dans les types d’habitats, un groupe minoritaire d’espèces très agrégatives obéissant au modèle de distribution en log-séries de Fisher et un autre majoritaire peu ou pas du tout agrégatives obéissant au modèle de distribution binomiale négative tronquée ont été identifiés. La diversité spécifique peut être divisé en deux groupes distincts et complémentaires : la richesse spécifique et l'autre associé à l’équitabilité. Un seul composant de la diversité ne peut donc pas représenter la diversité des poissons démersaux de la zone étudiée. Les GLM des indices complémentaires ont montré essentiellement un effet temporel et l’interaction Année-Strates bathymétriques. Aucun effet de l’effort de pêche n’a été observé sur la richesse spécifique, ni de la concentration en chlorophylle sur l’équitabilité. Ce travail pourrait fournir aux gestionnaires et aux scientifiques des connaissances complémentaires sur la dynamique spatio-temporelle des assemblages démersaux exploités dans des écosystèmes d’upwelling. / The Mauritanian exclusive economic zone is the seat of an upwelling phenomenon and constitutes a transition zone where species of temperate and tropical affinities coexist. To understand the spatio-temporal behavior of demersal assemblages from the point of view of their composition, structure, distribution of probability and diversity faced to ecological concerns. Abiotic factors contribute in the structuring of persistent groundfish assemblages over time. The fishing effects were relatively low, although significant in some years and in some specific geographic areas. Temporal trajectories between groundfish assemblages and environmental conditions have been highlighted for some years and in some specific areas. In each type habitats, two species groups were identified: a minority group of species very aggregative well fitted by Fisher’s log-series distribution and another majority of species little or not aggregative well fitted by the truncated negative binomial distribution. Diversity indices analyzed reveal that this set can be split into two distinct and complementary groups: a group associated with the species richness and another group associated with evenness. One component of diversity may not represent the diversity of the groundfish in the study area. GLMs of complementary indices showed essentially a temporal effect and Bathymetric strata-Year interaction. No effect of fishing effort was observed on the species richness and neither was the concentration of chlorophyll a on the evenness. This work could provide managers and scientists to further knowledge on the spatio-temporal dynamics of groundfish species assemblages exploited in upwelling ecosystems.

L'économie circulaire (EC) émerge depuis les années 2000 dans le débat public, en opposition à l'économie linéaire, modèle dominant aux limites économiques et écologiques reconnues. Cette thèse constitue une première confrontation opérationnelle de l'EC à un système socio-écologique dépendant de la pêche, le Pays de la Cornouaille en Bretagne. Le système est délimité dans sa façade maritime avec la pêche côtière, seule considérée comme production locale.L'approche est systémique, multidimensionnelle et dynamique. L'analyse comporte trois volets : le premier sur l'amont du circuit en mer, le deuxième sur l'aval du système à terre et le dernier sur le système complet. Premièrement, le coût caché des rejets est visualisé via une analyse comptable de flux de matière ("Material Flow Cost Accounting" MFCA) adaptée à la pêche, proposé comme outil pertinent pour améliorer la performance économique et environnementale des pêcheurs. Deuxièmement, l’analyse de flux révèle une forte dépendance des activités à terre vis-à-vis des importations et exportations de bioressources halieutiques malgré un apport significatif de la pêche côtière à l'économie locale. Troisièmement, des scenarii sur le sous-système Sardine, du "business as usual" a l'EC, servent à proposer une trajectoire alternative de développement basée sur un "panier" de biens et services territorialises et la construction d'une valeur territoire à partir de ressources halieutiques locales. Pour atteindre cette EC durable, il s'agira d'optimiser l'utilisation des ressources locales et diminuer les externalités négatives, en plus d'aller vers une gouvernance partagée, adaptée à l'échelle du système socio-écologique considéré. / The years 2000 have favored the emergence of "Circular Economy" (CE) in the public debate, as opposed to the "linear economy", the dominant model that led to acknowledged economie and ecological limits. Our work is a first attempt to address the CE to a fishery-dependent socio-ecological System, the Cornouaille region in Brittany. The approach is systemic, multidimensional and dynamic. It implies the identification of marine boundaries, in which only Coastal fisheries are considered as a local production. The analysis is conducted along three main axes: an analysis of the upstream part at sea (fishing), an analysis looking at the downstream value chain, on land, and a third looking at the whole System. First, a Material Flow Cost Accounting (MFCA) analysis adapted to fisheries is proposed as a relevant tool to improve economy and environmental performance of fishers, providing evidence of hidden costs of fish discards.Second, the fish bioresource flow analysis indicates a strong dependency on importation and exportation flows to maintain land-based activities depending on sea products, albeit evidence of a significant contribution of Coastal fisheries to the local economy. Third, the exploration of the sardine sub-system through scenarii, ranging between from "business as usual" to those lined with CE, shows an alternative development trajectory, based upon a potential "basket of goods and services", a "territorial value", specifically linked to local fisheries. To achieve such a sustainable CE, we would need to not only aim at a more efficient use of local marine resources and decrease negative externalities, but also advocate for a shared governance, suited to the scale of the considered localised socio-ecological System.

La dispersion, caractérisée par les mouvements d’individus dans l’espace et dans le temps, conduit à la production d’un flux de gènes et permet la connectivité des populations. Comprendre les facteurs qui façonnent les flux de gènes et la structuration des populations est d’une importance capitale pour améliorer les pratiques de gestion et de conservation des espèces. Celles caractérisées par une anadromie facultative, telles que la truite commune (Salmo trutta L.), sont des modèles de choix pour étudier le rôle de la diversité écotypique et comportementale, sous l’effet des activités anthropiques, sur le fonctionnement des populations. En utilisant la génétique des populations cette thèse se propose donc d’analyser la structuration des populations de la truite commune dans le fond du Golfe de Gascogne mais également de déterminer l’influence combinée de la dispersion de la truite de mer, de son comportement reproducteur et des activités anthropiques (repeuplements, transport de reproducteur) sur leur fonctionnement. Cette thèse aborde également la contribution des populations de truites communes (via leur origine natale) au stock de truites de mer capturées par la pêche professionnelle, sur le même site d’étude, en couplant de la génétique des populations et de la microchimie des otolithes. Nos résultats montrent une structuration génétique forte des populations de truite commune avec la présence de sept populations distinctes dans le bassin de l’Adour. Ceci semble être en partie expliqué par un comportement marqué de fidélité au site de naissance des truites de mer, couplé à un mouvement directionnel de celles-ci du sud (Espagne) vers le nord qui ne semble pas résulter en une dispersion effective (i.e. mouvement suivi d’une reproduction). En outre, les repeuplements récents, semblent impacter faiblement la structuration génétique des populations sauvages. Certains flux de gènes détectés localement semblent être dus à d’autres activités anthropiques, telles que le transport de reproducteurs. Les truites de mer capturées par la pêche professionnelle proviennent majoritairement de la population du gave d’Oloron et peu des populations des Nives et du Gave de Pau. La raison pourrait se trouver en premier lieu dans le fait que le Gave de Pau est fortement impacté par la présence de barrières à la migration et en second lieu dans les différences phénotypiques (taille plus petite) présentées par les truites de mer des Nives, par rapport à celle des gaves. Ceci suggère donc une différenciation de cette population et peut expliquer que la pêche professionnelle les capture dans une moindre proportion. Cette thèse a d’autre part pu démontrer les difficultés dans l’assignation d’une origine natale via la génétique lorsque les signatures génétiques sont relativement proches. Elle confirme l’utilité d’un couplage génétique des populations - microchimie des otolithes pour assigner des individus à leur origine natale à une échelle plus fine que le bassin. Les résultats obtenus au cours des trois années de thèse ont permis la détermination de populations génétiquement distinctes dont l’une contribue très largement à l’activité de pêche professionnelle. Ces populations peuvent être considérées comme de potentielles unités de gestion qui pourront servir de base à l‘élaboration de plans de gestion et de conservation. La meilleure compréhension de la biologie et du fonctionnement de la truite commune, et de l’impact des activités anthropiques sur la structuration des populations, acquise lors de cette thèse, pourra également permettre d’améliorer la prise de décisions des gestionnaires locaux pour la conservation et la gestion des populations de truites communes. / Dispersal, characterized by the movements of individuals in space and time leading to gene flows, allows populations to connect. Understanding factors shaping gene flow and population structure is vital to improve management and conservation practices of species. Those characterized by a partial anadromy, such as brown trout (Salmo trutta L.), are models of choice to study the role of ecotypic and behavioral diversity, under anthropic activities on population functioning. By using population genetics, this theses proposes to analyse population structure of brown trout in the Bay of Biscay, but also to determine the combined influence of sea trout dispersal, its reproductive behavior, and anthropic activities (stocking, transport of spawners) on their functioning. This thesis also addresses the contribution of brown trout populations (natal origin) on sea trout stock captured by professional fisheries, on the same study site, by coupling population genetics and otolith microchemistry. Results show a strong hierarchical structure of Brown trout population with seven distinct population detected in Adour basin. This seems to be explained a high site fidelity movement of sea trout together with a directional movement of sea trout from South (Spain) to North. This directional movement did not result into effective dispersal (i.e. movement followed by reproduction). Furthermore, a limited contemporary impact of stocking on genetic structure of wild population is observed. A few cases of inter-population gene flow detected seems to be explained by wild population management, particularly transport of spawners. The majority of sea trout captured by professional fisheries come from Gave d’Oloron and few from Nives and Gave de Pau. The reason is that Gave de Pau is impacted by migration barriers. And also that sea trout from Nives have phenotypic differences (smaller length) from sea trout originated from gaves. This suggest a differentiation of this population and can explained that professional fisheries capture them in smaller proportion.On the other hand, this thesis have been shown the difficulties to assign natal origin by using genetics when population are closed genetically. This confirm the usefulness to coupling population genetics and otolith microchemistry together to assign individuals to their natal origin at a finer scale than basin.Results obtained during these three years of thesis have made it possible the determination of distinct populations one of which contribute in majority of professional fisheries activities. These populations can be considered like potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans. The better understanding of brown trout biology and functioning, and the impact of anthropic activities on population structure, obtained in this thesis, can also improve the decision-making of local managers for brown trout population conservation and management.

Au tournant du XXe siècle, et de façon de plus en plus prononcée jusqu’à la veille de la seconde guerre mondiale, la littérature de langue française se met à attribuer aux bêtes des capacités traditionnellement réservées à l’humain. Celles-ci possèdent, découvre-t-on, comme nous, une riche vie affective et émotionnelle, interagissent avec leur environnement en configurant, par production et interprétation de signes, un univers subjectif propre, communiquent avec les autres êtres vivants de manière complexe au moyen de diverses formes langagières, raisonnent, pensent intelligemment, ou encore vivent comme des individus ou des personnes dotés d’une histoire singulière. En somme, à une époque où prédominent, en philosophie, en science, en littérature, le paradigme anthropocentriste, des conceptions réductionnistes de la vie animale, les bêtes littéraires deviennent des sujets, elles se voient octroyer, par tout un ensemble d’écrivains, une existence. Celle-ci s’avère la plupart du temps énigmatique : la lecture et l’écriture ont dès lors pour objet son dévoilement, le déchiffrement mais aussi l’interrogation et la configuration du « grimoire » (Genevoix) animal. Notamment inspiré par cette métaphore heuristique, je souhaite dans cette thèse étudier comment, entre 1891 et 1938, la prose littéraire de langue française, donc toute une variété d’écrits, recrée l’existence animale, tente d’appréhender la nature concrète de la vie des bêtes et les relations que nous entretenons avec elles. Il s’agit finalement de mesurer la dimension éthique de ces textes qui, en déconstruisant l’anthropocentrisme, aident à repenser la façon dont nous considérons les bêtes et notre cohabitation avec elles. / At the turn of the twentieth century and increasingly until the Second World War, French-language literature started to provide animals with capacities that were traditionally reserved for humans. In the relevant texts, animals have a rich emotional life, they interact and communicate with their environment and other living beings in numerous and complex ways ; by producing and interpreting signs, they construct a subjective world of their own. They demonstrate, moreover, amazing reasoning and cognitive abilities and original personalities. In short, at a time when, in philosophy, science and literature, prevail the anthropocentric paradigm and reductionist conceptions of animal life, literary animals become subjects, they are granted, by a whole set of writers, an existence. This existence is most of the time enigmatic : reading and writing therefore involve its unveiling, the deciphering but also the questioning and configuration of the animal "grimoire" (Genevoix). Inspired in particular by this heuristic metaphor, I wish in this piece of research to study how, between 1891 and 1938, French-language literary prose, thus a whole variety of writings, recreates animal lives, tries to apprehend the concrete nature of animals and the relationships we have with them. My final goal is to measure the ethical dimension of these texts which, by deconstructing anthropocentrism, help to rethink the way we view animals and our coexistence with them.

Le milieu lagunaire formé par les étangs de Berre et de Caronte est né d'une ingression marine, vers 6000 av. J.-C. Si d'importants vestiges de l'Age de Fer et de l'Antiquité ont été mis à jour sur les rives de Caronte, aucun habitat n'a pu être identifié après l'époque romaine: Caronte n'est semble-t-il, au haut Moyen-Âge, qu'un lieu de passage et de pêche (présence de bourdigues, grandes nasses à poisson). Cet espace est néanmoins convoité par les divers pouvoirs locaux nés de l'effondrement de l'autorité publique, pour des motifs économiques (bourdigues), mais aussi militaires, Caronte et l'Ile formant la porte d'entrée de l'étang de Berre, et donc de la Basse Provence occidentale. La fondation de St-Geniès et du port de Bouc au XIIe s., de l'Ile-St-Geniès au XIIIe s., ainsi que de Ferrières et de Jonquières façonnent cette zone palustre : le centre-ville de la future ville de Martigues se dessine vers 1400. En 1581, la création de Martigues par l'union de l'Ile, Ferrières et Jonquières procure les bases d'un fort développement économique et démographique. La croissance de la cité s'effectue selon un modèle atypique, les phases de pression démographique induisant la création, par remblayage, de secteurs constructibles sur la lagune. Mais du fait de la faible profondeur de Caronte et de la concurrence du port de Marseille, Martigues ne peut suivre l'augmentation du tonnage des navires au XVIIIe s., et son économie connaît jusqu'à l'ère pétrochimique une longue atonie.

Le mercure est un contaminant présent dans l'ensemble des compartiments de l'environnement et l'homme y est directement exposé via l'alimentation. Actuellement, les organismes gouvernementaux évaluent la sécurité des produits alimentaires en se basant essentiellement sur la concentration totale de cet élément. Cependant, la toxicité du mercure dépend, entre autre, de l'espèce absorbée (dont le méthylmercure, sa forme la plus toxique). Par conséquent, l'analyse de spéciation, c'est à dire la détection et quantification des différentes formes chimiques de cet élément, présente un intérêt croissant. Le principal objectif de ce projet a donc été de développer et de valider, sous assurance qualité, une méthode sensible et d'une grande exactitude, basée sur l'utilisation de la dilution isotopique. Elle sera par la suite appliquée comme méthode de référence par l'agence pour l'analyse en spéciation du mercure dans les produits de la pêche afin de permettre une meilleure évaluation des risques encourus par le consommateur. La première partie de ce travail a porté sur l'étude du cycle biogéochimique du mercure et de l'état de l'art des diverses méthodes de préparation de l'échantillon, de séparation et de quantification du Hg dans les matrices biologiques, afin d'émettre des choix analytiques. Ainsi, les principaux composés mercuriels susceptibles d'être retrouvés dans les produits de la pêche (le méthylmercure et le mercure inorganique) ont été déterminés par couplage GC-ICP-MS et une quantification par dilution isotopique. La seconde partie des travaux a été consacrée à l'optimisation de la méthode de préparation des échantillons et de la technique de quantification. Ces travaux sur différents matériaux de référence certifiés ont montré que des modifications de la distribution naturelle de l'échantillon pouvaient survenir dès l'étape d'extraction, préconisant un marquage isotopique avant extraction solide-liquide par digiPREP des espèces mercurielles et dérivation par propylation par le tétrapropylborate de sodium et agitation rotative. Les résultats expérimentaux ont été traités par dilution isotopique simple et multiple. Les teneurs obtenues ont été similaires, pour l'ensemble des matrices analysées, montrant que peu ou pas de transformation inter-espèces surviennent au cours de la procédure analytique. Une quantification par double marquage isotopique et dilution isotopique simple a donc été conservée. L'évaluation des critères analytique a démontré que la méthode est validée pour la spéciation du mercure dans les produits de la pêche, selon les normes françaises AFNOR NF V03-110 de 1998 et de 2010. La dernière partie des travaux a porté sur l'application de la méthode validée à la spéciation du mercure dans des échantillons biologiques réels, ainsi qu'à la participation à plusieurs essais interlaboratoires d'aptitudes organisés par le CSL-FAPAS sur un échantillon de thon en conserve et par l'IRMM sur le matériau IMEP-109 de homard.

L'arsenic est un élément présent dans tous les compartiments de l'environnement, et les produits de la pêche représentent une source majeure d'exposition à l'arsenic par le biais de l'alimentation. Même s'il n'existe pas à ce jour de législation sur les teneurs en arsenic dans les aliments en France, les agences gouvernementales évaluent généralement les risques liés à la présence d'arsenic dans les produits de la pêche en se basant essentiellement sur la concentration totale de l'élément, sans tenir compte des différentes espèces présentes ni de leur bioaccessibilité. Par conséquent, le développement de méthodes d'analyse de spéciation revêt un intérêt particulier dans le cadre de l'évaluation des risques. La première partie de ce mémoire présente des informations générales sur les propriétés de l'arsenic, son occurrence dans les différents compartiments de l'environnement et sa toxicité, ainsi qu'une étude bibliographique des méthodes analytiques existantes pour étudier la spéciation de l'arsenic dans les matrices alimentaires, en particulier les produits de la pêche (extraction et séparation/détection). Les différentes approches pour l'évaluation de sa bioaccessibilité et de celle d'autres éléments traces métalliques d'intérêt sont également présentées. La deuxième partie de ces travaux porte sur la validation d'une méthode d'analyse de spéciation des principales espèces d'arsenic dans les produits la pêche (As(III), MA,DMA, As(V), AsB, TMAO, AsC) par couplage entre la chromatographie d'échange d'ions (IEC) et la spectrométrie de masse à plasma induit (ICP-MS) après extraction assistée par micro-ondes (MAE). L'évaluation des performances analytiques de la méthode, les contrôles qualités internes et externes mis en place et les différentes applications, en particulier les données d'occurrence des différentes espèces d'arsenic dans les produits de la pêche les plus consommés par la population française sont présentés et discutés. Dans la troisième partie, la bioaccessibilité maximale de l'arsenic et d'autres éléments d'intérêt est estimée à l'aide d'une méthode de lixiviation en ligne (impliquant la mesure en temps réel par ICP-MS de la fraction libérée par les différents fluides digestifs artificiels). La combinaison de ce procédé avec la méthode d'analyse de spéciation validée permet ainsi d'estimer la bioaccessibilité des différentes espèces d'arsenic.

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